A.________/Administration cantonale des impôts | Vente par une commune d'un immeuble à une société, à charge pour elle d'y réaliser la construction d’un EMS, de logements protégés, de commerces et d’un parking souterrain. Fractionnement ultérieur de cet immeuble et vente d'un des deux biens-fonds à une autre société, ci-devant recourante, lui permettant de construire des logements sur le marché libre, vente conditionnée au paiement d’une indemnité en faveur de la commune. Cette indemnité doit être considérée comme une prestation accessoire et entre dans l'assiette du prix de vente permettant de déterminer le droit de mutation dû par la recourante. Il ressort de la convention préalablement passée entre la commune et la société recourante que cette indemnité correspondait à une mise à niveau du prix de l'immeuble aliéné avec la valeur du marché; en outre, faute d'accord avec la commune, la recourante aurait dû déposer une nouvelle demande d'autorisation de construire et s'exposer au risque que la commune la refuse. Le lien entre l'indemnité et l'acquisition est par conséquent établi. Rejet du recours et confirmation de la décision attaquée.
Texte intégral
TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 7 mars 2024
Composition
M. Raphaël Gani, président; M. Guillaume Vianin, juge; M. Nicolas Perrigault, assesseur; M. Patrick Gigante, greffier
Recourante
A.________ à ******** représentée par DYN Tax SA, à Lausanne.
Autorité intimée
Administration cantonale des impôts, à Lausanne.
Objet
Droits de mutation
Recours A.________ c/ décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 10 juillet 2023 (droit de mutation)
Vu les faits suivants:
A. La Commune de ******** était propriétaire de la parcelle n°******** de son chapitre cadastral, dont la surface était de 13'200 m2. Le 22 décembre 2015, elle a vendu cet immeuble à la société B.________, à ********, pour un prix de 5'300'000 fr., afin que cette dernière puisse y réaliser la construction d’un établissement médico-social, de 68 logements protégés, de deux commerces et d’un parking souterrain. Une autorisation de construire a été délivrée à cette société le 23 mai 2016 portant sur la construction d'un établissement médico-social (EMS) et de 68 logements, de 2 commerces, d'un parking souterrain de 106 places et de 24 places en extérieur. Ce permis a été prolongé jusqu'au 23 mai 2019.
B. B.________ a modifié ultérieurement son projet. Par acte notarié instrumenté par Me C.________, notaire à ********, le 7 juin 2018, elle a promis-vendu à la société A.________, alors en formation, une surface de 7'924 m2, à détacher de la parcelle n°********, correspondant à la partie Est de celle-ci, pour un prix de 5'266'555 fr.62. Par décision du 7 septembre 2018, la Commission foncière II a autorisé B.________ à vendre cette surface au prix convenu, sans condition, ni charge. Le 1er novembre 2018, la Commune de ******** a recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal contre cette dernière décision (cause n° FO.2018.0013). Ce recours a été assorti de l’effet suspensif.
Le 10 décembre 2018, la Commune de ********, A.________ et B.________ ont passé un acte intitulé "Convention pour solde de tout compte et de toute prétention", dont on cite les extraits suivants:
"A. Préambule
[…]
Pour différentes raisons, notamment juridiques, B.________ a décidé de ne pas construire elle-même les appartements, les commerces et le parking souterrain. Elle s'est engagée par acte authentique à céder à la société A.________ tous les droits y relatifs, cette société devant commercialiser la partie non EMS par la vente de lots de PPE. B.________ estime que A.________ est en droit de le faire.
La Commune considère qu'elle n'aurait pas vendu le terrain, ou n'aurait pas vendu au prix stipulé dans l'acte, si cette promotion immobilière avec revente libre avait été connue. Elle rappelle par ailleurs qu'elle a admis le PPA ******** avec une augmentation d'indice d'utilisation du sol de 0,67 à 1 pour la résidence avec des logements protégés pour personnes âgées que B.________ et A.________ remplacent par des appartements en PPE en vente libre. La Commune de ******** entend obtenir un juste dédommagement en raison de ce changement de projet.
[…]
B. Obligations des parties
1. B.________ construira l'EMS avec mise en exploitation au plus tard à fin février 2022 et A.________ réalisera les 68 appartements, les commerces ainsi que le parking souterrain conformément au permis de construire du 23 mai 2016, sous réserve des modifications du projet envisagées aux chiffres 3 et 4 ci-dessous.
La parcelle n° ******** fera l'objet d'un fractionnement (division de parcelle) afin de détacher 7924 m2 qui seront acquis par A.________ pour la promotion. Le parking souterrain sera à cheval sur les deux parcelles et réglé par des servitudes.
2. Pour garantir la bonne exécution de l'EMS, une charge foncière de 2 mios CHF sera inscrite sur la parcelle ******** issue du fractionnement où doit se construire l'EMS, postposée par rapport aux garanties du crédit de construction, selon projet ci-annexé. Un droit de préemption qualifié sera aussi concédé à la Commune de ******** sur la parcelle ******** issue du fractionnement où doit se construire l'EMS selon projet ci-annexé si B.________ devait contre toute attente commercialiser son terrain au lieu de construire l'EMS.
3. A.________ versera à la Commune qui accepte un montant de CHF 4'750'000.— (quatre millions sept cent cinquante mille francs suisses) au titre de la modification du projet de résidence avec des logements protégés pour personnes âgées en bâtiments résidentiels sans limitation d'occupation et afin de bénéficier d'une commercialisation entièrement libre dans le cadre du permis octroyé, dont 1'000'000.— inclus dans le montant susmentionné pour la possibilité de constituer des studios par transformation du local commun de chaque immeuble.
4. En contrepartie, puisque le montant payé correspond à une mise à niveau avec la valeur du marché, la Commune déclare lever toute restriction éventuelle quant au mode de commercialisation et au type de construction dans le respect du permis octroyé. Pour la bonne forme, elle reconnaît que le seul document contraignant en sus du présent document est le permis de construire du 23 mai 2016 dont elle confirme la validité jusqu'au 23 mai 2019 et s'engage à ne pas le remettre en question.
La Commune confirme sans réserve que le projet sous forme de logements en vente libre est conforme au plan de quartier en vigueur et au permis de construire délivré en 2016 sans devoir requérir d'autorisation complémentaire; les modifications de permis mentionnées ci-dessous sont réservées.
Les parties admettent ainsi que A.________ sera libre de vendre en PPE tout ou partie des appartements, des places de parking et des commerces à quelque propriétaire ou utilisateur que ce soit (vente entièrement libre) ; A.________ aura le libre choix de l'utilisateur de chaque appartement qu'il s'agisse d'un propriétaire ou d'un locataire, sans obligation de logement protégé, mais en respectant la norme SIA 500. A ce titre également, la Commune donne son accord de principe à ce que dans chaque immeuble le local commun soit affecté en studio avec dispense d'enquête publique.
A.________ payera le montant de CHF 4'750'000.- de la manière suivante:
- CHF 4'750'000.- sera versé sur le compte consignation de la notaire afin de mettre en œuvre le transfert contre retrait du recours étant entendu que la Commune ne retirera pas le recours sans l'évidence des fonds sur le compte de la notaire ; le tout selon le processus expliqué ci-après.
1°La Commune est informée que B.________ et A.________ ont signé un acte de vente à terme portant sur le transfert de la nouvelle parcelle de 7924 m2 issue du fractionnement. Copie blanche de l'acte est remis en annexe.
2° Conformément aux clauses de l'acte, à réception du paiement de CHF 4'750'000.- sur le compte consignation de la notaire, cette dernière adressera une confirmation écrite à la Commune selon laquelle elle a bien reçu le montant de CHF 4'750'000.- et s'engage sous sa responsabilité notariale à ne libérer dit montant qu'en faveur de la Commune immédiatement dès le transfert de propriété sans exception ou compensation possibles.
3° A réception de dite confirmation, mais au plus tard sous 2 jours ouvrables, la Commune retirera le recours déposé devant la CDAP (cf. infra pt 4) et en adressera copie à la notaire le même jour.
5° Simultanément au transfert de propriété, la notaire versera, sans aucune retenue possible, le montant de CHF 4'750'000.- à la Commune.
Le montant de CHF 4'750'000.- est global et forfaitaire. Les taxes et droits ordinaires notamment de mutation liés au fractionnement et à la vente du terrain de 7924 m2 à détacher de la parcelle n° ********, ainsi que celles administratives liées aux permis de construire et aux projets de construction sont réservés.
Dès lors, la Commune s'engage à :
- statuer rapidement sur les modifications, - auxquelles elle est favorable sur le principe -, des permis de construire qui lui seront soumises portant notamment sur la réduction d'un étage de l'EMS, la réduction ou le redimensionnement du parking en sous-sol, dans la mesure évidemment où les modifications envisagées sont conformes à la législation applicable, aux normes VSS et au règlement du plan de quartier ;
- autoriser, dès le dépôt de la demande, le fractionnement de la parcelle ******** en deux parcelles distinctes (division de parcelles) selon plan de fractionnement annexé avec un parking souterrain à cheval sur les deux parcelles, moyennant garanties réelles (servitudes) d'utilisation et d'accessibilité par les utilisateurs et occupants des logements et de l'EMS;
- admettre la cession du permis de construire du 23 mai 2016 à A.________ de la partie du projet portant sur les appartements, les commerces et tout ou partie du parking souterrain;
- participer activement à la constitution des servitudes de passages envers la Commune selon le permis de construire ;
- diffuser le communiqué public annexé dans les 48 heures dès la signature de cette convention ;
- suspendre immédiatement/donner immédiatement son accord à une suspension de procédure dès la signature de la présente s'agissant du recours déposé au Tribunal cantonal (CDAP) à l'encontre de la décision rendue le 7 septembre 2018 par la Commission Foncière, puis à retirer dit recours immédiatement mais au plus tard sous 2 jours ouvrables dès réception de l'engagement de la notaire tel que décrit ci-devant, chaque partie gardant ses frais et dépens.
[…]"
C. Une vente à terme conditionnelle cessible de ce bien-fonds a été passée entre les sociétés B.________ et A.________, par acte notarié C.________ du 10 décembre 2018, pour un prix de 5'266'555 fr.62. L’exécution de cette vente à terme a été conditionnée, notamment, au fractionnement de la parcelle n******** en deux biens-fonds distincts, au paiement par la société A.________ d’une indemnité de 4'750'000 fr. à la commune de ******** et au retrait par cette dernière du recours dans la cause n°FO.2018.0013. Il est mentionné dans cet acte que ce paiement constituait "(…) une prestation accessoire du prix sujette à droit de mutation et à imposition sur les gains immobiliers, ce dont les parties ont connaissance à l’entière décharge du notaire soussigné".
Le 15 janvier 2019, la parcelle n°******** a été divisée en deux biens-fonds: la nouvelle parcelle n°********, d’une surface de 7'924 m2, et la parcelle n°********, d’une surface de 4'639 m2, propriété de la société B.________.
Par acte de transfert immobilier C.________ du 4 février 2019, la propriété des immeubles feuillets ********-1 à ********-74 et ********-75-1 à ********-75-93 a été transférée à A.________ pour le prix de 5'266'555 fr.62. Aux termes de cet acte, il a été rappelé que le paiement d’une indemnité de 4’750'000 fr. à la Commune de ******** constituait "(…) une prestation accessoire du prix [qui] pourrait à être sujette à droit de mutation et à imposition sur les gains immobiliers, ce dont les parties ont connaissance à l’entière décharge du notaire soussigné".
La société A.________ a versé, comme convenu dans la convention du 10 décembre 2018, sur le compte de consignation de Me C.________ la somme de 4'750'000 fr. en faveur de la Commune de ********. Après avoir reçu la somme en question de la part de Me C.________, la commune a retiré le recours dirigé contre la décision de la Commission foncière II du 7 septembre 2018, dont elle avait saisi la CDAP, ce dont le juge instructeur a pris acte, par décision du 8 mars 2019.
D. Par décision de taxation du 14 mai 2019, la Section LMSD de l’Administration cantonale des impôts (ACI) a arrêté l'assiette imposable du droit de mutation dû par la société A.________ à 10'016'555 fr. (5'266'555 fr. + 4’750'000 fr.), impliquant un impôt cantonal et communal total de 330'546 fr.30 (220'364 fr. 20 + 110'182 fr. 10). Le 12 juin 2019, cette dernière a formé une réclamation contre cette décision. Par proposition de règlement du 18 avril 2022, la Section LMSD de l’ACI a confirmé, dans sa totalité, sa décision de taxation du 14 mai 2019. Maintenue, la réclamation a été transmise au Centre de compétences personnes physiques, autorité de deuxième instance au sein de l'ACI, comme objet de sa compétence.
Le 18 avril 2023, l’ACI a adressé à la société A.________ une proposition de règlement, maintenant la décision de taxation du 14 mai 2019. La réclamation ayant été maintenue, l’ACI a, par décision sur réclamation du 10 juillet 2023, rejeté celle-ci et confirmé la décision de taxation du 14 mai 2019.
E. Par acte du 31 juillet 2023, la société A.________ a saisi la CDAP d’un recours contre cette dernière décision; elle prend les conclusions suivantes:
"I. Le recours est déclaré recevable.
Il. Le recours est admis.
III. La décision sur réclamation rendue le 10 juillet 2023 par l'Administration cantonale des impôts confirmant la décision de taxation du 14 mai 2019, laquelle fixe les droits de mutation dus par la Recourante en lien avec l'acquisition de la parcelle n° ******** de ******** à CHF 330'546.30, est annulée.
IV. Les droits de mutation dus par la Recourante en lien avec l'acquisition de la parcelle n° ******** de ******** sont fixés à CHF 173'796.30, à savoir CHF 115'864.20 pour la part cantonale et CHF 57'932.10 pour la part communale.
V. Une équitable indemnité de partie est allouée à la Recourante, à la charge de l'Administration cantonale des impôts, en remboursement des frais engagés par la Recourante pour la présente procédure."
L’ACI a produit son dossier; dans sa réponse, elle propose le rejet du recours et la confirmation de la décision attaquée.
A.________ s’est déterminée sur cette réponse et a maintenu ses conclusions.
Dans leurs dernières écritures, l’ACI et la recourante ont maintenu leurs conclusions.
Considérant en droit:
1. A teneur de l’art. 53 al. 1 de la loi cantonale du 27 février 1963 concernant le droit de mutation sur les transferts immobiliers et l'impôt sur les successions et donations (LMSD; BLV 648.11), les dispositions de la loi sur les impôts directs cantonaux relatives au droit de recours s'appliquent par analogie au recours contre les décisions sur réclamation (1ère phrase). Pour le surplus, la loi sur la procédure administrative est applicable (2e phr.).
Interjeté en temps utile (cf. art. 95 de la loi cantonale du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36], applicable par renvoi de l'art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LI; BLV 642.11]), le recours satisfait par ailleurs aux autres conditions formelles de recevabilité (cf. en particulier art. 79 al. 1 LPA-VD, applicable par analogie par renvoi de l'art. 99 LPA-VD), de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2. La recourante invoque en premier lieu une violation des règles sur le fardeau de la preuve, estimant qu'il revient à l'autorité fiscale de "prouver que le montant de 4'750'000 fr. qu'a payé la recourante à la commune doit être inclus dans l'assiette des droits de mutations" et que l'autorité intimée échoue à apporter cette preuve. Elle estime au surplus erroné de la part de l'autorité de s'être fondée sur la mention dans l'acte notarié du fait que le versement complémentaire était soumis aux droits de mutation pour procéder à l'imposition litigieuse.
On peut rappeler à cet égard qu'après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité (administrative ou judiciaire) se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. En revanche, si elle reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, l'autorité applique les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre et à défaut de dispositions spéciales, elle s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit (cf. René Rhinow et al., Öffentliches Prozessrecht, 4e éd., 2021, n° 96 ss ; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2e éd., 2018, n° 1563 ; Raphaël Bagnoud, La théorie du carrefour - Le juge administratif à la croisée des chemins, in : OREF [édit.], Au carrefour des contributions, 2020, p. 505 s.).
En l'espèce, tel qu'il est formulé, le grief de violation des règles sur le fardeau de la preuve est en réalité un grief matériel dirigé contre le principe de l'imposition au titre de la prestation complémentaire. La recourante s'en prend à l'application de la règle de droit, en particulier comme on le verra à l'art. 6 al. 3 LMSD et à la qualification juridique de l'indemnité versée, et pas à la manière avec laquelle l'état de fait a été établi par l'autorité intimée. Il ne s'agit donc pas d'une violation des règles sur le fardeau de la preuve et les griefs matériels seront traités ci-après.
3. Sur le plan matériel, le litige a trait à la détermination de l’assiette du droit de mutation dû dans le cas d’espèce à la suite de l’acte notarié du 10 décembre 2018. Les parties divergent sur le point de savoir s’il importe d’y inclure ou non l’indemnité de 4'750'000 fr. dont la recourante s’est acquittée en faveur de la Commune de ********.
4. a) Les droits de mutation sont des impôts perçus par les cantons sur les transferts de propriété immobilière. Il s'agit d'impôts indirects qui relèvent, en principe, exclusivement du droit cantonal et ne sont pas soumis au régime d'harmonisation fiscale prévu à l'art. 129 Cst. (ATF 138 II 557 consid. 4.1; 127 II 1 consid. 2b/aa; arrêts TF 2C_730/2019 du 10 janvier 2020 consid. 3.1; 2C_643/2017 du 15 janvier 2019 consid. 2.1).
Cet impôt a pour objet le transfert d’immeubles ou de part d’immeubles en tant que tel; de manière générale, il est calculé sur la base du prix d'acquisition. Il est par conséquent qualifié d'impôt indirect. Il s'agit d'un impôt à caractère formel qui relève exclusivement du droit cantonal (ATF 148 III 121 consid. 6.1; 138 II 557 consid. 4.1; 131 I 394 consid. 3.4; arrêts TF 2C_730/2019 du 10 janvier 2020 consid. 3.1; 2C_469/2017 du 1er décembre 2017 consid. 2.1 et les références). On rappelle que l'impôt sur les mutations est un impôt frappant les transactions juridiques immobilières, c'est-à-dire le transfert de droits sur un immeuble d'un sujet de droit à un autre et non l'effet économique qui en résulte, ce qui le distingue notamment de l'impôt sur les gains immobiliers (cf. Olivier Thomas, Les droits de mutation, étude des législations cantonales, thèse Lausanne 1991, p. 29; Felix Richner, Der Grundstückkauf, Berne 2017, p. 500; August Reimann/Ferdinand Zuppinger/Erwin Schärrer, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, Berne 1966, ad. art. 19 à 32, note préliminaire no 43, ad. art. 178, note 1; CDAP FI.2017.0004 du 8 août 2017 consid. 1). A la différence de l'impôt sur les gains immobiliers, il n'est pas nécessaire pour percevoir les droits de mutation qu'un gain soit réalisé (ATF 148 II 121 consid. 6.1, réf. citée).
b) On rappellera ici la teneur de l’art. 2 LMSD :
«1Le droit de mutation est perçu en cas de transfert entre vifs à titre onéreux de la propriété d'un immeuble ou d'une part d'immeuble situé dans le canton. (…) 3 Le droit de mutation est perçu en outre sur les actes suivants, lorsqu'ils interviennent à titre onéreux: a. en cas de constitution, de transfert ou d'extinction d'un droit réel restreint (droit de superficie, servitude, usufruit, droit d'habitation, charge foncière, droit à une source, etc.), à l'exception du gage immobilier; (…). »
Tant la CDAP que le Tribunal administratif ont précisé à réitérées reprises qu'il s'agissait d'un impôt formel frappant toute opération conclue qui réunit les deux conditions précitées, à savoir le transfert entre vifs à titre onéreux, d’une part, de la propriété d'un immeuble ou d'une part d'immeuble, d’autre part. L'assiette du droit de mutation est la contrepartie du transfert (cf. arrêts CDAP FI.2021.0026 du 11 octobre 2021 consid. 3a; FI.2011.0026 du 27 avril 2012 consid. 2a; FI.2009.0055 du 1er décembre 2009 consid. 2a; FI.2008.0103 du 14 avril 2009 consid. 4a). L'objet du droit de mutation consiste à imposer avant tout le transfert au sens juridique (art. 2 al. 1 LMSD), certaines opérations économiques énumérées de façon exhaustive à l'art. 2 al. 2 LMSD étant réservées.
Tant le Tribunal fédéral que le Tribunal de céans ont toutefois également retenu, en se basant sur les travaux préparatoires de la LMSD (cf. Bulletin du Grand Conseil [BGC], automne 1962/printemps 1963, pp. 1032 ss, notamment pp. 1035 s., et le rapport de la commission du Grand Conseil, pp. 1119 ss, spéc. p. 1121), que le texte légal ne reflétait pas exactement la volonté du législateur et que le but de la loi était de frapper le transfert économique comme tel (arrêt TF 2P.31/1999 du 20 avril 1999 consid. 5a/bb, publié in: RDAF 1999 II 527 ss; 2C_713/2010 du 11 février 2011 consid. 2; CDAP FI.2017.0004 du 8 août 2017 consid. 1b; cf. ég. pour les différences selon les cantons: Stefan Oesterhelt, Handänderungssteuern und Grundbuchgebühren bei Umstrukturierungen, Revue fiscale 2006, ch. 2.1.1 pp. 759 s.).
c) Le droit de mutation est en principe prélevé sur le prix d'acquisition de l'immeuble. Son assiette constitue la contrepartie du transfert au sens juridique. L'art. 6 LMSD précise, à ses alinéas 1er à 5:
«1Le droit de mutation se calcule sur la valeur de l'immeuble y compris les accessoires (art. 644 CCS), ou sur celle du droit constitué, transféré ou éteint. 2 Les parties ont l'obligation d'indiquer dans l'acte le prix réellement convenu; celui-ci est présumé représenter la valeur de l'immeuble ou du droit.
2bis La création, le transfert ou l'extinction d'un droit de superficie est soumis au droit de mutation sur toutes les prestations convenues ; la redevance périodique capitalisée n'est cependant imposée que lors de la constitution du droit. 3 Les prestations accessoires mises à la charge de l'acquéreur s'ajoutent au prix d'achat, sauf si elles ont déjà donné lieu à la perception d'un droit de mutation. 4 Au cas où un immeuble est vendu en même temps que le commerce ou l'industrie qui y est exploité, le contrat de vente doit porter à la fois sur l'immeuble, le mobilier de l'entreprise et les valeurs immatérielles de celle-ci. L'ensemble de ces éléments est soumis au droit sans déduction. 5 Si la valeur de l'immeuble ou du droit n'est pas déterminée, ou si le prix convenu paraît inférieur à la valeur réelle, l'autorité de taxation l'apprécie sur la base des données qu'elle peut réunir. (…)»
En règle générale, le prix convenu est présumé correspondre à la valeur réelle de l'immeuble au jour du transfert générant l'imposition. Selon la doctrine, la valeur réelle ou valeur vénale est réputée celle que tout un chacun peut obtenir au cours d'une transaction portant sur l'aliénation d'un élément de l'actif se déroulant selon le cours normal des affaires (v. Emanuel Grüninger/Walter Studer, Kommentar zum Basler Steuergesetz, Bâle 1970, p. 385). Cette valeur doit être déterminée sur la base d'éléments objectifs, les conditions inhabituelles ou personnelles, soit tous les éléments subjectifs, ne pouvant être pris en considération (v. Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Lausanne 1998, p. 505; Manuel suisse de l’estimateur (publié par l'Union suisse des experts cantonaux en matière d'évaluation des immeubles [USECE] et la Chambre suisse des experts/Association suisse de l’économie immobilière [CSE/SVIT], 5e éd. 2019, ch. 3.2.2.1). Dans ce contexte, n'entreront en particulier en compte ni le prix d'amateur (Liebhaberpreis), ni celui obtenu lors d'une vente urgente ou spéculative (cf. Reimann/Zuppinger/Schärrer, ad 165 ZHStG, nos 60 et ss), ni celui résultant d'une procédure d'assainissement (v. arrêt FI.1998.0034 du 3 mai 2000). Cette valeur se confond avec la valeur du marché, prise en considération par la pratique lorsque le prix convenu entre les parties ne correspond en rien à la valeur vénale de l'immeuble transféré (Verkehrswert; v. sur ce point pour la doctrine, Reimann/Zuppinger/Schärrer, ibid., références citées; Grüninger/Studer, ibid.; v. également la jurisprudence du Tribunal fédéral, publiée in StE 1998 A 23.1 n° 1, cons. 6a; ATF 107 III 40, cons. 3). Ainsi, lorsqu'il correspond à la valeur du marché, le prix convenu entre les parties détermine toujours l'assiette du droit (art. 6 al. 2 LMSD, 2e phr.; v. également les travaux préparatoires de la loi, in Bulletin du Grand Conseil [BGC] printemps 1963, p. 1032 et ss, not. 1040).
Dans de nombreux cas toutefois, les parties à l'acte peuvent, dans certaines circonstances, s'être mises d'accord sur un prix qui, précisément, n'aurait pas été obtenu dans les conditions ordinaires d'une transaction immobilière; dans une situation de ce genre, il n'est pas rare que le prix finalement obtenu par l'acheteur s'écarte plus ou moins sensiblement de la valeur réelle de l'objet (v. Reimann/Zuppinger/Schärrer, op. cit., ad art. 165 ZHStG, n° 60). Il peut alors s'agir d'un indice selon lequel le prix convenu n'est pas la résultante d'un marché libre. Tel sera notamment le cas lorsque les relations personnelles ou d'affaires que les parties entretiennent ont influencé à la baisse la fixation du prix ou lorsque celles-ci sont convenues d'autres contre-prestations, non expressément indiquées dans leur transaction (v. sur cette question, arrêt FI.2004.0034 du 5 avril 2005, confirmé par ATF du 10 janvier 2006).
d) L’art. 6 al. 3 LMSD inclut dans l’assiette de l’impôt les prestations accessoires mises à la charge de l'acquéreur, lesquelles s'ajoutent au prix d'achat. Par prestations accessoires, on entend en règle générale toutes les prestations en relation causale avec le transfert, mais qui ne sont pas incluses dans le prix de vente tout en constituant une contrepartie dudit transfert. La doctrine en cite plusieurs exemples parmi lesquels on retiendra surtout le préjudice résultant du transfert de propriété, ainsi l'indemnité versée par l'acheteur à un tiers locataire pour obtenir son départ, ou la reprise d'une dette du précédent propriétaire (cf., pour la casuistique, Thomas, op. cit., pp. 218-219; Reimann/Zuppinger/ Schärrer, op. cit., ad art. 165 ZHStG, notes 2 à 13; le droit zurichois diffère cependant du droit vaudois sur des points importants, de sorte que les exemples donnés par ces derniers auteurs ne sont pas nécessairement transposables dans le cadre de la LMSD). Ces contreprestations font partie de l'assiette du droit.
Sont en revanche exclues de l’assiette du droit de mutation les prestations dont la cause diffère de celle du transfert immobilier et qui relèvent d'un autre rapport contractuel, juxtaposé audit transfert, de telle sorte que l'on est confronté à un contrat composé (arrêts FI.2007.0156 du 30 mai 2008; FI.2006.0012 du 29 septembre 2006); on songe ici à la rémunération d'un contrat d'entreprise conclu dans le cadre d'une vente immobilière (arrêt FI.1995.0075, déjà cité) ou à une clause contractuelle par laquelle l’acheteur prend possession de l’immeuble de manière anticipée, moyennant le versement d’une indemnité correspondant à l’occupation anticipée (arrêt FI.1996.0123 du 4 avril 1997). Il en va de même de l'émolument acquitté à une commune pour l'obtention du permis de construire, qui ne fait pas partie du champ d’application de l'art. 6 al. 3 LMSD (arrêt FI.2017.0082 du 6 décembre 2017). Le coût des études financières effectuées par le vendeur de l’immeuble en vue de permettre sa mise en valeur ultérieure constitue en revanche une prestation accessoire au sens de l'art. 6 al. 3 LMSD lorsque le remboursement de celles-ci est exigé de l'acquéreur en plus du prix d'achat (arrêt FI.1998.0087 du 20 avril 1999). Il en va de même des rentes liées à un droit de superficie (arrêt FI.2006.0012 déjà cité) et de la charge foncière attachée à l’immeuble, qui lui sert de garantie (arrêt FI.2007.0156 déjà cité).
En outre, sont exclues de l’assiette du droit selon l’art. 6 al. 3 LMSD les prestations accessoires dont l’autorité fiscale n’a pas à tenir compte parce qu’elles ont déjà donné lieu à la perception d’un droit de mutation (arrêts FI.2006.0012 déjà cité; FI.2003.0039 et FI.1996.0101 du 18 février 2004).
5. a) Dans le cas d’espèce, la recourante a fait l’acquisition d’un immeuble sur la commune de ******** pour un montant de 5'266'555 fr.62; il n’est pas contesté que ce montant représente le prix d’acquisition au sens de l’art. 6 al. 1 LMSD. En revanche, les parties sont en désaccord sur le fait de savoir s’il y a lieu, en sus de ce montant, d’inclure dans l’assiette du droit le montant de 4'750'000 fr. dont la recourante s’est acquittée en faveur de cette même commune.
Pour l’autorité intimée, ce montant constituerait une prestation accessoire de l’acte de vente, mise à la charge de la recourante, qui entre dans le calcul du droit, vu l’art. 6 al. 3 LMSD. Cette dernière fait valoir au contraire que cette indemnité n’était pas directement liée à l'acquisition de l’immeuble mais concernerait un autre rapport contractuel, juxtaposé mais postérieur au transfert de propriété de la parcelle, à savoir la réalisation et la commercialisation du projet de construction prévu sur la parcelle en question; dès lors, elle n’entrerait pas dans l’assiette de l’impôt.
b) Le versement par la recourante à la commune de ******** d’une indemnité de 4'750'000 fr. trouve son fondement dans la convention du 10 décembre 2018. Le préambule de cette convention permet de comprendre que la vente, le 22 décembre 2015, à la société B.________ par la commune de la parcelle n°******** s’est faite au montant de 5'300'000 fr., afin que cette dernière puisse y réaliser un projet présentant pour elle un certain intérêt public, à savoir la construction, notamment, d’un EMS et de 68 logements protégés. Pour cette raison, le PPA ******** a été modifié, en ce sens que l’indice d'utilisation du sol a été augmenté de 0,67 à 1, afin de pouvoir bâtir sur cet immeuble une résidence avec des logements protégés pour personnes âgées. Du reste, cette vente a été suivie par la délivrance par la municipalité à B.________, le 23 mai 2016, d’un permis de construire, permis dont on a vu qu’il avait été prolongé jusqu'au 23 mai 2019. On comprend aussi de la convention que le prix de vente convenu entre la commune et la société B.________ avait été fixé en tenant compte d'une (relativement) faible rentabilité du projet immobilier que devait réaliser cette dernière (EMS et logements protégés). Ce prix lors du transfert initial tenait compte de l'intérêt de la commune à disposer de ces installations sur son sol et ne reflétait déjà pour ces motifs probablement pas une stricte valeur du marché immobilier local.
Or, la société B.________ a renoncé par la suite à réaliser la partie du projet ayant trait aux appartements protégés, ainsi qu’aux commerces et au parking souterrain. Afin que la recourante puisse lui succéder dans tous les droits issus du permis de construire, B.________ a promis, le 7 juin 2018, de lui céder la surface correspondant à la nouvelle parcelle n°********, à charge pour la recourante de construire et de commercialiser la partie non EMS du projet, soit notamment les 68 appartements protégés, par la vente de lots de PPE. Le projet a été modifié, puisqu’en lieu et place d’appartements protégés pour personnes âgées, la recourante a requis de pouvoir construire des bâtiments résidentiels sans limitation d'occupation. La recourante elle-même reconnaît que le terme «commercialisation entièrement libre» implique qu’elle est libre de vendre en PPE tout ou partie des appartements, des places de parking et des commerces à quelque propriétaire ou utilisateur que ce soit, sans obligation de créer des logements protégés. Le nouveau projet prévoit en sus la transformation de locaux communs de la PPE en studios qui pourront être vendus séparément.
Au moment de prendre connaissance de cette modification, la commune de ******** a estimé qu'elle n'aurait pas vendu le terrain ou n'aurait pas vendu celui-ci au prix convenu dans l'acte du 22 décembre 2015, si cette promotion immobilière avec revente libre avait été connue dès le départ. C’est en contrepartie de cette modification du projet que la recourante s’est engagée à verser à la commune de ******** une indemnité de 4'750'000 fr., afin de bénéficier d'une commercialisation entièrement libre dans le cadre du permis octroyé (ch. 3 de la convention du 10 décembre 2018). Le permis de construire a du reste été délivré à la recourante en ce sens. Comme l’a relevé l’autorité intimée dans la proposition de règlement du 2 août 2022, c'est bien la convention (ch. 4 cité ci-avant) signée par les parties qui indique que cette indemnité complémentaire de 4'750'000 fr., correspondait ainsi à une "mise à niveau du prix avec la valeur du marché" pour l'immeuble aliéné. A ce stade, l'inclusion dans l'assiette du droit de mutation de ce paiement complémentaire versé par la recourante (acquéreuse) à la commune (venderesse initiale de l'immeuble) conditionnant le retrait du recours de cette dernière contre l'autorisation de la Commission foncière et permettant de réaliser le projet immobilier désiré par celle-là sur l'immeuble vendu apparaît comme exempte de toute critique. On peut se demander si, par substitution de motifs, il ne convenait pas plutôt d’arrêter l'assiette du droit de mutation au regard de l’art. 6 al. 5 LMSD et d’y inclure le montant de 4'750'000 francs, compte tenu de ce qui précède et des rapports entre les trois parties à la convention. La question peut néanmoins demeurer indécise, puisque ce montant peut également être qualifié de prestation accessoire au sens de l’art. 6 al. 3 LMSD.
c) Pour la recourante, le versement d’une indemnité de 4'750'000 fr. n’aurait aucun lien direct avec l’acquisition de l’immeuble. Selon ses explications, elle n'aurait pas été empêchée d'acquérir la parcelle n°******** de ******** si elle n'avait pas payé cette indemnité à la commune, dont elle estime le recours contre la décision de la CFR II du 7 septembre 2018 dénué de chances de succès. Pourtant, la recourante ne craint pas de se contredire lorsqu’elle explique plus haut, dans son recours (Faits, ch. 20 et 21), qu’en raison de l'effet suspensif dont ce recours été assorti, le transfert de la parcelle n°******** avant l'expiration du permis de construire devenait impossible – ce qui est exact –, de telle sorte que B.________ et elle-même n’auraient eu d'autre choix que de négocier un accord avec la commune, sous peine de voir le permis de construire accordé venir à échéance et de devoir recommencer toute la procédure de mise à l'enquête avec des aléas juridiques et financiers importants. Comme elle l'indique elle-même dans son recours (p. 14 ch. 44), faute d'accord, la recourante aurait dû déposer une nouvelle demande et s'exposer au risque que la commune la refuse; il s'agissait, en outre, "d'un risque bien réel sachant que cette dernière se sentait manifestement lésée dans cette affaire".
En réalité, cette dernière explication démontre le lien évident qu’il existait entre la convention passée avec la commune de ******** le 10 décembre 2018, dont est issue l’indemnité de 4'750'000 fr., et l’acquisition par la recourante de l’immeuble en question. Du reste, les parties à l’acte du 10 décembre 2018 ont expressément soumis la vente de l’immeuble à la condition, notamment, du paiement par la recourante de ce montant à la commune de ********. A cela s’ajoute que la notaire ayant instrumenté l’acte de vente à terme du 10 décembre 2018 et l’acte de transfert du 4 février 2019 a expressément attiré l’attention des parties que ce paiement constituait une prestation accessoire du prix, qui pouvait être sujette à droit de mutation.
d) Sans doute, la recourante poursuivait principalement l’objectif de réaliser le projet faisant l’objet du permis de construire modifié. On voit cependant que cette réalisation passait nécessairement par l’acquisition préalable de la parcelle n°********. Or, sans le paiement de cette indemnité, cette acquisition était impossible. Le raisonnement de la recourante à cet égard est spécieux en tant qu'il tente de distinguer entre la vente de l'immeuble et la réalisation/commercialisation du projet de construction. A l'évidence, la réalisation de ce dernier est intrinsèquement liée à la vente du terrain sur lequel il pourra être construit. Si l'on admet que le paiement complémentaire a bien trait à la réalisation du projet de construction au motif de sa rentabilité fortement augmentée par rapport au projet initial, il faut logiquement admettre aussi que ce versement effectué par la recourante à la commune est un complément au prix de vente de l'immeuble. On ne voit pas que la mise à niveau du prix vers une valeur de marché par ce versement complémentaire, comme le décrivent les parties à la convention elles-mêmes, constitue un "autre rapport contractuel" que le contrat de vente de l'immeuble. Contrairement aux frais relatifs à l'obtention du permis de construire (arrêt FI.2017.0082 du 6 décembre 2017, déjà cité), qui reposent sur un autre rapport juridique, de droit public, noué par les acheteurs avec la collectivité publique en contrepartie d'une prestation spéciale que cette dernière leur a fournie, le versement du cas d'espèce repose sur un même rapport juridique. Par conséquent, c’est à juste titre que l’autorité de taxation a inclus l’indemnité de 4'750'000 fr. versée à la commune de ******** dans l’assiette du droit de mutation résultant du transfert à la recourante de la parcelle n°********.
6. Il suit de ce qui précède que le recours ne peut qu’être rejeté et la décision attaquée, confirmée. Le sort du recours commande que son auteur supporte les frais de justice (cf. art. 49 al. 1, 91 et 99 LPA-VD). Pour le même motif, l’allocation de dépens n’entre pas en ligne de compte (cf. art. 55 al. 1, 91 et 99 LPA-VD).
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est rejeté.
II. La décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts, du 10 juillet 2023, est confirmée.
III. Les frais d’arrêt, par 5'500 (cinq mille cinq cents) francs, sont mis à la charge de la société A.________.
IV. Il n’est pas alloué de dépens.
Lausanne, le 7 mars 2024
Le président: Le greffier:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.