TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 17 mars 2009
Composition
M. Vincent Pelet, président; MM. Fernand Briguet et Cédric Stucker, assesseurs; M. Christophe Baeriswyl, greffier.
Recourants
AX.________, à 1.********, représentés par l'avocat Yves NOEL, à Lausanne,
Autorité intimée
Administration cantonale des impôts, à Lausanne,
Autorité concernée
Administration fédérale des contributions, à Berne,
Objet
Impôt sur le revenu
Recours AX.________ c/ décision de l'Administration cantonale des impôts du 31 mai 2007 (détermination du revenu imposable, refus de taxation intermédiaire - ICC, IFD - période fiscale 2001-2002)
Vu les faits suivants
A. AX.________ travaillait depuis le 27 octobre 1995 en qualité notamment de "Consumer Marketing Director" pour la société 2.******** SA, à 3.********. En raison d'une modification de sa position dans l'entreprise, AX.________ a renoncé à poursuivre son activité et a mis fin aux rapports de travail avec effet au 30 septembre 2000. Il s'est inscrit comme demandeur d'emploi et a été mis au bénéfice d'un délai-cadre d'indemnisation du 1er octobre 2000 au 30 septembre 2002; il a perçu durant cette période - entrecoupée de gains intermédiaires - des indemnités de chômage du 1er octobre 2000 au 30 avril 2001, du 1er au 31 août 2001 et du 1er mai au 31 août 2002. Depuis le 1er septembre 2002, il travaille en qualité de "manager" pour la société 4.******** SA, à 5.********.
B. Le 18 décembre 2001, AX.________ ont déposé leur déclaration d'impôt pour la période fiscale 2001-2002; ils ont annoncé un revenu de 102'500 fr., imposable au taux de 36'600 fr. (quotient 2.8), et une fortune de 305'300 fr.; ils ont par ailleurs mentionné en page 1 de leur déclaration sous la rubrique "changement(s) de situation survenu(s) en 1999-2000" un changement de profession d'AX.________ à compter du 1er octobre 2000.
C. Par décision de taxation définitive du 8 février 2005, l'Office d'impôt du district de Lausanne-Ville (ci-après: l'office d'impôt) a arrêté les éléments imposables de la période fiscale 2001-2002 pour l'impôt cantonal et communal à 225'800 fr. pour le revenu des époux ABX.________ (au taux de 85'400 fr., quotient 2.8) et à 305'000 fr. pour leur fortune.
Le 10 février 2005, AX.________, par l'intermédiaire de leur fiduciaire, ont déposé une réclamation contre cette décision. Ils ont reproché à l'autorité fiscale de n'avoir pas pris en considération le changement intervenu le 1er octobre 2000 dans le parcours professionnel d'AX.________, "à savoir un changement de profession nécessitant une taxation intermédiaire à cette date sur la base du revenu réalisé depuis cette date". Ils ont précisé en outre que la réclamation valait également pour l'impôt fédéral direct.
Dans sa proposition de règlement du 17 février 2005, l'office d'impôt a modifié les éléments imposables en les fixant à 179'400 fr. pour le revenu (au taux de 64'000 fr.) et à 305'000 fr. pour la fortune. Il a indiqué ceci:
"Vous invoquez à l'appui de votre réclamation le fait que vos mandants jugeaient pouvoir obtenir une taxation intermédiaire, suite au chômage de longue durée. Toutefois, l'Autorité fiscale entend que la période de chômage indemnisée doit être égale ou supérieure à douze mois consécutifs. Par conséquent, selon les pièces jointes à leur dossier, la demande ne peut être admise.
Par contre, l'indemnisation de départ de Fr. 92'568.- touchée en 2000 fera l'objet d'une imposition distincte à l'art. 29 LI [l'ancienne loi cantonale du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux], en ce qui concerne l'impôt fédéral direct celle-ci sera imposée aux autres revenus selon l'art. 20 [recte: 23] LIFD."
Par décision de taxation définitive du 22 avril 2005, l'office d'impôt a arrêté les éléments imposables des périodes fiscales 2001 et 2002 pour l'impôt fédéral direct à 214'600 fr. pour le revenu des époux ABX.________ au taux de 214'600 fr. (barème des personnes mariées).
Les époux ABX.________ ayant maintenu leur réclamation, l'office d'impôt l'a transmise le 11 mai 2005 à l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI) comme objet de sa compétence.
Dans sa proposition de règlement du 24 juin 2005, l'ACI a refusé de procéder à une taxation intermédiaire pour chômage de longue durée, confirmé l’imposition séparée de l’indemnité de départ de 92'568 fr. versée durant l’année 2000 et arrêté les éléments imposables pour 2001-2002 de la manière suivante:
"- revenu imposable ICC Fr. 225'800.- (quotient 2.8)
- fortune imposable Fr. 305'000.-
- revenu imposable IFD Fr. 260'900 (barème marié)
-imposition ICC à l’art. 29 aLI : Fr. 92'500 (indemnité de départ)"
Par lettre du 2 septembre 2005 de leur fiduciaire, les époux ABX.________ ont déclaré maintenir leur réclamation et ont sollicité un entretien.
Le 26 octobre 2005, l'ACI a entendu AX.________ et son mandataire. AX.________ a exposé à cette occasion en détail sa situation professionnelle de 2000 à 2002. A l'issue de l'entretien, l'ACI a informé le réclamant qu'elle allait revoir le dossier et qu'elle lui ferait parvenir une nouvelle proposition de règlement.
Dans une nouvelle proposition de règlement, du 29 janvier 2007, l'ACI a admis à titre exceptionnel compte tenu des changements intervenus dans l'activité d'AX.________ de calculer le revenu imposable de la période fiscale 1999-2000 sur la base des revenus réalisés par l'intéressé en 1999 et 2000, et de la période fiscale 2001-2002 sur la base des revenus de 2001 et de 2002. Elle a ainsi arrêté les éléments imposables comme il suit:
"Période fiscale du 1er janvier 1999 au 31 décembre 2000
- revenu imposable ICC Fr. 181'600.- (quotient 2.3)
- fortune imposable ICC Fr. 113'000.-
- revenu imposable IFD Fr. 173'000.- (barème personnes mariées)
- imposition ICC à l'art. 29 aLI Fr. 92'500.- (indemnité de départ)
Période fiscale du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2002
- revenu imposable ICC Fr. 125'500.- (quotient 2.8)
- fortune imposable ICC Fr. 305'000.-
- revenu imposable IFD Fr. 160'600.- (barème personnes mariées)"
Les époux ABX.________ ne se sont pas déterminés sur le maintien ou le retrait de leur réclamation dans le délai imparti.
Par décision sur réclamation du 31 mai 2007, l'ACI a confirmé son refus de procéder à une taxation intermédiaire avec effet au 1er octobre 2000; elle a en revanche modifié la taxation du 8 février 2005 relative à l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2001-2002, afin de tenir compte du fait que l'indemnité de départ de 92'500 fr. (versée durant l’année 2000) devait être soumise à l'imposition séparée de l'art. 28 de la loi cantonale du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (ci-après: aLI). Elle a en conséquence fixé les éléments imposables pour cette période comme il suit:
"- revenu imposable ICC Fr. 179'400.- au taux de Fr. 64'000.- (2.8)
- fortune imposable Fr. 305'000.-
- revenu imposable IFD Fr. 260'900 (barème marié)"
D. AX.________, par l'intermédiaire de leur fiduciaire, ont recouru le 2 juillet 2007 contre cette décision. Ils font valoir en bref que l'ACI a rejeté à tort leur demande de taxation intermédiaire, sans prendre en compte les périodes de chômage subies par le recourant. Ils se prévalent de la directive du 7 octobre 2002 du département des finances destinée à atténuer les effets de la brèche de calcul, pour conclure à ce que l'intimée procède à une taxation intermédiaire à compter du 1er janvier 2001, tant pour l'impôt cantonal et communal que pour l'impôt fédéral direct (il convient de souligner ici que les recourants ne requièrent plus une taxation intermédiaire au 1er octobre 2000, soit à la date du début de la période de chômage).
Dans sa réponse du 20 juillet 2007, l'ACI a conclu au rejet du recours et au maintien de sa décision.
Par mémoire du 31 octobre 2007, les recourants, par l'intermédiaire de l'avocat Yves Noël consulté dans l'intervalle, ont complété leur argumentation.
L'autorité intimée a déposé des déterminations complémentaires le 26 novembre 2007, en versant au dossier les instructions internes d’application de la directive du 7 octobre 2002 du département des finances destinée à atténuer les effets de la brèche de calcul.
Ces instructions ont été communiquées aux recourants qui ont déposé une dernière écriture le 17 décembre 2007.
Le 5 février 2008, l’autorité intimée a renoncé à formuler de nouvelles observations, se bornant à relever une erreur de transcription dans sa correspondance du 26 novembre 2007.
Les arguments respectifs des parties seront repris ci-après dans la mesure utile.
Le tribunal a statué à huis clos.
Considérant en droit
1. Déposé dans le délai de trente jours prévu par les art. 200 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSV 642.11) et 140 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), le recours est intervenu en temps utile. Il est au surplus recevable en la forme.
2. Le litige porte sur la question de savoir si c'est à juste titre que l'autorité intimée a rejeté la demande de taxation intermédiaire pour chômage de longue durée des recourants.
3. a) Selon l'art. 80 let. b LI (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 1er janvier 2003), le revenu et la fortune font l'objet d'une taxation intermédiaire en cas de modification durable et essentielle des bases de l'activité lucrative ensuite du début ou de la cessation de l'activité lucrative ou d'un changement de profession. En droit fédéral, l'art. 45 let. b LIFD prévoit une taxation intermédiaire dans les mêmes circonstances. Il s'agit d'un correctif au système d'imposition praenumerando bisannuel basée sur les éléments de la période antérieure permettant d'appréhender les plus importantes de ces modifications des bases d'imposition (voir ATF 2A.419/2004 du 4 mars 2005 consid. 8.2). Ainsi, en cas de cessation de l'activité lucrative, les éléments du revenu touchés par la modification doivent faire l'objet d'une taxation intermédiaire (art. 45 et 46 LIFD). S'agissant des éléments touchés par la modification, l'imposition a alors lieu sur la base de la nouvelle situation, et non d'après celle qui prévalait lors de la période de calcul (voir not. Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4ème éd., Berne 2002, p. 420).
b) En tant qu'elle constitue une exception au principe, la taxation intermédiaire est subordonnée à une modification durable des bases d'imposition, d'une part, à l'existence de circonstances ou d’événements particuliers énumérés par la loi de manière exhaustive, d'autre part (ATF 2A.400/2006 du 17 avril 2007 consid. 6.2; ATF 110 Ib 313; 109 Ib 313). Selon la jurisprudence, un motif de taxation intermédiaire ne peut être accepté qu'avec retenue (ATF 2A.552/1999 du 8 mars 2000, consid. 2a). En outre la modification du revenu imposable doit être non seulement durable, mais essentielle (ATF 109 Ib 12 et les arrêts cités; voir en outre Peter Locher, Kommentar zum DBG, Therwil/Basel 2001, I. Teil, ad art. 45 nos 9 et ss, p. 969; Marco Duss/Daniel Schär, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Basel 2000, ad art. 45 LIFD nos 30 et ss).
c) La fin de l'activité lucrative figure parmi les cas de taxation intermédiaire. En règle générale, il y a lieu de procéder à une seule taxation intermédiaire en raison du début ou de la cessation de l'activité lucrative: à savoir au moment de l'entrée dans la vie active et lors de la cessation de l'activité lucrative liée à l'âge ou à l'état de santé du contribuable (ATF 110 Ib 315, consid. a-d). Ce motif est réalisé lorsque l'activité est fortement diminuée voire pratiquement insignifiante (Känzig, Complément, ad art. 42, p. 781, n. 12). Le contribuable doit avoir renoncé à son activité et ne plus avoir d'occupation dont il retire un revenu. Si la jurisprudence admet que la renonciation ne doit pas être nécessairement définitive, elle doit néanmoins avoir une certaine durée (RDAF 1962, p. 196). Ainsi, un abandon passager de l'activité lucrative principale ne constitue pas un motif de taxation intermédiaire (RDAF 1967, p. 289; RDAF 1970, p. 79; RDAF 1976, p. 43). Par ailleurs, il ne peut s'agir, en principe, que de la cessation de l'occupation principale, à laquelle le contribuable consacrait le meilleur de son temps et dont il tirait l'essentiel de ses revenus, et non de simples occupations accessoires (Arch. 14, p. 291). Il s'ensuit que le passage d'une activité lucrative à temps complet à une activité à mi-temps ne constitue pas non plus un motif de taxation intermédiaire (Arch. 53, p. 188, RDAF 1985, p. 281; Masshardt-Gendre, Commentaire IDN, no 16 ad art. 42).
En résumé, les taxations intermédiaires en raison du début ou de la cessation d'une activité lucrative, ainsi que d'un changement de profession, supposent une modification structurelle profonde de la situation professionnelle dans son ensemble, au point que le maintien de la taxation ordinaire bisannuelle ne peut plus être justifié (ATF 110 Ib 313, publié dans RDAF 1986, p. 84 et confirmé par ATF 115 Ib 8 et StE 1991 B 63.13 No 26 et 31).
d) Le début d'une période de chômage et ses conséquences en matière de taxation fiscale font l'objet d'une circulaire édictée par l'ACI (circulaire de l'ACI relative aux incidences fiscales du chômage no 25). Il y est précisé qu'une taxation intermédiaire ne se justifie que lorsque la période de chômage dure une année ou davantage (chômage de longue durée). Dans ce cas, il y a lieu de procéder le cas échéant à une taxation intermédiaire avec effet au moment de la perte d'emploi. Une nouvelle taxation interviendra pour cessation d'activité si l'intéressé reste sans emploi à l'échéance de son droit aux prestations de chômage. Il en va de même si le contribuable reprend une activité durable. L'autorité de taxation procédera alors à une taxation intermédiaire au moment de la reprise - "peu importe que cette dernière soit liée ou non à un changement de profession" (circulaire de l'ACI no 25, no 2.1.4). En revanche, lorsque la période de chômage est inférieure à une année, le contribuable n'a en principe pas droit à une taxation intermédiaire, mais peut requérir différentes mesures (prolongation du délai de paiement, échelonnement, abandon des intérêts moratoires, suppression de la majoration).
En droit fédéral, l'Administration fédérale des contributions a édicté une circulaire concernant les instructions pour l'application des art. 42 et 96 AIFD (dispositions correspondant à l'actuel art. 45 LIFD) qui retient le même principe (circulaire du 17 décembre 1985, Arch. 54, p. 444, spéc. p. 451). La jurisprudence a également eu l'occasion de confirmer cette pratique, en ce sens qu'à moins d'un chômage complet excédant une année, une taxation intermédiaire ne se justifie en principe pas (StE 1996 B 63.13 N. 48).
En somme, le chômage de longue durée est assimilé au changement de profession: l'un et l'autre donnent lieu à taxation intermédiaire à des conditions semblables parce que l'on présuppose que la perte d'emploi débouchera sur un changement de profession ou - plus exactement - sur une situation économiquement comparable à un changement de profession. Cette assimilation n'est en soi pas critiquable. Elle s'explique par le caractère précaire de la situation du chômeur qui voit ses perspectives de réinsertion professionnelle d'autant plus compromises que le chômage perdure. En outre, le changement de profession est souvent directement lié à la perte de l'emploi exercé antérieurement (voir le rapport du Conseil d'Etat du 19 mars 1993, in Bulletin du Grand Conseil [BGC], juin 1993, p. 788 ss).
e) Le passage à la taxation annuelle postnumerando des personnes physiques en 2003 a entraîné une brèche de calcul, puisque les revenus réalisés durant les années 2001 et 2002, en particulier leur variation importante, n'ont pas été pris en compte à des fins de taxation. Pour diminuer les effets de la brèche, les dispositions transitoires et finales de la loi (art. 271 à 277 LI) ont prévu que certaines charges extraordinaires de cette période seraient déduites et les revenus extraordinaires imposés par moitié. Malgré ces correctifs, certains contribuables dont le taux d'activité avait été réduit en 2001-2002 ou dont les revenus en 2001 et/ou 2002 ont sensiblement diminué restaient désavantagés par l'introduction du nouveau système. Dans le but d'assouplir les dispositions prévues, le Grand Conseil a proposé au Conseil d'Etat une extension du régime des remises d'impôts (résolution de Roger Saugy, BCG, septembre-octobre 2002, p. 3367 s.). Sans négliger le recours à la remise d'impôt, le Conseil d'Etat, suivant la proposition du Département des finances (ci-après: le département), a préféré cependant étendre les règles régissant le droit à une taxation intermédiaire, jugeant cette voie plus rapide et seule à même d'établir la contribution effectivement due pour la période 2001-2002 (BGC 2002, novembre, p. 3781 ss). Le Conseil d'Etat a ainsi adopté la directive du 7 octobre 2002 du département, intitulée "passage à la taxation annuelle" (ci-après: la directive). Cette directive prévoit les mesures suivantes:
"1. Cessation temporaire d'activité: diminuer de 12 à 6 mois la durée minimum de la cessation temporaire d'activité donnant droit à une taxation intermédiaire (valable sur 2001/2002)
2. Chômage: abaisser de 12 à 6 mois la durée minimum du chômage donnant droit à une taxation intermédiaire
3. Réduction du taux d'activité: accorder une taxation intermédiaire pour toute réduction correspondant à 25% au minimum sur deux ans (ex. passer de 90% à 40% durant une année)
4. Cessation ou réduction du versement des pensions alimentaires: la plupart de ces cas rendent le paiement de l'impôt difficile, de sorte que la remise s'applique déjà. Le DFIN demandera une compréhension accrue de la part des taxateurs."
4. En l'espèce, le recourant s'est trouvé au chômage le 1er octobre 2000; il a perçu des indemnités de chômage d'octobre 2000 à avril 2001, en août 2001 et de mai à août 2002, soit durant douze mois, dont neuf pendant la période de la brèche de calcul. Les recourants soutiennent que les conditions de l'application de la directive sont largement remplies, puisque AX.________ peut se prévaloir de trois mois de chômage de plus que le minimum requis de six mois. L'autorité intimée, pour sa part, refuse l'application de la directive, au motif que le contribuable ne s'est pas trouvé au chômage durant six mois "consécutifs" pendant la période de la brèche de calcul.
a) Selon la jurisprudence rendue en application des art. 80 LI et 45 LIFD (arrêts FI.1998.0045 du 6 mars 2001 consid. 3b/bb; FI.1997.0134 du 29 décembre 1999 consid. 2; StE 1996 B 63.13 N. 48), une taxation intermédiaire ne se justifie que lorsque le chômage dure depuis douze mois au moins. Il faut comprendre que cette condition requiert un chômage de douze mois consécutifs (le Tribunal administratif recourt dans les arrêts précités à l’expression de "chômage complet"). Les différentes périodes de chômage ne sauraient ainsi être additionnées, comme le voudraient les recourants. La directive doit être interprétée dans le même sens. Hormis l'abaissement de douze à six mois de la durée minimum de chômage, elle n'a en effet pas modifié les conditions à remplir pour pouvoir bénéficier d'une taxation intermédiaire pour chômage de longue durée.
Le recourant ne peut se prévaloir d'une période de chômage de douze ou même de six mois "consécutifs"; il ne remplit dès lors pas les conditions formelles de l'application de la directive. Ces considérations justifient la décision du 31 mai 2007 de l'ACI, en tant qu'elle porte sur la période fiscale 1999-2000: dans le cadre de la taxation praenumerando bisannuelle de cette période, les conditions d'une taxation intermédiaire au 1er octobre 2000 (date du début du chômage) n'étaient effectivement pas réalisées. Toutefois, ce point n'est pas l'objet du litige, circonscrit à la période de la brèche de calcul 2000-2001, régie par des dispositions particulières.
b) Pour la période de la brèche fiscale des années 2000-2001, l'autorité intimée envisage dans les instructions internes d'application de la directive (ch. III bis, p. 13) des hypothèses – sous la rubrique "motif mixte" – qui, bien que ne répondant pas aux conditions formelles de l'application de la directive, méritent néanmoins de bénéficier d'un assouplissement des conditions de la taxation intermédiaire. On extrait de ces instructions internes le passage suivant:
"En effet, d'après les conditions de la taxation intermédiaire pour "cessation temporaire d'activité", la personne qui interrompt son activité lucrative en 2001 et 2002 pendant par exemple une période totale de 6 mois sous la forme de deux congés non payés et non consécutifs (par ex., 2 fois 3 mois), n'a pas droit à une taxation intermédiaire pour le motif "cessation temporaire d'activité". Or, sa capacité contributive est autant diminuée que celle de la personne qui, elle, a opté pour un congé non payé d'une période de 6 mois consécutifs en 2001-2002.
Un autre exemple de situation délicate est celui de la personne qui interrompt son activité lucrative en 2001-2002 durant une période inférieure à 6 mois consécutifs et qui réduit également pendant les années de la brèche, son taux d'activité à concurrence d'une moyenne inférieure à 25% sur deux ans. Bien que les conditions de taxations intermédiaires pour "cessation temporaire d'activité" et pour "réduction du taux d'activité" ne soient pas remplies, suivant l'intensité cumulée de ces évènements (durée du congé non payé, ampleur de la diminution du taux d'activité et laps de temps pendant lequel la diminution du taux est effective), il apparaît nécessaire de trouver une solution. On rappelle à cet égard que la solution retenue pour l'interruption temporaire de l'activité lucrative d'au moins 6 mois équivaut économiquement à une réduction du taux d'activité de 50% sur une année ou de 25% sur 2 ans (Ch. III. De la directive du 7 octobre 2002).
Enfin, parmi les divers évènements qui peuvent se succéder pendant les années de la brèche (congé non payé d'une durée inférieure à 6 mois consécutifs, réduction du taux d'activité n'atteignant pas 25% sur 2 ans), peut apparaître une ou plusieurs périodes de chômage indemnisé laquelle (lesquelles) ne répond(ent) pas à la condition des 6 mois consécutifs. Dès lors que les indemnités de chômage correspondant en règle générale à 70%/80% du salaire, la diminution de capacité contributive découlant de la situation de chômage d'une durée de moins de 6 mois consécutifs est moindre que dans les deux exemples exposés ci-dessus. Cette considération explique l'appréciation plus sévère de la circonstance du chômage indemnisé dans le cadre de la taxation intermédiaire pour "motif mixte" (voir ci-après).
Le principe de la taxation intermédiaire pour "motif mixte":
En présence de plusieurs évènements en 2001-2002 dont aucun ne remplit les conditions des taxations intermédiaires pour "cessation temporaire d'activité" ou pour "chômage" ou encore pour "réduction du taux d'activité", ou dont l'un au moins remplit les conditions de la TI, il convient d'analyser la situation sous l'angle de la taxation intermédiaire pour "réduction du taux d'activité" (soit baisse moyenne du taux de 25% sur 2 ans) en considérant que:
- l'arrêt (ou les arrêts) d'activité non rémunéré équivaut à une réduction du taux d'activité à zéro,
et que
- la période (ou les périodes) de chômage indemnisé est comptée pour un taux d'activité à 100% dans la mesure où les allocations de chômage indemnisent la perte d'un emploi exercé à 100%.
En d'autres termes, la période de chômage équivaut au 100% du taux antérieur d'activité que les allocations de chômage remplacent."
Commentant ces exemples, les recourants critiquent l'argument invoqué par l'autorité intimée pour refuser un assouplissement des conditions de la taxation intermédiaire en cas de chômage indemnisé qui ne remplit pas la condition des six mois consécutifs. Il est vrai que l'argument ne vaut que pour autant que les indemnités de chômage couvrent effectivement les 70 ou 80% du salaire. Or, l'autorité intimée – comme le soulignent les recourants – a omis de tenir compte dans son raisonnement du plafonnement légal des indemnités de chômage qui peut aboutir à des situations où la diminution de la capacité contributive découlant de la situation de chômage du contribuable est plus élevée, voire sensiblement plus élevée, que dans les deux premiers exemples mentionnés dans les instructions internes.
Dans le cas particulier, durant les années 1999/2000, le recourant a perçu un revenu net total, indemnité de départ non comprise, de 306'876 fr. (159'741 fr. [revenu d'activité lucrative pour l'année 1999: pièce 10] + 220'945 fr. [revenu d'activité lucrative pour l'année 2000: pièce 11] – 92'568 fr. [indemnité de départ: pièce 11] + 18'758 fr. [indemnités de chômage pour la période d'octobre à décembre 2000: pièce 4]), soit une moyenne mensuelle de 12'786 fr. 50; durant la période de brèche de calcul, le recourant a perçu un revenu net total de 192'389 fr. 20 (34'084 fr. [indemnités de chômage pour les mois de janvier à avril, puis août 2001: pièce 5] + 28'897 fr. [indemnités de chômage pour les mois de mai à août 2002: pièce 6] + 34'939 fr. [revenu d'activité lucrative pour la période de mai à juillet 2001: pièce 7] + 26'677 fr. 80 [revenu d'activité lucrative pour la période de septembre à décembre 2001: pièce 8] + 26'733 fr. 40 [revenu d'activité lucrative pour la période de janvier à avril 2002: pièce 9] + 41'058 fr. [revenu d'activité lucrative pour la période de septembre à décembre 2002: pièce 12]), soit une moyenne mensuelle de 8'016 fr. 20. Le recourant a ainsi vu son revenu mensuel net diminuer de 37% durant la brèche de calcul. Il s'est trouvé par conséquent dans une situation économique plus défavorable que celle, par exemple, du contribuable qui aurait interrompu son activité lucrative en 2001 et 2002 pendant une période totale de six mois en prenant deux congés non payés et non consécutifs (situation qui correspond économiquement à une diminution de capacité contributive de 25% sur deux ans). Cette diminution de revenu est ici quelque peu corrigée par une légère hausse des gains de l'épouse (qui passent en moyenne par période de 48'994 fr. en 1999-2000 à 60'389 fr. en 2001-2002), mais en dépit de cette hausse, la diminution du revenu global des époux demeure néanmoins encore supérieure à 25%.
c) La réduction du taux d'activité correspondant à 25% sur deux ans – prévue par la directive comme l'une des situations qui requièrent une taxation intermédiaire (ch. 3 des mesures citées ci-dessus, consid. 3 e) – doit nécessairement s'accompagner d'une diminution correspondante du revenu réalisé. Seule cette acception entre dans la logique du système de la taxation intermédiaire, qui vise à corriger les effets d'une modification des bases de calcul des éléments du revenu ou de la fortune imposable (cf. art. 80 let. b, d et 81 al. 2 LI; art. 45 let. b et 46 al. 2 LIFD). Les exemples cités par les instructions internes pour illustrer les "motifs mixtes" qui justifient un assouplissement des conditions de la taxation intermédiaire mettent clairement en lumière le rapport qui doit exister entre réduction du taux d'activité (ou son interruption temporaire) et la diminution effective de la capacité contributive qui s'ensuit. En effet, l'interruption de l'activité lucrative sur une période totale de six mois (non consécutifs) ou la cessation temporaire de l'activité lucrative sur moins de six mois, combinée avec une réduction du taux d'activité, donne droit à une taxation intermédiaire, dès lors que le contribuable voit sa capacité contributive réduite d'au moins 25% sur deux ans. Cela étant, on ne voit pas le motif pertinent qui justifierait le refus de la taxation intermédiaire au contribuable qui, comme les recourants, subit une réduction de revenu net supérieur à 25% sur deux ans. La différence de traitement à laquelle aboutit la décision attaquée conduit dès lors à un résultat qui contrevient au principe de l'égalité de traitement, sans que cette disparité soit justifiée par des motifs objectifs.
d) Fondées sur les instructions internes d'application de la directive du 7 octobre 2002 du Département des finances, les considérations développées ci-dessus valent pour l'impôt cantonal et communal. Elles ne s'appliquent pas en matière d'impôt fédéral direct; les instructions internes le précisent: les assouplissements aux règles de la taxation intermédiaire envisagés sous la rubrique "motif mixte" n'ont de portée qu'en droit cantonal et communal. Il s'ensuit qu'en matière d'impôt fédéral direct, les conditions d'une taxation intermédiaire ne sont pas réalisées dans la brèche de calcul 2001-2002, pas plus qu'elles ne l'étaient dans la période 1999-2000.
5. En matière d'impôt cantonal et communal, les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation de la décision attaquée, en tant seulement qu'elle porte sur la période fiscale 2001-2002. Le dossier sera retourné à l'autorité intimée pour qu'elle procède à une taxation intermédiaire avec effet au 1er janvier 2001. En matière d'impôt fédéral direct, le recours est rejeté. Vu l'issue du litige, l'émolument de justice réduit qui devrait être mis à la charge des recourants peut être compensé avec les dépens également réduits auxquels ils peuvent prétendre de la part de l'Etat. Les frais seront ainsi laissés à la charge de l'Etat, qui en contrepartie ne versera pas de dépens aux recourants.
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est partiellement admis.
II. En matière d'impôt communal et cantonal:
La décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 31 mai 2007 est annulée, en tant qu'elle porte sur la période fiscale 2001-2002.
III. En matière d'impôt fédéral direct:
La décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 31 mai 2007 est confirmée.
IV. L'arrêt est rendu sans frais, ni dépens.
Lausanne, le 17 mars 2009
Le président: Le greffier:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.