TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 28 août 2014
Composition
M. Eric Brandt, président; M. Antoine Thélin, assesseur et M. Georges Arthur Meylan, assesseur ; Mme Leticia Garcia, greffière.
Recourant
Francis GLEYRE, à Vaux-sur-Morges, représenté par Me Henri BAUDRAZ, avocat, à Lausanne,
Autorité intimée
Municipalité de Morges, représentée par Me Alain THEVENAZ, avocat, à Lausanne,
Autorité concernée
Service Immeubles, Patrimoine et Logistique,
Objet
Remise en état
Recours Francis GLEYRE c/ décision de la Municipalité de Morges du 3 juin 2013 ordonnant la suppression du balcon en façade sud, avec remise en état de la toiture et suppression du velux dans la cage d'escalier de l'appartement, parcelle n° 81
Vu les faits suivants
A. Francis Gleyre est propriétaire de la parcelle no 81 de la Commune de Morges. Cette parcelle, d’une surface de 132 m², est affectée en zone de protection du centre historique, au sens du Règlement communal sur le plan d’affectation et la police des constructions (ci-après : RPAPC), adopté par le Conseil communal le 6 avril 1988 et approuvé par le Conseil d’Etat le 2 mars 1990. Un bâtiment (no ECA 827) est érigé sur cette parcelle, lequel a obtenu la note *3* lors du recensement architectural de la commune le 2 décembre 1976, note maintenue lors de la révision de 1997 ; l’extérieur est inscrit à l’inventaire cantonal depuis le 6 novembre 1974, mesure étendue à l’ensemble du bâtiment en date du 11 août 1982.
B. En novembre 2009, Francis Gleyre a fait part à la Direction de l’aménagement du territoire et développement durable de la Ville de Morges ainsi qu’au Service immeubles, patrimoine et logistique (SIPAL) de son intention de réhabiliter le bâtiment ECA no 827 et d’en aménager les combles.
C. A la suite des discussions intervenues entre l’architecte de Francis Gleyre, les représentants de la Ville de Morges et du SIPAL, un projet a été soumis à l’enquête publique du 3 octobre au 2 novembre 2010. Il a soulevé une opposition, celle du propriétaire de la parcelle no 82.
D. La Centrale des autorisations (CAMAC) a rendu une première synthèse le 14 octobre 2010, puis une seconde, remplaçant la précédente, le 15 novembre 2010. Le SIPAL a délivré l’autorisation spéciale requise à certaines conditions impératives, dont la teneur est la suivante :
« Protection du site construit :
L’inventaire des sites construits à préserver en Suisse (ISOS) identifie Morges comme une ville d’intérêt national. Le bâtiment no ECA 827 se situe dans l’emprise du tissu médiéval (bourg fondé relevant de la typologie zaerhingienne). Au vu de l’authenticité de la substance d’origine, l’ISOS recommande la sauvegarde de la substance et de la structure.
Mesures de protection concernant le bâtiment :
Le bâtiment ECA 827 a obtenu la note 3 lors du recensement architectural de la commune de Morges le 02.12.1976. L’extérieur est inscrit à l’inventaire cantonal depuis le 6.11.1974, mesure étendue à l’ensemble du bâtiment le 11.08.1982. Ses qualités architecturales en font un objet d’importance locale dont les modifications ne doivent pas altérer le caractère.
Examen du projet :
L’intervention en toiture a fait l’objet de nombreuses variantes ; à ce stade, les remarques de la Section monuments et sites concernant le traitement de la façade Sud ont été prises en compte, aussi délivre-t-elle l’autorisation spéciale au sens des art. 17 et 51 LPNMS aux conditions suivantes :
Façade Nord :
- Supprimer le velux du nouvel escalier ; celui-ci peut bénéficier de la ventilation et de l’éclairage prévu pour l’escalier existant, au moyen d’une fenêtre comme déjà prévu sur le pourtour de la cage.
- Eclairage des deux chambres au moyen d’un seul velux par chambre de dim. 78x140 cm.
- Largeur maximale des lucarnes : 120 cm (art. 14 RPGA).
La restauration des molasses devra être exécutée selon les directives de M. Olivier Fawer, et par une entreprise signataire de la Charte romande des tailleurs de pierres. »
E. Par décision du 6 décembre 2010, la Municipalité de Morges (ci-après : la municipalité) a décidé de lever l’opposition et de délivrer le permis de construire requis, aux conditions figurant dans la synthèse CAMAC précitée et à certaines autres conditions figurant dans le permis N°2010/43.
F. Par courriel du 12 août 2011, Francis Glyere a informé la Direction de l’aménagement du territoire et développement durable du fait qu’il n’avait plus d’architecte et qu’il assumerait désormais lui-même la direction du chantier. Le SIPAL a fait part de son inquiétude à ce sujet, par lettre du 30 août 2011.
G. Une séance a eu lieu le 8 septembre 2011, à l’issue de laquelle la Direction de l’aménagement du territoire et du développement durable de la Ville de Morges a adressé à Francis Gleyre une correspondance, datée du 5 octobre 2011, ainsi libellée :
« Un plan rectificatif tenant compte des remarques de la Section monuments et sites de l’Etat de Vaud, quant au nombre de velux et la largeur des lucarnes, ainsi qu’un plan des façades, mentionnant des volets tels qu’ils seront exécutés, devront nous être présentés dans un délai d’un mois, soit au plus tard le 10 novembre 2011.
H. Le 3 mai 2012, en vue de la délivrance éventuelle du permis d’habiter, la Commission communale de salubrité, sécurité et prévention des incendies a visité le bâtiment ECA no 827. Elle a constaté que certains travaux effectués ne correspondaient pas à ce qui avait été autorisé.
I. Par lettre du 8 mai 2012, la Direction de l’aménagement du territoire et du développement durable de la Ville de Morges a fait part à Francis Gleyre des constatations suivantes :
« D’une part, nous avons constaté que l’ancien vitrage existant, situé dans la cage d’escalier, a été démonté et qu’un velux supplémentaire a été posé dans la cage d’escalier de l’appartement du dernier étage, le tout sans autorisation. En outre, les plans d’exécution remis lors de notre visite ne correspondent pas aux travaux entrepris sur place. Dès lors, nous vous remercions de bien vouloir nous faire parvenir les documents à jour. D’autre part, nous vous rappelons les conditions générales du permis de construire, délivré en date du 6 décembre 2010, stipulant clairement qu’aucune modification du projet ne peut être apportée sans autorisation de la part de la Municipalité. »
J. Le 23 mai 2012, le SIPAL a demandé que lui soit transmis les plans correspondant aux travaux réalisés afin qu’il puisse se déterminer sur les modifications apportées au projet, sans autorisation préalable. Le nouveau bureau d’architecture auquel Francis Gleyre a fait appel a adressé à la municipalité, en date du 25 octobre 2012, les plans des travaux réalisés.
K. Par lettre du 21 décembre 2012, le SIPAL a indiqué à la Direction de l’aménagement du territoire et du développement durable de la Ville de Morges qu’il n’avait pas admis le velux complémentaire, côté Grand-Rue, situé dans la cage d’escalier de l’appartement du dernier étage, car la verrière de l’escalier principal offre un apport de lumière naturelle moyennant une cloison vitrée entre ces deux escaliers, ni le balcon aménagé en toiture entre les deux lucarnes. Le SIPAL a précisé que les travaux exécutés sans autorisation sont en désaccord complet avec la réglementation communale et les objectifs de conservation et d’intégration qu’il poursuit, raison pour laquelle il considère qu’ils ne sont pas admissibles et ne sauraient être autorisés au sens de la loi du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites [LPNMS; RSV 450.11]).
L. Le 15 mars 2013, la municipalité est intervenue auprès de Francis Gleyre en lui rappelant que certains aspects du permis de construire n’avaient pas été respectés, à savoir : la réalisation d’un velux non autorisé dans la nouvelle cage d’escalier ainsi que d’un balcon entre les lucarnes de la toiture de la façade Sud, tout comme la suppression des anciens vitrages de la cage d’escalier. Elle a précisé qu’elle envisageait de rendre un ordre de remise en état portant sur tout ou partie des points précités.
M. La municipalité a déposé, le 15 mars 2013, une dénonciation auprès de la Préfecture du district de Morges en raison des faits qui précèdent. Par lettre du 3 mai 2013, la Préfecture a indiqué qu’elle suspendait le traitement de la dénonciation pénale jusqu’à l’issue de la procédure administrative.
N. Par décision du 3 juin 2013, la municipalité a décidé d’exiger la suppression du balcon en façade Sud, avec remise en état de la toiture, ainsi que celle du velux dans la cage d’escalier de l’appartement. Elle a précisé que ces travaux devaient être exécutés d’ici au 31 décembre 2013. La municipalité a renoncé, en revanche, à ordonner la remise en place des anciens vitrages de la cage d’escalier.
O. Francis Gleyre (ci-après : le recourant), par l’intermédiaire de son conseil, a déposé, en date du 27 juin 2013, un recours contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après : le tribunal). Il a conclu à ce que la décision attaquée soit réformée en ce sens que la municipalité soit invitée à régulariser les travaux effectués dans la toiture de l’immeuble, la décision de suppression étant annulée.
Dans ses déterminations du 19 juillet 2013, le SIPAL a indiqué que les travaux exécutés sans autorisation ne sont pas admissibles et ne sauraient être autorisés au sens de la LPNMS. Dans son mémoire de réponse du 9 août 2013, la municipalité a conclu au rejet du recours. Le recourant a déposé, le 30 août 2013, un mémoire complémentaire en réitérant les conclusions prises au pied de son recours du 27 juin 2013 et en requérant que le tribunal accepte le maintien et la régularisation de quelques modifications réalisées dans la toiture. La municipalité s’est encore déterminée le 7 octobre 2013.
P. Une audience, suivie d’une inspection locale, s’est déroulée en présence des parties le 1er novembre 2013. Il ressort notamment ce qui suit du procès-verbal d’audience :
« (…)
Le président demande au recourant quel était l’objectif des travaux. Le recourant explique qu’il s’agissait de restaurer un immeuble qui devenait vétuste. M. Jomini indique qu’il y a eu plusieurs avant-projets, que la municipalité a refusés car ils prévoyaient notamment un balcon à l’arrière de l’immeuble. M. Jomini précise qu’un consensus a été trouvé, il impliquait la suppression du balcon aménagé en toiture et du velux, côté Grand-Rue, situé dans la cage d’escaliers de l’appartement du dernier étage.
Le recourant déclare avoir reculé de 40 à 50 cm le corps de charpente, dans l’appartement du dernier étage, afin d’avoir un passage entre les deux lucarnes. Il indique que le balcon aménagé en toiture entre les deux lucarnes a une largeur de 40 cm et qu’il n’est pas comparable au balcon envisagé dans les avant-projets. Le recourant précise que toute la charpente de l’immeuble a été refaite et que le faîte a été surélevé, l’état actuel ne correspond donc plus à l’ancien.
(…)
M. Jomini relève que, conformément au RPAPC, les constructions doivent être maintenues dans leur gabarit actuel, aucune transformation ne sera tolérée si elle porte atteinte aux caractéristiques du bâtiment. Il précise que des dérogations sont possibles pour autant que la modification apporte une amélioration. Mme Rouge ajoute que le SIPAL se montre extrêmement conséquent et cohérent afin de minimiser les travaux en toiture lors de l’aménagement des combles, comme en l’espèce.
Le recourant explique que sans le velux litigieux, il ne pourrait pas ventiler la cage d’escaliers. Quant au balcon, il admet qu’il aurait dû avertir la municipalité. M. Jomini indique que les normes de ventilation s’appliquent aux pièces habitables et non aux cages d’escaliers.
(…)
Le tribunal et les parties constatent que la façade a été refaite, mais qu’elle n’a pas été peinte comme le fait remarquer Mme Rouge. Elle souligne que la molasse a été bien refaite, ce qui donne du cachet au bâtiment.
Me Baudraz fait remarquer que depuis la Grand-Rue on ne voit pas le velux litigieux, et que de ce fait l’on ne saurait considérer qu’il a un impact sur l’esthétique de la ville de Morges.
Le tribunal et les parties se déplacent à l’intérieur de l’immeuble et montent jusqu’au dernier étage. Il est constaté que le velux litigieux est de petite taille et qu’il fait office de puits de lumière dans la cage d’escalier. Il y a aussi une ouverture dans le mur qui sépare la cage d’escalier principale de l’escalier privé qui donne accès à l’appartement situé dans les combles, ouverture qui apporte aussi de la lumière et qui pourrait être plus importante. Mme Rouge fait remarquer que pour obtenir un éclairage naturel optimal, le recourant aurait pu agrandir cette ouverture, ce qui aurait évité de poser le velux. Elle rappelle que dans le bourg historique il est important de minimiser le nombre de velux en toiture pour protéger les toits qui sont des éléments caractéristiques du vieux bourg.
Le tribunal et les parties entrent dans l’appartement qui a été aménagé dans les combles. Ils se dirigent vers le balcon litigieux. Le recourant explique que selon l’accord intervenu avec la commune et le SIPAL, et selon le projet autorisé, les lucarnes allaient jusqu’en bordure de la limite du balcon. Sur conseil de son charpentier, il a décidé de les reculer afin de créer un petit balcon entre les deux lucarnes. L’assesseur Meylan fait remarquer que le balcon a une largeur de 70 cm et non de 40 à 50 cm. Il précise encore que les lucarnes se trouvent à 125 cm l’une de l’autre. M. Jomini précise qu’il est interdit de créer des balcons ou des balcons baignoires dans les toitures des immeubles du bourg ancien.
Le président évoque la question du coût de la remise en état. Me Baudraz estime que celui-ci s’élèvera à environ 30'000-40'000 fr. L’assesseur Meylan précise que le coût serait en réalité inférieur au montant articulé par Me Baudraz.
Mme Rouge fait remarquer que les discussions menées avec le recourant ont permis de lui concéder la création de lucarnes portes-fenêtres au lieu de simples lucarnes fenêtres, car elles donnent sur l’arrière de l’immeuble. Le recourant déclare ne pas avoir souvenir que les lucarnes portes-fenêtres lui avaient été concédées.
Me Baudraz relève que les immeubles jouxtant celui de son client possèdent sur la cour intérieure une terrasse et des coursives qui distribuent les logements.
(…). »
Les parties ont eu la possibilité de se déterminer sur le contenu du procès-verbal d’audience.
Considérant en droit
1. Déposé en temps utile, le recours satisfait aux conditions formelles énoncées à l’art. 79 de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD ; RSV 173.36), de sorte qu’il y a lieu d’entrer en matière sur le fond.
2. a) La préservation de la nature, des sites et des monuments concourt à réaliser une occupation du territoire propre à garantir un développement harmonieux de l'ensemble du pays (art. 1 al. 1 LAT). Ce but est détaillé par l'énumération des principes définis à l'art. 3 al. 2 LAT. Le législateur fédéral a en outre prévu que les plans d'affectation doivent non seulement délimiter les zones à bâtir et les zones agricoles, mais également les zones à protéger (art. 14 al. 2 LAT). L'art. 17 LAT vise en particulier la protection du patrimoine, ce terme englobant aussi bien les éléments naturels que les objets culturels et, parmi ces derniers, aussi bien des édifices entiers que des détails architecturaux ainsi que les objets mobiliers. Cette disposition met en lumière un point essentiel de l'aménagement du territoire, à savoir qu'il existe dans le territoire, des espaces, des objets dont la société ne doit pas disposer librement parce qu'il s'agit soit d'éléments naturels qui ne lui appartiennent pas, soit d'éléments culturels qui constituent son identité, sa mémoire collective (Moor, Commentaire LAT, art. 17, nos 1 à 3). L'application de l'art. 17 LAT n'implique pas une protection absolue de ces objets, mais au contraire une pesée de l'ensemble des intérêts à prendre en considération. Les art. 1 et 3 LAT mentionnent de manière non exhaustive un certain nombre d'intérêts dont l'importance respective est dictée par les caractéristiques des objets concernés. Ces intérêts comprennent aussi ceux liés à la garantie constitutionnelle de la propriété, en particulier l'intérêt privé de celui dont les facultés d'utilisation de son bien-fonds sont restreintes. Cet intérêt doit alors être pris en considération dans la mesure où il ne s'agit pas d'un intérêt strictement financier (Moor, Commentaire LAT, art. 17, no 7).
b) La mise en œuvre des mesures de protection prises en application de l'art. 17 LAT se heurte à la fragilité de l'intérêt public à la protection du patrimoine. La mise sous protection a en principe pour effet de soustraire les parcelles concernées à une utilisation économique ou du moins d'en réduire les possibilités d'utilisation. La mise en place de mesures de protection nécessite donc une volonté politique claire et forte qui leur assure une légitimité suffisante; c'est la raison pour laquelle certaines législations cantonales placent la compétence de prendre des mesures de protection dans les attributions d'une autorité cantonale qui bénéficie de la distance nécessaire pour faire prévaloir l'intérêt général sur les intérêts locaux particuliers. Ces considérations sur la fragilité de la mise en œuvre de l'intérêt public à la protection du patrimoine ont justifié les facultés d'intervention offertes aux organisations à but idéal dont le but statutaire se rapporte à la protection du patrimoine ou à celle de l'environnement (Moor, Commentaire LAT, art. 17, nos 15 à 18). C’est pourquoi l’art. 90 de la loi sur la protection de la nature des monuments et des sites du 10 décembre 1969 (LPNMS; RSV 450.11) accorde aux associations d'importance cantonale, qui se vouent à la protection de la nature, des monuments et des sites, la qualité pour recourir contre les décisions prises en application de cette loi (voir l’arrêt AC.2000.0122 du 9 septembre 2004 consid. 1).
c) Selon l'art. 17 LAT, les cantons doivent prévoir des mesures de protection notamment pour "les localités typiques, les lieux historiques, les monuments naturels ou culturels" (al. 1 let. c). Les localités typiques au sens de cette disposition comprennent des ensembles bâtis qui regroupent en une unité harmonieuse plusieurs constructions et qui s'intègrent parfaitement à leur environnement (ATF 111 Ib 257, consid. 1a, p. 260 et les références citées). Les cantons peuvent protéger de tels ensembles en établissant une zone à protéger au sens de l'art. 17 al. 1 LAT mais le droit cantonal peut prévoir encore d'autres mesures adéquates (art. 17 al. 2 LAT), par exemple lorsqu'il s'agit de protéger des objets bien déterminés tels que des bâtiments ou des monuments naturels ou culturels (ATF 111 Ib 257, consid. 1a, p. 260-261). L'adoption d'une zone de protection est la mesure que le législateur fédéral a envisagé en premier lieu. Non seulement elle permet d'établir clairement la protection, son but, son principe et son régime, mais elle assure également la coordination avec les autres intérêts à prendre en considération dans les procédures d'aménagement du territoire (Moor, Commentaire LAT, art. 17, no 74). La mise sous protection par une zone à protéger n'exclut toutefois pas certaines utilisations, car la mesure de protection peut se superposer aux autres affectations conformes aux exigences de l'aménagement du territoire. Ainsi, un plan d'affectation spécial peut aménager un périmètre de manière que, malgré l'utilisation prévue, un site, un bâtiment, un monument ou un biotope bénéficie des mesures de protection adéquates sans pénaliser le solde de la parcelle (Moor, Commentaire LAT, art. 17, no 75).
En ce qui concerne les autres mesures réservées par l'art. 17 al. 2 LAT, elles s'imposent en raison de la variété des situations; en particulier, pour les cas dans lesquels le but de la protection ne serait pas suffisamment atteint par un zonage au sens de l'alinéa 1er (Moor, Commentaire LAT, art. 17, no 80). Par exemple, l'instrument de la zone n'est pas adapté lorsque la mesure de protection nécessite d'imposer une obligation de faire; notamment l'obligation d'entretenir le bâtiment protégé ou encore les travaux de restauration à entreprendre pour assurer son développement ou sa mise en valeur (Moor, Commentaire LAT, art. 17, no 81). Font aussi partie des autres mesures réservées par l'art. 17 al. 2 LAT, les inventaires et classements prévus par le droit cantonal, les clauses générales de protection, ainsi que les clauses d'esthétique, l'acquisition de la propriété par la collectivité publique ou la conclusion de contrats avec des particuliers ainsi que les mesures provisionnelles (Moor, Commentaire LAT, art. 17, nos 83 à 93).
3. a) En droit vaudois, la LATC attribue aux communes la compétence d'adopter des zones à protéger au sens de l'art. 17 al.1 LAT en prévoyant à l'art. 47 LATC que les plans d'affectation peuvent contenir des dispositions relatives notamment aux paysages, aux sites, aux rives de lacs et de cours d'eau, aux localités et aux ensembles ou aux bâtiments méritant protection (art. 47 al. 2 ch. 2 LATC). Les communes peuvent également prévoir des dispositions relatives à la création et à la préservation d'espaces verts ainsi qu'à la plantation et à la protection des arbres (art. 47 al. 2 ch. 4 LATC). Le canton peut de son côté aussi établir des zones protégées dans le cadre de l'adoption de plans d'affectation cantonaux notamment pour les paysages, les sites, les rives de lacs et de cours d'eau, les localités ou les ensembles méritant protection, les arrêtés de classement prévus par la loi sur la protection de la nature, des monuments et des sites étant réservés (art. 45 al. 2 let. c LATC). Par ailleurs, l'art. 86 LATC comporte une « clause d’esthétique », qui invite la municipalité à veiller à ce que les constructions présentent un aspect architectural satisfaisant et s'intègrent à l'environnement (al. 1), et lui attribue la compétence de refuser le permis pour les constructions ou les démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue ou de nuire à l'aspect d'un édifice d'une valeur historique, artistique ou culturelle (al. 2). Cette disposition fait donc partie des autres mesures réservées par l’art. 17 al. 2 LAT pour protéger les localités typiques.
b) La LPNMS fait aussi partie des mesures réservées par l'art. 17 al. 2 LAT; cette législation instaure une protection générale de la nature et des sites, englobant tous les territoires, paysages, sites, localités, immeubles qui méritent d'être sauvegardés en raison de l'intérêt général, notamment esthétique, historique, scientifique ou éducatif qu'ils présentent (art. 4 LPNMS) ainsi qu'une protection générale des monuments historiques et des antiquités, en particulier des monuments de la préhistoire, de l'histoire de l'art et de l'architecture ainsi que les antiquités mobilières et immobilières trouvées dans le canton et qui présentent un intérêt archéologique, historique, artistique, scientifique ou éducatif (art. 46 LPNMS). La loi prévoit l'établissement d'un inventaire dans le cadre de la protection spéciale de la nature et des sites (art. 12 et ss LPNMS) ainsi qu'un inventaire lié à la protection spéciale des monuments historiques et des antiquités (art. 49 et ss LPNMS). Lorsque des travaux sont envisagés sur un objet soumis à la protection générale, le Département des infrastructures peut prendre les mesures provisionnelles nécessaires à sa sauvegarde (art. 10 et 47 LPNMS), la validité de la mesure provisionnelle étant subordonnée à la condition que l'autorité cantonale ouvre une enquête publique en vue du classement de l'objet dans un délai de trois mois, pour les monuments historiques et les antiquités, et de six mois pour les objets soumis à la protection générale de la nature et des sites, ces deux délais étant prolongeables chacun de six mois par le Conseil d'Etat (art. 11 et 48 LPNMS).
c) Le choix de la mesure de protection dépend des objectifs de planification ou de conservation recherchés et des caractéristiques propres de chaque objet. Il doit aussi tenir compte du principe de proportionnalité : Lorsque plusieurs mesures permettent d’atteindre l’objectif visé, l’autorité applique celle qui lèse le moins les intéressés (art. 4 LATC). Ainsi, les arrêtés de classement, qui peuvent entraîner des restrictions particulièrement lourdes au droit de propriété par leur durée illimitée (art. 27 LPNMS) et les obligations d’entretien à charge du propriétaire (art. 29 à 31 LPNMS) et le droit de préemption et d'expropriation qu'elles impliquent en faveur de l'Etat (art. 64 et 65 LPNMS), ne s'imposent que si les mesures prévues par les plans et règlement d'affectation ou la clause d'esthétique ne permettent pas d'atteindre les objectifs de protection et de conservation recherchés (voir notamment les arrêts AC.2010.0141 du 16 novembre 2011, consid. 3d; AC.2006.0162 du 31 janvier 2008 consid. 2c/dd; AC.2005.0048 du 8 février 2006, consid. 2d; AC.2005.0212 du 28 juin 2006, consid. 2b; AC.2004.0003 du 29 décembre 2005, consid. 2d; AC.2001.0220 du 17 juin 2004 consid. 3c/dd/ccc; et AC.2000.0122, du 9 septembre 2004 consid. 3d).
4. a) En l’espèce, la Ville de Morges est inscrite à un inventaire fédéral d’objets d’importance nationale au sens de l’art. 5 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage du 1er juillet 1966 (LPN; RS 451). L’annexe à l’ordonnance concernant l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse du 9 septembre 1981 (OISOS; RS 451.12), répertorie la ville de Morges comme site construit d’importance nationale. La vieille ville de Morges, en particulier, fait partie des "localités typiques, lieux historiques, et monuments naturels ou culturels", pour lesquels les cantons doivent prévoir des mesures de protection en application de l’art. 17 al. 1 let. c LAT.
b) La commune de Morges, dans son plan général d’affectation approuvé par le Conseil d’Etat le 2 mars 1990, a prévu une zone à protéger sur son centre historique en application des art. 17 al. 1 let. c LAT et 47 al. 2 ch. 2 LATC. Cette zone est divisée en deux secteurs, soit la zone de protection du centre historique, régie par les art. 6 et 7 du règlement sur le plan d’affectation et la police des constructions du 2 mars 1990 également (RPA) ainsi que la zone du centre historique, soumise aux art. 8 à 16 RPA. L’art. 7 RPA définit le caractère de la zone de protection du centre historique de la manière suivante :
« Art. 7 Caractère
Cette zone comprend la majeure partie des bâtiments dont le recensement architectural a mis en évidence des qualités tant archéologiques qu’architecturales. Ils constituent un ensemble remarquable, témoin de l’évolution du passé de la ville.
Les constructions doivent être maintenues dans leur gabarit actuel; aucune transformation ne sera tolérée si elle porte atteinte aux caractéristiques du bâtiment ou de l’ensemble avoisinant. Toutefois, la municipalité peut admettre des dérogations, en accord avec la Section des monuments historiques, pour autant que la modification assure une intégration meilleure ou au moins équivalente dans le site bâti. Préalablement à toute demande d’enquête, une première étude de plans, coupes et façades à l’échelle 1 :100 est obligatoire.
(…) »
Dans sa jurisprudence, le tribunal a considéré que de telles dispositions ont une portée plus restrictive et bien distincte de celle de la clause générale d'esthétique, en ce sens qu'elles posent des exigences spécifiques accrues d'intégration et font partie des mesures que les communes ont la compétence d'édicter dans leur plan d'affectation pour les paysages, les sites, les localités et les ensembles méritant protection au sens de l’art. 47 al. 2 ch. 2 LATC (voir les arrêts AC.2012.0346 du 28 août 2013 consid. 8d, AC.2012.0238 du 28 mars 2013 consid. 1c, AC.2011.0068 du 27 décembre 2011 consid 1b, AC.2010.0299 du 18 octobre 2011 consid. consid. 3b, AC.2006.0044 du 30 octobre 2006 consid. 3d, AC.2003.0204 du 21 décembre 2004 consid. 2b). Dans le cadre des critères d’intégration plus sévères résultant d’une zone à protéger au sens des art. 17 al. 1 let. c LAT, l’autorité communale ne bénéficie pas de la même marge d’appréciation que celle résultant de l’application de la clause d’esthétique (art. 86 LATC), car les impératifs de protection s’imposent de manière plus précise et détaillée (arrêts AC.2012.0238 du 28 mars 2013, consid. 1c; AC.2010.0207 du 12 juillet 2011, consid. 2b, AC.2004.0204 du 21 décembre 2004, AC.2003.0204 du 21 décembre 2003 consid. 2b).
A cet égard, l’art. 7 al. 2 RPA impose le maintien des bâtiments protégés dans leur gabarit, interdit toute transformation qui porterait atteinte aux caractéristiques du bâtiment ou de l’ensemble avoisinant, sous réserve de dérogations admises en accord avec la Section des monuments historiques.
c) L’exigence de l’accord de la section des monuments historiques (actuellement « Section monuments et sites » du Service immeubles, patrimoine et logistique [SIPAL]) pour l’octroi d’éventuelles dérogations est conforme au champ de compétence de la Section Monuments et Sites du SIPAL, qui est défini notamment par la LPNMS et son règlement d’application du 22 mars 1989 (RPNMS).
aa) Selon l’art. 30 RPNMS, le département cantonal compétent établit le recensement architectural des constructions en collaboration avec les communes concernées, qui sert de base à l’inventaire prévu par l’art. 49 LPNMS. La directive cantonale concernant le recensement architectural du canton de Vaud, dans l’édition de mai 2002, comporte une classification de tous les bâtiments recensés allant de la note 1 à la note 7. La note 2 recense les monuments d’importance régionale qui ont en principe une valeur justifiant un classement comme monument historique et ils sont en tous les cas inscrits à l’inventaire. La note 3 recense les objets intéressants au niveau local. Le bâtiment mérite d’être conservé mais il peut être modifié à condition de ne pas altérer les qualités qui ont justifié la note 3. Les bâtiments en note 3 ont été inscrits à l’inventaire jusqu’en 1987. Depuis, même si cette mesure reste possible de cas en cas, elle n’est plus systématique. La note 4 est attribuée aux bâtiments bien intégrés par leur volume, leur composition architecturale et souvent encore leur fonction. Ces bâtiments ne sont pas inscrits à l’inventaire, mais leur identité mérite d’être sauvegardée car leur présence est déterminante pour l’image d’une localité typique et ils sont constitutifs du site construit.
bb) La jurisprudence a précisé que l’évaluation des bâtiments effectuée dans le cadre du recensement architectural constituait un élément d’appréciation important pour les autorités chargées de l’aménagement du territoire, notamment lors de l’adoption des zones à protéger prévues par l’art. 17 al. 1 let. c LAT. L’appréciation sur la valeur d’un bâtiment peut également entrer en ligne de compte dans la procédure de demande de permis de construire lorsque l’autorité applique les règles concernant l’intégration et l’esthétique des constructions. Ainsi, le recensement architectural est un élément d’appréciation que les communes et les autorités cantonales doivent prendre en considération, d’une part, dans la procédure de planification, lors de l’élaboration des plans directeurs et des plans d’affectation comportant des zones à protéger au sens de l’art. 17 al. 1 let. c LAT, et d’autre part, dans la procédure de permis de construire, lorsqu'elles délivrent une autorisation de construire ou statuent sur une autorisation cantonale spéciale (arrêts notamment les arrêts AC.2010.0141 du 16 novembre 2011, consid. 4b; .2008.0328 du 27 novembre 2009 consid. 4, AC.2007.0147 du 31 juillet 2008, consid. 3c, AC.2006.0113 du 12 mars 2007, consid. 7c/cc, AC.2004.0003 du 29 décembre 2005 consid. 2c; AC.2002.0128 du 12 mars 2004 consid. 4b et AC.2000.0122 du 9 septembre 2004 consid. 3c).
cc) Lorsqu’un propriétaire envisage des travaux affectant un objet à l’inventaire (au sens de l’art. 49 LPNMS), il doit prendre contact avec le département compétent avant l’élaboration du projet définitif et le dépôt de la demande de permis de construire. L’annonce des travaux d’où part le délai pour le classement de l’objet correspond à la date du dépôt de la demande de permis de construire comportant toutes les pièces requises selon les art. 108 et 114 LATC (art. 32 RPNMS). La Section monuments et sites du SIPAL est chargée de statuer sur l’autorisation prévue par l’art. 17 LPNMS (applicable par le renvoi de l’art. 51 LPNMS), et si elle envisage une mesure de classement, d’ouvrir l’enquête publique en vue du classement dans le délai de trois mois à compter de l’annonce des travaux conforme à l’art. 32 RLPNMS.
Si le bâtiment concerné n’est pas inscrit à l’inventaire, - ou s’il est inscrit mais qu’une mesure de classement n’est pas envisagée - et qu’il bénéficie d’une note au recensement architectural qui mérite une attention particulière dans la procédure d’autorisation de construire (de 2 à 4), notamment lorsque le bâtiment est bien intégré et joue un rôle déterminant pour la protection et conservation d’un ensemble construit méritant protection, la Section monuments et sites peut intervenir dans la procédure d’autorisation de construire (art. 110 LATC), en veillant à ce que les dispositions réglementaires communales concrétisant les obligations de protection du droit fédéral (art. 17 al. 1 let. c LAT) soient appliquées de manière conforme aux objectifs de sauvegarde et de protection du site bâti recherchés par ces règles (voir notamment l’arrêt AC.2007.0247 du 31 juillet 2008 consid. 3c, voir aussi Bovay, Didisheim, Sulliger et Thonney, Droit fédéral et vaudois de la construction, 4ème édition, ad. art. 110 p. 441). Si la municipalité passe outre l’avis de la Section monuments et sites, le département a alors la possibilité de faire usage du droit de recours qui lui est réservé par l’art. 104a LATC.
Ainsi, en prévoyant l’accord de la Section monuments et sites du SIPAL pour l’octroi de dérogations, la règle communale de l’art. 7 al. 2 RPA confirme en quelque sorte son rôle d’autorité de surveillance sur les bâtiments protégés du centre historique de Morges dans la procédure d’autorisation de construire, assurant ainsi la conservation et le maintien de ce site construit d’importance nationale.
5. a) Le bâtiment historique (ECA 827), construit sur la parcelle 81 du recourant, est donc classé dans la zone de protection du centre historique à laquelle s’applique les dispositions de l’art. 7 al. 2 RPA. Selon l’art. 7 al. 2 RPA, le bâtiment doit être maintenu dans son gabarit actuel et aucune transformation portant atteinte aux caractéristiques du bâtiment ou de l’ensemble avoisinant ne peut être admise. Des dérogations peuvent toutefois être délivrées, en accord avec la Section monuments et sites, si la modification envisagée assure une intégration meilleure ou au moins équivalente dans le site bâti.
b) Le recourant a acquis la parcelle 81 avec son immeuble historique au mois de mai 1990. Paul Bissegger lui avait transmis préalablement, par une lettre du 20 avril 1989, quelques informations historiques. L’ouvrage de Paul Biessegger intitulé « Les Monuments d’art et d’histoire du canton de Vaud partie V : La Ville de Morges » mentionne qu’un immeuble d’habitation s’appuyant contre le mur d’enceinte avait été construit sur la parcelle 81 en 1367, mais l’on ne parlait plus que d’une « grange » près de la porte de Colovrex en 1460. Dès 1691, le Conseil de la Ville de Morges avait établi un corps de garde dans ce bâtiment, qui était devenu une écurie desservant l’Auberge de la Galère (actuellement auberge du Port), la présence du corps de garde étant signalée jusqu’en 1803. Le bâtiment actuel a été construit en 1822. Selon les plans cadastraux du XVIIIème siècle, superposés avec des éléments plus anciens, (Fig. 25a du même ouvrage), l’immeuble est longé à l’ouest par le mur d’enceinte de la ville de Morges contre lequel il s’appuie et fait clairement partie de l’ancien bourg. La partie nord-ouest de la parcelle était même directement attenante à l’ancienne porte de Colovrey, qui marquait l’entrée ouest du bourg, ce qui expliquait la présence du corps de garde à l’époque. Pour ses qualités historiques et archéologiques, et aussi en raison de ses qualités esthétiques et d’intégration dans la vieille ville de Morges (façade harmonieuse), le bâtiment a été évalué avec la note *3* au recensement architectural; l’extérieur du bâtiment a été inscrit à l’inventaire cantonal par le Conseil d’Etat en 1974; la mesure a été étendue à l’ensemble du bâtiment en date du 11 août 1982.
c) Dès l’année 2000, Françis Gleyre a entrepris des démarches auprès de la municipalité pour obtenir une dérogation en vue d’une surélévation de 1.50 m de la toiture destinée à créer un étage supplémentaire habitable, lequel permettrait de financer les travaux de réfection de la façade (mur fissuré) et de consolidation du bâtiment. Les projets présentés à l’époque par le recourant se sont heurtés à un refus de l’autorité communale, qui considérait que l’art. 7 RPA n’était pas respecté.
Un nouveau projet de restauration du bâtiment a été présenté à la commune par l’intermédiaire du Bureau d’architecture Esther Stierli le 10 novembre 2013. Le dossier du projet , particulièrement bien documenté, prévoyait de créer un logement sur l’entier de la surface du 3ème étage (3 pièces), un nouveau logement de 3 pièces dans l’espace des combles au 4ème étage, ainsi qu’un petit logement de 2 pièces au niveau des surcombles. Ce projet impliquait la création d’une toiture de type « Mansard » sur la façade principale donnant sur la Grand-Rue, ainsi qu’une surélévation du faîte de 2.20 m. Le Service immeubles, patrimoine et logistique (SIPAL), Division Patrimoine, Section monuments et sites (ci-après: Section Monuments et sites), s’est déterminé sur ce projet à la suite de la séance du 11 novembre 2009, dans les termes suivants :
« La section monuments et sites entre en matière sur le principe d’aménager les combles, tout en conservant les gabarits existants; la suppression des lucarnes actuelles, la création de nouvelles lucarnes et quelques modifications modestes de la charpente peuvent être envisagées afin d’améliorer l’habilité des combles et prendre jour au moyen de quelques tabatières (dimensions: 55 x 78 cm). En revanche la création d’un pan de toiture de type Mansard ne peut être admise »
L’architecte Esther Stierli a élaboré un nouveau projet de restauration du bâtiment le 1er mars 2010. Le projet reprend les plans des niveaux des 3ème et 4ème étages en prévoyant deux lucarnes donnant sur la façade principale pour l’éclairage du séjour de l’appartement du 3ème étage, deux lucarnes alignées en dessus pour l’éclairage des deux chambres du logement du 4ème étage, deux velux pour l’éclairage d’un espace mezzanine en liaison avec le 4èmeétage et un velux pour éclairer l’escalier menant du 3ème au 4ème étage. Comme pour le premier projet du 10 novembre 2013, une terrasse, d’une profondeur de 1.50 m environ, a été prévue en façade sud, sur une cour intérieure comportant déjà une coursive donnant accès aux logements existants, ainsi qu’une terrasse attenante à un logement de l’immeuble contigu formant la cour intérieure (bâtiment ECA 83). Le projet prévoyait d’interrompre la toiture au droit de la façade sud sur les ouvertures qui permettent l’accès à la terrasse, donnant ainsi l’apparence d’un niveau supplémentaire; il prévoyait aussi l’aménagement d’une lucarne rampante (chien couché) d’une largeur d’environ 2.50 m pour éclairer la mezzanine sur le pan sud de la toiture. Ce projet a été discuté lors d’une séance qui s’est tenue le 3 mars 2010. A la suite de celle-ci, un nouveau projet modifié a été soumis le 29 avril 2010. Les modifications concernaient la diminution de la volumétrie du toit par une limitation de la surélévation à 1 m par rapport au faîte existant, la suppression de la lucarne rampante et l’aménagement d’une verrière en toiture au droit de l’escalier principal. La section Monuments et Sites du SIPAL s’est déterminée le 7 mai 2010; elle a relevé que le projet impliquait encore un trop grand nombre de nouvelles ouvertures, lucarnes, velux, verrières, balcons et baies vitrées qui étaient incompatibles avec l’art. 7 RPA.
A la demande de l’architecte du projet, une nouvelle séance a eu lieu le 16 juin 2010 réunissant le recourant, les représentants de la Ville de Morges et ceux de la Section Monuments et Sites du SIPAL. Dans une lettre adressée le 11 juin 2010 au SIPAL, l’architecte Esther Stierli expliquait les différentes modifications intervenues dans l’étude du projet et insistait sur la nécessité de prévoir un éclairage suffisant sur le front sud donnant sur la cour intérieure, qui, à son avis, ne présentait pas un intérêt architectural à protéger, car il n’y avait aucun impact sur le front public du bâtiment. A la suite de la séance du 16 juin 2010, l’architecte Esther Stierli a déposé la demande de permis de construire le 14 septembre 2010. Le projet, mis à l’enquête publique du 3 octobre au 2 novembre 2010, comporte les modifications suivantes concernant le logement du 4ème niveau dans les combles :
La terrasse prévue sur le plan sud de la toiture a été supprimée pour être remplacée par deux lucarnes d’une largeur de 1.60 m. La face extérieure des lucarnes et l’élément de liaison entre les deux lucarnes se situent à 20 cm en retrait de la corniche. Sur le pan nord de la toiture donnant sur la Grand-Rue, les ouvertures suivantes ont été prévues: deux lucarnes éclairant le séjour du logement du 3ème étage, deux velux sur chacune des deux chambres du logement du 4ème étage (soit 4 velux) et un velux pour éclairer l’escalier donnant accès au logement du 4ème étage, ainsi qu’une partie de la verrière donnant sur la cage d’escalier principale du bâtiment. Sur le pan sud de la toiture, on trouve l’autre partie de la verrière éclairant la cage d’escalier, deux velux éclairant le niveau de la « mezzanine » et les ouvertures des puits de lumière éclairant les chambres sud du logement du 3ème étage, ouvertures situées de chaque côté des deux lucarnes. Le permis de construire, délivré le 6 décembre 2010, mentionne que les conditions fixées dans la synthèse de la Centrale des autorisations (CAMAC) du 15 novembre 2010 doivent être respectées. L’avis de la Section Monuments et Sites figurant dans la synthèse CAMAC précise que le velux prévu sur le nouvel escalier donnant accès au logement du 4ème niveau doit être supprimé, que l’éclairage des deux chambres du même logement doit être assuré au moyen d’un seul velux par chambre de dimensions 78 x 140 et que la largeur maximale des lucarnes doit être de 1.40 m.
Après avoir résilié le mandat de l’architecte Esther Stierli au mois d’août 2011, le recourant a réalisé le velux prévu sur le nouvel escalier reliant le 3ème étage au logement du 4ème étage, et il a modifié la position des deux lucarnes prévues sur le front sud du logement du 4ème étage en les reculant de 70 cm par rapport à la corniche au lieu des 20 cm indiqués sur les plans d’enquête, permettant ainsi l’aménagement d’une petite terrasse accessible en reliant ainsi les deux ouvertures des lucarnes sur une longueur de 3.50 m et une profondeur de 70 cm. L’ordre de remise en état contesté porte sur ces deux points.
6. a) Le recourant conteste la légalité de l’ordre de remise en état. Il estime que les dispositions réglementaires sur les ouvertures en toiture seraient respectées et il reproche aux autorités chargées de sauvegarder le patrimoine de prendre des décisions qui relèvent de l’appréciation purement personnelle et subjective. A son avis, le contrôle juridictionnel devrait conduire à constater que l’opportunité de la décision ne se fonde pas sur des critères objectifs, reconnaissables ou motivés.
b) En l’espèce, il est admis que les travaux en cause réalisés par le recourant ne sont pas conformes au permis de construire qui lui a été délivré le 6 décembre 2010. En outre, le recourant n’a pas contesté le permis de construire, en particulier l’exigence selon laquelle les conditions de la Section Monuments et Sites devaient être respectées. Si le recourant estimait que ces conditions n’étaient pas conformes au règlement communal, il avait la possibilité de former un recours auprès du tribunal sans que cela ne retarde le début des travaux, puisque le recours pouvait être dirigé uniquement contre certaines conditions du permis de construire, qui ne remettaient pas en cause l’ensemble des autres travaux autorisés par la municipalité. On peut donc partir de l’idée que le recourant avait admis à l’époque de l’octroi du permis de construire la légalité des conditions qui lui étaient imposées par le permis de construire, et avec raison.
c) En effet, l’art. 7 RPA impose le maintien du gabarit des bâtiments compris dans le périmètre de la zone de protection du centre historique, ce qui signifie que la volumétrie des bâtiments ne doit pas être modifiée. Une transformation réglementaire du bâtiment construit sur la parcelle 81 impliquait donc le maintien de la volumétrie existante. Le recourant a toutefois demandé une dérogation à cette exigence. Sur ce point, la réglementation communale est conforme au principe de proportionnalité, en ce sens qu’elle permet des dérogations aux deux conditions cumulatives suivantes: d’une part, la modification assure une intégration meilleure ou au moins équivalente dans le site bâti; et d’autre part, l’accord de la Section Monuments et Sites du SIPAL est requis. Il a déjà été constaté ci-dessus qu’une telle règle trouve sa base légale à l’art. 47 al. 2 ch. 2 LATC et qu’elle répond à une obligation de droit fédéral qui impose aux cantons de prévoir des zones à protéger pour les localités typiques, les lieux historiques, les monuments naturels ou culturels (art. 17 al. 1 let. c LAT). La dérogation accordée au recourant lui permet d’aménager au 4ème niveau du bâtiment un nouveau logement de 4 pièces (en comptant la mezzanine) dans un espace de comble qui était jusqu’alors inhabitable par la surélévation de la toiture et l’aménagement des ouvertures nécessaires. Pour être conforme à l’art. 7 RPA, la dérogation doit donc assurer une meilleure intégration au site bâti ou en tous les cas équivalente. Comme les toitures font partie des éléments caractéristiques des vieux bourgs, ce qui est le cas en particulier pour le centre historique de Morges, l’autorité qui accorde la dérogation a le devoir d’accorder une attention soutenue aux ouvertures en toiture, en veillant à limiter le nombre d’ouvertures pour assurer le maintien de l’intégrité des toitures, qui participent de manière déterminante à la qualité de l’intégration du bâtiment au site.
aa) La municipalité a interdit une ouverture de type velux sur l’escalier qui conduit au logement du 4ème étage, en reprenant l’avis de la Section Monuments et Sites dans les conditions à l’octroi du permis de construire. Il convient de déterminer si le refus d’autoriser l’ouverture en cause est conforme à la réglementation communale.
L’art. 14 RPA réglemente les ouvertures en toiture et prévoit ce qui suit :
« Les combles sont habitables sur un niveau seulement. Lorsque les conditions d’habitabilité et de salubrité le permettent, la Municipalité pourra admettre l’utilisation des surcombles.
Pour éclairer les combles habitables, les lucarnes, les tabatières et les verrières sont autorisées. Leurs largeurs réunies ne dépasseront pas les 2/5 de la longueur de la façade correspondante mesurée sur le plan de situation établi par le géomètre.
La largeur maximale des lucarnes est de 1,20 m et la dimension des tabatières est de 0,80 x 1,40 m au maximum. Les lucarnes sont placées au minimum 0,30 m en retrait de la façade. Les verrières sont également admises pour autant que leur intégration à la toiture soit parfaitement démontrée.
Pour éclairer les surcombles habitables, les mêmes types d’ouvertures sont admis à l’exception des lucarnes.
Le traitement architectural de ces éléments peut être contemporain mais en harmonie parfaite avec la forme et la couleur des toitures anciennes.
L’avant-toit régnera sur toute la façade et il aura une saillie d’au moins 0,60 m. »
Lors de l’inspection locale, le tribunal a pu constater que le velux litigieux ne constituait pas une ouverture disproportionnée. Il s’agit même de l’ouverture de plus petite dimension par rapport aux autres ouvertures autorisées pour éclairer les surfaces habitables des logements du 3ème et du 4ème étage et elle présente une taille qui est conforme aux critères dimensionnels de l’art. 14 RPA. Cette ouverture n’est en elle-même pas nécessaire à l’habitabilité du logement du 4ème étage, mais les verrières zénithales étaient couramment mises en oeuvre au XIXème siècle pour l’éclairage des cours intérieures et cages d’escaliers dans la vieille ville de Morges (voir préavis de Paul Bissegger du 7 août 2011 à propos du projet de restauration de l’ancienne Grenette et Casino). L’éclairage d’un escalier secondaire à l’escalier principal, desservant un seul logement dans les combles était probablement inhabituel à l’époque et s’écartait de la typologie traditionnelle des verrières zénithales en toiture, mais dès lors qu’un escalier secondaire est autorisé sous la toiture pour accéder au niveau du logement du 4èmeétage, il se justifie aussi d’autoriser l’éclairage zénithal en rapport avec cet accès, compte tenu de sa fonction particulière et de l’utilisation traditionnelle des verrières en toiture pour éclairer les circulations verticales dans le centre historique de Morges.
Certes, la décision sur le permis de construire, qui comportait expressément comme condition la suppression de cette ouverture, est entrée en force; mais elle n’a pas fait l’objet d’un contrôle juridictionnel. En outre, si le recourant n'avait pas réalisé l'ouverture en cause et demandé l'autorisation de l'ajouter, il devrait recevoir cette autorisation au vu du considérant qui précède; c'est la raison pour laquelle l'ordre de remise en état n'est pas fondé sur ce point, car les travaux réalisés ne sont en définitive pas contraires à la réglementation communale.
bb) En ce qui concerne l’aménagement d’un balcon dans le prolongement des deux lucarnes du séjour, le tribunal doit constater que ce type d’ouverture en toiture n’est pas courant ni commun dans le centre historique de Morges et ne correspond pas aux caractéristiques des anciens bâtiments qui participent à une bonne intégration au bâti. Il est vrai que le recourant avait envisagé l’aménagement d’un balcon beaucoup plus important lors des études préliminaires. Mais, l’ordre de remise en état comporte le refus de légaliser et d’autoriser un tel balcon, malgré sa taille réduite par rapport aux premiers projets présentés par le recourant. A cet égard, le tribunal doit bien admettre que l’autorité communale est restée dans les limites de son pouvoir d’appréciation en considérant que le nouveau balcon réalisé sans autorisation ne remplit pas les conditions de la dérogation prévue par l‘art. 7 al. 2 RPA, car cet aménagement n’apporte pas une amélioration de la qualité de l’intégration du bâtiment. Il est vrai qu’il n’est visible que depuis une cour intérieure dans laquelle des balcons et coursives ont déjà été réalisés. Mais ces ouvrages ne présentent aucune qualité d’intégration et ils ont très vraisemblablement été réalisés sous l’empire d’une réglementation antérieure, qui n’avait pas encore été adaptée aux exigences du droit fédéral (art. 17 al. 1 let. c LAT). Ces travaux ne justifient en aucun cas une aggravation de la situation existante par des aménagements du même type sur le bâtiment du recourant.
cc) En définitive, le projet de transformations du recourant a fait l’objet de nombreuses séances de travail – avec le propriétaire et les architectes – et d’une pesée des intérêts en présence, à savoir l’intérêt public à la protection de la substance du bâtiment et l’intérêt du recourant à une rénovation de celui-ci, pesée qui a abouti à l’octroi du permis de construire du 6 décembre 2010. La modification apportée sans autorisation par le recourant au permis de construire concernant le balcon terrasse aménagé devant les lucarnes ne peut ainsi être régularisée.
d) Le tribunal ne peut donc considérer que les travaux qui font l’objet de l’ordre de remise en état contesté puissent être qualifiés de conforme à la réglementation communale. Or, selon l’art. 105 al. 1 LATC la municipalité, à son défaut le département, est en droit de faire suspendre et, le cas échéant, supprimer ou modifier, aux frais du propriétaire, tous travaux qui ne sont pas conformes aux prescriptions légales et réglementaires. Cette disposition n'accorde pas une latitude de jugement ou un pouvoir d'appréciation à l'autorité compétente, mais lui impose une obligation quand les conditions en sont remplies (arrêts AC.2011.0276 du 9 mai 2012, AC.2011.0065 du 27 janvier 2012, consid. 3a). Par démolition, il faut entendre non seulement la démolition proprement dite de travaux effectués sans droit, mais aussi la remise en état des lieux (arrêt AC.2011.0065, précité; AC.2010.0270 du 27 octobre 2011, consid. 5a, et les arrêts cités). L'autorité doit examiner la nature et l'importance des aspects non réglementaires des travaux et procéder à une pesée des intérêts en présence, soit l'intérêt public au respect de la loi (et donc à la suppression de l'ouvrage non réglementaire construit sans permis) et l'intérêt privé au maintien de celui-ci (voir arrêt AC.2008.0178 précité et les références citées, notamment RDAF 1982 p. 448).
L’ordre de démolir une construction ou un ouvrage édifié sans permis et pour lequel une autorisation ne pouvait être accordée n'est en principe pas contraire au principe de la proportionnalité. Celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit s'attendre à ce qu'elle se préoccupe davantage de rétablir une situation conforme au droit que d'éviter les inconvénients qui en découlent pour lui (ATF 123 II 248 consid. 4a p. 255; 111 Ib 213 consid. 6 p. 221 et les arrêts cités). Les mesures de remise en état doivent toutefois être strictement limitées à ce qui est nécessaire pour atteindre le but recherché. L'autorité doit en effet renoncer à de telles mesures si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit qui aurait changé dans l'intervalle (ATF 136 II 359 consid. 7.1 p. 365; 123 II 248 consid. 4b p. 255; arrêts précités AC.2011.0065 et AC.2010.270, et les arrêts cités; AC.2011.0276 précité).
En principe, le constructeur qui n'a pas agi de bonne foi peut également se prévaloir du principe de la proportionnalité à l'égard d'un ordre de démolition ou de remise en état. Il doit cependant s'accommoder du fait que les autorités, pour des raisons de principe, à savoir pour assurer l'égalité devant la loi et le respect de la réglementation sur les constructions, accorde une importance prépondérante au rétablissement d'une situation conforme au droit et ne prenne pas ou peu en considération les inconvénients qui en résultent pour le maître de l'ouvrage (ATF 123 II 248 consid. 4b p. 255; 111 Ib 213 consid. 6 p. 224; 108 Ia 216 consid. 4b p. 218; cf., AC.2011.0276 précité et réf.).
e) Dans le cas d’espèce, l’ordre de remise en état porte finalement sur le balcon créé entre les deux lucarnes de la toiture côté Sud, la création du velux sur l’escalier de l’appartement du 4ème étage pouvant être régularisée.
S’agissant du balcon créé entre les deux lucarnes de la toiture côté Sud, il ressort du dossier que le recourant avait déjà, dans un premier avant-projet, souhaité réaliser un balcon en toiture côté Sud et que le SIPAL lui avait clairement fait savoir que ce type d’intervention était inadapté à une toiture ancienne et traditionnelle, quand bien même celle-ci n’est pas visible depuis l’espace public, soit depuis la rue piétonne. Il apparaît donc que le recourant s’est obstiné, malgré l’avis contraire du SIPAL, à vouloir réaliser le balcon. Il allègue que certaines des habitations avoisinantes disposent également d’un balcon et de coursives donnant sur l’arrière de l’immeuble ; il invoque ainsi une violation du principe de l’égalité de traitement.
Il y a inégalité de traitement au sens de l'art. 8 al. 1 Cst. lorsque, sans motifs sérieux, deux décisions soumettent deux situations de fait semblables à des règles juridiques différentes; les situations comparées ne doivent pas nécessairement être identiques en tous points, mais leur similitude doit être établie en ce qui concerne les éléments de fait pertinents pour la décision à prendre (ATF 137 I 58 consid. 4.4 p. 68; 136 I 297 consid. 6.1 p. 304, 345 consid. 5 p. 347/348, et les arrêts cités). Cela étant, le principe de la légalité de l'activité administrative prévaut sur celui de l'égalité de traitement. En conséquence, le justiciable ne peut généralement pas se prétendre victime d'une inégalité devant la loi, lorsque celle-ci est correctement appliquée à son cas, alors qu'elle aurait été faussement, voire pas appliquée du tout, dans d'autres cas. Cela présuppose cependant, de la part de l'autorité dont la décision est attaquée, la volonté d'appliquer correctement à l'avenir les dispositions légales en question. Le citoyen ne peut prétendre à l'égalité dans l'illégalité que s'il y a lieu de prévoir que l'administration persévérera dans l'inobservation de la loi (ATF 136 I 65 consid. 5.6 p. 78; 134 V 34 consid. 9 p. 44; 131 V 9 consid. 3.7 p. 20, et les arrêts cités).
En l’occurrence, il convient d’admettre qu’il existe une volonté de vouloir préserver le centre historique de la Ville de Morges, que confirme la réglementation applicable à la vielle ville de Morges, en particulier celle applicable à la zone de protection du centre historique. Par ailleurs, il est vraisemblable que les transformations réalisées sur les immeubles voisins de celui du recourant, qui forment la cour intérieure (notamment l’immeuble de la parcelle 83) ont été autorisées avant l’entrée en vigueur de la réglementation actuelle et qu’elles ne seraient clairement plus admissibles en regard des dispositions de la réglementation de la zone de protection du centre historique. De plus, même si ces transformations avaient été autorisées sous l’empire de la réglementation actuelle, elles ne seraient clairement pas conformes aux dispositions de l’art. 7 RPA et l’on ne peut pas considérer que l’autorité intimée ou le SIPAL persévéreraient dans l’inobservation des dispositions prévues par le RPA. Par conséquent, le grief de violation du principe de l’égalité de traitement ne peut être retenu et l’ordre de remise en état du balcon créé entre les deux lucarnes de la toiture côté Sud doit être confirmé dans son principe.
En ce qui concerne les modalités de la démolition, le concours de l’administré est en principe requis, afin qu’il présente lui-même des propositions au sujet des mesures à ordonner. Toutefois, si les propositions émises sont inadéquates ou si l’administré n’en a pas fourni, l’autorité de recours est tenue de choisir, parmi les différentes mesures possibles, celles qui sont conformes au principe de la proportionnalité, respectivement de rechercher, en procédure de recours, si une mesure moins incisive n’aurait pas aussi permis d’atteindre l’objectif visé (cf. ATF 123 II 248; 111 Ib 213; 108 Ia 216 et 107 Ia 19 précité). Le tribunal est ainsi amené à rechercher quelle mesure serait, en l’espèce, la moins incisive afin de rétablir une situation réglementaire, à savoir celle qui prévalait avant la construction de l’ouvrage litigieux. C’est pourquoi, dans le cadre d’un ordre de remise en état, l’autorité de recours doit rechercher d’office quelles mesures sont, d’une part, nécessaires et propres à atteindre l’objectif absolument indispensable et, d’autre part, celles qui ne sont pas trop incisives (cf. ATF 107 Ia 19, consid. 3b p. 28).
En l’espère, la mesure doit tendre a rétablir l’aspect de la toiture tel qu’il résulte du permis de construire, et dont un aperçu ressort du dossier de plans mis à l’enquête publique avec un photomontage du front sud du projet. On constate à cet égard que le prolongement de l’élément de toiture situé entre les deux lucarnes jusqu’au chéneau joue un rôle important pour l’aspect de la toiture traditionnelle de la vielle ville. Il n’apparaît donc pas nécessaire d’exiger le démontage des lucarnes et leur déplacement jusqu’au bord de la corniche pour atteindre ce but, car il suffit de prolonger l’élément de toiture existant situé entre les deux lucarnes avec le même matériaux de couverture (tuile), jusqu’au droit des chéneaux des deux éléments de toitures latéraux situés de part et d’autre de chaque lucarne, sans enlever la ferblanterie et l’étanchéité de la terrasse. Il subsiste certes une petite ouverture accessible devant chaque lucarne, mais l’aspect général de la toiture avec cette modification brise l’effet visuel de la terrasse réalisée sans autorisation par le recourant et suffit au rétablissement de la situation réglementaire du point de vue du principe de proportionnalité. La décision doit donc être réformée dans ce sens. Il appartiendra à la Municipalité de fixer un nouveau délai d’exécution et de préciser les modalités de contrôle de la remise en état des lieux.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être partiellement admis. En ce qui concerne la réparation des frais et dépens, le tribunal constate que la procédure a été provoquée par le comportement du recourant, qui s’est écarté délibérément du permis de construire sur les deux points contestés, qu’il était conscient de la valeur historique de l’immeuble en ayant requis avant même l’acquisition du bâtiment un avis de l’historien Paul Biessegger, qu’il a participé aux différentes séances de travail avec les représentants de la commune et du canton et qu’il connaissait les exigences des autorités communale et cantonale concernant les limites des travaux de rénovation admissibles. Compte tenu de l’ensemble de ces circonstances, il y a lieu de mettre les frais de justice ainsi que les dépens à la charge du recourant, en application des art. 49 al. 2 et 56 al. 1 LPA-VD.
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est partiellement admis.
II. La décision de la Municipalité de Morges du 3 juin 2013 est annulée en ce qui concerne l’ordre de suppression du velux situé au-dessus de l’escalier aboutissant à l’appartement du 4ème étage.
III. La décision de la Municipalité de Morges du 3 juin 2013 concernant l’ordre de suppression du balcon en façade Sud avec remise en état de la toiture est réformée en ce sens que le recourant doit prolonger l’élément de toiture existant situé entre les deux lucarnes avec le même matériaux de couverture (tuile) jusqu’au droit des chéneaux des deux éléments de toitures latéraux situés de part et d’autre de chaque lucarne.
IV. Un émolument de justice de 2'500 (deux mille cinq cents) francs est mis à la charge du recourant.
V. Le recourant est débiteur de la Commune de Morges d’un montant de 2000 (deux mille) francs à titre de dépens.
Lausanne, le 28 août 2014
Le président: La greffière :
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.