A. En janvier 2016, X.________SA, représentée par A.________, propriétaire de l'article 6050 (précédemment 4542) du cadastre de Colombier, sur lequel se trouvent les bâtiments de l'entreprise, a déposé une demande de permis de construire visant la démolition et la reconstruction d'un hangar sis sur cette parcelle, laquelle se situe en zone d’habitation à faible densité (ci-après : ZFD). Selon l’extrait du registre du commerce du canton de Neuchâtel, la société a pour but la mécanique générale, réparations et entretien de voitures, montage, démontage et dépannage de grues de chantier ainsi que le service de pneus. Le 1er juin 2016, son architecte a déposé une demande de dérogation à l’affectation de la zone, en précisant que l’activité de sa mandante consistait dans l’entreposage, la maintenance et la réparation de grues de chantier, que le hangar existant à démolir servait au dépôt de matériel, qu’actuellement l’activité principale se déroulait à l’extérieur et que la nouvelle construction permettrait, respectivement, aux employés de travailler à l’abri et de diminuer fortement les nuisances, de rapatrier des travaux pour l’heure exécutés au sein de la succursale située dans le canton de Vaud, de diversifier l’activité vers la maintenance de petites unités mécaniques, ainsi que d’offrir un outil de développement et d’embauche nécessaire pour la pérennité de l’entreprise. Ce mandataire indiquait encore que la demande de dérogation se justifiait, d’une part, au vu des activités présentes sur le site depuis de nombreuses années, dans un espace protégé par sa configuration dans une cuvette entourée de végétation et, d’autre part, par l’amélioration, qualifiée d’optimale, qu’apporterait le nouvel hangar (cf. aussi courrier du 22.04.2016). Le projet, qui nécessitait l’octroi de deux dérogations spéciales (dérogation à l’affectation de la zone et autorisation d’abattre un bosquet), a fait l'objet d'une mise à l'enquête publique du 29 juillet au 29 août 2016, sans susciter d’oppositions. Le Service de l'aménagement du territoire (ci-après : SAT), après consultation des services de l'Etat concernés, a préavisé négativement le dossier en date du 2 mai 2017.
Par décision du même jour, le Département du développement territorial et de l'environnement (ci-après : DDTE ou département) a refusé la dérogation à l’affectation de la zone requise par X.________SA, motifs pris que le projet ne se justifiait par aucune circonstance particulière et qu’un intérêt public prépondérant s’opposait au développement et à la pérennisation de l’activité exercée jusqu’à présent par la société. De plus, la garantie cantonale de la situation acquise à l’intérieur de la zone d’urbanisation ne s’appliquait pas aux démolitions et reconstructions. Le Conseil communal de Milvignes (ci-après : conseil communal ou exécutif de Milvignes), bien que favorable au projet, a dû refuser, le 11 mai 2017, la demande de permis de construire.
Saisi par X.________SA d’un recours contre ces deux prononcés, le Conseil d'Etat l’a rejeté par décision du 25 octobre 2017. En substance, il a nié tant la conformité à la ZFD de l’activité déployée par l’entreprise, et ce même s’il était admis qu’elle n’était pas gênante, ce qui semblait douteux, que la réalisation des conditions à l’octroi d’une dérogation, le projet répondant avant tout à des convenances organisationnelles personnelles de la société. Sur ce point, il a relevé qu’alors même que la parcelle en cause était dévolue depuis les années soixante à des activités en rapport avec le domaine de la construction, le Conseil général de l’ancienne commune de Colombier l’avait affectée en toute connaissance de cause à la ZFD, zone ne pouvant accueillir ce genre d’activité, ce qui permettait de considérer que la volonté du législatif avait été d’éviter de les pérenniser, ainsi que d’envisager à terme la construction d’habitations sur l’article 6050. Le Conseil d’Etat a encore estimé que la dérogation, qui permettrait de poursuivre une activité qui avait sa place en zone industrielle, viderait de son contenu le plan d’aménagement, de telle sorte que la légalisation du projet ne pouvait intervenir que par le biais d’une révision du plan d’aménagement que l’exécutif de Milvignes disait envisager.
B. X.________SA interjette recours devant la Cour de droit public du Tribunal cantonal contre la décision du Conseil d'Etat en concluant à son annulation. Elle demande, principalement, l’admission de la dérogation à l’affectation de la zone pour la démolition et reconstruction d’un hangar sur le bien-fonds 6050, subsidiairement, le renvoi de la cause à l’autorité inférieure pour nouvelle décision, le tout sous suite de frais et dépens. Elle allègue la protection de la garantie de la situation acquise. Plus précisément, elle invoque qu’il ne s’agit pas ici d’un changement d’affectation, mais de rétablir dans son état premier – en ne s’écartant que modestement de la volumétrie de la construction actuelle – un ouvrage ayant subi l’usure du temps. Elle en déduit un non respect du principe de proportionnalité. La recourante estime également qu’il n’y a pas d’intérêt important public ou privé s’opposant à l'octroi de la dérogation, la reconstruction projetée n’engendrant aucune aggravation de la non-conformité au droit et n’enlaidissant pas le complexe des bâtiments sis sur la parcelle en cause, mais en améliorant globalement l’apparence, ainsi qu’en atténuant les nuisances, sans générer d’augmentation de trafic. Elle soutient encore que le projet n’est pas dicté par des convenances personnelles, mais par la recherche d’une pérennisation de la situation actuelle en résolvant le problème de vétusté du hangar existant, tout en tenant compte de la topographie du terrain.
C. Sans formuler d’observations, le Conseil d'Etat et le DDTE concluent au rejet du recours. Quant à l’exécutif de Milvignes, il propose l’admission du recours et, partant, l’octroi de la dérogation à l’affectation de la zone pour la démolition et reconstruction du hangar en cause. Il considère, d’une part, que le projet permettrait une amélioration de la situation existante et, d’autre part, que le bien-fonds 6050 ne se prêtant pas de manière optimale à la création de logements, une modification de l’affectation de la zone serait envisagée dans le cadre de la révision du plan d’aménagement à venir.
CONSIDERANT
en droit
1. Interjeté dans les formes et délai légaux, le recours est recevable.
2. a) Selon la jurisprudence, déterminer la mesure dans laquelle une construction édifiée sous l'empire de dispositions depuis lors abrogées ou modifiées peut être maintenue, entretenue, rénovée, transformée, voire reconstruite, quand bien même elle ne serait – par hypothèse – plus conforme au droit en vigueur, relève, lorsque l'ouvrage se situe à l'intérieur de la zone à bâtir, du droit cantonal (ATF 113 Ia 119 cons. 2a; arrêt du TF du 29.10.2008 [1C_326/2008] cons. 2.2), sous réserve des exigences de l'article 22 LAT (ATF 113 Ia 119 cons. 2a). La jurisprudence a déduit à la fois de la garantie de la propriété et des principes de la bonne foi et de la non rétroactivité des lois une protection de la situation acquise, qui postule que de nouvelles dispositions restrictives ne peuvent être appliquées à des constructions autorisées conformément à l'ancien droit que si un intérêt public important l'exige et si le principe de la proportionnalité est respecté (ATF 117 Ib 243 cons. 3c, 113 Ia 119 cons. 2a; arrêt du TF du 15.03.2004 [1P.451/2003] cons. 2.2, in RtiD 2004 II, p. 148 et les références citées; cf. aussi ATF 128 II 112 cons. 10a). Cette protection de la situation acquise ne constitue qu'un minimum, le droit constitutionnel se bornant, lorsque ces conditions d'application sont réunies, à autoriser le maintien du bâtiment et son entretien normal; la garantie constitutionnelle ne s'étend pas aux transformations, rénovations, changements d'affectation ou reconstructions qui, à défaut de règles cantonales spéciales, sont soumis au nouveau droit (Pfamatter, La protection des situations acquises en zone à bâtir selon le droit fribourgeois des constructions, in RFJ [no spécial [RFJ 10 ans] – Le droit en mouvement, Fribourg 2002, p. 319-320). Les cantons peuvent assurer cette protection dans une mesure plus étendue. Ils ne sauraient cependant, en autorisant sans restriction non seulement le maintien et l'entretien normal, mais la rénovation, la transformation, l'agrandissement, voire la reconstruction totale d'un ancien bâtiment, aller à l'encontre des exigences majeures de l'aménagement du territoire (ATF 113 Ia 119 cons. 2 a; arrêt du TF du 08.08.2017 [1C_222/2017] cons. 2.1).
b) Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (en l'absence de disposition transitoire expresse), la légalité d'une décision d'autorisation de construire doit en principe être examinée selon le droit applicable au moment où elle a été prise. Il est fait exception à ce principe lorsqu'une application immédiate du nouveau droit s'impose pour des motifs impératifs (ATF 135 II 384 cons. 2.3, 125 II 591 cons. 5e/aa, 123 II 359 cons. 3 et les références citées; arrêts du TF du 14.12.2012 [1C_215/2012] cons. 2.4 et les références citées). Or, depuis le 1er janvier 2017, soit antérieurement aux prononcés querellés, les dispositions cantonales en matière d'aménagement du territoire et des constructions réglementent la garantie de la situation acquise à l’intérieur de la zone d’urbanisation. L’article 12a LCAT prescrit que les constructions et installations autorisées légalement et qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone et aux prescriptions de construction prévues par le plan d'aménagement ou les dispositions d'exécution de la présente loi peuvent être maintenues, entretenues et rénovées (al. 1). Un changement d'affectation ou un agrandissement des constructions et installations susmentionnées peut être autorisé à condition que la non-conformité au droit en vigueur ne soit pas fondamentalement aggravée et qu'aucun intérêt prépondérant privé ou public ne s'y oppose (al. 2). Cette disposition a été introduite pour tenir compte que l’adhésion du canton de Neuchâtel à l’accord intercantonal harmonisant la terminologie dans le domaine des constructions (ci-après : AIHC), lequel vise à harmoniser les notions et les méthodes de mesure des droits cantonaux de l’aménagement du territoire et de la construction, induit une modification de la façon de calculer la hauteur des constructions, les distances aux limites, les dimensions des constructions, etc. Bien qu’il ait été proposé aux communes d'augmenter quelque peu les indices dans leur plan d'aménagement, afin de s'assurer que la plupart des constructions soient conformes aux nouveaux règlements communaux, il n'est pas exclu que certaines constructions deviennent non conformes aux nouvelles règles fixées tant par les communes que par le canton dans le RELCAT. Il a ainsi été jugé important que les constructions existantes et conformes aux anciens plans d'aménagement, mais aussi aux anciennes dispositions des règlements d'exécution de la loi sur les constructions, puissent bénéficier du principe de la garantie de la situation acquise au-delà de la protection minimale prévue par la Constitution fédérale. Le droit cantonal accorde ainsi, depuis le 1er janvier 2017, aux propriétaires de constructions existantes non réglementaires une protection de la situation acquise plus étendue que celle consacrée par la jurisprudence déduite de l'article 26 Cst. féd. Il autorise les travaux de rénovation, les travaux d’agrandissement et les changements d'affectation sous deux conditions, à savoir que la non-conformité au droit en vigueur ne soit pas fondamentalement aggravée et qu'aucun intérêt privé ou public ne s'y oppose (Bulletins officiel des délibérations du Grand Conseil 2012-2013, Tome 1, p. 2393 ss, spéc., p. 2398 et 2403 s.).
c) L'entretien comprend l'ensemble des travaux destinés à remédier aux atteintes causées par un usage normal de la construction, par le temps ou par une combinaison de ces deux facteurs. Entrent dans la catégorie des travaux d'entretien et de réparation ceux consistant à rénover (toiture, façades, fenêtres, etc.) ou à moderniser (nouvelle installation de chauffage; équipements sanitaires; pose de caillebotis, d'un canal de ventilation avec cheminée et d'un système d'alimentation automatique; construction de silos pour stocker les aliments utilisés dans une porcherie industrielle) le bâtiment considéré (Favez, La garantie des situations acquises, Bâle 2013, p. 48 ss et les références citées; RDAF 1992, p. 231). Pour la rénovation, comme pour l’entretien, les travaux sont rendus nécessaires par l’usure due au temps. Ils se différencient par une ampleur inhabituelle : le confort et la valeur augmentent; il n’y a pas de modifications essentielles à la répartition des volumes. Jusqu'au stade de la rénovation, l'identité du bâtiment est en principe préservée sous l'angle géographique, technique et de l'affectation, éléments décisifs pour distinguer la rénovation de tous les travaux plus importants. En matière de rénovation, les éléments constitutifs du bâtiment, à savoir les éléments qui sont associés à la définition du bâtiment comme les toitures, les façades, les fondations, l'organisation interne et l'affectation, ne sont pas touchés (Favez, op. cit., p. 50 et les références citées).
Le changement d’affectation compris dans les travaux de transformation, lesquels supposent des variations notables de l’identité de la construction (Favez, op. cit., p. 52 et les références citées), se définit – à l’intérieur d’une affectation autorisée par le plan – comme une modification de l’utilisation du bâtiment; il ne nécessite pas toujours de travaux, mais peut engendrer d’importantes influences sur l’affectation du sol. La jurisprudence exige une utilisation nouvelle, un changement significatif ou une variation des impacts sur l’équipement ou l’environnement. Ainsi, le constructeur qui envisage une nouvelle organisation intérieure permettant l’exercice d’une nouvelle activité opère un changement d’affectation de ses locaux. L’identité d’affectation est en revanche indépendante des considérations volumétriques (Favez, op. cit., p. 55 ss et les références citées). L’agrandissement, qui est une forme particulière de transformation, consiste à étendre les caractéristiques volumétriques d’un bâtiment en plan et en coupe, de telle sorte que, lors de travaux d’agrandissement, le volume de la construction, ses dimensions ou sa surface de plancher augmentent (Favez, op. cit., p. 60 s. et les références citées).
Quant à la démolition, elle se définit comme l’opération visant à ne rien conserver de l’ancienne construction; le gros œuvre disparaît complètement pour laisser place à un terrain vierge. Ces travaux constituent souvent une simple étape tendant à rendre le terrain propre à une nouvelle affectation ou à le restituer à son milieu naturel (Favez, op. cit., p. 61 et les références citées). Selon la jurisprudence, les travaux de reconstruction se définissent comme un cas extrême de la transformation où l’identité est rompue. Ils se caractérisent par le remplacement d’éléments essentiels de l’ouvrage par d’autres éléments semblables ne laissant subsister que quelques parties secondaires de l’ouvrage primitif ou par la reconstruction d’un bâtiment disparu, soit une construction nouvelle pour laquelle il n’existe plus la substance d’origine. En d’autres termes, lors d’une reconstruction, les éléments essentiels de la construction sont touchés (Favez, op. cit., p. 62 et les références citées).
d) En l’espèce, à la lumière de ces principes et comme admis expressément par la recourante, les travaux litigieux consistent en une démolition suivie d’une reconstruction. Plus spécifiquement, au regard des plans établis par l’architecte de la société, il s’agit de faire disparaître l’actuel hangar d’une surface de plus de 320 m2 pour bâtir sur le terrain ainsi libéré un nouvel édifice d’une surface de 469.50 m2 (18.39 m de large, 25.53 m de long et 8.96 m de haut), composé d’un hangar d’une surface de 451.30 m2 et d’un vestiaire/douche/WC pour le reste de la surface disponible. Or, ce genre de cas se distingue clairement de ceux d’entretien pour lesquelles une protection de la situation acquise peut être déduite de l’article 12a LCAT, de même que ceux de rénovation, d’agrandissement et de changement d'affectation. Cela étant au vu des travaux préparatoires exposés ci-avant, l’introduction de cette disposition visait en soi à répondre au fait que certaines constructions pouvaient devenir non conformes aux nouvelles règles fixées à la suite de l’adhésion du canton de Neuchâtel à l’AIHC et non pas à renoncer à solliciter une dérogation au sens de l’article 40 LConstr. pour les constructions devenues non conformes à la suite d’un changement de zone survenu il y a de nombreuses années, bien avant l’entrée en vigueur de l’article 12a LCAT, comme c’est le cas du hangar dont la démolition et reconstruction sont demandées. Il s’ensuit que la recourante – qui ne prétend, à juste titre, plus devant l’Autorité de céans que l’activité qu’elle déploie serait conforme à la ZFD, ce qui n’est manifestement pas le cas – ne peut se prévaloir de la situation acquise. Aussi, les travaux envisagés ne sauraient être autorisés qu’aux conditions prévues pour une dérogation au sens de l’article 40 LConstr.
3. a) En vertu de l'article 40 al. 1 LConstr., des dérogations au plan d'aménagement et à la présente loi peuvent être octroyées si les trois conditions cumulatives suivantes sont remplies : elles sont justifiées par des circonstances particulières (let. a), elles ne portent pas atteinte à un intérêt public important, notamment à l'aspect historique, esthétique ou pittoresque d'une localité, d'un quartier, d'une rue ou d'un bâtiment ou à la protection de l'environnement, de la nature ou du paysage (let. b) et elles ne causent pas un préjudice sérieux aux voisins (let. c). Les dérogations sont accordées par le département qui rend des décisions spéciales, sous réserve des cas prévus par l'alinéa 3 de l’article 40 LConstr. (art. 40 al. 2 LConstr.), lequel stipule que les communes disposant des moyens de contrôle suffisants sont compétentes pour accorder les dérogations concernant les dispositions traitant des thématiques suivantes : les prescriptions architecturales et esthétiques au sens de l'article 7 de la loi (let. a), la sécurité et la salubrité des constructions au sens des articles 8 et suivants de la loi (let. b), ainsi que la longueur et la profondeur des bâtiments (let. c). Cela signifie que l'octroi ou le refus d'une dérogation, notamment, à l’affectation de la zone – comme ici – relève de la compétence du département (cf. RJN 2006, p. 236 cons. 3).
b) Selon la jurisprudence et la doctrine (RJN 2006, p. 231 cons. 2 et les références citées), savoir si les conditions d'une dérogation sont remplies est une question de droit qu'un tribunal revoit en principe librement. Les limites entre les notions de "circonstances particulières", "intérêt public important" et "préjudice sérieux aux voisins" sont difficiles à déterminer, de sorte qu'il convient avant tout, dans chaque cas particulier, de procéder à une appréciation d'ensemble des différents facteurs à prendre en compte. L'intérêt du requérant à réaliser son projet doit être mis en rapport avec celui de la collectivité (laquelle peut être favorable ou non au projet), celui des voisins susceptibles d'être touchés et celui que poursuit la norme à laquelle il est envisagé de déroger, ainsi qu'avec l'intérêt public à l'application stricte de la loi et l'intérêt privé des voisins au respect par les tiers des règles qu'ils doivent eux-mêmes observer. Malgré la complexité et la diversité des intérêts à prendre en considération, le refus d'une dérogation est la règle, son octroi l'exception. Une dérogation entre en effet dans le domaine des autorisations exceptionnelles, de sorte qu'on doit faire preuve d'une grande réserve dans son octroi. La possibilité de déroger au système légal doit être réservée aux cas où il s'agit d'éviter des situations trop rigoureuses que le législateur n'a pas voulues ou lorsque les conditions pour l'octroi d'une dérogation sont précisées dans la loi et qu'elles sont réalisées (arrêt du TF du 18.11.2015 [1C_92/2015] cons. 4.4.4 et les références citées; RJN 1988, p. 179 et les références citées). De ce point de vue, une disposition prévoyant la possibilité de déroger à certaines règles ne constitue qu'une application particulière du principe de la proportionnalité qui régit l'ensemble du droit administratif. L'octroi restrictif de dérogations vise à sauvegarder la sécurité du droit, c'est-à-dire sa clarté et son unité, et à garantir l'égalité de traitement. En matière de constructions, il est en effet souhaitable que le territoire d'une commune soit en principe régi par les règles dont celle-ci s'est elle-même dotée et que les justiciables soient tous soumis aux mêmes limitations. Un propriétaire ne saurait ainsi obtenir une dérogation pour la seule raison qu'elle lui permettrait de faire un usage optimal de son bien. Le fait que le requérant ait des motifs économiques à la réalisation du projet peut constituer une circonstance particulière susceptible de justifier une dérogation. Ce n'est cependant qu'un critère parmi d'autres et il faut également examiner les solutions alternatives envisageables. En effet, des considérations économiques sont des motifs d'ordre général que l'on retrouve pratiquement toujours. Elles ne créent pas automatiquement des situations particulières qui justifieraient une autorisation exceptionnelle. En ce qui concerne l'évaluation de l'intérêt privé du requérant à la réalisation de son projet, la perte d'un avantage économique et les autres conséquences financières qui peuvent découler du refus d'une dérogation n'ont en règle générale pas une importance déterminante. Des raisons purement économiques ou l'intention d'atteindre la meilleure solution architecturale, ou une utilisation optimale du terrain, ne suffisent pas à elles seules à justifier une dérogation (arrêts du TF des 20.10.2005 [1P.342/2005] cons. 5.1 et 14.09.2007 [1C_159/2007] cons. 3.3). De même, l'intérêt financier éventuel de la collectivité publique à la réalisation d'un projet, notamment l'intérêt fiscal, ne crée pas un intérêt public justifiant une dérogation (arrêt de la CDP du 29.05.2017 [CDP.2016.275] cons. 3b).
c) En l’espèce, le conseil communal s’est dit favorable au projet de la recourante, considérant, d’une part, que celui-ci permettrait une amélioration de la situation actuelle et, d’autre part, que le bien-fonds en cause ne se prêterait pas de manière optimale à la création de logements, de telle sorte que l’exécutif de Milvignes envisagerait une modification de l’affectation de la zone dans le cadre de la révision du plan d’aménagement à venir. Si cette prise de position ne lie pas l'autorité cantonale, elle ne peut toutefois pas l'ignorer, s'agissant d'un élément parmi d'autres dans l'appréciation devant être faite. Cela étant, les avantages du nouvel édifice en lien notamment avec une diminution des nuisances, puisque la nouvelle construction devrait permettre aux employés de ne plus travailler en extérieur, ne sont pas décisifs. En effet, il existe de manière générale un intérêt public au respect des règles formelles et matérielles d’aménagement du territoire et de police des constructions, plus spécifiquement, au respect de l’affectation des zones ressortant d’une planification. La dérogation ne doit pas vider de sa substance la règle dont elle est l'objet. Son champ d'application se limite à remédier à des circonstances particulières où le résultat ne concorderait pas avec les intentions du législateur. L'octroi d'une dérogation ne peut pas remplacer une planification lorsque celle-ci s'avère nécessaire. La jurisprudence a ainsi retenu que, dans la mesure où le PAC Lausanne-Vennes visait la réalisation d'un parc de stationnement d'échange coordonné avec le métro, la Municipalité de Lausanne pouvait valablement octroyer des dérogations de minime importance pour permettre une implantation du parc de stationnement sans gêner l'exploitation du métro. En revanche, la transformation des locaux commerciaux en logement dans une zone commerciale là où le règlement communal ne prévoyait qu'un logement de gardiennage par entreprise vide la règle en matière d'affectation de la zone commerciale de son contenu. C'est aussi le cas d'une dérogation qui permet d'augmenter la hauteur d'un bâtiment de deux mètres, de créer cinq logements là où le règlement n'en autorise que deux ou de ramener une distance à la limite de huit mètres à de l'ordre contigu. De telles dérogations ont les mêmes effets qu'une planification (Favez, La dérogation en zone à bâtir et ses alternatives, in RDAF 2012 I, p. 1, ch. 4.1.3 et les références citées). Or, force est de constater que la reconstruction, après démolition de l’infrastructure existante, d’un hangar visant tant la pérennisation de l’activité principale de la recourante d’entreposage, maintenance et réparation de grues de chantier, que son développement notamment par une diversification de l’activité vers la maintenance de petites unités mécaniques vide de sa substance la règle en matière d’affectation de la ZFD. En tant que zone d'habitation, celle-ci comprend, conformément à la doctrine et la jurisprudence, les constructions et installations destinées à la résidence des personnes, voire, en vertu du droit cantonal, des activités non gênantes répondant aux besoins quotidiens des habitants, soit pour lesquelles il existe un lien étroit (rapport fonctionnel) avec la finalité de la zone (Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne 2001, no 516 et les références citées); tel n’est manifestement pas le cas de l’activité déployée par la recourante. A cet égard, le Tribunal fédéral a eu l’occasion de juger qu'il n'était pas arbitraire de considérer qu'une entreprise, qui n'était pas gênante au sens de la législation fédérale de protection de l'environnement – ce qui n’est pas établi dans le cas d’espèce – pouvait l'être dans une zone d'habitation (ATF 117 Ib 147). Cette manière de voir répond à l'un des principes de l'aménagement du territoire, exprimé à l'article 3 al. 3 LAT, selon lequel les territoires réservés à l'habitat et à l'exercice des activités économiques doivent être aménagés en fonction des besoins de la population. Il s’ensuit que si l’exécutif de Milvignes, qui se dit favorable au projet de la recourante, entend le légaliser, il lui appartient d’intervenir par le biais des outils de planification, à savoir en modifiant l’affectation de la zone dans le cadre d’une révision du plan d’aménagement communal.
Outre que la dérogation à l’affectation de la ZFD porterait atteinte à un intérêt public important – soit en particulier à une application stricte de la loi et, plus spécifiquement, à la règle en matière d'affectation de la zone d’habitation qui veut que les parcelles destinées à la résidence des personnes, voire à l'exercice d’activités économiques non gênantes, doivent être aménagées selon les besoins quotidiens des habitants – il y a lieu d’admettre que la recourante ne peut se prévaloir de circonstances particulières. Le fait que le bien-fonds 6050 se trouverait dans un espace protégé par sa configuration dans une cuvette entourée de végétation et qu’il ne se prêterait pas de manière optimale à la création de logements, mais serait plus indiqué pour l’exercice d’activités industrielles, telles que celles présentes sur le site depuis de nombreuses années, devrait être pris en considération dans le cadre d’une planification du secteur en cause et non dans celui d’une dérogation à l’affectation de la zone, qui si on l’admettait aurait les mêmes effets qu’une planification. Quant aux arguments de la recourante au sujet des avantages de son nouvel édifice, qui permettrait une amélioration de la situation actuelle par une meilleure apparence globale du complexe bâti, une atténuation des nuisances et l’absence de trafic supplémentaire, ainsi que par la création d’un outil de développement et d’embauche nécessaire à la pérennité de l’entreprise, en lui permettant tant de rapatrier des travaux exécutés pour l’heure auprès de la succursale vaudoise que de se diversifier dans la maintenance de petites unités mécaniques, ils visent à permettre à la recourante une utilisation optimale du terrain et de ses infrastructures, voire peut-être à atteindre une meilleure solution architecturale. Or, ces considérations ne sauraient suffire à justifier une dérogation (cf. cons. 3a ci-avant). Il en va de même du fait que le projet respecte les valeurs maximum de la zone, ce qui ne relève pas d’une circonstance particulière. Dès lors, dans la mesure où hormis des facteurs d’ordre économique liés tout particulièrement à un usage optimal du bien, on ne voit pas quelles circonstances particulières permettraient d’octroyer la dérogation à l’affectation de la zone, cette dérogation ne peut être accordée. Il s’ensuit qu’on ne saurait reprocher aux autorités cantonales inférieures de l’avoir refusée et, partant, au conseil communal de ne pas avoir octroyé le permis de construire. Dans ces conditions, il n’est pas nécessaire d’examiner les arguments de la recourante relatifs notamment au préjudice éventuel crée aux voisins.
4. Il résulte de ce qui précède que, mal fondé, le recours doit être rejeté, et la décision attaquée, ainsi que celles, respectivement, du DDTE et du Conseil communal de Milvignes doivent être confirmées. Vu l'issue de la procédure, les frais seront mis à charge de la recourante qui succombe (art. 47 al. 1 LPJA) et il ne lui sera pas alloué de dépens (art. 48 al. 1 LPJA a contrario).
Par ces motifs, la Cour de droit public
1. Rejette le recours.
2. Met à la charge de la recourante les frais de la présente procédure par 1'320 francs, montant compensé par son avance.
3. N'alloue pas de dépens.
Neuchâtel, le 16 avril 2018