A. Les époux X. se sont établis dans le canton de Neuchâtel le 21 septembre 2005 et l'ont quitté le 7 décembre 2007. J.X., de nationalité américaine, exerçait la fonction de contrôleur financier auprès de la société T. Sàrl à […], membre du groupe T., et était rémunérée uniquement depuis les Etats-Unis. De par son engagement antérieur au sein du groupe, elle avait bénéficié en 2002 et 2003 d'options lui permettant d'acquérir des actions du groupe T. Elle a exercé 15'036 de ces options le 31 juillet 2006.
Dans sa déclaration neuchâteloise pour l'impôt sur le revenu et la fortune de l'année 2006, J.X. a déclaré un revenu du travail de 360'458 francs, comprenant un salaire et des assurances-maladie payées par l'employeur et, pour le taux uniquement, un montant de 744'063.95 francs pour l'exercice d'options indiquées "NQ & ISO octroi 2002/2003, avant l'arrivée en Suisse" exercées en 2006. Une annexe à l'état des titres mentionne 1'200 options du groupe T. "octroi en 2005, imposable en 2005", sans chiffre pour la valeur imposable en fortune au 31 décembre 2006.
Les taxations 2006 pour l'impôt fédéral direct et l'impôt direct cantonal et communal ont été envoyées aux époux X. le 4 octobre 2007. Elles comptent comme revenu imposable, sous "Divers", les 744'064 francs réalisés pour les "options exercées en 2006". Les époux X. ont fait réclamation à l'encontre de ces taxations en invoquant l'existence d'un "ruling" entre la société T. Sàrl et l'administration fiscale cantonale aux termes duquel les options de collaborateurs seraient imposables au moment de leur exercice sur la différence entre la valeur vénale de l'action au jour de l'exercice et le prix d'exercice de l'option. Une modalité de l'accord, orale, aurait précisé qu'il n'y aurait pas d'imposition en Suisse si une preuve d'imposition à l'étranger pouvait être apportée, ce qui était le cas en l'espèce. J.X., de par sa nationalité américaine, était assujettie à l'impôt américain sur le revenu pour les options en proportion de sa période d'activité aux Etats-Unis entre la date d'octroi et de "vesting" des options et ne pouvait bénéficier d'un crédit d'impôt pour cette période. Les époux X. ont joint à la réclamation un tableau récapitulatif de la méthode de "sourcing" utilisée par l'autorité fiscale américaine pour régler le lieu d'imposition des options exercées en 2006 et se sont engagés à démontrer l'imposition effective aux Etats-Unis dès que la déclaration d'impôt 2006 américaine aurait été finalisée. Ils ont également demandé la déduction des primes d'assurances-maladie, accidents et intérêts de capitaux d'épargne pour leur famille, omise dans la taxation.
La réclamation a été rejetée par décision du 4 juin 2009 pour l'impôt fédéral direct et l'impôt direct cantonal et communal et les décisions de taxation confirmées. L'autorité fiscale s'est fondée sur les chiffres déclarés et une confirmation qu'elle avait donnée le 10 juillet 2006 à la société T. Sàrl selon laquelle l'imposition des options se ferait lors de leur exercice, aux termes de laquelle la "différence entre le prix de vente et le prix d'exercice de l'action" constituait un revenu imposable dans le chef de l'employé et devait figurer sur le certificat de salaire annuel. En ce qui concerne le moment de la réalisation, seul point litigieux à ses yeux, elle s'est référée aux directives de l'Administration fédérale des contributions (ci-après AFC) pour les options de longue durée, confirmées à ses yeux par l'accord du 10 juillet 2006. Du fait du domicile suisse de la contribuable, le produit découlant de l'exercice des options en juillet 2006 était imposable en Suisse pour l'année 2006, sans égard aux dates d'octroi et de libre disposition ("grant & vested").
B. Les époux X. ont fait recours au Tribunal fiscal à l'encontre de cette décision par mémoire du 2 juillet 2009. Ils ont rappel.les modalités de déclaration et de taxation du revenu découlant de l'exercice des options, leur proposition d'imposition en tenant compte de ce revenu pour le taux, puis au pro rata du temps de travail passé en Suisse pendant la période entre le "granting" et le "vesting", les pièces produites et leur demande de déduction des primes d'assurance-maladie. Déclarant ne plus contester les arguments juridiques de la décision et admettre le droit d'imposer de la Suisse sur le produit de l'exercice des options, ils ont demandé un allégement de la double imposition en conformité avec la convention entre la Suisse et les Etats-Unis et le Modèle de convention de l'OCDE, qui prévoyaient une répartition du revenu au pro rata du temps passé dans l'un et l'autre Etat entre l'octroi et le "vesting" . Ils ont invoqué l'accord du 10 juillet 2006, l'impossibilité pour la recourante de faire valoir un crédit d'impôt sur le revenu des options selon le droit américain et la double imposition effective qui en résultait. Ils ont rappelé leur demande de déduction des cotisations d'assurance-maladie, accidents et intérêts de capitaux d'épargne pour la famille et conclu à l'annulation de la décision attaquée et à son renvoi à l'autorité intimée pour nouvelle décision.
C. Consultés le 4 août 2009, l'AFC et le service intimé ont demandé plusieurs prolongations de délai et requis des pièces complémentaires. Le 19 octobre 2009, le service intimé a demandé des renseignements liés aux conditions d'octroi, de "vesting" et d'exercice des options, le type d'options "octroyées en 2006" (sic), le détail de l'imposition aux Etats-Unis et les taxations définitives américaines pour 2006. Il a relevé que les options étaient soumises à des modalités d'imposition différentes aux Etats-Unis, les "Non-qualified Stock Options" étant imposées à l'exercice et les "Incentive Stock Options" ne l'étant ni à l'octroi ni à l'exercice. L'AFC s'est prononcée dans le même sens le 20 octobre 2009 et a demandé le détail du type d'options octroyées. Les recourants ont répondu le 25 novembre 2009 qu'il s'agissait in casu des deux types d'options, octroyées selon et hors d'un plan d'intéressement du personnel, dont le revenu avait été imposé aux Etats-Unis. Ils ont produit la déclaration d'impôt de J.X. pour l'année 2006, qui devait être considérée comme fondant la taxation 2006, dans laquelle le produit des options avait été réparti à raison de 21'789 US$ en Suisse (donnant droit à un crédit d'impôt, en plus du salaire suisse) et de 572'045 US$ aux Etats-Unis. Faute de crédit d'impôt aux Etats-Unis pour cette dernière part, il en résultait une double imposition effective. Après plusieurs prolongations de délai, l'AFC a présenté une détermination complémentaire en confirmant le droit de la Suisse d'imposer le revenu des options exercées en 2006, la charge d'éliminer la double imposition incombant aux Etats-Unis au sens de la convention entre les deux pays. L'ouverture d'une procédure amiable entre les deux Etats n'était pas envisageable avant l'entrée en force de la taxation mais il pouvait être procédé, à titre transactionnel, à un partage du revenu au pro rata des périodes de travail en Suisse et aux Etats-Unis entre l'octroi des options et leur exercice (et non le "vesting"). La répartition fondée sur les dates d'octroi et de "vesting", devait être écartée parce que le moment déterminant pour l'imposition avait été fixé au jour de l'exercice pour La société T. Sàrl. L'AFC s'est étonnée qu'après avoir invoqué le ruling du 10 juillet 2006, les recourants aient ensuite procédé à une répartition sur des bases différentes envers les Etats-Unis. Elle a rappelé les réquisitions du Service intimé concernant les conditions d'octroi, de "vesting" et d'exercice des options et fait valoir qu'à défaut de disposer de ces informations, elle maintiendrait l'imposition intégrale de ces revenus en Suisse. Les recourants ont produit diverses pièces le 23 avril 2010 et précisé que les options ressortaient partiellement seulement d'un plan d'intéressement du personnel. Après plusieurs prolongations de délai, l'AFC a réitéré le 14 juillet 2010 sa proposition de répartir, à titre exceptionnel, à bien plaire, sans préjudice pour des cas futurs et pour tenir compte de l'absence de crédit d'impôt aux Etats-Unis, le revenu selon les périodes de travail entre l'octroi et l'exercice. Le Service intimé a relevé le 12 août 2010 que les deux types d'options n'étaient pas imposés de la même manière aux Etats-Unis, celles découlant d'un plan d'intéressement du personne ("ISO" ou "qualified stock options") ne l'étant ni au moment de l'octroi ni de l'exercice, en s'étonnant que cette distinction n'ait pas été faite en répartissant les revenus dans la déclaration d'impôt américaine. Ces revenus n'étant pas imposables, il ne pouvait donc y avoir de double imposition. Le Service intimé s'est référé à la réglementation prévue dans le message relatif à la nouvelle loi fédérale régissant l'imposition des participations et, relevant que plus de la moitié des options attribuées étant de type "ISO", s'est déclaré prêt à entrer en matière sur une répartition fondée sur la date d'exercice. Pour les autres titres, le droit d'imposition illimité de la Suisse devait être maintenu.
Le 30 septembre 2010, les recourants ont déclaré ne pas contester le principe de l'imposition au moment de l'exercice des options, mais demandé que le "ruling" soit complété pour les problématiques transfrontalières. Ils ont rejeté la proposition de l'AFC et maintenu que seule la période entre l'octroi et le "vesting" était déterminante. De nombreux cantons effectuaient une répartition selon le principe "grant-to-vest", notamment Zurich et Vaud et l'AFC avait dans de nombreux cas adopté une position similaire, sa proposition constituant un changement de pratique en contradiction avec le projet de loi dont l'objectif était justement d'harmoniser l'imposition des situations transfrontalières et de rétablir la sécurité du droit. La prise en compte du "vesting", déterminante selon ce projet, selon le droit américain et l'OCDE, devait être retenue. Les options "ISO" étaient bien imposables aux Etats-Unis lorsque les actions sous-jacentes étaient vendues dans l'année suivant leur exercice et si tel n'était pas le cas, elles devaient être traitées comme des options non-qualifiées et le revenu en découlant devait être déclaré. La recourante avait exercé ses droits et aliéné les actions le même jour, de sorte que son employeur n'avait d'autre choix que de reporter les options dans le certificat de salaire américain qui fondait l'imposition de l'année 2006. Le 16 octobre 2010, l'AFC s'est référée à ses observations précédentes, rejetant une application rétroactive de la loi sur l'imposition des options de collaborateurs. Elle a rappelé qu'il appartenait à la recourante d'effectuer des démarches pour obtenir un crédit d'impôt aux Etats-Unis et qu'en présence d'une double imposition résiduelle, il lui serait loisible de demander l'ouverture d'une procédure amiable. Le 28 octobre 2010, les recourants ont admis qu'une application rétroactive du projet de loi sur l'imposition des actions de collaborateurs n'était pas envisageable et répété que l'octroi d'un crédit d'impôt aux Etats-Unis n'était pas possible de par la loi. Le 2 novembre 2010, le Tribunal fiscal a transmis cette dernière détermination aux autorités fiscales et informé les parties qu'il considérait, avec l'échange des derniers documents, que le dossier était complet et que l'instruction pouvait être clôturée. Le jugement serait rendu sur pièces passé un ultime délai de 20 jours pour proposer des preuves complémentaires. Le 22 décembre 2010, le Tribunal fiscal a informé les parties du transfert du dossier au Tribunal cantonal, Cour de droit public, dans le cadre de la réforme de l'organisation judiciaire neuchâteloise.
CONSIDERANT
en droit
1. En droit interne suisse, les modalités d'imposition d'un revenu découlant d'options de collaborateur sont régies par la loi sur les contributions directes du 21 mars 2000 (LCdir) sur le plan cantonal et la loi sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD) sur le plan fédéral, la loi fédérale du 17 décembre 2010 sur l'imposition des participations de collaborateurs n'étant pas applicable aux années litigieuses. La recourante étant, de par sa nationalité américaine, assujettie à l'impôt américain de manière illimitée, et assujettie en Suisse en fonction de son domicile et de l'exercice d'une activité lucrative en 2006 et 2007, les dispositions de la convention de double imposition entre la Suisse et les Etats-Unis du 9 octobre 1996 (CDI-US) sont applicables.
La Cour de droit public du Tribunal cantonal est compétente pour traiter le recours (le Tribunal fiscal a été dissous avec effet au 31.12.2010 par la loi du 27.01.2010 portant adoption d'une nouvelle organisation judiciaire neuchâteloise et adaptation de la législation cantonale à la réforme de la justice fédérale, art. 216 al. 1 LCdir et 1 al. 1 de la loi d'introduction de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 22.03.2000 [LILIFD] dans leur teneur selon la nouvelle loi du 27.01.2010, annexe 7).
2. Atteints par la décision attaquée, les recourants ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 32 let. a de la loi sur la procédure et la juridiction administratives du 27.06.1979, LPJA). Interjeté dans les formes et délai légaux (art. 35 LPJA, 216 al. 2 LCdir), le recours est recevable.
3. Sur le plan fiscal, en présence d’un litige qui porte aussi bien sur l’impôt fédéral direct que sur les impôts directs cantonal et communal, lorsque le droit cantonal a instauré le même système d’imposition que le système fédéral, les considérations développées pour l’impôt fédéral direct s’appliquent également aux impôts cantonal et communal (arrêt du TF du 06.02.2006 [2A.1/2005] cons. 5.2).
Il convient d'examiner dans un premier temps les modalités d'imposition des options selon le droit interne suisse puis de déterminer si elles sont restreintes par les dispositions conventionnelles.
En droit interne suisse, sur le plan fédéral, l’article 17 LIFD prévoit l'imposition de tous les revenus provenant d’une activité exercée dans le cadre d’un rapport de travail, qu’elle soit régie par le droit privé ou le droit public, y compris les revenus accessoires, tels que les indemnités pour prestations spéciales, les commissions, les allocations, les primes pour ancienneté de service, les gratifications, les pourboires, les tantièmes et les autres avantages appréciables en argent. Sur le plan cantonal, l’article 20 LCdir a la même teneur, et se tient dans le cadre tracé par l’article 7 al. 1 de la loi fédérale sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID).
L'imposition des options de collaborateurs au titre de revenu du travail a été réglée de différentes manières depuis l'entrée en vigueur de la LIFD (au 01.01.1995) et l'effet obligatoire de la LHID (au 01.01.2001). En 1995, suite à une décision de principe du Tribunal fédéral (afférente à l'ancien droit de l'impôt fédéral direct) le moment déterminant pour l'imposition des options a été fixé au jour de l'attribution du droit et la méthode d'escompte préconisée par l'AFC pour déterminer l'assiette de l'impôt a été écartée (Archives vol. 65, p. 733 = StE 1996, B 22.2 no 12). A la suite de cette jurisprudence, l'AFC a émis une Circulaire no 5 du 30 avril 1997 concernant l’imposition des actions et options de collaborateurs en confirmant que les options que l’entreprise remet à un collaborateur à un prix inférieur à la valeur du marché constituent un revenu du travail imposable, dont la réalisation est différente selon les modalités d'octroi des options. De manière générale, l'octroi des options était déterminant pour leur imposition, mais celles dont la durée était supérieure à dix ans ou qui étaient assorties d'un délai de blocage de plus de 5 ans, tout comme celles qui étaient assorties de nombreuses conditions personnelles, n'avaient pas qualité d'options faute de pouvoir être estimées objectivement à ce moment-là: Elles ne constituaient un revenu qu'au moment de leur exercice. Les options bloquées, qui ne pouvaient être exercées ni transmises pendant un certain délai, étaient estimées selon une formule ad hoc avec un abattement en fonction de la durée de blocage. Lors de la vente ou de l'exercice ultérieur de l'option, le collaborateur réalisait un bénéfice en capital non imposable ou une perte en capital non déductible. La pratique de la Circulaire a été reprise sans discussion dans la doctrine (Locher, Kommentar zum DBG, Therwil/Basel 2001, art. 17 no 52; Peter, US-amerikanische Mitarbeiterbeteiligungspläne im Einkommnes- und Vermögenssteuerrecht der Schweiz, th. Zurich 2001, p. 83 et 92 s., avec renvois, cités in décision du Tribunal fédéral du 21.05.2003 [2A.517/2002], Archives vol. 73, p. 545ss).
En 2002, une jurisprudence zurichoise a considéré que le moment de l'octroi de l'option n'était pas déterminant pour imposer le revenu en découlant et que la réalisation du revenu survenait au moment du "vesting" (une notion qui n'a pas été définie précisément, mais qui correspond à la fin des conditions qui restreignent le droit formateur inclus dans l'option; RF 2002, p. 386). Le Département fédéral des finances a alors mis sur pied un groupe de travail mixte pour élaborer un rapport relatif à l'imposition des options de collaborateurs et l'AFC a adressé aux cantons une lettre-circulaire le 6 mai 2003 pour compléter la circulaire de 1997 et préciser le moment de l'imposition des options avec une clause de "vesting" (défini comme la fin d'une période pendant laquelle le collaborateur doit mériter une option, notamment en atteignant certains objectifs professionnels ou en ne résiliant pas son contrat de travail avant un certain délai). Le problème qui se posait avec ce type d'options était que le collaborateur pouvait ne jamais réaliser le gain imposé lors de l'octroi de l'option s'il ne satisfaisait pas à une des conditions fixées par l'employeur pendant cette période de "vesting", les options ne pouvant alors être exercées ou les droits devant être rétrocédés, voire leur exercice soumis à d'autres conditions. L'AFC a préconisé dans cette circulaire que les options "vested" ne soient plus imposées lors de leur octroi alors qu'elles n'étaient que des expectatives, mais au moment de l'acquisition par le bénéficiaire d'un droit irrévocable sur ces titres, le plus souvent au moment de l'exercice. L'employeur était tenu d'indiquer l'attribution de telles options dans le certificat de salaire et, sur une feuille complémentaire destinée au contribuable, qu'il s'agissait d'expectatives et que l'imposition n'aurait lieu qu'au moment de l'exercice. Une fois l'option exercée, l'entreprise devait indiquer sur le certificat de salaire la différence entre le prix d'émission et la valeur de l'action distribuée à titre de rémunération brute et décompter les contributions aux assurances sociales.
En promulguant cette circulaire, l'AFC a choisi de ne pas édicter de règles transitoires pour le traitement fiscal des plans de participation en options qui avaient déjà fait l'objet d'une décision de la part des administrations fiscales cantonales quant au moment de leur imposition, laissant aux cantons la tâche de définir les dispositions transitoires qu'ils souhaitaient appliquer (Orler/Mercuri, L'imposition des options de collaborateurs, les nouveautés apportées par la Circulaire interne 2003, L'Expert-comptable 2003, p. 782 ss).
Le groupe de travail interdépartemental a quant à lui distingué dans son rapport du 21 décembre 2001 trois moments pour imposer les options, soit l'attribution, le "irrevocable vesting" ou acquisition irrévocable des droits et l'exercice. Le principe était l'imposition lors de l'attribution, mais l'imposition au "vesting" était possible lorsque le droit d'exercice ne passait au collaborateur que lorsque certaines conditions étaient remplies, et à l'exercice lorsque d'autres conditions, précisées dans une ordonnance, étaient données. Un message du Conseil fédéral pour une loi fédérale régissant l'imposition des participations de collaborateur a été soumis aux Chambres le 17 novembre 2004. Les débats ont été nourris et la loi promulguée après l'élimination des divergences le 17 décembre 2010. Il n'est pas utile pour le sort de la cause d'exposer en détail les dernières solutions retenues par le législateur.
Dans un arrêt très récent (arrêt du TF du 02.06.2010 [2C_138/2010] cons. 2.2), portant sur un état de fait antérieur à la nouvelle loi fédérale, donc relevant de la circulaire de 1997 telle que précisée par la lettre-circulaire de 2003, le Tribunal fédéral a considéré que le moment de l'acquisition irrévocable du droit formateur d'exercer un droit découlant d'une option "vested" pouvait, selon les circonstances, correspondre soit à l'attribution des options, soit à leur exercice, soit encore à un autre moment, comme à la fin de la période de "vesting". Il a relevé que les termes "imposition at vesting" pouvaient être source de confusion et n'étaient conformes au droit fiscal suisse que lorsque l'on entendait par "imposition at vesting" l'imposition des options à leur date d'acquisition irrévocable ou définitive. En l'absence de dispositions légales particulières (la loi fédérale du 17.12.2010 était encore en procédure d'élimination des divergences), la date de l'acquisition irrévocable de l'option et partant celle de son imposition devait faire l'objet d'un examen des circonstances concrètes du cas d'espèces et être déterminée en fonction des règles générales sur la réalisation du revenu telles qu'instituées par la jurisprudence. Le Tribunal fédéral a rappelé que cette solution est conforme à la position de l'OCDE en matière de double imposition internationale (OECD, Cross-border Income Tax Issues Arising from Employee Stock Option Plans, Rapport approuvé par le Comité des affaires fiscales no 26, proposition d'adjonction du ch. 12.3 au commentaire de l'art. 15 de la convention-modèle), ainsi qu'à celle préconisée par l'AFC dans sa lettre-circulaire de 2003 (arrêt du TF du 14.10.2010 [2C_236/2010] cons. 2.3).
Il ressort de cet exposé du droit que l'examen doit être fait pour chaque cas d'espèce, à moins qu'une autre raison implique un traitement fiscal différent.
4. Dans le présent cas, selon un récapitulatif que les recourants ont joint au dossier et qui n'est pas contesté, J.X. a bénéficié d'options de la société T. Sàrl au cours des années 2002 et 2003. Elle n'était pas à ce moment-là assujettie à l'impôt en Suisse de manière illimitée sur la base de son domicile ou d'un séjour. A teneur du dossier, elle n'y était pas non plus assujettie de manière limitée sur ses revenus du travail, quand bien même il paraît qu'elle y a travaillé (puisque le nombre de jours attribués à la Suisse entre les dates d'octroi et de "vesting" du tableau récapitulatif qu'elle produit est supérieur à celui qu'elle a passés en Suisse entre le 21.09.2005 et la date d'exercice des options, au 31.07.2006). A cette date, alors qu'elle était domiciliée en Suisse et y exerçait une activité lucrative, elle a exercé son droit d'option pour 15'036 titres qu'elle a revendus le même jour. Il s'agissait pour une partie d'options "qualified" ou "ISO", c'est-à-dire octroyées en fonction d'un plan d'intéressement du personnel et, pour le solde d'options "non qualified", c'est-à-dire accordées en-dehors de ce plan. Il ne ressort pas du dossier que d'autres options aient été octroyées à J.X., même si la déclaration d'impôt suisse pour 2006 se réfère à des options octroyées en 2005. Toutes les options accordées étaient "vested", c'est-à-dire que le droit de les exercer était soumis à des conditions spécifiques – que le dossier ne permet pas de déterminer – qui duraient en principe entre un et quatre ans, selon la liste remise. Pour 36 options exercées au 31 juillet 2006, la date de "vesting" (15.12.2006) n'était pas survenue lors de l'exercice du droit. Le "vesting" n'est survenu pendant le séjour suisse de la recourante que pour 3'036 options : 1'500 au 15 décembre 2005, 1'500 au 18 juin 2006 et 36 au 15 décembre 2006 (exercées au 31.07.2006).
Les recourants demandent que le revenu total provenant de l'exercice des ces options, de 593'942.37 US$, ou 744'200 francs, soit réparti entre la Suisse et les Etats-Unis, en fonction du temps écoulé entre l'octroi des options et la fin du "vesting". L'AFC propose une répartition selon les dates d'octroi et d'exercice, le service intimé limite cette offre aux options "qualified", les autres devant être intégralement imposées en Suisse. Les deux autorités fiscales suisses renvoient les recourants à requérir, une fois les taxations en force, l'ouverture d'une procédure amiable au sens de la convention de double imposition.
5. Les recourants, imposables en Suisse et aux Etats-Unis en fonction de leur domicile et lieu de travail ainsi que de la nationalité de J.X., peuvent demander l'application de la CDI-US, en vigueur depuis le 19 décembre 1997. Selon l'article 15 al. 1, CDI-US, les salaires, traitements et autres rémunérations similaires reçues par un résident de Suisse au titre d'un emploi salarié exercé en Suisse ne sont imposables qu'en Suisse, sauf exceptions qui ne sont pas remplies en l'espèce (art. 15 al. 2 CDI-US). L'article 21 CDI-US octroie à l'Etat de résidence le droit d'imposer les revenus qui ne sont pas expressément traités par les dispositions conventionnelles. Les Etats-Unis écartent une double imposition éventuelle par l'application de leur droit interne et, en complément, conformément à l'article 23 CDI-US, un crédit d'impôt pour l'impôt payé à l'étranger.
Le droit d'imposer le produit de l'exercice, au 31 juillet 2006, des droits d'option sur les actions du groupe T., au titre de revenu d'une activité lucrative dépendante, est donc en principe attribuable à la Suisse, dans la mesure où le revenu est réputé réalisé à ce moment-là selon la circulaire de 1997, précisée par la lettre-circulaire de 2003 et la jurisprudence du Tribunal fédéral. Le revenu réalisé ultérieurement par la revente des actions le même jour constitue selon le droit suisse un bénéfice en capital franc d'impôt. Cette distinction ne joue aucun rôle en l'espèce, J.X. ayant exercé ses actions et vendu ses titres le même jour sans apparemment réaliser de gain en capital sur le cours.
On peut toutefois se demander si, par un examen détaillé des modalités spécifiques de ces options, le revenu pourrait être considéré comme réalisé à un autre moment, par exemple lors de l'octroi – auquel cas toute imposition échapperait à la Suisse – ou lors de la fin du "vesting" – avec les mêmes conséquences au niveau de la fiscalité interne. Cet examen de détail n'est toutefois pas possible dans le présent cas à mesure que seule une partie des options relèvent du plan d'intéressement produit, et que les autres, réputées "non qualified", ont été octroyées dans des conditions qui ne ressortent pas du dossier. De même, les raisons d'un exercice antérieur à la fin de la période de "vesting" ne peuvent être déterminées. Dans ces circonstances, il paraît adéquat, comme l'ont fait les autorités fiscales, de se fonder sur la date d'exercice. La prise en compte de cette date s'impose d'autant plus dans le présent cas que le service intimé l'a confirmée envers l'employeur de la recourante par lettre du 10 juillet 2006. Vu la proximité des dates, on peut raisonnablement penser que cette lettre a été envoyée en rapport avec le cas spécifique de J.X. recourante.
La validité d'un tel "ruling" peut certes être discutée. De manière générale, à mesure que les lois fédérales et cantonales ne contiennent pas de base légale autorisant des arrangements entre le contribuable et le fisc, de tels accords sont en principe interdits. Une exception est autorisée exceptionnellement sur le plan du droit lorsque la règle à appliquer paraît incertaine, et l'autorité de taxation doit alors procéder selon la règle que le législateur aurait adoptée s'il avait voulu prendre en considération le cas d'espèce (Yersin in Yersin / Noël (éd.), Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Bâle 2008, no 89 ad Remarques préliminaires, p. 42). Au moment de la discussion de l'accord du 10 juillet 2006, il ressort du considérant 3 ci-dessus que la situation juridique était peu claire: l'AFC avait défendu certaines modalités d'imposition dans sa circulaire de 1997 avant de les adapter en 2003, puis avait préconisé certaines modalités dans le message à la loi fédérale sur l'imposition des participations de collaborateurs en 2004, qui n'avaient pas été suivies par le Parlement au cours des débats. Le moment déterminant – au jour de l'exercice – et l'assiette de l'impôt – la différence entre le prix de vente inclus dans l'option et le prix d'exercice de l'action – dépendaient fortement de l'appréciation du cas d'espèce. Il était donc adéquat, pour l'employeur comme pour l'autorité fiscale, de fixer conjointement les modalités d'imposition des options du groupe T. A cette occasion, l'autorité a pu prendre connaissance du plan d'intéressement du personnel du groupe T. et s'y référer, et l'accord du 10 juillet 2006 a été passé en fonction des spécificités de cette entreprise. Même si une partie des options exercées par la recourante ne sont pas régies par le plan 1998 du groupe T. du 1er juillet 2002 au dossier, rien n'indique que l'application de l'accord du 10 juillet 2006 à l'ensemble des options ne serait pas adéquate. Les parties sont du reste d'accord sur ce point.
Le droit d'imposer de la Suisse selon son droit interne étant confirmé par la CDI-US – et admis par les recourants –, il appartient aux Etats-Unis de prendre des mesures pour éviter la double imposition. Conformément à l'article 23, chiffre 2 CDI-US, la double imposition est éliminée par l'octroi d'un crédit déductible de l'impôt sur le revenu correspondant au montant approprié des impôts payés en Suisse. Le montant approprié des impôts payés en Suisse, déterminé selon le droit américain, ne correspond pas à l'impôt dû sur les mêmes revenus aux Etats-Unis. Le crédit est octroyé uniquement sur le revenu réalisé à l'étranger ("foreign earned income") au sens du droit américain, qui se fonde sur la durée entre l'octroi de l'option et la fin des conditions suspensives dont elle est assortie ("grant to vest", sans égard à son exercice). Le bénéfice réalisé lors de l'exercice des options ne sera imposé que si les actions sont aliénées dans un délai d'une ou deux années, et il sera alors considéré comme un gain en capital et plus comme un revenu du travail. Une double imposition perdure de ce fait.
L'application des mécanismes américains visant à éviter la double imposition demeurant inopérante, on se trouve, comme le relèvent les recourants, en présence d'un cas de double imposition non prévu par la convention. Il pourrait être réglé par le biais de la procédure amiable de l'article 25 CDI-US qui, contrairement à l'opinion défendue par l'AFC et le service intimé, n'est pas conditionnée à l'entrée en force de taxations contraires à l'esprit de la convention. La procédure amiable ne pouvait toutefois être ouverte en Suisse après la décision sur réclamation, puisque la recourante avait quitté ce pays en décembre 2007. Cette voie devait être empruntée auprès des autorités fiscales américaines. Elle demeure ouverte pour l'avenir.
Contrairement à la double imposition intercantonale, la double imposition internationale n'est pas interdite en Suisse par une norme de rang constitutionnel, de sorte que l'autorité fiscale n'est pas tenue d'entrer en matière sur un allégement éventuel. Elle peut cependant le faire, à bien plaire, et c'est dans ce sens qu'il convient de considérer la proposition faite par l'AFC d'admettre une restriction du droit d'imposer de la Suisse au pro rata du temps de travail entre l'octroi des options et leur exercice. Le service intimé propose la même formule, mais la limite aux options qualifiées.
Cette distinction entre les deux types d'options, qui sont imposées de manière identique tant aux Etats-Unis qu'en Suisse compte tenu de la revente immédiate des titres sous-jacents, n'est pas justifiée. L'accord du 10 juillet 2006 n'opère pas une telle différenciation. On ne voit du reste pas quelles raisons l'imposition des revenus devrait être différente pour l'impôt fédéral direct et pour l'impôt direct cantonal et communal puisqu'il s'agit de droit harmonisé.
La proposition d'imposition faite par l'AFC doit donc être retenue pour l'impôt fédéral direct et l'impôt direct cantonal et communal. Le revenu découlant de l'exercice des options du groupe T. doit être réparti, pour calculer l'impôt suisse, en fonction du temps passé en Suisse et à l'étranger entre les dates d'octroi et d'exercice. Le nombre de jours devra être déterminé pour chaque type d'options. La période de résidence en Suisse de la recourante entre son arrivée le 21 septembre 2005 et l'exercice des options au 31 juillet 2006 est, selon le calendrier, de 244 jours, mais elle fait état, dans la tabelle qu'elle a remis, de respectivement 268 et 313 jours en Suisse pour les options octroyées le 18 juin 2002 et le 15 décembre 2002, dont le "vesting" échoit respectivement au 18 juin 2006 et au 15 décembre 2006. Il faut donc admettre qu'elle a travaillé certains jours en Suisse sans en être résidente, avant de s'y établir plus longuement en septembre 2005.
6. Les recourants demandent par ailleurs la déduction pour primes d'assurance-maladie et intérêts des capitaux d'épargne pour l'année 2006. Cette déduction est conditionnée par le fait qu'ils supportent effectivement de tels frais. Ils le font valoir sur l'annexe 2, en relevant que les primes d'assurance-maladie et accidents sont déduites du salaire par l'employeur. Dans le relevé qui sert de base à la taxation du revenu de l'activité lucrative de la recourante établi par son mandataire, il est fait mention d'une déduction forfaitaire pour frais professionnels selon accord du 27 février 2004 et d'une déduction spéciale pour spécialiste étranger selon le même accord, mais rien n'indique que les frais d'assurance-maladie y aient été inclus. L'indemnité pour "Cost & living allowance" de 99'528.44 francs qui lui a été versée en 2006 ayant été incluse dans le salaire suisse déterminant, la déduction pour primes d'assurance-maladie pour la recourante et sa famille doit être accordée, à concurrence des montants maximaux admis pour l'impôt fédéral direct et l'impôt direct cantonal et communal. Les taxations doivent être corrigées dans ce sens.
7. Les recourants obtiennent très partiellement gain de cause, de sorte qu'ils devront supporter une part réduite estimée à 4/5 des frais de procédure (art. 47 LPJA). L'émolument de décision est fixé à 4'800 francs à la charge des recourants, sous déduction de leur avance de frais par 550 francs. Ils ont droit à une indemnité de dépens réduite de 500 francs (art. 50 à 52 de l'arrêté temporaire fixant le tarif des frais, des émoluments de chancellerie et des dépens en matière civile, pénale et administrative du 22.12.2010).
Par ces motifs, la Cour de droit public
1. Admet partiellement le recours et annule la décision sur réclamation du 4 juin 2009 et les taxations du 4 octobre 2007 pour l'impôt direct cantonal et communal et l'impôt fédéral direct.
2. Renvoie le dossier au service intimé pour qu'il procède à la taxation au sens des considérants.
3. Met à la charge des recourants un émolument de décision de 4'800 francs et les débours par 480 francs, montants partiellement compensés par leur avance de frais.
4. Alloue aux recourants une indemnité de dépens réduite de 500 francs à la charge du Service intimé.
Neuchâtel, le 31 mars 2011
Art. 17 LIFD
1 Sont imposables tous les revenus provenant d’une activité exercée dans le cadre d’un rapport de travail, qu’elle soit régie par le droit privé ou par le droit public, y compris les revenus accessoires, tels que les indemnités pour prestations spéciales, les commissions, les allocations, les primes pour ancienneté de service, les gratifications, les pourboires, les tantièmes et les autres avantages appréciables en argent.
2 Les versements de capitaux provenant d’une institution de prévoyance en relation avec une activité dépendante et les versements de capitaux analogues versés par l’employeur sont imposables d’après les dispositions de l’art. 38.