Réf. : TA.2007.314-DOPU/amp
A. Le 24 décembre 1998, le Département de la gestion du territoire a autorisé la société Y.SA (à laquelle X. SA a succédé en septembre 1999) à installer dans le lac de Neuchâtel, […] pour une durée de cinq ans, une ferme lacustre destinée au grossissement de perches de type "perca fluviatilis", sous réserve du respect d'un certain nombre de conditions et de charges. Dans la mesure où la réalisation de cette construction impliquait un usage particulier du domaine public, il a également concédé le même jour à cette société une surface de 2009,64 m2 sur le lac de Neuchâtel (art.1er de la concession du 24.12.1998). L'acte de concession précisait que la ferme lacustre était destinée à l'élevage de perches (perca fluviatilis).
Le département prévoyait notamment un programme de surveillance permettant d'apprécier l'influence de l'exploitation sur le milieu ambiant. Selon le dispositif de la décision, la société devait également prendre les mesures nécessaires pour limiter les impacts sur l'environnement. L'autorité réservait par ailleurs la possibilité de révoquer l'autorisation si, à l'issue de la période d'essai, les impacts de l'exploitation sur l'environnement étaient trop importants.
Le 22 décembre 2005, le département a autorisé la poursuite de l'exploitation de la ferme lacustre pour une nouvelle durée de cinq ans. Le recours de X. SA, portant sur les conditions et charges qui lui étaient imposées, a finalement été retiré.
Le 2 février 2006, X. SA a demandé l'autorisation d'élever d'autres espèces autochtones sur la ferme lacustre. A l'appui de cette demande, elle a fait valoir que son élevage de perches accusait une mortalité excessive en raison d'une souche pathogène de la bactérie aeromonas sobria, que cette situation a eu des conséquences sur ses finances, ce qui l'a contrainte à envisager de diversifier les produits d'élevage. Dans ce courrier, elle a également informé l'autorité qu'elle avait introduit dès l'automne 2005 deux cages d'essai de la truite fario.
Dans ses réponses des 17 février et 3 avril 2006, le département s'est opposé à l'introduction de nouvelles espèces dans la ferme lacustre. Il a réitéré son désaccord lors d'une séance du 22 mai 2006.
A l'occasion d'un contrôle effectué le 12 juin 2006, le garde-faune du service de la faune a pu constater la présence de truites fario dans plusieurs cages de la ferme lacustre. Le Département de la gestion du territoire a ordonné à X. SA de cesser cet élevage non autorisé par courrier du 4 juillet 2006. Le 10 juillet 2006, la société a déposé une nouvelle demande de concession pour l'élevage de truites, en faisant valoir, en substance, que les perches d'élevage étaient affectées par une bactérie et que la production de ce poisson, limitée à quelques centaines de kilos par an, était insuffisante pour garantir la pérennité de l'entreprise. Elle soutenait par ailleurs que l'extension de la concession présentait un intérêt scientifique dans la mesure où il serait possible d'étudier et d'évaluer la faisabilité d'un élevage de truites en milieu lacustre. La requérante relevait enfin qu'elle a procédé à un premier essai dès l'automne 2004 (recte: 2005 ?) et qu'elle entendait intensifier sa production dès l'été 2006. Dans un courrier du 17 juillet suivant, le département a répété son intention de ne pas autoriser l'élevage d'une autre espèce dans la ferme lacustre.
Par demande du 10 janvier 2007, X. SA a sollicité une autorisation pour démarrer sur la ferme lacustre un élevage commercial de truites fario. Elle a repris pour l'essentiel les motifs de sa demande du 10 juillet 2006, à savoir que l'élevage de perches n'était pas rentable et que la société avait besoin d'autres rentrées financières pour faire face à ses obligations, notamment un remboursement d'un emprunt bancaire de plus d'un million de francs, garanti à 50 % par l'Etat de Neuchâtel. Elle a également précisé que l'élevage de truites n'induirait aucune pression supplémentaire sur l'environnement, dans la mesure où les poissons seraient élevés dans les bassins actuellement réservés aux perches. Elle a réitéré sa demande par courrier du 15 mai 2007.
Par décision du 16 juillet 2007, le Département de la gestion du territoire a rejeté la demande d'élevage de truites fario, a ordonné la cessation de l'exploitation de cette espèce et la remise en état des lieux dans leur état antérieur. Elle a également retiré l'effet suspensif à un éventuel recours contre la décision. En substance, le département, considérant que le grossissement des truites sur la ferme lacustre constituait une nouvelle exploitation soumise à autorisation au sens de l'article 24 LAT, a conclu que les conditions fixées dans cette disposition n'étaient pas remplies. Il a par ailleurs considéré que X. SA était de mauvaise foi lorsqu'elle a démarré l'élevage de truites, que cette exploitation était illégale, qu'elle comportait un risque d'atteinte à l'environnement, de sorte qu'il n'était pas contraire au principe de la proportionnalité d'exiger, d'une part, la cessation de l'élevage et, d'autre part, la remise en état des lieux, conformément à l'article 64 LCAT.
B. Par acte du 4 septembre 2007, X. SA a interjeté recours contre cette décision, en concluant, sous suite de frais et dépens, à son annulation et au renvoi de la cause au département pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle demande également la restitution de l'effet suspensif.
C. Le département a déposé ses observations le 28 septembre 2007.
D. Par décision du 9 octobre 2007, le Tribunal administratif a restitué l'effet suspensif au recours. A la demande de la recourante, il a par ailleurs été procédé à un deuxième échange d'écritures.
E. Par requête urgente de mesures provisionnelles du 30 novembre 2007, complétée le 6 décembre 2007, le département demande au Tribunal de céans d'autoriser X. SA à terminer et écouler l'élevage de truites fario se trouvant actuellement sur la ferme lacustre, en lui fixant un délai à cet effet, et à lui interdire d'introduire de nouveaux alevins de truites fario ou de toute espèce autre que la perca fluviatilis sur la ferme lacustre pendant la durée de la procédure. Il fait valoir que plusieurs centaines de truites d'élevage, provenant probablement de la ferme lacustre, ont été découvertes dans le lac de Neuchâtel, que ces fuites sont de nature à provoquer une pollution génétique des truites lacustres et que l'intérêt public à la sauvegarde de l'environnement doit primer par rapport à l'intérêt purement économique de X. SA.
Celle-ci s'est déterminée sur cette mesure par courrier du 18 décembre 2007.
F. Le 21 décembre 2007, le Tribunal de céans a informé X. SA qu'il n'excluait pas de confirmer la décision du département par substitution de motifs et lui a imparti un délai au 14 janvier 2008 pour se déterminer. La société a répondu dans le délai imparti.
CONSIDER A N T
en droit
1. Interjeté dans les formes et délai légaux, le recours est recevable. Comme il sera démontré ci-après (cons.3b), le Tribunal administratif est l'autorité compétente pour connaître du présent recours.
2. a) En l'espèce, la décision contestée du 16 juillet 2007 ne remet pas en cause l'élevage de perches, ni l'existence, en tant que telle, de la ferme lacustre, dont la construction a été dûment autorisée le 24 décembre 1998. Seule est donc litigieuse l'autorisation d'élever dans la ferme des truites de type fario.
Le département a estimé que le grossissement des truites constituait une nouvelle exploitation soumise à autorisation au sens de l'article 24 LAT. Il a donc fait application des dispositions sur l'aménagement du territoire pour statuer sur cette demande. Il a confirmé cette appréciation dans ses observations du 28 septembre et 30 novembre 2007, en précisant encore que la cause devait également être examinée à la lumière des dispositions sur le droit des concessions, puisque l'exploitation de la ferme lacustre implique un usage particulier du domaine public (D.7, p.2, D.14).
b) Selon l'article 22 LAT, aucune construction ou installation ne peut être crée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente. Il y a création lorsque, sur un terrain jusque-là non bâti, on entreprend une construction nouvelle, ou lorsqu'on procède à la reconstruction d'un ouvrage démoli. On parle de transformation lorsque, sans changer l'affectation de l'ouvrage, on lui apporte des modifications substantielles sur le plan architectonique ou architectural ou lorsque, sans modifier l'aspect extérieur, on procède à un changement d'affectation d'une construction ou d'une installation (Michel, Droit public de la construction, 1996, éditions universitaires Fribourg, p.51, no 226s). L'article 24 LAT régit les constructions et installations nouvelles ainsi que les changements d'affectation, hors de la zone à bâtir, non conforme à l'affectation de la zone, et détermine les conditions auxquelles une autorisation exceptionnelle peut être délivrée. L'article 24a LAT définit quant à lui les conditions auxquelles un changement d'affectation sans travaux de transformation peut être autorisé.
c) En ce qui concerne plus particulièrement l'utilisation des eaux publiques, notamment les eaux d'un lac, le droit fédéral précise que toute intervention sur les eaux est soumise à une autorisation de l’autorité cantonale compétente (art.8 de la loi fédérale sur la pêche).
Sur le plan cantonal, le lac de Neuchâtel est un site naturel particulièrement menacé (art.17 du règlement cantonal de la loi cantonale sur la protection des eaux), méritant d'être protégé (art.10 de la loi cantonale sur la protection de la nature, comme le lac de Neuchâtel) appartenant à l'Etat de Neuchâtel (art.1er litt.a de la loi cantonale sur les eaux) et dont l'usage particulier (sur la notion, v. Grisel, Traité de droit administratif, vol.II, p.563s) est soumis à une concession, octroyée par le Département de la gestion du territoire (art.2, 4 et 5 de la loi cantonale sur l'utilisation du domaine public, art.1er al.1 de l'arrêté concernant les concessions sur les grèves des lacs et cours d'eau faisant partie du domaine de l'Etat).
3. a) Il ressort du dossier (D.8a/9) que l'introduction de la truite fario sur la construction n'implique pas de travaux d'agrandissement ou de transformation de la ferme. Les truites seraient élevées dans les cages initialement destinées aux perches et n'induiraient pas d'augmentation du volume de poissons prévu dans le projet initial. Seule l'espèce changerait, étant précisé que plusieurs bassins seraient encore réservés aux perches, dans le cadre des recherches d'un vaccin contre la bactérie affectant ce poisson.
On doit ainsi admettre que l'implantation de la truite fario sur la ferme, dont l'existence n'est pas remise en cause (cons.2a ci-dessus), ne constitue pas une construction nouvelle selon les articles 22, respectivement 24 LAT. Il ne s'agit pas non plus d'un changement d'affectation, au sens défini aux articles 24 et 24a LAT, dans la mesure où la ferme lacustre demeure un site réservé à l'aquaculture (sur les notions relatives à l'article 24 et 24a LAT, notamment le changement d'affectation, v. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, p.257ss, Michel, op.cit., p.69ss).
b) Il faut en revanche considérer que l'introduction de truites sur la ferme lacustre constitue une modification des conditions de la concession, dans le sens d'une extension des droits, sur laquelle l'autorité doit se prononcer. En effet, si l'on se réfère à la teneur de l'article premier de la concession (D.8d), le droit accordé à X. SA le 24 décembre 1998, reconduit le 22 décembre 2005, était limité à l'élevage de perches. A cet égard, la recourante ne peut pas raisonnablement soutenir que la formulation choisie par le département ("élevage de la perche commune perca fluviatilis, à l'exclusion de toute espèce étrangère à la Suisse et à la région") lui permettait d'élever d'autres espèces que la perche commune sans une nouvelle autorisation. Le droit fédéral et le droit cantonal subordonnent d'ailleurs l'usage des eaux publiques à l'octroi d'une concession, ce qui inclut également les modifications des conditions de la concession (v. cons.2c ci-dessus). La recourante en était d'ailleurs parfaitement consciente, puisqu'elle a formellement présenté dès février 2006 une demande d'extension de la concession (D.8g/38, D.8a/3, 4).
Le présent litige, portant sur la question de savoir si X. SA peut être autorisée à élever des truites dans sa ferme lacustre, relève dès lors du droit des concessions. Les contestations en la matière sont du ressort du Tribunal administratif (art.7 de la loi sur l'utilisation du domaine public).
4. a) Comme le relève à juste titre le département (D.7, p.2), l'autorité appelée à délivrer une concession dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Elle ne saurait ni le dépasser, ni en abuser. Dès lors, elle est tenue de prendre en considération toutes les circonstances pertinentes, en évitant l'inégalité de traitement et l'arbitraire (Grisel, op.cit., p.565, v. également art.4 de l'arrêté concernant les concessions sur les grèves des lacs et cours d'eau faisant partie du domaine de l'Etat, aux termes duquel l'acte de concession est accordé "à bien plaire"). La décision d'octroi ou de refus implique une pesée des intérêts public et privé: le premier consiste principalement dans la préservation de l'usage commun par chacun, tandis que le second peut être de nature idéale ou autre, notamment économique. Dans le cas d'un intérêt purement commercial, il est admissible d'accorder plus de poids à l'intérêt public que lorsque celui-ci est comparé à un intérêt privé de nature idéale (ATF 126 I 133, 140 cons.4d et les références).
En tant qu'autorité de recours, le Tribunal administratif ne dispose pas du même pouvoir d'examen que le Département de la gestion du territoire en matière de droit des concessions (art.33 litt.d LPJA a contrario). Il ne peut donc sanctionner qu'un abus ou un excès du pouvoir d'appréciation de ce dernier.
b) Sous l'angle du droit des concessions, le refus du département d'accorder l'autorisation sollicitée se fonde sur plusieurs motifs objectifs, qui ressortent pour l'essentiel des observations du 28 septembre et du 30 novembre 2007, sur lesquelles la recourante a été invitée à se déterminer (D.16).
Selon le département, l'autorisation délivrée pour l'élevage de perches était liée à des circonstances particulières. Il a exposé que la perca fluviatilis, naturellement présente dans le lac de Neuchâtel, est une espèce difficile à reproduire artificiellement. La ferme lacustre avait pour but de développer en milieu naturel une technique novatrice développée par le biologiste M., l'un des concepteurs du projet (v. "Projet de ferme lacustre sur le lac de Neuchâtel", D.8d). L'élevage de la perche commune dans un but de commercialisation constituait donc une expérience pilote d'un certain intérêt scientifique, surtout dans le contexte de la surpêche et de la raréfaction de la faune sauvage (décision du 24.12.1998, p.5ss, D.8d). Ainsi, malgré les risques d'impact sur l'environnement, décrits par le professeur R. dans son expertise du 26 juin 1997 (v. expertise piscicole du Dr R. du 26.06.1997, Annexe au "Projet de ferme lacustre sur le lac de Neuchâtel", D.8d), le département a autorisé l'implantation de la ferme lacustre, moyennant le respect d'un programme de surveillance strict.
L'intimé soutient que le processus d'élevage de truites est, au contraire des perches, totalement maîtrisé et ne présente aucun intérêt scientifique. Grâce à une longue expérience en la matière, les maladies, la lutte contre les parasites, bactéries et autres virus affectant les truites, de même que la composition idéale de la nourriture sont autant d'éléments connus des éleveurs de truites (D.14, p.3). En outre, selon le département, d'un point de vue économique, il existe un intérêt certain d'implanter en milieu lacustre des fermes d'élevage de poissons dont le processus de production est bien maîtrisé, dans la mesure où de telles installations peuvent produire des poissons à un prix compétitif en raison de coûts de production réduits (absence de pompage de l'eau, de filtration, de chauffage etc.) (v. également à cet égard "Projet de ferme lacustre sur le lac de Neuchâtel", p.6, D.8d). L'octroi d'une concession à X. SA pour l'élevage et le grossissement des truites dans un seul but de rentabilité pourrait donc susciter l'intérêt d'autres entrepreneurs et poserait ainsi un problème délicat sous l'angle de l'égalité de traitement, mais également sous l'angle de la protection de l'environnement, la multiplication d'exploitations dans le lac pouvant entraîner un déséquilibre important de l'écosystème (déjection, propagation des bactéries, etc.). En se référant à son expérience avec la ferme lacustre, le département relève également la nécessité de surveiller de telles installations et les difficultés de contrôle engendrées par l'augmentation de ce type de fermes. Cette situation serait par ailleurs également de nature à entraver les autres utilisateurs du lac, ainsi que la liberté économique des pêcheurs professionnels.
c) Il ressort de ce qui précède que le département a procédé à une pesée des intérêts en présence. Il a considéré que X. SA n'envisageait l'élevage de truites que pour répondre à un besoin financier et ne voyait pas de son côté d'intérêt public (scientifique) à autoriser un tel élevage. Il a également expliqué les raisons pour lesquelles il a maintenu l'élevage des perches, mais a interdit celui des truites. Dans le cadre de son large pouvoir d'appréciation en matière de droit des concessions, son point de vue, décrit ci-dessus, ne saurait être qualifié d'arbitraire, même si le refus d'autoriser l'élevage de truites pourrait avoir des conséquences financières importantes pour la recourante. Dans son recours, la recourante reconnaît d'ailleurs que la production de truites est liée à des impératifs financiers (v. notamment D.1, p.9) et ne conteste pas le fait que l'élevage de truites présente un intérêt scientifique limité.
Quoi qu'elle en dise, X. SA ne peut tirer aucun droit de la concession octroyée les 24 décembre 1998 et 22 décembre 2005 (cons.3b ci-dessus). Au vu des motifs objectifs présentés par le département, résumés ci-dessus, on ne saurait en outre suivre la recourante lorsqu'elle soutient que les raisons qui ont conduit le département à interdire l'élevage de truites sont de nature idéologique (D.12, p.6). De même, elle ne peut pas valablement se plaindre d'une violation de son droit d'être entendue en reprochant un manque de motivation de la décision (D.12, p.7). Certes, une grande partie de la motivation du département ressort de ses observations des 28 septembre et 30 novembre 2007. La recourante a toutefois eu l'occasion de se déterminer sur ces motifs (Bovay, Procédure administrative, p.268 et les jurisprudences citées).
Au vu de tout ce qui précède, il convient de confirmer la décision du Département de la gestion du territoire en tant qu'elle interdit à X. SA d'élever des truites fario sur la ferme lacustre.
5. Dès l'automne 2005, des truites fario ont été introduites sans autorisation dans les cages de la ferme. Dans la décision querellée, le département, après avoir interdit l'élevage de truites, a ordonné la remise en état des lieux en application de l'article 64 LCAT (v. chiffre 4 du dispositif de la décision querellée). Les dispositions sur le droit des constructions n'entrant toutefois pas en considération dans cette affaire (v. cons.3 ci-dessus), cet ordre ne peut découler de l'article 64 LCAT. La présence de la ferme lacustre n'est d'ailleurs pas remise en cause.
A mesure que l'Autorité de céans confirme la décision du département en tant qu'elle interdit l'extension de la concession à l'élevage de truites, la présence de ces truites sur la ferme lacustre ne se justifie plus. La recourante ne peut à cet égard rien tirer de la décision incidente du 9 octobre 2007 du Tribunal administratif, par laquelle celui-ci a restitué l'effet suspensif au recours. Cette décision a uniquement eu pour conséquence de suspendre, jusqu'à droit connu sur l'issue de la présente procédure de recours, l'ordre de remise en état des lieux. La remise en état des lieux ordonnée par le département est donc confirmée et consistera dans l'enlèvement de toutes les truites présentes dans les cages de la ferme, dans un délai fixé au 29 février 2008.
6. Le présent arrêt rend sans objet la demande de mesures provisionnelles des 30 novembre et 6 décembre 2007 du département.
L'Autorité de céans ayant été en mesure de statuer en l'état du dossier, les mesures d'instruction proposées par la recourante ne se justifient pas. Il n'est donc pas non plus nécessaire d'attendre les résultats de l'expertise du Dr R., lequel a récemment été mandaté par la recourante pour déterminer si l'élevage de truites fario (salmo trutta fario) sur la ferme est une source de danger pour la faune lacustre, principalement pour la truite du lac (salmo trutta lacustris) (D.18), un tel élevage n'étant quoiqu'il en soit pas autorisé par la concession délivrée et son refus reposant sur d'autres motifs. La demande subsidiaire du 14 janvier 2008 de X. SA de suspendre la procédure jusqu'aux conclusions de cet expert doit en conséquence être rejetée.
7. Vu l'issue du litige, les frais de la cause doivent être mis à la charge de la recourante qui succombe (art.47 al.1 LPJA).
Par ces motifs, LA COUR DE DROIT PUBLIC
1. Rejette le recours au sens des considérants.
2. Met à la charge de la recourante un émolument de décision de 1'000 francs et les débours par 100 francs, montants partiellement compensés par son avance de frais.
Neuchâtel, le 23 janvier 2008
AU NOM DE LA COUR DE DROIT PUBLIC
Le greffier Le président