TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 26 novembre 2014
Composition
M. Eric Kaltenrieder, président; M. François Kart, juge, et M. Bernard Jahrmann, assesseur; M. Christophe Baeriswyl, greffier.
Recourantes
1.
Fondation X.________, à 1********,
2.
Fondation Y.________, à 1********, représentées par Me Alex DÉPRAZ, avocat à Lausanne,
Autorité intimée
Département de la formation, de la jeunesse et de la culture,
Objet
Divers
Recours Fondation X.________, Fondation Y.________ c/ décision de la Cheffe du Département de la formation, de la jeunesse et de la culture du 22 mai 2013 (subvention d'exploitation pour l'année 2011)
Vu les faits suivants
A. La Fondation X.________ (précédemment dénommée Fonds Z.________, puis Fondation Y.________) est une institution active dans le domaine de la pédagogie spécialisée depuis plus de 150 ans. Dès le milieu du 19ème siècle, la famille A.________ a accueilli dans une maison située à 2******** des enfants dits "délicats" pour des séjours à la campagne. Le 15 octobre 1951, le premier home de logopédie a ouvert ses portes dans cette maison, permettant l'accueil de quatorze enfants. En 1958, l'association Fonds Z.________ a acquis un immeuble sis au chemin X.________ , à 1******** (parcelle no 3******** du registre foncier), pour y ouvrir un externat et un internat. Par acte authentique du 14 avril 1998, la Fondation Y.________ a été constituée en remplacement de l'ancienne structure associative. Par décision du 27 mai 1998, le Département des Institutions et des relations extérieures a entériné cette constitution. En 2002, la Fondation Y.________ a acquis deux bâtiments scolaires sis au chemin 4******** et à la route 5********, à 1******** (parcelle no 6******** du registre foncier) permettant de regrouper dès 2003 des classes du secteur de transition et du secteur secondaire sur un même site. L'association Fonds Z.________, puis la Fondation Y.________, ont bénéficié du soutien du canton et de l'assurance-invalidité fédérale pour une partie de leurs activités dans le domaine de la pédagogie spécialisée.
B. A la fin des années 2000, les organes de la Fondation Y.________ ont réfléchi à une restructuration de leurs activités pour préserver les fonds propres de la fondation et pouvoir ainsi continuer à offrir en plus des activités subventionnées par l'Etat un certain nombre de prestations supplémentaires aux enfants en difficulté (par exemple, un jardin thérapeutique pour enfants ou des heures complémentaires de logopédie à des enfants, en particulier de milieux défavorisés). Ils estimaient en effet que le montant des subventions d'exploitation versées par l'Etat ne prenait pas en compte un amortissement suffisant des immeubles dont la fondation était propriétaire. Le 29 janvier 2009, les représentants de la Fondation Y.________ ont rencontré la Cheffe du Département de la formation, de la jeunesse et de la culture afin de lui présenter la restructuration envisagée, consistant à séparer en deux entités juridiques distinctes les activités liées à la gestion du patrimoine de celles en lien avec l'exploitation de celui-ci.
C. En juin 2010, les organes de la Fondation Y.________ ont mis à exécution leur projet de restructuration.
Ainsi, dans sa séance du 28 juin 2010, le Conseil de fondation de la Fondation Y.________ a décidé de modifier le nom de la fondation pour adopter celui de Fondation X.________; il a également modifié le but de la fondation pour le remplacer par le suivant:
"D'initiative protestante et inspirée de la foi chrétienne, la fondation offre un soutien désintéressé à des structures d'accueil exonérées d'impôt, – principalement à la Fondation Y.________ – dispensant des prestations thérapeutiques et d'enseignement spécialisé à des enfants et des adolescent(e)s présentant des difficultés dans la communication orale et écrite, associée ou non à des troubles du comportement et/ou de la personnalité."
Par acte authentique du 28 juin 2010 également, la nouvelle Fondation Y.________ a été créée, avec pour but "la création et la gestion de structures d'accueil dispensant des prestations thérapeutiques et d'enseignement spécialisé à des enfants et des adolescent(e)s présentant des difficultés dans la communication orale et écrite, associées ou non à des troubles du comportement et/ou de la personnalité, et cela sans distinction d'origine ou de confession". Selon l'acte constitutif de fondation, la Fondation Y.________ a été constituée par la Fondation X.________ afin qu'elle poursuive l'activité opérationnelle auparavant déployée par cette première fondation, soit notamment l'exploitation de structures d'accueil déployée dans les immeubles du chemin X.________ et du chemin 4********.
Toujours le 28 juin 2010, les deux fondations ont conclu un contrat de transfert partiel du patrimoine, prévoyant en particulier qu'elles "concluront deux contrats de bail à loyer pour la location des immeubles situés au chemin X.________ , 1********, et au chemin 4********/route 5********, 1********, et utilisés pour l'activité d'enseignement spécialisé déployée".
D. Dans le courant du mois de juillet 2010, le Conseil de la fondation a soumis les opérations intervenues le 28 juin 2010 pour approbation à l'autorité de surveillance des fondations, qui en avait été préalablement informée, afin qu'elles puissent s'appliquer avec effet rétroactif au 1er janvier 2010.
Par décision du 6 octobre 2010, l'Autorité de surveillance des Fondations a décidé d'inscrire au Registre du commerce la nouvelle Fondation Y.________ et de la placer sous la surveillance du Département de l'intérieur, d'approuver la modification du nouveau nom de la Fondation X.________ et d'approuver le contrat de transfert du patrimoine du 28 juin 2010 de la Fondation X.________ à la Fondation Y.________.
Le 1er janvier 2011, la Fondation X.________ et la Fondation Y.________ ont conclu les deux contrats de bail prévus par le contrat de transfert du patrimoine du 28 juin 2010. Les loyers nets annuels ont été arrêtés à 354'000 fr. pour les deux bâtiments situés au chemin 4********/route 5********(parcelle n° 6********, d'une surface de 3'140 m2) et à 345'000 fr. pour l'immeuble sis au chemin X.________ (parcelle n° 3******** d'une surface de 2'988 m2).
E. Le 23 décembre 2010, le Service de l'enseignement spécialisé et de l'appui à la formation (ci-après: le SESAF) a transmis à la Fondation Y.________ le décompte du budget 2011, ainsi que le procès-verbal de la séance de négociation du 6 octobre 2009, qui mentionne que "ce budget est négocié sous réserve d'une décision ultérieure concernant la création d'une Fondation patrimoine ainsi que la détermination du SESAF pour la prise en charge des intérêts hypothécaires".
Le 26 janvier 2011, le Président du Conseil de la Fondation Y.________ s'est adressé au SESAF afin que celui-ci rectifie le budget pour tenir compte de la réorganisation structurelle intervenue le 1er janvier 2011.
Le 23 juin 2011, le SESAF a répondu qu'il considérait que "la construction artificielle à laquelle [la Fondation avait] procédé ne saurait déployer les effets financiers susceptibles d'être reconnus par le Service".
Le 26 septembre 2011, les Fondations X.________ et Y.________ ont écrit au SESAF pour l'informer qu'en raison de la modification du but de la Fondation X.________, celle-ci n'entrait plus dans le champ de surveillance du service et que la nouvelle Fondation Y.________ devait désormais être considérée comme seule bénéficiaire des subventions d'exploitation. Elles souhaitaient que ces points soient pris en compte dans le cadre des discussions sur le budget.
Par lettre du 18 octobre 2011, le SESAF a maintenu son refus de reconnaître les effets financiers consécutifs à la création de la nouvelle Fondation Y.________.
F. Le 26 janvier 2012, le SESAF a transmis à la Fondation Y.________ le décompte du budget 2012 ainsi que le procès-verbal de la séance de négociation du 5 décembre 2011, qui mentionne que "la subvention pour l'exercice 2011 est prise comme base de calcul, dès lors que [le] transfert de patrimoine opéré par la fondation ne déploie aucun effet du point de vue de la subvention".
Les 23 février et 12 mars 2012, Me Alex Dépraz, consulté dans l'intervalle par la Fondation Y.________, est intervenu auprès du Chef du SESAF pour contester expressément le montant des acomptes pour l'année 2012 en tant qu'ils ne tenaient pas compte du fait que la Fondation Y.________ devait verser à la Fondation X.________ un loyer en contrepartie de l'occupation des locaux qu'elle occupe au chemin X.________ et au chemin 4********. Il réclamait par ailleurs qu'une décision susceptible de recours soit rendue.
Par décision du 5 avril 2012, la Cheffe du Département de la formation, de la jeunesse et de la culture a arrêté la subvention d'exploitation pour l'année 2010 versée à la Fondation Y.________ à un montant de 4'950'061 fr. 30. Elle n'a pas tenu compte dans le calcul de la restructuration de l'institution. Elle a considéré que la scission opérée était constitutive d'un abus de droit manifeste et qu'elle violait en outre les principes d'économicité et de subsidiarité consacrés par la loi vaudoise du 22 février 2005 sur les subventions (LSubv; RSV 610.15).
Par lettre du 15 mai 2012, Me Alex Dépraz a informé la Cheffe du Département de la formation, de la jeunesse et de la culture que sa mandante renonçait à recourir contre cette décision, dès lors que le transfert de patrimoine entre les deux fondations n'était intervenu que le 1er janvier 2011; il se réservait toutefois la possibilité de contester le montant de la subvention d'exploitation 2011 au cas où celle-ci ne tiendrait pas compte de l'existence des deux entités juridiques distinctes.
G. Le 21 septembre 2012, le SESAF a requis des Fondations X.________ et Y.________ les grands livres des deux entités afin de déterminer le montant définitif de la subvention d'exploitation 2011.
Ces pièces ont été transmises à la fin du mois de septembre 2012.
Par décision du 22 mai 2013, la Cheffe du Département de la formation, de la jeunesse et de la culture a arrêté la subvention d'exploitation pour l'année 2011 versée à la Fondation Y.________ à un montant de 4'888'934 fr. 80, ce qui laisse, après déduction des acomptes déjà versés par le SESAF, un solde de 394'004 fr. 50 en faveur de l'Etat. Elle n'a à nouveau pas tenu compte dans le calcul de l'existence des deux entités juridiques distinctes pour les motifs déjà invoqués dans sa décision du 5 avril 2012.
H. Le 24 juin 2013, les Fondations X.________ et Y.________ ont recouru contre cette décision devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP), en prenant, sous suite de frais et dépens, les conclusions suivantes:
"Principalement:
II. La décision du 22 mai 2013 de la Cheffe du Département de la formation, de la jeunesse et de la culture [...] est réformée en ce sens que:
1. il est constaté que la Fondation X.________ n'est plus une institution dispensant des prestations en matière de formation scolaire spéciale depuis le 1er janvier 2011 et n'est la débitrice, ni directement ni indirectement, de l'Etat de Vaud d'aucun montant au titre d'une subvention d'exploitation pour l'année 2011;
2. la Fondation Y.________ a droit à une subvention d'exploitation pour l'année 2011 dont le montant est égal à CHF 5'409'104.55 et, compte tenu des acomptes déjà versés par le SESAF, l'Etat de Vaud doit paiement à la Fondation Y.________ de la somme de CHF 127'328.55, plus intérêts à 5% dès le 1er janvier 2012.
Subsidiairement à II:
III. La décision du 22 mai 2013 de la Cheffe du Département de la formation, de la jeunesse et de la culture [...] est annulée et la cause renvoyée à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants."
Les recourantes reprochent à l'autorité intimée de ne pas reconnaître la restructuration entrée en vigueur le 1er janvier 2011 et par conséquent de ne pas tenir compte des loyers versés par la Fondation Y.________ à la Fondation X.________. Elles font valoir en outre que, même si elles devaient être considérées comme une seule entité, il y aurait lieu de calculer à nouveau le montant de la subvention d'exploitation en prenant en compte l'amortissement économique ainsi qu'une rémunération des fonds propres investis. Elles invoquent également une inégalité de traitement par rapport aux institutions qui sont locataires de leurs locaux.
Dans sa réponse du 28 août 2013, l'autorité intimée a conclu au rejet du recours.
Les recourantes ont déposé un mémoire complémentaire le 30 octobre 2013. Elles ont modifié leurs conclusions II/2 comme il suit:
"la Fondation Y.________ a droit à une subvention d'exploitation pour l'année 2011 dont le montant est égal à CHF 5'213'519.50 et, compte tenu des acomptes déjà versés par le SESAF, le décompte présente un solde en faveur de l'Etat de Vaud de CHF 68'257.- payable dans un délai de 30 jours."
L'autorité intimée s'est déterminée sur cette écriture le 13 décembre 2013. Elle a confirmé ses conclusions tendant au rejet du recours.
I. La cour a tenu audience le 10 mars 2014 en présence: pour les recourantes, de M. B.________, président des conseils de fondation, et de M. C.________, membre des conseils de fondations, assistés de leur conseil; pour l'autorité intimée, M. D.________, Chef du SESAF, M. E.________, adjoint du Chef du SESAF, et Me Jean-Luc Schwaar, Chef du Service juridique et législatif (SJL). Les témoins suivants ont été entendus:
- M. F.________, adjoint du chef du SESAF:
"Cela fait à mon souvenir 4-5 ans que j'ai entendu parler de la Fondation Y.________-Y.________ de se restructurer. Je ne me souviens pas si j'étais présent lors de la présentation faite à Mme Lyon le 29 janvier 2009. Dans le cadre des discussions relatives au budget, la question de l'amortissement des immeubles et de la rémunération des fonds propres a été abordée.
J'ai été surpris lorsqu'on m'a soumis les actes constitutifs de fondation, parce qu'il n'y avait pas de précédent à ce jour. Nous ne pouvions pas entrer en matière et il n'y a pas eu de proposition alternative faite à la Fondation. Les membres du Conseil de Fondation, notamment M. C.________, m'ont proposé de me rencontrer pour discuter des nouvelles modalités de subventionnement, notamment du montant des loyers. A mon souvenir, trois représentants du SESAF se sont rendus à une séance du Conseil de Fondation. Ils ont réaffirmé leur désaccord quant à la constitution d'une Fondation Patrimoine, tout en rappelant qu'il était en revanche possible de constituer une Fondation de soutien.
A ma connaissance, la constitution de la nouvelle Fondation Y.________-Y.________ ne pose pas de problème quant au déroulement quotidien de l'activité subventionnée.
Aucune autre Fondation subventionnée n'a émis le souhait de procéder comme la Fondation Y.________-Y.________. En revanche, j'ai eu connaissance d'autres Fondations qui pourraient, suivant l'issue du présent recours, emboîter le pas à la Fondation Y.________-Y.________ et procéder au même type de restructuration.
Que la Fondation soit locataire ou propriétaire de ses locaux, nous finançons l'entier de ses charges, y compris l'amortissement financier de la dette hypothécaire, ce qui contribue à un amortissement de la Fondation. Il n'y a en revanche pas de subventionnement de l'amortissement économique, soit d'amortissement compensant la perte de valeur de l'immeuble. Je précise que les frais d'entretien, de rénovation et d'abonnement sont entièrement pris en charge par l'Etat.
On fait la différence entre une institution qui met à disposition un terrain. On peut considérer que celui-ci constitue tout ou partie des fonds propres exigés. Ces fonds propres ne sont en revanche pas rémunérés par l'Etat pour leur mise à disposition.
Lorsque la Fondation est locataire des locaux, nous payons l'intégralité des loyers. Nous ne vérifions pas si le loyer est excessif ou non au sens du droit du bail. Dans le périmètre du SESAF, nous n'avons pas de Fondation locataire, qui disposerait à côté de fonds propres (portefeuille de titres, etc.).
A mon avis, dans les autres cantons romands, le mode du subventionnement est identique au nôtre.
En cas de cessation d'activité de la Fondation, nous n'exigeons pas le remboursement des travaux de rénovation que nous avons financés. Sous le régime de l'AI, la règle en matière de travaux lourds/investissement était d'exiger en cas de cessation d'activité le remboursement calculé sur la base d'un amortissement de 25 ans."
- M. G.________, directeur de l'autorité de surveillance LPP et des fondations de Suisse occidentale:
"Les Fondations sont soumises au Code des obligations. Elles doivent tenir une comptabilité conforme aux exigences du CO, y compris en ce qui concerne les amortissements. Il n'y a pas de règle particulière pour les Fondations à ce sujet.
Les normes RPC sont conseillées, mais pas obligatoires pour les Fondations ayant leur siège dans le canton de Vaud. Elles peuvent l'être dans d'autres cantons. Elles sont représentatives d'une certaine pratique.
Dans l'évaluation des immeubles propriété d'une Fondation, nous n'exigeons pas qu'il y ait une différence entre la valeur des terrains et celle des bâtiments. Nous nous référons au rapport de l'organe de révision. L'autorité de surveillance ne réévalue pas les immeubles. Elle se base sur les montants portés au bilan et audités par l'organe de révision. Ce n'est que lorsque l'organe de révision fait des remarques que nous réagissons.
J'ignore quelle est la durée d'amortissement d'immeubles affectés à des buts d'enseignement spécialisés.
Le fait qu'une Fondation soit subventionnée ne concerne pas la surveillance des Fondations.
Il est possible qu'une Fondation finance son activité avec le revenu de ses fonds propres.
Si nous devions constater que les revenus d'une Fondation ne lui permettent pas de couvrir ses frais et qu'elle s'appauvrit d'année en année, nous exigerions que la Fondation prenne des mesures d'assainissement. A ma connaissance, la précédente Fondation Y.________-Y.________ n'a fait l'objet d'aucune recommandation dans ce sens.
Cela ne pose pas un problème que la fortune d'une Fondation diminue. Si elle ne peut plus remplir ses buts par manque de moyens, elle sera dissoute. Bien entendu, ses statuts et autre acte de fondation doivent être respectés. Ainsi, si les statuts prévoient qu'on utilise seulement les revenus, on ne peut pas entamer le capital.
L'autorité de surveillance peut rendre une décision sur des mesures d'assainissements. Si celles-ci ne sont pas respectées, l'autorité de surveillance destitue les organes de la Fondation et nomme un commissaire. Aucune décision de ce type n'a été envisagée concernant la Fondation Y.________-Y.________.
La Fondation Y.________-Y.________ ne nous a pas informés des discussions relatives au subventionnement. La séparation en deux fondations a été examinée uniquement sous l'angle du droit civil. Si la question du subventionnement nous avait été soumise, cela n'aurait rien changé à notre niveau.
Tant que la Fondation peut vivre, l'autorité de surveillance ne va pas intervenir."
- M. H.________, éducateur spécialisé et directeur d'institution:
"J'ai été directeur de la Fondation Y.________-Y.________ de 2008 à septembre 2013.
Du point de vue des activités, la restructuration a permis de soutenir certains projets particuliers qui n'entraient pas dans le cadre des activités subventionnées par le SESAF. S'agissant du fonctionnement quotidien, il n'y a pas eu d'impact particulier sur l'activité subventionnée.
A ma connaissance, la mise en oeuvre de ces projets particuliers n'était pas possible avant la restructuration faute de moyens financiers.
Au niveau du personnel, sous réserve de nouveaux intervenants, la restructuration a eu peu d'incidence. Cela a permis éventuellement que le personne apporte de nouvelles idées."
- M. I.________, président de l'ancienne Fondation Y.________-Y.________ de 1998 à 2005:
"[...]
S'agissant des derniers gros investissements, il s'agissait de l'acquisition de l'immeuble de 7********. Il y en a eu environ pour 5 millions. Nous devions apporter des fonds propres. Nous avons également obtenu un prêt hypothécaire. Pour réunir les fonds propres nécessaires, je me suis démené auprès de fondations, d'institutions, de connaissances, ce qui nous a permis de réunir 1,5 millions supplémentaires qui venaient s'ajouter aux fonds propres existants.
S'agissant des conséquences financières, nous avons eu des charges plus importantes. Les subventions qui nous étaient accordées couvraient les intérêts hypothécaires et une petite partie d'amortissement. J'ai dû négocier avec la banque le taux de ce dernier afin qu'il corresponde à la subvention qui nous était accordée pour ce poste. Nous n'avions aucune rémunération sur nos fonds propres. Finalement, ce n'est qu'un loyer partiel qui était subventionné.
Le système était à mes yeux inéquitable. En effet, il existait à l'époque une fondation à 8******** qui fonctionnait de la même manière que nous, à la différence qu'elle était locataire de ses locaux. Or, en ce qui la concernait, l'intégralité des loyers qu'elle devait payer était subventionnée. A mes yeux, cela constituait une différence de traitement.
Du fait de ce traitement inéquitable, nous avons subi un appauvrissement de notre patrimoine, dont nous ne pouvions tirer aucun rendement. Il y avait un manque à gagner.
A la suite de la décision de l'Etat de réduire de 3 à 2 les heures de logopédie subventionnées dans le cadre d'Orchidée, nous avions été contrariés. En effet, il n'était pour nous pas imaginable de réduire nos prestations apportées aux enfants sous prétexte de faire des économies. Je ne me souviens pas que nous ayons proposé de financer nous-mêmes cette 3ème heure de logopédie.
Je me souviens que nous souhaitions mettre en place un jardin d'enfants thérapeutique, destiné les problèmes des enfants plus tôt. Le SESAF a refusé, au motif que les subventions n'entraient en ligne de compte que pour des enfants déjà en âge de scolarité. Il me semble me souvenir que le SESAF nous a également interdit de mettre en place ce jardin d'enfants à l'aide de nos fonds propres, car il serait inéquitable parce que nous avions des moyens que d'autres institutions n'avaient pas. Quelque chose a été mis en place malgré tout, mais je ne sais pas si nous avions outrepassé à l'occasion les injonctions qui nous avaient été données par l'Etat.
Nous offrions une autre prestation, l'atelier Stern, à laquelle nous avons été contraints par l'autorité de renoncer par mesure d'économie.
Dans l'acquisition de l'immeuble de 7********, nous avons également bénéficié d'un appui de l'Etat, mais je ne me souviens pas sous quelle forme et dans quelle proportion.
L'entretien des immeubles a été inférieur à ce que nous aurions dû pouvoir faire. En bonne gestion, nous aurions dû procéder à des dépenses supplémentaires si nous avions eu plus de moyens. Mais nous n'avions pas fait de demandes à l'Etat, car nous étions dans un climat général d'économies qui s'appliquaient à toutes les institutions. On a renoncé de nous-mêmes à ces projets, sachant que leur financement nous aurait été refusé.
Nous n'avons à l'époque jamais contesté les subventions qui nous étaient accordées, car nous ignorions ce que nous pouvions faire. Nous étions en présence d'un système institutionnalisé que nous imaginions immuable. Petit à petit, nous nous sommes rendus compte que nous étions prétérités. Le SESAF nous avait fait part de sa totale non-entrée en matière s'agissant de la scission de la fondation, car il s'agissait à leurs yeux d'un moyen de s'enrichir à l'aide de subventions. Cela aurait augmenté le prix du loyer, ce qui n'était pas envisageable."
J. Les parties ont déposé le 28 avril 2014 une écriture finale, dans laquelle elles ont confirmé leurs conclusions respectives.
K. La cour a statué à huis clos.
Considérant en droit
1. Déposé dans le délai de trente jours fixé par l’art. 95 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; RSV 173.36), le recours est intervenu en temps utile. Il respecte au surplus les conditions formelles énoncées à l’art. 79 LPA-VD.
2. a) Jusqu'au 31 décembre 2007, la Confédération assumait une part de l'offre en matière de pédagogie spécialisée. Les prestations de l'assurance-invalidité comprenaient des prestations individuelles aux enfants handicapés fournies de la naissance jusqu'à l'âge de 20 ans révolus et des prestations collectives destinées aux institutions chargées d'assurer la formation spéciale. Dans ce dernier domaine, l'assurance-invalidité participait à raison de 50% aux frais des écoles spéciales, les cantons subventionnant l'autre moitié des frais. L'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) était compétent pour décider des subventions fédérales versées aux institutions.
Suite à la Réforme de la péréquation financière et de la répartition des tâches entre la Confédération et les cantons (RPT), entrée en vigueur le 1er janvier 2008, l’entière responsabilité de la formation scolaire spéciale et des subventions aux institutions pour personnes handicapées a été transférée de la Confédération aux cantons (Message du Conseil fédéral, FF 2002 2155, spéc. p. 2277). Un système transitoire a toutefois été prévu. L'art. 197 ch. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101) garantit en effet le maintien des prestations de l'assurance-invalidité par les cantons pendant trois ans au minimum, mais en tous les cas jusqu'à ce que ces derniers disposent de leur propre stratégie en matière de formation scolaire spéciale.
Pour coordonner et assurer ce transfert de tâches aux cantons, la Conférence suisse des directrices et directeurs cantonaux de l'instruction publique (CDIP) a adopté le 25 octobre 2007 l'Accord intercantonal sur la collaboration dans le domaine de la pédagogie spécialisée (A-CDPS; RSV 417.91). Cet Accord a pour but d’assurer une harmonisation minimale entre les cantons quant à l’accès à des prestations de base sur l’ensemble du territoire suisse. Le Grand Conseil vaudois a ratifié l’Accord intercantonal le 26 mai 2009. Cet accord est entré en vigueur au 1er janvier 2011, après avoir été ratifié par dix cantons.
En janvier 2014, le Conseil d'Etat vaudois a transmis au Grand Conseil un projet de loi sur la pédagogie spécialisée (LPS) appelée à remplacer l'actuelle loi du 25 mai 1977 sur l'enseignement spécialisé (LES; RSV 417.31). Dans l'attente de l'adoption de ce nouveau texte légal, le financement des institutions de pédagogie spécialisée reste régi par les dispositions qui étaient en vigueur avant la RPT.
b) En l'état, ce sont les art. 23 et 24 du règlement d'application du 13 mai 1992 de la LES (RLES; RSV 417.31.1) qui régissent le financement de l'exploitation des institutions d'enseignement spécialisé. Ces dispositions prévoient que les frais d'exploitation sont couverts par les ressources propres, les contributions des parents, les subsides individuels, les subventions fédérales, les subventions cantonales, ainsi que les éventuelles subventions communales directes (art. 24 al. 3 RLES). Elles précisent que les frais d'exploitation permettant l'octroi de subventions comprennent les charges et produits d'exploitation, notamment les salaires (art. 24 al. 2 RLES). Ces dispositions sont encore complétés par des directives établies par le département (Directives IVS: pièce 05 du bordereau de l'autorité intimée) qui précisent en particulier le planning, la procédure de négociation budgétaire, ainsi que le calcul et le mode de paiement de la subvention cantonale.
Cette réglementation ne tient pas compte de la RPT, puisqu'elle mentionne encore les subventions fédérales. Depuis le 1er janvier 2008, le canton doit assumer également la part fédérale. Pour le calcul de cette dernière, il y a lieu de se référer à la circulaire émise par l'OFAS et intitulée "Circulaire sur les subventions aux frais d'exploitation des centres de réadaptation (CSCR)".
c) Le droit des subventions est régi par plusieurs principes généraux, qui sont ceux de l'absence du droit à la subvention (art. 2 LSubv), de la légalité (art. 4 LSubv), de l'opportunité (art. 5 LSubv) et de la subsidiarité (art. 6 LSubv). Ces principes s'appliquent non seulement à l'élaboration ou la modification des lois spéciales relatives aux subventions, mais également à l'octroi de ces dernières, leur calcul, leur suivi, leur examen et leur gestion (Exposé des motifs, Bulletin du Grand conseil [BGC] février 2005, p. 7395).
Concrétisation du principe de subsidiarité, l'art. 21 al. 1 LSubv dispose que le requérant doit démontrer qu'il tire pleinement parti de ses propres ressources, ainsi que des autres subventions et aides déjà accordées. L'art. 22 al. 1 LSubv prévoit par ailleurs que le bénéficiaire ne peut procéder à d'importantes modifications des objets ou tâches pour lesquels il a obtenu des subventions sans l'accord préalable de l'autorité compétente.
3. Les recourantes font grief à l'autorité intimée de ne pas reconnaître la scission opérée le 28 juin 2010 et par conséquent de ne pas tenir compte des loyers versés par la Fondation Y.________ à la Fondation X.________. Elles ne voient pas en quoi cette restructuration serait constitutive d'un abus de droit manifeste et violerait les dispositions de la LSubv relatives au principe de subsidiarité.
a) Selon la jurisprudence, il y a abus de droit lorsque l'exercice d'un droit apparaît, dans un cas concret, manifestement contraire au droit ou lorsqu'une institution juridique est utilisée manifestement à l'encontre de la finalité pour laquelle elle a été créée, pour réaliser des intérêts que cette institution juridique ne veut pas protéger (ATF 134 I 65; 131 II 265; 127 II 49). On parle aussi, lorsque l'on recourt à un moyen apparemment légal pour contourner une interdiction légale, de fraude à la loi (Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, Genève, Zurich, Bâle 2011, p. 198; Jacques Dubey et Jean-Baptiste Zufferey, Droit administratif général, Bâle 2014, p. 259).
L'interdiction de l'abus de droit vaut, en droit administratif, d'une part pour les administrés. On trouve dans la jurisprudence le cas d'un étranger qui divorce de son épouse étrangère, se marie avec une Suissesse beaucoup plus âgée pour obtenir une naturalisation facilitée, divorce à nouveau et se remarie avec sa première épouse (ATF 128 II 97) ou celui d'une société en commandite créée avec la participation de plusieurs centaines d'investisseurs étrangers dans le but d'obtenir de futures rentes AVS (ATF 131 V 97). On peut mentionner également en droit fiscal le cas de l'évasion fiscale. Selon la jurisprudence, il y a évasion fiscale: a) lorsque la forme juridique choisie par le contribuable apparaît comme insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi; b) lorsqu'il y a lieu d'admettre que ce choix a été arbitrairement exercé uniquement dans le but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit étaient aménagés de façon appropriée; c) lorsque le procédé choisi conduirait effectivement à une notable économie d'impôt dans la mesure où il serait accepté par l'autorité fiscale (ATF 131 II 635; voir ég. arrêt FI.2011.0009 du 15 avril 2013 consid. 4a). Si ces trois conditions sont réalisées, l'administration est alors fondée à faire abstraction de la forme choisie par le contribuable pour procéder à une analyse de la réalité économique de l'opération en cause. Plus précisément, l'imposition doit alors être fondée sur la forme juridique qui aurait permis objectivement d'atteindre le but économique désiré (Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4ème éd., Bâle 2012, p. 66 et les références).
L'interdiction de l'abus de droit s'applique, d'autre part, à l'administration. On peut mentionner le cas de l'autorité qui diffère sans motif le prononcé de sa décision, dans l'attente de l'entrée en vigueur d'une règle de droit défavorable à la cause de l'administré (ATF 110 Ib 332 consid. 3a, JdT 1986 I 536). La sanction d'un abus de droit de la part de l'autorité consiste pour l'administré en ce que la loi détournée de ses fins ne lui est pas appliquée (Dubey/Zufferey, op. cit., p. 260).
b) Dans leurs écritures, les recourantes exposent que l'objectif de la restructuration litigieuse était de préserver les fonds propres de l'ancienne Fondation Y.________ et pouvoir ainsi continuer à offrir en plus des activités subventionnées par l'Etat un certain nombre de prestations supplémentaires aux enfants en difficulté. Elles estimaient en effet que le montant des subventions d'exploitation versées par l'Etat ne prenait pas en compte un amortissement suffisant des immeubles dont la fondation était propriétaire. Les représentants des recourantes ont confirmé ces explications en audience. M. C.________ a en particulier souligné que le système de subventionnement actuel ne permettait pas un amortissement économique des immeubles conforme aux règles du Code des obligations sur la comptabilité commerciale.
En d'autres termes, les organes de l'ancienne Fondation Y.________ n'étaient pas satisfaits du montant des subventions qui leur était versé et ont réfléchi à une solution permettant d'augmenter la participation étatique. Ils ont ainsi scindé la fondation en deux entités distinctes, la nouvelle Fondation Y.________ et la Fondation X.________, et calculé les loyers versés par la première à la seconde de façon à ce qu'ils permettent le rendement souhaité des fonds propres immobiliers de la fondation. Par le montage juridique auquel ils ont recouru, les organes de l'ancienne Fondation Y.________ ont donc bien cherché à obtenir une augmentation de la subvention étatique. La restructuration n'avait pas d'autre objectif. Elle n'a du reste eu aucune incidence sur le fonctionnement des structures d'accueil, comme l'a confirmé le témoin H.________. La réalité matérielle et économique n'a par ailleurs pas changé malgré la scission de l'ancienne Fondation Y.________. Même si elles constituent formellement deux entités juridiques distinctes, les recourantes sont en effet totalement imbriquées: leurs conseils de fondation sont composés des mêmes personnes (à l'exception de Mme J.________, directrice de la Fondation Y.________ et membre du conseil de la Fondation X.________) et le dossier montre que la Fondation X.________ a pour seules activités de gérer les immeubles dont la Fondation Y.________ est locataire et de financer certaines prestations offertes aux enfants dont cette dernière s'occupe. En outre, comme le relève l'autorité intimée, l'admission d'une telle restructuration mettrait en péril la garantie d'une offre en matière d'éducation spécialisée uniforme sur l'ensemble du territoire. Des subventions (par le biais de la prise en charge des loyers versés par la nouvelle Fondation Y.________) seraient en effet utilisées pour offrir aux seuls enfants scolarisés dans les structures d'accueil des recourantes des prestations allant au-delà du standard défini par l'Etat, ce qui serait contraire au principe d'égalité de traitement. Au regard de ces différents éléments, il convient d'admettre avec l'autorité intimée que la restructuration litigieuse est constitutive d'un abus de droit manifeste.
Les recourantes ne peuvent par ailleurs tirer aucun argument de la décision positive de l'Autorité de surveillance des Fondations (ASF) relative à la scission. Comme l'a confirmé le témoin G.________, la restructuration a été examinée uniquement sous l'angle du droit civil. L'ASF ne vérifie pas les incidences sur les éventuelles subventions étatiques que reçoivent les fondations placées sous sa surveillance. Le fait que les recourantes n'ont jamais caché leur intention de scinder l'ancienne Fondation Y.________ n'est pas non plus déterminant. L'autorité intimée ne conteste du reste pas que les recourantes ont agi avec transparence. Comme l'a indiqué M. D.________ à l'audience, la position du SESAF a toutefois toujours été claire: elle ne reconnaîtrait pas les effets d'une telle restructuration. C'est en outre à tort que les recourantes font valoir que l'autorité intimée aurait eu les moyens de réagir. Une suppression ou une restitution des subventions n'étaient en effet pas envisageables. De fait, pour éviter l'application du principe de subsidiarité, les organes de l'ancienne Fondation Y.________ ont précisément choisi que la nouvelle fondation reprendrait l'exploitation des structures d'accueil. Ne possédant aucun patrimoine, la nouvelle Fondation Y.________ ne pouvait ainsi se voir reprocher un dessaisissement de ses fonds propres. Parallèlement, la Fondation X.________ cessait d'exercer une activité subventionnée. Seul un remboursement partiel des travaux de transformation financés par le canton aurait ainsi été possible. Or, comme le témoin F.________ l'a indiqué, le SESAF ne l'exige pas en cas de cessation d'activité. Ceci démontre encore une fois que le montage réalisé par les recourantes est manifestement abusif et a pour seul but d'obtenir une augmentation de la subvention étatique.
L'autorité intimée n'a dès lors pas violé le droit, ni abusé de son pouvoir d'appréciation, en ne reconnaissant pas la scission opérée le 28 juin 2010 et en ne tenant par conséquent pas compte, dans le calcul de la subvention, des loyers versés par la Fondation Y.________ à la Fondation X.________.
4. Les recourantes font valoir en outre que même si elles devaient être considérées comme une seule entité, il y aurait lieu de calculer la subvention d'exploitation en prenant en compte l'amortissement économique ainsi qu'une rémunération des fonds propres investis.
Ni la LES, ni le RLES ne déterminent quelles sont les charges d'exploitation prises en considération pour le calcul de la subvention. Les Directives IVS du département les définissent en revanche précisément. S'agissant des charges immobilières, elles prévoient expressément que seul l'amortissement financier est pris en charge (voir Lexique du plan comptable IVS, ch. 44700; pièce 5 du bordereau de l'autorité intimée), ce qui exclut l'amortissement économique et une rémunération des fonds propres. Sur le plan fédéral, la circulaire CSCR de l'OFAS disposait que la valeur locative des propres locaux, les intérêts pour le capital propre investi dans l'exploitation, les réserves financières, ainsi que le dépassement des taux d'amortissement n'étaient pas pris en considération (ch. 1033). Elle précisait s'agissait des taux d'amortissement: "sont acceptés jusqu'à 10% de la valeur résiduelle comptable des biens immobiliers. L'amortissement s'effectue à partir de la date de la mise en exploitation des locaux. Le terrain n'est pas amorti...". Elle ajoutait encore (ch. 1023): "Les amortissements sur immeubles sont à utiliser pour réduire les dettes hypothécaires."
L'autorité intimée s'est ainsi conformée aux Directives IVS ainsi qu'à la circulaire CSCR de l'OFAS en ne prenant pas en compte dans le calcul de la subvention l'amortissement économique ainsi qu'une rémunération des fonds propres. Les recourantes jugent que cette "pratique", qui contribuerait à appauvrir les fondations qui mettent à disposition leurs patrimoines immobiliers, serait contraire à la Convention intercantonale relative aux institutions sociales du 13 décembre 2002 (CIIS), à laquelle a adhéré le Canton de Vaud le 1er janvier 2006. Cette convention a pour but d'assurer sans difficultés le séjour, dans des institutions appropriées en dehors de leur canton de domicile, de personnes ayant des besoins spécifiques en matière de soins et d'encadrement (art. 1 CIIS). Elle impose en particulier au canton de domicile de garantir à l'institution du canton répondant la compensation des coûts en faveur de la personne et pour la période concernée, moyennant une garantie de prise en charge des frais. Elle ne donne en revanche aucune recommandation ou prescription en matière de subventionnement des institutions de pédagogie spécialisée. Les recourantes ne peuvent dès lors tirer aucun argument de l'art. 21 al. 1 CIIS et de la directive relative à la compensation des coûts et à la comptabilité analytique du 1er décembre 2005 (Directive CIIS COCOAN). Il en va de même du "Plan stratégique vaudois handicap 2011" (PSH 2011), adopté le 5 mai 2010 par le Conseil d'Etat et approuvé par le Conseil fédéral, qui ne s'applique pas directement à la formation scolaire spéciale (voir p. 40, ch. 11.1), comme les recourantes le reconnaissent du reste.
Les recourantes invoquent aussi une violation des principes comptables, en particulier des recommandations émises par Swiss Gaap RPC (Fondation pour les recommandations relatives à la présentation des comptes). Ces dernières préconisent certes que les organisations sociales d'utilité publique à but non lucratif procèdent aux amortissements "nécessaires" de leurs actifs immobiliers (Swiss Gaap RPC 2 ch. 11, 18 et 21). Il ne s'agit là toutefois que de règles de droit privé qui ne sauraient lier les autorités cantonales lors de la fixation des subventions versées aux institutions d'enseignement spécialisé. De plus, ces recommandations ne tiennent pas compte de situations où, comme en l'espèce, l'organisation a bénéficié de subventions importantes à chaque rénovation ou transformation, ainsi que pour des travaux d'entretien. Or, cette particularité justifie un traitement différent en matière de comptabilisation d'amortissements par rapport aux institutions qui pourvoient elles-mêmes à l'entretien et à la rénovation de leurs parcs immobiliers.
En outre, comme le relève l'autorité intimée, il n'est pas établi que les biens immobiliers des recourantes aient réellement perdu de leur valeur. Les expertises immobilières réalisées par l'ancienne Fondation Y.________ en 2007 et 2009 (pièces 15 et 18) tendent plutôt à démontrer le contraire. La valeur intrinsèque totale des immeubles a en effet été estimée à 14'050'000 fr. (7'550'000 fr. et 6'500'000 fr.), alors que le prix d'acquisition (transformations comprises) était d'un peu plus de 11'000'000 fr. (11'794'306 fr. pour l'autorité intimée et 11'239'425 fr. pour les recourantes). Or, selon la jurisprudence, l'amortissement se justifie uniquement si le bien se déprécie avec son usage ou l'écoulement du temps. L'usage commercial ne saurait à cet égard créer ou justifier un droit à l'amortissement en l'absence de moins-value. Ainsi, un bien qui ne subit aucune dépréciation (tel peut être le cas lorsqu'un immeuble est correctement entretenu ou que l'augmentation de la valeur du terrain compense le vieillissement du bâtiment) ne doit pas être amorti, quelle que soit la méthode d'amortissement (ATF 132 I 175 consid. 2.3 et les références).
L'autorité intimée n'a dès lors pas violé le droit, ni abusé de son pouvoir d'appréciation, en ne prenant pas en compte dans le calcul de la subvention l'amortissement économique ainsi qu'une rémunération des fonds propres investis.
5. Les recourantes se plaignent encore d'une inégalité de traitement par rapport aux institutions qui sont locataires de leurs locaux.
a) Une décision viole le principe de l'égalité lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante. Les situations comparées ne doivent pas nécessairement être identiques en tous points, mais leur similitude doit être établie en ce qui concerne les éléments de fait pertinents pour la décision à prendre (ATF 136 I 297 consid. 6.1 p. 304; 131 I 394 consid. 4.2 p. 399; 129 I 113 consid. 5.1 p. 125).
b) En l'espèce, l'autorité intimée finance l'intégralité des charges des institutions d'enseignement spécialisée, qu'elles soient locataires ou propriétaires de leurs locaux. Certes, l'amortissement économique et la rémunération des fonds propres investis ne sont pas pris en charge. Comme on l'a vu (voir supra consid. 4), cette pratique, qui se justifie par le fait que les travaux de transformation, de rénovation et d'entretien sont subventionnés, ne prête toutefois pas le flanc à la critique. On ne saurait ainsi voir une inégalité de traitement entre les institutions propriétaires de leurs locaux et celles qui ne sont que locataires. Le grief est mal fondé.
6. Il reste enfin à examiner la question du débiteur du solde de 394'004 fr. 50. La décision attaquée n'est pas claire à ce propos. Elle mentionne simplement qu'un solde doit être restitué à l'Etat, sans préciser quelle entité est débitrice ou si les deux le sont. Le décompte qui l'accompagne fait référence pour sa part uniquement à la Fondation Y.________. Il est vrai en revanche – comme le relèvent les recourantes – que la décision attaquée a été notifiée aux deux entités. Ceci s'explique sans doute par le fait que cette décision a également une incidence sur la Fondation X.________ (la restructuration n'étant pas reconnue pour le calcul de la subvention). A l'évidence, seule la Fondation Y.________ est débitrice du solde de 394'004 fr. 50, l'autorité intimée ne pouvant pas faire abstraction de la réalité juridique sur cet aspect. La décision attaquée doit être précisée sur ce point, ce qui conduit à une admission très partielle du recours, puisque les recourantes avaient précisément pris des conclusions dans ce sens.
7. Les considérants qui précèdent conduisent à une admission très partielle du recours.
Les recourantes, qui succombent sur l'essentiel, supporteront l'intégralité des frais de justice, qui sont arrêtés à 5'000 fr., indemnités de témoins comprises (art. 49 al. 1 LPA-VD).
Pour le même motif, il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 55 al. 1 a contrario et 56 al. 3 LPA-VD).
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est admis très partiellement.
II. La décision de la Cheffe du Département de la formation, de la jeunesse et de la culture du 22 mai 2013 est réformée, en ce sens qu'il est précisé que seule la Fondation Y.________ est débitrice du solde de 394'004 fr. 50; elle est confirmée pour le surplus.
III. Les frais de justice, par 5'000 (cinq mille) francs, sont mis à la charge des Fondations X.________ et Y.________, solidairement entre elles.
IV. Il n'est pas alloué de dépens.
Lausanne, le 26 novembre 2014
Le président: Le greffier:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.