Nachsteuern
(Staats- und Gemeindesteuern 2003 und 2004) | Nachsteuerpflicht aufgrund nachträglicher Qualifikation als selbständig erwerbender Arzt [Der Pflichtige führte zwei Arztpraxen in Form einer GmbH. Nachdem das Bundesgericht betreffend Steuerperiode 2005 erkannte, die von ihm erbrachten ärztlichen Leistungen seien ihm persönlich als selbständige Erwerbstätigkeit anzurechnen, wurde für die Vorperioden 2003 und 2004 ein Nachsteuerverfahren eröffnet.] Kein verfassungswidriger Verfahrensdualismus, indem neben dem Nachsteuer- auch ein Steuerstrafverfahren eingeleitet wurde (E. 2). Für die Verjährung gilt die Spezialbestimmung von § 161 StG und nicht § 130 Abs. 1 StG. § 130 Abs. 1 Satz 2 StG hält denn auch ausdrücklich fest, die Erhebung von Nachsteuern und Bussen bleibe vorbehalten (E. 4). Kein Verstoss gegen das Verbot widersprüchlichen Verhaltens, indem das kantonale Steueramt Informationen aus der rechtskräftigen Einschätzung der GmbH verwendet hat, da die Einschätzung der GmbH nach Rechtskraft des vorliegenden Nachsteuerverfahrens von Amtes wegen aufgehoben und neu mit einem Reingewinn von Fr. 0.- festgesetzt wird. Abweisung.
Full text
Standard Suche | Erweiterte Suche | Hilfe
Druckansicht
Geschäftsnummer: SR.2017.00030 Entscheidart und -datum: Endentscheid vom 21.02.2018 Spruchkörper: 2. Abteilung/2. Kammer Weiterzug: Das Bundesgericht hat eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen diesen Entscheid am 01.02.2019 teilweise gutgeheissen. Rechtsgebiet: Steuerrecht Betreff: Nachsteuern (Staats- und Gemeindesteuern 2003 und 2004)
Nachsteuerpflicht aufgrund nachträglicher Qualifikation als selbständig erwerbender Arzt [Der Pflichtige führte zwei Arztpraxen in Form einer GmbH. Nachdem das Bundesgericht betreffend Steuerperiode 2005 erkannte, die von ihm erbrachten ärztlichen Leistungen seien ihm persönlich als selbständige Erwerbstätigkeit anzurechnen, wurde für die Vorperioden 2003 und 2004 ein Nachsteuerverfahren eröffnet.] Kein verfassungswidriger Verfahrensdualismus, indem neben dem Nachsteuer- auch ein Steuerstrafverfahren eingeleitet wurde (E. 2). Für die Verjährung gilt die Spezialbestimmung von § 161 StG und nicht § 130 Abs. 1 StG. § 130 Abs. 1 Satz 2 StG hält denn auch ausdrücklich fest, die Erhebung von Nachsteuern und Bussen bleibe vorbehalten (E. 4). Kein Verstoss gegen das Verbot widersprüchlichen Verhaltens, indem das kantonale Steueramt Informationen aus der rechtskräftigen Einschätzung der GmbH verwendet hat, da die Einschätzung der GmbH nach Rechtskraft des vorliegenden Nachsteuerverfahrens von Amtes wegen aufgehoben und neu mit einem Reingewinn von Fr. 0.- festgesetzt wird. Abweisung.
Rechtsnormen: Art. 6 EMRK § 130 Abs. I StG § 160 StG § 161 Abs. I StG § 161 Abs. II StG § 248 Abs. II StG Art. 2 Abs. II ZGB
Publikationen: - keine - Gewichtung: (1 von hoher / 5 von geringer Bedeutung) Gewichtung: 3
Verwaltungsgericht des Kantons Zürich 2. Abteilung
SR.2017.00030
Urteil
der 2. Kammer
vom 21. Februar 2018
Mitwirkend: Abteilungspräsident Andreas Frei (Vorsitz), Verwaltungsrichterin Elisabeth Trachsel, Verwaltungsrichterin Silvia Hunziker, Gerichtsschreiberin Jsabelle Mayer.
In Sachen
A, vertreten durch RA B,
Rekurrent,
gegen
Staat Zürich, vertreten durch das kantonale Steueramt,
Rekursgegner,
betreffend Nachsteuern (Staats- und Gemeindesteuern 2003 und 2004),
hat sich ergeben:
I.
A. Dr. med. A (nachfolgend: der Pflichtige) war als Arzt im Fachbereich … mit Praxen in X und Y tätig. Im Jahr 2003 gründete er zum Zweck der Führung seiner Arztpraxen zwei Gesellschaften mit beschränkter Haftung. Die Praxis C wurde in die D GmbH mit Sitz in X und die Praxis E in die Praxis F mit Sitz in Y überführt. Per 22. September 2003 meldete sich der Pflichtige bei der Stadt X infolge Verlegung des Wohnsitzes in den Kanton G ab, blieb aber wegen des Besitzes von Liegenschaften weiterhin im Steuerregister des Kantons Zürich erfasst.
Der Pflichtige verfügte im Zeitraum 2003/2004 nebst der D GmbH und der Praxis F noch über weitere Gesellschaften mit beschränkter Haftung, unter anderem, die H GmbH mit Sitz in I, Kanton G, (später J GmbH) und die K GmbH mit Sitz in X.
B. Am 6. Februar 2005 reichte der Pflichtige die Steuererklärung für das Jahr 2003 ein. Das Steueramt X schätzte ihn am 17. März 2005 gestützt darauf mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. … (satzbestimmend Fr. …) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. … (satzbestimmend Fr. …) ein. Die Einschätzung erwuchs in Rechtskraft.
C. Am 10. Dezember 2005 reichte der Pflichtige die Steuererklärung für das Jahr 2004 ein. Gestützt darauf wurde er vom Steueramt X am 24. Januar 2006 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. … (satzbestimmend Fr. …) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. … (satzbestimmend Fr. …) eingeschätzt. Diese Einschätzung erwuchs ebenfalls in Rechtskraft.
D. Hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern 2005 verfügte das kantonale Steueramt mit Einspracheentscheid (nach Ermessenseinschätzung) vom 12. April 2010, die dem Pflichtigen von der D GmbH und Praxis F ausbezahlten Vergütungen seien bei ihm als im Kanton Zürich steuerbares Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zu qualifizieren. Das steuerbare Einkommen wurde gesamthaft auf Fr. … festgelegt. Die vom Pflichtigen ergriffenen kantonalen Rechtsmittel blieben erfolglos, zuletzt seine mit Urteil vom 16. März 2011 abgewiesene Beschwerde an das Verwaltungsgericht (SB.2010.00131). Das Bundesgericht bestätigte mit Entscheid vom 26. April 2012, die ärztlichen Leistungen seien dem Pflichtigen persönlich anzurechnen und dem Kanton Zürich komme die uneingeschränkte Steuerhoheit zu (vgl. BGr, 2C_396/2011, E. 4.2.2/4.2.3).
E. Wegen Verdachts der Unterbesteuerung infolge Nichtdeklaration von Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit (Betriebsstätten in den Städten X und Y), eröffnete das kantonale Steueramt am 22. März 2013 ein Nachsteuerverfahren bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern 2003–2004 und setzte dem Pflichtigen Frist bis zum 30. April 2013 zum Einreichen entsprechender Unterlagen bzw. Angaben. Am 21. Mai 2013 eröffnete das kantonale Steueramt zudem ein Bussenverfahren betreffend Staats- und Gemeindesteuern für dieselben Perioden. Der Pflichtige nahm am 28. Juni 2013 sowohl zur Eröffnung des Nachsteuer- als auch des Bussenverfahrens Stellung. Weitere Unterlagen wurden nicht eingereicht.
Am 14. November 2013 erfolgte seitens des kantonalen Steueramts eine das Nachsteuerverfahren "Staats- und Gemeindesteuern 2003–2004/Direkte Bundessteuer 2003–2004" betreffende Mahnung, wozu der Pflichtige am 29. November 2013 Stellung nahm, ohne die geforderten Unterlagen einzureichen.
Mit Schreiben vom 24. März 2015 betreffend "Nachsteuerund Bussenverfahren/Staats- und Gemeindesteuern 2003 und 2004" unterbreitete das kantonale Steueramt dem Pflichtigen einen unpräjudiziellen Vorschlag und setzte Frist zur Stellungnahme. Dabei schlug das kantonale Steueramt für das Steuerjahr 2003 (unter anderem) Einkünfte aus selbstständiger Tätigkeit in Höhe von insgesamt Fr. … und ein Geschäftskapital von Fr. … vor, für das Steuerjahr 2004 Einkünfte aus selbstständiger Tätigkeit von insgesamt Fr. … und ein Geschäftskapital von Fr. …. Der Pflichtige nahm am 8. Mai 2015 dazu Stellung.
Am 19. Mai 2015 fand beim kantonalen Steueramt eine Verhandlung statt.
Mit Nachsteuerverfügung des kantonalen Steueramts vom 16. Juni 2016 betreffend Staats- und Gemeindesteuern wurde Dr. med. A wegen Bewirkens einer Unterbesteuerung nicht deklarierter Einkünfte aus selbstständiger Erwerbstätigkeit (Betriebsstätten in den Städten X und Y) eine Nachsteuer von Fr. … (inklusiv Zins) für die Steuerperioden 2003 und 2004 auferlegt. Die Summe setzt sich wie folgt zusammen: Neu berechnete Staatsund Gemeindesteuer per 2003 Fr. … und per 2004 Fr. …, abzüglich bezahlte Steuern per 2003 in Höhe von Fr. … und per 2004 von Fr. …, zuzüglich Zins von Fr. …. In der Verfügung wurde zudem darauf hingewiesen, dass das Bussenverfahren einstweilen sistiert werde.
II.
Gegen die Verfügung vom 16. Juni 2016 erhob der Pflichtige am 20. Juli 2016 Einsprache beim kantonalen Steueramt und beantragte die ersatzlose Aufhebung der Nachsteuern 2003 und 2004 sowie die Einstellung des Verfahrens. Mit Verfügung vom 15. August 2017 betreffend "I. Staats- und Gemeindesteuern / II. Direkte Bundessteuer" wurde die Einsprache in Bezug auf die dem Pflichtigen auferlegte Nachsteuer abgewiesen. Zudem wurde das sistierte Verfahren betreffend Hinterziehung von Staats- und Gemeindesteuern zufolge Verjährung eingestellt.
III.
Mit Rekurs vom 21. September 2017 gelangte der mittlerweile im Ausland wohnhafte Pflichtige an das Verwaltungsgericht und beantragte die ersatzlose Aufhebung der für die Staatsund Gemeindesteuern auferlegten Nachsteuern 2003 und 2004, unter entsprechender Kosten- und Entschädigungsfolge. Mit Präsidialverfügung vom 25. September 2017 wurde ihm Frist zur Leistung einer Kaution angesetzt. Diese wurde am 29. September 2017 fristgerecht einbezahlt. Das kantonale Steueramt beantragte die Abweisung des Rekurses und die vollumfängliche Bestätigung der Einspracheverfügung vom 15. August 2017, unter entsprechender Kosten- und Entschädigungsfolge. Es folgten keine weiteren Eingaben.
Die Kammer erwägt:
1.
1.1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Einschätzung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Einschätzung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Einschätzung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert (§ 160 Abs. 1 des Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 [StG]). Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen, Reingewinn oder Eigenkapital in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war (§ 160 Abs. 2 StG).
1.2 Die Nachsteuererhebung ist nach dieser Ordnung, sofern kein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde vorliegt, nur dann zulässig, wenn der Steuerausfall darauf zurückzuführen ist, dass der Steuerpflichtige – schuldhaft oder schuldlos – seine in § 133 ff. StG geregelten Pflichten zu Deklaration und Beweis rechtserheblicher Tatsachen verletzt hat und deswegen von der Steuerbehörde nicht oder ungenügend veranlagt worden ist. Nach § 135 Abs. 1 StG muss der Steuerpflichtige alles tun, um eine vollständige und richtige Einschätzung zu ermöglichen. Insbesondere muss er das Formular für die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ausfüllen (§ 133 Abs. 2 StG). Der Steuerpflichtige trägt dabei die Verantwortung für die Richtigkeit und Vollständigkeit der Steuererklärung.
Für die Erhebung einer Nachsteuer müssen neue Tatsachen oder Beweismittel vorliegen, die das Verhalten des Steuerpflichtigen als objektiv gesetzwidrig erscheinen lassen (VGr, 17. Dezember 2014, SR.2013.00009, E. 1.3 mit Hinweisen).
Massgebend für die Beurteilung der Frage, ob der gesetzwidrige Steuerausfall aufgrund neuer Tatsachen oder Beweismittel entdeckt worden sei, ist der Aktenstand im Zeitpunkt der Einschätzung bzw. Veranlagung (BGr, 26. März 2015, 2C_458/2014 und 2C_459/2014, E. 2.1). Tatsachen, die damals aus den Akten nicht ersichtlich waren, gelten als neu, selbst wenn sie die Steuerbehörde bei besserer Untersuchung hätte erfahren können. Denn diese braucht sich zwar nicht auf die Richtigkeit der Steuererklärung oder anderer Angaben des Steuerpflichtigen zu verlassen, darf es aber in der Regel ohne Verletzung ihrer Untersuchungspflicht tun. Sie ist ohne besonderen Anlass nicht verpflichtet, Quervergleiche mit Akten anderer Steuerpflichtiger vorzunehmen oder selber im Steuerdossier des Betroffenen nach ergänzenden Unterlagen zu suchen. Allerdings darf sie nicht im gleichen Mass unbesehen auf die in der Steuererklärung gemachten Angaben abstellen, wie sie dies bei einer Selbstveranlagungssteuer tun könnte. Die Steuerbehörde muss insbesondere berücksichtigen, dass in die Steuerdeklarationsformulare nicht nur Tatsachen einzutragen sind, sondern sich dabei auch eigentliche Rechtsfragen stellen (BGr, 26. März 2015, 2C_458/2014 und 2C_459/2014, E. 2.2.2).
1.3 Eine Pflicht zur Vornahme ergänzender Abklärungen besteht für die Einschätzungsbzw. Veranlagungsbehörde dann, wenn die Steuererklärung Fehler enthält, die klar ersichtlich bzw. offensichtlich sind. Nur solche augenfälligen Mängel begründen eine Verletzung der behördlichen Untersuchungspflicht und bewirken, dass keine "neue Tatsachen" im Sinn von § 160 Abs. 1 StG vorliegen, die ein Nachsteuerverfahren rechtfertigen würden. Bloss erkennbare Mängel genügen nicht, um davon auszugehen, bestimmte Tatsachen oder Beweismittel seien den Behörden schon zur Zeit der Veranlagung bekannt gewesen bzw. es müsse diesen ein entsprechendes Wissen angerechnet werden (BGr, 3. Februar 2016, 2C_230/2015 und 2C_231/2015, E. 2.3; BGr, 26. März 2015, 2C_458/2014 und 2C_459/2014, E. 2.2.2). Es braucht also eine in die Augen springende Falschdeklaration seitens des Pflichtigen, welche die Steuerbehörde bei gehöriger Sorgfalt schon im ordentlichen Einschätzungs- bzw. Veranlagungsverfahren zu zusätzlichen Abklärungen hätte veranlassen müssen. Das ist der Fall, wenn die Steuerbehörden in voller Kenntnis von Ungereimtheiten davon abgesehen haben, zusätzliche Abklärungen zu treffen; dann können sie keine Nachsteuer mehr erheben, wenn sie nachträglich bessere Kenntnis von diesem Umstand erhalten. Dagegen wird die behördliche Untersuchungspflicht solange nicht verletzt, als eine Unstimmigkeit aus den Angaben der steuerpflichtigen Person in der Steuererklärung nicht ohne Weiteres ersichtlich ist oder wenn die Behörde wohl hätte Verdacht schöpfen können, ohne dass das aber zwingend gewesen wäre (vgl. BGr, 6. Juli 2012, 2C_494/2011 und 2C_495/2011, E. 2.1.3, mit Hinweisen).
1.4 Die Einleitung des Nachsteuerverfahrens wird dem Steuerpflichtigen unter Angabe des Grundes schriftlich mitgeteilt. Ist die Einleitung eines Strafverfahrens wegen Steuerhinterziehung möglich, wird er bei der Einleitung eines Nachsteuerverfahrens darauf hingewiesen (§ 162 Abs. 1 StG). Diese gesetzliche Ordnung basiert auf der grundsätzlichen Trennung von Nachsteuerund Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung im Rahmen eines dualistischen Konzepts (Felix Richner et al., Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. A., Zürich 2013, § 162 N. 4). Das (Nach-)Steuerveranlagungsverfahren und das Steuerstrafverfahren unterscheiden sich in mehreren Hinsichten voneinander:
1.4.1 Im Veranlagungsverfahren ist der Steuerpflichtige von Gesetzes wegen zur Mitwirkung verpflichtet (§§ 132 ff. in Verbindung mit § 162 Abs. 3 StG). Verweigert er diese, kann dies sowohl mit Ordnungsbusse geahndet werden wie auch eine Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen zur Folge haben (§ 234 und § 139 Abs. 2 StG; BGE 138 IV 47 E. 2.6).
1.4.2 Demgegenüber ist das Steuerstrafverfahren ein reines Strafverfahren, in welchem der Beschuldigte über sämtliche strafprozessualen Garantien verfügt. Er muss sich nicht selbst belasten und hat das Recht, seine Aussage und Mitwirkung zu verweigern (vgl. Art. 113 Abs. 1 der Strafprozessordnung [StPO]). Weiter gilt der aus der Unschuldsvermutung abgeleitete Grundsatz "in dubio pro reo", der sowohl die Beweislast als auch die Beweiswürdigung im Strafverfahren regelt (Art. 32 Abs. 1 der Bundesverfassung vom 18. April 1999 [BV]; Art. 10 Abs. 3 StPO). Als Beweislastregel besagt er, dass es den Anklagebehörden obliegt, die Schuld des Beschuldigten nachzuweisen und dieser freizusprechen ist, wenn der entsprechende Beweis misslingt. Bei der Beweiswürdigung gilt im Strafverfahren, dass der Strafe keine Sachverhaltselemente zugrunde gelegt werden dürfen, über deren Verwirklichung bei objektiver Würdigung der gesamten Beweislage Zweifel bestehen müssen oder die nur als wahrscheinlich gelten (BGE 127 I 38 E. 2a; BGr, 20. Dezember 2013, 2C_392/2013 und 2C_393/2013, E. 3.2; zum Ganzen VGr, 29. Januar 2014, GB.2012.00001 und GB.2012.00002, E. 2.2).
1.4.3 Die Mitwirkungspflicht im Nachsteuerverfahren einerseits und das Aussageund Mitwirkungsverweigerungsrecht im Steuerstrafverfahren andererseits können den Steuerpflichtigen in ein Aussagedilemma bringen (vgl. Martin E. Looser in: Martin Zweifel/Michael Beusch [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 3. A., Basel 2017, Art. 53 N. 6d). Es kann vorkommen, dass von Art. 6 Ziff. 1 EMRK gewährleistete Rechte, die auf steuerliche Strafverfahren anwendbar sind, über den rein strafrechtlichen Rahmen hinausgehen und mit den rein steuerlichen Verfahren interagieren (BGE 140 I 68 E. 9.6.2 = Pra. 103 [2014] Nr. 45). Entsprechend ist in § 248 Abs. 2 StG statuiert, dass Beweismittel aus einem Nachsteuerverfahren nur dann im Steuerstrafverfahren verwendet werden, wenn sie weder unter Androhung einer Einschätzung nach pflichtgemässen Ermessen im Sinn von § 139 Abs. 2 StG noch unter Androhung einer Busse wegen Verletzung von Verfahrenspflichten beschafft wurden. Allerdings darf die in ein Nachsteuerverfahren einbezogene Person nicht einfach im Hinblick darauf, dass in ihrem Fall dereinst ein Beweismittelverbot Platz greifen könnte, oder angesichts dessen, dass sie in einem allfälligen späteren Hinterziehungsverfahren ihre Aussage oder Mitwirkung verweigern darf und hierauf zu Verfahrensbeginn hinzuweisen ist, ihre Mitwirkung im Nachsteuerverfahren verweigern (Richner et al., Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, § 162 N. 4a, ebenso Felix Richner et al., Handkommentar zum DBG, 3. A., Zürich 2016, Art. 153 N. 10).
2.
2.1 Der Pflichtige macht einen verfassungswidrigen Verfahrensdualismus geltend, sei doch das kantonale Steueramt zweigleisig gefahren. So habe es sich bei der Einleitung des Verfahrens auf ein blosses Nachsteuerverfahren bezogen und keine zwei Monate später das Bussenverfahren beansprucht. Eine formelle Sistierung des Bussenverfahrens sei nicht vorgenommen worden. Erst aus der Nachsteuerverfügung vom 16. Juni 2016 werde ersichtlich, dass das Steueramt bis dahin ein Nachsteuer- und Bussenverfahren verfolgt habe. Mit Mahnung vom 14. November 2013 sei ihm aber Nichterfüllung von Verfahrenspflichten vorgehalten worden, die jedoch, zumindest seit Eröffnung des Bussenverfahrens am 21. Mai 2013 zufolge des Aussageverweigerungsrechts, eben gerade nicht bestanden hätten. Damit habe sich der Rekursgegner in einen Widerspruch begeben bzw. habe er zumindest ein unklares Vorgehen zu verantworten. In einem kombinierten Verfahren werde das Verfahrensrecht gemäss Nachsteuerverfahren von den strafprozessualen Grundsätzen des Hinterziehungsverfahrens "überwölbt" und es träfen die beschuldigte Person keine Mitwirkungspflichten. Die Steuerbehörde dürfe aber nur im blossen Nachsteuerverfahren, nicht aber im Hinterziehungsverfahren, zur Ermessensveranlagung schreiten. Das Vorgehen des kantonalen Steueramts sei nicht zulässig gewesen, habe es doch die Nachsteuerverfügung nach pflichtgemässem Ermessen vorgenommen und dies mit seinem Pflichtversäumnis begründet. Die angefochtene Verfügung sei daher aufzuheben. Sodann seien Verfahrenspflichten in einem Strafverfahren zufolge des Rechts zu schweigen, des Verbots des Zwangs zur Selbstbezichtigung bzw. der Unschuldsvermutung, fremd. Für die im Strafverfahren ermittelte Nachsteuer sei im Zweifel zugunsten des Beschuldigten zu entscheiden. Die Tatsachen seien nicht vom Beschuldigten, sondern von der die Strafgewalt ausübenden Steuerbehörde zu beweisen.
2.2
2.2.1 Vorab ist festzuhalten, dass gemäss dem aktuellen und hier anwendbaren Steuergesetz das Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren voneinander entflochten bzw. losgelöst geführt werden, während diese unter altem Recht eine Einheit bildeten (Richner et al., Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, § 235 N. 17 und VB zu §§ 234–264 N. 32; siehe vorn, E. 1.4). Nach dem alten Gesetz über die direkten Steuern vom 8. Juli 1951 war die Nachsteuer ein objektiver Tatbestand der Steuerhinterziehung (§§ 188 ff. aStG; RB 1990 Nr. 50). Die vom Pflichtigen erwähnten Entscheide des Verwaltungsgerichts aus den Jahren 1990 und 1991 (RB 1990 Nr. 50 und RB 1991 Nr. 33) beziehen sich auf jene alten Bestimmungen, beruhen somit auf einer anderen gesetzlichen Ausgangslage und sind daher vorliegend nicht von Belang.
2.2.2 Der Pflichtige macht sinngemäss geltend, entgegen dem "dualistischen" Konzept, auf dem das geltende Steuergesetz basiere, sei vorliegend faktisch ein "kombiniertes" Nachsteuer- und Steuervergehensverfahren geführt worden. Entsprechend hätten im Nachsteuerverfahren die im Strafverfahren zu beachtenden Grundsätze gegolten, die gerade nicht eingehalten worden seien.
Das kantonale Steueramt hat die gesetzlichen Vorgaben eingehalten und kein kombiniertes Verfahren geführt. So hat sie dem Pflichtigen mit Brief vom 22. März 2013 das Nachsteuer- und mit Brief vom 21. Mai 2013 das Bussenverfahren eröffnet. Dem rechtskundig vertretenen Pflichtigen musste somit klar sein, dass zwei Verfahren mit unterschiedlichen Rechten und Pflichten eröffnet waren. Während ihn im Nachsteuerverfahren eine Mitwirkungspflicht traf und eine Einschätzung nach pflichtgemässen Ermessen im Raum stand, kam ihm im Bussenverfahren das Recht zu, die Aussage und Mitwirkung zu verweigern, worauf er denn auch ausdrücklich hingewiesen wurde. Entsprechend ist nicht zu beanstanden, dass er mit Schreiben vom 14. November 2013 zur Mitwirkung im Nachsteuerverfahren unter entsprechender Mahnung aufgefordert wurde. Wie dargelegt, können zwar die Mitwirkungspflicht im Nachsteuerverfahren einerseits und das Aussage- und Mitwirkungsverweigerungsrecht im Steuerstrafrecht andererseits den Steuerpflichtigen in ein Aussagedilemma führen, was ihn aber nicht berechtigt, im Nachsteuerverfahren einfach die Mitwirkung zu verweigern (E. 1.4.3). Auch ist nicht zu beanstanden, wenn in der Folge dem Pflichtigen vom kantonalen Steueramt am 24. März 2015 ein unpräjudizieller Vorschlag für die Steuerperioden 2003 und 2004 gemacht und ihm in diesem Zusammenhang im "Nachsteuer- und Bussenverfahren" Gelegenheit zur Stellungnahme/Gewährung des rechtlichen Gehörs gegeben wurde. Letzteres Schreiben war telefonisch mit dem Rechtsvertreter vorbesprochen worden, dem die Rechte und Pflichten der Verfahren bekannt waren. Jedenfalls kann nicht davon ausgegangen werden, das erwähnte Schreiben des kantonalen Steueramts vom 24. März 2015 habe den Beginn eines sogenannten kombinierten Verfahrens (Nachsteuer- und Steuerstrafverfahren) bedeutet. Selbst wenn dies der Pflichtige so verstanden hätte, wäre spätestens mit Verfügung vom 16. Juni 2016 klargeworden, dass nach wie vor zwei Verfahren eröffnet waren, wobei das Bussenverfahren einstweilen sistiert wurde.
3.
3.1 Der Pflichtige macht weiter geltend, das kantonale Steueramt habe gegen das Beschleunigungsgebot verstossen. Schon zu Beginn des Jahres 2005 habe das kantonale Steueramt es für angezeigt erachtet, ein Nachsteuer- und Bussenverfahren durchzuführen. Dies ergebe sich aus der von L verfassten Aktennotiz des kantonalen Steueramts. Im Jahr 2007 sei bei der Praxis F und der D GmbH eine steueramtliche Bücherrevision der Geschäftsjahre 2004 und 2005 bzw. 2003 und 2004 durchgeführt worden. Seit Beginn 2005, spätestens aber mit der steueramtlichen Bücherrevision im August 2007, vertrete das kantonale Steueramt den Standpunkt, dass der Pflichtige für 2004 und 2005 Einkünfte aus selbstständiger Erwerbstätigkeit abzurechnen habe. Mit der Eröffnung des Bussenverfahrens sei aber bis zum 21. Mai 2013 zugewartet worden. Damit sei der Beschleunigungsgrundsatz gemäss Art. 6 EMRK bzw. Art. 29 Abs. 1 BV klar verletzt. Daran ändere auch die eventuelle Begründung des kantonalen Steueramts nichts, Anstoss für das Verfahren habe erst der Entscheid des Bundesgerichts vom 26. April 2012 gegeben. Ein Gerichtsentscheid bringe keine neuen Tatsachen und Kenntnisse zutage, sondern ordne die bereits bekannten Parteistandpunkte und die diesen zugrunde liegenden Tatsachen und Beweise. Effektiv stütze sich das kantonale Steueramt auf die "Aktennotiz L" bzw. die Berichte der steueramtlichen Bücherrevisionen der Geschäftsjahre 2004 und 2005 im August 2007.
3.2
3.2.1 Das mittlerweile zufolge Verjährung sowieso eingestellte Steuerstrafverfahren ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Daher ist auch nicht zu prüfen, ob in Zusammenhang mit dem Bussenverfahren das Beschleunigungsgebot oder anderweitige Rechte verletzt wurden.
3.2.2 Sollte der Pflichtige die entsprechenden Rügen auch im Nachsteuerverfahren geltend machen, ist Folgendes zu beachten:
Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Einschätzung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Einschätzung unvollständig ist (§ 161 Abs. 1 StG). Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht (§ 161 Abs. 2 StG).
Diese Fristen sind hier unstreitig gewahrt. So verstösst es nicht gegen das Gebot möglichster Beschleunigung der Einschätzung, wenn die Einschätzungsbehörde mit dieser zuwartet, bis die Rechtslage durch einen letztinstanzlichen Entscheid in einem anderen Fall geklärt ist (Richner et al., Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, § 139 N. 12). Analoges gilt hinsichtlich eines solchen Zuwartens im Nachsteuerverfahren. Selbst wenn das Beschleunigungsgebot nicht eingehalten worden wäre, bliebe dies aber ohne Folgen für das zur Diskussion stehende Nachsteuerverfahren (vgl. Richner et al., Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, § 139 N. 9 ff., insbesondere N. 15 und § 161 N. 4; vgl. auch Looser, Kommentar StHG, Art. 53 N. 19 f.). Des Weiteren ist zu beachten, dass das Nachsteuerverfahren der Nachforderung der ursprünglich geschuldeten Steuer dient, weshalb die Mindestgarantien von Art. 6 EMRK wie im Einschätzungsverfahren nicht Platz greifen (Richner et al., Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, § 162 N. 1).
Ergänzend ist darauf hinzuweisen, dass das kantonale Steueramt dem Pflichtigen am 24. März 2015 eine Zusammenstellung der Nachsteuergrundlagen sowie die Nachsteuerberechnung zusandte und mitteilte, es sei für die Steuerperioden 2003 und 2004 auf die definitiven Einschätzungsentscheide des Kantons G vom 7. April 2009 sowie die Erkenntnisse aus dem Rechtsmittelverfahren der Steuerperiode 2005 abgestellt worden. Dabei handelt es sich um neue Tatsachen und Beweismittel nach § 160 Abs. 1 StG. Insbesondere kann keine Rede davon sein, dass den Einschätzungen per 2003 und 2004 "klar ersichtliche" oder "augenfällige Mängel" bzw. "in die Augen springende Falschdeklarationen" zugrunde lagen (vgl. E. 1.3). Die vom Pflichtigen erwähnte "Aktennotiz L" mit den entsprechenden Infragestellungen steht der Rechtmässigkeit der Einleitung des Nachsteuerverfahrens jedenfalls nicht entgegen, selbstredend auch nicht die Bücherrevisionen.
4.
4.1 Der Pflichtige beruft sich auf die Verjährungsbestimmung gemäss § 130 Abs. 1 (Satz 1) StG, wonach das Recht, eine Steuer zu veranlagen, fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode verjähre. Die sinngemässe Anwendung von § 130 Abs. 1 StG ergebe sich kraft Verweisung in § 162 Abs. 3 Satz 2 StG. Das Nachsteuerverfahren hätte schon 2005, jedenfalls gegen Ende 2007 eröffnet werden können, sei aber während mehr als fünf Jahren uneröffnet geblieben. Die längeren Bestimmungen über die Verjährung für das Nachsteuerverfahren würden damit nicht ausgehebelt. Diese habe der Gesetzgeber unter der selbstverständlichen Vorstellung des unverzüglichen Tätigwerdens erlassen.
4.2 Auf die im Nachsteuerverfahren gemäss § 161 StG eigens geltenden Verwirkungsfristen ist bereits hingewiesen worden, ebenso, dass das kantonale Steueramt diese eingehalten hat (E. 3.2.2). Die vom Pflichtigen vertretene Auffassung, es sei die Verjährung nach § 130 StG sinngemäss anwendbar, greift daher nicht. Dies würde ausserdem Art. 53 Abs. 2 und 3 StHG widersprechen, welche die Fristen für die Kantone verbindlich und abschliessend regeln (Looser, Kommentar StHG, Art. 53 N. 19). Ferner hält § 130 Abs. 1 Satz 2 StG denn auch ausdrücklich fest, die Erhebung von Nachsteuern und Bussen bleibe vorbehalten.
5.
5.1 Der Pflichtige beruft sich sodann auf das Verbot widersprüchlichen Verhaltens. Dieses verbiete es dem kantonalen Steueramt, "(…) Informationen aus der rechtskräftigen Veranlagung der F GmbH für 2003 zu verwenden. Das Kantonale Steueramt Y habe sonst durchwegs im offenen Verfahren der Veranlagungsjahre nach 2006 – zuerst die Einschätzungen der Gesellschaften auf null gestellt".
Zum besseren Verständnis ist darauf hinzuweisen, dass der Pflichtige schon mit Stellungnahme vom 8. Mai 2015 festgehalten hatte, dass die Praxis F per 2003 rechtskräftig veranlagt worden sei. Nun operiere das Steueramt mit dem Durchgriff, was nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung mit sich bringe, dass steuerlich die Existenz der Gesellschaft ganz oder teilweise unbeachtlich bleibe. Zumindest bei der Veranlagung 2003 sei aber die Existenz der Gesellschaft anerkannt worden. Es wäre widersprüchlich, dasselbe Substrat einmal bei der Gesellschaft und einmal beim Steuerpflichtigen zu erfassen. Diesem Einwand hielt das kantonale Steueramt in der Nachsteuerverfügung vom 16. Juni 2016 entgegen, die Praxis F sei für die Steuerperiode 2003 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. … und einem satzbestimmenden Reingewinn von Fr. … bereits veranlagt worden. Diese Einschätzung werde jedoch nach Rechtskraft des vorliegenden Nachsteuerverfahrens von Amtes wegen aufgehoben und neu festgesetzt mit einem steuerbaren und satzbestimmenden Reingewinn von Fr. 0.-. Für die Steuerperiode 2004 sei der Reingewinn rechtskräftig veranlagt mit Fr. 0.-. Ebenso sei die D GmbH für die Steuerperioden 2003 und 2004 mit je einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 0.- rechtskräftig veranlagt worden. Der Pflichtige wiederholte mit Einsprache vom 20. Juli 2016 seinen Standpunkt.
5.2 Das Verbot des widersprüchlichen Verhaltens ist Ausfluss des Rechtsmissbrauchs nach Art. 2 Abs. 2 des Zivilgesetzbuchs (ZGB), das alle Rechtsbereiche erfasst. Rechtsmissbrauch ist lediglich in offensichtlichen Fällen zu bejahen. Jedenfalls kann das Verbot widersprüchlichen Verhaltens es noch weniger als der Vertrauensschutz rechtfertigen, vom abgaberechtlichen Gesetzmässigkeitsgrundsatz nach Art. 127 Abs. 1 BV abzuweichen (zum Ganzen BGr, 13. Dezember 2017, 2C_853/2017, E. 3.4.2, E. 3.4.4).
Die Handhabung von Informationen aus der Veranlagung der Praxis F per 2003 seitens des kantonalen Steueramts stellt keinen offensichtlichen Fall von Rechtsmissbrauch im Sinn der dargelegten bundesgerichtlichen Rechtsprechung dar, der ein Absehen von der Erhebung von Nachsteuern rechtfertigen könnte. Es wäre denn auch am Pflichtigen gewesen, seinen Mitwirkungspflichten im Rahmen des Möglichen nachzukommen, was er aber gerade nicht getan hat.
6.
Zusammenfassend ergibt sich, dass sich die vom Pflichtigen erhobenen Rügen als unberechtigt erweisen und der Rekurs vollumfänglich abzuweisen ist.
7.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Pflichtigen aufzuerlegen (§ 151 Abs. 1 in Verbindung mit § 162 Abs. 3 StG) und es steht ihm keine Parteientschädigung zu (§ 17 Abs. 2 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 [VRG] in Verbindung mit § 152 und § 162 Abs. 3 StG). Eine Parteientschädigung ist auch dem Rekursgegner nicht zuzusprechen, nachdem nicht ersichtlich ist, inwieweit dem kantonalen Steueramt durch das vorliegende Rekursverfahren besondere Umtriebe entstanden sind, welche ausserhalb der üblichen Amtstätigkeit gelegen wären.
Demgemäss erkennt die Kammer:
1. Der Rekurs (Nachsteuern Staats- und Gemeindesteuern 2003 und 2004) wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr wird festgesetzt auf Fr. 8'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 60.-- Zustellkosten, Fr. 8'060.-- Total der Kosten.
3. Die Gerichtskosten werden dem Rekurrenten auferlegt.
4. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
5. Gegen dieses Urteil kann Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 ff. des Bundesgerichtsgesetzes erhoben werden. Die Beschwerde ist innert 30 Tagen, von der Zustellung an gerechnet, beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, einzureichen.