Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
1C_383/2022
Urteil vom 27. Juli 2023
I. öffentlich-rechtliche Abteilung
Besetzung
Bundesrichter Chaix, präsidierendes Mitglied,
Bundesrichter Müller, Merz,
Gerichtsschreiberin Gerber.
Verfahrensbeteiligte
A.________ AG,
vertreten durch Rechtsanwalt Dr. Dean Kradolfer,
Beschwerdeführerin,
gegen
Amt für Umwelt des Kantons Thurgau, Verwaltungsgebäude Promenade, Postfach, 8510 Frauenfeld,
Departement für Bau und Umwelt des
Kantons Thurgau, Generalsekretariat,
Promenade, 8510 Frauenfeld.
Gegenstand
abfallrechtliche Bewilligung,
Beschwerde gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau
vom 27. April 2022 (VG.2021.134/E).
Sachverhalt
A.
Die A.________ AG betreibt auf ihrer Liegenschaft Nr. 413 in Münchwilen eine Biogas-/Vergärungsanlage. Das Amt für Umwelt des Kantons Thurgau (nachfolgend: AfU) erteilte ihr dafür erstmals am 30. September 2015 eine abfallrechtliche Betriebsbewilligung mit Gültigkeit bis 31. Oktober 2016. Am 21. November 2016 erteilte es eine Übergangsbewilligung bis 31. Januar 2017 und mit Entscheid vom 24. Mai 2017 eine Betriebsbewilligung mit Gültigkeit bis 30. April 2020.
B.
Am 30. Januar 2020 ersuchte die A.________ AG um die Verlängerung der bestehenden Betriebsbewilligung mit diversen Anpassungen. Das AfU erteilte ihr am 30. April 2020 eine Betriebsbewilligung bis 30. April 2023 unter Bedingungen und Auflagen. Die A.________ AG rekurrierte gegen die Befristung auf drei Jahre sowie diverse inhaltliche Beschränkungen und Auflagen an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (nachfolgend: Departement). Dieses wies den Rekurs am 6. Juli 2021 ab, soweit es darauf eintrat.
Dagegen gelangte die A.________ AG am 19. Juli 2021 an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Dieses wies die Beschwerde am 27. April 2022 ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die A.________ AG am 27. Juni 2022 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts sowie Disp.-Ziff. 1-4 des Rekursentscheids des Departements vom 6. Juli 2021 seien aufzuheben und es sei der Beschwerdeführerin für das Rekursverfahren eine reduzierte Verfahrensgebühr von insgesamt Fr. 500.-- aufzuerlegen und ihr eine Parteientschädigung von Fr. 6'387'75 (inkl. MWSt und Barauslagen) zuzusprechen. Der Entscheid des AfU vom 30. April 2020 sei wie folgt aufzuheben bzw. anzupassen:
a)
Disp.-Ziffer 2: Die Dauer der Bewilligung sei auf den 30. April 2025 zu befristen. Das Gesuch für eine neue abfallrechtliche Bewilligung sei dem AfU bis spätestens 31. Januar 2025 vollständig und unaufgefordert einzureichen.
b)
Disp.-Ziffer 3: Es sei die Entgegennahme, Sortierung, Aufbereitung, Zwischenlagerung und Vergärung von sämtlichen geeigneten auf der Positivliste der OZD sowie der VVEA-Vollzugshilfe aufgeführten Stoffe zu bewilligen.
c)
Disp.-Ziffer 7: Die Bewilligungsinhaberin sei anzuweisen, in den Monaten November bis März eines jeden Jahres nur in demjenigen Umfang Rohwaren zur Verarbeitung anzunehmen, in welchem sie bis spätestens am 1. November gegenüber dem AfU Lagervolumen nachgewiesen hat.
Eventualiter sei das erforderliche Lagervolumen auf Basis des monatlichen Durchschnitts der Rohwarenvolumina der letzten Bewilligungsdauer (i.c. Juni 2017 bis 30. April 2020) zu ermitteln und innerhalb von zwei Monaten nach Rechtskraft des Bewilligungsentscheids nachzuweisen.
Nebst dem Lagervolumen, welches die Bewilligungsinhaberin durch Verträge mit Dritten gesichert hat, sei als Lagerkapazität in der Anlage der Bewilligungsinhaberin anzurechnen:
- leeres Volumen der Fermenter bis zum Niveau von 1'000 m3 pro Fermenter;
- auf der Anlage bestehende Lagertanks im Umfang von total 200 m3;
- diejenige Menge an Gärresten, welche laufend durch Verbrennung entsorgt wird.
Auf den halbjährigen Nachweis ungekündigter Lagerverträge sei zu verzichten; die Lagerverträge seien für die Dauer der Bewilligung aufrechtzuerhalten und gegebenenfalls zu erneuern.
d)
Disp.-Ziffer 17: Die Anzahl der Analysen des Recyclingdüngers gemäss ChemRRV sei nach der Empfehlung des Bundesamtes für Landwirtschaft (BLW) vom 15. Februar 2021 gemäss Bonussystem festzusetzen.
e)
Disp.-Ziffer 20: Die Anlage sei der Branchenlösung des "Vereins Inspektorat der Kompostier- und Vergärbranche Schweiz" zu unterstellen. Es sei einmal jährlich eine externe Kontrolle der Anlage durchführen zu lassen. Die Kontrolle erfolge jeweils in Absprache mit der Anlagenbetreiberin bis Ende Juni jeden Jahres. Die Bewilligungsnehmerin habe sämtliche für die externe Kontrolle notwendigen Dokumente und Daten bereitzuhalten.
f)
Disp.-Ziffer 23: Die Verfahrensgebühr sei auf CHF 700.-- festzusetzen.
Eventualiter sei die Streitsache zur ergänzenden Sachverhaltsabklärung und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D.
Das Verwaltungsgericht und das AfU schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, der angefochtene Entscheid sei aus Sicht des Bundesumweltrechts nicht zu beanstanden.
Die Beschwerdeführerin äussert sich in ihrer Replik vom 17. März 2023 zu den Vernehmlassungen des AfU und des BAFU und hält an ihren Vorbringen und Anträgen fest. Das AfU hat am 3. Mai 2023 eine Duplik und die Beschwerdeführerin am 30. Mai 2023 eine Triplik eingereicht.
E.
Mit Verfügung vom 22. Juli 2022 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.
Erwägungen
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a,
Die Beschwerdeführerin ist als Anlagenbetreiberin und Adressatin der abfallrechtlichen Betriebsbewilligung durch die darin verfügten Auflagen und Beschränkungen unmittelbar berührt und daher grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
Das Rechtsschutzinteresse ist durch Zeitablauf nicht dahingefallen. Zwar war die Gültigkeit der Betriebsbewilligung bis zum 30. April 2023 befristet. Es besteht jedoch ein schutzwürdiges Interesse an der Überprüfung der angefochtenen Nebenbestimmungen, die auch in künftigen Betriebsbewilligungen wieder verfügt werden können, mit dem Risiko, dass, aufgrund der Befristung, Rechtsschutz im Einzelfall nicht rechtzeitig gewährt werden kann (vgl. BGE 136 II 101 E. 1.1 mit Hinweisen). Im Übrigen hat das AfU mitgeteilt, es werde die (ansonsten unveränderte) Bewilligung mit Blick auf das hängige bundesgerichtliche Verfahren um maximal ein Jahr verlängern.
Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist daher grundsätzlich - vorbehältlich rechtsgenüglich begründeter Rügen - einzutreten.
2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG); dafür gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (BGE 133 II 249 E. 1.4.2 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 und
3.
Streitig ist die Betriebsbewilligung für eine Biogas-/Vergärungsanlage. Diese gehört zu den Anlagen zur Entsorgung von Abfällen (Abfallanlagen) gemäss Art. 30h USG (SR 814.01). Diese Bestimmung beauftragt den Bundesrat, technische und organisatorische Vorschriften zu erlassen (Abs. 1), und sieht vor, dass die Behörde den Betrieb von Abfallanlagen befristen kann (Abs. 2).
Der Bundesrat hat die Abfallanlagen im 4. Kapitel der Verordnung vom 4. Dezember 2015 über die Vermeidung und die Entsorgung von Abfällen (Abfallverordnung, VVEA; SR 814.600) geregelt. Diese müssen nach dem Stand der Technik errichtet und betrieben werden; Inhaberinnen und Inhaber von Abfallanlagen müssen alle zehn Jahre prüfen, ob die Anlage dem Stand der Technik entspricht, und die nötigen Anpassungen vornehmen (
Biogene Abfälle sind gemäss Art. 14 Abs. 1 VVEA rein stofflich oder durch Vergären zu verwerten, sofern sie sich aufgrund ihrer Eigenschaften, insbesondere ihrer Nährstoff- und Schadstoffgehalte, dafür eignen, separat gesammelt wurden und die Verwertung nicht durch andere Vorschriften des Bundesrechts untersagt ist. Kompostierungs- und Vergärungsanlagen sind in den Art. 33 f. VVEA näher geregelt. Das BAFU hat 2018 das Modul "Biogene Abfälle" als Teil der Vollzugshilfe zur VVEA veröffentlicht (nachfolgend: Vollzugshilfe).
Die bundesrechtlichen Bestimmungen werden im Kanton Thurgau durch das kantonale Gesetz über die Abfallbewirtschaftung vom 4. Juli 2007 (AbfallG/TG; RB 814.04) ausgeführt. Danach regelt die Betriebsbewilligung soweit erforderlich die zulässigen Abfälle und deren Behandlung, die Eingangs- und Betriebskontrolle sowie das Pflichtenheft und die Ausbildung des Personals (§ 9 Abs. 2). Betriebsbewilligungen sind zu befristen (§ 9 Abs. 3) und können mit Auflagen oder Bedingungen verknüpft werden (§ 10 Abs. 1).
4.
Streitig ist zunächst die Befristung der Betriebsbewilligung auf drei Jahre.
4.1. Das Verwaltungsgericht erwog, Betriebsbewilligungen für Abfallanlagen seien gemäss § 9 Abs. 3 Satz 1 AbfallG/TG i.V.m. Art. 30h Abs. 2 USG zu befristen; die Dauer der Betriebsbewilligung sei aber nicht normativ festgelegt, sondern liege im Ermessen der zuständigen Behörde. Es sei unstreitig, dass es im Betrieb der Beschwerdeführerin im Zeitraum vom 7. Januar 2017 bis 16. September 2020 zu insgesamt drei Störfällen respektive Zwischenfällen mit Gewässerverschmutzungen gekommen sei, die vom AfU zur Anzeige gebracht worden seien. Diese rechtfertigten die Abweichung von der üblichen bzw. praxisgemässen Bewilligungsdauer von fünf Jahren, um die sicherheitsrelevanten Aspekte innerhalb eines kürzeren Abstands erneut überprüfen zu können, und allenfalls die Betriebsbewilligung anzupassen oder sogar nicht weiter zu verlängern. Die verkürzte Bewilligungsdauer schaffe einen Anreiz für die Beschwerdeführerin, einen ordnungsgemässen Betrieb unter Beweis zu stellen, um in der Folge wieder eine übliche Bewilligungsdauer von fünf Jahren zu erhalten. Somit habe es die Beschwerdeführerin selbst in der Hand, durch einen störungsfreien Betrieb ihre getätigten und geplanten Investition zu sichern. Das Verwaltungsgericht verneinte eine Verletzung des Grundsatzes der Gleichbehandlung, weil die behaupteten Störfälle der Vorgängerbetreiberin nicht aktenkundig seien und sich die technischen Gegebenheiten seither verändert haben dürften.
4.2. Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass es zu Störfällen im Sinne von Art. 2 Abs. 4 der Verordnung über den Schutz vor Störfällen vom 27. Februar 1991 (Störfallverordnung, StFV; SR 814.012) gekommen sei; es habe sich um kleinere Zwischenfälle ohne grosses Schadenausmass gehandelt. Zudem hätten sich die Zwischenfälle ausserhalb der letzten Bewilligungsperiode (vom 24. Mai 2017 bis zum 30. April 2020) ereignet; es sei unzulässig, die Befristung mit Hinweis auf ältere Vorgänge aus der vorletzten Bewilligungsphase zu verkürzen. Es sei unverhältnismässig zu verlangen, dass ein Betrieb dauerhaft und vollständig ohne Zwischenfälle betrieben werde, da stets das Risiko eines technischen oder menschlichen Versagens bestehe. Entscheidend müsse sein, dass die Beschwerdeführerin alles daran setze, Zwischenfälle zu vermeiden und den Betrieb ständig zu verbessern; dies habe sie mehrfach bewiesen. Die Verkürzung der Bewilligungsdauer sei auch nicht geeignet, einen störungsfreien Betrieb sicherzustellen; dazu wären vielmehr sicherheitsrelevante Auflagen zu formulieren, deren Einhaltung kontrolliert werden könnten.
Sie rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung von Treu und Glauben sowie des Gleichbehandlungsgrundsatzes, weil der Vorgänger-Betreiberin eine Bewilligungsdauer von 6 Jahren und vier Monaten genehmigt worden sei, obwohl diese über weniger Qualifikationen verfügt habe und die seither vorgenommenen technischen Neuerungen das Betriebsrisiko vermindert hätten.
4.3. Das AfU legt dar, dass einzig die vor 13 Jahren erteilte Betriebsbewilligung der ersten Bewilligungsnehmerin über eine längere Laufzeit als drei Jahre verfügt habe. Zwischen Januar 2017 und September 2020 seien insgesamt drei Gewässerverschmutzungen auf den Betrieb der Beschwerdeführerin zurückzuführen gewesen, die vom Amt zur Anzeige gebracht worden seien (Vorfälle vom 7. Januar und 28. März 2017 und vom 16. September 2020). In allen drei Fällen habe die Beschwerdeführerin keine Meldung erstattet. Im Juni und Juli 2022 hätten sich zwei weitere Gewässerverschmutzungen ereignet; Grund sei in beiden Fällen ein übergelaufener Fettabscheider gewesen. Auch diese Vorfälle seien nicht gemeldet worden. Das AfU bestreitet, dass die Beschwerdeführerin technische Neuerungen zur Risikominimierung vorgenommen habe. Bis anhin habe sie auch keine Ausbildungsnachweise nach Art. 27 Abs. 1 lit. f VVEA vorgelegt.
Die Beschwerdeführerin bestreitet die Vorbringen des AfU; dieses hält in seiner Eingabe vom 3. Mai 2023 daran fest.
4.4. Das BAFU erachtet die angeordnete Befristung auf 3 Jahre als verhältnismässig und umweltrechtskonform, mit Blick auf die insgesamt fünf Zwischenfälle mit Gewässerverschmutzungen durch den Betrieb der Beschwerdeführerin.
4.5. Gemäss Art. 27 Abs. 1 VVEA sind die Inhaberinnen und Inhaber von Abfallanlagen verpflichtet, den Betrieb so zu betreiben, dass möglichst keine schädlichen oder lästigen Einwirkungen auf die Umwelt entstehen (lit. a). Die in den Anlagen entstehenden Rückstände müssen umweltverträglich entsorgt werden (lit. c). Die Inhaberinnen und Inhaber müssen sicherstellen, dass sie selbst und das Personal über die erforderlichen Fachkenntnisse für den fachgerechten Betrieb der Anlagen verfügen (lit. f), und die Anlagen regelmässig kontrollieren und warten und insbesondere durch Emissionsmessungen prüfen, ob die Anforderungen der Umwelt- und Gewässerschutzgesetzgebung eingehalten werden (lit. g).
Die im Juni und Juli 2022 aufgetretenen erneuten Gewässerverschmutzungen können als echte Noven nicht berücksichtigt werden. Aber schon zwischen 2017 und 2020 kam es (unstreitig) zu mehreren Vorfällen von Gewässerverschmutzungen. Diese stellen objektiv eine Verletzung von Bundesumweltrecht dar, ungeachtet des Schadenausmasses und unabhängig davon, ob es sich um einen Störfall i.S.d. StFV handelte. Zwar können technische Probleme und menschliches Versagen nie völlig ausgeschlossen werden; sie müssen jedoch durch organisatorische Vorkehrungen, regelmässige Wartungen und Kontrollen sowie die sorgfältige Auswahl, Instruktion und Überwachung von Angestellten und Drittunternehmen auf ein Minimum reduziert werden. Vorliegend ist die Häufung der Vorfälle und der Umstand, dass es auch in jüngerer Zeit (im September 2020, während der Hängigkeit des Rekursverfahrens) wieder zu einer Gewässerverschmutzung gekommen ist, die wiederum von der Beschwerdeführerin nicht gemeldet wurde, sehr wohl geeignet, Zweifel an deren Verlässlichkeit zu wecken. Es lag daher im Ermessen des AfU als Fachbehörde, die Bewilligung auf drei Jahre zu befristen. Dies stellt, wie die Vorinstanzen plausibel dargelegt haben, einen Anreiz für die Beschwerdeführerin dar, einen ordnungsgemässen Betrieb unter Beweis zu stellen, um in der Folge wieder eine übliche Bewilligungsdauer von fünf Jahren zu erhalten.
Der Hinweis auf die längere Dauer der zeitlich weit zurückliegenden Bewilligung einer früheren Betreiberin ist nicht geeignet, eine unzulässige Ungleichbehandlung darzutun, da die Bewilligungspraxis seither geändert worden ist. Die Rüge der Verletzung von Treu und Glauben wird nicht substanziiert begründet, weshalb darauf nicht einzutreten ist (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG).
4.6. Die Beschwerdeführerin machte im Rekursverfahren überdies geltend, das AfU sei gar nicht in der Lage, in kurzen Abständen gestellte Bewilligungsgesuche fristgerecht zu bearbeiten. Es wirft dem Departement vor, auf dieses Argument unter Verletzung des rechtlichen Gehörs nicht eingegangen zu sein. Das Verwaltungsgericht verneinte eine Verletzung des rechtlichen Gehörs bzw. der Begründungspflicht, weil die Behörde nicht verpflichtet sei, sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinanderzusetzen, sondern sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken könne.
Dem ist zuzustimmen: Die Frage, ob das AfU in der Lage sei, in kurzen Abständen sich wiederholende Bewilligungsgesuche fristgerecht zu bearbeiten, wäre entscheiderheblich, wenn ein dreijähriger Rhythmus auf Dauer bzw. generell eingeführt würde. Dies ist nicht der Fall, sondern es ist vorgesehen, zukünftig wieder dem üblichen, fünfjährigen Bewilligungsrhythmus zu folgen, sofern sich die Beschwerdeführerin bewährt.
Die zwischenzeitlich erfolgte Verlängerung der Bewilligung ist durch das hängige bundesgerichtliche Verfahren bedingt; aus ihr lassen sich daher keine Schlüsse für die streitige Frage ziehen.
4.7. Nach dem Gesagten ist die Befristung der 2020 erteilten Betriebsbewilligung auf drei Jahre bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
5.
Streitig ist weiter die Liste der zur Verarbeitung zugelassenen Stoffe.
5.1. Die Beschwerdeführerin hatte mit Gesuch vom 30. Januar 2020 beantragt, ihr sei neu die Verarbeitung aller Stoffe auf der Liste der Oberzolldirektion über die Stoffe, die im Sinne von Art. 12b Abs. 2 des Mineralölsteuergesetzes vom 21. Juni 1996 (MinöStG; SR 641.61) als biogene Abfälle oder Produktionsrückstände gelten, zu bewilligen. Dieser Antrag wurde vom AfU wie auch (auf Rekurs) vom Departement abgelehnt, weil sich nicht alle auf der OZD-Positivliste genannten Stoffe für die Vergärung eigneten. Die Beschwerdeführerin verlangte daraufhin vor Verwaltungsgericht, ihr seien zumindest alle zur Vergärung geeigneten Stoffe der OZD-Positivliste zu bewilligen.
Das Verwaltungsgericht ging davon aus, es handle sich um ein neues, im Beschwerdeverfahren nicht zulässiges Begehren, weshalb darauf nicht einzutreten sei. Für den Fall, dass von einer zulässigen Einschränkung des Rechtsbegehrens auszugehen wäre, wäre der Antrag abzuweisen: Die Beschwerdeführerin zeige zum einen nicht auf, welche Stoffe der OZD-Positivliste überhaupt zur Vergärung gemäss Art. 34 Abs. 1 VVEA geeignet seien; zum anderen liege die Bezeichnung der bewilligten Abfälle im pflichtgemässen und fachkompetenten Ermessen des verfahrensbeteiligten Amtes. Dabei sei zu berücksichtigen, dass die Bewilligung die Möglichkeit der Anpassung der Abfallstoffe im gegenseitigen Einvernehmen vorsehe, was durchaus sachgerecht und verhältnismässig erscheine.
5.2. Die Beschwerdeführerin wirft dem Verwaltungsgericht Rechtsverweigerung vor, weil es sich nicht um einen unzulässigen neuen Antrag, sondern um eine prozessual zulässige Einschränkung ihres bisherigen Antrags gehandelt habe. Auch die Eventualbegründung sei willkürlich: Die Beschwerdeführerin habe auf das Fachwissen des AfU vertrauen dürfen. Es sei dessen Aufgabe gewesen, unter Heranziehung der Vollzugshilfe des BAFU und der darin enthaltenen Liste der zur Kompostierung oder Vergärung geeigneten Abfälle zu klären, welche Stoffe der OZD-Positivliste sich für die Vergärung eigneten.
5.3. In ihrer Rekurseingabe hatte die Beschwerdeführerin noch die Auffassung vertreten, es sei unnötig, die bewilligten Abfälle in einer Liste einzeln aufzuführen, sondern es sei vollumfänglich auf die Positivliste der OZD zu verweisen. Dieser Antrag wurde vom Departement abgewiesen und von der Beschwerdeführerin nicht weiter verfolgt; diese beantragte im verwaltungsgerichtlichen Verfahren nicht mehr den Verzicht auf eine Liste der zulässigen Abfälle, sondern deren Erweiterung. Ob dies eine Änderung des Streitgegenstands darstellt (wovon die Vorinstanzen ausgingen) oder eine blosse Einschränkung des Antrags (wie die Beschwerdeführerin meint), kann letztlich offenbleiben, weil auf den neuen bzw. eingeschränkten Antrag jedenfalls wegen ungenügender Substanziierung und Verletzung der Mitwirkungspflicht nicht eingetreten werden musste, wie im Folgenden darzulegen sein wird.
5.4. In Kompostierungs- und Vergärungsanlagen, die jährlich mehr als 100 t Abfälle annehmen, dürfen nur biogene Abfälle verrottet oder vergärt werden, die sich aufgrund ihrer Eigenschaften, insbesondere ihrer Nähr- und Schadstoffgehalte, für das entsprechende Verfahren und für die Verwertung als Dünger im Sinne von Art. 5 der Dünger-Verordnung vom 10. Januar 2001 (DüV; SR 916.171) eignen.
Die Vollzugshilfe des BAFU enthält eine Liste der für die Kompostierung und Vergärung geeigneten Abfälle (Positivliste biogene Abfälle). Diese soll ein praxistaugliches und einheitliches Vorgehen der Kantone bei der Bewertung und Beurteilung der nach Art. 14 Abs. 1 und
5.5. Die Liste der bewilligten Abfälle im Anhang der streitigen Betriebsbewilligung umfasst verschiedene Arten von Abfällen der Kategorien 6 "Tierische und pflanzliche Abfälle", 7 "Behandlungsrückstände" und 8 "Siedlungsabfälle und einzelne Fraktionen", die jeweils mit ihren Abfallcodes identifiziert werden. Diese sind, wie das BAFU in seiner Vernehmlassung bestätigt, spezifisch auf die Anlage der Beschwerdeführerin zugeschnitten. Die Liste kann im gegenseitigen Einverständnis angepasst werden (Betriebsbewilligung Disp.-Ziff. 3); die Beschwerdeführerin hat aber auch die Möglichkeit, bereits im Gesuch um Bewilligungsverlängerung eine Ausweitung der Liste der bewilligten Abfälle zu verlangen. In beiden Konstellationen ist jedoch zu verlangen, dass spezifiziert wird, welche Abfallarten bzw. Abfall-Codes fehlen und kurz begründet wird, weshalb diese für die spezifische Vergärungsanlage und die darin praktizierten Verwertungsmethoden geeignet seien. Durch den blossen Hinweis auf sämtliche in der "Positivliste biogene Abfälle" enthaltenen Abfälle bzw. auf alle geeigneten Stoffe der OZD-Positivliste genügte die Beschwerdeführerin klarerweise nicht ihrer Mitwirkungspflicht. Es ist nicht Aufgabe der Behörden, von Amtes wegen alle denkbaren biogenen Abfälle auf ihre Eignung für die spezielle Anlage der Beschwerdeführerin (deren Besonderheit sie in anderem Zusammenhang betont; vgl. z.B. unten E. 6.3.4) zu überprüfen. Dies gilt erst recht für allfällige neue, von der Vollzugshilfe noch nicht umfasste Abfallsorten.
5.6. Der Antrag auf Erweiterung der Liste der zugelassenen Abfälle im Beschwerdeverfahren ist daher abzuweisen. Die Beschwerdeführerin hat jedoch jederzeit die Möglichkeit, eine Anpassung der Liste um bestimmte, näher substanziierte Abfallarten gemäss Disp.-Ziff. 3 der Betriebsbewilligung zu beantragen.
6.
Zu prüfen sind noch die Streitfragen im Zusammenhang mit der Lagerkapazität.
Die Betriebsbewilligung sieht in Disp.-Ziff. 7 vor, es sei eine Lagerkapazität von mindestens 8'300 m3 während der gesamten Bewilligungsdauer zu gewährleisten. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, das berechnete Lagervolumen sei zu hoch und müsse zudem zeitlich auf die Wintermonate November bis März beschränkt werden. Weiter seien verschiedene Volumen auf die Lagerkapazität anzurechnen, namentlich das nicht ausgenutzte Volumen der Fermenter, wie dies die letzte Bewilligungsverlängerung vorgesehen habe. Schliesslich sei auf den halbjährigen Nachweis ungekündigter Lagerverträge zu verzichten.
6.1. Gemäss Art. 33 Abs. 3 VVEA muss für flüssiges Gärgut eine Lagerkapazität von mindestens fünf Monaten in der Anlage vorhanden oder vertraglich gesichert sein.
6.1.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Verordnungsgeber habe mit den fünf Monaten eine Lagerkapazität während der Wintermonate November bis März sicherstellen wollen, in denen kein flüssiges Gärgut ausgebracht werden dürfe. Es entspreche daher Sinn und Zweck der Norm, die Lagerkapazität zeitlich auf diese Monate zu beschränken. Der ganzjährige Nachweis einer entsprechenden Lagerkapazität sei nicht erforderlich und damit unverhältnismässig, zumal sich die ausbringungsfreie Periode aufgrund der Klimaerwärmung verringert habe.
6.1.2. Das Verwaltungsgericht erwog, Art. 33 Abs. 3 VVEA sehe keine zeitliche Beschränkung auf die Wintermonate vor. Eine ganzjährige Lagerkapazität sei auch nicht unverhältnismässig, sondern stehe im Einklang mit Anh. 2.6 Ziff. 3.2.1 der Verordnung vom 18. Mai 2005 zur Reduktion von Risiken beim Umgang mit bestimmten besonders gefährlichen Stoffen, Zubereitungen und Gegenständen (Chemikalien-Risikoreduktions-Verordnung, ChemRRV; SR 814.81). Danach sei das Ausbringen von flüssigem Dünger je nach Witterung, z.B. auch bei wassergesättigtem oder ausgetrocknetem, und nicht nur bei gefrorenem oder schneebedecktem Boden, untersagt, was eine ganzjährige Lagerkapazität bedinge.
6.1.3. Das BAFU erachtet dies als bundesrechtskonform: Aus den Erläuterungen zur Totalrevision der Technischen Verordnung über Abfälle TVA/VVEA vom 10. Juli 2014 (S. 28 f.) gehe hervor, dass für Kompost und Gärgut eine minimale Lagerkapazität vorhanden sein müsse, um zu verhindern, dass Dünger in Zeiten, in denen er nicht ausgebracht werden dürfe, aus Platzgründen trotzdem ausgebracht werde. Dies sei nicht nur im Winter der Fall. Es handle sich bei den in Art. 33 Abs. 3 VVEA erwähnten fünf Monaten um eine gesetzliche Mindestvorgabe, welche nicht auf eine bestimmte Jahreszeit oder auf konkrete Monate beschränkt sei.
6.1.4. Diese Auslegung ist mit dem Wortlaut der Norm vereinbar und erscheint auch nicht unverhältnismässig: Aufgrund des Klimawandels ist zwar mit weniger Eis und Schnee im Winter zu rechnen; dagegen kann es ausserhalb der Wintermonate vermehrt zu Situationen kommen, in denen flüssige Düngemittel nicht ausgebracht werden dürfen, weil die Böden ausgetrocknet oder wassergesättigt und daher nicht aufnahmefähig sind. Eine ganzjährige Lagerkapazität entspricht daher dem Vorsorgeprinzip.
Damit bestand ein sachlicher Grund für die Abkehr von der bisherigen (in der Bewilligungsverlängerung vom 24. Mai 2017 verfügten) Auflage, wonach die Beschwerdeführerin in den Monaten November bis März nicht mehr Rohwaren annehmen durfte, als sie bis spätestens 1. November Lagervolumen nachgewiesen hatte. Es ist keine Zusicherung belegt, diese Praxis auch nach Ablauf der Bewilligungsfrist fortzusetzen.
6.2. Bestritten ist weiter die Berechnung des notwendigen Lagervolumens. Dieses wurde in der Betriebsbewilligung anhand des beantragten Gesamtjahresumsatzes an verarbeiteten Gärsubstraten von 20'000 t berechnet (20'000 t/12 x 5 = 8'300 m3).
6.2.1. Das Verwaltungsgericht erachtete dies als rechtmässig, weil der beantragte maximale Jahresumsatz die einzig verlässliche Grösse sei: Es sei unklar und lasse sich auch nicht zuverlässig eruieren, ob sich der Wareninput (tierische Nebenprodukte, Extraktionsfett, etc.), dem für die Vergärung in flüssige Gülle zusätzlich Wasser zugegeben werden müsse, reduziere, geschweige denn, in welchem Umfang eine solche Reduktion erfolge. Ein Augenschein oder ein Gutachten dränge sich nicht auf.
6.2.2. Die Beschwerdeführerin rügt, die beantragte maximale Annahmemenge sei eine rein theoretische obere Limite, die in der Praxis nie erreicht werde. Dies führe dazu, dass kostenpflichtig Lagerkapazität erstellt oder angemietet werden müsse, die tatsächlich nie benötigt werde. Entgegen der Auffassung des Verwaltungsgerichts handle es sich auch nicht um die einzige verlässliche Grösse; vielmehr könne auf den Durchschnitt der effektiven monatlichen Rohwarenannahmen der Vorjahre abgestellt werden. Ohnehin sei der Rohwareninput keine geeignete Berechnungsgrundlage für die Bemessung der Lagerkapazität für flüssiges Gärgut, da eine beträchtliche Menge der Rohwaren im Vergärungsprozess zu Biogas umgewandelt und ein Teil der Feststoffe herausgefiltert und verbrannt werde. Allein der Dekanter, der Gärgut eindicke und Reststoffe daraus entferne, reduziere das Volumen um rund 10 %. Dementsprechend müsse auch das angeordnete Lagervolumen um 10 % reduziert werden. Anzurechnen sei mindestens die nachweislich durch Verbrennung in der Kehrichtverbrennungsanlage entsorgte Menge an Gärresten.
In diesem Zusammenhang rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil das Verwaltungsgericht auf eine Begutachtung bzw. einen Augenschein in antizipierter Beweiswürdigung verzichtet habe, obwohl es verschiedene Ansatzpunkte gebe, um die Reduktion des Wareninputs zuverlässig zu ermitteln.
6.2.3. Das BAFU räumt in seiner Vernehmlassung ein, dass für die Berechnung des Lagervolumens nach Art. 33 Abs. 3 VVEA nicht zwingend der beantragte maximale Jahresumsatz herangezogen werden müsse; insbesondere bei konstanter Inputmenge sei es auch zulässig, den Durchschnitt der tatsächlichen Umsatzmengen der letzten Jahre heranzuziehen. Den Vollzugsbehörden komme im Einzelfall ein Ermessensspielraum zu. Im konkreten Fall sei die vom AfU angeordnete und von den Vorinstanzen bestätigte Berechnungsweise mit Bundesrecht vereinbar. Die Reduktion der Trockensubstanz sei für die Berechnung der Lagerkapazität vernachlässigbar, weil ein grosser Teil des eingegangenen Materials in flüssiger Form in die Fermenter gelange, unter anderem aufgrund der Beimengung von Wasser für den Vergärungsprozess. Bei der Berechnung des Lagervolumens durch das AfU sei lediglich das als "Rohwareninput" bezeichnete Material herangezogen worden, nicht aber die zusätzlichen Wasservolumina von jährlich mindestens 9'000 m3. Daher könne das angeordnete Lagervolumen jedenfalls nicht als überhöht beurteilt werden. Im Übrigen habe die Beschwerdeführerin nach Angaben des AfU bis heute keine nachvollziehbaren Stoffbilanzen vorgelegt und weigere sich, Angaben zur produzierten Gasmenge zu machen. Auch aus diesem Grund sei die Heranziehung der bewilligten Input-Biomasse als wohl einzig bekannter, konstanter Grösse nachvollziehbar und nicht zu beanstanden.
6.2.4. Die Beschwerdeführerin bestreitet dies: Während ihrer gesamten Betriebszeit habe sie fristgerecht und nach den Vorgaben der Betriebsbewilligung Stoffflussbilanzen eingereicht, wobei die effektiv verarbeitete Biomasse konstant unter der maximal bewilligten Verarbeitungsmenge gelegen habe. Der Output liege noch tiefer: In den Jahren 2018 - 2021 sei der effektive Anfall an Recyclingdünger jeweils kleiner gewesen als die Menge an angenommenen Rohwaren.
6.2.5. Zunächst ist festzuhalten, dass die Lagerkapazität schon bisher als Funktion der Inputmenge (Rohwaren) und nicht des Outputs an flüssigem Gärgut (Recylingdünger) kalkuliert wurde, und die Beschwerdeführerin in ihren Anträgen zu Disp.-Ziff. 7 der Betriebsbewilligung auch nichts anderes beantragt. Zu prüfen ist daher lediglich, ob die maximal bewilligte oder die (in den Vorjahren) effektiv verarbeitete Rohwarenmenge zugrundezulegen ist und welche Abzüge allenfalls vorzunehmen sind.
Wie das BAFU überzeugend darlegt, kommt ein Abstellen auf die (im Durchschnitt der Vorjahre) verarbeitete Menge nur in Betracht, wenn davon ausgegangen werden kann, dass diese über die Bewilligungsdauer konstant bleibt. Die bewilligte Rohwarenmenge wurde jedoch auf Antrag der Beschwerdeführerin neu auf 20'000 t pro Jahr angehoben. In ihrem Bewilligungsgesuch vom 30. Januar 2020 (Ziff. 4) führte sie aus, die technische Leistungsfähigkeit der Sterilisationsanlage betrage 30'000 t/Jahr, und es sei somit möglich, weit mehr als die derzeit bewilligte Menge von 16'100 Jahrestonnen zu produzieren. Das AfU durfte somit von einer nicht unerheblichen Steigerung der verarbeiteten Rohwarenmenge gegenüber den Vorjahren ausgehen und war nicht gehalten, auf den Durchschnitt der Vorjahre abzustellen.
Die Ausführungen der Beschwerdeführerin, wonach nicht das gesamte Rohwarenvolumen in Recyclingdünger umgewandelt werde, sondern gewisse Feststoffe entfernt und verbrannt und ein anderer Teil zu Biogas umgewandelt werde, sind an sich plausibel. Jedoch fehlen weitere wichtige Angaben zur Stoffbilanz, namentlich zur verwendeten Wassermenge. Im vorinstanzlichen Verfahren hatte das AfU dargelegt, die Beschwerdeführerin weise einen Trinkwasserbezug von jährlich 9'000 t Wasser auf; hinzu komme noch das Meteorwasser der Platzentwässerung; die Beschwerdeführerin habe sich beharrlich geweigert, bekannt zu geben, welcher Anteil davon als Prozesswasser zu berücksichtigen sei. Die Beschwerdeführerin reichte dennoch weder vor Verwaltungs- noch vor Bundesgericht substanziierte Angaben zum Wasser-Input ein.
Unter diesen Umständen ist es nicht zu beanstanden, wenn in der Betriebsbewilligung lediglich auf den maximal bewilligten Rohwareninput (ohne Wasserzugabe) abgestellt wird, im Gegenzug aber auf Abzüge für entsorgte Feststoffe und Biogas (bzw. deren Anrechnung auf die Lagerkapazität) verzichtet wird. Das Verwaltungsgericht war deshalb auch nicht verpflichtet, die darauf entfallende Volumenreduktion durch Beweismassnahmen (Gutachten, Augenschein) näher zu bestimmen.
6.3. Zu prüfen ist noch der Antrag auf Anrechnung des leeren Volumens der Fermenter bis zu einem Niveau von 1'000 m3 pro Fermenter auf die Lagerkapazität; der Antrag auf Anrechnung von auf der Anlage bestehenden Lagertanks im Umfang von total 200 m3 wird demgegenüber nicht begründet, weshalb darauf nicht einzugehen ist.
6.3.1. Das Verwaltungsgericht erwog, es dränge sich nicht auf, das nicht ausgenutzte Volumen der Fermenter auf das Lagervolumen gemäss Art. 33 Abs. 3 VVEA anzurechnen. Es handle sich nicht um vom Gärprozess unabhängige Lagerbehälter mit fixen Volumina, sondern um diejenigen Gefässe, in denen der eigentliche Gärprozess bzw. die Gasproduktion stattfinde. Gegen eine Anrechnung des freien und variablen Volumens in den Fermentern spreche auch die Vollzugshilfe "Baulicher Umweltschutz in der Landwirtschaft" des BAFU und des BLW (Ziff. 3.5), wo für landwirtschaftliche Betriebe festgehalten werden, dass die Fermenter von Biogasanlagen und Vergärungsanlagen nicht an das erforderliche Güllelagervolumen angerechnet werden dürften. Es bestehe kein Anspruch auf Weiterführung der bisherigen günstigeren Regelung (gemäss Bewilligungsverlängerung vom 24. Mai 2017); mangels Zusicherung sei der Grundsatz von Treu und Glauben nicht verletzt.
6.3.2. Die Beschwerdeführerin erachtet dies als willkürlich und rügt eine Verletzung des Gleichbehandlungsgrundsatzes und von Treu und Glauben, weil sie die bisher vereinbarte Regelung der Anrechnung des Fermenterinhalts auf das Lagervolumen als Zusicherung habe verstehen dürfen. Die Vorinstanzen hätten zu Unrecht nicht berücksichtigt, dass die Fermenter sowohl produktive Gefässe als auch Lagerbehälter seien, und die im Normalbetrieb nicht ausgenutzten Fementervolumina ohne negative Folgen für die Lagerung von Recyclingdünger benutzt werden könnten. Das Verwaltungsgericht habe in diesem Zusammenhang unkritisch auf das Fachwissen des AfU verwiesen, anstatt dessen Verfügung zu hinterfragen und durch den Beizug neutraler Gutachter zu überprüfen. Die Vollzugshilfe "Baulicher Umweltschutz in der Landwirtschaft" sei auf den Betrieb der Beschwerdeführerin nicht anwendbar.
6.3.3. Das BAFU schliesst sich der Auffassung der Vorinstanzen an. Bei den Fermentern handle es sich um produktive Gefässe, in denen der Gärprozess bzw. die Gasproduktion stattfinde. Die Dynamik der in den Fermentern enthaltene Biomasse müsse von einem gewissen Volumenpuffer aufgefangen werden, weshalb die Fermenter nie vollständig gefüllt werden dürften. Bezogen auf die Verweildauer sei das befüllte Volumen in den Fermentern konstant, ganz im Gegensatz zu einem Lager, in welchem das Volumen variabel sei. Zudem verlange Art. 33 Abs. 2 lit. c VVEA ausdrücklich, die Emissionen klimawirksamer Gase mit geeigneten Massnahmen zu verhindern oder zu vermindern. Diese Anforderung könne vorliegend nicht erfüllt werden, wenn ein Teil des reaktiven Volumens gleichzeitig als Lager diene. Eine Anerkennung des Fermentervolumens als Lagervolumen könne somit nur in Betracht gezogen werden, wenn mindestens ein Fermenter als Nachvergärer eingesetzt werde, mit entsprechenden Verweilzeiten. Hierfür müsste jedoch die Anlagenkapazität auf zwei Drittel reduziert werden, was die Beschwerdeführerin gemäss den Vorakten nicht beabsichtige.
6.3.4. Die Stellungnahme des BAFU, das als Fachbehörde des Bundes für den Umweltschutz über besondere Sach- und Fachkunde verfügt, bestätigt die Auffassung der kantonalen Fachbehörden und des Verwaltungsgerichts. Es gibt für das Bundesgericht keine Veranlassung, davon abzuweichen. Der blosse, nicht weiter substanziierte Hinweis der Beschwerdeführerin auf gewisse Besonderheiten ihrer Anlage (nachgelagerter Gasspeicher, verkürzte Gärzeiten durch vorgelagerte Hydrolyse), welche die Emission klimawirksamer Gase verhindere bzw. vermindere, genügt dafür nicht, zumal diese Ausführungen vom AfU bestritten werden.
Es ist weder dargelegt noch ersichtlich, dass der Beschwerdeführerin zugesichert worden sei, die bisherige Regelung gemäss Bewilligungsverlängerung vom 24. Mai 2017 auch für die Zukunft beizubehalten. Im Übrigen fehlt es auch an einer Vertrauensbetätigung: Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass sie im Vertrauen auf den Fortbestand dieser Regelung Investitionen getätigt oder andere Dispositionen getroffen habe, die sie nicht ohne Nachteil wieder rückgängig machen könne.
6.4. Das Verwaltungsgericht trat auf die Rüge der Beschwerdeführerin, es sei auf den halbjährlichen Nachweis ungekündigter Lagerverträge zu verzichten, nicht ein, weil diese Auflage zwar in den Erwägungen des Bewilligungsentscheids (E. 17 in fine) erwähnt werde, aber keinen Eingang in das Entscheiddispositiv (Disp.-Ziff. 7) gefunden habe: Danach seien lediglich Lagerverträge mit einer Gültigkeit bis mindestens 30. April 2023 vorzulegen. Dies erscheine auch sachgerecht.
Die Beschwerdeführerin rügt das Nichteintreten auf ihr Begehren als willkürlich, da das Bewilligungsdispositiv unter Berücksichtigung der Erwägungen auszulegen sei.
Es besteht Einigkeit zwischen den Parteien, dass die Beschwerdeführerin nicht verpflichtet ist, halbjährlich den Nachweis ungekündigter Lagerverträge zu erbringen; darauf ist der Kanton zu behaften. Insofern stellt sich allenfalls die Frage, ob der Widerspruch zwischen Erwägungen und Dispositiv Anlass zur Rekurserhebung gegeben hat und dies im Kostenentscheid berücksichtigt werden müsste. Darauf ist im Zusammenhang mit den Kostenrügen zurückzukommen (vgl. unten, E. 9.2.2).
7.
Zu prüfen sind weiter die Rügen zur Häufigkeit der Analysen des Recycling-Düngers gemäss der ChemRRV.
Disp.-Ziff. 17 des Bewilligungsentscheids verweist dafür auf die gemeinsame Empfehlung des BLW, des BAFU und der Inspektoratskommission der Kompostier- und Vergärbranche der Schweiz über die Analysehäufigkeit von Kompost, Gärgut und Presswasser vom 15. Juni 2006 (nachfolgend: Empfehlung 2006). Eine Reduktion der Analysehäufigkeit werde nach dem Bonussystem der Empfehlung beurteilt und festgelegt.
7.1. Das Departement trat auf den Rekurs in diesem Punkt mangels Beschwer nicht ein, weil diese Auflage im Wesentlichen dem Rekursantrag der Beschwerdeführerin entspreche, wonach die Anzahl der Analysen des Recyclingdüngers nach der Empfehlung des BLW und des BAFU vom 15. Juni 2006, Spalte Bonus, festzusetzen sei. Die Frage, ob der Bonus im Einzelfall zur Anwendung gelange oder nicht, sei eine Frage des Vollzugs, die nicht Streitgegenstand sei.
Das Verwaltungsgericht bestätigte diesen Nichteintretensentscheid des Departements. Der neue Antrag der Beschwerdeführerin, die Anzahl der Analysen nach der neuen Empfehlung des BLW vom 15. Februar 2021 festzusetzen, sei im Beschwerdeverfahren unzulässig, weshalb darauf nicht einzutreten sei.
7.2. Die Beschwerdeführerin rügt dies als aktenwidrig: Sie habe in ihrem Bewilligungsgesuch vom 30. Januar 2020 ausdrücklich die Reduktion der Analysen gemäss Spalte "Bonus" der Empfehlung beantragt, mit einer Obergrenze von maximal sechs Analysen pro Jahr, weshalb dies sehr wohl Streitgegenstand gewesen sei. Es liege in der Kompetenz des AfU, die Analysehäufigkeit festzulegen; die Behörde habe es somit in der Hand, konkret das Bonussystem für anwendbar zu erklären, anstatt pauschal auf die Empfehlung von 2006 zu verweisen. Die Verweigerung der ausdrücklich beantragten Reduktion der Analysen gemäss der Spalte "Bonus", ohne jegliche Begründung, verletze ihren Anspruch auf rechtliches Gehör. Verletzt sei auch das Gleichbehandlungsgebot (Art. 8 Abs. 1 BV), weil praktisch alle Biogasanlagen in der Schweiz vom Bonussystem profitierten.
Das AfU wendet ein, der Beschwerdegegnerin sei das Bonus-System nicht verweigert worden. Dieses sei anwendbar, wenn die in der Empfehlung der Bundesämter formulierten Voraussetzungen erfüllt seien. Dies werde bei allen Thurgauer Biogasanlagen so umgesetzt und im Rahmen der Inspektionen überprüft.
7.3. Die Empfehlung 2006 sieht in Tabelle A die Analysehäufigkeit je nach verarbeiteter Jahresmenge in zwei Spalten vor: "Normal" und "Bonus". Das Bonussystem wird wie folgt definiert:
In der Regel gelten die Anzahl Proben für die Analysenhäufigkeit, wie unter "Normal" aufgelistet. Wenn die Analysenresultate der Proben unter Normal über ein Kalenderjahr 60 % des Median der Grenzwerte der geforderten Schwermetallgehalte nach ChemRRV einhalten, kann für das Folgejahr die Anzahl Proben unter "Bonus" beansprucht werden. Wenn die Analysenresultate der Proben unter "Bonus" über ein Kalenderjahr den 60 % Median der Grenzwerte der geforderten Schwermetallgehalte nach ChemRRV einhalten, gilt für das Folgejahr wiederum die Anzahl Proben unter "Bonus". Übersteigt ein Analysewert der Proben den entsprechenden Grenzwert der geforderten Schwermetallgehalte nach ChemRRV erlischt der Bonus.
Dies bedeutet, dass die Anzahl Analysen jeweils von den Vorjahresergebnissen abhängt. Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, sie habe in ihrem Gesuch die Anwendung der Spalte "Bonus" unabhängig von den Analyseergebnissen verlangt. Es erscheint fraglich, ob das Gesuch und der entsprechende Rekursantrag in diesem Sinne verstanden werden mussten. Jedenfalls aber hätte dies bloss zur Folge gehabt, dass das Begehren in der Sache abgewiesen worden wäre, da für die Behörden kein Grund bestand, in diesem Punkt von der Empfehlung 2006 abzuweichen und die Beschwerdeführerin dadurch gegenüber anderen Biogasanlagen des Kantons zu privilegieren. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdeführerin durch das Nichteintreten (an Stelle einer Abweisung) ein Nachteil entstanden ist.
Im Übrigen ist zwischenzeitlich eine neue Empfehlung des BLW vom 15. Februar 2021 zur Mindestanalysehäufigkeit für Kompost und Gärgut bzw. vom 25. August 2022 zur Analysehäufigkeit für Kompost und Vergärungsprodukte in Kraft getreten, an der sich künftige Betriebsbewilligungen bzw. -verlängerungen orientieren werden.
8.
Zu prüfen ist noch der Antrag zu Disp.-Ziff. 20 des Bewilligungsentscheids. Diese sieht vor, die Anlage der Branchenlösung des "Vereins Inspektorat der Kompostier- und Vergärbranche Schweiz" zu unterstellen und mindestens einmal jährlich eine externe Kontrolle der Anlage durchführen zu lassen, wobei die Kontrolle jeweils am ersten Mittwoch des Monats Juni erfolge. Der (seit dem Rekursverfahren unveränderte) Antrag der Beschwerdeführerin übernimmt im Wesentlichen die Formulierung des Bewilligungsentscheids, sieht aber vor, dass die Kontrolle spätestens Ende Juni erfolge und der Termin in Absprache mit der Anlagenbetreiberin festzulegen sei.
8.1. Die Unterstellung unter die Branchenlösung des "Vereins Inspektorat der Kompostier- und Vergärbranche Schweiz", die externe Kontrollen durch das vereinseigene Inspektorat vorsieht, war somit im Rekursverfahren nicht streitig. Insofern ist nicht ersichtlich, inwiefern die Kritik der Beschwerdeführerin an Inhalt und Ablauf dieser Inspektionen entscheidrelevant war. Schon aus diesem Grund waren die Vorinstanzen nicht verpflichtet, auf diese Vorbringen einzugehen. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs bzw. der Begründungspflicht ist daher zu verneinen.
8.2. Das Verwaltungsgericht erachtete die Fixierung eines jährlichen Inspektionstermins als sachgerecht und verhältnismässig: Dies erleichtere den Vollzug der Inspektion und ermögliche es auch der für die Vertretung der Beschwerdeführerin zuständigen Person, sich den weit im Voraus feststehenden Termin freizuhalten oder, falls sie verhindert sei, eine andere Person zu instruieren.
Diese Begründung ist von Bundesrechts wegen nicht zu beanstanden. Die (vom AfU bestrittene) Behauptung der Beschwerdeführerin, in der Vergangenheit habe sich immer ein einvernehmlicher Termin finden lassen, ist nicht belegt. Es erscheint auch nicht unzumutbar, eine andere mit der Anlage vertraute Person für den Inspektionstermin zu instruieren, sollte die üblicherweise für die Vertretung der Beschwerdeführerin zuständige Person aufgrund ihres politischen Mandats an der Teilnahme verhindert sein.
9.
Die Beschwerdeführerin beanstandet schliesslich die Verfahrensgebühren des AfU und des Departements.
9.1. Das AfU erhob eine Gebühr von Fr. 1'200.--. Das Verwaltungsgericht hielt fest, diese respektiere den gesetzlichen Gebührenrahmen (gemäss § 9 Abs. 1 Ziff. 4 der Verordnung des Grossen Rates über die Gebühren der kantonalen Verwaltungsbehörden [VGV, RB 631.1]) und erscheine angesichts des umfassenden Prüfungsaufwandes als gerechtfertigt, unabhängig davon, ob es sich um eine Neubewilligung oder die Verlängerung einer Bewilligung handle. Die Beschwerdeführerin erachtet dies als willkürlich. Ihr pauschaler Hinweis auf den bei Bewilligungsverlängerungen reduzierten Prüfungsaufwand genügt jedoch nicht den qualifizierten Begründungsanforderungen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG, weshalb auf die Rüge nicht einzutreten ist.
9.2. Weiter beanstandet sie den Kostenentscheid des Departements im Rekursverfahren.
9.2.1. Zum einen macht sie geltend, das Departement habe die von ihm konstatierte und im Rekursverfahren geheilte Gehörsverletzung im Kostenentscheid ungenügend berücksichtigt: Die Verfahrensgebühr sei lediglich um Fr. 300.-- reduziert worden (von Fr. 2'500.-- auf Fr. 2'200.--), und ihr sei eine Parteientschädigung von nur Fr. 500.-- zugesprochen worden.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist dem Umstand, dass ein Beschwerdeführer nur deshalb vollständig unterliegt, weil ein Verfahrensfehler von der Rechtsmittelinstanz geheilt wurde, bei der Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen angemessen Rechnung zu tragen (vgl. z.B. Urteile 1C_254/2017 vom 5. Januar 2018 E. 3.2; 1C_255/2017 vom 24. Oktober 2017 E. 7.3; je mit Hinweisen). Bei der Frage, wie dies zu geschehen hat, insbesondere wie stark die Gerichtsgebühr zu reduzieren und in welcher Höhe eine Parteientschädigung zuzusprechen ist, steht den kantonalen Behörden jedoch ein grosser Ermessensspielraum zu (Urteil 1C_143/2019 vom 12. Dezember 2019 E. 2.7 mit Hinweisen).
Vorliegend erachtete das Verwaltungsgericht eine weitere Reduktion bzw. eine höhere Parteientschädigung als nicht gerechtfertigt, weil die Beschwerdeführerin nicht durch die Gehörsverletzung ins Rekursverfahren gezwungen worden sei, sondern die wesentlichen Bedingungen/Auflagen der Betriebsbewilligung auch noch im Beschwerdeverfahren strittig geblieben seien. Die Beschwerdeführer zeigt nicht auf, inwiefern diese Erwägung willkürlich sein soll. Dies liegt auch nicht auf der Hand.
9.2.2. Schliesslich macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe im Rekursverfahren in gewissen Punkten obsiegt; auch dies sei im Kostenentscheid zu Unrecht nicht berücksichtigt worden. So habe das Departement das Erfordernis einer Betriebsbewilligung gemäss Arbeitsgesetz (gemäss Disp.-Ziff. 5 der Bewilligung) als obsolet bezeichnet und das Erfordernis eines halbjährlichen Nachweises ungekündigter Lagerverträge mit Zwischenentscheid vom 20. Juli 2021 (recte: 17. August 2020) korrigiert.
Mit Zwischenentscheid vom 17. August 2020 entzog das Departement (auf Antrag der Beschwerdeführerin) dem Rekurs teilweise die aufschiebende Wirkung; in Disp.-Ziff. 4 traf es lediglich eine Übergangsregelung für den Nachweis der Lagerkapazität, ohne sich jedoch bereits zur Hauptsache zu äussern. Im Rekursentscheid wies es den Rekurs vollständig ab, soweit darauf einzutreten war.
Allerdings erachtete es die Verpflichtung, eine Betriebsbewilligung gemäss Arbeitsgesetz einzuholen, als überflüssig, weil das Arbeitsinspektorat bereits am 8. Juni 2017 eine unbefristete Bewilligung erteilt und diese dem AfU in Kopie zugestellt habe. In diesem Punkt lässt sich argumentieren, dass die Beschwerdeführerin Anlass zum Rekurs hatte. Gleiches gilt für den nur in den Erwägungen des AfU erwähnten halbjährlichen Nachweis ungekündigter Lagerverträge (vgl. oben, E. 6.4). Allerdings handelt es sich um wenige Punkte von untergeordneter Bedeutung, die im Vergleich zu den zahlreichen, für die Betriebsführung weit bedeutsameren Anträgen betreffend Befristung, bewilligte Abfallarten und Lagerkapazität kaum ins Gewicht fallen. Insofern erscheint es nicht willkürlich, wenn das Departement auf eine weitergehende Reduktion der Gebühren und eine Erhöhung der Parteientschädigung verzichtet hat.
10.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 BGG) und hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Amt für Umwelt, dem Departement für Bau und Umwelt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Juli 2023
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Chaix
Die Gerichtsschreiberin: Gerber