Fribourg Tribunal cantonal Cour fiscale 20.04.2026 604 2024 115

Tribunal cantonal TC Kantonsgericht KG Rue des Augustins 3, case postale 630, 1701 Fribourg T +41 26 304 15 00 www.fr.ch/tc — Pouvoir Judiciaire PJ Gerichtsbehörden GB 604 2024 115 604 2024 116 Arrêt du 20 avril 2026 Cour fiscale Composition Président : Marc Sugnaux Juges : Dina Beti, Daniela Kiener Greffière-rapporteure : Natassia Bangerter Parties A.________ SA, recourante, contre SERVICE CANTONAL DES CONTRIBUTIONS, autorité intimée Objet Impôt sur le bénéfice et le capital des personnes morales - taxation ordinaire par estimation - force probante de la comptabilité Recours du 9 septembre 2024 contre la décision sur réclamation du 8 août 2024 relative à l’impôt cantonal et l’impôt fédéral direct du bénéfice imposable de la période fiscale 2021

Tribunal cantonal TC Page 2 de 14 considérant en fait A. La société A.________ SA est une société anonyme inscrite au registre du commerce du canton de Fribourg dont le siège est sis à B.________. Le but de la société est prévu à l’article 3 des statuts et est formulé comme suit : « toutes prestations de conseils, de services et de gestion de logistique de tiers, le transport, le traitement, les essais et le stockage des cellules, tissus et matières biologiques en général, et la vente des matériaux et des services qui s'y rapportent. La société peut exercer toute activité financière, commerciale ou industrielle, mobilière ou immobilière, en rapport direct ou indirect avec son but; créer des succursales ou des filiales en Suisse et à l’étranger, participer à toute entreprise ayant un rapport direct ou indirect avec son but; accorder des prêts ou des garanties à des actionnaires ou des tiers, si cela favorise ses intérêts » (cf. les informations disponibles sur le site du registre du commerce du canton de Fribourg, www.zefix.ch, consulté à la date de l’arrêt). B. Pour la période fiscale 2021, la société n’a pas déposé de déclaration d’impôt malgré les deux prolongations de délai requises et accordées, échéant les 31 octobre et 30 novembre 2022. Par courrier du 20 janvier 2023, le Service cantonal des contributions a sommé la société de déposer sa déclaration d’impôt. Le 23 février 2023, il a notifié une amende à la société pour non-dépôt de la déclaration d’impôt. Le 9 juin 2023, il a établi une taxation d’office pour la période fiscale 2021. Il a fixé le bénéfice imposable à CHF 1'000'000.- et la part relative à l’impôt sur le capital, imputé sur le bénéfice imposable, à 1 pour mille de CHF 715'900.-. C. Le 21 juillet 2023, sous la plume de son représentant, la société a formé réclamation contre la taxation d’office 2021, notifiée le 23 juin 2023, au motif qu’elle serait manifestement inexacte et s’écarterait considérablement de la réalité en retenant un bénéfice net de CHF 1'000'000.-. Elle a produit les comptes en alléguant que le bénéfice net réalisé était de CHF 66'315.14. Elle a conclu que le résultat net devait être corrigé et l’avis de taxation modifié en conséquence. D. Par courrier du 25 juillet 2023, le Service cantonal des contributions a accusé réception de la réclamation en rappelant qu’il lui appartenait d’examiner la réclamation et de procéder à l’instruction nécessaire. Dans un second courrier en date du 27 juillet 2023, il a requis que lui soit transmis, dans un délai de 10 jours, une copie du grand livre, une justification documentée et précise de l’augmentation des comptes « achats et marchandises et prestations de parties liées », « honoraires », « marketing », « provisions sur revenus différés » et « charges d’intérêts et frais bancaires », un tableau des amortissements, une justification du compte « amortissements et VNC [valeurs nettes comptables] de cessions d’immob. » ainsi qu’une copie des justificatifs relatifs aux VNC des cessions. Le 28 novembre 2023, il a sommé la société, par le biais de son représentant, de transmettre les renseignements et les documents demandés dans un délai de 8 jours. Il l’a rendue attentive qu’une amende pourrait être infligée et que la taxation pourrait avoir lieu d’office.

Tribunal cantonal TC Page 3 de 14 E. Le 24 avril 2024, il a sommé la société, cette fois-ci directement à l’adresse de son siège et non à celle de son représentant, de fournir les renseignements et les documents demandés dans un délai de 10 jours. Par décision sur réclamation du 8 août 2024, tout en constatant que la société n’avait pas donné suite à sa demande de renseignements du 27 juillet 2023 et à ses sommations du 28 novembre 2023 et du 24 avril 2024, le Service cantonal des contributions a partiellement admis la réclamation. En substance, il a rappelé qu’en l’absence du dépôt de la déclaration d’impôt, il avait été contraint d’établir une taxation d’office. En conséquence, la taxation avait été établie sur la base de la moyenne des résultats des deux exercices précédents, majorée de 20%. Les comptes ayant finalement été remis au moment de la réclamation, il les a analysés et a requis les informations nécessaires en complément, en vain. Par ailleurs, il a rappelé les règles permettant de déterminer le bénéfice imposable ainsi que les conditions de la recevabilité d’une réclamation formée à l’encontre d’une taxation d’office, notamment s’agissant des moyens de preuve. A cet égard, il a estimé que les moyens de preuve avaient été insuffisants compte tenu de l’absence totale de réponse de la part de la société, hormis le courrier de réclamation du 21 juillet 2023. Il a constaté que le compte de résultat était incomplet et que les détails des notes chiffrées relatives au bilan faisaient défaut. S’agissant des comptes remis avec la réclamation, il a encore constaté que le résultat de l’exercice selon le bilan était de CHF 66'315.14 alors que selon le compte de résultat il était de CHF 131'107.24, avant impôts. Il manquait aussi la charge fiscale ainsi que les charges et produits extraordinaires et hors exploitation. Sur la base de ces éléments, il a procédé à une nouvelle estimation du bénéfice de la période en cause. Se basant sur le montant de CHF 131'107.24, il a rectifié la reprise pour charges non justifiées en les fixant à CHF 635'000.- pour les coûts directs (admis à hauteur de 72% des produits comme en 2020, au lieu de 80%) et à CHF 200'000.- pour les amortissements et VNC [valeur nette comptable] de cessions d’immobilisations. Il a en outre admis en déduction une charge fiscale fixée à CHF 137'000.-. Le résultat a ainsi été arrêté à CHF 829'107.-. Le nouvel avis de taxation lié à la décision sur réclamation, intitulé « taxation ordinaire modifiée », a été notifié le 16 août 2024. F. Le 9 septembre 2024, la société interjette recours à l’encontre de la décision sur réclamation en concluant à ce que le dossier soit renvoyé au Service cantonal des contributions pour nouvelle décision en tenant compte des éléments contestés dans la présente procédure. A l’appui de son recours, elle produit une version légèrement modifiée des comptes pour l’année 2021 par rapport à celle produite en procédure de réclamation, faisant toujours état d’un résultat de CHF 66'315.14 selon le bilan et de CHF 131'107.24 selon le compte d’exploitation (avec une nouvelle correction pour ce dernier de - CHF 64'792.10, intitulée « charges hors période »). Dans sa motivation, la société affirme avoir transmis des éléments complémentaires à sa réclamation du 21 juillet 2023, en date du 8 décembre 2023, qui sembleraient s’être croisés avec le prononcé de la décision sur réclamation. Sur le fond, la société relève plus particulièrement que pour fixer le bénéfice imposable à CHF 829'107.-, le Service cantonal des contributions retient une marge brute moyenne calculée

Tribunal cantonal TC Page 4 de 14 avec des coûts directs de 70% entre 2019 et 2020 alors que la marge effective se serait élevée à 22% en 2021 en raison d’une hausse effective des coûts fixes à 78%, à la suite de l’externalisation de la partie laboratoire. Selon elle, ceci s’expliquerait par le fait qu’elle a décidé à la fin de l’année 2020 d’externaliser en Angleterre l’exploitation du laboratoire de traitement des échantillons et la salle blanche pour des raisons de rationalisation et d’économie d’échelle. De ce fait, la masse salariale a baissé, ainsi que les frais de locaux. Pour la même raison, un amortissement extraordinaire a dû être effectué sur les infrastructures de laboratoire et de salle blanche inutilisées et dont les baux à loyer ont été résiliés en conséquence avec une perte des aménagements effectués par le passé. A cet égard, elle reproche au Service cantonal des contributions de ne pas reconnaître la dépréciation constatée sur ces actifs qui répond pourtant aux principes comptables et qui est un état de fait inéluctable à ce changement stratégique, et à la résiliation des baux et la perte de cette infrastructure. En résumé, la dépréciation sur les infrastructures ainsi que les coûts fixes en hausse sont des conséquences effectives et sont ainsi des charges comptables et fiscales justifiées. En tenant compte de ces éléments et de l’activité de la société, il y a lieu de réduire la taxation conformément au résultat net comptable de l’année 2021. L’avance de frais fixée à CHF 6’000.- par ordonnance du 10 septembre 2024 a été versée dans le délai imparti. G. Dans ses observations du 23 octobre 2024, le Service cantonal des contributions conclut au rejet du recours avec suite de frais, le mémoire de recours n’apportant aucun élément nouveau susceptible de modifier sa position qu’il a détaillée dans la décision querellée. En substance, il rappelle avoir procédé à la taxation d’office car la société n’avait pas déposé de déclaration d’impôt et que, à la suite de la réclamation formée, il a établi une nouvelle taxation admettant en partie les éléments contestés, étant précisé que certaines pages du rapport annexé aux comptes remis avec la réclamation manquaient et que, malgré une demande complémentaire, intervenue également par sommation, la société n’a pas donné suite. Il souligne que la société allègue qu’elle aurait transmis des informations en date du 8 décembre 2023. Il constate toutefois que ces informations ne lui sont jamais parvenues et que, bien que le principe de l’autorité du bilan et les principes comptables doivent être pris en compte, il ne peut pas se baser sur un bilan incomplet. A titre d’exemple, il relève que le poste « Charges fiscales » est à CHF 0.- alors que le résultat de l’exercice est positif. Il précise avoir retenu le résultat déclaré dans les comptes déposés, soit CHF 131'107.- avant impôts, et y avoir ajouté les charges non justifiées, soit un montant de CHF 635'000.- sur les coûts directs et un montant de CHF 200'000.- sur les amortissements et VNC de cessions d’immobilisations, équivalant à des reprises fiscales. Afin de tenir compte de l’impact fiscal, une provision pour impôt a été ajoutée à hauteur de CHF 137'000.-. Le dossier fiscal ainsi qu’un courriel du 25 septembre 2024 envoyé par le représentant de la société ont été produits avec lesdites observations. Il ressort dudit courriel que la différence de CHF 64'792.10 entre le résultat de CHF 66'315.14 selon le bilan et de CHF 131'107.24 selon le compte d’exploitation (cf. supra consid. F) correspondrait à des « coûts exceptionnels 2021 » en lien avec des mensualités d’indemnités salariales versées à la suite du licenciement avec effet immédiat d’un ancien responsable commercial. H. Le 6 mars 2025, la société transmet ses contre-observations. Elle relève que certaines informations qu’elle a produites au Service cantonal des contributions lui sont effectivement parvenues, contrairement à ce qu’il allègue, puisqu’il les a retenues pour la période fiscale suivante,

Tribunal cantonal TC Page 5 de 14 soit 2022. Quant au fond, les reprises effectuées sont de plus de CHF 835'000.-, ce qui est contraire à la réalité économique ainsi qu’à sa capacité économique. Cette taxation la mettrait dans une situation financière difficile allant jusqu’à remettre en question son activité en Suisse. Afin d’appuyer ses allégations, elle produit les états financiers 2021, l’extrait de comptes, l’extrait de charges, le tableau des amortissements ainsi que le grand livre. Elle explique encore que l’amortissement de CHF 302'032.60 est le résultat de l’abandon de la division laboratoire non rentable et pour laquelle il avait été constaté une dépréciation de valeur résiduelle des investissements réalisés dans l’installation de la salle blanche « clean room » à la suite de la résiliation du bail y relatif. Cet amortissement était nécessaire et acceptable au vu des normes comptables et fiscales. L’actif ne serait ni disponible en raison de la cession du bail, ni générateur de chiffre d’affaires, tel que cela ressortirait du détail du tableau des amortissements, des états financiers et de l’extrait de comptes. La baisse de la marge brute de 24% en 2018 à 20% en 2021 s’expliquait par l’externalisation de la division laboratoire et la baisse des autres frais généraux de salaires et locaux pour plus de CHF 470'000.-. Elle ajoute que le fait que la charge fiscale 2021 n’a pas été provisionnée relève effectivement d’une erreur; les années antérieures faisaient état d’un report de perte et c’est ce qui a été retenu, à tort, pour établir les comptes consolidés du groupe pour 2021. Selon elle, le Service cantonal des contributions doit ainsi revoir sa position, reconsidérer chaque élément et réduire la taxation conformément au résultat net comptable 2021, en prenant en considération les montants importants et les principes de la capacité contributive et économique. I. Dans ses ultimes observations du 30 avril 2025, le Service cantonal des contributions relève qu’aucune preuve matérielle n’est apportée permettant de justifier l’amortissement de la salle blanche « clean room », démontrant la mise au rebut de ces immobilisations corporelles, ni l’impact sur l’augmentation des coûts ayant une incidence sur la marge. La seule comptabilisation d’écritures ne démontre pas le caractère de charge justifiée commercialement. Par ailleurs, le report de perte a été entièrement compensé lors de la période fiscale 2020 et la société devait être à même d’estimer correctement la charge fiscale au moment de l’élaboration des comptes. Il insiste sur le fait que ni le courriel du 24 août 2023 ni celui du 8 décembre 2023 ne lui sont parvenus. Les informations pour la période fiscale suivante lui ont été remises en 2024, contrairement à ce qu’allègue la société, n’ayant ainsi rien avoir avec la période sous revue. J. Par courrier du 4 février 2026, la Cour de céans a requis du Service cantonal des contributions la remise de l’intégralité du dossier concernant la période fiscale 2022, ce qui a été fait en date du 27 février 2026. Une copie de ces échanges a été remise à la société pour information. L'Administration fédérale des contributions n'a pas déposé de détermination et aucun autre échange d’écritures n’est intervenu.

Tribunal cantonal TC Page 6 de 14 en droit 1. Recevabilité Déposé le 9 septembre 2024 contre une décision sur réclamation datée du 8 août 2024, par laquelle la recourante est directement touchée, le recours est interjeté dans les délais et les formes prévus aux art. 140 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), 50 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), 180 de la loi fribourgeoise du 6 juin 2000 sur les impôts cantonaux directs (LICD; RSF 631.1) et 79 ss du code fribourgeois du 23 mai 1991 de procédure et de juridiction administrative (CPJA; RSF 150.1). Par ailleurs, l'avance des frais de procédure a été versée en temps utile. Partant, le recours est recevable, tant pour l’impôt fédéral direct que pour l’impôt cantonal. Impôt fédéral direct (604 2024 115) 2. Règles sur l’imposition des personnes morales – force probante de la comptabilité 2.1. L’impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net (art. 57 LIFD). Selon l'art. 58 al. 1 let. a LIFD, le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l’exercice précédent. L’art. 58 al. 1 let. b LIFD précise qu’il comprend également tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les frais d'acquisition, de production ou d'amélioration d'actifs immobilisés, les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial, les versements aux fonds de réserve, la libération du capital propre au moyen de fonds appartenant à la personne morale, à condition qu'ils proviennent de réserves constituées par des bénéfices qui n'ont pas été imposés et les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial. 2.2. De jurisprudence constante, il ressort des art. 57 et 58 LIFD que le droit fiscal renvoie au droit comptable pour déterminer le bénéfice net imposable et que les comptes établis conformément aux règles du droit comptable lient les autorités fiscales (principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance; « Massgeblichkeitsprinzip »; ATF 141 II 83 consid. 3.1). L'autorité du bilan commercial tombe en revanche lorsque des normes impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent. L'art. 58 al. 1 let. b LIFD fait partie de ces règles fiscales correctrices (arrêt TF 2C_132/2020 du 26 novembre 2020 consid. 7.2 et les références citées). 2.3. L’autorité formelle du droit comptable déploie un effet contraignant pour le contribuable. En premier lieu, les comptes remis par celui-ci à l’administration jouissent d’une présomption d’exactitude. Ensuite, seules sont décisives d’un point de vue fiscal les écritures ressortant des comptes. En d’autres termes, le contribuable est lié par son mode de comptabilisation (Verbuchungsprinzip) (DANON, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, art. 58 n. 74 et les références citées).

Tribunal cantonal TC Page 7 de 14 Dans la ligne de l’autorité formelle du droit comptable, le Tribunal fédéral a souligné qu'une correction de bilan ne pouvait pas intervenir pour compenser une omission comptable imputable au contribuable et qu’il fallait faire preuve de la plus grande retenue lorsque des corrections de bilan avaient un but fiscal (arrêts TF 2C_455/2017 du 17 septembre 2018 consid. 6.3; 2C_784/2017 du 8 mars 2018 consid. 7.3; voir aussi arrêt TC FR 604 2023 107 et 108 consid. 2.3 du 20 juin 2024). 2.4. Selon la jurisprudence, sont justifiées par l'usage commercial, au sens de l’art. 58 al. 1 let. b LIFD, les dépenses qui apparaissent comme acceptables du point de vue commercial. La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial (arrêt TF 2C_484/2019 du 6 novembre 2019 consid. 7.1 et les références citées). 3. Règles relatives au devoir de collaboration du contribuable et à la taxation en cas de violation de ces devoirs 3.1. Conformément à l'art. 123 al. 1 LIFD, les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. A cet effet, la loi impose au contribuable des obligations de procédure déterminées, comme l’obligation de remplir la formule de déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète; et remettre les annexes prescrites (art. 124 al. 2 LIFD). Le principe de la proportionnalité doit être respecté, c'est-à-dire que la collaboration du contribuable doit être appropriée et nécessaire à l'établissement des faits pertinents et raisonnablement exigible de sa part (Informations fiscales éditées par la Conférence suisse des impôts CSI, Union des autorités fiscales suisses, Procédure de taxation en matière d’impôts directs, Notions fiscales, p. 8, ch. 3.1.1; cf. www.estv.admin.ch, sous L’AFC, Système fiscal suisse, Recueil Informations fiscales [consulté à la date de l’arrêt], citées Informations fiscales CSI). Les personnes morales au sens de l’art. 957 al. 1 ch. 2 de la loi fédérale du 30 mars 1911 complétant le Code civil suisse (CO; RS 220) doivent joindre à leur déclaration d’impôt les comptes annuels signés (art. 125 al. 2 let. a LIFD). Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte en fournissant notamment, sur demande de l'autorité de taxation, des renseignements oraux ou écrits, en présentant ses livres comptables, pièces justificatives, autres attestations et pièces concernant ses relations d'affaires (art. 126 al. 1 et 2 LIFD). Lorsque le contribuable se heurte à une incertitude quant à un élément de fait, il ne doit pas la dissimuler, mais bien la signaler dans sa déclaration. Dans tous les cas, il doit décrire les faits de manière complète et objective (arrêt TF 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 6.1). Le contribuable porte ainsi la responsabilité de l'exactitude de sa déclaration (arrêt TF 2C_3/2019 du 4 juillet 2019 consid. 6.2). Si la déclaration d’impôt est incomplète ou si elle n’a pas été déposée, l’autorité fiscale fixe un nouveau délai raisonnable pour compléter ou déposer la déclaration. Le dépôt tardif de la déclaration constitue ainsi une violation d’une obligation de procédure (art. 124 al. 3 et 4 LIFD et Informations fiscales CSI, p. 10, ch. 3.1.2.3). 3.2. Les règles susmentionnées ont pour corollaire le principe du fardeau de la preuve ancré à l’art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC; RS 210) et repris en matière fiscale selon lequel l'autorité fiscale doit apporter la preuve des éléments imposables, en particulier de ceux qui

Tribunal cantonal TC Page 8 de 14 n'auraient pas été annoncés, alors qu’il incombe au contribuable qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (voir ATF 144 II 427 consid. 8.3.1; 140 II 248 consid. 3.5). 3.3. Si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes, l’autorité compétente établit une taxation d’office sur la base d’une appréciation consciencieuse. Il résulte ainsi de l'art. 130 al. 2 LIFD que la sanction attachée à la production d’une comptabilité ou de relevés (art. 125 al. 2 LIFD) non probants est en principe l’établissement d’une taxation d’office avec toutes les conséquences de procédure qui y sont attachées par le droit cantonal et le droit fédéral (estimation sur la base des éléments imposables connus; renversement du fardeau de la preuve; restriction des griefs au caractère manifestement inexact de la taxation d’office) (arrêt TC FR 604 2020 14 du 3 juillet 2020 consid. 3.2). 3.4. Lorsque le contribuable ne fournit par les éléments nécessaires à sa taxation, il est possible que l’autorité de taxation renonce à procéder à une taxation d’office au profit d’une procédure de taxation ordinaire. Dans la mesure où il lui permet d’éviter les conséquences procédurales d’une taxation d’office, un tel choix ne porte pas préjudice au contribuable concerné. Il n’empêche par ailleurs pas l’autorité fiscale d’établir les éléments imposables par appréciation lorsqu’elle ne dispose pas des éléments nécessaires à former sa conviction. Elle doit alors se fonder sur une appréciation consciencieuse des éléments imposables connus et tendre à s’approcher le plus possible de la réalité, en s’appuyant en première ligne sur les facteurs et les faits qu’elle connaît ou devrait connaître en raison du cours ordinaire des choses et de l’expérience de la vie. A cet égard, elle doit utiliser tous les documents dont elle dispose. Toutefois, plus les éléments de fait sont imprécis ou incertains, moins l’autorité de taxation peut se rapprocher de la réalité avec certitude (arrêts TC FR 604 2024 124 du 25 février 2025 consid. 3.3; 604 2020 97/98 du 21 avril 2021 consid. 2.2 et les références). A cet égard et selon la jurisprudence, l'autorité de taxation appelée à évaluer d'office le revenu imposable d'un contribuable, ou son bénéfice imposable, doit tenir compte, selon sa propre appréciation, de toutes les données disponibles au moment de prendre sa décision. On ne peut toutefois exiger de l'autorité de taxation qu'elle effectue des enquêtes et qu'elle procède à des éclaircissements par trop détaillés, en particulier lorsqu'elle ne dispose pas d'éléments probants (arrêt TF 2C_620/2018 du 28 février 2019 consid. 6.4 et les références). L'autorité fiscale n'a ainsi pas à s'acquitter des obligations de procédure omises en lieu et place du contribuable. 3.5. L’autorité de taxation rend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l’impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier, conformément à l’art. 135 LIFD. Si elle renonce à ce stade à maintenir la taxation d’office au profit d’une taxation ordinaire, comme en l’espèce, la Cour fiscale saisie d’un recours contre la décision sur réclamation examinera le bénéfice fixé en procédure de réclamation avec pleine cognition, selon les règles ordinaires relatives au fardeau de la preuve (arrêt TC FR 604 2020 14 consid. 3.2). 4. Discussion sur le comportement adopté par la contribuable et le résultat des procédures de taxation (d’office) et de réclamation (clos par une décision de taxation ordinaire par estimation) menées par l’autorité intimée 4.1. Dans le cas d’espèce, il y a lieu de rappeler que, en procédure de taxation, le Service cantonal des contributions a initialement taxé d’office la société car aucune déclaration d’impôt ni aucune pièce ne lui permettait d’établir une taxation ordinaire. Il était uniquement en possession des

Tribunal cantonal TC Page 9 de 14 chiffres des deux années précédentes, raison pour laquelle il a retenu la moyenne de ces deux années et a ajouté 20% pour obtenir une estimation du résultat de l’année sous revue. C’est ensuite en procédure de réclamation que la société a participé pour la première et unique fois à l’établissement de sa taxation, entre le moment où elle aurait dû déposer sa déclaration d’impôt et le dépôt du recours, en déposant une réclamation en date du 21 juillet 2023 contre la taxation d’office. Dans sa motivation, composée d’une seule page, la société s’est limitée à exposer de manière très succincte que « […] la taxation d’office est manifestement inexacte et s’écarte considérablement de la réalité » et que « dans votre taxation 2021, vous considérez un bénéfice net de CHF 1'000'000.-. Or, en réalité sur la base des comptes annexés, la société a réalisé un bénéfice net de CHF 66'315.14 ». S’agissant des moyens de preuve, les comptes annexés à la réclamation sur lesquels la société s’est appuyée sont en réalité, d’une part, la formule recto verso de la déclaration d’impôt 2021 sur laquelle les seules informations disponibles sont l’adresse de la société et le numéro de chapitre et, d’autre part, quelques pages des comptes annuels 2021 non signés, numérotées de 1 à 6 et manifestement incomplets. A noter que, durant la présente procédure de recours, une version des comptes modifiée a été transmise; la numérotation n’est pas la même (1 à 9) et le contenu est différent. Il apparait notamment que le compte d’exploitation fait état de charges et revenus hors période pour - CHF 64'792.10 et qu’il est désormais composé d’une page supplémentaire. Une brève explication sur ce dernier montant a été remise dans un courriel adressé au Service cantonal des contributions en date du 25 septembre 2024, soit 16 jours après le dépôt du recours intervenu le 9 septembre 2024. Enfin, s’agissant des informations et des documents demandés par courrier du 27 juillet 2023, puis par sommations des 28 novembre 2023 et 24 avril 2024 durant la procédure de réclamation (à la suite de la taxation d’office), les affirmations de la société selon lesquelles elle aurait déjà transmis certains éléments par courrier du 8 décembre 2023 ne sont étayées par aucune preuve et ne sont au demeurant pas crédibles. En effet, si une telle production avait eu lieu, l’autorité fiscale n’aurait pas eu à demander les mêmes renseignements par des sommations auxquelles la société aurait d’ailleurs dû réagir si elle estimait avoir déjà transmis les éléments requis. C’est ainsi pour la première fois au stade du recours seulement que la société a produit une partie des renseignements sollicités, d’abord avec le recours lui-même (not. les explications sur l’externalisation de la division laboratoire intervenue, les comptes annuels rectifiés et le tableau des amortissements), puis au stade du second échange d’écritures (l’extrait de comptes, l’extrait de charges et le grand livre). Force est dès lors de constater que la société n’a pas respecté ses obligations de procédure et qu’elle n’a manifestement pas réparé ses manquements liés à ces obligations, que ce soit au moment où elle devait déclarer ses impôts pour l’année 2021, durant la procédure de taxation, ou encore durant la procédure de réclamation, voire dans la présente procédure de recours au vu des pièces remises. La loi impose pourtant au contribuable des obligations de procédure déterminées, comme l’obligation de remplir la formule de déclaration d'impôt, cela de manière conforme à la vérité et complète, remettre des comptes signés et les annexes prescrites. Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte. Son comportement doit être proactif lors de la déclaration et il doit être réactif au moment de la taxation, notamment en remettant au minimum les informations que l’autorité compétente lui demande et qui sont raisonnablement exigibles de sa part.

Tribunal cantonal TC Page 10 de 14 Sur la base de ce qui précède, il apparaît que le Service cantonal des contributions aurait pu déclarer irrecevable la réclamation déposée contre la taxation d’office, étant donné que les seules informations transmises par la société au stade de la réclamation étaient une partie de ce qu’elle présentait comme ses comptes annuels de l’année sous revue, non signés, ce qui ne correspondait pas au comportement attendu d’un contribuable taxé d’office, soit une reprise d'entrée de cause de la collaboration négligée jusqu’alors et la communication de tous les renseignements utiles à la taxation. Les conditions restrictives d’une réclamation contre une taxation d’office n’étaient ainsi a priori pas remplies. 4.2. A défaut de déclarer irrecevable la réclamation, le Service cantonal des contributions aurait également pu utiliser les quelques nouveaux éléments à sa disposition pour rectifier la taxation d’office en procédure de réclamation, de façon à ce qu’elle soit le plus proche de la réalité, conformément à son devoir de tenir compte, selon sa propre appréciation, de toutes les données disponibles au moment de prendre sa décision (cf. consid. 3.3 et 3.4). 4.3. Cela étant, le Service cantonal des contributions a partiellement admis la réclamation et il a choisi de reprendre la procédure ordinaire et de remplacer la taxation d’office par une taxation ordinaire par estimation. Dans la mesure où ce choix est favorable à la recourante, il est admissible. Il a toutefois pour conséquence que la Cour fiscale doit examiner avec pleine cognition, selon les règles ordinaires relatives au fardeau de la preuve, l’appréciation des éléments imposables effectuée par le Service cantonal des contributions en procédure de réclamation (cf. consid. 3.5). 5. Discussion sur l’appréciation des éléments imposables 5.1. Le Service cantonal des contributions a constaté que le compte de résultat était incomplet. Les détails des notes chiffrées relatives au bilan faisaient défaut. Les comptes remis avec la réclamation présentaient un résultat de l’exercice selon le bilan de CHF 66'315.14 alors que selon le compte de résultat il était de CHF 131'107.24, avant impôts. Il manquait aussi la charge fiscale ainsi que les charges et produits extraordinaires et hors exploitation. Sur la base de ces éléments, le Service cantonal des contributions a procédé à une nouvelle estimation du bénéfice de la période en cause. Ainsi, en se basant sur le bénéfice de CHF 131'107.24 figurant au bilan, il a effectué une reprise pour charges non justifiées en les fixant à CHF 635'000.- pour les coûts directs (admis à hauteur de 72% des produits comme en 2020) et à CHF 200'000.- pour les amortissements et VNC de cessions d’immobilisations. Il a en outre admis en déduction une charge fiscale fixée à CHF 137'000.-. Le bénéfice imposable a ainsi été arrêté à CHF 829'107.-. 5.2. Vu les défauts formels affectant les comptes produits par la société pour la période fiscale 2021, déjà relevés ci-dessus, auxquels s’ajoute le fait qu’ils ne sont pas signés, contrairement à ce qu’exige expressément l’art. 125 al. 2 let. a LIFD, c’est à bon droit que le Service cantonal des contributions a nié la force probante de la comptabilité et procédé à sa propre appréciation des revenus et charges effectives de l’exercice en question, en partant des comptes produits. Toutefois, malgré les violations des obligations de procédure constatées et l’absence de force probante de la comptabilité, compte tenu du fait que le Service cantonal des contributions a choisi

Tribunal cantonal TC Page 11 de 14 de reprendre le traitement du dossier en procédure ordinaire, cette estimation ne peut pas être confirmée, pour les raisons qui suivent. Tout d’abord, une correction au bilan n’est en principe plus admise une fois que celui-ci est déposé auprès de l’autorité fiscale compétente. En l’espèce, il s’agit ainsi de retenir comme base le bilan déposé pour la première fois au moment de la réclamation qui a été formée le 21 juillet 2023. Ensuite, il y a lieu de constater que les amortissements enregistrés dans les comptes ont désormais fait l’objet d’explications durant la présente procédure de recours. Certes, la société n’a pas démontré par des preuves directes la mise au rebut de certaines immobilisations corporelles, à savoir l’infrastructure servant à son ancienne activité de laboratoire, ou encore l’impact de l’externalisation de cette activité sur l’augmentation des coûts ayant une incidence sur la marge. Toutefois, ses affirmations portant sur la diminution des salaires peuvent effectivement être corroborées en consultant le compte de résultat qui fait ressortir une diminution des charges salariales, même si celle-ci est limitée à une somme d’environ CHF 100'000.-. Quant aux charges liées aux locaux, elles ont plutôt augmenté d’environ CHF 20'000.-. Des explications complémentaires, avec preuves à l’appui, semblent ainsi nécessaires. Cela dit, il est constaté que pour la période fiscale suivante, soit l’année 2022, dont la production a été requise d’office dans la présente cause (cf. partie en fait let. J), après avoir aussi d’abord procédé à une taxation d’office, le Service cantonal des contributions a ensuite admis la réclamation déposée par la société en acceptant les comptes remis et en fixant le résultat net admis à CHF 49'326.48. Or, en comparant le résultat ressortant de la comptabilité produite pour la période fiscale 2022 à celui des périodes fiscales 2019 et 2020, il est relevé une baisse significative qui paraît être à tout le moins en partie la conséquence de l’externalisation de l’activité de laboratoire déjà survenue lors de la période sous revue. La comptabilité établie pour 2022, dont la valeur probante a désormais été admise par le Service cantonal des contributions, constitue ainsi un élément de preuve déterminant pour retenir que, pour la période fiscale 2021 déjà, la cessation de l’activité de laboratoire a eu des conséquences notables sur les revenus et les charges de la société, notamment en lien avec les infrastructures qui, faute d’être reprises par un tiers, ont dû être amorties comptablement. Ce constat amène à considérer que le Service cantonal des contributions, en ayant désormais accepté pour la période fiscale 2022 les explications relatives à l’externalisation de la division laboratoire survenue en 2021 et aux conséquences en découlant, reportées dans les comptes, ne pouvait pas ignorer les conséquences que cette externalisation a déjà eu selon toute vraisemblance sur les comptes de la société pour la période fiscale 2021. Il a ainsi manqué de cohérence en refusant d’accepter sur le principe les amortissements tels qu’entrepris en 2021, voire également les coûts enregistrés dans les comptes durant cette année. 5.3. Il en résulte qu’une nouvelle instruction du dossier est nécessaire afin de déterminer en particulier dans quelle mesure les montants des amortissements et les charges comptabilisées peuvent être admis, et quelles doivent être les corrections fiscales à imputer à la société. En l’absence de force probante de la comptabilité produite le 21 juillet 2023 pour la période fiscale 2021, il appartiendra en particulier au Service cantonal des contributions de requérir de la société toutes les clarifications et documents utiles permettant de justifier notamment les amortissements et les charges comptabilisées. A défaut pour la société de produire les éléments qui lui seront demandés, elle devra alors en supporter l’échec de la preuve.

Tribunal cantonal TC Page 12 de 14 Il résulte de ce qui précède que la décision sur réclamation rendue en procédure ordinaire concernant la période fiscale 2021 doit être annulée et la cause renvoyée au Service cantonal des contributions pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants. C’est seulement dans le cas où cette instruction ne permet pas de déterminer l’existence de certains éléments de nature à diminuer son bénéfice imposable que la société devra supporter l'échec de la preuve, conformément à la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce sens, le recours formé en droit fédéral doit être admis. Impôt cantonal (604 2024 116) 6. Règles applicables et reprise du raisonnement concernant l’impôt fédéral direct 6.1. La réglementation cantonale fribourgeoise relative à la détermination du bénéfice net imposable figure aux art. 99 et 100 LICD. Cette réglementation relève du droit harmonisé (art. 24 al. 1 let. a LHID) et a la même teneur que les art. 57 et 58 LIFD. 6.2. Sur le plan cantonal également, l'art. 154 al. 1 LICD prévoit que le Service cantonal des contributions établit les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. A cet effet, la loi fiscale cantonale impose au contribuable des obligations de procédure déterminées, notamment l’obligation pour les personnes morales de joindre à leur déclaration d’impôt les extraits de comptes signés (bilan, comptes de résultat) de la période fiscale (art. 158 al. 2 LICD). Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte en fournissant notamment, sur demande de l'autorité de taxation, des renseignements oraux ou écrits, en présentant ses livres comptables, pièces justificatives, autres attestations et pièces concernant ses relations d'affaires (art. 159 al. 1 et 2 LICD; art. 42 al. 1 et 2 LHID). 6.3. Les références à la jurisprudence et à la doctrine en matière d'impôt fédéral direct peuvent en conséquence être reprises telles quelles pour l'impôt cantonal, y compris en ce qui concerne la procédure ordinaire par estimation et les principes applicables. En présence de règles similaires, le raisonnement et la solution retenue concernant l'impôt fédéral direct peuvent être repris pour l'impôt cantonal. Il en résulte que la décision sur réclamation du 8 août 2024 du Service cantonal des contributions doit être annulée et la cause renvoyée au Service cantonal des contributions pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants. Frais de procédure et indemnité de partie 7. 7.1. Selon les art. 144 al. 1 LIFD et 131 CPJA, les frais de procédure doivent être mis à la charge de la partie qui succombe. Selon l'art. 133 CPJA, des frais de procédure ne peuvent pas être exigés de la Confédération, de l'Etat, des communes et d'autres personnes de droit public, ainsi que des particuliers et des institutions privées chargées de tâches de droit public, à moins que leurs intérêts patrimoniaux ne soient en cause.

Tribunal cantonal TC Page 13 de 14 En l'espèce, même si le recours est admis, des frais ne peuvent pas être mis à la charge de l'Etat dans la mesure où les contributions publiques ne font pas partie des intérêts patrimoniaux d'une collectivité publique au sens de l’art. 133 CPJA (RFJ 1992 p. 206 ss et 188 ss, consid. 5). Il n’est en conséquence pas perçu de frais. L’avance de frais versée par la recourante lui est restituée. 7.2. Par ailleurs, il résulte de l’art. 64 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021), applicable par le renvoi de l’art. 144 al. 4 LIFD, que la Cour fiscale peut allouer, d’office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés. L’art. 137 al. 1 CPJA prévoit pour sa part que, notamment en cas de recours devant une autorité statuant en dernière instance cantonale, l’autorité de la juridiction administrative alloue, sur requête, à la partie qui obtient gain de cause une indemnité pour les frais nécessaires qu’elle a engagés pour la défense de ses intérêts. Conformément à l'art. 8 al. 1 du Tarif des frais de procédure et des indemnités en matière de juridiction administrative (Tarif JA; RSF 150.12), les honoraires alloués pour la représentation ou l'assistance de la partie sont fixés entre CHF 200.- et CHF 10'000.-. L’art. 138 al. 1 CPJA prévoit qu’aucune indemnité de partie ne doit être allouée dans certains cas. En l’espèce, aucune conclusion n’a été prise dans ce sens et aucune liste de frais n’a par ailleurs été produite. Compte tenu du déroulement de la procédure, de la teneur du recours et du fait que l’admission du recours est liée pour l’essentiel au choix de l’autorité intimée de reprendre la procédure ordinaire au stade de la décision sur réclamation, quand bien même les violations par la recourante de ses obligations de procédure se sont succédées, aucune indemnité de partie ne doit être allouée à la recourante. (dispositif en page suivante)

Tribunal cantonal TC Page 14 de 14 la Cour arrête : Impôt fédéral direct (604 2024 115) I. Le recours est admis. Partant, la décision sur réclamation du 8 août 2024 est annulée et la cause est renvoyée au Service cantonal des contributions pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants. Impôt cantonal (604 2024 116) II. Le recours est admis. Partant, la décision sur réclamation du 8 août 2024 est annulée et la cause est renvoyée au Service cantonal des contributions pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants. Frais et indemnité de partie III. Il n’est pas perçu de frais de procédure. L’avance de frais de CHF 6'000.- versée par la recourante lui est restituée. IV. Aucune indemnité de partie n’est allouée. Notification. Conformément aux art. 82 ss de la loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110), le présent arrêt peut être porté devant le Tribunal fédéral, à Lucerne, dans les 30 jours qui suivent sa notification par la voie du recours en matière de droit public. Fribourg, le 20 avril 2026/nba Le Président La Greffière-rapporteure