Staats- und Gemeindesteuern 1.7.2015 - 30.6.2016 und 1.7.2016 - 30.6.2017 | Zwangsaufwertung von nicht mehr begründeten Wertberichtigungen und Abschreibungen bei qualifizierten Beteiligungen. Kognition des Verwaltungsgerichts (E. 1). Elektronische Eingaben und grundsätzliche Nachfristansetzung bei versehentlicher Verwendung einer elektronischen Signatur nach EU-Recht (E. 2). Wertberichtigungen und Abschreibungen auf den Gestehungskosten von qualifizierten Beteiligungen werden im Sinn einer sogenannten Zwangsaufwertung dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind (E. 3). Die Zwangsaufwertung im Rahmen einer nachhaltigen Werterholung ist nicht bloss auf Missbrauchsfälle beschränkt und widerspricht nicht dem Leistungsfähigkeitsprinzip (E. 4). Berechnung der Höhe der gewinnsteuerlichen Aufwertung: Um die Entlastung von sogenannten wieder eingebrachten Abschreibungen auszuschliessen, bilden die in der Regel den Anschaffungskosten entsprechenden Gestehungskosten die Untergrenze für den Beteiligungsabzug und die Obergrenze für die Zwangsaufwertung (E. 5). Die Zwangsaufwertung orientiert sich grundsätzlich am Börsenkurs, setzt aber eine nachhaltige Werterholung der Beteiligung voraus. Hiervon kann bei kotierten Aktien ausgegangen werden, wenn der Kurs des Titels über eine längere Zeit nicht mehr unter einen bestimmten Wert gefallen ist, wobei einzelne kurzfristige Ausschläge nach unten und oben ausser Acht zu lassen sind (E. 6). Übertragbarkeit auf das kantonssteuerliche Verfahren (E. 7), Abweisung des Rückweisungsantrags (E. 8). Ausgangsgemässe Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen (E. 9). Abweisung der vereinigten Beschwerden.
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Geschäftsnummer: SB.2023.00094 Entscheidart und -datum: Endentscheid vom 18.12.2024 Spruchkörper: 2. Abteilung/2. Kammer Weiterzug: Das Bundesgericht hat eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen diesen Entscheid am 04.09.2025 abgewiesen. Rechtsgebiet: Steuerrecht Betreff: Staats- und Gemeindesteuern 1.7.2015 - 30.6.2016 und 1.7.2016 - 30.6.2017
Zwangsaufwertung von nicht mehr begründeten Wertberichtigungen und Abschreibungen bei qualifizierten Beteiligungen. Kognition des Verwaltungsgerichts (E. 1). Elektronische Eingaben und grundsätzliche Nachfristansetzung bei versehentlicher Verwendung einer elektronischen Signatur nach EU-Recht (E. 2). Wertberichtigungen und Abschreibungen auf den Gestehungskosten von qualifizierten Beteiligungen werden im Sinn einer sogenannten Zwangsaufwertung dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind (E. 3). Die Zwangsaufwertung im Rahmen einer nachhaltigen Werterholung ist nicht bloss auf Missbrauchsfälle beschränkt und widerspricht nicht dem Leistungsfähigkeitsprinzip (E. 4). Berechnung der Höhe der gewinnsteuerlichen Aufwertung: Um die Entlastung von sogenannten wieder eingebrachten Abschreibungen auszuschliessen, bilden die in der Regel den Anschaffungskosten entsprechenden Gestehungskosten die Untergrenze für den Beteiligungsabzug und die Obergrenze für die Zwangsaufwertung (E. 5). Die Zwangsaufwertung orientiert sich grundsätzlich am Börsenkurs, setzt aber eine nachhaltige Werterholung der Beteiligung voraus. Hiervon kann bei kotierten Aktien ausgegangen werden, wenn der Kurs des Titels über eine längere Zeit nicht mehr unter einen bestimmten Wert gefallen ist, wobei einzelne kurzfristige Ausschläge nach unten und oben ausser Acht zu lassen sind (E. 6). Übertragbarkeit auf das kantonssteuerliche Verfahren (E. 7), Abweisung des Rückweisungsantrags (E. 8). Ausgangsgemässe Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen (E. 9). Abweisung der vereinigten Beschwerden.
Rechtsnormen: Art. 58 Abs. I DBG Art. 62 Abs. I DBG Art. 62 Abs. IV DBG Art. 69 DBG Art. 70 Abs. I DBG Art. 70 Abs. IV DBG Art. 140 Abs. I DBG Art. 140 Abs. II DBG Art. 145 Abs. I DBG Art. 145 Abs. II DBG Art. 147 DBG Art. 151 DBG Art. 207a Abs. II DBG Art. 14 Abs. IIbis OR Art. 960b Abs. I OR § 64 Abs. I Ziff. 5 StG § 72 StG § 72 Abs. I StG § 72a StG § 73 StG § 78 StG § 79 Abs. I StG § 147 Abs. IV StG § 153 Abs. I StG § 153 Abs. III StG § 153 Abs. IV StG § 155 StG § 160 StG Art. 28 Abs. Ibis StHG Art. 28 Abs. Iter StHG § 14 VO StG § 71 VRG § 130 Abs. I ZPO
Publikationen: - keine - Gewichtung: (1 von hoher / 5 von geringer Bedeutung) Gewichtung: 2
Verwaltungsgericht des Kantons Zürich 2. Abteilung
SB.2023.00094 SB.2023.00095
Urteil
der 2. Kammer
vom 18. Dezember 2024
Mitwirkend: Abteilungspräsident Andreas Frei (Vorsitz), Verwaltungsrichterin Silvia Hunziker, Ersatzrichter Marco Greter, Gerichtsschreiber Felix Blocher.
In Sachen
A AG,
vertreten durch lic. iur. B und/oder
lic. iur. C,
Beschwerdeführerin,
gegen
Kanton Zürich, vertreten durch das kantonale Steueramt,
Beschwerdegegner,
betreffend Staats- und Gemeindesteuern
1.7.2015 – 30.6.2016 und 1.7.2016 – 30.6.2017 sowie
direkte Bundessteuer
1.7.2015 – 30.6.2016 und 1.7.2016 – 30.6.2017,
hat sich ergeben:
I.
Die 2001 gegründete A AG (nachfolgend die Pflichtige) bezweckt gemäss Handelsregistereintrag die Beteiligung an in- und ausländischen Unternehmen aller Art. Insbesondere bezweckt sie, den Einfluss der Familie D auf die D Holding AG zu bündeln und gleichzeitig eine diversifizierte Vermögensanlage zu ermöglichen. Die Pflichtige übernahm bei der Gründung mittels Sacheinlage 162'070 Inhaberaktien der börsenkotierten D Holding AG (nachfolgend D-Holding) mit Nennwert zu je Fr. …, die später in Namenaktien mit Nennwert zu je Fr. … umgewandelt wurden. Anlässlich der Sacheinlage waren die Aktien aufgrund des Börsenkurses mit einem Wert von insgesamt Fr. … eingebucht worden. Das Aktienpaket entsprach im Mai 2001 einer Beteiligungsquote von 12,46 %, die nach einer Kapitalherabsetzung im April 2015 auf 14,25 % anstieg.
Nach den unbestrittenen Feststellungen des Steuerrekursgerichts wurden Wertveränderungen der Beteiligung D-Holding bis und mit Geschäftsjahr 2013/14 jeweils direkt auf dem Bilanzkonto ''Beteiligung'' nachvollzogen (Marktbewertung bzw. Mark-to-Market-Methode). In den Geschäftsjahren 2010/11 und 2011/12 wurde die Beteiligung nach Massgabe der Börsenkurse wertberichtigt und in den Geschäftsjahren 2012/13 und 2013/14 wieder aufgewertet. Am Bilanzstichtag per 30. Juni 2014 betrug der Beteiligungsbuchwert Fr. … (Fr. … pro Aktie), was dem Börsenkurs an diesem Tag entsprach. In den nachfolgenden Geschäftsjahren bis 2016/17 verblieb der Buchwert bei Fr. … pro Aktie, weil die Pflichtige ab dem Geschäftsjahr 2013/14 von der bisherigen Bilanzierungsmethode auf die Bewertungsmethode gemäss Niederstwertprinzip gewechselt hatte und die Beteiligung D-Holding neu zum (bisherigen) Buchwert oder tieferen Verkehrswert bilanzierte. Der Börsenkurs am Bilanzstichtag lag in diesen Jahren jeweils höher. Im Zeitraum vom 1. Juli 2017 bis 6. November 2019 wies die Aktie der D-Holding eine höhere Volatilität auf, worauf in den Erwägungen einzugehen ist.
Das kantonale Steueramt war mit den deklarierten Steuerfaktoren nicht einverstanden und teilte der Pflichtigen mit Veranlagungs- und Einschätzungsvorschlägen vom 8. April 2019 (Geschäftsjahr 2015/16) bzw. 3. Mai 2019 (Geschäftsjahr 2016/17) Gewinnaufrechnungen mit, welche die Pflichtige nicht akzeptierte. Nach einer am 28. August 2019 durchgeführten Besprechung, welche keine Einigung ergab, erliess das kantonale Steueramt am 24. September 2019 die Veranlagungsverfügungen für die direkte Bundessteuer, mit welchen bei der Gewinnsteuerberechnung gestützt auf Art. 62 Abs. 4 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG) sog. Zwangsaufwertungen in der Höhe von Fr. … (Geschäftsjahr 2015/16) bzw. Fr. … (Geschäftsjahr 2016/17) vorgenommen wurden. Die Gewinnaufrechnungen gingen von einem Wert von Fr. … pro Aktie (Geschäftsjahr 2015/16) bzw. Fr. … (Geschäftsjahr 2016/17) aus. In den gleichentags erlassenen Einschätzungsentscheiden für die Staats- und Gemeindesteuern wurden Fr. … (per 30. Juni 2016) bzw. Fr. … (per 30. Juni 2017) beim steuerbaren Eigenkapital als versteuerte stille Reserven aufgerechnet. Weil die Pflichtige in den streitbetroffenen Steuerperioden über das Holdingprivileg gemäss damals geltender Gesetzgebung verfügte, entfiel eine Aufrechnung bei der Gewinnsteuer. Die zusätzlich erforderlichen Steuerrückstellungen wurden mit Fr. … bzw. … berücksichtigt. Die Steuerfaktoren wurden wie folgt festgesetzt:
Die am 22. Oktober 2019 gegen die Veranlagungsverfügungen und Einschätzungsentscheide erhobenen Einsprachen wurden vom kantonalen Steueramt mit Entscheiden vom 15. November 2019 abgewiesen. Betreffend direkte Bundessteuer wurde darin versehentlich der massgebende Zeitraum der Steuerperioden falsch wiedergegeben, was das Steuerrekursgericht im Entscheid korrigierte. Allerdings unterlief der Vorinstanz in der Sachverhaltsdarstellung ihrerseits ein Versehen, indem sie für die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerperiode vom 1.7.2016 – 30.6.2017 das steuerbare Eigenkapital des Vorjahres vermerkte, statt den aktenkundigen, oben aufgeführten Betrag gemäss Einspracheentscheid zu übernehmen, was hiermit klargestellt wird.
II.
Die am 18. Dezember 2019 gegen die Einspracheentscheide erhobenen Rechtsmittel wurden vom Steuerrekursgericht am 22. August 2023 abgewiesen. Die unzutreffende Angabe der Steuerperioden für die direkte Bundessteuer wurde berichtigt und im Dispositiv aufgeführt.
III.
Mit Beschwerde vom 29. September 2023 – in Form einer elektronischen Eingabe an das Verwaltungsgericht – liess die Pflichtige die Aufhebung des Entscheids des Steuerrekursgerichts unter Kosten- und Entschädigungsfolge beantragen. In zahlenmässiger Hinsicht beantragte sie für die Staats- und Gemeindesteuern die Einschätzung mit einem Reingewinn von Fr. … und einem steuerbaren Kapital von Fr. … (Steuerperiode 2015/16) bzw. mit einem Reingewinn von Fr. … und einem steuerbaren Kapital von Fr. … (Steuerperiode 2016/17). Für die direkte Bundessteuer beantragte sie die Veranlagung des steuerbaren Reingewinns für beide Steuerperioden unter Berücksichtigung des Verlustvortrages mit Fr. …. Eventualiter wurde Rückweisung an die Vorinstanz beantragt. In prozessualer Hinsicht beantragte sie, die Vorinstanz anzuweisen, sämtliche Akten in Bezug auf das vorinstanzliche Verfahren vollständig dem Verwaltungsgericht zu übergeben.
Mit Präsidialverfügung vom 3. Oktober 2023 vereinigte das Verwaltungsgericht die Verfahren SB.2023.00094 (Staats- und Gemeindesteuern 1.7.2015 – 30.6.2015 und 1.7.2016 – 30.6.2017) und SB.2023.00095 (Direkte Bundessteuer 1.7.2015 – 30.6.2015 und 1.7.2016 – 30.6.2017). Da die Beschwerde eine ungültige Signatur enthielt, wurde der Pflichtigen Frist angesetzt, hierzu Stellung zu nehmen. Nach Eingang der entsprechenden Stellungnahme und einer mit gültiger Signatur versehenen Beschwerde zog das Verwaltungsgericht die vorinstanzlichen Akten bei und gab den übrigen Verfahrensbeteiligten Gelegenheit zur Stellungnahme.
Während sich das kantonale Steueramt am 24. Oktober 2023 ergänzend äusserte und Abweisung beantragte, verzichtete das Steuerrekursgericht auf Vernehmlassung. Die Eidgenössische Steuerverwaltung nahm am 16. November 2023 Stellung, bestätigte insbesondere die generelle Anwendbarkeit der Bestimmung über die Zwangsaufwertung und beantragte hinsichtlich der direkten Bundessteuer ebenfalls Abweisung. Das Steueramt der Stadt E liess sich nicht vernehmen.
Die Kammer erwägt:
1.
1.1 Mit der Steuerbeschwerde an das Verwaltungsgericht betreffend die Staats- und Gemeindesteuern können laut § 153 Abs. 3 des Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG) alle Rechtsverletzungen, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, und die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts geltend gemacht werden.
Das Verwaltungsgericht hat sich infolgedessen auf die reine Rechtskontrolle zu beschränken; dazu gehört auch die Prüfung, ob die Vorinstanzen den rechtserheblichen Sachverhalt gesetzmässig festgestellt haben. Dem Gericht ist es daher verwehrt, das vom Steuerrekursgericht in Übereinstimmung mit dem Gesetz ausgeübte Ermessen auf Angemessenheit hin zu überprüfen und so sein Ermessen anstelle desjenigen des Steuerrekursgerichts zu setzen. Die Prüfungsbefugnis des Verwaltungsgerichts erstreckt sich lediglich auf rechtsverletzende Ermessensfehler, d.h. auf Ermessensüberschreitung und auf Ermessensmissbrauch (RB 1999 Nr. 147).
1.2 Für die Beschwerde an das Verwaltungsgericht als weitere verwaltungsunabhängige kantonale Instanz im Bereich der direkten Bundessteuer gelten laut Art. 145 Abs. 2 DBG die Vorschriften von Art. 140 bis 144 DBG über das Beschwerdeverfahren vor der kantonalen Rekurskommission "sinngemäss", was nach der Rechtsprechung dahingehend auszulegen ist, dass die Überprüfungsbefugnis des Verwaltungsgerichts gleich wie bei den Staats- und Gemeindesteuern auf die Rechtskontrolle beschränkt ist (BGE 131 II 548 E. 2.5; vgl. RB 1999 Nr. 147).
1.3 Im Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht gilt sowohl für die Staats- und Gemeindesteuern wie auch für die direkte Bundessteuer das Novenverbot (BGE 131 II 548 E. 2.2.2). Für das Verwaltungsgericht ist somit die gleiche Aktenlage massgebend wie für das Steuerrekursgericht. Tatsachen oder Beweismittel, die nicht spätestens im Verfahren vor Steuerrekursgericht behauptet bzw. vorgelegt oder angerufen worden sind, dürfen infolgedessen im Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht grundsätzlich nicht nachgebracht werden (RB 1999 Nrn. 149 und 150, bestätigt in BGE 131 II 548 E. 2.3). Vom Novenverbot ausgenommen sind dagegen echte Noven, namentlich neue tatsächliche Behauptungen und Beweismittel, die auf einem Revisions- oder Nachsteuergrund (§ 155 bzw. § 160 StG und Art. 147 bzw. Art. 151 DBG) beruhen oder der Stützung von geltend gemachten Rechtsverletzungen dienen, die ihrer Natur nach neuer tatsächlicher Vorbringen oder Beweismittel bedürfen. Neue, erstmals vor Verwaltungsgericht gestellte Rechtsbegehren sind schliesslich allgemein zulässig, sofern sie sich nicht auf Tatsachen und Beweismittel stützen, welche unter das Novenverbot fallen (RB 1999 Nr. 149).
2.
2.1 Gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung Beschwerde beim Verwaltungsgericht erheben (vgl. § 153 Abs. 1 StG bzw. Art. 145 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 140 Abs. 1 DBG sowie § 14 der Verordnung über die Durchführung des DBG vom 4. November 1998 [VO DBG] und die entsprechende vorinstanzliche Rechtsmittelbelehrung).
2.2 Eingaben an das Verwaltungsgericht können hierbei sowohl in Papierform per Post als auch elektronisch eingereicht werden (§ 71 VRG in Verbindung mit Art. 130 Abs. 1 ZPO; Alain Griffel, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich [VRG], 3. A., Zürich etc. 2014 [Kommentar VRG], § 53 N. 4). Die Voraussetzungen gemäss der Verordnung über die elektronische Übermittlung im Rahmen von Zivil- und Strafprozessen sowie von Schuldbetreibungs- und Konkursverfahren vom 18. Juni 2010 (VeÜ-ZSSV) sind zu erfüllen. Demnach sind alle Dokumente im PDF-Format einzureichen und muss die Eingabe zwingend mit einer qualifizierten elektronischen Signatur unterzeichnet sowie fristgerecht an das Verwaltungsgericht ([email protected]) über eine anerkannte Zustellplattform übermittelt werden.
2.3 Die Beschwerdeschrift muss dabei einen Antrag und eine Begründung enthalten sowie rechtsgültig unterzeichnet sein. Genügt die Rechtsschrift diesen Erfordernissen nicht, ist der beschwerdeführenden Person grundsätzlich eine Nachfrist zur Behebung des Mangels anzusetzen, unter der Androhung, dass ansonsten auf ihr Rechtsmittel nicht eingetreten werde (§ 147 Abs. 4 in Verbindung mit § 153 Abs. 4 StG bzw. Art. 140 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 145 Abs. 2 DBG). Die Nachfristansetzung bedingt, dass der Beschwerdeführer in Unkenntnis der formellen Anforderungen an eine Beschwerde den Antrag oder die Begründung vergisst; sie fällt dagegen ausser Betracht, wenn die formellen Anforderungen bewusst nicht eingehalten werden, um eine faktische Erstreckung der Beschwerdefrist zu erreichen (vgl. Felix Richner et al., Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 4. A., Zürich 2021, § 147 N. 30).
2.4 Die mit dem Datum vom 29. September 2023 versehene Beschwerdeschrift wurde gleichentags als elektronische Eingabe an das Verwaltungsgericht übermittelt. Der angefochtene Entscheid war am 30. August 2023 zugestellt worden. Die Beschwerdefrist endete somit am 29. September 2023. Der ''Prüfbericht für der eigenhändigen Unterschrift gleichgestellte qualifizierte Signatur gemäss ZertES und OR Art. 14 Abs. 2bis'' wies die elektronische Eingabe (zusammenfassend) als nicht gültig signiertes Dokument aus. Gemäss Prüfbericht sei die Gültigkeit der ersten Signatur unbekannt, im Dokument seien nachträglich Änderungen vorgenommen worden, und die zweite Signaturgültigkeit sei ebenfalls unbekannt. Mit Präsidialverfügung vom 3. Oktober 2023 wurde der Beschwerdeführerin bzw. deren Rechtsvertretern eine Frist von 10 Tagen angesetzt, um zur Frage der Gültigkeit der qualifizierten elektronischen Signatur Stellung zu nehmen. In ihrer Stellungnahme vom 9. Oktober 2023 legten die Rechtsvertreter dar, dass bei einer der Signaturen versehentlich das Zertifikat nach EU-Recht verwendet worden sei und deswegen vermutlich Schwierigkeiten bei der Abspeicherung des Dokuments entstanden seien. Sie wiesen nach, dass beide elektronischen Signaturen am 29. September 2023 im Zeitraum von 12.47 Uhr bis 12.50 Uhr unter die Beschwerdeschrift gesetzt worden waren. Zudem reichten sie mit der Stellungnahme ein verbessertes Exemplar der Beschwerdeschrift mit gültigen elektronischen Signaturen ein.
2.5 Es hat sich ergeben, dass die Beschwerdeschrift versehentlich mit einer falschen elektronischen Signatur unterzeichnet wurde. Die Darstellung, dass dies vermutlich Schwierigkeiten bei der Abspeicherung des Dokuments verursacht habe und keine manuellen Veränderungen vorgenommen worden seien, erscheint glaubhaft. Aufgrund der zeitverzugslosen Unterzeichnung kann eine wesentliche Veränderung des Dokuments zwischen der Einfügung der beiden elektronischen Signaturen ausgeschlossen werden. Die versehentliche Verwendung der elektronischen Signatur nach EU-Recht statt Schweizer Recht hätte grundsätzlich zur Ansetzung einer Nachfrist geführt. Weil aber mit der Eingabe vom 9. Oktober 2023 bereits ein Exemplar mit gültigen elektronischen Signaturen nachgereicht wurde, entfiel die Nachfristansetzung. Die übrigen Formvorschriften sind erfüllt und die Rechtsmittelfrist wurde somit gewahrt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2.6 Die Einschätzungsakten und die Akten der Vorinstanz wurden beigezogen. Der entsprechende Antrag der Beschwerdeführerin ist damit gegenstandslos geworden.
3.
Die Pflichtige rügt die vom kantonalen Steueramt von Amtes wegen gestützt auf Art. 62 Abs. 4 DBG bzw. § 64 Abs. 1 Ziff. 5 StG im Rahmen früherer Wertberichtigungen mit Wirkung für die Steuerbilanzen vorgenommenen Aufwertungen auf ihrer Beteiligung an der D-Holding als gesetzwidrig. Sie erachtet die Anwendung der massgebenden Gesetzesbestimmungen in ihrem Fall als grundsätzlich falsch und beanstandet eventualiter überdies auch eine unrichtige Ermittlung der für die Berechnung des Aufwertungsbetrags relevanten Gestehungskosten bzw. des resultierenden Aufwertungsbetrags.
3.1 Gemäss Art. 69 DBG bzw. § 72 Abs. 1 StG ermässigt sich die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist (lit. a), zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist (lit. b) oder Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält (lit. c). Der Nettoertrag wird ermittelt, indem vom Betrag der Erträge aus den Beteiligungen, die eine der genannten Schwellen erreichen und sich demnach für die Ermässigung qualifizieren, gewisse Abzüge für "Finanzierungsaufwand" und "Verwaltungskosten" vorgenommen werden (Art. 70 Abs. 1 DBG bzw. § 72 Abs. 2 und 3 StG). Ferner werden Erträge nicht berücksichtigt, soweit sie mit einer Abschreibung auf derselben Beteiligung in einem Zusammenhang stehen (Art. 70 Abs. 3 DBG bzw. § 72 Abs. 3 StG). Kapitalgewinne aus der Veräusserung von qualifizierten Beteiligungen werden als Beteiligungsertrag berücksichtigt, wenn u.a. die Beteiligungsquote mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Gesellschaft beträgt oder einen Anspruch auf mindestens 10% des Gewinns und der Reserven begründet (die übrigen Voraussetzungen sind hier nicht relevant). Zum Beteiligungsabzug berechtigt der Gewinn einer – in diesem Sinne qualifizierten – Beteiligung insoweit, als der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt (Art. 70 Abs. 4 DBG, § 72a Abs. 1 f. StG).
3.2 Wertberichtigungen und Abschreibungen auf den Gestehungskosten von qualifizierten Beteiligungen im vorgenannten Sinn werden dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind (Art. 62 Abs. 4 DBG, § 64 Abs. 1 Ziff. 5 StG). Diese gesetzlich vorgesehene Abweichung von der Handelsbilanz wird auch als Zwangsaufwertung bzw. Aufwertungszwang bezeichnet (vgl. Silvan Guler/Katharina Manz in: Martin Zweifel/Michael Beusch (Hrsg.), Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, 4. Aufl., Basel 2022, Art. 62 DBG N 34; Peter Locher/Ernst Giger/Andrea Pedroli, Kommentar DBG, 2. Aufl., Basel 2022, Art. 62 DBG N 53; Markus Reich, Steuerrecht, 3. Aufl., Zürich 2020, § 20 N 5; Marco Greter, Der Beteiligungsabzug im harmonisierten Gewinnsteuerrecht, Diss. Zürich 2000, Band 3 der Schriften zum Steuerrecht, S. 227 ff.).
3.3 Der Einbezug von Veräusserungsgewinnen in die Berechnung des Beteiligungsabzugs erfolgte mit der per 1. Januar 1998 in Kraft getretenen Reform der Unternehmensbesteuerung 1997 (AS 1998, 671; BBl 1997 II 1164 ff.). Die Schwelle für die qualifizierten Beteiligungen wurde damals auf eine Beteiligungsquote von 20 Prozent angesetzt. Im Rahmen einer Teilrevision wurden mit dem Unternehmenssteuerreformgesetz II vom 23. März 2007 die Art. 70 Abs. 4 DBG und Art. 28 Abs. 1bis des Steuerharmonisierungsgesetzes vom 14. Dezember 1990 (StHG) mit Wirkung per 1. Januar 2011 angepasst und insbesondere die Mindestbeteiligungsquote für Beteiligungsgewinne auf 10 Prozent gesenkt (AS 2008, 2897). Aufgrund der gesetzlichen Verweisung in Art. 62 Abs. 4 DBG bzw. der Regelung in Art. 28 Abs. 1ter StHG gilt die entsprechende Mindestbeteiligungsquote auch für die Zwangsaufwertung.
4.
4.1 Die Pflichtige wurde in den streitbetroffenen Jahren nach kantonalem Recht gemäss dem mittlerweile aufgehobenen § 73 StG als Holdinggesellschaft von der Gewinnsteuer befreit, weshalb sich die steueramtliche Aufrechnung für die Staats- und Gemeindesteuern auf die Kapitalsteuer beschränkte. Das Steuerrekursgericht hat die Rechtslage in einem ersten Schritt hauptsächlich aus Sicht der direkten Bundessteuer geprüft und festgestellt, dass die entsprechenden Erwägungen für das kantonale Recht gleichermassen gelten. Das Vorgehen war unter den gegebenen Umständen sachgerecht und ist nicht zu beanstanden.
4.2 Das von der Pflichtigen im Jahr 2001 übernommene Aktienpaket der D-Holding entsprach damals einer Quote von 12,46 %, die im April 2015 infolge einer Kapitalherabsetzung auf 14,25 % anstieg. Bis zum Inkrafttreten der erwähnten Teilrevision von Art. 70 Abs. 4 DBG handelte es sich bei den Aktien der D-Holding um eine Beteiligung, welche die damalige gesetzliche Schwelle von 20 % nicht erreichte, weshalb ein allfälliger Veräusserungsgewinn nicht über den Beteiligungsabzug hätte entlastet werden können. Ab dem 1. Januar 2011 fiel die Beteiligung an der D-Holding infolge Senkung der Mindestquote auf 10 % in den Anwendungsbereich von Art. 70 Abs. 4 DBG und entsprechend auch unter die Norm über die Zwangsaufwertung gemäss Art. 62 Abs. 4 DBG.
4.3 Gemäss dem Wortlaut von Art. 62 Abs. 4 DBG werden Wertberichtigungen und Abschreibungen auf den Gestehungskosten von qualifizierten Beteiligungen im vorgenannten Sinn dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind. Es ist unbestritten, dass die Pflichtige in früheren Jahren ihre Beteiligung von rund Fr. … Mio. auf einen Bilanzwert von rund Fr. … Mio. wertberichtigt hatte, was einem Buchwert von Fr. … pro Aktie entspricht. Ebenfalls nicht bestritten ist, dass die Wertberichtigungen in den jeweiligen Erfolgsrechnungen als Aufwand verbucht wurden und dass der Gewinnsteuerwert per 30. Juni 2015 dem Buchwert der Handelsbilanz entsprach. Weiter steht als unbestritten fest, dass die Börsenkurse per 30. Juni 2016 bei Fr. … und per 30. Juni 2017 bei Fr. … pro Aktie lagen. Der Börsenwert der Aktien der D-Holding lag somit an den entsprechenden Bilanzstichtagen erheblich über dem Buch- bzw. Gewinnsteuerwert, was die Pflichtige nicht bestreitet. Hingegen vertritt sie im Wesentlichen die Auffassung, Art. 62 Abs. 4 DBG sei eine reine Missbrauchsbestimmung, die auf sie nicht anwendbar sei, weil die Bestimmung restriktiv anzuwenden und ihr kein Missbrauch vorzuwerfen sei.
4.4 Das Steuerrekursgericht hat sich eingehend mit der Frage beschäftigt, ob Art. 62 Abs. 4 DBG generell oder nur in Missbrauchsfällen anwendbar ist. Wie das Gericht zutreffend festgestellt hat, ist eine Gesetzesauslegung dann notwendig und angebracht, wenn Zweifel bestehen, ob der Wortlaut einer Norm den eigentlich gewollten Sinn wiedergibt oder wenn der Wortlaut unklar ist. Dabei steht die grammatikalische Auslegung an erster Stelle, denn vom klaren Wortlaut einer Norm darf nur abgewichen werden, wenn triftige Gründe dafür bestehen, dass er nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt (BGE 131 II 217 E. 2.3). Wie das Steuerrekursgericht zutreffend festgestellt hat – und worauf verwiesen wird –, kann dem Wortlaut von Art. 62 Abs. 4 DBG nichts entnommen werden, was darauf schliessen lässt, die Norm greife nur bei einem Missbrauch. Der Satzteil ''…werden dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind'' entspricht wörtlich dem für Rückstellungen anwendbaren Art. 63 Abs. 2 DBG, dessen Anwendung nach Lehre und Rechtsprechung keinen Missbrauch voraussetzt. Dass anlässlich der parlamentarischen Beratungen einzelne Votanten die Norm als Missbrauchsbestimmung bezeichneten, reicht nicht für die Annahme aus, der Wortlaut gebe nicht den gewollten Sinn wieder. Wie das Steuerrekursgericht zutreffend festhält, wäre es für den Gesetzgeber ein Leichtes gewesen, die Anwendung der Norm durch eine Formulierung wie z.B. in Art. 70 Abs. 5 DBG auf Missbrauchsfälle zu beschränken. Dass er stattdessen jeglichen Hinweis auf Missbräuche unterliess und den für nicht mehr begründete Rückstellungen geltenden Wortlaut übernahm, zeigt deutlich, dass der Gesetzgeber den Anwendungsbereich nicht auf offensichtliche Missbräuche einschränken wollte (BGE 147 II 155 E. 10.4.2; Guler/Manz, Art. 62 DBG N 34 und N 38; Reich, a.a.O., § 20 N 5; Greter, S. 234; a.M. Dominik Bürgy, Zwangsaufwertung von wertberichtigten massgeblichen Beteiligungen gemäss Art. 62 Abs. 4 DBG – Alles ganz einfach? ASA 90 [2021/22] S. 32 f.). Die Schlussfolgerung des Steuerrekursgerichts, dass Art. 62 Abs. 4 DBG keine reine Missbrauchsbestimmung darstelle und deshalb auch auf die Pflichtige anzuwenden sei, erweist sich als gesetzmässig.
4.5 Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, der Gesetzeswortlaut sei nur vermeintlich klar (N 26). Alle anderen Überlegungen sprächen demgegenüber dafür, dass die Anwendung auf steuerumgehungsähnliche Sachverhalte beschränkt werde. Dafür werden insbesondere einzelne Voten aus den Verhandlungen der Eidg. Räte anlässlich der Gesetzgebung zur Unternehmenssteuerreform I im Jahr 1997 als Belege angeführt (N 27 ff.). Damit wird allerdings etwas zu kurz gegriffen. Im zitierten Votum von Bundesrat Villiger in der Ständeratsdebatte vom 30. September 1997 lässt der – in der Beschwerdeschrift weggelassene Textteil – durchaus eine andere Interpretation zu. Konkret geht es um folgende Aussagen von Bundesrat Villiger:
«…aber nur bis zu dieser Schwelle. Wenn es darüber hinausgeht, ist es steuerfrei, was man ja will. So gesehen glaube ich nicht, dass dies ein Standortnachteil ist, denn jedermann sieht, dass man nicht einerseits etwas abschreiben kann, es aber dem Fiskus nicht zurückgibt, wenn der Wert wieder steigt. Es ist selbstverständlich, dass die Steuerbehörden nicht jedes Jahr Zeit haben, das so zu machen. Sie werden einen Rhythmus finden müssen. Man erwartet eigentlich vom Steuerpflichtigen, dass er dies selber bewertet, wenn es wiederkommt. Auch ein solches Verhalten gibt es in der Schweiz wahrscheinlich noch.» (Amtl. Bulletin vom 30. September 1997, S. 840).
Mit dem bundesrätlichen Votum lässt sich – entgegen der Auffassung der Pflichtigen – keineswegs belegen, dass es bloss darum ging, die Möglichkeit der Korrektur von umgehungsnahen Tatbeständen zu schaffen. Im Gegenteil sagte Bundesrat Villiger im Ständerat deutlich, dass die Abschreibungen im Falle einer Werterholung generell rückgängig gemacht werden sollen. Mit dem Hinweis auf die erwarteten Selbstdeklarationen der Unternehmen bekräftigte er, dass es um eine für alle Betroffenen verbindliche Norm geht. Bundesrat Villiger äusserte sich auch im Nationalrat im Zusammenhang mit dem vom Bundesrat vorgeschlagenen Systemwechsel zur objektmässigen Freistellung der Beteiligungserträge. Er kritisierte das Festhalten am bisherigen Beteiligungsabzug und dessen Erweiterung auf Veräusserungsgewinne mit folgenden Worten: ''Das bietet für die Holdinggesellschaften einen Komfort, der nach unseren Kenntnissen weltweit seinesgleichen sucht. Diese Gesellschaften können nicht nur Finanzierungs- und Verwaltungskostenüberschüsse für jede einzelne Beteiligung an die übrigen Betriebserträge anrechnen – dafür habe ich sogar ein gewisses Verständnis, weil das beim bundesrätlichen Entwurf zu einer Verschlechterung führen würde; dem allein könnte ich durchaus zustimmen –, sondern sie können sogar alle Beteiligungsverluste auf einzelnen Beteiligungen mit Erträgen aus dem normalen Betrieb, die gar nichts mit den Beteiligungen zu tun haben, verrechnen, und zwar selbst dann, wenn gleichzeitig andere Beteiligungsgewinne steuerfrei anfallen. Das ist einfach auch eine Frage der Gerechtigkeit, der intellektuellen Redlichkeit. Es ist ein 'Weggli-und-Batzen-Entscheid', sogar noch mit Schokolade. Darüber muss im Ständerat nochmals gesprochen werden'' (BR Villiger, Amtl. Bull. NR, 30. April 1997, S. 790 f.). Der Vertreter des Bundesrats war offensichtlich der Meinung, dass die Erweiterung des Beteiligungsabzugs auf Veräusserungsgewinne den Holdinggesellschaften ungerechtfertigte Steuervorteile verschaffen könnte, was die Abläufe im Ständerat als Zweitrat teilweise zu erklären vermag.
4.6 Die Beurteilung von Aussagen von Parlamentsmitgliedern muss überdies in einem grösseren Zusammenhang erfolgen. Die ursprüngliche bundesrätliche Vorlage sah noch einen Systemwechsel zur direkten Freistellung vor (dazu Greter, S. 20 ff. mit weiteren Hinweisen, auch zum Folgenden). Beteiligungserträge jeglicher Art und mit Beteiligungen zusammenhängende Aufwendungen wären danach für die Ermittlung des steuerbaren Reingewinns nicht berücksichtigt worden. Damit hätten Abschreibungen bzw. Wertberichtigungen auf qualifizierten Beteiligungen – dem Votum von Bundesrat Villiger entsprechend – überhaupt nicht mehr mit den übrigen Erträgen verrechnet werden können. Der Nationalrat als Erstrat wollte jedoch wie erwähnt am indirekten System des Beteiligungsabzugs festhalten. Die vorberatende Kommission des Ständerats beantragte demgegenüber zunächst die Einführung eines Beteiligungsabzugs mit einer Art Teilspartenrechnung, bei welchem Abschreibungen und Wertberichtigungen auf Beteiligungen – wie von Bundesrat Villiger angesprochen – grundsätzlich nicht mit Erträgen ausserhalb der Beteiligungssparte verrechenbar gewesen wären (vgl. Greter, S. 24 m.w.H.), was vom Plenum jedoch zurückgewiesen wurde. In der Folge führte die zuständige Kommission mehrere Aussprachen mit Vertretern der Steuerverwaltung, der Steuerrechtswissenschaft und Unternehmensvertretern durch und schloss sich mit einigen Ergänzungen grundsätzlich dem Konzept des Nationalrats an. Wie der Berichterstatter im Ständerat ausdrücklich erwähnte, habe man aber nicht einfach den Beschluss des Nationalrats übernommen, sondern diese Lösung durch klare Missbrauchsbestimmungen ergänzt (Ständerat Schüle, Amtl. Bull. 30. September 1997, S. 828). Anlässlich der Behandlung des Art. 62 Abs. 4 DBG orientierte der Berichterstatter zudem darüber, dass in der Kommission eine Befristung der Zwangsaufwertung diskutiert und schliesslich ausdrücklich verworfen worden sei (Schüle, a.a.O. S. 839). Bei einigen Mitgliedern der ständerätlichen Kommission bestand ein Unbehagen darüber, dass bei Wertverlusten steuerwirksam abgeschrieben werden kann und nach einer Werterholung mit der Besteuerung bis zum Beteiligungsverkauf zugewartet werden muss (vgl. Greter, S. 233). Offensichtlich bildeten die Art. 62 Abs. 4 und 70 Abs. 5 DBG für die ständerätliche Kommission die wesentlichen flankierenden Massnahmen, um sich letztlich dem Konzept des Nationalrats anzuschliessen. Während in Art. 70 Abs. 5 DBG ausdrücklich eine ungerechtfertigte Steuerersparnis vorausgesetzt wird, fehlt ein solcher Vorbehalt in Art. 62 Abs. 4 DBG. Den Eidg. Räten war somit klar, dass sie mit Art. 62 Abs. 4 DBG im Unterschied zu Art. 70 Abs. 5 DBG eine verobjektivierte steuersystematische Korrekturnorm schufen, deren Wirkung sie zudem durch den bewussten Verzicht auf eine Befristung auf Dauer festlegten.
4.7 Die Vertreter der Beschwerdeführerin machen weiter geltend, das Steuerrekursgericht habe den kritisch eingestellten Autor Dominik Bürgy sinnverkehrt zitiert (N 26). Ob der Autor erst durch diesen konkreten Steuerstreit zur Publikation motiviert wurde, kann dahingestellt bleiben. Im zitierten Artikel empfiehlt er zwar eine Anpassung des Gesetzestextes, scheint aber de lege lata auch eine Einschränkung des Anwendungsbereichs auf dem Auslegungsweg zu vertreten (Bürgi, a.a.O., ASA 90 S. 45). Selbst wenn das Steuerrekursgericht den zitierten Autor diesbezüglich missverstanden hätte, wäre dies hier nicht entscheidrelevant. Die Erwägungen des Gerichts bezüglich des Anwendungsbereichs der Bestimmung sind konsistent und gesetzmässig.
4.8 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin verletzt die Zwangsaufwertung im Rahmen einer nachhaltigen Werterholung das Leistungsfähigkeitsprinzip nicht. Durch Wertzunahme eines Aktivums entstandene stille Reserven sind für die Beurteilung der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit auch dann mit zu berücksichtigen, wenn sie noch nicht realisiert wurden. Dieser bei der Besteuerung von Rückstellungen gemäss Art. 63 Abs. 2 DBG unbestrittene Grundsatz gilt analog auch für wertberichtigte Beteiligungen. Ob sich die frühere Bildung einer Rückstellung im Ergebnis steuermindernd auswirkte oder ob die steuerpflichtige Unternehmung in der damaligen Steuerperiode keinen Steuervorteil geniessen konnte, sei es wegen einer längeren Verlustphase oder infolge eines hohen Beteiligungsabzugs, ist für die spätere Besteuerung einer nicht mehr geschäftsmässig begründeten Rückstellung irrelevant. Dies gilt sinngemäss auch für Art. 62 Abs. 4 DBG.
4.9 Die Beschwerdeführerin führt ferner auch teleologische Aspekte ins Feld. Nach der Rechtsprechung darf die Auslegung – wie bereits begründet – vom klaren Wortlaut eines Rechtssatzes nur dann abweichen, wenn triftige Gründe dafür bestehen, dass er nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt. Solche triftigen Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte, aus dem Sinn und Zweck der Vorschrift und aus dem Zusammenhang mit anderen Gesetzesbestimmungen ergeben (BGE 131 II 217 E. 2.3). Das Steuerrekursgericht hat sich mit der diesbezüglichen bundesgerichtlichen Rechtsprechung auseinandergesetzt und ist zu Recht zum Schluss gekommen, der Wortlaut von Art. 62 Abs. 4 DBG sei klar, was sie u.a. auch mit den Materialien begründete (vgl. vorne E. 4.4 ff.). Dass eine reine, auf umgehungsähnliche Vorgänge eingeschränkte Missbrauchsnorm vielleicht auch genügt hätte, um den angestrebten Hauptzweck der Norm zu erfüllen, bedeutet keineswegs, dass der Wortlaut nicht den wahren Sinn wiedergibt und die Bestimmung abweichend vom Wortlaut auszulegen ist. Der Gesetzgeber hatte sich klar für eine allgemeingültige Norm entschieden. Das Steuerrecht kennt auch andere Missbrauchsbestimmungen, mit denen umgehungsähnlichen Vorgängen begegnet werden soll, die als verobjektivierte Tatbestände ausgestaltet wurden, wie z.B. die Veräusserungssperrfrist gemäss Art. 19 Abs. 2 DBG oder die Transponierung gemäss Art. 20a Abs. 1 lit. b DBG. Auf die appellatorische Kritik am vorinstanzlichen Urteil ist nicht weiter einzugehen.
4.10 Wieso systematische Aspekte ergeben sollen, dass der Wortlaut von Art. 62 Abs. 4 DBG den eigentlich gewollten Sinn nicht wiedergeben oder der Wortlaut unklar sein soll, lässt sich aufgrund der Beschwerdebegründung nicht schlüssig nachvollziehen. Dass der Beteiligungsabzug grundsätzlich die Drei- und Mehrfachbesteuerung beseitigen oder mildern soll, ist unbestritten und hilft hier nicht weiter. Dass mit Art. 62 Abs. 4 DBG eine Mehrfachbelastung eingeführt oder in Kauf genommen werde, ist eine unzutreffende Behauptung. Wenn schon aus der Systematik des Gesetzes etwas hergeleitet werden soll, wäre festzustellen, dass geschäftsmässig begründete Abschreibungen auf Beteiligungen zwar steuerwirksam zulässig sind (Art. 62 Abs. 1 DBG), sie jedoch im Falle einer Werterholung im entsprechenden Umfang wieder dem steuerbaren Gewinn hinzugerechnet werden müssen (Art. 62 Abs. 4 DBG), was durchaus konsequent ist.
4.11 Sowohl die Abschreibungen als auch die Zwangsaufwertung sind systematisch im 1. Kapitel (Steuerobjekt) des Zweiten Titels des DBG geregelt. Es handelt sich somit um Bestimmungen, welche die Bemessung des (steuerbaren) Reingewinns regeln. Der Beteiligungsabzug ist hingegen im 2. Kapitel (Steuerberechnung) geregelt und wirkt sich nicht auf das Steuerobjekt, sondern erst bei der Berechnung des Gewinnsteuerbetrages aus. Die vom Bundesrat vorgeschlagene direkte Freistellung der Beteiligungserträge hätte unmittelbar bei der Ermittlung des steuerbaren Reingewinns angesetzt. Die vom Gesetzgeber jedoch vorgezogene Erweiterung des – bei der Festsetzung des Gewinnsteuerbetrags ansetzenden – Beteiligungsabzugs auf Veräusserungsgewinne führte zwangsläufig zu dogmatischen Unebenheiten und Inkongruenzen, was durchaus bekannt war (vgl. Greter, S. 111 ff.). Die vom Gesetzgeber beschlossenen flankierenden Massnahmen verfolgen deshalb den Zweck, die Inkongruenzen – die sich nicht komplett vermeiden lassen – möglichst klein zu halten. Mit dem (abgelehnten) Wechsel zur objektmässigen Freistellung der Beteiligungssparte oder mit der im Gesetzgebungsverfahren vorübergehend erwogenen Teilspartenrechnung wären Abschreibungen bzw. Wertberichtigungen auf Beteiligungen nur noch mit Beteiligungserträgen verrechenbar gewesen. Die volle Besteuerung der übrigen Nettoerträge ohne Berücksichtigung der verbuchten Verluste auf Beteiligungen wäre im Lichte des Leistungsfähigkeitsprinzips wohl auch nicht völlig konfliktfrei gewesen, was hier jedoch nicht relevant ist.
5.
5.1 Das Steuerrekursgericht hat die grundsätzliche Anwendung der Zwangsaufwertungsnorm gemäss Art. 62 Abs. 4 DBG zu Recht bestätigt. Demzufolge bleibt noch die Berechnung der Höhe der gewinnsteuerlichen Aufwertung zu prüfen. Die Beteiligung wurde im Mai 2001 mit einem Buchwert von Fr. … pro Aktie eingebracht. Der Buchwert reduzierte sich in der Folge durch Abschreibungen bzw. Wertberichtigungen auf Fr. … pro Aktie, was nicht bestritten ist. Weil die Pflichtige gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen während der Besitzesdauer weder Aktien veräusserte noch Zukäufe getätigt hatte, entsprechen die Gestehungskosten dem Einbringungswert und belaufen sich daher auf Fr. … pro Aktie.
5.2 Veräusserungsgewinne qualifizieren sich nur insoweit für den Beteiligungsabzug, als sie die Gestehungskosten übersteigen (Art. 70 Abs. 4 DBG). Der Gestehungskostenbegriff ist ein zentrales Element des erweiterten Beteiligungsabzugs, weil er dazu dient, eine systematische Gegensätzlichkeit zu überbrücken (vgl. Greter, S. 198 f.). Einerseits sollen die Veräusserungsgewinne – die buchmässig als Differenz zwischen Erlös und Buchwert anfallen – entlastet, anderseits sollen begründete Wertberichtigungen – die den Buchwert reduzieren – steuerwirksam zugelassen werden. Um die Entlastung von sog. wieder eingebrachten Abschreibungen auszuschliessen, bilden die Gestehungskosten die Untergrenze für den Beteiligungsabzug und die Obergrenze für die Zwangsaufwertung. Weil die Pflichtige nicht geltend macht, während der Besitzesdauer anrechenbare Investitionen in die Beteiligung vorgenommen oder Leistungen erhalten zu haben, welche die Gestehungskosten verändern, ist für die Ermittlung der Gestehungskosten grundsätzlich auf den Zeitpunkt der Einbringung der Aktien abzustellen. Die Gestehungskosten entsprechen in der Regel den Anschaffungskosten, d.h. den für die Investition in die Beteiligung aufgewendeten Kosten, bzw. bei einer Sacheinlage der Aktien deren Einbringungswert gemäss Bilanz (Fabian Duss/Marco Buchmann in: Zweifel/Beusch, Art. 70 DBG N 33a; Locher/Giger/Pedroli, Art. 70 DBG N 61 f.; Greter, S. 199). Es ist nicht bestritten, dass die Beteiligung mit einem Wert von Fr. … pro Aktie eingebracht und entsprechend bilanziert wurde. Ebenso steht fest, dass die Aktien danach aufgrund tieferer Börsenkurse wertberichtigt wurden.
5.3 Der Zwangsaufwertung unterliegt grundsätzlich die Differenz zwischen dem Buchwert und dem Verkehrswert der Beteiligung, wobei die Gestehungskosten als obere Aufwertungsgrenze gelten (Art. 62 Abs. 4 DBG). Wie das Steuerrekursgericht unbestrittenermassen festgestellt hat, wurde für die Aufwertung per 30. Juni 2016 auf den dannzumaligen Börsenkurs von Fr. … pro Aktie abgestellt, wogegen per 30. Juni 2017 nicht der damalige Börsenkurs von Fr. … pro Aktie berücksichtigt, sondern der Aufwertung ein Wert von Fr. … pro Aktie zugrunde gelegt wurde. Der Rahmen bis zum Börsenkurs der Aktien der D-Holding am Bilanzstichtag wurde demnach für die Zwangsaufwertung nicht ausgeschöpft. Gemäss den unbestrittenen Feststellungen des Steuerrekursgerichts stieg der Kurs im Juni 2018 bis auf über Fr. … und sank bei erhöhter Volatilität bis auf Fr. … per 6. November 2019. Bis zum Datum des vorinstanzlichen Entscheids fiel der Börsenkurs, von zwei kurzzeitigen Schwankungen ausgenommen, nie mehr unter Fr. … pro Aktie. Die Feststellung des Steuerrekursgerichts, dass sich der Wert der Beteiligung erholt habe und deshalb der Wertzuwachs gemäss Art. 62 Abs. 4 DBG dem steuerbaren Gewinn zuzurechnen sei, erweist sich als gesetzmässig. Die Werterholung hatte im Zeitpunkt der Einschätzung bereits mehrere Jahre Bestand und erweist sich auch im Zeitpunkt des vorinstanzlichen Urteils, wie das Steuerrekursgericht zutreffend feststellt, noch als nachhaltig im Sinne der anwendbaren Rechtsnorm.
5.4 Die Beschwerdeführerin vertritt demgegenüber die Meinung, auf vor dem 1. Januar 2011 vorgenommene Abschreibungen bzw. Wertberichtigungen könne nicht zurückgekommen werden. Sie begründet dies hauptsächlich mit einer unzulässigen Rückwirkung der per 1. Januar 2011 in Kraft gesetzten Teilrevision des Bundesrechts. Demgegenüber begründete das Steuerrekursgericht zu Recht (worauf verwiesen werden kann) das Abstellen auf die Gestehungskosten anlässlich der Einbringung der Beteiligung damit, dass ein erst nach der Inkraftsetzung des neuen Rechts eingetretener Sachverhalt, nämlich die (nachhaltige) Werterholung der abgeschriebenen Beteiligung, besteuert werde und deshalb keine unzulässige Rückwirkung vorliege. Dieser Schluss erweist sich als gesetzmässig.
5.5 Die Pflichtige hatte frühere Wertberichtigungen bis und mit Bilanzstichtag per 30. Juni 2014 durch buchmässige Aufwertungen auf den damaligen Börsenkurs von Fr. … rückgängig gemacht. Bis zu diesem Zeitpunkt eingetretene Werterholungen sind deshalb nicht von der Zwangsaufwertung betroffen. Es trifft zu, dass die streitbetroffene Beteiligung ab dem Inkrafttreten der Unternehmenssteuerreform I bis Ende 2010 nicht in den Anwendungsbereich von Art. 62 Abs. 4 DBG fiel, und zwar deshalb, weil sie unterhalb der für die Geltendmachung des Beteiligungsabzugs auf Veräusserungsgewinnen massgebenden Quote von 20 % lag. Für die Zwangsaufwertung gilt aufgrund der gesetzlichen Verweisung die Beteiligungsquote gemäss Art. 70 Abs. 4 lit. b DBG. Mit dem Unternehmenssteuerreformgesetz II vom 23. März 2007 wurde die Mindestbeteiligungsquote in Art. 70 Abs. 4 lit. b DBG mit Wirkung ab 1. Januar 2011 auf 10 % reduziert. Der Gesetzgeber sah dafür keine besondere übergangsrechtliche Regelung vor. Tatsächlich erhielten Beteiligungsgesellschaften mit bisher nicht qualifizierenden Beteiligungen mit Quoten ab 10 % mit dem Inkrafttreten der Reform auch Zugang zum erweiterten Beteiligungsabzug. Dieser wurde nicht etwa auf Wertzuwachsgewinne ab dem 1. Januar 2011 beschränkt, sondern wird nach den zuvor bereits für Beteiligungen ab 20 % geltenden Grundsätzen gewährt. Dies bedeutet unter anderem, dass für neu privilegierte Beteiligungen keine gesetzliche Neufestsetzung der Gestehungskosten per 1. Januar 2011 vorgesehen wurde. Konsequenterweise gilt für die nachträglich privilegierten (beim Inkrafttreten noch unrealisierten) Wertzuwachsgewinne die kongruente Anwendung der Zwangsaufwertungsnorm. Es ist im vorliegenden Fall nicht bestritten, dass die bis zum Inkrafttreten der Neuregelung verbuchen Wertberichtigungen auf der Beteiligung zugelassen wurden und den steuerbaren Reingewinn entsprechend reduzierten. Die steuerlichen Konsequenzen sind grundsätzlich dieselben, wie wenn die Mindestbeteiligungsquote von 10 % bereits bei der Gründung der Pflichtigen im Jahr 2001 gegolten hätte.
5.6 Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin liegt keine mit der per 1. Januar 1997 in Kraft getretenen Erweiterung des Beteiligungsabzugs auf Veräusserungsgewinne vergleichbare Rechtslage vor. Wie das Steuerrekursgericht zutreffend festhält, war die damalige Gesetzesrevision von der übergangsrechtlichen Regelung in Art. 207a Abs. 2 DBG begleitet, wonach der (damals neu eingeführte) Gestehungskostenbegriff für sog. Altbeteiligungen mit dem Gewinnsteuerwert im Zeitpunkt der Inkraftsetzung definiert wurde. Mit der Unternehmenssteuerreform II wurde lediglich die massgebende Beteiligungsquote von 20 % auf 10 % gesenkt. Diese entsprach grundsätzlich einer neuen Steuererleichterung für die Gesellschaften mit Beteiligungsquoten von weniger als 20 %, sofern sie die Schwelle von 10 % erreichten. Davon kann auch die Pflichtige im Veräusserungsfall profitieren, soweit der Erlös die Gestehungskosten übersteigt. Art. 207a Abs. 2 DBG ist ausdrücklich nur auf vor dem 1. Januar 1997 gehaltene Beteiligungen anwendbar und deshalb für den vorliegenden Sachverhalt nicht relevant.
5.7 Die Beschwerdeführerin versucht ihren Standpunkt mit der Gesetzgebung anlässlich der Einführung einer Grundstückgewinnsteuer zu untermauern. Das Steuerrekursgericht stellte im Zusammenhang mit seiner (gesetzmässigen) Feststellung, es liege keine verbotene Rückwirkung vor, lediglich fest, dass mit einer Grundstückgewinnsteuer auch Wertzuwachsgewinne besteuert werden können, die vor der Inkraftsetzung des neuen Rechts aufgelaufen sind, wenn sie nach Inkrafttreten des neuen Rechts realisiert werden. Wieso mit diesem – im vorliegenden Fall ohnehin nicht entscheidrelevanten Beispiel – das Gegenteil bewiesen werden soll, wird aus den Ausführungen der Beschwerdeführerin nicht klar. Dass bei Einführung einer neuen Kapitalgewinnsteuer darüber zu entscheiden ist, ob auch bis zum Inkrafttreten aufgelaufene, noch nicht realisierte Mehrwerte bei einer späteren Veräusserung Teil der Bemessungsgrundlage bilden sollen, ist wohl offensichtlich und nicht weiter zu begründen. Mit der Unternehmenssteuerreform II wurde jedoch keine neue Steuer auf Beteiligungsgewinne eingeführt, sondern für Beteiligungen ab 10 bis zu 20 % neu eine Steuerentlastung eingeführt. Es ist unbestritten, dass dieses Privileg auch für im Zeitpunkt des Inkrafttretens bereits aufgelaufene Wertzuwachsgewinne seit 1. Januar 1998 gilt. Dies hängt u.a. damit zusammen, dass auf den 1. Januar 2011 keine Neufestsetzung der Gestehungskosten vorgesehen wurde, was aber kein gesetzgeberisches Versehen war. Im Sinne der vom Gesetzgeber gewollten flankierenden Massnahmen ist es deshalb konsequent und gesetzmässig, dass auch der Rahmen einer Zwangsaufwertung aufgrund der tatsächlichen Verhältnisse seit 1998 bestimmt wird.
5.8 Die Behauptung, die vor 2011 vorgenommenen Abschreibungen hätten sich sozusagen im steuerfreien Raum befunden, trifft nicht zu (N 59). Die von der Pflichtigen bis und mit Geschäftsjahr 2013/14 angewandte Verbuchung aufgrund der Marktwerte hatte gemäss den unbestrittenen Feststellungen des Steuerrekursgerichts zur Folge, dass in gewissen Jahren aufwandwirksame Abschreibungen bzw. Wertberichtigungen auf der Beteiligung vorgenommen wurden, während bei Werterholungen die Beteiligung im handelsrechtlichen Abschluss wieder aufgewertet wurde. Beteiligungsaufwertungen unterliegen nach dem Massgeblichkeitsprinzip grundsätzlich der Gewinnsteuer, was wohl bei der Pflichtigen auch der Fall war (Art. 58 Abs. 1 DBG). Im Falle einer Beteiligungsveräusserung vor dem 1. Januar 2011 zu einem über dem Buchwert liegenden Preis hätte die Pflichtige einen steuerbaren Kapitalgewinn realisiert. Von einem steuerfreien Raum kann deshalb keine Rede sein.
5.9 Inwiefern sich aus den Übergangsbestimmungen zur Teilrevision des Zürcher Steuergesetzes vom 1. April 2019 (mit welcher u.a. das Holdingprivileg abgeschafft wurde) für das vorliegende Verfahren relevante Schlussfolgerungen ergeben sollen, ist unerfindlich. Der Umstand, dass anlässlich der Unterstellung von Holding- und Domizilgesellschaften unter die ordentliche Gewinnsteuer eine Sonderbestimmung betreffend die Aufdeckung von stillen Reserven vorgesehen wurde, hat keine Relevanz für die vorliegend zu beurteilenden Rechtsfragen. Dies ergibt sich bereits aus dem Regelungsbereich und dem viel späteren Inkrafttreten der Zürcher Gesetzesnovelle. Sollte mit dem Exkurs der Nachweis einer Gesetzeslücke bezweckt werden, wäre dieser gescheitert. Wie bereits ausführlich begründet, ist die gesetzliche Regelung klar und lückenlos (vgl. vorn E. 4.4 ff.). Auf die teils weitschweifigen und wenig konzisen Ausführungen dazu ist deshalb nicht weiter einzugehen.
5.10 Auch die Ausführungen der Beschwerdeführerin zum Periodizitätsprinzip und seine Stellung im Lichte des Leistungsfähigkeitsprinzips vermögen an der Gesetzmässigkeit des angefochtenen Entscheids nichts zu ändern. Sinn und Zweck der Zwangsaufwertung ist eben gerade die Besteuerung eines Wertzuwachses, bevor dieser durch eine Veräusserung realisiert wird. Damit geht die gesetzliche Konzeption entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin in diesen Fällen von einer periodenbezogenen Gewinnermittlung aus und verlangt (nachhaltige Werterholung vorbehalten) keine periodenübergreifende Betrachtungsweise. Die Regelung verletzt das Leistungsfähigkeitsprinzip nicht (vgl. vorne E. 4.8).
6.
6.1 Wie das Steuerrekursgericht zutreffend feststellt, setzt die Zwangsaufwertung eine nachhaltige Werterholung der Beteiligung voraus (Greter, S. 236 f.; Eidgenössische Steuerverwaltung [ESTV], Kreisschreiben Nr. 27 vom 17. Dezember 2009, Steuerermässigung auf Beteiligungserträgen von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, Ziff. 2.5.2, erster Absatz). Es ist unbestritten, dass die Steuerbehörden die Beweislast betreffend die nachhaltige Werterholung tragen. Die Höhe der vorgenommenen Zwangsaufwertungen hat sich grundsätzlich am Börsenkurs zu orientieren. Bei kotierten Aktien gilt der Börsenkurs am Bewertungsstichtag als Verkehrswert (VGr, 2. Februar 2011, SB.2010.00126 vom 2. Februar 2011, E. 2.1). Von einer nachhaltigen Erholung kann gemäss den Erwägungen des Steuerrekursgerichts bei kotierten Aktien dann ausgegangen werden, wenn der Kurs des Titels über eine längere Zeit nicht mehr unter einen bestimmten Wert gefallen ist, wobei einzelne kurzfristige Ausschläge nach unten und oben ausser Acht zu lassen sind, weil diese in der Regel auf singulären Ereignissen beruhen und sich die Werte wieder einpendeln. Diese Feststellung ist gesetzmässig.
6.2 Gemäss den unbestrittenen Feststellungen des Steuergerichts lag der Börsenkurs der D-Holding-Aktien mit Ausnahme einen kurzen pandemiebedingten Ausschlags nach unten (im März 2020) bis zum Urteilszeitpunkt nie mehr unter dem Wert von Fr. …, was dem Gewinnsteuerwert pro Aktie nach Zwangsaufwertung per 30.06.2017 entspricht. Wie den öffentlichen Börseninformationen zu entnehmen ist, hat sich seit dem Urteil des Steuerrekursgerichts der Börsenkurs an den meisten Handelstagen über Fr. … pro Aktie gehalten. Die vom Steuerrekursgericht festgestellte längerfristige Werterholung hat sich somit bestätigt und als nachhaltig erwiesen. Die Zwangsaufwertungen auf den damaligen Wert von Fr. … pro Aktie (per 30.06.2016) bzw. Fr. … per 30.06.2017 (bei einem Börsenkurs von Fr. …, vgl. E. 4.3) bewegen sich somit im Rahmen der nachhaltigen Werterholung der D-Holding-Aktien und sind damit auch in betraglicher Hinsicht gesetzmässig.
6.3 Die Beschwerdeführerin wendet dazu im Wesentlichen ein, der gewichtete Durchschnittskurs der Aktie betrage seit Börsengang lediglich Fr. … pro Aktie und das gewichtete Eigenkapital der D-Holding liege gar noch tiefer. Weiter ergebe sich auch aus der kapitalisierten Dividende ein tieferer Aktienwert. Das Massgeblichkeitsprinzip verlange eine nutzwertbasierte Betrachtung. Wenn bei kotierten Beteiligungen alleine auf den Börsenkurs abgestellt werde, ergebe sich für steuerliche Zwecke quasi eine Pflicht zu einer Mark-to-Market-Bilanzierung, was handelsrechtlich nicht vorgesehen sei. Das Abstellen auf ein einziges Indiz für die Annahme einer nachhaltigen Werterholung genüge rechtsstaatlichen Vorgaben nicht, weshalb der angefochtene Entscheid auch diesbezüglich rechtswidrig sei.
6.4 Das Verwaltungsgericht hat sich auf die reine Rechtskontrolle zu beschränken. Dem Gericht ist es daher verwehrt, das vom Steuerrekursgericht in Übereinstimmung mit dem Gesetz ausgeübte Ermessen auf Angemessenheit hin zu überprüfen (vgl. E. 1.1). Daraus ergibt sich, dass eine Verkehrswertschätzung des Steuerrekursgerichts für das Verwaltungsgericht verbindlich ist, solange sie sich im gesetzlichen Rahmen hält. Dass auch ein anderes Schätzungsresultat gesetzmässig sein könnte, ist deshalb unerheblich und wird vom Verwaltungsgericht nicht weiter geprüft, wenn keine Rechtsverletzung vorliegt. Beteiligungen und andere Aktiven mit beobachtbaren Marktpreisen in einem aktiven Markt dürfen handelsrechtlich zum Kurs bzw. Marktpreis am Bilanzstichtag bewertet werden (Art. 960b Abs. 1 des Obligationenrechts [OR]). Die Beschwerdeführerin, die bis und mit Geschäftsjahr 2013/14 nach dieser Methode bilanzierte, behauptet zu Recht nicht, die Bilanzierung zum Börsenkurs führe zu einer Überbewertung der Beteiligung und verstosse gegen die Bewertungsgrundsätze von Art. 960 OR. Zudem hatte sie nach den unbestrittenen Feststellungen des Steuerrekursgerichts anlässlich der Gründung die Beteiligung an der D-Holding zum damaligen Börsenkurs eingebracht und ohne Bewertungseinschlag bilanziert. Die Bewertung zum beobachtbaren Marktpreis bzw. Börsenkurs gemäss Art. 960b Abs. 1 OR ist auch steuerrechtlich zulässig und bildet nach gefestigter Rechtsprechung grundsätzlich den Verkehrswert ab (VGr. 23. August 2023, SB.2023.00028, E. 3.8). Dass andere Bewertungsmethoden u.U. einen tieferen Beteiligungswert ergeben können, ist zwar nicht auszuschliessen, aber hier nicht relevant, weil sich das Steuerrekursgericht am Börsenkurs orientiert hat, was gesetzmässig ist. Die Beschwerdeführerin hat ihre Rüge der Rechtswidrigkeit nicht weiter substanziiert, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist. Die Beschwerde ist bezüglich der direkten Bundessteuer abzuweisen.
7.
7.1 Gestützt auf die Erwägungen zur direkten Bundessteuer hat das Steuerrekursgericht in sinngemässer Anwendung auch den Rekurs gegen die Einschätzungen für die Staatsund Gemeindesteuern abgewiesen (vgl. E. 4.1). Die für das kantonale Recht massgebenden Art. 28 Abs. 1ter zweiter Satz StHG und § 64 Abs.1 Ziff. 5 StG entsprechen materiell Art. 62 Abs. 4 DBG. Die Zwangsaufwertung richtet sich deshalb auch für die Staats- und Gemeindesteuern nach den gleichen Grundsätzen, weshalb die analoge Anwendung der die direkte Bundessteuer betreffenden Erwägungen gesetzmässig ist und von der Beschwerdeführerin auch nicht bestritten wird.
7.2 Die Rechtslage ist lediglich insofern verschieden, als die Beschwerdeführerin in den streitbetroffenen Steuerperioden infolge des Holdingprivilegs gemäss § 73 StG in der damals geltenden Fassung von den Gewinnsteuern für die Staats- und Gemeindesteuern befreit ist. Im Unterschied zur direkten Bundessteuer sieht § 78 StG jedoch eine Kapitalsteuer vor. Zum steuerbaren Eigenkapital von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften werden u.a. auch die aus versteuertem Gewinn gebildeten stillen Reserven gerechnet (§ 79 Abs. 1 StG). Nach der in den streitbetroffenen Steuerperioden geltenden früheren Fassung von § 79 Abs. 1 StG galt Folgendes: ''Bei Holding- sowie Domizil- und gemischten Gesellschaften kommt jener Teil der stillen Reserven hinzu, der im Fall der Gewinnbesteuerung aus versteuertem Gewinn gebildet worden wäre''. Nachdem sich ergeben hat, dass die bei der Gewinnsteuer zur direkten Bundessteuer vorgenommenen Zwangsaufwertungen gesetzmässig sind und diese Gewinnaufrechnungen – ohne die Gewinnsteuerbefreiung – auch im kantonalen Recht rechtmässig gewesen wären, sind die daraus resultierenden versteuerten stillen Reserven für die Berechnung des steuerbaren Eigenkapitals zu berücksichtigen. Der Einspracheentscheid des kantonalen Steueramts und die vorinstanzliche Abweisung des Rekurses sind demzufolge auch bezüglich der Einschätzung der Kapitalsteuer gesetzmässig und zu bestätigen, weshalb die Beschwerde auch betreffend die Staats- und Gemeindesteuern abzuweisen ist.
8.
Mit Eventualantrag wird Rückweisung an die Vorinstanz beantragt. Nachdem sich die Zwangsaufwertungen auch in betraglicher Hinsicht als gesetzmässig erwiesen haben und das Steuerrekursgericht den massgebenden Sachverhalt vollumfänglich festgestellt hat, ist weder eine Ergänzung der Sachverhaltsfeststellung noch eine Neubeurteilung durch das Steuerrekursgericht vorzunehmen. Der Rückweisungsantrag ist abzuweisen.
9.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (§ 151 Abs. 1 in Verbindung mit § 153 Abs. 4 StG bzw. Art. 144 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 145 Abs. 2 DBG) und steht ihr keine Parteientschädigung zu (§ 17 Abs. 2 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1954 [VRG] in Verbindung mit § 152 und § 153 Abs. 4 StG bzw. Art. 64 Abs. 1–3 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 20. Dezember 1968 [VwVG] in Verbindung mit Art. 144 Abs. 4 und Art. 145 Abs. 2 DBG).
Demgemäss erkennt die Kammer:
1. Die Beschwerde SB.2023.00094 betreffend Staats- und Gemeindesteuern 1.7.2015 – 30.06.2016 und 1.7.2016 – 30.6.2017 wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde SB.2023.00095 betreffend direkte Bundessteuer 1.7.2015 – 30.06.2016 und 1.7.2016 – 30.6.2017 wird abgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr für das Verfahren SB.2023.00094 wird festgesetzt auf Fr. 13'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 112.50 Zustellkosten, Fr. 13'112.50 Total der Kosten.
4. Die Gerichtsgebühr für das Verfahren SB.2023.00095 wird festgesetzt auf Fr. 50'000.--; die übrigen Kosten betragen: Fr. 77.50 Zustellkosten, Fr. 50'077.50 Total der Kosten.
5. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
6. Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
7. Gegen dieses Urteil kann Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 ff. des Bundesgerichtsgesetzes erhoben werden. Die Beschwerde ist innert 30 Tagen, von der Zustellung an gerechnet, beim Bundesgericht, Schweizerhofquai 6, 6004 Luzern, einzureichen.
8. Mitteilung an: a) die Parteien; b) das Steuerrekursgericht; c) das Sekretariat der Geschäftsleitung des kantonalen Steueramts; d) das Steueramt der Stadt E;