TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 13 juillet 2009
Composition
Mme Imogen Billotte, présidente; M. Robert Zimmermann, juge et M. Jacques Monod, assesseur ; Mme Stéphanie Taher, greffière.
Recourante
Municipalité de Collombey-Muraz, Maison du Village Muraz, à Collombey, représentée par Me Laurent Métrailler, avocat, à Monthey,
Autorité intimée
Département de la sécurité et de l'environnement, Secrétariat général, représenté par Service des eaux, sols et assainissement, à Lausanne Adm cant,
Autorités concernées
1.
Service des eaux, sols et assainissement,
2.
Service des forêts, de la faune et de la nature,
Tiers intéressé
Entreprise de correction fluviale du Rhône, p/a SESA, à Lausanne Adm cant VD,
Objet
Recours Municipalité de Collombey-Muraz c/ décision du Département de la sécurité et de l'environnement du 11 septembre 2008 (levée d'opposition aux travaux liés à une mesure d'urgence transitoire à effectuer par l'Entreprise de correction fluviale du Rhône)
Vu les faits suivants
A. Les crues du Rhône de ces dernières années, soit en 1987, 1993 et plus récemment en 2000, ont mis en évidence les limites de capacité et de résistance des digues du fleuve. La répétition de crues très fortes et supérieures à celles qui avaient servi de base au dimensionnement des précédentes corrections du Rhône, ainsi que le fort développement des constructions dans la plaine du Rhône ont amené les autorités vaudoises et valaisannes à entreprendre une réflexion sur l'amélioration de la sécurité en cas de crue, au vu notamment des risques de débordement ou de déstabilisation des digues. Dans ce contexte, un projet de protection contre les crues, le Plan d'aménagement de la troisième correction du Rhône (ci-après "PA-R3") a été entrepris. Un rapport de synthèse du plan d'aménagement de cette correction a été élaboré en mai 2008 (ci-après "Rapport de synthèse PA-R3"). La durée de réalisation de ce projet est prévue sur une trentaine d'années.
Il ressort du Rapport de synthèse PA-R3 que le projet prévoit la prise de mesures de protection qui s'échelonnent en plusieurs étapes de réalisation. La première phase est planifiée jusqu'en 2020, la seconde entre 2020 et 2030 et la troisième après 2030. En fonction de l'importance des dégâts potentiels, du niveau de danger et de la coordination des mesures avec les travaux prévus sur les affluents, les mesures les plus urgentes, classées en priorité 1, sont localisées à Aigle-Monthey, Fully, Sion, Sierre-Chippis et Viège. Il s'agit essentiellement de la réalisation anticipée de renforcements de digues dans des secteurs à risques de rupture élevés et à forte densité d'habitation ou d'activités au voisinage immédiat de la digue (degré de danger élevé). Les secteurs déjà identifiés sont Port-Valais, Aigle, Collombey, Sion. A cela s'ajoutent des mesures ponctuelles déjà planifiées (notamment dans la vallée de Conches à Obergesteln ou à l'amont du barrage d'Evionnaz).
En seconde priorité, il s'agit également de zones à dégâts potentiels importants, mais dont la densité et l'urgence des objets à protéger sont moindres. Les principaux secteurs sont situés entre Riddes et Martigny, à l'aval des mesures prioritaires de Sion, Sierre et de Viège, ainsi qu'entre Brigue et Viège.
Finalement, les aménagements de la troisième priorité concernent les mesures les moins urgentes en termes de sécurité, comme par exemple la partie de la vallée de Conches jusqu'à Brigue, le secteur entre Martigny et Bex ou l'embouchure au Léman.
Il ressort du Rapport de synthèse PA-R3 que la solution la plus adéquate pour augmenter la protection contre les crues est l'élargissement du fleuve. Ceci consiste en un agrandissement latéral du lit du fleuve avec, en principe, le déplacement de l'une des digues du Rhône seulement. La capacité nécessaire est donc atteinte par une augmentation de la largeur d'écoulement. L'élargissement permet le transit de crues importantes sans surélever la ligne d'eau, ce qui facilite la recherche de solutions sur les affluents et garantit une sécurisation durable de la plaine.
B. La planification globale du PA-R3 n'exclut pas la réalisation d'autres mesures anticipées. Parmi les tronçons jugés prioritaires figure le secteur Monthey/Aigle, d'une longueur de 11 km, du km 9 au km 20. Compte tenu du risque de danger estimé élevé dans la région du Chablais, le Service vaudois des eaux, sols et assainissement (SESA) a entrepris des études afin d'établir une carte des dangers. Les différentes études ont montré que la rive droite du Rhône entre St-Maurice et le Léman était fortement menacée par une rupture de digue. Il est également apparu que les digues réalisées en travers de la plaine pour assurer l'écoulement de la Gryonne et de la Grande Eau jusqu'au Rhône engendreraient de grandes zones d'accumulation en entravant l'écoulement et le drainage naturel. Compte tenu de cette situation, une mesure dite "Mesure d'Urgence Transitoire" (MUT), destinée notamment à renforcer la digue, a été mise à l'étude par les autorités vaudoises. Sous la forme d'une demande d'autorisation de construire, l'entreprise de Correction Fluviale du Rhône a mis à l'enquête, du 3 juillet au 13 août 2007, un projet intitulé "Le Rhône, Mesure d'urgence transitoire, Renforcement de la digue du Rhône entre la Gryonne et la Grande Eau, Cloisonnement des îles d'Amont entre l'Avançon et la Gryonne". La mise à l'enquête a été effectuée auprès des greffes municipaux des communes d'Aigle, Bex et Ollon. Elle a également fait l'objet d'une publication dans le Bulletin officiel du canton du Valais le 29 juin 2007.
Le projet prévoit un renforcement des digues sur la rive vaudoise entre les km 13 et 19, ainsi qu'une demande de défrichement. En résumé, la demande d'autorisation comprend les mesures suivantes:
A l'aval de la Gryonne: renforcement de la digue jusqu'à la Grande Eau (mesure confortative)
Création d'un épaulement adossé sur le parement extérieur de la digue, sur environ 3,9 km. Les secteurs concernés sont les suivants:
Secteur aval sur la Commune d'Aigle:
km 13.535 à 14.020
km 15.350 à 15.420
Secteur intermédiaire sur la commune d'Ollon:
km 15.440 à 16.340
km 16.550 à 17.210 + km 17.240 à 17.370
km 17.490 à 18.910
Secteur amont sur la commune de Bex:
Km 19.020 à 19.280
Injection d'un écran étanche dans le corps de la digue, sur environ 0,4 km, lorsque toute intervention sur le parement est rendu impossible à cause d'un ouvrage de franchissement ou de surfaces non disponibles en pied de digue. Les secteurs concernés sont les suivants:
Secteur aval sur la commune d'Aigle:
Digue le long de la Raffinerie de Collombey, km 14.830 à 15.060
Secteur intermédiaire sur la Commune d'Ollon:
De part et d'autre du pont de Collombey, km 17.370 à 17.490
Renforcement localisé du parement extérieur de la digue sur une centaine de mètres sur le secteur aval sur la commune d'Aigle, au niveau du pont d'Illarsaz, km 11.630 à 11.730.
Sur certains secteurs, mise en place de drainages et puits filtrants en pied de digue pour éviter le risque d'instabilité hydraulique locale:
- du km 11.720 et le 12.250, entre le centre de l'UCI (excepté) et les jardins collectifs,
- du km 15.350 et le 17.240 (profil étudié km 16.800), entre la Raffinerie de Collombey et le pont de Collombey.
A l'amont de la Gryonne: cloisonnement des Iles d'Amont entre l'Avançon et la Gryonne:
Création d'une digue longeant l'autoroute sur env. 210m.
Création d'une digue de fermeture dans le fossé de l'autoroute sur env. 20m.
Surélévation de la digue droite de la Gryonne sur env. 85m.
Le dossier mis à l'enquête de préciser que les mesures prévues ont un caractère transitoire dans la perspective de la réalisation de la troisième correction du Rhône. Compte tenu de l'urgence, ces mesures doivent toutefois être gérées et réalisées de manière indépendante à ce projet. La demande d'autorisation inclut toutefois un document intitulé "Intégration de la MUT au projet de 3ème correction du Rhône" qui comprend notamment la décision du Grand Conseil, les conclusions du Groupement Rhône 3 (GR-3) sur "l'Intégration et compatibilité de la MUT avec le PA-R3", l'avis du Canton du Valais sur la compatibilité des mesures urgentes transitoires (MUT) avec le projet de 3ème correction du Rhône, le rapport de l'expert M. Petrascheck (ci-après: rapport Petrascheck) et la prise de position du canton de Vaud en réponse à l'avis du Canton du Valais.
On extrait de ce document le point 7 comportant les conclusions traduites du rapport Petrascheck:
"Conclusions
La MUT du canton de Vaud, mais également les mesures urgentes réalisées par le canton du Valais sont des travaux ayant pour but de conserver et de garantir le bon fonctionnement des ouvrages de protection existants. Elles assurent la stabilité de ces ouvrages. Il n'y a pas d'influence des débits de crue actuels – du moins pas de manière significative – étant donné que les profils d'écoulement ne sont pas modifiés mais uniquement rétablis. Par la MUT, la stabilité des digues est améliorée et par conséquent leur risque de rupture diminué, mais cela ne signifie pas que le risque en rive gauche est augmenté. Ce risque dépend, sans changement de la sollicitation – donc des débits et de leur durée -, uniquement de la résistance à la rupture locale de la digue.
Un écoulement franc bord cause un débordement et puis une rupture aux endroits avec une capacité insuffisante. Espérer que la rupture sur une rive empêche celle sur l'autre implique plusieurs conditions qui ne sont guère réunies en même temps. Le déversement devrait être actif avant le début de la rupture sur le tronçon aval et la pointe de crue devrait être réduite à la capacité disponible. La même condition s'applique en cas de rupture par érosion interne où la dureté des hautes eaux est déterminante.
La rupture de la digue à Chamoson en octobre 2000 a démontré la grande vulnérabilité des digues et nous conduit à recommander de supprimer les points faibles sans revanche par rapport à Q100min pour les deux rives.
Les mesures anticipées du canton du Valais à Fully sont de même nature et poursuivent un objectif similaire que la MUT et doivent donc être considérées de la même manière. La réalisation de la première étape de la 3e correction du Rhône dans la région de Viège n'induit pas de changement du risque sur le tronçon considéré entre Branson et le Léman, et cela parce que les débits déterminants autour de Q100min ne sont pas – ou seulement de manière insignifiante – influencés. Dans le cas d'une crue beaucoup plus importante (Q100cible ou Qex) une inondation de Viège est empêchée, mais pas celle à l'aval où il n'existe pas de sécurité par rapport à ces évènements."
On extrait également du document précité le point 8 relatif à l'avis du Canton du Valais sur la compatibilité des MUT avec le projet de 3ème correction du Rhône:
"La MUT s'étend du km 20.700 (Massongex) au km 11.100 (Collombey). Elle prévoit principalement un renforcement de digue rive droite. Elle n'améliore pas la capacité hydraulique.
Elle supprime l'aléa rupture de digue avant débordement. La réalisation de la 3ème correction du Rhône complètera cette protection en augmentant le niveau de sécurité à Qex (2100 m3/s).
Après sa réalisation, le danger est résiduel (jaune strié), bien que la crue centennale occasionne de légers débordements. Ceci est admissible compte tenu de la situation générale de fragilité amont et en rive gauche qui rend très peu probable dans la situation actuelle le transit de débits de cet ordre sur ce secteur. Les travaux amont vont cependant permettre le transit de la crue centennale et de ce fait modifier la situation de danger. Ceci met en évidence la nécessité de réaliser à court terme les travaux de la 3ème correction.
La classification du danger aval de la Grande Eau dépendra des résultats des investigations géotechniques des digues sur ce secteur.
Le renforcement systématique de la digue en rive droite peut poser la question de l'augmentation du risque de rupture de la rive gauche qui peut actuellement être considéré comme équiprobable. A notre sens, il n'y a pas de transfert de risque significatif compte tenu de la faiblesse générale du système. Cela est à confirmer par le rapport 5.5 et l'analyse de l'expert en géotechnique du PA-R3 sur la base des sondages géotechniques.
Avis:
Nous n'avons pas d'objections à la prochaine mise à l'enquête, ni à la réalisation des travaux de la MUT car ils sont légitimes et pertinents. Ils sont par ailleurs compatibles avec la solution à long terme de la 3ème correction du Rhône compte tenu des éléments suivants qui ont été discutés lors de différentes séances de coordination et qui sont repris ici:
- La MUT est définie comme transitoire et sera au besoin déplacée, sans surcoûts pour le canton du Valais, pour réaliser la mesure définitive de la 3ème correction.
- Les travaux réalisés dans le cadre de la MUT et les investissements consentis ne sont pas pris en compte dans la comparaison des variantes du PA-R3.
- La priorité de réalisation des travaux définitifs de R3 sur le secteur du Chablais sera définie par le canton du Valais sur la base des besoins de sécurité de la rive gauche, la rive droite étant déjà mieux protégée. Elle sera probablement élevée (en première priorité du PA-R3, soit en travaux dans les 10 ans) compte tenu des travaux de la MUT et des dégâts potentiels récemment évalués sur le Valais. Cette priorité est admise par le canton de Vaud qui garantit une réalisation coordonnée et simultanée de la solution définitive de R3.
Il convient par ailleurs de prendre en compte les éléments suivants dans la suite de l'élaboration du dossier. L'effet des travaux de la MUT sur le transfert de risque en rive gauche paraît peu significatif dans l'état actuel des connaissances. Cet aspect doit être analysé par l'expert en géotechnique, sur la base des sondages en cours. La carte des dangers après réalisation de la MUT sera mise à jour sur la base des résultats des analyses géotechniques en cours (en particulier sur le tronçon aval de la Grande Eau) et par les futurs travaux d'augmentation de capacité hydraulique en amont.
L'effet sur l'écoulement de la nappe sera vérifié par le bureau mandaté pour les études de la MUT comme prévu (p. 10 de la notice d'impact) sur la rive gauche et en particulier pour les secteurs bâtis. Le présent avis ainsi que les résultats du produit 5.5 du PA-R3 seront joints au dossier d'enquête de la MUT. La communication sur cette affaire sera menée en commun, compte tenu des forts enjeux sur la rive gauche et du lien important avec la solution définitive du PA-R3. La publication de la mise à l'enquête par l'entreprise de correction fluviale de la MUT devra paraître également dans le Bulletin Officiel valaisan."
C. Dans un document intitulé "5.5 Compatibilité de la mesure urgente transitoire d'Aigle avec la 3ème correction du Rhône", du 25 avril 2007 (ci-après "Rapport 5.5"), élaboré sous l'égide du Département valaisan des transports, de l'équipement et de l'environnement, Service des routes et des cours d'eau, Projet Rhône, ainsi que du Département vaudois de la sécurité et de l'environnement (DSE), Service des eaux, sols et assainissement, Economie hydraulique, le Groupement Rhône 3 a notamment précisé les modalités de coordination entre les cantons de Vaud et Valais: celle-ci est assurée par une commission intercantonale ad hoc (CICO). Le pilotage politique est quant à lui assuré par un Conseil de pilotage (COPIL) dans lequel participent un représentant du Canton de Vaud et un représentant de l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) aux côtés des responsables politiques du Canton du Valais. Un organisme ad-hoc (COPIL VD-VS) est prévu pour coordonner les décisions sur le secteur intercantonal du Chablais. Il réunit les deux Chefs de Département en charge du dossier. Le pilotage technique est assuré par la direction de projet, sise au Service des routes et des cours d'eau du Département des transports, de l'équipement et de l'environnement du Canton du Valais, avec la collaboration d'un Comité de projet, qui est en particulier chargé de régler toutes les questions de coordination avec les affluents, les routes et les ouvrages d'art. Le DSE représente l'administration cantonale vaudoise dans les instances de pilotage du projet, principalement à travers le SESA. Des commissions régionales de pilotage (COREPIL), composées de représentants des associations régionales, de chacune des communes riveraines et des divers domaines concernés (agriculture, protection de la nature, économie et tourisme, pêche, etc.), assurent l'accompagnement général du projet de 3e correction du Rhône à l'échelle locale et régionale. La COREPIL correspondant à la zone d'Aigle est celle du Chablais.
En page 11 du Rapport 5.5, il est encore précisé, s'agissant de la MUT, que l'on peut déjà anticiper qu'elle s'intègre à la stratégie de Rhône-3 (R-3), vu qu'elle s'apparente aux catégories de mesures "Remise en état des berges" et "Mesures prioritaires". Le chapitre 4 de ce rapport, intitulé "Solutions envisagées dans le Chablais" constate que deux phénomènes principaux peuvent être à l'origine d'une zone de danger: (1) le débordement, qui se produit lorsque le débit du Rhône dépasse sa capacité d'écoulement, et (2) la rupture de digue, qui peut se passer lorsqu'un débordement se produit mais également avant que la capacité d'écoulement ne soit atteinte. La MUT vise le deuxième type de phénomène. Le risque de débordement a été assimilé à un risque résiduel dans le cadre de la MUT. Quant à la justification des mesures d'urgence, le Rapport 5.5. de préciser, en page 19, que "l'objectif de la MUT, à savoir la sécurisation face aux ruptures de digues, correspond à un objectif de R3…Le renforcement de la sécurité à la rupture des digues, tel qu'il est prévu par la MUT, est un élément clé d'une grande partie des solutions envisageables dans le cadre de R3. En effet, lorsqu'un élargissement se fait d'un côté donné, il sera généralement nécessaire de consolider la digue se trouvant sur l'autre rive". Ce rapport n'exclut enfin pas qu'un élargissement ultérieur minimal, s'il s'avère nécessaire, pourrait entraîner un déplacement futur des digues renforcées, ce qui reste possible dans les zones où les digues auront été renforcées par un épaulement, en récupérant et en déplaçant les matériaux utilisés (Rapport 5.5. p. 20-22). Le rapport de conclure notamment que la réalisation de la MUT s'inscrit parfaitement dans la logique de réalisation à différentes vitesses de R3 et que les mesures qui constituent la MUT sont transitoires par conception, de sorte qu'il est admis d'office qu'elles pourront être déplacées ultérieurement. De ce fait, elles n'imposent pas de contraintes à une réalisation optimale de R3, à condition bien sûr que le financement disponible pour R3 ne soit pas affecté par la réalisation de la MUT. Il est par ailleurs probable qu'une partie importante de l'investissement réalisé pour la MUT pourra être mis à profit dans le cadre de R3, étant donné, d'une part, que certaines parties de digues renforcées en rive droite pourront être conservées et, d'autre part, que les matériaux (graviers) mis en place pourront être réutilisés. Une appréciation définitive n'est cependant pas possible à ce stade. Ces conclusions figurent aussi pour l'essentiel au point 6 du document d'enquête, "Intégration de la MUT au projet de 3ème correction du Rhône".
D. La commune de Collombey-Muraz a fait opposition au projet le 9 juillet 2007 en relevant notamment que la MUT envisagée prétéritait la solution retenue par le projet de troisième correction du Rhône, soit l'élargissement prévu des berges. La commune de demander une réalisation concertée en parallèle sur les deux rives du Rhône et de motiver son opposition comme suit:
"absence d'assurance que la MUT ne devienne pas des mesures définitives, alors que le plan sectoriel propose un élargissement des berges,
selon l'avis de l'office fédéral des routes et cours d'eaux, le risque de rupture de digue en rive gauche (VS) est réel si la réalisation des travaux se fait par étape. Ce service demande la coordination des travaux sur la base de la variante définitive, pour une meilleure symétrie dans la protection des zones (standards de protection identiques) et une utilisation mesurée des dépenses en réalisant la variante définitive),
demande de reconsidération des priorités dans la réalisation des travaux en intégrant le Chablais – zone Collombey-Muraz – dans les mesures à réaliser dans les 10 prochaines années, et ceci sur la base de dégâts potentiels de l'ordre de 2 milliards."
E. Une opposition a également été formulée par les associations Pro Natura Vaud et Suisse et WWF, le 10 août 2007. Cette opposition de critiquer le choix de la mesure retenue, soit un renforcement de la digue sur la rive vaudoise, qui serait contraire à la variante définitive retenue par le projet de troisième correction du Rhône. Selon convention du 12 août 2008 entre les associations précitées, le SESA et le Service des forêts, de la faune et de la nature (SFFN), les associations ont retiré leur opposition, moyennant les engagements suivants pris par les autorités précitées, signataires de la convention:
"I. Le canton de Vaud exécutera incessamment la partie dite Etape 1, selon le plan annexé 1, des travaux objets de la MUT Aigle mis à l'enquête publique du 3 juillet au 13 août 2007.
Dite Etape 1 compte les travaux apparaissant d'ores et déjà comme s'intégrant au projet de 3ème correction du Rhône, savoir:
- Tronçon km 11.630 – 11.730: Renforcement de la digue par épaulement
- Tronçon km 11.730 – 12.250: Drainage et puits filtrants en pied de digue
- Tronçon km 13.535 – 14.020: Renforcement de la digue par épaulement
- Tronçon km 14.830.- 15.060: Renforcement de la digue par injection
- Tronçon Iles d'Amont: 3 mesures de cloisonnement (deux au droit de l'autoroute, une sur 100m environ en rive droite de la Gryonne). Il est à noter que le rehaussement du chemin en rive droite de la Gryonne est une mesure transitoire qui ne prétérite en rien la mesure nature prévue mais non définie dans le projet de la 3ème correction du Rhône mis en consultation publique.
Parallèlement, le canton de Vaud réalisera également les mesures de compensation décrites par les plans annexés 2a et 2b:
- Création des 3 points d'eau M1, M2 et M4 pour renforcer la connectivité du corridor biologique à amphibiens bordant le Rhône
- Compensation des défrichements temporaires par reboisement au tronçon km 13.353 – 14.020 et pour les mesures de cloisonnement des Iles Amont
- Boisements compensatoires supplémentaires sur la parcelle 548, dans la commune d'Aigle (km 18.650 à 18.800)
- Deux bandes de jachère de 15 m de largeur pour assurer la liaison biologique pendant la période transitoire en attendant le projet de la 3ème correction du Rhône au lieu-dit La Moutonnerie (km 17.500 environ) et au lieu-dit la Ferme des Iles (km 19.000 environ).
II. Les Associations Pro Natura et WWF retirent purement et simplement leur opposition pour ce qui concerne les travaux cités de l'Etape 1.
Elles acceptent les mesures de compensation proposées.
Elles maintiennent leur opposition pour le surplus, soit contre les travaux objets de l'Etape 2 de la MUT d'Aigle.
III. L'Etat de Vaud renoncera à entreprendre les travaux de l'Etape 2 de la MUT d'Aigle, dans la mesure où les travaux de la 3ème correction du Rhône – qui rendront sans objet l'Etape 2 de la MUT d'Aigle – pourront débuter dans un délai raisonnable, de l'ordre de 3 ans au plus au regard du risque d'inondation actuellement encouru.
Au cas où ce délai ne pourrait pas être tenu ou que de nouvelles circonstances viendraient à l'exiger, l'Etat de Vaud reprendra la procédure relative à l'étape 2 de la MUT d'Aigle."
F. Selon décision du 11 septembre 2008, la cheffe du DSE a levé l'opposition de la commune de Collombey-Muraz.
G. Celle-ci a formé recours contre dite décision, par acte du 2 octobre 2008. Tout en concluant à l'annulation de la décision attaquée, la commune a toutefois précisé qu'elle ne contestait pas certains travaux, soit entre les km 11.730 et 11.630, de même que les mesures de cloisonnement prévues en amont du km 19.000. Elle exige seulement que les travaux prévus entre les km 14.020 et 13.535, de même qu'entre les km 15.060 et 14.830 ne soient ni contraignants ni définitifs par rapport au projet Rhône 3.
H. Le SESA s'est déterminé le 4 novembre 2008, également pour le compte du département intimé. L'Entreprise de correction fluviale du Rhône s'est ralliée à la prise de position du SESA.
I. Dans sa réponse du 26 novembre 2008, le SFFN a constaté un défaut de coordination en ce sens que la décision litigieuse du 11 septembre 2008 était subordonnée à l'octroi d'autorisations spéciales qui n'ont été communiquées au SESA qu'en date du 29 août 2008 s'agissant de l'autorisation de défrichement et le 13 octobre 2008 s'agissant des autorisations spéciales relevant du Centre de conservation de la faune et de la nature (CCFN). Ces autorisations, dont l'une est postérieure à la décision litigieuse, n'avaient pas été portées à la connaissance de la recourante.
J. La recourante s'est encore déterminée le 17 décembre 2008. Le 30 janvier 2009, le SESA a répliqué tout en notifiant une nouvelle décision du 26 janvier 2009 annulant et remplaçant celle du 11 septembre 2008. A cette décision étaient jointes l'autorisation de défrichement liée à la réalisation du projet et délivrée le 29 août 2008, ainsi que la synthèse, du 11 novembre 2008, des autorisations spéciales nécessaires en vertu des articles 18 et 21 de la loi fédérale sur la protection de la nature, 4a, 7 et 17 de la loi vaudoise sur la protection de la nature, des monuments et des sites et 22 de la loi vaudoise sur la faune, délivrées le 13 octobre 2008 par le CCFN.
Il est extrait de la décision du 26 janvier 2009 ce qui suit:
"Réponse du département:
a) La nécessité d'agir et l'urgence
(…)
La carte des dangers montre que la zone, située sur la Commune d'Aigle à l'amont de la Grande Eau entre l'autoroute et le Rhône, présente un niveau de danger élevé (zone rouge). Le risque encouru dans cette zone fortement construite est inacceptable en termes à la fois de probabilité d'occurrence et d'ampleur des dommages potentiels, et surtout de mise en danger de vies humaines dans une zone densément construite. Il est indispensable d'agir rapidement.
b) La mesure d'urgence transitoire (MUT)
C'est à cette situation que répond la MUT d'Aigle (objet de l'enquête publique et de votre opposition), qui consiste à renforcer d'urgence la digue vaudoise du Rhône entre les km 13 et 19. Elle fait l'objet, avec d'autres mesures de diminution des risques sur la N9 entre Bex et Ollon et l'établissement d'un plan d'urgence en cas de danger imminent, d'un crédit de Fr. 6'944'000.accordé en 2006 par le Grand Conseil vaudois, représentant la part vaudoise au coût des mesures, de Fr. 11'110'000.- en tout.
Récemment, le Canton de Vaud a décidé de réaliser en première étape les éléments suivants, figurés sur le plan annexé 1, dont on sait déjà qu'ils s'intégreront au projet actuel de la 3ème correction du Rhône.
- Tronçon km 11.630 – 11.730 : Renforcement de la digue par épaulement
- Tronçon km 11.730 – 12.250 : Drainage et puits filtrants en pied de digue
- Tronçon km 13.535 – 14.020 : Renforcement de la digue par épaulement
- Tronçon km 14.830 – 15.060 : Renforcement de la digue par injection
- Tronçon des Iles d'Amont: Trois mesures de cloisonnement (deux au droit de l'autoroute, une sur 100m environ en rive droite de la Gryonne).
Il est à noter que le rehaussement du chemin en rive droite de la Gryonne est une mesure transitoire qui ne prétérite en rien la mesure prévue mais non définie dans le projet de la 3ème correction du Rhône mis en consultation publique. Ce rehaussement est de très petite envergure en permettant un gain important en matière de protection contre les crues.
Parallèlement, le Canton de Vaud réalisera, toujours en première étape, les mesures de compensation décrites par les plans annexés 2a et 2b:
- Création des 3 points d'eau M1, M2 et M4 pour renforcer la connectivité du corridor biologique à amphibiens bordant le Rhône
- Compensation des défrichements temporaires par reboisement au tronçon km 13.535 – 14.020 et pour les mesures de cloisonnement des Iles Amont
- Boisements compensatoires supplémentaires sur la parcelle 548, dans la commune d'Aigle (km 18.650 à 18.800)
- Deux bandes de jachère de 15 m de largeur pour assurer la liaison biologique pendant la période transitoire en attendant le projet de la 3ème correction du Rhône, au lieu dit La Moutonnerie (km 17.500 environ) et au lieu dit "la Ferme des Iles" (km 19.000 environ)
L'Etat de Vaud renoncera à entreprendre les travaux de l'Etape 2 de la MUT d'Aigle, dans la mesure où les travaux de la 3ème correction du Rhône – qui rendront sans objet l'Etape 2 de la MUT d'Aigle – pourront débuter dans un délai raisonnable, de l'ordre de 3 ans, au regard du risque d'inondation actuellement encouru.
Au cas où ce délai ne pourrait pas être tenu ou que de nouvelles circonstances viendraient à l'exiger, l'Etat de Vaud reprendra la procédure relative à l'étape 2 de la MUT d'Aigle.
c) La planification et le calendrier des travaux de correction Rhône 3
Le plan d'aménagement de la 3e correction du Rhône, secteurs Chablais vaudois et valaisan, en consultation publique jusqu'à fin septembre 2008, propose une variante d'élargissement équilibrée retenue par les deux cantons et approuvée par la Confédération, au stade d'un avant-projet, à l'échelle 1 :25'000.
La MUT d'Aigle a été redéfinie afin, précisément, de s'adapter au plan d'aménagement.
Le plan d'aménagement prévoit sans ambiguïté d'exécuter la 3ème correction du Rhône sous la forme d'un projet coordonné Vaud-Valais pour assurer la protection durable de la plaine. La 3ème correction du Rhône n'interviendra cependant qu'à un horizon relativement éloigné, de 15 à 20 ans pour qu'elle déploie tous ses effets, notamment la gestion de la protection contre les crues.
La MUT d'Aigle est donc prévue comme une étape d'urgence, visant à réduire à un risque résiduel acceptable la menace pesant actuellement, notamment, sur la zone industrielle d'Aigle. C'est bien comme première mesure urgente que la présente le Décret du Grand Conseil du 27 juin 2006 cité plus haut, qui prévoit lui aussi expressément la 3ème correction du Rhône comme étape suivante et définitive. Ces éléments, ainsi qu'un complément prévu dans le même sens dans le Plan directeur cantonal, attestent la ferme volonté politique de réaliser la 3ème correction du Rhône.
d) Incidence de la MUT d'Aigle sur les risques en rive gauche
(…)
Les travaux prévus résultent d'études de spécialistes (Bureau Stucky SA, CEP Communauté d'études pluridisciplinaires Sàrl), validées par les services spécialisés du Canton et de la Confédération en matière notamment d'économie hydraulique.
Le professeur Armin Petrascheck, consulté, conclut dans son rapport que les travaux d'urgence n'auront aucune influence significative sur les débits de crues actuels, étant donné que les profils d'écoulement ne sont pas modifiés, mais seulement rétablis. La stabilité des rives est améliorée. Il n'en résultera aucune augmentation du risque en rive gauche.
Quant au mode de réalisation par étapes, il n'induira pas non plus d'accroissement de risques.
(...)
e) Les priorités et la coordination
Les priorités sont dictées par l'urgence et la planification en cours, comme exposé sous lettre b) plus haut. La planification arrêtée, en deux phases (MUT et 3ème correction du Rhône), est adéquate.
La MUT fait l'objet d'une coordination étroite avec les projets valaisans et vaudois de 3ème correction du Rhône, sous la forme de séances, contacts, tant au sein des Comités de pilotage que de la Commission intercantonale de coordination. Une part du crédit de Fr. 6'944'000.- accordé en 2006 par le Grand conseil vaudois, est destinée à la coordination entre les services et avec le Canton du Valais. Il y a également eu coordination étroite avec la Confédération.
La variante des travaux définitifs de correction du Rhône n'étant pas arrêtée, on ne peut prévoir une plus ample coordination avec la MUT.
f) Caractère non contraignant de la MUT et garantie de l'emprise sur la rive droite du Rhône dans le cadre du projet de la 3ème correction du Rhône
Les travaux de la première étape, prévus au point b) de la présente, s'intègrent au projet du plan d'aménagement. La liste des travaux de cette première étape a été fixée suite à la volonté de l'OFEV et de la Direction de la 3ème correction du Rhône valaisanne de ne pas devoir, dans toute la mesure du possible, intervenir deux fois sur le même secteur, et ceci partant du projet d'aménagement du Rhône connu à ce jour.
Il n'est, d'autre part pas possible, à l'heure actuelle, de garantir un élargissement sur la rive droite dans le cadre de la 3ème correction du Rhône. En effet, les élargissements futurs définitifs dépendront, non seulement des analyses sectorielles du projet de la 3ème correction du Rhône, mais aussi d'une pesée des intérêts à effectuer avec l'ensemble des acteurs de ce projet. La mise en consultation du plan d'aménagement n'a été qu'une première phase de cette pesée des intérêts.
g) Autorisations spéciales
L'autorisation de défrichement liée à la réalisation du projet (article 5 de la loi fédérale sur les forêts) a été délivrée le 29 août 2008 par le Service des forêts, de la faune et de la nature.
Les autorisations spéciales également nécessaires en vertu des articles 18 et 21 de la loi fédérale sur la protection de la nature, 4a, 7 et 17 de la loi vaudoise sur la protection de la nature, des monuments et des sites et 22 de la loi vaudoise sur la faune ont été délivrées le 13 octobre 2008 par le Centre de conservation de la faune et de la nature.
Ces autorisations sont réputées parties intégrantes de la présente décision à laquelle elles sont jointes.
h) Décision
En conclusion, le Département lève l'opposition de la Commune de Collombey-Muraz en ce qui concerne les travaux de l'étape 1 décrits au point b) de la présente, en application des dispositions de la loi sur la police des eaux dépendant du domaine public.
…"
Dans sa réplique du 30 janvier 2009, l'autorité intimée a requis la levée de l'effet suspensif au recours.
Le 19 février 2009, la recourante a confirmé le maintien de son recours nonobstant la nouvelle décision qui ne modifie, selon elle, en rien les objections exprimées à l'encontre de la décision précédente.
Le 2 avril 2009, l'autorité intimée a complété son dossier en produisant notamment la prise de position de l'OFEV, une confirmation de la publication de la mise à l'enquête du projet MUT dans le Bulletin officiel valaisan, ainsi que des rapports techniques et une note technique relative à la première étape de la MUT. Cette autorité de préciser que le dossier transmis au Tribunal était extrait du dossier "Rhône 3". Parmi les pièces produites à cette occasion figure ainsi un courrier de l'OFEV du 31 mars 2009 portant référence "Prise de position MUT Aigle":
"(…)
Lors de la séance du comité de pilotage Vaud-Valais pour la 3e correction du Rhône sur le tronçon Chablais, différents éléments en relation avec la réalisation de la mesure urgente transitoire d'Aigle (MUT) ont été abordés. Nous revenons par le présent courrier sur certains des éléments de cette discussion qui ont leur importance dans le cadre du recours de la Commune valaisanne de Collombey-Muraz à la réalisation de la MUT.
- De manière générale, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) veille à ce que le projet de 3e correction du Rhône soit planifié et réalisé de manière coordonnée sur les deux rives. Se limiter à la réalisation définitive de mesures partielles et/ou incomplètes sur une rive serait incompatible avec l'art. 3 al. 3 LACE (prise en compte globale des mesures dans leur interaction.)
- Le tronçon Aigle-Monthey est reconnu comme prioritaire dans la planification de la 3e correction du Rhône. L'OFEV exige que les travaux sur ce tronçon soient planifiés et réalisés de manière coordonnée par les cantons de Vaud et du Valais. Au niveau de la planification cette exigence a été remplie dans l'élaboration du PA R3. Quant à la réalisation, l'OFEV veille lors de l'octroi des subventions à ce que le programme convenu avec les cantons soit respecté.
- La MUT d'Aigle doit être réalisée en urgence, elle répond à un déficit de sécurité significatif qui a pu être réduit par des mesures d'ampleur relativement limitées. Des travaux urgents sont également planifiés sur la rive valaisanne.
- La conception de la MUT d'Aigle est coordonnée avec le PA R3. L'OFEV a donné son accord de principe à la réalisation anticipée d'une partie des mesures urgentes, celles qui sont compatibles avec le PA R3. De plus l'OFEV exigera que l'ensemble des mesures soit réalisé à terme selon PA R3.
(…)"
Toujours parmi les pièces produites par l'autorité intimée le 2 avril 2009 figure un courrier du 30 mars 2009 émanant du Département valaisan des transports, de l'équipement et de l'environnement, Service des routes et des cours d'eau, Projet Rhône, adressé au SESA. Ce courrier est rédigé comme suit:
"Nous avons bien reçu votre demande de complément d'information concernant notre préavis du 8 février 2006 dans le cadre de la procédure citée en référence et pouvons vous amener les précisions suivantes.
Notre préavis fait référence en sommet de page 3 à l'analyse d'expert en géotechnique du PA-R3. Il s'agit du rapport géotechnique du PA-R3 (produit 2.2), qui n'était pas encore élaboré à l'époque, Je vous remets une version électronique de ce rapport en annexe (pdf). Vous pouvez télécharger ce rapport au format Word, ainsi que ses annexes, sur le site ftp de GR3.
Ce rapport 2.2 fait la synthèse des connaissances sur la géotechnique des digues sur l'entier du linéaire du Rhône. Il se base sur les sondages géotechniques et le rapport MARIC de 2007 effectués pour le secteur Chablaisien.
Il est à noter que les investigations géotechniques ainsi que les rapports d'interprétation de ces investigations ont confirmé que l'état général de digues sur le secteur chablaisien était mauvais et présentait un danger élevé de rupture. Les digues sont en mauvais état des deux côtés du Rhône (rive droite comme rive gauche).
Ces résultats ne remettent pas en cause le rapport d'expert Petrascheck sur la question du transfert de risque. Nous pouvons donc confirmer, comme annoncé dans notre préavis de février 2006, que la réalisation de l'étape I de la MUT n'entraîne pas de transfert de risque significatif, compte tenu de la faiblesse générale de l'état des digues du Rhône sur ce secteur et à l'amont."
Le rapport géotechnique du 30 décembre 2008 ("Synthèse 2.2") auquel fait référence le courrier précité a été élaboré par le Groupement Rhône 3 sous l'égide des autorités valaisannes et vaudoises. Il confirme en substance le danger global très élevé le long des digues du Rhône et le très mauvais état des digues nécessitant la rénovation de la majeure partie des ouvrages.
K. Le 15 mai 2009 est paru dans la Feuille des avis officiels du canton de Vaud un communiqué relatif à la 3ème correction du Rhône qui résume les décisions de principe prises suite à la mise en consultation de l'avant-projet de la 3ème correction du Rhône, du 16 mai au 30 septembre 2008. Parmi ces décisions de principe, on relève en particulier celle relative à la zone concernée par la présente procédure:
"(…)
des premiers travaux urgents conformes à l'avant-projet seront réalisés rapidement sur les deux rives, avec le soutien des cantons. Il s'agit de renforcer ponctuellement les digues sur les secteurs d'Aigle et Bex, ainsi que de Massongex, Monthey, Collombey, Vouvry et Port-Valais, principalement au voisinage direct des zones construits. Huit kilomètres de digues seront renforcés dans les prochaines années."
L. Le tribunal a tenu audience à Aigle le 12 juin 2009. Ont pris part à cette audience la recourante et son conseil, l’autorité intimée, par le SESA, le SFFN, ainsi que des représentants de la commission régionale de pilotage pour la 3ème correction du Rhône (chefs de projet R3-VD), un représentant de l’entreprise Stucky SA et les représentants des municipalités d’Aigle, de Bex et d’Ollon. A cette occasion, la recourante a confirmé que son recours se limitait aux tronçons des km 13.535 – 14.020 et 14.830 – 15.060. Le SESA a notamment fourni quelques explications complémentaires sur le projet sur ces deux tronçons: se référant au Plan n° 17 du Plan d'aménagement (PA-R3) de mai 2008, élaboré conjointement par les cantons de Vaud et Valais, il apparaît qu'un renforcement des digues sur le côté vaudois de ces tronçons est déjà prévu dans le cadre du PA-R3. La MUT est ainsi parfaitement en harmonie avec le projet de 3ème correction du Rhône, dans la mesure où, même si la solution d'un élargissement des berges est préconisée, des renforcements de digues à certains endroits ont été préférés. L'urgence de la MUT ressort par ailleurs de la carte "Dangers et dégâts potentiels actuels" figurant sur ce plan: la région d'Aigle se trouve ainsi en zone rouge de danger élevé, alors que la zone de Collombey-Muraz se trouve en bleu, indiquant une zone de danger moyenne.
Interpellés sur le calendrier des mesures envisagées sur la rive valaisanne, les chefs de projet R3-VD présents ont produit un article de presse (article du "Régional" du 20 au 27 mai 2009) indiquant que le Grand Conseil valaisan devait se prononcer sur le budget relatif à des mesures de renforcement anticipées dans le Chablais au mois de juin. Ils ont confirmé que le calendrier valaisan avait été avancé en ce qui concerne le Chablais et qu'un renforcement des digues en rive gauche pourrait intervenir dans un délai estimé à 2-3 ans. Quant aux travaux sur la rive vaudoise, ceux-ci pourraient débuter dès l'issue de la présente procédure et leur durée estimée est de l'ordre de 8 mois.
Les représentants du SESA ont notamment confirmé que le rapport d'expertise Petrascheck, rédigé sous entête du Canton du Valais, avait été requis par l'OFEV.
Interpellée sur ces nouveaux développements du côté valaisan, la recourante a indiqué vouloir maintenir son recours dans la mesure où elle exige une garantie politique des autorités vaudoises que la MUT ne sera pas définitive et dans la mesure où les travaux envisagés sur les tronçons litigieux lui paraissent inopportuns, un élargissement étant à préférer. Enfin, il lui apparaît indispensable, sous l'angle de la coordination, que les travaux soient simultanés sur les deux rives.
L'autorité intimée et le représentant du SFFN ont rappelé que la MUT avait bien un caractère transitoire, mais que l'intention était d'éviter des nouveaux travaux sur un même tronçon, dans la mesure où elles demeuraient compatibles avec le projet final de 3ème correction du Rhône, les renforcements litigieux devaient subsister. D'ailleurs, s'agissant notamment de renforcement par épaulement, le caractère transitoire d'une telle mesure était confirmé puisqu'un déplacement des matériaux demeurait possible ultérieurement si la digue devait finalement être déplacée dans le cadre d'un élargissement de rive. Une telle solution paraissait toutefois délicate, compte tenu de l'affectation industrielle des parcelles dans ce périmètre. Il n'était dans ces circonstances pas possible de fournir davantage de garanties politiques à ce sujet.
Le tribunal s'est ensuite rendu sur les tronçons litigieux: la recourante a réitéré, au vu de la forêt sise entre les km 13.535 - 14.020, qu'un élargissement devait être préféré ici. Le représentant de la Municipalité d'Aigle a quant à lui précisé que derrière la partie forestière se trouvait une zone industrielle en cours de développement. Les deux tronçons litigieux se situent entièrement sur la commune d'Aigle. Quant au tronçon des km 14.830 – 15.060, au vu de la configuration du terrain, notamment de la présence de voies de chemin de fer directement en aval de la digue actuelle, le tribunal a pu constater, et la recourante a également reconnu, qu'un renforcement par injection paraissait bien être la seule solution technique envisageable sur ce tronçon.
Le compte-rendu d'audience a été transmis aux parties le 19 juin 2009. Celles-ci ont eu la faculté de se prononcer sur son contenu. Les municipalités d’Aigle, de Bex et d’Ollon ne se sont pas déterminées sur le recours dans le délai qui leur avait été imparti à cet effet.
Le 26 juin 2009, le SESA a indiqué ne pas avoir de remarques à formuler sur le compte-rendu d’audience. A cette occasion, il a produit un courrier du Conseiller d’Etat Melly, Chef du Département valaisan des transports, de l’équipement et de l’environnement du 8 juin 2009 évoqué en audience et adressé à l’Administration communale de Collombey, dont la teneur est la suivante :
«Madame la Présidente,
Mesdames, Messieurs les Conseillers,
Le Conseil d’Etat a dernièrement pris plusieurs décisions concernant la 3e correction du Rhône et nous tenons par la présente, en complément à votre récente discussion avec le Chef de Projet, à vous apporter les informations suivantes relatives à votre secteur.
Le Conseil d’Etat a approuvé le principe général d’aménagement du Rhône, présenté dans le Plan d’Aménagement (PA-R3) publié pour information en mai 2008, combinant des élargissements standards, des élargissements ponctuels et des abaissements. Les alternatives de type surélévation des digues ou abaissement du fond n’ont pas pu être retenues après analyse des experts et avis du Conseil Fédéral.
Le Conseil d’Etat a aussi fixé les priorités de réalisation des travaux de la 3e correction pour les 12 prochaines années. Le secteur de Massongex-Aigle a été retenu en première priorité, compte tenu des très importants dégâts potentiels concentrés sur ce secteur. Cette priorité a été confirmée par le Gouvernement vaudois et les études et travaux seront réalisés en commun.
En parallèle de ce grand chantier de plusieurs centaines de millions de francs, le Conseil d’Etat prévoit la réalisation rapide de mesures localisées de renforcement de digues dans les secteurs où les habitations sont les plus directement menacées en cas de rupture de digues. Il s’agit de mesures anticipées, conformes à la solution prévue dans le projet du Plan d’aménagement mis en consultation. Sur la commune de Collombey-Muraz, il et prévu de renforcer les digues sur un secteur de 2'100 mètres entre la Satom et la raffinerie et sur un secteur de 250 m à Illarsaz, pour un montant total estimé à plus de 7 millions de francs.
Les plans de situation indicatifs de ces mesures sont remis en annexe. Nous prévoyons de mandater ces prochains mois les bureaux d’ingénieurs pour établir les dossiers d’enquête sur ces tronçons. Les travaux pourront débuter suite à la mise à l’enquête et au traitement des remarques et éventuelles oppositions. Nous pensons pouvoir les engager dans les 3 ans, sauf retard de procédure et pour autant que les moyens financiers soient mis à notre disposition, sachant que la demande de crédit pour financer l’ensemble des mesures anticipées prévues sera traitée lors de la prochaine session du Grand Conseil.
Par ailleurs, les Gouvernements vaudois et valaisan ont pris en compte la demande de ne pas élaborer le projet sur le seul critère de pourcentage d’emprise de part et d’autre du fleuve, mais de réaliser l’élargissement en priorité sur les surfaces forestières plutôt qu’agricoles. Cette optimisation du projet ne remet pas en cause l’étape I des mesures urgentes d’Aigle qui reste compatible avec la solution définitive et qui doit être réalisée rapidement pour améliorer la sécurité sur ce secteur.
Ces nombreuses décisions positives pour la sécurisation des habitants de votre commune montrent la volonté des deux Gouvernements de traiter de façon identique les deux rives du Rhône, en réalisant en première priorité le secteur de Massongex-Aigle après avoir renforcé ponctuellement les digues dans les secteurs d’Aigle et de Collombey notamment. Elles nous paraissent de nature à faciliter l’aboutissement des procédures en cours sur le secteur.
(salutations)»
Le tribunal a délibéré à l'issue de l'audience.
Les arguments des parties sont repris dans la mesure utile.
Considérant en droit
1. La loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; RSV 173.36) entrée en vigueur le 1er janvier 2009, a abrogé et remplacé la loi du 18 décembre 1989 sur la juridiction et la procédure administratives (LJPA). Conformément à l'art. 117 LPA-VD, les causes pendantes à l'entrée en vigueur de cette loi sont traitées selon cette dernière. Aux termes de l'art. 98 LPA-VD, le recourant peut invoquer la violation du droit, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, ainsi que la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents. La décision litigieuse se fonde sur la loi vaudoise du 3 décembre 1957 sur la police des eaux dépendant du domaine public (LPDP; RSV 721.01). Cette loi ne prévoyant aucune disposition étendant le pouvoir de contrôle de l'autorité de recours à l'inopportunité, ce grief ne saurait donc être examiné par le tribunal.
Dans la mesure où la recourante critique l'opportunité des travaux projetés, ce grief est partant irrecevable.
2. La recourante reproche à l'autorité intimée d'avoir violé son droit d'être entendu, dans la mesure où la décision attaquée du 26 janvier 2009, qui a remplacé et annulé celle du 11 septembre 2008, n'indique pas clairement les dispositions légales sur lesquelles elle se fonde, se limitant à se référer à la LPDP.
a) Selon la jurisprudence, le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., confère à toute personne le droit d'exiger, en principe, qu'un jugement ou une décision défavorable à sa cause soit motivé. Cette garantie tend à donner à la personne touchée les moyens d'apprécier la portée du prononcé et de le contester efficacement, s'il y a lieu, devant une instance supérieure. Elle tend aussi à éviter que l'autorité ne se laisse guider par des considérations subjectives ou dépourvues de pertinence; elle contribue, par là, à prévenir une décision arbitraire. L'objet et la précision des indications à fournir dépend de la nature de l'affaire et des circonstances particulières du cas; néanmoins, en règle générale, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée. L'autorité n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties; elle n'est pas davantage astreinte à statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 133 III 439 consid. 3.3 p. 445; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540; arrêt GE.2005.0161 du 9 février 2006).
b) Dans le cas présent, la décision invoque certes de manière succincte la LPDP, sans préciser en particulier les dispositions topiques au cas d'espèce, ni l'application éventuelle d'autres textes légaux, hormis ceux relatifs aux autorisations spéciales annexes. La décision explique toutefois sur plusieurs pages les motifs ayant conduit l'autorité à lever l'opposition de la recourante. Cette dernière était ainsi en mesure d'apprécier les raisons ayant conduit l'autorité à statuer dans le sens de la décision et de contester celle-ci de manière circonstanciée. Ce grief doit partant être rejeté.
3. La recourante reproche encore l'absence de nouvelle mise à l'enquête du projet qui a été réduit, suite à l'accord convenu entre l'autorité intimée et les associations Pro Natura Vaud et Suisse et WWF.
De jurisprudence constante, l'enquête publique n'est pas une fin en soi. Elle a essentiellement pour but de renseigner les intéressés de façon complète sur la construction projetée. Les défauts dont elle peut être affectée ne peuvent donc être invoqués à l'encontre d'une décision que s'ils ont pour conséquence de gêner l'administré dans l'exercice de ses droits et qu'il en subit un préjudice (AC.2007.0181 du 16 décembre 2008; AC.2005.0276 du 23 novembre 2006; AC.2005.0233 du 31 mars 2006; AC.2004.0253 du 2 mai 2005).
L'art. 72b du règlement du 19 septembre 1986 d'application de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (RLATC; RSV 700.11.1) régit l'enquête complémentaire. Aux termes de cette disposition:
"1. L'enquête complémentaire doit intervenir jusqu'à l'octroi du permis d'habiter ou d'utiliser mais au plus tard dans les quatre ans suivant l'enquête principale.
2. Elle ne peut porter que sur des éléments de peu d'importance, qui ne modifient pas sensiblement le projet ou la construction en cours.
3. La procédure est la même que pour une enquête principale, les éléments nouveaux ou modifiés devront être clairement mis en évidence dans les documents produits.
4. Lors de la publication de l'enquête complémentaire, celle-ci devra toujours mentionner le numéro de référence de l'enquête précédente sur laquelle porte le complément."
En l'occurrence, une enquête publique a bien eu lieu. Suite à l'opposition des associations Pro Natura et WWF, le projet a été réduit, sans toutefois faire l'objet de modifications. Les mesures contestées demeurent ainsi identiques à celles qui ont été mis à l'enquête dans le cadre d'un projet plus vaste. Les intéressés, dont la recourante, ont ainsi été suffisamment renseignés sur le projet déjà lors de l'enquête publique. Une nouvelle enquête ou une enquête complémentaire au sens de l'art. 72b RLATC n'est dès lors pas nécessaire. La recourante considère qu'une différence essentielle réside dans les intentions de l'autorité qui aurait transformé le projet "transitoire" en une mesure définitive. Cette interprétation ne ressort toutefois nullement de la décision contestée. Sous lettre f, cette décision traite du caractère non contraignant de la MUT et explique qu'à l'heure actuelle, il n'est pas possible de garantir un élargissement sur la rive droite dans le cadre de la 3ème correction du Rhône. Ceci dépendra d'une pesée des intérêts à effectuer avec l'ensemble des acteurs de ce projet. Des explications fournies en audience, il apparaît en effet que la MUT reste bien une mesure transitoire qui pourra être maintenue ou revue ultérieurement, en fonction des solutions définitives retenues dans le cadre du PA-R3.
Au vu de ce qui précède, ce grief doit être rejeté.
4. La recourante poursuit cette argumentation sur le fond en critiquant le caractère définitif de la MUT et en sollicitant en conséquence une garantie politique que ce projet est bien provisoire. Un tel grief échappe à la compétence du tribunal de céans qui se limite à l'examen d'une éventuelle violation du droit, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation et la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 98 LPA-VD). Sur le plan des faits, on peut toutefois rappeler ce qui suit, concernant le caractère transitoire ou non du projet litigieux: la recourante elle-même a pu constater en audience que, sur un tronçon au moins, soit des km 14.830-15.060, un renforcement par injection paraissait bien la seule solution envisageable au vu de la configuration des lieux. S'agissant du tronçon litigieux restant, entre les km 13.535-14.020, il ressort du plan n° 17 du plan d'aménagement du PA-R3 que ce renforcement correspond à ce qui est prévu pour ce tronçon dans le cadre du projet actuel de 3ème correction du Rhône. Il ressort des explications fournies en audience ainsi que des documents mis à l'enquête que les matériaux utilisés pour l'épaulement des digues peuvent être déplacés et réutilisés. Dans ces circonstances, il n'est pas exclu, en fonction des développements ultérieurs du projet R3, qu'un élargissement des rives sur le tronçon intervienne par la suite, même si en l'état ceci paraît peu probable au vu notamment de la zone industrielle située à proximité.
Au vu de ce qui précède, ce grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
5. La recourante reproche encore à l'autorité intimée une violation du principe de l'égalité de traitement dans la mesure où elle n'aurait pas été intégrée dans un processus de négociation à l'instar d'autres opposants. La recourante a notamment déclaré être "prête à retirer également son opposition moyennant quelques modestes engagements de l'Etat de Vaud sur les travaux du projet définitif Rhône 3." L'absence de volonté de négocier a toutefois été contestée par l'autorité intimée en audience, celle-ci ayant au contraire indiqué en audience qu'une convention avait aussi été proposée à la recourante, qui l'a refusé.
Il y a inégalité de traitement au sens de l'art. 8 al. 1 Cst. lorsque, sans motifs sérieux, deux décisions soumettent deux situations de fait semblables à des règles juridiques différentes; les situations comparées ne doivent pas nécessairement être identiques en tous points, mais leur similitude doit être établie en ce qui concerne les éléments de fait pertinents pour la décision à prendre (ATF 135 II 78 consid. 2.4 p. 83-84; 134 I 23 consid. 9.1 p. 42/43; 133 I 249 consid. 3.3 p. 254/255, et les arrêts cités; GE.2008.0189 du 1er mai 2009). S'agissant en revanche d'un processus de négociation antérieure à une décision administrative, on ne voit pas en quoi une autorité serait tenue de parfaire une négociation avec une partie pour le seul motif qu'elle aurait conclu une convention avec une autre partie. Ce grief est partant rejeté.
6. La recourante reproche principalement au projet de MUT un défaut de coordination avec le projet PA-R3, en violation de l'art. 5 de la loi fédérale du 21 juin 1991 sur l'aménagement des cours d'eau (LACE; RS 721.100). La MUT prévoyant un renforcement de digue sur la seule rive vaudoise, elle irait à l'encontre du PA-R3 qui préconise un élargissement des berges. En outre, le renforcement des digues en rive droite, sans renforcer simultanément la rive gauche, augmenterait significativement le risque de rupture pour la rive valaisanne. La recourante conteste le rapport Petrascheck et sollicite une expertise neutre. En ne prenant pas suffisamment en compte également l'état de la rive gauche, la décision contestée serait fondée sur une constatation incomplète des faits et n'aurait pas fait l'objet d'une concertation suffisante entre les autorités vaudoises et valaisannes.
a) L'art. 5 LACE a pour titre marginal "Eaux intercantonales" et prévoit ce qui suit:
"1. Les cantons se concertent sur les mesures à prendre et s'entendent sur la répartition des frais.
2. S'ils ne parviennent pas à s'entendre sur les mesures à prendre ou sur la répartition des frais, le Conseil fédéral tranche."
A teneur de l’alinéa premier, cette disposition se limite à exiger une concertation entre les autorités cantonales s’agissant de mesures à prendre pour les eaux intercantonales. En l’occurrence, il est manifeste qu’une telle concertation a eu lieu. Le canton du Valais a ainsi été non seulement informée des travaux projetés, mais a également pris position sur ces travaux, tel que l’atteste le document « Intégration de la MUT au projet de 3ème correction du Rhône » figurant dans le dossier mis à l’enquête. De plus, par courrier du 30 mars 2009, ce canton a encore confirmé approuver les mesures envisagées par le canton de Vaud.
b) Dans la mesure où la recourante reproche au projet un défaut de coordination, on peut encore se référer à l'art. 25a de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) qui fixe les principes de la coordination dans ce domaine:
"1. Une autorité chargée de la coordination est désignée lorsque l'implantation ou la transformation d'une construction ou d'une installation nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités.
2. L'autorité chargée de la coordination:
a. peut prendre les dispositions nécessaires pour conduire les procédures;
b. veille à ce que toutes les pièces du dossier de requête soient mises en même temps à l'enquête publique;
c. recueille les avis circonstanciés relatifs au projet auprès de toutes les autorités cantonales ou fédérales concernées par la procédure;
d. veille à la concordance matérielle ainsi que, en règle générale, à une notification commune ou simultanée des décisions.
3. Les décisions ne doivent pas être contradictoires.
4. Ces principes sont applicables par analogie à la procédure des plans d'affectation."
Le principe de la coordination comporte deux aspects, la coordination formelle et la coordination matérielle. S'agissant de la première, elle vise à éviter des décisions contradictoires ou lacunaires. Quant à la coordination matérielle, elle répond à la nécessité de procéder à une pesée globale des intérêts en jeu lorsque plusieurs autorités sont compétentes pour appliquer des lois différentes à un même projet (Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne, 2001, p. 295 ss, 297; André Jomini, Coordination matérielle: l'approche de la jurisprudence du Tribunal fédéral, DEP 2005, p. 444 ss).
c) En l'occurrence, la nouvelle décision du 26 janvier 2009 a bien assuré une coordination formelle des différentes décisions relatives au projet. En cela, elle a pu réparer le vice dont était entachée la première décision litigieuse du 11 septembre 2008, à laquelle n'avaient pas été jointes les décisions spéciales relatives à l'autorisation de défrichement, ainsi qu'aux autorisations relevant des domaines de la protection de la nature et de eaux notamment.
d) Quant à la coordination matérielle, il apparaît que le projet litigieux a fait l'objet d'une coordination importante entre les autorités vaudoises, valaisannes et fédérales. Ainsi, avant même l'enquête publique, ces autorités ont été consultées et ont pu se déterminer sur le projet de MUT. Le rapport de synthèse PA-R3 et les cartes qui l'accompagnent indiquent clairement les zones de danger de part et d'autre du Rhône. Le rapport Petrascheck, de même que le rapport géotechnique ("Synthèse 2.2") ont clairement reconnu l'état déficient des digues sur les deux rives. Quant à l'expertise précitée, celle-ci conclut à l'absence d'augmentation du risque pour la rive gauche en cas de renforcement de la rive droite. Cette expertise a été rédigée sous entête du Canton du Valais et il a été confirmé en audience qu'elle avait été sollicitée par l'OFEV. La recourante n'invoque aucun argument susceptible de remettre en question le bien-fondé de l'appréciation effectuée par cette expertise, ni son caractère neutre. Dans ces circonstances, il n'apparaît pas nécessaire de solliciter une expertise complémentaire.
Au stade de la mise à l'enquête, le dossier produit inclut expressément un document résumant l'ensemble de cette coordination préalable, résumant notamment les conclusions de l'expertise précitée, ainsi que la position du Canton du Valais.
Par courriers des 30 et 31 mars 2009, les autorités valaisannes et l'OFEV, ont encore confirmé que, non seulement elles étaient informées des mesures envisagées par le canton de Vaud, mais qu'elles les approuvaient. Dans ces circonstances, il est manifeste qu'une concertation au sens de l’art. 5 al. 1 LACE et une coordination au sens de l’art. 25a LAT ont bien eu lieu.
d) La recourante a déclaré en audience souhaiter que les travaux se déroulent simultanément sur les deux rives. L'art. 5 al. 1 LACE se limite cependant à prévoir une concertation qui a bien été effectuée en l’espèce. Quant à l'art. 25a LAT, il prescrit en particulier une concordance matérielle et une notification simultanée des décisions (art. 25a al. 2 let. d LAT). Ceci n'implique pas encore une exigence de simultanéité au niveau de l'exécution des travaux, même si une telle solution peut paraître opportune. Cette question peut toutefois rester indécise au vu des développements nouveaux qui ont été portés à la connaissance du tribunal et des parties lors de l'audience: les autorités valaisannes ont décidé de prendre des mesures anticipées afin de renforcer la rive gauche rapidement. Le calendrier provisoire des travaux valaisans estimé par les chefs de projet R3-VD présents à l'audience est de 2 à 3 ans. Dans son courrier du 8 juin 2009, le Chef du Département valaisan des transports, de l’équipement et de l’environnement a confirmé ce projet sur les rives valaisannes, plus particulièrement sur le territoire de la recourante, ainsi que l’échéance prévue de ces travaux (3 ans). La durée des travaux du côté vaudois sont quant à eux estimés à quelques 8 mois. Dans ces circonstances, une coordination temporelle semble ainsi bien se dessiner s'agissant du renforcement des deux digues vaudoise et valaisanne.
Il sied enfin de rappeler que la coordination implique une pesée globale des intérêts. Or en l'espèce, il y a un intérêt public important à réaliser sans tarder le projet de MUT: la rive droite du Rhône, dans la région litigieuse sur la commune d'Aigle, figure en zone de danger élevé dans la carte des dangers élaboré dans le cadre du PA-R3. Certes, la rive gauche apparaît également située dans une zone dangereuse, celle-ci étant toutefois considérée comme de danger moyen. On ne saurait partant reprocher aux autorités vaudoises de vouloir sécuriser au plus vite une zone particulièrement dangereuse en comparaison aux autres zones voisines de danger recensées. Le caractère urgent des travaux litigieux doit partant être confirmé et la concertation et la coordination opérées entre les autorités doivent en conclusion être considérées comme conformes aux art. 5 al. 1 LACE et 25a LAT.
Ce grief doit partant être rejeté.
7. Il ressort des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté et la décision litigieuse confirmée. Conformément à l'art. 49 LPA-VD, les frais sont supportés par la partie qui succombe. Les frais de la cause sont donc mis à la charge de la recourante. Il n'est pas alloué de dépens.
Par ces motifs la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal arrête:
I. Le recours est rejeté.
II. La décision du Département de la Sécurité et de l'environnement du 26 janvier 2009 remplaçant et annulant celle du 11 septembre 2008 est confirmée.
III. Un émolument de justice de 3'000 (trois mille) francs est mis à la charge de la Commune de Collombey-Muraz.
IV. Il n'est pas alloué de dépens.
Lausanne, le 13 juillet 2009
La présidente:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.