Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
9C_303/2025
Arrêt du 2 avril 2026
IIIe Cour de droit public
Composition
Mme et MM. les Juges fédéraux
Moser-Szeless, Présidente,
Stadelmann et Beusch.
Greffier : M. Bürgisser.
Participants à la procédure
Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève,
rue du Stand 26, 1204 Genève,
recourante,
contre
A.A.________et B.A.________,
1211 Genève,
intimés.
Objet
Impôts cantonaux et communaux du canton de Genève et impôt fédéral direct, période fiscale 2020,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 1er avril 2025 (A/1360/2023-ICCIFD - ATA/371/2025).
Faits :
A.
A.a. Les époux B.A.________ et A.A.________ sont contribuables du canton de Genève (ci-après: les contribuables). A.A.________ a travaillé pour l'Organisation Mondiale du Commerce (ci-après: OMC) à partir de l'année 1971 jusqu'à fin septembre 2003.
A.b. Les contribuables ont déposé leur déclaration fiscale de l'année 2020, en sollicitant notamment une déduction de 19'090 fr. liée aux rentes de la prévoyance professionnelle perçues par A.A.________. Ils y ont joint une attestation du 9 avril 2019, par laquelle l'OMC confirmait avoir versé ces rentes à partir du 1er octobre 2003 (date du départ du contribuable à la retraite), que le contribuable avait atteint l'âge de la retraite en août 2001 et qu'il était affilié au "régime des pensions" depuis le 31 août 1971.
L'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a procédé à la taxation des contribuables pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et les impôts cantonaux et communaux (ci-après: ICC) de l'année 2020 (bordereaux du 16 février 2022). Elle a notamment refusé la déduction liée aux rentes de la prévoyance professionnelle et fixé les intérêts moratoires sur acomptes (18 fr.) et les intérêts compensatoires négatifs (303 fr. 80).
A.c. Par décision sur réclamation du 10 mars 2023, l'Administration fiscale a partiellement admis la réclamation des contribuables. Tant pour l'IFD que pour l'ICC, elle a cependant refusé la déduction liée aux rentes de la prévoyance professionnelle, au motif que le contribuable avait perçu sa première rente après le 1er janvier 2002 (soit dès le 1er octobre 2003).
B.
B.a. Par jugement du 15 avril 2024, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: TAPI) a partiellement admis le recours des contribuables et a renvoyé le dossier à l'Administration fiscale pour nouvelles décisions de taxation IFD et ICC de l'année 2020 au sens des considérants.
B.b. Par arrêt du 1er avril 2025, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, a partiellement admis le recours des époux A.A.________ et B.A.________. Elle a annulé le jugement du TAPI du 15 avril 2024 en tant qu'il n'admettait pas l'abattement de 20 % sur la rente de la prévoyance professionnelle pour l'IFD et qu'il admettait intégralement les intérêts moratoires et compensatoires demandés par l'Administration fiscale. Elle a confirmé le jugement pour le surplus et a renvoyé la cause à l'Administration fiscale pour nouvelles décisions de taxation 2020 dans le sens des considérants.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 1er avril 2025 et principalement à la confirmation du jugement du TAPI du 15 avril 2024. Subsidiairement, elle conclut, en substance, à ce que les points encore litigieux de sa décision sur réclamation du 10 mars 2023 soient confirmés et que l'arrêt de la Cour de justice soit confirmé pour le surplus.
Les contribuables contestent la recevabilité du recours notamment pour cause de tardiveté et concluent en substance au rejet du recours. Ils demandent également à être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire. À l'appui de "conclusions reconventionnelles", ils requièrent aussi qu'une déduction liée à la vétusté de leur immeuble soit admise et que le Tribunal fédéral leur accorde des "intérêts courants commerciaux sur leurs fonds retenus sans droit" par l'Administration fiscale.
Après que l'Administration fédérale des contributions a conclu à l'admission du recours, les contribuables ont encore déposé des observations.
Par arrêt 9C_256/2025 du 24 juin 2025, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours déposé par les contribuables contre l'arrêt cantonal du 1er avril 2025, faute d'avoir versé l'avance de frais dans le délai imparti.
Considérant en droit :
1.
1.1. La décision attaquée a été rendue par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions de l'art. 83 LTF. Elle ne relève pas davantage d'une contestation pécuniaire au sens de l'art. 85 LTF, contrairement à ce que soutiennent les intimés. La voie du recours en matière de droit public est partant ouverte (cf. aussi art. 146 LIFD [RS 642.11] et 73 al. 1 LHID [RS 642.14]).
1.2. Au regard du délai de recours prévu par l'art. 100 al. 1 LTF, l'arrêt cantonal a été reçu par la recourante le 11 avril 2025 et le recours a été remis à la poste le 23 mai 2025. Compte tenu des féries (cf. art. 46 LTF), le délai arrivait à échéance le 26 mai 2025, de sorte que le recours a été déposé en temps utile et est donc recevable.
1.3. La juridiction cantonale a renvoyé la cause à l'Administration fiscale pour nouvelles décisions de taxation dans le sens des considérants. L'arrêt attaqué est donc un arrêt de renvoi, qui constitue en principe une décision incidente, contre laquelle le recours au Tribunal fédéral n'est ouvert qu'aux conditions des
En l'occurrence, le renvoi opéré par la Cour de justice ne laisse aucune latitude de jugement à l'intimée, qui doit seulement recalculer l'impôt ainsi que les intérêts moratoires et compensatoires conformément aux instructions judiciaires. L'arrêt attaqué constitue dans cette mesure une décision finale au sens de l'art. 90 LTF, qui peut faire directement l'objet d'un recours en matière de droit public (cf. arrêt 9C_715/2022 du 19 juillet 2023 consid. 1.2).
1.4.
1.4.1. La LTF ne connaît pas l'institution du recours joint (ATF 145 V 57 consid. 10; 144 V 173 consid. 2.1; 138 V 106 consid. 2.1), de sorte qu'en principe, si une partie entend contester une décision sujette à recours devant le Tribunal fédéral, elle doit agir dans le délai de recours de l'art. 100 LTF. À défaut, elle ne peut, dans sa détermination sur le recours, que proposer l'irrecevabilité et/ou le rejet de celui-ci. Elle peut en revanche présenter des griefs contre la décision attaquée à titre éventuel, pour le cas où les arguments du recourant seraient suivis. Ses arguments doivent toutefois rester dans le cadre de l'objet de la procédure de recours devant le Tribunal fédéral (ATF 142 IV 129 consid. 4.1; arrêt 9C_45/2025 du 16 décembre 2025 consid. 1).
1.4.2. Dans le cadre de leur recours contre l'arrêt cantonal du 1er avril 2025, lequel a été déclaré irrecevable par le Tribunal fédéral par arrêt 9C_256/2025 du 24 juin 2025, les contribuables contestaient notamment la valeur locative telle que confirmée par la Cour de justice et se plaignaient de ne pas avoir reçu d'intérêts "sur les montants retenus" que l'Administration fiscale aurait dû leur rembourser.
Or les griefs similaires présentés par les contribuables à l'appui de leur réponse ne peuvent pas être pris en considération dans le cadre de la présente procédure, compte tenu des principes qui ont été rappelés sur l'absence de possibilité de déposer un recours joint devant le Tribunal fédéral (supra consid. 1.4.1). Par conséquent, les "conclusions reconventionnelles" des intimés, qui ont notamment trait à l'admission d'une déduction liée à la vétusté de leur immeuble ou encore à ce que des intérêts leur soient octroyés sur des "montants retenus que [la recourante] aurait dû [leur] rembourser depuis l'exercice fiscal [...] 2016", sont irrecevables. Elles ne concernent en effet pas l'objet du litige en instance fédérale (infra consid. 3). Par ailleurs, il ne sera pas tenu compte de l'écriture des intimés du 29 août 2025, puisqu'elle a été déposée postérieurement au délai fixé par le Tribunal fédéral au 25 août 2025.
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et
2.2. Le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Il n'entre pas en matière sur les critiques appellatoires portant sur l'état de fait ou l'appréciation des preuves (cf. ATF 147 IV 73 consid. 4.1.2).
3.
Le litige porte sur le point de savoir si la Cour de justice a considéré à bon droit que les intimés pouvaient être mis au bénéfice d'une déduction de 20 % en lien avec la rente de prévoyance professionnelle perçue par le contribuable, pour l'IFD de la période fiscale 2020. Il a également trait au montant des intérêts moratoires et compensatoires, pour le calcul desquels la juridiction cantonale a renvoyé la cause à la recourante pour qu'elle s'assure de ce qu'aucun intérêt ne soit calculé pour la période courant du 24 mars 2020 au 31 décembre 2020.
4.
4.1. En ce qui concerne le premier aspect du litige, d'après l'art. 22 al. 1 LIFD, sont imposables tous les revenus provenant de l'assurance-vieillesse et survivants, de l'assurance-invalidité ainsi que tous ceux provenant d'institutions de prévoyance professionnelle ou fournis selon des formes reconnues de prévoyance individuelle liée, y compris les prestations en capital et le remboursement des versements, primes et cotisations. D'après l'art. 22 al. 2 LIFD, sont notamment considérés comme revenus provenant d'institutions de prévoyance professionnelle les prestations des caisses de prévoyance, des assurances d'épargne et de groupe ainsi que des polices de libre-passage.
4.2. Selon l'art. 204 al. 1 let. b LIFD, les rentes et prestations en capital provenant de la prévoyance professionnelle, qui commençaient à courir ou devenaient exigibles avant le 1er janvier 1987 ou qui reposaient sur un rapport de prévoyance existant déjà au 31 décembre 1986 et commencent à courir ou deviennent exigibles avant le 1er janvier 2002, sont imposables à raison de quatre cinquièmes, si les prestations sur lesquelles se fonde la prétention du contribuable n'ont été faites qu'en partie par le contribuable, mais que cette partie forme au moins 20 % des prestations. L'art. 204 LIFD prévoit une exception à l'imposition intégrale des revenus de la prévoyance professionnelle (cf.
L'art. 204 LIFD, qui a remplacé l'art. 155 de l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD), vise à instaurer une solution transitoire liée aux conséquences fiscales relatives à l'introduction de la LPP (au 1er janvier 1985) et donc, sur le plan fiscal, du modèle dit "vaudois" (qui correspond à la déductibilité intégrale des cotisations pour la prévoyance professionnelle et l'imposition intégrale des prestations de la prévoyance professionnelle; sur ce modèle dit "vaudois", cf. ATF 130 I 409 consid. 5.1). Ainsi, les conséquences fiscales négatives liées à l'introduction du "modèle vaudois" pour la génération de personnes entrant dans le régime de la LPP (soit la non-déductibilité des cotisations versées avant l'entrée en vigueur de la LPP mais l'imposition intégrale des prestations issues du rapport de prévoyance) devaient être atténuées par l'art. 204 LIFD. L'introduction de cette disposition s'explique donc pour des motifs historiques (ATF 150 II 202 consid. 5.3.1; arrêts 2C_880/2008 du 28 avril 2009 consid. 5; 2A.565/1999 du 19 février 2001 consid. 3c et les références).
En d'autres termes, l'objectif de la disposition précitée est de ne pas pénaliser les bénéficiaires de prestations de prévoyance professionnelle qui les ont principalement financées sans avantage fiscal; en effet, une imposition intégrale des prestations auprès des bénéficiaires qui les avaient financées principalement sans avantage fiscal aurait été contraire à l'objectif de prévoyance, d'où l'introduction d'un régime transitoire de quinze ans tendant à soumettre ces prestations aux modes d'imposition en vigueur avant le changement de système (SCHNEIDER/MERLINO/MANGE, in Commentaire LPP et LFLP, 2e éd. 2020, n° 17 ad art. 83 LPP et les références).
Par ailleurs, l'application de l'art. 204 LIFD implique un lien intrinsèque entre l'imposition des prestations auprès des bénéficiaires et leur financement sans avantage fiscal; c'est en effet en raison de ce lien que le législateur a perpétué un régime transitoire (similaire à celui qui existait à l'art. 155 AIFD) tendant à soumettre ces prestations aux modes d'imposition en vigueur avant le changement de système.
5.
5.1. La Cour de justice a constaté que le contribuable avait été soumis au régime des pensions de l'OMC dès 1971, si bien que la première condition posée par l'art. 204 LIFD, à savoir l'existence d'un rapport de prévoyance existant déjà au 31 décembre 1986, était remplie. Bien que l'âge de la retraite fût prévu par le règlement de l'OMC à 60 ans, le recourant avait cessé son activité professionnelle à fin septembre 2003, soit à l'âge de 62 ans et un mois, et avait perçu sa rente de retraite depuis le mois d'octobre 2003. Pour les juges cantonaux, l'art. 204 al. 1 let. b LIFD posait des "conditions alternatives": soit la rente commençait à courir, soit elle était exigible avant le 1er janvier 2002. Or la date déterminante pour l'exigibilité de la rente de vieillesse au sens de cette disposition légale correspondait en l'occurrence à la survenance de l'âge de 60 ans, soit "l'âge standard" dans le régime de la prévoyance, sans que l'assuré n'ait à demander par un acte formateur à bénéficier d'une retraite avant l'âge de 65 ans. Il s'agissait d'une date antérieure au 1er janvier 2002, de sorte que la rente litigieuse ne devait être imposée qu'à hauteur de 80 %.
5.2. Reprochant à la Cour de justice une violation de l'art. 204 al. 1 let. b LIFD, la recourante soutient que les rentes de retraite du contribuable n'avaient pas été exigibles avant le 1er janvier 2002. Pour elle, il résulte du texte clair de l'art. 204 LIFD que les termes "commencent à courir" se rapporteraient seulement aux rentes provenant de la prévoyance professionnelle et le terme "exigible" à la prestation en capital. Par conséquent et contrairement à l'opinion de la cour cantonale, l'art. 204 al. 1 let. b LIFD ne poserait pas de "condition alternative". Puisque seule une rente de la prévoyance professionnelle serait en cause, l'unique élément pertinent pour résoudre la question litigieuse serait celle de savoir si une telle rente avait "commencé à courir" avant le 1er janvier 2002 et non pas si elle était "exigible" à cette date. À l'appui de son argumentation, la recourante se réfère notamment à l'ATF 126 V 258 (consid. 3a) selon lequel en matière de prévoyance professionnelle, l'exigibilité d'une prestation (qui se situe lors de la naissance du droit à cette prestation selon les dispositions légales et réglementaires qui lui sont applicables) devrait être distinguée de l'exécution de la créance en prestations qui peut être demandée dès que celle-ci n'est plus une simple expectative mais peut être effectivement réalisée.
6.
6.1. On peut tout d'abord se demander si l'art. 204 LIFD est applicable à la situation du contribuable, puisque l'institution de prévoyance de l'OMC n'est pas soumise à la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle (art. 16 de l'Accord du 2 juin 1995 entre la Confédération suisse et l'Organisation mondiale du commerce en vue de déterminer le statut de l'Organisation en Suisse; RS 0.192.122.632; cf. arrêt 5A_83/2008 du 28 avril 2008 consid. 3.3) et que l'introduction de la disposition transitoire précitée s'inscrit dans le cadre de l'entrée en vigueur en Suisse de la LPP (supra consid. 4.3; comp. ATF 150 II 202 consid. 5.3, selon lequel l'art. 204 LIFD n'est pas applicable aux cas portant sur des rentes versées par une institution de prévoyance étrangère et dans lesquels la possibilité de déduire les cotisations n'est pas prévue). Ce point peut toutefois demeurer indécis dans la mesure où ni les parties, ni la cour cantonale n'ont exclu l'application de l'art. 204 LIFD et que la solution du litige ne serait pas différente en cas de réponse négative à la question soulevée.
6.2. On rappellera ensuite que de manière générale, l'art. 13 LPP (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2023, ici déterminante) prévoit qu'ont droit à des prestations de vieillesse les hommes dès qu'ils ont atteint l'âge de 65 ans (let. a). En dérogation à l'alinéa 1, les dispositions de l'institution de prévoyance peuvent toutefois prévoir que le droit aux prestations de vieillesse prend naissance dès le jour où l'activité lucrative prend fin (al. 2). L'art. 13 al. 2 LPP autorise donc les institutions de prévoyance à fixer la naissance du droit aux prestations de vieillesse aussi bien à l'âge ordinaire de la retraite qu'à la cessation de l'activité lucrative, qu'elle intervienne avant (retraite anticipée) ou après (retraite différée) l'âge ordinaire de la retraite réglementaire (LAFFELY MAILLARD, in Impôt fédéral direct, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, n° 14 ad art. 22 LIFD). En particulier, les institutions de prévoyance peuvent prévoir, à la condition que la personne assurée continue d'exercer son activité lucrative, un âge de retraite plus élevé que l'âge ordinaire de la retraite fixé par la loi (arrêt 2C_782/2009 du 11 février 2009 consid. 2.2; cf. arrêt 9C_808/2009 du 4 février 2010 consid. 4.2). Conformément à l'art. 33b LPP, l'institution de prévoyance peut prévoir dans son règlement la possibilité pour les assurés de demander le maintien de leur prévoyance jusqu'à cessation de leur activité lucrative, mais au plus tard jusqu'à l'âge de 70 ans.
6.3. Sous l'angle fiscal, les prestations provenant de la prévoyance professionnelle sont imposables à leur échéance, soit au moment où elles deviennent exigibles (arrêts 9C_527/2023 du 27 juin 2024 consid. 4.3.1; 2A.1/2005 du 6 février 2006 consid. 3). La détermination de l'échéance ne pose pas de difficulté lorsque les prestations provenant de la prévoyance professionnelle sont dues en raison de la réalisation d'un cas d'assurance, soit notamment lorsque l'assuré atteint l'âge de la retraite. Dans cette hypothèse, c'est la survenance du risque qui fait naître le droit et en constitue l'échéance et, partant, rend les prestations exigibles (art. 13 LPP; arrêt 2A.1/2005 du 6 février 2006 consid. 3). Lorsqu'il s'agit d'une retraite différée, le droit aux prestations de vieillesse naît le jour qui suit l'échéance de la fin de l'activité lucrative. Dans ce cadre, le droit à une prestation ne peut en aucun cas naître si le rapport de prévoyance n'a pas pris fin (SCHNEIDER/MERLINO/MANGE, in Commentaire LPP et LFLP, 2e éd. 2020, n° 9 ad art. 84 LPP); STAUFFER, in Basler Kommentar, Berufliche Vorsorge, 2021, n° 21 ad art. 13 LPP; CONRAD/LANG, in Basler Kommentar, Berufliche Vorsorge, 2022, n° 14 ad art. 84 LPP). En effet, avant la cessation d'activité, ce droit n'est qu'une simple expectative (comp. ATF 117 V 303 consid. 2c).
6.4.
6.4.1. Contrairement à ce que soutient tout d'abord la recourante, la date de l'exigibilité d'une rente de la prévoyance professionnelle peut être déterminante dans le cadre de l'application de l'art. 204 LIFD (cf. arrêt 2C_880/2008 consid. 5.4.1). Elle ne saurait donc être suivie lorsqu'elle affirme que les termes figurant à l'art. 204 LIFD "commencent à courir" se rapporteraient uniquement aux rentes provenant de la prévoyance professionnelle et le terme "exigible" à la prestation en capital.
6.4.2. Ensuite, il n'est en l'occurrence pas contesté que le contribuable a poursuivi une activité lucrative auprès de l'OMC au-delà de l'âge-terme fixé à 60 ans (qui correspondait pour lui à fin août 2001) et a été mis au bénéfice d'une rente de la prévoyance professionnelle dès le 1er octobre 2003. Dans ce contexte, la cour cantonale a retenu que "l'âge standard" de la retraite prévu par le règlement de l'OMC était fixé à 60 ans, de sorte que la rente de vieillesse était devenue exigible à ce moment-là "sans que l'assuré ait à demander, par un acte formateur, à bénéficier d'une retraite avant l'âge de 65 ans". Ce raisonnement ne peut être suivi, dès lors que l'intimé a apparemment maintenu les rapports de travail avec l'OMC ainsi que, partant, les rapports de prévoyance avec l'institution de prévoyance de l'organisation internationale. Dans ces circonstances, compte tenu de la situation d'une rente de vieillesse différée dans le temps - telle que constatée par la juridiction cantonale -, au-delà de l'âge ordinaire règlementaire de la retraite (consid. 6.2 supra), la prestation correspondante n'a pas été versée au contribuable avant le jour qui a suivi la fin des rapports de travail auprès de l'OMC, et c'est bien à cette date qu'elle est devenue exigible et donc imposable. Ce n'est qu'à partir du 1er octobre 2003 que les prestations de la prévoyance professionnelle représentaient pour le contribuable plus qu'une simple expectative et qu'elles devaient être soumises à l'impôt.
Partant, la Cour de justice a commis une erreur de droit en considérant que l'exigibilité de la rente de prévoyance professionnelle correspondait à celle de la survenance de l'âge de la retraite réglementaire (60 ans) du contribuable et que puisque ce moment était antérieur au 1er janvier 2002, les conditions de l'art. 204 al. 1 let. b LIFD étaient réunies. Au contraire, avant cette date, le contribuable n'avait qu'une expectative sur de telles rentes en raison de la poursuite de son activité lucrative et ces prestations n'avaient ni commencé à courir, ni n'étaient exigibles avant le 1er octobre 2003; elles n'étaient donc pas soumises à l'impôt antérieurement à cette date.
6.5. Le recours est fondé sur ce point et la déduction admise par la juridiction cantonale n'a pas lieu d'être, ce qu'avait confirmé le TAPI.
7.
7.1. S'agissant des intérêts moratoires et compensatoires, la Cour de justice a constaté qu'en mars 2020, le Conseil d'État genevois et l'Administration fiscale avaient émis des communiqués selon lesquels les intérêts moratoires et compensatoires étaient supprimés du 24 mars 2020 au 31 décembre 2020 pour l'ensemble des impôts périodiques dûs durant cette période (en raison de la pandémie de COVID-19). Elle a considéré que ni le TAPI, ni la recourante n'avaient "abordé [cette] question" et que "les calculs d'intérêt effectués ne sembl[ai]ent pas en tenir compte, ce qui constituerait, si avéré, un comportement contradictoire et par là même une violation du principe de la bonne foi". Elle a en conséquence renvoyé la cause à la recourante "pour nouveau calcul d'éventuels intérêts tenant compte de l'absence d'intérêts moratoires et compensatoires pour la période du 24 mars 2020 au 31 décembre 2020".
7.2. La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir procédé à une appréciation arbitraire des faits et d'avoir méconnu le principe selon lequel il lui appartenait d'appliquer le droit d'office en application de l'art. 54 de la loi cantonale genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc; rs/GE D 3 17). Il ressortait en effet des bordereaux rectifiés du 10 mars 2020 que pour la période fiscale 2020, seule en cause, aucun intérêt compensatoire négatif n'avait été calculé entre le 24 mars 2020 et le 31 décembre 2020 mais seulement durant la période suivante, soit durant la période courant du 31 mars 2021 au 20 mars 2023. II en allait de même des intérêts moratoires sur acomptes, ceux-ci ayant été calculés entre le 1er janvier 2021 et le 30 mars 2021.
7.3. S'agissant des intérêts moratoires, l'art. 5 al. 1 de la loi genevoise du 26 juin 2008 relative à la perception et aux garanties des impôts des personnes physiques et des personnes morales (LPGIP; rs/GE D 3 18) prévoit que "durant la période fiscale, des acomptes doivent être acquittés sur les impôts périodiques des personnes physiques et des personnes morales". Portant le titre marginal "intérêts moratoires sur acomptes payés tardivement ou impayés en totalité ou en partie", l'art. 9 al. 1 LPGIP précise qu'un intérêt moratoire est perçu sur les acomptes payés tardivement ou impayés en totalité ou en partie.
Sous le titre marginal "terme général d'échéance", l'art. 12 al. 1 LPGIP prévoit que "les impôts périodiques des personnes physiques sont échus le 31 mars de l'année civile qui suit l'année fiscale". L'art. 14 al. 2 LPGIP, qui porte le titre marginal "intérêts compensatoires négatifs sur montants insuffisants", précise que "les intérêts compensatoires négatifs courent à partir du terme général d'échéance jusqu'à la date de notification du bordereau de taxation et du décompte final".
7.4. Ainsi que le fait valoir de manière pertinente la recourante, les décomptes relatifs à l'ICC (datés du 22 juin 2023) produits en procédure cantonale ne font état ni de comptabilisation d'intérêts compensatoires négatifs, ni d'intérêts moratoires négatifs entre le 24 mars 2020 et le 31 décembre 2020 (art. 105 al. 2 LTF, cf. pièces 16 et 17 de la procédure cantonale). Selon ces relevés, les intérêts compensatoires de 550 fr. 80 ont été calculés du 31 mars 2021 au 20 mars 2023 et les intérêts moratoires de 18 fr. ont été calculés pour la période courant du 31 décembre 2020 au 30 mars 2021. En conséquence, la cour cantonale a arbitrairement retenu que les calculs d'intérêts ne "semblaient" pas tenir compte de la déclaration du Conseil d'État selon laquelle les intérêts moratoires et compensatoires ne devaient pas être calculés du 24 mars 2020 jusqu'au 31 décembre 2020. La conclusion qu'elle en a tiré, à savoir que la cause devait être renvoyée à la recourante pour "nouveau calcul d'éventuels intérêts tenant compte de l'absence d'intérêts moratoires et compensatoires pour la période du 24 mars 2020 au 31 décembre 2020" (arrêt attaqué, consid. 6.5) est sans objet.
7.5. Le recours s'avère également fondé sur ce point.
8.
En conclusion, le recours doit dès lors être admis, tant en ce qui concerne l'absence de déduction liée à la rente de prévoyance professionnelle du contribuable en matière d'IFD, que le calcul des intérêts compensatoires négatifs et moratoires sur acomptes dans le domaine de l'ICC. En conséquence, l'arrêt attaqué doit être annulé et le jugement du TAPI du 15 avril 2024 confirmé.
9.
Les frais judiciaires sont mis à la charge des intimés, qui succombent (art. 66 al. 1 LTF). Ils ont cependant sollicité le bénéfice de l'assistance judiciaire. Par ordonnance du 18 septembre 2025, le Tribunal fédéral leur a imparti un délai afin qu'ils produisent un questionnaire idoine, ainsi que diverses pièces. Bien que le pli recommandé contenant l'ordonnance n'ait pas été réceptionné par les intimés, on doit considérer qu'il leur a toutefois valablement été notifié (sur les conditions de la fiction d'une notification d'un pli recommandé, cf. 44 al. 2 LTF, ATF 150 II 26 consid. 3.5.4) et ils sont réputés en avoir eu connaissance. Ils n'ont cependant pas déféré à cette ordonnance. Leur indigence ne peut par conséquent pas être établie, de sorte que leur requête tendant à être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire doit être rejetée (sur les conditions de l'assistance judiciaire et les conséquence de l'absence de production des documents requis, cf. art. 64 LTF; arrêt 2C_446/2025 du 11 septembre 2025 consid. 3.1 et les références). La recourante n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de l'année 2020. L'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 1er avril 2025, est annulé. Le jugement du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève du 15 avril 2024 est confirmé.
2.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal de l'année 2020. L'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 1er avril 2025 est annulé. Le jugement du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève du 15 avril 2024 est confirmé.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à charge des intimés, solidairement entre eux.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4
ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lucerne, le 2 avril 2026
Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Moser-Szeless
Le Greffier : Bürgisser