X.________ SA/Administration cantonale des impôts, Administration fédérale des contributions | Vente en 2008 des actions d'une société, dont le principal actif est un immeuble, au prix de 1'650'000 fr.; vente de cet immeuble par la société aux actionnaires en 2009, au même prix. Afin de déterminer le bénéfice réalisé durant l'année de la vente, l'autorité fiscale a opéré une reprise portant sur le prix de sortie de cet immeuble, qu'elle a fixé à 1'940'000 fr. Admission du recours et annulation de la reprise. Il est démontré que les parties à l'acte en 2008 n'ont pas voulu s'écarter des conclusions de l'expert qui avait retenu une valeur de 1'650'000 fr.; elles ont ainsi renoncé à imputer une part de l'impôt latent sur le prix de vente des actions. Au surplus, la comparaison faite par l'autorité fiscale avec d'autres transactions dans la région est hasardeuse. Enfin, les acheteurs ont effectué pour plus de 700'000 fr. de travaux de rattrapage d'entretien, ce qui démontre que les parties à l'acte en 2008 étaient conscientes de l'ampleur des travaux à entreprendre dans l'immeuble lorsqu'elles ont fixé le prix de vente des actions.
Volltext
TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 9 janvier 2015
Composition
M. Eric Kaltenrieder, président; MM. Bernard Jahrmann et Cédric Stucker, assesseurs; M. Patrick Gigante, greffier.
Recourante
X.________ SA, à 1********, représentée par Me Alain Brogli, avocat à Lutry.
Autorité intimée
Administration cantonale des impôts, à Lausanne.
Autorité concernée
Administration fédérale des contributions, Division principale DAT, à Berne.
Objet
Impôt cantonal et communal (sauf soustraction); Impôt fédéral direct (sauf soustraction)
Recours X.________ SA c/ décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 15 octobre 2013 (impôt sur le bénéfice IFD et ICC; période fiscale 2009)
Vu les faits suivants
A. La société X.________ SA (ci-après: X.________), dont le siège est à 1********, a été inscrite au Registre du commerce le 14 octobre 1969. Elle a pour but toutes opérations immobilières. Selon son bilan au 31 décembre 2007, son seul actif, en sus d'une machine à laver, était un immeuble sis sur la parcelle n°2******** du cadastre de la commune de 1********, dont la valeur comptable était de 608'500 francs. Sis route 3********, en zone d’habitation de faible densité, cet immeuble, d’une surface de 2'006 m2, abrite un bâtiment d’habitation de 190 m2 au sol; le reste est en nature de pré-jardin.
B. Par contrat de cession d'actions du 17 avril 2008, A. Y.________ a vendu les actions de X.________ à B. Z.________ pour le prix de 1'647'181 fr.55. A. Y.________ s'est référée à un rapport d'expertise immobilière établi à sa demande le 25 octobre 2007, lequel arrêtait la valeur vénale de l'immeuble à 1'600'000 francs. Elle aurait, lors des pourparlers, refusé la demande de l'acquéreur de réduire le prix afin de tenir compte de l'impôt latent dans l'hypothèse de la liquidation de la société. Depuis le 30 juin 2008, B. Z.________ est l'unique actionnaire de X.________; son épouse, C. D.________, est la seule administratrice de la société. Le couple a pris domicile dans l'immeuble le 23 juin 2008.
C. Le 26 mai 2009, B. Z.________ a informé l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI) de son intention de liquider X.________. Il a sollicité de l'autorité fiscale la confirmation que le prix de sortie de l'immeuble pouvait être fixé à 1'650'000 francs. Par courrier du 16 juillet 2009, l'ACI a conclu que la valeur vénale minimale de l'immeuble devait être fixée à 1'940'000 francs. L'ACI a fondé son avis sur le prix de vente des actions de la société en 2008 (1'650'000 fr.), auquel a été ajouté le montant de 290'000 fr. correspondant à la charge fiscale latente qui devrait être supportée lors de la liquidation de la société.
D. Le 23 juillet 2009, B. Z.________ et C. D.________ ont acquis, en copropriété chacun pour une demie, de X.________ l'immeuble de 1******** pour un prix de 1'650'000 francs.
Dans le cadre de la taxation relative au droit de mutation, l'autorité fiscale compétente s'est, par décisions du 13 octobre 2009, écartée du prix indiqué dans l'acte de vente pour retenir le montant de 1'940'000 fr., à savoir 970'000 fr. pour chaque époux. La réclamation formée par les époux Z.________-D.________ contre cette décision a été rejetée le 14 octobre 2010. Leur recours a été déclaré irrecevable par décision du juge instructeur de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP; cause n° FI.2010.0074).
E. Par décisions de taxation définitives du 10 janvier 2011, relatives à la période fiscale 2009 (période durant laquelle est intervenue la vente de l'immeuble), l'Office d'impôt des personnes morales a estimé que la valeur vénale de l'immeuble ne pouvait pas être inférieure à 1'940'000 francs. Cet office s'est principalement basé sur l'évolution de fortune de l'actionnaire acquéreur de l'immeuble. Il a dès lors ajouté au bénéfice imposable déclaré par X.________ le montant de 290'000 fr. en tant que distribution dissimulée de bénéfice.
X.________ a formé réclamation contre ces décisions le 3 février 2011, contestant la valeur vénale retenue pour l'immeuble. Après divers échanges, les éléments imposables ont été confirmés par des propositions de règlement des 5 août 2011 et 16 juillet 2013. X.________ ayant maintenu sa réclamation, l'ACI l'a rejetée par décision sur réclamation du 15 octobre 2013.
F. X.________ a recouru contre cette décision le 15 novembre 2013 devant la CDAP, concluant sous suite de frais et dépens, principalement à la réforme en ce sens que la valeur vénale de l'immeuble est fixée à 1'650'000 fr., la décision de taxation définitive du 10 janvier 2011 concernant l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2009 étant annulée, subsidiairement à l'annulation et au renvoi de la cause à l'ACI pour nouvelle décision. X.________ fait valoir que l'autorité fiscale n'a pas recherché à déterminer la véritable valeur vénale de l'immeuble vendu. L'opération de vente de l'immeuble par la société à son actionnaire et à son administratrice ne présentait pas un caractère insolite. Lors de l'acquisition de la société par B. Z.________, en 2008, la venderesse avait toujours refusé de revoir le prix de vente à la baisse pour tenir compte de l'impôt latent. Le prix ainsi arrêté correspondait à la valeur réelle de l'immeuble. Il avait été déterminé sur la base d'une expertise requise par le précédent actionnaire de la société. La transaction s'était passée dans un marché libre. Il n'existait aucune disproportion manifeste entre prestation et contre-prestation entourant cette transaction immobilière.
Dans sa réponse du 21 mars 2014, l'ACI a conclu au rejet du recours. Elle fait valoir qu'il est notoire qu'en pratique, l'acquéreur d'une participation à une société immobilière demandera à ce que soit déduit du prix de vente tout ou partie de la charge fiscale latente inhérente à la liquidation. Dans ces conditions, le prix de vente d'une participation à une société immobilière ne saurait refléter la valeur vénale de la propriété de cet immeuble en détention directe. La transaction conclue entre X.________ d'une part, son actionnaire et son administratrice d'autre part, n'est, en raison des liens étroits entre eux, pas intervenue dans un marché libre. La vente de l'immeuble à un tiers à un prix inférieur à 1'940'000 fr. conduirait à un appauvrissement de l'actionnaire de la société, qui verrait ainsi sa participation qu'il détenait à la société réduite. Pour l'autorité intimée, il parait douteux qu'un actionnaire consente à une telle vente à un tiers en pareille circonstance. L'ACI se réfère également à deux transactions qui ont porté récemment sur des immeubles situés à proximité de l'immeuble litigieux, et dont le prix moyen au mètre carré s'élevait à 1'568 francs. Sur cette même base, la valeur vénale de ce dernier aurait dès lors dû être arrêtée à 2'645'000 fr. après déduction d'un montant de 500'000 fr. pour vétusté. Or, en l'espèce, le prix convenu au mètre carré correspondait à 822 fr. et le prix retenu par l'autorité fiscale à 967 fr., ce qui était encore largement au-dessous des valeurs comparables sur un marché libre. Ainsi, le prix fixé dans l'expertise commandée par le précédent actionnaire de la société ne serait ainsi plus d'actualité. La disproportion existant entre le prix de vente et la valeur vénale de l'immeuble ne pouvait échapper aux organes de la société.
X.________ s'est encore déterminée le 12 mai 2014. Elle conteste l'estimation faite par l'autorité intimée de la valeur vénale de l'immeuble vendu. La vente de la société à B. Z.________, qui constitue la transaction déterminante, est intervenue dans un marché parfaitement libre, aucun lien étroit n'existant entre A. Y.________ et B. Z.________.
L'autorité intimée s'est expliquée sur ces deux points dans une écriture du 11 juin 2014. Elle considère que trois éléments commandent de s'écarter de la valeur attribuée à l'immeuble par l'expertise à laquelle la recourante se réfère. Tout d'abord, le prix de vente d'une participation dans une société ne peut pas être considéré comme représentant la valeur vénale de l'immeuble. Ensuite, selon une approche économique, il faut admettre que le détenteur des droits de participation dans X.________ n'aurait pas consenti à ce que la société cède, à un tiers, l'immeuble qu'elle détient à un prix inférieur à celui qui maintiendrait la participation acquise quinze mois auparavant. Enfin, l'inadéquation du prix de 1'650'000 fr. résulte d'une approche comparative, au regard des prix du marché. S'agissant de la disproportion des prestations, l'autorité intimée rappelle par ailleurs que les organes de la recourante avaient préalablement été informés par l'autorité fiscale, à qui ils avaient soumis le prix de 1'650'000 fr., de ce que le prix de vente ne pouvait être en réalité inférieur à 1'940'000 francs. Ils ne pouvaient dès lors qu'être à même de mesurer et de chiffrer la disproportion résultant du prix convenu pour leur transaction.
Interpellées par le juge instructeur sur la détermination de la valeur vénale de l'immeuble litigieux en regard notamment de l'estimation fiscale de celui-ci, ainsi que de celles des deux immeubles pris en comparaison par l'autorité intimée, les parties se sont déterminées respectivement les 13 août et 26 septembre 2014 pour l'autorité intimée, le 19 septembre 2014 pour la recourante. L'autorité intimée a notamment mis en évidence le fait qu'une cédule hypothécaire d'un montant de 2 millions de francs grevait l'immeuble litigieux, ce qui était une preuve supplémentaire que la valeur vénale de celui-ci atteignait au moins ce montant. La recourante a objecté à ce moyen que la cédule hypothécaire en question avait été constituée dans la perspective du financement des travaux de rénovation de l'immeuble, qui ont eu lieu bien après la transaction litigieuse et qui ont nettement augmenté la valeur de l'immeuble. Le créancier gagiste avait ainsi pris en compte la valeur du bâtiment après rénovation.
G. Déférant à la demande du juge instructeur, X.________ a produit le 17 novembre 2014 la liste des travaux exécutés dans le bâtiment sis sur la parcelle n°2******** par B. Z.________ et C. D.________, postérieurement à la vente du 23 juillet 2009, contenant la date à laquelle ceux-ci ont été effectués et leur montant final, qui atteignait environ 710'000 fr.. Elle a en outre produit une copie de la police d’assurance-incendie du bâtiment établie par l’ECA le 24 septembre 2009.
L’ACI s’est déterminée sur ces dernières pièces. Elle maintient ses conclusions.
La recourante s’est exprimée spontanément sur les dernières écritures de l’ACI, qui n’a pas répondu.
H. La cour a statué à huis clos, par voie de circulation.
Considérant en droit
1. Aux termes de l’art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSV 642.11), le recours au Tribunal cantonal s'exerce conformément à la loi sur la procédure administrative. Le recours ayant été interjeté dans la forme prescrite (art. 79 de la loi cantonale du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; RSV 173.36]) et le délai de trente jours (art. 77 LPA-VD), il y a lieu d’entrer en matière.
2. Sur le plan procédural, la recourante a requis du Tribunal la tenue d’une audience et l’audition d’un témoin.
a) Les parties ont le droit d'être entendues (art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse, du 18 avril 1999 [Cst.; RS 101] et 27 al. 2 de la Constitution du Canton de Vaud, du 14 avril 2003 [Cst.-VD; RSV 101.01]). Cela inclut pour elles le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à leur détriment, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 132 II 485 consid. 3.2 p. 494; 132 V 368 consid. 3.1 p. 370/371, et les arrêts cités). Le droit d'être entendu s'exerce essentiellement en rapport avec les faits de la cause. Il n’implique pas que les parties se voient réserver la faculté de s’exprimer sur l’appréciation des faits ou sur l’argumentation juridique que l’autorité se propose de retenir à l’appui de la décision à prendre (ATF 132 II 257 consid. 4.2 p. 267, 485 consid. 3.4 p. 495; 129 II 497 consid. 2.2 p. 505). Il n’est fait exception à cette règle que lorsque l'autorité envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune partie en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence, que la situation juridique a changé ou que l'autorité dispose d'un pouvoir d'appréciation particulièrement étendu (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 505). En outre, l'autorité peut renoncer au moyen de preuve offert par une partie, pour autant qu'elle puisse admettre sans arbitraire que ce moyen n'aurait pas changé sa conviction (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157; 130 II 425 consid. 2.1 p. 429; 124 I 241 consid. 2 p. 242, et les arrêts cités). Pour le surplus, les parties à la procédure de recours ont le droit de recevoir toutes les écritures déposées et disposent en principe du droit de répliquer aux arguments des parties adverses (ATF 133 I 98, 100; ATF 2C_688/2007 du 11 février 2008).
Devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, la procédure est en principe écrite (art. 27 al. 1 LPA-VD). Les parties participent à l'administration des preuves (art. 34 al. 1 LPA-VD). L’autorité peut recourir à l’audition des parties, à l’inspection locale et aux témoignages (art. 29 al. 1 let. a, b et f LPA-VD). Elle n'est toutefois pas liée par les offres de preuves formulées par les parties (art. 28 al. 2 LPA-VD); elle doit examiner les allégués de fait et de droit et administrer les preuves requises, si ces moyens n'apparaissent pas d'emblée dénués de pertinence (art. 34 al. 3 LPA-VD). Les art. 29 al. 2 Cst. et 27 al. 2 Cst./VD n’accordent en effet pas à la partie dans la procédure devant la juridiction administrative le droit inconditionnel d’être entendue oralement, ni celui d’obtenir l’audition de témoins ou la mise en œuvre d’une expertise, à moins que soit en cause l’examen personnel de la partie en cause (ATF 122 II 464 consid. 4c p. 469/470).
b) En l’espèce, le Tribunal s’en tiendra à une procédure exclusivement écrite. Le dossier de la cause est complet et les éléments y figurant permettent aisément au Tribunal de se faire une idée complète et précise des faits pertinents. Ainsi, tous les éléments de fait déterminants ressortent du dossier. A cela s’ajoute que le litige a trait à des questions d’ordre exclusivement juridique, que le Tribunal examine avec un plein pouvoir d’examen (art. 76 LPA-VD). Dès lors, par appréciation anticipée des preuves, le Tribunal s’estime en mesure de statuer en connaissance de cause et renoncera en conséquence à tenir une audience et à entendre des témoins, sans qu’il n’en résulte une violation du droit d’être entendu des parties (arrêts AC.2013.0366 du 25 mars 2014; AC.2010.0284 du 11 juillet 2012; v. également dans ce sens, arrêts GE.2012.0105 du 29 octobre 2012; GE.2008.0109 du 29 avril 2009).
3. Le litige porte sur la reprise de 290'000 fr., opérée par l’autorité intimée dans les comptes de la recourante, afin de déterminer le bénéfice imposable durant la période de taxation 2009. Il a trait aussi bien à l’impôt cantonal et communal sur le revenu et la fortune qu’à l’impôt fédéral direct. S’agissant de l’impôt cantonal et communal, la LI a abrogé la loi homonyme, du 26 novembre 1956 (aLI), dès son entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (art. 278 et 279 LI). Elle est donc applicable à la période ici en cause. S’agissant de l’impôt fédéral direct, la loi fédérale y relative, du 14 décembre 1990 (LIFD; RS 642.11) a abrogé l’arrêté du Conseil fédéral concernant la perception d’un impôt fédéral direct, du 9 décembre 1940 – AIFD (art. 201 LIFD), dès son entrée en vigueur le 1er janvier 1995. Elle est donc également applicable. A l’image de l’autorité intimée et comme la jurisprudence lui permet de le faire, le Tribunal tranchera les recours aussi bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal, d’une part, et l’impôt fédéral direct, d’autre part (ATF 2C_60/2013 et 2C_61/2013 du 14 août 2013 consid. 1; ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.; 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511; voir ég. FI.2013.0096 du 20 mai 2014, consid. 2).
4. a) L’impôt sur le bénéfice frappe l’augmentation des fonds propres constatée durant la période fiscale (Robert Danon, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Danielle Yersin/Yves Noël [éds], Bâle 2008, ad art. 57-58 LIFD n° 1, réf. citées). Le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l’exercice précédent (art. 58 al. 1 let. a LIFD; 94 al. 1 let. a LI), de même que tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits, qui ne servent pas à couvrir des frais généraux autorisés par l’usage commercial, tels que les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l’usage commercial et les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l’usage commercial (art. 58 al. 1 let. b, 2ème et 5ème tirets, LIFD; 94 al. 2 let. b, 2ème et 5ème tirets, LI). Une dépense dûment comptabilisée est justifiée par l’usage commercial lorsqu’il existe entre celle-ci et l’activité commerciale exercée par l’entreprise une connexité objective (Danon, ibid., n° 65). Le bénéfice comprend en outre les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 (art. 58 al. 1 let. c, 1ère phrase, LIFD et 94 al. 1 let. c, 1ère phrase, LI). Les art. 64 LIFD et 101 LI ont trait au remploi des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation de la personne morale.
Aux articles 58 al. 1 let. a LIFD et 94 al. 1 let. a LI, le législateur a consacré le principe de périodicité de l’impôt. Selon celui-ci, le bénéfice réellement obtenu durant l’exercice commercial doit être soumis à l’impôt. Cela suppose que le bénéfice ne soit pas réduit par des charges autres que celles effectivement afférentes à la période fiscale concernée (ATF 137 II 353 consid. 6.4.4 et 6.4.5 pp. 364/365; 136 II 88 consid. 3.1 p. 92; ATF 2C_272/2011 du 5 décembre 2011, in RF 2012, p. 127; ATF 2C_429/2010 du 9 août 2011, in RF 2011 p. 865; cf. en outre Peter Brülisauer/Flurin Poltera, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, Martin Zweifel/Peter Athanas [éds], 2ème éd., Bâle 2008, ad art. 58 LIFD, n° 41; Danon, op. cit., n° 57; références citées). En outre, les comptes annuels de la société anonyme sont dressés conformément aux principes généralement admis dans le commerce; ils doivent être complets, clairs et faciles à consulter (art. 958 al. 1 et 959 CO). Si ces principes ne sont pas respectés et que le compte de résultats ne reflète pas le bénéfice réel de la société anonyme, le résultat doit être corrigé en faveur comme au détriment du contribuable (Francis Cagianut, Bedeutung der kaufmännischen Buchhaltung und Bilanz im Steuerrecht, in: Archives de droit fiscal 37 p. 137 ss, not. 142).
En l’absence de lacune matérielle ou d’irrégularité formelle propre à mettre en doute la force probante d’une comptabilité, celle-ci bénéficie, en principe, d’une présomption d’exactitude à l’égard du fisc (ATF 137 II 353 consid. 6.2 pp. 359/360; 136 II 88 consid. 3.2/3.4 pp. 92-94; 134 II 207 consid. 3.3 p. 211; 106 Ib 311 consid. 3c et d p. 315ss). Cette exigence de conformité aux règles comptables présuppose toutefois que la loi fiscale y renvoie expressément, comme c’est en principe le cas pour l’estimation du bénéfice comptable des personnes morales (ATF 134 II 207 consid. 3.3 p. 211/212, et les arrêts cités). Suivant l’art. 58 al. 1 let. b LIFD en effet, les charges de l’entreprise doivent être réintégrées au bénéfice imposable lorsque celles-ci ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l’usage commercial (Danon, ibid., n° 64). Une connexité objective entre une dépense et l'activité commerciale exercée par l'entreprise existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial (ATF 136 II 88 consid. 3.1 p. 92). La dépense sans relation avec l’activité de l’entreprise ne sera dès lors pas déductible; il s’agira dans ce cas d’une prestation appréciable en argent (Pierre-Marie Glauser, Apports et impôt sur le bénéfice, Zurich 2005, p. 100). L’art. 58 al. 1 let. c LIFD prescrit, pour sa part, d’intégrer au bénéfice imposable de la personne morale les produits ordinaires ou extraordinaires non comptabilisés dans le compte de résultats (Danon, ibid., n° 72). Parmi ces derniers, figure la non comptabilisation de produits extraordinaires provenant de la réalisation effective ou comptable de réserves latentes (ibid., nos 74-77).
b) On a vu plus haut que parmi les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits et entrant en considération pour le calcul du rendement net imposable figurent les libéralités en faveur de tiers (art. 58 al. 1 let. b, 5ème tiret, LIFD; 94 al. 2 let. b, 5ème tiret, LI); par cette notion, il faut entendre toutes les libéralités spéciales faites aux actionnaires, aux membres de l'administration et aux organes de la direction, ainsi qu'à des tiers, si ces libéralités ont le caractère de distribution de bénéfice. Dans les relations entre la personne morale et les porteurs de part, certaines opérations conduisent ainsi à réduire, notamment par le biais d’obligations contractuelles, le bénéfice de la première. C’est dans ce contexte que s’inscrit la distribution dissimulée de bénéfice qui, selon la jurisprudence, doit répondre aux quatre conditions cumulatives suivantes: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88, consid. 4.1, pp. 92/93; 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 5.1; ATF 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s.; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119). Il convient ainsi d'examiner si la prestation aurait été accordée dans la même mesure à un tiers étranger à la société, soit si la transaction a respecté le principe de pleine concurrence ("Dealing at arm's length"; ATF 2C_644/2013 du 21 octobre 2013 consid. 3.1; ATF 138 II 545 consid. 3.2 p. 549; 57 consid. 2.2 p. 60 et les références citées).
La mise en oeuvre du principe de pleine concurrence suppose l'identification de la valeur vénale du bien transféré ou du service rendu. Lorsqu'il existe un marché libre, les prix de celui-ci sont déterminants et permettent une comparaison effective avec les prix appliqués entre sociétés associées (ATF 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2 et les références citées; Brülisauer/Poltera, op. cit., n° 102 ad art. 58 LIFD; Danon, op. cit., n° 110 ad art. 57-58; Reto Heuberger, Die verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, 2001, p. 194). S'il n'existe pas de marché libre permettant une comparaison effective, il convient alors de procéder selon la méthode de la comparaison avec une transaction comparable (ou méthode du prix comparable), qui consiste à procéder à une comparaison avec le prix appliqué entre tiers dans une transaction présentant les mêmes caractéristiques (Brülisauer/Poltera, op. cit., n° 103 ad art. 58; Heuberger, op. cit. p. 195; Danon, op. cit., n° 111 ad 57-58 LIFD), soit en tenant compte de l'ensemble des circonstances déterminantes (ATF 138 II 57 consid. 2.2 p. 60 et les références citées). On doit ainsi admettre qu'il y a répartition de bénéfice dissimulée, en particulier lorsque la société acquiert des éléments de fortune à un prix surfait ou en aliène à un prix anormalement bas (v. outre Danon, ibid., n° 158, Heinz Masshardt, Kommentar zur direkten Bundessteuer, Zurich 1985, p. 289 et ss., not. 291; Jean-Marc Rivier, La fiscalité de l'entreprise, société anonyme, Lausanne 1994, p. 265 et ss). Tel est notamment le cas lorsque la société vend au gendre et à la fille de son actionnaire un actif immobilier à un prix inférieur à sa valeur vénale (arrêt FI.1996.0105 du 22 mars 2006 consid. 6b) ou lorsqu’une société aliène au fils de son actionnaire une part d'étage d’un immeuble en PPE qu’elle possède, en dessous du prix de revient (arrêt FI.1995.0126 du 26 septembre 1996, consid. 3), enfin dans le cas d’une vente d'un terrain constructible par une société à son actionnaire, à un prix inférieur à la valeur du marché (arrêt FI.2013.0096 du 20 mai 2014, consid. 4). Dans ces trois cas, la reprise effectuée dans les comptes de l’aliénatrice à hauteur de la différence de valeur a été confirmée (ibid.). En effet, en octroyant des avantages pécuniaires, la société n'exécute pas les obligations qui lui incombent sous l'angle économique, mais utilise son bénéfice dans l'intérêt de ses actionnaires (cf. art. 660 CO; Markus Reich, Verdeckte Vorteilzuwendungen zwischen verbundenen Unternehmen, in: Archives 54 p. 621 s.). De même, en aliénant à un actionnaire un actif à la valeur comptable, elle s’appauvrit à concurrence des réserves latentes transférées (Heuberger, op. cit., p. 297; Danon, op. cit., n° 158 ad 57-58 LIFD; v. en outre sur toutes ces questions, FI.2013.0096, déjà cité).
c) Il incombe à celui qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve (ATF 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.2; 2C_549/2012 du 16 mai 2013 consid. 3.1, RF 2013 p. 722). En revanche, il appartient en principe au fisc de prouver l'existence de prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre-prestation, à ses actionnaires. Le contribuable n'a donc pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins que l'on puisse lui reprocher une violation de ses devoirs de collaboration (ATF 2C_60/2013 du 14 août 2013 consid. 6.1; 2C_567/2012 du 15 mars 2013 consid. 6.3).
5. Les parties sont divisées en l’occurrence sur la valeur de sortie attribuée à l’immeuble de 1******** lors de sa vente par la recourante à B. Z.________ et C. D.________, au prix de 1'650'000 fr., le 23 juillet 2009. C’est en effet à ce prix qu’A. Y.________ avait cédé un an plus tôt à B. Z.________, le 17 avril 2008, le capital-actions de la société recourante, alors propriétaire de cet immeuble. On retire des explications de cette dernière que ce montant représentait alors la valeur du marché, dès lors qu’aucun lien quelconque ne préexistait entre les parties avant qu’elles ne concluent l’acte de vente. La recourante rappelle à cet égard que le prix de vente des actions se fonde sur l’expertise établie le 25 octobre 2007 par E. F.________, lequel a été mis en œuvre à l’époque par A. Y.________. Or, l’on sait que cet expert avait retenu pour cet immeuble une valeur vénale de 1'600'000 francs. Ceci nonobstant, pour l’autorité intimée, le prix de sortie de cet immeuble ne saurait être inférieur à 1'940'000 francs.
a) L’autorité intimée fait valoir que la vente du 26 mai 2009 s’est déroulée dans des circonstances particulières, qui s’écartent de celles d’un marché libre. En effet, la recourante a aliéné le seul actif immobilier qu’elle possédait à ses deux actionnaires. Cela ne signifie pas encore que des avantages pécuniaires ont été accordés à ceux-ci par la recourante; d’autres éléments concomitants doivent encore être réunis à cet égard. Pour l’autorité intimée, les parties à l’acte de cession des actions de la société recourante, le 17 avril 2008, étaient conscientes de ce que la valeur de celles-ci tenait nécessairement compte de la charge fiscale latente inhérente à la liquidation future d’une société immobilière. En effet, celle-ci entraîne la réalisation de la réserve latente résultant de la différence entre la valeur vénale de l’immeuble et sa valeur comptable dans les livres de la société; cette réserve s’ajoute au bénéfice de liquidation. A cela s’ajoute l’imposition chez l’actionnaire de l’excédent de liquidation. Dans sa correspondance du 16 juillet 2009, l’autorité intimée a présenté ses calculs dont il ressort qu’au dessous d’un prix de sortie de l’immeuble de 1'940'000 fr., la fortune de l’actionnaire de la société subirait une diminution entre l’acquisition des titres et la liquidation. C’est la raison pour laquelle, toujours selon l’autorité intimée, les parties auraient tenu compte de cette charge en ramenant à 1'650'000 fr. le prix de vente des actions, soit un montant nécessairement inférieur à la valeur vénale de l’immeuble. Des explications de la recourante, il ressort sans doute que les parties à l’acte étaient effectivement conscientes des conséquences ultérieures pour l’actionnaire de cette charge fiscale latente. Elle objecte toutefois au raisonnement de l’autorité intimée que les parties s’en sont tenues aux conclusions de l’expertise F.________, du 25 octobre 2007, pour déterminer le prix de vente entre elles. Les constatations faites plus loin le confirmeront; pour les parties, le montant de 1'650'000 fr. représentait effectivement la valeur de l’immeuble au moment de la cession des actions, ce qui pourrait ressortir du calcul suivant:
Prix des actions (arrondi)
1'650’000
Compte débiteur-actionnaire repris par l’acquéreur
+ 0
Compte créancier-actionnaire repris par l’acquéreur
./. 415’000
Valeur brute des actions
1'235’000
A déduire (fonds propres):
capital-actions
50’000
réserve légale
16’000
provision et amortissements, non admis fiscalement
0
profits et pertes reportés au bilan
125’682
191’682
Fonds propres à déduire
./. 191’682
Réserves latentes comprises dans le prix de vente
1'043’318
Réserves latentes sur autres actifs
0
Réserve latente sur immeuble
1'043’318
Valeur comptable de l’immeuble au bilan
+ 608’500
Valeur attribuée à l’immeuble
1'651’818
La recourante explique à cet égard que B. Z.________ a approché A. Y.________, afin qu’elle consente à une réduction du prix de vente des actions, pour tenir compte précisément de la réalisation ultérieure de cette charge fiscale latente; en vain cependant, puisque cette dernière a refusé. C’est la démonstration que les parties n’ont, en dépit de ce qui précède, pas voulu s’écarter des conclusions de l’expert en 2008. Elles ont ainsi renoncé à imputer une part de l’impôt latent sur le prix de vente des actions. Un an plus tard, ce même montant a été repris lors du transfert de l’immeuble de la société recourante aux époux Z.________-D.________. Il n’en résulte pas pour autant que les détenteurs des droits de participation dans la société recourante, auraient accepté une diminution de la valeur de leur participation, sans que cela ne soit justifié d’un point de vue économique. Le peu de temps écoulé entre les deux transactions ne justifie pas une différence de valeur aussi élevée que celle résultant de la décision attaquée, ceci d’autant moins que le bâtiment était vétuste, ainsi qu’on l’a vu ci-dessus. A cela s’ajoute que la vente des actions d’une société immobilière est soumise, en droit fiscal vaudois, à l’impôt spécial sur les gains immobiliers. Dans ce cas, l’assiette de l’impôt ne consiste pas dans le prix de vente des actions mais dans la valeur attribuée à l’immeuble dans le cadre de la transaction. On peut supposer que, dans la taxation de la cédante, A. Y.________, l’autorité intimée a admis une valeur attribuée à l’immeuble de 1'650'000 fr.; cela justifierait le maintien de cette valeur dans la reprise de l’immeuble par les époux Z.________-D.________, acheteurs, quelques mois plus tard.
b) Dans l’arrêt FI.2013.0096, déjà cité, le Tribunal avait sans doute retenu que la vente d'un terrain constructible par une société à son actionnaire s’était faite à un prix inférieur à la valeur du marché et que les conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice étaient dès lors réunies, puisqu’une libéralité avait été effectuée en faveur de l’actionnaire, à hauteur de la réserve latente résultant de la différence entre le prix du marché et la valeur comptable de l'immeuble transféré. Le Tribunal s’était notamment fondé sur la taxation du droit de mutation dû par l’actionnaire acquéreur, dans laquelle l’autorité intimée s’était écartée à juste titre du prix de vente, en évoquant l’art. 6 al. 5 de la loi du 27 février 1963 concernant le droit de mutation sur les transferts immobiliers et l'impôt sur les successions et donations (LMSD; RSV 648.11), le prix convenu lui ayant paru inférieur à la valeur réelle de l’immeuble. La décision de l’autorité intimée avait alors été confirmée par arrêt FI.2008.0127 du 31 août 2010 et le recours formé contre ce dernier arrêt, rejeté par ATF 2C_753/2010 du 23 mars 2011. En l’occurrence, la situation n’est pas comparable. Certes, l’autorité intimée, dans sa taxation du droit de mutation du 13 octobre 2009, s’est également écartée du prix indiqué dans l'acte de vente, soit 1'650'000 fr. pour retenir comme assiette de l’impôt dû par chacun des époux Z.________-D.________ le montant de 970'000 fr., soit au total 1'940'000 francs. La réclamation formée par ces derniers a sans doute été rejetée mais, contrairement à l’acquéreur dans le précédent évoqué, leur recours n’a, quant à lui, pas été rejeté, mais déclaré irrecevable par décision du juge instructeur de la CDAP. Il n’est dès lors pas possible d’opposer à la recourante l’entrée en force de la taxation du droit de mutation, puisque le Tribunal n’est pas entré en matière, comme on le voit, sur la question de la détermination par les parties du prix de vente de l’immeuble.
c) A l’appui de son raisonnement, l’autorité intimée évoque d’autres transactions, contemporaines à la vente des actions de la recourante. On relève tout d’abord la vente de la parcelle immédiatement voisine, n°4********, de 969 m2, abritant un bâtiment de 175 m2. Cette transaction est intervenue en mai 2008. L’estimation fiscale de cette parcelle étant de 1'427'000 fr., l’autorité intimée en déduit un prix de vente de 1'783'700 fr. (1'427'000 fr. x 125%), soit 1'627 fr. le mètre carré. Une autre parcelle voisine, n°5********, séparée de l’immeuble de la recourante par la route 3********, de 673 m2, abritant un bâtiment de 104 m2 au sol, est divisée en deux parts de propriété par étages. Ces deux parts ont été vendues en octobre 2008, respectivement en mars 2009. L’estimation fiscale de l’immeuble étant de 876'000 fr., l’autorité intimée en déduit une vente au prix de 1'095'000 fr. (876'000 fr. x 125%), soit 1'509 fr. le mètre carré. Par comparaison, on rappelle que la transaction ci-devant litigieuse est intervenue au prix de 822 fr.50 le mètre carré. La démonstration de l’autorité intimée n’emporte toutefois pas la conviction. Sans doute, ces trois parcelles sont immédiatement voisines et situées dans la même zone à bâtir du territoire communal. Outre le fait que l’on ignore le prix de vente exact des parcelles nos 4******** et 5********, puisque le montant annoncé par l’autorité intimée résulte de supputations de sa part, on voit surtout qu’un bâtiment récent a été érigé sur la seconde de ces deux parcelles. Le bâtiment qui prend place sur la parcelle de la recourante était, quant à lui, plus vétuste lorsqu’il a été vendu et a nécessité d’importants travaux; on y reviendra. La comparaison s’avère ici hasardeuse.
Du reste, l’estimation fiscale de la parcelle n°2********, fixée en 2009 à 1'324'000 fr., devrait conduire à retenir un prix de vente de 1'650'000 fr., s’il fallait retenir la méthode de comparaison mise en avant par l’autorité intimée. On rappelle à cet égard que l'art. 2 de la loi cantonale du 18 novembre 1935 sur l’estimation fiscale des immeubles (LEFI; RSV 642.21) dispose que l'estimation fiscale est faite par bien-fonds en prenant la moyenne entre sa valeur de rendement et sa valeur vénale (al. 1) et que la valeur vénale d'un immeuble représente la valeur marchande de celui-ci (al. 4; cf. en outre art. 8 al. 1 du règlement du 22 décembre 1936 sur l'estimation fiscale des immeubles [RLEFI; RSV 642.21.1]). L'art. 9 RLEFI réserve sans doute l'hypothèse dans laquelle les ventes ont lieu dans des circonstances extraordinaires et lors desquelles les prix ont été fixés sous l'influence de conditions particulières (vente entre parents, vente juridique dont l'acquéreur a qualité de créancier, expropriation, achat extraordinaire dans des buts de spéculation, etc.), auquel cas ces transactions ne sont dans la règle pas prises en considération. En l’occurrence cependant, on constate que la Commission d’estimation fiscale, autorité compétente à raison du lieu et de la matière (cf. art. 5 al. 1 LEFI), n’a pas fait application de cette dernière disposition, dans le cadre des pouvoirs qui lui sont conférés. Il n’y a donc pas lieu de mettre en doute l’estimation de l’immeuble de la recourante.
d) Depuis le 30 juin 2008, l’immeuble de la recourante est grevé d’une cédule hypothécaire, d’un montant de 2'000'000 francs. Pour l’autorité intimée, ce serait la démonstration que la valeur de l’immeuble est bien supérieure au prix de vente de 1'650'000 francs. Elle fait valoir à cet égard qu’un créancier gagiste refuserait d’ouvrir une ligne de crédit d’un montant supérieur à la valeur du gage. La recourante rappelle que cette cédule a été constituée dans le but d’obtenir un financement des travaux de rénovation du bâtiment. Dans son expertise de 2007, E. F.________ relevait du reste (p. 6) l’importance des travaux de rénovation à entreprendre dans ce bâtiment. Il ressort de l’acte constitutif du 27 juin 2008 qu’UBS SA a octroyé à la recourante un prêt, lequel a été conditionné à la remise de cette cédule. Ce prêt a été repris ultérieurement par les époux Z.________-D.________, qui en sont les seuls débiteurs solidaires (cf. acte de vente du 23 juillet 2009, ch. 4) et qui ont entrepris de réhabiliter le bâtiment. La recourante a produit une liste récapitulative des travaux exécutés dans l’immeuble par les époux Z.________-D.________ entre 2009 et 2013, soit postérieurement à la vente, dont le total s’élève à 733'112 francs. La plus grande partie d’entre eux a trait à la rénovation du bâtiment, puisque, dans ses dernières écritures, l’autorité intimée explique que, pour les périodes de taxation 2009 à 2012, sur un total de 574'914 fr. de travaux annoncés par les époux Z.________-D.________, un montant de 501'025 fr. a été admis comme travaux d’entretien. Dès lors, sur ce volet également, l’explication de l’autorité intimée ne saurait être suivie. Il apparaît en effet que ce gage de 2'000'000 fr. a bien été constitué, comme la recourante l’indique, afin de financer les travaux de rénovation, dans l’optique d’une augmentation future de la valeur de l’immeuble. En effet, les éléments recueillis vont dans le sens d’une confirmation des conclusions de l’expert F.________ quant à la valeur réelle de l’immeuble au moment de la cession par A. Y.________ des actions de la recourante. Cela signifie également que les parties à l’acte du 17 avril 2008 étaient conscientes de l’ampleur des travaux à entreprendre dans l’immeuble lorsqu’elles ont fixé le prix de vente des actions.
e) Il résulte de ce qui précède que l’autorité intimée n’a pas apporté la preuve que des avantages de nature pécuniaire auraient été accordés par la recourante aux époux Z.________-D.________ lors de la vente du 28 mai 2009 au prix de 1'650'000 francs. C’est par conséquent à tort qu’une reprise de 290'000 fr. a été opérée dans les comptes de la recourante au 31 décembre 2009.
6. Les considérants qui précèdent conduisent ainsi à l’admission du recours et à l’annulation de la décision attaquée. La cause est renvoyée à l’autorité intimée pour nouvelle décision conformément au considérant 5 du présent arrêt. Les frais d’arrêt seront laissés à la charge de l’Etat (art. 49 al. 1, 52 al. 1 et 91 LPA-VD). La recourante, qui obtient gain de cause avec l’assistance d’un avocat, a droit au surplus à des dépens (art. 55 et 91 LPA-VD).
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est admis.
II. La décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts, du 15 octobre 2013, est annulée et la cause, renvoyée à l’autorité intimée pour nouvelle décision conformément aux considérants du présent arrêt.
III. Les frais d’arrêt sont laissés à la charge de l’Etat.
IV. L’Etat de Vaud, soit pour lui le Département des finances et relations extérieures, versera à X.________ SA des dépens, arrêtés à 3'000 (trois mille) francs.
Lausanne, le 9 janvier 2015
Le président: Le greffier:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.