CANTON DE VAUD
TRIBUNAL ADMINISTRATIF
Arrêt du 23 décembre 2002
sur le recours interjeté par le X.________SA, à Lausanne, représenté par la société SETT Fiduciaire SA, domiciliée boulevard James-Fazy 4 à 1211 Genève,
contre
la décision sur réclamation rendue le 25 juin 2002 par l'Administration cantonale des impôts concernant la taxation définitive pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 1989-1990, ainsi que la taxation définitive du 24 novembre 1999 en matière d'impôt cantonal et communal et d'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 1995 (praenumerando et postnumerando) ainsi que 1996 et 1997.
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Composition de la section: M. Eric Brandt, président; Mme Lydia Masmejan et Mme Dina Charif Feller, assesseurs.
Vu les faits suivants:
A. La société X.________SA (ci-après X.________) exploite à Lausanne des locaux situés à l'av. W.________ destinés aux soins médicaux et chirurgicaux. Elle emploie son actionnaire principal le Dr Z.________ qui avait acquis 41 actions sur 50 de la société en 1986 pour détenir l'entier du capital depuis le mois d'avril 1994.
B. Par décision du 25 juin 2002, l'Administration cantonale des impôts a partiellement admis une réclamation formée le 25 octobre 1989 par le X.________ contre une décision de taxation définitive du 26 septembre 1989 concernant l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 1989-1990. Le bénéfice net imposable a été fixé à 120'800 fr. et le capital à 1'350'000 francs. La réclamation a en outre été rejetée concernant l'estimation du salaire versé au Dr Z.________. La société avait mentionné un salaire de 520'000 fr. en faveur du Dr Z.________ en 1987 et de 338'000 fr. en 1988. L'autorité fiscale a recalculé le montant du salaire en fixant celui de l'année 1987 à 433'805 fr. et pour l'année 1988 à 329'211 francs.
C. Par la même décision du 25 juin 2002, l'Administration cantonale des impôts a rejeté la réclamation qui a été formée le 23 décembre 1999 par le X.________ contre la décision de taxation définitive du 24 novembre 1999 concernant les périodes fiscales 1995 (praenumerando et postnumerando), 1996 et 1997. L'autorité de taxation a estimé que le salaire de 600'000 fr. versé à l'actionnaire était excessif et a fixé le montant du salaire admissible à 514'664 fr. pour l'année 1995, 512'211 fr. pour l'année 1996 et 512'084 fr. pour l'année 1997. Ce qui correspond à une reprise de 85'336 pour l'année 1995, 87'799 fr. pour l'année 1996 et 87'916 fr. pour l'année 1997.
D. Le X.________ a déposé le 29 juillet 2002 un recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif en estimant que les salaires versés pour les années en cause étaient parfaitement admissibles. L'Administration cantonale des impôts s'est déterminée sur le recours le 4 septembre 2002 en concluant à son rejet.
E. Par ordonnance du 6 novembre 2002 le tribunal a mis en oeuvre Me Nicolas Urech avocat à Lausanne et expert fiscal afin de procéder à une expertise pour renseigner le tribunal sur le salaire auquel pouvait prétendre le Dr Z.________ pour son activité. L'expert a organisé une séance de mise en oeuvre le 20 novembre 2002 lors de laquelle il a procédé à l'audition du Dr Z.________ assisté d'un représentant de sa fiduciaire, ainsi que d'un représentant de l'Administration cantonale des impôts. Il a procédé à diverses investigations téléphoniques et pris connaissance des documents établis par le Dr Y.________ en mars 2001 et mai 2002 concernant le revenu des médecins en Suisse. Il convient de citer les extraits suivants de l'expertise :
(...) II. Le Dr Z.________, personne principale du X.________, a obtenu son diplôme de médecin suisse en 1970. Il n'a pas effectué de spécialisation FMH, mais s'est formé hors hôpitaux publics, en travaillant dans le secteur privé. En 1968, il a obtenu un certificat de diplôme de l'lnstitut d'études politiques de l'Université de Paris, puis le diplôme d'études économiques générales de L'Université Paris I - Panthéon-Sorbonne en 1977.
Dans le cadre du Centre, il déploie des activités relevant bien entendu des examens et soins médicaux ainsi que du travail administratif en découlant directement, mais agit aussi en tant que patron d'entreprise en assurant l'encadrement des employés. Il estime que le travail administratif, lié directement à des dossiers ou plus simplement à la direction du Centre, lui prend à peu près 6 heures par jour. Dans l'horaire d'ouverture du Centre, comme en dehors, il procède également à des visites de patients hors centre médical. Le Dr Z.________ estime travailler une centaine d'heures par semaine, dont certains jours, tels les lundi, mercredi et vendredi environ 21 heures d'affilée. En moyenne annuelle, il pense travailler entre 4'000 et 4'500 heures, ce que l'Administration cantonale des impôts ne conteste pas. Le Dr Z.________ a produit un lot de photocopies de cartes de timbrage relevant des années 1992 à 2002. De ces dernières, il n'est pas possible de déterminer un nombre même approximatif d'heures de travail. En effet, le timbrage a été fait de manière beaucoup trop irrégulière (timbrage à l'entrée et non à la sortie ou le contraire, timbrages absents sur plusieurs jours d'affilée, etc. pas de carte pour certaines années). Il semble toutefois ressortir de ces documents qu'il a un horaire de travail important. Enfin, le Dr Z.________ dit avoir pris environ 8 semaines de vacances en 20 ans.
Les activités du Dr Z.________ sont celles d'un généraliste et/ou d'un médecin-interne. En fonction des nécessités, les patients sont aiguillés vers des spécialistes ou des hôpitaux. Les activités entraînent une très grande tension et demandent beaucoup de rapidité. Le Dr Z.________ estime qu'environ 30% sont des cas évidents, 65% des cas très classiques et 5% des cas difficiles en tout cas avec son expérience.
Le Dr Z.________ estime qu'il a toujours été capable de réaliser un très fort chiffre d'affaires du fait de sa rapidité. Lorsqu'il travaillait en clinique privée à Genève, il était le médecin réalisant le meilleur chiffre d'affaires. S'il devait être employé dans une clinique privée, il serait susceptible de réaliser un revenu similaire, à condition d'avoir un statut très indépendant et une très grande marge de manoeuvre dans son organisation et ses horaires. S'il est payé à l'acte, soit en fonction du chiffre d'affaires, cela serait possible.
Enfin, à terme la remise du X.________SA risque de poser problème, puisqu'il sera excessivement difficile de retrouver un praticien ayant un profil très similaire au Dr Z.________.
b ) Différents contacts et conversations téléphoniques
Il est ressorti des contacts téléphoniques avec les cliniques privées qu'il n'existe aucun poste ressemblant à celui du Dr Z.________. En effet, les seuls médecins salariés sont au plus des assistants payés selon des barèmes similaires à ceux du secteur public. Généralement les praticiens agissant dans le cadre de cliniques sont des médecins indépendants facturant eux-mêmes leurs prestations, ce qui implique que les cliniques n'ont parfois même pas de regard sur ces revenus-là. De toute façon, une comparaison se révélerait très difficile puisque les cliniques n'assurent généralement pas du tout le même type de services que ceux du Dr Z.________, mais soignent des cas relevant plutôt de la chirurgie que de la médecine générale et d'urgence.
Dans les permanences contactées, les médecins salariés sont pratiquement exclusivement des médecins-assistants payés selon les tarifs habituels ou proches de ceux du secteur public. La comparaison est à nouveau difficile, voire impossible. En revanche, dans certains centres médicaux présentant quelques caractéristiques communes avec X.________, des praticiens travaillent, mais avec un statut d'indépendant, et selon un horaire plus étendu qu'un cabinet médical traditionnel et en assurant, à tour de rôle, des gardes. Il a été considéré qu'un horaire de 4'000 à 4'500 heures n'était pas inconcevable à condition de faire de nombreux services de garde. Toutefois, le nombre d'heures semblait très important pour un médecin prenant des vacances de durée normale ainsi que des jours fériés et devant consacrer un nombre de jours importants à sa formation continue. Même avec un horaire important, un revenu d'environ Fr. 400'000.- semble très important, voire à la limite de ce qu'il est possible de gagner, surtout pour un médecin sans FMH, dont la pratique n'est pas spécialisée. Un revenu normal avec un horaire de 40 à 50 heures par semaine devrait se situer entre Fr. 150'000.- et Fr. 250'000.-.
Les Hospices cantonaux m'ont indiqué des revenus annuels de base pour les médecins-cadres de Fr. 140'000.- à 220'000.-. La moyenne horaire s'élève à environ 65 heures par semaine en moyenne, avec 4 semaines de vacances par an. Ces médecins disposent toutefois de trois demi-journées pour recevoir et soigner une clientèle privée. Avec cette clientèle complémentaire, la moyenne des revenus de ces médecins s'élèvent à environ Fr. 320'000.-. Les revenus ont toutefois été plafonnés à environ Fr. 500'000.- brut, ce qui ne touche en réalité que 5 à 10 médecins, après qu'il a été constaté que certains praticiens hautement spécialisés percevaient des revenus qui ont pu s'élever jusqu'à Fr. 1'400'000.,-. 10 % seulement des médecins environ ont un revenu de plus de Fr. 400'000.-. Les cas exceptionnels mis à part, un interniste perçoit de Fr. 200'000 à Fr. 300'000.- environ, alors qu'un chirurgien d'excellente réputation et gros travailleur pouvait prétendre à environ Fr. 600'000.- par an avant le plafonnement. Un patron du service des urgences touche environ Fr. 350'000.- à 400'000.-.
La FMH n'a pas apporté de renseignements téléphoniques importants, mais m'a aiguillé sur les deux rapports rédigés par le Dr Y.________, déjà mentionnés ci- dessus et dont il sera fait état ultérieurement.
La SVM (Société vaudoise de médecine) n'a amené aucun élément, puisque, malgré mes nombreuses tentatives téléphoniques, je n'ai jamais pu parler à la personne responsable qui a préféré me répondre par courrier non encore reçu le jour de remise du rapport d'expertise. D'après sa secrétaire, il me conseillerait de m'adresser à Santésuisse.
Santésuisse (Vaud) m'a principalement indiqué pouvoir me renseigner sur la conformité du chiffre d'affaire s d'un médecin avec certains ratios de la profession, ce qui permet d'examiner l'économicité des traitements entrepris. Il s'agit d'une problématique différente qui ne concerne pas le Dr Z.________, puisque ni son chiffre d'affaires, ni l'économicité de ses prestations ne sont mis en cause.
Enfin, l'OFAS m'a indiqué ne pas tenir de statistique sur les revenus et/ ou salaires des médecin et a refusé de se prononcer sur les études du Dr Y.________ tout en m'indiquant que ces études sont fortement sujettes à caution et n'emportent absolument pas l'adhésion de cet Office. On a catégoriquement refusé de m'indiquer les points de divergence sur ces études.
c) Les études du Dr Y.________
Les deux études réalisées par le Dr Y.________ sur mandat de la FMH fournissent différentes données sur le revenu déterminant pour l'AVS des médecins indépendants depuis 1971/1972. Les conclusions très générales de ces études tendent à démontrer que le revenu des médecins a diminué en termes réels (en comparaison de l'indice des prix à la consommation), même si en termes nominaux, il a augmenté.
Ces études, qui n'ont pas le même objectif que la présente expertise, ont toutefois le mérite de procurer des données comparatives sur de nombreuses années, selon les spécialisations et par canton.
Le rapport "Einkommensentwicklung der freien Aerzteschaft der Schweiz 1971/72 bis 1995/96 je nach Spezialitiit und nach Kanton" porte sur une durée d'environ 25 ans et indique les revenus par groupe de spécialités, par spécialités FMH, par canton et groupes de canton.
L'expertise "Einkommensverhältnisse der freien Aerzteschaft der Schweiz, 30. Wehrsteuerperiode 1997/98" analyse les revenus d'une seule période fiscale, mais de manière beaucoup plus complète. Il y sera fait allusion en tant que de besoin.
Il ressort du 1er rapport les éléments suivants (médecins âgés de moins de 66 ans) :
Moy. tous méd. Généraliste Méd. Interne "Grundversorger"
1987-1988 184'599 157'633 185'368 166'402
1993-1994 209'092 179'629 204'779 189'079
1995-1996 215'309 187'866 212'750 197'888
Par "Grundversorger", il faut comprendre les spécialités de médecine générale (FMH), les pédiatres (FMH) et médecine interne (FMH).
Moyenne tous médecins en Suisse Médecins vaudois
1987-1988 184'599 174'210
1993-1994 209'092 202'940
1995-1996 215'309 213'475
Il ressort du 2ème rapport les éléments suivants (médecins âgés de moins de 66 ans) :
Moy. tous méd. Généraliste Méd. Interne "Grundversorger"
1995-1996 209'529 184'165 205'621 catég. absente
1997-1998 213'508 192'004 214'795 catég. absente
Moyenne tous médecins en Suisse Médecins vaudois
1995-1996 209'529 203'756
1997-1998 213'508 210'133
Les chiffres 1995-1996 sont différents dans le premier et le deuxième rapports. L'écart est expliqué par le caractère non encore définitif des revenus lors de l'établissement du premier des deux rapports dus à la longueur de la procédure de taxation.
Revenus des médecins d'après l'âge :
41-45 ans 46-50 ans 51-55 ans
1995-1996 206'487 239'114 241'591
1997-1998 201'908 235'868 232'539
On peut déduire du tableau précédent que la classe d'âge de 41-45 ans dispose d'un revenu légèrement inférieur à la moyenne des revenus des médecins de moins de 66 ans (entre -1 % et -5 %), alors que ceux de la classe d'âge de 46- 50 ans et 51-55 ans disposent d'un revenu supérieur (entre 10% et 15).
Le rapport indique également deux facteurs de comparaison entre les revenus de médecins salariés et indépendants :
La CNA et la Société Suisse d'Ondonto-stomatologie se sont mis d'accord, sur la base de décomptes précis, pour considérer que le revenu d'un dentiste indépendant doit correspondre au salaire d'un dentiste majoré de 41.7 % pour que le même train de vie lui soit permis. Ce facteur de conversion inclut non seulement les différences de perception de cotisations sociales, y compris de la caisse de pensions, mais également les surplus d'impôt qu'il devra payer par rapport au dentiste salarié.
La Commission des tarifs médicaux fixe un facteur de conversion de 17.8 %, sur la seule base des différences de cotisations sociales et de prévoyance professionnelle .
Aucun de ces rapports n'indiquent toutefois le nombre d'heures moyens de travail pour obtenir les revenus susmentionnés.
5. Détermination du salaire auquel peut prétendre le Dr Z.________
a) Il est difficile de procéder à une détermination du salaire auquel peut prétendre le Dr Z.________ par la méthode de la comparaison. En effet, ce dernier travaille comme le ferait un indépendant, même s'il bénéficie d'un statut de salarié. Aucun employeur ne serait en effet autorisé à requérir de son employé un horaire ne respectant absolument pas la loi sur. le travail. Au surplus, le Dr Z.________ ne pourrait jamais travailler avec la même liberté dans l'organisation de son activité. Enfin, sans FMH, le Dr Z.________ ne pourrait travailler comme médecin-cadre dans un hôpital public.
En réalité, son revenu doit plutôt être comparé à celui d'un indépendant, même si un salarié ne peut prétendre en réalité à une rémunération de même montant, entre autres pour des raisons de cotisations sociales, LPP et les différences de charges fiscales. Au surplus, l'indépendant profitera de l'entier du bénéfice réalisé par ses collaborateurs, alors que ce ne sera pas le cas d'un salarié qui ne se verra verser, lorsqu'il est cadre supérieur, qu'une participation au bénéfice de l'entreprise et non l'entier. En revanche, l'employé, en cas de mauvais résultats de l'entreprise, bénéficiera tout de même d'un salaire, même si son employeur ne dégage que des pertes.
b) Il découle toutefois des renseignements obtenus auprès des cliniques et des permanences que les seuls médecins employés sont des assistants dont la situation ne peut pas être comparée à celle du Dr Z.________. La situation des autres médecins n'est pas connue dans son ensemble puisqu'il s'agit de praticiens indépendants.
La situation des médecins-cadres des hospices cantonaux serait déjà plus proche de celui du Dr Z.________ puisqu'ils bénéficient d'un statut partiellement indépendants et d'une relative grande liberté d'organisation. Leur horaire, même s'il est quelque peu inférieur à celui du Dr Z.________, est toutefois assez comparable. En revanche, ce sont généralement des professeurs ou des médecins actifs dans le secteur des opérations bien rémunérées et au bénéfice d'une haute spécialisation, notamment académique, auquel le Dr Z.________, qui n'a pas de spécialisation FMH, ne peut prétendre. En revanche, le Dr Z.________, bénéficie aussi d'une longue expérience professionnelle, spécialement dans les dernière années en revue, comme les cadres des hospices cantonaux et subit également un stress important du fait qu'il traite un très grand nombre de patients et des cas d'urgence.
Si l'on fait exception des cas particuliers de revenus excessivement important dont on m'a parlé, on peut comparer les revenus du Dr Z.________ aux salaires d'un interniste travaillant 60-70 heures pour un salaire de Fr. 300'000.- environ. Pour tenir compte du fait qu'un médecin FMH des hospices cantonaux sera absent environ 7 semaines pour des vacances, jours fériés et formation professionnelle, un tel médecin travaille au minimum 3'000 heures par année. En tenant compte du nombre d'heures plus important que le Dr Z.________ travaille, soit dans le meilleur des cas 4'500 heures, le salaire auquel il pourrait prétendre s'élèverait à Fr. 450'000.- au plus. La comparaison avec un chef des urgences ou un chirurgien réputé ne se justifie pas dans la mesure où ces deux catégories de médecins procèdent surtout à des actes manifestement mieux payés que ceux du Dr Z.________, médecin nonchirurgien, dont l'activité principale ne porte pas sur les cas d'urgence selon ses dires. Les chiffres indiqués correspondent à ces dernières années. De manière générale, les revenus des médecins ont augmenté en termes nominaux. Toutefois, les revenus des médecins-cadres aux Hospices cantonaux n'ont pas forcément augmenté du fait du contrôle plus important que l'Etat exerce. Il semblerait toutefois que ce soit plutôt la catégorie des professeurs qui soit principalement visée et touchée.
c) Si l'on compare le revenu du Dr Z.________ avec celui qu'il pourrait obtenir dans le cadre d'une permanence, mais avec un statut d'indépendant, soit un revenu de Fr. 400'000 avec un horaire d'environ 4'500 heures par année, mais avec 7 semaines d'absence, son salaire converti sur 52 semaines de travail correspondrait à environ Fr. 462'000.-. Il s'agit toutefois de médecins FMH.
d) Il est enfin intéressant de comparer le salaire du Dr Z.________ avec les revenus des médecins tels qu'ils ressortent des études du Dr Y.________.
On peut constater tout d'abord que le canton de Vaud se trouve dans la moyenne suisse des revenus des médecins, même s'il se situe quelque peu au dessous (-1 à -5%).
On considère que le revenu d'un indépendant doit dépasser de 17.8 % à 41.7 % celui d'un salarié pour lui être comparé. Il en découle que les chiffres des études du Dr. Y.________ doivent être diminués de 15 % (100/117 .8) à 30 % (100/141.7) pour être comparés aux salaires de médecins dépendants.
Les horaires des médecins ne sont toutefois pas définis dans cette étude. En partant d'un horaire de 45 heures x 45 semaines, on obtient 2'025 heures par années, ce qui semble plutôt peu pour un médecin indépendant.
Enfin, pour tenir compte, de l'âge du Dr Z.________, les revenus devraient être majorés d'environ 15% par rapport aux chiffres moyens.
Rappel des revenus tirés des rapports du Dr Y.________ :
Spécialités Moy. tous méd. Généraliste Méd. Interne "Grundversorger"
1987-1988 184'599 157'633 185'368 166'402
1993-1994 209'092 179'629 204'779 189'079
1995-1996 209'529 184'165 205'621 cat .absente
1997-1998 213'508 192'004 214'795 cat. absente
En prenant la catégorie la mieux payée, soit celle de médecine interne (FMH), en considérant que l'horaire du Dr Z.________ est de 4500 heures par année, il en découle qu'il faut multiplier le revenu moyen par 2.25 environ, qu'il faut majorer le montant obtenu de 15% du fait de l'âge du médecin, puis le réduire de 15% (soit le taux de réduction le plus favorable pour le Dr Z.________) pour tenir compte du fait qu'il est salarié. On obtient alors les chiffres suivants :
Spécialités Méd. Interne
1987 -1988 408'000 env.
1993-1994 451'000 env.
1995-1996 453'000 env.
1997-1998 473'000 env.
e) Il ressort des chiffres découlant des renseignements pris auprès des hôpitaux, cliniques et permanences qu'un salaire d'environ Fr. 450'000.- serait considéré comme tout à fait adéquat, voire supérieur à celui auquel le Dr Z.________ pourrait prétendre. Il s'agit toutefois de chiffres actuels. Dans la mesure où les revenus des médecins ont eu tendance à stagner, voire à diminuer, on peut considérer qu'un salaire annuel, quelque peu supérieur, soit de Fr. 500'000.- serait tout à fait adéquat à tout le mois pour les années 1993-1997. Il s'agit déjà d'un montant supérieur à l'approximation obtenue sur la base des chiffres du Dr Y.________ retravaillés pour prendre les conditions les plus favorables au Dr Z.________.
Je considère qu'il n'y a pas lieu de tenir compte des autres diplômes obtenus par le Dr Z.________, car ils ne sont pas directement liés à son activité professionnelle actuelle. De même, le nombre d'heures important consacrés à l'administration du Centre sont déjà prises en considération dans l'horaire annuel actuel de 4'000 à 4'500 heures. Dans la mesure où les revenus indiqués dans l'étude du Dr Y.________ tiennent compte de la situation d'indépendant consacrant une partie de son temps à l'administration de leur cabinet et qu'on peut au demeurant se demander si de telles heures doivent être facturées au tarif d'un médecin, il n'y pas lieu de procéder à une modification des chiffres obtenus, à tout le moins pas à la hausse.
En revanche, pour les années 1987 -1988, il y aurait lieu de diminuer le salaire de Fr. 500'000.- de 10 % pour tenir compte de l'évolution des revenus des médecins et du fait que le Dr Z.________ était moins âgé et qu'il avait donc moins d'expérience. La fixation d'un salaire auquel il pourrait prétendre à Fr. 450'000.- paraît adéquate. De nouveau, cette réduction est effectuée selon les conditions les plus favorables au Dr. Z.________.
6. Conclusions
En réponse à la question posée, je considère que le Dr Z.________ pouvait prétendre à un salaire de Fr. 450'000.- en 1987-1988 et de Fr. 500'000.- de 1993 à 1997."
Les parties se sont déterminées sur l'expertise; la société recourante a reproché à l'expert de n'avoir pas pris en compte une indemnité complémentaire pour vacances non prises dans le cadre du salaire converti sur 52 semaines. L'expert a répondu que le revenu de 400'000 fr. a été calculé par un médecin prenant 4 semaines de vacances et 3 semaines de formation soit 7 semaines d'absence. Il s'agit d'un salaire de 45 semaines de travail. Il a alors converti le salaire sur 52 semaines d'activité-professionnelle en partant de l'hypothèse que le Dr Z.________ ne prenait pas de vacances et ne consacrait aucune semaine par année à sa formation professionnelle, ce qui aboutissait à un salaire annuel de 462'000 fr. encore inférieure au montant de 500'000 fr. admis par l'expert.
L'Administration cantonale des impôts a indiqué au tribunal par lettre du 11 décembre 2002 le montant de l'impôt dans l'hypothèse où le revenu du Dr. Z.________ était arrêté à 450'000 fr. pour l'année 1987 et à 338'000 fr. pour l'année 1988; il en résulte que le bénéfice imposable pour la période fiscale 1989-1990 s'élèverait à 108'400 fr. et le capital imposable à 1'350'000 fr. ce qui correspond à un montant de l'impôt cantonal et communal de 24'461 fr. 75 pour 1989 et 24'142 fr. 68 pour 1990 selon le détail suivant :
Années
Impôt sur le bénéfice
Impôt sur le capital
Total
canton
commune
canton
commune
1989
9919.43 fr.
8332.32 fr.
3375.- fr.
2835.- fr.
24'461.75 fr.
1990
9681.36 fr.
8332.32 fr.
3294.- fr.
2'835.- fr.
24'142.68 fr.
La possibilité à été donnée au X.________ de se déterminer sur le calcul de l'impôt; X.________ s'est prononcé le 20 décembre 2002 en s'interrogeant su la possibilité pour l'Administration cantonale des impôts de déterminer les justes salaires auxquels les chefs d'entreprises peuvent prétendre, sans remettre en cause les éléments du calcul de l'impôt.
Considérant en droit:
1. a) Selon l'art. 54 al. 1 de l'ancienne loi sur les impôts directs cantonaux du 26 novembre 1956, le bénéfice imposable des personnes morales comprend notamment le solde du compte de pertes et profits (let. a) ainsi que tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits qui ne servent pas à couvrir les frais généraux autorisés par l'usage commercial, tels que les dépenses en vue de l'acquisition et de l'amélioration de biens, les prestations et avantages accordés aux actionnaires, les libéralités à des tiers etc. (let. b) ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de pertes et profits (let. f). La jurisprudence fédérale qualifie de prestation appréciable en argent toute attribution faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toutes personnes les touchant de près et qu'elle n'aurait pas faite dans les mêmes circonstances à des tiers non participants; il faut aussi que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (Archives 61 p. 541 consid. 2 et ATF 115 Ib 279 consid. 9b et les arrêts cités; voir aussi Walter Ryser et Bernard Rolli; Précis de droit fiscal suisse Berne 1994 p. 241). Le contribuable doit prouver le caractère de charge de la prestation insolite; en particulier démontrer que les prestations en question sont justifiées par l'usage commercial afin que les autorités fiscales puissent s'assurer que seules des raisons commerciales, et non les étroites relations personnelles et économiques entre la société et le bénéficiaire de la prestation, ont conduit à la prestation insolite (concernant l'impôt anticipé, voir Archives 60 p 564/565 consid. 3).
b) Pour déterminer l'existence d'une prestation appréciable en argent, il convient de vérifier si le salaire versé à l'actionnaire de la recourante pour l'activité en question correspond au montant qui serait versé, dans les même conditions, à une tierce personne, étant précisé que les organes de la société disposent sur ce point un pouvoir d'appréciation relativement important. Dans la détermination du salaire qui pourrait être versé à des tiers, diverses circonstances, objectives et subjectives doivent être prises en compte. Il s'agit notamment de la rémunération des personnes de rang et de fonction identiques ou similaires, de la position du salarié dans l'entreprise, de sa formation, de ses connaissances et de son expérience notamment, de la taille de l'entreprise et de son chiffre d'affaires ainsi que de son capital et ses bénéfices (voir arrêt FI 95/0016 du 15 janvier 1996). Selon la jurisprudence, l'existence d'un salaire excessif ne peut être apprécié que de cas en cas, en fonction de l'ensemble des circonstances relatives à la marche de l'entreprise notamment (voir notamment StE 1991 B. 72. 13.22. no 21, zh; StE 1989 B. 72.13.22 no 12, SZ; Archives 58, 427; Revue fiscale 1994, 310 et 1989, 137).
c) Pour justifier le montant du salaire versé, la société recourante relève que dès la création du X.________ en 1982, le Dr Z.________ fourni un effort particulier afin de créer des fonds propres, réaliser des investissements importants et donner au centre médical une assise financière. En 1987, le salaire du Dr Z.________ aurait simplement été adapté à ses capacités professionnelles ainsi qu'à son activité économique. Ce salaire de 520'000 fr. avait été fixé sur la base des ses réelles capacités contributives. Il avait toutefois renoncé en 1988 au salaire brut annuel de 520'000 francs. Dès 1989, l'activité du Dr Z.________ s'est stabilisée avec un salaire annuel de 500'000 francs. Le salaire a ensuite été réadapté en 1995 à 600'000 fr. et il est resté inchangé à ce jour. La société relève enfin que le Dr Z.________ en tant qu'indépendant auprès d'un établissement hospitalier, pourrait prétendre à un revenu avoisinant 700'000 fr. tout en ayant l'avantage de ne pas avoir les soucis financiers et le poids de la gestion économique d'un tel centre.
d) En l'espèce, le rapport d'expertise est très complet et tient compte de toutes les caractéristiques du travail effectué par le Dr Z.________ en particulier son horaire de travail spécialement important qui varie en 4'000 et 4'500 heures par année. L'expert a également tenu compte du fait que l'activité du Dr Z.________ était celle d'un généraliste ou celle d'un médecin interne les patients étant orientés en cas de nécessité vers des spécialistes ou des hôpitaux. Le Dr Z.________ a indiqué à l'expert qu'il était capable de réaliser un très fort chiffre d'affaires en raison de sa rapidité. Il ressort des renseignements pris par l'expert que même avec un horaire très important de 4'000 à 4'500 heures par année, un revenu d'environ 420'000 fr. semblait très important voire même à la limite de ce qu'il était possible de gagner pour un médecin sans spécialisation FMH. Ainsi un revenu normal avec un horaire de 50 heures par semaine devait se situer entre 150'000 et 250'000 francs. Les hospices cantonaux ont indiqué à l'expert que les revenus annuels de base pour les médecins-cadres s'élevaient de 140'220 à 220'000 fr. avec une moyenne horaire s'élevant à 65 heures par semaine, avec 4 semaines de vacances par an. De tels médecins disposent toutefois de 3,5 journées pour recevoir et soigner une clientèle privée. Avec cette clientèle complémentaire, la moyenne des revenus des médecins s'élèvent environ à 320'000 francs. Les revenus sont toutefois plafonnés à 500'000 fr., montant qui est atteint par 5 à 10 médecins. Ce plafonnement est intervenu après qu'il ait été constaté que certains praticiens hautement spécialisés percevaient des revenus qui ont pu s'élever jusqu'à 1'400'000 francs. Toutefois, seuls 10% des médecins ont un revenu de plus de 400'000 francs. En dehors des cas exceptionnels, un interniste perçoit entre 200'000 et 300'000 fr. de revenu alors qu'un chirurgien d'excellente réputation et gros travailleur pourrait prétendre un revenu de 600'000 fr. par an avant le plafonnement. Ainsi, un patron du service des urgences touche environ 350'000 à 400'000 francs. L'expert a comparé les revenus du Dr Z.________ au salaire d'un interniste travaillant 60 à 70 heures par semaine pour un salaire de 300'000 fr. environ. Mais pour tenir compte du fait qu'un médecin FMH des hospices cantonaux est absent environ 7 semaines pour des vacances, jours fériés et la formation professionnelle, un tel médecin travaillait au minimum 3'000 heures par année. En prenant en considération le nombre d'heures plus importants que le Dr Z.________ effectue, soit 4'500 heures dans le meilleurs des cas, le salaire auquel il pourrait prétendre s'élèverait alors à 450'000 francs. Mais la comparaison avec un chef des urgences ou un chirurgien réputé ne se justifie pas dans la mesure où ces deux catégories de médecins procèdent surtout à des actes manifestement mieux payés que ceux du Dr Z.________, médecin non-chirurgien dont l'activité principale ne porte pas sur les cas d'urgence selon ses propres déclarations. En se référant au chiffre publié par les rapports du Dr Y.________, en tenant compte de son statut de salarié et de l'expérience due à son âge, ainsi que de son horaire de 4'500 heures par année, l'expert arrive à la conclusion que le Dr Z.________ pourrait prétendre à un salaire de 453'000 fr. pour l'année 1995-1996 et de 473'000 fr. pour l'année 1997-1998. En définitive l'expert arrive à la conclusion que le Dr Z.________ peut prétendre à un salaire quelque peu supérieur à 500'000 fr. pour les années 1993-1997 et que ce revenu devrait être réduit de 10% soit 450'000 fr. pour les années 1987 et 1988. Ce montant tient compte de l'horaire de travail du recourant et de l'hypothèse où il ne prend aucun jour de vacances et ne consacre pas de temps à sa formation continue et comprend une marge pouvant être prise en considération comme une compensation économique pour les vacances qui n'ont pas été prises. Le tribunal n'a donc pas de raisons de s'écarter des chiffres donnés par l'expert, qui peuvent être retenus pour déterminer si le salaire qui lui a été versé est excessif. Ainsi, pour l'année de calcul 1987, le salaire admissible du recourant doit être arrêté à 450'000 fr. et pour l'année 1988, il convient de retenir le chiffre de 338'000 fr. indiqué par la société recourante.
e) Pour la période fiscale 1989-1990, le montant des reprises effectuées sur le salaire par l'autorité intimée doit être modifié, pour tenir compte du résultat de l'expertise, selon le tableau suivant :
Années de calcul
Salaire déclaré
Salaire retenu par l'autorité fiscale
Salaire conforme à l'expertise
Montant de la reprise
1987
520'000.- fr.
433'805.- fr.
450'000.. fr.
70'000.- fr.
1988
338'000.- fr.
329'211.- fr.
338'000.- fr.
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En revanche, pour les périodes 1995-1997, l'autorité fiscale a fixé le salaire admissible à un montant légèrement supérieur à 500'000 fr., ce qui est conforme à l'expertise, et les reprises effectuées selon ces montants peuvent être confirmées.
2. Il résulte des explications qui précèdent que le recours doit être partiellement admis en ce sens que le montant des reprises pour la période fiscale 1989-1990 doit être adapté pour tenir compte du résultat de l'expertise étant précisé que le calcul de l'impôt en tenant compte de cette reprise s'élève à 24'461 fr. 75 pour l'année 1989 et à 24'142 fr. 68 pour l'année 1990. En revanche, les reprises concernant les périodes fiscales 1995 à 1997 doivent être confirmées. Au vu de ce résultat, il y a lieu de mettre les frais de justice, arrêtés à 2'000 fr. ainsi que les frais d'expertise, à raison de 6'778 fr. 80, à la charge du recourant.
Par ces motifs le Tribunal administratif arrête:
A. Période fiscale 1989-1990
I. Le recours est partiellement admis.
II. La décision sur réclamation du 25 juin 2002 est réformée en ce sens que le montant de la reprise sur le salaire du Dr. Z.________ pour l'année de calcul 1987 est fixé à 70'000 fr. et que la reprise est annulée pour l'année de calcul 1988, de sorte que le bénéfice imposable pour la période fiscale est arrêté 108'400 fr. et le capital imposable à 1'350'000 fr. ce qui correspond à un montant total de l'impôt cantonal et communal fixé à 24'461 fr. 75 pour l'année 1989 et de 24'142 fr. 68 pour l'année 1990.
B. Périodes fiscales 1995-1996 et 1997
III. Le recours est rejeté.
IV. La décision sur réclamation du 25 juin 2002 confirmant les décisions de taxation définitive du 24 novembre 1999 est maintenue.
V. Un émolument de 2'000 (deux mille) francs ainsi que les frais d'expertise, arrêtés à 6'778 fr. 80 (six mille sept cent septante-huit francs et huitante centimes), sont mis à la charge du recourant.
mad/Lausanne, le 23 décembre 2002
Le président:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Dans la mesure où il applique le droit fédéral, le présent arrêt peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours de droit administratif au Tribunal fédéral. Le recours s'exerce conformément aux art. 103 ss de la loi fédérale d'organisation judiciaire (ci après : OJ, RS 173.110).
Dans la mesure où l'arrêt applique le droit cantonal, il peut faire l'objet d'un recours de droit public auprès du Tribunal fédéral dans les trente jours suivants sa notification. Le recours s'exerce alors conformément aux art. 84 ss OJ.