9C_381/2025 — Finances publiques & droit fiscal

Bundesgericht

Tribunal fédéral

Tribunale federale

Tribunal federal

9C_381/2025

Arrêt du 4 août 2026

IIIe Cour de droit public

Composition

Mmes et MM. les Juges fédéraux

Moser-Szeless, Présidente,

Stadelmann, Parrino, Beusch et Bollinger.

Greffière : Mme Vuadens.

Participants à la procédure

A.________ AG,

représentée par Me Serge Migy, avocat,

recourante,

contre

Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, route de Berne 46, 1014 Lausanne,

intimée.

Objet

Droit de mutation, restructuration,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 4 juin 2025 (FI.2024.0166).

Faits :

A.a. En décembre 2010, la société anonyme B.________ AG, inscrite au registre du commerce du canton de C.________, a absorbé la société anonyme D.________ SA, qui était propriétaire des parcelles n os xxx à yyy de la commune de U.________. En décembre 2012, les bâtiments érigés sur ces parcelles ont été détruits et les parcelles ont fait l'objet d'un remaniement; depuis lors, elles n'en forment plus que deux (soit les parcelles n os zzz et www, ci-après: les Parcelles). Le 2 mai 2013, B.________ AG a constitué une propriété par étages (PPE) sur les Parcelles, avec la mention "PPE avant construction". La construction des immeubles de la PPE sera achevée le 25 juillet 2016 et le permis d'habiter délivré le même jour.

La personne physique actionnaire unique de B.________ AG a constitué E.________ AG, une société anonyme qui a été inscrite au registre du commerce du canton de C.________ en décembre 2014 avec pour buts l'achat, la vente, le courtage, la gestion ainsi que la participation à des biens immobiliers en Suisse et à l'étranger et la construction de bâtiments pour son propre compte ou le compte de tiers. L'extrait du registre du commerce mentionne qu'après sa fondation et à titre de reprise de biens, E.________ AG envisage de reprendre les Parcelles et les hypothèques et dettes y relatives pour un prix maximum de 3'197'000 fr.

Par contrat de transfert de patrimoine ("Vermögensübertragungsvertrag") du 4 décembre 2014, B.________ AG a transféré à E.________ AG des actifs, soit uniquement les Parcelles, pour une valeur de 22'500'000 fr., et des passifs, soit divers créanciers, des dettes hypothécaires et des passifs transitoires, pour un montant total de 19'303'980 fr. 41. L'excédent d'actif de 3'196'019 fr. 59 a été comptabilisé comme dette. Le contrat prévoit que le transfert intervient avec un effet rétroactif au 1er juillet 2014 et précise qu'il ne s'accompagne d'aucun transfert de contrat de travail.

Le 2 septembre 2015, B.________ AG a requis l'inscription au registre foncier du canton de Vaud du transfert de la propriété des Parcelles (ci-après: le Transfert des Parcelles) découlant du contrat du 4 décembre 2014. L'inscription est intervenue le 4 septembre 2015. Le 22 décembre 2015, le registre foncier du canton de Vaud a informé la section de l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud compétente en matière de droit de mutation (ci-après: l'Administration cantonale/Section LMSD) du Transfert des Parcelles, en joignant une copie du contrat du 4 décembre 2014.

Le 13 janvier 2016, l'Administration cantonale/Section LMSD a demandé à F.________ AG (recte: E.________ AG) de lui transmettre ses comptes après le Transfert des Parcelles et les comptes de B.________ AG avant celui-ci. Le 2 juin 2017, E.________ AG lui a transmis son bilan au 1er juillet 2014 et ses comptes des exercices 2014 et 2015, précisant qu'elle n'était pas en possession des documents requis concernant B.________ AG.

A.b. Par décision du 7 janvier 2019, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, Office d'impôt des personnes morales (ci-après: l'Administration cantonale/Office des personnes morales) a procédé à la taxation d'office de B.________ AG pour la période fiscale 2014, la société n'ayant déposé aucune déclaration d'impôt dans le canton. À cet effet, l'Administration cantonale/Office des personnes morales a repris les éléments qui ressortaient de la répartition intercantonale effectuée par l'Administration fiscale du canton de C.________ (canton du siège), à savoir, pour le canton de Vaud, un bénéfice imposable nul et un capital imposable de 6'213'000 fr. Cette décision est entrée en force.

A.c. Le 19 novembre 2021, l'Administration fiscale du canton de C.________ a transmis à l'Administration cantonale/Section LMSD, à sa demande, les déclarations d'impôts 2014 et 2015 et les comptes des exercices correspondants de B.________ AG. Elle a précisé, en réponse à une question de l'autorité vaudoise, qu'aucune demande de ruling ne lui avait été adressée en lien avec le contrat de transfert de patrimoine du 4 décembre 2014 et qu'elle avait procédé à la taxation de B.________ AG pour les années 2015 et 2016 sur la base des éléments que celle-ci avait déclarés, reconnaissant ainsi indirectement la neutralité fiscale de ce transfert.

A.d. Entre-temps, le 12 décembre 2014, l'actionnaire de E.________ AG avait apporté les actions de cette dernière à A.________ AG, une société anonyme sise à V.________, contre une participation minoritaire au capital-actions de celle-ci. En juin 2021, A.________ AG a absorbé E.________ AG.

A.e. Par décision de taxation du 6 décembre 2022, confirmée sur réclamation le 22 octobre 2024, l'Administration cantonale/Section LMSD a notifié à A.________ AG un bordereau de droit de mutation de 742'500 fr. en lien avec le Transfert des Parcelles.

Le 21 novembre 2024, A.________ AG a recouru contre la décision sur réclamation du 22 octobre 2024 auprès du Tribunal cantonal, Cour de droit administratif et public, du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), concluant à son annulation et au constat que le Transfert des Parcelles est intervenu dans le cadre d'une opération de restructuration (scission) et qu'il était partant exonéré du droit de mutation.

Par arrêt du 4 juin 2025, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé la décision sur réclamation du 22 octobre 2024. En substance, il a retenu que le transfert de patrimoine intervenu en exécution du contrat du 4 décembre 2014 n'avait pas représenté une restructuration. C'était donc à bon droit que l'Administration cantonale/ Section LMSD avait prélevé un droit de mutation sur le Transfert des Parcelles qui était intervenu dans le cadre de l'exécution de ce contrat. Par ailleurs, le fait que ni l'Administration fiscale du canton de C.________ ni l'Administration cantonale/Office des personnes morales n'avaient prélevé d'impôt sur le bénéfice, dans le chef de B.________ AG, en lien avec le transfert du patrimoine intervenu en exécution du contrat du 4 décembre 2014 n'était une circonstance justifiant de renoncer au prélèvement du droit de mutation dû. A.________ AG invoquait dès lors en vain une violation des principes de l'interdiction du dualisme des méthodes et de la bonne foi.

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ AG demande au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler, respectivement de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que la décision sur réclamation du 22 octobre 2024 est annulée et que l'exonération du droit de mutation en lien avec le Transfert des Parcelles est prononcée; subsidiairement, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants; plus subsidiairement, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens de l'instance cantonale et à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

L'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud/Division de la taxation conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.

Considérant en droit :

1.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans un domaine qui ne tombe sous le coup d'aucune exception de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte.

1.2. Le recours a par ailleurs été formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la destinataire de l'arrêt attaqué, qui a la qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.

2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Toutefois, conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, il ne connaît de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé, c'est-à-dire s'il a été exposé de manière claire et détaillée (ATF 150 II 346 consid. 1.5.3; 149 III 81 consid. 1.3).

2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF.

Le litige porte sur le point de savoir si c'est à bon droit que le Tribunal cantonal a jugé que le droit de mutation était dû en lien avec le Transfert des Parcelles.

À l'encontre de l'arrêt attaqué, la recourante se plaint en premier lieu d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.). Elle reproche au Tribunal cantonal de ne pas s'être déterminé sur des arguments décisifs qu'elle avait soulevés dans son recours cantonal.

4.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. prévoit notamment que l'autorité doit examiner avec soin et sérieux les arguments qui lui sont présentés. Il en découle notamment l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision de manière suffisante (ATF 148 III 30 consid. 3.1; 142 III 433 consid. 4.3.2). Toutefois, le droit d'être entendu n'exige pas que l'autorité examine en détail tous les arguments ou qu'elle les réfute tous expressément. Elle peut en effet se limiter aux points essentiels pour la décision (ATF 145 IV 99 consid. 3.1; 135 III 670 consid. 3.3.1; arrêt 8C_228/2025 du 26 novembre 2025 consid. 6.1). La motivation peut par ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1; arrêt 9C_397/2025 du 16 avril 2026 consid. 5.5). Il y a en revanche violation du droit d'être entendu si l'autorité omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués importants pour la décision à rendre (ATF 151 IV 175 consid. 3.2.1; 133 III 235 consid. 5.2; arrêt 2C_388/2024 du 22 janvier 2026 consid. 5.1).

4.2. La recourante, rappelant que le transfert de patrimoine qui est intervenu en exécution du contrat du 4 décembre 2014 n'a eu aucune conséquence fiscale pour B.________ AG au plan de l'impôt sur le bénéfice dans le canton de Vaud et dans le canton du siège, reproche au Tribunal cantonal de ne pas s'être prononcé sur le point de savoir si, comme elle l'avait allégué, admettre la neutralité fiscale du transfert de patrimoine en matière d'impôts directs et la refuser dans le contexte du droit de mutation n'était pas arbitraire. Elle lui fait également grief de ne pas avoir examiné si, comme elle l'avait fait valoir, ce traitement fiscal différencié violait l'art. 103 de la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (LFus; RS 221.301), qui prévoit que la perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et al. 3quater LHID (RS 642.14). Elle rappelle à cet égard, en se fondant notamment sur les travaux préparatoires, que l'art. 103 LFus a été introduit afin d'assurer un parallélisme de toutes les conséquences fiscales des restructurations.

4.3. Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal a rappelé que, dans l'arrêt de principe publié aux ATF 138 II 557, le Tribunal fédéral a jugé que l'art. 103 LFus devait être compris en ce sens qu'il suffisait d'être en présence de l'une des "restructurations" envisagées à l'art. 8 al. 3 et à l'art. 24 al. 3 et al. 3quater LHID pour obtenir l'exonération du droit de mutation, sans qu'il soit nécessaire de remplir les conditions générales prévues dans ces dispositions de la LHID (soit le maintien de l'assujettissement en Suisse et la reprise des éléments commerciaux à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice), ces conditions ne concernant que les impôts directs (arrêt attaqué consid. 3a p. 8 s.). En rappelant cette jurisprudence, qui a relativisé le parallélisme des conséquences fiscales des restructurations, le Tribunal cantonal a implicitement rejeté l'interprétation de l'art. 103 LFus que la recourante soutenait. À cela s'ajoute que le Tribunal cantonal a expressément répondu au grief de la recourante, selon lequel les autorités fiscales vaudoises avaient recouru à un dualisme des méthodes proscrit en traitant différemment le transfert de patrimoine au plan des impôts directs et au plan du droit de mutation (sur cette question, infra consid. 8).

4.4. Le grief de violation du droit d'être entendu, infondé, est partant rejeté.

Sur le fond, la recourante soutient que le Tribunal cantonal a violé l'art. 103 LFus en refusant de considérer que le Transfert des Parcelles est intervenu dans le cadre d'une scission au sens de l'art. 24 al. 3 let. b LHID - auquel renvoie l'art. 103 LFus (supra consid. 4.2) - et en refusant par conséquent d'exonérer ledit Transfert du droit de mutation.

5.1. L'art. 24 al. 3 let. b LHID dispose que les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice: en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation.

5.1.1. L'art. 103 LFus est une norme fédérale d'application directe, qui ne nécessite aucune concrétisation en droit cantonal (ATF 138 II 557 consid. 4.2). Les cantons restent libres de prévoir un allégement supplémentaire dès lors que les droits de mutation reposent en principe sur le droit cantonal. Lorsque les normes cantonales vont au-delà de l'art. 103 LFus, le contribuable peut alors se prévaloir tant du droit fédéral que du droit cantonal (ATF 138 II 557 consid. 4.2). En revanche, tant que les dispositions cantonales se contentent de reprendre la teneur de l'art. 103 LFus, cela n'en fait pas du droit cantonal distinct. En effet, lorsqu'un canton, en dehors de sa compétence, reproduit dans sa législation, en termes identiques, une règle qui figure dans la législation fédérale, la règle cantonale n'a pas d'effet juridique propre, puisque cet effet est produit par la règle fédérale (ATF 138 II 557 consid. 4.2).

5.1.2. Dans le canton de Vaud, le droit de mutation est perçu en vertu de la loi cantonale du 27 février 1963 concernant le droit de mutation sur les transferts immobiliers et l'impôt sur les successions et donations (LMSD; BLV 648.11). Selon l'art. 3 al. 1 let. i LMSD, le droit de mutation n'est pas perçu sur les transferts d'immeubles lors de restructurations au sens des art. 22 al. 1 et 3 et 97 al. 1 et 3 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; BLV 642.11). Comme le Tribunal cantonal l'a constaté (arrêt attaqué consid. 3a p. 8 s.), l'art. 97 al. 1 et 3 LI reprend textuellement la teneur de l'art. 24 al. 3 et al. 3quater LHID. La teneur de l'art. 3 al. 1 let. i LMSD est, par ce renvoi, identique à celle de l'art. 103 LFus. Dans ces conditions, la présente affaire doit être examinée exclusivement sous l'angle de l'art. 103 LFus et des dispositions de la LHID auxquelles il renvoie (ATF 138 II 557 consid. 4.3). C'est donc à juste titre que la recourante se prévaut uniquement d'une violation de ces dispositions du droit fédéral.

5.2. Après avoir rappelé que conformément à la jurisprudence sur l'art. 103 LFus, seul le concept de "restructuration" doit être utilisé en matière de droit de mutation, à l'exclusion des autres conditions établies par la LHID pour permettre l'exonération des impôts directs (ATF 138 II 557; supra consid. 4.3), le Tribunal cantonal a jugé que le Transfert des Parcelles n'était pas intervenu dans le cadre d'une restructuration; en particulier, et contrairement à ce que la recourante prétendait, le transfert effectué en exécution du contrat du 4 décembre 2014 ne pouvait pas être qualifié de scission au sens de l'art. 24 al. 3 let. b LHID, pour deux motifs.

5.2.1. Premièrement, la scission au sens de l'art. 24 al. 3 let. b LHID supposait le transfert approprié de fonds propres ouverts (capital-actions et/ou réserves ouvertes) de la société transférante à la société reprenante. Or en l'espèce, il ressortait clairement du bilan au 1er juillet 2014 de E.________ AG qu'aucune part de fonds propres de B.________ AG ne lui avait été transférée, le transfert ayant été effectué uniquement à charge des fonds étrangers de B.________ AG (divers créanciers, dettes hypothécaires et passifs transitoires) et, pour le solde, par la comptabilisation d'une dette.

5.2.2. Deuxièmement, la scission au sens de l'art. 24 al. 3 let. b LHID supposait, conformément aux termes de la disposition, que le transfert porte sur une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation. En l'occurrence, le transfert n'avait pas porté sur une (partie distincte d') exploitation mais sur deux parcelles non construites, soit sur des actifs isolés. Au demeurant, les comptes de E.________ AG ne faisaient état de charge salariale ni au 31 décembre 2014, ni au 31 décembre 2015 et aucun contrat de travail n'avait été transféré lors de l'opération litigieuse, ce qui confirmait que l'on n'était pas en présence du transfert d'une (partie distincte d') exploitation.

5.3.

5.3.1. À l'encontre de l'arrêt attaqué, la recourante fait d'abord valoir qu'il est arbitraire et dénué de base légale d'exiger qu'une scission doive être nécessairement accompagnée du transfert d'une part appropriée de fonds propres "comptables" (soit de réserves ouvertes et d'une part au capital-actions ou au capital social). Elle soutient que la condition du prélèvement de fonds propres dans la société transférante doit être également considérée comme remplie lorsque des réserves latentes importantes et suffisantes sont transférées à la société reprenante. Elle soutient que l'on se trouverait dans cette situation en l'espèce puisque des réserves latentes "importantes" ont été transférées à E.________ AG, ce que le Tribunal cantonal n'aurait pas contesté.

5.3.2. La recourante reproche ensuite au Tribunal cantonal d'avoir adopté une conception de la scission trop restrictive, arbitraire et contraire à la volonté du législateur en se fondant uniquement sur la situation au jour du transfert pour vérifier si l'opération a porté sur le transfert d'une (partie distincte d') exploitation. De son point de vue, pour examiner si cette condition est remplie, il faut adopter une approche "dynamique" et prendre en considération les événements postérieurs au jour du transfert. Elle est d'avis que cette condition est remplie en l'espèce, parce que les parcelles ont ensuite été bâties après le transfert et qu'elles ont généré des rendements locatifs significatifs à partir de l'année 2016.

Ces deux griefs sont examinés successivement ci-après.

6.1. S'agissant de la condition relative à l'exigence du transfert de "fonds propres", il ressort de l'arrêt attaqué que le Tribunal cantonal a appliqué la circulaire n° 5a "Restructurations" de l'Administration fédérale des contributions du 1er février 2022 (ci-après: la Circulaire 5a), singulièrement son chiffre 4.3.2.4 "Délimitation entre une scission et une vente". Celui-ci prévoit qu'il ne peut y avoir de scission sans incidence fiscale que si une part appropriée des fonds propres (capital-actions et/ou les réserves ouvertes), est transférée avec l'exploitation. La Circulaire 5a exclut ainsi implicitement que le transfert de réserves latentes puisse être assimilé à un transfert de fonds propres.

6.1.1. De jurisprudence constante, les directives administratives telles que les circulaires de l'Administration fédérale des contributions ne contiennent pas des règles de droit mais représentent des ordonnances administratives, qui ne lient pas les autorités judiciaires mais dont celles-ci peuvent tenir compte dans la mesure où elles concrétisent et permettent une application correcte des dispositions légales concernées (cf. ATF 150 II 40 consid. 6.6.2; 150 II 294 consid. 6.1; 146 I 105 consid. 4.1 et leurs références).

6.1.2. Dans une affaire antérieure à l'entrée en vigueur de l'art. 103 LFus (arrêt 2C_784/2008 du 7 juillet 2009), qui concernait également une cession immobilière n'ayant impliqué aucun transfert de fonds propres ouverts et qui était revendiquée comme étant une scission exonérée du droit de mutation cantonal en vertu du droit cantonal, le Tribunal fédéral, après avoir rappelé que son pouvoir d'examen était limité aux droits constitutionnels invoqués (arrêt cité consid. 1.3), a jugé qu'il n'était pas arbitraire d'exiger que le transfert fût effectué au détriment des fonds propres (ouverts) de la société transférante pour obtenir l'exonération du droit de mutation selon le droit cantonal. Cette approche correspondait à la pratique de l'Administration fédérale des contributions (alors exprimée sous le chiffre 4.3.2.4 de son ancienne circulaire sur les restructurations, i.e. la circulaire n° 5 du 1er juin 2004), elle était défendue par de nombreux auteurs et avait pour conséquence que la simple vente d'une exploitation à une société soeur ne pouvait pas être qualifiée de scission fiscalement neutre (arrêt cité consid. 3.5). Le Tribunal fédéral a finalement souligné que, comme l'instance précédente s'était fondée sur cette pratique de l'Administration fédérale des contributions et sur la doctrine, "sans doute majoritaire", il n'était pas nécessaire de déterminer si cette conception de la notion de fonds propres résistait à un examen libre de l'art. 61 al. 1 LIFD, respectivement de l'art. 24 al. 3 LHID (arrêt cité consid. 3.8).

Depuis cet arrêt, le Tribunal fédéral n'a jamais eu l'occasion de se prononcer sur la question de savoir si l'exigence découlant des circulaires de l'Administration fédérale des contributions (exigence du transfert de fonds propres "ouverts") était conforme aux dispositions fiscales du droit fédéral concernant les scissions, ce que la recourante conteste.

6.1.3. En l'occurrence, le Tribunal cantonal a jugé que l'approche préconisée par l'Administration fédérale des contributions était justifiée car admettre le transfert d'une (partie d') exploitation sans transfert simultané d'une part appropriée des fonds propres ouverts revenait à nier les spécificités de la scission et ses conditions particulières et, en définitive, à supprimer toute distinction entre l'institution de la scission et la simple vente d'une exploitation. Cette conception est contestée par certains auteurs, qui objectent que la condition de la double exploitation suffirait à distinguer la scission d'une simple vente et que l'approche restrictive de l'Administration fédérale des contributions ne se justifierait ni économiquement ni fiscalement, la société transférante se voyant également appauvrie, à hauteur des réserves latentes transférées, même sans transfert de fonds propres ouverts (cf. notamment HEUBERGER/GRÜNBLATT, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Umstrukturierungen, 2e éd. 2022, n os 36-38 ad § 6; GLAUSER/OBERSON, in Commentaire romand, Loi sur l'impôt fédéral direct [LIFD], 2e éd. 2017, n° 56 ad art. 61 LIFD; REICH/TADDEI/OESTERHELT, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 4e éd. 2022, n° 217 ad art. 61 LIFD; OESTERHELT/MARTIN, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 4e éd. 2022, n° 740 ad art. 24 LHID).

6.1.4. La question de savoir si le transfert de fonds propres doit porter sur des fonds propres "ouverts", comme le préconise l'Administration fédérale des contributions, souffre de rester indécise dans la présente cause. En effet, la reconnaissance d'une scission au sens de l'art. 24 al. 3 let. b LHID est de toute ma arrêt attaqué nière exclue dans le cas d'espèce parce que, comme exposé ci-après, le transfert n'a pas porté sur une (partie distincte) d'exploitation.

6.2. La reconnaissance d'une scission suppose, selon les termes de l'art. 24 al. 3 let. b LHID, que le transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation. La loi exprime ici la condition dite du maintien de la double exploitation (ATF 138 II 557 consid. 6.4; OESTERHELT/MARTIN, op. cit., n° 720 ad art. 24 LHID).

6.2.1. La notion d'exploitation n'est précisée ni dans la LHID ni dans la LIFD (OESTERHELT/MARTIN, op. cit., n° 722 ad art. 24 LHID). Selon la jurisprudence, on entend par "exploitation" au sens du droit fiscal tout ensemble organisationnel et technique d'éléments patrimoniaux qui constitue une unité organique relativement indépendante en vue de la fourniture de prestations commerciales (ATF 150 II 40 consid. 6.4; 142 II 283 consid. 3.2) et par "partie distincte d'exploitation" la plus petite entité autonome de l'entreprise (ATF 142 II 283 consid. 3.2; 138 II 557 consid. 6.4; sur ces notions, cf. au surplus ATF 150 II 40 consid. 6.4; 142 II 283 consid. 3.2; 138 II 557 consid. 6.4). Selon la jurisprudence, la gestion de ses propres biens immobiliers peut exceptionnellement constituer une exploitation si on est en présence d'une gestion professionnelle (cf. au surplus sur cette question ATF 150 II 40 consid. 6.5-6.8.4).

6.2.2. Il découle par ailleurs du texte clair de l'art. 24 al. 3 let. b LHID ("à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation") que c'est au moment où le transfert a lieu que l'on doit examiner s'il porte sur une (partie distincte d') exploitation. Cela est confirmé par l'exigence de l'art. 24 al. 3 let. b LHID selon laquelle les personnes morales existantes après la scission "poursuivent" une partie distincte d'exploitation. En effet, la notion de "poursuite" d'une exploitation suppose nécessairement qu'elle existait (déjà) au moment du transfert. C'est donc au moment de la scission qu'il faut se placer pour déterminer si le transfert a porté sur une (partie distincte d') exploitation (cf. GLAUSER/OBERSON, op. cit., n° 41 ad art. 61 LIFD). Partant, la position de certains auteurs, pour qui la condition du transfert d'une exploitation peut aussi être considérée comme réalisée lorsqu'une nouvelle exploitation naît lors de la scission ("durch die Spaltung") ou lorsqu'une exploitation ou une partie d'exploitation n'en est encore qu'au stade préparatoire lors du transfert et que sa viabilité effective ne commence qu'avec la scission ("sich erst in Vorbereitung befindet und die eigentliche Lebensfähigkeit erst mit der Spaltung beginnt", HEUBERGER/GRÜNBLATT, op. cit., n° 71 s. ad § 6 et les auteurs cités) n'est pas compatible avec le sens clair de l'art. 24 al. 3 let. b LHID. Comme l'a retenu à bon droit l'instance précédente, il est ainsi exclu d'admettre que la condition du transfert d'une exploitation est remplie si le transfert a porté sur des actifs isolés, au motif qu'ils rempliront ultérieurement les conditions pour représenter une (partie distincte d') exploitation.

6.2.3. En l'espèce, il ressort des faits constatés dans l'arrêt attaqué que les deux parcelles qui ont été transférées de B.________ AG à E.________ AG par le contrat du 4 décembre 2014 étaient non bâties. Ce contrat précise aussi "qu'aucun contrat de travail n'est transféré dans le cadre de ce transfert de patrimoine". Ce n'est en outre qu'à partir de l'année 2016 que des revenus locatifs ont commencé à être perçus, étant rappelé que la construction ne s'est achevée qu'en juillet 2016 et que le permis d'habiter a été délivré le même jour (supra let. A.a). On est donc manifestement en présence du transfert isolé de deux immeubles et non du transfert d'une (partie distincte d') exploitation, ce qui suffit à exclure l'existence d'une scission.

6.3. Le Tribunal cantonal n'a donc pas méconnu l'art. 24 al. 3 let. b LHID en jugeant que le transfert de patrimoine du 4 décembre 2014 n'avait pas constitué une scission. Au surplus, la recourante ne soutient à juste titre pas que l'opération litigieuse aurait constitué un autre type de restructuration (sur les autres formes de restructuration possibles et qui ont toutes été exclues par le Tribunal cantonal, cf. arrêt attaqué consid. 5 p. 20). En particulier, l'existence d'une restructuration au sens de l'art. 24 al. 3quater LHID est d'emblée exclue puisque cette restructuration suppose que le transfert intervienne entre des sociétés qui sont "réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative", ce qui n'est pas le cas de B.________ AG et de E.________ AG, qui étaient détenues par un actionnaire, une personne physique, au moment du transfert.

6.4. Il découle de ce qui précède que le Tribunal cantonal n'a pas violé le droit fédéral en jugeant que l'opération n'a pas représenté une restructuration au sens de l'art. 103 LFus et qu'elle ne pouvait donc pas être exonérée du droit de mutation cantonal en vertu de cette disposition.

La recourante se plaint finalement d'une violation du principe de l'interdiction du dualisme des méthodes. Rappelant que le transfert de patrimoine intervenu en exécution du contrat du 4 décembre 2014 n'a donné lieu à aucun impôt sur le bénéfice dans le chef de B.________ AG, elle en conclut que prélever un droit de mutation sur le Transfert des Parcelles est le résultat d'un dualisme de méthodes inadmissible.

7.1. De manière générale, le dualisme des méthodes est défini comme l'adoption par l'autorité de deux points de vue mutuellement exclusifs dans une même affaire ou dans le cadre du même état de fait. En principe, l'interdiction du dualisme des méthodes s'impose à une autorité fiscale qui statue deux fois, quand bien même il s'agit de deux services différents d'une même administration (arrêt 9C_176/2024 du 30 octobre 2024 consid. 6.3.2 et les références).

7.1.1. Dans cet arrêt 9C_176/2024, le Tribunal fédéral a précisé que le principe de l'interdiction du dualisme des méthodes n'était pas violé lorsque l'autorité de taxation en matière d'impôts directs appréciait différemment la situation que celle en matière d'impôts indirects (à ce sujet, cf. OESTERHELT/OPEL, Rechtsprechung 2025/1, in IFF Forum für Steuerrecht 2025 p. 58, et ADRIANO MARANTELLI, Erbschafts- und Schenkungssteuern im Jahr 2024, in successio 19/2025, p. 228). À l'appui de cette affirmation, le Tribunal fédéral s'est référé à deux arrêts, soit un arrêt du 5 novembre 1996 (publié in Archives 66 p. 87) et un arrêt du 28 février 1986 (publié in Archives 56 p. 660). Dans ces deux arrêts, les impôts indirects en question étaient un droit de timbre (d'émission, respectivement de négociation). Le Tribunal fédéral a retenu que l'interprétation de contrats que l'Administration fédérale des contributions avait effectuée en lien avec ces impôts ne liait pas les autorités cantonales en matière d'impôts directs et que l'on ne pouvait donc pas reprocher à ces dernières d'avoir recouru à un dualisme des méthodes prohibé.

Le passage précité du consid. 6.3.2 de l'arrêt 9C_176/2024 ne doit pas être compris comme ayant une portée générale, en ce sens que le principe de l'interdiction du dualisme de méthode ne pourrait jamais être violé lorsqu'un état de fait est interprété différemment en matière d'impôts directs et en matière d'impôts indirects. Cela est du reste confirmé par l'arrêt 9C_176/2024 lui-même, puisque le Tribunal fédéral y a précisément admis que l'autorité fiscale avait recouru à un dualisme de méthodes dans une situation impliquant un impôt indirect (impôt sur les successions) et un impôt direct (impôt sur le revenu; cf. arrêt 9C_176/2024 consid. 7.1-7.3).

7.1.2. Si les conditions légales du prélèvement d'un impôt sont clairement remplies, la prohibition du dualisme des méthodes ne saurait en principe avoir pour conséquence que l'autorité fiscale doive renoncer au droit de le prélever au motif que, dans le contexte d'un autre impôt, un autre service de l'administration fiscale a adopté une autre approche, d'autant plus si cette autre approche se révèle erronée. Dans un tel cas, le principe de la légalité doit, dans la règle, l'emporter.

7.1.3. En définitive, savoir si on se trouve dans une situation de dualisme des méthodes prohibé relève de l'examen des circonstances de chaque cas d'espèce (pour une casuistique, cf. arrêt 9C_176/2024 du 30 octobre 2024 consid. 6.3.2 et 6.4).

7.1.4. En l'occurrence, la question du recours à un dualisme des méthodes prohibé pourrait se poser si une opération est considérée par une autorité fiscale comme représentant une "restructuration" dans le contexte des impôts directs mais que la reconnaissance d'une restructuration est refusée s'agissant du droit de mutation. En effet, la notion de "restructuration" est la même pour ces deux impôts, au vu du renvoi de l'art. 103 LFus aux dispositions topiques de la LHID. Certes, il est possible qu'une opération ne soit pas fiscalement neutre au plan des impôts directs tout l'en étant au plan du droit de mutation. Cette différence de traitement ne provient toutefois pas d'une conception différente de la notion de restructuration pour ces deux types impôts mais de la jurisprudence du Tribunal fédéral selon laquelle, pour le droit de mutation (art. 103 LFus), seule l'existence d'une "restructuration" est décisive, alors que pour les impôts directs, il faut encore que les conditions générales de la LHID soient réalisées (supra consid. 4.3). Partant, on ne peut pas suivre le Tribunal cantonal en tant qu'il retient que l'appréciation de l'existence d'une exploitation (et partant de l'existence d'une "restructuration") pourrait varier pour les deux types d'impôts.

7.2. Il reste encore à déterminer si, au vu des circonstances d'espèce, c'est à bon droit que le Tribunal cantonal a retenu que l'Administration cantonale des impôts n'avait pas procédé à un dualisme des méthodes inadmissible.

7.2.1. Il est établi (supra consid. 6) que le transfert de patrimoine qui est intervenu en exécution du contrat du 4 décembre 2014 n'a pas représenté une restructuration. Il est par ailleurs constant que le transfert des Parcelles effectué dans ce contexte est un transfert immobilier qui remplit les conditions pour être soumis au droit de mutation dans le canton de Vaud; ce point n'a semble-t-il jamais été remis en cause par la recourante, qui s'est uniquement prévalue, à tort, de l'existence d'une restructuration fiscalement neutre pour obtenir l'exonération de cet impôt. En d'autres termes, le droit de mutation est donc en principe dû. Pour s'opposer au prélèvement de l'impôt, la recourante se prévaut du fait qu'aucun impôt sur le bénéfice n'a été réclamé à B.________ AG en lien avec le "transfert de patrimoine" du 4 décembre 2014 dans le canton de Vaud. Elle soutient que cela attesterait que l'opération a été considérée comme une "restructuration" par les autorités vaudoises et que, partant, le principe d'interdiction du dualisme des méthodes s'opposerait à ce que l'opération soit traitée différemment dans le contexte de l'art. 103 LFus.

7.2.2. Ce raisonnement n'emporte pas la conviction. En effet, il ne ressort pas des faits constatés dans l'arrêt attaqué qu'au plan des impôts directs, l'Administration cantonale/Office des personnes morales a concrètement examiné le transfert de patrimoine découlant du contrat du 4 décembre 2014. En effet, B.________ AG n'a adressé aucun ruling préalable à l'Administration cantonale/Office des personnes morales en vue de déterminer les conséquences fiscales de cette opération et elle ne lui a pas non plus adressé de déclaration fiscale, alors même que le transfert de patrimoine impliquait des parcelles vaudoises. C'est ainsi sur la base des informations que l'autorité fiscale du canton de C.________ lui a fournies que l'Administration cantonale/ Office des personnes morales a taxé (d'office) B.________ AG, c'est-à-dire en se fondant sur les éléments imposables qui ressortaient de la répartition intercantonale faite par l'autorité fiscale du canton du siège. Au demeurant, cette dernière a également admis ne pas avoir concrètement examiné les conséquences fiscales du transfert de patrimoine du 4 décembre 2014 puisqu'elle a indiqué avoir procédé à la taxation de B.________ AG sur la base des déclarations fiscales que celle-ci avait déposées. Dans ces circonstances, et comme l'a aussi retenu le Tribunal cantonal, le fait que le transfert de patrimoine prévu dans le contrat du 4 décembre 2014 n'a, par erreur, pas eu de conséquence fiscale au plan des impôts directs pour B.________ AG ne saurait permettre à la recourante d'obtenir un avantage fiscal au niveau du droit de mutation.

7.3. Il découle de ce qui précède que la recourante se prévaut à tort de l'interdiction du dualisme des méthodes pour éviter le paiement du droit de mutation dû en lien avec le Transfert des Parcelles.

Ce qui précède conduit au rejet du recours. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

Le recours est rejeté.

Les frais judiciaires, arrêtés à 13'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.

Lucerne, le 4 août 2026

Au nom de la IIIe Cour de droit public

du Tribunal fédéral suisse

La Présidente : Moser-Szeless

La Greffière : Vuadens