Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
1C_568/2017
Arrêt du 7 mars 2019
Ire Cour de droit public
Composition
MM. les Juges fédéraux Chaix, Président,
Fonjallaz et Kneubühler.
Greffière : Mme Sidi-Ali.
Participants à la procédure
A.________ SA, représentée par Me Mark Saporta, avocat,
recourante,
contre
B.________ SA, représentée par Me Tobias Zellweger, avocat,
intimée,
Département de l'environnement, des transports et de l'agriculture de la République et canton de Genève, Direction générale de l'environnement, Service des affaires juridiques de l'environnement.
Objet
autorisations de réaménager et d'exploiter une installation de recyclage de matériaux minéraux,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 22 août 2017 (ATA/1185/2017 - A/41/2015-LCI).
Faits :
A.
B.________ SA est active dans l'exploitation, le traitement, le transport et la vente de graviers et de sables ainsi que de tous autres matériaux de construction. Depuis 1983, elle recycle des déchets de chantier minéraux sur les parcelles nos 12'047, 12'048 et 13'461 feuilles 26 et 38 de la commune de Meyrin, le long de la route du Nant-d'Avril, propriétés respectivement de C.________ et de l'Etat de Genève. A l'origine, la parcelle n° 13'461 était sise en zone agricole et a été classée en 1969 en zone de développement industriel et artisanal. Les parcelles nos 12'047 et 12'048 étaient à l'origine en zone industrielle et artisanale. Elles sont classées en zone de développement industriel et artisanal depuis l'adoption par le Grand Conseil, le 24 septembre 2010, de la loi 10'655 modifiant les limites de zones sur le territoire des communes de Meyrin et de Vernier dans le périmètre de la zone industrielle des Batailles (ZIBAT).
La société A.________ SA est propriétaire de la parcelle n° 4'399 feuille 52 de la commune de Vernier sise de l'autre côté de la route du Nant-d'Avril. Elle y stocke des conteneurs et d'autres matériaux, et y exploite des bureaux et ateliers mécaniques dans lesquels travaillent 65 personnes.
B.
Le 21 novembre 2014, le Département cantonal de l'environnement, des transports et de l'agriculture (DETA) a rendu au profit de B.________ SA une décision globale comprenant une autorisation de construire (délivrée le 11 novembre 2014 par le Département cantonal de l'aménagement, du logement et de l'énergie [DALE]) en vue du réaménagement de son site de recyclage de matériaux minéraux ainsi qu'une autorisation d'exploiter l'installation, soumise à diverses obligations et charges.
Le réaménagement du site doit permettre une optimisation des flux de véhicules et de matériaux concernés, une atténuation des nuisances atmosphériques et de l'éventuelle surcharge du réseau d'assainissement collectif ainsi que la prévention d'une potentielle pollution des eaux de surface et souterraines par la mise en place d'un bassin de décantation. L'installation prévue est un concasseur de 73 tonnes aux dimensions suivantes: 3,4 m de large, 22 m de long et 3,5 m de haut. D'une puissance de 433 W, son rendement peut aller jusqu'à 450 t/h de produits finis. Les activités connexes au concassage sont effectuées par une chargeuse et une pelle hydraulique. A ces installations mobiles s'ajoutent les éléments suivants: une piste de roulement, une zone de déchargement, une zone de stockage des produits à recycler, une zone de travail, deux bennes à déchets, une zone de stockage des produits finis, une zone de chargement, un bassin de décantation des eaux de ruissellement, un laveur de roues ainsi qu'un bureau et un réfectoire avec sanitaires.
C.
Statuant par jugement du 17 février 2016, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a partiellement admis le recours de A.________ SA contre la décision globale du 21 novembre 2014. Il a modifié le chiffre 27 du dispositif de cette décision en ce sens que l'autorisation est délivrée pour une durée maximale de cinq ans. La décision a été confirmée pour le surplus.
Saisie à son tour, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a partiellement admis le recours de A.________ SA contre ce jugement par arrêt du 22 août 2017. Elle a modifié le chiffre 8 du dispositif de la décision globale du 21 novembre 2014 s'agissant des limites de quantités de déchets pouvant être stockés simultanément sur la plateforme de l'installation.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice, ainsi que les autorisations de construire et d'exploiter des 11 et 21 novembre 2014.
La cour cantonale n'a pas d'observations à formuler sur le recours. Le DETA et l'intimée concluent au rejet du recours. Consulté, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) soulève un problème de conformité à l'ordonnance du 16 décembre 1985 sur la protection de l'air (OPair; RS 814.318.142.1) et indique que la mise sous halle, à tout le moins partiellement, de l'installation litigieuse serait l'unique mesure permettant de respecter les exigences de prévention légales.
Dans de nouveaux échanges d'écritures, la recourante, le DETA et l'intimée se déterminent et persistent dans leurs conclusions.
Par ordonnance du 17 novembre 2017, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif de la recourante.
Considérant en droit :
1.
Le recours est formé contre un arrêt final rendu en dernière instance cantonale, dans une cause de droit public. Il est recevable au regard des
Les autres conditions de recevabilité sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le recours.
2.
Dans un premier grief, la recourante fait valoir qu'aucune autorisation de construire ne pouvait être délivrée pour les parcelles concernées en l'absence d'un plan directeur industriel ou artisanal au sens de la loi genevoise du 13 décembre 1984 sur les zones de développement industriel ou d'activités mixtes (LZIAM; RS GE L1 45).
2.1.
2.1.1. Sous réserve des cas visés à l'art. 95 let. c à e LTF, la violation du droit cantonal ou communal ne constitue pas un motif de recours. Il est néanmoins possible de faire valoir que l'application des dispositions cantonales ou communales consacre une violation d'une norme de droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF, telle que l'art. 9 Cst. garantissant la protection contre l'arbitraire (ATF 138 V 67 consid. 2.2 p. 69; 134 II 349 consid. 3 p. 351).
Appelé à revoir l'application faite d'une norme cantonale ou communale sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (ATF 140 III 167 consid. 2.1 p. 168; 138 I 305 consid. 4.3 p. 319; 138 III 378 consid. 6.1 p. 379).
Les griefs de violation des droits fondamentaux et des dispositions de droit cantonal sont en outre soumis à des exigences de motivation accrues (art. 106 al. 2 LTF). La partie recourante doit alors indiquer les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés; de même, elle doit citer les dispositions du droit cantonal dont elle se prévaut et démontrer en quoi ces dispositions auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (cf. ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494; 133 IV 286 consid. 1.4).
2.1.2. Le droit genevois prévoit, parmi les affectations possibles du territoire, la désignation de zones de développement en vue de favoriser l'urbanisation, la restructuration de certains territoires, l'extension des villages ou de zones existantes, la création de zones d'activités publiques ou privées (art. 12 al. 4 de la loi genevoise du 4 juin 1987 d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire [LaLAT; RS GE L1 30]). A l'intérieur de ces périmètres, le Conseil d'Etat peut, en vue de la délivrance d'une autorisation de construire, autoriser le département à faire application des normes résultant de la zone de développement en lieu et place de celles de la zone à laquelle elle se substitue (art. 12 al. 4 LaLAT
i.f.). L'art. 30 LaLAT prévoit que les zones de développement sont régies, selon leur affectation, par la loi générale du 29 juin 1957 sur les zones de développement (LGZD; RS GE L1 35) ou la LZIAM.
L'art. 4 al. 1 let. a LZIAM prescrit que, dans les zones de développement industriel et les zones de développement d'activités mixtes, le Conseil d'Etat peut, en vue de la délivrance de l'autorisation de construire, autoriser l'application des normes de la zone industrielle ou de la zone de développement d'activités mixtes au sens de la LaLAT; cette décision est subordonnée à l'approbation préalable des plans et règlements directeurs au sens des art. 2 et 3 LZIAM ou, le cas échéant, d'un plan localisé de quartier (PLQ) fixant tout ou partie des éléments énoncés dans l'art. 3 LGZD. Selon l'art. 4 al. 3 LZIAM, le Conseil d'Etat peut renoncer à l'établissement d'un plan et règlement directeur ou PLQ dans trois configurations particulières précisées dans cette disposition (let. a à c).
2.2. En l'espèce, la cour cantonale s'est référée à deux arrêts de sa jurisprudence pour considérer que, tant que le Conseil d'Etat n'avait pas autorisé l'application des normes de la zone de développement en approuvant un PLQ ou renoncé à l'établissement d'un PLQ, les règles de la zone de fond, également dite zone primaire, restaient applicables.
La recourante critique cette appréciation qu'elle tient pour arbitraire en se référant à un autre arrêt de la cour cantonale, en vertu duquel, selon elle, la zone de développement prime la zone de fond et aucune autorisation de construire ne peut être délivrée aussi longtemps que le Conseil d'Etat n'a pas adopté de plan directeur ou renoncé au plan en vertu des dispositions dérogatoires.
2.3. Ce faisant, la recourante échoue à démontrer l'arbitraire de l'arrêt attaqué.
2.3.1. En premier lieu, elle expose le système légal de la LZIAM. Se référant au texte de l'art. 4 LZIAM, elle affirme que "les autorisations de construire dans les zones de développement industriel et les zones de développement d'activités mixtes sont subordonnées à l'approbation préalable des plans et règlements directeurs au sens des art. 2 et 3 LZIAM ou cas échéant d'un PLQ". La recourante élude à ce stade la formulation légale qui prévoit que "le Conseil d'Etat
peut autoriser" l'application des normes de la zone industrielle ou de la zone de développement d'activités mixtes moyennant établissement d'un plan directeur ou PLQ, respectivement renonciation à un tel plan aux conditions dérogatoires. Elle déduit ainsi de l'art. 4 LZIAM que "si l'une ou l'autre des conditions de l'art. 4 al. 3 LZIAM n'est pas réalisée, aucune autorisation ne peut être délivrée tant que le Conseil d'Etat n'a pas approuvé le plan directeur industriel ou artisanal". Or rien, à la lecture du texte légal, ne permet d'imposer cette vue par rapport à celle de la cour cantonale, qui a considéré que le Conseil d'Etat n'avait qu'une faculté d'adopter ou renoncer à adopter un plan et qu'un autre régime demeurait envisageable. On peut au contraire constater qu'une lecture littérale de l'art. 12 al. 4 LaLAT
i.f. consacre la subsistance du régime d'affectation primaire tant que le Conseil d'Etat n'est pas intervenu.
2.3.2. Deuxièmement, la recourante se réfère à certaines dispositions légales permettant de refuser un projet conforme à la zone de fond mais qui serait de nature à compromettre les objectifs d'une planification ou d'un développement prévu, en particulier l'art. 27 LAT (RS 700) relatif à la désignation de zones réservées ou l'art. 13B LaLAT prévoyant la possibilité de refuser une autorisation de construire de nature à compromettre des objectifs d'urbanisme ou la réalisation d'équipements publics. Cela étant, le fait que de telles possibilités existent ne signifie en rien qu'il faille impérativement renoncer à tout projet - concordant ou non avec des objectifs d'urbanisme envisagés mais non encore concrétisé dans une planification en vigueur - conforme à une affectation définie par un plan en force.
La recourante conclut sa lecture des dispositions légales par l'affirmation que "tant et aussi longtemps que le Conseil d'Etat n'a pas approuvé le plan directeur industriel ou artisanal, les propriétaires concernés perdent la possibilité de réaliser des constructions ou installations sur la base des règles constructives et d'affectation propres à la zone dite "de fond" sur laquelle la zone de développement a été superposée". Appellatoire vu ce qui précède, cette assertion ne saurait, en l'état de l'argumentation de la recourante, être suivie.
2.3.3. Troisièmement, la recourante entend opérer un parallèle entre l'arrêt cantonal ATA/231/2014 du 8 avril 2014 confirmé par le Tribunal fédéral (arrêt 1C_276/2014 du 1er octobre 2014) et la présente cause, analogie que la cour cantonale s'est refusée à faire. Ce litige concernait précisément un cas d'application de l'art. 13B LaLAT évoqué ci-dessus. La recourante affirme que cette affaire confirme que "dès l'entrée en vigueur de la zone de développement, cette dernière prime la zone de fond et qu'aucune autorisation de construire ne peut être délivrée tant et aussi longtemps que le Conseil d'Etat n'a pas adopté de plan directeur". On cherche en vain dans ces arrêts l'énoncé d'une telle règle générale. L'arrêt cantonal, qui confirmait le refus d'une autorisation de construire en vertu de l'art. 13B LaLAT, cautionnait une application à titre conservatoire des règles de la zone de développement, respectivement du plan de quartier, en cours d'élaboration. On n'y lit toutefois pas que les règles de la zone de développement devraient impérativement prévaloir sur celles de la zone primaire. Il apparaît plutôt que la recourante fait un amalgame entre la question de savoir si l'autorisation délivrée en vertu de la zone de développement doit être précédée d'un plan de quartier et la question de savoir si les règles de la zone primaire peuvent subsister, voire prévaloir, une fois la zone de développement adoptée. Si la jurisprudence à laquelle la recourante se réfère semble effectivement répondre par l'affirmative à la première question, elle ne tranche en revanche pas la seconde, seule pertinente ici.
2.3.4. Quatrièmement, la recourante considère que la jurisprudence à laquelle s'est référée la cour cantonale pour conduire son raisonnement n'est pas pertinente. Elle démontre certes que les circonstances des deux affaires en question étaient différentes de celles de la présente procédure. En revanche, elle ne démontre pas en quoi ces différences devraient justifier que l'application des règles de la zone de fond, admise dans les deux affaires citées par la cour cantonale, ne soit pas admissible dans la présente cause.
2.3.5. En définitive, la recourante ne démontre pas l'arbitraire dans la solution retenue par la cour cantonale s'agissant de la possibilité de délivrer une autorisation de construire sur la base des règles régissant l'affectation primaire des terrains concernés.
3.
Dans un second grief, la recourante déplore l'absence de contrôle effectif de l'efficacité des mesures prévues pour maintenir les poussières à un niveau acceptable, en particulier du respect des exigences prévues par le ch. 43 al. 1 de l'annexe 1 OPair.
3.1. Les pollutions atmosphériques, le bruit, les vibrations et les rayons sont limités par des mesures prises à la source (art. 11 al. 1 LPE [RS 814.01]). Indépendamment des nuisances existantes, il importe, à titre préventif, de limiter les émissions dans la mesure que permettent l'état de la technique et les conditions d'exploitation et pour autant que cela soit économiquement supportable (art. 11 al. 2 LPE). Les nouvelles installations stationnaires doivent être équipées et exploitées de manière à ce qu'elles respectent la limitation des émissions fixée à l'annexe 1 (art. 3 al. 1 OPair). Si des exploitations artisanales ou industrielles comportent des phases de travail provoquant de fortes émissions de poussières, par exemple transport par tapis roulant, broyage, tri ou chargement de produits formant de la poussière, il faut récupérer les effluents gazeux et les acheminer vers une installation de dépoussiérage (ch. 43 al. 1 annexe 1 OPair). Lors de l'entreposage ou du transbordement en plein air de produits formant des poussières, il y a lieu de prendre des mesures empêchant les fortes émissions de poussières (ch. 43 al. 2 annexe 1 OPair). Les émissions seront captées aussi complètement et aussi près que possible de leur source, et évacuées de telle sorte qu'il n'en résulte pas d'immissions excessives (art. 6 al. 1 OPair).
Dans une directive édictée en 2003, l'office fédéral compétent précise que l'art. 6 OPair signifie notamment que, dans des procédés tels que le transport par tapis roulant, le concassage, le criblage, le dosage ou le remblayage de matériaux générateurs de poussières, il faut appliquer le plus possible la technique de confinement ou d'isolement (OFEFP, Gravières, carrières et installations similaires - L'environnement pratique: informations concernant l'ordonnance sur la protection de l'air n° 14, Berne 2003, p. 6). S'agissant des mesures à prendre en vertu du ch. 43 al. 1 annexe 1 OPair, pour éviter les poussières générées lors du transport par tapis roulant, broyage, criblage, dosage ou chargement de produits, on peut se servir de moyens de transport provoquant peu d'usure par friction ou maintenir le matériau à un taux d'humidité approprié au moyen de dispositifs d'humectage. Pour diminuer la poussière, il faut confiner ou isoler la source d'émission, récupérer les effluents gazeux et les acheminer vers une installation efficace de dépoussiérage (
ibidem, p. 7). La directive évoque ensuite les mesures empêchant les fortes émissions de poussières lors de l'entreposage ou le transbordement en plein air de produits. Elle renvoie pour le surplus à une directive de l'association des ingénieurs allemands (
ibidem, p. 8).
3.2.
3.2.1. Dans son examen du dossier, l'OFEV résume les mesures prises comme suit:
1. système automatique d'abattement des poussières par aspersion au niveau des zones de déchargement et de stockage des produits entrants (actuellement inexistant);
2. circulation des camions sur une piste dotée d'un revêtement étanche (actuellement piste de terre et gravier);
3. circulation séparée de la zone de transport des matériaux par pelle et chargeuse (actuellement circulation sur la même piste);
4. conduite périphérique le long de la piste permettant son humidification en cas de besoin (actuellement une seule buse mobile);
5. réduction du flux motorisé de la pelle et de la chargeuse;
6. nouveau concasseur de taille réduite équipé d'un système intégré de gestion des poussières par humidification;
7. système d'abattement de poussières avec pulvérisateur pour la manutention des déchets utilisé en cas de besoin (actuellement inexistant);
8. système d'humidification installé sur la zone de stockage des produits finis (actuellement inexistant);
9. bâche protectrice de 2 mètres (actuellement inexistante).
Selon l'office fédéral, les mesures 6 et 7, à savoir le système de gestion des poussières par humidification intégré au nouveau concasseur, tout comme le système d'abattement de poussières avec pulvérisateur pour la manutention des déchets ne sont techniquement pas de nature à récupérer les effluents gazeux, pas plus qu'à les acheminer vers une installation de dépoussiérage. Ils ne répondent par conséquent pas, selon l'OFEV, à la nécessité de confiner ou d'isoler les émissions à leur source. D'après l'OFEV, la mise sous halle de l'installation ou d'une partie de celle-ci est actuellement la mesure technique la plus adaptée afin de respecter les exigences de prévention de l'art. 11 al. 2 LPE, concrétisées au ch. 43 al. 1 annexe 1 OPair. L'office souligne l'absence au dossier d'un examen de la conformité à l'état de la technique et du caractère économiquement supportable d'une telle mesure.
Le DETA confirme ne pas avoir fait un tel examen, ce qu'il justifie par le fait qu'il n'y aurait pas lieu, selon lui, d'exiger une mise sous halle de l'installation. Du point de vue du département cantonal, les exigences du ch. 43 al. 1 annexe 1 OPair sont respectées par les mesures prévues. Il précise qu'il n'existe pas, dans le domaine des installations de concassage, d'équipements de captage et de fixation des poussières, le seul système permettant de limiter la formation de poussières étant l'aspersion d'eau.
De façon peu convaincante, le département se livre à une interprétation du ch. 43 al. 1 annexe 1 OPair à la lumière de l'ordonnance du 4 décembre 2015 sur la limitation et l'élimination des déchets (Ordonnance sur les déchets, OLED; 814.600). Il affirme que l'OLED, récemment adoptée, serait une
lex specialis dérogeant à l'OPair en nuançant par un "dans la mesure du possible" l'objectif de limitation des atteintes nuisibles ou incommodantes lors de l'exploitation d'installations. Rien ne permet d'affirmer qu'il s'agit d'une loi spéciale rendant caduques ou justifiant d'interpréter différemment de leur sens littéral les dispositions de l'OPair. En effet, les deux ordonnances ont des champs d'application différents. Sauf indication contraire résultant du texte légal, une installation qui serait régie par les deux réglementations doit simplement être conforme à chacune d'elles. Il semble que le département entende ainsi déduire du texte légal qu'il ne faille pas imposer de mise sous halle de l'installation. Or, en tout état, le principe de prévention de l'art. 11 al. 2 LPE impose une limitation des émissions dans la mesure que permettent l'état de la technique et les conditions d'exploitation et pour autant que cela soit économiquement supportable. Il importe ainsi de savoir ce que ces deux conditions justifient d'imposer à l'intimée.
Cela suppose que l'autorité spécialisée s'assure que les mesures les plus efficaces pouvant être imposées au regard de ces deux conditions soient examinées. En l'occurrence, vu le contexte, en particulier le grief soulevé par la recourante devant les instances précédentes, on pouvait attendre des autorités cantonales qu'elles examinent ou à tout le moins justifient l'absence d'examen approfondi du bien-fondé d'une mesure de confinement, ce que confirme la prise de position de l'OFEV. Tel n'ayant pas été le cas, on peut, à l'instar de ce que dénonce brièvement la recourante dans ses écritures, constater que l'instruction a été lacunaire sur ce point. On ne saurait de ce point de vue tenir pour suffisante l'explication du DETA s'agissant de l'inexistence d'équipements de captage et de fixation des poussières sur le type d'installation prévue, ceci ne justifiant en rien l'absence d'examen de mise sous halle du projet.
3.2.2. En l'état de la procédure, le DETA se réfère d'une part à la directive fédérale "protection de l'air sur les chantiers" qu'il entend faire appliquer par analogie et indique d'autre part s'être livré à une comparaison intercantonale de la pratique en matière de mesures imposées pour des installations similaires à l'installation litigieuse.
La directive en question préconise, pour la préparation et le transbordement des matériaux, d'équiper les installations de concassage fin de dispositifs de dépoussiérage comme suit: pour les produits de plus de 5 mm, une séparation et un dépoussiérage de l'air évacué sont indispensables; pour les produits de moins de 5 mm, un confinement total des installations, ainsi qu'un captage et une séparation des poussières sont indispensables (OFEV, Protection de l'air sur les chantiers - Directive concernant les mesures d'exploitation et les mesures techniques visant à limiter les émissions de polluants atmosphériques des chantiers, directive air chantiers, Berne 2016, mesure M3 ch. 5.2, p. 16). Le DETA affirme que les matériaux traités par l'intimée sont supérieurs à 5 mm, en se référant au point 7.2.2.2 du rapport d'étude d'impact sur l'environnement, de sorte qu'un confinement total ne serait pas indispensable d'après cette directive. Si la comparaison semble a priori pertinente, il n'est pas possible de compléter l'état de fait d'office, dès lors que l'on cherche en vain un chiffre 7.2.2.2 dans le rapport d'impact ou un autre chapitre de ce rapport qui fournirait de manière claire cette information. L'état de fait de l'arrêt attaqué ne saurait être modifié d'office en ce sens (art. 105 al. 2 LTF). Ceci confirme qu'il n'appartient pas au Tribunal fédéral de traiter pour la première fois cette question. En effet, les autorités spécialisées ne s'étant pas livrées à l'examen de l'admissibilité d'une telle mesure, on ne saurait y procéder, comme le fait le DETA, pour la première fois dans le cadre du recours en matière de droit public au Tribunal fédéral.
Il en va de même de la comparaison des pratiques cantonales qu'évoque le département sans pour autant se référer à quelque pièce du dossier que ce soit.
3.3. Le dossier doit par conséquent être retourné à l'instance précédente pour complément d'instruction.
4.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être admis, aux frais de l'intimée qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). L'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle poursuive l'instruction dans le sens des considérants. La recourante, qui obtient gain de cause avec l'aide d'un avocat, peut prétendre à des dépens, à charge de l'intimée (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé. La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève, pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
Une indemnité de dépens de 3'000 fr. est accordée à la recourante, à la charge de l'intimée.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département de l'environnement, des transports et de l'agriculture de la République et canton de Genève, Direction générale de l'environnement, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 7 mars 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Sidi-Ali