TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 23 juillet 2009
Composition
M. Vincent Pelet, président; MM. Alain Maillard et Cédric Stucker, assesseurs; M. Christophe Baeriswyl, greffier.
Recourant
B.X.________, à 1********, représenté par l'avocat Dan BALLY, à Lausanne,
Autorité intimée
Administration cantonale des impôts,
Autorité concernée
Administration fédérale des contributions, Division principale DAT,
Objet
Impôt cantonal et communal (soustraction)' Impôt fédéral direct (soustraction)
Recours B.X.________ c/ décisions de l'Administration cantonale des impôts du 23 janvier 2008 (rappels d'impôt et prononcés d'amendes - ICC, IFD - périodes fiscales 1997-2002)
Vu les faits suivants
A. La société X.________ SA (ci-après: X.________ SA), ayant son siège à ********, avait pour but la commercialisation de tout article dans le domaine de la chaussure, de la maroquinerie, du sport, de la confection et autres secteurs assimilés. B.X.________ et B.X.________ en étaient à la fois les actionnaires (chacun détenant 50% du capital) et les administrateurs. La société X.________ SA a été dissoute le 10 mai 2006 par l'assemblée générale. Elle est entrée en liquidation le 26 mai 2006 (date de la publication dans la FOSC).
B. Le 24 juin 2002, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'ACI) a adressé à la société X.________ SA un avis d'ouverture d'enquête pour soustraction fiscale. Elle a relevé qu'il ressortait de ses investigations que le bénéfice imposable annoncé par la société était inexact pour diverses raisons, notamment l'absence de comptabilisation d'une part privée sur les frais de voyage et de repas, ainsi que la prise en charge de primes d'assurance-vie au bénéfice des actionnaires, non justifiées commercialement.
Au terme des opérations de contrôle, le 24 août 2004, l'ACI a adressé à la société X.________ SA un avis de prochaine clôture, l'informant des reprises et des rappels d'impôts envisagés. Le 4 avril 2005, les administrateurs de la société ont été entendus par l'ACI. Le 7 juin 2005, ces derniers ont transmis à l'ACI leurs observations écrites sur les mesures envisagées.
Le 16 septembre 2005, l'ACI et l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct (ci-après: l'ACIFD) ont notifié à la société X.________ SA une décision de rappel d'impôt et de taxation définitive, ainsi qu'un prononcé d'amendes; figurait en annexe à ces décisions le tableau récapitulatif des reprises opérées.
Le 17 octobre 2005, la société X.________ SA a formé une réclamation contre ces décisions, contestant la quasi-totalité des reprises effectuées et les prononcés d'amendes qui ont en résulté.
Par décision du 3 juillet 2006, l'ACI et l'ACIFD ont rejeté la réclamation.
Le 28 juillet 2006, la société X.________ SA, par l'intermédiaire de son conseil, a recouru auprès du Tribunal administratif (devenu la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal dès le 1er janvier 2008) contre cette décision, en concluant à l'annulation des reprises opérées par l'ACI et par l'ACIFD.
C. Auparavant, le 15 octobre 2002, à la suite de l'enquête ouverte contre la société, l'ACI avait également adressé au contribuable un avis d'ouverture d'enquête pour soustraction d'impôt, portant sur les périodes fiscales 1997-1998 à 2001-2002, en matière d'impôt cantonal, communal et fédéral direct. A l'ouverture d'enquête, les taxations fédérales, cantonales et communales des périodes 1997-1998 et 1999-2000 étaient définitives, celles de la période 2001-2002 provisoires.
Le 28 août 2006, l'ACI a adressé au contribuable un avis de prochaine clôture de l'enquête. Le 16 avril 2007, elle lui a notifié une décision de rappel d'impôt et de taxation intermédiaire, ainsi qu'un prononcé d'amendes, concernant l'impôt cantonal et communal sur le revenu et la fortune et l'impôt fédéral direct sur le revenu, portant sur les périodes fiscales 1997-1998, 1999-2000, 2001-2002.
B.X.________ a formé le 16 mai 2007 une réclamation contre ces décisions. Le 23 janvier 2008, l'ACI a admis très partiellement la réclamation, en fixant les compléments d'impôt et les amendes prononcées comme il suit:
Impôt cantonal et communal:
a) Compléments d'impôts:
- Impôts sur le revenu:
Années
Canton
Communes
Totaux
Yverdon
Lausanne
1997
3'513.05
2'511.80
461.80
6'486.65
1998
3'513.05
2'511.80
461.80
6'486.65
1999
4'765.85
3'638.80
405.80
8'810.45
2000
4'765.85
3'638.80
405.80
8'810.45
2001
10'210.85
30'892.95
-21'723.70
19'380.10
2002
10'210.85
30'892.95
-21'723.70
19'380.10
Totaux
36'979.50
74'087.10
-41'712.20
69'354.40
- Impôts sur la fortune:
Années
Canton
Communes
Totaux
Yverdon
Lausanne
1997
58.90
43.20
6.75
108.85
1998
58.90
43.20
6.75
108.85
1999
417.45
316
38.15
771.60
2000
417.45
316
38.15
771.60
2001
1'032.05
9'429.40
-8'327.45
2'134
2002
1'032.05
9'429.40
-8'327.45
2'134
Totaux
3'061.80
19'577.20
-16'565.10
6'028.90
b) Amendes:
Périodes fiscales
Canton
Communes
Totaux
Yverdon
Lausanne
1997-1998
6'000
4'300
800
11'100
1999-2000
7'600
5'800
700
14'100
2001-2002
12'400
7'600
3'600
23'600
Impôt fédéral direct:
a) Compléments d'impôts:
Années
Compléments
1997
2'878.15
1998
2'878.15
1999
3'981.35
2000
3'981.35
2001
6'613.20
2002
6'613.20
Totaux
26'945.40
b) Amendes:
Périodes fiscales
Amendes
1997-1998
4'900
1999-2000
6'300
2001-2002
8'000
Cette décision était accompagnée des tableaux récapitulatifs des reprises opérées par l'ACI:
Pos
Libellé
Années de calculs
Total
1995
1996
1997
1998
1999
2000
ELEMENTS DE REVENUS NON DECLARES OU ERRONES:
déf.
déf.
déf.
déf.
prov.
prov.
1
ELEMENTS SOUSTRAITS A REPRENDRE:
Prestations appréciables en argent provenant de X.________ SA
1.1
Assurances. Reprises sur les primes d'assurances vie:
- Police 3******** avec la Z.________. 100% des primes.
2'813
2'813
2'813
2'813
2'813
2'813
16'878
1.2
Assurances RC immeuble et choses pour le bâtiment
- Reprise 50% des primes.
789
789
1.3
Honoraires fiduciaires.
- Reprise 50% des honoraires liés aux immeubles
1'600
1'600
- Reprise des honoraires liés à la déclaration d'impôt selon décompte ou estimation
1'300
600
250
800
2'950
1.5
Frais de voyages et de représentation
- Reprise de 50% de la part privée "dépense carte Visa"
1'100
1'410
1'735
2'055
1'630
1'350
9'280
- Reprise de 50% de la part privée "frais de restaurant"
3'920
4'105
3'445
2'730
3'205
2'655
20'060
- Reprise sur la différence des forfaits admis et payés
6'600
5'150
3'750
5'850
21'350
1.7
Part privée sur les frais de véhicules.
- part afférente à l'utilisation d'un véhicule de luxe
2'880
6'370
9'250
- part afférente à la norme TVA de 12% sur le prix d'achat
9'840
9'840
9'840
9'840
9'840
9'600
58'800
Reprises liées aux immeubles:
1.10
Frais d'entretien d'immeuble 2********. Part des frais de gestion non justifiée. Reprise à 50%.
697
697
1.11
Frais d'entretien d'immeuble. L'impôt foncier 2******** déduit à double. Reprise à 50%.
2'950
2'950
1.12
Loyers immeuble 2********. Différence entre les loyers
- loyer des tiers à 50%
2'207
9'772
11'979
- loyer de X.________ SA à 50%
21'000
21'000
TOTAL DES SOUSTRACTIONS
18'973
18'768
24'683
23'388
30'875
60'896
177'583
2
ELEMENTS DE REPRISES NE CONSTITUANT PAS UNE SOUSTRACTION:
Prestations appréciables en argent provenant de X.________ SA
2.2
Loyer pour la location d'un bureau au domicile.
6'000
6'000
6'000
6'000
6'000
30'000
Révision de la DI 2001/02 selon l'article 275 LI
2.10
[…]
Révision de la DI 2001/2002
-1'672
-1'672
-3'344
TOTAL DES CORRECTIONS
6'000
6'000
6'000
4'328
4'328
26'656
3
TOTAL DES REPRISES SUR LE REVENU
18'973
24'768
30'683
29'388
35'203
65'224
204'239
Pos
Libellé
Dates de référence
Total
01.01.1997
01.01.1999
01.01.2001
ELEMENTS DE LA FORTUNE NON DECLARES OU ERRONES:
déf.
déf.
prov..
1
ELEMENTS SOUSTRAITS A REPRENDRE:
TOTAL DES SOUSTRACTIONS
2
ELEMENTS DE REPRISES NE CONSTITUANT PAS UNE SOUSTRACTION:
Autres corrections
2.50
Titres de la société X.________ SA
Valeur estimée selon notre service d'estimation
292'950
461'300
532'350
1'286'600
à déduire: valeur déclarée par vos soins
-250'000
-275'000
-265'000
-790'000
2.51
Zurich Cie d'assurance sur la vie, police 7.054.475
La valeur fiscale est déclarée à 100% chez M. B.X.________.
-27'530
-29'835
-32'100
-89'465
TOTAL DES CORRECTIONS
15'420
156'465
235'250
407'135
3
TOTAL DES REPRISES SUR LA FORTUNE
15'420
156'465
235'250
407'135
D. Le 25 février 2008, B.X.________, par l'intermédiaire de son conseil, a recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal contre cette décision. Il conclut principalement à l'annulation des reprises opérées par l'ACI, subsidiairement à l'annulation de la décision attaquée, le dossier étant renvoyé à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Dans sa réponse du 6 juin 2008, l'ACI a conclu au rejet du recours.
Le recourant a déposé un mémoire complémentaire le 30 septembre 2008, confirmant ses conclusions.
L'ACI s'est déterminée sur les dernières écritures du recourant le 20 novembre 2008, concluant toujours au rejet du recours.
Aux fins de statuer sur les recours interjetés par la société et ses deux actionnaires, le tribunal a tenu audience le 16 avril 2009, en présence notamment du recourant, assisté de son conseil, et des représentants de l'ACI. Les parties ont reçu copie du procès-verbal et compte-rendu de l'audience. Il est pour l'essentiel retranscrit dans l'arrêt FI.2006.0068 qui concerne la société. On s'y réfère, en reproduisant ci-après les extraits qui n'ont trait qu'aux actionnaires eux-mêmes:
"[…]
B. Recours des actionnaires (FI.2008.0013 et FI.2008.0028):
[…]
Reprises liées aux immeubles:
ad 1.10 (part des frais de gestion non justifiée):
Compte tenu des explications reçues de l'ACI, Me Bally indique que les recourants ne contestent plus cette reprise.
ad 1.11 (impôt foncier 2******** déduit à double):
M. B.X.________:
L'impôt foncier a été comptabilisé à double en 2000, mais n'a pas été comptabilisé en 1999.
L'ACI expose les décomptes des charges et des produits des immeubles 2********et 4******** pour les années 1999 à 2000. Il en ressort que l'impôt foncier de l'immeuble 2********a été comptabilisé à trois reprises au cours de ces deux exercices:
pour l'exercice 1999 (5'900 fr.) dans le décompte des charges de l'immeuble 4******** (d'où la reprise dans l'année 1999 de la moitié du montant, soit 2'950 fr., pour chacun des actionnaires);
pour les exercices 1999 et 2000 (2 x 5'900 fr.) dans le décompte des charges de l'année 2000 de l'immeuble 2********.
Me Bally produit une note interne de l'inspecteur de l'ACI relative à ce point.
ad 1.12 (différence entre les loyers encaissés et les loyers déclarés):
M. B.X.________:
A l'époque, nos comptes immeubles étaient calqués sur l'exercice commercial (du 1er mars au 28 février). En 1999, à la demande de notre fiduciaire, nous avons changé notre pratique et nos comptes immeubles ont été calqués sur l'année civile (du 1er janvier au 31 décembre). La différence entre les loyers encaissés et les loyers déclarés doit provenir de cette transition. Le solde non déclaré a toutefois dû être reporté sur l'année d'avant ou sur l'année d'après.
L'ACI renonce au caractère de soustraction pour cette reprise.
ad 2.2 (loyer pour la location d'un bureau au domicile):
Les recourants n'ont rien à ajouter sur ce point.
ad 2.50 (actions de la société X.________):
M. B.X.________:
Notre comptable a toujours porté en compte les valeurs admises par l'ACI.
M. H.________:
La détermination des actions de la société prend en compte le montant des reprises effectuées, d'où la correction des valeurs au 1er janvier 1997, 1999, 2001."
Le tribunal a délibéré à huis clos à l'issue de l'audience.
E. Le tribunal a rendu son arrêt sur le recours interjeté par la société (dans la cause enregistrée sous la référence FI.2006.0068) le 12 mai 2009. Cet arrêt, qui n'a pas fait l'objet d'un recours, est entré en force.
Considérant en droit
1. Le recours du 25 février 2008 contre la décision sur réclamation du 23 janvier 2008 de l'ACI a été formé par acte écrit et motivé dans le délai de trente jours prévu par les art. 200 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSV 642.11) et 140 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11); partant, il est recevable en la forme.
2. Le litige porte d'une part sur les reprises effectuées par l'ACI dans le revenu et la fortune déclarés du recourant pour les périodes fiscales 1997-1998, 1999-2000 et 2001-2002 ainsi que les rappels d'impôts et taxations définitives y relatifs, et d'autre part sur les amendes infligées pour soustraction fiscale. Certaines des reprises opérées dans les comptes de la société - qui ont conduit également à des rappels d'impôt et à des prononcés d'amendes dans le chef des actionnaires – ont été abandonnées par le tribunal dans l'arrêt FI.2006.0068. Les corrections effectuées en faveur de la société profitent nécessairement à l'actionnaire, sans devoir donner lieu à des développements particuliers.
3. En audience, le recourant a soulevé le moyen de la prescription. Dans le cas d'espèce, deux types de prescription entrent en considération: la prescription du droit de taxer et celle de la poursuite pénale.
a) En matière d'impôt fédéral direct, la LIFD est entrée en vigueur le 1er janvier 1995; elle a abrogé l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 sur la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD; art. 201 LIFD). En l'espèce, les rappels d'impôt et décisions de taxation définitive litigieux se rapportent tous à des périodes postérieures à l'entrée en vigueur de la LIFD; la loi fédérale est donc applicable en ce qui concerne la question de la prescription du droit de taxer.
L'art. 120 LIFD dispose que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale (al. 1). La prescription ne court pas ou est suspendue notamment pendant la durée des procédures de réclamation, de recours ou de révision (al. 2, let. a). Elle est interrompue notamment par tout acte de l'autorité tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt (al. 3, let a). Elle est acquise, dans tous les cas, quinze ans après la fin de la période fiscale.
L'art. 120 LIFD réserve l'application de l'art. 152 LIFD relatif au rappel d'impôt. Selon cette dernière disposition, le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète (al. 1). Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (al. 3).
En l'espèce, pour les périodes fiscales 1997-1998 et 1999-2000, l'ACI a introduit la procédure de rappel d'impôt dans le délai de dix ans de l'art. 152 al. 1 LIFD en notifiant le 15 octobre 2002 au recourant un avis d'ouverture d'une procédure pour soustraction fiscale. Par ailleurs, la prescription absolue du droit de procéder au rappel d'impôt n'arrivera à échéance pour la plus ancienne période en cause (1997-1998) qu'à fin 2013. Pour la période fiscale 2001-2002, la prescription du droit de taxer a été suspendue au cours de la procédure de réclamation devant l'ACI, puis de la présente procédure (art. 120 al. 2 let. a LIFD). Par ailleurs, la prescription absolue ne sera acquise qu'à fin 2017.
b) En matière d’impôt cantonal et communal, la LI est entrée en vigueur le 1er janvier 2001; elle a abrogé la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI). En l'espèce, les rappels d’impôt et les décisions de taxation définitive litigieuses concernent tous des périodes fiscales antérieures à l'entrée en vigueur de la LI. Se pose dès lors la question du droit applicable pour la prescription du droit de taxer.
Selon la jurisprudence, les règles concernant la prescription sont celles du droit en vigueur au moment de la naissance de la créance d’impôt (RDAF 2000 II 212; ATF 2P.411/1998 et 2A.568/1998, du 23 novembre 2001; RDAF 2002 II 89; RDAF 2003 II 497, 499). On appliquera en conséquence les dispositions sur la prescription de l'aLI.
A cet égard, l'art. 98a al. 1 aLI prévoit que, sous réserve des art. 107 ss aLI (cas de révision) et 128 ss (cas de soustraction), le droit de procéder à une taxation se prescrit quatre ans après la fin de la période de taxation. L'art. 98a al 2 let. a aLI précise que la prescription ne court pas ou est suspendue pendant la durée des procédures de réclamation, de recours et de révision. Enfin, aux termes de l'art. 98a al. 4 aLI, la prescription est acquise, dans tous les cas, douze ans après la fin de la période de taxation. Quant à la procédure de révision des décisions définitives, l’art. 109 aLI énonce que l’autorité de taxation peut réviser la taxation dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision en cause lorsqu’elle découvre des faits nouveaux importants ou des preuves qu’elle n’avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours. Quand le motif de révision est lié à une soustraction, l'art. 133 aLI prévoit un délai de prescription de quatre ans après la fin de la période de taxation (voir arrêt FI.1996.0053 du 2 septembre 1997, consid. 4).
En l'espèce, pour les périodes fiscales 1997-1998 (taxation définitive notifiée le 27 avril 1998) et 1999-2000 (taxation définitive notifiée le 19 juin 2000), l’ACI a interrompu la prescription dans le délai de quatre ans en notifiant le 15 octobre 2002 au recourant un avis d’ouverture d’une procédure pour soustraction fiscale.
La prescription du droit de taxer de 12 ans de l’art. 98a al. 4 aLI n'est pas davantage acquise: en l'occurrence, pour la plus ancienne des périodes en cause (1997-1998), la prescription absolue n'arrivera à échéance qu'à fin 2010.
c) En matière d'impôt fédéral direct, les prononcés d'amendes litigieux se rapportent tous à des périodes fiscales postérieures à l'entrée en vigueur de la LIFD. On appliquera en conséquence le nouveau droit.
La LIFD règle la question de la prescription pénale à son art. 184, qui prévoit, en cas de soustraction d’impôt consommée, un délai de dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n’a pas été effectuée ou l’a été de façon incomplète (al. 1 let. b) et un délai de prescription absolue de 15 ans (al. 2).
En l'espèce, pour les périodes fiscales 1997-1998 et 1999-2000, l'ACI avait notifié au recourant des décisions définitives de taxation, avant d'ouvrir après coup une procédure pour soustraction. On se trouve ainsi en présence d'une soustraction consommée. En revanche, pour la période fiscale 2001-2002, aucune taxation définitive n'avait encore été notifiée. On se trouve donc en présence d'une tentative de soustraction. Pour les périodes fiscales 1997-1998 et 1999-2000, la prescription de l'art. 184 al. 1 let. b LIFD a été interrompue par l'envoi le 15 octobre 2002 de l'avis d'ouverture d'enquête. Par ailleurs, la prescription absolue pour ces périodes ne sera atteinte au plus tôt qu'à fin 2013. Pour la période fiscale 2001-2002, la prescription de l'art. 184 al. 1 let. a LIFD n'a pas encore commencé à courir.
d) En matière d'impôt cantonal et communal, les prononcés d'amendes litigieux concernent tous des périodes fiscales antérieures à l'entrée en vigueur de la LI. Se pose dès lors la question du droit applicable pour la prescription de la poursuite pénale.
Les règles de droit transitoire en matière de prescription de la poursuite pénale divergent de celles du droit de taxer. Selon la jurisprudence, les dispositions nouvelles sur la prescription pénale sont applicables aux infractions commises avant l'entrée en vigueur et jugées après, à moins que l'ancien droit ne soit plus favorable à l'auteur de l'infraction (ATF 129 IV 49: principe de la lex mitior). Il convient donc pour les périodes litigieuses de comparer l'effet de l'ancien droit et nouveau droit pour déterminer le droit le plus favorable.
La LI règle la question de la prescription de la procédure pénale à son art. 254, dont la teneur est calquée sur le modèle de l'art. 184 LIFD.
Sous l'empire de l'ancien droit, l'art. 133 aLI prévoit que la contravention est prescrite quatre ans après la période de taxation, la prescription pouvant toutefois être interrompue par tout avis informant le contribuable d'une enquête en cours (al. 1), sauf si aucune suite ne lui est donnée dans le délai d'une année. Selon la jurisprudence, l'art. 133 al. 2 aLI doit être interprété en ce sens que l'avis interruptif de la prescription doit être validé par une opération d'instruction dans le délai d'une année (arrêts FI.1996.0057 du 5 novembre 1996; FI.1996.0088 du 17 juin 1997). L'art. 133 aLI ne prévoit aucun délai de prescription absolue. Selon la jurisprudence, l'art. 98a al. 4 aLI qui prévoit un délai de prescription absolue de douze ans est applicable à la contravention (arrêts FI.1998.0009 du 14 décembre 2000 consid. 2; FI.1996.0088 du 17 juin 1997; FI.1996.0070 du 24 août 1999).
En résumé, les art. 133 aLI et 98a al. 4 aLI qui prévoient des délais plus courts que la nouvelle loi (quatre ans au lieu de dix et douze ans au lieu de quinze) se révèlent plus favorables au contribuable; ils s’appliqueront donc à toutes les périodes litigieuses.
En l'espèce, pour la plus ancienne période en cause (1997-1998), la prescription absolue n'arrivera à échéance qu'à fin 2010.
4. Avant d'examiner le bien-fondé des reprises opérées par l’autorité intimée, il convient au préalable de rappeler quelques considérations juridiques déterminantes.
a) En droit fiscal suisse, le bénéfice imposable des sociétés anonymes se détermine d'après le solde du compte de pertes et profits (art. 58 al. 1 let. a LIFD; art. 94 al. 1 let. a LI; art. 54 al. 1 let. a aLI). A ce solde sont ajoutés tous les prélèvements opérés avant le calcul de celui-ci, qui ne servent pas à couvrir des frais généraux justifiées par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b LIFD; art. 94 al. 1 let. b LI; art. 54 al. 1 let. b aLI).
Parmi les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits figurent les "libéralités en faveur de tiers" (l'art. 58 al. 1 let b 5ème tiret LIFD parle d'"avantages procurés à des tiers"). D'après la doctrine et la jurisprudence, la notion de "libéralités en faveur de tiers" comprend notamment les prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre-prestation, à ses actionnaires, aux membres de l'administration ou à d'autres organes, ou encore à toute personne la touchant de près et qu'elle n'aurait pas faites dans les mêmes circonstances à des tiers non participants. De telles prestations ne sont pas justifiées par l'usage commercial et doivent être réintégrées au bénéfice imposable de la société, car elles n'ont pas le caractère de frais généraux (ATF 119 Ib 116 consid. 2; 115 Ib 111 consid. 5a et les références citées). Selon le Tribunal fédéral, l'existence d'une prestation appréciable en argent suppose la réalisation de quatre conditions cumulatives: la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le touchant de près; elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (en particulier, ATF 2C_895/2008 du 9 juin 2009; ATF 131 II 593 consid. 5; ATF 115 Ib 238; 113 Ib 25).
Les prestations appréciables en argent faites aux actionnaires doivent être reprises aussi bien dans la société que chez l'actionnaire bénéficiaire, car celui-ci est présumé avoir perçu ces montants, à titre de dividende dissimulé (arrêt FI.2006.0010 du 24 novembre 2006 consid. 4, ainsi que les références citées). Il s'agit là d'une conséquence de la distinction, sur le plan fiscal comme sur le plan civil, entre la société et ses actionnaires, qui conduit à une double imposition économique (RDAF 1996 p. 172).
b) Pour les périodes fiscales 1995 à 1998 qui ont fait l’objet d’une taxation définitive et exécutoire, la reprise est soumise aux conditions du rappel d'impôt, qui seul autorise la réouverture par l’autorité fiscale d’une taxation entrée en force.
Sur le plan procédural, on relève que le rappel d’impôt est notifié à l’issue d’une procédure de révision au détriment du contribuable. Il s’agit d’une voie de droit extraordinaire qui permet exceptionnellement de remettre en cause une décision entrée en force (voir arrêts FI.2007.0136 du 9 juillet 2008, FI.1995.0046 du 13 juin 1996, FI.1994.0065 du 18 août 1995, FI.1993.0053 du 20 décembre 1994, FI.1993.0016 du 10 mai 1994).
En matière d'impôt direct cantonal et communal, la procédure de révision était, jusqu’au 31 décembre 2000, réglée aux art. 107 à 109 aLI. L’art. 109 al. 1, première phrase, aLI permettait à l'autorité de taxation de réviser la taxation définitive en défaveur du contribuable "(...) dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision, lorsqu'elle découvre des faits nouveaux importants ou des preuves qu'elle n'avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours". Selon la jurisprudence du Tribunal administratif (arrêts FI.1993.0100 du 28 octobre 1994 et FI.1993.0101 du 15 mars 1995), cette règle exigeait seulement que la procédure de révision soit entamée dans le délai de trois mois dès la découverte du motif de révision, mais non pas que la décision arrêtant la taxation révisée soit prise à cette échéance. Cette disposition a été remplacée par l’art. 207 al. 1 LI, en vigueur depuis le 1er janvier 2001.
S’agissant tant de l’ancien que du nouveau texte légal, on entend par faits nouveaux des faits antérieurs à la décision de taxation, mais découverts après seulement. Ce motif de révision est admissible pour autant que l'autorité n'ait pas été en mesure, en faisant preuve de l'attention que l'on pouvait exiger d'elle compte tenu des circonstances, de les faire valoir déjà auparavant dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours (sur cette question, Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Berne 1992, vol. V, ad art. 136 n° 5, p. 17 et ss, 137 nos 2.2 et 2.3, p. 26 ss ainsi que les références citées; voir aussi, Pierre Moor, Droit administratif, II, Berne 1991, n° 2.4.4.1; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4ème édition, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991 nos 1300 ss; voir aussi, Hugo Casanova, Le rappel d'impôt, in RDAF 1999 II 1 ss). Entre autres conditions, il faudrait par conséquent, pour que la voie de la révision soit ouverte, que l'autorité se soit fondée, dans sa première décision, sur des indications erronées du contribuable ou qu'elle ait, postérieurement à cette dernière, découvert des faits nouveaux concluants, qui se sont produits avant la décision entrée en force, et qu'elle ait été empêchée sans sa faute, en ayant fait preuve de toute la diligence requise, de retenir dans sa décision. Les faits et preuves invoqués doivent être pertinents; selon Moor, ils le sont s'il y a lieu d'admettre qu'ils eussent amenés à une décision différente s'ils avaient été connus à temps (ibid., p. 230; voir en outre plus généralement sur cette question, Ursina Beerli-Bonorand, Die ausserordentliche Rechtsmittel in der Verwaltungsrechtspflege des Bundes und der Kantone, Zürich 1985, pp. 96-97).
En matière d'impôt fédéral direct, la LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 1995, prévoit, à son art. 151 al. 1, le rappel d'impôt, notamment "lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète (...)". Contrairement à ce qui prévalait antérieurement sous le régime de l'AIFD, le rappel d'impôt ne dépend plus exclusivement de la commission d'une infraction fiscale.
c) On rappellera que la procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 255). Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de recours, en matière fiscale (art. 142 al. 4 LIFD; art. 201 LI).
L'autorité doit vérifier la déclaration (art. 123 et 126 LIFD, 172 et 176 LI). Elle doit déterminer d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation et ceci, même en cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable. Dès lors, si des indices précis rendent vraisemblable l'existence des conditions fondant l'obligation fiscale, l'autorité peut sans arbitraire exiger du contribuable qu'il apporte la preuve du contraire (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; 92 I 253; Archives 64 493 consid. 3c; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle, 3ème éd. 2007, § 22, n° 9 p. 443); dans sa jurisprudence, le Tribunal administratif a confirmé plusieurs fois ce principe (voir arrêts FI.2002.0043 du 10 mars 2003; FI.2000.0003 du 29 juin 2000; FI.1997.0049 du 15 avril 1999; FI.1992.0082 du 12 février 1993). En effet, les parties ont l'obligation de collaborer à l'établissement de la taxation (art. 126 al. 1 LIFD, 90 al. 2 aLI et 176 al. 1 LI; voir Jean-Marc Rivier, op. cit., p. 142; Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, ad art. 42 LHID, n° 2, p. 496); cette obligation s’étend du reste à la procédure de rappel d’impôt (art. 153 al. 3 LIFD et 209 al. 3 LI; voir Klaus A. Vallender, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, ad art. 153 LIFD n° 4, p. 415). S’agissant du fardeau de la preuve, on retient dans la règle qu’il appartient à l'autorité de taxation d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui l'augmentent (ATF 105 Ib 382); le contribuable, pour sa part, doit alléguer et prouver les faits qui suppriment ou réduisent cette créance (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256/257). Ainsi, la justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit être établie par le contribuable; ce principe est issu de l'art. 8 du code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC; RS 210), selon lequel chaque partie doit alléguer et prouver les faits dont elle entend déduire son droit, disposition applicable par analogie en matière fiscale (ATF 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2.3).
Le fisc et le contribuable sont donc tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit en apportant des preuves ou indices positifs contraires; l'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables (voir, outre Rivier, ibid., Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, Berne 2001, 4e éd., p. 462). L'autorité de recours a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4 LIFD et 201 LI) et peut demander un complément d'instruction. Elle apprécie les preuves apportées par les parties et a un large pouvoir d'appréciation dans ce domaine (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités).
5. a) En droit fédéral, la soustraction fiscale est réalisée lorsqu'une taxation n'a pas été effectuée ou est demeurée insuffisante, parce qu'un contribuable a violé de manière fautive l'obligation qui lui est imposée par la loi de collaborer à la taxation et de renseigner l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur tous les éléments nécessaires à une taxation correcte (Arch. 52, p. 454; Arch. 54, p. 660; Arch. 56, p. 345). La tentative de soustraction est réalisée dans les mêmes conditions, mais elle suppose que la taxation insuffisante ne soit pas encore entrée en force au moment de l'intervention du fisc; elle est réprimée par l'art. 176 LIFD.
La réalisation des éléments objectifs de la soustraction fiscale suppose, d’une part, que les montants non déclarés constituent des éléments imposables, d’autre part, que ces montants soient entrés dans la sphère de disposition du contribuable. Ainsi, selon le Tribunal fédéral, l'état de fait de la soustraction fiscale est notamment réalisé lorsqu'une société comptabilise comme frais généraux des dépenses privées de son actionnaire, alors qu'elle sait qu'une telle manière d'agir est illicite; il suffit que la société ait eu pour but d'obtenir une taxation insuffisante (ATF du 22 novembre 1992, Arch. 63, p. 208).
b) La condition subjective de la soustraction est réalisée lorsque le contribuable a agi de manière fautive, soit intentionnellement, soit par négligence. Contrairement à la soustraction consommée qui est déjà punissable lorsqu’elle est commise par négligence, la tentative de soustraction ne peut être punie que si elle est intentionnelle (RDAF 1987 p.15; ATF 100 Ib 480, consid. 2; Arch. 54, p. 662; Arch. 44, p. 55; ATF 85 I 259). La preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à l'autorité fiscale, celle-ci étant toutefois facilitée par la présomption que celui qui agit avec conscience agit aussi avec volonté (StE 1988 B 101.21 n°7, consid. 4). Le Tribunal fédéral considère que cette preuve est apportée lorsqu'il est établi de manière suffisamment certaine que le contribuable était conscient du caractère inexact ou incomplet de sa déclaration. Si cette conscience est établie, il faut alors partir de l'idée que le contribuable a aussi agi de manière intentionnelle, c'est-à-dire dans le but de tromper l'autorité fiscale et d'obtenir une taxation trop basse ou du moins, agissant par dol éventuel, qu'il a compté sérieusement avec cette possibilité (ATF 114 Ib 27; StE 1988 B 101.21 n°6). Lorsque des éléments imposables ne sont pas indiqués dans la déclaration, on peut admettre ordinairement qu'il y a intention de les soustraire à l'impôt (ATF du 7 octobre 1986, StE 1987 B. 101.2 n° 3). La jurisprudence admet également que celui qui déclare un revenu de loin inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu'il donne sont fausses ou incomplètes et, partant, qu'il agit intentionnellement (Arch. 56, p. 138). La négligence est définie par l’art. 12 al. 3 du Code pénal (CP). Ainsi, un contribuable commet une infraction par négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L’imprévoyance est coupable quand l’auteur de l’acte n’a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. Selon la jurisprudence, il faut poser des exigences sévères quant à la prévoyance requise: si un contribuable a des doutes sur ses droits et obligations, il doit faire en sorte de les lever ou, du moins, en informer l'autorité fiscale (StE 1989 B. 101.9 n° 6 et les références citées).
c) En droit cantonal, les conditions de la soustraction sont les mêmes, l’ancienne LI n'opérant toutefois pas de distinction entre la soustraction consommée et la tentative de soustraction suivant l'entrée en force ou non de la taxation. Ainsi, l'art. 128 aLI consacre uniquement une infraction de mise en danger qui est achevée lorsque le contribuable a accompli tous les actes nécessaires à la soustraction, même si les irrégularités commises n'ont pas abouti à une taxation définitive au préjudice de l'Etat.
6. Ces considérations générales exposées, il convient d'examiner poste par poste les reprises qui sont contestées. Au préalable, on rappelle que les corrections effectuées en faveur de la société dans l'arrêt FI.2006.0068 profitent au recourant (voir supra consid. 2) et qu'en conséquence, les lignes 1.3 1er tiret, 1.5 1er et 2ème tiret et 1.7 1er tiret du tableau des reprises sont abandonnées. Reste à examiner le bien-fondé des reprises suivantes:
a) les primes d'assurance-vie (reprise 1.1: primes 1995-2000 pour 16'878 fr. sur toutes les périodes)
De 1995 à 2000, la société X.________ SA a comptabilisé comme charges les primes de la police d'assurance-vie 3******** (conclue avec La Z.________), dont le recourant est le preneur, l'assuré et le bénéficiaire. Considérant que la prise en charge de ces primes d'assurances par la société constituait une prestation en faveur du recourant, l'ACI a repris un montant total de 16'878 fr. sur toutes les années.
Selon une jurisprudence constante, une prime d'assurance-vie n'est déductible fiscalement, en principe, que pour autant que la société soit à la fois preneur et bénéficiaire de l'assurance (arrêt FI.1996.0085 du 12 décembre 2002, ainsi que les références citées). Il ne suffit pas, pour que la prise en charge des primes par la société soit acceptable, que le chef d'entreprise ait conclu l'assurance dans l'optique d'assurer la survie de l'entreprise à son décès ou même qu'il l'ait nantie pour garantir des dettes de l'entreprise (arrêt FI.1993.0123 du 13 avril 1999). Il en va de même lorsqu'une assurance a été contractée dans le but d'obtenir l'adjudication de travaux de la part du co-contractant (arrêt FI.1993.0100 du 28 octobre 1994) ou d'obtenir des emprunts (arrêt FI.1993.0123 précité).
En l'espèce, l'ACI s'est conformée à cette jurisprudence, dont il n'y a pas lieu de s'écarter, en n'admettant pas la déduction de primes d'assurance-vie, dont la société n'était ni preneur ni bénéficiaire. Il importe peu comme on l'a vu que ces assurances aient été contractées à la demande des banques et qu'elles aient été nanties en leur faveur. Les reprises opérées par l'autorité intimée doivent dès lors être maintenues. Quant au caractère de soustraction intentionnelle, il doit également être confirmé. La pratique de l'ACI en matière de traitement fiscal des primes d'assurance-vie et la jurisprudence du Tribunal administratif sont en effet connues et, en cas d'éventuels doutes, il appartenait en particulier au recourant d'interroger le fisc, ce qu'il n'a pas fait. En agissant ainsi, il a pris le risque et compté sérieusement avec la possibilité de soumettre de fausses déclarations aux autorités fiscales. Un tel comportement relève du dol éventuel et doit être assimilé pénalement à un acte intentionnel (dans ce sens, voir arrêts FI.1993.0100 et FI.1993.0123 précités).
b) les primes d'assurances RC immeuble et choses (reprise 1.2: 789 fr. en 2000)
En 2000, la société X.________ SA a comptabilisé comme charges les primes d'assurance RC (568 fr.) et d'assurance choses (1'011 fr) d'immeubles appartenant à A.X.________ et B.X.________. Considérant que la prise en charge de ces primes d'assurances par la société constituait une prestation aux actionnaires, l'ACI a repris un montant de 789 fr. (50% de 1'579 fr.) sur la période de calcul 2000 dans le revenu imposable de chacun des actionnaires.
Les actionnaires ont fait valoir que le bail mentionnait expressément que ces primes étaient payables par la société; ils ont expliqué en audience qu'ils avaient opté pour cette solution pour tenir compte du fait que le risque RC était lié à l'activité de la société (en particulier à la présence des enseignes qu'elle avait fait poser).
Le bail en question n'a pas été produit. Quoi qu'il en soit, le fait qu'il mentionnait expressément que les primes d'assurance RC étaient payables par la société n'est pas déterminant. C'est en effet le propriétaire de l'immeuble qui est responsable au sens de l'art. 58 du Code des obligations (CO; RS 220), ceci sans préjudice de son recours contre le locataire si celui-ci est à l'origine des dommages. C'est donc à lui et non au locataire qu'incombe le paiement des primes d'assurance RC.
La prise en charge des primes d'assurance RC et d'assurance chose par la société constitue dès lors une forme de distribution dissimulée de bénéfice aux actionnaires. La reprise opérée à ce titre doit donc être confirmée. Vu la nature de ces frais, la qualification de soustraction intentionnelle est par ailleurs justifiée.
c) honoraires liés aux déclarations d'impôt personnelles (reprise 1.3, second tiret: 2'950 fr. sur les périodes 1995-1998)
L'ACI a repris une part privée sur les factures d'honoraires suivantes:
- une facture du 7 février 1995 d'un montant total de 19'600 fr. de la fiduciaire C.________ SA; cette facture comportait notamment des rubriques désignant nommément chacun des deux actionnaires.
- une facture du 15 décembre 1995 d'un montant total de 2'100 fr. (hors taxe) de la fiduciaire C.________ SA; il ressort du libellé de cette facture qu'elle portait en particulier sur la prestation suivante: "élaboration et transcription de la déclaration fiscale 1995/1996 et des documents annexes", en particulier pour le recourant.
- une facture du 6 juin 1996 d'un montant total de 9'800 fr. (hors taxe) de la fiduciaire C.________ SA; cette facture comportait notamment les rubriques suivantes: "les formalités fiscales pour la société et les administrateurs, récolte de renseignements, vérification des bordereaux", "intervention auprès de l'autorité de taxation", "récolte de renseignements fiscaux" et "vérification de bordereaux fiscaux, contact avec l'autorité de taxation".
- une facture du 4 décembre 1997 d'un montant total de 2'150 fr. (hors taxe) de la fiduciaire C.________ SA; il ressort du libellé de cette facture qu'elle portait sur les prestations suivantes: "récolte de renseignements fiscaux", "élaboration et transcription de la déclaration fiscale 1997/1998 et des documents annexes" en particulier pour le recourant, "demande de délai pour le dépôt de documents fiscaux" et "secrétariat, travaux administratifs, téléphones et divers".
Au vu de leurs libellés, ces factures portent manifestement en partie sur des prestations qui concernent les déclarations d'impôt personnelles des actionnaires et de leurs proches. La reprise d'une part privée est dès lors justifiée. La société ne l'a du reste pas contestée dans son recours (voir arrêt FI.2006.0068). Par ailleurs, vu le caractère manifestement privé de ces frais, la qualification de soustraction intentionnelle sera confirmée.
d) part privée sur les frais de voyage et de représentation: reprise sur la différence entre les forfaits admis et payés (reprise 1.5, 3ème tiret: 21'350 fr. de 1997 à 2000)
La société X.________ SA a adopté le 1er décembre 1986 un "règlement concernant les frais et dépenses professionnels de la Maison", allouant au collaborateur un montant forfaitaire de 100 fr. par jour pour les voyages en Suisse et de 150 fr. pour les voyages à l'étranger.
L'ACI a approuvé ce règlement le 26 janvier 1987.
Lors du contrôle, l'ACI a constaté que la société avait adopté le 4 décembre 1995 un nouveau règlement concernant les frais et dépenses et qu'elle avait en particulier doublé les forfaits avec effet au 1er janvier 1996. Ce nouveau règlement n'a toutefois jamais été approuvé par l'ACI. La société s'était pourtant engagée dans une lettre du 12 décembre 1986 adressée à l'ACI "à annoncer spontanément à l'autorité fiscale toute modification du règlement". L'ACI a dès lors repris la différence entre les nouveaux et les anciens forfaits.
Lors de l'audience, les actionnaires ont admis que le nouveau règlement n'avait pas été soumis à l'ACI et, partant, qu'il n'avait pas été approuvé. Ils ont expliqué qu'ils avaient chargé à l'époque leur fiduciaire de soumettre le nouveau règlement à l'autorité fiscale, ce qui n'avait toutefois pas été fait. Ils étaient néanmoins partis de l'idée que le règlement avait été approuvé (ou qu'il le serait à titre rétroactif).
Dans la mesure où le nouveau règlement n'a pas été approuvé par l'autorité fiscale et que les forfaits résultant du règlement de 1986 demeurent suffisants au regard de la pratique, la reprise opérée sera confirmée.
Le recourant et son frère contestent le caractère de soustraction de cette reprise. Ils font valoir leur bonne foi, en invoquant la faute de leur mandataire qui n'a pas soumis le nouveau règlement à l'autorité fiscale pour approbation malgré leur demande. Les actionnaires auraient toutefois dû attendre la réponse de leur fiduciaire avant de partir de l'idée que l'ACI avait approuvé le nouveau règlement. En s'en abstenant, ils ont pris le risque et compté sérieusement avec la possibilité de soumettre de fausses déclarations aux autorités fiscales. Un tel comportement relève du dol éventuel et doit être assimilé pénalement à un acte intentionnel. La qualification de soustraction intentionnelle sera dès lors confirmée.
e) la part privée sur les frais de véhicule (reprise 1.7, 2ème tiret: 55'800 fr. sur toutes les périodes)
L'ACI a repris un montant total de 55'800 fr. sur les frais des véhicules de l'entreprise, pour tenir compte de leur utilisation à titre privé par le recourant.
Lors de l'audience, le recourant a affirmé ne pas avoir utilisé les véhicules de l'entreprise à des fins privées, préoccupé par le souci de ne pas prétériter son frère. Il a invoqué le fait qu'il possède des véhicules privés, mais de taille plus modeste (deux VW golfs) et qu'il parcourait 40'000 à 60'000 km par année pour ses activités professionnelles, si bien qu'il limitait ses déplacements pour ses loisirs.
Ces allégations n'ont pas convaincu le tribunal. Le principe demeure, on le rappelle, qu'une part privée doit être comptabilisée (voir en particulier arrêt FI.1996.0091 du 12 décembre 2002, consid. 5.1). Pour le surplus, l'ACI s'est conformée à la pratique en reprenant un montant correspondant selon la norme TVA à 12% du prix d'achat des véhicules. La reprise opérée sera dès lors maintenue. Quant au caractère de soustraction intentionnelle, il sera confirmé également. En effet, aucune part privée n'a été comptabilisée (voir en particulier arrêt FI.1996.0091 précité, consid. 5.1) et les attestations A/02 qui figurent au dossier de la société (elles concernent les exercices 1996 à 2000) ne portent aucune indication sur la question de la mise à disposition d'un véhicule d'entreprise.
f) immeuble 2********, frais d'entretien (reprise 1.10: 697 fr. en 2000)
Compte tenu des explications fournies par l'ACI en audience, le recourant ne conteste plus cette reprise. Il y a lieu d'en prendre acte.
g) immeuble 2********, impôt foncier (reprise 1.11: 2'950 fr. au 1999)
L'ACI a constaté qu'une facture de 5'900 fr. relative à l'impôt foncier de l'immeuble 2********, copropriété du recourant et de son frère, a été comptabilisée à double. Cette charge a en effet été déduite tant dans les comptes de gestion 1999 de l'immeuble 4******** que dans les comptes de gestion 2000 de l'immeuble 2********. L'ACI n'a dès lors pas admis la déduction opérée en 1999 dans les comptes de gestion de l'immeuble 4******** et a repris la moitié du montant, soit 2'950 fr., dans le revenu imposable de chacun des actionnaires.
Le recourant prétend que l'impôt foncier a été comptabilisé à double en 2000, mais n'a pas été comptabilisé en 1999. Ces explications sont toutefois contredites par les décomptes des charges et des produits des immeubles 2********et 4******** pour les années 1999 et 2000. Il ressort en effet de ces pièces que l'impôt foncier de l'immeuble 2********a été comptabilisé à trois reprises au cours de ces deux exercices:
- pour l'exercice 1999 (5'900 fr.) dans le décompte des charges de l'immeuble 4********;
- pour les exercices 1999 et 2000 (2 x 5'900 fr.) dans le décompte des charges de l'année 2000 de l'immeuble 2********.
La reprise, tout comme la qualification de soustraction intentionnelle, doivent dès lors être confirmées.
h) immeuble 2********, différences sur loyers (reprise 1.12: 11'979 fr. en 1999-2000; 21'000 fr. en 2000)
L'ACI a constaté qu'en 1999 et 2000, le recourant, tout comme son frère, n'avaient pas déclaré l'intégralité des loyers de l'immeuble 2********encaissés. Elle a dès lors repris la moitié de la différence entre les loyers encaissés et déclarés dans le revenu imposable de chacun des actionnaires (11'979 fr. en 1999-2000; 21'000 fr. en 2000).
Lors de l'audience, les actionnaires ont expliqué cette différence par un changement de pratique en 1999 (comptabilisation des charges et produits des immeubles arrêtés sur l'année civile et non plus du 1er mars au 28 février et report du solde non déclaré sur les années suivantes).
Les explications fournies ne sont guère convaincantes (au vu du principe de l'étanchéité des exercices comptables). La reprise sera dès lors maintenue. En revanche, il n'y avait manifestement pas de volonté de la part des actionnaires de tromper le fisc. La qualification de soustraction fiscale sera dès lors abandonnée (l'ACI a du reste indiqué en audience qu'elle y renonçait).
i) loyer pour la location d'un bureau à domicile (reprise 2.2: 30'000 fr., soit 6'000 fr./an de 1996 à 2000)
L'ACI a repris les loyers pris en charge par la société pour la location d'un bureau au domicile privé du recourant (500 fr. par mois). L'autorité a considéré que le caractère nécessaire de cette dépense n'avait pas été établi.
Lors de l'audience, les actionnaires (et administrateurs) ont indiqué qu'ils étaient régulièrement appelés à communiquer par fax avec des pays situés dans d'autres fuseaux horaire. Ces explications ne suffisent pas à démontrer la nécessité pour le recourant de disposer à son domicile privé d'une pièce réservée à ses activités professionnelles. C'est dès lors à juste titre que l'autorité intimée a considéré qu'il s'agissait d'une distribution dissimulée de bénéfice à l'actionnaire.
L'ACI n'a pas retenu la soustraction sur ce point. La question se pose alors de savoir si un fait nouveau justifie la reprise portant sur les périodes 1997-1998 et 1999-2000 qui sont définitives. On relève à cet égard que le recourant n'a pas indiqué dans sa déclaration d'impôt personnelle les loyers en question au titre de revenu imposable. L'ACI n'a dès lors pu apprendre leur existence que lors du contrôle des comptes de la société. On est donc bien en présence d'un fait nouveau justifiant les rappels d'impôts opérés. Les reprises seront en conséquence confirmées pour l'ensemble des périodes.
j) titres de la société X.________ SA (reprise 2.5: valeur d'estimation au 1.1.1997: 292'950 fr., au 1.1.1999: 461'300 fr., au 1.1.2001: 532'350 fr., soit pour toutes les périodes 1'286'600 fr. ./. valeurs déclarées: 790'000 fr.)
L'ACI a corrigé la valeur des titres de la société X.________ SA détenus par le recourant pour tenir compte des reprises opérées dans le bénéfice de la société. Dans la mesure toutefois où le tribunal a annulé certaines de ces reprises dans l'arrêt FI.2006.0068, l'autorité intimée devra calculer à nouveau la reprise figurant sous cette rubrique.
7. Compte tenu des corrections apportées ci-dessus, le tableau des reprises opérées dans le revenu du recourant s'établit en définitive comme il suit:
Pos
Libellé
Années de calculs
Total
1995
1996
1997
1998
1999
2000
ELEMENTS DE REVENUS NON DECLARES OU ERRONES:
déf.
déf.
déf.
déf.
prov.
prov.
1
ELEMENTS SOUSTRAITS A REPRENDRE:
Prestations appréciables en argent provenant de X.________ SA
1.1
Assurances. Reprises sur les primes d'assurances vie:
- Police 3******** avec la Z.________. 100% des primes.
2'813
2'813
2'813
2'813
2'813
2'813
16'878
1.2
Assurances RC immeuble et choses pour le bâtiment
- Reprise 50% des primes.
789
789
1.3
Honoraires fiduciaires.
- Reprise des honoraires liés à la déclaration d'impôt selon décompte ou estimation
1'300
600
250
800
2'950
1.5
Frais de voyages et de représentation
- Reprise sur la différence des forfaits admis et payés
6'600
5'150
3'750
5'850
21'350
1.7
Part privée sur les frais de véhicules.
- part afférente à la norme TVA de 12% sur le prix d'achat
9'840
9'840
9'840
9'840
9'840
9'600
58'800
Reprises liées aux immeubles:
1.10
Frais d'entretien d'immeuble 2********. Part des frais de gestion non justifiée. Reprise à 50%.
697
697
1.11
Frais d'entretien d'immeuble. L'impôt foncier 2******** déduit à double. Reprise à 50%.
2'950
2'950
TOTAL DES SOUSTRACTIONS
13'953
13'253
19'503
18'603
19'353
19'749
104'414
2
ELEMENTS DE REPRISES NE CONSTITUANT PAS UNE SOUSTRACTION:
1.12
Loyers immeuble 2********. Différence entre les loyers
- loyer des tiers à 50%
2'207
9'772
11'979
- loyer de X.________ SA à 50%
21'000
21'000
2.2
Loyer pour la location d'un bureau au domicile.
6'000
6'000
6'000
6'000
6'000
30'000
2.10
[…]
Révision de la DI 2001/2002
-1'672
-1'672
-3'344
TOTAL DES CORRECTIONS
0
6'000
6'000
6'000
6'535
35'100
59'635
3
TOTAL DES REPRISES SUR LE REVENU
13'953
19'253
25'503
24'603
25'888
54'849
164'049
Quant au tableau des reprises opérées dans la fortune du recourant, il devra être corrigé en prenant en compte les valeurs des actions de la société, rectifiées à la suite de la notification de l'arrêt FI.2006.0068 (ligne 2.50; voir supra consid. 7j).
8. Les reprises et leur qualification ayant été examinées, le dernier objet du litige porte sur les amendes prononcées à l'encontre du recourant.
a) Il convient au préalable de déterminer le droit applicable pour la fixation des amendes. Selon la jurisprudence du Tribunal administratif, lorsqu'un contribuable a commis une infraction fiscale sous l'empire de l'ancienne loi et qu'il est jugé après l'entrée en vigueur de la nouvelle loi, il faut appliquer la loi la plus favorable, selon la règle de la lex mitior qui vaut en droit pénal (arrêt FI.2007.0049 du 16 novembre 2007, ainsi que les références citées).
aa) En matière d'impôt fédéral direct, la question de la lex mitior ne se pose pas, dès lors que les périodes litigieuses sont toutes postérieures à l'entrée en vigueur de la LIFD.
bb) En matière d'impôt cantonal et communal, le Tribunal administratif a déjà eu l'occasion de juger qu'en matière de soustraction consommée, l'art. 242 al. 4 LI était plus favorable que l'art. 128 al. 2 let. b aLI qui prévoyait un plafond de l'amende beaucoup plus élevé (cinq fois le montant de l'impôt soustrait au lieu de trois fois; voir arrêt FI.2005.0191 du 12 juillet 2006). En revanche, en matière de tentative de soustraction, il a considéré que l'art. 128 al. 2 let. a aLI était plus favorable que l'art. 243 LI, puisqu'il prévoyait que la soustraction était réprimée par une majoration de 10% des éléments soustraits lorsqu'elle était constatée avant la fin de la période de taxation (voir arrêt FI.2006.0065 du 29 novembre 2006).
En l'occurrence, les amendes pour les périodes fiscales 1997-1998 et 1999-2000 sanctionnent une soustraction consommée; les dispositions de la LI s'appliqueront dès lors qu'elles sont moins rigoureuses pour le contribuable. L'amende pour la période 2001-2002 sanctionne quant à elle une tentative de soustraction; étant donné que la soustraction a été constatée avant la fin de la période de taxation (dans le système d'imposition praenumerando, la période fiscale correspond à la période de taxation et l'enquête pour soustraction fiscale a en effet été ouverte le 15 octobre 2002), il sera fait application de l'art. 128 al. 2 let. a aLI, qui est plus favorable que l'art. 243 LI.
b) Dans le domaine du droit harmonisé, l’amende est fixée en règle générale au montant de l’impôt soustrait; si la faute est légère, elle peut être réduite jusqu’au tiers de ce montant; si elle est grave elle peut être au plus triplée (art. 175 al. 2 LIFD, 56 al. 1 LHID, 242 al. 2 LI). La tentative est réprimée de l’amende (art. 176 al. 1 LIFD, 243 al. 1 LI), fixée au deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (art. 176 al. 2 LIFD, 56 al. 2 LHID, 243 al. 2 LI).
Conformément à l’art. 47 CP (correspondant à l'art. 63 CP dans son ancienne teneur), la peine est fixée d’après la culpabilité de l’auteur, en tenant compte de ses antécédents, de sa situation personnelle ainsi que de l'effet de la peine sur son avenir. Le montant de l’amende est ainsi déterminé d’après la situation de l’auteur, de façon à ce que la perte à subir constitue une peine correspondant à sa culpabilité. Pour apprécier la situation de l’auteur, le juge tiendra compte notamment du revenu et du capital, de l’état civil et des charges de famille, de sa profession et du gain qu’elle lui procure, de son âge et de son état de santé (art. 34 CP, correspondant à l'art. 48 CP dans son ancienne teneur); il convient notamment d’éviter que l’amende frappe plus durement celui qui est économiquement faible que celui qui est économiquement fort (ATF 114 Ib 27 consid. 4a p. 30/31; 2P.237/2001 du 6 mars 2002, consid. 6.1, et les arrêts cités; arrêts FI.1993.0126 du 17 juillet 2000, consid. 2b; FI.1993.0103 du 1er novembre 1999, consid. 8c; FI.1997.0158 du 2 juillet 1998, consid. 2b; cf. également la circulaire n°21 de l’Administration fédérale des contributions, relative au rappel d’impôt et au droit fiscal pénal selon la LIFD, reproduite in: Archives 64 p. 539ss, ch. 2.4).
La peine "ordinaire" - qui correspond au montant de l'impôt soustrait - est généralement prononcée lorsque l’acte punissable a été commis intentionnellement, en l’absence de circonstances aggravantes ou de circonstances atténuantes (voir Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82 / Art. 83-222, édité par Martin Zweifel et Peter Athanas, Bâle/Genève/Munich 2000, Sieber, n. 45 ad art. 175 LIFD). Par faute grave, il faut comprendre entre autres la récidive de même que l’attitude continuellement récalcitrante du contribuable vis-à-vis des autorités fiscales. Il y a également circonstance aggravante lorsque le contribuable dispose de connaissances fiscales particulières (voir Circulaire AFC n° 21 du 7.4.1995; RDAF 1996, 32). Quant à la faute légère, elle peut exister dans les cas de circonstances atténuantes mentionnées à l’art. 48 CP (correspondant à l'ancien art. 64). L’attitude coopérative du contribuable lors de l’établissement des faits doit être appréciée sous l’angle d’une atténuation de la faute (voir Agner/Digeronimo/Neuhaus/Steinmann, op.cit., p. 374 ch. 2.4).
c) En l'espèce, l'ACI a qualifié la faute du recourant de moyenne tant sous l'angle de l'impôt cantonal et communal que de l'impôt fédéral direct. Elle a pris en compte dans son appréciation le montant total des éléments de revenus soustraits, le fait que l'activité incriminée portait sur six ans, la bonne collaboration du recourant, sa situation personnelle ainsi que les sanctions infligées à la société et les répercussions en matière d'impôt anticipé. Elle a appliqué tant sous l'angle de l'impôt cantonal et communal que de l'impôt fédéral direct un coefficient de 1 pour les périodes fiscales 1997-1998 et 1999-2000 (soustraction consommée [x1] / faute moyenne [x1]) et de 2/3 pour la période fiscale 2001-2002 (soustraction tentée [x2/3] / faute moyenne [x1]), dès lors qu'il s'agissait d'une tentative.
Malgré les corrections effectuées au considérant 6, les éléments de revenus soustraits restent relativement importants (104'414 fr.). Un tel montant ne permet pas de qualifier la faute commise de légère. S'agissant des coefficients retenus par l'ACI (1 pour la soustraction consommée et 2/3 pour la tentative de soustraction), ils correspondent à ceux appliqués en cas de faute moyenne (voir art. 175 al. 2 et 176 al. 2 LIFD; art. 242 al. 2 et 243 al. 2 LI). Ils seront par conséquent confirmés, à l'exception du coefficient de 2/3 retenu pour la période fiscale 2001-2002 en matière d'impôt cantonal et communal. Pour cette période, l'ACI devra en effet faire application comme on l'a vu (voir supra consid. 8a i.f.) de l'art. 128 al. 2 let. a aLI et majorer de 10% les éléments soustraits. En outre, pour les autres périodes, l'autorité devra adapter les montants des amendes pour tenir compte des corrections apportées aux éléments de revenus soustraits (voir supra consid. 7).
9. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours, à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recourant aura dès lors à supporter des frais quelque peu réduits et peut prétendre à l'allocation de dépens également réduits. En définitive, l'émolument de justice sera fixé à 2'500 fr. (soit 1000 fr. pour le recours en matière d'impôt fédéral direct et 1'500 fr. en matière d'impôt cantonal et communal) et il ne sera pas alloué de dépens.
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. En matière d'impôt fédéral direct:
a) Le recours est partiellement admis.
b) La décision de l'Administration cantonale des impôts du 23 janvier 2008 est annulée; le dossier est retourné à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
c) Un émolument de 1'000 (mille) francs est mis à la charge du recourant.
II. En matière d'impôt cantonal et communal:
a) Le recours est partiellement admis.
b) La décision de l'Administration cantonale des impôts du 23 janvier 2008 est annulée; le dossier est retourné à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
c) Un émolument de 1'500 (mille cinq cents) francs est mis à la charge du recourant.
III. Il n'est pas alloué de dépens.
Lausanne, le 23 juillet 2009
Le président: Le greffier:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.