Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
1C_62/2025
Urteil vom 29. April 2026
I. öffentlich-rechtliche Abteilung
Besetzung
Bundesrichter Haag, Präsident,
Bundesrichter Müller, Merz,
Gerichtsschreiberin Gerber.
Verfahrensbeteiligte
Blausee AG,
Beschwerdeführerin,
vertreten durch Rechtsanwälte Robin Moser und/oder Johanna Hädinger und/oder Nadine Spahni,
gegen
BLS Netz AG,
Beschwerdegegnerin,
vertreten durch Rechtsanwälte Thomas Geiger und/oder Dr. Tom Pleiner,
Bundesamt für Verkehr (BAV),
Mühlestrasse 6, 3003 Bern.
Gegenstand
Bahninfrastruktur; Plangenehmigung Lötschberg-Basistunnel (LBT) Teilausbau,
Beschwerde gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts, Abteilung I,
vom 16. Dezember 2024 (A-2883/2022).
Sachverhalt
A.
Die Lötschbergachse umfasst den Lötschberg-Scheiteltunnel (LST) und den Lötschberg-Basistunnel (LBT). Beide dienen dem Eisenbahnverkehr. Der LST wurde zwischen 1907 und 1913 erbaut und verbindet Kandersteg (BE) mit Goppenstein (VS). Der LBT führt von Frutigen (BE) nach Raron (VS). Er ist nicht auf seiner ganzen Länge zweispurig befahrbar: Während die Oströhre komplett ausgebrochen, mit Bahntechnik versehen und in Betrieb genommen wurde, wurde die Weströhre zwischen der Diensthaltestelle Mitholz und der Spaltungsweiche Ferden Nord zwar auf einer Länge von 14 km erstellt, aber aus finanziellen Gründen im Rohbau belassen. Im Jahr 2007 ging der LBT in Betrieb. Infrastrukturbetreiberin ist die BLS Netz AG.
B.
Im Kandertal, auf dem Gemeindegebiet von Kandergrund, liegt der Steinbruch Mitholz. Dieser umfasst unter anderem die Parzellen 235, 1217 und 1241. Letztere steht im Eigentum der BLS Netz AG.
B.a. Bewirtschaftet wird der Steinbruch durch die SHB Steinbruch + Hartschotterwerk Blausee-Mitholz AG (nachfolgend: SHB AG). Diese baut auf dem Steinbruchareal Bergsturzmaterial ab. Die durch den Abbau entstandenen Gruben werden fortlaufend wiederaufgefüllt und anschliessend rekultiviert bzw. aufgeforstet. Im nördlichen Bereich der Parzelle 1241 befindet sich die Wiederauffüllung ""Bütschi"", die fortschreitend von Norden nach Süden mit Aushubmaterial aufgefüllt wird. Südlich davon liegt eine Zwischenlagerfläche, gefolgt von der südlichen Wiederauffüllung und der Schuttdeponie "Schütti". Nördlich der Parzelle 1241 befindet sich ein Umschlagplatz mit Gleisanschluss.
B.b. Beim Bau des LBT wurde der Steinbruch Mitholz als Installationsplatz und Ablagerungsraum verwendet. Dabei wurden zwischen den Jahren 2000 bis 2004 verschmutzter Pressschlamm auf den Parzellen 235 und 1217 sowie auf den benachbarten Parzellen 1319 und 1321 abgelagert. Der Standort "Ablagerung Alptransit, Steinbruch SHB IP Mitholz" - allgemein als "NEAT-Hügel" bekannt - wurde daher im Dezember 2005 im Kataster der belasteten Standorte (KbS) des Kantons Bern eingetragen (Nr. 05640018). Bei Materialumlagerungen im Jahr 2006 zeigten Untersuchungen, dass die Richtwerte für tolerierbares Aushubmaterial überschritten waren. In der Folge wurde der Pressschlamm ausgehoben und in einer Deponie entsorgt. Gemäss aktuellem Katastereintrag gilt der Standort als belastet, ohne dass schädliche oder lästige Einwirkungen zu erwarten seien.
B.c. Das Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (AGR) erliess mit Gesamtentscheid vom 24. August 2009 (nachfolgend: Gesamtentscheid AGR) neue Auflagen für den Abbaubetrieb im Steinbruch Mitholz und genehmigte die Überbauungsordnung Nr. 2a Steinbruch Mitholz (nachfolgend: UeO Nr. 2a).
C.
Rund 1.5 km unterhalb des Steinbruchs Mitholz befindet sich neben dem Fluss Kander der Blausee. Dort betreibt die Blausee AG einen Gastwirtschaftsbetrieb mit Hotel und eine Forellenzucht in separaten Becken. Gespeist wird der Blausee vom Grundwasserstrom des Kandertals, der auch das südlich gelegene Steinbruchareal durchfliesst. Für die Fischzuchtanlage werden Grund- sowie Quellwasser verwendet. Ab April 2018 kam es in der Fischzuchtanlage - nicht aber im Blausee - zu mehreren grösseren Fischsterben. Das Phänomen trat in grösserem Ausmass jeweils im Frühjahr in Erscheinung, wenn die Kander Hochwasser führte. Aufgrund der wiederholten Fischsterben in der Fischzucht sowie der Vorfälle im SHB-Steinbruch (vgl. unten, Abschnitt E. ff.) reichte die Blausee AG am 24. Juli 2020 Strafanzeige gegen Unbekannt bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Bern, Region Berner Oberland, ein. Das daraufhin eröffnete Strafverfahren dauert - soweit bekannt - nach wie vor an.
D.
Mit Schreiben vom 11. Juni 2019 ersuchte die BLS Netz AG das Bundesamt für Verkehr (BAV) um Genehmigung des Projekts "Lötschberg-Basistunnel (LBT) : Teilausbau". Nach dem behördeninternen Vernehmlassungsverfahren reichte die BLS Netz AG das überarbeitete Projekt am 3. August 2020 erneut zur Genehmigung ein. Dieses umfasst insbesondere den Ausbau und die Ausrüstung der Weströhre zwischen Mitholz und Ferden. Dadurch soll der integrale Halbstundentakt zwischen Bern und Brig ermöglicht und der Güterverkehr vom LST schwergewichtig auf die Basisstrecke verlagert werden.
Das Projekt benötigt diverse Installationsplätze in den Kantonen Bern und Wallis. Als Dreh- und Angelpunkt für die Bau- und Ausrüstungsarbeiten ist der temporäre Installationsplatz Mitholz (nachfolgend: IP Mitholz) vorgesehen. Dieser soll hauptsächlich auf der Parzelle 1241 zu liegen kommen. Im nördlichen Bereich der Parzelle sind Lagerflächen sowie eine Betonanlage und eine Werkstatt vorgesehen, gefolgt von einer befestigten Fläche mit Anschluss an die Abwasserreinigungsanlage (ARA) für die Zwischenlagerung von verschmutztem Material, das in Deponien entsorgt werden soll. Im mittleren Bereich soll eine Fläche von 34'000 m2 für die Zwischenlagerung von wiederverwertbarem Abbaumaterial zur Verfügung stehen. Zum Einbau von unverschmutztem Material in den Steinbruch steht im südöstlichen Bereich der Parzelle entsprechendes Auffüllvolumen bereit. Im südwestlichen Bereich ist eine Fläche für eine Kantine, Büros und Unterkünfte geplant. Etwas nördlich der Parzelle 1241 befindet sich zudem ein Umschlagplatz mit Gleisanschluss (nachfolgend: Umschlagplatz Mitholz). Von dort aus sollen via Bahn Aus- und Abbruchmaterial in Deponien und Wiederaufbereitungsbetriebe abtransportiert sowie Betonzuschlagsstoffe, Zement und weitere Massengüter zugeführt werden.
Im daraufhin eröffneten Plangenehmigungsverfahren erhob u.a. die Blausee AG am 15. September 2020 Einsprache gegen das Projekt, insbesondere gegen den geplanten IP Mitholz.
E.
Im Frühsommer 2020 stellten Vertreter des Amtes für Wasser und Abfall des Kantons Bern (AWA) fest, dass in der Wiederauffüllung "Bütschi" Wasser auf der Grubensohle zirkulierte; sodann seien zwischen dem 7. November 2018 und dem 12. Juni 2020 ohne Bewilligung verschmutzter Bahnschotter von der Sanierung des LST in die Wiederauffüllung "Bütschi" zur Aufbereitung mittels einer Siebanlage (Trockensiebung) gebracht worden. Gemäss den Aussagen des Betriebsleiters der SHB AG seien die Ausfallprodukte (Über- und Unterkorn) in der Schuttdeponie "Schütti" abgelagert worden. Den ausgesiebten Schotter habe man dem zum Verkauf vorgesehenen Produkten des Kieswerks beigemengt. Für Auffüllzwecke oder lokale Baupisten habe der Schotter keine Verwendung gefunden. Das AWA forderte in der Folge die SHB AG auf, die Verhältnisse in der Grube mittels eines hydrogeologischen Gutachtens mit abfallrechtlicher Untersuchung abklären zu lassen. Ferner ordnete es an, die wasserführenden Bereiche in der Wiederauffüllung "Bütschi" mit sauberem Drainagematerial aufzufüllen und mit einem Vlies zu überdecken, damit die Auffüllung mit unverschmutztem Aushubmaterial weitergeführt werden könne.
Die von der SHB AG beauftragte Geotest AG entdeckte im Zuge ihrer Untersuchung schwach belastetes Ausfallkorn im Untergrund der Schuttdeponie "Schütti" sowie in zwei noch nicht eingearbeiteten Haufen. Dieses wurde entfernt und zu einer Deponie gebracht. Die daraufhin am Ort entnommenen Sohleproben erfüllten die Anforderungen an unverschmutztes Material. Mit Bericht vom 16. September 2020 stellte die Geotest AG fest, dass der Sauberkeitsnachweis damit erbracht worden sei.
F.
Im Februar 2021 erhielt die SHB AG Hinweise, wonach ihr angeliefertes Material möglicherweise nicht der ihr gegenüber deklarierten Qualität entsprochen habe. Das falsch deklarierte Material betraf insbesondere 200 t Betonschlämme der ARGE Marti aus dem sanierten LST, die vom Juli 2019 bis April 2020 angeliefert und in die Schuttdeponie "Schütti" eingebaut worden waren. Im gleichen Einbauperimeter sollen zudem betriebseigene Schlämme aus dem gewaschenen Schotter, dem vor dem Waschprozess jeweils 5 % belasteter Gleisaushub beigemischt worden sei, abgelagert worden sein. Das AWA forderte die SHB AG am 23. Februar 2021 auf, die Betonschlämme auszuheben und in einer Deponie zu entsorgen. Die Geotest AG wurde beauftragt, den Einbauperimeter mittels systematischen Sondierbohrungen und Feststoffproben zu untersuchen. Gemäss ihrem Bericht vom 30. Juli 2021 entdeckte sie dabei Material unterschiedlicher Verschmutzungsgrade. Anschliessend wurde der Perimeter saniert und das Aushubmaterial zu einer Deponie gebracht.
G.
Am 28. Mai 2021 forderte das AWA die SHB AG auf, die Wiederauffüllung "Bütschi", den Standort der beiden Haufen aus der Trockensiebung bei der Schuttdeponie "Schütti" sowie den Standort des ehemaligen temporären Schlammbeckens, das sich westlich der südlichen Wiederauffüllung befindet, zu untersuchen. Mit Bericht vom 17. September 2021 stellte die wiederum beauftragte Geotest AG fest, dass in der Wiederauffüllung "Bütschi" kein belastetes Material angetroffen werden konnte. Lediglich im Bereich des ehemaligen Schlammbeckens und der abgelagerten Haufen sei schwach belastetes Material gefunden worden. In ihrem Bericht vom 22. Oktober 2021 beantwortete die Geotest AG zudem diverse Fragen zur Bodenqualität der Wiederauffüllung "Bütschi" sowie zu den Grundwasserverhältnissen im Umfeld des Steinbruchs Mitholz. Unter anderem konstatierte sie, dass das Grundwasser im Zu- und Abstrom des Steinbruchareals gemäss der chemischen Grundwasserüberwachung keine Belastungen aufweise. Die Geotest AG bestätigte mit Bericht vom 3. März 2022, dass mit den durchgeführten Arbeiten die Sanierungsziele im südlichen Bereich des Steinbruchareals (Schuttdeponie "Schütti" und ehemaliges Schlammbecken) erreicht worden seien. Aufgrund der geringen Restbelastung wurde dieser Bereich zwar als belasteter Standort Nr. 05640026 im KbS eingetragen, jedoch als weder überwachungs- noch sanierungsbedürftig qualifiziert.
H.
Bereits Ende 2020 hatten die Gemeinde Kandergrund, das AWA, das BAV, das Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport VBS, die BLS Netz AG, die Blausee AG und die SHB AG den Runden Tisch "Grundwasser oberes Kandertal" ins Leben gerufen (nachfolgend: Runder Tisch). Dieser beauftragte die Jäckli Geologie AG mit der Erarbeitung eines hydrogeologischen Modells zum Zustand des Grundwassers im oberen Kandertal. Das "Hydrogeologische Konzeptmodell" vom 26. Mai 2021 wurde vom Runden Tisch genehmigt. In der Folge beauftragte dieser die Jäckli Geologie AG mit der Beantwortung diverser Fragen. Zusätzlich wurde ein Überwachungssystem (Monitoring) installiert, mit dem das Grundwasser und die Kander künftig quantitativ und qualitativ überwacht werden sollen. Seit Ende 2021 ist dieses System operativ. Am 7. Januar 2022 erstattete der Gutachter der Jäckli Geologie AG dem Runden Tisch die Expertise "Grundwasser Oberes Kandertal, Kandergrund/BE, Beantwortung von Fragen des Runden Tischs". Die Blausee AG trug deren Schlussfolgerungen nicht mit und verweigerte ihre Zustimmung zur Expertise.
I.
Mit Schreiben vom 2. Februar 2022 setzte die Blausee AG das BAV über "illegale Deponien" in drei Bereichen (A, B und C) im Steinbruch Mitholz in Kenntnis, die sie nach eigenen Abklärungen habe lokalisieren können.
J.
Mit Plangenehmigung vom 8. Juni 2022 genehmigte das BAV das Auflageprojekt unter Auflagen. Die Einsprache der Blausee AG wies es ab, soweit es darauf eintrat und es sie nicht unter Verweis auf in die Verfügung aufgenommene Auflagen guthiess.
K.
Gegen die Plangenehmigung erhob die Blausee AG am 5. Juli 2022 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde am 16. Dezember 2024 ab, soweit darauf einzutreten sei.
L.
Dagegen hat die Blausee AG am 31. Januar 2025 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sowie die Plangenehmigungsverfügung des BAV seien aufzuheben und das Gesuch der BLS Netz AG (Beschwerdegegnerin) auf Erteilung der Plangenehmigung für den Teilausbau Lötschberg-Basistunnel vom 11. Juni 2019 sei abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das BAV, subeventualiter an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen.
M.
Die Beschwerdegegnerin und das BAV beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesverwaltungsgericht äussert sich zu den Gehörsrügen der Beschwerdeführerin, die es als unbegründet erachtet, und verweist im Übrigen auf den angefochtenen Entscheid.
Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) äussert sich in seiner Vernehmlassung zu den umweltrechtlichen Rügen der Beschwerdeführerin, die unbegründet seien. Das Bundesamt für Raumordnung (ARE) teilt mit, der angefochtene Entscheid sei aus der Sicht des Raumplanungsrechts des Bundes nicht zu beanstanden.
Im weiteren Schriftenwechsel halten die Beteiligten an ihren Anträgen und Vorbringen fest.
N.
Mit Verfügung vom 31. März 2025 wurde der Antrag der Beschwerdeführerin auf Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.
O.
Mit Bundesbeschluss vom März 2024 hat die Bundesversammlung den Vollausbau des Lötschberg-Basistunnels beschlossen (Bundesbeschluss über die Änderung der Ausbauschritte 2025 und 2035 für die Eisenbahninfrastruktur vom 15. März 2024; AS 2024 338).
Erwägungen
1.
Gegen den Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts über eine bahnrechtliche Plangenehmigungsverfügung steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. a und 90 BGG).
1.1. Die Beschwerdeführerin ist Eigentümerin und Betreiberin der 1.5 km stromabwärts des geplanten IP Mitholz gelegenen Fischzucht, die mit Grundwasser gespeist wird. In der Vergangenheit ist es mehrfach zu Fischsterben gekommen, deren Ursache bis heute nicht restlos geklärt werden konnte. Die Vorinstanz ging davon aus, dass bei ungenügenden Schutzmassnahmen wassergefährdende Stoffe, die auf dem IP Mitholz eingesetzt werden oder dem Aushubmaterial anhaften, das Grundwasser und damit einhergehend die Fischzucht der Beschwerdeführerin beeinträchtigen könnten. Insofern ist sie vom Projekt besonders betroffen und daher zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2. Das aktuelle Interesse an der Beurteilung des Projekts "Teilausbau LBT" ist trotz des zwischenzeitlich von der Bundesversammlung beschlossenen Vollausbaus des LBT nicht entfallen. Der Vollausbau wird Gegenstand eines Projektänderungsverfahrens sein, welches auf dem Projekt Teilausbau aufbaut (vgl. Plangenehmigungsverfügung Ziff. 4 S. 14). Im Übrigen wurde das Plangenehmigungsgesuch für den Teilausbau LBT nicht zurückgezogen und könnte realisiert werden, sofern der Vollausbau aus irgend einem Grund nicht genehmigt werden könnte. Insofern besteht weiterhin ein Interesse an dessen Beurteilung.
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht wendet dieses grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 mit Hinweisen).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und
2.
Die Beschwerdeführerin rügt zunächst eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil das Bundesverwaltungsgericht in der Sache entschieden habe, obwohl ihm gewisse Akten des Einspracheverfahrens, nämlich die auf einem USB-Stick eingereichten Beilagen 1-21 zur Replik vom 16. August 2021 (nachfolgend: Einsprachereplikbeilagen bzw. ERB) von der Genehmigungsbehörde (BAV) nicht übermittelt worden seien. Dementsprechend habe die Vorinstanz diese Beweismittel nicht zur Kenntnis genommen und nicht berücksichtigt. Dies stelle eine Verletzung des rechtlichen Gehörs dar. Die Vorinstanz habe sogar auf zwei der fehlenden Beilagen (Gutachten Dr. Keusen vom 7. August 2021 [ERB 1] und Stellungnahme Dr. Keusen vom 3. November 2020 [ERB 15]) abgestellt, obwohl diese Stellungnahmen ihr gar nicht vorgelegen hätten.
2.1. Das Bundesverwaltungsgericht legt in seiner Vernehmlassung dar, das Fehlen der ERB sei ihm nicht entgangen, es habe aber von der Einforderung der fehlenden Beilagen absehen können: Einerseits hätten sich etliche der erwähnten Beilagen in den übrigen Akten befunden. Andererseits hätten die ERB im Wesentlichen der Untermauerung von Behauptungen der Beschwerdeführerin gedient, die entweder unstreitig oder in anderen Urkunden belegt gewesen seien, jedenfalls aber von vornherein nicht geeignet gewesen seien, zur Erstellung des rechtserheblichen Sachverhalts etwas beizutragen. Insbesondere habe das Bundesverwaltungsgericht nicht in Abrede gestellt, dass im Steinbruch einst unrechtmässiges Material abgelagert worden sei und dieses möglicherweise zu den Fischsterben geführt haben könnte. Es habe jedoch betont, dass die damaligen Vorkommnisse für die Beurteilung der Plangenehmigung nur insoweit von Bedeutung seien, als sie Rückschlüsse auf die aktuellen (insbesondere altlastenrechtlichen) Verhältnisse erlaubten (vgl. E. 3 des angefochtenen Entscheids). Als zentral habe es in diesem Zusammenhang die Untersuchungsberichte der Geotest AG erachtet und habe die wesentlichsten Einwände der Beschwerdeführerin gegen diese Untersuchungen gewürdigt (z.B. die Relevanz der Trübungen und Grundwasserverbindungen, abgelagerte Abfälle in der Grube Nord und Standorte der Probenahmen, kontaminierte Holzschwellen auf dem Umschlagplatz). Soweit die Behauptungen jedoch nichts zur Erstellung des rechtserheblichen Sachverhalts beigetragen hätten (z.B. unbestrittene geologische Verhältnisse und Grundwassermesswerte), habe auf Erörterungen dazu verzichtet werden dürfen.
2.2. Es ist unstreitig, dass sich die ERB 2, 4, 5, 8, 9, 10, 12, 13 und 14 in anderen Teilen der vorinstanzlichen Akten befanden. Die übrigen ERB lagen der Vorinstanz nicht vor. Entscheidend ist jedoch nicht, ob die Unterlagen physisch (in Papierform oder als USB-Stick) bei der Vorinstanz vorhanden waren, sondern ob diese verpflichtet gewesen wäre, sie einzusehen.
Als Rechtsmittelinstanz entscheidet das Bundesverwaltungsgericht in erster Linie aufgrund der Beschwerdeeingaben und -beilagen. Es ist nicht verpflichtet, sämtliche Unterlagen des Einspracheverfahrens von Amtes wegen zu konsultieren, sondern kann sich in der Regel auf diejenigen Aktenstücke beschränken, auf welche die Beteiligten in ihrer Beschwerde verweisen, weil sie auch für das Rechtsmittelverfahren noch (potenziell) entscheidrelevant seien. Vorliegend macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe auf S. 2 und 19 ihrer Beschwerde an die Vorinstanz ihre Vorbringen und Beweisanträge in Einsprache und Replik ausdrücklich bestätigt. Dies trifft zwar zu; der pauschale Verweis auf sämtliche Ausführungen und Beweismittel des erstinstanzlichen Verfahrens genügt jedoch den Anforderungen an die Begründungs- und Mitwirkungspflicht nicht. Daran ändert auch der auszugsweise Abdruck der Einsprachereplik im Anhang der Beschwerde nichts.
2.3. Näher zu prüfen sind noch die schriftlichen Stellungnahmen von Dr. Keusen vom 7. August 2021 (ERB 1) und vom 3. November 2020 (ERB 15). Diese werden im angefochtenen Entscheid (E. 9.4.1) ausdrücklich erwähnt, im Zusammenhang mit der Rüge der Beschwerdeführerin, das BAV habe die Einvernahme Dr. Keusens als sachverständigen Zeugen unter Verletzung des rechtlichen Gehörs und der Begründungspflicht abgewiesen. Die Vorinstanz erwog, Dr. Keusen habe sich in den genannten schriftlichen Stellungnahmen, die der Vorinstanz vorgelegen hätten, ausführlich zum Sachverhalt geäussert und es sei nicht ersichtlich, inwiefern seine Einvernahme zusätzliche rechtserhebliche Erkenntnisse gebracht hätte.
Zwar lagen die erwähnten ERB nicht in den Akten; die Beschwerdeführerin hatte jedoch in ihrer Replik vor Bundesverwaltungsgericht die Hauptaussagen der beiden Schreiben von Dr. Keusen wiedergegeben (vgl. als "Duplik" bezeichnete Replik vom 28. März 2023 S. 7, 11 f., 20 f., 25 f., 28 f., 36 f., 39, 50 und 54). Insofern war der Inhalt der beiden Stellungnahmen dem Bundesverwaltungsgericht bekannt, weshalb es sie bei der Behandlung des Beweisantrags berücksichtigen durfte.
Zu prüfen ist noch, ob es sich inhaltlich genügend mit diesen Eingaben befasst hat, auf welche die Beschwerdeführerin (in ihrer Replik vor Bundesverwaltungsgericht) ausdrücklich verwiesen hatte. Soweit sich diese auf frühere Vorkommnisse im SHB-Steinbruch und deren Kausalität für das Fischsterben beziehen, erachtete die Vorinstanz sie als nicht rechtserheblich (vgl. E. 3 des angefochtenen Entscheids) und musste daher nicht weiter darauf eingehen. Die Kritik Dr. Keusens an den Untersuchungen der Geotest AG im Perimeter des IP Mitholz wurde dagegen im angefochtenen Entscheid ausführlich behandelt (vgl. E. 8.1 und 8.7, insbesondere E. 8.7.4 zum monierten "Grundwassersee" und zur Repräsentativität der vorgenommenen Bohrungen und Probeentnahmen, E. 8.7.5 zur Zwischenlagerung von Bahnschwellen). Diese deckt sich im Übrigen mit den Einwänden in der Stellungnahme Dr. Keusens vom 8. Oktober 2020 zum Bericht Geotest, welche die Beschwerdeführerin vorinstanzlich (als Beschwerdebeilage 22) eingereicht hatte und die im angefochtenen Entscheid (in E. 8.7.7.2) ausdrücklich behandelt wurde.
2.4. Nach dem Gesagten stellt die fehlende Übermittlung bzw. der unterlassene Beizug der ERB keine Verletzung des rechtlichen Gehörs dar. Auch mit Bezug auf ERB 1 und 15 ist eine Verletzung des rechtlichen Gehörs zu verneinen. Es kann daher offenbleiben, ob die Beschwerdeführerin diese formelle Rüge verwirkt hat, weil sie die Unvollständigkeit der ihr aufgrund ihres Akteneinsichtsgesuchs vom 8. Mai 2024 zugestellten Beilagen bereits damals hätte bemerken und beanstanden müssen.
3.
Materiell rügt die Beschwerdeführerin, das Projekt sehe die Ablagerung von verschmutztem Ausbruch-, Abbruch- und Aushubmaterial aus dem Teilausbau LBT im Steinbruch Mitholz (Gewässerschutzbereich AU) vor. Dies verletze die Verordnung vom 4. Dezember 2015 über die Vermeidung und die Entsorgung von Abfällen (Abfallverordnung, VVEA; SR 814.600), das Gewässerschutzgesetz (GSchG; SR 814.20) und die Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 (GSchV; SR 814.201) und komme dem Betrieb einer nicht bewilligten Deponie gleich.
3.1. Abfälle sind gemäss Art. 7 Abs. 6 des Umweltschutzgesetzes (USG; SR 814.01) bewegliche Sachen, deren sich der Inhaber entledigt oder deren Entsorgung im öffentlichen Interesse geboten ist. Die Entsorgung der Abfälle umfasst ihre Verwertung oder Ablagerung sowie die Vorstufen Sammlung, Beförderung, Zwischenlagerung und Behandlung (Art. 7 Abs. 6bis USG). Kann die Erzeugung von Abfall nicht vermieden werden, so müssen Abfälle möglichst verwertet werden (
Zwischenlager dürfen gemäss Art. 29 Abs. 1 VVEA nur errichtet werden, wenn die Anforderungen der Umwelt- und insbesondere der Gewässerschutzgesetzgebung eingehalten werden. Der IP Mitholz befindet sich im Gewässerschutzbereich AU. In diesem dürfen keine Anlagen erstellt werden, die eine besondere Gefahr für ein Gewässer darstellen (Art. 29 Abs. 1 lit. a und Art. 31 Abs. 1 i.V.m. Ziff. 211 Abs. 1 Anh. 4 GSchV) oder die unter dem mittleren Grundwasserspiegel liegen (Ziff. 211 Abs. 2 Anh. 4 GSchV).
Unverschmutztes Aushub- und Ausbruchmaterial ist gemäss Art. 19 Abs. 1 VVEA möglichst vollständig wie folgt zu verwerten: als Baustoff auf Baustellen oder Deponien (lit. a), als Rohstoff für die Herstellung von Baustoffen (lit. b), für die Wiederauffüllung von Materialentnahmestellen (lit. c) oder für bewilligte Terrainveränderungen (lit. d). Als unverschmutzt gilt Aushub- und Ausbruchmaterial gemäss Art. 19 Abs. 1 VVEA i.V.m. Ziff. 1 Anh. 3 VVEA, wenn es zu mindestens 99 Gewichtsprozent aus Lockergestein oder gebrochenem Fels und im Übrigen aus anderen mineralischen Bauabfällen besteht, keine Fremdstoffe wie Siedlungsabfälle, biogene Abfälle oder andere nicht mineralische Bauabfälle enthält, die in ihm enthaltenen Stoffe die aufgeführten Grenzwerte (Gesamtgehalte) nicht überschreiten oder eine Überschreitung nicht auf menschliche Tätigkeiten zurückzuführen ist.
Am 17. Mai 2021 hat das BAFU eine Vollzugshilfe zur Verwertung von Aushub- und Ausbruchmaterial publiziert (nachfolgend: Vollzugshilfe); diese ist Teil des Moduls Bauabfälle der Vollzugshilfe zur VVEA. Danach wird Tunnelausbruchmaterial zwar durch jede Vortriebstechnik anthropogen verschmutzt; als Grundsatz gelte jedoch, dass in grossen Mengen anfallendes Ausbruchmaterial (nicht aber Behandlungsrückstände wie Schlämme, Feinmaterial etc.) als unverschmutzt betrachtet werden kann, wenn seine Verschmutzung während der Bauarbeiten minimiert wird (Ziff. 5.4 und Anh. 3 Vollzugshilfe).
3.2. Gemäss dem Umweltverträglichkeitsbericht (UVB) und dem Materialbewirtschaftungskonzept (MBK) steht beim IP Mitholz eine Fläche von ca. 31'400 m2 für die Aufbereitung und Zwischenlagerung von Material der Materialklassen 1 und 2 (gemäss SIA 199) sowie von Betonabbruch zur Verfügung. Material der Klasse 3 (gemäss SIA 199 geeignet für anspruchslose Schüttungen, Hinterfüllungen oder Auffüllungen) soll für die Wiederauffüllung des Steinbruchs Mitholz verwendet werden. Materialien, welche nicht verwertet werden können (Materialklasse 4), sollen in Deponien im Berner Oberland und im Aaretal abgelagert werden. Es ist unstreitig, dass auf dem IP Mitholz auch wassergefährdende Stoffe (Treibstoff, Zement, Zusatzmittel zur Betonherstellung etc.) umgeschlagen und zwischengelagert werden sollen und auf der Baustelle Emulsionssprengstoff eingesetzt wird.
3.3. Das BAV entschied, das im UVB und im MBK vorgesehene Entsorgungskonzept entspreche den Anforderungen der VVEA und der GSchV auf Stufe Auflageprojekt, müsse jedoch im Hinblick auf die Bauphase noch konkretisiert und detailliert werden, gestützt auf die VVEA und der zugehörigen Vollzugshilfe (Plangenehmigung, S. 152). Es ordnete diesbezüglich verschiedene Auflagen an: So ist frühzeitig vor Baubeginn ein detailliertes und auf den Ergebnissen der Submission aktualisiertes Entsorgungskonzept zur Beurteilung und Genehmigung einzureichen (Auflagen 2.7.17 und 5.3.6.2). Darin ist aufzuzeigen, welche den Vorschriften entsprechenden Materialien (unverschmutztes Ausbruchmaterial) im Einklang mit den Vorgaben der Überbauungsordnung in Mitholz abgelagert werden und wie die Qualität dieses Materials sichergestellt wird. Dazu gehören bereits Massnahmen im Vortrieb (Dosierung Sprengstoff, separater Abtransport von Spritzbetonrückpralle, etc.). Für das Ausbruchmaterial ist ein Beprobungskonzept auszuarbeiten (Auflage 5.3.6.11); zu bestimmen sind u.a. der Fremdstoffanteil abhängig von der Masse des eingesetzten Spritzbetons mithilfe einer Massenbilanz und die Stickstoffrückstände (NH4+, NO2-), abhängig von Art und Menge des eingesetzten Sprengstoffs (Plangenehmigung S. 159 f.). Vor Baubeginn ist dem AWA und dem BAV die gewässerrelevante Unbedenklichkeit der eingesetzten wassergefährdenden Betoninhaltsstoffe der endgültigen Betonrezepturen zu bestätigen (Auflage 2.5.28). Zwischenlager und Endlager des sprengstoffhaltigen Ausbruchmaterials müssen so angelegt sein, dass keine sprengstoffhaltigen Abwässer in ein Gewässer gelangen können (Auflage 2.5.31). Frühzeitig vor Baubeginn ist der Vorinstanz ein Baustellenentwässerungskonzept zur Beurteilung einzureichen. Das Konzept hat einen dichten Platz mit Randbordüren vorzusehen, der (allenfalls nach einer Vorbehandlung des Abwassers) in die Schmutzwasserkanalisation entwässert wird. Diese Anforderungen gelten ebenso für Baustrassen und Materialumschlagplätze (Auflagen 2.5.29 und 5.3.6.6). Die Baustellenentwässerung ist vor Inangriffnahme von relevanten Arbeiten vom AWA fachtechnisch kontrollieren und abnehmen zu lassen (Auflagen 2.5.30 und 5.3.6.7). In Ergänzung zum Monitoringkonzept des Runden Tisches und im Sinne der Erwägungen ist ein Beprobungskonzept für das Grundwasser im Projektperimeter auszuarbeiten (vor, während und nach den Bauarbeiten) und der Vorinstanz zur Genehmigung einzureichen (Auflage 5.3.6.10). In den Monaten, in denen gesprengt oder Sprengausbruch bewegt wird, ist an einer repräsentativen Abwasserprobe der Gehalt an Ammonium-N, Nitrit-N und Nitrat-N zu analysieren (Auflage 2.5.33). Sofern die Auflagen die Nachreichung von Detailprojekten in der Form von Konzepten verlangen, wird jeweils die Durchführung eines vereinfachten Plangenehmigungsverfahrens vorgesehen, unter Einbezug des BAFU und des AWA als Umweltfachbehörden sowie betroffener Dritter, darunter die Blausee AG (Auflagen 2.5.29, 2.7.17, 5.3.6.2, 5.3.6.6, 5.3.6.10, 5.3.6.11).
3.4. Die Vorinstanz ging davon aus, diese Auflagen genügten, um die Vorgaben der VVEA und der GSchV einzuhalten. Insbesondere werde mit der Verpflichtung der Beschwerdegegnerin zur Ausarbeitung eines Beprobungskonzepts (Auflage 5.3.6.11) sichergestellt, dass nur beprobtes und als unverschmutzt befundenes Material im Steinbruch endgültig abgelagert werde.
3.5. Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, Tunnelausbruchmaterial erfülle die Anforderungen von Ziff. 1 Anh. 3 VVEA nicht: Zum einen enthalte es zwangsläufig Sprengmittelrückstände; der Ammonium- und Nitritgehalt des vorliegend anfallenden Ausbruch- und Aushubmaterials sei zu Unrecht nicht abgeklärt worden. Zum anderen werde der maximale Fremdstoffanteil von 1 % (gemäss Ziff. 1 lit. a Anh. 3 VVEA) durch den Spritzbeton-Anteil im Tunnelausbruchmaterial prozessbedingt überschritten. Sie verweist hierfür auf einen im Auftrag mehrerer Kantone erstellten Bericht der Geo Partner AG Resourcenmanagement vom 8. März 2018 zu umweltrelevanten Erfahrungen beim Tunnelbau mit Sprengvortrieb. Darin wird eine Stellungnahme des BAFU vom 27. Juli 2016 zitiert, wonach der Anteil von Beton im Ausbruchmaterial prozessbedingt meist über 1 % liege; dies sei vertretbar, da man Herkunft und Zusammensetzung des Fremdanteils im Tunnelausbruchmaterial genau kenne (Bericht S. 11 und Anhang 2 S. 25). Die Beschwerdeführerin macht geltend, diese Praxis widerspreche der VVEA und sei rechtswidrig.
3.6. Das BAFU stellt in seiner Vernehmlassung klar, dass der im Bericht zitierte Schriftwechsel aus der Zeit vor Publikation der Vollzugshilfe stamme und überholt sei; er gebe nicht mehr die Auffassung des BAFU wieder. Der Umgang mit Ausbruchmaterial aus Tunnelprojekten sei in der 2021 veröffentlichten Vollzugshilfe (Kapitel 5 und Anh. 3) konkretisiert worden. Dabei gelte der Grundsatz, dass sowohl der Schadstoffeintrag durch Sprengstoffe als auch der Gehalt an Spritzbeton und Beton aus der Tunnelbrustsicherung durch eine saubere Arbeitsweise minimiert werden müssen. Beton zur Sicherung der Tunnelbrust diene dem Arbeitsschutz, weshalb darauf nicht gänzlich verzichtet werden könne. Die Vollzugshilfe beschreibe den Grundsatz, dass die Trennung von Ausbruchmaterial und Beton aus der Ortsbrustsicherung und dem Spritzbetonrückprall gemäss allen gegebenen Möglichkeiten der Technik vorgenommen werden müsse. Eine minimale Verschmutzung mit anderen mineralischen Bauabfällen könne geduldet werden (Anhang A3, S. 33). Das BAFU betont, dass es weder in seiner Vollzugshilfe noch in einer anderen Publikation einen maximalen, die Vorgaben von Ziff. 1 Anh. 3 VVEA überschreitenden Anteil an Beton im Ausbruchmaterial festlege, wie die Beschwerdeführerin behaupte. Zur Einhaltung dieser Vorgaben sei immer eine Einzelfallbetrachtung und eine regelmässige Beprobung erforderlich. Für Stickstoffrückstände aus Sprengstoffen (Ammonium und Nitrit) gebe es in Anh. 3 VVEA keinen Grenzwert. Dies sei damit zu erklären, dass Stickstoffverbindungen nicht stabil wie andere Schadstoffe seien, sondern sich durch Nitrifikationsprozesse in Nitrat (Bestandteil von Mineraldünger) umwandelten. Ausserdem seien sie sehr inhomogen im Ausbruchmaterial verteilt, was eine repräsentative Beprobung von grobblockigem Material praktisch verunmögliche.
Das BAFU betont, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin gestatte die Plangenehmigungsverfügung nicht die Ablagerung von verschmutztem Material; vielmehr sei Art. 19 Abs. 1 VVEA i.V.m. Ziff. 1 Anh. 3 VVEA ausdrücklich einzuhalten. Für den Teilausbau LBT seien sehr weitreichende Schutzmassnahmen für die Wiederauffüllung des Hartschottersteinbruchs vorgesehen. So solle das Ausbruchmaterial auf einer dichten Basisabdichtung abgelagert werden, damit das Sickerwasser gefasst und kontrolliert werden könne. Eine solche Massnahme gehe weit über die gesetzlichen Anforderungen hinaus und sei bisher bei keinem anderen Bauprojekt realisiert worden.
3.7. Auch die Beschwerdegegnerin betont, das Projekt halte die Vorgaben der VVEA und des Gewässerschutzrechts ein. Die Zwischen- und Endlager des Tunnelausbruchmaterials würden so angelegt, dass allfällige Sprengstoffrückstände im Rahmen des Monitoring- und Beprobungskonzepts für das Grundwasser als solche identifiziert und schädliche oder lästige Auswirkungen auf die Umwelt ausgeschlossen würden.
3.8. In ihrer Replik bestreitet die Beschwerdeführerin, dass das Baustellenentwässerungskonzept (Auflage 5.3.6.6) auch die Abdichtung und Entwässerung des für die definitive Ablagerung von Abbruchmaterial vorgesehenen Bereichs umfasse, wie vom BAFU behauptet.
3.9. Wie die Vorinstanz zutreffend festgehalten hat, ist die Wiederauffüllung des Steinbruchs Mitholz (einer Materialentnahmestelle) rechtlich als Verwertung zu betrachten und bedarf daher keiner Deponiebewilligung. Voraussetzung ist allerdings, dass die Wiederauffüllung mit unverschmutztem Material i.S.v. Art. 19 Abs. 1 VVEA i.V.m. Ziff. 1 Anh. 3 VVEA erfolgt.
3.9.1. Dies bedeutet insbesondere, dass der Anteil an mineralischen Bauabfällen, namentlich an Beton, maximal 1 % des Abbruchmaterials betragen darf. Aus der Vollzugshilfe ergibt sich nichts anderes, wie das BAFU in seiner Vernehmlassung bestätigt. Diese sieht nicht nur eine Pflicht zur Minimierung des Betonanteils an der Baustelle, sondern insbesondere auch Massnahmen zur Überprüfung des verbleibenden Anteils an Beton im Ausbruchmaterial vor, namentlich durch die Messung und Dokumentation der Massenströme (total eingesetzte Menge, entsorgte Menge an Spritzbetonrückprall, abgetrennte Menge von Beton aus dem Ausbruchmaterial nach dem Abschlag und, als Resultat, den Anteil an Beton im Ausbruchmaterial). Vorliegend hat das BAV zahlreiche Auflagen angeordnet, um sicherzustellen, dass nur unverschmutztes Ausbruchmaterial im Steinbruch Mitholz abgelagert wird. Dazu gehört insbesondere ein Beprobungskonzept zur Bestimmung des Fremdstoffanteils im Ausbruchmaterial. Dieses wird Gegenstand eines nachgelagerten vereinfachten Plangehmigungsverfahrens sein.
3.9.2. Ziff. 1 Anh. 3 VVEA enthält keinen Grenzwert für Sprengrückstände, insbesondere für Ammonium und Nitrit. In derartigen Fällen beurteilt die Behörde die Abfälle mit Zustimmung des BAFU im Einzelfall nach den Vorschriften der Umwelt- und Gewässerschutzgesetzgebung (Ziff. 3 Anh. 3 VVEA). Die Beschwerdeführerin wirft dem BAFU vor, die Auswirkungen dieser Sprengstoffrückstände zu verharmlosen. Der Prozess der Nitrifikation betrage je nach Temperatur mehrere Wochen, weshalb die für Wasserorganismen giftigen Verbindungen Ammonium und Nitrit ins Grundwasser und anschliessend in den Blausee gelangen könnten. Im Übrigen trage Nitrat zur Stickstoffanreicherung von Gewässern bei, was ebenfalls Art. 6 GSchG verletze (mit Verweis auf Urteil 1C_62/2014 vom 15. Juni 2015 E. 7.1 und 8.1 betreffend Kälberiglus).
Vorliegend enthält die Projektauflage 2.5.31 jedoch klar fest, dass Zwischenlager und Endlager des sprengstoffhaltigen Ausbruchmaterials so angelegt sein müssen, dass keine sprengstoffhaltigen Abwässer in ein Gewässer gelangen. Welche Massnahmen hierzu erforderlich sein werden, wird im nachgelagerten vereinfachten Plangenehmigungsverfahren zu entscheiden sein. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit den verschiedenen Auflagen nicht auseinander und legt nicht dar, inwiefern diese ungeeignet seien, die Einhaltung der gesetzlichen Anforderungen sicherzustellen.
3.10. Soweit verschmutztes und wassergefährdendes Material auf dem IP Mitholz umgeschlagen und zwischengelagert werden soll, handelt es sich ebenfalls nicht um eine Deponie, sondern um ein Zwischenlager i.S.v. Art. 29 Abs. 1 VVEA. Eine solche Anlage kann im Einzelfall auch im Gewässerschutzbereich AU bewilligt werden, wenn mit Auflagen und Bedingungen ein ausreichender Schutz der Gewässer gewährleistet werden kann (Art. 32 Abs. 4 GSchV).
3.10.1. Die Vorinstanz bejahte dies: Insbesondere müsse der gesamte Bereich des Installationsplatzes umfassend abgedichtet, mit Randbordüren versehen und an die Schmutzwasserkanalisation angeschlossen werden. Zudem finde ein Monitoring des Grundwassers statt. Damit seien die Anforderungen zum Schutz des Grundwassers und der Kander erfüllt. Die Details seien unter Einbezug der Beschwerdeführerin im Rahmen des Baustellenentwässerungs- und Beprobungskonzepts auszuarbeiten.
3.10.2. Das BAFU bestätigt dies in seiner Vernehmlassung. Es hält an seiner bisherigen Beurteilung fest, wonach eine Beeinträchtigung des Grundwassers faktisch ausgeschlossen werden könne bzw. eine Gefährdung als äusserst unwahrscheinlich zu beurteilen sei, sofern die Auflagen betreffend Entwässerung und Abdichtung umgesetzt und deren Einhaltung von den zuständigen kantonalen Fachstellen regelmässig überprüft werden. Im Perimeter Mitholz bestünden bereits heute über 40 Messgeräte (Piezometer), welche eine Überwachung des Grundwassers ermöglichten. Hinzu kämen die Auflagen, welche für das Gewässermonitoring durch den Runden Tisch eingerichtet worden seien. Dieses werde durch eine technische Gruppe begleitet, in welcher auch die Beschwerdeführerin Einsitz habe. Die Überwachung des Grundwassers sei ausserordentlich engmaschig und gehe über das in solchen Fällen Übliche weit hinaus.
3.10.3. Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht substanziiert mit den Erwägungen der Vorinstanz und den vom BAV angeordneten Auflagen auseinander und zeigt nicht auf, inwiefern Schutzlücken bestehen. Dies ist auch nicht ersichtlich: Es gibt für das Bundesgericht keinen Grund, in diesem Punkt von der Einschätzung des BAFU als Umwelt- und Gewässerschutzfachstelle des Bundes abzuweichen.
4.
Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, das Projekt widerspreche der für den Steinbruch Mitholz geltenden Überbauungsordnung Nr. 2a. Der diesbezügliche Gesamtentscheid AGR sehe vor, dass die Wiederauffüllung der abgebauten Flächen nur mit "unverschmutztem Aushubmaterial ohne jegliche Bauabfälle (Bauschutt und Abbruchmaterial) " zulässig sei. Vorliegend sei das zur Wiederauffüllung vorgesehene Tunnelausbruchmaterial schon nicht unverschmutzt; jedenfalls aber handle es sich nicht um Aushub- sondern um Ausbruchmaterial. Dies hätten das BAV und die Vorinstanz verkannt und damit Art. 21 RPG (SR 700) i.V.m. Art. 18 Abs. 4 des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 (EBG, SR 742.101) falsch angewendet.
4.1. Die Vorinstanz hielt fest, der Vorrang des eidgenössischen Planungsrechts vor kantonalem Recht sei gesetzlich in Art. 18 EBG vorgesehen. Das BAV habe daher das kantonale Recht nicht befolgen, sondern lediglich berücksichtigen müssen. Soweit die UeO Nr. 2a und der Gesamtentscheid AGR die Wiederauffüllung nur mit unverschmutztem Aushubmaterial zulasse, bestehe schon keine Divergenz, da es Sache des Bundesumweltrechts sei zu definieren, was darunter zu verstehen sei. Soweit der IP Mitholz anderen Bestimmungen der UeO Nr. 2a widerspreche, würde deren Berücksichtigung unverhältnismässige Einschränkungen für die Beschwerdegegnerin mit sich bringen; diese seien daher vom BAV zu Recht ausser Acht gelassen worden.
4.2. Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden (Art. 18 Abs. 1 EBG). Mit dieser werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt (Art. 18 Abs. 3 EBG). Kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich. Das kantonale Recht ist zu berücksichtigen, soweit es das Eisenbahnunternehmen in der Erfüllung seiner Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt (Art. 18 Abs. 4 EBG). Diesbezüglich ist eine Interessenabwägung vorzunehmen, welche die durch kantonale oder kommunale Normen erfassten Interessen und die eisenbahnbetrieblichen sowie übrigen öffentlichen Interessen berücksichtigt (vgl. BGE 121 II 378 E. 9a; Urteil 1C_605/2019 vom 24. September 2020 E. 3.1 mit weiteren Hinweisen).
Vorliegend hat das BAV verschiedene Vorgaben der UeO Nr. 2a, namentlich zum Schutz des Grundwassers, ausdrücklich berücksichtigt, indem es Auflagen zu dessen Schutz angeordnet hat (oben, E. 3.3). Dabei ging es - wie auch die kantonalen Fachstellen - davon aus, der Begriff "unverschmutztes Aushubmaterial" sei im gleichen Sinne zu verstehen wie die (erst später erlassenen) Bestimmungen der VVEA zur Wiederauffüllung von Materialablagerungsstätten. Ob dies zutrifft kann offenbleiben (vgl. immerhin Art. 18 der Überbauungsvorschriften, der ausdrücklich auch Ausbruchmaterial zulässt). Sollte die kantonale Bestimmung nämlich enger zu verstehen sein und die Wiederauffüllung mit Tunnelausbruchmaterial verbieten, selbst wenn es die Anforderungen von Ziff. 1 Anh. 3 VVEA erfüllt, würde dies eine unverhältnismässige Einschränkung für die Beschwerdegegnerin bedeuten: Diese dürfte das in grossen Mengen anfallende Ausbruchmaterial nicht in unmittelbarer Nähe der Baustelle verwerten, sondern müsste es über grosse Distanzen zu anderen Materialentnahmestellen oder Deponien Typ A (soweit überhaupt verfügbar) transportieren. Dies würde den Teilausbau erheblich erschweren und verteuern, ohne nennenswerte Vorteile für den Gewässer- und Umweltschutz zu bringen.
5.
Weiter rügt die Beschwerdeführerin die Verletzung altlastenrechtlicher Bestimmungen.
5.1. Art. 32c USG verpflichtet die Kantone, dafür zu sorgen, dass Deponien und andere durch Abfälle belastete Standorte (belastete Standorte) saniert werden, wenn sie zu schädlichen oder lästigen Einwirkungen führen oder die konkrete Gefahr besteht, dass solche Einwirkungen entstehen (Abs. 1). Der Bundesrat kann über die Sanierungsbedürftigkeit sowie über die Ziele und die Dringlichkeit von Sanierungen Vorschriften erlassen (Abs. 4, bis zum 1. April 2025; Abs. 1 Satz 2). Die Kantone haben einen öffentlich zugänglichen Kataster der belasteten Standorte zu erstellen (Abs. 2).
Der Bundesrat hat gestützt auf diese Bestimmung die Verordnung über die Sanierung von belasteten Standorten vom 26. August 1998 (Altlasten-Verordnung, AltlV; SR 814.680) erlassen. Art. 2 Abs. 1 AltlV definiert belastete Standorte als Orte, deren Belastung von Abfällen stammt und die eine beschränkte Ausdehnung aufweisen. Sie umfassen Ablagerungsstandorte, d.h. stillgelegte oder noch in Betrieb stehende Deponien und andere Abfallablagerungen; ausgenommen sind Standorte, an die ausschliesslich unverschmutztes Aushub-, Ausbruch- oder Abraummaterial gelangt ist (lit. a); Betriebsstandorte, d.h. Standorte, deren Belastung von stillgelegten oder noch in Betrieb stehenden Anlagen oder Betrieben stammt, in denen mit umweltgefährdenden Stoffen umgegangen worden ist (lit. b) und Unfallstandorte (lit. c).
Art. 5 AltlV regelt die Erstellung des Katasters. Danach ermittelt die Behörde die belasteten Standorte, indem sie vorhandene Angaben wie Karten, Verzeichnisse und Meldungen auswertet; sie kann Auskünfte einholen (Abs. 1). Sie teilt den Inhabern oder den Inhaberinnen die zur Eintragung in den Kataster vorgesehenen Angaben mit und gibt ihnen Gelegenheit, Stellung zu nehmen und Abklärungen durchzuführen. Auf deren Verlangen trifft sie eine Feststellungsverfügung (Abs. 2). Sie trägt diejenigen Standorte in den Kataster ein, bei denen nach den Absätzen 1 und 2 feststeht oder mit grosser Wahrscheinlichkeit zu erwarten ist, dass sie belastet sind (Abs. 3). Dabei ist gemäss Art. 5 Abs. 4 AltlV zu unterscheiden zwischen Standorten, bei denen keine schädlichen oder lästigen Einwirkungen zu erwarten sind, und solchen, bei denen untersucht werden muss, ob sie überwachungs- oder sanierungsbedürftig sind. Für die untersuchungsbedürftigen Standorte verlangt die kantonale Behörde innert angemessener Frist die Durchführung einer Voruntersuchung, die in der Regel aus einer historischen und einer technischen Untersuchung besteht (Art. 7 Abs. 1 AltlV). Die Behörde beurteilt auf Grund der Voruntersuchung, ob der belastete Standort überwachungs- oder sanierungsbedürftig ist (Art. 8 Abs. 1 AltlV).
Sanierungsbedürftig sind belastete Standorte, wenn sie zu schädlichen oder lästigen Einwirkungen führen oder wenn die konkrete Gefahr besteht, dass solche Einwirkungen entstehen (Art. 32c Abs. 1 USG und Art. 2 Abs. 2 AltlV). Art. 9 ff. AltlV definieren, wann ein Sanierungs- oder Überwachungsbedarf mit Blick auf den Schutz des Grundwassers (Art. 9), von oberirdischen Gewässern (Art. 10), den Schutz vor Luftverunreinigungen (Art. 11) sowie Bodenbelastungen (Art. 12) besteht. Ein belasteter Standort ist hinsichtlich des Schutzes des Grundwassers sanierungsbedürftig, wenn im Abstrombereich unmittelbar beim Standort die Konzentration von Stoffen, die vom Standort stammen, die Hälfte eines Konzentrationswerts nach Anhang 1 überschreitet (Art. 9 Abs. 2 lit. b AltlV). Werden 10 % des Konzentrationswerts überschritten, besteht eine Untersuchungspflicht (Art. 9 Abs. 1 lit. b AltlV).
Gemäss Art. 3 AltlV dürfen belastete Standorte durch die Erstellung oder Änderung von Bauten und Anlagen nur verändert werden, wenn sie nicht sanierungsbedürftig sind und durch das Vorhaben nicht sanierungsbedürftig werden (lit. a) oder ihre spätere Sanierung durch das Vorhaben nicht wesentlich erschwert wird oder sie, soweit sie durch das Vorhaben verändert werden, gleichzeitig saniert werden (lit. b).
5.2. Es ist unstreitig, dass im Steinbruch Mitholz in der Vergangenheit unzulässiges Material eingebaut und zwischengelagert wurde (vgl. Sachverhalt, Abschnitte E. ff.). Das BAV ging jedoch davon aus, die unzulässig abgelagerten Abfälle seien ausgehoben und extern versorgt worden. Zwar seien Teile des Areals dem KbS zugewiesen; es handle sich jedoch um belastete Standorte ohne Überwachungs- oder Sanierungsbedarf und nicht um Altlasten. Im Übrigen solle der gesamte Installationsplatz inkl. Materialzwischenlagerung abgedichtet und in die Kanalisation entwässert werden; damit könne ausgeschlossen werden, dass Schadstoffe aus trockenen Materialablagerungen ins Grundwasser gelangten. Die Errichtung des IP Mitholz sei daher aus Sicht des Altlastenrechts, insbesondere von Art. 3 AltlV, zulässig.
5.3. Dies wurde von der Vorinstanz bestätigt, gestützt vor allem auf die Berichte der Geotest AG und die Ergebnisse der Grundwasser- und Quellenüberwachung: Die Geotest AG habe die (vermeintlich) belasteten Standorte technisch untersucht. Deren Fachkompetenz sei vom Bundesgericht mehrfach anerkannt und deren Expertisen als sachverständig und neutral bezeichnet worden. Es gebe keine Anhaltspunkte dafür, dass es im vorliegenden Fall anders sei. Auch die Berichte des AWA als kantonale Fachbehörde seien zu berücksichtigen. Der Umstand, dass diese in der Vergangenheit wegen mangelhafter Ausübung ihrer Aufsichtspflicht im Zusammenhang mit dem Steinbruch Mitholz/Blausee gerügt worden sei, habe keinen Einfluss auf ihre Fachexpertise. Die Vorinstanz prüfte ausführlich die von der Beschwerdeführerin vorgebrachten Einwände zu angeblichen Mängeln und Lücken der altlastenrechtlichen Untersuchungen und erachtete sie als unbegründet.
5.4. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Voraussetzungen gemäss Art. 3 AltlV seien nicht erfüllt bzw. nicht nachgewiesen. Sie erhebt in diesem Zusammenhang zahlreiche Sachverhaltsrügen und stellt die Fachkompetenz bzw. die Unparteilichkeit der kantonalen Fachinstanz (AWA) sowie der Geotest AG in Frage. Sie macht geltend, verschiedene Bereiche (Wiederauffüllung "Bütschi" einschliesslich Areal C; Umschlagplatz Mitholz, Bereiche A und B) seien zu Unrecht nicht als belastete Standorte qualifiziert und im Kataster erfasst worden. Die bereits im KbS als belastet eingetragenen Standorte seien zu Unrecht als nicht sanierungsbedürftig klassiert worden. Ihres Erachtens führt auch das projektierte Vorhaben zu einem Sanierungsbedarf. Soweit sie dies mit der angeblichen Verschmutzung des Tunnelausbruchmaterials begründet, kann auf das oben E. 3 Gesagte verwiesen werden.
5.5. Das BAFU hält in seiner Vernehmlassung fest, der Perimeter des IP Mitholz gehöre zu den am intensivsten analysierten und untersuchten Gebieten der Schweiz. Der Bericht der Geotest AG "Mitholz Steinbruch SHB, Technische Untersuchung Auffüllung Nord, ehem. Schlammbecken und Grobfraktion LBST" vom 17. September 2021 stelle eine fachgerecht durchgeführte technische Altlastenuntersuchung dar, und die durchgeführten Massnahmen seien im Bericht Geotest AG vom 3. März 2022 dokumentiert. Es bestünden über 40 Piezometer für die Grundwasserüberwachung und im Bohrkataster des Kantons Bern seien 80 Bohrungen im Bereich Mitholz dokumentiert. Dies alles belege, dass sämtliche involvierten Fachstellen und Ämter die Anträge der Beschwerdeführerin zur umfassenden Abklärung der betroffenen Standorte äusserst ernst genommen hätten. Die Untersuchungen seien nach dem Stand der Technik erfolgt und durch akkreditierte Prüflabors analysiert worden. Der Fachbericht des AWA vom 12. Januar 2023 zur Grundwasser- und Quellenüberwachung Steinbruch Mitholz und Blausee (Juni 2020 - Oktober 2022) (nachfolgend: Fachbericht AWA) stelle fest, dass die im Einzugsgebiet der Betriebsfläche der SHB AG erhobenen Proben von Grundwasser und Oberflächengewässer keine auffälligen Ergebnisse zeigten. Daraus lasse sich folgern, dass keine Sanierungspflicht bestehe.
Nach Auffassung des BAFU sei auch nicht zu befürchten, dass infolge des Vorhabens ein sanierungsbedürftiger Standort entstehe: Gemäss Plangenehmigungsverfügung dürfe lediglich unverschmutztes Aushubmaterial abgelagert werden; zudem müsse der IP (inkl. Zufahrt) vollständig abgedichtet und ordnungsgemäss entwässert werden, wobei das Überschussabwasser auf die ARA abgeleitet werde. Damit werde sichergestellt, dass durch die Arbeiten keine wassergefährdenden Stoffe in den Untergrund versickerten und durch das Grundwasser in Richtung der Anlagen der Blausee AG verbracht werden könnten.
5.6. Zunächst ist festzuhalten, dass Gegenstand des vorliegenden Verfahrens einzig der Teilausbau des LBT ist. Zu prüfen sind daher nicht sämtliche altlastenrechtliche Fragen im Bereich Mitholz/Blausee, sondern einzig, ob und inwiefern altlastenrechtliche Massnahmen im Rahmen des bahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahrens des Bundes erforderlich sind. Dies richtet sich nach Art. 3 AltlV. Dieser knüpft an die Sanierungsbedürftigkeit an; die Belastung eines Standorts allein steht einem Bauvorhaben nicht entgegen. Insofern durfte die Vorinstanz die Frage der Belastung in Zweifelsfällen offenlassen, sofern schädliche oder lästige Einwirkungen auf Schutzgüter, namentlich auf das Grundwasser, ausgeschlossen werden können (vgl. dazu auch unten, E. 5.6.2).
Die von der Beschwerdeführerin thematisierte Beweislast spielt nur dann eine Rolle, wenn (bei Beweislosigkeit) nach Beweislastgrundsätzen zu entscheiden ist; dies war vorliegend nicht der Fall. Vielmehr ging die Vorinstanz (wie schon das BAV) davon aus, dass der Nachweis der Einhaltung von Art. 3 AltlV erbracht worden sei.
5.6.1. Die Beschwerdeführerin wiederholt im Wesentlichen ihre vorinstanzlichen Einwände gegen die von der Geotest AG durchgeführten Untersuchungen, welche sie als nicht repräsentativ bzw. unvollständig erachtet, ohne aufzuzeigen, inwiefern der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder unvollständig, d.h. willkürlich ist. Dafür gibt es auch keine Anhaltspunkte.
Näher zu prüfen sind daher im Folgenden die Rügen zu Bereichen, für die (noch) keine Untersuchungen durchgeführt worden sind.
5.6.2. Dazu zählt der Umschlagplatz Mitholz. Auf diesem wurden in der Vergangenheit Bahnschwellen aus dem LST zwischengelagert und zersägt, die vermutlich mit polyzyklischen aromatischen Kohlenwasserstoffen (PAK) und Schwermetallen verunreinigt waren. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, die Schadstoffhaltigkeit der Bahnschwellen und die Belastung des Bodens nicht untersucht zu haben. Die Vorinstanz erachtete dies als nicht erforderlich, gestützt auf Befunde der Grundwasser- und Quellenüberwachung Steinbruch Mitholz und Blausee (Fachbericht AWA) direkt neben und im Abstrombereich des Umschlagplatzes. Diese lägen unter den Indikatorwerten für unbelastetes Grundwasser des BAFU und weit unter der Hälfte des Konzentrationswerts nach Anh. 1 AltlV, weshalb eine Sanierungsbedürftigkeit des Untergrundes des Umschlagplatzes oder dessen Randbereichs ausgeschlossen werden könne (E. 8.7.5 S. 52 des angefochtenen Entscheids). Aufgrund der vorgeschriebenen Abdichtung und Entwässerung des IP Mitholz sei auch nicht zu erwarten, dass eine allfällig im Boden noch vorhandene Belastung durch die projektbezogene Nutzung sanierungsbedürftig würde.
Die Beschwerdeführerin wendet ein, die Sanierungsbedürftigkeit könne erst beurteilt werden, wenn die genaue Abgrenzung des belasteten Standorts erfolgt sei, weil eine (zu) grosszügige Abgrenzung zu einer Verdünnung innerhalb des Standorts und damit zu einer Unterschreitung der Schwelle der Sanierungsbedürftigkeit führen könne (mit Hinweis auf CORINA CALUORI, Das altlastenrechtliche Sanierungsverfahren, 2022, S. 283 f.). Letzteres trifft zwar zu, schliesst es aber nicht aus, die Sanierungsbedürftigkeit in antizipierter Beweiswürdigung zu verneinen, wenn schädliche oder lästige Einwirkungen bzw. deren Verdünnung ausgeschlossen werden können (so ausdrücklich auch CALUORI, a.a.O., S. 316; vgl. auch Urteil 1C_393/2014 vom 3. März 2016 E. 5.7). Dies erscheint vorliegend aufgrund der sehr deutlichen Unterschreitung des Konzentrationswerts in der unmittelbaren Umgebung der vermeintlichen Belastungsquelle (Umschlagplatz und dessen Randbereich) zulässig.
5.6.3. Die Beschwerdeführerin rügt weiter, die Vorinstanz habe eingeräumt, dass für einen Teil von Parzelle Nr. 1217, der mit dem belasteten Standort Nr. 05640018 überlappe, nicht beurteilt werden könne, ob der Standort durch die projektierte Nutzung als "zusätzliche Fläche" sanierungsbedürftig werde, weil diese in den Planunterlagen nicht detailliert beschrieben werde. In diesem Punkt hätte die Sache daher zur Prüfung an das BAV zurückgewiesen werden müssen.
Die Vorinstanz erachtete dies als entbehrlich, weil die Beschwerdegegnerin bekräftigt habe, dass der belastete Standort Nr. 05640018 - und damit auch die streitige Fläche - durch das Projekt nicht tangiert werde (E. 8.7.2 mit Verweis auf E. 8.3). Damit wurde die Beschwerdegegnerin (implizit) auf ihre Zusicherung behaftet, die "zusätzliche Fläche" nicht in Anspruch zu nehmen. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit dieser Erwägung nicht auseinander und legt nicht dar, inwiefern dieses Vorgehen unzulässig sei.
5.6.4. Die Plangenehmigung enthält schliesslich die Auflage, in den Bereichen A (westlich der Wiederauffüllung "Bütschi") und B (westlich der Schuttdeponie "Schütti") jeweils eine Sondierbohrung "im Interesse einer Beweissicherung" auszuführen (PGV S. 152 und Auflage 5.3.6.1).
Der Beschwerdeführerin ist einzuräumen, dass es unzulässig wäre, die Plangenehmigung unter Vorbehalt eines erst noch zu erbringenden Nachweises gemäss Art. 3 AltlV zu erteilen. Die Erfüllung von Art. 3 AltlV ist Voraussetzung für die Erteilung einer Baubewilligung bzw. der eisenbahnrechtlichen Plangenehmigung (Urteil 1A.239/2003 und 1P.667/2003 vom 30. April 2007 E. 7, in: URP 2007 811; CALUORI, a.a.O., S. 313/314). Die Vorinstanz ging jedoch davon aus, das BAV sei nicht zur Untersuchung der beiden Bereiche verpflichtet gewesen, weil keine Anhaltspunkte für deren Belastung vorlägen; die Bohrungen dienten in erster Linie dazu, die Bedenken der Beschwerdeführerin auszuräumen.
Die Beschwerdeführerin legt nicht (genügend) dar, inwiefern die Beweiswürdigung des Bundesverwaltungsgerichts, die sich auf Satellitenfotos, die chemischen Messwerte der Grundwasseruntersuchungen sowie die Materialbilanz stützt, offensichtlich unrichtig ist; dies ist auch nicht ersichtlich. Sie macht vielmehr geltend, aufgrund der von der SHB AG in der Vergangenheit unzulässigerweise eingebauten Materialien bestehe eine Vermutung der Belastung auch für andere Auffüllungsbereiche, welche von den Behörden bzw. der SHB AG widerlegt werden müsse (mit Hinweis auf die Urteile 1C_492/2008 vom 18. Mai 2009 E. 3.1 und 1C_291/2016 vom 20. Februar 2017 E. 5.2). Es erscheint bereits fraglich, ob diese, zum Katastereintrag gemäss Art. 5 AltlV entwickelte Rechtsprechung auf den vorliegenden Fall anwendbar ist, in welchem bereits zahlreiche Untersuchungen zur Altlastensituation im Steinbruch Mitholz vorgenommen worden sind. Jedenfalls aber müssen auch altlastenrechtliche Untersuchungen das Verhältnismässigkeitsprinzip beachten und auf das Erforderliche beschränkt werden. Es kann daher nicht verlangt werden, dass jeder Quadratmeter eines umfangreichen Betriebsgeländes technisch untersucht wird, wenn keinerlei Anhaltspunkte für eine Belastung im fraglichen Bereich vorliegen.
5.7. Zusammenfassend erweisen sich die Rügen zur Altlastenproblematik als unbegründet.
6.
Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, die Plangenehmigungsverfügung beruhe auf einem veralteten UVB, der als Entscheidgrundlage nicht geeignet sei. Dies verletze
6.1. Sie macht geltend, der UVB sei mit Stichtag 14. September 2018 erstellt worden. Er berücksichtige weder die seit April 2018 aufgetretenen Fischsterben in der Fischzuchtanlage der Beschwerdeführerin noch die erst ab 2020 bekannt gewordenen unzulässigen Materialablagerungen im Perimeter des IP Mitholz. In der Folge sei es zu weiteren Abklärungen und Erkenntnissen zu Abfallablagerungen im Gebiet des Vorhabens gekommen. Der UVB sei damit hinsichtlich des Ausgangszustands unvollständig und tauge nicht als Grundlage der Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP). Unter diesen Umständen genüge es nicht, ergänzende Abklärungen zu verlangen oder Experten beizuziehen, sondern es komme nur eine Neubearbeitung des Berichts in Frage (RAUSCH/KELLER, in: Ursula Brunner und andere, Kommentar USG, Stand März 2001, Art. 9 Rz. 118). Ein Sachentscheid dürfe erst getroffen werden, wenn die UVP vollständig und richtig durchgeführt worden sei (BGE 119 Ib 265 E. 8; RAUSCH/KELLER, a.a.O., Art. 9 N. 57).
6.2. Die Vorinstanz hielt fest, das Plangenehmigungsverfahren diene dazu, Fehler und Ungenauigkeiten im Projekt zu korrigieren. Nur bei grundlegenden Mängeln bedürfe es einer Rückweisung der Sache zur Überarbeitung des UVB. Dies sei vorliegend nicht der Fall, habe doch die Zulässigkeit der Errichtung des IP Mitholz, insbesondere unter dem Gesichtspunkt von Art. 3 AltIV, gestützt auf die Akten beurteilt werden können. Daraus ergebe sich keine Überarbeitungspflicht auf Stufe Ausführungsprojekt; die aktuellsten Gegebenheiten könnten noch im Rahmen der Detailplanung berücksichtigt werden.
6.3. Gemäss Art. 13 der Verordnung vom 19. Oktober 1988 über die Umweltverträglichkeitsprüfung [UVPV; SR 814.011]) untersucht die Umweltschutzfachstelle, ob die für die Prüfung erforderlichen Angaben im Bericht vollständig und richtig sind (Abs. 1). Stellt sie Mängel fest, so beantragt sie der zuständigen Behörde, vom Gesuchsteller ergänzende Abklärungen zu verlangen oder Experten beizuziehen (Abs. 2). Eine Neubearbeitung des Berichts ist nur erforderlich, wenn dieser insgesamt (samt Ergänzungen) nicht als Grundlage der Prüfung der Umweltverträglichkeit des Projekts genügt (RAUSCH/KELLER, a.a.O., N. 118).
Nicht ausdrücklich geregelt ist der vorliegende Fall, in welchem sich nach Beurteilung des UVB durch die Fachstelle neue Erkenntnisse ergeben. Es ist jedoch nicht ersichtlich, weshalb eine nachträgliche Ergänzung des UVB diesbezüglich ausgeschlossen sein soll, jedenfalls sofern diese Erkenntnisse nicht so gewichtig sind, dass sie eine Neubearbeitung des UVB und dessen erneute öffentliche Auflage rechtfertigen.
6.4. Vorliegend wurden nach Erstellung des UVB Hinweise auf unzulässige Ablagerungen im Steinbruch Mitholz und allfällige Grundwasserverschmutzungen (Fischsterben) bekannt, die zu ergänzenden Untersuchungen Anlass gaben; hinzu kamen die vom Runden Tisch in Auftrag gegebenen Gutachten samt Monitoringsystem. Die Berichte und Messergebnisse wurden zu den Akten des Plangenehmigungsverfahrens genommen, von den Umweltschutzfachstellen von Kanton und Bund beurteilt und waren insbesondere auch der Beschwerdeführerin bekannt. Sie ermöglichten es, die Konformität des IP Mitholz mit dem Abfall-, Altlasten- und Gewässerschutzrecht zu beurteilen (vgl. oben, E. 3-5) und wurden vom BAV in seiner Verfügung, namentlich in den Auflagen, gebührend berücksichtigt. Damit wurde den Anforderungen an die Umweltverträglichkeitsprüfung auf Stufe Auflageprojekt genügt. Die Rückweisung der Sache zur Überarbeitung des UVB hätte das Verfahren lediglich verzögert, ohne zu einem Erkenntnisgewinn und einem besseren Schutz der Umwelt zu führen.
7.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 BGG).
Fraglich ist, ob die Beschwerdegegnerin Anspruch auf eine Parteientschädigung hat (so Urteil 1C_671/2024 vom 29. Januar 2025 E. 10). Gemäss Art. 68 Abs. 3 BGG wird mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen. Nach ständiger Rechtsprechung sind die SBB eine derartige Organisation (vgl. zuletzt Urteile 1C_266/2025 vom 16. Februar 2026 E. 6; 1C_390/2024 vom 21. Februar 2025 E. 5). Auch den Appenzeller Bahnen wurde als einer mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisation keine Parteientschädigung im Streit um die Unterschutzstellung des Trogener Bahnhofs zugesprochen (Urteil 1C_429/2023 vom 10. Oktober 2024 E. 4). Dies rechtfertigt sich auch im vorliegenden Fall: Das Berner Gesetz vom 5. März 2025 über die Beteiligung des Kantons an der BLS AG und an der BLS Netz AG (BLSG; BSG 762.5) unterstellt die BLS AG und die BLS Netz AG "als Träger öffentlicher Aufgaben" der Aufsicht des Regierungsrates (Art. 7 BLSG) und der Oberaufsicht des Grossen Rats (Art. 8 BLSG). Da es vorliegend um den Ausbau ihres Netzes geht, obsiegt die Beschwerdegegnerin in ihrem amtlichen Wirkungskreis und hat damit keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.
Demnach erkennt das Bundesgericht
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Verkehr (BAV), dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, dem Bundesamt für Umwelt und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2026
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Haag
Die Gerichtsschreiberin: Gerber