Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
9C_177/2025
Arrêt du 11 mars 2026
IIIe Cour de droit public
Composition
Mmes et MM. les Juges fédéraux
Moser-Szeless, Présidente,
Stadelmann, Parrino, Beusch et Bollinger.
Greffière : Mme Vuadens.
Participants à la procédure
Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève, rue du Stand 26, 1204 Genève,
recourante,
contre
A.________,
représentée par Me Jean-Frédéric Maraia et
Me Gregory Strohmeier, avocats,
intimée.
Objet
Impôt sur les gains immobiliers de la République et canton de Genève, différé d'imposition,
période fiscale 2020,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 11 février 2025 (A/686/2022-ICC ATA/161/2025).
Faits :
A.
A.a. Le 11 juillet 2003, A.________ (ci-après aussi: la contribuable) a acquis par donation de son père la moitié de la parcelle n° xxx de la commune de U.________ (ci-après: l'immeuble 1), que ce dernier avait acquise le 3 mars 1972. Le même jour, B.________, futur époux de la contribuable, a acquis l'autre moitié de l'immeuble 1 pour le prix de 550'000 fr. Les époux B.________ et A.________ ont été domiciliés à l'adresse correspondant à l'immeuble 1 jusqu'au 1er janvier 2016.
A.b. Le 11 février 2016, B.________ et A.________ ont vendu l'immeuble 1 à une société, en vue de la réalisation d'une promotion immobilière. Les parties au contrat ont convenu que le prix de vente de 2'340'000 fr. serait payé par le versement immédiat d'un montant de 339'000 fr. et par la livraison, dans un délai de 33 mois, de deux appartements, d'une valeur de respectivement 1'287'000 fr. pour le premier (ci-après: l'immeuble 2) et 607'700 fr. pour le second, de deux boxes d'une valeur de 38'300 fr. chacun et d'une place de stationnement évaluée à 29'700 fr.
Par bordereau d'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers du 27 avril 2016, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a fixé le gain immobilier réalisé par A.________ à 773'234 fr. (correspondant à la différence entre la moitié du prix de vente de l'immeuble 1 [1'170'000 fr.] et la valeur d'acquisition de sa part, qui a été fixée à 396'766 fr.) et la durée de possession à 43 ans (du 3 mars 1972 au 11 février 2016), ce qui aboutissait à un taux d'impôt de 0 %. Partant, A.________ n'avait aucun impôt sur les bénéfices et gains immobiliers à payer.
Par bordereau d'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers du même jour, l'Administration fiscale a fixé le gain immobilier réalisé par B.________ à 598'000 fr. (correspondant à la différence entre la moitié du prix de vente de l'immeuble 1 [1'170'000 fr.] et la valeur d'acquisition de sa part [550'000 fr.] plus les frais), la durée de possession à 12 ans (du 11 juillet 2003 au 11 février 2016), ce qui aboutissait à un taux d'impôt de 10 %, et l'impôt dû à 59'800 fr. B.________ s'est acquitté de ce montant.
A.c. Le 26 juin 2018, B.________ et A.________ ont acquis les biens susmentionnés (supra consid. A.b) chacun pour moitié et aux prix prévus. Ils ont vécu dans l'immeuble 2.
Lors de l'acquisition de sa part dans l'immeuble 2, B.________ s'est prévalu du remploi du gain immobilier qu'il avait réalisé lors de la vente de sa part dans l'immeuble 1 et a partant demandé le remboursement de l'impôt de 59'800 fr. qu'il avait payé, conformément au système prévalant en droit cantonal genevois. L'Administration fiscale a refusé tout remboursement, au motif que l'immeuble 1 était loué à des tiers. À l'issue d'une procédure de recours, B.________ a obtenu le remboursement partiel de l'impôt qu'il avait payé. Par arrêt du 4 août 2020 (arrêt ATA/727/2020), la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a en effet jugé que les conditions du remploi étaient remplies dans la mesure où B.________ avait vécu dans une partie de l'immeuble 1.
A.d. Le 27 octobre 2020, B.________ et A.________ ont vendu l'immeuble 2. Le 15 décembre 2020, A.________ a quitté le canton de Genève pour emménager dans le canton de Vaud.
Le 23 novembre 2020, la contribuable a annoncé à l'Administration fiscale la réalisation d'un gain immobilier de 332'744 fr. (correspondant à la différence entre le prix de vente de sa part dans l'immeuble 2 [1'021'900 fr.] et sa valeur d'acquisition [689'156 fr.]). Elle a fait valoir qu'elle n'était débitrice d'aucun impôt sur les gains immobiliers car l'acquisition de l'immeuble 2 avait constitué un remploi du bénéfice réalisé lors de la vente de sa part dans l'immeuble 1, de sorte qu'elle pouvait se prévaloir d'une durée de possession remontant à 1972 et, partant, d'un taux de 0 %.
A.e. Par bordereau d'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers du 21 avril 2021 notifié à A.________, l'Administration fiscale a imposé le gain immobilier de 332'744 fr. au taux de 40 %, correspondant à une durée de possession de 2018 à 2020, ce qui aboutissait à un impôt de 133'097 fr. 60. La contribuable a formé une réclamation contre ce bordereau, se prévalant du remploi et demandant à être imposée au taux de 0 %.
Le 21 avril 2021, l'Administration fiscale a imposé le gain immobilier de 332'744 fr. que B.________ avait réalisé sur la vente de sa part de copropriété dans l'immeuble 2 au taux de 10 %, correspondant à une durée de possession de 17 ans (de 2003 à 2020).
Par décision du 26 janvier 2022, l'Administration fiscale a rejeté la réclamation de A.________. En bref, elle a retenu que la contribuable ne remplissait pas les conditions du remploi parce qu'elle n'avait dû payer aucun impôt sur les gains immobiliers sur le bénéfice qu'elle avait réalisé lors de la vente de sa part dans l'immeuble 1. A.________ a recouru contre cette décision sur réclamation auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI).
B.
B.a. Par jugement du 11 mars 2024, le TAPI a confirmé que la contribuable ne pouvait pas se prévaloir d'un remploi parce qu'elle n'avait pas payé d'impôt sur les gains immobiliers et il a partant rejeté le recours de A.________. Le 15 avril 2024, la contribuable a recouru contre ce jugement auprès de la Cour de justice, concluant à son annulation et à ce que le gain immobilier réalisé lors de la vente de sa part dans l'immeuble 2 soit imposé au taux de 0 %.
B.b. La Cour de justice a statué par arrêt du 11 février 2025. Elle a jugé que l'acquisition de l'immeuble 2 en 2018 remplissait les conditions du remploi et que, contrairement à ce que soutenaient l'Administration fiscale et le TAPI, la reconnaissance d'un cas de remploi ne supposait pas que le contribuable concerné ait payé un impôt sur les gains immobiliers sur le bénéfice réinvesti.
La Cour de justice a partiellement admis le recours, annulé le jugement du TAPI du 11 mars 2024 et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 11 février 2025 et de confirmer le jugement du TAPI du 11 mars 2024.
L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours est dirigé contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est partant ouverte (cf. aussi l'art. 73 al. 1 LHID [RS 642.14]).
1.2. Selon l'art. 90 LTF, le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (décisions finales). Un arrêt de renvoi est considéré comme une décision finale si l'autorité à laquelle l'affaire est renvoyée n'a aucune marge de manoeuvre (ATF 150 II 346 consid. 1.3.4; 138 I 143 consid. 1.2). En l'espèce, la Cour de justice a renvoyé la cause à l'Administration fiscale pour qu'elle rende une nouvelle décision de taxation en procédant à un nouveau calcul de la durée de possession et à une nouvelle détermination du taux applicable dans le sens des considérants. Ce renvoi ne laisse aucune marge de manoeuvre à l'Administration fiscale. La condition de l'art. 90 LTF est donc remplie.
1.3. Au surplus, le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la recourante, qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 2 let. d LTF en lien avec l'art. 73 al. 2 LHID). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Toutefois, et conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, il ne connaît de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé, c'est-à-dire s'il a été exposé de manière claire et détaillée (ATF 150 II 346 consid. 1.5.3; 149 III 81 consid. 1.3).
2.2. Le Tribunal fédéral examine librement la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, à moins que les dispositions de cette loi fédérale ne laissent une marge de manoeuvre aux cantons. Dans ce cas, son pouvoir d'examen se limite aux griefs constitutionnels qui sont invoqués conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 150 II 346 consid. 1.5.2; 144 II 313 consid. 5.3).
2.3. S'il est appelé à revoir l'application ou l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale n'est ni déraisonnable ni manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, le Tribunal fédéral la confirme, même si une autre solution est également concevable, voire préférable (ATF 150 I 50 consid. 3.2.7; 148 I 145 consid. 6.1). Par ailleurs, pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (ATF 148 I 145 consid. 6.1; 145 II 32 consid. 5.1).
2.4. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des situations visées à l'art. 105 al. 2 LTF.
3.
Le litige porte sur le taux de l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers qui doit être appliqué au gain immobilier de 332'744 fr. que la recourante a réalisé en 2020 lors de la vente de sa part de copropriété dans l'immeuble 2.
3.1. Il est au préalable nécessaire de clarifier l'arrêt attaqué sur ce point. En effet, selon la recourante, le fait que les juges précédents ont admis "partiellement" le recours de l'intimée signifie qu'ils ont jugé que le gain de 332'744 fr. devait être imposé au même taux que celui qui avait été appliqué à son époux, soit à 10 % (cf. recours p. 9: "en admettant partiellement le recours de la contribuable, la CACJ place cette dernière dans la même position que son mari en ce qui concerne la durée de possession"; cf. aussi recours p. 10 § 4: "Dans le cas d'espèce, l'arrêt entrepris permet, certes, à la contribuable de bénéficier d'un taux d'imposition IBGI de 10 % [...]"). À l'inverse, l'intimée a compris que, dans l'arrêt attaqué, les juges précédents ont retenu que le gain de 332'744 fr. devait être imposé au taux de 0 %, parce qu'ils ont admis que l'acquisition de l'immeuble 2 avait constitué un remploi et que le remploi avait aussi pour conséquence de cumuler les durées de possession des immeubles 1 et 2.
3.2. L'autorité de la chose jugée ne s'attache qu'au seul dispositif du jugement. Elle ne s'étend pas aux motifs. Cependant, pour connaître le sens et la portée exacte du dispositif, il faut parfois se référer aux considérants en droit du jugement (cf. ATF 144 I 11 consid. 4.2; 142 III 210 consid. 2.2; 128 III 191 consid. 4a; arrêt 2C_579/2023 du 29 août 2024 consid. 1.2.2, non publié in ATF 151 II 191).
3.3. Selon le dispositif de l'arrêt attaqué, la Cour de justice a admis "partiellement" le recours, annulé le jugement du TAPI du 11 mars 2024 et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Dans le considérant clôturant son raisonnement, la Cour de justice n'a pas indiqué expressément à quel taux le gain immobilier de 332'744 fr. devait être imposé mais a renvoyé la cause à l'Administration fiscale "pour nouvelle décision de taxation, en procédant à un nouveau calcul de la durée de possession et détermination du taux applicable, au sens des considérants qui précèdent" (consid. 3.4 in fine p. 15 de l'arrêt attaqué). Le taux que devra appliquer l'Administration fiscale peut toutefois être déduit des autres considérants de l'arrêt attaqué. Il en ressort en effet que la Cour de justice a admis que l'acquisition par l'intimée de sa part dans l'immeuble 2 avait constitué un remploi du produit de l'aliénation de sa part dans l'immeuble 1 et que l'existence de ce remploi avait "aussi pour effet d'étendre la durée de possession prise en compte pour déterminer le taux de l'impôt, par le cumul de toutes les possessions depuis la dernière aliénation imposée jusqu'à l'aliénation qui déclenchera l'imposition" (cf. consid. 3.3.3 p. 16 de l'arrêt attaqué).
Interprété à la lumière des considérants, le dispositif de l'arrêt attaqué doit être compris en ce sens que, pour taxer le gain immobilier de 332'744 fr. que la recourante a réalisé en 2020 lors de la vente de sa part de copropriété dans l'immeuble 2, l'Administration fiscale devra rendre une nouvelle décision de taxation qui tienne compte du remploi en 2018 et du cumul des durées de possession des immeubles 1 et 2. Or comme l'intimée pouvait (déjà) se prévaloir d'un taux de 0 % en lien avec la possession de l'immeuble 1, elle peut a fortiori se prévaloir de ce taux en lien avec l'imposition du gain immobilier de 332'744 fr. réalisé sur la vente de l'immeuble 2.
Certes, l'arrêt attaqué contient aussi le passage suivant, sur lequel la recourante semble s'être appuyée pour conclure que les juges précédents auraient conclu à l'application d'un taux de 10 %: "Dans le cas d'espèce, la recourante est imposée à 40 % sur le gain résultant de la vente en 2020 alors que son époux est resté au bénéfice du taux de 10 %, fondé sur une possession depuis 2003. Concrètement, l'IBGI [impôt sur le bénéfice et les gains immobiliers] dû par la recourante selon l'intimée s'élève à CHF 133'097.60, pour la deuxième vente, alors que celui de son époux est resté à CHF 33'274.40 pour la même aliénation et pour un gain identique. Cette différence de traitement apparaît inéquitable, puisqu'elle résulte en fait uniquement de la taxation fondée sur une possession plus longue de la recourante et l'application d'un taux de 0 %, facteurs pourtant destinés à favoriser les propriétaires dans sa situation". Or, et comme le relève à juste titre l'intimée, dans ce passage, les juges précédents ont uniquement mis en évidence le fait que la position de l'Administration fiscale aboutissait au résultat inéquitable de l'imposer plus lourdement que son époux, alors qu'elle pouvait se prévaloir d'une durée de possession plus importante que lui (sur ce point cf. au surplus infra consid. 5.2). Ils n'en ont pas déduit, quoi qu'en pense la recourante, que le gain en cause devait être imposé au taux de 10 %.
3.4. Il découle de ce qui précède que le dispositif de l'arrêt attaqué doit être interprété en ce sens que l'Administration fiscale devra rendre une nouvelle décision de taxation imposant le gain immobilier de 332'744 fr. au taux de 0 %.
4.
Dans un premier grief, la recourante reproche à la Cour de justice d'avoir violé l'art. 12 al. 3 let. e LHID et d'avoir appliqué de manière arbitraire l'art. 85 de la loi générale du 9 novembre 1887 du canton de Genève sur les contributions publiques (LCP; rs/GE D 3 05) en retenant que l'intimée remplissait les conditions pour bénéficier du remploi. Selon la recourante, l'existence d'un remploi suppose nécessairement que l'aliénateur ait payé un impôt sur les gains immobiliers lors de la vente du premier immeuble car le remploi a précisément pour but, grâce au remboursement de l'impôt sur les gains immobiliers payé, de permettre à l'aliénateur de pouvoir réinvestir l'entier du gain immobilier qu'il a réalisé dans l'acquisition d'un immeuble de remplacement. La recourante admet que le législateur fédéral n'a "peut-être pas envisagé en édictant l'art. 12 al. 3 lettre e) LHID, les cas genevois dans lesquels le taux d'imposition IBGI était fixé à 0 %" mais ajoute qu'"on peut toutefois légitimement inférer du but précité du remploi, visé par l'art. 12 al. 3 lettre e) LHID, que si le législateur fédéral avait envisagé que certains cantons n'imposaient pas le gain réalisé lors de la vente d'un immeuble d'habitation détenu pendant plus de 25 ans, il aurait subordonné le bénéfice résultant de cette disposition, à l'existence d'un différé d'imposition effectif".
4.1. L'impôt sur les gains immobiliers est un impôt cantonal, harmonisé à l'art. 12 LHID. La LHID ne contient que peu de dispositions sur cet impôt. Sa perception par les cantons est prescrite (cf. art. 2 al. 1 let. d LHID) mais la LHID demeure vague en ce qui concerne son aménagement et ne contient que peu de directives à l'attention des cantons. Conformément à la marge de manoeuvre qui leur est laissée, les cantons n'ont pas réglé l'imposition des gains immobiliers de manière uniforme (ATF 143 II 382 consid. 2.1; 130 II 478 consid. 5.1 et les références; arrêt 9C_109/2024 du 24 juin 2025 consid. 4.1).
Selon l'art. 12 al. 1 LHID, l'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses). L'art. 12 al. 3 LHID contient une liste d'opérations (let. a à e) qui entraînent un report de l'imposition. Cette liste est exhaustive et ne laisse pas de marge de manoeuvre aux cantons pour décider des cas dans lesquels l'imposition doit être différée. Les cantons sont donc obligés d'accorder le différé d'imposition lorsque les conditions prévues dans l'une des situations visées à l'art. 12 al. 3 LHID sont remplies (cf. ATF 141 II 207 consid. 2.2.4; 130 II 202 consid. 3.2; arrêt 9C_22/2024 du 21 mars 2025 consid. 5.1, destiné à la publication).
Le différé d'imposition au sens de l'art. 12 al. 3 LHID signifie qu'un transfert constituant en soi un acte d'aliénation n'est cependant pas soumis à l'imposition, jusqu'à la prochaine aliénation imposable ne pouvant pas bénéficier d'un report (ATF 141 II 207 consid. 4.2.1 et les références). Sous l'angle de l'impôt sur les gains immobiliers, tout se passe comme s'il n'y avait pas eu réalisation d'un gain (ATF 141 II 207 consid. 4.2.1 et les références; arrêts 9C_383/2023 du 20 février 2025 consid. 3.3.1; 9C_786/2023 du 10 octobre 2024 consid. 4.3.1). Les reports d'imposition peuvent se succéder (cf. ATF 141 II 207 consid. 4.5.4). Le différé d'imposition n'est pas une exonération fiscale (ATF 141 II 207 consid. 4.2.1). En effet, l'augmentation de valeur survenue entre la dernière aliénation imposable et l'acte prorogeant l'imposition n'est que provisoirement pas taxée; l'imposition de cette augmentation de valeur est simplement reportée jusqu'à la nouvelle aliénation imposable (cf. ATF 141 II 207 consid. 4.3; 130 II 202 consid. 5.2; arrêt 9C_786/2023 du 10 octobre 2024 consid. 4.3.1). La créance fiscale ne naît qu'au moment de l'aliénation qui ne donne plus droit à un (nouveau) report d'impôt, ou lorsque les conditions de report cessent d'être remplies (ATF 141 II 207 consid. 4.2.2; arrêt 9C_271/2025 du 22 décembre 2025 consid. 4.2.3, destiné à la publication).
4.2. En vertu de l'art. 12 al. 3 let. e LHID, l'imposition est différée en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage. Pour qu'il ait report d'imposition au sens de l'art. 12 al. 3 let. e LHID, les conditions suivantes doivent être cumulativement remplies: 1) l'immeuble aliéné a servi au propre usage de l'aliénateur; 2) cet usage a été durable et exclusif; 3) le produit de l'aliénation est utilisé pour financer l'achat de l'immeuble de remplacement (réinvestissement); 4) l'achat de l'immeuble de remplacement intervient en Suisse et 5) dans un délai approprié (cf. SILVIA HUNZIKER/MORITZ SEILER, in Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], Kommentar, 4e éd. 2022, n o 131 ad art. 12 LHID; CHRISTIAN CHILLÀ/DANIELLE AXELROUD BUCHMANN, Identité de propriétaire en cas de report d'imposition du gain immobilier privé selon l'art. 12 al. 3 let. e LHID, in RF 67/2012 p. 338).
4.3. Dans le canton de Genève, l'impôt sur les gains immobiliers est régi aux art. 80 ss LCP. Selon l'art. 80 al. 1 LCP, il a pour objet le bénéfice net provenant de l'aliénation d'immeubles ou de parts d'immeubles sis dans le canton, ainsi que certains gains que ces immeubles procurent sans aliénation.
En vertu de l'art. 85 al. 1 let. a LCP, l'impôt est remboursé en cas de remploi du bénéfice résultant de l'aliénation d'un logement (villa ou appartement) occupé par le propriétaire qui aliène. Selon l'art. 85 al. 2 LCP, il y a remploi au sens de l'art. 85 al. 1 LCP lorsque l'aliénateur utilise le produit de l'aliénation pour acquérir, construire ou transformer un immeuble de même nature, pourvu qu'il ne s'écoule pas plus de 5 ans entre les deux opérations. Le mécanisme décrit à l'art. 85 al. 1 LCP, qui consiste à prélever l'impôt puis à le rembourser en cas de remploi, semble spécifique à ce canton (cf. Conférence suisse des impôts, Informations fiscales, Imposition des gains immobiliers, 2024, tableau p. 17).
4.4. En l'espèce, les juges précédents ont retenu que les conditions cumulatives du remploi prévues à l'art. 12 al. 3 let. e LHID étaient remplies. La recourante ne le conteste pas et cette question n'est donc pas litigieuse devant la Cour de céans. En revanche, la recourante reproche aux juges précédents d'avoir violé l'art. 12 al. 3 let. e LHID et d'avoir appliqué arbitrairement l'art. 85 LCP en admettant l'existence d'un remploi alors que l'intimée n'a eu à payer, en raison du taux de 0 % dont elle a pu se prévaloir (prise en compte de la durée de possession de son père), aucun impôt sur les gains immobiliers sur le bénéfice qu'elle a réalisé sur la vente de l'immeuble 1. Selon elle, cette absence d'imposition fait échec à la reconnaissance d'un remploi. L'argumentation qu'elle développe à cet égard n'emporte toutefois pas la conviction.
4.4.1. En premier lieu, et comme l'ont également retenu la Cour de justice et l'intimée, l'art. 12 al. 3 let. e LHID ne prévoit pas que l'aliénateur doit avoir payé un impôt sur les gains immobiliers sur le gain réalisé lors de l'aliénation du premier immeuble pour pouvoir bénéficier de ce cas de différé d'imposition. Autrement dit, le paiement d'un tel impôt n'est pas une condition légale à l'admission d'un remploi. Certes, et comme le rappelle à juste titre la recourante, lorsque l'Assemblée fédérale a décidé d'introduire la lettre e à l'art. 12 al. 3 LHID, contre l'avis du Conseil fédéral, son but était de faire en sorte que l'ensemble du produit de la vente du logement soit à l'entière disposition du contribuable souhaitant réinvestir son gain dans l'acquisition d'un immeuble de remplacement (cf. ATF 130 II 202 consid. 5.2, cité par la recourante). Il s'agit toutefois du but visé par le législateur. Contrairement à ce que semble retenir la recourante, cela ne permet pas d'en conclure que le paiement d'un impôt est une condition à la reconnaissance du remploi, dès lors que cette condition n'apparaît pas dans le texte clair de l'art. 12 al. 3 LHID. Quant à l'argument de la recourante selon lequel le législateur fédéral aurait conditionné la reconnaissance d'un différé d'imposition au paiement effectif d'un impôt sur les gains immobiliers s'il avait imaginé que certains cantons imposeraient au taux de 0 % les gains après une certaine durée de possession, il s'agit d'une pure spéculation que la recourante n'étaie d'aucune manière.
4.4.2. Par ailleurs, les juges cantonaux n'ont pas procédé à une interprétation arbitraire de l'art. 85 al. 1 LCP en retenant que le fait que cette disposition prévoyait le remboursement de l'impôt en cas de remploi du bénéfice montrait que ce remboursement était, dans le système genevois, une conséquence du remploi et non une condition de celui-ci. Cette interprétation correspond au contraire au sens univoque qui découle du texte clair de cette disposition.
4.4.3. En outre, et comme le soulignent tant la Cour de justice que l'intimée, si le remploi était subordonné au paiement effectif d'un impôt sur les gains immobiliers, toutes les personnes qui, dans le canton de Genève, peuvent se prévaloir d'un taux de 0 % seraient d'emblée exclues du champ d'application de l'art. 12 al. 3 let. e LHID en raison des particularités du barème genevois. Un tel raisonnement reviendrait à admettre qu'une disposition de droit cantonal pourrait influer sur la réalisation ou non d'un cas de remploi. Or, les conditions ouvrant le droit au différé d'imposition relèvent exclusivement du droit fédéral et ne laissent aucune marge de manoeuvre aux cantons (supra consid. 4.1).
4.5. Il découle de ce qui précède que la Cour de justice n'a ni violé l'art. 12 al. 3 let. e LHID ni appliqué arbitrairement l'art. 85 LCP en jugeant que l'acquisition de l'immeuble 2 en 2018 constituait un cas de remploi.
5.
L a recourante reproche ensuite à l'arrêt attaqué d'avoir instauré une "présomption, voire une fiction de différé d'imposition" en permettant à l'intimée d'utiliser le remploi dans un autre but que celui visé par le législateur, à savoir non pas pour réinvestir l'intégralité du bénéfice réalisé mais pour cumuler les durées de possession et ainsi obtenir le taux le plus bas possible sur les gains réalisés lors de deux ventes, malgré une durée de possession courte de l'immeuble 2. Elle invoque à cet égard une violation de l'art. 12 al. 5 LHID. Elle se plaint également d'une application arbitraire de l'art. 82 al. 3 LCP à double titre. D'une part, elle relève que la durée de possession déterminante selon cette disposition est subordonnée au fait que l'immeuble aliéné a été acquis par un transfert "justifiant la prorogation de l'imposition" et soutient que cette condition n'est pas remplie en l'espèce car l'intimée n'a bénéficié d'aucune décision lui accordant la prorogation de l'imposition lors de l'acquisition de l'immeuble 2. D'autre part, et pour autant que l'on saisisse son argumentation, elle semble reprocher à l'instance précédente d'avoir appliqué de manière incohérente l'art. 82 al. 3 LCP car cette disposition prévoit que la dernière aliénation soumise à l'impôt est déterminante à la fois pour fixer le prix d'acquisition et la durée de possession. Or en l'espèce, les juges précédents avaient confirmé comme prix d'acquisition le prix d'achat de l'immeuble 2 pour établir le gain imposable de 332'744 fr. mais pas pour fixer la durée de possession déterminante.
5.1. Les cantons sont libres d'adopter le barème de l'impôt sur les gains immobiliers (art. 1 al. 3 LHID), à condition d'imposer plus lourdement les bénéfices réalisés à court terme (art. 12 al. 5 LHID), étant rappelé que cette disposition n'a pas un but fiscal mais qu'elle vise à lutter contre la spéculation immobilière (arrêts 2C_1058/2018 du 26 septembre 2019 consid. 8.2; 2C_463/2015 du 20 avril 2016 consid. 3.1). En droit cantonal genevois, les taux sont dégressifs, en fonction de la durée de possession (cf. art. 84 LCP). Jusqu'au 31 décembre 2024, l'impôt était perçu au taux de 0 % à partir d'une durée de propriété de l'immeuble de 25 ans et plus (art. 84 al. 1 let. g aLCP). Depuis le 1er janvier 2025, ce taux est de 2 % (art. 84 al. 1 let. g LCP).
5.2. Selon la jurisprudence, lorsque la chaîne des différés est interrompue, c'est le "bénéfice total" qui devient l'objet de l'impôt et ce sont les modalités (barème d'imposition, base de calcul) alors en vigueur dans le canton qui sont déterminantes (ATF 141 II 207 consid. 4.2.2; arrêts 9C_109/2024 du 24 juin 2025 consid. 7.1; 2C_785/2020 du 18 mars 2021 consid. 2.4.2 et la référence).
En droit cantonal genevois, l'art. 82 al. 3 LCP dispose que lors de l'aliénation d'un immeuble acquis par un transfert justifiant la prorogation de l'imposition, le prix d'acquisition est celui de la dernière aliénation soumise à l'impôt qui est aussi déterminante pour fixer la durée de possession (al. 3). Dans l'arrêt attaqué, la Cour de justice a retenu que conformément à l'art. 82 al. 3 LCP et à la pratique établie de l'Administration fiscale, le report avait aussi pour effet d'étendre la durée de possession prise en compte pour déterminer le taux de l'impôt par le cumul de toutes les durées de possession depuis la dernière aliénation imposée jusqu'à l'aliénation qui déclenchera l'imposition. En d'autres termes, selon les juges précédents, en droit cantonal genevois, le remploi a pour effet qu'en cas d'aliénation de l'immeuble de remplacement, le gain immobilier doit être imposé au taux correspondant à la durée de possession cumulée des deux immeubles. La recourante n'explique pas en quoi cette interprétation de l'art. 82 al. 3 LCP serait arbitraire. Selon les faits constatés par les juges précédents, elle correspond aussi à sa propre pratique. Il ressort d'ailleurs de l'arrêt attaqué que, s'agissant de l'époux de l'intimée, l'Administration fiscale a dûment appliqué cette pratique puisqu'elle a imposé la plus-value de 332'774 fr. réalisée par ce contribuable lors de la vente de l'immeuble 2 au taux correspondant à la durée de possession cumulée des immeubles 1 et 2 (soit en l'occurrence à 10 %, correspondant à une durée de possession remontant à 2003).
Par ailleurs, la solution consistant à appliquer à la plus-value réalisée sur l'immeuble de remplacement le taux correspondant au cumul de possession des deux immeubles n'est pas contraire à la LHID dans la mesure où les taux d'imposition relèvent de la compétence des cantons (cf. ZWEIFEL/MARGRAF/HUNZIKER/OESTERHELT, Schweizerisches Grundstückgewinnsteuerrecht, 2021, n° 18 ad § 11; HUNZIKER/SEILER, op. cit., n os 144 et 145 ad art. 12 LHID; plus tranché: VERREY, pour qui la notion même de report d'imposition implique nécessairement que la plus-value réalisée sur l'immeuble de remplacement soit taxée au taux correspondant à une durée de possession cumulée des deux immeubles [BASTIEN VERREY, L'imposition différée du gain immobilier: harmonisation fédérale et droit cantonal comparé, 2011, n° 274, p. 233; LE MÊME, Report de l'imposition du gain immobilier en cas de remploi: ses fins et sa fin, in L'Expert-comptable suisse, 2015/6-7, p. 520]). C'est donc en vain que la recourante se plaint du fait que l'arrêt attaqué consacre une violation de l'art. 12 al. 5 LHID.
6.
Enfin, la recourante reproche aux juges précédents d'avoir appliqué le droit cantonal de manière arbitraire en retenant qu'une décision accordant le remploi n'était pas une condition nécessaire pour le reconnaître. Elle n'explique toutefois pas en quoi les juges précédents auraient arbitrairement appliqué l'art. 82 al. 3 LCP, qui ne prévoit pas que le contribuable doit avoir obtenu une décision formelle "justifiant la prorogation de l'imposition". Son grief ne respecte pas les exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (supra consid. 2.1).
7.
Ce qui précède conduit au rejet du recours.
8.
Au vu de l'issue du litige, les frais judiciaires de la procédure devant le Tribunal fédéral seront mis à la charge de l'Administration fiscale, qui succombe, dès lors qu'elle a agi dans l'exercice de ses attributions officielles alors que son intérêt patrimonial est en jeu (
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr. sont mis à la charge de la République et canton de Genève.
3.
La République et canton de Genève versera à l'intimée un montant de 5'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section.
Lucerne, le 11 mars 2026
Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Moser-Szeless
La Greffière : Vuadens