TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 14 octobre 2009
Composition
M. Xavier Michellod, président; MM. Antoine Rochat et Laurent Merz, assesseurs; Mme Magali Gabaz, greffière.
recourant
X.________, à 1********, représenté par Henri BERCHER, Avocat, à Nyon,
autorité intimée
Municipalité de Nyon, représentée par Mercedes NOVIER, Avocate, à Lausanne,
Objet
Fonctionnaires communaux
Recours X.________ c/ décision de la Municipalité de Nyon du 6 novembre 2008 (refus de nomination)
Vu les faits suivants
A. X.________, né le ********, a commencé un apprentissage d’employé de commerce auprès de la Commune de Nyon le 1er août 2000, formation prévue jusqu’au 31 juillet 2003. Il a passé avec succès les examens de fin d’apprentissage et a poursuivi son activité au sein de la commune durant le mois d'août 2003 sur la base d'un contrat de droit privé d'une durée déterminée.
B. Avant la fin de son apprentissage, X.________ a été engagé par contrat de droit privé du 31 mars 2003 comme employé d’administration à 70 % par la Commune de Nyon du 1er septembre 2003 au 31 juillet 2005, dans la perspective d’effectuer une maturité professionnelle en cours d’emploi (MPC). Il ressort du dossier que l’employé, basé en principe au service des bâtiments, avait de fait été affecté à différents services en fonction de leurs besoins, notamment en cas d’absence ou d’afflux massif de travail.
Le 10 janvier 2005, X.________ a informé le service des Ressources et Relations Humaines de son employeur de sa volonté de poursuivre sa formation, après l’acquisition de sa maturité professionnelle, par un cursus en économie d’entreprise auprès de la Haute Ecole de Gestion de Lausanne (HEG), formation prévue en quatre ans. Il demandait dès lors à pouvoir être mis au bénéfice d’une prolongation de son contrat à un taux d’activité de 60%. Le 20 janvier suivant, il lui a été répondu par la négative, faute de poste vacant conforme à ses "compétences reconnues".
Dans une note adressée à la Municipalité le 20 avril 2005, le préposé aux contrôle des habitants et son supérieur hiérarchique ont requis que le poste d'employé d'administration devenu vacant dans leur service soit repourvu. Dans sa séance du 25 avril 2005, la Municipalité a décidé de repourvoir ce poste pour une durée déterminée. Ainsi, par contrat de droit privé (conformément à l'art. 3 du Statut du personnel communal du 5 juillet 1965) du 7 mai 2005, titré "emploi temporaire", la Commune de Nyon a engagé X.________, à 70 %, en qualité d’employé d’administration au contrôle des habitants du 1er juillet au 31 décembre 2005.
Par une note urgente du 2 août 2005, adressée à la Municipalité, Elisabeth Ruey-Ray (Municipale de Police), Michel Darbre (Municipal R&RH) et Claude-Alain Burki (Responsable RH), ont proposé que la décision municipale du 25 avril 2005 soit modifiée en ce sens que le poste est repourvu pour une durée indéterminée afin de pouvoir engager X.________ pour cette même durée. Cette proposition était motivée de la manière suivante:
"(…) Or Monsieur X.________ vient d'obtenir la possibilité d'être engagé dès le 1er octobre dans une entreprise qui lui offre un contrat de durée indéterminée. Il doit donner réponse dans les jours qui viennent. Avant, il nous pose une dernière fois la question de savoir si nous ne voulons pas le garder, car il est prêt à rester.
Le départ de Monsieur X.________ aurait des conséquences importantes sur le contrôle des habitants qui se trouvera en difficulté. (…)
Le remplacement de Monsieur X.________ ne pourra pas se faire avant plusieurs mois (annonce, recrutement, décision, délai de congé). L'entrée en fonction peut être prévue au 1er janvier 2006. A cela s'ajoute la nécessité de former la personne qui reprendra ce poste (minimum deux mois selon le service). Ce qui signifie que le service sera en sous effectif jusqu'au début du mois de mars 2006.
Dans ce contexte précis, il apparaît nécessaire de permettre au contrôle de l'habitant de continuer l'ensemble de ses prestations de manière courante. Il est dès lors nécessaire de proposer l'engagement de Monsieur X.________ pour une durée indéterminée, contrairement à la note municipale du 25 avril 2005. (…)"
C. Dans sa séance du 2 août 2005, la Municipalité de Nyon a modifié sa décision du 25 avril 2005 d'un mot en ce sens que le poste est repourvu pour une durée indéterminée.
D. Le 5 août 2005, la Municipalité a adressé à X.________ un courrier qui avait la teneur et la forme suivante:
"(…) Votre engagement en qualité d’employé d’administration
Monsieur,
Nous nous référons aux entretiens que vous avez eu avec Mme Ruey-Ray, municipale et M. Poget, responsable du Contrôle des habitants. Nous avons l’avantage de vous informer que notre Autorité, dans sa séance du 2 courant, a décidé de vous engager dès le 1er septembre 2005, en qualité d'
Employé d’administration à 70% (classe 5)
au contrôle des habitants.
Votre engagement est fait aux conditions générales du Statut du personnel de notre Administration communale (du 5.7.1965). Les clauses particulières sont les suivantes:
Collocation de la fonction
La fonction d’employé d’administration est colloquée comme suit dans l’état de classification des fonctions:
-Classes 5 à 7. (…)
Entrée en fonction
Votre entrée en fonction est fixée au jeudi 1er septembre 2005 auprès du Contrôle des habitants à Nyon.
Engagement
Conformément aux dispositions des articles 6 et 7 du Statut du personnel, le présent engagement est fait à titre provisoire pour une durée d’une année à l’issue de laquelle, en cas de convenance, il pourra être confirmé à titre définitif. Durant cette période d’essai, le salaire n’est assuré que pendant deux mois. Il vous est recommandé de souscrire une assurance perte de gains.
Domiciliation
Nous attirons votre attention sur l’obligation faite d’être domicilié dans le secteur dit “La Côte", comprenant les districts de Nyon, Rolle, Aubonne et Morges.
Caisse de pensions
Vous serez dès votre entrée en fonction, affilié à la Caisse Intercommunale de Pensions, et ainsi astreint au paiement de la part de cotisation (8%) incombant à l’employé. (…)
Pour le bon ordre de nos dossiers et conformément aux dispositions de l’article 9 du Statut du personnel, nous vous prions de nous faire part de votre accord quant à votre nomination en nous retournant, dûment contresignée et dans les 5 jours, la copie de la présente ci-annexée. (…)"
X.________ a apposé sa signature sur ce document, sous la mention "lu et approuvé", le 16 août 2005.
E. Le 12 mars 2008, la Municipalité de Nyon a adressé à X.________ un courrier dont la teneur est la suivante :
"Votre engagement en qualité d’employé d’administration
Monsieur,
Nous faisons suite à votre entretien ave Mme Ruey-Ray dont nous vous confirmons la teneur.
Vous avez été engagé le 5 août 2005 en qualité d’employé d’administration à 70% au contrôle des habitants.
Comme cela vous a été dit, c’est par erreur qu’il est mentionné que vous êtes soumis au Statut du personnel de notre administration. En effet, vous bénéficiez d’un traitement particulier. Nous avons accepté de vous permettre de poursuivre votre formation tout en travaillant au sein de notre commune. Votre poste vous a été attribué à 70% alors qu’en réalité nous désirions un employé à 100%. Cette situation vous est garantie pendant la durée de vos études que vous vous engagez à suivre régulièrement et pour une durée totale de 4 ans, soit jusqu’au mois de décembre 2009.
Par conséquent, et au vu de votre situation réelle et des explications qui précèdent, vous êtes en réalité un employé d’administration bénéficiant d’un contrat soumis aux dispositions générales de notre Commune (en annexe) et engagé pour une durée indéterminée (art. 3 Statut). Ces conditions de fait ne permettent pas de vous nommer fonctionnaire. Votre nomination à titre provisoire était impossible et à fortiori, à titre définitif également. Nous ne pouvons donc accéder à votre demande.
Nous regrettons l’erreur commise lors de la communication de votre engagement et le malentendu qu’elle a entretenu.
Vous trouverez en annexe un nouveau contrat en deux exemplaires originaux. Vous voudrez bien nous en faire parvenir l’un d’eux dûment signé pour accord. Le Service des Ressources et des Relations Humaines reste à votre disposition pour vous expliquez votre nouveau contrat.
En vous remerciant pour les prestations fournies jusqu’à ce jour, nous vous prions d’agréer, Monsieur, l’assurance de notre considération distinguée."
Cette correspondance était signée, au nom de la Municipalité, par son vice-président et sa secrétaire.
X.________ n’a pas retourné un exemplaire du contrat signé et, postérieurement à deux relances du service compétent, a proposé, par l’intermédiaire de son conseil, la mise en œuvre d’un entretien. Le 17 septembre 2008, ce dernier a adressé les lignes suivantes à la Municipalité :
"Je reviens à ce dossier ainsi qu’à notre entretien du 6 août dernier.
Après m’être à nouveau entretenu avec mon client, je constate que, en ce qui le concerne, il a toujours été clair dans son esprit que, à la suite des différents emplois de droit privé qu’il avait occupés auprès de votre Commune, il était titularisé par un contrat de droit public, qui remplit les conditions juridiques d’un tel contrat puisqu’il était émis par les organes compétents de la Municipalité et accepté par mon client au moyen de la signature qu’il y a apposée.
Bien que mon client m’autorise à vous confirmer qu’il n’envisage pas, à ce stade, d’effectuer toute sa carrière professionnelle auprès de votre Municipalité, sauf à ce qu’un poste particulièrement intéressant lui soit proposé, il n’envisage pas d’y renoncer.
Je dois dès lors solliciter de votre part qu’une confirmation de nomination telle que prévue par le statut soit adressée à mon client ou à défaut, un refus sous forme d’une Décision motivée ouvrant la voie du recours de droit administratif.
Je précise que sans réaction de votre part, je devrais considérer votre position comme un refus."
La Municipalité a répondu par courrier du 6 novembre 2008 dans les termes suivants :
"(…) Monsieur X.________ a été engagé, conformément à sa demande, sur la base d’un contrat de droit privé. Vous avez constaté, à la lecture du dossier de votre client, que la procédure d’engagement utilisée dans cette situation ne correspond pas à l’engagement d’un fonctionnaire. La Municipalité qui a, seule, la compétence d’engager un fonctionnaire ne s’est pas prononcée sur le cas X.________.
Le service des R&RH s’est trompé en adressant à Monsieur X.________ une lettre d’engagement concernant un contrat de fonctionnaire. De bonne foi personne ne pouvait ignorer, qu’en répondant à la demande de Monsieur X.________, il s’agissait d’un engagement de droit privé, qui prolongeait le contrat qui liait déjà votre client à la Ville de Nyon. Dès lors et pour répondre à votre question, nous ne procéderons pas à la nomination de Monsieur X.________, les conditions de son engagement, connues de tous, ne le permettent pas."
F. Par mémoire du 20 novembre 2008, X.________ a interjeté recours contre ce courrier concluant, avec dépens, à ce que le recours soit déclaré recevable et admis, ainsi qu'à ce que la "décision" de la Commune de Nyon du 6 novembre 2008 soit annulée en tant que de besoin et qu'il soit prononcé que la nomination qui lui avait été adressée le 5 août 2005 est définitive.
Dans sa réponse, l'autorité intimée a conclu, avec dépens, principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.
Lors d'un deuxième échange d'écritures, les parties ont confirmé leurs conclusions.
Le recourant, assisté de son conseil, et, pour la Municipalité de Nyon, Elisabeth Ruey-Ray, assistée de son conseil, ont été entendus lors de l'audience du 21 juillet 2009. A cette occasion, trois témoins ont par ailleurs été entendus.
Il ressort ce qui suit du procès-verbal de l'audience:
"(…) Le recourant expose être toujours employé à 70% par la Commune de Nyon et être affecté au service du contrôle des habitants. Il confirme avoir obtenu sa maturité professionnelle en 2005. Quant à ses études auprès de la Haute Ecole de Gestion (HEG), elles devraient s'achever au mois d'octobre de cette année. L'autorité intimée confirme pour sa part que le recourant travaille toujours pour elle et qu'il lui donne satisfaction.
Le recourant déclare en outre qu'il souhaite, à la fin de ses études, continuer d'exercer sa fonction actuelle, bien qu'il sera surqualifié pour celle-ci, dans l'optique de postuler dans trois ou quatre ans pour le poste de préposé au contrôle des habitants, son chef actuel devant partir à la retraite à cette date.
En réponse aux questions de la cour, l'autorité intimée explique que, si le contrat litigieux avait été un contrat de durée déterminé (CDD), elle se serait séparée du recourant à l'issue de sa formation. Elle considère en effet qu'il est important pour le service et pour le recourant qu'il acquière de l'expérience professionnelle auprès d'un autre employeur. L'autorité intimée précise encore que la note urgente qui se trouve au dossier devait servir les intérêts des deux parties et avait un double objectif: permettre au recourant d'achever sa formation et palier provisoirement à un manque de personnel.
Après interpellation de la cour, le recourant confirme que, dans son esprit, le contrat du 5 août 2005 était un contrat de droit public. Pour lui, ce contrat était justifié, un collègue était parti et il fallait le remplacer urgemment. Il ne peut pas expliquer pourquoi il a signé ce contrat dix jours après sa réception, mais ce n'est en tout cas pas pour se renseigner sur celui-ci.
Les témoins suivants sont introduits et entendus après avoir été exhortés à dire la vérité:
- Claude-Alain Burki, né en 1952, domicilié à St-Georges (VD), Chef du Service Ressources et relations humaines au sein de la Commune de Nyon,
Il répond comme suit aux questions qui lui sont posées:
"J'ai eu plusieurs entretiens avec le recourant depuis qu'il travaille au sein de la Commune de Nyon. Je ne lui ai jamais dit qu'il serait nommé un jour, que ce soit provisoirement ou définitivement. Je l'ai d'ailleurs rendu attentif au fait qu'il serait bien qu'il change d'employeur. D'ailleurs, la Commune de Nyon n'engage jamais ses apprentis lorsqu'ils obtiennent leurs CFC, sauf s'ils entreprennent une autre formation à la suite. Dans ce cas, la commune, qui encourage cela, les emploie pendant la durée de celle-ci. C'est une politique générale de la commune de pousser les ex-apprentis à se former auprès d'un autre employeur.
En ce qui concerne les circonstances qui ont conduit à la problématique traitée ce jour, je reconnais que je suis responsable de l'envoi par erreur du contrat litigieux au recourant. A l'époque, ce dernier nous avait demandé de prolonger son contrat de travail pour le temps de sa formation à la HEG. Dans un premier temps, nous lui avons fait un nouveau contrat de durée déterminée (CDD). Puis, il nous a expliqué avoir une opportunité d'engagement auprès d'un autre employeur avec un contrat de durée indéterminée (CDI) et nous a demandé si nous étions nous aussi disposés à lui en procurer un. Dans l'entre-temps, un collaborateur du service du contrôle des habitants a donné sa démission. Comme il fallait le remplacer dans l'urgence, on a choisi d'engager le recourant vu qu'il connaissait déjà le service. A ce moment-là, c'était pour moi une évidence que on l'engageait pour la durée de sa formation uniquement et qu'on n'allait pas le nommer. Dans mon esprit, c'était ce que l'on appelle un "contrat CO" qu'on lui faisait. Quand le contrat du recourant du 5 août 2005 est revenu, je l'ai simplement classé dans son dossier, sans y prêter plus d'attention, vu que l'histoire était réglée et c'est pour ce motif que je n'ai pas remarqué mon erreur. Ce n'est que lorsque M. Poget est venu me voir de la part du recourant pour me demander quand est-ce qu'il serait nommé que je me suis rendu compte qu'il y avait un problème. On a ensuite écrit au recourant, qui ne nous a pas répondu. Plus tard, nous avons encore eu une réunion entre son conseil, notre juriste et moi-même sur cette question, mais le recourant n'était pas présent, bien que nous pensions qu'il le serait. Pour moi, c'était reconnaissable pour les deux parties que l'idée était de conclure un "contrat CO" en 2005.
En principe, une procédure de nomination se déroule en quatre étapes: il y a d'abord une mise au concours du poste, puis une décision de la Municipalité qui précise l'engagement de la personne, son nom, sa classe de salaire et sa date d'engagement. Ces données figurent dans l'extrait du registre des décisions municipales. Cet extrait n'est pas adressé à la personne engagée, mais classé dans son dossier. Puis, le service RH établit la lettre d'engagement et l'adresse au nouvel employé. Cette lettre a exactement la même teneur que celle envoyée par erreur au recourant. En principe, ces lettres d'engagement sont signées par le syndic et le secrétaire municipal, ou le vice-syndic si le syndic est absent. Quant aux "contrats CO", c'est un municipal et moi qui les signons. Dans le cas présent, la procédure de nomination usuelle n'a pas été suivie, effectivement.
Je vous confirme que pour mettre fin à un contrat de droit public, il faut de justes motifs. Dans le cas du recourant, si on avait admis qu'on se trouvait en présence d'un tel contrat, il ne nous était pas possible d'y mettre fin, faute de justes motifs, le recourant nous donnant satisfaction.
Il est fréquent de conclure des "CDD CO" au sens de l'art. 62 al. 1 de notre règlement du personnel. L'alinéa 4 de cet article est beaucoup moins usité, car il ne sert que pour les gens que nous voudrions engager en "CDI CO", ce qui n'est pas fréquent. On parle en effet là uniquement des gens qui ne remplissent pas les conditions de nomination."
- Jean-Pierre MUTHER, né en 1948, domicilié à La Tour-de-Peilz, commissaire de police retraité,
Il répond comme suit aux questions qui lui sont posées:
"Avant ma retraite, en mai 2008, j'ai été le supérieur de M. Poget. De ce fait, j'ai suivi l'engagement du recourant. Lorsque le service s'est retrouvé dans une situation délicate en 2005 lors du départ d'un employé, nous avons engagé le recourant pour ce poste car il était disponible et connaissait le service, y étant passé lors de son apprentissage. Dans un premier temps, le recourant était au bénéfice d'un CDD qui devait prendre fin au 31 décembre 2005. Lorsque le recourant les a informé en juillet 2005 qu'il pouvait obtenir un CDI dans une entreprise privée, nous avons dû faire un choix, car nous risquions de nous retrouver privé des services du recourant plus tôt que prévu. Nous lui avons donc proposé un nouveau contrat pour le garder, mais le contrat ne devait pas être de durée indéterminée, mais plutôt de durée déterminée jusqu'à la fin de sa formation.
C'est lorsque le recourant a requis sa nomination définitive fin 2006-début 2007, que je me suis rendu compte que le service RH avait dû commettre une erreur à l'engagement.
J'ai eu des entretiens avec le recourant sur ce problème et une réunion entre Mme Ruey-Ray, le recourant et moi-même s'est également tenue, je dirais en 2007."
- Etienne POGET, né en 1954, domicilié à Nyon, employé de commerce.
Il répond comme suit aux questions qui lui sont posées:
"Je vous confirme que je suis le préposé au contrôle des habitants de la ville de Nyon et donc le chef du recourant. Il me donne satisfaction et je le verrais bien me succéder, mais je ne suis pas maître de cette décision.
Effectivement, le recourant m'avait fait part en 2005 qu'on lui avait proposé un poste de durée indéterminée hors de l'administration communale. Comme son maintien paraissait nécessaire, il fallait faire un effort pour le garder, d'où le contrat qui a suivi. Je pense qu'il a pu imaginer qu'il était engagé en remplacement de M. Y.________ qui nous quittait et qui lui, était fonctionnaire. Dans mon esprit, il était également engagé en remplacement de M. Y.________. Environ une année après son engagement, il m'a demandé d'interpeller M. Burki sur sa nomination définitive qui m'a répondu que, dans son esprit et celui de Mme Ruey-Ray, le recourant avait été engagé pour la durée de ses études uniquement. Je ne crois pas que cette réponse ait été signifiée au recourant. Je me suis à nouveau adressé à M. Burki sur cette question quelque temps plus tard et il m'a répondu que le dossier était en cours de traitement.
Je ne me souviens pas qu'en 2005, on avait mis un accent particulier sur la réorganisation du service. C'est de toute manière un aspect auquel je pense tous les jours. Il y a bien eu un début d'audit du service, mais aucun rapport n'en est sorti. Il n'y a pas eu de changement organisationnel dans mon service."
Les parties sont à nouveau entendues dans leurs explications.
L'autorité intimée précise que le 30% de taux d'activité non repourvu au départ de M. Y.________, n'a été réattribué qu'il y a une année, lorsqu'ils ont engagé une personne à 80%. Depuis 2005, ces 30% manquants n'avaient pas été compensés. Mme Ruey-Ray confirme par ailleurs qu'elle a eu un entretien avec le recourant, mais qu'elle ne se souvient plus de la date, et qu'elle s'est rendue compte de l'erreur survenue lorsque M. Muther ou M. Burki lui a parlé de la demande de nomination du recourant à une date dont elle ne se souvient plus également.
L’autorité intimée produira une décision conforme autorisant Me Novier à plaider dans un délai échéant le 1er septembre 2009. (…)".
En plus de la procuration versée au dossier, Me Novier, pour l'autorité intimée, a produit dans le délai imparti lors de l'audience précitée un extrait du procès-verbal de la séance du 4 septembre 2006 du Conseil communal de Nyon duquel il ressort que la Municipalité bénéficie d'une autorisation générale de plaider lorsque la commune agit en tant que défenderesse, autorisation valable du 1er juillet 2006 au 30 juin 2011.
Par courrier du 26 août 2009, le conseil du recourant a maintenu sa réquisition de production de pièce en ce sens que c'est un extrait d'une séance de la Municipalité qui accepte son mandat que le conseil de l'autorité intimée aurait dû produire en application de la loi sur les communes.
Le conseil de l'autorité intimée, estimant avoir produit les autorisations nécessaires, n'a pas donné suite à la réquisition de pièce précitée. Le conseil du recourant, par courrier du 1er septembre 2009, s'est dès lors interrogé sur la qualité de partie de la Commune de Nyon dans la présente cause.
Par avis du 2 septembre 2009, le juge instructeur de céans a refusé de donner suite à la réquisition de production de pièce du conseil du recourant et a renvoyé la question de la validité formelle du mandat du conseil de l'autorité intimée à l'examen du tribunal.
Les moyens des parties, ainsi que les pièces produites, seront repris ci-dessous dans la mesure utile.
La cour a délibéré à huis clos.
Considérant en droit
1. A titre liminaire, il convient d'examiner les griefs du recourant qui ont trait à la validité du mandat de représentation confié au conseil de l'autorité intimée et à la qualité de partie de la Commune de Nyon.
a) Selon l'art. 4 al. 1 let. 8 de la loi sur les communes du 26 février 1956 (ci‑après: LC, RSV 175.11), le conseil communal délibère sur l'autorisation de plaider (sous réserve d'autorisations générales qui peuvent être accordées à la municipalité).
En l'espèce, il ressort de l'extrait du procès-verbal de la séance du 4 septembre 2006 du Conseil communal de Nyon que, lorsque la commune agit en tant que défenderesse, la Municipalité bénéficie d'une autorisation générale de plaider. Sur cette base, elle est donc libre d'agir dans ce cas sans en référer préalablement au Conseil communal, notamment pour ce qui concerne le choix d'un mandataire.
b) Aux termes de l'art. 67 LC, pour être réguliers en la forme, les actes de la municipalité doivent être donnés sous la signature du syndic et du secrétaire ou de leur remplaçant désigné par la municipalité et munis du sceau de cette autorité; s'ils sont pris en exécution d'une décision du conseil général ou communal, ils doivent mentionner cette décision, laquelle est jointe à l'acte; les actes pris en vertu d'une délégation de pouvoirs doivent être donnés sous la signature du ou des membres de la municipalité ou de la personne au bénéfice de la délégation. Les actes réguliers en la forme, au sens de l'art. 67 LC, engagent la commune, à moins que celle-ci ne rapporte la preuve que le ou les signataires de l'acte, ou l'organe communal lui-même, ont excédé leurs pouvoirs d'une manière manifeste, reconnaissable par les tiers intéressés (art. 68 al. 1 LC).
A plusieurs reprises, la cour de céans a eu l'occasion de juger que l'exigence de forme de l'art. 67 LC a seulement pour but de définir les conditions auxquelles un acte de la municipalité engage la commune sauf excès de pouvoir manifeste et reconnaissable. Cette disposition n'a en revanche pas pour effet de rendre nuls les actes qui ne porteraient que l'une des deux signatures requises, par exemple celle du syndic. Aussi, la validité de tels actes ne peut-elle être mise en question qu'en cas de doute sur le point de savoir si l'acte transcrit la réelle volonté de la municipalité (TA GE.2007.0031 du 4 juin 2007, AC.2004.0087 du 22 mars 2005 et GE.1999.0051 du 21 novembre 2000).
En l'espèce, sur la base de la délégation de compétence que lui a accordée le Conseil communal, la Municipalité avait la compétence de s'adresser à un mandataire pour se faire représenter dans le cadre de la présente procédure, ce qu'elle a fait en s'adresser à Me Novier. La procuration en faveur de ce mandataire a été signée par le Syndic de la Commune de Nyon et sa secrétaire municipale, conformément à l'art. 67 LC, de sorte que le mandat a été valablement donné.
Pour le surplus, comme mentionné ci-dessus, le défaut, par exemple d'une signature, n'entraîne pas la nullité d'un acte de la municipalité, sa validité ne pouvait être mise en cause qu'en cas de doute sur la volonté réelle de la municipalité. En l'occurrence, il n'existe aucune doute sur la volonté réelle de la Municipalité de sorte que, si l'acte donnant mandat à Me Novier devait être considéré comme vicié, il n'en serait pas pour autant nul et engagerait néanmoins la Commune de Nyon conformément à l'art. 68 al. 1 LC.
En tout état de cause, Me Novier a donc valablement été mandatée par la Commune de Nyon, respectivement sa Municipalité, et les griefs du recourant, qui frisent la témérité, doivent être rejetés.
2. L'autorité intimée conteste la recevabilité du recours en alléguant que la lettre du 6 novembre 2008 ne constitue pas une décision susceptible de recours et que la compétence de la cour de céans n'est pas existante, les relations entre les parties relevant du droit privé. Subsidiairement, elle soutient que, si la cour de céans devait entrer en matière sur le recours, elle devrait le considérer comme tardif car le recourant aurait dû recourir contre le courrier de la Municipalité du 12 mars 2008, qui lui constituait une décision.
a) Selon l'art. 92 al. 1 de la loi sur la procédure administrative du 28 octobre 2008 (ci-après: LPA-VD; RSV 173.36), entrée en vigueur le 1er janvier 2009 et qui a abrogé la loi sur la juridiction et la procédure administratives (aLJPA), applicable au présent recours en raison de son art. 117 al. 1, le Tribunal cantonal connaît des recours contre les décisions rendues par les autorités administratives, lorsque la loi ne prévoit aucune autorité pour en connaître. Les décisions finales sont susceptibles de recours, tout comme l'absence de décision, lorsque l'autorité tarde ou refuse de statuer (art. 74 al. 1 et 2 LPA-VD, applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD).
Aux termes de l'art. 3 al. 1 LPA-VD (dont la teneur est identique à l'art. 29 al. 2 aLJPA), est une décision tout mesure prise par une autorité dans un cas d'espèce, en application du droit public, et ayant pour objet de créer, de modifier ou d'annuler des droits et obligations (a), de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits et d'obligations (b) ou de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits et obligations (c). La décision est donc un acte de souveraineté individuel, qui s'adresse à un particulier, et qui règle de manière obligatoire et contraignante, à titre formateur ou constatatoire, un rapport juridique concret relevant du droit administratif (ATF 121 II 473, JT 1997 I 370). En d'autres termes, elle constitue un acte étatique qui touche la situation juridique de l'intéressé, l'astreignant à faire, à s'abstenir ou à tolérer quelque chose, ou qui règle d'une autre manière obligatoire ses rapports juridiques avec l'Etat (ATF 121 I 173 consid. 2a). N'y sont pas assimilables l'expression d'une opinion, la communication, la prise de position, la recommandation, le renseignement, l'information, le projet de décision ou l'annonce de celle-ci, car ils ne modifient pas la situation juridique de l'administré, ne créent pas un rapport de droit entre l'administration et le citoyen, ni ne lui imposent une situation passive ou active (ATF 2P.350/2005 du 24 janvier 2006 consid. 2.1; TA GE.2006.0049 du 13 juillet 2006 consid. 1a; RDAF 1999 p. 400; 1984 p. 499 et réf. citées).
b) En l'espèce, l'acte attaqué, soit la lettre du 6 novembre 2008, doit être considéré comme une décision, quand bien même il n'est pas dénommé comme tel, ni ne fait état de voies de droit (CDAP PS.2008.0064 du 27 janvier 2009 consid. 2). Cette lettre fait en effet suite à un échange de correspondance et à un entretien entre les parties dont l'objet était la qualité ou non de fonctionnaire communal du recourant. Dans cette lettre, l'autorité intimée, par son chef de service des ressources et relations humaines, reprend de manière circonstanciée les éléments qui la fait contredire l'opinion du recourant et se prononce clairement sur la demande du recourant, soit sa nomination définitive. Ainsi, on peut admettre que cette lettre touche la situation juridique du recourant dans le sens où elle rejette une demande tendant à constater un droit. Dès la réception de ce document, le recourant pouvait raisonnablement considérer que l'autorité intimée n'allait pas revenir sur sa position. C'est donc à bon droit qu'il a recouru contre la lettre du 6 novembre 2008 qui constituait bien une décision. S'il est vrai que cette lettre ne provenait pas de la Municipalité, mais d'un chef de service, il n'en demeure pas moins qu'elle présente la position de la Municipalité prise dans son courrier du 12 mars 2008. En ce sens, le signataire de la décision importe dès lors peu.
Quant au courrier de la Municipalité du 12 mars 2008, contrairement à l'opinion de celle-ci, il n'apparaît pas qu'il constituait une décision au sens juridique du terme. Il s'agissait en réalité bien plutôt d'une première prise de position écrite de la Municipalité sur la demande du recourant à laquelle elle a joint une solution transactionnelle consistant en un contrat de droit privé. Le recourant n'ayant pas accepté cette solution, l'autorité intimée, appelée à se prononcer clairement, a rendu la décision du 6 novembre 2008. La lettre du 12 mars 2008 n'étant pas une décision susceptible de recours, c'est en temps utile et dans les formes que le recours contre la décision du 6 novembre 2008 a été déposé (art. 31 aLJPA alors applicable).
Le recours étant formellement recevable, il convient encore d'examiner si la cour de céans est compétente à raison de la matière pour en connaître, ce point étant contesté par l'autorité intimée.
3. Le recourant soutient que, par décision municipale du 5 août 2005, il a été nommé fonctionnaire communal à titre provisoire. L'autorité intimée conteste cette interprétation de l'envoi du 5 août 2005; elle allègue que c'est par erreur qu'un acte ayant la forme d'un acte de nomination a été adressé au recourant et qu'il ne pouvait ignorer ce fait, la réelle et commune intention des parties étant de conclure un contrat de droit privé pour une durée déterminée, soit celle de la formation du recourant. L'autorité intimée invoque également que l'acte du 5 août 2005 est affecté de vices de forme, ce qui empêche d'y voir un acte de nomination.
a) aa) L'acte par lequel une municipalité met fin aux rapports de service d'un membre du personnel communal ou entend intervenir sur la situation dudit membre constitue une décision susceptible de recours si les rapports en question sont issus d'une décision unilatérale de la municipalité, fondée sur le statut du personnel adopté par la commune en application de l'art. 4 al. 1 ch. 9 LC. Lorsque ces rapports ont au contraire leur origine dans un contrat de travail de droit privé régi par les art. 319 ss CO ou un contrat de droit administratif, le contentieux de leur résiliation échappe à la compétence de la juridiction administrative (TA GE.2006.0172 du 14 mai 2007 ; GE.2000.0089 du 17 octobre 2000; GE.1999.130 du 10 décembre 1999; GE.1996.0112 du 5 septembre 1997; GE.1995.0007 du 23 mars 1995; GE.1994.0103 du 14 février 1995; GE.1994.0034 du 13 juillet 1994).
Les obligations des fonctionnaires communaux sont étendues, leurs droits sont relativement complexes; ils forment dans leur ensemble ce que l'on appelle le statut de la fonction publique communale. Un tel régime prend naissance par un acte de nomination, qui doit être qualifié de décision au sens de l'art. 3 LPA-VD; cet acte intervient généralement à l'issue d'une procédure, comportant souvent une mise au concours. En outre, la nomination est qualifiée de décision soumise à acceptation de l'intéressé (Moor, Droit administratif, vol. III, n. 5.1.2.1, p. 210-211, et n. 5.1.3.1, p. 214-216). Autrement dit, la nomination d’un fonctionnaire communal intervient à l'issue d'une procédure et doit revêtir une certaine forme; elle doit enfin être acceptée par son destinataire. Avant toute chose, la procédure de nomination implique que la commune ait adopté une réglementation sur le statut de la fonction publique communale fixant les conditions de la nomination du fonctionnaire, ses droits et ses obligations, ainsi que la procédure disciplinaire et les conditions de révocation de la décision de nomination (art. 4 al. 1 ch. 8 LC).
ab) Aux termes de l'art. 1 al. 2 du Statut du personnel de la Ville de Nyon du 5 juillet 1965 (ci-après: statut), est fonctionnaire au sens du statut toute personne nommée en cette qualité par la Municipalité pour exercer, à titre principal, une fonction ou un emploi permanent au service de la Commune. Ainsi, lorsqu'une place est à repourvoir dans l'administration, la Municipalité procèdera par une mise au concours. Exceptionnellement, elle pourra procéder par inscription ou rappel (art. 8 al. 1 du statut). La nomination est ensuite communiquée au fonctionnaire par acte écrit recommandé indiquant la fonction, la date d'entrée en service, la classe de traitement et le traitement initial (art. 9 al. 1 du statut). Elle ne porte ses effets qu'une fois acceptée par le fonctionnaire qui manifeste son acquiescement en signant le double de la lettre d'engagement de la Municipalité (art. 9 al. 2 du statut). La Municipalité peut engager à titre exceptionnel, et en règle générale pour un temps limité, des employés, ouvriers et aides qui n'ont pas qualité de fonctionnaires (art. 3 al. 1 du statut).
ac) Selon Moor (op. cit., vol. II, 2ème éd., n. 2.1.2.8, p. 179 ss), la question de l'interprétation des décisions doit se résoudre par rapport à leur fondement qui réside dans l'exercice d'une compétence. La référence première dans l'interprétation d'une décision est donc constituée par l'ensemble des éléments qui dicte la mise en œuvre régulière des attributions dont jouit l'autorité, tant dans leur légalité que dans leur opportunité. La volonté subjective du fonctionnaire qui a rendu l'acte n'y joue aucun rôle. Toutefois, si unilatérale qu'elle soit dans sa nature, la décision crée une relation juridique: une fois émise, elle est donc nécessairement soumise au principe de la confiance.
Se fondant notamment sur Moor, le Tribunal fédéral a confirmé que la règle d'interprétation selon le principe de la confiance s'applique aux décisions administratives. Ainsi, d'après cette règle, une décision doit être comprise dans le sens que son destinataire pouvait et devait lui attribuer (selon le texte de la décision, sa motivation et, plus largement, l'ensemble des circonstances qui ont entouré son élaboration, par exemple, la correspondance échangée [Moor, op. cit., vol. II, p. 180]) selon les règles de la bonne foi, compte tenu de l'ensemble des circonstances qu'il connaissait ou qu'il aurait dû connaître (TF 2A.453//2002 du 6 décembre 2002 consid. 3.1 et réf. citées; 2A.452/2002 du 6 décembre 2002 consid. 3.1; 2A.471/2002 du 6 décembre 2002 consid. 3.1). Ce type d'interprétation suppose une double démarche. D'une part, le juge se met à la place du destinataire de la déclaration. D'autre part, le juge se demandera si, in casu, le destinataire pouvait de bonne foi faire l'interprétation qu'il soutient. Pour être de bonne foi, le destinataire doit notamment avoir fait l'effort nécessaire pour comprendre le déclarant (Commentaire Romand, n. 139 ad art. 18 CO, p. 107), ce que confirme Moor (ibidem).
Si la compréhension objective et de bonne foi se recoupe avec celle, subjective, dont se réclame le destinataire, elle sera adoptée comme si elle exprimait la volonté commune des parties (Commentaire Romand, op. cit., n. 140, p. 107).
L'interprétation selon le principe de la confiance s'applique par exemple aux décisions de nomination (Moor, op. cit., vol. III, , n. 5.1.2.1, p. 210).
b) ba) En l'espèce, dans l'absolu, le courrier du 5 août 2005 est sans équivoque. Il comporte en effet les signes distinctifs d'un acte de nomination au sens de l'art. 9 al. 1 du statut. Il indique la fonction pour laquelle le recourant est engagé, la date de son entrée en service, sa classe de traitement et le traitement initial. Il mentionne en préambule qu'il résulte d'une décision de la Municipalité et est signé par son représentant, soit en l'espèce le vice-président, qui, selon le témoignage de Claude-Alain Burki, a paraphé ce courrier car le syndic devait être absent. Il a en outre été contresigné par le recourant, comme le prescrit l'art. 9 al. 2 du statut, ce qui en principe lui fait déployer ses effets. Le témoin a d'ailleurs confirmé en audience que ce courrier était la réplique identique de celui envoyé à tout nouveau fonctionnaire. Il est vrai que, contrairement à ce que prescrit l'art. 9 al. 1 du statut, le courrier du 5 août 2005 n'a pas été adressé au recourant en courrier recommandé. Cela ne le rend pas nul pour autant, l'envoi d'un courrier en recommandé ne servant qu'à prouver la réception de l'envoi et n'ayant aucune portée juridique sur la qualification de l'acte envoyé. Pour le surplus, il ne fait pas de doute que le recourant remplit les conditions de nomination indiquées à l'art. 6 du statut. On peut donc a priori admettre que le courrier du 5 août 2005 constitue une décision de nomination.
L'autorité intimée soutient que cette décision est entachée d'un vice de forme en ce sens que la procédure de mise au concours n'a pas été respectée en l'espèce. Si l'on fait en l'état abstraction de la volonté des parties au moment de la rédaction et de l'envoi de ce courrier, qui sera examinée ci-après, on ne peut suivre le raisonnement de l'autorité intimée. S'il est vrai que le poste pour lequel le recourant a été engagé n'a pas été mis au concours, il n'en demeure pas moins que la mise au concours n'est pas la seule option offerte à la Municipalité pour repourvoir un poste. Selon l'art. 8 al. 1 du statut, elle peut exceptionnellement procéder par inscription ou rappel. Or, en l'espèce, on peut qualifier la situation dans laquelle se trouvait la Municipalité en été 2005 d'exceptionnelle. Elle a dû agir dans l'urgence pour pallier au sous-effectif prévisible d'un de ses services communaux avec un employé, soit le recourant, qui risquait de quitter son poste. Elle a donc agi sans mettre le poste au concours, comme le lui permet le statut. La procédure d'engagement n'est dès lors pas viciée, ce qui n’aurait d’ailleurs pas de répercussions pour la qualification de l’acte respectivement pour la question si la cour de céans est compétente.
Ainsi, au niveau formel, le courrier du 5 août 2005 a tout d'une décision de nomination. L'autorité intimée alléguant que ce n'était pas dans son intention de rendre une telle décision, alors que le recourant prétend le contraire, il convient d'interpréter ce courrier selon le principe de la confiance.
bb) Lorsque le courrier du 5 août 2005 est parvenu au recourant, il avait peu de temps auparavant informé la Municipalité qu'un poste plus intéressant que celui qu'il occupait lui avait été offert hors de l'administration. A l'époque, en effet, il était au bénéfice d'un contrat de durée déterminée qui devait prendre fin au 31 décembre 2005, alors qu'il commençait tout juste sa formation auprès de la HEG. Le recourant savait donc qu'il avait mis la Municipalité face à un choix; soit elle lui faisait une proposition plus intéressante que celle qu'il avait reçue, soit il quittait son poste à la Commune de Nyon. Dans une telle hypothèse, une proposition plus intéressante pouvait consister dans l'octroi d'un contrat de durée indéterminée ou dans un acte de nomination. Ainsi, recevoir dans ce contexte un acte de nomination n'avait pas en soi de quoi éveiller la curiosité du recourant. Toute personne à sa place y aurait vu la contre-proposition plus intéressante de la Municipalité au poste proposé à l'externe.
Pour le surplus, on ne voit pas que le recourant ait fait preuve de mauvaise foi en pensant être effectivement nommé. Certes, que ce soit le témoin Burki ou le témoin Muther, ainsi que la Municipale Ruey-Ray, tous avaient en tête de conclure un contrat de durée déterminée avec le recourant jusqu'au terme de sa formation. Cependant, il ne ressort nullement de leurs déclarations ou des pièces au dossier que cet élément a été clairement signifié au recourant. D'ailleurs, dans l'esprit du chef direct du recourant, ce dernier était engagé en remplacement de M. Y.________, qui était lui-même fonctionnaire. On remplaçait donc un fonctionnaire par un fonctionnaire. On ne peut pas voir autre chose dans les deux extraits des séances de la Municipalité des 25 avril et 2 août 2005, seule la durée du contrat étant mentionnée, la qualification de celui-ci faisant défaut. En outre, la note urgente du 2 août 2005 qui propose l'engagement du recourant pour une durée indéterminée ne spécifie également rien sur la nature du contrat d'engagement. Sur la base de ces éléments, il apparaît donc que, quand bien même il y aurait eu volonté de la part de l'autorité intimée de conclure un contrat de droit privé avec le recourant, cette volonté n'était pas clairement reconnaissable pour le recourant qui, de bonne foi, pouvait donc comprendre le courrier du 5 août 2005 dans le sens où il était rédigé, soit un acte de nomination. Au vu de sa position et des informations qu'il détenait, on ne peut d'ailleurs lui reprocher de ne s'être pas renseigné ou étonné lorsqu'il a reçu le courrier du 5 août 2005.
En conclusion, en application du principe de la confiance, il faut admettre que le destinataire du courrier du 5 août 2005, soit le recourant, pouvait et devait comprendre, de bonne foi, selon l'ensemble des circonstances, qu'il était nommé fonctionnaire de la Commune de Nyon. L'autorité intimée doit ainsi se laisser opposer cette compréhension de l'acte qu'elle a rendu et est dès lors liée au recourant par un acte unilatéral, fondé sur son statut du personnel. La décision attaquée, qu’on la considère comme une décision de refus de nomination définitive, comme une décision rectificative, comme une décision de constatation d’absence d’engagement, ou encore comme une décision invoquant l’erreur, est dès lors une décision susceptible de recours, la compétence ratione materiae de la cour de céans étant donnée.
4. L'autorité intimée allègue qu'en tout état de cause, sa lettre du 12 mars 2008 devrait être considérée comme une décision de révocation.
Comme mentionné ci-dessus, la lettre du 12 mars 2008 ne constitue pas une décision, mais une prise de position. Quant à la décision attaquée, elle ne peut être qualifiée de décision de révocation; il convient bien plutôt de la traiter comme une décision de refus de nomination définitive.
Par surabondance, on précisera néanmoins que, dans l'hypothèse où l'autorité intimée aurait rendu une décision de révocation, que ce soit dans sa lettre du 12 mars 2008 ou dans celle du 6 novembre 2008, elle aurait été nulle, les conditions d'une révocation de la décision de nomination du 5 août 2005 n'étant pas réalisées.
En effet, seule une décision viciée, en fait ou en droit, peut faire l'objet d'une révocation (Moor, op. cit., vol. II, n. 2.4.3, p. 326 ss). Or, en l'espèce, comme examiné ci-dessus, tel n'est pas le cas, la décision du 5 août 2005 étant formellement valable. Elle est d'ailleurs également valable quant à son contenu, son interprétation selon le principe de la confiance démontrant que l'on est en présence d'un acte de nomination. En outre, bien qu'il ne fasse pas de doute que l'autorité intimée a commis une erreur, dont elle doit se voir imputer les effets, l'invocation de cette erreur dans le courrier du 12 mars 2008 était de toute manière tardive. Il ressort en effet clairement de l'instruction du présent recours que le recourant a fait valoir ses prétentions à la nomination définitive au plus tard à la fin de l'année 2006, voire début 2007, si l'on prend la date la plus favorable à l'autorité intimée. Or, ce n'est que plus d'un an après que l'autorité intimée a réagi en adressant le courrier du 12 mars 2008 au recourant, alors que toutes les parties étaient conscientes de l'erreur survenue. Une telle inaction de l'autorité intimée est fautive et aurait selon toute vraisemblance conduit à ne pas admettre de révocation de la décision de nomination.
5. Sur le fond, la décision attaquée a la teneur d'une décision de refus de nomination.
a) aa) Comme la cour de céans l'a déjà rappelé à de nombreuses reprises (not. GE.1997.0080 du 30 septembre 1997 ou GE.1996.0026 du 15 avril 1998), une autorité communale doit disposer de la plus grande liberté d'appréciation pour fixer l'organisation de son administration et créer, modifier ou supprimer les relations de service nécessaires au bon fonctionnement de celle-ci, questions relevant très largement de l'opportunité et échappant par conséquent au contrôle de la cour de céans. Ce principe doit toutefois être tempéré par la considération que l'existence d'un pouvoir discrétionnaire ne signifie pas que l'autorité est libre d'agir comme bon lui semble. Dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation, elle est notamment liée par les critères qui découlent du sens et du but de la réglementation applicable, de même que par les principes généraux du droit (ATF 107 I a 204; 104 I a 212 et les réf. citées). L'exercice d'un contrôle judiciaire dans ce cadre-là garde tout son sens, même si le juge administratif doit alors observer une très grande retenue dans l'examen de la manière dont l'administration a exercé ses prérogatives. Le juge doit ainsi contrôler que les dispositions prises se tiennent dans les limites du pouvoir d'appréciation de l'autorité communale et qu'elles apparaissent comme soutenables au regard des prestations et du comportement de l'employé ainsi que des circonstances personnelles et des exigences du service. Seules les mesures objectivement insoutenables et arbitraires doivent être annulées, le tribunal vérifiant que l'autorité n'outrepasse pas son pouvoir d'appréciation et respecte les conditions de fond et de forme dont les textes imposent la réalisation (ATF 108 Ib 209, JT 1984 I 331, consid. 2).
On rappellera également que le pouvoir d'examen de la cour de céans est limité au contrôle de la légalité et qu'en conséquence, faute d'une disposition contraire au sens de l'art. 98 LPA-VD, le tribunal n'examine pas les décisions municipales contestées sous l'angle de l'opportunité. Le Tribunal fédéral interprète cette restriction, qui s'impose à la Cour de droit administratif et public, de manière particulièrement rigoureuse: ainsi, lorsque le statut communal prévoit que la municipalité peut, au lieu de renvoyer un fonctionnaire pour justes motifs, le déplacer dans une autre fonction, le Tribunal fédéral considère (parce qu'il s'agit d'une faculté - et non d'une obligation - de la municipalité) que la décision que la municipalité prend à cet égard se fonde sur des motifs d'opportunité et non pas sur le respect du principe de la proportionnalité; cela interdit à la cour de céans de substituer son pouvoir d'appréciation à celui de la commune en jugeant en opportunité, ce qui constituerait une violation de l'autonomie communale (ATF 2P.311/1996 du 29 décembre 1997, cause GE.1996.0088 concernant la commune d'Ollon, où le Tribunal fédéral a annulé l'arrêt cantonal selon lequel un licenciement, jugé disproportionné, devait être remplacé par un déplacement de fonction).
ab) De manière à bien préciser le cadre du présent litige, le tribunal croit utile de rappeler ici que, bien que la mesure attaquée ait des conséquences identiques (soit la perte de son poste par le recourant), on n'est pas en présence d'une révocation disciplinaire ou d'un licenciement pour justes motifs, mais d'une renonciation par l'autorité municipale à confirmer le recourant dans ses fonctions, à l'issue de la période de nomination provisoire. Cette distinction n'a pas qu'une portée théorique, mais elle est au contraire essentielle lorsqu'il s'agit d'apprécier les motifs invoqués par l'autorité de nomination. Conformément à la jurisprudence (ATF 120 Ib 134; ATF 108 Ib 209), l'employé engagé à l'essai est un employé qui doit d'abord prouver qu'il a les capacités requises et qu'il est apte à exercer la fonction. Lorsque tel n'est pas le cas, il n'est pas nécessaire pour l'autorité de nomination de prouver l'existence de justes motifs (c'est-à-dire d'une circonstance qui justifierait un renvoi immédiat), mais il suffit que la résiliation se tienne dans les limites du pouvoir d'appréciation et qu'elle apparaisse comme une mesure soutenable au regard des prestations et du comportement de l'intéressé, ainsi que des circonstances personnelles et des exigences du service. En d'autres termes, on peut renoncer à nommer un fonctionnaire lorsque, au vu des constatations faites par les supérieurs, la preuve de ses aptitudes et de ses capacités n'est pas apportée et ne le sera pas non plus à l'avenir selon toute vraisemblance, et cela indépendamment de l'existence d'une faute, des motifs d'ordre objectif étant suffisants. Tel est le cas notamment, par exemple, lorsque la personne en cause ne répond pas au profil du poste, lorsque pour des raisons personnelles les rapports de confiance indispensables ne peuvent pas être établis, ou encore lorsqu'il existe des motifs permettant objectivement de croire qu'une collaboration sans heurt et un traitement efficace des affaires risquent d'être mis en péril (sur tous ces points, outre les arrêts déjà cités, voir une décision de la Commission fédérale de recours en matière de personnel fédéral du 26 janvier 1995, confirmée par le Tribunal fédéral le 12 juillet 1995, JAAC 60 (1996) n. 75 consid. 6, ou encore un arrêt du Tribunal administratif du canton de Berne, JAB 1993 p. 227).
c) En l'espèce, au fil de l'instruction du présent recours, à aucun moment, les capacités professionnelles du recourant n'ont été mises en cause par l'autorité intimée. Elles ont même d'ailleurs été louées. Ainsi, aucun motif objectif, ni même subjectif pour autant que cela ait de l'importance, ne permet à l'autorité intimée de refuser la nomination définitive du recourant à son poste d'employé d'administration. En raison de ses années de fonction, il répond d'ailleurs pour le surplus aux conditions de l'art. 7 du statut. C'est donc à tort que l'autorité intimée a rendu la décision attaquée qui doit en conséquence être annulée.
6. En conclusion, le recours doit être admis et la décision attaquée annulée, la cause étant renvoyée à l'autorité intimée pour qu'elle procède à la nomination définitive du recourant.
Suivant la pratique de la cour de céans en matière de contentieux de la fonction publique, il ne sera pas prélevé d'émolument.
Le recourant, qui obtient gain de cause, a droit à des dépens, fixés à 2000 francs.
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est admis.
II. La décision rendue le 8 novembre 2008 par la Commune de Nyon est annulée, la cause étant renvoyée à dite autorité pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants.
III. Il n'est pas perçu d'émolument.
IV. La Commune de Nyon est la débitrice de X.________ de la somme de 2000 (deux mille) francs à titre de dépens.
Lausanne, le 14 octobre 2009
Le président: La greffière:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.