TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 4 septembre 2009
Composition
M. Xavier Michellod, président; MM. Dino Venezia et Nicolas Perrigault, assesseurs; Mme Magali Gabaz, greffière.
Recourant
X.________, à ********, représenté par Fiduciaire Michel FAVRE SA, à Lausanne,
Autorité intimée
Administration cantonale des impôts,
Autorités concernées
1.
Administration fédérale des contributions, Division principale DAT,
2.
Office d'impôt du district d'Yverdon,
Objet
Impôt cantonal et communal (sauf soustraction)
Recours X.________ c/ décision de l'Administration cantonale des impôts du 15 juillet 2008
Vu les faits suivants
A. X.________ (ci-après: le contribuable) a exercé la fonction de médecin-chef du département de médecine interne de l'Hôpital de zone de 1********,(ci-après: l'hôpital), jusqu'au 31 décembre 1996. Il était notamment assisté dans son activité par le Docteur Y.________, son adjoint.
Les revenus du contribuable étaient composés de deux postes:
- les honoraires relatifs à l'ensemble des activités qu'il déployait, avec son adjoint, au sein du service général de médecine interne (malades hospitalisés et ambulatoires) ("pool des honoraires"),
- les honoraires perçus pour les consultations effectuées à titre "privé".
En ce qui concerne le "pool des honoraires", il était alimenté par les honoraires perçus par l'hôpital pour les activités du Docteur Y.________ et du contribuable. L'hôpital était seul créancier de ces honoraires en ce sens qu'il les facturait et les encaissait auprès des patients. Après des prélèvements réglementaires, l'hôpital reversait sur un compte commun au contribuable et au Docteur Y.________ les honoraires nets qu'ils se répartissaient entre eux. Selon les déclarations du contribuable, le décompte final du "pool des honoraires" était établi par l'hôpital, en général dans le premier trimestre de l'année suivant celle qu'il concernait afin de permettre à tous les honoraires de l'année d'être comptabilisés. S'il restait des honoraires impayés lors de l'établissement du décompte, les médecins à qui ils étaient dus en étaient informés et devaient entreprendre par eux-mêmes les procédures en recouvrement. Le contribuable estime que ces impayés constituaient environ 5% de ses honoraires totaux.
En ce qui concerne les honoraires privés, l'hôpital mettait à disposition du contribuable un cabinet en son sein, ainsi que du personnel pour le secrétariat. Le contribuable devait cependant s'acquitter d'une partie du salaire de ce personnel "prêté" et d'un loyer pour le cabinet. Il gérait en outre seul la facturation de ses honoraires privés et de leur recouvrement. Il s'acquittait également de l'entier de ses propres charges sociales. Pour cette partie de ses revenus, le contribuable tenait une comptabilité simple basée sur un décompte de ses recettes et de ses dépenses.
A cette époque, le contribuable avait comme interlocuteur direct l'administration de l'hôpital.
B. Dès le 1er janvier 1997, le contribuable est devenu employé de la société Z.________ SA. Dans la réalité, il a continué à exercer sa fonction de médecin-chef au sein de l'hôpital.
La société Z.________ SA a été constituée par acte notarié du 14 janvier 1997 et inscrite au Registre du commerce le 22 janvier 1997. Elle avait pour fondateurs, le contribuable, qui en détenait 49 actions de 1'000 fr., A.________, détenteur de 49 actions de 1'000 fr., et B.________ détenteur de 2 actions de 1'000 francs. Il ressort de l'acte de constitution de la société que le contribuable, ainsi qu'A.________, en étaient les administrateurs, nommés pour une première période de trois ans. Le siège de la société était à 1********, et son but, tel qu'il ressort de l'acte de constitution et du Registre du commerce, la "fourniture de soins médicaux en particulier de médecine interne, et, dans ce domaine, la recherche et l'enseignement." Par la suite, les actions de la société ont été détenues par moitié par le contribuable et par moitié par le Docteur A.________. La constitution de cette société a notamment été motivée, selon les dires du contribuable, par une modification du statut des médecins-chefs dans les hôpitaux de zone qui se sont vus imposer le partage de cette fonction entre deux médecins. Dans l'esprit du contribuable, la constitution de cette société devait permettre d'assurer la pérennité de sa fonction.
La société Z.________ SA avait pour seuls clients, l'hôpital et les clients privés du Dr A.________ et du contribuable.
C. Par accord du 10 février 1997 intitulé "cahier des charges du département de médecine interne", le contribuable, les docteurs A.________ et Y.________, ainsi que le comité directeur de l'hôpital ont notamment convenu de ce qui suit:
"(…) ARTICLE 1
Le département de médecine interne est dirigé par les Drs X.________ et A.________, secondés par le Dr Y.________. (…)
ARTICLE 2
Pour leur permettre de remplir leurs tâches, l'hôpital met à la disposition des Drs X.________, A.________ et Y.________:
a) Les assistants auxquels le département de médecine interne a droit selon la convention du pool des honoraires. (…)
b) Le personnel paramédical nécessaire à la bonne marche du département (…).
c) Les moyens matériels qui leur sont nécessaires, dans les limites de la mission et des disponibilités financières de l'hôpital (…).
(…) ARTICLE 6
L'hôpital met à disposition des Drs X.________, A.________ et Y.________ un cabinet médical de consultation et un bureau de travail dont la location est fixée par convention séparée.
Pour couvrir l'activité de leurs consultations privées, les Drs X.________, A.________ et Y.________ participent au salaire de leurs secrétaires dans la mesure fixée par convention séparée.
ARTICLE 7
Les Drs X.________, A.________ et Y.________ se réservent deux demi-journées par semaine chacun pour leurs consultations privées ambulatoires ou toute autre activité de caractère universitaire. (…)
ARTICLE 8
Les Drs X.________, A.________ et Y.________ établissent une facturation commune pour l'ensemble de leur activité dans le service général (malades hospitalisés et ambulatoires).
ARTICLE 9
Pool des honoraires du département de médecine:
Ce pool est alimenté par tous les honoraires facturés et encaissés par l'hôpital, à savoir:
les honoraires des activités hospitalières en salle commune
les honoraires des activités hospitalières pour les malades privés LAA
les honoraires des prestations médicales assurées aux malades hospitalisés en chambre commune dans d'autres services de l'hôpital
les honoraires privés ambulatoires pour les actes médicaux effectués dans l'hôpital, hors cabinet médical
les honoraires facturés par l'hôpital pour les dialyses, la chimiothérapie, l'oncologie ou toute autre activité ambulatoire
la part du département de médecine au pool des honoraires des consultations ambulatoires (X.________ clinique) et du service des urgences
les honoraires pour la médecine du personnel
Après les prélèvements réglementaires de l'hôpital, ces honoraires sont versés sur un compte bancaire commun aux Drs X.________, A.________ et Y.________.
ARTICLE 10
Les Drs X.________, A.________ et Y.________ établissent eux-mêmes leurs notes d'honoraires pour leur activité privée de consultations ambulatoires en cabinet.
Il en est de même pour les patients hospitalisés en division privée (…).
Conformément au règlement sur le mode de rémunération des médecins hospitaliers en hôpital de soins aigus, les honoraires pour les patients privés reviennent aux Drs X.________, A.________ et Y.________.
(…) ARTICLE 12
Il (réd. Le présent cahier des charges) annule et remplace le cahier des charges signé le 2 février 1993. (…)"
Selon ce cahier des charges, les revenus du contribuable, en tant qu'employé de la société Z.________ SA, étaient à nouveau composés des deux postes indiqués sous point A ci-dessus. En raison de la nouvelle composition du service de médecine interne, les honoraires nets (découlant du "pool des honoraires"), versés après les prélèvements réglementaires de l'hôpital, étaient cependant à répartir entre trois médecins et non plus deux, comme auparavant. En outre, le versement avait lieu en mains de Z.________ SA.
D. Le 29 octobre 1993, le contribuable a déposé sa déclaration d'impôt 1993-1994 portant sur les revenus des années 1991 et 1992. Il ressort des pièces produites avec dite déclaration qu'en 1991, les honoraires nets résultant du "pool des honoraires" se sont montés à 624'905 fr. 85 et, que sur ce montant, 416'825 fr. ont été reversés au contribuable. En 1992, les honoraires nets se sont élevés à 658'405 fr. 65, dont 426'481 fr. ont été reversés au contribuable. Enfin, il ressort du questionnaire complémentaire pour médecins, dentistes et vétérinaires produit avec la déclaration d'impôts que les recettes du cabinet du contribuable se sont élevées, pour chacune des deux années, à 50'000 francs.
Il résulte des pièces produites en annexe à la déclaration d'impôt 1995-1996 du contribuable, portant sur les années 1993 et 1994 et déposée le 8 novembre 1995, que les honoraires nets se sont montés en 1993 à 669'540 fr. 65, dont 441'922 fr. 90 ont été reversés au contribuable, et à 627'344 fr. 40 en 1994, dont 402'658 fr. sont revenus au contribuable. Ces montants ressortent d'extraits de compte établis par l'hôpital à l'intention du docteur Y.________ et du contribuable. L'extrait de compte portant sur l'année 1993 a notamment la teneur suivante, étant précisé que celui portant sur l'année 1994 est identique dans sa formulation et que seuls les chiffres mentionnés diffèrent:
"- Honoraires soumis à la
convention GHRV/SVM facturé en 1993 SFr. 629'001.75
- Pool urgences chirurgie SFr. 127'354.70
- Honoraires dialyses SFr. 97'200.00
- Honoraires "C" SFr. 283.50
./. Retenue 18% SFr. 153'691.15 SFr. 700'148.80
- Honoraires privés LAA SFr. 5'155.50
./. Retenue 3% SFr. 154.65 SFr. 5'000.85
- Enseignement lit au malade SFr. 5'616.00
./. Facture loyers, téléphones, salaires SFr. 41'225.00
./. nos versements en 1993 SFr. 454'592.30
Solde dû au 31.12.1999 Sfr. 214'948.35"
Selon les explications du contribuables, ce décompte ne comprenait pas de poste pour les créances d'honoraires car elles étaient déjà déduites du montant total à verser aux médecins du pool.
Le questionnaire complémentaire annexé à cette déclaration d'impôt fait en outre état d'un montant de 50'000 fr. à titre de recettes du cabinet du contribuable.
E. Le 20 novembre 1997, le contribuable a déposé sa déclaration d'impôt 1997-1998 portant sur les années 1995 et 1996. A titre de revenu provenant d'une activité lucrative indépendante, il a déclaré les montants suivants: 1995: 381'325 fr., 1996: 375'915 francs. Ces revenus ont été à nouveau calculés sur la base des extraits de compte du "pool d'honoraires" établi par l'hôpital. En 1995, pour leurs activités au sein du service de médecine interne, le contribuable et le docteur Y.________ se sont vus verser des honoraires nets d'un montant de 587'000 fr. 45 et en 1996 de 582'756 fr. 75. Au total, le contribuable a déclaré un revenu imposable de 546'300 fr. au taux de 237'500 fr. (quotient de 2.30) et une fortune imposable de 11'327'000 francs.
Le contribuable a également fait mention en page une de cette déclaration de la remarque suivante: "!!! début activité principale dépendante au 1.1.1997".
F. En tant qu'employé de la société Z.________ SA, le contribuable a perçu en 1997 un revenu annuel net de 181'471 fr. 20 et en 1998 de 173'522 fr. 70. Ces revenus étaient constitués de l'ensemble des honoraires perçu par la société, soit tant ceux de l'hôpital que ceux des clients privés, diminués des déductions sociales habituelles.
Il ressort des comptes annuels de la société Z.________ SA qu'un poste "provision pour pertes s/débiteurs" avait été créé au passif du bilan et dans le compte de pertes et profits. Ce poste s'est en moyenne élevé à 11'500 fr. entre 1997 et 2000. Il se chiffrait à 0 fr. en 2000.
Le contribuable a cessé son activité lucrative principale au 31 décembre 2000.
Au début de l'année 2001, la société Z.________ SA a été mise en liquidation, le successeur du contribuable ne désirant pas reprendre sa part dans la société.
G. Le 30 mars 2001, l'Office d'impôt du district d'Yverdon-les-Bains a adressé au contribuable une décision de taxation définitive pour la période fiscale du 1er janvier 1997 au 31 décembre 1998. Il en résulte que l'autorité de taxation a arrêté son revenu imposable à 773'000 fr. au taux de 386'500 fr. (quotient 2.0) et sa fortune imposable à 12'462'000 francs. Sous la rubrique "Remarques", il est fait mention de ce qui suit:
"Les revenus de l'activité indépendante obtenus pendant les années de calcul 1995 et 1996 servent de base à la taxation de la période fiscale 1997-1998. Le principe de la taxation intermédiaire pour changement de profession au 01.01.1997 n'est pas admis. En effet, malgré le passage d'un statut d'indépendant à celui de salarié, nous devons admettre qu'il n'y a pas un changement fondamental de l'activité, de telle sorte que les conditions définies à l'article 70 de la loi sur les impôts directs cantonaux du 26.11.1956 ne sont pas remplies."
H. Le 27 avril 2001, le contribuable a formé réclamation contre la décision précitée concluant à son annulation et à ce qu'il soit opéré une taxation intermédiaire avec effet rétroactif au 1er janvier 1997.
I. Le 15 mai 2001, l'office d'impôt a adressé au contribuable une décision de taxation définitive portant sur l'impôt fédéral direct pour les années 1997 et 1998. Le revenu imposable (barème général) a été arrêté à 764'700 fr. au taux de 764'700 francs.
Le même jour également, l'office d'impôt a envoyé au contribuable le courrier suivant:
"Monsieur,
Nous accusons réception de la réclamation que la Fiduciaire Michel Favre SA à Echallens a déposée en votre nom, contre notre décision de taxation définitive du 30 mars dernier valable pour la période fiscale 1997-1998.
Formulée dans le délai légal de 30 jours prévu à l'article 186, alinéa 1, de la loi sur les impôts directs cantonaux du 4 juillet 2000 (ci-après: LI), votre réclamation est recevable.
Contrairement aux dispositions de l'article 187, alinéa 1, LI, nous renonçons à établir une nouvelle détermination des éléments imposables, compte tenu du fait que nous vous avions déjà exposé notre position lors d'un entretien à nos bureaux en date du 1er décembre 2000, et au cours duquel vous nous aviez alors informé ne pas admettre notre point de vue.
Nous vous informons donc que nous transmettons directement votre opposition à notre Administration cantonale des impôts à Lausanne (…).
D'autre part, bien que vous avez contesté notre décision, nous avons procédé à l'enregistrement de la taxation fiscale de la période fiscale 1997-1998, selon notre décision du 30 mars 2001.
Cependant, l'article 216, alinéa 2, LI, stipule que l'impôt est dû sur les éléments admis par le contribuable. Vous trouverez, ci-joint, une taxation fiscale ainsi qu'une répartition intercommunale avec séjour saisonnier qui tiennent compte de vos revendications. Nous vous précisons qu'il s'agit bien d'un calcul établi en vue de déterminer les éléments non contestés, et non d'une nouvelle décision de taxation. L'impôt complémentaire par rapport à la taxation provisoire s'élève à Fr. 40'279.80 pour les années 1997 et 1998. (…)
En ce qui concerne la taxation de la période fiscale 1999-2000, celle-ci n'a pas été contestée et est entrée en force. Nous vous faisons donc parvenir les décomptes finaux en vue de leur règlement. (…)"
Par courrier du 27 janvier 2006, le contribuable a sollicité de l'office d'impôt un entretien afin de régler le sort de sa réclamation et a requis que la période fiscale 1999-2000 soit corrigée en tenant compte de la taxation intermédiaire qui devait selon lui intervenir au 1er janvier 1997.
L'office d'impôt s'est déterminé sur le courrier précité en date du 31 janvier 2006. Il y indique que, compte tenu du fait que la réclamation du recourant n'a pas encore été traitée, il n'est pas possible de taxer définitivement la période fiscale 1999-2000 et que la taxation intermédiaire de cette période se fera nécessairement sur la base de celle contestée, soit 1997-1998. Il y précise en outre au contribuable qu'en revanche, les périodes fiscales 2001-2002 et 2003-2004 peuvent être taxées définitivement, le recourant ayant cessé son activité lucrative, peu importe qu'elle soit qualifiée de dépendante ou indépendante, au 31 décembre 2000.
Le 1er octobre 2007, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI) a requis du contribuable la production de plusieurs pièces. Le contribuable y a donné suite le 8 février 2008.
Le contribuable a par la suite été auditionné par l'ACI en date du 30 avril 2008.
Par décision du 15 juillet 2008, l'ACI a rejeté la réclamation du contribuable et maintenu les décisions de taxation définitives de la période fiscale 1997-1998 émises par l'office d'impôt le 30 mars 2001 concernant l'impôt cantonal et communal et le 15 mai 2001 concernant l'impôt fédéral direct. A l'appui de sa décision, elle a notamment retenu que l'examen du dossier permettait de conclure que le contribuable déployait exactement la même activité avant et après le 1er janvier 1997, tout en conservant la même fonction. L'emplacement des locaux, le système de rémunération, de facturation et d'encaissement des honoraires étaient en outre demeurés identiques, de sorte que, d'un point de vue matériel, sa situation ne s'était pas fondamentalement modifiée aux yeux de l'ACI.
J. Par acte motivé du 23 juillet 2008, le contribuable a interjeté recours contre cette décision concluant, avec dépens, à ce qu'il soit procédé à une taxation intermédiaire au 1er janvier 1997. Par réponse du 1er septembre 2008, l'ACI a conclu au rejet du recours.
Dans le cadre d'un deuxième échange d'écritures, les parties ont maintenu leurs conclusions.
Le mandataire du recourant et l'autorité intimée ont été entendus une première fois lors de l'audience du 18 mars 2009. En l'absence du recourant, il a été convenu de suspendre l'audience et d'en reporter la reprise à la première date utile.
Le recourant, assisté de M. C.________ et de M. D.________, de la Fiduciaire Michel Favre SA, et pour l'ACI, Mesdames E.________ et F.________, ont été entendus lors de la reprise d'audience qui s'est tenue le 23 avril 2009.
A cette occasion, le recourant, en réponse aux questions de la cour, a précisé qu'il avait accepté de créer la société Z.________ SA et s'était accommodé de la diminution de ses revenus qui en est résulté car il se savait proche de la retraite et qu'il désirait néanmoins poursuivre son activité hospitalière dans son service qu'il avait "porté à bout de bras" pendant de longues années.
Les parties ont été invitées à se déterminer sur le contenu du procès-verbal de l'audience précitée. Elles y ont cependant renoncé.
Les moyens des parties, ainsi que les pièces produites, seront repris ci‑dessous dans la mesure utile.
K. La cour a délibéré à huis clos à l'issue de l'audience.
Considérant en droit
1. Interjeté en temps utile et en la forme, devant une autorité compétente pour en connaître, le présent recours est recevable (art. 140 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11], art. 3 de l'Arrêté d'application dans le Canton de Vaud de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (AVFLID, RSV 658.11.1 et art. 200 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LI; RSV 642.11]).
2. Le litige a trait à l'impôt cantonal et communal, ainsi qu'à l'impôt fédéral direct. A l’instar de l’ACI, et comme la jurisprudence le lui permet, la cour de céans tranchera les recours aussi bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal, d’une part, que l’impôt fédéral direct, d’autre part (ATF 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511).
3. Le recourant prétend qu'il est en droit d'obtenir une taxation intermédiaire au 1er janvier 1997 en raison de son changement de profession, soit son passage d'une activité professionnelle indépendante à une activité professionnelle dépendante. Il allègue en outre que l'autorité intimée a violé le principe de célérité en rendant sa décision sur réclamation plus de 7 ans après le dépôt de la réclamation et le principe de l'égalité de traitement en lui refusant une taxation intermédiaire alors qu'elle l'avait accordée à un de ses confrères, le Dr G.________, qui avait tout d'abord exercé une activité indépendante de médecin orthopédiste auprès de l'Hôpital de zone d'1******** puis était devenu employé de la société H.________ SA qu'il avait fondée.
4. Il convient d'examiner en premier lieu les griefs du recourant ayant trait à une violation de droits constitutionnels du citoyen.
aa) L'art. 29 al. 1 Cst stipule que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
A l'instar de l'art. 6 CEDH, article cependant inapplicable au présent cas qui porte sur des obligations de droit public et non sur une "contestation sur des droits et obligations à caractère civil" (ATF 2P.19/2005 du 11 novembre 2005, consid. 2), l'art. 29 al. 1 Cst consacre le principe de la célérité, autrement dit prohibe le retard injustifié à statuer. L'autorité viole cette garantie constitutionnelle lorsqu'elle ne rend pas la décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans un délai que la nature de l'affaire ainsi que toutes les autres circonstances font apparaître comme raisonnable (ATF C 15/05 du 23 mars 2006, consid. 1.2 et réf. citées).
Le caractère raisonnable de la durée de la procédure s'apprécie en fonction des circonstances particulières de la cause, lesquelles commandent généralement une évaluation globale. Entre autres critères sont notamment déterminants le degré de complexité de l'affaire, l'enjeu que revêt le litige pour l'intéressé ainsi que le comportement de ce dernier et celui des autorités compétentes. A cet égard, il appartient au justiciable d'entreprendre ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence, que ce soit en l'invitant à accélérer la procédure ou en recourant, le cas échéant, pour retard injustifié. Cette obligation s'apprécie toutefois avec moins de rigueur en procédure pénale et administrative. On ne saurait par ailleurs reprocher à une autorité quelques temps morts; ceux-ci sont inévitables dans une procédure. Une organisation déficiente ou une surcharge structurelle ne peuvent cependant justifier la lenteur excessive d'une procédure; il appartient en effet à l'Etat d'organiser ses juridictions de manière à garantir aux citoyens une administration de la justice conforme aux règles (ATF C 15/05 précité, consid. 1.3 et réf. citées).
La sanction du dépassement du délai raisonnable et adéquat consiste d'abord dans la constatation de la violation du principe de célérité, qui constitue une forme de réparation pour celui qui en est la victime. Cette constatation peut également jouer un rôle sur la répartition des frais et dépens, dans l'optique d'une réparation morale (ATF C 15/05 précité, consid. 1.4 et réf. citées).
ab) En l'espèce, on peut certes se demander pour quelle raison l'autorité intimée a mis plus de sept ans pour rendre sa décision sur réclamation. Le recourant n'a lui interpellé l'autorité intimée sur le sort de sa réclamation que près de cinq ans après son dépôt. Le fait que l'on doive apprécier avec moins de rigueur l'obligation du recourant de faire ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence en matière administrative ne permet pas, dans le cas présent, de retenir que seule l'autorité intimée est en faute. En effet, le recourant était assisté d'une fiduciaire habituée à traiter avec l'autorité intimée. Attendre près de cinq ans pour interpeller l'autorité n'est dès lors pas excusable. Il s'ensuit que le manque de rigueur du recourant empêche de retenir une violation du principe de célérité dans le cas présent. Ce moyen du recourant doit donc être rejeté.
ba) L'art. 8 Cst garantit l'égalité de traitement dans et devant la loi. Une décision viole le principe de l'égalité lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante. Les situations comparées ne doivent pas nécessairement être identiques en tous points, mais leur similitude doit être établie en ce qui concerne les éléments de fait pertinents pour la décision à prendre (ATF 1P.707/2004 du 8 juin 2005, consid. 2.1).
L'inapplication ou la fausse application de la loi dans un cas particulier n'attribue en principe pas à l'administré le droit d'être traité par la suite illégalement. En effet, selon la jurisprudence, le principe de la légalité de l'activité administrative (cf. art. 5 al. 1 Cst) prévaut sur celui de l'égalité de traitement (ATF 1P.707/2004 précité, consid. 2.1 et réf. citées). En conséquence, le justiciable ne peut généralement pas se prétendre victime d'une inégalité de traitement, lorsque la loi est correctement appliquée à son cas, alors qu'elle l'aurait été faussement, voire pas appliquée du tout, dans d'autres cas. Cela présuppose cependant, de la part de l'autorité dont la décision est attaquée, la volonté d'appliquer correctement à l'avenir les dispositions légales en question; le citoyen ne peut prétendre à l'égalité dans l'illégalité que s'il y a lieu de prévoir que l'administration persévérera dans l'inobservation de la loi (ATF 2P.16/2005 du 9 août 2005, consid. 7.1 et réf. citées).
bb) En l'espèce, le recourant prétend que l'autorité intimée aurait accordé une taxation intermédiaire à l'un de ses confrères, travaillant en qualité d'indépendant auprès de l'Hôpital de zone d'1******** et qui est ensuite devenu employé de sa propre société, ce qui constitue une situation identique à la sienne, de sorte que, pour respecter l'égalité de traitement, l'autorité intimée aurait dû lui accorder la taxation intermédiaire litigieuse. L'autorité intimée allègue en revanche que le cas exposé par le recourant est en réalité la situation inverse, le confrère en question étant devenu indépendant après avoir exercé pendant longtemps une activité dépendante en tant qu'employé de sa propre société. L'autorité intimée invoque en outre que l'octroi d'une taxation intermédiaire à ce confrère était une erreur d'appréciation et que le recourant ne peut s'en prévaloir. Selon elle, il n'est pas établi qu'elle a par la suite persisté dans son erreur et octroyé contra legem des taxations intermédiaires à des administrés se trouvant dans une situation identique à celle du recourant.
En réalité, il importe peu, dans le cas présent, de savoir quelle version des faits présentée est correcte, les situations comparées pour vérifier s'il y a une inégalité de traitement, ne devant pas être en tous points identiques, mais seulement similaires en ce qui concerne les éléments de fait pertinents, ce qui paraît réalisé en l'espèce. De toute manière, la jurisprudence a clairement précisé que la fausse application de la loi dans un cas particulier ne donne pas droit à l'administré d'être par la suite traité illégalement. L'on ne voit ainsi pas en quoi le recourant pourrait prétendre à l'égalité dans l'illégalité, surtout qu'il n'est pas du tout établi que l'autorité intimée a ou a eu la volonté de persévérer dans une fausse application de la loi par la suite. Il n'est d'ailleurs pas démontré que l'autorité intimée a mal appliqué la loi dans d'autres cas que celui de ce confrère, ce qui ne laisse pas entrevoir de pratique constamment fausse en la matière. Il s'ensuit que cet autre moyen du recourant doit lui aussi être rejeté.
5. Reste à examiner la question principale soulevée par le présent recours, soit celle de procéder ou non à une taxation intermédiaire des revenus du recourant dès le 1er janvier 1997.
a) Le recours portant sur la période fiscale 1997-1998, ce sont donc les dispositions légales en vigueur à ce moment-là qui doivent être appliquées. Ainsi, en matière d'impôts cantonal et communal, la question est régie par l'ancienne loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (ci-après: aLI), notamment son art. 70, abrogée par l'entrée en vigueur le 1er janvier 2001 de l'actuelle LI, comme mentionné ci-dessus (cf. considérant 1). En ce qui concerne l'impôt fédéral direct, cette question ne se pose en revanche pas, la LIFD étant déjà en vigueur lors de la période fiscale litigieuse.
b) L'art. 45 LIFD stipule que le revenu fait l'objet d'une taxation intermédiaire dans trois cas: en cas de divorce ou de séparation durable de droit ou de fait des époux (a), en cas de modification durable et essentielle des bases de l'activité lucrative ensuite du début ou de la cessation de l'activité lucrative ou d'un changement de profession (b) ou en cas de dévolution pour cause de mort (c). Quant à l'art. 70 al. 1 aLI, il avait la teneur suivante:
" Art. 70.- Si les bases d'imposition d'une personne physique se sont modifiées de façon durable au cours de la période de taxation en raison du début ou de la cessation de l'activité lucrative, d'un changement de profession, d'une dévolution pour cause de mort, d'une séparation durable des époux au sens de l'article 9, alinéa 2 ou d'une modification des bases de répartition intercantonale ou internationale des éléments imposables, une nouvelle taxation doit être faite, pour le reste de cette période quant aux éléments du revenu et de la fortune touchés par la modification. Le revenu se détermine d'après l'article 71, alinéa 3, et la fortune d'après son état au moment où se produit la modification."
Cet article ayant la même teneur que l'art. 45 LIFD ou encore que l'art. 17 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), il s'interprète à la lumière de ceux-ci (ATF 2A.598/2006 du 12 mars 2007, consid. 5.1, par analogie).
Pour rappel, le canton de Vaud, tout comme le droit fédéral, connaissait jusqu'au 31 décembre 2002 un système d'imposition d'après le revenu présumé, système dit praenumerando. Selon ce système, la taxation se faisait tous les deux ans et, pour cette durée, sur la base du revenu annuel moyen des deux années civiles qui précédaient la période fiscale. Ce système reposait sur la présomption que le revenu acquis au cours de la période précédente (période de calcul ou d'évaluation) était de même nature et de même importance que celui acquis pendant la période fiscale ou de taxation, soit la période sur laquelle l'impôt était dû (Ryser/Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 1994, pp. 335-336; Venezia, Imposition dans le temps du revenu des personnes physiques, in l'Expert-comtable suisse 1993, pp. 367 et ss; TA FI.2002.0084 du 5 mai 2003, consid. 2a, FI.2003.0017 du 25 septembre 2003, consid. 2a).
En instituant la possibilité d'une taxation intermédiaire, l'art. 45 LIFD, tout comme l'art. 70 aLI, prévoit une dérogation importante au principe général de l'imposition bisannuelle. En effet, la taxation intermédiaire tend à corriger une taxation antérieure en fonction de faits survenus en cours de période; cette dernière sera donc remplacée par une nouvelle taxation dès la date de l'événement engendrant cette taxation intermédiaire (Ryser/Rolli, op. cit., p. 417). Elle a donc pour conséquence que le contribuable passe en partie de la taxation selon le revenu acquis antérieurement à celle selon le revenu acquis durant la période; dans ce cadre, tous les éléments du revenu touchés par la modification doivent être pris en considération. Ce tempérament doit permettre, dans certains cas où l'application du principe conduit à des résultats particulièrement peu satisfaisants, de mieux adapter la taxation à la capacité contributive réelle du contribuable, autrement dit d'éviter une distorsion entre la charge fiscale de celui-ci et sa capacité contributive (arrêt du Tribunal fédéral, non publié, dans la cause M. D. c/CCRI VD et ACI, du 1er octobre 1992, consid. 3b; ATF du 5 septembre 1990, in Archives de droit fiscal suisse [ci-après: Archives] 60, 186, consid. 2a). Toutefois, la taxation intermédiaire ne peut tenir compte de toutes les variations du revenu et doit rester l'exception (Commentaire Romand de la loi sur l'impôt fédéral direct, Marc Bugnon, n. 2 ad. art. 45 LIFD, p. 600). Ainsi, les motifs pouvant conduire à une taxation intermédiaire sont exhaustivement énumérés dans la loi et ne doivent pas être interprétés de manière extensive (Circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 17 décembre 1985 concernant les Instructions pour l'application des articles 42 et 96 [taxation intermédiaire] de l'arrêté concernant l'impôt fédéral direct in Archives n° 54, pp 444 et ss).
Pour pouvoir procéder à une taxation intermédiaire, trois conditions doivent être cumulativement réunies:
1) un des motifs de taxation intermédiaire limitativement énumérés dans les lois fiscales doit être réalisé (condition qualitative).
2) la modification du revenu, pour pouvoir être prises en considération, doit durer un certain laps de temps minimum, soit consister en un changement durable (condition temporelle). En principe, il y a durabilité lorsque la modification subsiste au moins deux ans (ATF 2C_63/2008 du 22 mai 2008, consid. 3.2; 2A.486/2002 du 31 mars 2003, consid. 4a).
3) la modification du revenu doit revêtir une certaine ampleur, soit être notable (condition quantitative). Il peut cependant être fait abstraction de cette condition lorsque l'on se trouve en présence d'un changement radical et profond de l'activité exercée, notamment en cas de passage d'une activité lucrative dépendante à indépendante et vice versa (ATF 101 Ib 398 consid. 2b i. f.).
A ces trois conditions, il faut également ajouter une condition personnelle selon laquelle, non seulement le contribuable, mais aussi les personnes qu'il représente dans leurs obligations fiscales, doivent remplir les conditions citées ci-dessus pour que l'autorité fiscale procède à une taxation intermédiaire (Bugnon, op. cit., n. 9 ad. art. 45 LIFD, p. 601 et réf. citées).
Un des motifs, qui une fois réalisé permet d'envisager une taxation intermédiaire, est celui du changement de profession. Selon la jurisprudence, une taxation intermédiaire pour changement de profession suppose une modification structurelle profonde de la situation professionnelle dans son ensemble, de sorte que le maintien de la taxation ordinaire dans le cadre d'une période de taxation bisannuelle ne pourrait plus se justifier. Tel est notamment le cas lorsque le contribuable passe d'un domaine d'activité à un autre qui ne lui permet pas de tirer profit des connaissances acquises dans son activité précédente, ou lorsque son revenu se détermine et développe selon des critères essentiellement différents. Le passage d'une activité dépendante à une activité ind¿endante ou inversement constitue, lui aussi une modification structurelle profonde. En revanche, l'acquisition d'une position supérieure, la rétrogradation à un poste inférieur ou le changement d'activité dans la même profession ne sont pas considérés comme des cas de taxation intermédiaire (ATF 2A.598/2006 précité, consid. 4.1 et réf. citées).
c) En l'espèce, le recourant soutient que son cas relève du changement de profession en ce sens qu'au 1er janvier 1997, il est passé d'une activité indépendante à une activité dépendante en devenant un employé de l'entreprise qu'il avait créée avec deux autres actionnaires. L'autorité intimée conteste cette opinion et s'en prend dans sa réponse à la qualification de l'activité lucrative exercée par le recourant avant le 1er janvier 1997. Elle considère qu'il n'exerçait pas à cette époque-là une activité indépendante, mais bien une activité dépendante, de sorte qu'il n'y a pas de changement de profession au 1er janvier 1997. Compte tenu de l'incidence de la qualification apportée à l'activité lucrative exercée par le recourant avant et après le 1er janvier 1997, il convient d'examiner cette question préalablement.
da) Pour qualifier une activité de dépendante ou indépendante du point de vue fiscal, l'élément décisif est la mesure de l'indépendance personnelle et économique de l'intéressé dans l'accomplissement de sa tâche. Exerce une activité dépendante celui qui s'engage pour une durée déterminée ou indéterminée à fournir des prestations contre rémunération en se soumettant aux instructions de son employeur. Est indépendant celui qui exerce son activité selon sa propre organisation librement choisie – reconnaissable de l'extérieur – et à ses propres risques et profits. La qualification fiscale de l'activité se détermine selon les circonstances du cas particulier; c'est toujours l'impression d'ensemble que donne l'activité qui est déterminante (ATF 2A.400/2006 du 17 avril 2007, consid. 6.3 et réf. citées).
La condition des personnes qui exercent une activité dépendante est réglée dans la plupart des cas, sur le plan du droit privé, par les dispositions sur le contrat de travail (art. 319 ss CO), tandis que c'est généralement le contrat d'entreprise (art. 363 ss CO) ou de mandat (art. 394 ss CO) qui régit les relations entre les personnes exerçant une profession libérale indépendante et leurs clients. La nature juridique des rapports civils (contrat de travail ou de mandat) ou la qualification des revenus qui en découlent pour les assurances sociales ne sont pas à vrai dire déterminantes sous l'angle du droit fiscal. Elles constituent néanmoins des indices (ATF 2A.400/2006 précité et réf. citées)
db) En l'espèce, l'instruction du recours n'a pas permis d'établir par pièces quelles étaient les conditions qui régissaient la situation du recourant avant le 1er janvier 1997, ce dernier n'ayant pas été en mesure de produire le cahier des charges en vigueur avant cette date en raison du temps écoulé depuis lors, ce dont on ne peut lui tenir rigueur. Le recourant a néanmoins expliqué en audience qu'avant le 1er janvier 1997, il était considéré comme un indépendant mandaté pour faire fonctionner le service de médecine interne de l'hôpital. Son revenu était fonction de son activité, soit des honoraires encaissés. Il devait d'ailleurs s'acquitter de ses charges sociales et gérait seul l'encaissement des honoraires liés à ses patients privés, mais reçus dans le cabinet mis à sa disposition par l'hôpital.
Au vu de ce qui précède, il est difficile de qualifier de manière certaine l'activité du recourant jusqu'à la fin de l'année 1996. Il résulte cependant des décomptes du "pool des honoraires" qu'aucune déduction sociale n'était à la charge de l'hôpital, le recourant devant s'en acquitter seul. Selon ses explications en audience, il assumait également personnellement le recouvrement des créances d'honoraires impayées, même en ce qui concerne les honoraires de son activité hospitalière. On peut ainsi admettre que le recourant exerçait son activité à ses propres risques et profits que ce soit en tant que chef de service ou en traitant une clientèle privée. En ce qui concerne en revanche son organisation de travail, elle n'est pas déterminable. Il est faux de se baser, comme le fait l'autorité intimée, sur le cahier des charges de 1997 pour dire que l'organisation du travail du recourant avant cette période n'était pas librement choisie. Aucun élément au dossier ne le démontre et rien ne permet d'affirmer le contraire. D'ailleurs, on peut se demander si les modifications apportées au statut des médecins-chefs et qui ont conduit le recourant à créer Z.________ SA n'ont pas porté notamment sur l'organisation du travail de ces praticiens. Compte tenu de cela, on peut vraisemblablement admettre que le recourant exerçait avant le 1er janvier 1997 une activité lucrative indépendante.
Cela dit, il n'est pour le surplus pas contesté qu'après le 1er janvier 1997, le recourant a exercé une activité lucrative dépendante. Les pièces au dossier vont d'ailleurs dans ce sens: le recourant percevait un véritable salaire, dont on déduisait les charges sociales, et la responsabilité du recouvrement des honoraires impayés ne lui appartenait plus, la société provisionnant à cet effet. Dès lors, conformément à la jurisprudence précitée, on se trouve en présence d'une modification structurelle profonde de l'activité professionnelle du recourant qui justifie d'examiner plus avant si les autres conditions d'une taxation intermédiaire sont remplies.
e) En ce qui concerne la condition quantitative, il ne fait aucune doute qu'elle est réalisée de par le simple fait que l'on se trouve en présence du passage d'une activité lucrative indépendante à une activité lucrative dépendante (cf. ATF 101Ib 398 précité). Quant à la condition temporelle, il convient également d'admettre qu'elle est réalisée, le recourant ayant exercé son activité dépendante de 1997 à fin 2000, soit pendant quatre ans, et dès lors, au-delà des deux ans imposés par la jurisprudence pour parler de durabilité.
Il s'ensuit que c'est à tort que l'autorité intimée a refusé une taxation intermédiaire au recourant. Son recours doit dès lors être admis.
Compte tenu de la jurisprudence constante en la matière, qui veut que les professions libérales, qui ne sont pas liées à une activité commerciale, comme celle du recourant, ne donnent pas lieu à une inscription obligatoire au registre du commerce et ainsi, n'ont pas l'obligation de tenir une comptabilité commerciale conformément aux règles du code des obligations (ATF 106 Ib 311 consid. 3c; 130 III 707 consid. 4), et, au vu des pièces produites, il s'avère que le recourant tenait avant 1997 une comptabilité sommaire basée sur les encaissements. En cela, il n'est pas certain qu'au 31 décembre 1996, il avait encaissé tous les honoraires qui lui étaient dû. Pour ce motif, il pourrait s'avérer nécessaire de différer la date de la taxation intermédiaire; il convient donc d'annuler la décision attaquée et de renvoyer la cause à l'autorité intimée pour qu'elle en fixe la date d'entrée en force.
6. En conclusion, le recours doit être admis et la décision attaquée annulée, la cause étant renvoyée à l'autorité intimée pour nouvelles instruction et décision dans le sens des considérants qui précèdent.
Le recourant obtenant gain de cause, les frais du présent arrêt seront laissé à la charge de l'état. Il a en revanche droit à des dépens, arrêtés à 1'000 fr., à la charge de l'autorité intimée.
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est admis.
II. La décision rendue le 15 juillet 2008 par l'Administration cantonale des impôts est annulée, la cause étant renvoyée à dite autorité pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
III. Les frais de justice sont laissés à la charge de l'état.
IV. L'Etat de Vaud, par l'Administration cantonale des impôts, versera à X.________ un montant 1'000 (mille) francs, à titre de dépens.
Lausanne, le 4 septembre 2009
Le président: La greffière:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.