Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
1C_182/2022
Arrêt du 20 octobre 2023
Ire Cour de droit public
Composition
MM. les Juges fédéraux Kneubühler, Président,
Haag et Merz.
Greffière : Mme Rouiller.
Participants à la procédure
A.________,
B.________ et C.B.________,
D.________,
E.________,
F.________,
G.________,
H.________ et I.H.________,
tous représentés par Me Thibault Blanchard, avocat,
recourants,
contre
J.________ SA, représentée par Me Jacques Haldy, avocat,
K.________,
L.________,
M.________,
N.________,
tous les quatre représentés par Me Luc Pittet, avocat,
intimés,
Municipalité de Lausanne, Service de l'urbanisme, case postale 5354, 1002 Lausanne, représentée par Xavier Michellod, premier conseiller juridique, Direction de la culture et du développement urbain, case postale 6904, 1002 Lausanne,
Direction générale de l'environnement du canton de Vaud (DGE-DIRNA), Unité droit et études d'impact, avenue de Valmont 30B, 1014 Lausanne,
Direction générale des immeubles et du patrimoine du canton de Vaud, Division monuments et sites, place de la Riponne 10, 1014 Lausanne.
Objet
Permis de construire; protection du patrimoine;
refus de classement,
recours contre l'arrêt de la Cour de droit administratif
et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud
du 17 février 2022 (AC.2020.0291, AC.2020.0293, AC.2022.0011).
Faits :
A.
La parcelle n° 3980 de la commune de Lausanne, d'une surface totale de 4'099 m2, est classée en zone mixte de faible densité du plan général d'affectation de la commune (ci-après: PGA). Non bâtie, cette parcelle est longée au nord par le chemin de la Plaisante, qui dessert un secteur de villas, les terrains voisins de la parcelle n° 3980 étant déjà bâtis. Sa limite sud correspond au lit du ruisseau le Riolet, qui coule au milieu d'un cordon boisé couvrant une surface de 1'128 m2 sur la parcelle; cette surface est, selon le PGA, affectée à de l'aire forestière.
D'après l'inventaire ISOS, la partie constructible de la parcelle (au nord du Riolet et du cordon boisé) est située dans le périmètre P 86, qui correspond à un "secteur résidentiel installé sur le coteau, comprenant le noyau historique de Chailly" et a été attribuée à la catégorie d'inventaire C, avec un objectif de sauvegarde C ("sauvegarde du caractère"). Le cordon boisé du Riolet est inclus dans le périmètre environnant PE LXXI ("domaine agricole de Rovéréaz"), avec une catégorie d'inventaire a et un objectif de sauvegarde a ("sauvegarde du paysage ou des espaces vacants").
La parcelle est propriété de K.________, N.________, L.________ et M.________ (ci-après: K.________ et consorts ou les propriétaires), tous membres de l'hoirie de O.________; ceux-ci ont signé une promesse de vente en faveur de la société J.________ SA (ci-après: J.________ ou la constructrice).
K.________ et consorts sont également propriétaires des biens-fonds n° 3060 et 3061 de la commune de Pully, qui se trouvent directement de l'autre côté du Riolet. Ces biens-fonds supportent la "Villa Eupalinos" et son parc, classés comme monument historique en février 2018 (pour un historique de la procédure de classement, cf. arrêt 1C_485/2020 du 28 juin 2021). Ils sont reliés au bien-fonds n° 3980 par deux petits ponts franchissant le Riolet.
B.
B.a. En date du 7 septembre 2018, J.________ a déposé une demande de permis de construire pour la construction, sur la parcelle n° 3980, de 3 immeubles d'habitation totalisant 10 logements, la pose de panneaux solaires en toiture, l'installation de pompes à chaleur air/eau, la création de 17 places de parc et places deux-roues extérieures, un emplacement pour des containers et des aménagements extérieurs. Les bâtiments sont implantés le long de la limite des constructions au bord du chemin de la Plaisante: le bâtiment A (4 logements) se trouve à l'ouest, le bâtiment B (4 logements) au milieu et le bâtiment C (2 logements) à l'est. Les places de parc sont réalisées dans les espaces entre les bâtiments ainsi qu'à l'est du bâtiment C.
Le projet a été mis à l'enquête publique du 14 décembre 2018 au 24 janvier 2019. Il a suscité l'opposition de plusieurs propriétaires de maisons situées dans le quartier, dont A.________, B.________ et C.B.________, D.________, E.________, F.________, G.________, ainsi que H.________ et I.H.________ (ci-après: A.________ et consorts).
Les autorisations spéciales et préavis requis des services de l'administration cantonale ont été recueillis par la Centrale des autorisations CAMAC, qui a établi une synthèse (n° 177178) en date du 16 mai 2019. Cette synthèse comprend en particulier une autorisation spéciale de la Direction générale de l'environnement (ci-après: DGE), Direction des ressources et du patrimoine naturels, Inspection canto-nale des forêts du 18ème arrondissement (ci-après: DGE-DIRNA-FO18), qui rappelle notamment qu'aucune construction ou partie de bâtiment ne peut être réalisée dans la bande inconstructible des 10 mètres à la forêt. La synthèse CAMAC comprend également un préavis de la division Biodiversité et paysage de la DGE (ci-après: DGE-BIODIV), qui précise que, dans la mesure où il n'y a pas atteinte directe à un biotope, il est de la responsabilité des autorités communales de s'assurer que les conditions d'abattage des arbres soient bien remplies et que la végétation protégée enlevée soit compensée. Ce préavis favorable est soumis à plusieurs conditions impératives.
A l'invitation du Bureau des permis de construire de la commune de Lausanne, le projet a été légèrement modifié et une synthèse CAMAC complémentaire (n° 188686) a été établie en date du 23 décembre 2019.
B.b. Par décisions du 26 août 2020, la Municipalité de Lausanne a levé les oppositions et délivré le permis de construire requis.
A.________ et consorts ont formé un recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: CDAP) contre ces décisions le 25 septembre 2020 (procédure AC.2020.0291). D'autres opposants ont recouru auprès de la CDAP contre ces décisions sous la référence AC.2020.0293.
B.c. Suite à une inspection locale effectuée dans le cadre de la procédure devant la CDAP, la DGE-BIODIV a produit un nouveau préavis en lien avec les biotopes, modifiant les préavis inclus dans les précédentes synthèses CAMAC et indiquant que le Riolet et son cordon boisé, ainsi que la prairie mi-sèche médio-européenne située au nord-est de la parcelle constituaient des biotopes protégés. Le projet nécessitait par conséquent une autorisation spéciale, qui a été délivrée par la DGE-BIODIV moyennant la prise en compte de certaines conditions impératives.
C.
C.a. En date du 17 mars 2021, A.________ et consorts ont adressé au Département des finances et des relations extérieures (ci-après: DFIRE), Direction générale des immeubles et du patrimoine (ci-après: DGIP), une demande de classement de la parcelle n° 3980 d'une part au motif que sa proximité avec les parcelles n° 3060 et 3061, qui supportent la villa Eupalinos, la rendait digne de protection et, d'autre part, en raison de sa haute valeur écologique et paysagère.
Suite au dépôt de cette demande, A.________ et consorts ont requis la suspension de la procédure de recours contre les décisions relatives à l'octroi du permis de construire en cours devant la CDAP; leur requête a été rejetée.
C.b. En date du 2 décembre 2021, la DGIP a retenu qu'il n'était pas opportun d'inclure la parcelle n° 3980 dans le plan de classement.
Le 21 janvier 2022, A.________ et consorts ont formé un recours auprès de la CDAP contre cette décision (procédure AC.2022.0011).
D.
Après avoir joint les procédures AC.2020.0291, AC.2020.0293 et AC.2022.0011, la CDAP a, par arrêt du 17 février 2022, rejeté les recours formés contre les décisions de la municipalité du 26 août 2020; la CDAP a également rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé contre la décision de la DGIP du 2 décembre 2021.
La CDAP a notamment considéré qu'un contrôle préjudiciel du PGA n'était justifié ni par le fait qu'une partie de la parcelle n° 3980 soit, d'après l'inventaire ISOS, attribuée au périmètre P 86 et l'autre au périmètre environnant PE LXXI, ni en raison des biotopes que ladite parcelle abrite ou de la proximité de celle-ci avec la villa Eupalinos; un réexamen de la limite forestière sur la base de l'art. 13 al. 3 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts (LFo; RS 921.0) n'était pas non plus fondé. Le projet de construction ne dépassait pas l'indice d'utilisation du sol et le nombre de niveaux autorisés était respecté; le projet respectait également les clauses d'esthétique et d'intégration applicables. La CDAP a au surplus considéré que l'atteinte limitée à un biotope d'importance locale, compensée par des mesures appropriées, était conforme au droit, tout comme l'autorisation d'abattre cinq arbres. Finalement, en lien avec la demande de classement de la parcelle n° 3980, la CDAP a estimé que la demande des recourants constituait en réalité une demande de réexamen, dont les conditions n'étaient pas remplies, aucun des faits et moyens de preuve invoqués n'étant des éléments nouveaux importants ou pertinents.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ et consorts demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt de la CDAP du 17 février 2022 en ce sens - en substance - que les recours cantonaux sont admis et les décisions attaquées annulées. Ils demandent également que l'autorité cantonale compétente soit tenue de procéder au classement de la parcelle n° 3980. Subsidiairement, les recourants concluent à ce que l'arrêt de la CDAP du 17 février 2022 soit annulé.
La CDAP renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. La constructrice et les propriétaires intimés concluent au rejet du recours. La Ville de Lausanne conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt cantonal.
Invité à se déterminer, l'Office fédéral du développement territorial ARE renonce à déposer des observations. L'Office fédéral de l'environnement (ci-après: OFEV) estime qu'il n'est pas contraire au droit fédéral de considérer que les conditions effectives n'ont pas changé d'une manière qui justifierait un réexamen des limites de la forêt. S'agissant de la protection des biotopes, l'OFEV considère qu'une analyse de la faisabilité d'un déplacement des containers et d'une diminution des places de stationnement pour éviter une atteinte à la prairie mi-sèche médio-européenne aurait dû être faite, que les mesures de remplacement prévues auraient dû être précisées et que l'importance de la parcelle en terme de connectivité aurait dû être examinée. L'Office fédéral de la culture (ci-après: OFC) estime que même si l'implantation sur rue des 3 bâtiments envisagés diffère du reste du quartier, le projet litigieux ne déroge que peu à la description ISOS du périmètre P 86 et n'altère pas le cordon boisé tel que visé par le périmètre environnant PE LXXI.
Au gré de leurs écritures ultérieures, la constructrice et les propriétaires intimés, la Ville de Lausanne, ainsi que les recourants maintiennent leurs positions respectives et persistent dans leurs conclusions.
Par ordonnance du 12 avril 2022, le Président de la Ire Cour de droit public du Tribunal fédéral a accordé l'effet suspensif au recours.
Considérant en droit :
1.
1.1. Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et de la protection du patrimoine, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure de recours devant la cour cantonale. En tant que voisins directs, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué qui confirme le projet litigieux et le refus de réexaminer le classement des abords de la villa Eupalinos. Ils peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt entrepris. Partant, ils bénéficient de la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il convient en principe d'entrer en matière.
2.
Selon la requête des recourants, l'OFC et l'OFEV ont été consultés dans le cadre de la présente procédure. A titre de mesure d'instruction, les recourants ont également requis que la Commission fédérale des monuments historiques (ci-après: CFMH) soit invitée à se prononcer sur les critères de délimitation des abords d'un monument classé, sur la valeur de la parcelle n° 3980 dans la protection de la villa Eupalinos et de son parc et sur l'impact du projet de construction sur ces deux objets classés.
En l'occurrence, les griefs des recourants peuvent être examinés sur la base du dossier, lequel contient notamment la décision de la DGIP du 2 décembre 2021, de multiples plans de la situation et un rapport d'expertise à ce sujet produit par les recourants. Ces derniers ne se prévalent pas non plus d'autres dispositions qui imposeraient la consultation de la CFMH. Celle-ci s'est d'ailleurs déterminée dans le cadre de la procédure de classement de la villa Eupalinos et de son parc. Il n'y a donc pas lieu de donner suite à cette requête (cf. art. 37 PCF [RS 273], par renvoi de l'art. 55 LTF).
3.
Les recourants se plaignent d'un établissement inexact des faits par la cour cantonale. Les faits qu'ils allèguent seront examinés directement avec les questions de fond dans la mesure de leur pertinence.
On rappellera, s'agissant de la correction de l'état de fait, que le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 148 I 160 consid. 3; 145 V 188 consid. 2). Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (ATF 146 IV 88 consid. 1.3.1; 145 IV 154 consid. 1.1). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (ATF 148 I 160 consid. 3; 146 I 62 consid. 3). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 148 I 104 consid. 1.5; 140 III 264 consid. 2.3).
4.
Les recourants font valoir une violation de l'art. 21 al. 2 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) au motif que la cour cantonale aurait considéré que les circonstances ne justifiaient pas un contrôle incident du PGA.
4.1. Selon la jurisprudence, le contrôle incident ou préjudiciel d'un plan d'affectation dans le cadre d'une procédure relative à un acte d'application est en principe exclu. Un tel contrôle est néanmoins admis, à titre exceptionnel, lorsque les conditions d'un réexamen des plans au sens notamment de l'art. 21 al. 2 LAT sont réunies (ATF 144 II 41 consid. 5; 121 II 317 consid. 12c). Aux termes de cette disposition, les plans d'affectation feront l'objet des adaptations nécessaires lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées.
L'art. 21 al. 2 LAT prévoit un examen en deux étapes: la première déterminera si les circonstances se sont sensiblement modifiées au point de justifier un réexamen du plan: si le besoin s'en fait réellement sentir, le plan sera adapté dans une deuxième étape (ATF 148 II 417 consid. 3.2; 144 II 41 consid. 5).
Une modification sensible des circonstances au sens de l'art. 21 al. 2 LAT peut être purement factuelle (modifications topographiques, mouvements démographiques, changement de comportements, développement économique, évolution des besoins de transport, situation des finances publiques, menace sur un paysage ou un site, modification des conditions d'équipement), mais également d'ordre juridique, comme une modification législative, une révision du plan directeur ou une évolution de la jurisprudence (ATF 144 II 41 consid. 5.1; 127 I 103 consid. 6b).
L'art. 21 al. 2 LAT exprime un compromis entre la nécessité de l'adaptation régulière des plans, d'une part, et l'exigence de la sécurité du droit, d'autre part. Cette disposition tend à assurer à la planification une certaine stabilité, sans laquelle les plans d'aménagement ne peuvent remplir leur fonction. La stabilité des plans est un aspect du principe, plus général, de la sécurité du droit, qui doit permettre aux propriétaires fonciers, comme aux autorités chargées de mettre en oeuvre la planification, de compter sur la pérennité des plans d'affectation. Ceux-ci doivent toutefois être révisés lorsque les circonstances déterminantes se sont modifiées depuis leur adoption (ATF 148 II 417 consid. 3.2; 132 II 408 consid. 4.2). Pour apprécier l'évolution des circonstances et la nécessité d'adapter un plan d'affectation, une pesée des intérêts s'impose (ATF 148 II 417 consid. 3.2; 140 II 25 consid. 3.1). L'intérêt à la stabilité du plan doit être mis en balance avec l'intérêt à l'adoption d'un nouveau régime d'affectation. Selon les cas, des intérêts publics pourront également justifier soit la stabilité du plan, soit son adaptation. Il incombe donc à l'autorité appelée à statuer sur un projet de modification d'un plan en vigueur d'examiner, en fonction des circonstances concrètes, une pluralité d'intérêts (ATF 140 II 25 consid. 3.1; 132 II 408 consid. 4.2). Sont en particulier à prendre en considération le temps écoulé depuis l'entrée en vigueur du plan, la mesure dans laquelle celui-ci a été concrétisé, l'importance des motifs de révision, l'étendue de la modification envisagée du plan et l'intérêt public que celle-ci poursuit (ATF 148 II 417 consid. 3.2; 140 II 25 consid. 3.1). La jurisprudence n'exclut pas que la découverte d'un biotope digne de protection puisse justifier l'adaptation d'un plan d'affectation au sens de l'art. 21 al. 2 LAT (cf. arrêt 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 5.2). Savoir si tel est le cas dépend néanmoins des circonstances du cas d'espèce, notamment de l'intérêt public que présente le biotope (Thierry Largey, La protection des biotopes dans la zone à bâtir - Commentaire des arrêts du Tribunal fédéral 1C_126/2020 du 15 février 2021 et 1C_653/2019 du 15 décembre 2020, DEP 2021 p. 363).
Le Tribunal fédéral examine librement la question de savoir si l'adaptation d'un plan est nécessaire, en s'imposant néanmoins une certaine retenue lorsqu'il s'agit de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (ATF 132 II 408 consid. 4.3; 119 Ia 362 consid. 3a; arrêt 1C_213/2018 du 23 janvier 2019 consid. 5.2).
4.2. En l'espèce, la cour cantonale a considéré que les circonstances ne justifiaient pas un examen préjudiciel du PGA. Le projet litigieux était situé dans le périmètre ISOS P 86 et n'en altérait pas les caractéristiques. La protection de la parcelle n° 3980 en tant qu'abord de la villa Eupalinos ne dépendait pas d'une révision du PGA, mais était du ressort de l'ancienne loi vaudoise du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (aLPNMS; abrogée par l'entrée en vigueur, le 1er juin 2022, de la loi cantonale du 30 novembre 2021 sur la protection du patrimoine culturel immobilier [LPrPCI; BLV 451.16] et, le 1er janvier 2023, de la loi cantonale du 30 août 2022 sur la protection du patrimoine naturel et paysager [LPrPNP; BLV 450.11]). Un classement pouvait ainsi intervenir sans modification du plan d'affectation. Enfin, la présence d'un biotope digne de protection sur la parcelle ne justifiait pas de réexaminer le PGA pour déterminer si une zone à protéger au sens de l'art. 17 al. 1 let. d LAT existait, une protection dudit biotope pouvant être assurée dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire par les art. 18 ss de la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451).
4.3. En premier lieu, les recourants considèrent que le fait que Lausanne soit inscrite à l'ISOS depuis 2015 constitue une modification sensible des circonstances justifiant un contrôle incident du PGA au sens de l'art. 21 al. 2 LAT. Dans ce cadre, ils se plaignent également d'une constatation arbitraire des faits; ils reprochent à la CDAP d'avoir retenu que les immeubles projetés se trouvaient dans le périmètre ISOS P 86 et étaient compatibles avec l'objectif de sauvegarde du caractère du quartier, et estiment, au contraire, qu'une partie du projet se trouve selon l'ISOS dans le périmètre environnant PE LXXI.
4.3.1. Conformément à l'art. 5 al. 1 LPN, l'ordonnance du 13 novembre 2019 concernant l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse (OISOS; RS 451.12) recense les sites construits d'importance nationale. Lausanne y est référencée sous l'objet VD 4397 en tant que ville. Les inventaires fédéraux sont assimilés matériellement à des conceptions et à des plans sectoriels au sens de l'art. 13 al. 1 LAT. Dans le cadre de leur obligation générale de planifier issue de l'art. 2 LAT, les cantons doivent tenir compte, dans leur planification directrice, de ces inventaires en tant que forme spéciale des conceptions et plans sectoriels de la Confédération (art. 6 al. 4 LAT). En raison de la force obligatoire des plans directeurs pour les autorités (art. 9 LAT), les conditions de protection figurant dans les inventaires fédéraux se retrouvent dans les plans d'affectation (art. 14 ss LAT). En principe, l'inventaire ISOS doit ainsi être transcrit dans les plans directeurs cantonaux, puis dans la planification locale au moyen des instruments prévus à l'art. 17 LAT. Ces mesures lient ainsi non seulement les autorités dans l'exécution de leurs tâches, mais également les particuliers (ATF 135 II 209 consid. 2.1; arrêt 1C_283/2021 du 21 juillet 2022 consid. 3.1.3).
Selon l'art. 6 al. 1 LPN, l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates. L'inventaire ISOS doit être pris en considération dans la pesée des intérêts de chaque cas d'espèce - y compris lors de l'accomplissement de tâches purement cantonales et communales -, en tant que manifestation d'un intérêt fédéral (arrêt 1C_334/2020 du 27 juillet 2021 consid. 4.1; Thierry Largey, La protection du patrimoine, RDAF 2012 I 295). Une atteinte demeure possible lorsqu'elle n'altère pas l'identité de l'objet protégé ni le but assigné à sa protection; celui-ci découle du contenu de la protection mentionné dans l'inventaire et des fiches qui l'accompagnent (ATF 145 II 176 consid. 3.1; arrêt 1C_334/2020 du 27 juillet 2021 consid. 4.1; Largey, op. cit. in RDAF 2012 I 292; Jörg Leimbacher, Commentaire LPN, 2ème éd. 2019, n° 5 ss ad art. 6 LPN).
4.3.2. En l'espèce, la question se pose de savoir si l'inscription de Lausanne à l'ISOS depuis 2015 constitue une modification sensible des circonstances au sens de l'art. 21 al. 2 LAT, qui justifierait un contrôle préjudiciel du PGA.
4.3.2.1. Le PGA actuel de la commune de Lausanne est entré en vigueur le 26 juin 2006. Lorsque le projet litigieux a été mis à l'enquête en décembre 2018, le PGA n'avait donc pas atteint l'horizon temporel de 15 ans prévu par l'art. 15 al. 1 LAT. Lausanne est recensée comme site construit d'importance nationale à protéger depuis le 1er janvier 2006 et figure formellement à l'inventaire depuis le 1er octobre 2015.
4.3.2.2. Se plaignant d'une constatation inexacte des faits, les recourants font grief à la CDAP d'avoir retenu que les 3 bâtiments projetés se trouvaient dans le périmètre ISOS P 86, et hors du périmètre environnant ISOS PE LXXI. Ils soutiennent que le bâtiment C du projet se trouverait dans le périmètre environnant ISOS PE LXXI.
Selon les constatations de la cour cantonale, la partie constructible de la parcelle n° 3980, qui comprend le bâtiment C projeté, fait partie du périmètre P 86, alors que le cordon boisé appartient au périmètre environnant PE LXXI. La CDAP a ainsi considéré que, même s'il n'était pas évident de déterminer précisément quelle partie de la parcelle était comprise dans le périmètre environnant PE LXXI, celui-ci englobait en tout cas l'aire forestière. Consulté, l'OFC précise que le périmètre environnant PE LXXI se termine au sud par le cordon boisé longeant le Riolet. Il estime ainsi que malgré l'abattage de certains arbres, la pérennité du cordon et son rôle de barrière végétale ne seront, a priori, pas altérés par le projet.
Au vu de ce qui précède, la constatation de l'autorité précédente ne paraît pas manifestement insoutenable (cf. consid. 3 ci-dessus); les recourants se contentent d'opposer leur propre lecture du plan ISOS à celle qu'en a faite l'autorité précédente. Les collaborateurs de l'ISOS interpellés par les recourants ne confirment d'ailleurs pas la thèse de ces derniers selon laquelle le bâtiment C projeté se trouverait dans le périmètre environnant PE LXXI, se contentant de préciser qu'il ne leur était pas possible de fournir une délimitation plus précise de la limite entre les périmètres ISOS P 86 et PE LXXI que celle figurant sur le plan déjà en possession des recourants. Partant, les recourants ne parviennent pas à démontrer que l'autorité précédente aurait établi les faits de manière manifestement inexacte.
Ainsi, en l'absence d'impact du projet litigieux sur les caractéristiques du périmètre environnant PE LXXI, un contrôle incident du PGA sous cet angle ne se justifie pas.
4.3.2.3. Les recourants se réfèrent ensuite à l'arrêt 1C_87/2019 du 11 juin 2020. Dans cette affaire, le caractère non construit des parcelles visées constituait précisément la composante essentielle du site porté à l'ISOS, lequel prévoyait au surplus un objectif de sauvegarde maximum (A); une autorisation de construire aurait ainsi altéré inévitablement les caractéristiques d'un site d'importance nationale.
Or, il n'en va pas ainsi dans le cas particulier: la partie constructible de la parcelle n° 3980 est attribuée au périmètre P 86, qui est décrit comme suit: "Secteur résidentiel installé sur le coteau, comprenant le noyau historique de Chailly situé sur le tracé sinueux d'une voie antérieure à l'urbanisation du quartier; tapis de maisons individuelles, quelques-unes locatives, rares petits immeubles, quelques témoins du passé agricole, jardin à la végétation souvent foisonnante, dès 19ème siècle. Essentiellement années 1920-vers 1960, jusqu'au début du 21ème siècle". A cet égard, l'OFC, invité à se déterminer sur la question, précise que, si le projet se démarque du reste du quartier, l'appréciation qui a été faite par la commune et le canton de l'intégration des immeubles projetés dans le site n'est pas formellement contestable du point de vue de la protection des sites.
4.3.3. Au vu de ce qui précède, il n'apparaît pas que les caractéristiques du périmètre ISOS P 86 puissent être altérées par le projet litigieux; partant, un contrôle incident du PGA suite à l'inscription de Lausanne à l'ISOS n'entre pas en ligne de compte.
4.4. Les recourants reprochent ensuite à la CDAP d'avoir considéré que la découverte de biotopes sur la parcelle n° 3980 ne constituait pas une modification suffisante des circonstances pour justifier un contrôle préjudiciel du PGA. Dans ce cadre, ils se plaignent également d'une constatation arbitraire des faits, faisant grief à la CDAP d'avoir retenu que les biotopes dignes de protection sur la parcelle n° 3980 se limitaient au cordon boisé autour du Riolet et à la surface occupée par la prairie mi-sèche médio-européenne.
Dans la mesure où la délimitation et la qualification des biotopes situés sur la parcelle n° 3980 telles que retenues par la CDAP n'apparaît pas critiquable (cf. consid. 11.2 ci-dessous), il convient ici d'examiner si la présence du cordon boisé et de la prairie mi-sèche médio-européenne constitue une circonstance susceptible de justifier une modification de la planification communale à cet endroit.
La CDAP a jugé que les règles sur la protection des biotopes pouvaient être appliquées dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire et qu'il n'était par conséquent pas nécessaire de procéder à un contrôle préjudiciel du PGA à cet égard. Cette solution rejoint la jurisprudence en la matière, qui précise que lorsqu'un intérêt à construire s'oppose à un intérêt à protéger un biotope, une certaine recherche du compromis doit dicter ce qu'il est admissible de réaliser sur le terrain en question (cf. arrêt 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.2.3). Tout en évitant un contrôle incident du plan, procédure lourde et parfois disproportionnée s'agissant de situations où la protection et l'utilisation du sol sont conciliables (cf. Largey, op. cit. in DEP 2021 p. 365), la solution retenue par la CDAP permet, dans les circonstances du cas d'espèce, d'assurer la protection des biotopes d'importance locale découverts sur une partie de la parcelle n° 3980 au moment de la procédure d'autorisation de construire (cf. consid. 11 ci-dessous).
Partant, un contrôle incident du PGA sous cet angle n'apparaît en l'espèce pas nécessaire.
4.5. Finalement, les recourants considèrent que les conditions d'un contrôle incident seraient réunies dès lors que le PGA date de 2006 et qu'une procédure de révision serait en cours.
La date d'adoption du PGA et l'existence d'une procédure de révision ne sont pas contestées. Les recourants ne sauraient pour autant prétendre en déduire la nécessité d'un contrôle incident à l'occasion de la procédure d'autorisation de construire; seul l'examen des autres circonstances factuelles et juridiques pertinentes pourraient permettre de remettre en cause l'affectation prévue (cf. consid. 4.1 ci-dessus). Or, en l'espèce et comme il a été examiné ci-dessus (cf. consid. 4.3 et 4.4), les circonstances invoquées par les recourants, à savoir l'existence de biotopes et l'inscription de Lausanne à l'ISOS, ne permettent pas d'aboutir à un tel résultat.
4.6. Il s'ensuit que les critères essentiels permettant de procéder à un examen préjudiciel du plan font en l'occurrence défaut et qu'il n'y a par conséquent pas lieu d'interférer dans le processus de planification locale, pour lequel les autorités communales disposent d'un large pouvoir d'appréciation. Partant, la CDAP n'a pas violé l'art. 21 al. 2 LAT en renonçant à procéder à un contrôle préjudiciel du PGA et le grief doit être écarté.
5.
Les recourants font valoir une violation des art. 10 al. 2 let. a et 13 al. 3 LFo. Se plaignant dans ce cadre d'une constatation inexacte des faits, ils font grief à l'instance précédente d'avoir considéré que la surface du cordon boisé longeant le Riolet ne se serait pas suffisamment modifiée, depuis les relevés effectués dans le cadre de l'établissement du PGA en 2006, pour justifier un réexamen de l'aire forestière.
5.1. Selon l'art. 10 al. 2 let. a LFo, une constatation de la nature forestière doit être ordonnée là où des zones à bâtir confinent ou confineront à la forêt. Les limites des forêts qui ont été constatées conformément à l'art. 10 al. 2 LFo sont fixées dans les plans d'affectation (art. 13 al. 1 LFo). Les nouveaux peuplements situés à l'extérieur de ces forêts ne sont pas considérés comme forêt (art. 13 al. 2 LFo). Les limites de forêts peuvent être réexaminées dans le cadre d'une procédure en constatation de la nature forestière conformément à l'art. 10 LFo lorsque les plans d'affectation sont révisés et que les conditions effectives se sont sensiblement modifiées (art. 13 al. 3 LFo).
L'art. 13 al. 3 LFo est formulé de manière analogue à l'art. 21 al. 2 LAT, selon lequel les plans d'affectation sont réexaminés et, si nécessaire, adaptés lorsque la situation s'est sensiblement modifiée. Dans les deux dispositions, il s'agit de faire coïncider, si nécessaire, la planification et les conditions effectives (arrêt 1C_645/2018 du 21 novembre 2019 consid. 3 et références; cf. également consid. 4.1 ci-dessus). La doctrine et la jurisprudence relatives à l'art. 21 al. 2 LAT sont ainsi applicables par analogie à l'art. 13 al. 3 LFo (arrêt 1C_645/2018 du 21 novembre 2019 consid. 3; Alain Maunoir/Gaëtan Blaser-Suarez, Commentaire LFo, 2022, n° 34 ad art. 13 LFo; sur l'art. 21 al. 2 LAT, cf. consid. 4.1 ci-dessus).
5.2. Se fondant sur l'avis de la Direction générale de l'environnement (ci-après: DGE), Direction des ressources et du patrimoine naturels, Inspection cantonale des forêts du 18ème arrondissement (ci-après: DGE-DIRNA-FO18), qui a notamment procédé à une vision locale, la CDAP a retenu que les circonstances ne s'étaient pas modifiées suffisamment pour justifier la révision de la constatation de l'aire forestière.
Invité à se déterminer, l'OFEV confirme l'avis de la DGE-DIRNA-FO18 selon laquelle il n'y a pas lieu, d'après les critères qualitatifs et quantitatifs, de procéder à une nouvelle constatation de la nature forestière du cordon boisé. Il estime en effet ne pas disposer d'éléments qui remettraient en doute l'évaluation faite par les autorités locales, qui lui paraît correcte au vu des pièces au dossier et des photos aériennes librement disponibles sur map.geo.admin.ch. Au vu de ce qui précède, l'OFEV considère que les conditions effectives n'ont pas changé d'une manière qui pourrait justifier un réexamen des limites de la forêt.
Les recourants opposent leur propre version des faits à celle qui a été retenue par l'autorité précédente. Ils se fondent notamment sur l'avis d'un expert qu'ils ont mandaté et qui précise avoir eu l'"impression" que la limite cadastrale de la forêt ne correspondait pas à la réalité. Cet expert précise toutefois qu'il lui aurait été nécessaire, pour vérifier ladite impression, d'accéder à la parcelle, ce qui n'était pas le cas en l'espèce. Il ne se prononce pas non plus en détail sur les appréciations des autorités spécialisées. Partant, les recourants ne parviennent pas à démontrer le caractère manifestement inexact des faits retenus par la CDAP (cf. consid. 3 ci-dessus), qui correspondent également à l'avis des autorités spécialisées cantonale et fédérale.
5.3. Il s'ensuit qu'un réexamen de la nature forestière sur la base de l'art. 13 al. 3 LFo n'est pas justifié, les circonstances ne s'étant pas sensiblement modifiées. Le grief doit partant être écarté.
6.
Les recourants font valoir une application arbitraire de l'art. 86 de la loi vaudoise du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11) et de l'art. 69 du règlement du 26 juin 2006 sur le plan général d'affectation et sur les constructions de la commune de Lausanne (ci-après: RPGA). Ils reprochent à la cour cantonale d'avoir fait abstraction du périmètre environnant ISOS PE LXXI et de son objectif de sauvegarde "a", d'avoir considéré que le projet respectait les caractéristiques du périmètre ISOS P 86 et d'avoir fait abstraction de la proximité de la villa Eupalinos.
6.1. L'art. 3 al. 2 let. b LAT prévoit que les autorités chargées de l'aménagement du territoire doivent notamment tenir compte de la nécessité de préserver le paysage et de veiller à ce que les constructions prises isolément ou dans leur ensemble ainsi que les installations s'intègrent dans le paysage. En droit vaudois, une règle générale d'esthétique et d'intégration des constructions est prévue à l'art. 86 LATC. Cet article dispose que la municipalité veille à ce que les constructions, quelle que soit leur destination, ainsi que les aménagements qui leur sont liés, présentent un aspect architectural satisfaisant et s'intègrent à l'environnement (al. 1). Elle refuse le permis pour les constructions ou les démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue, ou de nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique, artistique ou culturelle (al. 2). Sur le plan communal, l'art. 69 RPGA reprend les principes énumérés à l'art. 86 LATC en interdisant les constructions, transformations ou démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un quartier, d'un site, d'une place ou d'une rue, ou de nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique, culturel ou architectural.
Selon la jurisprudence, l'application d'une clause d'esthétique ne doit pas aboutir à ce que, de façon générale, la réglementation sur les zones en vigueur soit vidée de sa substance. Une intervention des autorités dans le cas de la construction d'un immeuble réglementaire qui ne serait pas en harmonie avec les bâtiments existants ne peut s'inscrire que dans la ligne tracée par la loi elle-même et par les règlements communaux, qui définissent en premier lieu l'orientation que doit suivre le développement des localités. Ainsi, lorsqu'un plan de zones prévoit que des constructions d'un certain volume peuvent être édifiées dans tel secteur du territoire, une interdiction de construire fondée sur l'art. 86 LATC ne peut se justifier que par un intérêt public prépondérant. Il faut que l'utilisation des possibilités de construire réglementaires apparaisse déraisonnable (cf. ATF 115 Ia 114 consid. 3d; 115 Ia 363 consid. 3a; arrêt 1C_383/2021 du 13 septembre 2022 consid. 2.2.1). Tel sera par exemple le cas s'il s'agit de protéger un site, un bâtiment ou un ensemble de bâtiments présentant des qualités esthétiques remarquables, qui font défaut à l'immeuble projeté ou que mettrait en péril sa construction (ATF 101 Ia 213 consid. 6c; arrêt 1C_383/2021 précité consid. 2.2.1).
Lorsqu'il est amené à examiner l'application de clauses d'esthétique, le Tribunal fédéral fait preuve de retenue dans l'appréciation des circonstances locales, spécialement en matière de protection des monuments et des sites bâtis, compte tenu du large pouvoir d'appréciation des autorités locales dans ce domaine (cf. ATF 146 II 367 consid. 3; 142 I 162 consid. 3.2.2). C'est le cas notamment lorsqu'il s'agit de savoir si une construction ou une installation est de nature à compromettre l'aspect ou le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue (cf. ATF 115 Ia 114 consid. 3d; arrêt 1C_383/2021 du 13 septembre 2022 consid. 2.2.1).
6.2. Le Tribunal fédéral revoit librement l'interprétation et l'application du droit fédéral et du droit constitutionnel cantonal (art. 95 LTF). Il examine en revanche sous l'angle restreint de l'arbitraire l'interprétation et l'application des autres règles du droit cantonal ou communal (ATF 147 I 433 consid. 4.2; 146 II 367 consid. 3.1.5). Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (ATF 148 II 465 consid. 8.1; 148 I 145 consid. 6.1). Dans ce contexte, le recours est soumis aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 149 III 81 consid. 1.3; 146 I 62 consid. 3).
6.3. En l'espèce, la CDAP a retenu, sur la base de ses constatations sur place et des photographies aériennes, que les bâtiments projetés se distinguaient des constructions typiques des hauts du quartier de Chailly, qui sont plutôt des maisons individuelles entourées d'un jardin. Elle a cependant considéré que la conception architecturale du projet était conforme à la règlementation de la zone; en particulier, l'intégration du projet à son environnement bâti, appréciée en tenant compte non pas uniquement des terrains directement voisins, mais également d'un secteur plus étendu et largement bâti, n'apparaissait pas déraisonnable. Le projet n'altérait par conséquent pas les caractéristiques du site et était compatible avec l'objectif de sauvegarde du caractère du quartier de Chailly tel que prévu par l'ISOS.
Les recourants ne démontrent pas le caractère manifestement insoutenable de la solution retenue par la CDAP, qui a par ailleurs pris soin d'expliquer les raisons, défendables, pour lesquelles elle avait, suite à une pesée des intérêts, confirmé la décision de la municipalité.
6.4. La cour cantonale a également considéré qu'il n'était pas critiquable que la municipalité n'ait pas tenu compte de la proximité de la villa Eupalinos dans son application de la clause d'esthétique. Le cordon boisé entourant le Riolet constituait en effet une véritable séparation entre la parcelle n° 3980 et les parcelles n° 3060 et 3061, la première ne se présentant pas comme une partie des secondes. Les nouvelles constructions ne perturberaient ainsi pas la vue, depuis le chemin de la Plaisante, sur le parc de la villa Eupalinos.
Les recourants contestent que le cordon boisé constitue une barrière entre les parcelles susmentionnées. Ce faisant, ils opposent leur vision des faits à celle de la CDAP et forment ainsi une critique purement appellatoire; en tout état, ils ne démontrent pas l'arbitraire dans les constatations cantonales (cf. consid. 3 et 6.2 ci-dessus). Il n'y a par conséquent pas lieu de s'écarter de l'appréciation de la cour cantonale.
6.5. Il s'ensuit que le grief de violation des art. 86 LATC et 69 RPGA doit être écarté.
7.
Les recourants font valoir une application arbitraire des art. 6 aLPNMS et 15 de l'ancien règlement d'application de l'aLPNMS du 10 décembre 1969 (aRLPNMS; BLV 450.11.1), ainsi qu'une violation de l'art. 6 al. 2 LPN. Ils estiment que l'abattage de 5 arbres protégés (2 frênes, 1 thuya, 1 if et 1 hêtre) entrant en conflit avec le bâtiment C n'aurait pas dû être autorisé.
7.1. L'aLPNMS instaure une protection des arbres qui méritent d'être sauvegardés en raison de l'intérêt qu'ils présentent (art. 4 aLPNMS). L'art. 6 al. 1 aLPNMS précise toutefois que l'autorisation d'abattre des arbres ou arbustes protégés doit être notamment accordée pour les arbres dont l'état sanitaire n'est pas satisfaisant et pour les arbres, les haies et boqueteaux lorsqu'ils empêchent une exploitation agricole rationnelle ou lorsque des impératifs techniques ou économiques l'imposent (création de routes, chemins, canalisation de ruisseau, etc.). L'art. 15 ch. 4 aRLPNMS précise que l'abattage ou l'arrachage des arbres, cordons boisés, boqueteaux ou haies vives classés est autorisé par la municipalité lorsque des impératifs l'imposent, tels que l'état sanitaire d'un arbre, la sécurité du trafic, la stabilité des rives bordant un cours d'eau, la création d'une route ou la canalisation d'un ruisseau.
A teneur de l'art. 6 al. 2 LPN, lorsqu'il s'agit de l'accomplissement d'une tâche de la Confédération, la règle suivant laquelle un objet doit être conservé intact dans les conditions fixées par l'inventaire ne souffre d'exception que si des intérêts équivalents ou supérieurs, d'importance nationale également, s'opposent à cette conservation. Cette disposition accorde un poids prioritaire à la conservation des objets d'importance nationale inventoriés; cela ne signifie cependant pas qu'aucune pesée des intérêts ne soit nécessaire, mais que seuls des intérêts d'importance nationale peuvent entrer en considération pour justifier une dérogation à l'art. 6 al. 1 LPN (ATF 135 II 209 consid. 2.1; arrêt 1C_116/2020 du 21 avril 2021 consid. 4.4.1).
7.2. Dans le cas particulier, il n'est pas contesté que les arbres à abattre sont des arbres protégés. La CDAP a rappelé que, selon la jurisprudence cantonale relative aux dispositions précitées, pour statuer sur une demande d'autorisation d'abattage, l'autorité communale procède à une pesée complète des intérêts en présence et détermine si l'intérêt public à la protection des arbres en cause l'emporte sur les intérêts publics ou privés qui lui sont opposés. Dans le cadre de cette pesée des intérêts, il convient notamment de tenir compte de l'importance de la fonction esthétique ou biologique des plantations en cause, de leur âge, de leur situation dans l'agglomération et de leur état sanitaire. L'intérêt à la conservation d'un arbre protégé doit en outre être comparé à l'intérêt visant à permettre une utilisation rationnelle des terrains à bâtir conforme au plan d'affectation (cf. arrêts 1C_340/2015 du 16 mars 2016 consid. 5.2; 1C_594/2012 du 8 mai 2013 consid. 4).
En l'occurrence, les juges cantonaux ont constaté qu'il incombait à la municipalité de tenir compte de l'intérêt à permettre une utilisation rationnelle des terrains à bâtir conforme au plan d'affectation. Dans la mesure où la protection instaurée procède non pas d'un classement individuel des arbres, mais d'un règlement protégeant tous les arbres revêtant certaines caractéristiques, il fallait tenir compte du caractère schématique de ladite protection. L'abattage et le remplacement éventuel d'un arbre pouvait ainsi être envisagé en rapport avec une construction. Il ne pouvait ainsi être reproché à la municipalité d'avoir accordé plus de poids à la possibilité de réaliser le bâtiment C, au détriment des cinq arbres précités, dont la suppression sera compensée par la plantation de cinq nouveaux arbres.
Les recourants critiquent cette pesée des intérêts, au motif que le projet litigieux ne constituait pas une utilisation raisonnable des droits à bâtir et que la réduction de l'emprise du bâtiment C permettrait de maintenir les cinq arbres. Ils estiment également qu'il aurait dû être tenu compte du fait que les arbres faisaient partie d'un important couloir forestier, qu'ils feraient partie d'un biotope protégé, qu'ils se trouvaient à proximité de la villa Eupalinos indiquée dans le recensement ICOMOS et qu'ils se trouvaient dans le périmètre ISOS PE LXXI.
En réalité, les recourants ne démontrent pas le caractère insoutenable du raisonnement précité de l'autorité précédente. Ils se contentent, de manière appellatoire, de discuter la pesée des intérêts effectuée et de proposer une solution alternative. La pondération par la CDAP des intérêts en présence est toutefois convaincante et la solution retenue échappe à l'arbitraire.
7.3. Les recourants font encore grief à la CDAP d'avoir violé l'art. 6 al. 2 LPN. Ils estiment qu'un réexamen de la nature forestière (cf. consid. 5 ci-dessus) aurait permis d'intégrer les cinq arbres précités dans l'aire forestière et, partant, dans le périmètre environnant ISOS PE LXXI. Le cas échéant, il aurait alors été accordé un poids supérieur à leur conservation, conformément à l'art. 6 al. 2 LPN, et la pesée des intérêts n'aurait pu conduire à donner la priorité au projet de construction litigieux.
Il a été vu ci-dessus qu'une nouvelle constatation de l'aire forestière n'était pas nécessaire (cf. consid. 5) et que le périmètre environnant ISOS PE LXXI ne s'étendait pas jusqu'à l'emplacement des cinq arbres, qui sont très proches ou empiètent sur le périmètre d'implantation du bâtiment C. Dans ses déterminations, l'OFC a par ailleurs considéré que l'abattage de certains arbres n'altérait pas la pérennité du cordon boisé. Ainsi, et avec la cour cantonale, il convient de retenir que les cinq arbres visés sont situés dans un secteur de la parcelle qui ne fait partie ni de l'aire forestière, ni du périmètre environnant ISOS PE LXXI. L'octroi d'une autorisation de les abattre, dans le cadre d'un projet de construire en zone à bâtir, ne constitue par conséquent pas une tâche fédérale; le seul fait que les recourants soutiennent qu'un réexamen conduirait à l'intégration des arbres dans l'aire forestière ne suffit pas à modifier cette qualification. Partant, l'art. 6 al. 2 LPN n'est pas applicable dans ce cadre et le grief doit être rejeté.
8.
Les recourants font valoir une application arbitraire des art. 17 et 119 RPGA. Ils contestent le fait que la surface des trois pièces situées au sud des sous-sols des trois bâtiments, désignées comme des locaux communs de bricolage, n'ait pas été comptabilisée dans la surface habitable.
8.1. Les art. 17 et 119 RPGA prévoient que l'indice d'utilisation du sol, soit le rapport numérique entre la surface brute de plancher habitable et la surface constructible du terrain, est limité à 0.5 dans la zone de faible densité. Les surfaces non utilisées ou non utilisables pour l'habitation ou le travail n'entrent pas en considération (art. 17 al. 2 let. a RPGA).
8.2. A l'appui de son raisonnement, la CDAP rappelle que les locaux litigieux ont une hauteur de 2,20 mètres, ce qui s'avère inférieur au minimum prescrit par le droit cantonal pour des locaux susceptibles de servir à l'habitation ou au travail sédentaire; ils n'ont pas de voie de communication avec les appartements et, au surplus, ne sont ni chauffés, ni ventilés.
Au vu du cumul de ces différentes caractéristiques, considérer que ces locaux n'étaient pas utilisables pour l'habitation ou le travail et, par conséquent, ne pas les comptabiliser dans le calcul de la surface brute de plancher n'apparaît pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens ou au but du RPGA (cf. consid. 6.2 ci-dessus). Le grief doit partant être écarté.
9. Les recourants se plaignent d'une application arbitraire de l'art. 123 RPGA.
9.1. L'art. 123 al. 1 RPGA prévoit que le nombre de niveaux est limité à deux étages complets et un étage partiel de combles ou attique. Selon la jurisprudence cantonale, non contestée, un sous-sol qui n'est pas affecté à l'habitation n'est pas pris en compte dans le nombre de niveaux au sens de l'art. 123 RPGA; un niveau dont le volume situé au-dessous du terrain naturel est plus important que celui hors de terre peut être considéré comme un sous-sol.
9.2. Se fondant sur les relevés effectués par la constructrice, la CDAP a jugé que, pour chaque bâtiment prévu, le volume du premier niveau se trouvant sous la limite du terrain naturel est plus important que le volume hors terre. Elle a par conséquent considéré que ces sous-sols n'étaient pas des niveaux au sens de l'art. 123 al. 1 RPGA.
Les recourants contestent le raisonnement de l'autorité précédente en lien avec les bâtiments A et B, au motif que ces bâtiments viennent s'implanter sur un remblai de terre et de végétaux accumulés depuis plusieurs années, entraînant un rehaussement artificiel du sol. Ce remblai devrait être considéré comme un terrain aménagé et non un terrain naturel et, par conséquent, ne devrait pas être pris en considération pour déterminer la proportion d'enterrement des sous-sols. Ils remettent ainsi en question les chiffres utilisés par la CDAP au motif qu'il n'est pas établi que les calculs aient été effectués sur la base du niveau du sol naturel. Les recourants ne fournissent toutefois aucun élément permettant de douter de l'exactitude des données utilisées par l'architecte de la constructrice. Ils ne proposent pas non plus de données alternatives à l'appui de leurs propos, mais se contentent d'affirmer que la détermination du niveau du sol aurait dû être vérifiée, une erreur minime pouvant complétement changer le résultat. La seule hypothèse qu'une erreur ait pu être commise dans ce cadre n'apparaît pas suffisante pour établir l'arbitraire de la solution retenue par l'autorité précédente (cf. consid. 6.2 ci-dessus).
Le grief doit partant être écarté.
10.
Les recourants font valoir une violation de l'art. 61 LTF et une application arbitraire de l'art. 64 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA; BLV 173.36). Ils estiment que c'est à tort que la CDAP a traité leur demande du 17 mars 2021 comme une demande de réexamen de la décision de classement de la villa Eupalinos du 26 février 2018, définitive et exécutoire suite à l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_495/2020 du 28 juin 2021, et non comme une demande de classement en tant que telle. Le sort de la parcelle n° 3980 n'aurait pas été examiné dans le cadre du classement de la villa Eupalinos; leur demande aurait par conséquent un objet autre que la décision du 26 février 2018 et ne pourrait par conséquent être vue comme une demande de réexamen. Même à qualifier leur demande de demande de réexamen, les recourants considèrent que l'existence de faits nouveaux pertinents aurait dû conduire la CDAP à la déclarer recevable.
10.1. L'art. 64 LPA prévoit qu'une partie peut demander à l'autorité de réexaminer sa décision (al. 1). L'autorité entre notamment en matière si l'état de fait à la base de la décision s'est modifié dans une mesure notable depuis lors ou si le requérant invoque des faits ou des moyens de preuve importants qu'il ne pouvait pas connaître lors de la première décision ou dont il ne pouvait pas ou n'avait pas de raison de se prévaloir à cette époque (al. 2 let. a et b).
10.2. La CDAP se réfère à la décision de la Direction générale des immeubles et du patrimoine (ci-après: DGIP) du 2 décembre 2021, selon laquelle la question de l'étendue du périmètre de protection de la villa Eupalinos avait donné lieu à de nombreuses analyses et été pleinement étudiée lors du classement de ladite villa et de son parc en 2018. Il n'a par ailleurs jamais été question de classer la parcelle n° 3980 dans ce cadre. Au surplus, le cordon boisé et le Riolet délimitent de manière claire la frontière entre la parcelle n° 3980 et les parcelles n° 3060 et 3061 (cf. consi d. 6.4 ci-d essus) et constituent ainsi une séparation physique et paysagère entre ces parcelles. L'expertise de la CFMH produite dans le cadre de la procédure de classement de la villa Eupalinos et de son parc, qui est pour partie reproduite dans l'arrêt cantonal y relatif (arr êt de la CDAP AC.2018.0115, AC.2018.0016 du 10 juillet 2020), précise à cet égard que le parc de la villa Eupalinos est clairement délimité à l'ouest par le cours arboré du ruisseau.
Les recourants se contentent d'opposer leur vision de la situation à celle retenue par la CDAP, notamment en produisant des expertises. Ils ne démontrent toutefois pas que la qualification de la demande du 17 mars 2021 par la CDAP de demande de réexamen soit insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective (cf. consid. 6.2 ci-dessus). Le fait que la parcelle n° 3980 ne paraît pas avoir été expressément mentionnée dans la procédure de classement de la villa Eupalinos ne permet pas non plus de qualifier les considérations de la cour cantonale d'arbitraires. La CDAP n'a pas non plus versé dans l'arbitraire en considérant que les rapports produits par les recourants ne constituaient pas des éléments nouveaux importants ou pertinents, dans la mesure où ils portaient sur des aspects qui avaient, selon la DGIP, été pris en compte pour définir le périmètre de l'objet classé.
10.3. Les recourants font également valoir une violation de l'art. 61 LTF, selon lequel les arrêts du Tribunal fédéral acquièrent force de chose jugée le jour où ils sont prononcés.
En vertu de l'art. 42 al. 1 LTF, les mémoires de recours doivent être motivés et contenir des conclusions. Selon l'art. 42 al. 2 LTF, les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Pour satisfaire à cette exigence, il appartient à la partie recourante de discuter au moins brièvement les considérants de la décision litigieuse et d'expliquer en quoi ceux-ci seraient contraires au droit (ATF 142 I 99 consid. 1.7.1).
En l'espèce, les recourants n'exposent pas en quoi l'acte attaqué violerait l'art. 61 LTF et n'expliquent nullement en quoi l'arrêt de la CDAP serait contraire à cette disposition, respectivement à l'arrêt 1C_485/2020 qui a entériné le classement de la villa Eupalinos et de ses abords. Une telle manière de procéder n'est pas admissible au regard de l'art. 42 al. 2 LTF et le grief de violation de l'art. 61 LTF doit être déclaré irrecevable.
11.
Les recourants font grief à la CDAP d'avoir violé les art. 18 al. 1
ter LPN et 14 al. 6 et 7 de l'ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage (OPN; RS 451.1). Ils font dans ce cadre valoir un établissement arbitraire des faits.
11.1. En vertu de l'art. 78 al. 4 Cst., la Confédération est autorisée à légiférer sur la protection de la faune et de la flore et sur le maintien de leur milieu naturel dans sa diversité. A teneur de l'art. 18 al. 1 LPN, la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées (al. 1); il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses (al. 1
bis). Si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d'éviter des atteintes d'ordre technique aux biotopes dignes de protection, l'auteur de l'atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat (al. 1
ter). L'art. 14 al. 6 OPN précise qu'une atteinte d'ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s'impose à l'endroit prévu et qu'elle correspond à un intérêt prépondérant. Toujours selon cette disposition, pour l'évaluation du biotope lors de la pesée des intérêts, outre le fait qu'il soit digne de protection selon l'al. 3, les caractéristiques suivantes sont notamment déterminantes: son importance pour les espèces végétales et animales protégées, menacées et rares (let. a), son rôle dans l'équilibre naturel (let. b), son importance pour la connexion des biotopes entre eux (let. c), sa particularité ou son caractère typique (let. d). L'art. 14 al. 7 OPN, qui reprend l'art. 18 al. 1
ter LPN, rappelle que l'auteur ou le responsable d'une atteinte doit être tenu de prendre des mesures optimales pour assurer la protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat du biotope, sans donner plus de précisions sur la mise en oeuvre de ces mesures de conservation.
Selon la lettre de l'art. 18 al. 1
ter
in fine LPN, la pesée des intérêts doit être effectuée sans prendre en compte les mesures de compensation prévues, celles-ci ne devant être décidées que si l'atteinte au biotope en question est inévitable. Le raisonnement s'articule en effet en trois étapes: l'art. 18 al. 1
ter LPN exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au biotope (1 ère étape), qu'une pesée générale de tous les intérêts soit effectuée (2 ème étape). Si, sur cette base, le biotope ne l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le remplacement adéquat (3 ème étape). Exceptionnellement, lorsque de nombreux intérêts entrent en ligne de compte, il peut être judicieux de prendre en considération, au stade de la pesée des intérêts déjà, les effets sur le long terme, à savoir la situation finale, après la mesure de reconstitution (arrêts 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1; 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.6.2; Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse - Etude de droit matériel, 2008, p. 123).
La législation fédérale contient des prescriptions spéciales pour les biotopes que le Conseil fédéral a désignés comme étant d'importance nationale (cf. art. 18a LPN,
Le Tribunal fédéral fait preuve de retenue dans l'examen de la pesée des intérêts effectuée par les autorités cantonales et communales, dans la mesure où celles-ci disposent d'une meilleure connaissance et vue d'ensemble des circonstances locales, ainsi que d'une importante marge d'appréciation lorsqu'il s'agit de déterminer si une surface doit être qualifiée de biotope d'importance régionale ou locale (ATF 118 Ib 485 consid. 3d; arrêt 1C_653/2019 du 15 décembre 2020 consid. 3.6.2).
11.2. Se plaignant notamment d'un établissement arbitraire des faits, les recourants reprochent en premier lieu à la CDAP d'avoir validé l'analyse de la DGE-BIODIV selon laquelle le cordon boisé du Riolet et la prairie mi-sèche médio-européenne étaient les seuls biotopes dignes de protection présents sur la parcelle n° 3980. Selon eux, celle-ci comprendrait en outre une prairie à fromental typique, une prairie à fromental sécharde et une friche à chiendent, qui constitueraient aussi des biotopes dignes de protection et serviraient d'espace vital à la salamandre tachetée, au crapaud commun, au lézard des murailles et à l'orvet fragile. Ils estiment aussi que la CDAP aurait à tort omis de retenir que le cordon boisé constituerait une zone de liaison écologique entre la campagne de Rovéréaz et la ville.
Dans sa prise de position du 20 septembre 2022, l'OFEV considère qu'un examen plus approfondi de l'importance du reste de la parcelle en terme de connectivité aurait pu être mené, en particulier au vu de la présence et/ou du passage d'espèces protégées ou menacées et du fait que la parcelle se trouve en échange direct avec les alentours naturels répertoriés dans le Réseau écologique cantonal. A cet égard, l'OFEV estime, contrairement à la CDAP, que la prise en compte de ces différents éléments par la DGE-BIODIV ne ressort pas clairement du dossier.
Dans le cadre de son analyse, la DGE-BIODIV a procédé à deux inspections locales. Elle a également précisé avoir pris connaissance des rapports d'expertise produits par les parties, lesquels discutaient d'une part de l'existence de différents biotopes dignes de protection sur la parcelle et, d'autre part, du réseau écologique dans lequel s'inscrivait ladite parcelle et de son importance en terme de liaison écologique. Suite à ces rapports, la DGE-BIODIV a d'ailleurs revu sa première évaluation pour admettre l'existence de certains biotopes dignes de protection, tout en estimant que le solde de la parcelle, même s'il n'était pas dénué d'intérêt, n'était pas digne de protection.
Au vu de ce qui précède et compte tenu de la retenue que s'impose le Tribunal fédéral dans l'examen des circonstances locales, le raisonnement de la CDAP, qui a suivi l'avis de la DGE-BIODIV s'agissant de la qualification et de la délimitation des biotopes, ne prête pas le flanc à la critique.
11.3. S'agissant de l'atteinte portée à la prairie mi-sèche médio-européenne, les recourants reprochent à la CDAP d'avoir, avec la DGE, fait prévaloir l'intérêt à réaliser le projet litigieux tel quel sur l'intérêt à préserver les biotopes, sans avoir procédé à une pesée des intérêts. Ils estiment en particulier que la cour cantonale n'a pas examiné de manière détaillée la possibilité de modifier le projet de manière à éviter l'atteinte.
A cet égard, l'OFEV rappelle qu'une atteinte à un biotope digne de protection doit en principe être évitée. Il relève qu'en l'espèce, la DGE-BIODIV préconisait que le projet soit, dans la mesure du possible, modifié de manière à ne pas porter atteinte au biotope digne de protection. La seule affirmation, par la constructrice, que les constructions prévues empiétant sur le biotope ne sont pas déplaçables, sans explication supplémentaire, n'est pas suffisante. La possibilité de déplacer des containers et de diminuer les places de parc aurait à tout le moins dû faire l'objet d'une analyse de faisabilité.
Déterminer si une atteinte peut être portée à un biotope digne de protection nécessite une pesée de tous les intérêts en présence (cf. consid. 11.1 ci-dessus; art. 18 al. 1ter LPN). Ce n'est que lorsque, au terme de cette pesée des intérêts, le biotope ne l'emporte pas et qu'il est décidé de lui porter atteinte que la question des mesures de compensation ou de remplacement se pose. En l'espèce, la constructrice, sans indiquer en quoi la modification du projet n'est pas réalisable, se contente de proposer des mesures de compensation à la DGE, qui semble les accepter sans procéder à un examen des intérêts en présence.
Toutefois, et avec la cour cantonale, il convient de relever que la parcelle n° 3980 est située dans une zone mixte de faible densité, dans un quartier résidentiel urbain, auquel les objectifs de densification découlant des
11.4. Finalement, les recourants considèrent que les mesures de compensation proposées par la constructrice par email du 6 septembre 2021 et approuvées par la DGE-BIODIV le jour suivant, à savoir le semis d'un mélange extensif dans la partie basse de la parcelle et un aménagement favorable aux reptiles des talus accolés aux places de stationnement, ne sont pas appropriées.
La DGE-BIODIV a considéré que les mesures proposées par la constructrice répondaient au principe d'équivalence écologique, d'un point de vue tant qualitatif que quantitatif. Se référant à cet avis, la CDAP estime qu'il n'y a pas lieu de douter du caractère satisfaisant des mesures de compensation. Elle rappelle également que le principe de ces mesures a été fixé et que la constructrice a l'obligation de présenter un projet de compensation à la DGE-BIODIV, laquelle dispose ainsi de la possibilité d'intervenir au moment de la réalisation des aménagements extérieurs.
Au contraire, l'OFEV estime que les mesures de remplacement prévues par l'autorisation spéciale de la DGE-BIODIV du 28 juin 2021 ne sont pas suffisamment précises. Lesdites mesures ne sont pas concrétisées dans un plan de mesures et la formulation du chiffre 1 de ladite autorisation ne permet pas de s'assurer que les mesures de compensation fassent partie intégrante de la décision autorisant le projet. Même s'il confirme que les mesures proposées permettent de remplacer les éléments détruits par des éléments ayant la même fonctionnalité, l'OFEV considère qu'il n'est pas possible, en l'état du dossier, de juger de l'adéquation quantitative des mesures proposées, dès lors que la taille des surfaces de remplacement demeure inconnue.
11.4.1. Aux termes de l'art. 22 LAT, aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente (al. 1). Pour qu'une autorisation soit délivrée, la construction ou l'installation doit en principe être conforme à l'affectation de la zone et le terrain équipé (al. 2 let. a et b). Le droit fédéral et le droit cantonal peuvent poser d'autres conditions (al. 3).
Dans un cas d'espèce, la simple autorisation d'un projet donné ne permet souvent pas d'atteindre, ou en tout cas pas de manière satisfaisante, les buts visés par le droit de la construction et l'aménagement du territoire. Plutôt que de rejeter la demande, l'autorité doit avoir la faculté d'ajouter à l'autorisation des clauses accessoires (conditions ou charges), qui complètent, accompagnent ou renforcent les conclusions principales; ces clauses font alors partie intégrante de la décision et doivent pouvoir faire l'objet d'un recours (Alexander Ruch, in Commentaire pratique LAT: Autorisation de construire, protection juridique et procédure, 2020, n° 18 ad art. 22 LAT). Pour qu'une charge soit exécutable, elle doit être décrite avec un certain degré de précision et son objet doit être clairement défini (cf. arrêts 1C_494/2015 du 3 novembre 2017 consid. 4 et 1C_67/2011 du 19 avril 2012 consid. 9.1.1 et 9.4, concernant des mesures de remplacement prévues dans un rapport d'impact sur l'environnement).
11.4.2. En l'espèce, l'autorisation spéciale de la DGE-BIODIV se limite à prévoir que la prairie impactée sera entièrement remplacée qualitativement et quantitativement, que le projet de remplacement sera présenté à la DGE-BIODIV et que la réalisation des mesures de remplacement sera une condition à la délivrance du permis d'habiter.
Ainsi, et avec l'OFEV, il convient de relever que ni l'autorisation spéciale octroyée par la DGE-BIODIV, ni l'autorisation de construire ne décrit avec précision les mesures de remplacement prévues. Le fait qu'un échange ait eu lieu entre la constructrice et la DGE-BIODIV n'est à cet égard pas suffisant pour délimiter précisément l'objet des mesures prévues. En particulier, l'aspect quantitatif des mesures de remplacement n'est pas précisé dans l'autorisation de construire et reste par conséquent flou. En d'autres termes, la charge prévue par la DGE-BIODIV, à savoir de remplacer quantitativement et qualitativement la prairie impactée, se limite à renvoyer à un stade ultérieur l'examen des détails de ces mesures; partant, elle n'est pas assez précise pour être exécutée en l'état, ni pour permette à l'autorité chargée de contrôler l'exécution des mesures de vérifier qu'elles répondent effectivement au but visé, à savoir la compensation de l'atteinte technique portée au biotope. Ces mesures doivent ainsi être concrétisées à ce stade dans leur emplacement et leur étendue, et intégrées à l'autorisation de construire afin de s'assurer de leur force juridique. Les exigences de l'art. 22 LAT, en lien avec l'art. 18 al. 1ter LPN, ne sont par conséquent pas respectées en l'état et le recours doit être partiellement admis sur ce point.
12.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être admis dans la mesure de sa recevabilité et l'arrêt attaqué annulé. La cause est renvoyée à la Municipalité de Lausanne pour que les mesures de remplacement consécutives à l'atteinte au biotope soient définies dans leur emplacement et leur étendue et intégrées à l'autorisation de construire.
Au vu de l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge des intimés, solidairement entre eux; les autorités en sont exemptées (cf.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis dans la mesure de sa recevabilité et l'arrêt attaqué annulé. La cause est renvoyée à la Municipalité de Lausanne pour que les mesures de remplacement consécutives à l'atteinte au biotope soient définies dans leur emplacement et leur étendue et intégrées à l'autorisation de construire.
2.
Les frais judiciaires arrêtés à 6'000 fr. sont mis à la charge des intimés, solidairement entre eux.
3.
Une indemnité de 3'000 fr. est allouée aux recourants à titre de dépens, à la charge des intimés, solidairement entre eux.
4.
La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de la procédure cantonale.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Municipalité de Lausanne, à la Direction générale de l'environnement, à la Direction générale des immeubles et du patrimoine et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral du développement territorial, à l'Office fédéral de l'environnement et à l'Office fédéral de la culture.
Lausanne, le 20 octobre 2023
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
La Greffière : Rouiller