A.________/Administration cantonale des impôts, Administration fédérale des contributions | Recours contre la décision de l'ACI rejetant une réévaluation comptable (step-up) des immeubles détenus par une société immobilière ensuite de l'imposition du transfert des actiosn de cette société au titre du gain immobilier auprès de ses actionnaires. La recourante invoque le fait qu'à défaut d'un tel step-up, la plus-value déjà imposée lors de la vente des titres, le sera à nouveau, par le biais de l'impôt sur le bénéfice en cas de revente des immeubles concernés.
Constat selon lequel il n'existe dans le droit positif aucune norme correctrice permettant la prise en compte dans un bilan fiscal d'une société immobilière des plus-values imposées lors de la vente de ses parts (consid. 6).
Constat selon lequel le fait de percevoir un impôt spécial sur les gains immobiliers lorsqu'une société immobilière peut se prévaloir de la réduction pour participation et l'interdiction subséquente de faire valoir une réserve latente imposée n'est pas contraire aux principes de la bonne foi et à l'interdiction du dualisme de méthode. Certes, la jurisprudence du Tribunal fédéral souligne que, dans son essence, l'impôt sur le revenu est substitué par l'impôt sur les gains immobiliers, alors que le système d'imposition vaudois prévoit, dans ce domaine, un niveau d'imposition supplémentaire. Dans ce sens, le système dualiste qui devrait prévoir en principe une imposition au titre de l'impôt sur le bénéfice, subit une déviation. Toutefois, pas de violation des principes constitutionnels précités car ce système est corrigé, par la possibilité pour la société dont les parts ont fait l'objet d'une imposition d'imputer les montants d'impôts payés au titre du gain immobilier sur son excédent de liquidation (art. 75 LI).
Rejet du recours.
Recours rejeté au TF le 15 octobre 2024 (9C_703/2023).
Texte intégral
TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 6 octobre 2023
Composition
M. Raphaël Gani, président; M. Guillaume Vianin, juge; M. Cédric Stucker, assesseur; Mme Magali Fasel, greffière.
Recourante
A.________ à ******** représentée par FIDEXPERT SA Lausanne, à Lausanne,
Autorité intimée
Administration cantonale des impôts, à Lausanne,
Autorité concernée
Administration fédérale des contributions, à Berne.
Objet
Impôt cantonal et communal (sauf soustraction)
Recours A.________ SA c/ décision de l'Administration cantonale des impôts du 23 août 2022 (rejetant les réclamations formées contre les décisions de taxation rendues par l'Office des personnes morales en date du 14 avril 2014 pour l'impôt cantonal et communal et relatives aux périodes fiscales 2010, 2011 2012 et 2013).
Vu les faits suivants:
A. La société A.________ SA (ci-après: la recourante) à Montreux a été inscrite au registre du commerce vaudois en date du ******** 2006 et a pour but social tel qu'il résulte dudit registre: "toutes opérations immobilières, soit l'achat, la vente, le courtage, la promotion et la gestion immobilière (pour but complet cf. statuts)." Elle est propriétaire de diverses parcelles sises dans le canton de Vaud, notamment à ******** (********).
1. Jusqu'au 23 août 2010, l'actionnariat de la recourante était composé à parts égales de deux sociétés anonymes, à savoir B.________ SA à Lausanne et C.________ SA à Montreux. A cette date, B.________ SA a vendu l'entier de ses parts de la recourante (50%) à C.________ SA pour un montant de ******** francs. Cette transaction a fait l'objet d'une décision de taxation du 2 novembre 2012 au titre de l'impôt spécial sur le gain immobilier (vente de parts d'une société immobilière), déterminant l'assiette imposable à hauteur de 5'784'563 fr., la débitrice de l'impôt étant la venderesse des actions, B.________ SA. Cette décision de taxation est entrée en force sans être contestée.
A la suite de cette vente et de l'imposition qui en a résulté dans le chef de B.________ SA, la recourante a fait valoir dès le dépôt de sa déclaration d'impôt 2010, un bilan fiscal dans le cadre duquel elle a procédé à une réévaluation comptable de la valeur déterminante de ses immeubles pour, en substance, refléter l'imposition de la valeur attribuée aux immeubles dans la taxation du 2 novembre 2010 précitée. Pour les quatre périodes fiscales litigieuses en l'espèce, les bilans commerciaux et fiscaux ont été déposés comme suit:
A l'appui de la déclaration d'impôt 2010, la recourante a déclaré les éléments imposables suivants :
- Les comptes statutaires font ressortir un résultat s'élevant à 905'050 fr. et des fonds propres de 1'027'527 fr.;
- Le bilan fiscal fait état d'un résultat net pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) de 522'743 fr., d'un résultat net pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) de 905'050 fr, avec un capital imposable ICC de 6'591'183 francs.
A l'appui de la déclaration d'impôt 2011, la recourante a déclaré les éléments imposables suivants :
- Les comptes statutaires font ressortir un résultat s'élevant à 4'298'684 fr. et des fonds propres de 5'326'211 fr.;
- Le bilan fiscal fait état d'un résultat net ICC de 3'078'099 fr., d'un résultat net IFD de 4'298'684 fr, avec un capital imposable ICC de 9'670'382 francs.
A l'appui de la déclaration d'impôt 2012, la recourante a déclaré les éléments imposables suivants :
- Les comptes statutaires font ressortir un résultat s'élevant à 913'326 fr. et des fonds propres de 6'239'537 fr.;
- Le bilan fiscal fait état d'un résultat net ICC de 309'152 fr., d'un résultat net IFD de 913'326 fr, avec un capital imposable ICC de 9'979'535 francs.
A l'appui de la déclaration d'impôt 2013, la recourante a déclaré les éléments imposables suivants :
- Les comptes statutaires font ressortir un résultat s'élevant à 3'495'823 fr. et des fonds propres de 9'735'360 fr.;
- Le bilan fiscal fait état d'un résultat net ICC de 2'469'866 fr., d'un résultat net IFD de 3'495'823 fr, avec un capital imposable ICC de 12'449'401 francs.
Les divergences entre les bilans selon les comptes statutaires et les bilans fiscaux pour ces quatre périodes fiscales se résument comme suit: B. Par décisions de taxation du 14 avril 2014, l'Office d'impôt des personnes morales a procédé à la taxation de la recourante pour les périodes fiscales 2010, 2011 et 2012 en se fondant, en substance, sur les comptes statutaires et sans prendre en considération les bilans fiscaux des exercices correspondants. L'Office précité a procédé à la taxation comme suit:
- Période fiscale 2010: bénéfice imposable de 905'000 fr. et capital propre imposable de 1'027'000 fr., tant pour l'ICC que pour l'IFD.
- Période fiscale 2011: bénéfice imposable de 4'298'600 fr et capital propre imposable de 5'323'000 fr., tant pour l'ICC que pour l'IFD.
- Période fiscale 2012: bénéfice imposable de 913'300 et capital propre imposable de 6'239'000 fr., tant pour l'ICC que pour l'IFD.
La recourante s'est opposée à ces décisions de taxation par réclamation du 17 avril 2014. Par courrier du 9 octobre 2015, la recourante a retiré sa réclamation en tant qu'elle concernait l'IFD, les éléments qu'elle avait déclarés ayant été admis sans changement lors de la décision de taxation, les réclamations étant en revanche maintenues s'agissant de l'ICC.
Par décision de taxation du 28 août 2015, l'Office d'impôt des personnes morales a arrêté le bénéfice imposable de la recourante pour la période fiscale 2013 à 3'495'800 fr. et le capital propre imposable à 9'735'000 fr., tant pour l'ICC que pour l'IFD. Par réclamation du 31 août 2015, la recourante s'est opposée à cette décision de taxation, retirant cependant par courrier du 9 octobre 2015 la réclamation en tant qu'elle concernait l'IFD.
Après transmission à l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI ou autorité intimée) des réclamations précitées, cette dernière a, en date du 6 septembre 2021, laissé la possibilité à la recourante d'exercer son droit d'être entendue, puis a, par décision sur réclamation du 23 août 2022, rejeté les réclamations et confirmé les décisions de taxation pour les quatre périodes fiscales en cause.
Par recours du 22 septembre 2022, la recourante a déféré cette décision sur réclamation devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, concluant sous suite de frais et dépens à l'annulation des "décisions de taxations rendues par l'Office d'impôt des personnes morales" relatives aux périodes fiscales 2010, 2011 et 2012, et subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité intimée. Par réponse du 20 décembre 2022, cette dernière autorité a, d'une part, estimé que la recourante n'ayant pas conclu à l'annulation de la décision sur réclamation en tant qu'elle portait sur la période fiscale 2013, celle-ci était partiellement entrée en force. Elle a conclu, d'autre part et pour le surplus, au rejet du recours, sous suite de frais. Par réplique du 31 janvier 2023, la recourante a maintenu ses conclusions, tout en précisant qu'il résultait des motifs de son recours qu'elle entendait également contester la décision sur réclamation en tant qu'elle portait sur la période fiscale 2013. L'ACI a encore dupliqué par écriture du 13 février 2023 maintenant que le recours était irrecevable pour ce qui est de la période fiscale 2013 et devait être rejeté pour le surplus.
Les autres faits et arguments pertinents des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
Considérant en droit:
2. Aux termes de l'art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; BLV 642.11), le recours au Tribunal cantonal s'exerce conformément à la loi sur la procédure administrative. Interjeté en temps utile, le recours satisfait par ailleurs aux autres conditions formelles de recevabilité (cf. en particulier art. 79 al. 1 de la loi cantonale du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36], applicable par analogie par renvoi de l'art. 99 LPA-VD), de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond, sous réserve de ce qui suit.
La recourante a conclu principalement à l’annulation de la décision de l'Office d'impôt des personnes morales. Or, une telle conclusion est irrecevable dès lors que, en raison de l'effet dévolutif de la réclamation (concernant l'effet dévolutif du recours, voir ATF 146 II 335 consid. 1.1.2), seule la décision sur réclamation du 22 août 2022 peut faire l'objet d'un recours au Tribunal cantonal. Toutefois, la motivation du recours et la conclusion subsidiaire prise par la recourante permettent aisément de comprendre que cette dernière conteste la décision sur réclamation. Pour éviter tout formalisme excessif, il y a ainsi lieu d’entrer en matière sur son recours.
On relèvera également que la conclusion principale de la recourante se réfère "aux périodes fiscales 2010, 2011 et 2012". Or, la décision attaquée porte sur les périodes fiscales 2010 à 2013 et ce n'est que dans la cadre de sa réplique que la recourante a "confirmé" que son recours portait également sur la période fiscale 2013. L'autorité intimée estime que le recours serait donc irrecevable pour cette dernière période fiscale pour laquelle la décision sur réclamation serait entrée (partiellement) en force. D'un côté, on peut comprendre que la décision attaquée ne comportait qu'une problématique unique, qui sera traitée ci-après, et que compte tenu de la position claire de la recourante dans les motifs de son recours, il ne faisait aucun sens pour elle de ne pas contester également la période fiscale 2013. D'un autre côté, la recourante, représentée par un mandataire professionnel, a pris le soin de préciser dans ses conclusions qu'elle contestait spécifiquement certaines périodes fiscales et non pas globalement la décision sur réclamation. A contrario, on pourrait ainsi admettre qu'elle a renoncé à attaquer la période fiscale 2013. L'autorité intimée cite par ailleurs plusieurs arrêts du Tribunal fédéral dans le domaine du droit civil, lequel est cependant régi par d'autres principes. Dans la procédure administrative, il convient en principe, en matière de droit public, de ne pas se montrer trop formaliste du moment où l'on comprend ce que veut obtenir le recourant (ATF 133 II 409 consid. 1.4; arrêt TF 2C_306/2012 du 18 juillet 2012 consid. 1.4). Dans la mesure où il résulte clairement des motifs du recours que la recourante contestait pour toutes les périodes fiscales le traitement que lui réservait la décision attaquée, que la période fiscale 2013 était clairement la période présentant la matérialité la plus importante, cela tend à indiquer que la décision a été contestée dans son entier, à savoir pour les périodes fiscales 2010 à 2013. Dans ce sens, la problématique diverge de l'arrêt de la Cour de céans (arrêt FI.2021.0093 du 1er septembre 2022), cité également par l'autorité intimée, dans lequel une réclamation n'était dirigée initialement que contre la décision de taxation de la période fiscale 2012, le mandataire des contribuables n'ayant pas remarqué que l'enveloppe contenait deux décisions de taxations distinctes. Compte tenu cependant du rejet du recours dans son intégralité, il n'est pas déterminant de trancher cette question.
3. Avant de traiter les griefs soulevés par les parties, il convient de vérifier la question de la prescription du droit de taxer, que le tribunal doit examiner d'office (ATF 138 II 169 consid. 3.2).
Selon l'art. 170 al. 1 première phrase LI, le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. La prescription ne court cependant pas ou est suspendue pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision (art. 170 al. 2 let. a LI). Par ailleurs, un nouveau délai de prescription commence à courir lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt (art. 170 al. 3 let. a LI). Enfin, la prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale (art. 170 al. 4 LI).
En l'occurrence, il résulte du dossier que l'autorité de taxation a procédé à la taxation des différentes périodes fiscales litigieuses le 14 avril 2014 (période 2010 à 2012) respectivement le 28 août 2015 (période fiscale 2013), soit dans le délai de cinq ans précité. La prescription a en outre été suspendue depuis le dépôt des réclamations intervenu dans le délai de 30 jours. La prescription relative du droit de taxer n'est ainsi pas acquise pour les années fiscales 2010 à 2013 et il en va de même de la prescription absolue de quinze ans. Les parties ne font d'ailleurs pas valoir que ce serait le cas.
4. a) La présente procédure a trait à la possibilité pour la recourante de réévaluer ses actifs immobiliers en neutralité fiscale dans le cadre d'un bilan fiscal pour prendre en considération l'imposition au titre de l'impôt sur les gains immobiliers de la plus-value immobilière des immeubles qu'elle détient ensuite de la vente de ses actions par l'un de ses actionnaires. En d'autres termes, la question litigieuse revient à déterminer si la recourante peut faire valoir une réserve latente imposée pour l'ICC afin d'éviter une nouvelle imposition en cas d'aliénation par elle des immeubles correspondants. Le présent litige a ainsi pour objet la possibilité d'activer en neutralité fiscale dans un bilan fiscal (ci-après également: le step-up) des réserves latentes imposées au titre de l'impôt spécial sur les gains immobiliers dans le chef de son actionnaire lors de la vente des titres. La recourante invoque le fait qu'à défaut d'un tel step-up, la plus-value déjà imposée lors de la vente des titres, le sera à nouveau, cette fois par le biais de l'impôt sur le bénéfice en cas de revente des immeubles concernés. L'autorité intimée lui oppose pour l'essentiel l'absence de base légale pour une telle correction du bilan et le principe de déterminance de l'art. 58 LIFD.
Il convient désormais de préciser le cadre légal dans lequel cette problématique s'inscrit.
b) On rappelle qu'en adoptant la loi du 4 juillet 2000, le législateur vaudois a reconduit le système dualiste d'imposition du gain immobilier (non sans y apporter certaines exceptions), lequel avait été introduit par la loi du 28 novembre 1962, ajoutant notamment un chapitre premier bis à la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (ci-après: aLI, applicable jusqu'au 31 décembre 2000; cf. Exposé des motifs et projet de loi sur les impôts directs cantonaux, avril 2000, ch. 6.1.1 et 6.4.1; BGC mai 2000, p. 723 et ss, not. 798 et ss). Le droit harmonisé (art. 12, spéc. al. 4, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]) laisse aux cantons le choix d'opter pour les systèmes moniste ou dualiste d'imposition; en substance, selon ce dernier système, l'objet de l'impôt est constitué des gains réalisés à l'occasion de l'aliénation par le contribuable d'un immeuble faisant partie de sa fortune privée. Si en revanche ces gains sont le produit d'une activité ou si l'immeuble aliéné faisait partie du patrimoine commercial du contribuable, ils sont alors soumis à l'impôt sur le revenu et ceci, tant s’agissant de l’impôt cantonal et communal, que s’agissant de l’impôt fédéral direct. Il en va de même s'agissant des personnes morales, dont les actifs sont nécessairement commerciaux. Ainsi, les cantons sont libres de soumettre le bénéfice découlant d'une plus-value sur des immeubles qui font partie de la fortune commerciale à l'impôt général sur le revenu ou le bénéfice (système dualiste selon l'art. 12 al. 1 LHID) ou à l'impôt spécial sur les gains immobiliers (système moniste au sens de l'art. 12 al. 4 LHID; cf. ATF 139 II 373 consid. 4.2 p. 382).
c) Quel que soit le système adopté (moniste ou dualiste), les cantons sont également libres de soumettre ou pas le transfert à titre onéreux de parts dans une société immobilière à l'impôt. L'art. 12 LHID encadre de la manière suivante les possibilités des cantons dans cette hypothèse:
"1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2 Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
[…]
d. le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
[…]".
Il résulte par conséquent de cette législation-cadre que le transfert de participations à des sociétés immobilières est également assimilé à une aliénation dans la mesure où elles font partie de la fortune privée du contribuable et pour autant que le droit cantonal en prévoie l'imposition. Dans le système de la LHID, l'impôt sur les gains immobiliers est un impôt spécial sur le revenu ou sur le bénéfice qui, dans la mesure de son objet, se substitue à l'imposition ordinaire du revenu et du bénéfice (ATF 145 II 206 consid. 2.2.2; 139 II 373 consid. 3.5; confirmé encore récemment par l'arrêt TF 2C_487/2022 du 5 septembre 2023 consid. 8.2, ainsi que précédemment 2C_747/2010 du 7 octobre 2011 consid. 5.2, in: Archives 80 p. 609, RF 67/2012 p. 48, StE 2012 B 44.13.7 no 25 et les références). Toutefois, la LHID ne contient que peu de dispositions régissant l'imposition des gains immobiliers et demeure à ce sujet relativement vague; cela se manifeste en particulier dans la détermination du bénéfice imposable, lequel n’est défini que d'une manière générale (ATF 134 II 124 consid. 3.2; arrêt TF 2C_704/2013 du 1er mai 2014, publié in: RF 2014 p. 544, consid. 3.2). Il est du reste admis en doctrine que l’harmonisation de l’imposition des gains immobiliers n’est pas complète; il n’y a unification du droit qu’en ce qui concerne les états de faits qui déclenchent l’imposition (cf. Bastien Verrey, L’imposition différée du gain immobilier: harmonisation fédérale et droit cantonal comparé, thèse Lausanne 2011, pp. 6-7). Cela étant, la jurisprudence du Tribunal fédéral en la matière n’en a pas moins restreint la liberté des cantons dans la mise en application des dispositions-cadres de la LHID (ATF 131 II 722 consid. 2.1 ; arrêt TF 2C_704/2013 précité, consid. 3.2).
Ce cadre législatif a été concrétisé dans le canton de Vaud par l’art. 61 LI, dont la teneur est la suivante:
"1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble, situé dans le canton,
a. qui fait partie de la fortune privée du contribuable;
b. qui est destiné à l'exploitation agricole ou sylvicole du contribuable;
c. qui appartient à un contribuable exonéré de l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice;
2 Le bénéfice en capital réalisé lors de l'aliénation d'une participation à une société immobilière qui bénéficie de la réduction pour participations est également soumis à l'impôt sur les gains immobiliers. […]"
Si la doctrine range traditionnellement les cantons en fonction de leur système d'imposition de la plus-value immobilière entre dualistes et monistes, comme on l'a vu ci-avant, il sied de constater que l'imposition de la vente de titres d'une société immobilière implique de distinguer encore, au sein des cantons dualistes, ceux dont le système peut être décrit comme "pur" (cf. Tobias F. Rohner/Nathan Bouvier, Vente de sociétés immobilières: une appréciation fiscale, RDAF 2022 II 257, qui citent l'exemple des cantons de Zoug et de St-Gall) – dans ce sens qu'ils ne prélèveront jamais d'impôt sur les gains immobiliers lors de la vente d'une société immobilière par une personne morale – et ceux, à l'instar du canton de Vaud, qui présentent un dualisme "à géométrie variable" – dans ce sens qu'ils prélèvent, malgré la contrariété par rapport au système, un impôt spécial sur les gains immobiliers auprès d'une personne morale, dans certaines circonstances particulières. Ainsi, le droit vaudois autorise-t-il (cf. art. 61 al. 2 LI ci-avant) à prélever un impôt spécial sur les gains immobiliers sur le bénéfice en capital réalisé lors de l'aliénation d'une participation à une société immobilière qui bénéficie de la réduction pour participations.
d) S'agissant finalement de la réévaluation comptable de réserves latentes dans un bilan fiscal, il y a encore lieu d'évoquer les dispositions légales suivantes.
Selon l'art. 57 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. L'art. 58 al. 1 LIFD précise que le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (let. a) et tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). L'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial (ou principe de déterminance; en all. "Massgeblichkeitsprinzip"; cf. notamment Pierre-Marie Glauser, IFRS et droit fiscal - Les normes true and fair et le principe de déterminance en droit fiscal suisse actuel, in Archives 74 p. 529 ss, 533 s.), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut donc s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; arrêt TF 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.1, in RDAF 2015 II 267). Selon ce principe, le contribuable est lié à la situation patrimoniale de la période fiscale (cf. principe de périodicité de l'impôt; ATF 137 II 353 consid. 6.4 p. 361 ss), telle qu'elle ressort des livres de compte régulièrement établis.
Ces dispositions de la LIFD ont leur pendant dans la législation cantonale dont le contenu est quasi-identique (art. 93, 94 al. 1 et 100 al. 1 let. b et c LI).
5. En l'espèce, la recourante a procédé à une réévaluation comptable des biens immobiliers dans un bilan fiscal estimant que cette réévaluation ne doit pas déclencher d'imposition. A ce stade, il faut, avec l'autorité intimée, constater que le principe de déterminance (cf. supra consid. 3 d) ne permet pas de s'écarter des comptes adoptés par la recourante et semble ainsi exclure un bilan fiscal. La recourante ne prétend à juste titre pas que les comptes statutaires qu'elle a déposés à l'appui de sa déclaration d'impôt sans réévaluation des immeubles, contreviendraient aux normes du droit comptable ou nécessiteraient une correction de bilan dans le sens précité.
Il faudrait ainsi pour admettre la position de la recourante, soit qu'il existe une norme fiscale permettant d'écarter dans ce cas précis le principe de déterminance des comptes statutaires et de fonder la réévaluation en neutralité des immeubles (ci-après consid. 5), soit qu'un principe juridique de rang constitutionnel, qui primerait alors les dispositions de droit cantonal, puisse être invoqué pour justifier un tel procédé en l'espèce (ci-après consid. 6).
6. D'emblée, il faut convenir avec la recourante que le droit fiscal connaît plusieurs hypothèses dans lesquelles un bilan fiscal est tenu, lequel diverge du bilan selon les comptes statutaires, et qu'ainsi, il n'est a priori pas exclu que la recourante puisse se prévaloir d'un tel bilan fiscal en l'espèce.
a) La recourante invoque en premier lieu le fait que le step-up qu'elle requiert serait connu de la législation fiscale, qui permettrait la prise en compte des réserves latentes imposées dans le cadre d'un bilan fiscal. La recourante fait grief à la décision attaquée de présenter une solution contraire à celle de la transformation d'une entreprise individuelle en société de capitaux. Elle explique que dans un tel cas, si le délai de blocage prévu à l'art. 19 al. 2 LIFD est violé, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt. Elle poursuit que dans cette hypothèse, la personne morale, issue de la transformation, peut, dans un bilan fiscal, faire valoir les réserves latentes imposées dans le chef de la personne physique, ce qui constituerait un mécanisme exactement similaire à celui qu'elle propose: l'imposition de la plus-value immobilière dans le chef de l'actionnaire pouvait être neutralisée par une activation dans le bilan fiscal de la société immobilière. Certes, il s'agit bien là d'un exemple dans lequel une imposition dans le chef d'un actionnaire donne lieu à une activation en neutralité fiscale de réserves latentes imposées au sein de la société qu'il détient. La comparaison proposée par la recourante se heurte cependant à une différence de taille: l'activation au bilan fiscal dans le cadre de l'art. 19 LIFD repose sur une base légale explicite puisque l'art. 19 al. 2 in fine LIFD indique: "la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice". Il en va d'ailleurs de même partout où le législateur a estimé qu'il était nécessaire que l'imposition de réserves latentes puisse être prise en compte auprès d'un contribuable tiers (cf. ainsi également l'art. 61 al. 2 et al. 4 LIFD). Dans l'hypothèse de l'art. 19 LIFD, le législateur a effectivement considéré que les réserves latentes imposées rétroactivement en cas de violation du délai de blocage de 5 ans dans le chef de la personne physique qui apporte son entreprise commerciale dans une société de capitaux ne devaient pas faire l'objet d'une nouvelle imposition en cas de vente des actifs transférés par la société issue de la transformation. Il a toutefois explicitement autorisé cette possibilité, contraire au principe de l'autorité des comptes statutaires, dans la loi.
Il sied, au surplus, de constater que les deux types d'impôt concernés (rappel d'impôt sur le revenu d'activité lucrative indépendante et réserves latentes activées pour l'impôt sur le bénéfice) sont dans un rapport de connexité assez proche puisque les réserves latentes accumulées sous l'égide du premier font l'objet d'une imposition au titre du second. On soulignera par surabondance que le bilan fiscal dans le cadre de l'art. 19 LIFD se justifie aussi par la rétroactivité de l'imposition des réserves latentes qui peut intervenir par le biais du rappel d'impôt. Dans un tel contexte, on ne peut pas admettre que la réévaluation proposée par la recourante puisse tirer quoi que ce soit de l'art. 19 LIFD qui vise une autre situation. Le seul fait que la législation prévoie, dans d'autres circonstances, sans analogie avec le cas d'espèce, une possibilité de bilan fiscal ne permet aucunement d'admettre que ce soit également le cas lors de l'imposition de la vente de parts de sociétés immobilières. Sous cet angle, le grief de la recourante doit être rejeté.
b) Dans toutes les autres hypothèses dans lesquelles un bilan fiscal doit être établi (cf. parmi d'autres, Giorgio Meier-Mazzucato/Verena Strässle, Réserves latentes au bilan en droit comptable et fiscal: Une comparaison, TREX 5/18, p. 276), les réserves latentes imposées sont dues à un élément intrinsèque à la contribuable en cause. Dans ce sens, et contrairement au cas d'espèce, il ne s'agit pas d'admettre une réserve latente imposée dans le chef d'un contribuable tiers par rapport à celui ayant fait l'objet de l'imposition. Ainsi en va-t-il des provisions non justifiées par l'usage commercial, qui, si elles sont refusées lors de la taxation, conduisent non seulement à un refus de la charge, mais aussi à la constitution d'une réserve au bilan permettant une dissolution de la charge comptablement sans déclencher une nouvelle fois l'imposition au titre du bénéfice. Dans toutes ces hypothèses, la réserve latente imposée admise dans le chef de la personne morale résulte d'une imposition antérieure auprès de la contribuable et pas d'une imposition, comme en l'espèce, dans le chef d'un autre contribuable, même s'il en est l'actionnaire.
Il en va d'ailleurs de même lors d’une modification des rapports de participation dans une société de personnes. Certes, un gain immobilier peut être réalisé et imposé si la modification en question a lieu à titre onéreux et que l'indemnité est plus élevée que la quote-part du prix de revient afférent à la partie aliénée. Toutefois, la reconnaissance de la réserve latente imposée (chez le sortant) s'effectue dans le chef de la société de personnes imposée en transparence chez les associés (cf. art. 11 LIFD), c'est-à-dire pas auprès d'une personne (morale) distincte imposée séparément. Sur ce plan non plus on ne saurait faire grief à la décision attaquée de ne pas avoir admis la réévaluation en neutralité par analogie. Il n'y a en effet aucune analogie à tirer entre la situation juridique d'une société de personnes et celle de la recourante, qui divergent largement, sans compter qu'une application par analogie dans le domaine fiscal peut être problématique sous l'angle du principe de la légalité (sur ce principe, cf. parmi plusieurs, ATF 148 II 121 consid. 5.1).
Sous cet angle non plus la recourante ne peut rien tirer de l'existence d'autres hypothèses dans lesquelles un bilan fiscal peut être admis.
c) Le principe de l'apport de capital introduit au 1er janvier 2011 (cf. l'art. 20 al. 3 LIFD) pourrait également être envisagé, surtout depuis l'ATF 149 II 158, dans lequel le TF a invalidé la pratique de l’Administration fédérale des contributions (AFC) selon laquelle seuls les apports ouverts de l’actionnaire constituent des apports de capital non soumis à l’impôt sur le revenu lors de leur remboursement à l’actionnaire. C'est par ailleurs ce que semble indiquer la circulaire administrative du canton des Grisons (Praxisfestlegung, Steuerverwaltung Graubünden, Realisierung: Aufwertung von Liegenschaften, ch. 2) pour justifier la modification de sa pratique administrative dès le 1er janvier 2011, refusant désormais le step-up. On peut ainsi se demander dans quelle mesure l'imposition auprès de l'actionnaire d'une plus-value immobilière retenue en transparence sur les immeubles détenus par sa filiale devrait être reconnue comme apport dissimulé chez cette filiale. A ce stade, il n'apparaît cependant pas de manière évidente que le passage au principe de l'apport en capital et la récente jurisprudence du Tribunal fédéral, puissent avoir pour conséquence de permettre à une société immobilière de réévaluer les immeubles à hauteur des bénéfices saisis avec l'impôt sur les gains immobiliers, sans incidence fiscale.
En effet, une telle reconnaissance comme apport suppose que les détenteurs du capital effectuent (en principe directement cf. Circulaire AFC 5a, ch. 2.1) des apports, agios ou versements supplémentaires (cas échéant, après déduction des frais d’émission). La loi utilise la notion d'apport de capital à plusieurs endroits (cf. notamment art. 20, al. 3 et art. 60 let. a LIFD), sans toutefois la définir plus précisément. Il ressort néanmoins des dispositions citées que la notion inclut les "apports, agios et versements supplémentaires" (art. 20 al. 3 LIFD), respectivement les "agios et prestations à fonds perdu" (art. 60, let. a, LIFD). Selon la doctrine pratiquement unanime, cette notion englobe, outre les agios et les versements supplémentaires énumérés à titre d'exemple, tous les autres types et formes d'apports au capital propre d'une société (cf. parmi plusieurs auteurs Danon/Obrist, Commentaire romand LIFD, 2ème éd. 2017, N 270 et 288 ss ad art 20 ; Locher/Giger/Pedroli, in Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2ème éd. 2022, N 12 ad art. 60). Or, en l'espèce, il s'agirait de reconnaître une prise en charge par l'actionnaire de l'imposition d'une plus-value à raison de la vente par ce dernier de ses parts dans une société immobilière. On ne voit ainsi pas en quoi une telle opération pourrait être assimilée avec celle soit d'une reprise de dette sans contre-prestation (cas de l'ATF 149 II 158 précité) ou d'un apport de liquidités à la société, avec lequel la société s'acquitte ensuite elle-même de ses dettes. Le cas d'espèce diverge ainsi fondamentalement de celui qui verrait les actionnaires apporter des immeubles dans leur société à une valeur inférieure à la valeur vénale (apports dissimulés). Lorsque l'Etat impose la plus-value immobilière auprès de la société venderesse par le biais de l'impôt spécial sur les gains immobiliers, il vise à éviter que la réduction pour participation le prive de tout impôt sur cette plus-value. Lorsque l'actionnaire s'acquitte de cet impôt, il n'enrichit aucunement la société qu'il détient. Il ne s'acquitte en effet pas d'une dette de la filiale mais bien d'une charge fiscale propre, dont il est lui, actionnaire, le débiteur. On remarque d'ailleurs que c'est bien l'actionnaire, débitrice de l'impôt sur les gains immobiliers, qui a réalisé la plus-value imposée en vendant ses parts. On ne peut ainsi pas admettre que l'imposition de la vente des participations de la recourante par son actionnaire puisse être assimilée à un apport en capital – fût-il dissimulé – auprès de cette dernière. Il n'y a ainsi rien à tirer en faveur de la position de la recourante au moyen du principe de l'apport en capital.
d) Au final, il sied de constater qu'aucune règle correctrice propre au droit fiscal ne permet en l'espèce d'admettre que la recourante pouvait, encore moins devait, réévaluer les réserves latentes imposées lors de la vente de ses parts par son ancienne actionnaire dans son bilan fiscal.
7. Reste à déterminer si le fait de percevoir un impôt spécial sur les gains immobiliers lorsqu'une venderesse peut se prévaloir de la réduction pour participation comme en l'espèce et l'interdiction subséquente de faire valoir une réserve latente imposée, comme le retient l'autorité intimée dans la décision attaquée, est contraire au principe de la bonne foi et à l'interdiction du dualisme de méthode.
a) L'art. 5 al. 3 Cst. prévoit en effet que les organes de l'Etat et les particuliers doivent agir conformément aux règles de la bonne foi. Cela implique notamment qu'ils s'abstiennent d'adopter un comportement contradictoire ou abusif (ATF 136 I 254 consid. 5.2; 134 V 306 consid. 4.2; arrêt TF 1C_229/2015 du 09 mars 2016, consid. 2.1). Ancré à l'art. 9 Cst., et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi confère au citoyen, à certaines conditions, le droit d'exiger des autorités qu'elles se conforment aux promesses ou assurances précises qu'elles lui ont faites et ne trompent pas la confiance qu'il a légitimement placée dans ces promesses et assurances (ATF 130 I 26 consid. 8.1; 129 I 161 consid. 4; 129 II 361 consid. 7.1; 128 II 112 consid. 10b/aa et les arrêts cités; 118 Ib 580 consid. 5a). Le principe de la confiance, découlant de celui de la bonne foi, commande à l'administration d'adopter un comportement cohérent et dépourvu de contradictions. La jurisprudence y a recours pour corriger les conséquences, préjudiciables aux intérêts des administrés, d'un comportement contradictoire et incohérent de l'administration (ATF 111 V 81 consid. 6; 108 V 84 consid. 3a). Le sous-principe de l'interdiction du comportement contradictoire postule que l'autorité ne doit pas, par rapport à une même personne, exprimer des opinions divergentes ou se comporter de manière différente dans des affaires semblables (JAAC 60.81 déjà cité consid. 3bb). Le comportement contradictoire d'une autorité ne peut être admis que si les conditions de la protection de la bonne foi sont remplies et qu'en cas de comportement clairement contradictoire. Elle précise en outre que ce dernier doit en principe émaner de la même autorité (arrêt TF 2C_879/2008 du 20 avril 2009 consid. 7.2; ATF 111 V 87; décision du Conseil fédéral du 19 janvier 2005, in: JAAC 69.119 consid. 6).
Il faut cependant d'emblée, et d'une manière générale, souligner que la nature et la portée de l'interdiction du comportement contradictoire, respectivement du dualisme de méthodes prohibé, tend à prévaloir non pas de manière abstraite, mais dans l'interprétation ou l'application de dispositions légales par l'autorité. Ainsi il a été jugé (ATAF 2008/63) qu'une "opération considérée ne peut être à la fois une chose et son contraire; s'il s'avère qu'une opération donnée est imposée, elle ne peut être ou devenir exonérée au sens impropre au sens de l'art. 14 de l'ordonnance fédérale du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RS 641.201), respectivement de l'art. 18 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20). Soit elle remplit les critères déterminants pour l'exonération, soit tel n'est pas le cas et elle est alors imposable. De même une opération exonérée au sens impropre ne peut devenir imposable". C'est dans ce sens aussi que s'exprime la doctrine (Yersin/Aubry Girardin, Commentaire romand LIFD, 2ème éd., 2017, N 53 ad Remarques préliminaires; Blumenstrein/Locher, System des Steuerrechts, 8ème éd., 2023, p. 37; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 5ème éd., 2021, N 18 ad §4; Ryser/Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4ème éd., 2002, p. 68). Ces auteurs ne se prononcent ainsi pas pour que le principe constitutionnel précité soit utilisé pour modifier un système fiscal qui pourrait être considéré comme intrinsèquement contradictoire, mais plutôt dans son application concrète par l'autorité appelée à en interpréter les règles. Typiquement, Ryser/Rolli (ibid; souligné par le tribunal) excluent le dualisme de méthodes "qui permettrait à l'autorité d'apprécier une même situation ou des situations de fait semblables une fois selon des concepts de droit civil et l'autre selon des critères économiques". A contrario, on peut retenir en accord avec la doctrine qu'il est difficilement concevable que les principes de la bonne foi et l'interdiction du dualisme de méthodes puissent en eux-mêmes constituer une base légale pour permettre la constitution des réserves latentes en franchise d'impôt de manière abstraite. Il faut déjà à ce stade constater que les principes précités ne peuvent pas être utilisés pour modifier un système fiscal, ce que seul le législateur peut effectuer. Il faut bien plus examiner si ces principes ont été violés dans leur application concrète dans le cas d'espèce.
b) Dans un arrêt ancien, publié au recueil officiel (ATF 103 Ia 20), le Tribunal fédéral a eu à juger de la déduction de commissions de courtage immobilier entre deux entités appartenant au même groupe de sociétés. Le TF juge certes qu'il était possible de procéder à une appréciation économique de l'opération civile entreprise par le contribuable avec pour conséquence que l'existence des sociétés est totalement ou partiellement ignorée du point de vue fiscal, mais estime alors que cette prise en considération de la réalité économique, doit être entièrement maintenue dans la même affaire. Si l'autorité fiscale se laisse guider tantôt par le respect de la forme juridique extérieure d'une entreprise, tantôt par l'approche économique, elle se contredit elle-même et viole l'interdiction de l'arbitraire. Le droit zurichois alors applicable en matière d'impôt sur les gains immobiliers autorisait une approche économique en ce sens que les actes juridiques qui, en ce qui concerne le pouvoir de disposition sur les immeubles, ont effectivement et économiquement l'effet d'un transfert de propriété, peuvent être assimilés à des aliénations imposables. Lors de la scission du cas que le TF avait à juger, c'est cependant l'état de fait en fonction de la forme juridique extérieure qui avait été choisie par l'autorité fiscale pour imposer le transfert au titre du droit de mutation et du gain immobilier. Elle ne pouvait ainsi pas, ayant choisi cette appréciation civile, refuser ensuite la déduction d'une commission de courtage au motif que la venderesse et le courtier appartenait, économiquement, au même groupe de sociétés. Dans cette situation, il n'est pas question, lors d'un prochain cas d'imposition, de faire abstraction de cette forme de droit civil et, en application de l'approche économique, de dénier à l'une des quatre sociétés réunies dans le groupe la qualité de tiers susceptible d'intervenir en tant que courtier. L'Etat n'a pas le droit d'adapter unilatéralement la méthode d'imposition à ses intérêts particuliers, mais il doit se laisser contraindre par la procédure qu'il a choisie initialement (cf. également ATF 95 I 143 s. consid. 3).
Dans un autre arrêt ancien, non publié (P216/75 du 21 septembre 1976), cité par la recourante et auquel la doctrine (voir en particulier, Anne-Christine Schwab, La vente des actions de la société immobilière en droit fiscal suisse, N 1055) se réfère sous l'appellation d'arrêt "Ravugn AG" (reproduit dans le dernier ouvrage cité, en pages 423 et suivantes), le Tribunal fédéral a admis que, dans le système dualiste, le bénéfice imposable lors d'un transfert immobilier ultérieur à un transfert économique des parts de la société, le prix de revient des immeubles doit inclure la plus-value calculée lors du transfert économique. Le TF y voit la conséquence d'une interdiction de l'arbitraire sous la forme d'un dualisme de méthode avec d'un côté une approche économique lors du transfert de part et de l'autre une approche formelle consistant à ne retenir que la (stricte) valeur comptable lors du transfert des immeubles.
L'autorité intimée estime que cet arrêt, rendu avant l'entrée en vigueur de la LHID, ne se prononcerait pas directement sur la question de l'autorité du bilan commercial et de l'absence de base légale propre à corriger ce résultat comptable. Toutefois, il sied de constater que le Tribunal fédéral a encore confirmé cette position plus récemment (arrêt TF 2C_355/2012 du 10 octobre 2012, consid. 3.1), c'est-à-dire après l'entrée en force de la LHID. Dans cette affaire concernant le canton de Saint-Gall, canton dualiste, il a explicitement constaté, même s'il ne s'agissait pas du cœur du litige, que lors de la vente d'un immeuble par une société immobilière, il fallait tenir compte d'un éventuel transfert de propriété économique imposé auparavant, pour des raisons de systématique fiscale, et que la plus-value déjà imposée devait être prise en compte en tant que réserve latente imposée lors du transfert de propriété selon le droit civil, à savoir lors de la vente de l'immeuble.
Il faut encore signaler que la solution inverse a été jugée dans un arrêt relativement ancien également (arrêt FI.1994.0071 du 9 janvier 1995), rendu sous le régime praenumerando bisannuel, dans lequel le Tribunal administratif vaudois avait considéré d'une part que l'imposition auprès de la venderesse du transfert d'actions d'une société immobilière au titre des gains immobiliers ne violait pas l'art. 4 de la Constitution alors en vigueur, mais qu'en outre elle n'affectait pas l'imposition de la société ou celle des revenus tirés de celle-ci par l'actionnaire. Ainsi, la réévaluation comptable d'un immeuble par cette société devait être imposée. Dans cet arrêt, le tribunal précité a expliqué que l'assimilation du gain en capital résultant de la vente d'actions d'une société immobilière à un gain immobilier et son imposition comme tel ne signifiait pas que l'on abandonne dans ce domaine le principe de la dualité société-actionnaire. L'impôt sur le gain immobilier reste un impôt sur le gain en capital réalisé par l'actionnaire. La société n'est pas affectée par les opérations d'achat ou de vente de ses actions pas plus que ne l'est toute autre société en cas de vente de ses actions donnant lieu à l'imposition du gain en capital réalisé par un actionnaire vendeur. Dans un cas, comme dans l'autre, il n'y a pas, dans un système dualiste, double imposition dans le fait d'imposer l'actionnaire sur le gain en capital qu'il réalise en vendant ses titres et d'imposer la société en cas de réalisation d'un actif ou de comptabilisation de réserves latentes. Il ajoutait qu'une telle imposition double n'était pas arbitraire "à condition que le même bénéfice ne soit pas imposé plusieurs fois successivement au gré des transactions portant sur les actions d'une même société. Pour cela, il faut que la valeur attribuée à l'immeuble comme prix de vente lors d'une aliénation des actions soit retenue comme prix d'acquisition lors de l'aliénation suivante de ces mêmes titres".
c) En se fondant essentiellement sur l'interdiction de l'arbitraire, la doctrine a largement soutenu le mécanisme du step-up au motif pour l'essentiel que son refus procéderait d'un dualisme de méthode prohibé. Il faut voir cependant que la doctrine se prononce avant tout en lien avec l'invocation de la réserve latente imposée au titre du gain immobilier lors de la vente des immeubles dont la plus-value a été imposée. Ainsi, c'est d'abord dans les systèmes d'imposition monistes que la doctrine l'a évoqué (cf. Walter Frei/Nadja Funke, ZStP 2006 p. 295, qui estiment que la solution est plus compliquée dans les cantons dualistes; Martin Steiner, Die neuere Praxis zur wirtschaftlichen Betrachtungsweise im zürcherischen Grundsteuerrecht Archives 52 (1983/1984), p. 329; Olivier Margraf, Wirtschafliche Handänderungen, Revue fiscale 2015, p. 452, spéc. p. 454 qui indique cependant que ce n'est pas la pratique de tous les cantons; Urs Schüpfer/Philipp Betschart, Kauf und Verkauf von Immobiliengesellschaften, Der Schweizer Treuhänder 5/05, p. 399, spéc. p. 402, lesquels suggèrent une solution pragmatique consistant à ne pas créer de réserves latentes imposées mais uniquement une remarque dans la déclaration d'impôt indiquant les coûts d'investissement déjà imposés; Wolfgang Maute/Jakob Rütsche, Die Übertragung von Beteiligungen an Immobiliengesellschaften, Der Schweizer Treuhänder 6/1989, p. 264; Stefan Oesterhelt/Laetitia Fracheboud, Veräusserung von Anteilen an Immobiliengesellschaften, IFF Forum 2023, p. 117; Martin Zweifel/Silvia Hunziker/Olivier Margraf/Stefan Oesterhelt, Schweizerisches Grundstückgewinnsteuerrecht, 2021, § 10 N 219). Dans la doctrine francophone, De Mitri (Thierry De Mitri, Le traitement fiscal de la vente d’une société immobilière suisse par une société de capitaux étrangère, GesKR 4/2009, p. 563, spéc. p. 568, note de bas de page 36) indique que si la société vend son immeuble directement après le transfert des parts, il faudrait tenir compte au titre de dépenses d'investissement des plus-values imposées lors des transferts précédents. Schwab (op. cit., N 1068), dans sa thèse de doctorat, se rallie à la doctrine précitée en admettant que la société immobilière dont les parts ont été cédées puisse réévaluer comptablement ses immeubles selon une approche économique qui doit être suivie jusqu'au bout. Rohner/Bouvier (Tobias F. Rohner/Nathan Bouvier, Vente de sociétés immobilières: une appréciation fiscale, RDAF 2022 II 257) admettent également qu'une réserve latente imposée puisse être reportée au niveau cantonal afin d'éviter une nouvelle imposition en cas d'aliénation de l'immeuble correspondant. Rigo (Stéphane Rigo, Double imposition intercantonale des personnes morales, un risque?, TREX 6/2012 p. 357), mentionne par ailleurs le risque d'imposition multiple de la même substance, indiquant que "malheureusement et jusqu’à présent, le fisc a refusé toute réévaluation de l’immeuble dont la plus-value a été frappée lors d’un tel transfert".
d) Le système dualiste vaudois prévoit que la vente d'une part de société immobilière par une personne physique, détenue dans sa fortune privée, est imposée sur la base de la valeur attribuée aux immeubles au titre de l'impôt spécial sur les gains immobiliers. Un transfert ultérieur de cette part, fera l'objet d'une nouvelle imposition mais le précédent transfert sera pris en considération pour le prix de revient de la part cédée par un calcul de la valeur attribuée à l'immeuble. Un transfert des immeubles en revanche fera l'objet d'une imposition dans le chef de la société immobilière (impôt sur le bénéfice) puis, lors de sa distribution, dans celui de l'actionnaire au titre du revenu imposable. Dans ce sens, la double imposition économique, voulue par le législateur, est maintenue. Une réévaluation des biens immobiliers supprimerait un niveau d'imposition de la plus-value (celui de la personne morale), puisque dans un tel cas, seule la distribution à l'actionnaire serait imposable (impôt sur le revenu, au surplus imposition partielle envisageable en fonction de la quote-part de détention). Toutefois, sans réévaluation en neutralité fiscale, la plus-value immobilière serait imposable une fois auprès de l'actionnaire personne physique (impôt spécial), puis une fois auprès de la société immobilière (impôt sur le bénéfice) puis finalement de nouveau auprès de son actionnaire lors de la distribution de dividendes (impôt sur le revenu). Ainsi, quoi qu'en dise l'autorité intimée, la réévaluation en neutralité ne supprime économiquement pas le double niveau d'imposition, la plus-value immobilière restant imposable une fois chez l'actionnaire vendeur (au titre de l'impôt spécial) et une fois chez l'actionnaire acheteur (au titre de l'impôt sur le revenu) lors de la distribution de la plus-value. La question est bien d'examiner si le niveau d'imposition supplémentaire créé par l'imposition de la plus-value lors du transfert des parts et par une interdiction de réévaluer en franchise d'impôt procède d'une interprétation contradictoire de la loi ou viole à ce titre l'interdiction du dualisme de méthode.
Il faut admettre avec la recourante que la jurisprudence du Tribunal fédéral (cf. encore l'arrêt TF 2C_487/2022 du 5 septembre 2023 consid. 8.2, et la jurisprudence citée ci-avant au consid. 3 c) souligne que, dans son essence, l'impôt sur le revenu est substitué par l'impôt sur les gains immobiliers, tandis que le système d'imposition vaudois prévoit, dans ce domaine, un niveau d'imposition supplémentaire. Dans ce sens, le système dualiste qui devrait prévoir en principe une imposition au titre de l'impôt sur le bénéfice, subit une déviation. Toutefois, cela ne constitue pas encore une violation des principes constitutionnels précités. En effet, lorsqu'il a prévu l'imposition de la plus-value par la taxation du gain immobiliers, qui incontestablement vient s'ajouter aux autres niveaux d'imposition, le législateur vaudois a également prévu une forme de correctif. En effet, ce système est corrigé, comme le soulignait déjà l'arrêt du Tribunal administratif vaudois précité (arrêt FI.1994.0071 du 9 janvier 1995), par la possibilité pour la société dont les parts ont fait l'objet d'une imposition d'imputer les montants d'impôts payés au titre du gain immobilier sur l'excédent de liquidation de la société. L'art. 75 LI prend ainsi en considération cette plus-value imposée pour éviter qu'en cas de liquidation, une double imposition économique apparaisse. Ainsi, "les gains immobiliers imposés lors des ventes d'actions d'une société immobilière […] sont portés en diminution du revenu - au sens de l'article 23, alinéa 1, lettre c - de l'actionnaire qui liquide la société". La norme vaudoise prévoit donc en d’autres termes, qu’en cas de liquidation d’une société immobilière, l’impôt sur les gains immobiliers prélevé précédemment lors de la vente d’actions doit être déduit de l’impôt sur le revenu dû sur l’excédent de liquidation, étant donné que la réserve latente de l’immeuble a déjà été taxée (Schwab, op. cit, N 1067). Le législateur vaudois a ainsi pensé, dans le respect du système, à ce que le montant remboursé lors de la liquidation de la société ne soit compté comme revenu imposable que pour la différence entre le prix d'acquisition des actions et le montant du remboursement. Par conséquent, la réévaluation en neutralité fiscale postulée par la recourante s'inscrit mal dans le système vaudois qui a déjà prévu un correctif. Certes, le correctif ne s'applique que lors de la liquidation de la société immobilière, ce qui n'est pas encore le cas de la recourante. La neutralisation de la réévaluation comptable s'inscrirait cependant en porte-à-faux avec cette disposition légale permettant une forme de double déduction, une fois durant la vie de la société immobilière, puis une seconde fois lors de sa liquidation.
En outre, et plus fondamentalement, la recourante ne peut rien tirer en l'espèce de la jurisprudence du Tribunal fédéral examinée ci-avant. En effet, les cas jugés par la Haute cour ont toujours consisté dans l'interdiction d'un recours d'une part à une interprétation économique et d'autre part à une interprétation formelle, dans le cadre d'une même procédure ou à tout le moins d'un même type de transfert. C'est ainsi qu'il a jugé qu'une fois choisie la voie d'une interprétation selon la réalité économique, ce qui est typiquement le cas de l'imposition d'un transfert économique d'un immeuble par la vente des parts de la société qui le détient, l'autorité ne pouvait pas renoncer à une telle interprétation lorsque la société vendait son immeuble. Or, le cas d'espèce est largement différent à cet égard puisque la recourante n'a incontestablement pas vendu les immeubles au cours des périodes fiscales litigieuses. Le litige ne porte ainsi pas sur l'imposition d'un bénéfice en capital dans la société immobilière, mais sur la réévaluation comptable en franchise d'impôt au bilan fiscal d'immeubles appartenant à la société immobilière. Il s'agit bien de deux impôts distincts et non pas d'une interprétation subséquente et différente d'un même type de transfert. Comme le transfert économique n'a pas été suivi par un transfert juridique, le raisonnement tiré des jurisprudences du Tribunal fédéral n'apparaît pas directement transposable. Comme précisé ci-avant, l'interdiction de comportement contradictoire par une autorité fiscale peut s'observer dans l'application de la loi. C'est dans ce sens qu'il faut comprendre les jurisprudences précitées. Ces principes ne sauraient toutefois servir directement de fondement pour créer, au nom d'un système fiscal plus cohérent, une base légale ex nihilo permettant une réévaluation en franchise d'impôt.
Finalement, le fait qu'en l'espèce l'imposition au titre du gain immobilier provienne de l'application de la réduction pour participation, n'y change rien. La vente partielle de la recourante par son actionnaire en date du ******** 2010 a fait l'objet d'une imposition au titre de l'impôt sur les gains immobiliers qui est entrée en force (cf. supra let. A). Dans le cadre de cette taxation, une plus-value immobilière a été imposée, l'autorité considérant que la valeur attribuable aux immeubles de la recourante lors de la vente d'une part de son capital se montait au pro rata de la participation vendue à 5'784'563 francs. Cette décision de taxation étant entrée en force et ne faisant pas, directement, l'objet de la présente procédure, il n'y a pas lieu de se demander si la "déviation" du système dualiste, ancrée dans l'art. 61 al. 2 LI, est conforme à l'art. 12 al. 2 let. d LHID, qui ne prévoit l'imposition que des ventes de participations appartenant à la fortune privée, ce qui n'est pas le cas en l'espèce. Il n'y a pas non plus lieu de se demander, comme le fait la recourante, si l'imposition prévue par l'art. 61 al. 2 LI est compatible avec l'art. 28 al. 1 LHID, en tant qu'elle en supprime en partie les effets.
e) Certes, l'imposition de la vente d'une participation dans une société immobilière par une société de capitaux bénéficiant de la réduction pour participation constitue une déviation du modèle d'imposition dit dualiste dans lequel, en principe, seules les plus-values réalisées lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privées sont imposées par le biais de l'impôt spécial sur les gains immobiliers. Certes encore, en adoptant l'art. 61 al. 2 LI, le législateur vaudois a proposé un système d'imposition qui se rapproche du système moniste. On ne saurait cependant fonder sur cette déviation du système dualiste (ou "dualisme à géométrie variable", Tobias F. Rohner/Nathan Bouvier, op. cit., RDAF 2022 II 257) une obligation d'autorisation pour une réévaluation des immeubles en franchise d'impôt. En l'absence de base légale expresse (cf. supra consid. 5), le principe d'interdiction du dualisme de méthodes ne saurait permettre une modification du système vaudois. La solution avancée par la recourante aurait pour conséquence de donner à ces principes constitutionnels une portée qu'ils n'ont pas. Dans le cas d'espèce, il ne peut pas être reproché à l'autorité intimée un changement dans son appréciation d'un état de fait ou dans l'interprétation d'une disposition légale. Ce n'est pas parce que le système, s'agissant de l'imposition d'une vente par une société holding, se rapproche du système moniste qu'il doit être transformé dans ce système. On souligne encore que dans ce système moniste, la plus-value imposée au titre de l'impôt sur les gains immobiliers est prise en considération lors d'une vente ultérieure des immeubles qui intervient elle aussi par le biais de l'impôt sur les gains immobiliers. En effet, la plus-value imposable lors du transfert ultérieur est calculée en fonction de la valeur retenue lors du dernier transfert imposé, qui sert alors de prix de revient (cf. Stefan Oesterhelt/Laetitia Fracheboud, Veräusserung von Anteilen an Immobiliengesellschaften, IFF Forum 2023, p. 117; Martin Zweifel/Silvia Hunziker/Olivier Margraf/Stefan Oesterhelt, Schweizerisches Grundstückgewinnsteuerrecht, 2021, § 10 N 219; Urs Schüpfer/Philipp Betschart, Kauf und Verkauf von Immobiliengesellschaften, Der Schweizer Treuhänder 5/05, p. 399, spéc. p. 401) et ce bien entendu également en cas de vente des immeubles par la société immobilière. De cette façon, le système moniste évite une double imposition économique de la matière imposable lors de l'imposition de transferts de parts d'une société immobilière, qu'elle soit suivie d'une nouvelle vente des parts ou d'une vente des immeubles détenus par la société immobilière. Tel n'est cependant pas le cas d'espèce puisque, encore une fois, la recourante n'a pas vendu les immeubles qu'elle détient mais prétend à pourvoir réévaluer en franchise d'impôt sur le bénéfice les plus-values taxées dans le chef de sa société-mère.
Ainsi, les principes constitutionnels de l'interdiction du comportement contradictoire et du dualisme de méthodes, tels que consacrés par la jurisprudence, ne peuvent avoir pour conséquence en l'espèce de modifier le système fiscal vaudois dans le sens d'un changement de l'imposition des personnes morales. Quand bien même, dans la mesure de son objet, l'impôt sur les gains immobiliers se substitue à l'impôt sur le revenu, et par extension dans les systèmes monistes aussi à l'impôt sur le bénéfice, cela ne peut pas avoir pour conséquence de créer sans base légale un droit à la réévaluation dans le bilan fiscal en franchise d'impôt de la plus-value immobilière imposée lors du transfert des parts. Dans ce sens, il n'y a pas d'attitude contradictoire de l'autorité fiscale, mais tout au plus un système d'imposition qui, comme on l'a vu, ajoute un niveau d'imposition durant la vie de la société immobilière, en prévoyant l'imputation des impôts acquittés, au moment de sa liquidation.
8. En résumé, la réévaluation des immeubles détenus par la recourante et effectuée dans le cadre d'un bilan fiscal ne repose sur aucune base légale et le droit de la recourante de procéder ainsi n'est pas fondé dans le système légal actuel. La décision attaquée ne souffre ainsi d'aucun grief à cet égard. En outre, quand bien même, lorsqu'il procède à l'imposition d'un transfert de participations dans une société immobilière au titre de l'impôt spécial sur les gains immobiliers auprès de son actionnaire, le système fiscal vaudois ajoute un niveau d'imposition, alors même que cet impôt est conçu comme un substitut à l'impôt général sur le revenu ou le bénéfice, cela ne permet pas encore d'admettre une violation des principes constitutionnels d'interdiction du comportement contradictoire ou du dualisme de méthodes. Non seulement, le système vaudois a prévu, avec l'art. 75 LI, un correctif permettant de prendre en considération cette imposition supplémentaire lors de la liquidation de la société. En outre, ce que la jurisprudence du Tribunal fédéral a exprimé dans ce cadre, y compris au regard de systèmes d'imposition dualistes, concerne un comportement de l'autorité fiscale et non pas un système en tant que tel. D'ailleurs, ce que la jurisprudence a sanctionné, c'est bien l'appréciation, une fois économique et une fois formelle, d'un transfert immobilier et jamais la réévaluation dans le chef de la personne morale vendue, au titre de l'impôt sur le bénéfice, de la plus-value imposée lors du transfert économique de l'immeuble. La décision attaquée ne viole donc pas non plus le principe d'interdiction du dualisme de méthodes.
9. Il suit de ce qui précède que le recours, mal fondé, doit être rejeté et la décision attaquée du 23 août 2022 confirmée.
Un émolument de 8'000 fr. est mis à la charge de la recourante, qui succombe (cf. art. 49 al. 1, 91 et 99 LPA-VD; art. 1 et 2 du tarif des frais judiciaires et des dépens en matière administrative, du 28 avril 2015 [TFJDA; BLV 173.36.5.1]). Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à titre de dépens (cf. art. 55 al. 1, 91 et 99 LPA-VD).
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est rejeté.
II. La décision sur réclamation du 22 août 2022 est confirmée.
III. Un émolument de 8'000 fr. (huit mille francs) est mis à la charge de la recourante.
IV. Il n'est pas alloué de dépens.
Lausanne, le 6 octobre 2023
Le président: La greffière:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.