TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 17 juin 2026
Composition
Mme Annick Borda, présidente; Mme Imogen Billotte et M. Alain Thévenaz, juges; Mme Fabia Jungo, greffière.
Recourante
A.________, à ********,
Autorité intimée
Direction générale de l'environnement (DGE), à Lausanne,
Autorité concernée
Municipalité de Boussens, à Boussens.
Objet
Protection de l'environnement
Recours A.________ c/ décision de la Direction générale de l'environnement (DGE) du 24 juillet 2025 (autorisation d'exploiter une installation de méthanisation agricole; élimination des eaux polluées)
Vu les faits suivants:
A. La société A.________ (ci-après également: la société) a pour but l'exploitation d'une entreprise de production de biogaz ainsi que le commerce de denrées et de tous produits agricoles. Elle exploite depuis 2020 une installation de méthanisation agricole sur la Commune de Boussens au bénéfice d'une autorisation d'exploiter n° 5473 00020 valable du 1er juillet 2020 au 30 juin 2025, délivrée le 5 mars 2021.
Cette installation de méthanisation fonctionne en discontinu par garage. Elle a la particularité de prendre des effluents solides avec peu de matière liquide, principalement constitués d'engrais de ferme (fumier de cheval, fumier d'exploitations agricoles, cultures intercalaires et herbe et foin avariés) et de co-substrats (déchets verts de quatre communes des alentours, déchets de meunerie, perméats et autres déchets de l'agro-alimentaire). Ces matières sont mélangées sur la place située devant les garages (ou digesteurs) puis déplacées dans un garage-digesteur étanche pour la méthanisation proprement dite. Pour fonctionner, l'installation nécessite un ajout de liquide, actuellement satisfait par un apport de lisier dilué ou par l'eau de pluie recueillie sur le toit.
B. Le permis de construire a été délivré le 31 octobre 2013 (CAMAC 138314) et le permis de construire complémentaire (agrandissement du hangar et du digesteur; suppression des silos métalliques, déplacement du cogénérateur CCF et du biofiltre; adaptation des accès; CAMAC 147560) a été délivré le 3 juillet 2014. Il ressort des plans d'enquête que les eaux de la surface de travail située entre le hangar et les digesteurs seraient collectées dans la fosse étanche, au contraire des eaux de la toiture du hangar, qui seraient conduites dans un bassin d'infiltration.
Dans le cadre des deux synthèses de la Centrale des autorisations en matière de construction (CAMAC) respectives, la Direction générale de l'environnement (DGE), Assainissement industriel (DGE-DIREV/AI5), a délivré son préavis favorable aux conditions impératives suivantes:
"Toutes les eaux polluées provenant des espaces de stockage des digestats et des surfaces de travail seront collectées dans une fosse enterrée et couverte d'un volume de 312 m3. Ces effluents serviront au renouvellement du percolat dans les digesteurs. Les éventuels volumes excédentaires devront être valorisés par épandage sur les surfaces agricoles. En aucun cas, ils ne peuvent être déversés dans un collecteur public d'eaux claires ou d'eaux usées".
La DGE, Eaux-souterraines - Hydrogéologie (DGE-EAU/HG), quant à elle délivrait l'autorisation spéciale requise aux conditions impératives suivantes:
"En ce qui concerne l'évacuation des eaux claires, seules les eaux de pluie des toitures et des surfaces bétonnées n'entrant pas en contact avec des matières organiques peuvent être évacuées par infiltration dans le sous-sol. En cas d'infiltration des eaux météoriques en provenance des accès et places extérieures projetées en gravelé stabilisé ou enrobé, qui peuvent être occasionnellement souillées, celle-ci est tolérée à travers la couche végétalisée du sol (couche biologiquement active)."
Il ressort des plans de situation du 23 avril 2013 (enquête principale) et du 9 avril 2014 (enquête complémentaire) que la place de préparation située entre le hangar et les digesteurs devait être reliée à la fosse, alors que les eaux s'écoulant de la toiture du hangar devaient être amenées dans une citerne d'eau de pluie et dans un bassin d'infiltration d'eaux claires.
Le compte rendu d'une visite d'inspection effectuée le 7 décembre 2020 par la DGE précisait que la commission de salubrité ferait le tour de l'exploitation avec l'experte en protection incendie et qu'elle se déterminerait sur la délivrance du permis d'utiliser à la suite; à ce jour, ce permis d'utiliser n'a pas été délivré.
C. Par décision du 24 juillet 2025, la DGE, Division Géologie, sols, déchets et eaux souterraines (GEODES) a délivré une autorisation d'exploiter (n° 5473 00020) valable du 1er juillet 2025 au 1er juillet 2027. Cette décision prévoit notamment que l'autorisation peut être retirée à tout moment sans donner droit à des indemnités lorsque des mesures correctives demandées par la DGE n'ont pas été réalisées dans les délais impartis.
L'annexe 2 de cette décision contient le compte rendu d'une inspection tenue le 17 juin 2025 en présence notamment du directeur et président du conseil d'administration de la société et de membres de différents services de la DGE (à savoir Géologie, sols, déchets et eaux souterraines - GEODES; Assainissement urbain et rural - AUR; Eaux souterraines - HG). Au chapitre "Gestion des eaux", ce compte rendu comporte le passage suivant:
"Stockage du digestat
Le projet initial prévoyait la méthanisation de 4'700 tonnes d'intrants par an. Selon le rapport explicatif du 19 décembre 2017 établi par le bureau B.________, la transformation de cette quantité produit 3 908 tonnes de digestat, soit un rendement matière d'environ 83 %.
L'augmentation des intrants à 7'500 tonnes entraînerait une production annuelle de digestat estimée à 6 225 tonnes. En considérant une densité de 0,8 tonne par m3, le volume total de digestat annuel produit s'élèverait à 7'781 m3, dont, la moitié, 3 890 m3, devraient être stockés durant la période hivernale requise de 6 mois.
Le stockage du digestat sur la surface actuellement disponible (fumière et silo) de 400 m2, impliquerait une hauteur de tas de 9,7 mètres, ce qui ne semble pas réaliste. Il apparaît donc que la capacité de stockage est insuffisante. En limitant la hauteur du tas à 4,5 mètres, sous réserve de faisabilité, une surface de stockage d'environ 860 m2 serait nécessaire. Le raccordement à la fosse de la partie de la place située entre le silo et la fumière permettrait d'augmenter cette surface d'environ 400 m2, contribuant ainsi à accroître les capacités de stockage du fumier/digestat.
Il est rappelé que toute exploitation générant des engrais de ferme solides doit disposer des capacités de stockage de 6 mois (DCPE 694), dont au minimum trois mois sur le site de l'exploitation (Art. 14 LEaux).
Le fumier méthanisé (digestat) ressort plus humide après la méthanisation qu'avant. Les jus du fumier méthanisé s'écoulent dans la fosse.
Eaux pluviales - bassin d'infiltration
Lors de la visite, il est constaté que le bassin d'infiltration, prévu pour la récupération des eaux non-polluée [sic], recueille les eaux provenant de la place située entre le bâtiment et les digesteurs. Cette place, utilisée notamment pour le broyage du fumier et pour le stockage de fumier / digestat, génère des eaux polluées. Ces eaux sont actuellement dirigées vers le bassin d'infiltration.
En outre, le bassin de rétention/infiltration présente un risque de surverse dans le champ (appartenant à M. C.________), surtout en période automnale/hivernale. Par ailleurs le bassin n'est pas correctement sécurisé (barrières autour du bassin mais pas autour de l'arrivée d'eau)".
Un chapitre "Constats - Charges" est ainsi rédigé:
"AUR:
1) L'exploitant fournira un calcul estimatif des capacités de stockage actuelles, indiquant les volumes devant être stockés durant la période requise de 6 mois. Si les capacités de stockage s'avèrent insuffisantes pour garantir un stockage de 6 mois, il devra prévoir des contrats de location de surface de stockage externes à l'installation de méthanisation. Ces contrats sont à présenter à la DGE-EAU d'ici au 30 octobre 2025.
2) La DGE-AUR demande que la place entre le silo et la fumière soit raccordée à la fosse, conformément au projet initial, afin de prévenir toute pollution du bassin d'infiltration. Comme indiqué dans la section "gestion des eaux" ci-dessus, ce raccordement permettra également d'accroître la surface de stockage de fumier / digestat.
Le raccordement de la place susmentionné doit être réalisé dans un délai d'une année, soit au 15 juillet 2026. Une présentation succincte des travaux envisagés devra être transmis à la DGE-AUR d'ici le 31 décembre 2025. Le dossier devra contenir au minimum:
- Un plan sur lequel figurent les canalisations prévues ainsi que la mention des surfaces raccordées respectivement à la fosse et au bassin d'infiltration.
- Un calcul estimatif des capacités de stockage après travaux, indiquant les volumes devant être stockés durant la période requise de 6 mois. Si les capacités de stockage s'avèrent toujours insuffisantes pour garantir un stockage de 6 mois, il conviendra de prévoir des contrats de location de surface de stockage externes à l'installation de méthanisation.
Cette demande fera l'objet d'un courrier séparé de la DGE-AUR.
3) L'étanchéité de la fosse a été vérifiée en 2021. Ce contrôle est valable pour une durée de dix ans, au terme de laquelle une nouvelle vérification devra être réalisée.
4) Par ailleurs, outre la question du bassin d'infiltration, la DGE-AUR constate que les abords du méthaniseur sont propres, que les engrais sont convenablement stockés sur la fumière et qu'aucun écoulement particulier n'a été observé sur les différentes surfaces.
(…)
GEODES - Section déchets:
1) L'exploitant mettra à jour le règlement d'exploitation et le retournera signé à la DGE d'ici au 30 septembre 2025.
2) L'autorisation est conditionnée à l'exécution des travaux demandés par la DGE-AUR pour la gestion des eaux et des capacités de stockage. Le "statut" du bassin d'infiltration ou rétention devrait être clarifié avec la gestion des eaux du site et les plans de canalisations devraient être mis à jour.
3) Par ailleurs, lors de sa construction, le site était annoncé pour un traitement de moins de 5'000 tonnes annuelles de substrats frais. Le seuil défini au chiffre 21.2a de l'Ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE; RS 814.011) pour les installations de fermentation n'était donc pas dépassé.
En 2024, près de 7'200 tonnes de matières ont été traitées ce qui dépasse désormais le seuil du chiffre 21.2a. La DGE-GEODES délivre une autorisation provisoire de deux ans pour permettre à l'exploitant de lancer la procédure d'étude d'impacts sur l'environnement ou de réduire les quantités traitées en-dessous de 5'000 tonnes."
Commune
(…)".
Par lettre du même jour qui accompagnait cette autorisation d'exploiter, la DGE-GEODES informait la société que la DGE-AUR formulerait, par courrier séparé, une demande de raccordement de la place à la fosse afin de prévenir toute pollution du bassin d'infiltration. Elle précisait par ailleurs que l'autorisation d'exploiter était octroyée de manière provisoire du 1er juillet 2025 au 1er juillet 2027; dans cet intervalle, la DGE-GEODES demandait à la société de démarrer sans attendre la procédure d'étude d'impacts ou de réduire les quantités traitées sous le seuil des 5'000 tonnes prévu par l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE; RS 814.011). Enfin, l'autorisation était également liée au respect de la totalité des conditions énoncées au chapitre 3 de l'autorisation ainsi qu'aux codes et quantités de déchets listés à l'annexe 1.
Par lettre du même jour, la DGE-AUR s'est adressée à la société en ces termes:
"Lors de la visite de votre installation de méthanisation effectuée le 17 juin 2025 dans le cadre du renouvellement de l'autorisation d'exploiter délivrée par la DGE-Division Géologie, sols, déchets et eaux souterraines (DGE-GEODES), la DGE-Assainissement urbain et rural (DGE-AUR) a constaté que le bassin d'infiltration, initialement prévu pour la récupération des eaux non polluées, recueille actuellement les eaux provenant de la place située entre le bâtiment et les digesteurs. Cette zone, utilisée notamment pour le broyage du fumier et, sporadiquement pour le stockage de fumier et de digestat solide, génère des eaux polluées qui ne doivent pas transiter par le bassin d'infiltration.
Il a également été relevé que des dépôts de matière organique sont visibles dans le bassin de décantation situé en amont du bassin d'infiltration, ce qui confirme la présence régulière de charges polluantes.
Par ailleurs, au regard du tonnage d'intrants annoncé (environ 7'200 tonnes/an), il apparaît que les surfaces de stockage actuellement disponibles pour le digestat et le fumier sont insuffisantes. Pour rappel, toute exploitation générant des engrais de ferme solides doit disposer des capacités de stockage de 6 mois (DCPE 694), dont au minimum trois mois sur le site de l'exploitation (Art. 14 LEaux). A ce titre, conformément au procès-verbal de l'autorisation du 24 juillet 2025, les contrats de location de surfaces de stockage d'engrais complémentaires doivent être transmis à la DGE-AUR d'ici le 31 octobre 2025.
Au vu de ce qui précède, nous demandons que la place susmentionnée soit raccordée à la fosse, conformément à ce qui était prévu dans le projet initial, afin de prévenir toute pollution du bassin d'infiltration.
Le raccordement de la place doit être réalisé dans un délai d'une année, soit au 15 juillet 2026. Une présentation des travaux projetés devra être transmise à la DGE-AUR d'ici le 31 décembre 2025. Le dossier devra contenir au minimum:
(…)
Nous attirons votre attention sur le fait que le non-respect de ces mesures peut avoir des conséquences pénales, conformément à l'art. 70 de la loi fédérale sur la protection des eaux (LEaux). Sans nouvelles de votre part dans les délais indiqués, une décision vous sera notifiée.
(…)."
D. Par acte du 21 août 2025, A.________ a recouru devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) contre l'autorisation d'exploiter dont elle demande la réforme, faisant valoir qu'il s'avère qu'il existe plusieurs méthodes de traitement et stockage des "eaux de process" ("eaux de l'aire de travail" selon la décision attaquée) qui pourraient être entièrement recyclées par l'installation de méthanisation si elle pouvait disposer d'un stockage d'au moins 200 m3; en outre, la liste des déchets autorisés dans l'annexe 1 devait être modifiée afin d'inclure la glycérine et la mélasse aux co-substrats mentionnés. Enfin, la recourante précisait que dès lors que la DGE exigeait la réalisation d'une étude d'impact pour le traitement de 2'500 tonnes supplémentaires au projet initial, elle envisageait de privilégier désormais les matières très productives de provenances diverses aux dépens des matières locales et ajoutait que l'utilisation de glycérines lui permettrait de maintenir une production élevée sans dépasser le plafond de 5'000 tonnes.
Dans sa réponse, l'autorité intimée a conclu au rejet du recours.
La recourante a répliqué le 17 décembre 2025, résumant sa position en ce sens que la "condition de raccordement", soit l'obligation d'entreprendre les travaux pour raccorder les eaux de surface à la fosse ne peut pas être exigée de la recourante tant que l'étude d'impact n'aura pas livré son verdict quant aux choix à effectuer. Cette condition lui imposerait des travaux importants et coûteux qui pourraient se révéler inutiles. L'agrandissement et l'étanchéification du bassin existant permettraient une solution transitoire en attendant le résultat de l'étude d'impact. La recourante a enfin précisé ses conclusions en ce sens: principalement, elle conclut à ce que la décision contestée ainsi que la lettre/décision de la même date, sont modifiées en ce sens que la "condition de raccordement", soit l'obligation d'entreprendre les travaux pour raccorder les eaux de surface à la fosse décrite à l'annexe 2, dernière page, de l'autorisation d'exploiter est supprimée, subsidiairement que toute décision à ce sujet soit reportée jusqu'au dépôt des conclusions de l'étude d'impact à entreprendre. A titre subsidiaire, la recourante concluait à ce que la décision attaquée ainsi que la lettre/décision du même jour soient annulées, le dossier étant renvoyé à l'autorité intimée pour nouvelle instruction et décision.
L'autorité intimée a dupliqué le 23 février 2026, confirmant toutes les conclusions prises dans sa réponse.
Considérant en droit:
1. a) L'octroi d'une autorisation d'exploiter provisoire au sens de l'art. 24 de la loi du 5 septembre 2006 sur la gestion des déchets (LGD; BLV 814.11), telle que celle délivrée par la DGE-GEODES, constitue une décision au sens de l'art. 3 de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36). Dans la mesure où elle constitue une décision finale, mettant fin pour la période considérée à la procédure de demande d'autorisation d'exploiter, cette décision est susceptible de recours.
Au surplus, la recourante est destinataire de la décision entreprise et jouit donc de la qualité pour recourir (art. 75 LPA-VD). Les autres conditions de recevabilité étant également remplies (art. 79, 95 et 99 LPA-VD), le tribunal entrera en matière sur le recours.
b) Le tribunal observe que, selon les termes du recours déposé le 21 août 2025, seule la "décision DGE du 24 juillet No. 5473 00020" fait l'objet du recours, à savoir la décision portant sur l'autorisation d'exploiter. A aucun moment, la recourante ne mentionne dans son acte qu'elle s'en prendrait également à la lettre de la DGE, division Assainissement urbain et rural (DGE-AUR) du 24 juillet 2025. Elle n'y fait référence que dans sa réplique. L'objet du recours ne saurait être étendu en cours de procédure, au-delà du délai de recours de trente jours fixé par la loi (art. 95 LPA-VD). Il en résulte que la lettre de la DGE-AUR du 24 juillet 2025 n'a pas été valablement contestée par la recourante dans le délai de recours. Ce point n'est finalement pas déterminant au vu du sort du recours, qui confirme la décision entreprise. Au surplus, la lettre du 24 juillet 2025 de la DGE-AUR n'introduit pas d'élément nouveau par rapport aux conditions fixées dans l'annexe 2 de la décision attaquée s'agissant de la "condition de raccordement".
2. La recourante conclut à la suppression de la "condition de raccordement", soit l'obligation d'entreprendre les travaux pour raccorder les eaux de surface à la fosse décrite sous annexe 2 de l'autorisation d'exploiter, subsidiairement à ce que toute décision à ce sujet soit reportée jusqu'au dépôt de l'étude d'impact sur l'environnement également exigée par la décision attaquée. Elle conteste ainsi uniquement l'exigence de raccordement des eaux de surface à la fosse, à l'exclusion de l'obligation de réaliser une étude d'impact sur l'environnement ou d'augmenter les capacités de stockage.
Dans sa réplique, dans laquelle la recourante déclare préciser ses conclusions, elle ne conteste plus le contenu de la liste des déchets autorisés selon l'annexe 1. Le tribunal en déduit qu'elle a renoncé à contester ce point au vu de la réponse de la DGE. Quoi qu'il en soit, ce grief ne faisant l'objet d'aucune motivation dans l'acte de recours, il ne respectait pas les conditions de l'art. 79 al. 1 LPA-VD, de sorte que le tribunal n'était pas tenu d'entrer en matière.
a) aa) La recourante, en tant qu'exploitante d'une installation de méthanisation, ne conteste pas être soumise à l'obligation de disposer d'une autorisation d'exploiter au sens de l'art. 24 de la loi cantonale du 5 septembre 2006 sur la gestion des déchets (LGD; BLV 814.11). Quant à la construction d'une telle installation, elle est régie par la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11), à laquelle renvoie l'art. 22 al. 1 LGD, une autorisation spéciale du département étant requise (art. 22 al. 2 LGD).
bb) Conformément à l'art. 6 al. 1 de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20), il est interdit d'introduire directement ou indirectement dans une eau des substances de nature à la polluer; l'infiltration de telles substances est également interdite. Est considérée comme pollution toute altération nuisible des propriétés physiques, chimiques ou biologiques de l'eau (art. 4 let. d LEaux). L'art. 4 let. e LEaux définit par ailleurs les "eaux à évacuer" comme les eaux altérées par suite d'usage domestique, industriel, artisanal, agricole ou autre, ainsi que les eaux qui s'écoulent avec elles dans les égouts et celles qui proviennent de surfaces bâties ou imperméabilisées; les "eaux polluées" sont quant à elles définies comme les eaux à évacuer qui sont de nature à contaminer l'eau dans laquelle elles sont déversées (art. 4 let. f LEaux). Aux termes de l’art. 7 LEaux, les eaux polluées doivent être traitées et leur déversement dans une eau ou leur infiltration sont soumis à une autorisation cantonale (al. 1). Les eaux non polluées doivent être évacuées par infiltration conformément aux règlements cantonaux. Si les conditions locales ne permettent pas l’infiltration, ces eaux peuvent, avec l’autorisation du canton, être déversées dans des eaux superficielles; dans la mesure du possible, des mesures de rétention seront prises afin de régulariser les écoulements en cas de fort débit. Les déversements qui ne sont pas indiqués dans une planification communale de l'évacuation des eaux approuvée par le canton sont soumis à une autorisation cantonale (al. 2). L'art. 3 LEaux prescrit quant à lui que chacun doit s'employer à empêcher toute atteinte nuisible aux eaux en y mettant la diligence qu'exigent les circonstances (devoir de diligence).
L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) et l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) ont édicté en 2016 une aide à l'exécution intitulée Installations de méthanisation dans l'agriculture, Un module de l'aide à l'exécution pour la protection de l'environnement dans l'agriculture (éd. part. révisée 2021) dont on extrait ce qui suit:
"3.3 Installations d'entreposage, aires de transbordement et conduites reliant les éléments de l'installation: exigences techniques de la législation sur la protection des eaux
Les intrants et les produits méthanisés liquides peuvent porter gravement atteinte aux eaux s'ils s'y déversent en grandes quantités (p.ex. hécatombes de poissons dans des cours d'eau, fortes concentrations de nitrates dans les eaux souterraines). Les installations doivent donc être bâties de manière à éviter que des volumes importants de ces matières ne polluent les eaux durant leur entreposage ou lors de leurs manipulations. Pour la plupart des éléments constituant une installation agricole de méthanisation, il suffit de se conformer aux exigences déjà prescrites par le module Constructions rurales. Ne sont abordés ci-après que les exigences complémentaires ou différentes.
2.3.1 Installations de réception, de traitement et d'entreposage des intrants
Aires d'arrivage et de transbordement d'engrais de ferme et d'autres intrants, installation d'entreposage d'intrants solides
Les aires d'arrivage et de transbordement doivent être imperméabilisées, ainsi que les installations d'entreposage pour les intrants, et leurs eaux doivent être évacuées dans une préfosse ou dans le digesteur. Le calcul du volume de stockage de la préfosse ou du digesteur doit tenir compte des précipitations si ces sites ne sont pas couverts.
(…)
Préfosse
Les conditions régissant la construction des installations d'entreposage des engrais de ferme liquides sont applicables (cf. module Constructions rurales, chap. 4).
Le module Constructions rurales auquel il est fait référence dans ce document est une publication de l'OFEV et de l'OFAG intitulée "Constructions rurales et protection de l'environnement, Un module de l'aide à l'exécution pour la protection de l'environnement dans l'agriculture" (éd. part. révisée 2023). Son chapitre 4 est consacré à l'entreposage d'engrais de ferme: construction des installations.
b) Dans sa décision, l'autorité intimée a retenu que le projet initial soumis à autorisation (CAMAC 138314 pour l'enquête principale et 147560 pour l'enquête complémentaire) prévoyait le raccordement des eaux de la place située entre le hangar et les garages servant à la méthanisation à la fosse. Ce raccordement n'a toutefois pas été réalisé et la visite des lieux effectuée le 17 juin 2025 dans le cadre du renouvellement de l'autorisation d'exploiter a permis de constater que les eaux de cette place sont actuellement évacuées vers le bassin d'infiltration. Or cette place sert à la manipulation d'engrais de ferme ainsi qu'au stockage temporaire de digestat ou de fumier, selon les précisions apportées par la recourante lors de la visite. Elle ne peut donc pas être considérée comme une surface générant des eaux polluées admissibles à l'infiltration.
La recourante, dans sa réplique, admet que le projet initial prévoyait le raccordement de ces eaux à la fosse mais précise que les installations de méthanisation en discontinu par voie sèche - comme celle-ci étaient des prototypes à l'époque et sont toujours des installations non standardisées. Une partie de la surface litigieuse, située devant les digesteurs-garages, est utilisée ponctuellement pour la préparation et le broyage du mélange des différentes matières premières solides. Cette surface est systématiquement brossée après chaque opération de préparation/broyage et n'est pas utilisée pour le stockage de fumier ou de fumier méthanisé. Les eaux de ces surfaces ne sont donc que des eaux de pluie qui, lors de la première précipitation après la préparation/broyage du mélange, peuvent effectivement entrainer les restes de matière organique non captées par le brossage. Ces eaux de collecte sont toutefois extrêmement diluées et ne présentent par conséquent aucun intérêt agronomique. Leur stockage dans la fosse située sous la fumière engendrerait une dilution non souhaitable des eaux d'égouttage qui y sont stockées. Par ailleurs, les graines d'advendices issues des matières premières avant méthanisation gardent leur pouvoir germinatif et pourraient agronomiquement contaminer les fumiers méthanisés ou les eaux d'égouttage de la fumière. La recourante ajoute que son exploitant a, lors de la visite des lieux de 2025, proposé d'agrandir le bassin (d'infiltration), de l'étancher et d'en faire un bassin de rétention (et non plus d'infiltration). Elle fait valoir que l'étanchéification du bassin existant constituerait une solution transitoire satisfaisante dans l'attente des résultats de l'EIE - qui devraient arriver d'ici la fin de 2026 -, qui dictera les choix à effectuer. La totalité des eaux de collecte litigieuses pourrait alors être utilisée, en circuit fermé, par l'installation qui nécessite un ajout de liquide pour fonctionner, actuellement satisfait par un apport de lisier dilué ou par l'eau de pluie du toit.
c) Le litige porte ainsi sur la question de savoir si les eaux provenant de la surface de préparation du mélange d'intrants en vue de la méthanisation, située devant les digesteurs-garages, doivent être considérées comme polluées et, si oui, ce qui doit en advenir et quand. Il est manifeste que la surface litigieuse peut générer un écoulement d'eau en cas de précipitations.
Il n'est toutefois pas nécessaire d'examiner ce point plus avant. En effet, l'exigence de raccordement ressort clairement du permis de construire initialement délivré (CAMAC 138314), non modifié sur ce point par le permis de construire complémentaire (CAMAC 147560). Il est ici précisé que si ces deux dossiers d'enquête ainsi que les synthèses CAMAC et permis de construire y relatifs ne figurent pas au dossier de la présente cause, la recourante, qui en est la destinataire, en a toutefois connaissance. Les plans d'enquête - et le permis portant sur ce projet - prévoyaient ainsi déjà le raccordement de cette surface à une fosse enterrée et couverte, respectivement la collecte des eaux provenant de cette surface ("surface de travail") dans cette fosse. Au demeurant, la DGE, Direction de l'environnement industriel, urbain et rural (DGE/DIREV), avait émis la remarque suivante dans la synthèse CAMAC 147560 (enquête complémentaire), qui reprenait une exigence déjà formulée dans la synthèse CAMAC 138314 (enquête principale): "Toutes les eaux polluées provenant des espaces de stockage des digestats et des surfaces de travail seront collectées dans une fosse enterrée et couverte d'un volume de 312 m3. Ces effluents serviront au renouvellement du percolat dans les digesteurs. Les éventuels volumes excédentaires devront être valorisés par épandage sur les surfaces agricoles. En aucun cas, ils ne peuvent être déversés dans un collecteur public d'eaux claires ou d'eaux usées". Il ressort également de la synthèse CAMAC 138314 que la DGE, Eaux souterraines - Hydrogéologie (DGE-EAU/HG), délivrait l'autorisation spéciale requise aux conditions impératives suivantes: "Le projet de construction d'un hangar agricole avec séchoir à foin, d'une installation de méthanisation et de 2 silos se situe en secteur üB de protection des eaux. (…) En ce qui concerne l'évacuation des eaux claires, seules les eaux de pluie des toitures et des surfaces bétonnées n'entrant pas en contact avec des matières organiques peuvent être évacuées par infiltration dans le sous-sol. En cas d'infiltration des eaux météoriques en provenance des accès et places extérieures projetées en gravelé stabilisé ou enrobé, qui peuvent être occasionnellement souillées, celle-ci est tolérée à travers la couche végétalisée du sol (couche biologiquement active)."
Or ces décisions sont entrées en force sans avoir été contestées. Le permis d'exploiter (permis d'habiter) n'a d'ailleurs apparemment toujours pas été délivré. A ce stade, l'autorisation d'exploiter ne pose donc pas de conditions nouvelles supplémentaires mais ne fait que rappeler l'obligation de se conformer au permis de construire tel qu'octroyé - et tel que l'avait requis la recourante. Si celle-ci souhaite apporter des modifications au projet tel qu'autorisé, il lui appartiendra d'en faire la demande formelle auprès de la municipalité en suivant une procédure de permis de construire (art. 22 LGD) qui est une autorisation distincte de la procédure relative à l'autorisation d'exploiter ici litigieuse (art. 24 LGD).
Il y a partant lieu d'écarter la requête de la recourante tendant à une inspection locale, celle-ci n'étant pas déterminante dans la présente procédure.
3. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée. Succombant, la recourante supportera les frais de justice. Il n'est pas alloué de dépens (art. 49, 51, 55 et 99 LPA-VD).
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est rejeté.
II. La décision du 24 juillet 2025 de la Direction générale de l'environnement est confirmée.
III. Un émolument judiciaire de 2'000 (deux mille) francs est mis à la charge de A.________.
IV. Il n'est pas alloué de dépens.
Lausanne, le 17 juin 2026
La présidente: La greffière:
Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement (OFEV).
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000 Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.