A. X.________, B. X.________/Administration cantonale des impôts, Administration fédérale des contributions | Recours formé par un couple de contribuables contre une décision sur réclamation de l'ACI confirmant une précédente décision de rappel d'impôt et taxation définitive concernant l'ICC pour les périodes fiscales 1999-2000 et 2001-2002, respectivement l'IFD pour les périodes fiscales 1995-1996, 1997-1998, 1999-2000 et 2001-2002, ainsi que les amendes prononcées dans ce cadre. Est constatée d'office la prescription (absolue) des prétentions de l'autorité intimée pour les périodes 1995-1996 et 1997-1998 en matière d'IFD et pour la période 1999-2000 en matière d'ICC (consid. 3). Cela étant, les reprises litigieuses portent en premier lieu sur des prestations appréciables en argent obtenues de la société créée par le recourant (en lien avec des frais de sous-traitance non probants, des frais relatifs à un aéronef non justifiés commercialement et le chiffre d'affaire non comptabilisé d'une société offshore); leur bien-fondé, d'ores et déjà confirmé dans le cadre du litige opposant la société à l'ACI (cf. FI.2009.0001 du 4 août 2010, confirmé par TF 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011), n'est pas remis en cause par les arguments avancés postérieurement par les recourants (consid. 7). Le bien-fondé des autres reprises (en lien notamment avec la transparence des entités offshore pour le recourant) doit également être confirmé, de même que la nouvelle estimation des titres de la société à laquelle l'ACI a procédé (consid. 8). Enfin, le principe et la quotité de l'amende ne prêtent pas le flanc à la critique (consid. 9). Admission partielle du recours et réforme de la décision attaquée en ce sens que les rappels d'impôt et amendes prescrits en matière d'IFD respectivement d'ICC sont annulés, la décision étant confirmée pour le surplus.
Recours au Tribunal fédéral partiellement admis en matière d'IFD en raison de la prescription, l'arrêt attaqué étant confirmé pour le surplus, respectivement rejeté en matière d'ICC (arrêt 2C_173/2015 et 2C_174/2015 du 22 avril 2016).
Full text
TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 21 janvier 2015
Composition
M. Xavier Michellod, président; MM. Alain Maillard et Bernard Jahrmann, assesseurs; M. Vincent Bichsel, greffier.
Recourants
1.
A. X.________, à 1******** (VD), représenté par Me Eric MUSTER, avocat à Lausanne,
2.
B. Y.________ X.________, à 1******** (VD), représentée par Me Eric MUSTER, avocat à Lausanne,
Autorité intimée
Administration cantonale des impôts, à Lausanne,
Autorité concernée
Administration fédérale des contributions, Division principale DAT, à Berne.
Objet
Impôt fédéral, cantonal et communal (soustraction)
Recours A. et B. X.________ c/ décision de l'Administration cantonale des impôts du 4 décembre 2008
Vu les faits suivants
A. A. X.________ a une formation de base dans le génie civil acquise dans son pays d'origine, la Roumanie. Après son arrivée en Suisse, il a entrepris des études post-grades en informatique, en statistique et en génie civil; il a également obtenu un MBA de la Faculté des hautes études commerciales (HEC) de l'Université de Lausanne.
L'intéressé et son épouse, B. Y.________ X.________, sont domiciliés à 1******** (VD), à la rue 2********.
B. C.________ SA (C.________, parfois C.________ dans les citations) est une société anonyme créée le 15 février 1990 par A. X.________ et inscrite au Registre du commerce du canton de Vaud le 20 février de la même année, dont le siège est à 1******** (à l'adresse des époux X.________). Son capital-actions s'élève à 300'000 fr. et est entièrement libéré; il est composé de 390 actions nominatives de 500 fr. et de 1'050 actions nominatives de 100 francs. Le but de cette société, tel qu'inscrit au registre du commerce, consistait dans un premier temps dans la "conception, fabrication et commercialisation de produits informatiques"; il a été modifié le 22 juin 2006 et est désormais décrit comme il suit: "services informatiques dans le domaine de la finance, notamment l'installation de systèmes et location d'espaces informatiques, service de bureau, conseils, gestion de projets, support et assistance, formation des utilisateurs."
Jusqu'au mois de janvier 2013, le conseil d'administration de C.________ était composé d'A. X.________, administrateur président, et de B. Y.________ X.________, administratrice et secrétaire. Les époux X.________ détiennent la totalité des actions de la société (savoir 197 actions à 500 fr. et 665 actions à 100 fr. en mains d'A. X.________, respectivement 193 actions à 500 fr. et 385 actions à 100 fr. en mains de B. Y.________ X.________).
Selon les déclarations d'A. X.________, C.________ a été créée pour des raisons d'image, dans l'optique de la vente de produits et pour couvrir le risque d'une éventuelle faillite. Au début de son activité, elle n'avait ni employés ni locaux; ce n'est qu'en 1995 que l'intéressé a installé les locaux de cette société dans la propriété de 1******** qu'il venait d'acquérir et qu'elle a encaissé son premier chiffre d'affaires, et ce n'est que dès l'année 1998 environ qu'elle a eu des employés.
C. D.________ SA (D.________, parfois D.________ dans les citations) est une société anonyme créée le 12 mars 1991 par A. X.________, dont le siège se situe en Roumanie. L'intéressé détient la quasi-totalité du capital-actions de cette société (entre 98 et 99%).
S'agissant des relations entre C.________ et D.________, figure au dossier un contrat du 10 février 1993 dont il résulte en particulier ce qui suit:
"[…] Préambule
Les sociétés D.________ et C.________ conviennent:
de développer des programmes informatiques pour les milieux financiers et bancaires ci-après dénommés le PRODUIT
[…]
Dans le cadre de ce projet:
- C.________ est chargée de la commercialisation dans tous ses aspects et sera la seule responsable de la vente et de la distribution du PRODUIT ainsi que seul partenaire contractuelle du client.
- D.________ s'occupe du développement, de la production, de l'installation, de la maintenance et du suivi technique, mais n'apparaîtra pas officiellement en tant que partenaire commercial ou fournisseur envers le client.
[…]
OBLIGATIONS DE C.________
La connaissance du marché
C.________ met à disposition de D.________ tout son know-how et son savoir-faire concernant le marché et les besoins des clients pour faciliter au mieux et plus rapidement la conception et l'évolution du PRODUIT.
Flux d'informations financières
C.________ a l'obligation d'assurer toutes les sources d'informations financières nécessaires au fonctionnement et au développement du PRODUIT indifféremment de leurs origines.
Ces sources d'informations doivent être disponibles dans les locaux choisis par C.________ […]
Lignes de communications de données
C.________ assure les lignes de communication nécessaires pour le développement, les tests et la production reliés au service d'informations financières ainsi qu'aux réseaux de télécommunications nationaux, TRANSPAC, TELEPAC, etc.
Ces lignes de communication seront disponibles dans les locaux choisis par C.________.
Tous les frais liés à l'installation et au fonctionnement de ces lignes sont pris en charge intégralement par C.________ y inclus le matériel informatique de traitement de l'information (PC, serveurs, router, etc.)
Logistique de fonctionnement
C.________ assure la prise en charge de tous les frais relatifs au déplacement, hébergement et formation des spécialistes nécessaires, aux développements, aux tests, à la mise en place, à la production et au support client du PRODUIT.
[…]
C.________ prend en charge d'une manière intégrale tous les frais engendrés par l'utilisation des moyens logistiques par le personnel de D.________ en déplacement hors de Roumanie.
[…]
Conditions de commercialisation
C.________ est chargée de la commercialisation du PRODUIT. Elle sera seule responsable, notamment en ce qui concerne toutes les questions de tarification et des contrats avec la clientèle.
Elle est libre de fixer les prix de vente du PRODUIT ainsi que la stratégie de marketing et de vente à la clientèle pour tous les marchés.
Territorialité
C.________ est seule responsable au niveau international de la vente et d la distribution du PRODUIT sur les marchés de son choix sous la forme qu'elle estime nécessaire.
OBLIGATIONS DE D.________
Ressources
D.________ met à disposition du projet les ressources humaines et techniques nécessaires au développement, aux tests, à la production et au support technique du PRODUIT.
D.________ assure à ses frais l'installation de tout le matériel et logiciel nécessaires dans ses locaux à Bucarest.
[…]
Développement
D.________ est en charge du développement continu du PRODUIT.
Les développements se font sur la base de cahiers des charges établis en fonction des demandes des clients […]
C.________ demande des nouveaux développements sur la base des cahiers des charges détaillant les fonctionnalités
D.________ répond avec une étude de faisabilité et si c'est le cas avec une planification des développements à faire. […]
Production
D.________ est seule responsable pour la production du PRODUIT sur les sites désignés par C.________ en utilisant le cas échéant son propre personnel.
Maintenance
D.________ assure la maintenance technique et le suivi du PRODUIT sur les sites désignés par C.________.
Téléassistance et Support technique remote
D.________ assure à la clientèle une téléassistance en langue anglaise […]
Personnel
D.________ emploie à ses frais des informaticiens/techniciens, pour le développement, l'installation, la maintenance et le support technique du PRODUIT sur les sites désignés par C.________.
Les interventions auprès des clients seront toujours faites au nom de C.________.
D.________ garantit, sur la base des invitations faites par C.________, la disponibilité du personnel nécessaire muni d'un visa pour tous les pays en question.
DISPOSITIONS GENERALES
Rémunération
D.________ établit ses factures à C.________ en fonction des prestations fournies sur une base mensuelle et/ou trimestrielle dans la monnaie de son choix.
Les factures ainsi générées couvrent la totalité des rémunérations de D.________ découlant de ce contrat.
D.________ ne pourra faire valoir aucune autre rémunération à quelque titre que ce soit tant qu'il s'agit du PRODUIT faisant l'objet de ce contrat.
Visas
C.________ accepte de faire les invitations nécessaires pour le personnel D.________ provenant de Roumanie dans les pays où la présence de ses spécialistes est requise.
[…]
Donneur d'ordres
Pour des raisons de clarté et simplicité, D.________ accepte des ordres de développement du PRODUIT uniquement de la part de C.________ qui exerce un rôle de coordinateur par rapport aux demandes des clients.
Toutes les demandes de développement concernant le PRODUIT sont à adresser exclusivement à C.________.
[…]
Propriété du PRODUIT
C.________ est la seule responsable du PRODUIT et des programmes source afférents et elle détient tous les droits qui relèvent de la protection de la propriété intellectuelle.
[…]
D'une manière générale D.________ est responsable de la protection générale des données informatiques concernant le PRODUIT.
[…]
Licence
C.________ est l'unique propriétaire du PRODUIT, elle est seule habilitée à distribuer des licences d'exploitation ou à céder tout autre droit qui relèvent de la propriété intellectuelle.
Durée du contrat
Le présent contrat prend effet le 10 février 1993 et est conclu pour une durée indéterminée.
Toute modification de ce contrat doit se faire sur la forme écrite par des avenants annexés à ce document et font partie intégrante de ce contrat.
Résiliation
La résiliation de ce contrat peut se faire avec un préavis d'une année pour la fin d'une année calendaristique sous la forme d'une lettre recommandée avec avis de réception.
[…]"
Ce contrat a été signé par A. X.________ pour C.________ et par E. F.________ pour D.________.
D. Le 3 novembre 1997, A. X.________ a obtenu une licence de pilote d'avion.
Le 19 juin 1998, C.________ a acquis un avion de type Piper Dakota PA 28-236 pour le prix de 67'000 fr.; cet achat a été partiellement réglé au moyen d'une somme de 50'000 fr. prélevée sur un compte bancaire (no 3********) détenu par la société auprès du B. B.________. Dans les livres comptables de C.________, cet avion n'a jamais été porté à l'actif du bilan. Quant au montant de 50'000 fr., il trouve sa contrepartie au débit du compte courant de l'actionnaire.
Interpellé, A. X.________ a indiqué que le prix mentionné sur le contrat de vente était faux et qu'il avait en réalité déboursé 40'000 ou 50'000 fr. pour cet avion; quant au règlement de ce montant, l'intéressé a exposé penser qu'il avait été fait avec l'argent du groupe, tout en précisant qu'il n'y avait pas, à l'époque, de séparation stricte entre son patrimoine et celui de la société - son unique but étant de faire fonctionner cette dernière.
E. En 1999, A. X.________ a créé les nouvelles entités juridiques suivantes:
- 8 mars 1999: G.________ SA (G.________), dont le siège est à 4******** (Liechtenstein). Cette société a été constituée et est représentée par H.________., à 4******** également. Son capital-actions, de 50'000 fr., a été entièrement versé par A. X.________, qui est membre de son conseil d'administration avec signature individuelle; ce conseil d'administration comporte en outre deux membres, avec signature collective à deux, I.________ et J.________, tous deux domiciliés à 4********. Le but social de G.________ consiste à effectuer "toutes activités en relation avec des produits informatiques, soit notamment la conception, le développement, la fabrication, la commercialisation et le service après-vente de matériel et de logiciels informatiques"; selon les explications d'A. X.________, G.________ a été créée dans le but de vendre les produits de D.________ à des clients étrangers. Sur le plan fiscal, la société est soumise à un impôt forfaitaire de 1'000 fr. par an (plus quatre pourcents sur les dividendes distribués).
S'il a nié le fait que, depuis sa création, la gestion de G.________ avait été effectuée depuis la Suisse, soit depuis les locaux de C.________ à 1********, A. X.________ n'en a pas moins confirmé la présence des fichiers de gestion de G.________ dans les disques durs de C.________, précisant qu'ils s'y trouvaient à titre de copie.
- 8 mars 1999: K.________ AG, dont le siège est à 4********. Cette société a le même capital-actions (également versé par A. X.________) que G.________, les mêmes représentants et membres du conseil d'administration (à l'exception d'A. X.________, qui n'y siège pas) - ces derniers disposant d'une signature individuelle. Son but social consiste à réaliser "toutes activités dans le domaine de l'aéronautique et du transport, notamment l'achat d'avions et la commercialisation de vols d'affaires".
Après la constitution de K.________ AG, l'appareil Piper Dakota acquis en 1998 a été porté à l'actif du bilan de cette société pour un montant de 63'593 fr. 50 (montant comprenant une facture de la société L.________ SA par 13'593 fr. 50). La demande de modification de l'inscription dans le registre matricule suisse des aéronefs a été déposée le 3 janvier 2000; il en résulte que le nouveau propriétaire de l'avion est K.________ AG et que l'exploitant est C.________.
S'il a nié le fait que, depuis sa création, la gestion de K.________ AG avait été effectuée depuis la Suisse, soit depuis les locaux de C.________ à 1********, A. X.________ n'en a pas moins confirmé la présence des fichiers de gestion de K.________ AG dans les disques durs de C.________, précisant qu'ils s'y trouvaient à titre de copie.
Dans un fax adressé à un tiers le 15 février 1999, Me Gani a confirmé que son client A. X.________ souhaitait constituer par l'intermédiaire de ce tiers deux sociétés anonymes du droit de Liechtenstein soit G.________ et K.________ AG - et précisé les modalités de constitution de ces sociétés, relevant en particulier ce qui suit:
"J'ai soumis votre tarif à M. A. X.________ et vous communiquerai prochainement son accord à ce sujet; d'ores et déjà, le client m'indique que le travail administratif sera effectué depuis son bureau de 1********, de telle sorte que ce poste sera en principe extrêmement réduit, sous réserve des bouclements comptables et de la révision."
- 12 mai 1999: Fondation M.________, dont le siège est à 4******** également. Cette fondation, dont le capital s'élève à 30'000 fr., a pour objet la gestion de sa fortune et l'octroi de prestations aux bénéficiaires désignés par le conseil de fondation, dont les membres sont I.________ et J.________, à 4********, et N.________, à 5******** (avec signature collective à deux). La fondation est représentée par H.________., à 4********; A. X.________ en est l'ayant droit économique, selon déclaration signée par l'intéressé le 14 septembre 2000.
- 31 mai 1999: Etablissement O.________, dont le siège est à 6******** (Liechtenstein). Cet établissement, dont le capital s'élève à 30'000 fr., a pour but le placement et l'administration de sa fortune et, dans ce cadre, l'acquisition, l'administration et l'exploitation de biens immobiliers, titre de participation et droit, ainsi que la mise en œuvre de toutes les affaires en relation avec ce but - étant précisé que l'activité menée ne sera pas exercée sous une forme commerciale. Son conseil d'administration est composé de P.________ et Q.________, à 6********, et de N.________, à 7********; A. X.________ en est l'ayant droit économique, selon déclaration signée par l'intéressé le 14 septembre 2000.
Depuis le 9 juin 1999, l'Etablissement O.________ détient l'entier du capital-actions de G.________, grâce à un prêt consenti par la Fondation M.________.
- 25 juin 1999: R.________ SA, dont le siège était à 8********. Cette société, dont le capital-actions s'élevait à 250'000 fr., avait pour but l'achat, l'administration et la vente d'avions, les activités dans le domaine de l'aéronautique et du transport aérien, et le commerce avec des avions et commercialisation de vols d'affaires. A sa création, son administrateur était S.________, beau-frère d'A. X.________, lequel a par la suite été remplacé par T.________. Elle a été dissoute par suite de faillite prononcée par jugement du 8 janvier 2014.
Selon les déclarations d'A. X.________, R.________ SA a été créée pour acquérir et exploiter l'avion qui appartenait auparavant à C.________ et pour acquérir un nouvel avion. L'intéressé a en particulier précisé ce qui suit à cet égard:
"J'avais besoin d'un avion pour gérer mes affaires, c'est pourquoi j'ai constitué deux sociétés. M. U.________ m'a conseillé de procéder de la sorte, celui-ci étant d'avis que le fisc vaudois aurait refusé de passer par la société l'acquisition de l'avion et les frais inhérents. Ces sociétés font partie du groupe de mes sociétés et ne servent que celui-ci."
A une date indéterminée, l'Etablissement O.________ a acquis l'entier du capital-actions des sociétés K.________ AG et R.________ SA; les fonds servant à ces acquisitions lui ont été prêtés par la Fondation M.________.
Dès le mois de juin 1999, le "groupe C.________" se composait ainsi selon l'organigramme suivant (selon un schéma daté du 2 juin 1999 et intitulé "Groupe C.________" / "Etat des participations", saisi auprès de la fiduciaire d'A. X.________ et de C.________):
Concernant la constitution de ces sociétés, Me Gani avait auparavant indiqué ce qui suit dans une note du 13 janvier 1999:
"C.________ (const. sociétés)
Dangereux
Pas de double facturation pour services fournis par la suisse à des suisses
Société roumaine: à vendre en faisant un bénéfice
Noir? […]
Facturation aux étrangers; pas de problème
Brevets
Achat de royalties
Achat de services "bidon" → contrats de sociétés de pays de l'Est"
F. Le 7 mai 1999, R.________ SA a acquis un avion de type Pilatus PC-12/45 pour le prix de 2'953'315 USD.
Cet achat a été financé par deux prêts: le premier, d'un montant de 3'400'000 fr., a été octroyé par la société de financement V.________, selon une confirmation de prêt du 15 février 2000; selon les déclarations d'A. X.________, cette société a accepté de lui accorder un tel prêt à la condition que la société acquérante soit suisse - c'est pourquoi l'intéressé a été contraint de créer la société R.________ SA alors qu'il détenait déjà la société K.________ AG.
Quant au second prêt, d'un montant de 1'560'000 fr., il a été consenti par l'Etablissement O.________ - par le biais de fonds qui lui avaient préalablement été prêtés par la Fondation M.________. La convention de prêt entre les deux entités a formellement été signée le 20 mai 2001; consulté afin d'en établir le contenu, le conseil de C.________ a notamment proposé quelques modifications dans un fax adressé à C.________, ceci "afin de renforcer le caractère vraisemblable du contrat de prêt".
Par convention du 15 janvier 2000, R.________ SA a cédé l'exploitation de l'avion concerné à K.________ AG pour le prix annuel de 600'000 fr., TVA en sus, payable par trimestre d'avance, à réception des factures adressées par R.________ SA. Dès 2001, le montant de la redevance a été augmenté à 720'000 fr. par an.
G. Il résulte des pièces versées au dossier que, dans le courant de l'année 2001, A. X.________ a envisagé de transférer les droits de propriété intellectuelle des produits à l'Etablissement O.________. Dans cette optique, un projet de "contrat de distribution et de licence pour logiciels" a été établi entre cet établissement et C.________; dans un fax accompagnant ce projet, adressé à A. X.________ le 1er juin 2001, Me Gani a relevé en particulier ce qui suit:
"Par ailleurs, je t’informe ci-après du résultat de mon entretien téléphonique de cette semaine avec mon correspondant au Liechtenstein au sujet de ces contrats:
[…]
b. Provenance des droits sur les logiciels: comme je l’avais également relevé, mon correspondant considère qu’il est impératif de pouvoir établir de quelle manière O.________ est devenue titulaire des droits qu’elle prétend concéder à des tiers; il ne serait en effet pas crédible que O.________ puisse concéder des droits dont elle ne peut justifier l’acquisition; j’ai évoqué la possibilité d’un contrat par lequel la société roumaine pourrait céder ces droits à O.________; cela lui paraît parfaitement acceptable, bien que l’identité des noms (C.________ Roumania/C.________ SA/G.________ AG) soit susceptible de faire naître des soupçons sur la réalité de l’opération; si aucune autre solution ne peut être trouvée pour justifier la propriété, par O.________, des droits sur les logiciels, un contrat entre C.________ (Roumanie) et O.________ devrait donc être envisagé;
c. ainsi que je l’ai déjà fait à plusieurs reprises, mon correspondant attire ton attention sur le soupçon que pourra également faire naître auprès du fisc l’utilisation d’une structure qui permet à une société suisse (C.________ SA) de transférer à une entité « off-shore » des montants importants; il convient donc d’une part de rédiger les contrats de manière soigneuse et crédible et d’autre part de s’apprêter à répondre aux questions qui vont inévitablement être posées à ce sujet; sans doute faudrait-il également prévoir une documentation annexe (par exemple un échange de correspondances) susceptible d’étayer la réalité du contrat; comme discuté lundi dernier, je laisse à M. U.________ le soin de nous indiquer si, à son avis, le dossier est suffisamment complet et crédible du point de vue fiscal; […]"
Me Gani a par ailleurs rencontré M. U.________ au mois de juin 2001. Il ressort ce qui suit des notes prises par l'intéressé à l'occasion de cet entretien:
"C.________ – propriété intellectuelle
A. → O.________: non (trop évident)
prêt → dr. roumanie: non (pas poss. d'établir un contrat)
W.________ (Romania) → O.________: il va étudier et me redit"
Le 12 juin 2001, Me Gani a rencontré A. X.________. Il résulte ce qui suit d'une note en lien avec cet entretien:
"C.________ / Licence de propriété intellectuelle
Transfert Roumanie → O.________ (contrat non signé!)
→ Tél. M. U.________ pour savoir si faisable que A. vende les dts de C.________ ou bien C.________ Roumanie ?"
Le 29 novembre 2001, Me Gani a encore adressé un fax à A. X.________ au sujet des contrats de licence et la facturation des redevances de licence à C.________. Il y proposait en substance à l'intéressé de constituer une société aux Etats-Unis, à laquelle l'Etablissement O.________ aurait concédé une licence qu'elle aurait ensuite concédée à C.________ en lui facturant des redevances - lesquelles seraient ensuite reversées par la société américaine à l'Etablissement O.________.
Il apparaît toutefois qu'aucun de ces projets n'a abouti.
H. Entre 1995 et 2002, A. X.________ et B. Y.________ X.________ ont régulièrement déposé leurs déclarations d'impôts. Les périodes fiscales 1995-1996, 1997-1998 et 1999-2000 ont fait l'objet d'une taxation définitive, alors que la période 2001-2002 est demeurée provisoire. Les éléments retenus dans ce cadre et qui font l'objet de la présente procédure de reprises se présentent en substance comme il suit:
1 Taxation intermédiaire pour dévolution de fortune à la suite d'un décès
2 Taxation intermédiaire pour changement de profession de Mme Y.________ X.________
I. A la suite d'un contrôle périodique de l'Administration cantonale des impôts (ACI) et d'une enquête préliminaire de la Division d'enquêtes fiscales spéciales (DEF) de l'Administration fédérale des contributions (AFC), cette dernière a été autorisée le 26 juillet 2003 par le Chef du département fédéral des finances à mener une enquête sur C.________, A. X.________ et B. Y.________ X.________, au motif qu'il existait un soupçon fondé de graves infractions fiscales.
Dans le cadre de cette enquête, de nombreux documents ont été saisis lors de perquisitions réalisées en septembre 2003 dans les locaux de C.________, au domicile privé des époux X.________-Y.________ et chez des tiers.
Le 7 septembre 2004, l'ACI a informé A. X.________ et B. Y.________ X.________ de l'ouverture à leur encontre d'une enquête portant sur les périodes fiscales 1995 et suivantes. Par courrier du 15 septembre 2004, les intéressés, par l'intermédiaire de leur conseil, ont manifesté leur souhait de collaborer à cette enquête. Dans le cadre de cette procédure, A. X.________ a été entendu à trois reprises par la DEF, les 28 septembre 2004, 28 janvier 2005 et 14 juin 2005.
Dans son rapport d'enquête du 21 septembre 2006, la DEF a retenu en particulier ce qui suit à titre de "Résultats d'enquête" (chapitre 3):
"3.1 Constatations générales et observations
Les principales soustractions d’impôt ont été réalisées notamment au travers de trois procédés.
Le premier a consisté à intercaler entre C.________ SA, à 1********, et ses clients une société-écran, en l’occurrence G.________ AG dont le siège social est au Liechtenstein, à 4******** plus précisément. Cette société était chargée de traiter les affaires commerciales avec les clients sis en dehors du territoire suisse. L’activité effective de cette société n’a jamais été déployée au Liechtenstein bien au contraire, c’est C.________ SA, à 1******** et son personnel qui a déployé cette activité en Suisse.
Le second procédé était lié à des frais de sous-traitance en relation avec des projets de développement informatique. Ces projets sensés être effectués par D.________, à Bucarest étaient facturés à C.________ SA, à 1******** et à G.________ AG, à 4********. En réalité, les montants facturés par D.________ n’ont jamais été encaissés par ladite société […].
Le troisième procédé était lié à l’utilisation d’un aéronef de type PC-12. Ces frais considérés comme commerciaux étaient facturés par K.________ AG, à 4******** (qui fait également partie du groupe) à C.________ SA, à 1******** et à G.________ AG, à 4********. Or, il s’avère que la plus grande partie de ces frais relevait d’un usage strictement privé.
Finalement, les fonds dégagés par les deux premiers procédés ont en grande partie été versés sur des comptes numériques ainsi que sur des comptes dont le titulaire est la fondation de famille M.________, au Liechtenstein. Ces fonds ont notamment permis à cette fondation de détenir et de financer la holding, soit l’établissement O.________, au Liechtenstein qui à son tour a créé et financé G.________ AG et K.________ AG, à 4******** ainsi que R.________ SA, à 8********. Ces entités, bénéficiant d’un statut fiscal privilégié, ont donc acquitté un impôt dérisoire sur le revenu et la fortune en question alors même que M. X.________ qui apparaît comme le seul et unique bénéficiaire économique n’a jamais acquitté d’impôt sur ces éléments (Durchgriff).
[…]"
J. Le 11 octobre 2007, l'ACI a adressé à A. X.________ et B. Y.________ X.________ une décision de rappel d'impôts et de taxation définitive ainsi qu'un prononcé d'amendes concernant l'impôt cantonal et communal pour les périodes fiscales 1999-2000 et 2001-2002, respectivement l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 1995-1996, 1997-1998, 1999-2000 et 2001-2002. Le dispositif de cette décision a la teneur suivante:
"l'Administration cantonale des impôts,
respectivement l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct :
A. En matière d'impôt cantonal et communal
I. p rocède au rappel de l'impôt cantonal et communal et à la taxation définitive suivants à l'endroit d'A. et B. X.________-Y.________ […]:
Impôt sur le revenu
Compléments d'impôt correspondant à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés
Années
Canton
Commune
Total
1********
Fr.
Fr.
Fr.
1999
161'526.55
62'607.20
224'133.75
2000
161'495.40
62'595.10
224'090.50
2001
171'907.50
73'293.90
245'201.40
2001 bis (Art. 273 LI)
272'696.85
116'266.10
388'962.95
2001 (Art. 49 LI)
22'038.50
9'306.25
31'434.75
2002
171'907.50
79'957.00
251'864.50
2002 bis (Art. 273 LI)
265'130.40
123'316.45
388'446.85
Totaux
1'226'702.70
527'432.00
1'754'134.70
Impôt sur la fortune
Compléments d'impôt correspondant à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés
Années
Canton
Commune
Total
1********
Fr.
Fr.
Fr.
1999
13'569.20
5'259.35
18'828.55
2000
13'569.20
5'259.40
18'828.60
2001
32'885.70
14'021.05
46'906.75
2002
32'885.70
15'295.70
48'181.40
Totaux
92'909.80
39'835.50
132'745.30
Récapitulation générale (canton et commune)
Total
Fr.
Compléments d'impôt pour le canton
1'319'612.50
Complément d'impôt pour la commune
567'267.50
Total des compléments d'impôts
1'886'880.00
II. p r ononce à l'encontre d'A. X.________-Y.________ […] des peines d'amendes de
a) Fr. 696'600.-- (six cent nonante six mille six cents francs) pour les soustractions d'impôt cantonal et communal commises durant la période fiscale 1999-2000, à savoir:
Fr. 502'000.-- pour le canton et
Fr. 194'600.-- pour la commune de 1********,
b) Fr.529'300.-- (cinq cent vingt neuf mille trois cents francs) pour les soustractions d'impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2001-2002, à savoir:
Fr. 366'100.-- pour le canton et
Fr. 163'200.-- pour la commune de 1********,
c) Fr. 777'400.-- (sept cent septante sept mille quatre cents francs) pour les soustractions d'impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2001-2002 bis (revenus extraordinaires), à savoir:
Fr. 537'800.-- pour le canton et
Fr. 239'600.-- pour la commune de 1********,
d) Fr. 31'400.-- (trente et un mille quatre cents francs) pour les soustractions d'impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2001-2002 bis (prestations de prévoyance), à savoir:
Fr. 22'000.-- pour le canton et
Fr. 9'400. -- pour la commune de 1********.
Récapitulation des amendes cantonales et communales
Totaux
Fr.
Amendes cantonales
1'427'900.00
Amendes communales
606'800.00
Total des amendes
2'034'700.00
B. En matière d'impôt fédéral direct
III. procède au rappel de l'impôt fédéral direct et à la taxation définitive suivants à l'endroit d'A. et B. X.________-Y.________ […]:
Impôts sur le revenu
Compléments d'impôt correspondant à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et facturés
Années
Dus
Facturés
Compléments à payer
Fr.
Fr.
Fr.
1995
18'143.00
1'555.00
16'588.00
1995 [recte: 1996]
18'143.00
1'555.00
16'588.00
1997
49'639.00
1'700.00
47'939.00
1998 (280 jours)
38'608.10
1'322.20
37'285.90
1998 (80 jours)
11'106.00
410.65
10'695.35
1999
129'881.00
18'881.00
111'000.00
2000
128'558.50
17'399.00
111'159.50
2001
126'707.00
12'420.00
114'287.00
2001 (Art. 218 LIFD)
344'344.50
0.00
344'344.50
2001 (Art. 38 LIFD)
9'085.40
0.00
9'085.40
2002
126'707.00
12'420.00
114'287.00
2002 (Art. 218 LIFD)
335'041.00
0.00
335'041.00
Totaux
1'335'963.50
67'662.85
1'268'300.65
IV. p rononce à l'encontre d'A. X.________-Y.________ […] des peines d'amendes de
a) Fr. 49'700.-- (quarante neuf mille sept cents francs) pour les soustractions d'impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1995-1996,
b) Fr. 143'800.-- (cent quarante trois mille huit cents francs) pour les soustractions d'impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1997-1998,
c) Fr. 333'200.-- (trois cent trente trois mille deux cents francs) pour les soustractions d'impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1999-2000,
d) Fr. 228'500.-- (deux cent vingt huit mille cinq cents francs) pour les soustractions d'impôt fédéral direct tentées durant la période fiscale 2001-2002,
e) Fr. 679'300.-- (six cent septante neuf mille trois cents francs) pour les soustractions d'impôt fédéral direct tentées durant la période fiscale 2001-2002 bis (revenus extraordinaires),
f) Fr. 9'000.-- (neuf mille francs) pour les soustractions d'impôt fédéral directe tentées durant la période fiscale 2001-2002 bis (prestations de la prévoyance).
Récapitulation des amendes pour l'impôt fédéral direct
Totaux
Fr.
Année 1995
24'850.00
Année 1996
24'850.00
Année 1997
71'900.00
Année 1998
71'900.00
Année 1999
166'600.00
Année 2000
166'600.00
Année 2001
114'250.00
Année 2001 bis (Art. 218 LIFD)
344'300.00
Année 2001 bis (Art. 38 LIFD)
9'000.00
Année 2002
114'250.00
Année 2002 bis (Art. 218 LIFD)
335'000.00
Total des amendes
1'443'500.00
Total général (ICC et IFD)
Fr. 6'633'380.65
V. laisse les frais de l'enquête pénale fiscale à la charge de l'Etat;
VI. d i t que l'exécution des la présente décision / du présent prononcé se fera ultérieurement par bordereau(x) d'impôts, de petites différences dues aux arrondis étant réservées;
VII. précise que les compléments d'impôts calculés ne tiennent pas compte des paiements effectués, mais correspondent à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés."
Le même jour, l'ACI a également adressé une décision de rappel d'impôts et de taxation définitive ainsi qu'un prononcé d'amendes à C.________ concernant l'impôt cantonal et communal pour les périodes fiscales en cause.
K. A. X.________ et B. Y.________ X.________, par l'intermédiaire de leur conseil commun, ont formé réclamation contre la décision les concernant par courrier du 15 novembre 2007, étant précisé que, "comme convenu", cette réclamation serait motivée ultérieurement.
Par courrier du 20 décembre 2007, l'ACI a accusé réception de la réclamation et imparti un délai au 31 janvier 2008 aux intéressés pour déposer la motivation de leur réclamation.
Se référant à des pourparlers transactionnels en cours, le conseil d'A. X.________ et B. Y.________ X.________ a proposé, par courrier du 4 janvier 2008, que la motivation de la réclamation ne soit déposée que si les parties n'arrivaient pas à s'entendre, et requis que le délai imparti par courrier du 20 décembre 2007 soit suspendu; par courrier du 23 janvier 2008, l'intéressé a notamment relevé qu'une entrevue avait été fixée le 1er avril 2008 et qu'il en déduisait que sa proposition avait été acceptée - en ce sens que les intéressés n'étaient pas tenus de faire parvenir la motivation de leur réclamation dans le délai au 31 janvier 2008.
Les parties se sont rencontrées le 1er avril 2008. Les pourparlers transactionnels engagés n'ont pas abouti.
L. Par décision sur réclamation du 4 décembre 2008, l'ACI a rejeté la réclamation, retenant en substance ce qui suit:
"Eléments de revenus non déclarés ou erronés
[…]
Reprise 1.01: Prestations appréciables en argent obtenues par C.________ SA
[…]
Reprise 1.01 (tableau des reprises C.________ SA): frais de sous-traitance non probants (./. montants effectivement reversés aux employés roumains et évalués à 331/3 %)
[…]
Les montants repris correspondent aux factures émises par D.________ SA vis-à-vis de C.________ SA pour les prestations qui auraient été effectuées par la société roumaine pour les années 1995 à 2002. L'enquête a permis de démontrer que cette facturation était fictive et avait pour but de permettre à l'actionnaire ultime du groupe de prélever des liquidités sur les comptes de C.________ SA et de créditer ces montants sur des comptes dont il était l'ayant-droit économique.
[…] à défaut d'être justifiés commercialement (à l'exception du tiers des factures admises comme charges de salaires pour les employés roumains), ces prélèvements opérés sur les comptes de C.________ SA sur la base de factures fictives établies par D.________ pour un montant total d'environ CHF 7'900'000.- entre 1995 et 2002 (pour les chiffres précis, cf. tableau des reprises […]), seront donc ajoutés au bénéfice imposable de C.________ SA et constituent également des prestations appréciables en argent en faveur de l'actionnaire majoritaire, M. A. X.________.
Reprise 1.02 (tableau des reprises C.________ SA): frais relatifs à un aéronef non justifié commercialement
Cette rubrique concerne la reprise des factures émises par K.________ AG au titre de frais de location du PC-12. […]
[…] si l'on peut admettre une justification commerciale pour les quelques vols à destination de la Roumanie, de Milan, de la France, ou de l'Angleterre, la part commerciale ne peut être évaluée à plus de 20 % des frais facturés aux entreprises concernées, à savoir C.________ et G.________ […]
Outre le fait que la justification commerciale des frais de location du Pilatus PC-12 n'a pas été démontrée par la réclamante, la présente autorité relève que la facturation desdits frais était pour le moins fantaisiste et semblait avoir en réalité pour unique but de couvrir les frais d'exploitation de l'avion et non de correspondre à une quelconque activité commerciale.
[…] 80 % des frais de location de l'avion pris en charge par C.________ SA seront ajoutés au bénéfice de cette dernière à titre de charges non justifiées commercialement, ces montants constituant en outre des prestations appréciables en argent en faveur de l'actionnaire.
Reprise 1.03 (tableau des reprises C.________ SA): chiffre d'affaires non comptabilisé (G.________ AG)
Cette reprise a pour objet d'attribuer à C.________ SA le résultat comptabilisé dans les comptes de G.________ dès 1999, date de sa création au Liechtenstein ainsi que les charges non justifiées commercialement imputées à G.________ selon le même schéma que les charges non justifiées commercialement de C.________ SA, à savoir les factures fictives (cf. reprise 1.01) et les frais d'avion (cf. reprise 1.02). Les montants repris pour les années 1999 à 2002 s'élèvent au total à CHF 5'331'124.- (cf. le tableau des reprises […]).
[…] les éléments imposables de G.________, à savoir son bénéfice ainsi que les charges non justifiées commercialement […] seront intégrés au bénéfice de C.________ SA. […] Ces montants n'ayant pas été déclarés par C.________ SA, ils constituent en outre une distribution dissimulée de bénéfices en faveur de M. X.________.
Reprise 1.02 (tableau des reprises M. et Mme X.________): indemnité Helsana
[…] les époux X.________ n'ont pas indiqué, dans leur déclaration d'impôt 2001, le montant de CHF 432'000.- reçu suite au décès de leur fils. Cette prestation étant imposable […], elle sera ajoutée à leur revenu imposable.
Reprise 1.03 (tableau des reprises M. et Mme X.________): transparence des entités « offshore » pour M. X.________
[…] M. X.________ a constitué en 1999 la Fondation M.________ et l'Etablissement O.________ au Liechtenstein, la première détenant la seconde qui elle-même détenait, en juin 1999, 3 sociétés: G.________, à 4********, Liechtenstein, K.________ AG, Liechtenstein et R.________ SA, 8********.
L'enquête a permis de démontrer que l'unique ayant droit économique de cette structure était M. X.________.
[…] Comme cette construction juridique n'était pas adaptée aux données économiques relatives à la situation du recourant (qui disposait d'une structure commerciale en Suisse) et que cette façon de procéder ne s'expliquait que pour des motifs fiscaux, l'autorité fiscale peut faire abstraction de la forme juridique pour attribuer les éléments imposables directement à M. X.________, à savoir en l'espèce le résultat net de la Fondation M.________ en 1999 (CHF 3'667.-) et en 2000 (CHF 69'068.-) et de l'Etablissement O.________ en 1999 (CHF 14'693.-) et en 2000 (CHF 16'970.-) […]
Reprise 1.04 (tableau des reprises de M. et Mme X.________): revenus nets des comptes bancaires non déclarés
M. et Mme X.________ disposaient de deux comptes bancaires non déclarés auprès de la banque Z.________ & Cie SA à 8******** (aujourd'hui après fusion, A.A.________ & Cie SA, succursale de 8********).
[…]
Eléments de la fortune non déclarés ou erronés
1. Eléments soustraits ou à reprendre
Reprise 1.03 (tableau des reprises de M. et Mme X.________): transparence des entités offshore pour M. A. X.________
Comme exposé ci-dessus au ch. 1.03 du tableau des reprises (éléments de revenus non déclarés ou erronés), les éléments de fortune des sociétés offshore doivent être imputés à M. X.________.
En l'espèce, est visé le patrimoine de la Fondation M.________ […], lequel détient l'Etablissement O.________ […] et les participations G.________ AG […] et K.________ AG et R.________ SA.
[…]
Reprise 1.04 (tableau des reprises de M. et Mme X.________): Z.________ & Cie SA, comptes numériques non déclarés
La Fondation M.________, bien que disposant de deux comptes auprès de la Banque Z.________ & Cie SA […], n'a pas mentionné les avoirs déposés auprès de ces banques dans les comptes de la Fondation. En application du principe de la transparence développé sous le chiffre 1.03 ci-dessus (tableau de reprises de M. et Mme X.________), les avoirs figurant sur ces comptes doivent être attribués à M. X.________.
[…]
Les autres comptes non déclarés sont le compte […] (titulaire M. X.________) […] et le compte […] (compte-joint de M. et Mme X.________) […].
Reprise 1.05 (tableau des reprises de M. et Mme X.________): B. B.________, comptes non déclarés
Cette rubrique concerne la fortune déposée dans six comptes au B. B.________, dont le titulaire est M. X.________ et qui ne figurent pas dans son état des titres. […]
2. Eléments de reprises ne constituant pas une soustraction
Reprise 2.01 (tableau des reprises de M. et Mme X.________): estimation des titres C.________ SA
[…]
L'autorité fiscale a procédé à une estimation des titres et, par conséquent, corrigé la déclaration sur ce point […].
[…]
C.4 Fixation de l'amende
[…]
En l'espèce, au titre des circonstances atténuantes, il est à relever que le contribuable n'a pas d'antécédents en matière pénale fiscale, qu'il est marié avec un enfant à charge, que, s'agissant de son état de santé, M. A. X.________ souffre de surpoids et d'hypertension artérielle et qu'il a été tenu compte des sanctions infligées à la société C.________ SA, ainsi que des répercussions en matière d'impôt anticipé.
Au titre des circonstances aggravantes, on s'aperçoit que l'activité incriminée porte sur neuf ans sur le plan de l'impôt fédéral direct, respectivement six ans pour l'impôt cantonal et communal, que le total des éléments soustraits s'élève à 9'990'403.- (ICC) et CHF 11'034'185.- (IFD) et que le total des éléments de fortune repris en soustraction d'élève à CHF 3'763'522.- (ICC), […] que la soustraction commise résulte d'un montage particulièrement astucieux faisant usage de structures étrangères pour dissimuler des recettes imposables en Suisse, que des faux (factures fictives) ont été confectionnés pour induire les administrations fiscales en erreur, que ces montages avaient pour but de dissimuler d'importants bénéfices en faveur d'A. X.________-Y.________, actionnaire majoritaire de la société C.________ SA et ayant droit économique des différentes entités offshore et des comptes numériques ainsi constitués et que M. A. X.________ s'était adjoint les services de professionnels dans les domaines de la comptabilité et de la fiscalité lors de l'accomplissement de ces faits.
[…]
Au vu de l'ensemble du dossier et compte tenu de la situation financière du contribuable, la faute du réclamant peut être qualifiée de grave te la quotité de l'amende sera fixée à 1,5 fois le montant de l'impôt soustrait pour les périodes fiscales pour lesquelles la taxation est définitive […], quotité qui sera réduite d'un tiers pour les périodes fiscales pour lesquelles la taxation était provisoire à la date de l'ouverture en soustraction […]."
On reproduit ci-dessous les tableaux des reprises auxquels il est fait référence, étant précisé que le tableau portant sur les "éléments de la fortune non déclarés ou erronés" des époux X.________ a été corrigé à cette occasion (les corrections en cause étant toutefois sans incidence sur la taxation, compte tenu notamment de la brèche fiscale due au passage au système postnumerando):
Par une autre décision sur réclamation du même jour, l'ACI a également rejeté la réclamation formée par C.________ à l'encontre de la décision du 11 octobre 2007 la concernant.
M. A. X.________ et B. Y.________ X.________ ont formé recours contre la décision sur réclamation les concernant devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) par acte du 5 juillet 2009. Ils ont en substance fait valoir que l'ACI avait statué alors que des pourparlers étaient en cours et sans leur laisser la possibilité de motiver leur réclamation, en violation de leur droit d'être entendus, et principalement conclu à l'annulation de la décision sur réclamation attaquée - charge à l'autorité intimée de convenir avec eux d'un délai raisonnable pour motiver leur réclamation. Pour le reste, ils se sont plaints d'une mauvaise application des règles fédérales et cantonales sur la détermination du bénéfice imposable, et ont conclu, à titre subsidiaire, à l'annulation de la décision sur réclamation attaquée après qu'un second échange d'écritures aurait été ordonné, respectivement après qu'ils auraient été invités à déposer un mémoire complétif. Les intéressés produisaient notamment, à l'appui de leur recours, un avis de droit établi le 23 juin 2004 par le Prof. C.C.________, lequel concluait que D.________ était titulaire des droits d'auteur sur les logiciels informatiques commercialisés par le groupe, ainsi qu'un "rapport d'expertise relatif à la répartition internationale des produits du groupe C.________" établi le 5 janvier 2004 par D.D.________ SA dont il résulte que, sur la base du principe de pleine concurrence, le taux de marge des sociétés assurant la distribution des produits (soit de C.________ et de G.________) pouvait être estimé à 30 % (après rabais).
Dans sa réponse du 13 mars 2009, l'ACI a conclu au rejet du recours. Par écriture du 13 mars 2009, l'AFC, invitée à participer à la procédure en tant qu'autorité concernée, a également (implicitement) conclu au rejet du recours.
Les recourants ont en substance maintenu leurs conclusions et développé leurs arguments dans leurs observations complémentaires du 28 août 2009. Ils ont notamment produit un rapport intitulé "Evaluation de l'effort et des compétences nécessaires au développement des produits de D.________ SA" établi le 8 août 2009 par le Prof. E.E.________, professeur honoraire auprès de la Faculté HEC de l'Université de Lausanne, ainsi qu'un "rapport d'expertise relatif à la facturation de D.________ SA aux sociétés commerciales du groupe C.________" établi le 27 août 2009 par D.D.________ SA - dont il résulte en particulier, en référence notamment au rapport établi par le Prof. E. E.________, que les facturations de D.________ aux sociétés du groupe n'étaient ni fictives ni surévaluées, respectivement que les fonds résultant des activités de D.________ n'avaient pas servis à couvrir des dépenses privées de ses actionnaires.
Par écriture du 19 novembre 2009, l'ACI s'est déterminée sur les arguments des recourants et les pièces produites, et a principalement conclu au rejet du recours. Par écriture du 19 novembre 2009, l'AFC a également conclu au rejet du recours.
N. Dans l'intervalle, C.________ a également formé recours contre la décision sur réclamation de l'ACI du 4 décembre 2008 la concernant, invoquant en substance les mêmes arguments et prenant des conclusions similaires à celles prises par les recourants dans le cadre de la présente procédure.
Par arrêt FI.2009.0001 du 4 août 2010, la CDAP a très partiellement admis le recours et réformé la décision sur réclamation attaquée en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende en matière d'impôt cantonal et communal pour la période 1999 étaient supprimés en raison de la prescription. Le dispositif de cet arrêt a été précisé par arrêt rectificatif du 14 septembre 2010, en ce sens que la décision sur réclamation attaquée était entièrement confirmée en matière d'impôt fédéral direct.
Par arrêt 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours en matière d'impôt fédéral direct et réformé l'arrêt attaqué en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende relatifs à la période fiscale 1995 étaient supprimés en raison de la prescription, le recours étant pour le reste rejeté dans la mesure de sa recevabilité en matière d'impôt cantonal et communal.
O. A la suite de ce dernier arrêt, les recourants ont personnellement déposé un "complément au recours" (non daté, parvenu le 4 décembre 2012 à la CDAP), maintenant leur conclusion principale dans le sens de l'annulation de la décision sur réclamation attaquée - charge à l'autorité intimée de convenir avec eux d'un délai raisonnable pour motiver leur réclamation. Ils ont notamment produit, à l'appui de cette écriture, un nouvel avis de droit établi le 20 avril 2012 par le Prof. C.C.________ concernant la "titularité des droits de propriété intellectuelle dans le groupe C.________", et conclu, à titre subsidiaire, que soient ordonnées des expertises indépendantes portant sur la pertinence des conclusions de l'expertise financière réalisée par D.D.________ SA respectivement des avis de droit délivrés par le Prof. C.C.________.
Par écriture du 15 janvier 2013, l'autorité intimée a maintenu sa conclusion dans le sens du rejet du recours.
Par écriture du 31 janvier 2013, les recourants, par l'intermédiaire de leur nouveau conseil, ont requis la suspension de la cause jusqu'à droit connu sur la plainte qu'ils avaient déposée le 7 juin 2012 auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (en lien avec le fait que la restitution de certaines pièces saisies en 2003 leur avait été refusée); à titre subsidiaire, ils ont requis la tenue d'une audience, et produit une liste de témoins dont l'audition était requise à cette occasion. Par écriture du 14 février 2014, les intéressés ont encore requis la suspension de la présente cause jusqu'à droit connu sur la plainte pénale déposée par l'AFC contre A. X.________ - étant précisé que ce dernier avait formé opposition à l'ordonnance de condamnation rendue à son encontre dans ce cadre.
L'ACI et l'AFC se sont opposées à toute suspension de la procédure par écritures respectives des 19 et 21 février 2014.
Le 25 mars 2014, les recourants ont maintenu leurs requêtes tendant à l'audition de témoins, respectivement à la mise en œuvre d'une expertise judiciaire, et requis que la dénonciation ayant donné lieu à l'enquête de la DEF soit versée au dossier. Ils ont par ailleurs procédé à une synthèse de leurs griefs, et confirmé "les conclusions prises au pied de leur recours". Ils ont produit un nouveau lot de pièces, comprenant notamment différents documents produits dans le cadre d'une procédure judiciaire dirigée contre D.________ en Roumanie en lien avec les montants versés "au noir" à cette société par A. X.________ durant les années 1992 à 1998 à titre de salaires, loyers et autres dépenses courantes.
P. Une audience d'instruction a été mise en œuvre le 27 mars 2014. Il résulte en particulier ce qui suit du procès-verbal établi à cette occasion:
"Interpellé, le conseil des recourants expose les motifs pour lesquels il estime qu'il se justifie d'entendre les différentes personnes dont l'audition est requise en qualité de témoins, en lien notamment avec l'activité déployée par la société D.________ SA, respectivement les frais de sous-traitance annoncés dans ce cadre par C.________ SA, ou encore l'usage de l'aéronef de la société K.________ AG; l'intéressé maintient en outre, le cas échéant, sa requête tendant à la mise en œuvre d'une expertise en vue de confirmer les constatations de l'expert privé F.F.________ (D.D.________ [SA]).
L'autorité intimée conteste pour sa part la pertinence de la mise en œuvre des mesures d'instruction complémentaires requises par les recourants, se référant en particulier à la teneur de l'arrêt 2C_724/2010 et 2C_796/2010 rendu le 27 juillet 2011 par le Tribunal fédéral dans la cause l'opposant à C.________ SA.
[…]
Sont successivement introduits pour être entendus en qualité de témoin, après avoir été exhortés à dire la vérité et rendus attentifs aux conséquences pénales en cas de faux témoignage:
- G. G.________, né en 1948, domicilié à 10********, Directeur commercial de H. H.________ France (actuellement en « semi-retraite »).
Le témoin indique avoir été en relation d'affaires avec le recourant A. X.________ dès le début des années 1990, durant « quatre à cinq ans », avant de le perdre de vue jusqu'en 2008. A la question du conseil des recourants, il expose qu'il ignorait que la société de l'intéressé déployait une activité en Suisse - il pensait que « tout se faisait en Roumanie »; il précise que la société qui l'employait ne voulait pas conclure un contrat avec une société roumaine, raison pour laquelle le contrat a été conclu avec la société suisse. Il confirme pour le reste que l'ensemble des prestations étaient réalisées par des informaticiens roumains, respectivement par la société roumaine.
N'ayant rien d'autre à déclarer, le témoin se retire.
- I.I.________, né en 1947, domicilié à 10********, retraité.
Le témoin indique avoir exercé une activité d'informaticien pour J.J.________ & Cie de 1991 à 2010. Il a dans ce cadre entretenu une relation d'affaires avec le recourant A. X.________ dès 1994, en lien avec l'acquisition d'un logiciel de trading; le système en cause a été implanté dès 1996 sur le marché suisse, puis élargi à d'autres marchés et implanté dans les succursales du Luxembourg et du Canada de la société dès 2000. Le témoin précise qu'une équipe de Roumanie, composée de 3 à 25 employés, se déplaçait à chaque nouvelle étape dans les locaux de J.J.________ & Cie (lui-même ne s'est jamais rendu en Roumanie). Interpellé par le conseil des recourants, il confirme que l'ensemble des prestations en lien avec le logiciel de trading concerné étaient réalisées en Roumanie; il estime ainsi qu'environ 98 % de l'activité était déployée dans ce pays - la société suisse se contentant en substance de réceptionner les demandes d'assistance et de les transmettre à la société roumaine.
A la question de l'autorité intimée, le témoin indique que le service juridique de J.J.________ & Cie a été quelque peu « déstabilisé » lorsqu'il s'est agi de conclure le contrat de 2000 avec une société basée au Liechtenstein - alors que le contrat de 1994 avait été conclu avec la société suisse -, et que ce service n'a donné son accord qu'après avoir « regardé de très près » la situation.
N'ayant rien d'autre à déclarer, le témoin se retire.
[…]
Le président informe les parties qu'il est en l'état renoncé à entendre en qualité de témoins les autres personnes dont l'audition est requise par les recourants, étant précisé qu'il est loisible à ces derniers, s'ils le souhaitent, de produire des déclarations écrites des intéressés.
[…]
Les recourants indiquent qu'ils retirent leur requête tendant à la suspension de la cause jusqu'à droit connu sur la procédure pénale dirigée contre A. X.________."
Q. Dans leurs observations finales du 12 mai 2014, les recourants ont notamment produit diverses attestations écrites de personnes dont ils avaient demandé l'audition en qualité de témoins, et requis que quatre personnes soient interpellées par le tribunal en vue d'une déclaration écrite, subsidiairement qu'elles soient convoquées à une audience afin d'être entendues en tant que témoins. Ils ont par ailleurs produit un avis de droit (non daté) du Prof. K.K.________, professeur honoraire auprès de la Faculté HEC de l'Université de Lausanne, lequel estimait en particulier que les expertises établies par D.D.________ SA les 5 janvier 2004 et 27 août 2009 respectaient les règles comptables et fiscales suisses - de sorte que leurs conclusions avaient pleine force probante; ils ont également produit une "étude sur le « Coût d'utilisation d'un aéronef »" réalisée le 8 mai 2014 par M. L.L.________, instructeur de vol et pilote consultant, ainsi qu'un "complément au rapport du 13 août 2009" établi en avril 2014 par le Prof. E. E.________ en lien avec le "coût du développement des logiciels bancaires". Ils ont enfin maintenu leur requête tendant à ce que soit ordonnée une expertise judiciaire "destinée à faire valider les constatations des nombreuses expertises privées versées au dossier".
Par écriture du 19 novembre 2014, les recourants ont notamment produit le jugement rendu par le Tribunal de police d'arrondissement de Lausanne le 3 septembre 2014 à l'encontre d'A. X.________, condamnant ce dernier à une peine pécuniaire de 120 jours-amende pour usage de faux - étant précisé que l'intéressé avait fait appel de ce jugement; les intéressés invoquaient les considérants de ce jugement s'agissant en particulier du rôle et de la comptabilité de G.________, de la facturation des prestations de D.________ à C.________ et G.________ respectivement de la répartition des frais de l'avion Pilatus PC-12/45.
R. Le tribunal a statué par voie de circulation.
Considérant en droit
1. Interjeté en temps utile (art. 95 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative - LPA-VD; RSV 173.36), le recours satisfait par ailleurs aux autres conditions formelles de recevabilité (cf. en particulier art. 79 al. 1 LPA-VD, applicable par analogie par renvoi de l'art. 99 LPA-VD), de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2. Lorsque, comme en l'espèce, le tribunal est appelé à se prononcer sur une question relevant tant de l'impôt fédéral direct que des impôts cantonal et communal, il doit en principe rendre deux décisions; ces dernières peuvent toutefois figurer dans un seul acte, avec des motivations et des dispositifs distincts ou du moins un dispositif distinguant expressément les deux impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 et les références).
3. Il convient en premier lieu d'examiner d'office la question de la prescription - s'agissant d'une créance de droit public à l'égard d'un particulier (cf. ATF 106 Ib 357 consid. 3a; TF, arrêt 2P.296/2006 du 28 mars 2007 consid. 2; arrêt FI.2010.0078 du 9 février 2011 consid. 2a). En l'occurrence, deux prescriptions sont susceptibles d'entrer en ligne de compte: la prescription du droit de taxer et la prescription de la poursuite pénale.
a) En l'absence d'une réglementation expresse contraire, est applicable à la taxation le droit en vigueur pendant la période fiscale en cause (TF, arrêt 2C_637/2012 et 2C_638/2012 du 4 octobre 2012 consid. 7 et les références). Les règles concernant la prescription sont ainsi celles en vigueur au moment de la naissance de la créance d'impôt (arrêt FI.2011.0032 du 29 mai 2012 consid. 3 et les références).
S'agissant en l'espèce de l'impôt fédéral direct, les reprises et amendes ont trait aux périodes fiscales 1995-1996 à 2001-2002; la loi fédérale du 14 novembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), entrée en vigueur le 1er janvier 1995, s'applique dès lors à toute les périodes concernées.
S'agissant de l'impôt communal et cantonal, les reprises et amendes portent sur les périodes fiscales 1999-2000 et 2001-2002. La loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSV 642.11) est entrée en vigueur le 1er janvier 2001; elle a abrogé la loi homonyme du 26 novembre 1956 (aLI). Le litige est dès lors soumis aux dispositions de l'aLI pour la période 1999-2000, respectivement de l'actuelle LI pour la période 2001-2002.
aa) En matière d'impôt fédéral direct, l'art. 120 LIFD prévoit que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale (al. 1). La prescription ne court pas ou est suspendue notamment pendant la durée des procédures de réclamation, de recours ou de révision (al. 2 let. a). Elle est interrompue notamment par tout acte de l'autorité tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt (al. 3 let. a). Elle est acquise, dans tous les cas, quinze ans après la fin de la période fiscale (al. 4).
L'art. 120 al. 1 LIFD réserve l'application de l'art. 152 LIFD relatif au rappel d'impôt. Selon cette dernière disposition, le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète (al. 1). Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (al. 3). La jurisprudence a eu l'occasion de préciser que, pour les périodes fiscales bisannuelles (cf. art. 40 al. 2 LIFD dans sa teneur applicable avant le 1er janvier 2001), ce dernier délai commençait à courir après la fin de la deuxième année concernée, qui serait une année paire (ATF 140 I 168 consid. 6.1 et les références).
aaa) En l'espèce, les périodes fiscales 1995-1996 à 1999-2000 ont fait l'objet d'une taxation définitive, dont la modification est ainsi soumise aux dispositions sur le rappel d'impôts. Dès lors que l'ACI a introduit une procédure de rappel d'impôt en notifiant aux recourants un avis d'ouverture de procédure pour soustraction fiscale le 7 septembre 2004 (cf. let. I supra), la prescription de dix ans prévue par l'art. 152 al. 1 LIFD n'était pas acquise pour la plus ancienne période fiscale en cause (1995-1996) et, partant, pas davantage pour les autres périodes litigieuses.
S'agissant en revanche de la prescription absolue du droit de taxer, il s'impose de constater que le délai de 15 ans prévu par l'art. 152 al. 3 LIFD est arrivé à échéance à la fin de l'année 2011 pour la période 1995-1996, respectivement à la fin de l'année 2013 pour la période 1997-1998, soit au cours de la présente procédure; il convient dès lors de réformer la décision sur réclamation attaquée sur ce point, en ce sens que le rappel d'impôt pour les périodes 1995-1996 et 1997-1998 est annulé.
bbb) En ce qui concerne la période fiscale 2001-2002, la taxation n'est que provisoire. L'autorité intimée ayant notifié un avis d'ouverture de procédure pour soustraction fiscale le 7 septembre 2004 aux recourants, elle a valablement interrompu la prescription (art. 120 al. 3 let. a LIFD), laquelle ne court pas, respectivement est suspendue, pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision (art. 120 al. 2 let. a LIFD). La prescription absolue de 15 ans prévue par l'art. 120 al. 4 LIFD n'est en outre pas acquise.
bb) En matière d'impôts cantonal et communal, l'art. 98a aLI prévoyait que, sous réserve des art. 107 ss aLI (cas de révision) et 128 ss (cas de soustraction), le droit de procéder à une taxation se prescrivait quatre ans après la fin de la période de taxation (al. 1). La prescription ne courrait pas ou était suspendue pendant la durée des procédures de réclamation, de recours et de révision (al. 2 let. a). La prescription était acquise, dans tous les cas, douze ans après la fin de la période de taxation (al. 4).
S'agissant de la procédure de révision des décisions définitives, il résulte de l’art. 109 aLI que l’autorité de taxation pouvait réviser la taxation dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision en cause, lorsqu’elle découvrait des faits nouveaux importants ou des preuves qu’elle n’avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours. Quand le motif de révision était lié à une soustraction, l'art. 133 aLI prévoyait un délai de prescription de quatre ans après la fin de la période de taxation.
Sous l'empire du nouveau droit tel qu'en vigueur depuis le 1er janvier 2001, il résulte de l'art. 170 LI que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale, les art. 208 (cas du rappel d'impôt) et 254 (prescription de la poursuite pénale) LI étant réservés (al. 1). La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale (al. 4).
aaa) En l'espèce, concernant l'impôt cantonal et communal, seule la période fiscale 1999-2000 a fait l'objet d'une taxation définitive. Le motif de révision étant lié à une soustraction, la prescription du droit de taxer concernant cette période est ainsi arrivée à échéance à la fin de l'année 2004, en application de l'art. 133 aLI. La prescription n'était dès lors pas acquise lorsqu'un avis d'ouverture de procédure pour soustraction fiscale a été adressé le 7 septembre 2004 aux recourants.
S'agissant en revanche de la prescription absolue du droit de taxer, il apparaît que le délai de 12 ans prévu par l'art. 98a al. 4 LI est arrivé à échéance à la fin de l'année 2012 pour la période 1999-2000, soit en cours de procédure; il convient dès lors de réformer la décision sur réclamation attaquée sur ce point, en ce sens que le rappel d'impôt pour la période en cause est annulé.
bbb) Quant à la période 2001-2002, qui n'a fait l'objet en l'état que d'une taxation provisoire, il s'impose de constater que les délais de prescription tant relatif qu'absolu sont respectés, au regard de l'art. 170 LI.
b) S'agissant du droit applicable à la prescription de la poursuite pénale, il résulte de la jurisprudence que les dispositions du nouveau droit sont applicables aux infractions commises avant leur entrée en vigueur si elles sont plus favorables à l'auteur que celles de l'ancien droit (principe de la lex mitior); si, au contraire, le nouveau droit prévoit un délai de prescription plus long, on appliquera l'ancien droit à une infraction commise sous son empire (principe de la non-rétroactivité; cf. ATF 129 IV 49 consid. 5.1; TF, arrêt 6B_496/2012 et 6B_503/2012 du 18 avril 2013 consid. 8.2).
aa) En matière d'impôt fédéral direct et comme déjà relevé, toutes les périodes fiscales litigieuses sont postérieures à l'entrée en vigueur de la LIFD et, partant, sont soumises à cette loi. S'agissant de la prescription de la poursuite pénale, l'art. 184 LIFD prévoit ce qui suit:
"1 La poursuite pénale se prescrit:
a. en cas de violation des obligations de procédure par deux ans et en cas de tentative de soustraction d’impôt par quatre ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b. en cas de soustraction d’impôt consommée, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n’a pas été effectuée ou l’a été de façon incomplète, ou pour laquelle l’impôt à la source n’a pas été perçu conformément à la loi, ou par dix ans à compter de la fin de l’année civile au cours de laquelle une restitution d’impôt illégale ou une remise d’impôt injustifiée a été obtenue, ou des biens ont été dissimulés ou distraits dans la procédure d’inventaire.
2 La prescription est interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du contribuable ou de l’une des personnes visées à l’art. 177. L’interruption est opposable tant au contribuable qu’à ces autres personnes. Un nouveau délai commence à courir à chaque interruption; la prescription ne peut toutefois être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale."
aaa) En l'espèce et comme on l'a vu ci-dessus, le rappel d'impôt pour les périodes 1995-1996 et 1997-1998 est annulé compte tenu du fait que la prescription absolue du droit de taxer a été atteinte en cours de procédure - s'agissant des périodes concernées, la poursuite pénale est au demeurant également prescrite, en application de l'art. 184 al. 2 LIFD. Il convient dès lors de réformer la décision sur réclamation attaquée sur ce point, en ce sens que les amendes pour les périodes 1995-1996 et 1997-1998 sont annulées.
S'agissant de la période 1999-2000 - qui a également fait l'objet d'une décision de taxation définitive, de sorte que la soustraction est consommée -, la prescription a été valablement interrompue par l'avis d'ouverture de procédure du 7 septembre 2004 (art. 184 al. 1 let. b LIFD). La prescription absolue n'est en outre pas atteinte (art. 184 al. 2 LIFD).
bbb) Concernant la période fiscale 2001-2002, seule une décision de taxation provisoire a été rendue, de sorte qu'il s'agit d'une tentative de soustraction. Cela étant et en application de l'art. 184 al. 1 let. a LIFD, la prescription n'a pas commencé à courir pour la période en cause.
bb) S'agissant de l'impôt cantonal et communal, se pose la question du droit applicable.
Sous l'empire de l'ancien droit, l'art. 133 aLI prévoyait que la contravention était prescrite quatre ans après la période de taxation, la prescription pouvant toutefois être interrompue par tout avis informant le contribuable d'une enquête en cours (al. 1), sauf si aucune suite ne lui était donnée dans le délai d'une année (al. 2) - en ce sens que l'avis interruptif de la prescription devait être validé par une opération d'instruction dans le délai d'une année (arrêts FI.1996.0057 du 5 novembre 1996 et FI.1996.0088 du 17 juin 1997). Cette disposition ne prévoyait aucun délai de prescription absolue; selon la jurisprudence, l'art. 98a al. 4 aLI - qui prévoyait un délai de prescription absolue de douze ans - était également applicable à la contravention (arrêts FI.1998.0009 du 14 décembre 2000 consid. 2 et FI.1996.0088 précité).
Dans l'actuelle LI, la question de la prescription de la procédure pénale est régie par l'art. 254, dont la teneur est calquée sur le modèle de l'art. 184 LIFD.
Il apparaît en définitive qu'il convient en l'occurrence d'appliquer les art. 133 aLI et 98a al. 4 aLI, qui prévoyaient des délais plus courts que la nouvelle loi (quatre ans au lieu de dix ans s'agissant du délai relatif, respectivement douze ans au lieu de quinze ans s'agissant du délai absolu) et se révèlent ainsi plus favorables aux contribuables, pour la période fiscale 1999-2000. S'agissant de la période fiscale 2001-2002, ce se sont en revanche les dispositions de la nouvelle LI qui doivent être appliquées.
aaa) En l'espèce et comme déjà relevé ci-dessus, le rappel d'impôt pour la période 1999-2000 est annulé compte tenu du fait que la prescription absolue du droit de taxer a été atteinte en cours de procédure - il en va de même au demeurant de la prescription absolue de la poursuite pénale, en application de l'art. 98a al. 4 aLI. Il convient dès lors de réformer la décision sur réclamation attaquée sur ce point, en ce sens que les amendes pour la période 1999-2000 sont annulées.
bbb) Quant à la période fiscale 2001-2002, elle n'a pas fait l'objet d'une taxation définitive, de sorte que la prescription n'a pas commencé à courir (art. 254 al. 1 let. a LI).
c) En définitive, il apparaît ainsi que, compte tenu de la prescription, la décision sur réclamation attaquée doit être réformée en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour les périodes 1995-1996 et 1997-1998 sont annulés s'agissant de l'impôt fédéral direct, respectivement que le rappel d'impôt et l'amende pour la période 1999-2000 sont annulés s'agissant de l'impôt communal et cantonal.
4. Dans leur recours du 5 janvier 2009, les recourants ont notamment fait valoir que l'ACI avait statué alors que des pourparlers étaient en cours et sans leur laisser la possibilité de motiver leur réclamation, en violation de leur droit d'être entendus, et ont principalement conclu à l'annulation de la décision sur réclamation attaquée - charge à l'autorité intimée de convenir avec eux d'un délai raisonnable pour motiver leur réclamation. Les intéressés ont expressément maintenu cette conclusion principale dans leur écriture (non datée) parvenue au tribunal le 4 décembre 2012; dans leur écriture du 25 mars 2014, ils ont encore indiqué, sous la plume de leur nouveau conseil, qu'ils confirmaient "les conclusions prises au pied de leur recours".
Il s'impose de constater que cette conclusion principale est identique à celle prise par C.________ dans le cadre de son recours contre la décision sur réclamation la concernant, étant pour le reste précisé que les procédures respectives devant l'ACI se sont déroulées en parallèle et de façon similaire. Dans l'arrêt FI.2009.0001 du 4 août 2010, la cour de céans a retenu en particulier ce qui suit sur ce point (consid. 4):
"a) Tel qu’il est garanti par l’art. 29 al. 2 Cst., le droit d’être entendu comprend le droit pour l’intéressé de s’expliquer avant qu’une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui d’avoir accès au dossier, de participer à l’administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 504; 126 I 15; 124 I 49 et les réf. cit.). En outre, pour autant qu’elle ne soit pas d’une gravité particulière, une violation du droit d’être entendu en instance inférieure est réparée lorsque l’intéressé a eu la faculté de se faire entendre en instance supérieure par une autorité disposant d’un plein pouvoir d’examen en fait et en droit (ATF 130 II 530 consid. 7.3 p. 562; 127 V 431 consid. 3d/aa pp. 437 s.; 126 V 130 consid. 2b pp. 131 s. et les arrêts cités).
Aux termes de l'art. 132 al. 1 LIFD, le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les trente jours qui suivent sa notification. En matière d'impôt cantonal et commune, les art. 185 et 186 LI prévoient la même chose. Dès lors que la décision de taxation ne doit pas contenir une motivation, mais simplement indiquer les modifications apportées à la déclaration, il n'est pas exigé que la réclamation, qui doit néanmoins être formulée par écrit, soit motivée, sous réserve du cas particulier de la taxation d'office. Il suffit donc que le réclamant exprime – au moins implicitement – sa volonté d'attaquer la décision. Cela n'empêche pas que l'on puisse attendre du réclamant qu'il exprime, au cours de la procédure de réclamation, quels sont les points contestés et les griefs soulevés à l'encontre de la décision litigieuse (CR, op. cit., Casanova, n. 18 ad. art. 120 LIFD).
b) En l'espèce, il convient tout d'abord de relever que la motivation d'une réclamation n'est pas une condition de forme de sa recevabilité. Comme corollaire, on doit admettre qu'être en présence d'une réclamation écrite sans motivation ne signifie pas encore une violation du droit d'être entendu. Dès lors, dans l'absolu, l'autorité intimée était en droit de statuer sur la réclamation sans disposer d'une motivation écrite de celle-ci, si la recourante avait auparavant pu exposer son point de vue de telle manière à ce que son droit d'être entendu soit respecté. Et l'occurrence, tel est bien le cas. En effet, la recourante, dans le cadre de la procédure de réclamation, s'est entretenue avec l'autorité intimée, dans l'espoir de trouver une solution transactionnelle au litige les opposant. Il ne fait pas doute que, lors de cet entretien, elle a pu exposer son point de vue et motiver sa réclamation. Il est évident que sans expliciter les motivations d'une réclamation, on ne peut tenter une transaction. Par ailleurs, durant la procédure d'enquête pour soustraction, ainsi que pendant la période des mesures spéciales entreprises par l'AFC, la recourante a, à de nombreuses reprises, eu l'occasion de s'exprimer sur les griefs soulevés à son encontre. En particulier, elle a été auditionnée à trois reprises par l'AFC et l'ACI. Enfin, et bien qu'un tel droit lui ait été donné, elle a renoncé à se déterminer sur la rapport de l'AFC, rapport sur lequel l'ACI s'est ensuite basé pour rendre sa décision du 11 octobre 2007. En conséquence, le droit d'être entendu de la recourante a été largement respecté dans la cadre de la procédure de première instance et aucune violation à cet égard ne peut être constatée, de sorte que, mal fondé, ce premier grief doit être rejeté.
On relèvera en outre que, de toute manière, même si une telle violation avait dû être constatée, elle aurait pu être réparée en deuxième instance, la cours de céans disposant d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit."
Dans l'arrêt 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011, le Tribunal fédéral a confirmé le rejet de ce grief, exposant en particulier ce qui suit (consid. 4.2):
"[…] la recourante a eu tout loisir de déposer une motivation, déjà au moment de sa réclamation en novembre 2007, puis dans le délai imparti au 31 janvier 2008. C'est elle-même qui y a renoncé et a proposé de suspendre ce délai dans l'attente d'un éventuel accord entre les parties. Après l'échec de la transaction en avril 2008, il lui appartenait donc de présenter une motivation ou à tout le moins de demander à l'autorité fiscale un nouveau délai pour ce faire, étant rappelé qu'une motivation n'est pas exigée en procédure de réclamation […]. La recourante n'a rien fait, alors que la décision sur réclamation n'a pourtant été rendue que huit mois plus tard. En pareilles circonstances, son reproche aux autorités d'avoir été empêchée de faire valoir ses droits confine à la témérité. Le grief doit donc être rejeté, sans qu'il y ait au surplus lieu d'examiner si la procédure devant le Tribunal cantonal aurait un effet guérisseur, ce que conteste la recourante."
Le tribunal ne voit aucun motif de s'écarter de ces considérants dans le cas d'espèce, en ce sens en substance qu'il convient de retenir que les recourants ont eu l'occasion d'exposer leur point de vue dans le cadre notamment des échanges avec l'autorité intimée en vue d'une éventuelle conciliation, et qu'il leur appartenait le cas échéant, après l'échec de cette conciliation, de déposer spontanément la motivation de leur réclamation - ou à tout le moins de requérir l'octroi d'un délai pour ce faire. En l'absence de violation de leur droit d'être entendus dans le cadre de la procédure devant l'autorité inférieure, leur grief sur ce point doit en conséquence être rejeté.
5. Dans leur dernière écriture du 12 mai 2014, les recourants ont par ailleurs requis que quatre personnes soient interpellées par la cour de céans en vue de l'établissement de déclarations écrites, subsidiairement qu'elles soient convoquées à une audience en tant que de témoins. Ils ont en outre maintenu leur requête tendant à ce qu'une copie de la dénonciation ayant donné lieu à l'enquête de la DEF soit versée au dossier, ainsi que leur requête tendant à la mise en œuvre d'une expertise judiciaire.
a) Comme rappelé au consid. 4a de l'arrêt FI.2009.0001 du 4 août 2010 reproduit ci-dessus, le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier, de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 137 II 266 consid. 3.2).
La cour de céans établit les faits d'office (art. 28 al. 1 LPA-VD). Elle peut recourir à différents moyens de preuve (art. 29 al. 1 LPA-VD), notamment à des expertises (let. c), à des renseignements fournis par les parties, des autorités ou des tiers (let. e) et à des témoignages (let. f). Aux termes de l'art. 34 LPA-VD, les parties participent à l'administration des preuves (al. 1), et peuvent en particulier présenter des offres de preuve (al. 2 let. d). L'autorité n'est toutefois pas liée par les offres de preuve formulées par les parties (art. 28 al. 2 LPA-VD; cf. ég. art. 34 al. 3 LPA-VD, dont il résulte que l'autorité doit administrer les preuves requises, si ces moyens n'apparaissent pas d'emblée dénués de pertinence); de jurisprudence constante en effet, le droit d'être entendu n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 130 II 425 consid. 2.1 et les références; TF, arrêt 2C_937/2013 et 2C_938/2013 du 6 juin 2014 consid. 2.1).
b) En l'espèce, les recourants ont requis l'établissement d'une déclaration écrite, subsidiairement l'audition en qualité de témoin, du beau-frère d'A. X.________, ancien directeur de C.________ et qui serait à l'origine de leur dénonciation auprès des autorités fiscales; ils ont également requis qu'une copie de la dénonciation en cause soit versée au dossier, estimant que les "nombreuses contre-vérités" alléguées par l'intéressé avaient "dû orienter l'opinion initiale" des autorités fiscales. Cela étant, il importe peu, en définitive, de savoir sur quelle base a été décidée l'ouverture d'un contrôle fiscal - est bien plutôt seul déterminant le résultat de l'enquête à laquelle il a été procédé; le bien-fondé des reprises et amendes litigieuses doit ainsi être apprécié en fonction de l'ensemble des circonstances, étant précisé que ni la DEF ni l'autorité intimée ne se réfèrent dans ce cadre à des allégations du beau-frère d'A. X.________. Quant aux autres points sur lesquels les recourants souhaitaient que ce dernier soit interpellé respectivement entendu (en particulier la propriété intellectuelle des logiciels informatiques, ou encore l'utilisation professionnelle des avions), le tribunal s'estime d'ores et déjà suffisamment renseigné sur la base du dossier tel que constitué, respectivement considère, par appréciation anticipée, que les déclarations de l'intéressé ne sauraient remettre en cause la conviction qu'il s'est forgée sur cette base.
Les recourants ont également requis l'établissement de déclarations écrites, subsidiairement l'audition en qualité de témoin, d'un collaborateur de la DEF, afin que celui-ci soit entendu notamment sur la manière dont ont été obtenues les coordonnées bancaires des sociétés ou encore les informations utilisées dans la demande de levée des scellés auprès du Tribunal fédéral. Il convient de relever à cet égard que le rapport établi le 21 septembre 2006 par la DEF contient un chapitre consacré aux "actes d'enquête" (ch. 2), avec des indications relativement précises tant s'agissant des perquisitions (ch. 2.2) que s'agissant de la levée des scellés sur les papiers séquestrés (ch. 2.3.2; cf. ég. ch. 2.5.2 concernant la demande d'édition d'actes); il en résulte en particulier que les recourants ont formé opposition aux perquisitions et que le Tribunal fédéral a admis, sous réserve de quelques documents, la demande de levée des scellés présentée par l'AFC. Cela étant, il n'apparaît pas pour le reste que les précisions demandées par les recourants seraient de nature à avoir une quelconque incidence sur l'issue du litige.
Les recourants ont encore requis l'établissement de déclarations écrites, subsidiairement l'audition en qualité de témoins, de deux collaborateurs de l'ACI, en lien notamment avec les résultats de contrôles fiscaux de C.________ réalisés en 2000 et 2002, avec de prétendues menaces de la part d'un collaborateur de la DEF afin qu'A. X.________ accepte un arrangement fiscal ou encore avec les motifs pour lesquels il n'aurait jamais été répondu à une proposition transactionnelle faite par leur conseil le 1er avril 2008. Sur ces points également, le tribunal ne voit pas en quoi des déclarations écrites ou l'audition des intéressés seraient de nature, au stade actuel de la procédure, à avoir une quelconque incidence sur l'issue du litige.
S'agissant enfin de la requête des recourants tendant à ce que soit ordonnée une expertise judiciaire "destinée à faire valider les constatations des nombreuses expertises privées versées au dossier", il convient de rappeler qu'une expertise privée n'a, sur le plan procédural, que valeur de simple allégué (cf. TF, arrêt 2C_802/2011 du 22 mars 2012 consid. 4.1 et la référence). Cela étant et comme on le verra plus en détail ci-après, il n'apparaît pas que la teneur des différentes expertises privées produites par les intéressés dans le cas d'espèce serait de nature à remettre en cause le bien-fondé des reprises litigieuses, respectivement qu'il se justifierait de ce chef d'ordonner l'expertise judiciaire requise.
c) En définitive, le tribunal considère ainsi, par appréciation anticipée, que les différentes preuves qui lui sont encore proposées par les recourants ne seraient pas de nature à modifier la conviction qu'il s'est formée sur la base des éléments au dossier tel que constitué, de sorte que les requêtes respectives des intéressés tendant à la mise en œuvre de mesures d'instruction complémentaires doivent être rejetées.
6. Avant d'examiner le bien-fondé des reprises litigieuses, il convient de rappeler le cadre légal applicable, étant précisé qu'en matière d'impôt cantonal et communal, seule doit être prise en considération la période 2001-2002 en regard des dispositions de la nouvelle LI - le droit de taxer la période antérieure étant prescrit, comme on l'a vu ci-dessus (cf. consid. 3a/bb/aaa).
a) En droit fiscal suisse, le bénéfice imposable des sociétés anonymes se détermine d'après le solde du compte de résultats (art. 58 al. 1 let. a LIFD; art. 94 al. 1 let. a LI). A ce solde sont ajoutés tous les prélèvements opérés avant le calcul de celui-ci, qui ne servent pas à couvrir des frais généraux justifiées par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b LIFD; art. 94 al. 1 let. b LI).
Parmi les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de résultats figurent les "les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial" (art. 58 al. 1 let. b, 5ème tiret, LIFD; art. 94 al. 1 let. b, 5ème tiret, LI). Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 131 II 593 consid. 5; ATF 119 Ib 116 consid. 2; TF, arrêt 2C_708/2012 du 21 décembre 2012 consid. 4.3, non publié in ATF 139 I 64).
Les prestations appréciables en argent faites aux actionnaires doivent être reprises aussi bien dans la société que chez l'actionnaire bénéficiaire, car celui-ci est présumé avoir perçu ces montants à titre de dividende dissimulé; il s'agit d'une conséquence de la distinction, sur le plan fiscal comme sur le plan civil, entre la société et ses actionnaires, qui conduit à une double imposition économique (arrêt FI.2009.0005 du 18 mai 2011 consid. 3a et les références).
b) La procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2). Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de recours en matière fiscale, à défaut d'une disposition contraire de la loi fiscale (cf. art. 142 al. 4 LIFD; art. 199 LI et 28 al. 1 LPA-VD; TF, arrêt 2P.215/2002 et 2A.479/2002 du 7 avril 2003 consid. 4.1).
L'autorité doit vérifier la déclaration (cf. art. 123 et 126 LIFD; art. 172 et 176 LI). Elle doit déterminer d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation, même en cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable. Il appartient ainsi à l'autorité d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 133 II 153 consid. 4.3; 121 II 257 consid. 4c/aa). Quand des indices clairs et précis rendent vraisemblable l'état de fait établi par l'autorité, il revient ensuite au contribuable de réfuter, preuves à l'appui, les faits avancés par celle-ci; les parties ont en effet l'obligation de collaborer à l'établissement de la taxation (art. 126 al. 1 LIFD et 176 al. 1 LI), et ce également dans le cadre de la procédure de rappel d’impôt (cf. art. 153 al. 3 LIFD et 209 al. 3 LI; TF, arrêt 2C_239/2013 et 2C_240/2013 du 27 mai 2014 consid. 5.1). La justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit en conséquence être établie par le contribuable; ce principe est issu de l'art. 8 CC, selon lequel chaque partie doit alléguer et prouver les faits dont elle entend déduire son droit (cf. TF, arrêt 2C_1081/2013 et 2C_1164/2013 du 2 juin 2014 consid. 5.5 et les références).
Le fisc et le contribuable sont donc tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit en apportant des preuves ou indices positifs contraires; l'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables. L'autorité de recours apprécie les preuves apportées par les parties avec un large pouvoir d'appréciation (ATF 120 Ia 31 consid. 4b et les références; TF, arrêt 2P.185/2006 et 2A.429/2006 du 27 novembre 2006 consid. 8.1; arrêt FI.2009.0005 précité, consid. 3b).
7. En l'espèce, il convient en premier lieu d'examiner, parmi les reprises litigieuses, les "prestations appréciables en argent obtenues de C.________ SA" (qui comprend les "frais de sous-traitance non probants", les "frais relatifs à un aéronef non justifiés commercialement" et le "chiffre d'affaires non comptabilisé" de G.________; s'agissant de la systématique des reprises, cf. la décision sur réclamation attaquée en partie reproduite sous let. L supra). Les reprises concernées ont en effet d'ores et déjà fait l'objet d'un examen par la cour de céans, respectivement par la Tribunal fédéral, dans le cadre du recours formé par C.________ contre la décision sur réclamation la concernant, et ont été confirmées (sous réserve des périodes atteintes par la prescription; cf. let. N supra); il convient toutefois d'apprécier si et dans quelle mesure les pièces produites postérieurement par les recourants et les allégations de ces derniers sont de nature à remettre en cause le bien-fondé de ces reprises.
a) La première des reprises relevant des "prestations appréciables en argent obtenues de C.________ SA" porte sur les "frais de sous-traitance non probants".
aa) A cet égard, la cour de céans a retenu en particulier ce qui suit dans l'arrêt FI.2009.0001 du 4 août 2010 (consid. 6.1.1):
"6.1.1.1) Sous ce poste, l'ACI a repris le deux tiers des montants inscrits dans le compte no 4460 intitulé « sous-traitant » de C.________ de 1995 à 2002. Ce compte correspond aux factures émises par D.________ à l'égard de C.________ pour les prestations qu'elle aurait effectuées pour elle durant les années 1995 à 2002.
Ce compte 4460 présentait les montants suivants:
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
486'100 fr.
660'000 fr.
1'022'424 fr. 60
1'172'000 USD
470'000 USD
434'794 fr. 50
870'173 fr.
709'086 fr.
6.1.1.2) L'ACI a repris deux tiers de ces montants au motif en substance que la facturation de ces frais de sous-traitant « était fictive et avait pour but de permettre à l'actionnaire ultime du groupe de prélever des liquidités sur les comptes de C.________ et de créditer ces montants sur des comptes dont il était l'ayant droit économique. »
Selon l'ACI, la facturation de D.________ comportait deux volets. Un premier volet, non contesté, correspondant aux coûts de fonctionnement de D.________ et qui étaient facturés mensuellement à C.________ qui les payait par virement bancaire. Ce chiffre d'affaires de D.________ était comptabilisé dans le compte de charge de C.________ sous un poste 3000 intitulé « Fournitures ». Le deuxième volet a trait au compte 4460 précité. Sous ce compte, C.________ comptabilisait des factures de D.________, établies a posteriori, mais qui ne figuraient pas en tant que recettes dans les comptes de D.________. Le montant des factures était bien prélevé du compte de C.________, mais en espèce ou sous forme de chèque, et n'était pas versé à D.________. L'ACI a résumé de la manière suivante le système de prélèvement de ces montants:
« a) comptabilisation de factures fictives (par tranche variant de CHF 100’000.- à CHF 400’000.-).
Ecriture de type “frais de sous-traitance à c/c D.________”.
b) Prélèvement en espèces de fonds sur les comptes bancaires en vue du règlement de ces factures contre remise d’une quittance fictive soi-disant établie par D.________ (système pratiqué jusqu’en 2000)
Ecriture de type “c/c D.________ à liquidités”
c) Dès 2000, une étape supplémentaire est ajoutée pour C.________ SA, M. X.________ se substituant à C.________ SA à l’égard de D.________ en reprenant à son nom et en partie les dettes correspondantes inscrites au bilan de la société suisse.
Ecriture de type “c/c D.________ à c/c actionnaire”
d) L’actionnaire prélève les fonds en espèces sur les comptes bancaires de C.________.
Ecriture de type “c/c actionnaire à liquidités ».
Dès lors que D.________ n'avait pas enregistré de recettes, l'ACI a cherché à connaître la destination de ces fonds sortis des comptes de C.________. Selon l'ACI, seule une partie de la version d'A. X.________ sur ce point est correcte en ce sens qu'une part de ces fonds, évaluée à un tiers par l'ACI, a servi à payer les employés roumains de D.________ au noir. Quant à l'autre partie, l'ACI a déterminé que, contrairement à ce qu'a soutenu A. X.________, soit que ces fonds servaient pour le roulement du groupe, ils avaient en réalité été versés sur des comptes bancaires dont le seul ayant droit économique était A. X.________, ce qui démontrait que ces charges n'étaient pas justifiées commercialement.
6.1.1.3) La recourante conteste ce point de vue à plusieurs titres:
Tout d'abord, elle considère que l'ACI a effectué sa reprise de deux tiers précitée en se fondant sur l'hypothèse que les droits de propriété intellectuelle sur les logiciels commercialisés par le groupe C.________ appartiennent à C.________. Or, selon elle, cette hypothèse est fausse. Elle appuie son raisonnement sur un avis de droit qu'elle avait requis de M. C.C.________, professeur en droit à l'Université de Lausanne, en 2004. On peut en extraire les passages suivants:
« I. Faits
Les faits qui m’ont été exposés sont les suivants.
A. M. X.________, citoyen roumain, et vivant en Suisse depuis les années 80, a eu l’idée d’une plate-forme et de logiciels notamment pour le traitement d’ordres en bourse et d’autres opérations au moyen d’une plate-forme utilisée par des courtiers.
B. Au début des années 90, les sociétés C.________ (ci-après C.________), à 1********, et C.________ Roumanie (ci-après D.________) ont été constituées.
C. D.________ s’est chargée du développement des logiciels, avec un personnel assez nombreux en Roumanie (40 personnes aujourd’hui). C.________ se chargeait du contact avec la clientèle et du marketing. Il s’agit d’une petite société qui n’emploie que quelques employés.
D. Une société de droit du Liechtenstein, C.________, (ci-après G.________) a été constituée en 1999.
E. Suite à la constitution de G.________, le marketing à l’échelon international a été fait par l’entremise de celle société. En revanche, le développement informatique s’est poursuivi chez D._