Réf. : TA.2009.3-DIV/der
A. L'hôpital X., fondation de droit privé, est propriétaire et gère l'établissement hospitalier du même nom. Se fondant sur la loi sur l'aide aux institutions de santé du 25 mars 1996 (ci-après : LAIS), l'Etat de Neuchâtel a octroyé à l'hôpital X. des subsides d'exploitation en 2000 (fr. 13'249'593 alors que le déficit présenté était de fr 13'429'593), en 2001 (fr. 16'310'224), en 2002 (fr. 18'671'485 alors que le déficit présenté était de fr. 18'871'485) et en 2003 (fr. 17'441'387).
Le 27 février 2004, le Service de la santé publique a communiqué à l'hôpital X. que, contrairement aux années précédentes, serait dorénavant proposé un objectif de résultat final et non plus de charges uniquement. L'Association neuchâteloise des établissements pour malades a fait part au Département de la justice, de la santé et de la sécurité (ci-après :DJSS) de ses objections à ce nouveau système mais n'a pas été entendue. L'hôpital X. a également tenté de s'opposer à ce nouveau système. Par courrier du 7 avril 2004 à l'hôpital X., la cheffe du DJSS lui a communiqué l'objectif budgétaire pour 2004 fixé par décision du Conseil d'Etat dans sa séance du 29 mars 2004. Elle mentionnait que le montant des subventions serait de 18'781'955 francs (charges fr. 43'653'946 dont à déduire des recettes par fr. 24'871'991) en précisant que le Conseil d'Etat n'entrerait pas en matière sur un dépassement du déficit prévisionnel. L'hôpital X. contestant cette manière de procéder, il s'en est suivi un échange de correspondances avec le DJSS qui n'a abouti à aucune concession de l'Etat puisque, le 9 novembre 2005, le Conseiller d'Etat D., nouveau chef du département de la santé et des affaires sociales (DSAS), a clos cet échange épistolaire en reconnaissant un déficit de 18'687'463.04 francs.
Pour l'exercice 2005, l'Etat a annoncé par courrier aux hôpitaux du 26 janvier 2005 et à l'hôpital X. du 15 mars 2005, l'application de la même méthode de calcul. Le Conseiller d'Etat a admis de revoir l'objectif budgétaire 2005 alloué à l'hôpital X. et a fixé la subvention pour cette année-là à 19'137'782 francs. L'hôpital X. requérant une décision en bonne et due forme, le Conseil d'Etat, le 18 octobre 2006, a pris acte avec regret du dépassement important de l'objectif financier qu'il avait assigné à l'hôpital X. pour l'exercice 2005 et a décidé d'octroyer une subvention de 19'272'274 francs "représentant le montant fixé initialement auquel s'ajoute le boni budgétaire 2004 que nous ne vous avions pas autorisé à provisionner".
Par courrier du 17 mars 2006, le chef du DSAS a communiqué à l'hôpital X. que, sur décision du Conseil d'Etat, le montant de la subvention accordée pour 2006 serait de 16'260'000 francs. A nouveau, la manière de procéder a été contestée par l'hôpital X. Le chef du Service de la santé publique a informé, le 9 janvier 2007, ledit hôpital que la moitié des amortissements 2006 serait reconnue et financée en sus de la subvention promise. Le 19 décembre 2007, le Conseil d'Etat a fait savoir à la demanderesse qu'il n'entrerait pas en matière sur un éventuel complément de subvention pour l'exercice 2006.
B. Le 31 décembre 2008, la Fondation Hôpital X. adresse au Tribunal administratif une action de droit administratif prenant pour conclusions la condamnation de l'Etat de Neuchâtel à lui verser la somme de 2'697'726.85 francs (complément de subside pour 2005, par fr. 325'985.43 francs, et de subside pour 2006, y compris la seconde moitié de la part aux amortissements, par fr. 2'371'741.42) avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2006 sur la première somme et dès le 1er juin 2007, sur la seconde somme, l'Etat devant être condamné à payer les frais de la cause ainsi qu'une équitable indemnité de dépens. Elle estime être liée à l'Etat de Neuchâtel par un contrat de droit administratif de collaboration avec subventionnement. Aucun accord n'étant intervenu, autorisant l'Etat à modifier le régime des subventions, ce dernier ne pouvait selon elle modifier le processus de calcul de manière unilatérale, dès l'exercice 2004, sans violer le contrat conclu et exécuté de manière constante durant de nombreuses années. Vu la manière de procéder de l'Etat, ses déficits sont allés crescendo et constituent son dommage. Elle allègue de plus que l'article 6 al.2 LAIS a été violé, les amortissements ayant toujours été pris en charge par l'Etat. Elle invoque et dépose un avis de droit de R., docteur en droit et avocat, du 23 février 2007 et requiert divers dossiers.
C. Le 9 février 2009, l'Etat de Neuchâtel adresse au Tribunal administratif un moyen préjudiciel relatif à la recevabilité de l'action. Il allègue que le litige opposant la Fondation demanderesse à l'Etat de Neuchâtel ne relève pas d'un contrat de droit administratif mais d'une relation juridique découlant de la législation, en sorte que tout contentieux y relatif devrait être soumis audit tribunal par la voie du recours. Il indique que les deux décisions concernant l'hôpital X. des 18 octobre 2006 (subvention de fr. 19'272'274 pour 2005) et du 19 décembre 2007 (subvention de fr. 17'112'905 pour 2006) n'ont pas été attaquées en temps utile, si bien que la demanderesse est forclose de les contester dans le cadre d'une action de droit administratif. Il relève que sous l'empire de la loi de santé, en vigueur avant la mise sur pied de l'Etablissement hospitalier multisite, la législation sanitaire ne laissait aucune place à d'éventuels contrats de prestations entre l'Etat et les établissements hospitaliers, dont les tâches et le financement étaient exhaustivement réglés par les normes régissant la matière, en particulier les dispositions de la planification cantonale établies par le Conseil d'Etat. Les institutions reconnues d'utilité publique étaient tenues d'accomplir leurs obligations si elles voulaient bénéficier du subventionnement de l'Etat. Par ailleurs, les subsides d'exploitation étant payés au cours de l'exercice de celui qui suit celui auquel il se rapporte, l'on est en présence de subventions ex post qui visent les cas où l'activité financièrement soutenue est déjà accomplie et qui ne requièrent donc pas la forme contractuelle. L'Etat de Neuchâtel se réfère également à la loi sur les subventions selon laquelle les montants y relatifs sont en principe alloués par voie de décision, sauf si la loi prévoit qu'elles peuvent faire l'objet d'un contrat de droit public. Le caractère unilatéral de la décision de l'Etat ressort non seulement de la loi mais également de l'échange de correspondances que les parties ont entretenu au fil des années. Il en ressort en effet que l'Etat a imposé sa volonté soit a notamment décidé de modifier les méthodes de calcul des budgets hospitaliers et des subventionnements en fixant un objectif de résultat et non plus de charges uniquement, dès 2004. Il ne pouvait échapper à l'hôpital X. que les actes des 18 octobre 2006 et 19 décembre 2007 étaient des décisions puisqu'il avait lui-même requis la notification d'une "décision formelle".
D. Dans sa réplique, la demanderesse mentionne qu'en dépit d'un contrat éminemment bilatéral, l'Etat conserve des prérogatives d'intervention et de direction; que l'entrée en vigueur de la loi sur les subventions ne remet pas en cause le contrat passé entre l'Etat et l'hôpital X., largement antérieur à la loi; que la matière étant régie par contrat, des décisions au sens formel du terme n'y trouvent pas place, les nombreux courriers versés au dossier ne constituant pas des décisions valables. Elle requiert l'audition de plusieurs témoins.
F. Le 5 octobre 2009, l'Etat a dupliqué. Il estime que l'hôpital X. persiste à invoquer l'existence d'un contrat mais ne fournit aucun élément concret ni aucun document qui permettrait d'étayer sa position; qu'une recherche historique du système législatif neuchâtelois dans le domaine de l'aide financière aux hôpitaux démontre que la conclusion d'un contrat de subventionnement entre l'Etat et un établissement hospitalier est exclue; que la loi sur les subventions, entrée en vigueur le 1er avril 1999, prévoit implicitement que si un contrat tacite préside aux versements de subsides de la part de l'Etat, il doit être confirmé de manière écrite; que, si rien de tel n'a été fait dans le cas d'espèce, c'est bien qu'aucun contrat, même tacite, n'a été conclu, que la demanderesse n'indique pas quels sont les éléments essentiels du contrat qu'elle invoque; que c'est de manière fallacieuse qu'elle tente de faire croire que l'Etat a violé le principe de la bonne foi en engageant des pourparlers en 2008 alors que ces derniers n'avaient que pour but d'associer l'hôpital X. aux discussions sur l'intégration de ce dernier à l'Hôpital neuchâtelois; que si la question des subventions 2005 et 2006 a été abordée à cette occasion, c'est uniquement dans le cadre de la reprise du bilan; qu'enfin, la Fondation demanderesse passe sous silence la procédure de recours qu'elle a engagée contre la déclaration du Conseil d'Etat du 15 janvier 2008 concernant la réorganisation des activités médicales entre les sites hospitaliers de soins aigus.
L'Etat confirme dès lors intégralement le moyen préjudiciel relatif à l'irrecevabilité de l'action.
CONSIDERANT
en droit
1. a) Le Tribunal administratif connaît en instance unique des actions fondées sur le droit administratif et portant notamment sur des prestations découlant de contrats de droit public (art.58 litt.b LPJA). L'action de droit administratif est subsidiaire. Elle n'est pas recevable lorsque le demandeur peut faire valoir ses droits par la voie du recours.
b) Le domaine des subventions est celui où la forme juridique est la moins fixée. On trouve dans les législations chacune des trois possibilités théoriques: décision, contrat de droit administratif ou contrat de droit privé (Moor, Droit administratif, II, p.361). A l'instar de ce que prévoit la loi fédérale du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités (Loi sur les subventions, LSu; art.16 et 19), la loi cantonale sur les subventions du 1er février 1999, qui s'applique à toutes les subventions versées en vertu du droit cantonal (art.2), prévoit que les subventions sont en principe allouées par voie de décision (art.20 al.1); si la loi le prévoit, elles peuvent faire l'objet d'un contrat de droit public (art.20 al.2). Les contrats de droit public prévoyant l'octroi de subventions sont passés en la forme écrite (art.22 al.1; sur l'exigence de forme écrite v. également Nguyen, Le contrat de collaboration en droit administratif, p.92 ss et la jurisprudence et doctrine citées). Le législateur a motivé ainsi l'introduction de ces dispositions (Bulletin du Grand Conseil 1998-1999 II, p.1798) :
"Pour des raisons ressortissant à la sécurité du droit, les prestations des collectivités publiques doivent être allouées en vertu d'actes juridiques déterminés. Il est donc prévu à l'article 20 que les subventions cantonales seront en règle générale accordées par décision des autorités compétentes mais qu'elles pourront être accordées par contrat de droit public dans les cas exceptionnels prévus par la loi."
c) Suite à l'entrée en vigueur de la loi cantonale sur les subventions, le 1er avril 1999, aucun contrat de droit administratif n'a été conclu entre les parties. Il s'agit dès lors de déterminer si la Fondation de l'hôpital X. peut se prévaloir d'un contrat de droit administratif conclu antérieurement avec l'Etat de Neuchâtel. En effet, selon l'article 38 de ladite loi, les décisions prises et les contrats conclus avant l'entrée en vigueur de la loi restent soumis à l'ancien droit jusqu'à l'échéance de leur durée de validité (al.2). Il en résulte que, pour se prévaloir d'un contrat conclu antérieurement à l'entrée en vigueur de ladite loi, la Fondation Hôpital X. doit démontrer qu'un tel contrat a été conclu et qu'il était toujours en vigueur en 2005 et 2006, périodes pour lesquelles elle requiert des subsides d'exploitation.
2. Le contrat de droit administratif est un acte résultant de la concordance de deux ou plusieurs manifestations de volonté concrétisant la loi dans un cas particulier individuel, ayant pour objet l'exécution d'une tâche publique de façon à produire des effets bilatéraux obligatoires (Knapp, Précis de droit administratif, no 1501, p.317; Grisel, Traité de droit administratif, I, p.445). Dès lors, par rapport à la décision, le contrat se distingue par sa nature bilatérale. Selon la doctrine, il est erroné de voir dans l'existence de pourparlers et de négociations un critère de bilatéralité (Moor, op.cit, p.359; Knapp, op.cit, no 1497 et 1498). Il s'agit bien plutôt de définir le fondement des droits et obligations résultant de l'acte juridique. Soit les prestations dues de part et d'autre sont prédéterminées par la loi, de façon immédiate ou non, et on aura affaire à une décision; en effet, en vertu du principe de la légalité, un pouvoir unilatéral met toujours en cause une compétence qui doit mais aussi à qui il suffit d'être fondée sur une loi. Soit elles ne peuvent être rapportées à une norme, et leur fondement ne pourra être que l'accord de volonté des parties. Il s'agit dès lors de se demander si les prestations prévues dans la relation juridique résultent d'une compétence que la loi suffit à mettre en œuvre ou si elles doivent être fondées sur l'accord réciproque des parties en cause. La prédétermination légale existe dans le cas de compétences discrétionnaires lorsque l'administration jouit d'une certaine liberté dans l'exécution; il suffit alors que la loi donne à l'autorité la compétence de décider seule des droits et obligations qui sont l'objet de l'acte juridique et dont le caractère impératif aura donc pour fondement direct la décision et indirectement la loi. La doctrine et la jurisprudence distinguent aussi les contrats des décisions nécessitant l'accord de l'administré, telle que la nomination d'un fonctionnaire dans un régime que la loi organise selon des modalités statutaires. Le statut du fonctionnaire – soit l'ensemble des droits et obligations qu'il a envers la collectivité publique – est défini par la loi et échappe ainsi à une détermination autonome par les intéressés eux-mêmes. La volonté du candidat à la fonction a pour objet, non le statut lui-même, mais l'acceptation de ce statut, y compris les dispositions qui confèrent à l'administration la compétence de le modifier unilatéralement, voire d'y mettre fin; elle n'est donc pas le fondement du régime, mais la condition nécessaire de son application (Moor, op.cit., p.359 et 360). Pour déterminer le fondement juridique des prestations, il s'agit dès lors d'examiner si la loi accorde une place à des obligations qui ne sont pas fondées sur elle, mais sur un accord de volonté : en d'autres mots, l'administration peut-elle, eu égard aux normes qui régissent l'activité en cause, recourir à une mise en œuvre contractuelle et non pas unilatérale ? La loi laisse-t-elle place à une compétence contractuelle ? (Moor, op.cit., p.384). Pour que le contrat constitue la forme adéquate, il faut que la marge d'appréciation laissée par la norme soit non seulement celle de l'autorité, mais aussi celle du destinataire, dont la participation active est essentielle (Moor, op.cit., p.362).
3. a) Le 1er janvier 1996 est entrée en vigueur la loi de santé du 6 février 1995 (ci-après : LS) et le 1er juin 1996 la LAIS, du 25 mars 1996. Cette dernière loi a succédé aux lois sur l'aide aux établissements hospitaliers du canton des 18 mai 1955 (RLN X, p.56) et du 21 mai 1959 (RLN X, p.698). Selon la loi de 1955, les établissements hospitaliers du canton, non spécialisés, à direction médicale et recevant des malades en chambre commune, bénéficiaient d'une subvention de l'Etat à raison de 1.50 francs par journée de malade soigné en chambre commune. Les établissements pouvant être mis au bénéfice de l'aide fixée par la loi étaient désignés par le Conseil d'Etat (art.4) et la loi prévoyait que la subvention de l'Etat était répartie entre les établissements hospitaliers sur la base de la statistique des journées de malades soignés en chambre commune durant l'année précédente (art.5). Le règlement d'exécution de cette loi (RLN X, p.71) mentionnait l'hôpital X. dans la liste des établissements bénéficiant de cette aide. Le même système était prévu par la loi de 1959. Il en découle qu'il appartenait à l'Etat, au bénéfice d'un pouvoir unilatéral, de déterminer quels établissements hospitaliers pouvaient être mis au bénéfice d'une subvention. Quant au montant de cette dernière, elle était fixée sur la base de la statistique des journées des malades soignés en chambre commune durant l'année précédente soit était prédéterminée et légalement tarifée, la loi ne laissant aucune place à une compétence contractuelle.
b) Le même système a été repris par la loi sur l'aide hospitalière du 22 novembre 1967 (RLN III, p.169). Cette loi prévoyait que le Conseil d'Etat fixe le montant des subsides d'exploitation et peut en subordonner l'octroi à d'autres conditions encore ou à l'accomplissement de certaines obligations (art.9). Les subsides d'exploitation étaient accordés sur présentation au Conseil d'Etat des comptes annuels contrôlés de l'établissement, lequel était tenu d'appliquer le plan comptable hospitalier élaboré par le Conseil d'Etat (art.10 et 11). Ladite loi prévoyait de plus que ce dernier, qui exerçait la haute surveillance sur les établissements hospitaliers, prenait les arrêtés et décisions découlant de la loi (art.32).
c) Il résulte de l'ensemble de ces dispositions que les prestations dues de part et d'autre étaient prédéterminées par la loi qui ne laissait aucune place à la conclusion d'un contrat de droit administratif. Le fait que, pour bénéficier de subventions, les hôpitaux doivent accepter de collaborer avec l'Etat ne signifie pas, comme il résulte de la jurisprudence et doctrine susmentionnées, qu'il y a place pour un contrat de droit administratif. En effet, si les discussions préalables entre l'Etat et les établissements hospitaliers ont pour but d'associer ces derniers au processus de décision, leur volonté a pour objet – à l'instar de ce qui a été mentionné ci-dessus pour le fonctionnaire – non pas l'ensemble des droits et obligations, d'ores et déjà définis par la loi, mais l'acceptation de ce statut. En d'autres termes, cette manifestation de volonté n'est pas celle qui est propre à la conclusion du contrat. Elle constitue néanmoins la condition nécessaire à l'existence de la décision. Les hôpitaux n'ont ainsi aucune obligation de collaborer avec l'Etat mais, s'ils entendent obtenir une subvention telle que prévue par la loi, ils doivent remplir certaines exigences fixées par ladite loi.
d) Dès 1996, ce sont la LS et la LAIS qui régissent notamment les établissements hospitaliers et l'aide qui leur est octroyée. Selon l'article 7 LS, le Conseil d'Etat définit la politique cantonale en matière de santé publique et en exerce la haute surveillance. L'article 83 prévoit qu'il établit une planification des institutions du canton et l'adapte en fonction des besoins de la population, des évolutions prévisibles de la médecine et de la démographie et, le cas échéant, des institutions privées existantes (al.1). Les institutions peuvent être reconnues d'utilité publique lorsqu'elles sont intégrées dans la planification établie et qu'elles ne poursuivent aucun but lucratif (art.84 al.1). L'article 85 prévoit diverses obligations que les institutions reconnues d'utilité publique sont tenues de respecter et l'article 86 mentionne qu'elles peuvent bénéficier du soutien financier des pouvoirs publics. Enfin, selon l'article 102, le Conseil d'Etat définit, selon la planification, le champ d'activité de chaque hôpital reconnu d'utilité publique et détermine les services qui y sont exploités.
L'arrêté du Conseil d'Etat du 6 décembre 1993 désignant les établissements hospitaliers mentionne dans la liste des hôpitaux, pour soins physiques, l'hôpital X. (art.1).
Il résulte de ces dispositions qu'avant de pouvoir bénéficier du soutien financier des pouvoirs publics, une institution doit être reconnue d'utilité publique, décision qui émane du Conseil d'Etat. La loi définit par ailleurs les obligations que lesdites institutions sont tenues de respecter (art.85). La planification et la reconnaissance d'utilité publique émanent exclusivement du Conseil d'Etat qui dispose en ces domaines d'un pouvoir unilatéral soit d'une compétence qui doit mais aussi à qui il suffit d'être fondée sur ladite loi. Dans ce processus, ne demeure dès lors aucune place pour la conclusion d'un contrat de droit administratif. A nouveau, il y a lieu de relever ici que le fait que l'hôpital X. ait été amené à donner son accord, par exemple concernant la reprise de l'activité d'orthopédie élective exercée précédemment par l'Hôpital de La Béroche, ne permet pas de conclure à l'existence d'un contrat de droit administratif. En effet, l'ensemble des droits et obligations liés au statut d'institution d'utilité publique et au soutien financier de l'Etat est défini par la loi et échappe à une détermination autonome.
e) Une fois les institutions reconnues d'utilité publique, elles peuvent bénéficier du soutien financier de l'Etat et l'article 105 LS renvoie à la LAIS (précédemment à la loi sur l'aide hospitalière du 22.11.1967). L'aide peut consister en des subsides d'exploitation (art.3 litt.a LAIS) et le Conseil d'Etat désigne, parmi les institutions d'utilité publique et les établissements de formation, ceux qui bénéficient de l'aide (art.5). Des subsides d'exploitation sont accordés aux institutions d'utilité publique qui satisfont aux exigences de la loi de santé et dont les recettes, sans la participation des pouvoirs publics, ne couvrent pas entièrement les charges d'exploitation (art.6 al.1). Les institutions qui bénéficient de subsides d'exploitation sont tenues de respecter certaines obligations énumérées à l'article 7. C'est le Conseil d'Etat qui fixe le montant des subsides d'exploitation sur la base des budgets qui lui sont présentés. Il prend en considération les comptes annuels contrôlés et les activités prévisibles de l'institution (art.8 al.1).
Il en résulte que les obligations des bénéficiaires de subsides d'exploitation découlent de la loi et que c'est au Conseil d'Etat qu'il appartient non seulement de désigner les institutions qui peuvent en bénéficier mais également d'en fixer le montant. La loi ne laisse nullement place à une compétence contractuelle.
4. a) La doctrine mentionne également que, au contraire de l'acte administratif, fût-il subordonné à la demande ou à l'accord de l'administré, le contrat de droit administratif porte généralement une double signature (notamment Knapp, op.cit., no 1499). En outre, et ce qui compte davantage, c'est que les parties au contrat de droit administratif se caractérisent par leur égalité et leur autonomie (Grisel, op.cit., p.445). Les actes administratifs, à la différence des contrats de droit administratif, sont susceptibles d'être révoqués par la collectivité publique (Grisel, op.cit., p.448).
Or, aucun document signé par les deux parties n'a été versé au dossier. Il résulte bien plutôt de ce dernier que, année après année, le Conseiller d'Etat, chef du DSAS communiquait à la demanderesse le montant de la subvention accordée par des courriers qui, pour les exercices litigieux 2005 et 2006, ont été confirmés par le Conseil d'Etat (D.2/34 et 47). De plus, il résulte des législations précitées que la Fondation Hôpital X. et l'Etat de Neuchâtel ne sont pas sur un pied d'égalité, le Conseil d'Etat demeurant libre, s'il estime que les conditions posées par la loi ne sont pas réunies, de ne pas reconnaître cet établissement comme étant d'utilité publique et de ne plus lui verser de subsides. Les échanges de correspondances entre les parties en 2000 et 2002 démontrent que ces dernières ne se trouvaient pas sur un pied d'égalité, l'Etat déterminant le montant des subsides de manière unilatérale. Si les courriers y relatifs ne reconnaissent pas certains investissements liés à l'engagement de médecins assistants et d'infirmiers, l'on ne saurait en déduire, comme le prétend la demanderesse, que cela démontre le caractère contractuel de leurs relations. Il en résulte au contraire que l'Etat décide unilatéralement des investissements qu'il entend prendre en considération pour déterminer le montant des subsides.
b) La doctrine mentionne encore un autre critère soit celui de savoir si les parties ont entendu régir leurs relations par un contrat de droit administratif, c'est-à-dire ont voulu cristalliser une relation par la création de droits acquis modifiables seulement contre indemnité, afin de renforcer la sécurité juridique des deux parties (Knapp, op.cit., no 1499).
Aucune pièce du dossier ne permet de considérer que tel est le cas en l'espèce. En particulier, il n'y a aucun document qui permettrait de déterminer la durée du contrat, les possibilités de le résilier ou encore les éventuelles conséquences – par exemple financières – de sa violation. Il résulte des dispositions légales précitées que, si l'hôpital X. refusait les missions qui lui étaient confiées, l'Etat ne pourrait agir en exécution. La seule conséquence serait une suppression ou diminution des subventions, voire la perte du statut d'institution reconnue d'utilité publique.
5. La demanderesse relève que l'autorité se doit de respecter le principe de la bonne foi en procédure. Elle estime que l'ouverture et la poursuite de négociations s'opposent, en vertu de ce principe, à l'argumentation de l'Etat relative à l'entrée en force de décisions. De plus, le fait de signer le même jour une prétendue décision et de renoncer par ailleurs à se prévaloir de la prescription était de nature à l'induire en erreur.
a) Il y a lieu de relever au préalable que la question de la recevabilité de l'action de droit administratif au Tribunal de céans ne dépend pas de celle de savoir s'il y a eu en l'occurrence notification régulière d'une décision. La Cour de céans examine en effet d'office si, dans un cas concret, une action de droit administratif est recevable ou non. De plus, même si elle considérait que des décisions ont été rendues, la Cour de céans ne pourrait, comme le suggère la demanderesse, traiter son action comme un recours. En effet, l'article 28 al.1 LPJA exclut le recours contre les décisions du Conseil d'Etat auprès d'une instance cantonale (sauf exceptions non réalisées en l'occurrence). Ce n'est que dans le cadre d'un éventuel recours au Tribunal fédéral que la Cour de droit public de ce dernier devrait déterminer si décision il y a eu et si la bonne foi de la demanderesse, qui ne l'aurait pas attaquée dans les délais légaux, devrait être protégée.
b) Ancré à l'article 9 Cst.féd., le principe de la bonne foi exige que l'administration et les administrés se comportent réciproquement de manière loyale. En particulier, l'administration doit s'abstenir de tout comportement propre à tromper l'administré et elle ne saurait tirer aucun avantage des conséquences d'une incorrection ou insuffisance de sa part. A certaines conditions, le citoyen peut exiger de l'autorité qu'elle se conforme aux promesses ou assurances qu'elle lui a faites et ne trompe pas la confiance qu'il a légitimement placée dans celles-ci. De la même façon, le droit à la protection de la bonne foi peut être invoqué en présence, simplement, d'un comportement de l'administration susceptible d'éveiller chez l'administré une attente ou une espérance légitime (ATF 129 II 361 cons.7.1).
c) C'est à tort que la demanderesse qualifie de contradictoire le comportement de l'Etat de Neuchâtel. L'échange de correspondances intervenu n'était en effet pas de nature à lui faire croire que l'Etat se considérait comme lié par un contrat de droit administratif. Le fait que l'octroi de subsides doit intervenir par la voie décisionnelle, n'empêche pas les parties de s'expliquer; en particulier l'administré peut faire valoir son droit d'être entendu ou tenter d'amener l'autorité à reconsidérer sa décision. Le courrier de la cheffe du DJSS du 31 octobre 2001 mentionne qu'elle n'entend pas revenir sur sa décision de ne pas reconnaître une partie du déficit d'exploitation relatif à l'année 2000. Concernant l'exercice 2004, celle-ci a fait part de la décision du Conseil d'Etat par courrier du 7 avril 2004 et l'a fermement confirmée par courriers des 26 mai 2004, 1er juillet 2004, 16 août 2004 et 9 novembre 2005. Ces courriers ne permettent nullement de penser que le montant octroyé à titre de subsides d'exploitation serait négociable dans le cadre d'un contrat de droit administratif. Pour ce qui concerne l'année 2005, c'est suite à une proposition du service de la santé publique, concernant l'ensemble des hôpitaux, que le Conseil d'Etat a modifié la subvention.
Il résulte de ce qui précède que la cheffe du DJSS se réfère à plusieurs reprises aux décisions prises par le Conseil d'Etat quant à la méthode de calcul et aux montants à octroyer. Il y a lieu de relever encore, concernant les subsides 2005, que c'est la demanderesse elle-même qui a sollicité qu'une décision soit rendue. Elle est dès lors mal venue d'alléguer aujourd'hui avoir été confortée, vu les échanges de correspondances intervenus, dans son idée qu'elle était liée par un contrat de droit administratif. Le courrier précité de la demanderesse a amené le chef du DSAS à transmettre le dossier au Conseil d'Etat afin qu'une décision formelle soit rendue. Le 18 octobre 2006, une telle décision était rendue. Enfin, relativement à l'année 2006, le montant initialement articulé a par la suite été augmenté. Il résulte du dossier qu'un montant complémentaire a été octroyé suite à une décision du Conseil d'Etat et non suite à des négociations entreprises dans un cadre contractuel. Par la suite, la demanderesse a consulté un mandataire professionnel qui a pris connaissance de l'ensemble des correspondances échangées et a transmis l'avis de droit de R. au Conseil d'Etat. Ce dernier n'a pas accepté les conclusions de cet avis mais a indiqué : "Cela étant, nous avons pu examiner la teneur de l'avis de droit établi par M. R. le 23 février 2007. Si les qualités et la notoriété de son auteur sont indiscutables, le Conseil d'Etat ne saurait néanmoins accepter les conclusions de son avis de droit et, partant, les faire siennes".
La déclaration de renonciation à invoquer la prescription, qui précise être délivrée sans reconnaissance de responsabilité, ne pouvait, dans le contexte précité, être de nature à amener la Fondation, représentée par un mandataire professionnel, à croire qu'un contrat de droit administratif la liait à l'Etat. Le courrier du Conseil d'Etat à la Fondation Hôpital X. du 19 décembre 2007 devait amener cette dernière à plus de prudence. Le fait d'entamer des négociations dans le cadre d'un litige n'implique pas qu'une solution satisfaisant les parties soit trouvée.
Enfin, c'est également en vain que la demanderesse allègue que l'attitude de l'Etat l'a incitée à entrer dans un processus de discussion et à surseoir au dépôt de son action. En effet, si l'action avait été déposée plus tôt, elle aurait subi le même sort que l'action déposée le 31 décembre 2008 et l'on ne voit dès lors pas en quoi le comportement de l'Etat aurait amené la Fondation à prendre des dispositions qu'elle ne saurait modifier sans subir de préjudice.
6. Vu l'absence de contrat de droit public conclu entre la Fondation demanderesse et l'Etat de Neuchâtel, l'action de droit administratif est irrecevable. La demanderesse ne peut par ailleurs prétendre que la protection de sa bonne foi devrait amener la Cour de céans à considérer son action comme recevable.
Il n'est pas utile de donner suite aux mesures d'instruction requises étant donné qu'elles ne sauraient conduire à une appréciation différente de celle exposée ci-dessus.
La demanderesse, qui succombe, supportera les frais de la cause. Ceux-ci sont arrêtés à 29'648 francs, fixés sur la base de l'arrêté concernant le tarif des frais de procédure (art.18 de l'arrêté, par renvoi de l'art.17), dans sa teneur en vigueur le 1er janvier 2010 (art.38 al. 1 et 2 de l'arrêté). Les débours par 2'965 francs doivent également être mis à sa charge (art. 35 al.1 litt. a de l'arrêté). Vu le sort de la cause, il n'y a pas lieu de lui allouer des dépens.
Le défendeur étant une collectivité publique, il n'y a pas lieu à allocation de dépens (art. 48 al.1 LPJA).
Par ces motifs, LA Cour de droit public
1. Déclare la demande irrecevable.
2. Condamne la demanderesse aux frais par 29'648 francs et aux débours par 2'965 francs, montants partiellement compensés par l'avance de frais.
3. N'alloue pas de dépens.
Neuchâtel, le 2 novembre 2010