TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 6 octobre 2009
Composition
M. Pierre-André Berthoud, président; M. Xavier Michellod, juge, Mme Lydia Masmejan, juge suppléante
Recourante
X.________ SA, à ********, représentée par Fiduciaire Fidugère, à Echallens,
Autorité intimée
Administration cantonale des impôts,
Autorité concernée
Administration fédérale des contributions, Division principale DAT,
Objet
Impôt cantonal et communal (sauf soustraction). Impôt fédéral direct (sauf soustraction)
Recours X.________ SA c/ décision de l'Administration cantonale des impôts du 6 janvier 2009 (impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital et impôt fédéral direct sur le bénéfice pour les périodes fiscales 1997 à 2002)
Vu les faits suivants
A. X.________ SA (ci-après: la société, la contribuable ou la recourante) est une société ayant pour but l'exploitation d'un bureau de conseil en matière immobilière, l'étude et la réalisation de projets dans le domaine immobilier, l'exploitation d'une entreprise générale du bâtiment, l'achat, la vente, le courtage et la mise en valeur de tous biens immobiliers. Elle est domiciliée à ********, dans le canton de Genève, où elle est assujettie de manière illimitée. Son administrateur unique est M. Y.________, domicilié à Genève.
B. Période fiscale 1997
a) Selon contrat de vente notarié du 29 avril 1997, la société a acheté une villa (parcelle 1********) partiellement construite, située à 2********, pour le prix de 300'000 francs. Après quelques travaux exécutés par l'administrateur unique, sous contrat de mandat, elle l'a revendue le 16 décembre 1997 à M. Z.________ pour le prix de 450'000 francs.
b) Le 15 décembre 1995, la société avait conclu avec Mme A.________ une promesse de vente et d'achat sur une parcelle (parcelle 3********) située à 4********. Le prix de vente avait été fixé à 700'000 fr., "payé au comptant le jour de l'exécution de la présente promesse de vente et d'achat, déduction faite d'un acompte de 70'000 fr. versé au comptant en cet instant, en mains de la promettante-venderesse, dont ici quittance".
Par contrat de cession partielle de promesse de vente et d'achat du 16 avril 1997, la société a cédé 5/8 de ses droits d'acquisition sur cette parcelle, soit, 1/8 à M. et Mme B.________, 1/8 à M. C.________, 1/8 à M. et Mme D.________, 1/8 à M. et Mme E.________ et 1/8 à M. et Mme F.________. Le prix convenu pour ces cessions était de 25'000 fr. par huitième, soit 125'000 fr. pour les 5/8 du droit d'acquisition cédé.
Par acte notarié du 2 mai 1997, la société et les autres promettants-acquéreurs ont acheté la parcelle 3******** suivant une répartition conforme à leur droit d'acquisition contractuel. Le prix global de 721'000 fr. a été réparti conformément aux actes de cession partielle de promesse de vente et d'achat, soit 1/8 du prix de l'immeuble pour chacun des cessionnaires (87'500 fr.) et 3/8 (262'500 fr.+ intérêts = 283'000 fr.) pour la société. Celle-ci est donc devenue propriétaire de 3/8 de la parcelle, soit des immeubles no 5********, 6******** et 7********, pour le prix de 283'000 francs.
Au terme de la vente, la société a loué l'appartement de l'immeuble no 5******** qu'elle finalement vendu en 2002 (cf. période fiscale 2002). Elle a vendu les immeubles no 6******** et 7******** en 1998 (cf. période fiscale 1998).
Le 5 janvier 1998, l'autorité de taxation a requis de la société la production d'une déclaration d'impôt 1997. Le 9 février 1998, la contribuable a répondu qu'elle avait acquis et vendu la villa d'2******** la même année, qu'elle n'avait agi que comme intermédiaire, et qu'elle n'avait donc pas à remplir de déclaration vaudoise.
Le 5 octobre 2000, l'autorité de taxation a requis de la contribuable la production du relevé complet et détaillé des décomptes d'achat et de vente des immeubles, avec copie des justificatifs correspondants (2******** et 4********). Elle a également requis une copie détaillée des comptes d'immeubles de 4******** figurant au bilan. Par la suite, la société a produit le bilan 1997 qui mentionne des actifs bruts pour un montant de 368'150 fr., dont les immeubles de 4******** pour un montant de 281'867 fr. 35 ainsi que son compte de pertes et profits 1997 mentionnant un bénéfice de 33'920 fr. 60. Elle a par ailleurs produit la copie d'une taxation genevoise du 18 août 1998, fixant, dans le canton de Genève (siège de la société), le bénéfice imposable à 2'920 fr. et le capital imposable à 114'021 francs.
Le 8 décembre 2000, l'Administration cantonale des impôts, Section des personnes morales (ci-après: l'autorité de taxation), a rendu une décision de taxation pour la période 1997, fixant le bénéfice global imposable à 276'400 fr., le bénéfice imposable dans le canton de Vaud à 242'500 fr., le capital imposable global à 114'000 fr. et le capital imposable dans le canton de Vaud à 86'000 francs. Elle a ajouté au bénéfice déclaré de 33'920 fr. 60 les montants de, respectivement, 125'000 fr. correspondant à la somme reçue pour la cession des 5/8 du droit d'acquérir la parcelle de 4******** et 117'500 fr. correspondant à une estimation du bénéfice réalisé sur la villa d'2******** acquise et revendue en 1997. Compte tenu de la part des actifs bruts localisés dans le canton de Vaud, elle a fixé le capital imposable à 75,56% de celui qui avait été fixé globalement dans le canton de Genève.
Le 21 décembre 2000, la société a déposé une réclamation contre cette taxation. Elle a soutenu qu'elle avait conclu une promesse d'achat le 15 décembre 1995 sur la parcelle de 4******** pour un montant de 700'000 fr., qu'elle avait ensuite acheté 3/8 de l'immeuble au prix de 87'500 fr. la part de 1/8 (soit 262'500 fr.) et cédé au même prix de 87'500 fr. la part les 5/8 restant de son droit d'acquérir. Elle en a conclu n'avoir réalisé aucun bénéfice. Concernant la villa d'2********, elle a précisé qu'elle avait repris un immeuble en construction de G.________ SA pour un montant de 300'000 fr. avant de mandater M. Y.________ pour la réalisation de travaux qui avaient coûté 133'470 fr. 70. Ayant revendu cet immeuble à M. Z.________ au prix de 450'000 fr. et reversé le bénéfice de 16'532 fr. 80 à M. Y.________, elle n'avait réalisé aucun bénéfice.
Dans une proposition de règlement du 30 juillet 2002, l'autorité fiscale a modifié sa taxation du 8 décembre 2000. Elle a maintenu l'imposition de 125'000 francs correspondant au prix perçu pour la cession des 5/8 du droit d'acquérir la parcelle sise à 4******** et réduit l'imposition du gain immobilier réalisé sur la vente de l'immeuble d'2******** à 16'530 francs (montant invoqué par la société). Elle a donc fixé le bénéfice imposable à 141'500 fr., entièrement imposable dans le canton de Vaud, et maintenu le capital global imposable à 114'000 fr., dont 87'000 fr. imposable dans le canton. Elle précisé que la "part du capital vaudois était de 77%, compte tenu de la valeur immobilière restant au bilan pour l'immeuble de 4********".
Le 7 août 2002, la société a confirmé sa réclamation. Elle a déclaré n'avoir jamais encaissé 125'000 fr. pour des cessions de droits d'acquérir et prié l'autorité fiscale de bien vouloir produire les pièces permettant de démontrer l'existence de ces encaissements. Le 12 août 2002, l'autorité de taxation a répondu que les cinq cessions contestées, pour un montant de 25'000 fr. chacune, figuraient dans l'acte authentique de vente du 2 mai 1997 (parcelle 3********) instrumenté par Me Jean-Marc Emery. Elle a joint à sa réponse une copie de cet acte.
Le 28 août 2002, la société a déclaré maintenir sa réclamation. Elle a fait valoir que les ventes réalisées à 4******** avaient été comptabilisées dans le bilan et qu'elles avaient été taxées dans le canton de Genève, de sorte qu'il y aurait double imposition intercantonale si l'autorité vaudoise maintenait sa décision. Elle a par ailleurs déclaré que l'autorité de taxation n'avait pas tenu compte des impenses nécessaires à la réalisation des immeubles d'2******** et de 4********.
C. Période fiscale 1998:
Par acte notarié du 29 mai 1998, la société a vendu l'immeuble sis sur la parcelle no 7******** de la commune de 4******** pour le prix de 388'000 francs. Le 2 décembre de la même année, elle a vendu la parcelle no 6******** de la même commune pour le prix de 410'000 francs.
Le 21 novembre 1999, la société a déposé sa déclaration d'impôt 1998, dans laquelle elle a mentionné un bénéfice imposable de 17'092 fr. et un capital imposable de 221'114 francs. Elle a fourni en annexe à sa déclaration un document émanant de sa fiduciaire, la Fiduciaire de Bernex, à Bernex (Genève), attestant qu'elle était propriétaire d'une part d'immeuble à 4********, d'une valeur de 94'500 fr., qu'à la fin de l'opération, le bénéfice escompté pour la société serait d'environ 150'000 fr. et que, par ailleurs, elle avait avancé 81'201 fr. "pour 8********", qu'elle devrait encore débourser 50'000 fr. pour terminer cette opération, et que, pour cette promotion, la perte escomptée se monterait à 130'000 francs. Toutefois, l'immeuble no 5******** dont elle était encore propriétaire ne figurait pas au bilan du 31 décembre 1998. Seule une créance d'origine indéterminée intitulée "immeuble 8********" y figurait pour un montant de 80'201 fr. 09.
Dans sa taxation du 27 octobre 1999, l'Administration fiscale cantonale de Genève a fixé le bénéfice imposable à 17'092 fr. et le capital imposable à 131'114 francs.
Le 8 décembre 2000, l'autorité de taxation a requis de la contribuable la production d'un relevé complet et détaillé de l'inventaire des immeubles (parcelles no 5********, 6******** et 7********), ainsi que le décompte de construction avec copie des attestations et la justification de la non comptabilisation à l'actif du bilan de la valeur résiduelle des immeubles et du résultat des ventes. Elle a également requis une copie du rapport de l'organe de contrôle. La société n'a toutefois pas produit ces documents pour la période fiscale 1998.
Le 25 mars 2003, l'autorité de taxation a rendu une décision de taxation fixant le bénéfice global imposable à 144'700 fr., le bénéfice imposable dans le canton à 127'600 fr., le capital total imposable à 258'000 fr. et le capital imposable dans le canton à 77'000 francs. En guise de motivation, elle a précisé: "à défaut de renseignements précis de votre part sur les bénéfices engendrés sur les ventes des immeubles sous numéro de parcelles 6******** et 7********, nous avons procédé à une estimation du bénéfice vaudois, compte tenu que le revenu des ventes d'immeubles de placements reviennent au canton où ces immeubles sont situés. Bénéfice estimé: 144'772 fr., montant qui constitue une réserve imposable".
En fait, l'autorité de taxation a estimé le gain immobilier résultant des ventes à 127'600 francs, montant qu'elle a additionné au bénéfice déclaré (17'092 fr.) pour fixer le montant global imposable à 144'772 fr. (127'600 fr. + bénéfice déclaré de 17'092 fr. 81).
Le 27 mars 2003, la contribuable a déposé une réclamation contre cette taxation, par l'intermédiaire de sa fiduciaire. Elle a fait valoir qu'elle avait déjà déposé une réclamation pour la période 1997 et qu'aucune décision n'avait encore été prise, qu'elle avait fourni tous les éléments nécessaires pour les parcelles 6******** et 7******** et qu'aucun bénéfice n'avait été réalisé sur cette opération. Déplorant n'avoir reçu aucune demande de renseignement, elle a contesté le bénéfice estimé de 144'772 fr. Elle a soutenu par ailleurs qu'elle avait déjà déclaré ces bénéfices et payé ses impôts dans le canton de Genève.
D. Période fiscale 1999:
Par acte notarié du 27 janvier 1999, la société a conclu avec Mme H.________ et M. I.________ une vente à terme avec droit d'emption sur la parcelle 5********, propriété par étage, soit 125/1000 de la parcelle no3******** pour un prix de 390'000 francs. L'acte prévoyait une échéance pour l'exécution au 31 mai 2003, ainsi que la possibilité pour les futurs acquéreurs d'occuper les lieux dès le 1er avril 1999, pour un loyer mensuel de 7******** francs, non déductible du prix de vente. Il a été prévu que le prix serait payé comme suit:
"- 10'000 fr. d'ici au 31 mars 1999, hors de la vue du notaire;
- Le solde, soit 380'000 fr., le jour de l'exécution du présent acte."
Le point 8 de cet acte prévoyait que "l'exécution pourra avoir lieu dès ce jour et jusqu'au 31 mars 2003…". L'exécution n'a pas eu lieu en 1999.
Le 25 septembre 2000, la société a déposé sa déclaration d'impôt 1999 dans laquelle elle a déclaré une perte de 10'734 fr. et un capital imposable dans le canton de 94'266 francs. L'immeuble de 4******** (immeuble no 5********) ne figurait pas au bilan de la société au 31 décembre 1999. Un bénéfice de 132'074 fr. d'origine inconnue figurait dans le compte de pertes et profits sous la rubrique "résultat de diverses affaires". La société a remis à l'autorité de taxation le décompte suivant de l'opération effectuée sur l'immeuble de 4********:
"Situation au 31.12.1999
X.________ est toujours propriétaire d'une part de copropriété d'une valeur de 94'500 francs.
X.________ a remboursé tous les prêts de Y.________
Solde du compte de construction au 31.12.1999
CHF 115'706.-
Travaux encore à réaliser
CHF 20'000.-
CHF 95'706.-
Solde dernier appartement à vendre: CHF 380'000.- rembours. cédule 260'000.- =
CHF 120'000.-
CHF 215'706.-
Remboursement à X.________ du solde des prêts initiaux de Y.________ (CHF 70'000.- du 13.12.95 + CHF 300'000.du 29.05.97) que X.________ lui a remboursé les 05.08.97 et 30.06.98. Soit CHF 370'000.- - CHF 100'000.- déjà remboursé à X.________ le 14.12.98
CHF 270'000.-
CHF 54'294.-
En outre, avec le compte de construction de l'immeuble ont été réglées les factures du chantier de 8******** pour un total de CHF 186'33********,35
L'opération "Immeuble 4********" va dégager un bénéfice de 186'368,35 - 54'294.- = CHF 132'074,35"
Se référant à une demande de pièces notifiée par l'autorité fiscale le 8 décembre 2000 et qui concernait 1998, la société a fourni, le 5 février 2001, des justificatifs qui concernaient l'année 1999.
Le 17 septembre 2002, l'Administration fiscale cantonale de Genève a rendu une décision de taxation fixant un bénéfice imposable nul et un capital imposable de 120'380 francs.
Le 17 décembre 2004, l'autorité de taxation vaudoise a rendu une décision de taxation par laquelle elle a fixé le bénéfice net imposable après imputation des pertes à 247'100 fr. et le bénéfice imposable dans le canton à 435'100 francs. Ce bénéfice imposable dans le canton de Vaud était constitué du prix de vente de la parcelle (390'000 fr.) et du montant figurant dans le compte de profit de la société sous la rubrique "S/2******** 5-6" (45'177 fr.). En guise de motivation elle a précisé ce qui suit:
"Un bénéfice de CHF 257'925.- lié à la parcelle n°5******** de 4******** a été ajouté au résultat déclaré pour la période fiscale 1999. En effet, compte tendu du prix de vente de l'immeuble de CHF 390'000.- selon l'acte de vente à terme du 27 janvier 1999 et d'une valeur comptable nulle selon les états financiers au 31 décembre 1998, il appert que l'entier du prix de vente doit être considéré comme du bénéfice imposable sur le canton de Vaud. Etant donné le résultat lié à l'immeuble de 4******** comptabilisé dans le compte de pertes et profits au 31 décembre 1999 de CHF 132'074.35, la différence de CHF 257'925.65 augmente le bénéfice net imposable.
L'immeuble étant sis sur le canton de Vaud, le bénéfice y relatif est intégralement imposable sur le canton de Vaud.
En ce qui concerne le capital imposable, il a été tenu compte du report du compte de pertes et profits au début de l'exercice 1999, soit CHF 28'614.61. Ainsi, le capital imposable s'élève à CHF 120'380.- en lieu et place de 94'266 francs. Compte tenu du fait qu'il n'y a plus d'immeuble localisé sur le canton de Vaud dans les actifs de X.________ SA au 31 décembre 1999, l'entier du capital est imposable sur le canton de Genève."
Le 7 janvier 2005, la société a déposé une réclamation contre cette décision. Elle a fait valoir la violation de l'interdiction de la double imposition intercantonale, au motif que les bénéfices réalisés avaient été déclarés et imposés dans le canton de Genève. Elle a soutenu qu'il appartenait à l'autorité fiscale genevoise d'établir une répartition intercantonale. Elle a par ailleurs reproché à l'autorité fiscale de n'avoir pas tenu compte des impenses dans le calcul des bénéfices imposables.
E. Période fiscale 2000:
Le 23 octobre 2001, la société a déposé sa déclaration d'impôt 2000, dans laquelle elle a mentionné "pas d'activité sur le canton de Vaud". Elle a joint à sa déclaration les comptes de l'année 2000, dont il ressort un bénéfice de 3'024 fr. 09 et un capital imposable global de 123'404 francs. Un montant de 114'850 fr. avait été comptabilisé sous la rubrique "honoraires et divers".
Le 23 juin 2005, l'autorité de taxation a requis de la société la production des pièces suivantes, pour les périodes 2000, 2001 et 2002:
"- détail du compte "Honoraires et divers"
- Copie du contrat de vente de l'appartement de 4******** vendu le 15.02. 2002
- Indication de tous les revenus de cet appartement durant les exercices 2000, 2001 et 2002."
Le 11 août 2005, l'autorité de taxation a notifié un rappel, dans lequel, elle a indiqué qu'à défaut de réponse dans les dix jours, elle procèderait à une taxation d'office, conformément à l'art. 180 al. 2 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts cantonaux (LI; RSV 642.11) et 130 al. 2 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11). Par réponse du 29 août 2005, la contribuable a d'abord répondu qu'elle avait déjà produit les pièces requises. Le 17 novembre 2005, elle a notifié par fax à l'autorité de taxation la copie du compte "Honoraires et divers", dans lequel ne figurait aucun loyer pour l'immeuble "5********". Elle a également produit l'acte notarié de vente à terme avec droit d'emption du 8 février 2002 concernant ce dernier bien situé à 4********, que la société avait conclu avec M. A.J.________ et Mme B.J.________. L'acte mentionnait que l'appartement était actuellement loué à Mme H.________ et M. I.________ (cf. infra, période fiscale 2002). Dans la lettre accompagnant le fax, la société a déclaré que cet appartement n'avait généré aucun revenu et qu'il était resté inoccupé avant la vente. Interpellée sur la présence de locataires dans l'immeuble litigieux, la société a répondu le 22 novembre 2005 que les loyers encaissés avant la vente avaient été comptabilisés dans le compte de construction. Le 28 novembre 2005, elle a informé l'autorité fiscale que le montant des loyers encaissés était de 56'100 fr., soit 33 mois x 7********.- francs.
Le 1er décembre 2005, l'autorité de taxation a fixé le bénéfice global imposable à 23'400 fr., dont 20'400 fr. imposable dans le canton de Vaud. Elle a fixé le capital global imposable à 123'000.- francs, mais non imposable dans le canton de Vaud. Comme motivation, elle a précisé: "Loyer appartement 4********. Aucun compte sur lequel figurerait l'enregistrement des loyers de l'appartement appartenant à la société, nous ajoutons le montant de Fr. 20'400.- (12 mois x 7********) au résultat. Ce montant est imposable sur le canton de Vaud. Au niveau du capital imposable, celui-ci est entièrement imposable sur le canton de Genève compte tenu du fait qu'il n'y a pas d'immeuble vaudois dans le bilan présenté".
Le 21 décembre 2005, la société a déposé une réclamation contre cette taxation. Invoquant la violation du principe de l'interdiction de la double imposition intercantonale, elle a fait valoir que la taxation intercantonale avait déjà été effectuée par le canton de Genève et que la société avait payé ses impôts. Elle a précisé que les loyers encaissés de 20'400 fr. avaient été "déduit sur le prix de construction".
F. Période fiscale 2001:
Le 3 septembre 2002, l'Administration fiscale genevoise a rendu une décision de taxation dans laquelle elle a fixé un bénéfice imposable nul et un capital imposable dans le canton de 103'369 francs.
Le 30 septembre 2002, la société a déposé une déclaration d'impôt 2001 non signée, dans laquelle elle a mentionné "pas d'activité sur Vaud". Elle a produit en annexe les comptes de l'année 2001 qui mentionnaient une perte nette de 20'035 francs. Dans le compte "Honoraire" dont le total se montait à 56'653 fr. figurait un produit de 50'000 fr. enregistré le 31 décembre 2001 pour l'immeuble de 4********. L'autorité fiscale lui a renvoyé sa déclaration pour signature.
Le 2 décembre 2005, l'autorité de taxation a fixé le bénéfice global imposable à 300 fr. et le bénéfice imposable dans le canton de Vaud à 20'400 francs. Elle a fixé le capital global imposable à 103'000 fr. et le capital imposable dans le canton à zéro. Elle a motivé sa taxation en précisant: "Loyer appartement 4********: Aucun compte sur lequel figurerait l'enregistrement des loyers de l'appartement appartenant à la société ne nous ayant été présenté, nous ajoutons un montant de Fr. 20'400 fr. (12 mois x 7********.-) au résultat. Ce montant est imposable sur le canton de Vaud. Au niveau du capital imposable, celui-ci est entièrement imposable sur le canton de Genève compte tenu du fait qu'il n' y a pas d'immeuble vaudois dans le bilan présenté."
Le 21 décembre 2005, la société a déposé une réclamation contre cette taxation. Elle a fait valoir les mêmes arguments que ceux qu'elle avait précédemment invoqués pour la période fiscale 2000.
G. Période fiscale 2002:
Par acte notarié du 8 février 2002, la société a conclu une vente à terme avec droit d'emption en faveur de A.J.________ et B.J.________ sur la parcelle no 5******** de 4********, pour le prix de 420'000 francs, soit:
- 385'000 fr. versés par l'intermédiaire du notaire à la société
- 35'000 fr. versés hors la vue du notaire à I.________ qui a occupé l'appartement et qui a investi des fonds pour divers aménagements en sa qualité de bénéficiaire d'un droit d'emption.
L'acte précisait que l'appartement était actuellement loué par H.________ et I.________ (cf. supra, période fiscale 2000).
Le 21 mars 2003, la société a déposé une déclaration d'impôt pour la période fiscale 2002. Elle a mentionné une perte de 7'798 fr. et un capital imposable de 100'000 fr., en précisant au début de sa déclaration qu'elle n'avait "aucune activité sur Vaud". Elle a également produit ses comptes 2002 qui ne mentionnaient aucune location relative à l'immeuble de 4******** (parcelle no 5********). Elle a joint à sa déclaration les comptes 2002 dont les résultats correspondaient à ce qui avait été déclaré.
Le 2 décembre 2005, l'autorité de taxation a rendu une décision dans laquelle elle a fixé le bénéfice imposable à 413'900 francs, le bénéfice imposable dans le canton de Vaud à 427******** francs et le capital global imposable à 100'000 fr. dont zéro dans le canton de Vaud. Elle a motivé sa taxation par l'explication suivante: "Appartement 4********. Loyer Un loyer de Fr. 7********.- pour le mois de janvier a été ajouté au résultat. Vente Un bénéfice de Fr. 420'000.- lié à la vente de la PPE de 4******** a été ajouté au résultat déclaré. En effet, compte tenu du prix de vente de cette PPE de Fr. 420'000.- selon l'acte de vente à terme du 8 février 2002 et d'une valeur comptable nulle selon les états financiers, il appert que l'entier du prix de vente doit être considéré comme du bénéfice imposable sur le canton de Vaud. La propriété étant sise sur le canton de Vaud, tous les revenus et bénéfice y relatifs sont intégralement imposable sur le canton de Vaud."
Le 21 décembre 2005, la société a déposé une réclamation contre cette taxation. Elle a fait valoir les mêmes arguments que ceux qu'elle avait invoqués pour les deux périodes précédentes (double imposition intercantonale, loyers déduits du prix de construction). Elle a ajouté qu'elle estimait aberrant de calculer le bénéfice des ventes de l'appartement sans tenir compte du coût de l'achat du terrain ni du coût de construction de ce dernier et que ceci ne reposait sur aucune considération économique.
Le 26 janvier 2005, la société, représentée par son conseil, a été entendue dans les locaux de l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI). Elle n'a fourni aucune pièce supplémentaire, soutenant qu'elle avait déjà produit tous les documents utiles. Elle a déclaré avoir payé ses impôts dans le canton de Genève et fait valoir qu'une nouvelle imposition dans le canton de Vaud engendrerait une double imposition intercantonale. Après l'avoir demandé oralement au cours de l'entretien, l'autorité de taxation a requis de la société, par courrier du 28 janvier 2005, les pièces nécessaires à l'imposition des immeubles vaudois pour les périodes 1997 à 2002.
H. Après plusieurs demandes de prolongations accordées puis refusées le 22 août 2005 par l'autorité de taxation, celle-ci a transmis le dossier à l'ACI comme objet de sa compétence. La société a consulté un nouveau mandataire, la fiduciaire Fidugère, à Echallens.
Le 1er octobre 2008, l'ACI a proposé à la société d'arrêter les éléments imposables de la manière suivante:
Période fiscale 1997
Bénéfice net:
Fr. 141'500.-
Bénéfice imposable dans le canton:
Fr. 141'500.-
Bénéfice déterminant pour le taux:
Fr. 141'500.-
Capital total imposable:
Fr. 114'000.-
Capital imposable dans le canton:
Fr. 87'000.-
Capital déterminant:
Fr. 107'000.-
Période fiscale 1998
Bénéfice net:
Fr. 144'700.-
Bénéfice imposable dans le canton:
Fr. 127'600.-
Bénéfice déterminant pour le taux:
Fr. 144'700.-
Capital total imposable:
Fr. 258'000.-
Capital imposable dans le canton:
Fr. 77'000.-
Capital déterminant:
Fr. 186'400.-
Période fiscale 1999
Bénéfice net:
Fr. 4'566.-
Bénéfice imposable dans le canton:
Fr. 15'300.-
Bénéfice déterminant pour le taux:
Fr. 4'566.-
Capital total imposable:
Fr. 120'000.-
Capital imposable dans le canton:
Fr. 35'800.-
Capital déterminant:
Fr. 189'400.-
Période fiscale 2000
Bénéfice net:
Fr. 23'400.-
Bénéfice imposable dans le canton:
Fr. 20'400.-
Bénéfice déterminant pour le taux:
Fr. 23'400.-
Capital total imposable:
Fr. 143'800.-
Capital imposable dans le canton:
Fr. 36'800.-
Capital déterminant:
Fr. 121'800.-
Période fiscale 2001
Bénéfice net:
Fr. 300.-
Bénéfice imposable dans le canton:
Fr. 20'400.-
Bénéfice déterminant pour le taux:
Fr. 300.-
Capital total imposable:
Fr. 103'000.-
Capital imposable dans le canton:
Fr. 30'700.-
Capital déterminant:
Fr. 113'300.-
Période fiscale 2002
Bénéfice net:
Fr. 413'900.-
Bénéfice imposable dans le canton:
Fr. 427********.-
Bénéfice déterminant pour le taux:
Fr. 413'900.-
Capital total imposable:
Fr. 100'000.-
Capital imposable dans le canton:
Fr. 0. -
Capital déterminant:
Fr. 101'600.-
Pour la période fiscale 1997, elle a maintenu la reprise du montant de 125'000 fr. encaissé au titre de la cession des droits découlant de la promesse de vente et d'achat du bien-fonds de 4********. Concernant la villa d'2********, elle a confirmé sa proposition de règlement du 30 juillet 2002 dans laquelle elle a réduit le bénéfice découlant de la vente au montant allégué par la contribuable dans sa réclamation du 21 septembre 2002 (16'532 fr. 80). Elle a toutefois refusé d'admettre que le bénéfice était nul au motif que la société aurait reversé le bénéfice de la vente à l'administrateur.
Pour la période fiscale 1998, l'ACI a confirmé les éléments pris en compte dans la décision de taxation, soit un bénéfice imposable de fr. 144'772.- issu de deux ventes immobilières, faute pour la société d'avoir établi un détail des produits.
Pour la période fiscale 1999, l'ACI a renoncé à la reprise de 257'925 fr. portant sur la vente à terme du 27 janvier 1999 de l'immeuble de 4********, parcelle 5********. Elle a relevé que l'acte authentique du 27 janvier 1999 était une vente "à terme avec droit d'emption" sur la parcelle 5******** et que cette vente n'avait pas été exécutée durant la période fiscale 1999. Elle en a conclu que le bénéfice n'avait pas été réalisé et qu'il n'était pas imposable durant cette période. Constatant que les acheteurs potentiels avaient loué la maison dès le 1er avril 1999 pour un loyer convenu dans l'acte de 7******** fr. par mois, elle a ajouté au bénéfice 15'300 francs. Ainsi, elle a fixé le bénéfice imposable après imputation des pertes à 4'566 fr. (15'300 fr. - la perte annoncée de 10'734 fr.) et le bénéfice imposable dans le canton de Vaud à 15'300 francs. Elle n'a pas déduit du bénéfice imposable dans le canton de Vaud les pertes que la société avait encourues dans le canton de Genève. Quant au capital imposable, alors que l'autorité de taxation avait retenu qu'il n'y avait plus d'immeuble à la fin de l'année dans le canton de Vaud, l'ACI a considéré pour sa part que la société était toujours propriétaire de l'immeuble no 5********. En considération de cet élément, elle a fixé le capital imposable sur Vaud à 35'800 fr. (29,88% x 120'000 fr.).
Elle a également ajouté au capital imposable dans le canton 2000 et 2001, la valeur de l'immeuble de 4******** no 5******** qui appartenait encore à la société et qui pourtant ne figurait pas dans les comptes.
Le 6 janvier 2009, l'autorité de taxation a rendu une décision sur réclamation par laquelle elle a rejeté les réclamations formées les 21 décembre 2000, 27 mars 2003, 7 janvier 2005 et 21 décembre 2005, concernant les périodes fiscales 1997 à 2002. Elle a repris sans modification la proposition de l'ACI du 1er octobre 2008.
I. Le 6 février 2009, la société a recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: CDAP) contre cette décision, par l'intermédiaire de son conseil. Elle a conclu à ce que l'autorité admette "les déclaration telles que déposées par la société pour les périodes 1997 à 2002, incluant le bénéfice immobilier de 132'074 fr. 50 et taxées par l'autorité genevoise, selon décisions ci-jointes, ou de permettre de rétablir les comptes et ainsi déterminer le résultat réellement obtenu par X.________ SA pour l'opération de 4********". Elle a principalement fait valoir les arguments suivants:
Période fiscale 1997: Elle a reconnu avoir reçu le montant de 125'000 fr. pour la cession partielle de son droit d'acquérir. Elle a toutefois fait valoir que ce montant avait été déduit du coût de construction.
Période fiscale 1998: Elle a reconnu avoir vendu successivement les parcelles no 6******** et 7********. Elle dit toutefois avoir comptabilisé le bénéfice de ces ventes (132'074 fr.) en 1999, au moment où la dernière opération aurait été effectuée. Elle a reconnu que c'était à tort qu'elle n'avait pas comptabilisé d'immeubles au bilan de sa société pour cette période. Elle a requis la possibilité de corriger sa comptabilité.
Période fiscale 1999: Elle a fait valoir que les loyers qui avaient fait l'objet d'une reprise avaient été "porté en diminution du coût de construction".
Période fiscale 2000 et 2001: Elle a fait valoir que les loyers qui avaient fait l'objet d'une reprise avaient été "portés en diminution du coût de construction" et qu'ils n'avaient pas été déduits du prix de vente.
Période fiscale 2002: Elle a contesté la reprise effectuée sur la totalité du prix de vente au titre de gain immobilier. De son point de vue, il convenait de tenir compte du coût de revient pour calculer l'éventuel bénéfice imposable. Elle a fait valoir que les 35'000 fr. versés à l'ancien locataire au titre d'aménagement réalisés par ce dernier devaient en tous les cas être déduits du gain immobilier, au titre d'impense et que la reprise devait donc être à tout le moins réduite à 385'000 francs.
Le 24 février 2009, la société a produit un mémoire complémentaire dans lequel elle s'est déterminée sur le calcul du gain résultant de la cession du droit d'acquérir la parcelle no 3******** et le gain résultant de la vente des 3/8 de cette parcelle (immeuble no 5********, 6******** et 7********). Elle a fait valoir que le droit de mutation antérieurement perçu sur la cession du droit d'acquérir l'immeuble avait été prélevé à tort sur la totalité du prix convenu. Elle a considéré que, pour déterminer le gain immobilier résultant de la vente des trois lots, il fallait fixer le prix de revient de la construction, puis le répartir proportionnellement aux lots vendus, soit 375 ‰, chaque appartement couvrant le même millième. Selon la base des relevés bancaires, le prix de revient total pour la construction uniquement s'élèverait à 2'401'210 fr., déterminé de la manière suivante:
"Coût total selon relevés
CHF 2'401'210.-
./. Demi droit de mutation sur cessions
CHF 7'218.75
./. Droit de mutation pour achat
CHF 9'355.50
./. Frais de notaire pour achat
CHF 3'412.50
CHF 19'987.-
Total
CHF 2'381'223.-
Par conséquent, le gain immobilier pour chaque appartement est le suivant:
Coût total selon relevés
CHF 2'401'210.-
./. Demi droit de mutation sur cessions
CHF 7'218.75
./. Droit de mutation pour achat
CHF 9'355.50
./. Frais de notaire pour achat
CHF 3'412.50
CHF 19'987.-
Total
CHF 2'381'223.-
Ventes 1998
Prix de vente parcelle 6********
CHF 410'000.-
Prix d'achat part terrain
CHF 87'750.-
Droit de mutation
CHF 3'118.50
Frais de notaire
CHF 1'137.50
Coût de construction 1/8
CHF 297'652.90
CHF 389'659.-
Gain immobilier
CHF 20'341.-
Prix de vente parcelle 7********
CHF 388'000.-
Prix d'achat part terrain
CHF 87'750.-
Droit de mutation
CHF 3'118.50
Frais de notaire
CHF 1'137.50
Coût de construction 1/8
CHF 297'652.90
CHF 389'659.-
Perte
CHF 1'659.-
Vente 2002
Prix de vente parcelle 5******** + acompte versé par M. I.________
CHF 385'000.-
Prix d'achat part terrain
CHF 87'750.-
Droit de mutation
CHF 3'118.50
Frais de notaire
CHF 1'137.50
Coût de construction 1/8
CHF 297'652.90
CHF 389'659.-
Gain immobilier
CHF 5'341.-"
Concernant l'appartement (parcelle no 5********), la recourante a déclaré qu'il avait été loué 33 mois. Elle a toutefois fait valoir que la société avait une dette hypothécaire de 300'000 fr. sur laquelle elle payait des intérêts hypothécaires qui devaient être déduits des revenus locatifs. Elle a également requis la déduction des frais encourus pour cette propriété par étages.
Dans sa réponse du 2 avril 2009, l'ACI a d'abord contesté la validité du mémoire complémentaire déposé par la recourante le 24 février 2009. Elle a par ailleurs relevé que les ventes d'immeubles n'avaient pas été intégralement comptabilisées. Elle a souligné une confusion générale dans les comptes de la société, constatant notamment que le récapitulatif manuscrit du bénéfice généré par la promotion de 4******** divergeait du compte bancaire. Concernant le bénéfice de 125'000 fr. issu de la cession du droit d'acquisition des immeubles de la parcelle no 3******** (4********), l'ACI a adhéré au principe que le droit de mutation payé par le cédant était déductible du bénéfice imposable mais qu'il aurait appartenu à la contribuable de l'invoquer en temps voulu. Faute de preuves, l'ACI a réfuté l'argument que les loyers auraient été déduits du coût de construction. Elle a toutefois a admis que, dans la vente du lot 5******** stipulée le 8 février 2002, 35'000 fr. avait été versés à l'ancien locataire au titre d'aménagements réalisés et que le prix fiscalement déterminant se montait à 385'000 francs.
Dans un dernier échange d'écritures, les parties ont repris leurs arguments respectifs. La recourante a requis l'attribution d'un préciput au canton du siège dans l'application de la répartition intercantonale.
J. La CDAP a statué par voie de circulation
K. Les arguments respectifs des parties seront repris ci-après dans la mesure utile.
Considérant en droit
1. Le litige porte tout d'abord sur le rattachement économique du contribuable dans le canton de Vaud. La recourante invoque l'interdiction de la double imposition intercantonale, en faisant valoir qu'elle a déjà été imposée dans le canton de Genève sur les opérations litigieuses.
2. a) L'interdiction de la double imposition s'oppose à ce qu'un contribuable soit soumis par deux ou plusieurs cantons sur le même objet pendant la même période à des impôts analogues (double imposition effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale et, violant des règles de conflits jurisprudentielles, prélève un impôt dont la perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition virtuelle). La jurisprudence a, en outre, déduit de l'art. 127 al. 3 Cst. (46 al. 2 aCst). le principe selon lequel un canton ne peut imposer plus lourdement un contribuable du fait qu'il n'est pas soumis entièrement à sa souveraineté fiscale, mais qu'il est aussi assujetti aux impôts dans un autre canton. Ainsi, le contribuable qui est soumis simultanément à plusieurs souverainetés fiscales cantonales ne doit pas être traité de manière plus défavorable de ce fait que celui dont l'imposition ne relève que d'un seul canton (« Schlechterstellungsverbot » ; v. ATF 133 I 19 consid. 2.1, p. 20 ; 132 I 29, consid. 2.1 p. 31/32 ; 132 I 220, consid. 2.1 p. 222/223 ; 125 I 54 consid. 1b p. 55; 123 I 264 consid. 2a p. 265; 111 Ia 44 consid. 3 p. 47 et les arrêts cités).
Les règles de conflit ont, pour l’essentiel, été posées par le Tribunal fédéral, lequel a pallié dans sa jurisprudence l’absence de législation découlant des dispositions constitutionnelles précitées.
b) Le bénéfice réalisé par une personne morale est en principe imposable à son domicile fiscal principal, cela même si une partie de son activité se déroule en dehors du for principal. Lorsque celle-ci entretient des établissements stables en dehors du canton du siège, le bénéfice imposable doit être ventilé entre les cantons concernés (Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 2ème édition Berne 2003, p. 91; Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, Berne 2005, n° 342).
c) La loi vaudoise du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (ci-après: aLI), qui était en vigueur jusqu’au 31 décembre 2000, est applicable en l’occurrence pour les périodes fiscales 1997, 1998, 1999 et 2000. Pour la période fiscale 2001, la loi actuelle du 4 juillet 2000 (LI) est applicable. La disposition qui s'applique n'a toutefois pas été modifiée et prévoit ce qui suit à l'art. 13 b al. 1 lit c aLI et 86 al. 1 lit. c LI:
"Les personnes morales qui n’ont ni leur siège, ni leur administration effective dans le canton sont assujetties à l’impôt à raison de leur rattachement économique, lorsque : (…) c) elles sont propriétaires d’un immeuble sis dans le canton ou lorsqu’elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels."
En vertu des règles régissant la double imposition intercantonale, l'immeuble crée pour son propriétaire un for fiscal spécial au lieu de situation. Lorsque le propriétaire est une entreprise, il faut distinguer l'immeuble de placement qui crée un for fiscal spécial exclusif, de l'immeuble d'exploitation qui crée un for spécial parce qu'il abrite un établissement stable. Les personnes morales qui exercent leur activité dans d’autres cantons que celui du siège au moyen d’établissements stables y constituent des domiciles fiscaux secondaires, donnant aux cantons où ils sont situés le droit à une imposition fractionnelle du bénéfice et du capital de l’entité (Daniel de Vries Reilingh, op. cit., n° 236). Cependant, l’entreprise imposable dans un canton uniquement en raison de la présence d’un immeuble de placement n’y a pas d’établissement stable. Le canton de situation de cet immeuble ne peut donc pas l’imposer sur une quote-part de son capital et de son bénéfice puisqu’il n’exerce sa souveraineté que sur l’immeuble et son rendement (Jean-Blaise Paschoud, Excédent de charges et report de pertes dans les relations intercantonales, in Das schweizerische Steuerrecht, Festschrift Zuppinger, Berne 1989, p. 611 ss, not. 613). Dans ce cas, l'immeuble de placement situé hors du canton du siège crée un for exclusif d'imposition au lieu de situation de l'immeuble pour la fortune, le rendement et le gain immobilier. Il n'y a alors pas à proprement parler de répartition intercantonale, mais imposition exclusive de la matière située dans le canton, selon les règles applicable aux particuliers qui possèdent un immeuble hors du canton de leur domicile principal (Höhn, Interkantonales Steuerrecht, p. 465). L'imposition est dite "objective". Il s'agit d'une répartition selon l'objet (Yersin/Noël, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, ad art. 52, n. 10) qui, concrètement, s'effectue de la manière suivante:
ca) En principe, le canton du for spécial de la propriété foncière a le pouvoir exclusif et complet d'imposer le bénéfice relatif à l'immeuble de placement situé sur son territoire. Dans ce cas, le bénéfice imposable de l'immeuble est égal au revenu immobilier, sous déduction de tous les frais d'entretien, d'exploitation et d'administration, y compris des impôts immobiliers, ainsi que de l'intérêt des dettes et, s'il s'agit d'un immeuble commercial, des amortissements nécessaires.
Les gains immobiliers réalisés sur des immeubles de placement appartenant à des entreprises qui n'ont pas d'établissement stable dans le canton sont également imposés au lieu de situation de l'immeuble (Höhn, Interkantonales Steurrecht, p. 475; Locher, op. cit., §7 ID no 7, 8, 9, 11, 13, 16, 17, Dätwiler, p. 104). Cela vaut pour toutes les plus-values, qu'elles soient d'origine comptable (amortissement comptabilisés sur la valeur d'acquisition) ou conjoncturelle (augmentation de la valeur du marché).
Les amortissements relatifs à des immeubles qui, sans abriter d'établissement stable, sont affectés au commerce, sont des charges grevant de manière directe et prioritaire le rendement de l'immeuble. Le canton du lieu de situation doit donc supporter cette charge seule, lui qui a également le droit d'imposer le gain immobilier résultant de la reprise d'amortissement.
La répartition des frais d'administration s'opère sur la base d'un pourcentage du rendement brut immobilier. Le Tribunal fédéral a fixé à 5% du revenu brut la part des frais de l'immeuble. La déduction du solde incombant au canton du siège (Locher, op. cit., §7 IB, Höhn, Interkantonales, p. 468). La répartition des intérêts passifs s'effectue proportionnellement aux actifs bruts localisés.
cb) Une personne morale dont le siège se trouve dans un autre canton et qui est propriétaire d'un immeuble de placement dans le canton, sans y avoir d'établissement stable, doit, pour cet immeuble, l'impôt sur le capital et l'impôt complémentaire dans le canton. Dans ce cas, l'assiette de l'impôt sur le capital est déterminée selon les dispositions ordinaires de la LI (art. 112 ss LI). L'impôt porte donc sur la part du capital social libéré, des réserves ouvertes et des réserves latentes ayant payé l'impôt, qui est liée à l'immeuble sis dans le canton (art. 87 al. 2 LI). L'assiette de l'impôt se détermine en partant de la valeur comptable brute de l'actif immobilisé, sous réserve d'éventuels correctifs liés à la sous-capitalisation dont il faut déduire une quote-part de l'ensemble des dettes de la personne morale. Cette quote-part est elle-même fixée en fonction de la valeur des actifs bruts immobilisés de la personne morale dans les différents cantons. Pour évaluer ces actifs, les autorités fiscales partent en règle générale des valeurs figurant au bilan de la personne morale (Paschoud, L'imposition des immeubles, p. 112), lorsque aucun amortissement n'a été comptabilisé. Mais elles peuvent aussi partir des estimations fiscales corrigées selon des coefficients de conversion définis par la Conférence des fonctionnaires fiscaux d'Etat (Circulaire de l'Administration fédérale des contributions, Règles concernant l'estimation des immeubles en vue des répartitions intercantonales pour la période de taxation 1999/2000, Circulaire du Comité du 11 décembre 1998), car le Tribunal fédéral ne prescrit pas de façon contraignante la méthode d'évaluation. La répartition ne porte donc pas, dans ce cas, sur le capital de la personne morale, mais seulement sur la totalité de ses dettes, dont une fraction est déduite de l'actif brut localisé dans le canton. Il n'y a pas de distinction entre les dettes commerciales et les autres dettes de la personne morale qui sont toutes prises en considération dans la répartition, sous réserve des dettes liées à la participation à une société de personnes, dont seule la valeur nette est prise en considération au for principal d'imposition (ATF 93 I 542 = Jdt 1969 I 116 = RDAF 25 (1969) 119; Paschoud, L'imposition des immeubles, p. 81).
De son côté, le canton du siège pourra imposer la totalité de la fortune de la personne morale, calculée selon son droit, mais sous déduction de la valeur nette de l'immeuble déjà imposée dans le canton de Vaud (Paschoud, L'imposition des immeubles, p. 86).
cc) Si le revenu immobilier réalisé dans le canton est négatif, la perte doit être prise en charge par le canton du domicile principal, en vertu des règles de l'interdiction de la double imposition intercantonale. Afin d'éviter les pertes de répartition, le Tribunal fédéral a également admis récemment que le canton de situation de l'immeuble devait tenir compte d'une éventuelle perte d'exploitation dans le canton du siège (ATF 132 I 220 consid. 4.4 p. 226, changement de jurisprudence). En cas de vente d'un immeuble, le canton du lieu de situation doit déduire du gain de plus-value l'éventuelle perte commerciale subie par la société dans le canton du siège ou dans d'autres cantons avec établissement stable, la règle s'appliquant tant aux entreprises de construction et de commerce d'immeubles qu'aux entreprises intercantonales en général, lorsqu'elles vendent des immeubles d'exploitation (ATF 131 I 249, 262). Cette règle a également été appliquée à l'immeuble privé de placement appartenant à une personne physique (ATF 131 I 285) ainsi qu'à l'immeuble de placement (et non seulement d'exploitation) d'une entreprise intercantonale (active en l'occurrence dans le commerce de textiles, ATF 132 I 220).
3. En l'espèce, la société était propriétaire d'immeubles dans le canton de Vaud et n'y avait pas d'établissement stable. Conformément aux principes émis par la jurisprudence du Tribunal fédéral énoncés ci-dessus, ces immeubles font l'objet d'une imposition exclusive dans le canton de Vaud. Cette imposition dite "objective" doit s'effectuer conformément aux principes énoncés: les immeubles litigieux situés dans le canton de Vaud, hors du canton du siège, créent un for exclusif d'imposition au lieu de situation de l'immeuble pour la fortune, le rendement et le gain immobilier. Il n'y a alors pas à proprement parler de répartition intercantonale, mais imposition exclusive de la matière située dans le canton. Le fait que la société ait indûment payé des impôts dans un autre canton ne prive pas l'autorité fiscale d'imposer le bénéfice et le capital de la société, conformément aux règles de conflit posées par le Tribunal fédéral. Il appartient à chaque canton de respecter les principes régissant l'imposition intercantonale pour éviter la double imposition.
L'argument invoqué par la recourante concernant la double imposition intercantonale n'est donc pas pertinent, dans la mesure où l'autorité fiscale a respecté les règles de l'imposition intercantonale posées par le Tribunal fédéral.
Avant de se prononcer sur le bien-fondé des reprises, il convient d'examiner au préalable la requête émise par la recourante de modifier sa comptabilité pour déterminer les bénéfices litigieux.
4. a) Dans son recours, la société requiert, au cas où les bénéfices imposables ne seraient pas établis conformément à ses déclarations fiscales, de "rétablir les comptes et ainsi déterminer le résultat réellement obtenu par X.________ SA pour l'opération de 4********".
L'art. 957 CO, dans sa teneur antérieure au 22 décembre 1999 (entré en vigueur le 1er juin 2002; RO 2002 949; FF 1999 4753), prévoyait que: "Quiconque a l'obligation de faire inscrire sa raison de commerce sur le registre du commerce doit posséder les livres exigés par la nature et l'étendue de ses affaires; il les tiendra exactement et de manière qu'ils révèlent à la foi la situation financière de l'entreprise, l'état des dettes et créances se rattachant à l'exploitation, de même que le résultat des exercices annuels." En tant que système d'information, la comptabilité commerciale doit être tenue avec exactitude et correspondre aux faits (Gérald Bourquin, Comptabilité commerciale, Obligations légales relatives à la tenue de la comptabilité, in: L'expert-comptable suisse, 1997, p. 893; Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, 2ème éd., p. 346/347). Les comptes annuels d'une société anonyme sont dressés conformément aux principes régissant l'établissement régulier des comptes, de manière à donner un aperçu aussi sûr que possible du patrimoine et des résultats de la société (art. 662a al. 1 première phrase CO).
Les documents annuels de la société anonyme, une fois signés par les directeurs ou les administrateurs, sont soumis à la vérification par l'organe de contrôle (art. 727 ss CO). Ce dernier établit à l'attention de l'assemblée générale un rapport dans lequel il propose l'acceptation des comptes annuels avec ou sans réserve, ou leur renvoi aux administrateurs (art. 729 al. 1 CO). Quelle que soit la proposition de l'organe de contrôle, l'assemblée générale des actionnaires, en tant que pouvoir suprême de la société, décide l'approbation des comptes annuels, leur modification ou leur renvoi à l'administration. Dès leur approbation par l'assemblée générale, les comptes acquièrent leur forme définitive et ne sont plus susceptibles d'être modifiés (v. art. 698 al. 1 et 698 al. 2 ch. 3 CO; Christine Lochner, La prise en considération dans les comptes annuels des événements postclôture, Zurich 1988, p. 41). L'assemblée générale des actionnaires, au cours de laquelle les comptes annuels sont approuvés et l'emploi du bénéfice décidé, doit se tenir dans les six mois qui suivent la clôture de l'exercice (art. 699 al. 2 CO). Par conséquent, les comptes annuels et, le cas échéant, les comptes de groupe doivent être établis durant cette période de six mois, en prenant en considération le temps nécessaire à l'audit des comptes et le délai de vingt jours pour la convocation de l'assemblée générale (art. 700 al. 1 CO; Manuel suisse d'audit 1998, vol. I, p. 97; Christine Lochner, op. cit., p. 42-43) (ATF 2A.392/2004 du 17 octobre 2005, cons. 2).
En l'espèce, s'agissant des comptes annexés à la déclaration d'impôt, le recourant n'indique pas systématiquement qu'ils ont été approuvés par l'assemblée générale des actionnaires; on ne peut donc que présumer qu'ils remplissent les conditions formelles requises par le droit commercial. Au demeurant, il s'agit d'un titre auquel l'autorité fiscale doit pouvoir se fier.
Dès lors, la société ne peut librement corriger à posteriori les comptes qu'elle a produits depuis 1997, au gré des décisions prises par les autorités fiscales. Sa conclusion subsidiaire par laquelle elle requiert le droit de modifier ses comptes pour déterminer le bénéfice imposable dans l'hypothèse où les bénéfices déclarés devaient être modifiés, doit être rejetée.
Il convient donc d'examiner maintenant le bien-fondé des reprises effectuées pas l'ACI pour chacune des périodes litigieuses.
5. Conformément aux principes énoncés sur la double imposition intercantonale, les immeubles litigieux constituent un for exclusif d'imposition dans le canton. Pour chaque période fiscale, le rendement et le gain immobilier des immeubles vaudois sont imposables dans le canton. Le bénéfice imposable de l'immeuble est égal au revenu immobilier, sous déduction de tous les frais d'entretien, d'exploitation et d'administration, y compris des impôts immobiliers, ainsi que de l'intérêt des dettes et, s'il s'agit d'un immeuble commercial, des amortissements nécessaires. En vertu du principe de l'étanchéité des périodes fiscales, les contribuables doivent établir la comptabilité d'une promotion immobilière de manière à ce que l'administration fiscale puisse déterminer, pour chaque période fiscale, le revenu brut perçu lors de la vente des lots et la part des frais qui viennent en déduction dudit revenu (RDAF 1998 II 370).
A cet égard, les calculs de bénéfice imposable et les récapitulatifs chronologiques produits par la recourante à l'appui de ses conclusions sont manifestement faux. Ils prennent en considération des coûts d'acquisition qui ont été ou auraient dû être comptabilisés dans les années antérieures, au moment où ils ont été engagés. En l'occurrence, c'est le bénéfice immobilier annuel qui doit être imposé, tel qu'il ressort de la comptabilité dans laquelle sont enregistrés les frais d'entretien, d'exploitation et d'administration, y compris des impôts immobiliers, ainsi que de l'intérêt des dettes et, s'il s'agit d'un immeuble commercial, des amortissements nécessaires, comptabilisés. Les précédentes dépenses auraient dû être prises en considération dans les charges des années antérieures, venant alors en déduction des bénéfices immobiliers des exercices commerciaux correspondants.
Ainsi, les charges immobilières des années précédant la réalisation d'un revenu immobilier ou d'un gain immobilier ne peuvent être déduites du revenu ou des gains immobiliers réalisés durant des périodes fiscales ultérieures. En vertu de l'étanchéité des périodes, les charges immobilières viennent en déduction du bénéfice imposable durant l'année au cours de laquelle elles sont engagées et comptabilisées. Si la société encourt une perte dans le canton de situation de l'immeuble, le canton du siège est contraint de prendre en considération cette perte qui vient en déduction du bénéfice imposable dans ce canton.
En principe, la comptabilité de la société sert donc de base à sa taxation (cf. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, 5e éd., Zurich 1995, p. 398; Jean-Marc Rivier, Vérité comptable et vérité fiscale?, in Das schweizerische Steuerrecht, Festschrift zum 70. Geburstag von Prof. Dr Ferdinand Zuppinger, Berne 1989, p. 405 ss, p. 405-406; Bruno Scherrer, Die Buchhaltung als Veranlagungsgrundlage beim Selbständigerwerbenden, in L'Expert-comptable suisse 1986, p. 14; Francis Cagianut, Bedeutung der kaufmännischen Buchhaltung und Bilanz im Steuerrecht, in Archives 37 p. 137 ss, p. 140-141). Les autorités fiscales peuvent toutefois s'écarter de cette comptabilité si elle est contraire à des dispositions impératives du droit commercial ou à des prescriptions du droit fiscal (cf. ATF 119 Ib 111 consid. 2c p. 115; Archives 65 p. 51 consid. 3a p. 56, 63 p. 208 consid. 2c p. 214-215 et les références citées). Elles sont en particulier autorisées à y apporter des corrections dans le but de rétablir le bénéfice effectivement réalisé durant l'exercice en cause (cf. Christoph Oesch, Die Vorgehensweise des Steuerkommissärs bei des steuerlichen Buch- und Betriebsprüfung, in Revue fiscale 1989 p. 205 ss, p. 212; Walter Storck, Die steuerrechtlichen Korrekturnormen, in Revue fiscale 1960 p. 410 ss, p. 416).
Par ailleurs, un revenu provenant notamment du commerce d'immeubles est réalisé lorsque le contribuable reçoit la contre-prestation ou acquiert un droit ferme sur celle-ci et peut en disposer (cf. ATF 113 Ib 23 consid. 2e p. 26 , 105 Ib 238 consid. 4a-b p. 242-243; Archives 61 p. 733 consid. 4 p. 738; arrêt du 13 décembre 1996 in Revue fiscale 1997 p. 268 consid. 5d p. 272).
Période fiscale 1997:
a) Le litige porte premièrement sur l'imposition du bénéfice réalisé sur la villa d'2********. En cours de procédure, les parties se sont entendues sur le montant du gain de 16'532 fr. 80. Ce point n'est donc plus contesté. La recourante refuse toutefois d'être imposée sur ce gain, au motif qu'elle l'aurait reversé à l'administrateur de la société.
La société a elle-même acheté, à son nom, la villa d'2******** (parcelle no 1********) pour le prix de 300'000 francs. Après quelques travaux exécutés par l'administrateur unique, sous contrat de mandat, c'est elle qui l'a revendue le 16 décembre 1997 à M. Z.________ pour le prix de 450'000 francs. La société apparaît donc dans les deux actes notariés, respectivement comme acquisitrice puis comme venderesse de la maison. Le bénéfice de 16'532 fr. 80 est donc imposable auprès de la société, qu'elle ait ou non reversé ultérieurement ce bénéfice.
b) Le litige porte en second lieu sur l'imposition, au titre de bénéfice, de la cession des 5/8 du droit d'acquisition sur la parcelle 3********, pour un prix global de 125'000 francs.
Sur ce point, la société a manifestement tenté de cacher ce montant. Elle ne l'a pas comptabilisé en 1997. Dans son courrier du 7 août 2002, elle a déclaré n'avoir jamais encaissé 125'000 fr. pour des cessions de droits d'acquérir et prié l'autorité fiscale de bien vouloir produire les pièces permettant de démontrer l'existence de ces encaissements. Elle a donc obligé les autorités fiscales à faire des recherches, alors que la société aurait spontanément dû enregistrer ce montant dans les comptes. L'acte notarié de la vente du 2 mai 1997 et les cinq taxations concernant le droit de mutation perçus pour la cession du droit d'acquérir démontrent que ce contrat de cession a bien été conclu pour le prix de 25'000 fr. pour chacune des cinq parts cédées. Confrontée à l'évidence, la société l'a finalement reconnu dans son recours. Elle a toutefois soutenu que ce montant avait été comptabilisé au débit du compte de construction. Mais elle n'a jamais démontré ces enregistrements, qui paraissent peu crédibles au regard des arguments contradictoires de la recourante. Faute de preuve, cet argument doit être rejeté.
Dans son recours, la société a produit un relevé de comptes 1997 démontrant qu'elle a elle-même payé au Département des finances du Canton de Vaud les cinq droits de mutation frappant les cessions du droit d'acquérir se montant à 962 fr. 50 chacun. Dans ces conditions, il y lieu de déduire des 125'000 fr. la somme de 4'812 fr. au titre d'impenses pour ces droits de mutation. La société n'a pas été en mesure de démontrer d'autres dépenses susceptibles d'être déduites du prix convenu pour la cession. La reprise sur cette opération est donc finalement de 120'188 fr. après déduction des droits de mutation payés par la société. Le bénéfice imposable dans le canton fixé à 141'500 francs dans la décision sur réclamation est réduit à 136'720 francs (120'188 fr. + 16'532 fr.).
Période fiscale 1998:
Pour la période fiscale 1998, le litige porte sur l'imposition d'un montant de 127'600 fr. au titre de bénéfice immobilier réalisé sur les parcelles no 6******** et 7********. L'autorité de taxation avait déclaré qu'"à défaut de renseignements précis (…) sur les ventes des immeubles sous numéro de parcelles 6******** et 7********, nous avons procédé à une estimation du bénéfice vaudois, compte tenu que le revenu des ventes d'immeubles de placements reviennent au canton où ces immeubles sont situés. Bénéfice estimé: 144'772 fr., montant qui constitue une réserve imposable".
En fait, l'autorité de taxation a estimé le gain immobilier résultant des ventes à 127'600 fr., montant imposable dans le canton, et le bénéfice global à 144'772 francs (127'600 fr. + bénéfice déclaré de 17'092 fr. 81)
Dans son recours du 6 février 2009, la société a reconnu avoir vendu successivement les parcelles no 6******** et 7********. Elle dit toutefois avoir comptabilisé le bénéfice de ces ventes (132'074 fr.) en 1999, au moment où la dernière opération aurait été effectuée.
Les comptes de la société sont confus, faux et lacunaires. Il apparaît d'abord que la société n'a pas mentionné au bilan l'immeuble no 5******** qu'elle possédait encore au 31 décembre 1998 dès lors qu'il n'a a été vendu qu'en 2002. Par ailleurs, les prix de 410'000 fr. et 388'000 fr. découlant respectivement des ventes de parcelles no 7******** et 6******** ne figurent pas clairement dans les comptes de la société. Au demeurant, la société a d'abord déclaré dans sa réclamation du 25 mars 2003 contre la taxation 1998 qu'elle avait fourni tous les éléments nécessaires pour les parcelles no 6******** et 7******** et "qu'aucun bénéfice n'avait été réalisé sur cette opération". Elle a indiqué qu'elle n'avait reçu aucune demande de renseignement pour l'année 1998 et que le bénéfice estimé de 144'772 fr. ne reposait sur aucun élément réel. Dans son recours du 6 février 2009, elle a fait valoir, en pleine contradiction avec les arguments précédents, qu'elle avait comptabilisé le bénéfice global de la vente 1999 au moment où les dernières opérations auraient été effectuées. Un montant de 132'074 fr. 35 a effectivement été comptabilisé en 1999 dans le compte de profit intitulé "résultat diverses affaires", sous la rubrique "S/4********-imm.". Ce montant résulte d'une récapitulation manuscrite du bénéfice découlant de l'opération sur la parcelle de 4******** au 31 décembre 1999 que la société a produit a posteriori le 5 février 2001 et dont le total des paiements s'élevait à 3'356'573 fr. 95 et le total des encaissements à 3'658'648 fr. 30. Or, certains de ces montants ont été engagés après la vente des immeubles no 6******** et 7******** et ne correspondent pas exactement aux données ressortant du compte bancaire produit par la recourante, de sorte que le résultat n'est absolument pas fiable.
En conclusion, le Tribunal constate que les ventes des immeubles no 6******** et 7******** ont été réalisées en 1998 et que ces ventes n'ont pas été comptabilisées durant cet exercice, en violation crasse des règles régissant le droit comptable. En l'absence de comptabilité probante, les grands livres faisant défaut, le montant retenu par l'autorité intimée de 127'600 fr. de bénéfice imposable dans le canton, réalisé en 1998 pour ces deux opérations, doit être confirmé. Il est au demeurant inférieur au montant que la société a elle-même calculé dans son récapitulatif manuscrit du 5 février 2001 (132'074 fr. 35).
Période fiscale 1999:
Le 17 décembre 2004, l'autorité de taxation a tout d'abord rendu une décision de taxation par laquelle elle a fixé le bénéfice global imposable à 247'100 fr. et le bénéfice imposable dans le canton à 435'100 francs. Un bénéfice de 257'925 fr. lié à la parcelle no 5******** de 4******** a été ajouté au résultat déclaré pour la période 1999. Compte tenu du prix de vente de l'immeuble de 390'000 fr. selon l'acte de vente à terme du 27 janvier 1999 et d'une valeur comptable nulle selon les états financiers au 31 décembre 1998, l'autorité fiscale a considéré que l'entier du prix de vente devait être considéré comme du bénéfice imposable sur le canton de Vaud. Etant donné le résultat lié à l'immeuble de 4******** comptabilisé dans le compte de pertes et profits au 31 décembre 1999 de 132'074 fr. 35, elle a augmenté le bénéfice imposable de la différence, soit 257'925 fr. 65. L'immeuble étant sis sur le canton de Vaud, elle a considéré que ce bénéfice était intégralement imposable sur le canton de Vaud.
Dans sa proposition de règlement du 1er octobre 2008 et dans sa décision sur réclamation, l'ACI a renoncé à la reprise de 257'925 fr. portant sur la vente à terme du 27 janvier 1999 de l'immeuble de 4********, parcelle 5********, ainsi qu'à toute imposition sur le bénéfice de cette vente. Elle a considéré que cette vente n'avait pas été exécutée durant la période fiscale 1999 et qu'il n'était donc pas juste d'en imposer le bénéfice durant cette année. Sans explication particulière, elle a également renoncé à l'imposition du montant de 45'177 fr. comptabilisé dans le compte de profits de la société, sous la rubrique "S/2******** 5-6" et qu'elle avait soumis à l'imposition dans sa taxation du 17 décembre 2004. Considérant que le bénéfice n'est réalisé que lorsque le contribuable reçoit la contre-prestation ou acquiert un droit ferme sur celle-ci et peut en disposer (cf. ATF 113 Ib 23 consid. 2e p. 26, 105 Ib 238 consid. 4a-b p. 242-243; Archives 61 p. 733 consid. 4 p. 738; arrêt du 13 décembre 1996 in Revue fiscale 1997 p. 268 consid. 5d p. 272), c'est à juste titre que l'ACI n'a taxé le gain qu'au moment de l'exécution de la promesse de vente et d'achat. En outre, l'abandon de l'imposition du montant de 45'177 fr. comptabilisé dans le compte de profits de la société, sous la rubrique "S/2******** 5-6" est le corollaire logique de l'imposition sur le bénéfice global de l'opération immobilière d'2******** en 1997.
L'acte de vente à terme avec droit d'emption sur la parcelle 5******** du 27 janvier 1999 prévoyait que le prix serait payé comme suit:
"- 10'000 fr. d'ici au 31 mars 1999, hors de la vue du notaire;
- Le solde, soit 380'000 fr., le jour de l'exécution du présent acte."
Le montant de 10'000 fr. n'a pas été soumis à l'imposition du bénéfice dans le canton de Vaud. Considérant qu'il a été payé en 1999, il doit être inclus dans le bénéfice imposable du canton de Vaud et la décision sur réclamation doit être corrigée dans ce sens.
Concernant les locations qui demeurent litigieuses, le Tribunal constate que l'appartement de l'immeuble 5******** a bien été loué depuis la conclusion de la vente à terme. Après avoir nié l'existence de cette location, la société a prétendu que les loyers avaient été portés en déduction du compte de construction. Faute de preuve, cet argument doit être réfuté et les revenus locatifs de 15'300 fr. (9 x 1'700 fr.), doivent être imposés dans le canton.
Toutefois, au vu de la jurisprudence du Tribunal fédéral qui, pour éviter les perte de répartition, a également admis récemment que le canton de situation de l'immeuble devait tenir compte d'une éventuelle perte d'exploitation dans le canton du siège (ATF 132 I 220 consid. 4.4 p. 226, changement de jurisprudence), il y lieu de déduire de ces loyers imposables dans le canton la perte encourue dans le canton du siège (Genève) pour déterminer le bénéfice imposable dans le canton de Vaud. Celui-ci doit donc être fixé à 14'566 fr. [(10'000 fr. + 15'300 fr.) - 10'734 fr.].
Quant au capital imposable, la décision sur réclamation retient, pour corollaire au fait que la vente n'a pas été exécutée en 1999, que la société était toujours propriétaire de l'immeuble au 31 décembre 1999. L'ACI a donc considéré à juste titre qu'une partie du capital était imposable dans le canton de Vaud.
Période fiscale 2000-2001:
La société a loué l'immeuble de 4******** pendant toute l'année 2000 et 2001, sans comptabiliser les loyers. La société fait valoir qu'elle les aurait déduit du prix de construction de l'immeuble. Faute de preuve, cet argument doit être réfuté et la reprise des loyers annuels de respectivement 20'400 fr. sur la période fiscale 2000 et 20'400 francs sur la période fiscale 2001 doivent être confirmées.
Suivant la récente jurisprudence du Tribunal fédéral qui, pour éviter les pertes de réparation, enjoint au canton de situation de prendre en considération les pertes encourues dans le canton du siège, l'autorité fiscale doit prendre en considération la perte que la société a subi dans le canton de Genève (canton du siège). Il faut en effet déduire la perte genevoise de 20'035 fr. 15 en 2001 du bénéfice imposable dans le canton de Vaud. Compte tenu de cette perte, le bénéfice imposable dans le canton de Vaud doit être fixé à zéro en 2001.
En 2000, la société n'a pas encouru de pertes. Le bénéfice imposable dans le canton de Vaud, fixé à 20'400.- dans la décision sur réclamation doit être confirmé.
La société était encore propriétaire de l'immeuble no 5******** au 31 décembre 2000 ainsi qu'au 31 décembre 2001. Or elle n'a pas comptabilisé cet actif au bilan 2000 et 2001 de sa société. La reprise de 36'800 fr. en 2000 et 30'700 fr. 2001 correspondant au capital imposable dans le canton doit être confirmée.
Période fiscale 2002:
Le litige porte tout d'abord sur la reprise d'un bénéfice immobilier résultant de la vente à terme avec droit d'emption en faveur de A.J.________ et B.J.________ de la parcelle no 5******** à 4********, pour le prix de 420'000 fr., soit:
- 385'000 fr. versés par l'intermédiaire du notaire à la société
- 35'000 fr. versés hors la vue du notaire à I.________ qui a occupé l'appartement et qui a investi des fonds pour divers aménagements en sa qualité de bénéficiaire d'un droit d'emption.
Dans sa proposition de règlement du 2 avril 2009, l'ACI a admis que l'on tienne compte d'un prix de vente de 385'000 fr., 35'000 fr. destinés à M. I.________ devant être déduits du prix de vente total. Il ressort effectivement de l'acte que 35'000 fr. ont été versés à l'acheteur pour le dédommager des investissements effectués avant la vente. Le prix de vente déterminant est donc bien de 385'000 francs.
Selon l'acte notarié, la vente devait être exécutée le 15 février 2002. Elle n'a toutefois pas été comptabilisée dans les comptes 2002. En omettant de comptabiliser cette vente, la société a violé les règles régissant la comptabilité des sociétés.
Compte tenu du prix de vente de l'immeuble de 385'000 fr. et d'une valeur comptable nulle selon les états financiers au 31 décembre 2001, l'entier du prix de vente doit être considéré comme du bénéfice imposable dans le canton de Vaud. Ainsi, le gain immobilier se monte à 385'000 francs.
Le litige porte également sur les 3 trois loyers mensuels de 7******** fr. que l'autorité fiscale a rajouté au bénéfice déclaré de la société. Pour les mêmes raisons que celles évoquées pour les périodes 2000 et 2001, cette reprise doit être confirmée.
Suivant la récente jurisprudence du Tribunal fédéral, qui, pour éviter les pertes de réparation, enjoint au canton dans lequel se situe l'immeuble de placement de prendre en considération les pertes encoures dans le canton du siège, l'autorité fiscale vaudoise doit absorber la perte que la société a subi dans le canton de Genève. Il faut en effet déduire la perte genevoise de 7'798 fr. du bénéfice immobilier déterminé dans le canton de Vaud. Le bénéfice imposable dans le canton est donc de:
Gain immobilier
CHF 385'000.-
Loyer
CHF 1'700.-
./. Perte Genève
CHF -7'798.-
Bénéfice imposable dans le canton de Vaud
CHF 378'902.-
6. Le recours doit dès lors être admis très partiellement et la décision attaquée réformée, en ce sens que le bénéfice imposable dans le canton de Vaud est fixé à:
a) 136'720 fr. pour la période fiscale 1997,
b) 14'566 fr. pour la période fiscale 1999,
c) zéro pour la période fiscale 2001 et
d) 378'902 fr. pour la période fiscale 2002.
La cause est renvoyée à l’ACI pour le calcul de l’impôt, le recours étant rejeté pour le surplus.
La décision sur réclamation rendue le 6 janvier 2009 par l'Administration cantonale des impôts, en tant qu'elle concerne l'impôt sur le bénéfice 1998 et 2000 et l'impôt sur le capital des périodes fiscale 1997 à 2002, est confirmée.
7. En l'espèce, les décisions de taxations contestées ne portaient que sur l'impôt cantonal et communal. Or, la décision sur réclamation mentionne à tort dans le titre de sa décision "Réclamation des 21 décembre 2000, 27 mars 2003, 7 janvier 2005 et 21 décembre 2005 formées par X.________ SA, à Bernex contre les décisions de taxation définitive du 25 mai 2000 concernant l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital ainsi que l'impôt fédéral sur le bénéfice pour les périodes fiscales 1997, 1998, 1999, 2000, 2001 et 2002 rendue par l'Office d'impôt des personnes morales le 8 décembre 2000, 25 mars 2003, 17 septembre 2004, 1er décembre 2005 et 2 décembre 2005". Le dispositif de la décision ne mentionne pas l'impôt fédéral direct.
Dans cette affaire, le Canton de Vaud n'est pas compétent pour percevoir l'impôt fédéral direct. En effet, selon l'art. 105 LIFD qui règlement la compétence territoriale:
1 Les autorités cantonales perçoivent l’impôt fédéral direct auprès des personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, sont domiciliées dans le canton au début de la période fiscale ou de l’assujettissement. Les art. 3, al. 5, et 107 sont réservés.
….
3 Les autorités cantonales perçoivent l’impôt fédéral direct auprès des personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l’assujettissement.
L'art. 106 prévoit les cas dans lesquels l'impôt fédéral direct est perçu en raison d'un rattachement économique:
1 L’impôt fédéral direct dû en raison d’un rattachement économique est perçu:
– pour les personnes physiques, par le canton dans lequel les conditions mentionnées
à l’art. 4 se trouvent réalisées au début de la période fiscale ou de l’assujettissement;
– pour les personnes morales, par le canton dans lequel les conditions mentionnées à l’art. 51 se trouvent réalisées à la fin de la période fiscale ou de l’assujettissement;
– sont réservées les dispositions de l’art. 107.
2 Lorsque les conditions d’assujettissement mentionnées aux art. 4 et 51 sont réalisées dans plusieurs cantons, l’impôt est perçu par le canton où se trouve la plus grande partie des éléments imposables.
L'art. 51 LIFD qui définit le rattachement économique en matière d'impôt fédéral direct pour les personnes morales prévoit que:
1 Les personnes morales qui n’ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l’impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque:
a. elles sont associées à une entreprise établie en Suisse;
b. elles exploitent un établissement stable en Suisse;
c. elles sont propriétaires d’un immeuble sis en Suisse ou qu’elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d. elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis en Suisse;
e. elles font le commerce d’immeubles sis en Suisse ou servent d’intermédiaires dans des opérations immobilières.
2 On entend par établissement stable toute installation fixe dans laquelle s’exerce tout ou partie de l’activité de l’entreprise. Sont notamment considérés comme établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente, représentations permanentes, mines et autres lieux d’exploitation de ressources naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage d’une durée d’au moins douze mois.
L'art. 106 qui réglemente la compétence territoriale en cas de rattachement économique n'est donc pas applicable. Il ne s'applique que si la personne morale n'a ni son siège ni son administration effective en Suisse, ce qui, en l'espèce, n'est pas le cas. C'est l'art. 105 al. 3 LIFD qui prévoit que "Les autorités cantonales perçoivent l’impôt fédéral direct auprès des personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l’assujettissement" qui s'applique pour déterminer la compétence territoriale.
Il découle de ces dispositions que le canton de Vaud n'est pas compétent pour percevoir l'impôt fédéral direct.
En conclusion, l'impôt fédéral direct doit être perçu pas le canton de Genève, où la société est domiciliée. Dans le cadre de la collaboration intercantonale, la présente décision devra être communiquée au canton de Genève qui procèdera elle-même à la perception de l'impôt fédéral direct.
8. La recourante n’obtenant que très partiellement gain de cause, un émolument dont le montant sera légèrement réduit sera mis à sa charge. Considérant que la contribuable a inutilement compliqué et prolongé la procédure en donnant de faux renseignements à l'autorité fiscale, il ne lui sera pas alloué de dépens.
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est partiellement admis.
II. La décision sur réclamation rendue le 6 janvier 2009 par l’Administration cantonale des impôts est réformée en ce sens que:
a. Pour la période fiscale 1997, le bénéfice imposable dans le canton de Vaud est fixé à 136'720 francs;
b. Pour la période fiscale 1999, le bénéfice imposable dans le canton de Vaud est fixé à 14'566 francs;
c. Pour la période fiscale 2001, le bénéfice imposable dans le canton de Vaud est fixé à zéro;
d. Pour la période fiscale 2002, le bénéfice imposable dans le canton de Vaud est fixé à 378'902 francs.
III. La décision sur réclamation rendue le 6 janvier 2009 par l'Administration cantonale des impôts, en tant qu'elle concerne l'impôt sur le bénéfice 1998 et 2000 et l'impôt sur le capital des périodes fiscales 1997 à 2002, est confirmée.
IV. La cause est renvoyée à l’Administration cantonale des impôts pour nouvelle décision portant sur le calcul de l’impôt.
V. Le recours est rejeté pour le surplus.
VI. Un émolument de 4'500 (quatre mille cinq cents) francs est mis à la charge de la recourante.
VII. Il n’est pas alloué de dépens.
Lausanne, le 6 octobre 2009
Le président:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.