A. Par appel d'offre publié dans la Feuille officielle du 8 mars 2018 et sur le site internet simap.ch, le Département de l'éducation et de la famille (ci-après : le département) a, par l'intermédiaire du Service des formations postobligatoires et de l'orientation (ci-après : le service), mis en soumission, en procédure ouverte, un marché portant sur la gestion de l'hébergement à la Cité des étudiants de Neuchâtel. L'appel d'offres portait sur la gestion relationnelle et efficace pour une cohabitation saine, agréable et sûre de tous les usagers de la Cité des étudiants, la gestion locative efficace pour une occupation maximale des surfaces en location, la gestion financière efficace pour un encaissement maximal de l'état locatif théorique, la gestion technique efficace pour conserver la valeur du patrimoine et le nettoyage, blanchissage et conciergerie efficaces à la satisfaction des locataires.
Dans le délai imparti au 14 mai 2018, trois sociétés, soit X.________ SA, A.________ SA et une société tierce ont déposé une offre.
Par décision du 1er juin 2018, le département a exclu cette dernière. Il a procédé de même pour X.________ SA par décision du 7 septembre 2018 considérant que l'offre était incomplète (nombre insuffisant de références et non-indication de la valeur des marchés en pourcentage de l'état locatif) et contenait de faux renseignements relativement aux références du soumissionnaire et à l'organigramme. Il a ajouté que la notation au critère d'aptitude lié aux références se révélait quoi qu'il en soit insuffisante.
B. X.________ SA recourt devant la Cour de droit public du Tribunal cantonal contre cette décision d'exclusion en concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité intimée en l'invitant à procéder à l'évaluation de son offre, subsidiairement à l'annulation de la décision et au renvoi pour nouvelle décision au sens des considérants, sous suite de frais et dépens, et, préalablement, à ce que l'effet suspensif soit accordé au recours. Elle se prévaut du comportement contradictoire de l'autorité qui, lors d'un précédent appel d'offres en 2017, portant sur le même objet (dont l'adjudication à un tiers avait été annulée par arrêt de la Cour de droit public du 02.08.2017 [CDP.2017.145]), avait considéré les références données comme suffisantes et complètes alors qu'elles sont aujourd'hui identiques. Elle allègue par ailleurs une violation de son droit d'être entendue étant donné que les éléments fournis par les personnes de référence contactées par le pouvoir adjudicateur ne lui ont pas été transmis et que la décision d'exclusion n'est pas suffisamment motivée, l'autorité intimée n'ayant pas exposé de manière suffisante les éléments factuels précis sur la base desquels elle a jugé pouvoir attribuer une note de 1 aux critères de références ni précisé en quoi l'organigramme présentait de prétendues carences. Elle invoque également un formalisme excessif vu que l'autorité ne tient compte que de deux références alors qu'elle en a présenté cinq et ne mentionne pas en quoi l'indication de la rémunération en pourcentage de l'état locatif serait pertinente pour le marché. Elle conteste avoir fourni des renseignements inexacts dans ses références et son organigramme et se prévaut de l'appréciation arbitraire de son aptitude à exécuter le marché.
C. Le département, par le Service juridique de l'Etat, conclut au rejet du recours et s'en remet à l'appréciation de la Cour s'agissant de l'octroi de l'effet suspensif. Il conteste tout comportement contradictoire, ayant souhaité ne pas répéter les irrégularités de la précédente procédure d'appel d'offres. Il relève qu'il a respecté le principe d'égalité de traitement entre soumissionnaires en procédant selon les mêmes critères pour écarter l'autre offre. Il appartenait aux soumissionnaires de s'assurer que les personnes de référence indiquées dans leurs offres se tenaient à disposition de l'autorité adjudicatrice pour la renseigner, il ne lui incombait pas de requérir des informations additionnelles et il était exclu de permettre à X.________ SA de compléter son offre vu le principe de l'intangibilité des offres et de l'égalité de traitement. Enfin, il conteste tout formalisme excessif.
D. Le tiers intéressé ne formule pas d'observations.
E. Par décision du 28 novembre 2018, la Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours de X.________ SA.
F. Par décision du 30 novembre 2018, la Cour de céans, après avoir entendu les parties, a statué sur la mesure dans laquelle le dossier de la cause était accessible à X.________ SA.
G. X.________ SA réplique et souhaite consulter d'autre pièces du dossier.
H. Le département duplique, ce qui amène la recourante à requérir la consultation de nouvelles pièces.
CONSIDERANT
en droit
1. Interjeté dans les formes et délai légaux, le recours est recevable.
2. Les dispositions d'exécution cantonales de l'accord intercantonal sur les marchés publics doivent garantir une procédure d'examen de l'aptitude des soumissionnaires selon des critères objectifs et vérifiables (art. 13 let. d AIMP). Ainsi, à teneur de la loi cantonale sur les marchés publics (LCMP), le dossier de soumission doit contenir tous les documents et toutes les informations nécessaires à la préparation d'une offre, notamment en ce qui concerne les critères d'aptitude requis ainsi que les preuves à fournir par le soumissionnaire (art. 18 let. e LCMP). Le pouvoir adjudicateur fixe des critères objectifs et vérifiables pour juger de l'aptitude des soumissionnaires (art. 19 al. 1 LCMP). Ces critères ont trait à la capacité technique, économique, financière et organisationnelle (al. 2). Ils sont adaptés en fonction de la nature et de l'importance du marché (al. 3). Un soumissionnaire est exclu de la procédure d'adjudication s'il ne répond pas aux critères d'aptitude (art. 21 al. 1 let. a LCMP). La décision d'exclusion sommairement motivée est communiquée par le pouvoir adjudicateur au soumissionnaire concerné, au plus tard en même temps que la décision d'adjudication (art. 21a LCMP).
L'autorité judiciaire n'a pas à faire preuve de retenue lors du contrôle des règles de procédure en matière de marché public, notamment des questions de respect des critères d'aptitude (ATF 141 II 353 cons. 3 et les références citées; arrêt du TF du 29.06.2018 [2C_58/2018] cons. 5.2).
3. La recourante fait valoir une violation de son droit d'être entendue compte tenu de la motivation insuffisante de la décision qui ne lui aurait pas permis de comprendre ce qui a conduit à son exclusion du marché, plus particulièrement de savoir sur quels éléments factuels précis le critère des références a obtenu une note de 1.
a) L’autorité doit indiquer dans son prononcé les motifs qui la conduisent à sa décision (ATF 139 V 496 cons. 5.1; 138 I 232 cons. 5.1; 136 II 266 cons. 3.2 et les arrêts cités). Elle n’est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties; elle n’est pas davantage astreinte à statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l’examen des questions décisives pour l’issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l’attaquer à bon escient (ATF 139 V 496 cons. 5.1; 138 I 232 cons. 5.1; 136 II 266 cons. 3.2 et les arrêts cités). Une éventuelle violation du droit d’être entendu sous cet aspect peut être réparée si le justiciable dispose de la faculté de se déterminer dans la procédure de recours, pour autant que l’autorité de recours dispose d’un plein pouvoir d’examen, en fait et en droit (ATF 135 I 279 cons. 2.6.1; 133 I 201 cons. 2.2; 132 V 387 cons. 5.1 et les arrêts cités).
b) En l'occurrence, la décision du 7 septembre 2018 contient les éléments pour lesquels l'offre de X.________ SA a été exclue. Elle ne permet toutefois pas de comprendre pour quels motifs la note de 1 a été attribuée aux critères des références et de l'organigramme. Si la recourante ne pouvait pas comprendre au moment de faire recours les raisons de cette notation, elle a pu consulter par la suite, dans le cadre de l'échange des écritures dans la procédure de recours, le document de l'adjudicateur relatif à la justification des notes attribuées aux critères d'aptitude. Ce faisant, elle a pu prendre connaissance des motifs ayant conduit à la notation des critères de référence. Il est toutefois douteux que ce vice puisse être considéré comme réparé dans la présente procédure, le pouvoir adjudicateur disposant d'une grande liberté d'appréciation dans la manière de pondérer et de calculer les critères d'aptitude (arrêt du TF du 08.08.2003 [2P.268/2002] cons. 13). Quoi qu'il en soit, cette question peut demeurer ouverte, le recours devant être admis pour les motifs qui suivent.
4. Les procédures de marchés publics revêtent un certain formalisme, qui s'exprime notamment par la fixation de certains délais, à caractère péremptoire, et la nécessité d'appliquer les règles procédurales de manière uniforme à l'endroit de l'ensemble des candidats. Aux termes de l’article 23 LCMP, les candidats ou les soumissionnaires remettent leur demande de participation ou leur offre, accompagnée de toutes les annexes requises, par écrit, de manière complète et dans les délais fixés (al. 1). Le pouvoir adjudicateur écarte de la procédure les demandes de participation et les offres contenant de graves vices de forme (al. 2). La décision de mise à l'écart, sommairement motivée, est communiquée au candidat ou au soumissionnaire concerné, au plus tard en même temps que la communication de la décision relative au choix des participants ou de la décision d'adjudication (al. 3). Bellanger précise (DC 2006, p. 19) qu'il est important de savoir quel degré de gravité impose d'écarter une offre. De manière générale, la jurisprudence a répondu en affirmant que la notion de gravité doit être interprétée avec retenue, dans le souci d'éviter tout formalisme excessif. Par conséquent, seule une violation d'une règle importante imposera au pouvoir adjudicateur d'écarter une offre. Tel est le cas notamment lorsque les délais ne sont pas respectés. A l'inverse, une exclusion basée seulement sur des vices de forme de moindre importance serait contraire à l'interdiction de formalisme excessif ainsi qu'aux principes directeurs du droit des marchés publics. C'est notamment le cas lors de la violation d'une disposition formelle ressortant de la documentation relative à l'appel d'offres, selon laquelle seule une personne autorisée à signer au sens du registre du commerce doit signer l'offre. Pour sa part, le rapport du Conseil d'Etat relatif à la LCMP précise que constitue un grave vice de forme par exemple le non-respect du délai de réception qui a été fixé dans l'appel d'offres, une présentation incomplète ou l'absence de signature originale (BGC du 23.03.1999, p. 2336). Cependant, une exclusion d'une offre incomplète n'est justifiée que si l'informalité relève d'une certaine gravité (RDAF 2002 I, p. 526, cons. 3b). A ce stade, Esseiva propose de retenir certains critères d'appréciation, tels que l'importance de l'informalité, l'imprécision des exigences de forme contenues dans les documents d'appel d'offres, l'avantage par rapport aux autres concurrents que procurerait au soumissionnaire la réparation de son informalité ou encore l'intérêt du pouvoir adjudicateur à tout de même tenir compte d'une offre avantageuse (DC 2/2002, p. 7 note pour les arrêts S15-S19). La Commission fédérale de recours en matière de marchés publics a jugé, en 2005, que le fait de ne pas indiquer le montant d'une position ne doit pas inévitablement conduire à l'invalidité de l'offre. Au contraire, celle-ci devrait pouvoir être déclarée valable lorsque la position est négligeable au regard de l'ensemble du marché, qu'elle n'a pas une incidence importante sur la différence existant avec l'offre la plus proche et qu'en outre il ne s'agit pas d'une position qui, nonobstant la relative insignifiance du montant, est essentielle pour la réalisation du marché (décision citée dans un arrêt du TAF du 13.03.2007 [2007/13], JT 2007 I 468).
5. Le cahier des charges établi par l'autorité adjudicatrice prévoit des critères de recevabilité (ch. 14), d'aptitude (ch. 15) et d'adjudication (ch. 16). Est notamment irrecevable l'offre fondée sur de faux renseignements. Dans sa décision d'exclusion du 7 septembre 2018, le service mentionne que l'offre contient de faux renseignements dans la mesure où l'une des références, soit celle relative au Service du logement pour étudiants de l'Université de Neuchâtel, mentionne l'exécution d'un marché en cours, alors que l'université a démenti cette affirmation. Par ailleurs, l'organigramme mentionne que B.________ est au bénéfice d'une "formation de base" d'agent d'exploitation avec 6 années d'expérience alors qu'il était à l'époque apprenti.
Dite décision semble contradictoire avec le procès-verbal d'ouverture des offres qui mentionne que celle de X.________ SA est recevable alors que, selon le cahier des charges, de faux renseignements rendraient l'offre irrecevable. Quoi qu'il en soit, pour les motifs développés ci-après, la Cour de céans retient qu’une exclusion de la procédure ne se justifie pas.
a) L’organigramme déposé par X.________ SA mentionne B.________ comme co-responsable technique et indique dans l'annexe 6 relative aux qualifications des personnes-clés, une formation de base d'agent d'exploitation avec 6 ans d'expérience, alors qu'il n'était à l'époque qu'apprenti. Il s’agit d’un faux renseignement puisque B.________ n’a obtenu son CFC que postérieurement au dépôt de l’offre, soit le 1er juillet 2018. Force est de rappeler cependant que le principe de proportionnalité et l’interdiction de formalisme excessif doivent toujours être respectés quel que soit le motif d’exclusion. Il convient notamment de réserver les cas de peu de gravité (arrêt du TAF du 05.04.2018 [B-396/2018] cons. 4.4.3 et les références citées). Il s’agit ici d’un cas qui doit être qualifié de peu de gravité aux motifs que la possession d’un CFC n’est pas un critère d’aptitude et qu’un membre de la commission, C.________, savait qu’il n’était , à l’époque, qu’apprenti. Autre est la question de savoir si cet élément jouera un rôle dans les critères d'adjudication qui comprennent notamment la qualification des personnes-clés.
b) Si l'Université de Neuchâtel a indiqué au pouvoir adjudicateur n'avoir plus de relations contractuelles avec X.________ SA à compter de la fin de l'année 2014 concernant le service du logement pour étudiants, il ressort des documents déposés par la recourante que le directeur général de X.________ SA ainsi que le président de son conseil d'administration ont échangé des courriels en 2015 avec le vice-recteur de l'université à propos du logement des étudiants; que le directeur général de X.________ SA et le directeur de la coordination à l'université ont échangé des courriels en juin 2017 aux termes desquels la convention de prestations du 20 janvier 2014 sera respectée en 2017 et 2018; que le site de l'université (https://www.unine.ch/social /home/logement html consulté le 18.02.2019) mentionne X.________ SA comme référence pour le service du logement, dite société pouvant être contactée par les étudiants, et contient des liens permettant de télécharger le formulaire d'inscription ou d'obtenir des informations sur cette société. Le guide des études remis aux étudiants indique quant à lui que X.________ SA fait office de service du logement de l'université, ce qui permet de conseiller tous les étudiants à la recherche d'un logement. La référence mentionnée à l'annexe 4 indique que le marché est toujours en cours. Si la convention conclue le 4 novembre 2005 n'est plus en vigueur, il n'en demeure pas moins que l'annexe 4 mentionne la "mise en place d'un service de logement facilitant la relation entre futurs étudiants et logeurs sur l'ensemble du territoire neuchâtelois", ce qui est conforme à l'activité exercée encore aujourd'hui par X.________ SA. Certes, au moment de prendre la décision d'exclusion, l'intimé n'avait pas connaissance de ces éléments. Il sera toutefois démontré ci-après que le droit d'être entendu de X.________ SA a été violé, soit que cette dernière aurait dû pouvoir se prononcer sur les éléments fournis par l'université, ce qui ne viole pas le principe de l'intangibilité des offres comme le soutient à tort l'intimé. Une exclusion ne se justifiait dès lors pas pour ce motif, d'autant plus qu'il est mentionné sur l'annexe que le soumissionnaire doit fournir trois références qui sont achevées depuis moins de 10 ans ou en cours d'exécution mais proches d'être achevées.
6. S’agissant de critères de recevabilité, le cahier des charges mentionne également qu’une offre incomplète ou modifiée par le soumissionnaire, une offre non accompagnée des documents prévus ou des réponses au cahier des charges et/ou aux questionnaires incomplètes entraînent l’élimination du soumissionnaire de la procédure d’adjudication.
La décision entreprise retient un nombre de références insuffisant étant donné que quatre des cinq références données ont été contactées et que deux (rectorat de l'Université et Etat de Neuchâtel) ont refusé de donner un avis pour cause de conflit d'intérêt. La cinquième référence (FEN) n'a pas été contactée, le pouvoir adjudicateur estimant que son activité n'avait pas de rapport avec le marché à exécuter et en raison de ses liens avec le soumissionnaire. A supposer le nombre de références requis suffisant, le département estime qu'elles n'étaient pas complètes à mesure qu'aucune ne mentionne le "montant du marché exécuté" exprimé en "pourcent de l'état locatif". X.________ SA a par ailleurs ajouté "autre mode de rémunération", ce qui constitue une modification non autorisée.
a) Ancré à l'article 9 Cst. féd. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi exige que l'administration et les administrés se comportent réciproquement de manière loyale. En particulier, l'administration doit s'abstenir de tout comportement propre à tromper l'administré et elle ne saurait tirer aucun avantage des conséquences d'une incorrection ou insuffisance de sa part. A certaines conditions, le citoyen peut dès lors exiger de l'autorité qu'elle se conforme aux promesses ou assurances qu'elle lui a faites et ne trompe pas la confiance qu'il a légitimement placée dans celle-ci. Le droit à la protection de la bonne foi peut aussi être invoqué en présence d'un comportement de l'administration susceptible d'éveiller chez l'administré une attente ou une espérance légitime (ATF 129 II 361 cons. 7.1 et les références citées).
Lorsque des critères d'aptitude ayant déjà été utilisés dans une autre procédure avec le même soumissionnaire sont interprétés plus restrictivement dans une nouvelle procédure, alors le soumissionnaire concerné peut théoriquement se prévaloir de la protection découlant du principe de la bonne foi (arrêt du TA bâlois du 30.09.2014 [VD.2014.113] cons. 2.4.5 mentionné in Dubey, Waser et Di Cicco, La jurisprudence en marchés publics entre 2014 et 2016/VII-VIII, no 93).
Dans cette affaire, le Tribunal administratif bâlois s'était penché sur les critères d'aptitude d'un marché public portant sur un objet identique à un précédent marché. Des critères d'aptitude plus sévères dans le cadre du second marché, relatifs à l'expérience et la formation de personnes-clés, étaient justifiés par un intérêt légitime et avaient été clairement exposés dans le cahier des charges, si bien que le soumissionnaire exclu, alors qu'il avait bénéficié de l'adjudication dans le marché précédent, ne pouvait se prévaloir de la protection de la bonne foi, ce d'autant plus qu'il n'alléguait pas qu'une mauvaise compréhension dudit critère lui avait fait prendre des dispositions particulières.
b) Dans le présent litige, le marché est le même que celui qui a donné lieu à l'arrêt de la Cour de droit public du 2 août 2017 et dans le cadre duquel les références données par X.________ SA étaient les mêmes que celles données dans le marché actuel (à l’exception de la référence supplémentaire fournie par X.________ SA). Or, les critères d'aptitude sont décrits de façon identique dans les deux cahiers des charges, ce qui n'est pas contesté par l'intimé. Il est mentionné que ces critères seront évalués selon les références (annexe 4) et dite annexe précise que le soumissionnaire doit fournir trois références si possible :
"qui sont en rapport avec le type de marché à exécuter, en termes de complexité et d'importance;
- qui démontrent l'aptitude, les compétences et l'expérience nécessaires pour le marché à exécuter;
- qui sont achevées depuis moins de 10 ans ou en cours d'exécution mais proches d'être achevées;
- qui reflètent le même type d'organisation exigée pour le marché à exécuter."
Dite annexe comprend également une rubrique relative à la valeur du marché intitulée : "Montant du marché (hors TVA) : % de l'état locatif (…) CHF". Enfin, dans les deux cahiers des charges, est mentionné le même barème pour noter les critères d'aptitude.
Les références présentées par X.________ SA suite au nouvel appel d'offres sont les mêmes (hormis une supplémentaire, soit l'Etat de Neuchâtel) que dans le précédent marché et, concernant le montant du marché, X.________ SA indique à nouveau "autre mode de rémunération". Or, aucune exclusion n'avait été envisagée et la note de 3 avait été attribuée, pour les références, à X.________ SA, alors qu'elle n'est actuellement plus que de 1. Cette société pouvait dès lors compter sur le fait que les références données seraient jugées de la même manière. Le pouvoir adjudicateur mentionne en vain que la décision rendue en 2017 par le pouvoir adjudicateur était viciée et contraire au droit et qu'il n'y a pas lieu de persister dans cette voie. En effet, l'annulation de l'adjudication par la Cour de droit public ne concernait que l'interdiction de communauté de soumissionnaires et nullement les critères d'aptitude.
Certes, la recourante n'allègue pas que si elle avait été rendue attentive à une différence d'appréciation, elle aurait présenté des références supplémentaires. Tel n'aurait vraisemblablement pas été le cas puisque selon l'extrait du registre du commerce, son but a trait à la gestion de logements pour étudiants qui est exercée à Neuchâtel (gérer la partie "logements" de la Cité universitaire, les logements du foyer des Sablons et le service du logement de l'université). Elle estime par contre que la possibilité aurait dû lui être donnée de se déterminer sur les éléments à l'origine de cette nouvelle appréciation. Ce grief se confond dès lors avec celui de violation du droit d'être entendu.
7. a) Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, le droit d'être entendu vaut également en matière de marché public. Les parties à la procédure ont en particulier le droit à la consultation du dossier sur de nouveaux moyens de faits qui pourraient lui être préjudiciables (ATF 139 II 489 cons. 3.3 et les références citées). En particulier, dans cette affaire, le Tribunal fédéral a estimé que si l'autorité adjudicataire a le droit de demander des références qui n'ont pas été indiquées par le soumissionnaire et de les utiliser à son détriment, ce dernier doit obtenir la possibilité de s'exprimer à leur sujet.
b) En l'occurrence, l'adjudicateur n'a pas contacté de nouvelles références mais s'est adressé aux références proposées par X.________ SA pour obtenir des renseignements, sur lesquels elle s'est fondée pour l'exclure de la procédure. Le droit d'être entendu impliquait ici que la recourante soit informée par le pouvoir adjudicateur du fait qu'il entendait apprécier différemment les critères d'aptitude relatifs aux références. Ce devoir d'information devait se concrétiser par la possibilité donnée à la recourante de se prononcer sur les appréciations des personnes ou entités de référence. De plus, étant donné que dans le premier appel d'offres, la mention "autre mode de rémunération" avait été jugée suffisante, l'intimé devait indiquer à X.________ SA que tel ne serait plus le cas et, si elle estimait ce critère primordial, lui donner la possibilité de décrire – pour autant qu'il ne les connaisse pas – l'ampleur des marchés mentionnés.
La modification de la composition du comité d'évaluation, le dépôt d'une "offre sensiblement plus basse" de X.________ SA, l'absence de prise de contact par cette dernière avec les références données ne constituent pas des éléments qui permettaient au pouvoir adjudicateur de procéder comme susmentionné. Certes, la prise de contact avec des références n'est pas prohibée et il appartient au soumissionnaire de s'assurer que les personnes de référence sont prêtes à donner les renseignements et autorisées à le faire (arrêt du TF du 16.09.2016 [2C_257/2016] cons. 1.2.3). En l'occurrence toutefois, on ne saurait reprocher à X.________ SA de n'avoir pas procédé ainsi, vu que lors de la première adjudication ses références avaient été jugées suffisantes et lui avaient permis d'obtenir la note de 3.
Le droit d'être entendu de la recourante a été violé, mais le vice doit être considéré comme réparé devant la Cour de céans dans la mesure où elle jouit d'un plein pouvoir d'examen concernant le déroulement de la procédure.
8. a) Comme susmentionné, la référence de l'Université de Neuchâtel est une référence valable. L’absence de réponse, déjà donnée, voire complétée par la suite devra être jugée dans le cadre de l’évaluation de ce critère d’aptitude.
b) La cheffe du Département de l'éducation et de la famille a refusé de donner son avis au motif que l'autorité d'adjudication dépend de son département et qu'il apparaîtrait inopportun qu'elle apparaisse comme référence de l'un des candidats. Si on peut comprendre cette réserve, il y a lieu toutefois de la mettre en balance avec l'intérêt de X.________ SA à donner l'une des principales références dont elle peut se prévaloir puisqu'elle a géré la Cité des étudiants pendant de nombreuses années et, comme elle le mentionne à raison, a dès lors été une "actrice majeure du logement étudiant dans le canton de Neuchâtel". Le pouvoir adjudicateur ne peut dès lors écarter simplement cette référence. Dans la nouvelle évaluation des offres à laquelle il devra procéder, il pourra se référer au rapport que la commission de gestion de la Cité des étudiants adresse chaque année à l'intention du Conseil d'Etat (art. 3 let. k du règlement de la Cité des étudiants du 05.09.2013). Ce n'est pas parce que le mode de gestion ne respectait plus la nouvelle loi sur les finances de l'Etat de Neuchâtel que les prestations de X.________ SA doivent être qualifiées d'insuffisantes. On observe à cet égard qu’il semble que c'est principalement la gestion financière qui a, par le passé, fait l'objet de critiques (comptabilité analytique donnée en lieu et place de comptes d'exploitation; échanges de courriels entre le chef de l'Office des hautes écoles et de la recherche et le président du conseil d'administration de X.________ SA de mai 2018; procès-verbal de la session du Grand Conseil du 27 septembre 2017). Or, le cahier des charges du marché litigieux prévoit comment la gestion financière devra être exécutée et la recourante, en soumissionnant, accepte cette manière de procéder. Enfin, le courrier par lequel le service résiliait le 7 mars 2016 le contrat le liant à la recourante pour la gestion de l'hébergement de la Cité des étudiants la remercie pour son investissement et mentionne le souhait de pouvoir poursuivre la collaboration sur la base du nouveau cadre repensé pour la gestion de l'hébergement.
c) A tort, l'intimé n'a pas pris en considération la référence de la FEN. Si cette dernière a procédé à "la création d'une entreprise dédiée au logement", soit X.________ SA, et n'a pas d'expérience directe dans la gérance d'immeubles, elle est membre de la commission de gestion de la Cité des étudiants et donc apte à juger des compétences de la recourante. Elle comprend des étudiants immatriculés à l'Université de Neuchâtel et son but est d'assurer la défense de leurs intérêts au sein de l'université, dont assurer un logement à un prix abordable (www.fen-association.ch consulté le 18.02.2019).
De plus, le fait qu'elle soit actionnaire majoritaire de X.________ SA ne suffit pas à l'exclure. Autre est la question de savoir comment cette référence sera évaluée (cf. à cet égard arrêt du Tribunal administratif du canton de Zurich du 04.05.2017 [VB.2016.00615] cons. 4).
d) Il ressort de ce qui précède que l'offre était accompagnée de cinq références valables si bien qu'elle ne saurait être exclue au motif du nombre insuffisant. Il appartiendra dès lors au pouvoir adjudicateur de procéder à une nouvelle évaluation tenant compte des observations de la recourante relatives à l'ensemble des offres.
La décision devant être annulée pour les motifs ci-dessus, il ne se justifie ni d'examiner le grief relatif à l'inégalité de traitement, ni de se déterminer sur le grief du parti pris de l'autorité, ni de permettre à la recourante de consulter d'autres documents relatifs à la soumission du tiers intéressé. Quoi qu'il en soit, la Cour de céans ne peut prononcer l'exclusion du tiers intéressé de la procédure. Il appartiendra le cas échéant à X.________ SA, en cas d'adjudication à ce dernier, d'interjeter recours contre la décision y relative.
9. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit ainsi être admis, la décision d'exclusion annulée et la cause renvoyée à l'intimé pour instruction complémentaire puis nouvelle décision. Le dossier permettant de juger la cause en l'état, il ne sera pas donné suite aux réquisitions de preuves de la recourante.
Vu l'issue du litige, il n'y a pas lieu de percevoir des frais (art. 47 al. 1 et 2 LPJA; par renvoi de l'article 41 LCMP). En revanche, la recourante a droit à des dépens, à la charge de l'intimé (art. 48 al. 1 LPJA, par renvoi de l'art. 41 LCMP).
Les dépens doivent être définis dans les limites prévues par le décret fixant le tarif des frais, des émoluments de chancellerie et des dépens en matière civile, pénale et administrative (TFrais), du 6 novembre 2012. Le mandataire de la recourante n'ayant pas déposé un état des honoraires et des frais (art. 66 al. 1), les dépens seront fixés sur la base du dossier (art. 66 al. 2). Tout bien considéré, l'activité déployée par ce mandataire devant le Cour de céans peut être évaluée à quelque 12 heures. Eu égard au tarif usuellement appliqué par la Cour de céans de l'ordre de 280 francs l'heure, des débours à raison de 10 % des honoraires (art. 65 TFrais) et de la TVA au taux de 7,7 %, l'indemnité de dépens doit être fixée à 3'980 francs, débours et TVA compris.
Par ces motifs, la Cour de droit public
1. Admet le recours.
2. Annule la décision entreprise et renvoie la cause à l'intimé pour instruction complémentaire puis nouvelle décision au sens des considérants.
3. Statue sans frais et ordonne la restitution à la recourante de son avance de frais.
4. Alloue à la recourante une indemnité de dépens de 3'980 francs à la charge de l'intimé.
Neuchâtel, le 22 février 2019