TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 10 septembre 2014
Composition
Mme Danièle Revey, présidente; M. Georges Arthur Meylan et M. Jean-Daniel Beuchat, assesseurs.
Recourant
Andreas BERNER, à Sainte Foy de Longas (F), représenté par Me Cédric AGUET, avocat, à Lausanne,
Autorité intimée
Municipalité de Bougy-Villars, représentée par Me Denis BETTEMS, avocat, à Lausanne,
Objet
Remise en état
Recours Andreas BERNER c/ décision de la Municipalité de Bougy-Villars du 19 octobre 2012 constatant que des travaux ont été réalisés sans autorisation de construire sur la parcelle 406 et lui ordonnant de procéder à leur démolition
Vu les faits suivants
A. Andreas Berner est propriétaire de la parcelle 406 de Bougy-Villars, d'une surface de 6'856 m2, dont une forêt de 2'719 m2. Le bien-fonds 406 supporte une habitation de 280 m2 (ECA 248), un garage de 33 m2 (ECA 273) et un bâtiment de 42 m2 dit "week-end" (ECA 188).
La parcelle 406 est colloquée en "secteur d'habitation individuelle" du plan d'extension partiel "Sus le Mont" (PEP) approuvé le 24 septembre 1982 par le Conseil d'Etat et régi par son règlement correspondant (RPEP). Ce PEP a abrogé, dans le périmètre considéré, le plan des zones approuvé par le Conseil d'Etat le 9 juillet 1980, qui colloquait la parcelle en zone intermédiaire. Plus antérieurement encore, la parcelle se trouvait dans une zone "sans affectation spéciale".
B. Feu Max Berner, père d'Andreas Berner, a acquis le bien-fonds 406 le 17 novembre 1956.
Le 28 janvier 1957, la Municipalité de Bougy-Villars (ci-après: la municipalité) a autorisé, après enquête publique, la construction d'une "maisonnette de jardin, en bois, préfabriquée, reposant sur six socles en béton" et couverte de tuiles, de 3 m sur 4 m, intégrant un petit auvent (12 m2 au total) (ECA 188).
Le 28 mars 1973, la municipalité a délivré le permis de construire sur la parcelle 406 une villa (ECA 248) d'un seul niveau, sur vide sanitaire (salon, cuisine, 3 chambres, bain, WC séparé), incluant un couvert à voiture dans l'angle Nord-Est (amont) de la villa. Le 9 juillet 1974, la municipalité a donné son accord à l'aménagement d'une salle de jeux au niveau du sous-sol, dans l'angle Sud-Est (aval) de la maison (aux dires du constructeur à la place d'un pilier soutenant la terrasse; la partie Est du sous-sol sera entièrement excavée, et des caves créées à l'amont, à l'arrière de la salle de jeux). Le 23 juillet 1974, la municipalité a autorisé la fermeture du couvert précité par deux parois de bois (avec porte-fenêtre et fenêtre; le constructeur indiquait que le local obtenu pourrait servir de remise pour les meubles de jardin ou de bûcher). Le permis d'habiter ou d'utiliser n° 152 a été délivré le 5 mai 1975.
Le 17 août 1978, la municipalité a délivré le permis de construire un garage séparé de 33 m2 à l'angle Nord-Ouest de la parcelle (ECA 273) et d'agrandir la villa par une annexe partiellement enterrée jouxtant la façade Est du bâtiment existant. Le 7 juillet 1979, Max Berner a informé la municipalité que le garage avait été réalisé, mais qu'il avait renoncé à l'annexe Est après avoir réalisé les fouilles. En lieu et place, il a sollicité l'autorisation de construire un mur partant de l'angle Nord-Est de la villa, soutenant le talus réalisé par la fouille, et de créer une ouverture de 120/90 cm sur la façade Nord-Est du sous-sol (dégagée par la fouille), ce qui a été accepté par la municipalité dans sa séance du 11 juillet 1979. Le permis d'habiter ou d'utiliser n° 218 a été délivré le 7 mai 1980.
Le 20 octobre 1981, la municipalité a autorisé Andreas Berner à remplacer les tuiles rouges qui couvraient son "week-end" (ECA 188; à savoir la maisonnette de jardin de 1957), par des tuiles brunes du même genre que celles de la villa et du garage. Le 12 avril 1983, elle a consenti à la construction d'un auvent supplémentaire accolé au week-end.
Le 8 juillet 1985, la municipalité a délivré un permis de construire relatif à l'aménagement d'une piscine, puis a autorisé le 21 avril 1986, sans autres formalités, la pose d'une couverture transparente sur la piscine.
Selon un extrait du Registre foncier du 12 novembre 1991, le week-end (ECA 188) comportait alors 27 m2.
C. Par acte authentique du 15 février 1993, Max Berner a fait donation du bien-fonds 406 à son fils Andreas Berner.
Peu après, soit le 17 mars 1993, la municipalité a été approchée en vue de l'agrandissement de la villa, côté Ouest. Elle a fait savoir à l'architecte, qui avait présenté deux variantes (agrandissements de 65,72 m2, respectivement 90 m2), qu'elle entrerait en matière sur un agrandissement de 25% des surfaces bâties, "étant entendu que les constructions entourant la villa ne pourront plus être agrandies". Elle a ajouté qu'il "ne faudra faire figurer sur les plans que deux logements. Le studio devrait être relié à l'appartement existant de façon à ce que la future villa n'ait que deux logements".
Le 17 novembre 1993, l'architecte a déposé la demande de permis de construire une annexe côté Ouest, sur deux niveaux et mezzanine. La requête mentionne une nouvelle surface au sol de 68,4 m2 (soit 9 m sur 7,6 m), ajoutée aux 194,6 m2 déclarés existants, ainsi qu'une nouvelle surface brute de plancher utile (SBPU) de 162 m2 ajoutée à la SBPU de 330 m2 déclarée existante. Les plans d'architecte n'ont pas été retrouvés (on ignore ainsi si l'excavation de la partie centrale a été autorisée à cette occasion). Le plan de situation du géomètre du 15 novembre 1993 est le suivant:
A noter que le week-end (ECA 188) comporte sur ce plan (v. également tableau de mutation du géomètre) une surface de 26 m2 avec une partie arrière (à l'Est) de 10 m2 "en cours de cadastration". La municipalité a délivré le permis de construire le 22 décembre 1993.
En cours de travaux, Andreas Berner a sollicité l'autorisation de procéder à l'ouverture d'une fenêtre de 60/120 cm sur la cave Sud (dans la partie centrale excavée), à l'ouverture d'un passage de 200/80 cm entre la mezzanine et les combles, et à la création d'un petit local technique. De nouveaux plans du 14 juin 1995 ont été déposés. Le permis lui a été accordé le 21 juin 1995.
Le 4 octobre 1995, la création d'une salle d'eau à l' "étage" de l'immeuble (i.e. sur la mezzanine) a été autorisée.
Un plan mis à jour le 15 décembre 1995 a été fourni. Le permis d'habiter n° 370 a été délivré le 7 février 1996 sur la base de ce plan.
Il résulte de ce plan que la nouvelle partie Ouest abrite au sous-sol une salle de jeux communiquant, à l'arrière, avec un local disponible et une salle-d'eau. Un escalier intérieur relie le sous-sol au rez. Ce rez abrite un séjour, une cuisine, un hall et une salle de bains, avec une porte menant à une chambre (n° 1) de la partie existante de la villa. Un escalier intérieur permet d'accéder, dans les combles, à une mezzanine de 33 m2 comportant une salle-d'eau. Ces éléments forment une première unité de logement (avec trois salles-d'eau pour une seule chambre).
Toujours selon ce plan, dans la partie existante, le sous-sol présente dans sa partie centrale une cave, un local technique, une buanderie, un local disponible et un carnotzet, et dans sa partie Est une terrasse, une salle de jeux, une autre buanderie, une citerne et deux caves. Un escalier relie le sous-sol au rez. Ce rez comporte, dans les parties centrale et Est, la chambre n° 2, la chambre n° 3, la chambre n° 4 (résultant de la transformation à une date indéterminée de l'ancien couvert, dont la fermeture avait été autorisée pour abriter des meubles de jardin ou un bûcher), une salle de bains et wc séparé, une cuisine et un salon. Le rez est surmonté d'un galetas aux combles, qui n'est accessible que par la mezzanine de l'Ouest. Ces éléments forment une seconde unité de logement.
D. Le 5 décembre 2000, la municipalité a écrit à Andreas Berner qu'elle avait pris connaissance d'une annonce dans la presse offrant sa propriété à la vente. Cette annonce indiquait étonnamment quatre logements et un studio. Elle constatait dès lors, en substance, qu'il n'avait pas respecté les plans autorisés de 1995. En conséquence, elle procéderait à une visite de contrôle.
Le 8 décembre 2000, Andreas Berner a répondu que l'agrandissement effectué en 1995 (annexe Ouest) avait été "conçu d'un seul tenant". La venue de son oncle qu'il avait hébergé pendant un certain temps avait toutefois entraîné un manque à gagner tel qu'il n'arrivait plus à payer les hypothèques. De ce fait, il avait été contraint de faire une séparation provisoire et amovible pour louer une partie supplémentaire, ceci sans modifier les volumes.
Le 21 janvier 2001, Andreas Berner a indiqué que la vente de sa propriété avait été annulée et que s'il devait être question de la remettre en vente, il ne manquerait pas de spécifier "2 appartements". S'il avait annoncé quatre logements, il fallait comprendre "2 appartements avec sous-location et chambre de bonne".
Le 23 janvier 2001, la municipalité a procédé à une visite de conformité. Elle a constaté à cette occasion que dans la nouvelle partie Ouest de la villa, le sous-sol abritait un studio. Au regard des plans de 1995 en effet, la salle de jeux était devenue un séjour, le local disponible avait été transformé en cuisine et l'escalier intérieur entre le sous-sol et le rez avait été condamné par un galandage. Quant au sous-sol Est, un nouvel appartement y avait également été créé, dès lors que la salle de jeux constituait désormais un séjour avec cuisine ouverte, et qu'une chambre et une salle de bains remplaçaient le local citerne et les deux caves. La municipalité a également relevé la fermeture vitrée de la terrasse de ce même sous-sol Est, qui entraînait l'agrandissement du séjour vers l'aval. La municipale présente a esquissé cette fermeture sur un plan des lieux. Enfin, au rez de la partie Est, la municipalité a constaté la création d'une chambre de bonne indépendante (avec douche et WC), en lieu et place de la "chambre n° 4" annoncée en 1995.
Suite à sa visite des lieux, la municipalité a adressé le 1er février 2001 à Andreas Berner un courrier ainsi libellé:
" (…)
• La partie Est, ancienne, se compose de trois logements indépendants créés dans l'appartement unique d'origine selon le permis de construire n° 152 délivré en 1972.
• La partie Ouest, récente, se compose de deux logements indépendants créés dans l'appartement unique d'origine selon le permis de construire n° 370 délivré en 1996.
• (...)
Comme les représentants de la Municipalité vous l'ont laissé entendre et en application de l'art. 6 du Règlement communal sur le plan général d'affectation et la police des constructions, la Municipalité veut que, dans un délai raisonnable, les deux appartements (un à l'Est et un à l'Ouest) retrouvent leur forme originelle.
Pour la partie Est, la Municipalité admet la "chambre de bonne" indépendante du logement et demande la mise en conformité de cette partie dès le départ de vos parents.
Pour la partie Ouest, la Municipalité demande la mise en conformité dès le changement de l'un ou l'autre des locataires, mais au plus tard dans trois ans.
Il n'y aura, dès lors, plus que deux baux à loyer avec une sous-location possible pour la chambre indépendante.
La Municipalité vous prie de bien vouloir la tenir au courant de ces divers changements nécessaires à la mise en conformité de votre maison selon l'art. 6 déjà cité plus haut et qui spécifie que: "une habitation individuelle comporte 2 appartements au plus" [souligné dans le texte].
(…)"
E. La municipalité a informé l'intéressé le 4 mai 2006 qu'elle effectuerait un nouveau contrôle. Le 12 mai 2006, Andreas Berner a écrit à la municipalité:
" Les termes de votre lettre du 1er Février 2001 faisant mention pour la Partie Est: "La Municipalité admet "la chambre de bonne indépendante" du logement et demande la mise en conformité de cette partie dès le départ de vos parents". Mes parents étant encore dans leur logement, cette mise en conformité sera exécutée lors de leur départ. Actuellement 3 pièces sur 6 sont encore louées à MM. [...], la chambre de bonne n'ayant pas été relouée en vue de cette prochaine mise en conformité qui ne saurait tarder, la maladie de Madame Berner évoluant plutôt défavorablement ces temps, il nous sera prochainement nécessaire de placer Madame Berner dans un home spécialisé. L'appartement sera à ce moment trop grand pour M. Berner seul, mais lié par une clause notariée, il reste bénéficiaire de l'usufruit de la moitié de l'appartement Est à vie, nous devrons donc envisager une sous-location du reste de l'appartement comme vous le proposez dans votre courrier du 1er février 2001.
En ce qui concerne la Partie Ouest, nous n'avons pas reloué la partie rez depuis 2 ans (ce qui nous cause une perte de plusieurs milliers de francs), en attendant l'échéance du bail de M. [...] qui vient à terme malheureusement seulement en septembre 2006, date à laquelle il quittera le studio du sous-sol pour permettre à ce moment de remettre en conformité l'appartement ouest, M. [...] n'ayant pas pu retrouver un autre logement jusqu'ici. A noter qu'il ne s'agit que d'un galandage de 3 mm et par souci d'économie d'énergie, nous vous demandons de pouvoir le conserver, en effet nous avons remarqué qu'une importante déperdition de chaleur a lieu sans ce galandage.
Nous vous remercions de votre compréhension pour les deux points cités ci-dessus.
(…)"
La municipalité a procédé à la visite de la villa le 16 mai 2006. Le 23 mai 2006, elle a pris note, conformément à ce qui a été convenu sur place, qu'Andreas Berner mettrait en conformité l'appartement Est dès le départ de ses parents, et l'appartement Ouest dès septembre 2006.
Le 9 juin 2006, Andreas Berner a écrit que l'appartement Est serait mis en conformité dès le départ de ses parents. Il a admis la remise en conformité de l'appartement Ouest dès le mois de septembre 2006, en réitérant son souhait de maintenir le galandage. Il a fait part à la municipalité de son intention de réaliser divers travaux d'entretien (notamment, pour le week-end, la réfection des boiseries intérieures et extérieures et l'isolation).
Le 15 juin 2006, la municipalité lui a répondu qu'en ce qui concernait l'appartement Ouest, elle autorisait le maintien du galandage, qui créait une chambre. Elle lui a rappelé qu'aucune sous-location ne serait tolérée.
F. Le 3 août 2010, Andreas Berner est intervenu auprès de la municipalité en vue de trouver une solution concernant sa villa. A cette occasion, il a produit des plans intérieurs "à jour" ainsi qu'il suit:
Il découle de ces plans, outre les modifications déjà mentionnées, ce qui suit. Au sous-sol, le carnotzet a été transformé en chambre et la fermeture de la terrasse par des vitres a entraîné la création d'une verrière comportant une salle-à-manger/jardin d'hiver, une entrée et une "terrasse couverte" (en réalité, close de tous côtés). Au rez, l'entrée Sud, initialement ouverte, a été fermée et transformée en "jardin d'hiver". Dans les combles, une chambre a été créée sur la mezzanine, et le galetas de la partie centrale a été transformé en une chambre au Nord et un dressing au Sud.
Le plan de situation du 24 août 2010 (sur lequel ne figure pas le "bûcher/rucher" aménagé au Sud du week-end, cf. décision du 19 octobre 2012, infra), était le suivant:
Le 15 décembre 2010, Andreas Berner a écrit à la municipalité qu'il remettait en vente sa propriété avec la définition suivante: "maison de deux appartements, sous-locations et chambre de personnel".
Par courrier daté du 3 octobre 2012, Andreas Berner s'est adressé à la municipalité dans les termes suivants:
" (…)
Vous n'êtes pas sans savoir que ma propriété 406 du Signal de Bougy est maintenant en vente depuis près de deux ans.
(…) vous avez dit à ces acheteurs potentiels que le week-end n'est pas habitable et que la maison n'est pas conforme.
Je me permets de vous rappeler que le week-end, autorisé et dénommé ainsi depuis 1956, est habité depuis 1957 et, portant la dénomination de week-end est, de par son appellation, habitable. Il a été considéré pour une surface de 33 mètres carrés lors de l'attribution des surfaces d'habitation des agrandissements autorisés en 1993 par [la municipale et le syndic].
Nous n'avons jamais reçu de votre part une contre-indication ni une demande de changement d'affectation comme nous vous avons entendu dire de "réduit de jardin".
(…)"
G. Le 19 octobre 2012, la municipalité a rendu la décision suivante:
" (…)
13. Le pavillon de 42 m2 [ECA 188 week-end] n'a jamais été autorisé tel qu'il existe aujourd'hui.
14. Le bûcher situé devant le "pavillon" n'a jamais été autorisé.
15. L'appartement au sous-sol Sud n'a jamais été autorisé.
16. Le studio au sous-sol Ouest n'a jamais été autorisé.
17. Seuls les plans du 15 décembre 1995 sont valables.
18. A partir de 2001, la Municipalité n'a cessé de demander une remise en conformité.
Vu ce qui précède, la Municipalité de Bougy-Villars:
● constate que des travaux litigieux ont été réalisés sans autorisation ni permis de construire;
● constate que, dans la zone considérée, seules les constructions suivantes ont été autorisées:
○ une maisonnette de jardin de 12 m2,
○ une villa avec 2 appartements et une chambre de bonne,
○ une piscine,
○ un garage;
● ordonne en conséquence à Andreas Berner de procéder à la démolition de toutes les réalisations exécutées sans autorisation (p. ex. cuisines au sous-sol, jardin d'hiver, verrière, agrandissement de la maisonnette de jardin, rucher, bûcher, etc.) et lui impartit à cet effet un délai au 28 février 2013;
● dit qu'à défaut, il sera procédé, aux frais d'Andreas Berner, à la démolition des constructions réalisées sans droit.
(…)"
H. Le 1er novembre 2012, Andreas Berner a protesté auprès de la municipalité. Il a admis néanmoins que le rucher situé sous le week-end avait été agrandi sans autorisation. Il a écrit qu'il remettrait prochainement en l'état la "cabane de jardin" [week-end ECA 188] dans son état en 1956.
I. Par acte daté du 17 novembre 2012, agissant seul, Andreas Berner a saisi la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) d'un recours dirigé contre la décision de la municipalité du 19 octobre 2012, concluant à l'annulation de cette décision, demandant au tribunal de statuer sur la conformité des bâtiments de la parcelle 406 sur le vu des pièces produites et d'accepter les plans et extraits cadastraux du 24 août 2010 afin de mettre une fin définitive au litige. A titre accessoire, le recourant a sollicité que la municipalité tienne ses "promesses" de réparation du chemin et de "déclassement de la parcelle 406 en zone villa". Le recourant s'engageait en contrepartie à démolir le rucher et à le remettre en état comme en 1975 et de démonter la cuisine du sous-sol Ouest.
J. Par décision du 15 janvier 2013, le bénéfice de l'assistance judiciaire a été exceptionnellement accordé à Andreas Berner avec effet au 12 décembre 2012 (exonération d'avances et des frais judiciaires et assistance d'office d'un avocat en la personne de Me Cédric Aguet).
K. Dans sa réponse du 19 février 2013, la municipalité, représentée par Me Denis Bettems, a conclu, avec dépens, au rejet du recours.
Dans ses déterminations du 22 avril 2013, le recourant, agissant par l'intermédiaire de Me Cédric Aguet, a conclu, avec dépens, à l'annulation de la décision de la municipalité du 19 octobre 2012.
Le 17 septembre 2013, l'autorité intimée a déposé un mémoire complémentaire au terme duquel elle a maintenu sa position.
L. Le tribunal a tenu audience le 16 octobre 2013 à Bougy-Villars en présence des parties. On extrait du compte-rendu ce qui suit:
"(...)
A la demande du tribunal, la municipalité produit le PGA (en copie A3) et le PEP "Sus le Mont" (en original) qui sont versés au dossier.
L'audience en salle est levée. Le tribunal se rend sur la parcelle 406. Il retrouve les parties pour procéder à la visite de la villa Berner.
Le tribunal procède d'abord à la visite de l'aile Ouest de la villa, comportant trois niveaux (rez-de-chaussée, combles et sous-sol). Les locaux correspondent aux plans de l'état existant datant de 2010. Il est constaté que le dressing des combles est inhabitable, vu sa hauteur. Le couloir et le galetas surplombant l'aile Est sont également inhabitables, pour le même motif (en dessous de la panne faîtière, les locaux ont une hauteur de 1,70 m environ).
Le tribunal accède par le sous-sol au corps central et à l'aile Est de la villa. Le tribunal relève que selon les plans autorisés en 1973, il s'agissait d'une villa d'un seul niveau (v. les plans du 6 avril 1972). Le 9 juillet 1974, la municipalité avait donné son accord afin qu'une salle de jeux soit aménagée au niveau du sous-sol Est de la maison (aux dires du constructeur à la place d'un pilier Sud-Est soutenant la terrasse; cf. son courrier du 5 juillet 1974). La partie Est du sous-sol (ainsi que le corps central du reste) a été entièrement excavée, et des caves ont été créées à l'arrière de la salle de jeux (cf. plans du 17 août 1973 fournis à l'appui d'une demande d'ouverture dans la cave arrière et plan du 15 décembre 1995). Il est constaté que les plans de 2010 correspondent pour l'essentiel à l'existant. Les parties discutent du bien-fondé de l'ordre de remise en état de la "verrière" du sous-sol Est, à savoir la partie aval du sous-sol Est, ne figurant pas sur les plans du 15 décembre 1995. La municipalité précise qu'elle exige un retour à la situation autorisée, telle que résultant de ces plans. Le recourant affirme que toute la partie vitrée a été réalisée par son père dans les années huitante, soit à une époque où il n'était pas lui-même propriétaire de l'immeuble (la donation datant de 1993). Il précise que son père a procédé à cette fermeture vitrée en deux étapes: d'abord, la terrasse située au Sud-Est a été intégrée au logement, vers 1983-1984; ensuite, l'extension a porté sur la partie désignée par les plans de 2010 comme la salle à manger et le jardin d'hiver, vers 1988-1989. Il est constaté que les vitres de la partie Sud-Est comportent la date de 1983.
Deux photos développées en mai 1991, produites par le recourant lors de l'audience, démontrent qu'en 1991, soit avant l'attribution de la villa à Andreas Berner, le sous-sol Est comportait déjà son extension actuelle. Andreas Berner explique à ce propos que lors de l'extension de l'aile Ouest de sa villa autorisée en 1993, puis lors de la délivrance du permis d'habiter, la municipalité n'avait pas souhaité que les plans soient mis à jour s'agissant de l'aile Est, conformément au courrier du 17 mars 1993 de la municipalité. Il relève en outre que lors de la visite de [la municipalité] du 23 janvier 2001, les plans avaient été complétés et l'agrandissement vers l'aval du sous-sol Est y avait été dessiné.
Le tribunal procède ensuite à la visite du rez-de-chaussée de l'aile Est. Il est constaté que l'entrée a été effectivement transformée en jardin d'hiver, ainsi que l'indiquent les plans de 2010.
Puis, le tribunal se rend dans la chambre indépendante autorisée par la municipalité. A ce jour, la chambre comporte des sanitaires, mais pas de cuisine.
Le tribunal se rend dans la partie Est du jardin. Il constate avec surprise l'existence de trois et pas seulement deux constructions, soit une petite cabane de jardin en limite de propriété, le pavillon de jardin désigné sous le terme de week-end (ECA 188) et le rucher (et non bûcher).
Le week-end est bordé à l'Ouest, sur la moitié amont, par un auvent fermé sur deux côtés. Il bénéficie de fenêtres suffisantes à l'habitation. L'intérieur du bâtiment ECA 188 comprend une pièce, une cuisine, un wc et salle de bains. Il est muni de l'électricité. Il est équipé pour être chauffé par un poêle à bois et il est doté d'un chauffe-eau électrique. De fait, il s'agit d'un petit appartement. Il se trouve en limite de la lisière de la forêt. Deux photographies y relatives, dont l'une comporte une date manuscrite (1985) et l'autre a été développée en août 1990, sont versées au dossier. Le tribunal relève que le permis de construire de 1957 avait été délivré pour une maisonnette de jardin, en bois, préfabriquée; de 12 m2 (3 m sur 4 m) y compris un petit auvent au coin Sud-Ouest (cf. plan du 2 janvier 1957). Par la suite, en 1983, la création d'un auvent supplémentaire (et le remplacement des tuiles) a été autorisée. Quoi qu'il en soit, le week-end est passé de 12 m2 à 27 m2, puis à 33 m2 ou 36 m2, enfin à 42 m2. Certaines pièces du dossier (plans de situation fournis à l'occasion des divers travaux faits dans la villa, tableau de mutation, etc.) en attestent. Le recourant déclare que cette situation a ainsi été autorisée, du moins tolérée.
Le rucher est une construction en bois d'une taille relativement comparable à celle du week-end, fermée et comportant un vitrage. L'ouvrage dispose d'un raccordement électrique. Le recourant dit s'engager à démonter ce rucher, sauf la partie plus ancienne, côté forêt, qui correspondait, selon ses explications, à l'ancienne bergerie.
Enfin, le tribunal constate que la petite cabane de jardin en limite de propriété est un rangement de type standard, semble-t-il de moins de 8 m2.
(...)"
Par avis du 30 octobre 2013, la juge instructrice a suspendu la cause, compte tenu d'un projet de construction présenté à la municipalité par des promettants-acquéreurs de la parcelle. Ceux-ci ayant renoncé à l'achat, la procédure a été reprise.
Les recourants et la municipalité ont déposé leurs ultimes observations par courriers du 7 mars 2014.
Le tribunal a ensuite statué.
Considérant en droit
1. Le recourant dénonce en premier lieu un défaut de motivation de la décision attaquée.
a) A teneur de son dispositif, la décision attaquée ordonne, liste exemplative à l'appui, la démolition de toutes les réalisations exécutées sans autorisation. Toujours dans le dispositif, le prononcé querellé constate que les seuls ouvrages qui ont été autorisés sur la parcelle 406 sont une maisonnette de jardin de 12 m2, une villa avec deux appartements et une chambre de bonne, une piscine et un garage. Dans ses considérants, la municipalité a encore indiqué que seuls les plans du 15 décembre 1995 étaient valables.
On comprend ainsi que la municipalité retient que toutes les adjonctions et modifications ne figurant pas sur les plans autorisés du 15 décembre 1995 n'ont pas été autorisées et doivent être démolies.
b) A lire la liste du dispositif et celle figurant dans les considérants, les constructions faisant l'objet de cet ordre de démolition sont:
- le studio au sous-sol Ouest (par le démontage de sa cuisine),
- l'appartement au sous-sol Est (par le démontage de sa cuisine),
- le jardin d'hiver au rez (fermant l'entrée Sud),
- la verrière au sous-sol Est,
- l'agrandissement du "week-end" (pavillon) de 42 m2 (dans la mesure où il dépasse les dimensions autorisées de 12 m2, à titre de maisonnette de jardin),
- le rucher construit en aval du week-end.
Ainsi, l'ordre de démolition reste suffisamment clair pour satisfaire aux exigences de motivation de l'art. 29 al. 2 Cst.
2. Selon l'art. 105 al. 1 de la loi cantonale du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RSV 700.11), la municipalité, et à son défaut, le département compétent, est en droit de faire supprimer, aux frais des propriétaires, tous travaux qui ne sont pas conformes aux prescriptions légales et réglementaires. Par démolition, il faut entendre non seulement la démolition proprement dite de travaux effectués sans droit, mais aussi la remise en état des lieux (voir par exemple AC.2012.0048 du 7 février 2013 consid. 2a; AC.2008.0178 du 29 décembre 2008; AC.2007.0259 du 6 mai 2008 confirmé par l'ATF 1C_260/2008 du 26 septembre 2008). Toutefois, la seule violation des dispositions de forme relatives à la procédure d'autorisation de construire est en principe insuffisante pour justifier l'ordre de démolition d'un ouvrage non autorisé, si ledit ouvrage est conforme aux prescriptions matérielles applicables (voir AC.2008.0178 précité et références, notamment RDAF 1982 448).
Ainsi, il ne s'agit pas d'ordonner d'emblée la démolition de tous les travaux effectués sans autorisation par le propriétaire actuel, ou les propriétaires antérieurs, mais d'examiner d'abord si ces travaux sont conformes à la réglementation de la zone. Dans la négative, il faudra ensuite déterminer s'ils peuvent néanmoins être autorisés sous l'angle de la péremption de l'ordre de démolition. Enfin, si tel n'est pas le cas, il conviendra d'examiner si le principe de la proportionnalité commande de les tolérer.
3. Comme indiqué plus haut, la parcelle litigieuse est colloquée dans le plan d'extension partiel "Sus le Mont" (PEP) approuvé le 24 septembre 1982.
Selon son art. 1er, le but du PEP est le suivant:
Art. 1
Le plan d'extension partiel "Sus le Mont" a pour but:
- l'implantation des bâtiments d'un centre de formation, abritant toutes les activités y relatives et comprenant l'hébergement des participants et du personnel,
- l'aménagement d'un secteur en prolongement de la "zone d'utilité publique et de loisirs" du Signal de Bougy déjà légalisée,
- le traitement adéquat d'un secteur de bâtiments existants.
Le secteur "de bâtiments existants" à "traiter adéquatement" selon l'art. 1er RPEP correspond au secteur "d'habitation individuelle" régi par les art. 18 à 23 RPEP. Son périmètre se limite à deux parcelles, à savoir le bien-fonds litigieux 406 et le bien-fonds voisin 490, comprenant chacun une villa. Les art. 18 à 23 RPEP ont été rédigés en fonction des deux bâtiments d'habitation existants déjà, de manière à les conserver - manifestement en application du principe de la garantie de la situation acquise -, mais sans autoriser de nouveaux bâtiments d'habitation. C'est ainsi que les art. 18, 19, 20 et 22 RPEP prévoient:
Art. 18
Ce secteur comprend 2 bâtiments d'habitation individuelle existants. Aucun bâtiment d'habitation supplémentaire ne peut y être construit.
Art. 19
Les bâtiments existants peuvent être entretenus, transformés, agrandis ou reconstruits en cas de destruction accidentelle.
Art. 20
En cas d'agrandissement ou de reconstruction, la surface au sol peut être augmentée à raison d'un quart de la surface actuelle du bâtiment. Le nombre de niveaux ne peut être augmenté.
Art. 22
Tout agrandissement ou reconstruction doit être distant de 10 mètres au minimum de la lisière forestière.
L'art. 40 RPEP précise que pour ce qui ne figure pas dans le RPEP, les dispositions du règlement de la Commune de Bougy-Villars (aujourd'hui règlement sur le plan général d'affectation et la police des constructions approuvé le 6 mars 1996 par le Conseil d'Etat [RPGA]) restent applicables dans la mesure où elles ne sont pas contraires aux prescriptions spéciales du RPEP, de même que les dispositions de la LCAT (actuellement LATC), ainsi que son règlement d'application (actuellement règlement d'application du 19 septembre 1986 de la LATC [RLATC; RSV 700.11.1]).
Il sied d'examiner successivement la situation des différents ouvrages dont la municipalité ordonne la démolition.
4. La municipalité exige en premier lieu la suppression du studio du sous-sol Ouest et de l'appartement du sous-sol Est.
a) La villa litigieuse comporte en l'état quatre logements (cinq avec la chambre de bonne). La partie Ouest comprend deux appartements, soit un studio au sous-sol et un appartement occupant le rez et les combles. La partie Est abrite un appartement au sous-sol, un appartement au rez et la chambre de bonne au rez également.
Ni le studio au sous-sol Ouest, ni l'appartement au sous-sol Est n'ont fait l'objet d'une autorisation. Il convient ainsi de déterminer s'ils peuvent être régularisés.
b) Les dispositions du RPEP régissant le secteur d' "habitation individuelle" ne définissent pas cette notion. En particulier, elles ne déterminent pas le nombre d'appartements admissibles.
De l'avis de la municipalité, il faut appliquer à titre supplétif les art. 6, 17 et 25 RPGA limitant ce nombre à deux dans les zones d'habitation individuelle. Selon le recourant en revanche, le RPEP régit exhaustivement la densité et l'affectation de la zone par ses art. 18 à 23 RPEP, de sorte que les art. 6, 17 et 25 RPGA ne peuvent être considérés comme du droit supplétif.
Le RPGA définit trois zones d'habitation individuelle A, B et C, à ses art. 6 ss, 17 ss et 25 ss respectivement. Dans ces trois zones, il est prévu que "chaque construction peut comporter deux appartements au plus" (art. 6, 17 et 25 RPGA). En tout état de cause, la notion d' "habitation individuelle" du RPEP doit être interprétée. A cet égard, force est de retenir que la municipalité n'abuse pas de sa liberté d'appréciation en considérant que cette notion couvre au plus deux appartements par habitation. Peu importe à cet égard qu'elle applique les art. 6, 17 et 25 RPGA à titre de droit supplétif, ou par analogie.
Par conséquent, sous réserve du principe de la garantie de la situation acquise, les deux logements du sous-sol ne peuvent pas être régularisés.
Pour le surplus, c'est en vain que le recourant soutient que le rétablissement de la communication entre ces studios et les appartements autorisés - les cuisines pouvant ainsi subsister suffirait à exécuter l'ordre de remise en état. Par définition, un logement est une unité d'habitation distincte, comportant une entrée indépendante, ainsi qu'une cuisine, un WC et une pièce à vivre et à dormir. Compte tenu des circonstances, le seul rétablissement de la liaison entre les pièces destinées au studio et les appartements autorisés ne suffit pas à garantir que les locaux du sous-sol ne serviront pas de logement indépendant: les agencements de cuisine doivent également être démontés.
c) aa) Le Tribunal fédéral a précisé qu'en matière de droit des constructions, le droit de l'autorité d'exiger le rétablissement d'un état conforme au droit se périme, pour des motifs de sécurité du droit, par principe après trente ans (délai inspiré du droit civil), sauf si le rétablissement d'un état conforme au droit est dicté par des motifs touchant la police des constructions stricto sensu, c'est-à-dire s'il y a danger concret pour la vie ou la santé des habitants ou des passants. Le délai de trente ans commence à courir dès la fin de l'exécution de la construction ou partie de construction non réglementaire. Toutefois, lorsque les autorités, même si elles interviennent bien avant l'échéance du délai de trente ans, ont toléré l'état non conforme au droit pendant des années alors que son caractère illégal leur était connu ou qu'elles auraient dû le connaître en appliquant la diligence commandée par les circonstances, elles pourraient, en vertu du principe de la bonne foi, être déchues du droit d'en exiger la démolition, avant même l'expiration du délai de trente ans (ATF 107 Ia 121 consid. 1; voir aussi ATF 132 II 21 consid. 6.3 p. 39; 105 Ib 265 consid. 6c; voir aussi 1C_535/2012 du 4 septembre 2013 consid. 4.1; 1C_564/2010 du 7 juillet 2011 consid. 2; 1P.198/2003 du 19 août 2003 consid. 2.1; 1P.153/2003 du 25 avril 2003 consid. 3; 1P.601/1999 du 17 mai 2000 consid. 4; voir encore AC.2013.0179 du 17 avril 2014 consid. 4; AC.2011.0029 du 13 février 2014 consid. 10b; AC.2002.0201 du 29 novembre 2006 consid. 5a).
Il incombe en première ligne aux constructeurs ayant réalisé les travaux litigieux de démontrer l'état des lieux antérieurs à ceux-ci, lorsqu'ils entendent en tirer le bénéfice de la situation acquise (AC.2011.0296 du 27 mars 2013 consid. 8b).
bb) En l'espèce, la municipalité a exigé - pour la première fois - la suppression des deux logements en cause par courrier du 1er février 2001. Afin de bénéficier de la péremption trentenaire, l'aménagement litigieux aurait dès lors dû être achevé au plus tard le 1er février 1971, ce qui n'est manifestement pas le cas, la villa ayant été construite en 1973. Par ailleurs, on ne distingue pas ce qui justifierait de raccourcir ce délai. En particulier, le recourant ne saurait se prévaloir d'une tolérance de la municipalité vis-à-vis du nombre de ménages occupant la villa, la plus grande confusion régnant à cet égard.
Le recours doit dès lors être rejeté sur ce point.
5. La municipalité ordonne ensuite la démolition du jardin d'hiver (au rez Est) et de la verrière (au sous-sol Est).
a) Il n'est pas contesté que ces deux ouvrages ont été réalisés sans autorisation. Il sied d'examiner s'ils peuvent être régularisés.
Ainsi qu'on l'a vu, l'art. 19 RPEP de 1982 prévoit que les bâtiments existants peuvent être transformés et agrandis. L'art. 20 RPEP précise qu'en cas d'agrandissement, la surface au sol peut être augmentée à raison d'un quart de la surface actuelle du bâtiment. Il s'agit ici d'un coefficient d'occupation du sol (COS), c'est-à-dire une limitation de l'emprise du bâtiment sur la parcelle et non d'un coefficient d'utilisation du sol (CUS) relatif à une surface brute de plancher utile (CUS), qui n'est pas prévu par le PEP.
b) Le RPEP se référant aux bâtiments "existants", la surface déterminante pour calculer le potentiel d'agrandissement (d'un quart) des bâtiments est celle qui avait été autorisée et réalisée lors de l'adoption du RPEP, à savoir en 1982. Pour déterminer l'état de 1982, on peut se référer, en faveur du recourant, à la demande de permis de construire de 1993 qui indique pour la villa une surface bâtie existante de 194,6 m2. Sous cet angle, le potentiel d'agrandissement équivalait ainsi à 48,65 m2 (194,6 m2 x 0,25). L'ajout de l'annexe Ouest, d'une surface bâtie de 68,4 m2 selon ladite demande, aurait dès lors à elle seule largement outrepassé ce potentiel. A lire le recourant toutefois (mémoire, p. 4), la surface existante prise en considération par l'architecte et la municipalité en 1993 pour calculer le potentiel d'agrandissement comptait non seulement la villa, mais encore le garage et le week-end. Cette interprétation est corroborée par les grandes dimensions de l'agrandissement autorisé, ainsi que par la teneur de l'autorisation délivrée le 17 décembre 1993 par la municipalité qui précisait que "les constructions entourant la villa ne pourront plus être agrandies". Cela étant, même à prendre en considération les dimensions du garage et du week-end tels que ressortant d'un extrait du Registre foncier de 1991, soit 33 m2 et 27 m2 respectivement, voire la surface attribuée à la villa par ce même extrait, soit 203 m2, à savoir une surface totale de 263 m2, le potentiel d'agrandissement se limitait à 65,75 m2 (263 m2 x 0,25). Il en découle que l'ajout de l'annexe Ouest en 1993, de 68,4 m2, a suffi à épuiser les possibilités d'agrandissement des bâtiments existants en 1982.
En conséquence, l'art. 19 RPEP s'oppose à tout autre augmentation de la surface bâtie existant en 1982.
c) Le jardin d'hiver au rez, qui résulte de la fermeture de l'entrée Sud, n'entraîne toutefois pas d'augmentation de la surface bâtie, dès lors qu'il repose sur une surface préexistante (carnotzet, transformé en chambre). Il n'est donc pas contraire à l'art. 19 RPEP. Quant à l'art. 18 RPEP, qui interdit de construire des bâtiments d'habitation supplémentaires, il ne suffit pas à prohiber une augmentation des surfaces habitables d'un bâtiment existant. On ne distingue dès lors pas en quoi le jardin d'hiver ne pourrait pas être régularisé (étant encore précisé qu'à les supposer applicables au titre de droit supplétif, les art. 11, 17 et 25 RPGA fixant dans les zones d'habitation individuelle A, B et C un coefficient d'utilisation du sol à 0,25 semblent respectés. Le recours doit ainsi être admis sur ce point.
d) aa) En revanche, la construction de la verrière au sous-sol Est (comportant la salle-à-manger/jardin d'hiver, l'entrée et une terrasse "couverte", en réalité fermée) a entraîné la création d'une surface bâtie supplémentaire, partant contraire à l'art. 19 RPEP.
bb) Sous l'angle de la péremption, il faut relever que l'ordre de démolition a été signifié pour la première fois par la décision attaquée, le 19 octobre 2012. Il est exact que le courrier du 1er février 2001 requiert que les "deux appartements, un à l'Est et un à l'Ouest) retrouvent leur forme originelle", mais les volumes n'ont pas été mentionnés, ni dans cette lettre, ni dans la correspondance ultérieure, qui portait exclusivement sur le nombre d'appartements. Il sied ainsi de confirmer que la création de la verrière devrait remonter, pour bénéficier de la péremption, au 19 octobre 1982.
Le recourant a affirmé à l'audience que toute la partie vitrée avait été réalisée par son père dans les années huitante, en deux étapes: d'abord, la terrasse située au Sud-Est avait été intégrée au logement, vers 1983-1984; ensuite, l'extension avait porté sur la partie désignée par les plans de 2010 comme la salle-à manger/jardin d'hiver, vers 1988-1989. Toujours à l'audience, il a été constaté que l'espace interstitiel des verres isolants de la partie Sud-Est comportait la date de 1983. Enfin, les photographies développées en 1991 et produites par le recourant démontrent qu'en 1991, le sous-sol Est comportait déjà son extension actuelle. Dans ces conditions, les dates de construction avancées par le recourant peuvent être admises.
Par conséquent, lorsque la municipalité a rendu la décision de remise en état, le 19 octobre 2012, elle a agi de 23 à 29 ans plus tard, à savoir après un laps de temps proche de la péremption trentenaire. Les plans présentés en 1993 (puis en 1995) à la municipalité omettaient étonnamment cette verrière, mais ils avaient été produits dans le cadre de la transformation d'une tout autre partie de la villa, de sorte que l'on ne peut conclure à une volonté délibérée du recourant de cacher cet ajout, au point de lui refuser le bénéfice de la péremption. En outre, force est de retenir que la municipalité connaissait depuis plus de dix ans l'existence de cette verrière et son illicéité, les représentants de la municipalité ayant dessiné cet ouvrage au titre de correction sur les plans utilisés lors de leur visite de 2001. Dans ces conditions, la verrière peut être régularisée. Le recours doit ainsi être également admis sur ce point.
6. La décision attaquée porte en outre sur la démolition de l'agrandissement du "week-end", dans la mesure où il dépasse les 12 m2 autorisés en 1957.
a) A ce jour, le week-end comporte une surface de 42 m2. A l'audience, il a été constaté qu'il bénéficie de fenêtres suffisantes à l'habitation. L'intérieur du bâtiment comprend une pièce, une cuisine, un wc et salle de bains. Il est muni de l'électricité. Il est équipé pour être chauffé par un poêle à bois et doté d'un chauffe-eau électrique. De fait, il s'agit d'un petit appartement indépendant.
Le week-end a fait l'objet des autorisations suivantes. En 1957, un premier permis de construire a été délivré pour la construction d'une maisonnette de jardin d'une surface de 12 m2 (3 m sur 4), y compris un auvent. En 1981, la municipalité a autorisé le propriétaire à remplacer les tuiles et, en 1983, elle a consenti à la construction d'un auvent supplémentaire, dont on ignore les dimensions. Enfin, en 2006, le recourant a été autorisé à refaire les boiseries, ainsi que l'isolation. La transformation de la maison de jardin en habitation n'a jamais été autorisée.
b) Il convient de traiter d'abord de l'affectation du week-end à l'habitation.
Conformément au consid. 6a supra, l'usage d'habitation n'a pas été autorisé.
S'agissant des possibilités de régularisation, elles sont d'emblée exclues. L'art. 18 RPEP indique en effet clairement qu'aucun bâtiment d'habitation supplémentaire ne peut être construit.
Enfin, sous l'angle du délai de péremption de trente ans, un ordre de remise en état a été communiqué par la municipalité par la décision attaquée du 19 octobre 2012 seulement, de sorte que l'habitabilité devait préexister au plus tard le 19 octobre 1982. Rien n'indique toutefois que tel ait été le cas. Aucun élément ne permet en outre de réduire le délai de péremption. En particulier, il n'y a pas lieu de retenir que la municipalité y aurait toléré des habitants au vu, encore une fois, de la confusion entachant le dossier.
Le recours doit ainsi être rejeté sur ce point.
c) S'agissant de l'agrandissement du week-end au regard de ses dimensions autorisées en 1957, de 12 m2 y compris un auvent, il sied de relever ce qui suit.
Conformément au consid. 6a supra, l'agrandissement du week-end de 12 m2 à 42 m2 n'a pas été autorisé, hormis l'ajout d'un auvent et d'une isolation, qui ne justifient pas, à l'évidence, une augmentation de surface d'une telle ampleur.
En ce qui concerne sa régularisation, il a été considéré au consid. 5b supra que le potentiel d'agrandissement calculé en 1993, pour autoriser la construction de l'annexe Ouest de la villa, avait tenu compte de l'ensemble des bâtiments existants sur la parcelle. Ce potentiel étant épuisé, l'agrandissement du week-end ne peut être régularisé.
Reste à traiter de la péremption, étant précisé que là aussi, le premier ordre de démolition date du 19 octobre 2012, si bien que l'état existant le 19 octobre 1982 est décisif. Dans son recours, le recourant a affirmé que le week-end avait été agrandi de 14 m2 (soit 26 m2) après 1957 selon autorisation orale du syndic de l'époque. Quoi qu'il en soit, une photographie de 1974 (prise pendant la construction de la villa; pièce 4b du recourant) montre que la taille du week-end dépassait déjà celle du cabanon de jardin autorisé. Le PEP adopté le 25 septembre 1982 représente du reste le week-end dans des dimensions estimées à 27 m2. Un auvent supplémentaire a été ajouté en 1983, dont on ignore les dimensions. Selon l'extrait précité du Registre foncier de 1991 le week-end atteignait encore 27 m2, sans l'auvent. Par la suite, le plan de situation du 15 novembre 1993 (relatif à la création de l'annexe Ouest de la villa) ainsi qu'un plan et tableau de mutation n° 478 du 26 septembre 1995 font état d'un agrandissement du week-end vers l'Est à raison de 10 m2, lui permettant d'atteindre 36 m2 (sans l'auvent) (pièces 16b à d du recourant). Enfin, d'après le plan 2010, les dimensions du week-end étaient désormais de 42 m2, possiblement suite à une isolation périphérique annoncée le 9 juin 2006.
Dans ces conditions, on peut admettre qu'en 1982, la surface du week-end atteignait 27 m2 (sans l'auvent). Le week-end peut dès lors bénéficier de la péremption trentenaire dans cette mesure. Il doit en revanche être démoli pour le surplus.
Le recours est ainsi partiellement admis sur ce point.
On rappellera à toutes fins utiles que l'art. 19 RPEP n'autorise la reconstruction qu'en cas de destruction accidentelle, que l'art. 20 interdit l'augmentation du nombre de niveaux et que l'art. 22 RPEP rappelle l'obligation de respecter la distance de 10 m à la lisière forestière.
7. Enfin, la municipalité ordonne la démolition du "rucher".
Il a été constaté à l'audience que le rucher est une construction en bois d'une taille relativement comparable à celle du week-end, fermée et comportant un vitrage. L'ouvrage dispose d'un raccordement électrique.
Il n'est pas contesté que le rucher en cause n'a jamais été formellement autorisé. Dans son recours, le recourant a déclaré que lors de son achat en 1956, la parcelle comportait un abri fermé en bois d'environ 8 m2 pour les moutons. D'après une photographie produite par le recourant, une dépendance existait effectivement à cet endroit en 1974. Sa taille apparaît toutefois bien moindre que celle actuelle. Par ailleurs, cet ouvrage n'apparaît dans aucun des documents au dossier contrairement au week-end -, de sorte qu'il n'est pas exclu qu'il ait été entièrement démoli entre 1974 et nos jours. Dans ces conditions, il ne se justifie pas de le régulariser, même sous l'angle de la péremption.
8. Il découle de ce qui précède que les appartements doivent être réduits au nombre de deux, que le week-end doit être rendu inhabitable et réduit à 27 m2, et que le rucher doit être entièrement démoli.
a) L'ordre de démolir une construction édifiée sans permis et pour laquelle une autorisation ne peut être accordée n'est en principe pas contraire au principe de la proportionnalité. Toutefois, la violation du droit matériel par les travaux non autorisés ne suffit pas à elle seule à justifier leur suppression. L'autorité doit examiner la nature et l'importance des aspects non réglementaires des travaux et procéder à une pesée des intérêts en présence, soit l'intérêt public au respect de la loi (et donc à la suppression de l'ouvrage non réglementaire construit sans permis) et l'intérêt privé au maintien de celui-ci. L'autorité renonce à une telle mesure si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit. Même un constructeur qui n'est pas de bonne foi peut invoquer le principe de proportionnalité. Toutefois, celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit s'attendre à ce qu'elle se préoccupe plus de rétablir une situation conforme au droit que d'éviter les inconvénients qui en découlent pour lui (ATF 123 II 248 consid. 3 et 4 p. 255; 111 Ib 213 consid. 6 p. 221 et les arrêts cités; v. aussi 1C_107/2011 du 5 septembre 2011 consid. 5.1).
b) En l'espèce, les constructions dont la démolition totale ou partielle est ordonnées ont été érigées selon la pratique du fait accompli. Alors qu'ils ont requis des autorisations pour des changements mineurs (fenêtre, auvent), les propriétaires se sont délibérément abstenus de procéder correctement pour des modifications d'importance (telles que l'habitabilité et l'agrandissement du week-end, la création du jardin d'hiver, l'agrandissement ou la reconstruction du rucher, sans compter les opérations de transformation des combles). Enfin, on relèvera que le courrier de la municipalité de 1993 indiquait de manière limpide que seuls deux logements étaient autorisés, ce qui n'a pas empêché les propriétaires d'en créer quatre dans la seule villa, auxquels s'ajoutaient la chambre de bonne et le week-end. L'intérêt privé du recourant à conserver ces ouvrages, respectivement à éviter les coûts des travaux de démolition, ne l'emporte pas sur l'intérêt public à leur suppression.
9. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours.
a) Le troisième point (●) du dispositif de la décision attaquée sera réformé au sens des considérants. La décision attaquée sera maintenue pour le surplus.
La municipalité fixera elle-même un délai d'exécution de l'ordre de démolition et veillera à son respect. Le dossier lui est renvoyé à cet effet.
b) La municipalité obtenant gain de cause pour l'essentiel, elle a droit à des dépens, réduits. Les conclusions du recourant ayant été partiellement admises, il a également droit à des dépens, très réduits.
Compte tenu de ses ressources, le recourant a été mis au bénéfice de l'assistance judiciaire par décision 15 janvier 2013. L'avocat qui procède au bénéfice de l'assistance judiciaire dans le canton de Vaud peut prétendre à un tarif horaire de 180 fr. (art. 2 al. 1 let. a du règlement vaudois du 7 décembre 2010 sur l'assistance judicaire en matière civile - RAJ; RSV 211.02.3 -, applicable par renvoi de l'art. 18 al. 5 LPA-VD) et aux débours figurant sur la liste des opérations et débours (art. 3 al. 1 RAJ). En l'occurrence, l'indemnité de Me Cédric Aguet, peut être arrêtée, au vu de la liste des opérations produite, à un montant total de 10'134 fr. ([8,70 h + 47,60 h] x 180 fr.), montant auquel s’ajoute celui des débours, soit 20 fr. Compte tenu de la TVA au taux de 8%, l’indemnité totale s’élève ainsi à 10'966,30 fr., sans déduction du montant obtenu à titre de dépens.
Le recourant bénéficiant de l'assistance judiciaire, il n'y a pas lieu de mettre des frais judiciaires à sa charge. La municipalité assumera en revanche une part, réduite, de ceux-ci.
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est partiellement admis.
II. La décision rendue le 19 octobre 2012 par la Municipalité de Bougy-Villars est réformée comme suit (troisième point [●] du dispositif):
"● ordonne en conséquence à Andreas Berner de:
1. supprimer le studio au sous-sol Est de la villa par le rétablissement de la liaison avec l'appartement Est et le démontage des agencements de cuisine;
2. supprimer l'appartement au sous-sol Ouest de la villa par le rétablissement de la liaison avec l'appartement Ouest et le démontage des agencements de cuisine;
3. rendre le bâtiment ECA 188 inhabitable;
4. réduire les dimensions du bâtiment ECA 188 à 27 m2;
5. démolir entièrement le rucher.
III. La décision rendue le 19 octobre 2012 par la Municipalité de Bougy-Villars est confirmée pour le surplus et le dossier est renvoyé à cette autorité pour qu'elle fixe un délai d'exécution.
IV. Un émolument judiciaire réduit de 850 (huit cent cinquante) francs est mis à la charge de la Commune de Bougy-Villars.
V. La Commune de Bougy-Villars est débitrice du recourant Andreas Berner d'un montant de 1'000 (mille) francs au titre d'indemnité très réduite de dépens.
VI. Andreas Berner est débiteur de la Commune de Bougy-Villars d'un montant de 2'000 (deux mille) francs au titre d'indemnité réduite de dépens.
VII. L'indemnité du conseil d'office d'Andreas Berner, Me Cédric Aguet, est fixée à 10'966,30 fr. (dix mille neuf cent soixante-six francs et trente centimes), dont à déduire le montant perçu à titre de dépens.
VIII. Les bénéficiaires de l'assistance judiciaire sont, dans la mesure de l'art. 123 CPC applicable par renvoi de l'art. 18 al. 5 LPA-VD, tenus au remboursement de l'indemnité du conseil d'office mis à la charge de l'Etat.
Lausanne, le 10 septembre 2014
La présidente:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.