Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
4A_191/2023
Arrêt du 13 février 2024
Ire Cour de droit civil
Composition
Mmes et M. les Juges fédéraux
Jametti, Présidente, Hohl et Rüedi.
Greffier : M. Botteron.
Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par
Me Manuel Piquerez, avocat,
recourante,
contre
B.________,
représenté par
Me Claude Brügger, avocat,
intimé.
Objet
contrat d'entreprise; preuve de commandes supplémentaires; devoir d'allégation et de contestation,
recours contre l'arrêt rendu le 20 février 2023 par la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura (CC 4/2022).
Faits :
A.
B.________ (ci-après: l'entrepreneur, le demandeur, l'intimé) et A.________ SA (ci-après: le maître de l'ouvrage, la défenderesse, la recourante) ont conclu un contrat d'entreprise portant sur deux chantiers, le premier à Grandfontaine et le second à Porrentruy. Les travaux ont débuté en 2018 et se sont interrompus, inachevés, le 14 octobre 2019 suite à un différend entre les parties.
Le chantier de Grandfontaine a été conclu pour un prix forfaitaire de 10'000 fr., tandis que le chantier de Porrentruy portait sur des travaux à forfait à hauteur de 27'000 fr. Pour le premier chantier, le maître de l'ouvrage s'est acquitté d'un acompte de 6'000 fr. et pour le second, il a payé plusieurs factures, la dernière en novembre 2018, pour un montant total de 28'977 fr. 70.
Suite à la résiliation du contrat, l'entrepreneur a envoyé au maître de l'ouvrage son décompte final le 3 novembre 2019, lequel porte sur un montant total à payer de 35'901 fr. 75 pour les travaux réalisés sur les deux chantiers.
Le décompte final mentionne des prestations supplémentaires désignées "plus-values" qui s'ajoutent aux prestations incluses dans l'offre à forfait. Ces plus-values s'élèvent à 8'680 fr. pour le chantier de Grandfontaine. Pour le chantier de Porrentruy, elles ne sont pas clairement identifiées.
L'entrepreneur a fait notifier au maître de l'ouvrage le 11 février 2020 un commandement de payer portant sur la somme de 31'593 fr. 75. Celui-ci y a fait opposition totale.
B.
Par demande du 30 novembre 2020 dirigée contre le maître de l'ouvrage suite à l'échec de la conciliation, l'entrepreneur a ouvert action en paiement de la somme de 35'901 fr. 75 avec intérêts à 5 % l'an dès le 3 novembre 2019 et a requis la mainlevée de l'opposition formée au commandement de payer à concurrence de la même somme.
Le maître de l'ouvrage a conclu au rejet de la demande dans toutes ses conclusions. Il reconnaît avoir conclu un contrat d'entreprise avec le demandeur, mais refuse de s'acquitter d'un quelconque montant supplémentaire. Il invoque un non-respect des modalités et délais convenus, ainsi que l'existence de défauts. Il estime avoir payé les travaux que l'entrepreneur a diligemment réalisés.
Le demandeur a contesté l'existence de défauts en réplique, ainsi que la validité de l'avis des défauts. La défenderesse a confirmé le contenu de sa réponse en duplique.
Par jugement motivé du 25 novembre 2021, la Juge civile du Tribunal de première instance du canton du Jura a condamné la défenderesse à payer au demandeur la somme de 31'593 fr. 75 avec intérêts à 5 % l'an dès le 4 décembre 2019 et levé l'opposition dans la même mesure. En substance, la Juge civile a considéré qu'il était établi que la défenderesse avait commandé des travaux à plus-value et que celle-ci n'avait pas avisé des défauts dans les formes et délais prescrits.
Dans son appel, la défenderesse a soutenu que les travaux étaient entachés de défauts et que les délais de livraison de l'ouvrage n'avaient pas été respectés. Les plus-values réclamées par le demandeur dans son décompte du 3 novembre 2019 ne portaient pas sur des travaux effectivement réalisés et n'avaient d'ailleurs jamais été commandées par elle ni acceptées. L'appelante n'a pas soutenu que le demandeur avait failli à son devoir d'allégation.
Par arrêt du 20 février 2022, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté l'appel de la défenderesse.
C.
Contre cet arrêt, qui lui a été notifié le 1er mars 2023, la défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 30 mars 2023, concluant à son annulation et à sa réforme en ce sens que la demande soit rejetée et, subsidiairement, à son renvoi à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
L'intimé conclut au rejet du recours.
La cour cantonale conclut au rejet du recours et à la confirmation de son arrêt.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la partie défenderesse qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF), contre un arrêt final (art. 90 LTF), rendu sur appel par le Tribunal supérieur du canton du Jura (art. 75 LTF), dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse dépasse 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être exercé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1; 136 II 304 consid. 2.4). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 et les références citées). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (ATF 141 IV 249 consid. 1.3.1; 140 III 115 consid. 2; 135 III 397 consid. 1.5) ou ont été établies en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
2.3. En vertu du principe de l'épuisement des griefs, le recours n'est ouvert qu'à l'encontre des décisions rendues par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF), ce qui signifie que les voies de droit cantonales doivent avoir été non seulement utilisées sur le plan formel, mais aussi épuisées sur le plan matériel (ATF 143 III 290 consid. 1.1). Lorsque l'autorité de dernière instance cantonale peut se limiter à examiner les griefs régulièrement soulevés, le principe de l'épuisement matériel veut que les griefs soumis au Tribunal fédéral aient déjà été invoqués devant l'instance précédente (arrêts 4A_245/2021 du 26 octobre 2021 consid. 4.1; 4A_40/2021 du 10 juin 2021 consid. 3.2 et les arrêts cités).
3.
Examinant successivement, sur la base des griefs formulés par les parties en appel, si l'entrepreneur demandeur avait allégué que le maître de l'ouvrage lui avait commandé des travaux supplémentaires à plus-values et si celui-ci avait contesté avoir passé de telles commandes supplémentaires, et ce séparément pour les deux chantiers de Grandfontaine et de Porrentruy, la cour cantonale a conclu que, dans les deux cas, le demandeur avait valablement allégué ses prétentions à plus-values et que le maître de l'ouvrage, partie défenderesse, ne les avait pas contestées et qu'elles étaient donc réputées admises. Elle a donc considéré que le maître de l'ouvrage ne pouvait pas contester ces faits pour la première fois en appel, les conditions d'admission de faux nova de l'art. 317 al. 1 CPC n'étant pas remplies.
Dès lors que la recourante se plaint de violation de l'art. 317 al. 1 CPC, en soutenant qu'elle a contesté ces faits de manière globale en première instance et qu'elle n'avait pas à contester des plus-values qui n'y étaient pas alléguées, il y a lieu d'examiner si la cour cantonale a correctement appliqué les exigences en matière d'allégation (consid. 4) et de contestation des prestations supplémentaires à plus-value (consid. 5).
4.
La recourante soutient que le demandeur n'a pas allégué dans sa demande les différents postes de son décompte, en particulier les "plus-values", de sorte qu'elle-même n'a pas pu être en mesure de les contester. Elle se plaint d'une violation par la cour cantonale des art. 221 al. 1 let. d et e CPC et 222 al. 2 CPC.
De plus, selon la recourante, la Juge civile aurait retenu les "plus-values" du demandeur sur la base de preuves qui n'étaient pas directement citées à l'appui de l'allégué, ce que la cour cantonale aurait confirmé en violation du droit.
4.1.
4.1.1. Dans les procès soumis à la maxime des débats (art. 55 al. 1 CPC), le défendeur doit contester les faits conformément à l'art. 222 al. 2, 2e phrase CPC. A défaut de contestation, le fait est censé admis (art. 150 al. 1 CPC; ATF 111 II 156 consid. 1b). Le défendeur qui n'a pas contesté en temps utile le fait allégué par le demandeur ne peut pas réparer son omission en appel; aucun fait nouveau, ni aucune preuve nouvelle ne peut en principe rendre excusable cette omission (art. 317 al. 1 let. b CPC) (arrêt 4A_404/2016 du 7 décembre 2016 consid. 2.2).
Afin de déterminer si une contestation est nouvelle en appel, il faut déterminer si le demandeur a correctement allégué le fait litigieux et si le défendeur avait alors à introduire sa contestation déjà en première instance.
4.1.2. En vertu de la maxime des débats de l'art. 55 al. 1 CPC, il incombe aux parties, et non au juge, de rassembler les faits du procès. Les parties doivent alléguer les faits sur lesquels elles fondent leurs prétentions (fardeau de l'allégation subjectif), produire les moyens de preuve qui s'y rapportent (fardeau de l'administration des preuves) et contester les faits allégués par la partie adverse (fardeau de la contestation), le juge ne devant administrer les moyens de preuve que sur les faits pertinents et contestés (art. 150 al. 1 CPC) (ATF 149 III 105 consid. 5.1; 144 III 519 consid. 5.1). À cet égard, il importe peu que les faits aient été allégués par le demandeur ou par le défendeur puisqu'il suffit que les faits fassent partie du cadre du procès pour que le juge puisse en tenir compte (ATF 149 III 105 consid. 5.1; 143 III 1 consid. 4.1). Il n'en demeure pas moins que celui qui supporte le fardeau de la preuve (art. 8 CC) et donc, en principe, le fardeau de l'allégation objectif, a toujours intérêt à alléguer lui-même les faits pertinents, ainsi qu'à indiquer au juge ses moyens de preuve, pour qu'ils fassent ainsi partie du cadre du procès (ATF 149 III 105 consid. 5.1; 143 III 1 consid. 4.1).
Doivent être allégués les faits pertinents, c'est-à-dire les éléments de fait concrets correspondant aux faits constitutifs de l'état de fait de la règle de droit matériel (c'est-à-dire les "conditions" du droit) applicable dans le cas particulier (arrêts 4A_11/2023 du 8 décembre 2023 consid. 6.2.1; 4A_126/2019 du 17 février 2020 consid. 6.1.2; 4A_243/2018 du 17 décembre 2018 consid. 4.2; cf. FABIENNE HOHL, Procédure civile, T. I, 2e éd., 2016, n. 1219 et 1229).
4.1.3. En vertu de l'art. 221 al. 1 let. d CPC, respectivement de l'art. 222 al. 2 CPC, les faits doivent être allégués en principe dans la demande, respectivement dans la réponse pour les faits que doit alléguer le défendeur. Ils peuvent l'être dans la réplique et la duplique si un deuxième échange d'écritures est ordonné ou, s'il n'y en a pas, par dictée au procès-verbal lors des débats d'instruction (art. 226 al. 2 CPC) ou à l'ouverture des débats principaux (art. 228 CPC; ATF 144 III 519 consid. 5.2.1; 144 III 67 consid. 2).
En ce qui concerne l'allégation d'une facture, d'un compte ou d'un dommage, les différents postes doivent être présentés dans la demande sous plusieurs numéros, car cela est nécessaire pour permettre au défendeur de se déterminer clairement (ATF 144 III 519 consid. 5.2.1.2; 144 III 54 consid. 4.1.3.5). Il a été admis qu'exceptionnellement, l'allégué de la demande n'indique que le montant total du dommage lorsque le demandeur peut se référer à une pièce qu'il produit et qui contient toutes les informations nécessaires de manière claire et complète, au point que l'exigence de la reprise du détail de la facture, du compte ou du dommage dans les allégués de la demande n'aurait pas de sens. Il ne suffit pas que la pièce produite contienne, sous une forme ou sous une autre, lesdites informations. Leur accès doit être aisé et aucune marge d'interprétation ne doit subsister (ATF 144 III 519 consid. 5.2.1.2; arrêts 4A_415/2021 du 18 mars 2022 consid. 5.4; 4A_164/2021 du 21 décembre 2021 consid. 3.2; 4A_535/2018 du 3 juin 2019 consid. 4.2.1; 4A_281/2017 du 22 janvier 2018 consid. 5, spéc. 5.3).
Lorsque le demandeur allègue dans ses écritures un montant dû en produisant une facture ou un compte détaillés, qui contient les informations nécessaires de manière explicite, on peut exiger du défendeur qu'il indique précisément les positions de la facture ou les articles du compte qu'il conteste, à défaut de quoi la facture ou le compte est censé admis et n'aura donc pas à être prouvé (ATF 144 III 519 consid. 5.2.2.3).
4.1.4. Parallèlement à l'allégation des faits pertinents, les parties doivent, en vertu de l'art. 55 al. 1 CPC, proposer leurs moyens de preuve à l'appui de chacun des faits allégués (fardeau de l'administration des preuves;
Beweisführungslast). En ce domaine également, même si le tribunal dispose d'un certain pouvoir d'administration d'office (art. 153 al. 2, 181 al. 1 et 183 al. 1 CPC), il appartient aux parties, et non au juge, de déterminer les moyens de preuve qui doivent être administrés. Ici aussi, il importe peu de savoir laquelle des parties a offert un moyen de preuve puisque, pour que celui-ci fasse partie du cadre du procès et puisse être administré, il suffit qu'il ait été proposé au tribunal. Il n'en demeure pas moins que la partie qui supporte le fardeau de la preuve (art. 8 CC) a tout intérêt à faire en sorte que les moyens de preuve nécessaires soient présentés en procédure.
Selon la jurisprudence rendue en matière de droit à la preuve (cf. FABIENNE HOHL, Procédure civile, T. I, 2e éd., 2016, n. 2051 ss), en ce qui concerne les conditions pour qu'une partie ait droit à l'administration d'un moyen de preuve qu'elle a offert, il faut qu'elle l'ait présenté régulièrement (
formgerecht) conformément à l'art. 152 al. 1 en relation avec l'art. 221 al. 1 let. e CPC, c'est-à-dire immédiatement après l'allégué, de telle sorte que l'offre de preuve se rapporte sans équivoque à l'allégué à prouver et inversement (ATF 144 III 67 consid. 2.1 et les arrêts cités; arrêts 5A_578/2021 du 24 février 2022 consid. 2.1; 4A_574/2015 du 11 avril 2016 consid. 6.6.4; 4A_56/2013 du 4 juin 2013 consid. 4.4). Si le tribunal ne doit en principe pas avoir à interpeller la partie pour obtenir des éclaircissements sur les moyens de preuve à administrer (arrêts 4A_578/2021 du 24 février 2022 consid. 2.1; 4A_169/2021 du 18 janvier 2022 consid. 5.2.1.1 et les arrêts cités), il ne saurait toutefois refuser d'administrer un moyen de preuve s'il voit clairement en relation avec quel allégué de fait il est offert (ATF 144 III 54 consid. 4.2.2).
4.2.
4.2.1. Dans l'arrêt attaqué, la cour cantonale a examiné si la contestation des plus-values était nouvelle au stade de l'appel en recherchant si le demandeur les avait bien alléguées au stade de la demande, pour déterminer si la défenderesse avait déjà dû les contester à ce stade. Elle a considéré que les plus-values découlaient du "décompte final" du 3 novembre 2019 du demandeur, que celui-ci avait allégué et prouvé. Elle a considéré que la défenderesse ne s'était pas prononcée sur ledit décompte. Il devait ainsi être admis. La défenderesse avait certes contesté être redevable d'un quelconque montant, mais sans indiquer pour quel motif et sans critiquer ni le solde réclamé pour les chantiers ni les différentes prestations facturées. Sur le montant réclamé, la défenderesse s'était ainsi contentée de critiques générales sans jamais contester de manière précise les postes du décompte final. Par ailleurs, elle avait admis avoir payé les prestations diligemment effectuées par le demandeur. Dans sa réponse, la défenderesse s'était bornée à invoquer des défauts de l'ouvrage et tant la réplique que la duplique s'étaient ensuite limitées à la question de l'existence de défauts et de la validité d'un avis de défauts. La défenderesse ne contestant le montant du décompte final qu'au stade de l'appel, la cour cantonale a considéré qu'elle proposait de faux novas, en ce sens que sa contestation des montants des plus-values aurait dû être soulevée en première instance, si la défenderesse avait fait preuve de la diligence requise par l'art. 317 al. 1 CPC, ce qu'elle n'avait pas fait. Sa contestation était alors tardive, et, partant, irrecevable.
4.2.2. La recourante soutient que le demandeur n'a pas valablement allégué dans sa demande que des travaux à plus-value ont été effectués ni sur le chantier de Grandfontaine, ni sur celui de Porrentruy. Le demandeur se serait contenté de renvoyer au décompte du 3 novembre 2019, cité comme moyen de preuve n° 11 de sa demande, sans en reprendre le contenu dans son acte.
A cet égard, la recourante soutient que la cour cantonale a violé l'art. 221 al. 1 let. d CPC en considérant l'existence de plus-values comme suffisamment alléguée. Elle soutient qu'elle n'a pas pu les contester en raison du défaut d'allégation du demandeur, et n'avoir pu faire autrement que de les contester pour la première fois au stade de l'appel, lorsqu'elle a constaté que le Tribunal de première instance avait retenu l'existence de celles-ci.
4.3.
4.3.1. Concernant le chantier de Grandfontaine, le demandeur a fait valoir dans sa demande du 30 novembre 2020 à l'art. 1er de son mémoire, que "le prix des travaux a été fixé à 10'000 fr. Les travaux ont débuté au début du mois d'avril 2018 et se sont poursuivis jusqu'au 21 août 2019. Diverses plus-values pour des travaux supplémentaires commandés par la défenderesse représentant un montant total de 8'680 fr. ont été ajoutées d'un commun accord sur le prix initialement convenu portant le total des travaux menés à Grandfontaine à 18'680 fr. (...) ". Déduction faite des acomptes versés d'un total de 6'000 fr., c'était un solde de 12'680 fr. qui était dû.
Le demandeur a requis à l'appui de cet allégué, les moyens de preuve suivants : l'interrogatoire des parties, l'audition de quatre témoins, tous employés ou ex-employés du demandeur, ainsi que "ceux de la procédure".
Le décompte du 3 novembre 2019, offert par le demandeur comme preuve d'un allégué suivant (article 3), concerne tant le chantier de Grandfontaine que celui de Porrentruy (pièce justificative n° 11 du demandeur). En regard du chantier de Grandfontaine, il fait état de trois montants de "plus-values" ajoutés au forfait de 10'000 fr. Le premier montant est libellé "préparation et peinture des sous-sols", et correspond à 24.75 heures à 80 fr. Le deuxième montant est libellé "peinture des murs, étage, rez-de-chaussée", facturé selon un forfait de 2'000 fr. et terminé aux 3/4, pour un total de 1'500 fr. Le troisième montant est libellé "fissures plafonds, redresser murs, pose de baguettes d'angle et plâtrer murs, préparation et peinture DIN", correspond à 65 heures à 80 fr.
En audience, le demandeur a relevé que des plus-values ont été commandées par la défenderesse et effectuées, et que le tout avait été discuté avant l'exécution de celles-ci. Des témoins interrogés en audience ont confirmé que la défenderesse demandait de manière récurrente l'exécution de travaux qui n'étaient pas prévus dans le programme de la journée. Ces travaux étaient effectués, mentionnés et mis en évidence par un surlignement dans les rapports journaliers de chantier.
Les rapports journaliers des chantiers, établis unilatéralement par le demandeur, ont été déposés par celui-ci comme titre n° 12. Le tribunal de première instance a considéré que le demandeur avait établi que les travaux à plus-value avaient été réalisés à la demande de la défenderesse en se fondant sur le décompte du 3 novembre 2019 d'une part, et sur les rapports journaliers de chantier, d'autre part. La cour cantonale a confirmé cette appréciation du tribunal de première instance.
4.3.2. Concernant le chantier de Porrentruy, la cour cantonale a retenu en "se basant sur le même décompte [du 3 novembre 2019], que [le demandeur] a également allégué que les travaux effectués, tels que facturés, devaient lui être payés en précisant que la défenderesse ne s'était pas acquittée [des] demandes d'acomptes". La cour cantonale a ajouté à propos du décompte du 3 novembre 2019 et concernant le chantier de Porrentruy que "pour déterminer quels travaux sont compris dans le montant forfaitaire ou sujets à plus-value, il convient de comparer le devis du 25 septembre 2018, avec le décompte final, ainsi que les factures déjà acquittées, étant rappelé qu'une partie du travail à forfait a déjà été exécutée et facturée. Cet exercice n'est, il est vrai, pas aisé. Il n'en reste pas moins que [le demandeur] a, dans le décompte final, clairement détaillé les prestations qui étaient, selon lui, facturables, qu'elles fussent comprises dans le montant forfaitaire ou sujettes à plus-value".
5.
Force est de constater que dans son mémoire de réponse en première instance, la défenderesse s'est contentée d'une contestation globale dont la teneur - "de manière générale, tous les faits, moyens et conclusions contenus dans le mémoire de demande du demandeur sont contestés par la défenderesse, à moins d'être expressément admis" - ne satisfait pas à son devoir de motiver sa contestation du décompte final. Elle aurait dû se prononcer sur les "plus-values" expressément alléguées, et les montants présentés comme telles dans le décompte du 3 novembre 2019, ce qu'elle n'a pas fait. En effet, pour toute défense, elle s'est limitée à faire valoir en compensation la présence de défauts; la défenderesse n'a ainsi jamais critiqué les postes du décompte final. Quant à sa prétention en garantie contre les défauts, elle a été rejetée en première instance. Ce n'est alors qu'en deuxième instance qu'elle a indiqué contester les montants des plus-values et les travaux s'y rapportant.
5.1. Concernant le chantier de Grandfontaine, c'est donc à juste titre que la cour cantonale a considéré que le tribunal était saisi de la question des plus-values facturées à la défenderesse. Contrairement à ce que soutient la recourante, le demandeur avait suffisamment allégué et prouvé avoir réalisé des travaux à plus-value commandés par elle, et la défenderesse n'a pas contesté ce fait.
5.2. Concernant le chantier de Porrentruy, au contraire, la cour cantonale reconnaît elle-même que les "plus-values" ne sont pas alléguées par le demandeur et que, pour les déduire, il faut soustraire du décompte final des deux chantiers, le montant du devis relatif à ce chantier, en plus des postes ayant trait au chantier de Grandfontaine. Dans les allégués du demandeur qu'elle a reproduits, aucune "plus-value" ni commande supplémentaire n'est mentionnée. Dans la mesure où pour ce chantier le demandeur ne les avait pas alléguées dans sa demande, il aurait fallu que la pièce déposée, soit le décompte du 3 novembre 2019, contienne toutes les informations nécessaires de manière claire et complète, au point que l'exigence de sa reprise en détail dans les allégués de la demande n'aurait pas eu de sens, ce qui n'est pas le cas en l'espèce contrairement à ce que soutient l'intimé dans sa réponse au présent recours. Il ne suffit pas que la pièce produite contienne les informations, mais leur accès doit être aisé et aucune marge d'interprétation ne doit subsister. Ce n'est pas le cas lorsque, comme en l'espèce, la cour cantonale doit elle-même comparer le montant final du décompte avec une autre pièce du dossier, soit le devis initial, pour en déduire que des plus-values ont été réalisées. La cour cantonale ne pouvait pas attendre de la défenderesse qu'elle conteste des plus-values qui n'étaient pas alléguées, et qui ne ressortent pas explicitement du décompte.
La défenderesse a contesté à juste titre devant la cour cantonale pour la première fois ces prétendues "plus-values" concernant le chantier de Porrentruy. Quant à la cour cantonale, elle a effectivement violé l'art. 221 al. 1 let. d CPC en indiquant être en mesure de pouvoir retenir la commande et la réalisation de travaux supplémentaires "à plus-value", ainsi que le fait que la recourante doive en payer le prix à l'intimée sur le chantier de Porrentruy, alors qu'aucun de ces éléments n'a été allégué et qu'ils ne ressortent pas de manière claire, complète et sans marge d'interprétation possible, du décompte du 3 novembre 2019. En outre, la commande et la réalisation de ces travaux ne peuvent pas découler de la seule différence entre le montant unilatéralement facturé par le demandeur et son devis initial.
5.3. En résumé, le demandeur a valablement allégué avoir réalisé des travaux à plus-value acceptés par la défenderesse sur le chantier de Grandfontaine pour un montant de 8'680 fr., ce que la défenderesse n'a pas contesté, de sorte qu'elle s'en est plainte tardivement pour la première fois en appel (art. 317 al. 1 let. a CPC). La cour cantonale a retenu ces prétentions et écarté la contestation tardive de la défenderesse à juste titre.
En ce qui concerne les travaux à plus-value du chantier de Porrentruy, le demandeur n'ayant pas allégué que ceux-ci avaient été commandés par la défenderesse, qu'ils ont été réalisés et que leur paiement incombe à la défenderesse, la cour cantonale a violé l'art. 221 al. 1 let. d CPC. La prémisse sur laquelle elle fonde son analyse de cette contestation au stade de l'appel en vertu de l'art. 317 al. 1 CPC est ainsi erronée, tout comme le résultat auquel elle parvient.
En conclusion, le grief de la recourante doit être partiellement admis en ce qui concerne le chantier de Porrentruy et rejeté pour le surplus.
6.
En ce qui concerne les offres de preuves, la recourante soutient que le demandeur n'a pas offert, comme moyens de preuve des travaux à plus-value du chantier de Porrentruy et du chantier de Grandfontaine, les pièces n° 22, 23 et 24 de la demande. Selon elle, puisque ces pièces n'ont pas été offertes par le demandeur à l'appui de son allégué "article premier" (qui concerne Grandfontaine), respectivement, "article 3" (qui concerne Porrentruy), mais à l'appui d'un autre allégué subséquent, le tribunal ne pourrait pas en tenir compte.
Or, la recourante n'indique pas dans son recours en matière civile qu'elle aurait invoqué ce grief dans son appel, ni où elle l'aurait fait, ni non plus que la cour cantonale ne l'aurait pas traité. Il ne ressort pas non plus des considérants de l'arrêt attaqué que la recourante lui aurait soumis ce grief. Il s'ensuit que son grief est irrecevable (ATF 143 III 291 consid. 1.1; cf. consid. 2.3 ci-dessus).
7.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis, et l'arrêt attaqué annulé. La Cour de céans n'étant pas en mesure de déterminer, sur la base de l'arrêt attaqué, quels montants de plus-values correspondent à quel chantier, la cause sera renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La contestation des "plus-values" du chantier de Porrentruy n'étant pas tardive et celles-ci n'étant pas dues par la défenderesse, faute d'allégation par le demandeur, il appartiendra à la cour cantonale d'effectuer un nouveau calcul du montant dû par la défenderesse et une nouvelle répartition des frais et dépens des deux instances cantonales. Pour le surplus le recours doit être rejeté.
Dès lors que les griefs de la recourante ne sont que partiellement admis, il se justifie de répartir les frais judiciaires par moitié entre les parties et de compenser les dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis par moitié à la charge des parties.
3.
Les dépens sont compensés.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 13 février 2024
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Jametti
Le Greffier : Botteron