TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 9 mars 2026
Composition
M. André Jomini, président; M. Jean-Marie Marlétaz, assesseur et Mme Nicole Christe, assesseure; M. Quentin Ambrosini, greffier.
Recourant
A.________, au ********, représenté par Me Julien GUIGNARD, avocat à Givisiez,
Autorités intimées
1.
Département des finances, du territoire et du sport (DFTS), représenté par sa Direction générale du territoire et du logement (DGTL), à Lausanne,
2.
Conseil général de Missy, à Missy, représenté par Me Aurore ESTOPPEY, avocate à Lausanne.
Objet
plan d'affectation
Recours A.________ c/ décision du 18 juin 2024 du Conseil général de Missy adoptant le nouveau plan d’affectation communal et décision du 13 janvier 2025 du Département des institutions, du territoire et du sport approuvant ce plan.
Vu les faits suivants:
A. A.________ est propriétaire, depuis 2013, de la parcelle no 86 du registre foncier, sur le territoire de la commune de Missy. D’une surface totale de 3'728 m2, ce bien-fonds, non bâti, est en nature de champ, pré et pâturage.
La parcelle no 86 est bordée sur son côté nord-ouest par la route de Carignan, prolongée par la route de Saint-Aubin en direction du nord-est, qui constitue l'artère principale du village, avec de part et d'autre des habitations. Le côté ouest de la parcelle no 86 jouxte le croisement entre la route de Carignan et la route des Vernettes qui longe la parcelle au sud-ouest. Dans le compartiment de terrain délimité par ces deux rues, le bien-fonds est entouré de terrains bâtis en direction du nord-est et du sud et il présente un dégagement en direction de l'est vers des terrains agricoles. Les terrains directement voisins de la parcelle n° 86, de l'autre côté des deux rues, sont d'une part la parcelle no 80, appartenant à la commune, où se trouvent les locaux de l'administration communale (ancienne chapelle de l'Eglise libre de Missy), et d'autre part la parcelle no 52, où une ferme est érigée. La parcelle voisine à l'est, no 94 (du même côté de la route), est aussi bâtie, avec l'ancienne forge.
B. Le plan général d'affectation de la commune de Missy (PGA) est entré en vigueur le 20 mai 1997. Il classe la parcelle no 86 en zone de village, comme les autres parcelles bordant la rue centrale (route de Carignan, route de Saint-Aubin), la parcelle communale no 80 étant toutefois en zone d'utilité publique. Un régime particulier est cependant prévu pour la parcelle no 52, au nord de la route: la ferme et ses abords directs sont en zone de village; le solde est, comme une bande de terrain large d'une centaine de mètres qui s'étend au nord, de part et d'autre du ruisseau des Vaux, classé en zone de verdure (éléments de paysage d'une beauté particulière). Le cours du ruisseau est à l'air libre, dans un cordon boisé, jusqu'à la ferme; il est ensuite canalisé et passe sous terre, à proximité de la route des Vernettes, pour se jeter, 500 m plus loin au sud, dans la rivière La Petite Glâne.
C. La loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) a fait l'objet d'une importante révision qui est entrée en vigueur le 1er mai 2014 (première étape de la révision de la LAT, ou LAT 1). Le législateur a en particulier revu les dispositions relatives à la zone à bâtir (art. 15 et 15a LAT) dans le but de réduire les zones à bâtir surdimensionnées et de mieux utiliser les réserves de terrain à bâtir. Afin de mettre en œuvre ces principes de la loi fédérale, le plan directeur cantonal (PDCn) a été complété, avec notamment une nouvelle mesure A11 ("zones d'habitation et mixtes"). Cette adaptation du PDCn a été adoptée par le Grand Conseil le 20 juin 2017 et approuvée par le Conseil fédéral le 31 janvier 2018.
La Municipalité de Missy (ci-après: la municipalité) a engagé des démarches pour la mise en œuvre de ces nouvelles exigences, par l'établissement d'un nouveau plan d'affectation communal (PACom). Ces démarches sont résumées dans le "Rapport d'aménagement selon art. 47 OAT" (ci-après: rapport 47 OAT), rédigé par le bureau d'urbanisme mandaté (dernière version: 3 juillet 2024). Ce rapport retient que la commune doit redimensionner ses zones à bâtir, selon le processus prescrit par l'administration cantonale sur la base de la mesure A11 du PDCn (voir notamment à ce propos la fiche d'application de la Direction générale du territoire et du logement [DGTL] intitulée "Dimensionnement des zones à bâtir d'habitation et mixtes"). La croissance démographique ou les possibilités maximales de développement ont été calculées, à l'horizon de planification 2036, en tenant compte de la classification de Missy comme village hors centre. Les données suivantes ont été retenues (p. 8 du rapport 47 OAT): la commune a une population de 350 habitants à l'année de référence (2015) et la population maximale visée à l'horizon de planification selon la mesure A11 (2036) serait de 405 habitants. La capacité d'accueil au moment du bilan (2020; selon le PGA en vigueur) est de 135 habitants supplémentaires, alors que les besoins sont chiffrés à 37 habitants. La surcapacité d'accueil en nouveaux habitants est de 98 unités.
Le rapport 47 OAT indique ensuite les contours du territoire urbanisé, en se référant aux fiches d'application de la mesure A11, établies par la DGTL. La parcelle no 86 est exclue du territoire urbanisé, contrairement aux terrains directement voisins le long des rues du village, classés en zone à bâtir en 1997. La zone de verdure du ruisseau des Vaux est également hors du territoire urbanisé. Un projet de nouveau PACom, remis à la DGTL en janvier 2023 pour l'examen préalable, délimite les zones à bâtir à l'intérieur du périmètre du territoire urbanisé. La parcelle no 86 fait partie de la zone agricole, dans le prolongement du compartiment de terrain cultivé s'étendant au sud-est. Les terrains directement voisins le long des rues sont en zone centrale 15 LAT ou, pour la parcelle communale, en zone affectée à des besoins publics 15 LAT. La zone de verdure de 1997 est par ailleurs confirmée (zone de protection de la nature et du paysage 17 LAT).
D. Alors que la municipalité élaborait le projet de PACom, A.________ a cherché à obtenir un permis de construire pour un bâtiment de 15 logements sur sa parcelle no 86. La demande d'autorisation a été mise à l'enquête publique en mars 2022 et, le 22 juin 2022, la municipalité a refusé d'accorder ce permis. Pour empêcher cette construction, la DGTL avait mis à l'enquête publique en avril 2022 un plan de zone réservée cantonale, sur la parcelle no 86. Le département cantonal en charge de l'aménagement du territoire a approuvé cette zone réservée le 23 décembre 2022.
A.________ a recouru devant la Cour de droit administratif et public (CDAP) du Tribunal cantonal contre le refus du permis de construire (cause AC.2022.0252) et contre la zone réservée cantonale (cause AC.2023.0038). Ces deux recours ont été rejetés par des arrêts rendus le 26 septembre 2023, entrés en force.
E. Le projet de nouveau PACom a été mis à l'enquête publique du 17 novembre au 18 décembre 2023. Pour la parcelle no 86, le plan indique non seulement le classement en zone agricole, mais encore l'inclusion de la partie est du bien-fonds dans l'espace réservé aux eaux (ERE) du ruisseau des Vaux, soit une bande de terrain large de 25 m. Cette bande continue, en direction du sud-est, jusqu'à la Petite Glâne, sur des parcelles agricoles où le ruisseau ne coule pas actuellement (puisqu'il est canalisé). En amont de la route, l'ERE se trouve pour l'essentiel à l'intérieur de la zone de protection de la nature et du paysage. Le rapport 47 OAT expose ce qui suit à propos de l'espace réservé aux eaux (p. 31):
"Conformément aux dispositions légales sur la protection des eaux, le projet prend en considération les espaces à réserver aux cours d'eau (ERE). Le PACom détermine l'ERE selon les dispositions de l'article 41a de l'ordonnance sur la protection des eaux du 28 octobre 1998, et un article réglementaire précise la destination de l'ERE et les modalités d'exploitation des surfaces.
Les cours d'eau de la commune se trouvent en aire forestière, en zone de protection de la nature et du paysage 17 LAT ou en zone agricole. Seules les parcelles n° 52 et 53 présentent une zone à bâtir concernée par l'ERE. Initialement affectée en zone centrale 15 LAT, la partie de ces parcelles incluse dans l'ERE est affectée en zone de verdure B. Les dispositions de cette zone visent la préservation des fonctions naturelles et la protection contre les crues. L'emprise de l'espace réservé aux eaux sur les terres agricoles ainsi que sur les surfaces d'assolement est minimisé.
La délimitation a été faite d'après la détermination de l'axe des cours et selon la méthodologie proposée par la DGE, Division ressources en eau et économie hydraulique. Des contacts ont été pris avec le Service cantonal afin de déterminer les cours d'eau pour lesquels un ERE doit être réservé et convenir des dimensions des espaces.
En outre, le Service a fait les demandes suivantes:
– l'ERE de la Petite Glâne […],
– la commune doit réserver l'emprise nécessaire au projet de sécurisation du centre du village contre le risque d'inondation du ruisseau des Vaux dans son PACom. Au niveau des parcelles n° 303, 51 et 52, l'ERE du ruisseau des Vaux "sécurisé" est défini en cohérence avec les limites parcellaires et de zone à bâtir tout en assurant que l'emprise du projet à l'étude soit inclus dans l'ERE. En aval de la parcelle n° 86 et jusqu'à ce que le ruisseau se jette dans la Petite Glâne, des distances convenues avec le Service sont appliquées.
[…]
Le plan du PACom reporte le tracé de l'ERE. La délimitation complète à l'échelle 1:2500 est transcrite sur le plan "Détermination de l'espace réservé aux eaux" de Missy (mis à l'enquête publique en parallèle au PACom).".
L'art. 40 du projet de règlement du PACom (RPACom), consacré à l'espace réservé aux eaux (secteur particulier, contenu superposé), renvoie au droit fédéral, à savoir à la loi fédérale sur la protection des eaux et son ordonnance.
Dans le cadre de l'examen préalable, la DGE avait demandé "qu'en prévision du projet de protection contre les crues du ruisseau des Vaux, l'espace réservé aux eaux soit également défini à une largeur totale de 25 m centrée sur l'axe de la parcelle 192 sur la section aval, jusqu'à la Petite Glâne". La parcelle no 192 appartient à la commune; il s'agit d'une bande de terrain étroite (12 m environ) perpendiculaire à la rivière. Le tracé de l'ERE, depuis la parcelle no 86, rejoint la parcelle no 192.
F. Le 18 décembre 2023, A.________ a formé opposition au dézonage de sa parcelle.
Le 23 avril 2024, il a participé à une séance de conciliation avec des représentants de la municipalité. L'opposition a été maintenue.
G. Dans son préavis no 02/2024 du 13 mai 2024, la municipalité a proposé au conseil général de la commune d'adopter le PACom. Ce préavis comporte un projet de réponse à l'opposition de A.________, avec l'argumentation suivante:
"La zone à bâtir de la parcelle no 86 est entièrement non construite et non aménagée et présente un potentiel significatif pour de nouvelles constructions. La zone à bâtir est connectée à la zone agricole en vigueur et représente une surface libre de plus de 2'500 m2. La commune de Missy étant en situation de surdimensionnement, ce type d'espace est visé prioritairement par des mesures de dézonage (selon les principes de redimensionnement appliqués par le service cantonal en charge de l'aménagement du territoire.
La parcelle est également soumise à des dangers moyens d'inondation et est concernée par l'espace réservé aux eaux qui anticipe le projet de sécurisation du secteur contre les inondations.
Tous ces éléments ont justifié un dézonage de l'entier de la parcelle no 86."
Dans sa séance du 18 juin 2024, le conseil général de Missy a accepté les conclusions du préavis municipal, adoptant le PACom et levant l'opposition de A.________.
H. Le 13 janvier 2025, le Département des institutions, du territoire et du sport (DITS – actuellement: Département des finances, du territoire et du sport [DFTS]) a approuvé le PACom de Missy. La décision d'approbation retient notamment qu'après avoir appliqué les mesures de redimensionnement de la zone à bâtir, le PACom présente à la date déterminante une capacité d'accueil de 42 habitants, "impliquant ainsi un surdimensionnement de 5 habitants, celui-ci pouvant être admis comme incompressible".
Les décisions du conseil général et du DITS ont été communiquées ensemble à l'opposant le 13 janvier 2025.
I. Agissant le 13 février 2025 par la voie du recours de droit administratif, A.________ demande à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP), principalement, de réformer la décision rendue par le DITS en ce sens que le PACom concernant la parcelle no 86 n'est pas approuvé, l'affectation antérieure étant maintenue sur la parcelle et la zone réservée cantonale supprimée. Subsidiairement, le recourant conclut à l'annulation de la décision du DITS et au renvoi de la cause à cette autorité pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le 13 mars 2025, le conseil général de Missy (représenté par la municipalité) a répondu au recours en concluant à son rejet.
Dans sa réponse du 13 mai 2025, le DITS (représenté par la DGTL) conclut également au rejet du recours.
Le 1er septembre 2025, le recourant a répliqué, en confirmant ses conclusions.
Le 17 octobre 2025, le conseil général a déposé des déterminations, confirmant ses conclusions.
J. Le 3 novembre 2025, la CDAP a procédé à une inspection locale, en présence des parties.
Considérant en droit:
1. La contestation porte sur un plan d'affectation communal. Selon les dispositions de la loi sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11), il appartient d'abord au conseil général de se prononcer en adoptant le plan le cas échéant; ce conseil doit simultanément statuer sur les projets de réponse aux oppositions (art. 42 LATC). Ensuite, il incombe au département cantonal d'approuver le plan adopté par le conseil (art. 43 al. 1 LATC). L'art. 43 al. 2 LATC prévoit que ces différentes décisions, notifiées de manière coordonnée, "sont susceptibles d'un recours au Tribunal cantonal avec libre pouvoir d'examen". Le recours mentionné à l'art. 43 al. 2 LATC est le recours de droit administratif selon les art. 92 ss de la loi sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36). En l'occurrence, le recourant conteste la décision d'approbation du département cantonal, sans attaquer expressément la décision du conseil général adoptant le PACom. Il faut cependant considérer que le recours est dirigé contre ces deux décisions qui, en vertu du droit cantonal, sont notifiées de manière coordonnée et peuvent ensemble faire l'objet d'un contrôle judiciaire (cf. CDAP AC.2022.0348 du 28 novembre 2023 consid. 1a).
Le recourant, qui a formé opposition durant l'enquête publique et qui conteste le dézonage de sa parcelle, mesure restreignant l'usage du bien-fonds, a qualité pour recourir (art. 75 let. a LPA-VD, applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD). Au surplus, le recours, déposé en temps utile (art. 95 LPA-VD), satisfait aux exigences légales de motivation (art. 79 LPA-VD, applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2. Le recourant conteste le dézonage de sa parcelle no 86. Il estime que vu sa situation et ses caractéristiques, elle devrait être classée, au moins partiellement, en zone à bâtir.
a) Le Tribunal cantonal est l'autorité de recours au sens de l'art. 33 al. 3 let. b LAT, autorité qui doit avoir, en vertu du droit fédéral, un libre pouvoir d'examen. Selon la jurisprudence, ce libre examen ne se réduit pas à un contrôle de la constatation des faits et de l'application du droit; il comporte aussi un contrôle de l'opportunité. Il faut vérifier que la planification contestée soit juste et adéquate. Pour la CDAP, son rôle spécifique d'autorité de recours ne se confond toutefois pas avec celui de l'organe compétent pour adopter le plan; elle doit préserver la liberté d'appréciation dont l'autorité de planification a besoin dans l'accomplissement de sa tâche (art. 2 al. 3 LAT). Cette liberté d'appréciation implique qu'une mesure d'aménagement appropriée doit être confirmée; l'autorité de recours n'est pas habilitée à lui substituer une autre solution qui serait également convenable. Elle suppose également que le contrôle de l'opportunité s'exerce avec retenue sur des points qui concernent principalement des intérêts locaux, tandis que, au contraire, la prise en considération adéquate d'intérêts d'ordre supérieur, dont la sauvegarde incombe au canton, doit être imposée par un contrôle strict (cf. ATF 135 II 286 consid. 5.3, 127 II 238 consid. 3b/aa; TF 1C_483/2021 du 10 mars 2022 consid. 4.3.2, 1C_629/2019 du 31 mars 2021 consid. 3.1, 1C_327/2019 du 11 juin 2020 consid. 5.1).
b) Il convient de rappeler que l'objet de la contestation est le plan d'affectation (plan stricto sensu et dispositions réglementaires). Le rapport 47 OAT n'est pas un acte de planification territoriale. Le droit fédéral exige des autorités communales qu'elles établissent un "rapport à l’intention de l’autorité cantonale chargée de l’approbation des plans" (titre de l'art. 47 OAT). Ce rapport, s'il est préparé avant la décision du conseil général adoptant le PACom (et le cas échéant mis à l'enquête publique), peut être complété après cette décision, pour que l'autorité cantonale soit parfaitement renseignée au sujet de la procédure communale. Le recourant se plaint à tort d'un vice formel parce qu'en l'espèce, la version finale du rapport 47 OAT porte une date postérieure à la décision du conseil général.
c) Dans leurs réponses, la DGTL et les autorités communales motivent principalement le dézonage de la parcelle no 86 par le surdimensionnement de la zone à bâtir. Elles se fondent sur la mesure A11 du PDCn ainsi que sur les fiches d'application de la DGTL ("Comment délimiter le territoire urbanisé ?" et "Comment traiter les zones à bâtir d'habitation et mixtes excédant les besoins à 15 ans ou peu adéquates pour le développement ?"). Elles soulignent que le terrain du recourant constitue un espace non bâti de plus de 2'500 m2, ouvert sur la zone agricole à l'est et actuellement utilisé à des fins agricoles. La DGTL et la commune relèvent que la réduction des zones à bâtir surdimensionnées constitue un intérêt public important et que le choix des parcelles à dézoner relève dans une large mesure du pouvoir d'appréciation des autorités locales de planification.
Cela étant, il faut prendre en considération l'ensemble des buts et principes de l'aménagement du territoire (TF 1C_409/2022, 1C_436/2022 du 11 juin 2024 consid. 5). Le processus de révision du plan implique une pesée globale des intérêts et la mise en oeuvre, par les autorités chargées de l'aménagement, de différents buts et principes énoncés aux art. 1 et 3 LAT, voire dans d'autres normes pertinentes pour l'utilisation du sol (cf. notamment CDAP AC.2024.0074 du 12 décembre 2024 consid. 3b). Les griefs du recourant concernent précisément la pesée de tous les intérêts pertinents. Si cette analyse globale – tenant également compte des intérêts privés du propriétaire foncier – a été correctement effectuée par les autorités de planification, la mesure d'aménagement est conforme au droit fédéral, y compris en tant qu'elle constitue une restriction du droit de propriété (art. 26 et 36 Cst.).
Lorsqu'il s'agit de réviser la planification d'une commune ou d'un village, le principe de l'art. 3 al. 2 let. b LAT s'applique ("[i]l convient notamment […] de veiller à ce que les constructions prises isolément ou dans leur ensemble ainsi que les installations s’intègrent dans le paysage"). L'objectif d'assurer une bonne intégration des constructions dans le paysage, même dans les endroits qui n'ont pas de qualités remarquables ou exceptionnelles, relève d'un intérêt public consacré par le droit fédéral. L'intérêt public à limiter raisonnablement les possibilités de construire, dans un village, dans le but de conserver la structure traditionnelle du milieu bâti et d'assurer une bonne intégration des bâtiments, peut être un intérêt digne d'être pris en considération (cf. notamment CDAP AC.2024.0074 précité consid. 3b).
d) Dans le cas particulier, les autorités communales retiennent précisément que la délimitation d'un espace intermédiaire non bâti, entre l'agglomération principale et le groupement de bâtiments au sud-ouest, se justifie en raison d'enjeux patrimoniaux, identifiés dans le relevé ISOS. Elles se sont référées à un rapport du Bureau pour l'ISOS, à Zurich, mandaté par l'Office fédéral de la culture (OFC) pour le travail de recensement des sites construits susceptibles d'être inscrits à l'inventaire fédéral ISOS (Inventaire fédéral des sites construits d'importance nationale à protéger en Suisse; cf. l'ordonnance du Conseil fédéral concernant cet inventaire [OISOS; RS 451.12]). L'analyse de ce bureau, reprise dans le rapport 47 OAT, décrit l'agglomération agricole structurée en village-rue, avec deux groupements secondaires ("petits faubourgs") de fermes de part et d'autre de l'agglomération. La parcelle du recourant n'appartient ni à l'agglomération principale (ensemble 1), ni au groupement situé au sud-ouest de celle-ci (ensemble 0.1). Elle se trouve dans l'espace intermédiaire séparant ces deux ensembles, lequel correspond à une rupture dans la continuité du bâti, dans l'axe du ruisseau des Vaux. C'est précisément cette césure que le recourant conteste. Selon lui, une construction sur sa parcelle no 86 – en vis-à-vis de la ferme érigée sur la parcelle no 52 – ne porterait pas atteinte aux caractéristiques du village-rue de Missy, mais permettrait au contraire de les renforcer.
Comme, après l'établissement de cette fiche de recensement, le village de Missy n'a pas été inscrit comme site d'importance nationale, il n'y a pas lieu d'appliquer la jurisprudence qui impose la mise en œuvre de l'inventaire ISOS lors de la révision des plans d'affectation par l'adoption de mesures de planification contraignantes (ATF 135 II 209). Néanmoins, même si la fiche n'a pas de véritable portée juridique – contrairement à une fiche d'inventaire fédéral –, elle émane d'experts en matière d'évaluation de la structure et des qualités urbanistiques des agglomérations. C'est donc un élément du dossier dont l'autorité de planification peut tenir compte lors de la délimitation de la zone à bâtir. En l'espèce, la césure identifiée entre l'agglomération et son faubourg sud-ouest est un élément important, d'après le rapport 47 OAT: elle y apparaît sous la forme de deux traits verts convexes délimitant un espace intermédiaire dans l'axe du ruisseau des Vaux. Pour délimiter le faubourg (ou ensemble 0.1) ouest, la fiche retient que ni l'ancienne chapelle de l'Eglise libre située sur la parcelle no 80 (actuelle maison de commune), ni la ferme sur la parcelle no 52 n'en font partie. Il en va de même de l'ancienne forge (parcelle no 94), qui serait à l'extérieur de l'agglomération principale (périmètre 1). Les motifs ayant conduit l'auteur de la fiche à exclure ces bâtiments ou ces terrains de la structure de village-rue et du faubourg ouest ne sont pas clairs. Selon les données de l'Office fédéral de topographie swisstopo (option "Voyage dans le temps – cartes et images"), l'ancienne chapelle et la ferme situées en face de la parcelle no 86, de l'autre côté de la route de Carignan, datent toutes deux du XIXème siècle. Ces constructions, qui bordent toutes deux la route de Carignan, semblent bien appartenir, d'après les cartes historiques et les images aériennes de swisstopo, au petit faubourg qui prolonge la structure linéaire à l'extérieur du noyau villageois. Autrement dit, avec ces bâtiments et leurs dégagements, on constate bien l'existence d'un faubourg cohérent à l'ouest du ruisseau des Vaux, ce qui réduit l'ampleur de la césure. La partie de la parcelle no 86 directement voisine de l'ancienne chapelle pourrait être considérée comme faisant partie de ce sous-ensemble villageois. Certes, telle n'a pas été l'analyse des urbanistes lors de la délimitation du territoire urbanisé, dans une des premières phases de l'élaboration du PACom. Cette opération préalable consiste cependant uniquement à fournir une donnée de base ou un cadre (voir la fiche d'application de la DGTL sur le territoire urbanisé), qui ne lie pas les autorités de planification dans les situations concrètes. S'agissant de la parcelle no 86, la CDAP a déjà relevé que ses particularités justifiaient une réflexion approfondie dans le cadre de l'élaboration du nouveau PACom – cela dans l'arrêt AC.2023.0038 du 26 septembre 2023 consid. 2g (dans ce considérant, il a notamment été exposé ceci: "[l]e tribunal se demande toutefois si un dézonage total de la dernière parcelle non bâtie au centre du village, entièrement équipée et desservie par un arrêt de bus serait une mesure d'aménagement qui répondrait aux principes énoncés aux art. 1 al. 2 let. abis et b et 3 al. 3 let. a LAT. […] Le tribunal s'interroge ainsi sur le sens qu'il y aurait, par rapport aux objectifs généraux de l'aménagement du territoire, à interdire toute construction sur une parcelle se trouvant au milieu du village").
e) Il existe bel et bien, à la hauteur des parcelles nos 86 (au sud de la route de Carignan) et 52 (au nord de cette route) une césure, ou "échappée paysagère", entre la partie principale du village et le faubourg ouest. Cette césure correspond à la rupture dans la continuité du bâti marquée en amont par le ruisseau des Vaux. Cela a justifié, déjà en 1997, la création d'une zone à protéger au sens de l'art. 17 LAT. Cette mesure de planification a été confirmée dans le nouveau PACom.
Le nouveau PACom intègre les mesures de planification requises pour la mise en œuvre de l'art. 36a de la loi fédérale sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20). Cet article, adopté le 11 décembre 2009 et en vigueur depuis le 1er janvier 2011, a la teneur suivante (sous le titre: "Espace réservé aux eaux"):
"1 Les cantons déterminent, après consultation des milieux concernés, l’espace nécessaire aux eaux superficielles (espace réservé aux eaux) pour garantir:
a. leurs fonctions naturelles;
b. la protection contre les crues;
c. leur utilisation.
2 Le Conseil fédéral règle les modalités.
3 Les cantons veillent à ce que les plans directeurs et les plans d’affectation prennent en compte l’espace réservé aux eaux et à ce que celui-ci soit aménagé et exploité de manière extensive. L’espace réservé aux eaux n’est pas considéré comme surface d’assolement. La disparition de surfaces d’assolement est compensée conformément aux plans sectoriels de la Confédération visés à l’art. 13 de la loi du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire."
Les modalités (cf. art. 36a al. 3 LEaux) sont en particulier réglées à l'art. 41a de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux; RS 814.201), qui contient des prescriptions sur la largeur de l'espace réservé aux eaux (ERE). L'art. 41c OEaux définit de manière restrictive le type d'installations pouvant être construites dans l'ERE.
Le droit fédéral impose donc aux cantons de "déterminer" l'espace réservé aux eaux (cf. art. 36a al. 1 LEaux, 1er alinéa des dispositions transitoires de l'OEaux), en en fixant la largeur conformément aux critères de l'art. 41a OEaux. Le droit fédéral veut que l'ERE, en principe inconstructible (hors des zones densément bâties), soit déterminé d'une manière contraignante pour les propriétaires fonciers. La procédure du plan d'affectation (art. 14 ss LAT) est appropriée pour cela (cf. CDAP AC.2024.0280 du 21 octobre 2025 consid. 2a, AC.2021.0398 du 12 octobre 2022 consid. 5d; Matthieu Carrel, Détermination de l'espace réservé aux eaux dans le canton de Vaud, BR/DC 2023, p. 13).
Dans une directive émanant notamment d'offices fédéraux (DTAP/CDCA/OFEV/ARE/OFAG, Espace réservé aux eaux - Guide modulaire pour la détermination et l'utilisation de l'espace réservé aux eaux en Suisse, 2024), il est précisé que l'on peut renoncer à déterminer un ERE lorsque le cours d'eau est enterré (mis sous tuyaux). Néanmoins, s'il existe un projet concret de remise à ciel ouvert ou en présence d'intérêts prépondérants (notamment les intérêts de protection contre les crues et de protection des cours d'eau contre de nouvelles constructions ou installations), le droit fédéral admet que les cantons déterminent l'ERE pour des cours d'eau enterrés (directive précitée, p. 19 et 45).
Il ressort du dossier que les autorités compétentes avaient des motifs objectifs de déterminer l'ERE du ruisseau des Vaux, entre la route de Carignan et la Petite Glâne, malgré la mise sous tuyaux. Le service cantonal spécialisé (la DGE) a préconisé cette mesure de planification, qui correspond à ce que prescrit le droit fédéral. Dans la pesée des intérêts, il n'y a aucune raison de considérer que le classement de la partie est de la parcelle no 86, soit une bande de terrain d'environ 2'000 m2 (25 x 80), dans une zone inconstructible, n'est pas approprié. L'affectation de ce secteur en zone agricole (art. 16 LAT) permet de respecter les exigences des 36a LEaux ainsi que 41a et 41c OEaux; ce régime n'est pas sensiblement différent de celui applicable à la partie supérieure de l'ERE, en amont de la route, qui est classée en zone à protéger (art. 17 LAT). Pour cette moitié de la parcelle no 86, la décision des autorités de planification résulte d'une pesée correcte des intérêts en présence, vu les dispositions spéciales de la législation fédérale.
f) Pour l'autre moitié (partie est) de la parcelle no 86, il n'est pas question d'interdire totalement la construction sur la base de la loi fédérale sur la protection des eaux. Il s'agit d'un petit compartiment de terrain, d'une surface ne dépassant a priori pas 2'000 m2, bordé par deux rues et dans une situation "centrale", vu la structure du village – au même titre que les autres terrains adjacents à la césure de l'ERE du ruisseau des Vaux.
Lors de l'inspection locale, la CDAP a pu observer la structure particulière de Missy, avec son agglomération centrale prolongée de deux faubourgs. Dans cette configuration, l'ancienne chapelle ainsi que la ferme construites sur les parcelles nos 80 et 52, et la portion ouest du bien-fonds du recourant n'appartiennent pas à un espace distinct: ils s'inscrivent dans la continuité du petit faubourg sud-ouest. La parcelle no 86 ne se distingue pas, du point de vue urbanistique, des autres angles du carrefour. Une affectation différente n'est dès lors pas cohérente. Sa situation – au contact de la maison de commune, le long de l'axe structurant de la route de Carignan et à proximité immédiate d'un arrêt de bus – lui confère par ailleurs une valeur stratégique en matière de développement vers l'intérieur. Eu égard à ses caractéristiques et à sa contribution potentielle à un milieu bâti compact, le classement partiel de la parcelle no 86 en zone à bâtir concrétise les buts et les principes du droit fédéral de l'aménagement du territoire. Le dézonage litigieux repose en définitive essentiellement sur l'intérêt public – certes important – que représente la réduction des zones à bâtir surdimensionnées (art. 15 al. 2 LAT). Dans ce cas très particulier et compte tenu de la situation singulière de la parcelle no 86, cet intérêt doit céder le pas devant d'autres intérêts publics, notamment ceux qui favorisent la densification vers l'intérieur et une répartition judicieuse des lieux d'habitation, ainsi que devant l'intérêt privé du recourant à pouvoir construire au moins sur une partie de son terrain.
g) Il résulte d'une appréciation complète de la situation de la parcelle no 86, avec le libre pouvoir d'examen selon l'art. 33 al. 3 let. b LAT, que sa partie ouest (hors des limites de l'ERE) doit être maintenue en zone à bâtir. Le recours doit partant être admis dans cette mesure. Il s'ensuit que les décisions d'adoption et d'approbation du PACom doivent être annulées, en tant qu'elles portent sur le classement de la parcelle no 86.
La cause doit être renvoyée aux autorités de planification pour qu'elles définissent à nouveau l'affectation de ce bien-fonds, sur la base des considérants précédents. Le classement en zone agricole de la bande de terrain correspondant à l'ERE ne doit en principe pas être modifié. Le classement en zone à bâtir du solde, selon des modalités qu'il appartiendra à l'autorité communale de préciser, devra faire l'objet d'une nouvelle procédure. Il faut relever qu'avec un classement en zone centrale 15 LAT de cette partie ouest, la partie est de la parcelle, inconstructible, ne devrait pas compter dans le calcul de l'indice d'utilisation du sol (cf. art. 10 RPACom); cette nouvelle capacité constructive augmenterait certes le "surdimensionnement incompressible" de la commune, mais dans une mesure limitée.
3. Vu l'issue de la cause, il n'est pas perçu d'émolument judiciaire. La commune de Missy et l'Etat de Vaud (par le DFTS) verseront, à parts égales, une indemnité de dépens au recourant, qui obtient gain de cause avec l'aide d'un avocat (art. 55 LPA-VD).
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est admis.
II. La décision rendue le 18 juin 2024 par le Conseil général de Missy et la décision rendue le 13 janvier 2025 par le Département des institutions, du territoire et du sport (DITS) sont annulées en tant qu'elles prononcent l'adoption, respectivement l'approbation du classement de l'entier de la parcelle no 86 du registre foncier, sur le territoire de la commune de Missy, en zone agricole.
III. La cause est renvoyée à la Municipalité de Missy afin qu'elle reprenne la procédure de planification pour la parcelle no 86, au sens des considérants.
IV. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire.
V. Une indemnité de 1'500 (mille cinq cents) francs, à verser au recourant A.________ à titre de dépens, est mise à la charge de la Commune de Missy.
VI. Une indemnité de 1'500 (mille cinq cents) francs, à verser au recourant A.________ à titre de dépens, est mise à la charge de l'Etat de Vaud, Département des finances, du territoire et du sport.
Lausanne, le 9 mars 2026
Le président: Le greffier:
Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure, ainsi qu'à l'ARE.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000 Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.