Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
2C_907/2022
Arrêt du 16 décembre 2022
IIe Cour de droit public
Composition
Mme et MM. les Juges fédéraux
Aubry Girardin, Présidente, Donzallaz et Beusch.
Greffier : M. Wiedler.
Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par Maîtres Etienne Von Streng et
Jérôme Piguet, avocats,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions, Eigerstrasse 65, 3003 Berne,
Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève,
rue du Stand 26, 1204 Genève.
Objet
Impôt fédéral direct et impôts cantonal et communal portant sur les périodes fiscales 2006 à 2008,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice de
la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, du 4 octobre 2022 (ATA/1005/2022).
Faits :
A.
A.a. La société A.________ SA est une société anonyme dont le siège est à Genève et qui est inscrite depuis 1992 au registre du commerce.
Elle a pour but: "gestion de patrimoines, conseil en placements et fourniture de tous services apparentés; acquisition, vente, détention et gestion de participations dans tous types de sociétés et entreprises; achat, vente, importation, exportation et distribution de tous produits manufacturés ou non ainsi que toutes opérations commerciales, financières et mobilières; construction, acquisition, vente, location, gestion, promotion et courtage de biens immobiliers, de même que la prise de participations dans des sociétés immobilières (à l'exclusion des opérations prohibées par la LFAIE) ".
B.________ en est l'actionnaire unique et l'administrateur président avec signature individuelle.
A.b. La société A.________ SA est l'actionnaire unique de la société holding C.________, de Gibraltar.
Cette société holding détient 60 % du capital de la société D.________, des Iles Vierges Britanniques. Pour le reste, la société D.________ est détenue à hauteur de 25 % par la société E.________, de Gibraltar, laquelle est elle-même détenue à 78,125 % par la société C.________, à hauteur de 10 % par F.________, domicilié en Argentine, et à hauteur de 5 % par G.________, domicilié au Venezuela.
La société A.________ SA détient ainsi indirectement, par le biais la société holding C.________ et de la société E.________, 79,53 % de la société D.________ (60 % + 19,53 % [78,125 % de 25 %]).
La société D.________ est actionnaire à hauteur de 25 % de la société H.________, des Bermudes, et la société E.________, de l'intégralité du capital social de la société I.________, de Gibraltar.
B.
Suite à des informations transmises le 31 mai 2012 par l'Administration fédérale des contributions à l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) faisant état de problèmes soulevés lors d'un contrôle des comptes de la société A.________ SA, concernant notamment des prix de transfert avec ses sociétés filles à Gibraltar, l'Administration fiscale cantonale a ouvert une procédure en rappels d'impôts, ainsi qu'une procédure en soustraction d'impôts portant sur les années 2003 à 2011, le 13 décembre 2013.
Le 21 décembre 2018, l'Administration fiscale cantonale a informé la contribuable que les procédures en rappels d'impôts portant sur les années 2003 à 2008 et pour soustraction d'impôts portant sur les années 2004 à 2008 étaient terminées. Les rappels d'impôts pour 2003 et les amendes pour 2004 et 2007 étaient prescrits.
Par bordereaux du même jour, l'Administration fiscale cantonale a arrêté les montants des reprises d'impôts pour les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC), respectivement pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), pour la période fiscale 2004, à 996'760,55 fr. et 361'297,05 fr., pour la période fiscale 2005, à 950'082,10 fr. et 344'606,25 fr., pour la période fiscale 2006, à 1'536'205,20 fr. et 556'990,15 fr., pour la période fiscale 2007, à 2'457'155 fr. et 891'269,70 fr. et, pour la période fiscale 2008, à 881'374,90 fr. et 320'076,10 francs. Le montant de l'amende pour l'année 2008 était arrêté à 881'374 fr. pour les ICC et à 320'076 fr. pour l'IFD.
Le 23 janvier 2019, la contribuable a élevé réclamation contre les bordereaux de rappels d'impôts et d'amende précités, concluant à leur annulation au motif que son droit d'être entendue avait été gravement violé. Elle sollicitait un accès complet au dossier, en particulier à trois procès-verbaux d'auditions pénales, ainsi qu'à une note manuscrite déposée lors de ces audiences par une partie.
Par décision incidente du 22 mars 2019, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la demande de consultation de pièces. Le 9 décembre 2019, le recours formé par la contribuable contre cette décision incidente a été déclaré irrecevable par le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) (procédure A/1396/2019). Par arrêt du 3 mars 2020, la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a admis le recours formé par la contribuable contre le jugement précité du Tribunal administratif de première instance et a renvoyé la cause à cette autorité pour nouvelle décision, la recevabilité du recours n'étant pas conditionnée à l'existence d'un préjudice irréparable.
Par décision sur réclamation du 20 mai 2020, l'Administration fiscale cantonale a annulé les reprises d'impôts concernant les ICC et l'IFD pour la période fiscale 2004 pour cause de prescription et a maintenu les autres reprises et les bordereaux d'amendes.
Le 22 juin 2020, la contribuable a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance contre la décision sur réclamation du 20 mai 2020 (procédure A/1806/2020).
Le 7 décembre 2020, le Tribunal administratif de première instance a rejeté le recours relatif à la consultation de certaines pièces du dossier dans la cause A/1396/2019. Le 5 octobre 2021, la Cour de justice a rejeté le recours formé par la contribuable contre cette décision. Par arrêt du 11 novembre 2021, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours déposé par la contribuable à l'encontre de l'arrêt du 5 octobre 2021 de la Cour de justice (arrêt 2C_892/2021).
Par jugement du 29 novembre 2021, le Tribunal administratif de première instance a admis partiellement le recours de la société A.________ SA contre la décision sur réclamation de l'Administration fiscale cantonale du 20 mai 2020 (procédure A/1806/2020). Le délai de péremption était échu pour l'année fiscale 2005. En conséquence, le rappel d'impôt ne pouvait plus porter que sur les années 2006 à 2008. Par ailleurs, le Tribunal administratif de première instance a confirmé les reprises d'impôts pour les années 2006 à 2008 à hauteur de 79,53 % uniquement et les amendes à hauteur des impôts soustraits. Il a renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale afin qu'elle procède au calcul des montants des reprises d'impôts dus sur cette base.
Par arrêt du 4 octobre 2022, la Cour de justice a rejeté le recours interjeté par la société A.________ SA à l'encontre du jugement du 29 novembre 2021 du Tribunal administratif de première instance.
C.
La société A.________ SA dépose un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral. Principalement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 4 octobre 2022 de la Cour de justice et à l'annulation des rappels d'impôts en matière d'ICC et d'IFD prononcés à son encontre par décisions du 21 décembre 2018 de l'Administration fiscale cantonale, ainsi que des amendes en matière d'ICC et d'IFD. Subsidiairement, elle prend les mêmes conclusions, tout en demandant le renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision. Plus subsidiairement, elle conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que l'assiette des rappels d'impôts est fixée à un montant maximal de 2'335'575 francs.
L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions déposent des observations et concluent au rejet du recours. La Cour de justice relève que l'arrêt attaqué constate la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt pour la période fiscale 2006, mais qu'il a été omis de tenir compte de cet élément dans le dispositif: le recours cantonal aurait dû être partiellement admis. Pour le reste, l'instance précédente se réfère à l'arrêt attaqué.
Le 2 décembre 2022, le mandataire de la recourante a consulté le dossier, duquel avaient été retirées les pièces jugées confidentielles par les autorités précédentes (cf.
infra consid. 6.5).
La recourante dépose des observations et maintient ses conclusions.
Considérant en droit :
I. Recevabilité et cognition
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 147 IV 453 consid. 1).
1.1. L'arrêt attaqué a été rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. aussi l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
1.2. L'arrêt entrepris confirme le jugement du Tribunal administratif de première instance du 29 novembre 2021 qui a renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelles décisions de taxation dans le sens des considérants. Il s'agit donc d'un arrêt de renvoi, qui constitue en principe une décision incidente, contre laquelle le recours au Tribunal fédéral n'est ouvert qu'aux conditions des
1.3. En l'occurrence, le renvoi opéré par le Tribunal administratif de première instance et confirmé par la Cour de justice ne laisse aucune latitude de jugement à l'Administration fiscale cantonale, qui doit seulement recalculer l'impôt sur la base des considérants. L'arrêt attaqué constitue dans cette mesure une décision finale au sens de l'art. 90 LTF, qui peut faire directement l'objet d'un recours en matière de droit public (cf. arrêt 2C_532/2021 du 9 mai 2022 consid. 1.2.2).
1.4. L'instance précédente a traité dans un seul jugement de l'IFD et des ICC, ce qui est admissible (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1). Partant, le dépôt d'un seul acte de recours est aussi autorisé, dans la mesure où la recourante s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2).
1.5. Déposé en temps utile (art. 100 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) par la contribuable destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est recevable, sous réserve de ce qui suit.
1.6. Les conclusions de la recourante tendant à l'annulation des rappels d'impôts en matière d'ICC et d'IFD pour les périodes fiscales 2006 à 2008, ainsi que des amendes pour l'année 2008, prononcés le 21 décembre 2018 par l'Administration fiscale cantonale sont irrecevables, en raison de l'effet dévolutif du recours à la Cour de justice (cf. ATF 136 II 539 consid. 1.2). Le recours devant le Tribunal fédéral doit en effet porter sur l'arrêt attaqué et expliquer en quoi celui-ci viole le droit (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.3). Les griefs de la recourante portant sur les décisions des autorités précédant la Cour de justice ne seront dès lors pas examinés.
1.7. En outre, la partie recourante doit développer la motivation de façon complète dans son mémoire de recours, de sorte qu'un renvoi aux actes déposés devant les autorités précédentes ne suffit pas (cf. ATF 138 III 252 consid. 3.2; 133 II 396 consid. 3.2; 131 III 384 consid. 2.3; 130 I 290 consid. 4.10). Dans la mesure où la recourante renvoie à ses écritures antérieures déposées devant la Cour de justice, notamment s'agissant de sa motivation détaillée à l'appui de ses demandes d'audition de témoins (cf. p. 17, 18 et 21 du recours), son argumentation ne sera pas prise en considération.
2.
2.1. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (cf. ATF 144 II 313 consid. 5.4; 134 II 207 consid. 2; arrêt 2C_804/2021 du 14 octobre 2022 consid. 2.1 prévu à la publication). Il n'est en principe pas lié par les motifs de l'autorité précédente ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 142 III 782 consid. 3).
2.2. Sauf exception, la violation du droit cantonal ou communal ne peut en revanche pas être invoquée en tant que telle devant le Tribunal fédéral (art. 95 LTF). Il est cependant possible de faire valoir que son application consacre une violation du droit fédéral, comme la protection contre l'arbitraire (art. 9 Cst.) ou la garantie d'autres droits constitutionnels (ATF 145 I 108 consid. 4.4.1; 142 III 153 consid. 2.5). En vertu de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (ATF 147 IV 453 consid. 1; 143 IV 500 consid. 1.1).
2.3. En l'occurrence, la recourante invoque dans son recours (p. 20) l'art. 28 al. 1 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA/GE; RSGE E 5 10), sans expliquer en quoi cette disposition aurait été arbitrairement appliquée par la Cour de justice dans l'arrêt attaqué. Partant, cette critique, insuffisamment motivée, ne sera pas examinée plus avant.
2.4. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 145 V 188 consid. 2; 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 145 V 188 consid. 2; 137 II 353 consid. 5.1).
2.5. En l'espèce, à l'appui de son raisonnement juridique, la recourante présente sa propre vision des faits qui diverge de l'état de fait retenu par la Cour de justice. En tant que les faits ainsi allégués ne sont pas constatés dans l'arrêt attaqué, sans que la recourante ne s'en plaigne de manière circonstanciée, il n'en sera pas tenu compte. Seuls les griefs suffisamment motivés en lien avec l'établissement des faits par la Cour de justice seront donc examinés (cf.
infra consid. 8).
II. Objet du litige
3.
Le litige concerne les rappels d'impôts s'agissant de l'IFD et des ICC pour les périodes fiscales 2006 à 2008, ainsi que les amendes en lien avec ces impôts relatives à l'année 2008. En substance, il porte sur le point de savoir si c'est à bon droit que la Cour de justice a confirmé que 79,53 % du bénéfice généré par la société D.________ devait être imposé dans le chef de la recourante.
III. Droit applicable et prescription
4.
4.1. A défaut de dispositions expresses contraires, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (arrêt 2C_132/2020 du 26 novembre 2020 consid. 12, non publié in ATF 147 II 155). Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (arrêt 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.1, non publié in ATF 140 I 68). En revanche, en ce qui concerne la poursuite pénale pour soustraction pénale (consommée ou tentée), le nouveau droit, entré en vigueur le 1er janvier 2017 (RO 2015 779; FF 2012 2694), s'applique au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales précédant son entrée en vigueur s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (principe de la
lex mitior; cf. art. 205 LIFD et 78f LIFD).
4.2. En matière d'IFD, la LIFD, entrée en vigueur le 1er janvier 1995 et dans sa teneur en 2006, 2007 et 2008, est ainsi applicable aux périodes fiscales litigieuses. Quant aux ICC, ceux-ci sont régis par la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM/GE; RS/GE D 3 15), par la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc/GE; RS/GE D 3 17) et par la LHID, dans leur teneur en vigueur pendant les périodes litigieuses.
5.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2) tant pour l'IFD que les ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4; arrêt 2C_116/2021 du 8 juillet 2021 consid. 4).
5.1. L'art. 152 al. 1 LIFD prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 152 al. 3 LIFD; cf. ATF 140 I 68 consid. 6.1). Les art. 61 al. 1 et 3 LPFisc/GE et 53 al. 2 et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et les ICC.
5.2. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt attaqué qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappels et soustraction d'impôts a été notifié à la recourante le 13 décembre 2013 pour l'IFD et les ICC s'agissant notamment des périodes fiscales 2006 à 2008. Le délai de prescription de dix ans des art. 152 al. 1 LIFD, 61 al. 1 LPFisc et 53 al. 2 LHID a ainsi été respecté. De même, le délai de quinze ans des art. 152 al. 3 LIFD, 61 al. 3 LPFisc et 53 al. 3 LHID n'étant pas écoulé au jour où le présent arrêt est rendu s'agissant des années fiscales 2007 et 2008, le droit de procéder aux rappels d'impôts n'est pas prescrit pour ces années.
5.3. En revanche, comme l'a constaté à juste titre la Cour de justice, concernant les rappels d'impôts pour la période fiscale 2006, la prescription est survenue à la fin de l'année 2021, de sorte que le droit de procéder aux rappels d'impôts pour cette période était prescrit au jour de la notification de l'arrêt attaqué en octobre de cette année. Comme le relèvent à bon droit la recourante, ainsi que la Cour de justice elle-même dans ses déterminations au présent recours, l'arrêt attaqué aurait dû, sur la base de ce constat, partiellement admettre le recours cantonal en ce sens qu'aucun rappel d'impôt ne pouvait être opéré pour la période fiscale 2006. Le dispositif de l'arrêt attaqué est donc contraire au droit sur ce point.
Le recours doit en conséquence être admis dans la mesure qui précède.
5.4. S'agissant de la soustraction d'impôts, seule l'année 2008 est concernée.
L'Administration fiscale cantonale a rendu, selon l'arrêt attaqué, une décision le 21 décembre 2018, soit moins de dix ans après la fin de la période fiscale 2008.
En application du nouveau droit, qui prévoit que la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente avant l'échéance du délai de prescription de dix ans à compter de la fin de la période fiscale, la poursuite pénale n'est pas prescrite (cf. art. 184 al. 1 let. b ch. 1 et al. 2 LIFD; art. 58 al. 2 let. a et al. 3 LHID, directement applicable à Genève dès lors que la LPFisc n'est pas conforme [cf. art. 72 LHID; cf. arrêt 2C_872/2021 du 2 août 2022 consid. 4.1]). Il en va de même en application de l'ancien droit, qui prévoyait un délai absolu de quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée (ancien art. 184 al. 1 let. b et al. 2 LIFD [RO 1991 1184]
cum art. 333 al. 6 let. b CP, en relation avec l'ATF 134 IV 328; ancien
IV. Griefs formels
6.
La recourante fait valoir que l'instance précédente a violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) en écartant sa demande d'audition de témoins et en lui refusant l'accès à certaines pièces du dossier.
6.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 148 II 73 consid. 7.3.1; 145 I 167 consid. 4.1; 142 III 48 consid. 4.1.1; 140 I 285 consid. 6.3.1 et les arrêts cités). En matière d'imposition directe, ces principes sont concrétisés par les
6.2. De jurisprudence constante, l'autorité peut renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1; 144 II 427 consid. 3.1.3; 141 I 60 consid. 3.3). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle tire des conclusions insoutenables (ATF 148 IV 39 consid. 2.3.5; 143 IV 500 consid. 1.1; 140 III 264 consid. 2.3 et les arrêts cités).
6.3. Découlant également du droit d'être entendu, le droit de consulter le dossier s'étend à toutes les pièces décisives et garantit que les parties puissent prendre connaissance des éléments fondant la décision et s'exprimer à leur sujet (ATF 132 II 485 consid. 3.2). L'autorité peut cependant refuser la consultation du dossier ou d'une partie de celui-ci, si, au terme d'une pesée des intérêts en présence, l'intérêt public ou des intérêts privés prépondérants l'exigent (cf. art. 114 al. 2 LIFD; art. 41 al. 1 LHID; art. 17 al. 2 LPFisc/GE; ATF 126 I 7 consid. 2b avec les renvois; arrêts 1C_597/2020 du 14 juin 2021 consid. 5.3 non publié in ATF 147 II 408; 2C_133/2020 du 15 juillet 2020 consid. 3.2 et 3.3). L'autorité peut utiliser en défaveur de l'administré une pièce confidentielle, mais à la condition seulement de lui en communiquer préalablement le contenu essentiel, pour que celui-ci puisse se déterminer (cf. art. 114 al. 3 LIFD; art. 17 al. 4 LPFisc/GE; ATF 100 Ia 97 consid. 5; arrêts 1C_415/2019 du 27 mars 2020 consid. 2.3.1; 2C_609/2015 du 5 novembre 2015 consid. 4.1).
6.4. La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir refusé d'entendre six témoins dont elle avait requis l'audition.
6.4.1. Dans l'arrêt attaqué, l'instance précédente a examiné de manière détaillée la pertinence de donner suite à cette mesure d'instruction. En substance, elle a relevé que l'audition des témoins n'était pas en mesure d'infirmer les constatations factuelles découlant des pièces au dossier, en particulier des pièces comptables, ni à pallier l'absence de production des pièces requises pour les faits qui n'avaient pas été établis, s'estimant par ailleurs être en possession d'un dossier complet lui permettant de trancher le litige.
6.4.2. Il sied de relever que, selon l'arrêt attaqué, parmi les personnes dont l'audition était requise, figurait B.________ actionnaire unique et administrateur président avec signature individuelle de la recourante. S'agissant de ce dernier, la Cour de justice a retenu, sans que cela ne soit contesté devant le Tribunal fédéral, que son témoignage se confondait avec les déclarations de la recourante et qu'en conséquence, il n'aurait pas plus de force probante que les allégations de celle-ci.
6.4.3. Par ailleurs, les autres personnes dont l'audition a été requise étaient, selon l'arrêt attaqué, membres du conseil d'administration de la société D.________, soit d'une filiale de la recourante, sauf un témoin qui était le directeur opérationnel de la contribuable. Toutes ces personnes étant liées directement ou indirectement à la recourante, la Cour de justice pouvait, sans arbitraire, retenir que leurs témoignages avaient une valeur probante moindre par rapport aux pièces au dossier. Cela est d'autant plus vrai que, comme le relève l'instance précédente, les faits litigieux remontent à bientôt quinze ans, de sorte qu'il apparaît peu probable que les témoignages soient plus précis que les pièces au dossier.
6.4.4. Dans son grief, la recourante n'explique pas en quoi la valeur probante des témoignages aurait arbitrairement été sous-estimée par la Cour de justice. De plus, au regard de l'art. 106 al. 2 LTF, la recourante aurait dû expliquer de manière circonstanciée en quoi chacun des éléments factuels sur lesquels elle souhaitait faire entendre des témoins était propre à influer sur l'issue du litige, ce qu'elle ne fait pas. En effet, elle se contente de relever que la Cour de justice a procédé à des constatations erronées ou incomplètes sur des points déterminants, sans autre précision, ce qui ne respecte pas les exigences minimales de motivation.
6.4.5. Partant, on ne perçoit pas de violation du droit d'être entendu sur ce point.
6.5. La recourante fait aussi valoir qu'en refusant de lui laisser consulter certaines pièces au dossier, la Cour de justice aurait enfreint l'art. 29 al. 2 Cst.
6.5.1. Il ressort des constatations cantonales que la Cour de justice et, avant elle, l'Administration fiscale cantonale et le Tribunal administratif de première instance ont refusé à la recourante l'accès à quatre pièces au dossier, trois étant des procès-verbaux d'audience dans une procédure pénale à laquelle la contribuable n'est pas partie et la dernière une note versée à dite procédure pénale par l'un des inculpés. Toujours selon les constatations des juges précédents, le contenu essentiel de ces pièces, lequel portait sur le rôle de B.________ dans la gestion des fonds confiés à la société H.________, a été communiqué par oral à la recourante, ainsi que sous forme de quatorze points figurant dans un courriel du 7 décembre 2018 de l'Administration fiscale cantonale. Ce courriel détaillait également les conclusions auxquelles arrivait l'autorité de taxation sur la base de ces faits s'agissant de l'attribution à la contribuable de revenus provenant d'une autre société. Ces pièces secrètes étant couvertes par le secret fiscal d'un autre contribuable et comprenant des dépositions faites par des tiers dans le cadre d'une procédure pénale, l'arrêt attaqué considère que l'intérêt des autres personnes concernées doit également être pris en compte et s'oppose à la diffusion des documents dans leur intégralité. Il relève également qu'une anonymisation des pièces par caviardage ne suffirait pas à préserver le secret, car de nombreux éléments permettent d'identifier les personnes concernées, de sorte que le refus d'accès est proportionné et justifié.
6.5.2. La recourante estime que l'intérêt à garder secrets ces documents doit être relativisé, car ils concerneraient une affaire médiatique. Elle aurait donc dû avoir accès à ces documents ou à tout le moins à une version caviardée de ceux-ci. Force est cependant de constater qu'il ne ressort pas des faits de l'arrêt attaqué que les pièces confidentielles sont bien liées à l'affaire médiatique citée par la recourante. Dans la mesure où la recourante ne soutient pas, sous l'angle de l'arbitraire, que l'état de fait retenu par les juges cantonaux serait arbitraire sur ce point, sa critique appellatoire doit être rejetée.
6.5.3. D'après la recourante, les résumés des pièces qui lui ont été communiqués étaient insuffisants, car ils ne précisaient pas en quelles qualités les tiers concernés avaient été auditionnés dans le cadre de la procédure pénale (suspect, témoin, etc.). Quoi qu'en dise la recourante, cette précision n'était pas nécessaire pour qu'elle puisse se déterminer en connaissance de cause. En effet, renseignée sur les informations pertinentes ressortant de ces pièces et des faits en découlant, elle était à même de se déterminer à ce sujet et de fournir toutes les contres-preuves à sa disposition pour établir son point de vue.
6.5.4. Par ailleurs, on ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle soutient n'avoir pas eu l'occasion de s'exprimer au sujet des résumés des pièces. En effet, ils lui ont été transmis en décembre 2018, ensuite de quoi l'Administration fiscale cantonale lui a imparti un délai de dix jours pour se déterminer, puis, elle a pu s'exprimer à ce propos durant la procédure de réclamation devant cette autorité, ainsi que lors des procédures de recours devant le Tribunal administratif de première instance et la Cour de justice.
6.5.5. Pour le reste, la recourante conteste les faits retenus dans l'arrêt attaqué sur la base des pièces confidentielles. Ce faisant, elle se plaint d'une constatation inexacte des faits et d'une mauvaise appréciation des preuves. Dans la mesure où elle n'invoque pas ni
a fortiori ne démontre l'arbitraire dans l'établissement des faits sur ce point (cf.
infra consid. 8), ses critiques ne seront pas examinées plus avant.
6.5.6. Sur le vu de ce qui précède, le grief tiré de la violation du droit d'être entendu doit être écarté.
7.
La recourante se plaint de déni de justice. Elle estime que la Cour de justice n'aurait pas examiné certains de ses griefs.
7.1. Une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. lorsqu'elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives (ATF 145 V 557 consid. 3.2.1 et les arrêts cités). La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêt 1C_407/2020 du 27 octobre 2022 consid. 4.1 et les références citées).
7.2. La recourante considère qu'en violation de l'art. 29 al. 1 Cst., la Cour de justice a omis d'examiner le grief, dûment invoqué devant elle, portant sur la nullité de la décision sur réclamation du 20 mai 2020 fondée sur la violation du principe de la bonne foi et du droit d'être entendu. Il sied de relever à ce propos que, dans son jugement du 29 novembre 2021, le Tribunal administratif de première instance a examiné les motifs invoqués par la recourante pouvant réellement conduire à la nullité de la décision précitée et les a rejetés. Le jugement du Tribunal administratif de première instance a été confirmé sur ce point également par la Cour de justice. Dans ce contexte, la recourante n'explique pas en quoi ses critiques en lien avec la violation du principe de la bonne foi et du droit d'être entendu étaient susceptibles de conduire à la nullité de la décision sur réclamation et en quoi il était décisif de les examiner sous cet angle, la nullité absolue d'une décision n'étant admise qu'à des conditions très restrictives qui n'apparaissent manifestement pas réalisées en l'espèce (cf. arrêt 2C_339/2022 du 24 juin 2022 consid. 3.1 et les références citées). En conséquence, insuffisamment motivées sur ce point (cf. art. 106 al. 2 LTF), les critiques de la recourante doivent être écartées.
7.3. La recourante fait encore valoir que la Cour de justice se serait aussi rendue coupable de déni de justice en ne traitant pas un grief concernant des pièces versées irrégulièrement dans son dossier fiscal. Force est de constater que cette problématique a été traitée par la Cour de justice dans son arrêt du 5 octobre 2021 (consid. 3 et 4).
7.4. Les griefs de déni de justice doivent partant être rejetés.
V. Arbitraire dans l'établissement des faits
8.
La recourante invoque un établissement inexact des faits et une appréciation arbitraire des preuves.
8.1. Il y a arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. ATF 146 IV 88 consid. 1.3.1; 144 II 281 consid. 3.6.2). Le recourant ne peut pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3) et en quoi la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf.
supra consid. 2.4).
8.2. La recourante soutient que l'arrêt attaqué serait arbitrairement incomplet s'agissant d'éléments factuels en lien avec son grief de déni de justice. Ce grief étant, dans tous les cas, mal fondé (cf.
supra consid. 7), une modification de l'état de fait sur ce point serait sans incidence sur l'issue du litige. Partant, cette critique doit être rejetée.
8.3. La recourante fait aussi valoir que la Cour de justice aurait arbitrairement retenu qu'elle fournissait des services à la société D.________
8.3.1. Il ressort de l'arrêt attaqué, qui se fonde sur les états financiers de la société D.________, que cette société ne disposait d'aucune infrastructure opérationnelle, ni personnel, ni locaux. Malgré cela, elle a produit des bénéfices annuels de plusieurs millions de dollars durant les périodes litigieuses. Selon les constatations cantonales, les comptes de cette société démontrent un mode d'organisation faisant appel de façon exclusive à des prestataires externes. L'arrêt attaqué retient que les activités à fortes valeurs ajoutées, qui n'ont pas pu être effectuées par la société D.________, ont été nécessairement réalisées par ses actionnaires, dont faisait partie la recourante par le biais de la société C.________ et de la société E.________, à hauteur de 79,53 %.
8.3.2. La recourante allègue que la Cour de justice a à tort retenu que la société D.________ n'était pas en mesure d'exercer elle-même ses activités à forte valeur ajoutée. L'état de fait de l'arrêt attaqué serait arbitraire et contradictoire sur ce point. Selon les juges cantonaux, la création de valeur au niveau des fonds "maison" "dépendait essentiellement des décisions stratégiques du conseil [de la société D.________] et de la capacité de celui-ci à choisir les secteurs d'activité des fonds et leurs gérants" (cf. p. 14 et 22 de l'arrêt attaqué). La recourante en déduit que le conseil d'administration étant un organe de la société D.________, ce serait la preuve que cette société, par son conseil d'administration, disposait des ressources nécessaires pour effectuer ses activités génératrices de valeur ajoutée. Ce raisonnement ne saurait être suivi. En effet, comme cela ressort de l'arrêt attaqué, B.________ siégeait au conseil d'administration de la société D.________ en qualité d'employé à plein temps de la recourante - qui, pour rappel, détient 79,53 % de la société D.________ - sans être lui-même actionnaire de cette société. L'activité à forte valeur ajoutée de B.________ au sein du conseil d'administration de la société D.________, ainsi qu'au comité d'investissement de la société H.________ (détenue à 25 % par la société D.________), a donc été accomplie pour la recourante qui en a couvert les coûts en payant à B.________ un salaire annuel de 699'999,60 fr. en 2007 et de 660'681,15 fr. en 2008, comptabilisés comme charges. En conséquence, la Cour de justice pouvait sans arbitraire retenir que la société D.________ n'était pas en mesure d'exercer elle-même ses activités à forte valeur ajoutée, ce d'autant plus que la recourante ne conteste pas que la société précitée avait besoin de support pour ses activités et avait recours à des prestataires externes à cette fin.
8.3.3. La recourante estime cependant que c'est à tort que la Cour de justice a retenu que les activités qui n'étaient pas exercées par la société D.________ l'étaient nécessairement par ses actionnaires. Elle allègue en particulier, en se fondant sur plusieurs pièces au dossier, que le rôle de support à la société D.________ était principalement exercé par les sociétés E.________ et I.________. Les pièces invoquées par la recourante ont été dûment prises en compte par la Cour de justice qui est arrivée à la conclusion qu'aucune d'entre elles ne démontrait que le rôle joué par les sociétés E.________ et I.________ ait été important en ce qui concerne l'activité génératrice de valeur ajoutée déployée par la société D.________, leur rôle se cantonnant à des services administratifs et à la recherche de nouveaux investisseurs institutionnels pour les fonds, sans avoir aucun pouvoir décisionnel quant à la gestion des fonds. A l'appui de son grief, la recourante développe sa propre version des faits et des éléments de preuve qu'elle tient pour concluants, en opposant son appréciation à celle développée par la Cour de justice, ce qui ne saurait suffire à faire tenir cette dernière pour arbitraire. Partant, on ne perçoit pas d'arbitraire sur ce point non plus.
8.4. La recourante soutient encore que l'arrêt attaqué aurait dû mentionner les compétences des membres du conseil d'administration de la société D.________, lequel était composé, outre de B.________, de quatre associés, également gérants de fortune, qui sont restés en place plusieurs années. D'après la recourante, cet élément serait la preuve que B.________ n'exerçait pas seul une activité à forte valeur ajoutée au sein du conseil d'administration de la société D.________ Quoi qu'en dise la recourante, les compétences et qualités des autres membres du conseil d'administration de la société D.________ ne sont pas déterminantes en l'espèce. En effet, on ne peut nier que B.________ en tant qu'employé et actionnaire unique de la recourante, indirectement détentrice majoritaire de la société D.________ avait un rôle décisionnel et stratégique prépondérant par rapport aux autres membres du conseil d'administration, aucune pièce au dossier n'établissant le contraire. Partant, compléter l'état de fait comme le sollicite la recourante serait sans incidence sur l'issue du litige.
8.5. La recourante fait également valoir que le rôle de B.________ au sein de la société H.________ a été établi de manière arbitraire par la Cour de justice. Elle estime en particulier que c'est à tort que l'arrêt attaqué retient que "les choix stratégiques proposés par le comité d'investissement de la société H.________, dont B.________ et G.________ étaient membres, étaient systématiquement suivis par le conseil d'administration [de la société H.________]", sur la base des résumés des pièces confidentielles (cf.
supra consid. 6.5) et qu'il tient pour insuffisamment démontré que les rémunérations perçues par la société D.________ de la société H.________ ne dépendaient pas de l'activité de ses représentants au comité d'investissement de cette société, mais des avoirs sous gestion apportés par la société D.________ aux fonds de cette société. A l'appui de sa critique, la recourante développe une argumentation principalement appellatoire, en y mêlant ses griefs de violation du droit d'être entendu (cf.
supra consid. 6). En définitive, force est pourtant d'admettre qu'il n'existe aucune pièce au dossier qui établirait de manière indiscutable que les constats précités des juges cantonaux seraient erronés. Partant, on ne perçoit pas d'arbitraire dans l'établissement des faits sur ce point.
8.6. La recourante considère encore que les salaires versés à B.________, qui s'élevaient à 699'999,60 fr. en 2007 et à 660'681,15 fr. en 2008, couvraient sa seule activité de directeur et de gérant de fortune en son sein, ce que la Cour de justice n'a arbitrairement pas mentionné dans son arrêt. Force est de constater que l'argumentation de la recourante fondée sur une décision sur réclamation rendue en 2011 par l'Administration fiscale cantonale ne saurait être suivie. En effet, ce document n'établit nullement quelles étaient les activités effectuées par B.________ en faveur de la recourante couvertes par le salaire perçu. Partant, la recourante échoue à démontrer l'arbitraire dans l'établissement des faits sur ce point également.
8.7. Enfin, la recourante considère que la Cour de justice lui a arbitrairement attribué 79,53 % des bénéfices de la société D.________ D'après elle, ce montant est trop élevé et ne tient pas compte d'un changement de méthode comptable intervenu au sein de la société D.________ qui avait pour conséquence de diminuer les charges de celle-ci. Elle admet cependant qu'il est difficile de chiffrer précisément l'impact de cette méthode comptable sur le montant des rappels d'impôts et procède à sa propre estimation des valeurs qui auraient dû être retenues par la Cour de justice. Ce faisant, la recourante procède à sa propre appréciation des preuves qu'elle tient pour probantes, en l'opposant à celle développée par la Cour de justice, ce qui ne saurait suffire à faire tenir cette dernière pour arbitraire. Pour le reste, le montant dû à titre de reprises d'impôts relève du droit et non des faits (cf.
infra consid. 10 ss).
8.8. Sur le vu de ce qui précède, le grief d'établissement inexact des faits et d'appréciation arbitraire des preuves doit être rejeté. En conséquence, le Tribunal fédéral statuera exclusivement sur la base des faits retenus par la Cour de justice.
VI. Impôt fédéral direct
9.
La recourante se plaint d'une violation des règles sur le fardeau de la preuve. Elle estime que la Cour de justice aurait retenu des faits qui ne ressortaient d'aucune pièce au dossier.
9.1. En matière fiscale, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, ont pour effet que l'autorité fiscale doit établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (ATF 146 II 6 consid. 4.2).
9.2. Savoir si un fait est ou non prouvé relève de l'établissement des faits, alors que la répartition du fardeau de la preuve est une question de droit (arrêt 2C_338/2022 du 11 août 2022 consid. 4.5 et la référence citée).
9.3. En l'occurrence, dans l'arrêt attaqué, la Cour de justice a correctement présenté et appliqué les règles précitées régissant le fardeau de la preuve, ce que la recourante ne conteste pas, se contentant de relever que des faits non prouvés ont été retenus dans l'arrêt attaqué. Les critiques de la recourante relèvent donc de l'établissement des faits et non de l'application du droit. Dans la mesure où la recourante réfute les faits querellés de manière appellatoire, sans invoquer ni
a fortiori démontrer l'arbitraire sur ce point, son argumentation ne sera pas examinée plus avant (cf.
supra consid. 2.4 et 8.1).
9.4. En conséquence, le grief de violation des règles sur le fardeau de la preuve doit être rejeté.
10.
La recourante invoque une violation de l'art. 58 LIFD, disposition sur laquelle s'est fondée la Cour de justice pour confirmer les rappels d'impôts litigieux.
10.1. Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b), dont font partie les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (5ème tiret), ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultat (cf. let. c).
10.2. Selon une jurisprudence constante, il y a avantage appréciable en argent si 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) les organes de la société savaient ou auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. ATF 144 II 427 consid. 4.1; 140 II 88 consid. 4.1 et les arrêts cités).
10.3. Les opérations entre sociétés d'un même groupe doivent intervenir comme si elles étaient effectuées entre tiers dans un environnement de libre concurrence (ATF 140 II 88 consid. 4 et 4.1 et les références; 138 II 57 consid. 2.2; arrêt 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 11.1), y compris dans un contexte international, les prix de transfert ne pouvant être fixés de manière à déplacer un bénéfice d'un Etat dans un autre (cf. arrêts 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 11.1; 2C_508/2014 du 20 février 2015 consid. 5.3.1 et les références; 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2).
10.4. En l'espèce, il ressort de l'arrêt attaqué, d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1 LTF et
supra consid. 8), que la société D.________ - dont la recourante est l'actionnaire majoritaire (indirectement) à hauteur de 79,53 % - ne dispose d'aucune infrastructure opérationnelle, ni personnel, ni locaux. En outre, le montant annuel de ses primes d'assurance responsabilité professionnelle qui s'élevait à 5'000 USD pour les années litigieuses ne permettait pas de retenir que la société D.________ pouvait réellement couvrir de véritables risques commerciaux dans le secteur des investissements dans lequel elle déployait ses activités. Malgré cela, elle a produit des bénéfices de 11'638'204,97 USD en 2007 et de 5'868'451,20 USD en 2008 grâce à ses fonds "maison" et les fonds confiés à la société H.________. Selon les constatations cantonales, les comptes de la société D.________ pour ces années démontrent un mode d'organisation faisant appel de façon exclusive à des prestataires externes. L'arrêt attaqué retient encore que les activités à fortes valeurs ajoutées, qui n'ont pas pu être effectuées par cette société, faute de disposer de personnel, ont été nécessairement réalisées par ses actionnaires, dont faisait partie la recourante. Cette dernière a mis en place au sein du conseil d'administration de la société D.________ son actionnaire, directeur et employé à plein temps, B.________, qu'elle seule rémunérait. En tant qu'actionnaire unique et employé de la recourante, elle-même actionnaire majoritaire de la société D.________, B.________, gérant de fortune expérimenté, jouait un rôle de premier plan dans le conseil d'administration de la société D.________ qui prenait les décisions stratégiques dans la gestion des fonds "maison" de cette société, en choisissant les secteurs d'activité des fonds et leurs gérants. Le conseil d'administration de la société D.________, en particulier B.________, a donc mis en place les stratégies de placement qui ont conduit à la création de valeur ajoutée pour cette société. Selon l'arrêt attaqué, il en allait de même pour les fonds confiés à la société H.________, dans la mesure où les choix stratégiques proposés par le comité d'investissement de cette société, dans lequel siégeaient B.________ et G.________ (autre actionnaire de la société D.________), étaient systématiquement suivis par le conseil d'administration de cette même société. La société D.________ n'a pas rémunéré la recourante pour les prestations effectuées par son employé, B.________, lequel a pourtant mis son expertise à son service et a pris ou, à tout le moins, participé à toutes les décisions lui ayant permis de réaliser des bénéfices.
10.5. Sur la base des faits qui précèdent, la Cour de justice a retenu que les prestations fournies par la recourante à la société D.________, en mettant gratuitement à sa disposition un gérant de fortune expérimenté en la personne de B.________, étaient des prestations appréciables en argent. Elle en a déduit que 75,93 % du bénéfice de la société D.________, correspondant aux parts détenues par la recourante, devait être imputé à cette dernière pour les prestations fournies. Force est de constater que ce raisonnement ne saurait être suivi. En effet, comme cela ressort de la jurisprudence précitée, le prix de transfert des prestations fournies doit être fixé comme si celles-ci étaient effectuées entre tiers dans un environnement de libre concurrence, y compris dans un contexte international comme en l'espèce, les prix de transfert ne pouvant être fixés de manière à déplacer un bénéfice d'un Etat dans un autre. Or, la Cour de justice s'est cantonnée à imputer à la recourante le bénéfice de la société D.________ à hauteur de sa participation, sans procéder à une estimation de la valeur des prestations effectuées par B.________ en faveur de cette dernière.
10.6. Partant, le raisonnement de la Cour de justice ne peut pas être suivi.
11.
Il convient dès lors d'examiner si le bénéfice de la société D.________ peut être imputé à la recourante sur la base de l'art. 50 LIFD.
11.1. A teneur de cette disposition, les personnes morales sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement personnel lorsqu'elles ont leur siège ou leur administration effective en Suisse. Ainsi, si la société D.________, par hypothèse fiscalement reconnue comme une personne morale du point de vue fiscal suisse, était effectivement administrée en Suisse, cela conduirait à son assujettissement illimité à l'impôt en Suisse (cf. ATF 139 II 78 consid. 2; arrêt 2C_24/2021 du 6 octobre 2021 consid. 4).
11.2. Dans la mesure où la Cour de justice n'a pas examiné le cas d'espèce sous l'angle de l'art. 50 LIFD, les faits de l'arrêt attaqué ne permettent de déterminer si la société D.________ est effectivement administrée depuis la Suisse. Partant, il n'y a pas lieu d'examiner ce point plus avant.
12.
Reste à déterminer si la constellation du cas d'espèce pourrait relever d'un cas d'évasion fiscale, avec pour conséquence un traitement de la société D.________ en transparence fiscale et l'attribution de ses revenus à la recourante.
12.1. Selon la jurisprudence, il y a évasion fiscale: a) lorsque la forme juridique choisie par le contribuable apparaît comme insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi, b) lorsqu'il y a lieu d'admettre que ce choix a été abusivement exercé uniquement dans le but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit étaient aménagés de façon appropriée, c) lorsque le procédé choisi conduirait effectivement à une notable économie d'impôt dans la mesure où il serait accepté par l'autorité fiscale (ATF 147 II 338 consid. 3.1; 142 II 399 consid. 4.2; 138 II 239 consid. 4.1 et les références).
12.2. Si ces trois conditions sont remplies, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait dû être l'expression appropriée au but économique poursuivi par les intéressés (ATF 147 II 338 consid. 3.1; 142 II 399 consid. 4.2; 138 II 239 consid. 4.1 et les références).
12.3. L'autorité fiscale doit en principe s'arrêter à la forme juridique choisie par le contribuable. Ce dernier est libre d'organiser ses relations de manière à générer le moins d'impôt possible. Il n'y a rien à redire à une telle planification fiscale, tant que des moyens autorisés sont mis en oeuvre. L'état de fait de l'évasion fiscale est réservé à des constellations extraordinaires, dans lesquelles il existe un aménagement juridique (élément objectif) qui - abstraction faite des aspects fiscaux - va au-delà de ce qui est raisonnable d'un point de vue économique. Une intention abusive (élément subjectif) ne peut de surcroît pas être admise si d'autres raisons que la seule volonté d'épargner des impôts jouent un rôle décisif dans la mise en place de la forme juridique. Une certaine structure peut en effet se justifier pour d'autres raisons commerciales ou personnelles (ATF 147 II 338 consid. 3.1; 142 II 399 consid. 4.2; 138 II 239 consid. 4.1 et les références).
12.4. En l'espèce, il ressort des faits retenus par la Cour de justice (cf.
supra consid. 10.4) que la société D.________ est une "coquille vide", car elle ne dispose aux Iles Vierges Britanniques d'aucune infrastructure opérationnelle, ni personnel, ni locaux. Elle a cependant généré des millions de dollars de bénéfice durant les années litigieuses, grâce à la mise à disposition de B.________, par son actionnaire majoritaire indirect, la recourante, elle-même détenue à 100% par B.________. Ainsi, cette dernière a confié la gestion de ses fonds à son employé, qu'elle rémunérait de manière exclusive, mais lequel exerçait son activité au sein de la société D.________ La forme juridique choisie par la recourante pour la gestion de ses fonds apparaît ainsi comme insolite, inappropriée, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi. Il aurait été beaucoup plus logique que les fonds soient gérés directement par la recourante et son employé, sans passer par une structure externe dénuée de réelle substance. Partant, la première condition de l'évasion fiscale est réalisée.
12.5. En outre, le procédé mis en place ne peut avoir été choisi que dans le but d'économiser des impôts. En effet, les Iles Vierges Britanniques ont une politique fiscale particulièrement favorable pour les contribuables, de sorte qu'il était plus avantageux pour la recourante que les bénéfices engendrés par son activité soient taxés dans cet Etat, plutôt qu'en Suisse. Il s'agit de la seule raison pouvant expliquer la construction mise en place. En conséquence, la deuxième condition de l'évasion fiscale est réalisée.
12.6. Enfin, les reprises d'impôts pour les années 2007 et 2008 s'élèvent à plusieurs centaines de milliers de francs pour les périodes fiscales litigieuses. Ces montants représentent l'économie d'impôts qui a été réalisée par la recourante lorsque, dans un premier temps, elle a été taxée par l'autorité fiscale en suivant le procédé mis en place, par rapport à ce qu'elle doit payer si ce procédé n'est pas suivi et que les bénéfices réalisés par la société D.________ lui sont imputés à hauteur de sa participation dans cette société, ce qui correspond au bénéfice qu'elle aurait réalisé si elle avait elle-même géré ses fonds depuis la Suisse, sans utiliser une structure juridique vide de sens dans le seul but d'économiser des impôts. Ainsi, la troisième condition de l'évasion fiscale est également réalisée.
12.7. Il découle de ce qui précède que l'arrêt attaqué ne viole pas le droit fédéral en retenant que 75,93 % du bénéfice réalisé par la société D.________ durant les périodes fiscales 2007 et 2008 doit être imposé dans le chef de la recourante. Le recours doit ainsi être rejeté sur ce point en opérant une substitution de motifs (cf.
supra consid. 2.1).
12.8. Au vu des éléments exposés ci-dessus, il n'est pas nécessaire d'examiner si la taxation du bénéfice de la société D.________ dans le chef de la recourante est justifiée sous l'angle du principe de la transparence ("
Durchgriff"; cf. ATF 144 III 541 consid. 8.3.2), les conditions de l'évasion fiscale étant dans tous les cas réalisées.
13.
En moins de trois lignes, la recourante conteste le bien-fondé de l'amende pour l'année 2008 en invoquant exclusivement le mal-fondé des rappels d'impôts. La prémisse sur laquelle repose ce bref raisonnement étant erronée (cf.
supra consid. 11), ce grief ne sera pas examiné plus avant (cf. art. 42 al. 2 LTF).
VII. Impôts cantonal et communal
14.
Les art. 11 et 12 LIPM/GE, qui sont conformes aux art. 24 al. 1 et al. 3 et 25 al. 2 LHID, règlent de la même manière que la LIFD la détermination du bénéfice imposable et des prestations appréciables en argent (cf. arrêt 2C_875/2018 du 17 avril 2019 consid. 9). En outre, la jurisprudence rendue en matière d'IFD et de répartition du fardeau de la preuve en matière fiscale est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (arrêt 2C_728/2022 du 2 novembre 2022 consid. 6 et la référence).
Il s'ensuit qu'il peut en l'espèce être renvoyé, s'agissant des ICC, à la motivation développée en matière d'IFD.
VIII. Conclusions, frais et dépens
15.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, tant en ce qui concerne l'IFD que les ICC pour les années fiscales 2006 à 2008, ainsi que l'amende pour l'année 2008. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que les reprises d'impôts pour la période fiscale 2006 sont annulées. Il est confirmé pour le surplus.
La recourante, qui succombe dans une large mesure, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) qui ont été réduits. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et al. 3 LTF).
Dans la mesure où le recours est admis sur un point pour lequel la Cour de justice a correctement appliqué le droit dans son raisonnement et qu'il s'agit uniquement de corriger le dispositif (cf.
supra consid. 5.3) afin qu'il corresponde à celle-ci, la Cour de céans estime que les frais et dépens retenus dans l'arrêt attaqué peuvent être confirmés (cf.
Le présent arrêt met fin à la prescription absolue de 15 ans tant en ce qui concerne l'IFD (art. 120 al. 4 et 152 al. 3 LIFD) que les ICC (art. 47 al. 1 et 53 al. 3 LHID). Le fait que l'Administration fiscale cantonale genevoise doive émettre de nouveaux bordereaux de taxation et d'amendes n'y change rien, car le renvoi ne porte que sur le calcul (cf. arrêt 2C_700/2022 du 25 novembre 2022 consid. 16.2 et les références citées; cf. également
supra consid. 1.2).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, s'agissant de l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 2006 à 2008 et de l'amende prononcée en lien avec cet impôt pour l'année 2008. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens qu'il est constaté la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt pour la période fiscale 2006. Il est confirmé pour le surplus.
2.
Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, s'agissant des impôts cantonal et communal pour les périodes fiscales 2006 à 2008 et de l'amende prononcée en lien avec ces impôts pour l'année 2008. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens qu'il est constaté la péremption du droit de procéder aux rappels d'impôts pour la période fiscale 2006. Il est confirmé pour le surplus.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 21'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 16 décembre 2022
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : F. Aubry Girardin
Le Greffier : A. Wiedler