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Grundstückgewinnsteuer; Anlagekosten; Verfahrenspflichten bei gemischten Aufwendungen – Art. 12 und Art. 46 StHG; Art. 110, Art. 115, Art. 118 und Art. 141 StG. Kommt die steuerpflichtige Person ihrer Mitwirkungspflicht nach und sind die tatsächlichen Verhältnisse geklärt, muss die untersuchungspflichtige Steuerbehörde zur Ermittlung der für die Grundstückgewinnsteuer massgeblichen Anlagekosten bei gemischten Aufwendungen eine Aufteilung vornehmen, d.h. die wertvermehrenden bzw. werterhaltenden Anteile konkret quantifizieren. Dazu hat sie eine natürliche Vermutung betreffend die wertvermehrenden bzw. werterhaltenden Anteile der einzelnen Aufwandspositionen aufzustellen bzw. diese Anteile zu schätzen. Bei einem Untersuchungsnotstand hingegen ist sie zur Schätzung im Rahmen einer Ermessensveranlagung berechtigt (E. 4.3.1–4.3.7). Unterscheiden sich die wertvermehrenden Anteile gemischter Aufwendungen während zwei Jahren wesentlich, kann daraus nicht mit hinreichender Gewissheit auf den wertvermehrenden Anteil der Aufwendungen des dritten Jahres geschlossen werden (E. 4.6 f.). Bezahlt die steuerpflichtige Person nach der Veräusserung des Grundstücks Aufwendungen für das Grundstück trotz interner Schuldübernahme durch die erwerbende Person, können die Zahlungen bei der Bestimmung des Grundstückgewinns im Ergebnis ausser Acht gelassen werden (E. 4.8). OGE 66/2023/32 vom 10. Februar 2026 Keine Veröffentlichung im Amtsbericht Aus den Erwägungen 4.2.1. Gemäss Art. 110 Abs. 1 des Gesetzes über die direkten Steuern vom 20. März 2000 (StG, SHR 641.100) erhebt der Kanton Schaffhausen eine Grundstückgewinnsteuer auf den Gewinnen, die bei der Veräusserung von im Kanton gelegenen Grundstücken des Privatvermögens oder von Anteilen an solchen erzielt werden (vgl. auch Art. 2 Abs. 1 lit. d des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 [Steuerharmonisierungsgesetz, StHG, SR 642.14]). Der Grundstückgewinn ist der Betrag, um welchen der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis und Aufwendungen) übersteigt (Art. 115 StG; vgl. auch Art. 12 Abs. 1 StHG).
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4.2.2. Die für die Grundstückgewinnsteuer massgeblichen Rechtsbegriffe – insbesondere "Anlagekosten" und "Aufwendungen" – führt das Steuerharmonisierungsgesetz als Rahmengesetz nicht näher aus und überlässt den Kantonen bei der Umschreibung des steuerbaren Gewinns einen, wenn auch eingeschränkten legislatorischen Gestaltungsraum (BGE 143 II 396 E. 2.4; 143 II 382 E. 3.1). Dieser wird hauptsächlich begrenzt durch den Normsinn (Besteuerung realisierter Grundstückgewinne) und das Normgefüge (Verhältnis von Einkommens- bzw. Gewinnsteuer einerseits und Grundstückgewinnsteuer anderseits): Wo die Anwendungsbereiche von Einkommens- bzw. Gewinn- und Grundstückgewinnsteuer ineinandergreifen, ist ihre Abgrenzung harmonisierungsrechtlich vorgegeben (BGE 131 II 722 E. 2.2; zum Ganzen BGer 2C_926/2019 vom 12. Mai 2020 E. 2.2.1 mit Hinweis). 4.2.3. Aufwendungen zählen im Fall der späteren Veräusserung jedenfalls dann zu den Anlagekosten im Sinne von Art. 12 Abs. 1 StHG bzw. Art. 115 StG, wenn sie in der Einkommenssteuer aufgrund ihres wertvermehrenden Charakters vom Abzug ausgenommen waren (BGE 143 II 382 E. 4.1.1 f. und 4.2.1). Das Harmonisierungsrecht steht sowohl der doppelten Belastung eines Gewinns (mit der Grundstückgewinn- und der Einkommenssteuer) als auch der doppelten Abzugsfähigkeit entgegen. Folglich können Unterhalts-, Betriebs- und Verwaltungskosten im Sinne von Art. 9 Abs. 3 StHG bzw. Art. 34 Abs. 2 StG nicht auch noch als Anlagekosten geltend gemacht werden (zum Ganzen BGE 143 II 396 E. 2.4). Die harmonisierungsrechtliche Koordination lässt keine Schnittmenge zwischen werterhaltenden und wertvermehrenden Kosten zu. Im Ergebnis müssen die Aufwendungen im Zusammenhang mit Grundstücken, soweit es sich nicht um Lebenshaltungskosten handelt, die als solche von vornherein nicht abzugsfähig sind, unter dem einen oder anderen Titel zum Abzug zugelassen werden (BGer 2C_926/2019 vom 12. Mai 2020 E. 2.2.3; ferner Reich/von Ah/Brawand, in: Zweifel/Beusch [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 4. A., Basel 2022, Art. 9 N. 56p; Richner/Frei/ Kaufmann/Rohner, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz [Kommentar StG ZH], 4. A., Zürich 2021, § 30 N. 37 und § 221 N. 33). 4.2.4. Im Einklang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum Steuerharmonisierungsrecht gelten im Kanton Schaffhausen unter anderem nachgewiesene Ausgaben, die zur Wertvermehrung beigetragen haben, als beim Grundstückgewinn anrechenbare Aufwendungen (Art. 118 Abs. 1 lit. b StG). Nicht anrechenbar
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sind indes Aufwendungen, die bei der Einkommens- oder Gewinnsteuer als Abzüge oder als Aufwand berücksichtigt worden sind oder hätten berücksichtigt werden müssen (Art. 118 Abs. 4 lit. a StG). 4.3.1. Die Vorschriften des Steuergesetzes, einschliesslich der Verfahrensvorschriften, gelten kraft Art. 121 StG auch für die Grundstückgewinnsteuer. Demnach unterliegt das Veranlagungsverfahren betreffend die Grundstückgewinnsteuer der Untersuchungsmaxime (Art. 141 Abs. 2 StG; vgl. auch Art. 46 Abs. 1 StHG). Die Steuerbehörde hat den gesamten Sachverhalt zu untersuchen, einschliesslich Tatsachen, die sich zugunsten der steuerpflichtigen Person auswirken. Die Steuerbehörde trägt also für sämtliche relevanten Tatsachen die sogenannte Beweisführungs- oder subjektive Beweislast (BGE 148 II 285 E. 3.1.1 mit Hinweis). Die Untersuchungspflicht der Steuerbehörde besteht dabei nicht nur hinsichtlich steuerbegründender oder -erhöhender Tatsachen, sondern auch bezüglich steueraufhebender oder -mindernder Tatsachen. Entsprechend muss sie die steuerpflichtige Person ausdrücklich durch verfahrensleitende Verfügungen auffordern, die erforderlichen Sachdarstellungen und Beweismittel beizubringen, die sie zur Abklärung des Sachverhalts benötigt (OGE 66/2017/5 vom 8. Mai 2018 E. 5.4 mit Hinweis, Amtsbericht 2018, S. 138 f.). Umgekehrt trifft die steuerpflichtige Person allerdings eine Mitwirkungspflicht: Sie muss alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Art. 144 Abs. 1 StG). 4.3.2. Lässt sich eine relevante Tatsache nicht mit verhältnismässigem Aufwand direkt feststellen, kann sich die Steuerbehörde in ihrer Beweiswürdigung auch auf Indizien stützen, welche die Verwirklichung derselben mit hinreichender Gewissheit vermuten lassen. Der steuerpflichtigen Person steht es frei, diese sog. natürliche Vermutung zu entkräften, indem sie die Indizien (Vermutungsbasis), die relevante Tatsache (Vermutungsfolge) oder allenfalls auch den Erfahrungssatz, der Vermutungsbasis und Vermutungsfolge verbindet, widerlegt (sog. Gegenbeweis; BGE 148 II 285 E. 3.1.2; BGer 9C_434/2024 vom 10. Februar 2025 E. 6.3; je mit Hinweisen). 4.3.3. Erst wenn eine relevante Tatsache trotz allen zumutbaren Untersuchungsaufwands seitens der untersuchungspflichtigen Steuerbehörde beweislos bleibt, stellt sich die Frage der objektiven Beweislast (BGE 151 II 466 E. 4.2 mit Hinweisen). Diesbezüglich gilt auch im Steuerrecht der Grundsatz, dass diejenige Person betreffend eine behauptete Tatsache (objektiv) beweisbelastet ist, die aus ihr Rechte für sich ableitet (Art. 8 ZGB analog). Steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen sind daher von der Steuerbehörde, steueraufhebende oder -mindernde
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Tatsachen von der steuerpflichtigen Person nachzuweisen (sog. Normentheorie; BGE 151 II 11 E. 2.2.2 mit Hinweisen). 4.3.4. Bei Umbauten und Sanierungen bestehender Gebäude können wertvermehrende und werterhaltende Aufwendungen naturgemäss nicht immer scharf auseinandergehalten werden. Die Unterscheidung mag im Einzelfall insbesondere dann schwierig sein, wenn die getätigten Aufwendungen einen Mischcharakter haben. Bei diesen sog. gemischten Aufwendungen ist eine proportionale Aufteilung vorzunehmen und können einzelne Aufwandpositionen geschätzt werden (vgl. BGer 2C_582/2021 vom 29. November 2021 E. 4.3; 2C_558/2016 vom 24. Oktober 2017 E. 2.6 mit Hinweis; ferner VGer BE 100.2020.267 vom 15. August 2022 E. 2.2 a.E. mit Hinweisen; StRG ZH ST.2018.214 vom 12. August 2019 E. 2c/ff/bbb; Richner/Frei/Kaufmann/Rohner, Handkommentar zum DBG, 4. A., 2023, Art. 32 N. 51). Einzelne Kantone kennen hierfür Abgrenzungskataloge mit beispielhaften Richtwerten (vgl. Zweifel/Hunziker/Margraf/Oesterhelt, Schweizerisches Grundstückgewinnsteuerrecht, Zürich 2021, S. 394 Fn. 2138 mit Hinweisen zu den Abgrenzungskatalogen einzelner Kantone; Luzerner Steuerbuch, Band 3, Weisungen GGStG: Grundstückgewinnsteuer, Anhang 4: Richtlinien vom 1. Januar 2024 zur Abgrenzung zwischen Anlage- und Unterhaltskosten für Investitionen ab 2023). 4.3.5. Aufgrund der Mitwirkungspflicht ist es indes zunächst Sache der steuerpflichtigen Person, die hierfür notwendigen Grundlagen zu beschaffen und vorzulegen (vgl. E. 4.3.1 a.E.; ferner Zweifel/Hunziker/Margraf/Oesterhelt, S. 321 Rz. 28). Hierzu sind genaue Angaben über Lieferungen und Leistungen und den Zustand sowie die Ausstattung des Objekts vor und nach dem Umbau nötig. Falls aus der Steuererklärung und den allenfalls beigelegten Rechnungsbelegen solche Angaben nicht oder nicht mit genügender Klarheit hervorgehen, obliegt es der untersuchungspflichtigen Steuerbehörde, von der steuerpflichtigen Person eine detaillierte Sachdarstellung über die im Einzelnen erbrachten Leistungen und erfolgten Lieferungen sowie über den Zustand und die Ausstattung der Liegenschaft vor bzw. nach dem Umbau zu verlangen und – wenn Zweifel an der Sachdarstellung bestehen – weitergehende Beweismittel zur Überprüfung des behaupteten Sachverhalts (z.B. Pläne, Fotos, Rechnungen, Augenscheine, Expertisen, Zeugenbefragungen usw.) ins Auge zu fassen (vgl. StRG ZH ST.2018.214 vom 12. August 2019 E. 2a f. mit Hinweisen; zum Ganzen Zweifel/Hunziker/Margraf/Oesterhelt, S. 394 Rz. 157).
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4.3.6. Hat die steuerpflichtige Person dagegen trotz Mahnung ihre Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die tatsächlichen Verhältnisse mangels zuverlässiger Unterlagen nicht geklärt, das heisst die Steuerfaktoren nicht einwandfrei ermittelt werden (sog. Untersuchungsnotstand), so nimmt die untersuchungspflichtige Steuerbehörde die Veranlagung stattdessen nach pflichtgemässem Ermessen vor (Art. 148 Abs. 2 StG, vgl. BGer 9C_353/2025 vom 5. November 2025 E. 4.3; 2C_295/2018 vom 6. Februar 2019 E. 4.2; je mit Hinweisen; ferner Art. 46 Abs. 3 StHG). 4.3.7. Nach dem vorstehend Gesagten sind zwei Fälle zu unterscheiden: Die steuerpflichtige Person kommt ihrer Mitwirkungspflicht nach und die tatsächlichen Verhältnisse sind geklärt. In diesem Fall muss die untersuchungspflichtige Steuerbehörde bei gemischten Aufwendungen eine Aufteilung vornehmen, d.h. die wertvermehrenden bzw. werterhaltenden Anteile konkret quantifizieren und damit eine natürliche Vermutung betreffend die wertvermehrenden bzw. werterhaltenden Anteile der einzelnen Aufwandspositionen aufstellen bzw. diese Anteile schätzen. Bei einem Untersuchungsnotstand hingegen ist sie zur Schätzung im Rahmen einer Ermessensveranlagung berechtigt. 4.4. Aus den Akten ergibt sich mit Bezug auf das Grundstück Schaffhausen Folgendes: […] 4.5. Der Rekurrent substantiierte demnach die Aufwendungen gegenüber der Steuerbehörde Luzern betreffend die Einkommenssteuern 2019 und 2020 sowie gegenüber den Schaffhauser Steuerbehörden betreffend die Grundstückgewinnsteuer 2021 in gleichem Masse. Letztere verfügten im Wesentlichen über dieselben Unterlagen wie die Steuerbehörde Luzern. Es ist daher nicht ohne Weiteres nachvollziehbar, weshalb die Schaffhauser Steuerbehörden den Anteil der wertvermehrenden Aufwendungen des Jahres 2021 nicht feststellen konnten, nachdem die Steuerbehörde Luzern die (komplementären) Anteile der werterhaltenden Aufwendungen der Jahre 2019 und 2020 (direkt) feststellen konnte (vgl. betreffend die Komplementarität von wertvermehrenden und werterhaltenden Aufwendungen vorstehende E. 4.2.3). 4.6. Die Schaffhauser Steuerbehörden nahmen keine Ermessensveranlagung im Sinne von Art. 148 Abs. 2 StG vor. Stattdessen schätzten sie den wertvermehrenden Anteil der Aufwendungen des Jahres 2021 pauschal auf einen Drittel. Sie schlossen mithin aufgrund des (mehrheitlich indirekt) von ihnen ermittelten wertvermehrenden Anteils der Aufwendungen der Jahre 2019 und 2020 (insgesamt Fr. […] bzw. 33.08%) auf die wertvermehrenden Aufwendungen des Jahres 2021.
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Es ist zwar zulässig und oft notwendig, dass sich die Steuerbehörden in ihrer Beweiswürdigung auch auf Indizien stützen und daraus Schlüsse auf relevante Tatsachen ziehen. Dies setzt indes voraus, dass ein oder mehrere Indizien ihre Verwirklichung mit hinreichender Gewissheit vermuten lassen (vgl. vorstehende E. 4.3.2). 4.7. Die Vermutung der Schaffhauser Steuerbehörden, ein Drittel der geltend gemachten Aufwendungen des Jahres 2021 sei wertvermehrend gewesen, stützte sich (lediglich) auf die zwei vorangegangenen Steuerperioden. Die jeweiligen Anteile der wertvermehrenden Aufwendungen unterscheiden sich indes massgeblich (Jahr 2019: 13.85%, […]; Jahr 2020: 37.47%, […]). Bei dieser Ausgangslage kann noch nicht mit hinreichender Gewissheit auf den wertvermehrenden Anteil der Aufwendungen des Jahres 2021 geschlossen werden, zumal der (von den Schaffhauser Steuerbehörden angewandte) arithmetische Mittelwert ähnlich beliebig ist wie eine (lineare) Trendextrapolation. Insoweit erweist sich der Rekurs als begründet. 4.8. In materieller Hinsicht können entgegen dem Rekurrenten die von ihm nach der Veräusserung des Grundstücks Schaffhausen bezahlten Aufwendungen bei der Bestimmung des Grundstückgewinns im Ergebnis ausser Acht gelassen werden: Gemäss Ziff. 4 der Vertragsbestimmungen des Sacheinlage-/Sachübernahmevertrags über Grundstücke vom […] 2021 trat die A. AG in alle vom Rekurrenten abgeschlossenen, das Grundstück Schaffhausen betreffenden Verträge unter Übernahme sämtlicher Rechte und Pflichten ein. Durch diese interne Schuldübernahme im Sinne von Art. 175 OR verpflichtete sich die A. AG, den Rekurrenten von sämtlichen das Grundstück Schaffhausen betreffenden Schulden zu befreien, namentlich auch von allfälligen Schulden für die vor der Veräusserung gemachten wertvermehrenden Aufwendungen (vgl. Art. 118 Abs. 2 i.V.m. Art. 119 Abs. 1 StG). Diese Schuldübernahme stellt eine weitere Kaufpreisleistung dar, welche dem ausgewiesenen Kaufpreis hinzuzurechnen wäre, um den (korrekten) Veräusserungserlös zu bestimmen (Art. 116 Abs. 1 Satz 1 StG; OGE 66/2012/21 vom 3. Mai 2013 E. 2, wonach namentlich die Übernahme von Schulden des Veräusserers durch den Erwerber eine weitere Kaufpreisleistung darstellt; ferner VGer ZH SB.2017.00153 vom 30. Mai 2018 E. 4.2; Richner/Frei/Kaufmann/Rohner, Kommentar StG ZH, § 220 N. 28). Würden die gleichen Leistungen hernach als wertvermehrende Aufwendungen bei den Anlagekosten angerechnet, ergäbe sich im Ergebnis derselbe Grundstückgewinn, wie wenn weder eine Hinzurechnung noch eine Anrechnung erfolgte. Entsprechend ist die Nichtberücksichtigung der im Jahr 2022 bezahlten Aufwendungen durch die Schaffhauser Steuerbehörden im Ergebnis nicht zu beanstanden.
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5. Der Rekurrent bringt schliesslich erstmals im Rekursverfahren vor, die Erhebung der Kirchensteuer sei nicht rechtmässig gewesen. Nachdem er am […] 2020 aus der römisch-katholischen Kirche ausgetreten war, erlosch gleichentags seine Kirchensteuerpflicht (Art. 3 Abs. 2 der Steuerordnung der römisch-katholischen Landeskirche im Kanton Schaffhausen vom 12. Juni 1969 i.V.m. Art. 108 Abs. 1 und Art. 112 Abs. 1 KV). Seine Nichtmitgliedschaft bei einer staatlich anerkannten Kirche bzw. seine Konfessionslosigkeit deklarierte er bereits in der Steuererklärung vom […] 2022. Die Steuerverwaltung war daher nicht befugt, im Rahmen der staatlichen Steuerveranlagung für die Steuerperiode 2021 (römisch-katholische) Kirchensteuern vom Rekurrenten zu erheben (vgl. auch BGer 2C_911/2021 vom 2. Februar 2022 E. 7.3). Die Rüge des Rekurrenten betreffend die Kirchensteuer ist daher begründet. 6. Zusammenfassend ist der Rekurs teilweise gutzuheissen. Der Einspracheentscheid der Kantonalen Steuerkommission vom 3. November 2023 ist aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Kantonale Steuerverwaltung zurückzuweisen. Diese wird ihren Entscheid (in verfahrensrechtlicher Hinsicht) mit den Veranlagungen der Steuerbehörde Luzern betreffend die werterhaltenden Aufwendungen (abzugsfähiger Liegenschaftsunterhalt) der Jahre 2019, 2020 und 2021 abzustimmen haben, wobei sie nicht absolut an deren Veranlagungen gebunden ist (vgl. vorstehende E. 4.2.3, ferner Richner/Frei/Kaufmann/Rohner, Kommentar StG ZH, § 221 N. 34) und es unter gewissen Voraussetzungen zulässig ist, in Bezug auf Aufwandpositionen (mit Mischcharakter) Schätzungen vorzunehmen bzw. eine Vermutung des wertvermehrenden Anteils aufzustellen (vgl. vorstehende E. 4.3.4 und 4.3.7).