BERNET/Service du développement territorial, Commission foncière rurale Section I | Recours contre une décision du SDT exigeant la restitution de subventions AF à la suite d'une autorisation LAT de transformer l'étable à vaches en écurie pour chevaux de loisirs. L'obligation de rembourser incombe au propriétaire qui opère le premier acte de désaffectation. Ici, ce premier acte consiste dans la décision - bien antérieure - de la CFR acceptant de faire inscrire au Registre foncier une mention de non-assujettissement à la LDFR au sens de l'art. 86 al. 1 let. b LDFR, au motif que, selon les propriétaires de l'époque, la parcelle avait été "sortie du domaine agricole" et n'avait "plus de caractère agricole". L'obligation de rembourser aurait dû dès lors être mise à la charge de ces anciens propriétaires. Peu importe que la mention AF ait subsisté au moment de l'achat ou que le SDT n'ait appris la désaffectation qu'à l'occasion de la demande d'autorisation de construire, étant relevé sur ce dernier point que la CFR avait omis de procéder à la coordination LDFR/LAT exigée par l'art. 4a ODFR. Recours admis.
Volltext
TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 11 avril 2011
Composition
Mme Danièle Revey, présidente; MM. Cédric Stucker et Antoine Rochat; Mme Nathalie Neuschwander, greffière.
recourant
André BERNET, à Brenles,
autorité intimée
Service du développement territorial (SDT), à Lausanne
Objet
Améliorations foncières
Recours André BERNET c/ décision du 20 janvier 2010 du SDT (restitution de subventions AF)
Vu les faits suivants
A. Le 15 janvier 1981 a été constitué le Syndicat d'améliorations foncières n° 2520 de Brenles. Selon l'art. 3 de ses statuts, le syndicat avait pour but la construction et l'équipement de chemins, la réalisation de travaux d'assainissement, l'aménagement des parcelles et l'adaptation des limites suite à l'exécution des travaux. Ces ouvrages concernaient notamment la parcelle 261, de 3'300 m2, comprenant une habitation avec dépendance (ECA n° 104) de 557 m2.
Le 13 octobre 1981, le syndicat précité a requis du Registre foncier l'inscription de la mention "Améliorations foncières", en abrégé AF, entraînant les effets prévus par les art. 84 et 85 de la loi fédérale sur l'agriculture (alors l'ancienne loi, du 3 octobre 1951) et par l'art. 117 ch. 1 à 4 de la loi vaudoise sur les améliorations foncières (LAF; dans la version du 27 février 1963 de cette disposition, en vigueur à l'époque). Le Conservateur du Registre foncier a donné suite à cette requête et grevé la parcelle 261 de la mention AF n° 96905 le 23 avril 1982.
Du 12 au 23 décembre 1994 ont été mis à l'enquête publique l'adaptation des limites et des servitudes suite à l'exécution des travaux, le tableau correctif des surfaces et valeurs pour les parcelles touchées, les soultes, la répartition des frais et le plan des ouvrages exécutés. Le tableau de répartition des frais par propriétaire, du 25 novembre 1994, indique que la parcelle 261 précitée était alors propriété de Paul Jolles, auquel appartenait aussi d'autres biens-fonds pour une surface totale dépassant 119'000 m2. Une colonne du tableau précité intitulée "restitution des subventions" précise que la parcelle 261 a été subventionnée à concurrence de 2'163 fr. par la Confédération, 2'184 fr. par le Canton et 954 fr. par la Commune, soit 5'301 fr. au total.
Le versement du solde des subventions est intervenu le 21 avril 1997. Le Service des améliorations foncières (alors un service indépendant, devenu le 1er juillet 2007 la division "Améliorations foncières" du Service du développement territorial [SDT]) a demandé le 6 juin 1997 au Registre foncier de compléter dans ce sens la mention AF précitée n° 96905.
Entre-temps, la parcelle 261 a été colloquée en zone agricole A selon le plan général d'affectation et le règlement communal sur le plan général d'affectation et la police des constructions du 31 mai 1988, approuvé le 2 novembre suivant.
B. Le 17 décembre 2001, la succession de Paul Jolles a déposé auprès de la Commission foncière rurale (section I; ci-après: la CFR), un formulaire de requête "en vue de l'inscription d'une mention sur les immeubles non agricoles situés en dehors de la zone à bâtir qui ne sont pas régis par la loi fédérale sur le droit foncier rural (LDFR)". La requête se référait à l'art. 86 al. 1 let. b LDFR et était motivée exclusivement comme suit: "A la suite du décès de M. Paul Jolles, sa succession va mettre en vente la parcelle 261 de Brenles, qui a été sortie du domaine agricole. Dit immeuble n'a plus de caractère agricole. Annexes: désignation cadastrale, photocopie plan cadastral et 4 photos."
Le 21 décembre 2001, la CFR a accepté, selon la rubrique préimprimée figurant au pied du formulaire, de requérir du Registre foncier l'inscription de la mention sollicitée, sous réserve du droit de recours du Département de l'économie (DEC). Le DEC a déclaré le 9 janvier 2002, par le Service de l'agriculture, renoncer à faire usage de son droit de recours.
A la suite de la décision de la CFR précitée, il a été porté au Registre foncier le 23 mai 2002 la mention (2002/706/0) selon laquelle la parcelle 261 n'était pas soumise à la LDFR (ID.2002/000668).
C. Par acte du 23 décembre 2002, les cohéritiers de Paul Jolles ont convenu avec André Bernet d'une vente à terme et d'un droit d'emption portant sur la parcelle 261 de Brenles. Les conditions de la vente à terme comportent notamment la clause suivante:
"(…)
2.- L'acquéreur déclare en outre avoir parfaite et suffisante connaissance:
a) - b) (…)
c) de la mention intitulée "immeuble non soumis à la LDFR" dont il reprend également tous les droits et obligations en découlant, à l'entière décharge et libération des vendeurs,
d) de la mention "Améliorations foncières" inscrite sous numéros 96'905 de présentation dont il reprend de même les droits et obligations en découlant, à l'entière décharge et libération des vendeurs.
A ce sujet, l'acquéreur prend acte du fait que le paiement des frais et des subventions exigibles a eu lieu le premier juin mil neuf cent nonante-cinq, que ce syndicat d'améliorations foncières a été dissous le vingt-quatre février mil neuf cent nonante-huit et que la mention sera inscrite jusqu'au vingt et un avril deux mille dix-sept. (…)"
La propriété est passée à André Bernet le 7 février 2003.
D. Du 30 juin au 29 juillet 2009 a été mis à l'enquête publique le projet d'André Bernet tendant à la création de 4 box à chevaux - destinés au loisir - dans l'étable existante sur la parcelle 261. L'ouvrage étant situé hors des zones à bâtir, le SDT (par sa division "Hors zone à bâtir") a délivré le 17 août 2009 l'autorisation spéciale requise, sur la base de l'art. 24d al. 1bis de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire qui autorise des travaux de transformation dans les bâtiments et les parties de bâtiments inhabités s'ils permettent aux personnes qui habitent à proximité d'y détenir des animaux à titre de loisir dans des conditions particulièrement respectueuses, et en se référant à l'art. 42b de l'ordonnance fédérale sur l'aménagement du territoire.
E. Entre-temps, soit le 14 juillet 2009, le SDT (cette fois par sa division chargée des améliorations foncières) a écrit à André Bernet la lettre suivante:
" (…)
La construction d'un bâtiment non agricole (y compris le cas de transformation en un bâtiment non agricole) est considérée par la loi cantonale sur les améliorations foncières du 29 novembre 1961 comme une modification de l'affectation du sol. A ce titre, nous sommes tenus par la loi d'exiger le remboursement des subventions dont votre parcelle a bénéficié par l'intermédiaire du syndicat, en application de l'art. 114 LAF.
Pour votre parcelle, les subventions à restituer représentent à ce jour, un montant de Fr. 5'301.00.
Au cas où vous auriez acquis récemment votre parcelle, nous précisons que le remboursement des subventions est garanti par la mention "améliorations foncières" qui est inscrite au registre foncier et grève votre parcelle. C'est pourquoi, lors de notre intervention, nous sommes obligés de nous adresser au propriétaire actuel. Cas échéant, vous pouvez récupérer le montant du remboursement auprès de votre vendeur si les conditions retenues dans l'acte de vente le permettent.
Ne connaissant pas les circonstances particulières de cette modification de l'affectation du sol, nous vous laissons le soin de nous apporter des renseignements complémentaires qui vous paraîtraient utiles.
Sans nouvelles de votre part, nous nous permettrons de vous adresser notre décision relative à la restitution des subventions selon le montant mentionné ci-dessus, suite à la délivrance du permis de construire ou à l'immatriculation du bâtiment auprès du registre foncier. (…)"
André Bernet n'a pas donné suite à ce courrier.
Par décision du 20 janvier 2010, le chef du SDT a exigé d'André Bernet le remboursement de 3'688,60 fr. au titre de subventions reçues ensuite de modification de l'affectation du sol, en application de l'art. 114 LAF.
F. Par acte du 5 février 2010, André Bernet a saisi la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal d'un recours dirigé contre la décision précitée, concluant à son annulation. Il déposait un rapport de l'entreprise de charpente et de couverture du 4 juin 2009, qui témoignait de l'importance des travaux de rénovation nécessaires, ainsi qu'un courrier de son architecte du 11 juin 2009, qui attestait également de l'état de vétusté avancé du bâtiment. Il soulevait des vices de forme. Sur le fond, il affirmait que ni les travaux d'entretien nécessaires ni l'aménagement de l'écurie à vaches en box pour chevaux ne pouvaient être considérés comme une soustraction à la destination. Puis, le délai de vingt ans fixé pour le remboursement des subventions, courant selon lui dès le 23 avril 1982 (date de l'inscription de la mention AF), était expiré. Il soulignait enfin, en référence à l'art. 114 let. b LAF, que la "soustraction" à la destination pour laquelle les subventions avaient été octroyées, avait eu lieu le 23 mai 2002 (date de l'inscription de la mention de non-assujettissement à la LDFR) de sorte que c'est à ce moment-là que l'administration aurait dû exiger la restitution des subventions. Au plus tard du reste, l'autorité aurait dû réclamer cette restitution suite à la vente du 7 février 2003, l'art. 114 let. c LAF prévoyant un tel versement lorsqu'un bâtiment est revendu avec bénéfice. Sous l'angle de la bonne foi, l'autorité était ainsi à tard.
G. Dans sa réponse du 17 mars 2010, l'autorité intimée a conclu au rejet du recours. Elle a indiqué avoir réduit le montant du remboursement au vu du temps écoulé depuis le dernier versement, ainsi:
Calcul pro rata temporis
échéance:
21.04.2017
- 20 ans
21.04.1997
Permis:
30.06.2009
Différence
12 ans et 2 mois = 146 mois
Durée:
480 ./. 146 = 334 mois
CH = Fr. 2'163.00 x 334 = 1'510.10
480
VD = Fr. 2'184.00 x 334 = 1'519.70
480
Commune = Fr. 954 x 334 = 663.80
480
Total = Fr. 5301.00 3688.60
En d'autres termes, le SDT a considéré d'une part que le dies a quo du délai de vingt ans pendant lequel les subventions (pour un total de 5'301 fr.) devaient être remboursées était le 21 avril 1997, date du versement du solde des subventions. Le délai de vingt ans échait par conséquent le 21 avril 2017 et n'était donc pas écoulé. Il a retenu d'autre part que l'acte de désaffectation impliquant le remboursement consistait dans les travaux de transformation de l'étable, qu'il a datés du 30 juin 2009. Ainsi, compte tenu du rapport entre la durée d'utilisation effective de la subvention (du 21 avril 1997 au 30 juin 2009, soit 146 mois) et celle qui avait été prévue (de 40 ans, soit 480 mois), le montant à rembourser pro rata temporis atteignait encore 3'688,60 fr. (334 x 5301 / 480).
Pour le surplus, le SDT a relevé d'abord que le recourant ne pouvait ignorer que l'immeuble qu'il avait acquis était grevé d'une charge foncière (au sens des art. 116 et 117 al. 2 let. c LAF) garantissant le remboursement des subventions. Si le recourant n'avait pas jugé utile de s'inquiéter de la situation, il ne pouvait en faire le reproche au service qui n'avait pas eu connaissance d'un changement d'affectation antérieur.
Puis, l'autorité intimée rappelait que lorsque le canton autorisait la désaffectation, il décidait simultanément de la restitution des contributions. En l'espèce, l'autorisation correspondant à un changement d'affectation était celle délivrée à l'occasion de la modification du rural et à sa réaffectation à une activité non agricole, soit à la garde de chevaux de loisirs. Le SDT précisait: "à notre connaissance, cette autorisation n'a été précédée d'aucune autre qui ait concrétisé un changement de destination de l'immeuble. (…) [En particulier], la décision de la commission foncière I s'agissant d'un désassujettissement de l'immeuble à la LDFR n'avait pas pour effet de modifier le statut de l'immeuble concerné du point de vue du droit de l'aménagement du territoire ou du droit des constructions. Dans ces circonstances, les travaux de constructions entamés par le recourant marquent la désaffectation et ont pour effet que l'autorité peut et doit - exiger le remboursement. (…) [Le fait que les immeubles précités] aient été déclarés non-assujettis à la LDFR ne voulait encore pas dire qu'ils aient directement été destinés à un autre usage que celui réservé par la zone."
Enfin, l'autorité intimée soulignait qu'avec "l'autorisation de construire délivrée, l'immeuble du recourant perd toute vocation agricole. En particulier, les alentours sont trop exigus ou boisés pour être susceptibles d'être voués à l'agriculture". A cet égard, le SDT précisait qu'une vue aérienne du bien-fonds concerné permettait de conclure que les alentours des constructions en cause n'avaient plus vocation agricole, de sorte qu'il convenait de conclure à un changement d'affectation de l'entier de l'immeuble.
De son côté, le recourant a déposé des observations et des pièces complémentaires le 22 avril 2010.
H. Le 19 mai 2010, le SDT a confirmé, renseignements pris auprès de la CFR, qu'aucune demande antérieure (de partage matériel ou de morcellement) à celle du 17 décembre 2001 n'avait été faite auprès de cette commission. Par ailleurs, aucune coordination conforme à l'art. 4a al. 1 de l'ordonnance fédérale sur le droit foncier rural n'ayant été faite à ce moment-là par la commission, il n'avait pas été amené à se prononcer sur le partage matériel ou sur la division du domaine agricole de feu Paul Jolles.
Par avis de la juge instructrice du 25 juin 2010, la CFR a été invitée à participer à la procédure et interpellée sur les motifs l'ayant conduite à renoncer à appliquer l'art. 4a de l'ordonnance fédérale sur le droit foncier rural. Le 9 juillet 2010, la commission a expliqué qu'à l'époque (soit lors de sa décision du 21 décembre 2001), elle renonçait à appliquer l'art. 4a ODFR "à moins qu'elle ne constate que le bâtiment incriminé ait été construit sous la LAT". Pour le surplus, elle rappelait que sa décision du 21 décembre 2001 n'avait pas fait l'objet d'un recours du DEC.
Le 14 juillet 2010, le SDT a produit de nouvelles pièces. A la requête du tribunal, la Municipalité de Brenles a déposé copie du permis de construire délivré par ses soins le 1er septembre 2009.
Le tribunal a ensuite statué.
Considérant en droit
1. A ce stade, le recourant a abandonné les griefs formels dirigés contre la décision incriminée.
Sur le fond, les parties sont divisées d'abord sur le point de savoir si l'aménagement d'une étable pour vaches en box pour chevaux constitue une désaffectation justifiant un motif de restitution des subventions AF. Cas échéant, le recourant soutient ensuite qu'une telle désaffectation était déjà intervenue lors de la soustraction de la parcelle 261 au régime de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11), selon la mention inscrite le 23 mai 2002 au Registre foncier, alors que la parcelle appartenait aux cohéritiers de Paul Jolles, subsidiairement lors de la vente de la parcelle le 7 février 2003. Enfin, les périodes déterminantes pour le calcul du montant de la restitution sont également contestées entre les parties.
La somme réclamée de 3'688,60 fr. correspondant à la restitution des subventions fédérales, cantonales et communales, il sied d'examiner la législation sous ces trois angles, en gardant à l'esprit qu'il s'agit en l'espèce d'un bien-fonds en zone agricole, comportant un bâtiment rural.
2. Les subventions fédérales
a) Dans le Titre 5 "Amélioration des structures", l'art. 93 de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture (LAgr; RS 910.1; loi ainsi postérieure à l'octroi des contributions dont le remboursement est demandé) prévoit que, dans la limite des crédits approuvés, la Confédération octroie des contributions pour des améliorations foncières (al. 1 let. a). Ses art. 102 et 104 disposent en outre - sous la section 3 "préservation des structures améliorées" ce qui suit:
Art. 102 Interdiction de désaffecter et de morceler
1 Les immeubles, les ouvrages, les installations et les bâtiments ruraux ayant fait l’objet de contributions de la Confédération ne doivent pas être utilisés à des fins autres qu’agricoles pendant les 20 ans qui suivent le versement du solde des contributions fédérales; en outre, les terrains ayant été compris dans le périmètre d’un remaniement parcellaire ne doivent pas être morcelés.
2 Celui qui contrevient à l’interdiction de désaffecter et de morceler doit rembourser les contributions reçues de la Confédération et réparer les dommages causés par la désaffectation ou le morcellement.
3 Le canton peut autoriser des dérogations à l’interdiction de désaffecter et de morceler lorsque des motifs importants le justifient. Il décide si les contributions doivent être restituées intégralement ou en partie ou s’il renonce au remboursement.
Art. 104 Mention au registre foncier
1 L’interdiction de désaffecter et de morceler, le devoir d’entretien et d’exploitation, ainsi que l’obligation de rembourser les contributions font l’objet d’une mention au registre foncier.
2 -3 (…)
L'ancienne loi fédérale du 3 octobre 1951 sur l'agriculture disposait de même, à ses art. 84 et 85 dans leur version en vigueur à l'époque de l'AF litigieuse et jusqu'à l'entrée en vigueur de la nouvelle loi, ce qui suit:
(a)Art. 84
1 Les travaux d'améliorations foncières exécutés et les bâtiments construits à l'aide de contributions fédérales sont soumis au régime de l'interdiction de désaffectation, à la surveillance de la Confédération et des cantons, ainsi qu'à l'obligation d'entretien et d'exploitation.
2 L'interdiction de désaffectation, l'obligation d'entretien et d'exploitation, ainsi que l'obligation de rembourser font l'objet d'une mention au registre foncier (…)
3 La Confédération détermine les cas dans lesquels il peut être dérogé à l'obligation de faire mention.
(a)Art. 85
1 Sans le consentement de l'autorité cantonale compétente, les immeubles améliorés à l'aide de contributions publiques et les ouvrages de colonisation ainsi créés ne peuvent, dans les vingt ans qui suivent le versement des subsides, être soustraits à l'affectation qui en a motivé l'allocation.
2 Le propriétaire qui contrevient à cette disposition doit rembourser les contributions reçues de la Confédération et réparer tout le dommage causé en détournant l'immeuble ou l'ouvrage de son affectation.
3 L'autorité ne peut donner son consentement que pour de justes motifs.
4 Si elle le fait, elle peut dispenser l'intéressé du remboursement total ou partiel des contributions.
L'ordonnance du 7 décembre 1998 sur les améliorations structurelles dans l'agriculture (ordonnance sur les améliorations structurelles; OAS, RS 913.1; qui a remplacé l'ordonnance du 14 juin 1971 concernant l'octroi de subsides en faveur des améliorations foncières et des bâtiments ruraux, modifiée en particulier le 25 juin 1975) précise la notion de "désaffectation" ("Zweckentfremdung"), sa portée et ses conséquences, ainsi:
Art. 35 Interdiction de désaffecter et de morceler
1 Par désaffectation, on entend notamment:
a. la construction de bâtiments sur des terres cultivées ou l’utilisation de ces dernières ou de bâtiments ruraux à des fins non agricoles;
b. l’abandon de l’utilisation agricole de bâtiments ayant bénéficié d’une aide, y compris la diminution de la base fourragère, si les conditions requises pour l’octroi d’une aide définies à l’art. 3 ou 10 ne sont plus remplies de ce fait;
c.-d. (…)
2 Ne sont pas assujetties à l’interdiction de désaffecter les parcelles qui, au moment de l’octroi de l’aide, n’étaient pas affectées à l’exploitation agricole ou qui ont été attribuées à une utilisation non agricole dans le cadre du projet.
3 (…)
4 L’interdiction de désaffecter prend effet au moment de l’octroi d’une contribution, celle de morceler au moment de la prise de possession des nouveaux immeubles.
5 L’interdiction de désaffecter et l’obligation de restituer les contributions prennent fin 20 ans après le versement du solde de la contribution fédérale.
Art. 36 Dérogations à l’interdiction de désaffecter et de morceler
Sont notamment considérés comme motifs importants justifiant l’autorisation de désaffecter et de morceler:
a. (…)
b. une autorisation de construire exécutoire délivrée en vertu de l’art. 24 de la loi du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire;
c. - d (…)
Art. 37 Remboursement de contributions en raison de désaffectations et de morcellements
1 Lorsque le canton autorise la désaffectation ou le morcellement, il décide simultanément de la restitution des contributions.
2 - 4 (…)
5 Le montant à rembourser est fixé notamment en fonction:
a. de la surface désaffectée;
b. de l’importance de l’utilisation non agricole, et
c. du rapport entre la durée d’utilisation effective et celle qui avait été prévue (art. 29, al. 1, de la loi du 5 oct. 1990 sur les subventions.
6 La durée d’affectation prévue est la suivante:
a. améliorations foncières 40 ans;
b. - c. (…)
b) La loi fédérale du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités (loi sur les subventions; LSu; RS 616.1) dispose à son art. 29 al. 1, auquel renvoie l'art. 37 al. 5 OAS:
Art. 29 Aides, désaffectation et aliénation
1 Lorsqu’un bien immobilier (immeuble, construction, autre ouvrage) ou mobilier pour lequel une aide a été versée est désaffecté ou aliéné, l’autorité compétente exige la restitution de l’aide. Le montant à restituer est fonction de la relation entre d’une part la durée pendant laquelle l’allocataire a effectivement utilisé le bien conformément à l’affectation prévue et, d’autre part, la durée d’affectation qui avait été fixée. Le montant à restituer peut être réduit en cas de rigueurs excessives.
2 - 3 (…)
c) Enfin, en application de ces dispositions, le canton de Vaud a édicté l'art. 114 al. 1 de la loi vaudoise du 29 novembre 1961 sur les améliorations foncières (LAF; RSV 913.11), qui prévoit:
Art. 114 Restitution des subventions
Le département exige le remboursement total ou partiel des subventions cantonales et fédérales accordées à titre d'améliorations foncières, et les communes les subventions qu'elles ont versées, pendant vingt ans à partir du versement des dernières subventions:
a. lorsqu'un bien-fonds est morcelé;
b. lorsqu'un bien-fonds ou un bâtiment est soustrait à la destination pour laquelle les subventions ont été octroyées;
c. lorsqu'un bâtiment est revendu avec bénéfice;
d. en cas de non-respect d'une condition de subventionnement.
On relèvera en passant que dans sa version initiale de 1961, en vigueur jusqu'à la modification du 27 mai 1987, l'alinéa d de l'art. 114 mentionnait non pas le non-respect d'une condition de subventionnement mais "lorsqu'un bien-fonds est soustrait à l'application de la législation immobilière agricole".
De même, les art. 29 et 30 de la loi vaudoise du 22 février 2005 sur les subventions (LSubv; RSV 610.15) disposent:
Art. 29 Suppression ou réduction des subventions En général
1 L'autorité supprime ou réduit la subvention ou en exige la restitution totale ou partielle:
a. lorsque le bénéficiaire n'utilise pas la subvention de manière conforme à l'affectation prévue,
b. lorsque le bénéficiaire n'accomplit pas ou accomplit incorrectement la tâche subventionnée,
c. lorsque les conditions ou charges auxquelles la subvention est subordonnée ne sont pas respectées ou
d. lorsque les subventions ont été accordées indûment, que ce soit sur la base de déclarations inexactes ou incomplètes ou en violation du droit.
2.-3 (…)
Art. 30 Désaffectation et aliénation
1 Lorsque les biens mobiliers ou immobiliers pour lesquels les subventions ont été accordées sont aliénés ou désaffectés, l'autorité compétente exige la restitution totale ou partielle des subventions. Le montant à restituer tient compte, d'une part, de la durée pendant laquelle le bénéficiaire a effectivement utilisé le bien conformément à l'affectation prévue et, d'autre part, de la durée qui avait été fixée lors de l'octroi de la subvention.
2 Le bénéficiaire informe sans tarder et par écrit l'autorité compétente de toute désaffectation ou aliénation.
3 (…)
L'autorité compétente pour autoriser le morcellement et le changement de destination de biens-fonds ou bâtiments améliorés au sens des art. 112 et 113 LAF, ainsi que pour requérir la restitution des subventions en application de l'art. 114 LAF est actuellement le chef du SDT, par délégation du DEC.
Les subventions cantonales
3. Outre l'art. 114 déjà exposé ci-dessus, la LAF prévoit ce qui suit à ses art. 8, 113, 116 et 117:
Art. 8 Principe
1 L'Etat peut encourager par des subventions la réalisation des buts figurant sous article 1.
2 - 3 (…)
Art. 113
1 Sans l'autorisation du département, les biens-fonds ou les bâtiments améliorés à l'aide de contributions allouées à titre d'améliorations foncières ne peuvent, dans les vingt ans qui suivent le versement des subventions, être soustraits à la destination pour laquelle les subventions ont été octroyées.
2 Cette autorisation ne peut être donnée que pour de justes motifs. Elle peut être subordonnée à l'adoption d'un plan d'affectation prévu par la LATC.
3 Les dispositions de la LATC sont réservées.
Art. 116
1 Le remboursement des subsides fédéraux, cantonaux et communaux est garanti par une charge foncière de droit public, conformément au code de droit privé judiciaire vaudois.
2 La durée de la charge est de vingt ans à partir de la date du versement du solde de la subvention cantonale ou fédérale.
Art. 117 Inscription et contenu
1 Dès la constitution du syndicat, le comité de direction requiert l'inscription d'une mention «améliorations foncières», grevant tous les biens-fonds compris dans le périmètre provisoire du syndicat. Dès que le périmètre est définitivement fixé, le comité de direction requiert les compléments ou les radiations de mention nécessaires, de telle sorte que tous les biens-fonds compris dans le périmètre définitif des opérations, et seulement ceux-ci, soient grevés de la mention «améliorations foncières».
2 Cette mention signale:
a. que les biens-fonds grevés sont obligatoirement englobés dans l'entreprise jusqu'à la dissolution du syndicat;
b. que les biens-fonds sont soumis aux restrictions du droit de disposer dans les conditions de l'article 54 de la présente loi;
c. que les biens-fonds du nouvel état de propriété sont grevés d'une charge foncière de droit public garantissant le remboursement des subventions.
L'art. 113 est resté, pour la portée ici topique, inchangé depuis sa version initiale. Il en va de même, pour l'essentiel, de l'art. 117.
Les subventions communales
4. S'agissant des subventions communales, on se bornera à renvoyer à l'art. 114 LAF selon lequel, notamment, les communes exigent le remboursement total ou partiel des subventions qu'elles ont versées, pendant vingt ans à partir du versement des dernières subventions, en particulier lorsqu'un bien-fonds ou un bâtiment est soustrait à la destination pour laquelle les subventions ont été octroyées.
En résumé
5. Les dispositions qui précèdent peuvent être résumées de la manière suivante.
a) Les immeubles ayant fait l'objet d'améliorations foncières subventionnées par la Confédération, le canton ou la commune, destinées à améliorer les conditions d'agriculture, soit d'exploitation ou d'utilisation du sol, ne doivent pas être utilisés à des fins autres qu'agricoles pendant les 20 ans qui suivent le versement du solde des contributions (art. 102 al. 1 LAgr, art. 84 et 85 aLAgr, art. 35 al. 5 OAS, art. 113 al. 1 et 114 al. 1 LAF). Selon les diverses terminologies adoptées, il est ainsi interdit de les désaffecter (art. 102 al. 2 LAgr) et de les soustraire à l'affectation qui a motivé l'allocation des subventions (art. 89 al. 2 aLAgr, art. 113 al. 1 et 114 let. b LAF), notamment d'utiliser les bâtiments ruraux à des fins non agricoles (art. 35 al. 1 let. a OAS).
b) Avant l'échéance du délai de 20 ans, le canton peut néanmoins autoriser, pour les subventions fédérales ou cantonales, des dérogations à l'interdiction de désaffecter lorsque des motifs importants (ou de "justes motifs") le justifient. Dans l'affirmative, il décide simultanément si les contributions doivent être restituées intégralement, partiellement ou s'il renonce au remboursement (art. 102 al. 3 LAgr, art. 85 aLAgr, art. 37 al. 1 OAS, art. art. 113 al. 2 et 114 al. 1 LAF, art. 30 al. 1 LSubv). Est en particulier considérée comme un motif important une autorisation de construire exécutoire délivrée en vertu de l'art. 24 LAT (art. 36 let. b OAS).
Le montant à rembourser est fixé notamment en fonction de la surface désaffectée, de l'importance de l'utilisation non agricole, et du rapport entre, d'une part, la durée pendant laquelle le bénéficiaire a effectivement utilisé le bien conformément à l'affectation prévue et, d'autre part, la durée qui avait été fixée lors de l'octroi de la subvention (art. 37 al. 5 OAS, art. 29 al. 1 LSu et art. 30 LSubv). Pour les améliorations foncières, cette durée est de 40 ans (art. 37 al. 6 let. a OAS).
Selon le document "Commentaire et instructions" de l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) du 1er janvier 2009 relatif à l'OAS (ad art. 37 al. 5 et 6), la durée d'affectation fixée (de 40 ans pour les AF) étant plus longue que l'interdiction de désaffecter (limitée à 20 ans), le montant à restituer est réduit de 1/40 (2,5%) par année d'utilisation effective pour les améliorations foncières. Après 20 ans, l'obligation de rembourser les contributions est dès lors caduque. Le calcul au prorata du temps pour la contribution fédérale s'applique aussi aux ouvrages qui ont bénéficié d'une contribution en vertu de l'ancien droit, si la désaffectation a été autorisée après le 1er janvier 1999.
Par ailleurs, pour savoir si le bâtiment a été soustrait à la destination pour laquelle les subventions ont été octroyées, au sens de l'art. 114 let. b LAF, il faut déterminer si la parcelle avait encore vocation agricole au moment où les subventions ont été accordées (AF.2001.0010 du 29 juin 2005 consid. 4b, selon lequel lorsque le syndicat a accompli des travaux dont il savait, ou devait savoir d'emblée que la parcelle en bénéficiant n'avait plus vocation agricole, il ne peut ensuite guère prétendre que le bien-fonds aurait été soustrait à la destination pour laquelle ces subventions ont été octroyées, question laissée indécise dans l'arrêt; voir aussi AF.2004.0001 du 8 novembre 2004 consid. 4b retenant que selon l'art. 35 al. 2 OAS, les parcelles qui, au moment de l'octroi de l'aide, n'étaient pas affectées à l'exploitation agricole ne sont pas assujetties à l'interdiction de désaffecter; idem AF.1994.0015 du même jour).
En l'espèce
6. La parcelle 261, sise en zone agricole et comportant un bâtiment rural, a bénéficié d'améliorations foncières (construction et équipement de chemins notamment) ainsi que de subsides fédéraux, cantonaux et communaux y relatifs, pour un montant total de 5'301 fr., dont le solde a été versé le 21 avril 1997. Le délai de 20 ans d'interdiction de désaffectation court ainsi dès cette date (et non pas, comme le soutient le recourant, dès la date d'inscription de la mention AF en 1982), partant écherra le 21 avril 2017.
La parcelle a néanmoins bénéficié d'une autorisation de désaffectation anticipée, au sens de l'art. 36 let. b OAS, par l'octroi d'une autorisation de construire exécutoire fondée sur l'art. 24 LAT, en été 2009. Contrairement à ce qu'affirme le recourant, les travaux effectués ne relèvent pas d'une utilisation agricole: il n'est pas agriculteur et les chevaux qu'il entend abriter sur la parcelle 261 sont destinés exclusivement aux loisirs. En ce sens, l'aménagement de l'étable à vaches en écurie pour chevaux consiste bel et bien en une désaffectation. C'est ainsi à juste titre que le SDT a délivré son autorisation spéciale non pas en application des art. 16 et 22 LAT (construction conforme à la zone agricole), mais de l'art. 24d LAT (détention d'animaux à titre de loisirs).
Une autorisation de désaffectation ayant été accordée avant l'échéance du délai de 20 ans, le canton était ainsi autorisé à réclamer le remboursement des subsides versés, en fonction des critères précités (surface désaffectée, importance de l'utilisation non agricole, rapport entre durée d'utilisation effective et durée prévue). En l'espèce, la parcelle 261 a été désaffectée dans toute sa surface et il n'y subsiste plus aucune activité agricole. Le seul facteur de réduction du montant à rembourser est ainsi la durée d'utilisation effective, depuis le 21 avril 1997 jusqu'à la transformation de l'étable. En ce sens, les calculs effectués par le SDT sont corrects sur le principe, hormis que le changement d'affectation ne semble pas être survenu le 30 juin 1999, date de la transmission de la demande de permis par la CAMAC au SDT, respectivement date du début de l'enquête publique, mais le 1er septembre 2009, date du permis de construire exécutoire communiqué au recourant (avec la synthèse CAMAC du 17 août 2009) par la municipalité. Dans cette hypothèse, le remboursement équivaudrait à 3'666,50 fr. (5'301 x 332 / 480), au lieu de 3688,60 fr. (5'301 x 334 / 480). Ce dernier point souffre néanmoins de rester indécis, dès lors que la décision doit de toute façon être annulée dans son principe (cf. consid. 7 infra).
Pour le même motif, la question de savoir si la parcelle 261 avait encore vocation agricole au moment où les subventions ont été allouées (cf. art. 35 al. 2 OAS) peut également rester ouverte.
7. a) Il reste à examiner la question décisive, soit celle de savoir si, comme le soutient le recourant, la parcelle avait déjà été désaffectée avant l'été 2009 par la décision de la CFR du 21 décembre 2001 requérant du Registre foncier l'inscription d'une mention de non-assujettissement à la LDFR au sens de l'art. 86 al. 1 let. b LDFR, voire par l'inscription de la mention au Registre foncier le 23 mai 2002, dans tous les cas alors que la parcelle appartenait à la succession de Paul Jolles.
En effet, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (ATF 101 Ib 198), l'obligation de rembourser incombe au propriétaire qui opère le premier acte de désaffectation. Dans cette affaire, le canton en cause avait réclamé le remboursement des subsides versés pour la mise en œuvre d'un remaniement parcellaire à l'acquéreur d'un terrain morcelé après le remaniement. Le Tribunal fédéral a considéré toutefois que le service cantonal en question aurait dû percevoir le remboursement auprès des aliénateurs, qui avaient procédé au premier acte de désaffectation en faisant morceler le terrain remanié en vue de le vendre comme parcelles à bâtir, puis faire radier la mention AF après ce remboursement, afin que le nouvel acquéreur puisse user de son terrain sans les restrictions découlant du remaniement parcellaire.
b) Les art. 2, 6, 58, 60, 84 et 86 LDFR disposent:
Art. 2 Champ d’application général
1 La présente loi s’applique aux immeubles agricoles isolés ou aux immeubles agricoles faisant partie d’une entreprise agricole:
a. qui sont situés en dehors d’une zone à bâtir au sens de l’art. 15 de la loi du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire, et
b. dont l’utilisation agricole est licite.
2 La loi s’applique en outre:
a. (…)
d. aux immeubles à usage mixte, qui ne sont pas partagés en une partie agricole et une partie non agricole.
3 La loi ne s’applique pas aux immeubles de moins de 15 ares pour les vignes, ou de moins de 25 ares pour les autres terrains, qui ne font pas partie d’une entreprise agricole.
Art. 6 Immeuble agricole
1 Est agricole l’immeuble approprié à un usage agricole ou horticole.
2 (…)
Art. 58 Interdiction de partage matériel et de morcellement
1 Aucun immeuble ou partie d’immeuble ne peut être soustrait à une entreprise agricole (interdiction de partage matériel).
2-3 (…)
Art. 60 Autorisations exceptionnelles
1 L’autorité cantonale compétente autorise des exceptions aux interdictions de partage matériel et de morcellement quand:
a. l’entreprise ou l’immeuble agricole est divisé en une partie qui relève du champ d’application de la présente loi et en une autre qui n’en relève pas;
b. - i. (…)
2 (…)
Art. 84 Décision de constatation
Celui qui y a un intérêt légitime peut en particulier faire constater par l’autorité compétente en matière d’autorisation si:
a. une entreprise ou un immeuble agricole est soumis à l’interdiction de partage matériel, à l’interdiction de morcellement, à la procédure d’autorisation ou au régime de la charge maximale;
b. l’acquisition d’une entreprise ou d’un immeuble agricole peut être autorisée.
Art. 86 Mention au registre foncier
1 Font l’objet d’une mention au registre foncier:
a. les immeubles agricoles situés dans la zone à bâtir qui sont régis par la présente loi (art. 2);
b. les immeubles non agricoles situés en dehors de la zone à bâtir qui ne sont pas régis par la présente loi (art. 2).
2 Le Conseil fédéral détermine les exceptions à l’obligation de mentionner et règle les conditions auxquelles une mention est radiée d’office.
c) Ainsi, selon son art. 2 al. 1, la LDFR s'applique aux immeubles agricoles isolés (d'au moins 2'500 m2) ou aux immeubles faisant partie d'une entreprise agricole, qui sont situés en dehors d'une zone à bâtir (let. a), et dont l'usage agricole est licite (b). L'immeuble agricole est un immeuble approprié à un usage agricole ou horticole (art. 6 al. 1er LDFR). Le champ d'application de la LDFR comprend aussi des immeubles à usage mixte, qui ne sont pas partagés en une partie agricole et une partie non agricole (art. 2 al. 2 let. d LDFR).
En d'autres termes, le champ d'application de la loi se définit avant tout au vu de la zone dans laquelle l'immeuble est colloqué, indépendamment de sa nature et de son usage réels. Cependant, s'agissant plus particulièrement, comme en l'espèce, des biens-fonds situés en zone agricole, ce n'est que s'ils sont effectivement appropriés à un usage agricole ou horticole que leur assujettissement à la LDFR a un sens. Ainsi, des terrains situés en zone agricole, mais dont aucune utilisation concrète pour l'agriculture n'est envisageable, compte tenu de leurs caractéristiques particulières, ne sont pas soumis au champ d'application de la LDFR, moyennant décision constatatoire, au sens de l'art. 84 LDFR, de l'autorité compétente (François Zürcher, La coordination entre aménagement du territoire et droit foncier rural: Quand? Pourquoi? Comment?, in Territoire & Environnement 2004, ch. 1.3.2 p. 5). Toutefois, lorsqu'une telle parcelle fait partie d'une entreprise agricole, sa soustraction à la LDFR exige une autorisation de partage matériel au sens des art. 58 al. 1 et 60 LDFR. De même, quand la parcelle contient d'une part des bâtiments qui ne sont pas (ou plus) utiles à l'agriculture et d'autre part des surfaces qui permettent une utilisation agricole, il s'agit d'un immeuble mixte, soumis au champ d'application de la LDFR. Seule une opération de morcellement, soumise à autorisation au sens de l'art. 58 al. 2 et 60 LDFR, séparant les bâtiments non utiles à l'agriculture (y compris leurs dégagements usuels) des surfaces restant agricoles peut alors permettre, le cas échéant, une soustraction de la nouvelle parcelle (comprenant les bâtiments) au champ d'application de la LDFR, et donc l'utilisation de ceux-ci à des fins non agricoles (Zürcher, loc. cit.).
d) Ainsi, la soustraction d'une surface en zone agricole à la LDFR suppose en principe une décision de l'autorité compétente en matière de droit foncier rural en application de l'art. 84 LDFR (constatation de non-assujettissement dans son entier d'un immeuble isolé) ou de l'art. 60 LDFR (autorisation de partage matériel et/ou de morcellement). Elle peut néanmoins également impliquer une autorisation de l'autorité compétente en matière d'améliorations foncières en application de l'art. 102 LAgr et, lorsqu'une telle opération constitue un changement d'affectation sans travaux au sens de l'art. 24a LAT, une autorisation de l'autorité cantonale compétente en matière d'aménagement du territoire (art. 25 LAT).
C'est pourquoi l'art. 25a LAT prévoit qu'une autorité chargée de la coordination soit désignée. Il faut que toutes les autorités qui doivent le faire se prononcent et que leurs décisions ne soient pas contradictoires. Il incombe aux cantons d'adapter leurs législations à cet égard, ou à tout le moins, de veiller à ce que les pratiques administratives correspondent à ces exigences de coordination et permettent la prise de position concertée de l'ensemble des autorités concernées, et ce dans des délais raisonnables (Zürcher, op. cit., ch. 1.3.3 p. 6).
De même, sous l'angle de la coordination des procédures entre droit foncier rural et aménagement du territoire, l'art. 4a de l'ordonnance du 4 octobre 1993 sur le droit foncier rural (ODFR; RS 211.412.110), introduit par l’art. 51 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l’aménagement du territoire (OAT; RS 700.1), en vigueur depuis le 1er septembre 2000, dispose:
Art. 4a Coordination des procédures
1 Dans la procédure d’octroi d’une dérogation à l’interdiction de partage matériel ou de morcellement de même que dans la procédure d’octroi d’une décision en constatation y relative ou de non-application de la LDFR, l’autorité compétente en matière d’autorisation au sens de cette loi transmet le dossier pour décision à l’autorité cantonale compétente en matière de construction hors de la zone à bâtir (art. 25, al. 2, LAT) lorsqu’une construction ou une installation se trouve sur le bien-fonds concerné et qu’elle est située hors de la zone à bâtir au sens du droit de l’aménagement du territoire.
2 L’autorité compétente en matière d’autorisation au sens de la LDFR ne se prononce alors que s’il existe une décision exécutoire fondée sur le droit de l’aménagement du territoire et constatant la légalité de l’affectation de la construction ou de l’installation.
3 Il n’est pas nécessaire de procéder à la coordination des procédures s’il est évident:
a. qu’aucune dérogation au sens de la LDFR ne peut être accordée; ou que
b. que le bien-fonds considéré doit rester soumis à la LDFR.
Cette disposition permet de juguler la difficulté de déterminer clairement, a priori, si une opération foncière a ou non des effets sur l'aménagement du territoire dans une situation concrète. Elle codifie la jurisprudence du Tribunal fédéral en la matière (ATF 125 III 175 [du 8 mars 1999], traduit in JT 2000 I 56). En particulier, elle oblige l'autorité saisie d'une demande de constatation de non-assujettissement à la LDFR de transmettre le dossier pour décision à l'autorité cantonale chargée de l'aménagement du territoire pour décision, lorsqu'une construction se trouve sur le bien-fonds concerné.
Le pendant de l'art. 4a ODFR dans la législation sur l'aménagement du territoire est l'art. 49 OAT, également adopté le 28 juin 2000, selon lequel:
Art. 49 Coordination des procédures
L’obligation de coordonner les procédures découlant de l’art. 4a de l’ordonnance du 4 octobre 1993 sur le droit foncier rural incombe par analogie à l’autorité cantonale compétente en matière de construction hors de la zone à bâtir (art. 25, al. 2, LAT) lorsque celle-ci ne peut exclure la nécessité d’une exception à l’interdiction de partage matériel ou de morcellement au sens de l’art. 60 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural ou d’une décision constatant la non-soumission du bien-fonds concerné à cette loi.
e) Les mentions prévues par l'art. 86 LDFR ont également pour but de clarifier les exceptions au principe selon lequel les immeubles en zone agricole sont soumis à la loi, alors que les immeubles en zone à bâtir ne le sont pas.
Ces mentions au sens de l'art. 86 LDFR ne font pas exception à la règle selon laquelle les mentions ont un caractère purement informatif (cf. Paul-Henri Steinauer, Les droits réels, Tome I, 4ème éd., Berne 2007, n. 839 ss). L'effet constitutif de l'assujettissement ou du non-assujettissement résulte en effet de la décision entrée en force de l'autorité qui aura statué, soit la Commission foncière rurale ou le Service du développement territorial (Jean-Christophe Delafontaine, La mention au Registre foncier: étude de droit privé fédéral et vaudois, thèse Lausanne 1999, p. 153), Delafontaine, op. cit., p. 153; voir aussi Marie-Claire Pont Veuthey, De quelques restrictions de droit public à la propriété foncière, in RNRF/ZGBR 81/200, p. 153 ss, spéc. p. 164; Yves Donzallaz, Traité de droit agraire suisse, vol. II, éd. 2006, p. 137, ch. 1932 et 1934; Christoph Bandli et al., Le droit foncier rural, Brugg 1995, n. 2 ad art. 86 LDFR).
En pratique, il ne suffit pas de présenter une requête de mention de non-assujettissement à la commission foncière pour voir son immeuble soustrait à la LDFR. Selon Delafontaine (op. cit., p. 147), cette autorité garde son mot à dire s'agissant de la surface de terrain qui fera l'objet d'une mention et, se basant par analogie sur l'art. 60 let. a LDFR, peut le cas échéant rendre un morcellement obligatoire. Pour Jean-Michel Henny (Questions choisies en matière de droit foncier rural, in RNRF/ZBGR 87/2006, p. 237 ss, spéc. p. 243), la mention de non-assujettissement ne peut en outre être obtenue que si l'utilisation non agricole de l'immeuble concerné a été autorisée conformément à la LAT.
f) En l'espèce comme on l'a vu, la CFR a décidé le 21 décembre 2001 de requérir du Registre foncier l'inscription (opérée le 23 mai 2002) d'une mention de non-assujettissement à la LDFR au sens de l'art. 86 al. 1 let. b LDFR.
Formellement, la parcelle 261 n'a pas fait l'objet d'une décision autorisant le partage matériel (soustraction d'immeuble ou de partie d'immeuble à une entreprise agricole), ou le morcellement (division de parcelle) au sens de l'art. 60 LDFR. La décision de la CFR du 21 décembre 2001 ne mentionne pas davantage, toujours formellement, de constatation de non-assujettissement au sens de l'art. 84 LDFR. Seule est intervenue une réquisition de mention au Registre foncier au sens de l'art. 86 al. 1 let. b LDFR.
Toutefois, il s'agit bel et bien d'une décision constatatoire de non-assujettissement à la LDFR, au sens de l'art. 84 LDFR, même si cette disposition n'est pas expressément mentionnée. En effet, on ne voit pas comment la Commission pourrait accepter, pour une parcelle de plus de 2'500 m2 et dont l'usage agricole était jusque-là établi, de requérir une mention informative au sens de l'art. 86 al. 1 let. b LDFR sans procéder simultanément, de manière constitutive, à une décision constatatoire de non-assujettissement à la LDFR au sens de l'art. 84 LDFR. Du reste, la CFR est bien l'autorité compétente pour rendre une telle décision selon l'art. 84 LDFR (de même que pour accorder les exceptions aux interdictions de partage matériel et de morcellement au sens de l'art. 60 LDFR, cf. art. 5 du 13 septembre 1993 de la loi vaudoise d'application de la LDFR; LVLDFR; RSV 211.42).
Dans les circonstances de l'espèce, c'est en outre à tort que le SDT affirme que le fait que l'immeuble ait été déclaré non assujetti à la LDFR ne signifiait pas encore qu'il ait été directement destiné à un autre usage que celui réservé par la zone agricole. En effet, la décision du 21 décembre 2001 se fonde expressément, par adhésion à la requête du 17 décembre 2001, sur le fait que la parcelle "a été sortie du domaine agricole" et "n'a plus de caractère agricole."
Le lecteur de la décision du 21 décembre 2001 ne peut que comprendre que la parcelle a désormais perdu son affectation agricole, que cette désaffectation a été constatée et reconnue par une autorité compétente en la matière et que sa publicité est assurée par la mention au sens de l'art. 86 al. 1 let. b LDFR inscrite au Registre foncier.
Par conséquent, c'est bien la décision de la CFR du 21 décembre 2001 qui constitue le premier acte de désaffectation de la parcelle, et non pas l'autorisation de construire exécutoire rendue en application de l'art. 24d al. 1bis LAT.
Conformément à la jurisprudence précitée du Tribunal fédéral, c'est donc au propriétaire de l'époque, soit à la succession Paul Jolles, que devait être réclamée la restitution des subventions AF.
g) La mention AF grevant la parcelle, et connue du recourant au moment de l'achat, n'y change rien. Tout comme la mention de l'art. 86 LDFR, la mention AF au sens de l'art. 117 LAF n'a qu'une portée informative, la charge foncière prévue par l'art. 116 LAF étant constituée sans inscription au registre. Le seul fait que la mention AF subsiste ne permet pas de maintenir une telle charge lorsque celle-ci a perdu sa cause. Du reste, toujours selon la jurisprudence précitée du Tribunal fédéral, cette mention aurait précisément dû être radiée après la perception du remboursement auprès des aliénateurs.
h) Le fait que le SDT n'ait appris cette désaffectation qu'à l'occasion de la demande d'autorisation de construire ne conduit pas davantage à une autre conclusion. On relèvera en particulier (même si, en 2001, le "département" compétent selon l'art. 114 LAF pour réclamer la restitution des subventions AF n'était pas le SDT par délégation, mais l'ancien Service des améliorations foncières) que la CFR n'a pas procédé à l'obligation de coordination, prévue par l'art. 4a ODFR, entre autorités chargées d'appliquer la LDFR et autorités compétentes en matière d'aménagement du territoire. Elle affirme à cet égard "qu'à cette époque, à moins qu'elle ne constate que le bâtiment incriminé ait été construit sous le régime de la LAT, la Commission foncière rurale renonçait à appliquer l'art. 4a ODFR". Outre qu'on en discerne difficilement le fondement, ce motif ne figure pas parmi les exceptions à l'obligation de coordination, exhaustivement énumérées à l'art. 4a al. 3 ODFR, voire à l'art. 3 al. 1 ODFR. C'est ainsi à tort que la CFR a renoncé à transmettre le dossier au SDT, dans la procédure de décision de non-application de la LDFR ouverte en 2001. Quoi qu'il en soit, il n'appartient pas au recourant de subir les conséquences d'un défaut de coordination entre autorités. Quant à l'art. 30 al. 2 LSubv, selon lequel le bénéficiaire de subventions informe sans tarder l'autorité compétente de toute désaffectation, il ne suffit pas à charger le recourant de la restitution des contributions, d'autant moins que cette obligation d'informer aurait incombé au propriétaire de l'époque.
i) Le recours étant de toute façon admis, il est superflu d'examiner la question de savoir si la vente de la parcelle intervenue le 7 février 2003 aurait également dû entraîner une restitution des subventions en application de l'art. 114 let. c LAF.
8. Vu ce qui précède, le recours doit être admis et la décision attaquée annulée. Il n'y a pas lieu de percevoir un émolument judiciaire. Le recourant n'étant pas assisté, il n'a pas droit à des dépens.
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est admis.
II. La décision du Service du développement territorial du 20 janvier 2010 est annulée.
III. Il n'est pas perçu de frais judiciaires, ni alloué de dépens.
Lausanne, le 11 avril 2011
La présidente: La greffière:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint, ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice et à l'Office fédéral de l'agriculture.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.