A. V., épouse de Y., est décédée le 28 juin 2005, laissant pour héritiers légaux son époux précité et leur fils A.. L'inventaire de la succession a fixé l'actif net à 856'000 francs, composés de biens propres nets négatifs de – 7'500 francs, d’une part aux acquêts de la défunte de 374'928.25 francs et d’une part aux acquêts du conjoint de 488'561.75 francs. La succession a été partagée en deux parts égales. Les droits de succession ont été fixés par décision du 20 février 2006 à 11'340 francs pour A., compte tenu d’un taux de 3 % sur une part de ½ de 428'000 francs sous déduction d'une part héréditaire de 50'000 francs, et à 0 franc pour la part de ½ attribuée à l’époux. Cette décision est entrée en force. Aucune convention de partage n'a été établie. Par acte authentique du 16 mars 2006, Y. a cédé à A. une part de copropriété d'une demie sur l'article [a] du cadastre de Neuchâtel, un bien qualifié d’acquêt du mari, à teneur de l’acte "dans le cadre de la liquidation de la succession et des opérations de partage (…) afin de désintéresser (…) A.", pour "solde de tout compte". L'office des impôts immobiliers et de succession (ci-après OIIS) a refusé de faire bénéficier cette transaction d’un différé d’imposition sur les gains immobiliers au motif que l’époux était seul propriétaire de l’immeuble au jour du décès de son épouse et que le transfert ultérieur à son fils, même s’il avait permis de régler la succession, constituait une vente de parent à enfant soumise à l'impôt sur les gains immobiliers. L’autorité fiscale et le mandataire du contribuable ont échangé des écritures pour exposer, du côté du fisc, que la propriété juridique du bien était déterminante sans égard aux créances matrimoniales éventuelles, pour le contribuable que la loi permettait de considérer une telle opération comme une dévolution et le partage d'une succession. Une déclaration d'impôt sur les gains immobiliers a été déposée à la demande de l’autorité. Y. a fait valoir que le transfert portait bien sur une part d’immeuble faisant partie de l’actif successoral, parce que son épouse avait droit à la moitié de cet acquêt du fait de la dissolution du régime matrimonial. Il faisait donc partie de l’actif successoral. La jurisprudence du Tribunal administratif afférente à l’ancienne loi avait du reste souligné que l’imposition différée se justifiait du fait que le transfert (immobilier) intervenait à titre gratuit. C’était donc la nature du transfert par succession qui justifiait la dérogation au principe de l’imposition du gain immobilier. Il avait eu lieu à titre gratuit, aucune contrepartie n’ayant été versée de sorte qu’il devait pouvoir bénéficier d’un différé. Par décision du 6 mai 2008, l'OIIS a fixé le bénéfice sur le transfert de l'immeuble à 405'600 francs et l'impôt à 48'672 francs, en considérant que la transaction ne constituait pas un partage de succession. Y. s’y est opposé par une réclamation du 15 mai 2008, faisant valoir que dans la mesure où l’inventaire successoral fixait l’actif et le passif du patrimoine du de cujus et son attribution à ses successeurs, que la part de copropriété cédée y figurait, le transfert devait bénéficier d'un différé de par l'interprétation tant littérale que systématique et téléologique de la législation fédérale et cantonale. L'autorité fiscale a rejeté la réclamation en maintenant que la part de copropriété n'avait jamais fait partie de la succession de l'épouse et que la créance de 856'000 francs de ses héritiers envers l'époux, représentant la moitié du bénéfice de l'union conjugale, était à la charge du conjoint survivant tant que le partage successoral n'avait pas été fait. L'époux et héritier avait vendu un de ses actifs pour éteindre la créance dont son fils était devenu titulaire en héritant la moitié de la succession de sa mère. Il ne s'agissait donc pas d'une transaction à titre gratuit. Y. a recouru à l'encontre de cette décision devant le Tribunal fiscal, faisant valoir que l'immeuble était entré indirectement dans la succession de sa défunte épouse comme part au bénéfice matrimonial. La créance de A. grevait la masse successorale de sa mère et n'obligeait pas son père personnellement. Il avait ainsi un droit économique sur l'immeuble. L'attribution à son profit d'une part de copropriété liquidait le régime matrimonial et la succession, dont l'immeuble faisait économiquement partie. Il a repris l'interprétation de la législation fédérale et cantonale qu'il avait effectuée dans le cadre de la réclamation et mentionné que les cantons de Genève et de Vaud considéraient en cas de paiement d'une soulte qu'une attribution immobilière d'un héritier à un autre pour "prendre possession" de sa part successorale devait bénéficier d'un différé d'imposition. Le Tribunal fiscal a admis le recours. Dans son jugement du 20 décembre 2010, il a rappelé, en se fondant sur la doctrine, que la liquidation du régime matrimonial et le règlement d'une succession étaient des domaines liés du point de vue matériel, que la dissolution du régime de la participation aux acquêts aboutissait à ce que chaque époux avait droit à la moitié du bénéfice de l'autre, de sorte que l'immeuble était entré au jour de la dissolution du régime matrimonial dans la masse successorale de la défunte. La liquidation consistait en un ensemble d'opérations accompagnant la dissolution et le droit légal à la part du bénéfice appartenant à chaque époux, respectivement à sa succession, consistait en principe en une créance de somme d'argent et n'entraînait pas toujours un partage en nature des acquêts de chaque époux. Elle impliquait un droit à l'égard de l'immeuble qui appartenait désormais à la succession. Les héritiers étaient immédiatement titulaires de plein droit de tous les droits transmis par le de cujus, y compris les immeubles, sans qu'une inscription soit nécessaire, et libres de partager la succession comme ils l'entendaient: ils pouvaient faire un partage virtuel ou procéder au partage effectif en même temps qu'au partage successoral. L'immeuble faisait donc partie de l'actif de la succession de la défunte, quand bien même l'époux était seul inscrit comme propriétaire au registre foncier, de sorte que l'attribution de la part de copropriété en faveur de A. avait eu lieu dans le cadre de la liquidation et du partage d'une succession et devait pouvoir bénéficier d'un différé d'imposition. Il était sans importance que le conjoint survivant ait supporté la dette matrimoniale tant que le partage successoral n'avait pas été effectué. L'opération avait été réalisée sans que l'époux réalise un bénéfice ou un revenu. Le transfert avait déjà été soumis à l'impôt sur les successions et donations, de sorte que l'impôt sur les gains immobiliers ne pouvait être perçu en sus. Le Tribunal fiscal a invoqué la définition du différé d'imposition donnée récemment par le Tribunal fédéral et octroyé le différé d'imposition au transfert immobilier selon les articles 12 al. 1 let. a LHID et 58 ali.1 let. a LCdir.
B. Par mémoire du 6 janvier 2011, l'OIIS interjette recours à l'encontre de ce jugement devant la Cour de droit public du Tribunal cantonal. Il reproche au Tribunal fiscal d'avoir violé le droit et fait preuve d'arbitraire. L'acte de transfert ne constitue pas selon lui un partage de la succession de l'épouse parce que l'époux était seul inscrit au registre foncier et que le principe de la publicité de ce registre est déterminant pour fixer l'impôt sur les gains immobiliers, quand bien même l'inscription n'a qu'un caractère déclaratif en cas de transfert de propriété par succession. L'immeuble n'est jamais entré dans la masse successorale de l'épouse, la dissolution du régime matrimonial a abouti à la détermination d'une créance et non à un partage en nature et ne constituait pas un acte d'acquisition dérivée de la propriété sur un acquêt. La créance du conjoint ne constituait ni un droit réel limité, ni un autre droit privilégié devant ou pouvant faire l'objet d'une annotation, mais une créance personnelle envers l'autre conjoint. Cette créance n'était pas liée à ses biens, qui ne servent qu'à fixer le montant de la dette, la manière de s'en acquitter important peu. Il n'y avait pas eu de double imposition résultant de la perception de l'impôt sur les successions et de l'impôt sur les gains immobiliers et les conditions d'un différé n'étaient pas remplies. Le recourant conclut à l'annulation du jugement attaqué et à la confirmation de la décision de taxation du 6 mai 2008.
C. Dans sa détermination du 16 février 2011, Y. estime que le recours est irrecevable du fait de l'absorption du Tribunal fiscal par le Tribunal cantonal, en raison du risque d'avoir une identité de cours entre les deux instances. La Cour de droit public ne peut agir en tant que dernière instance de recours cantonale puisqu'elle détient les dossiers du Tribunal fiscal et peut être amenée à interpréter ses jugements. Malgré l'indication des voies de droit au Tribunal cantonal, il n'y a pas lieu à restitution de délai à mesure que l'autorité fiscale était représentée par un juriste. Il se réfère sur le fond à ses mémoires de réclamation et de recours et fait siens les considérants du jugement du 20 décembre 2010. Il demande que les faits soient interprétés sous l'angle économique, ce qui peut être fait lorsque les termes empruntés au droit civil revêtent un sens plus large que leur seule portée juridique. Même si l'immeuble ne faisait pas partie de la masse successorale sur un plan réel, tel était le cas sur le plan économique. L'attribution immobilière, effectuée dans le cadre d'un partage successoral, devait bénéficier d'un différé. Il conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet et à la confirmation du jugement du Tribunal fiscal du 20 décembre 2010, sous suite de frais et dépens.
D. Le recourant ne formule pas d'observations complémentaires. Le Tribunal fiscal, dissous avec effet au 1er janvier 2011, ne s'est pas déterminé. L'Autorité de céans a requis du greffier du Tribunal cantonal le dossier de la cause.
CONSIDERANT
en droit
1. a) Le recours a été interjeté dans les formes et délai légaux.
b) Il est établi qu'au jour du prononcé du jugement attaqué, le 20 décembre 2010, le Tribunal fiscal était valablement en fonction et que l'instance de recours était le Tribunal administratif, devenu ensuite Cour de droit public du Tribunal cantonal. Les voies de droit figurant dans la décision attaquée sont donc correctes, même si la dénomination de l'instance compétente a changé avant l'échéance du délai de recours. En procédure administrative, l'article 9 de la loi sur la procédure et la juridiction administrative du 27 juin 1979 (LPJA) permet de transmettre un recours mal adressé, et le recours aurait, en suivant les considérations du recourant, dû être transmis directement au Tribunal fédéral auprès duquel il n'aurait pas été recevable en application de l'article 86 al. 1 let. d de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF). De ce fait, le jugement du 20 décembre 2010 du Tribunal fiscal n'aurait pas du tout pu faire l'objet d'un recours, une situation contraire aux articles 29a et 30 Cst. Il faut donc admettre que la loi cantonale du 27 janvier 2010 portant adoption d'une nouvelle organisation judiciaire neuchâteloise et adaptation de la législation cantonale à la réforme de la justice fédérale contient une lacune suite à l'intégration du Tribunal fiscal dans le Tribunal cantonal, lacune qu'il incombe au juge de combler en application de l'article 1 al. 2 CC. La Cour de droit public est compétente pour se saisir du recours. Il n'y a aucune identité de personne entre les magistrats chargés d'instruire et d'apprécier le présent recours et le magistrat qui a rendu le jugement attaqué. Selon l'article 30 LPJA (nouveau), le Tribunal cantonal est l'autorité supérieure ordinaire de recours, de sorte que sa compétence est acquise. Le recours est recevable.
2. L'objet du litige est l'octroi d'un différé d'imposition sur une transaction immobilière effectuée par acte du 16 mars 2006. La loi sur les contributions directes du 21 mars 2001 est applicable, dans la mesure où elle ne contredit pas la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14). L'article 12 al. 3 let. a LHID prévoit un différé de l'imposition en cas de transfert de propriété par succession (dévolution d'hérédité, partage successoral, legs), avancement d'hoirie ou donation, et l'alinéa 3 let. b en cas de transfert de propriété entre époux en rapport avec le régime matrimonial (entre autres) et l'article 58 al. 1 LCdir admet un différé en cas de transfert de propriété par succession (dévolution d'hérédité, partage successoral, que le bien immobilier soit attribué en nature ou contre le versement d'une soulte, legs), avancement d'hoirie ou donation (let. a) ainsi qu'en cas de transfert de propriété entre époux en rapport avec le régime matrimonial (notamment). Le droit cantonal se tient donc dans le cadre tracé par la LHID, et les dispositions cantonales peuvent être interprétées à la lumière de la jurisprudence afférente au droit fédéral.
3. L'instance intimée relève à juste titre que le décès d'un des époux n'a pas seulement pour effet d'ouvrir la succession, mais qu'il met également fin au régime matrimonial, et qu'il importe de saisir les liens qui existent entre ces deux domaines du point de vue matériel: la détermination de la masse de biens qui entrent dans la succession dépend du régime matrimonial adopté par les époux et de la participation de chacun au bénéfice de l'autre ou à celui de la communauté, avec pour conséquence que la part successorale du conjoint survivant, et avec elle celle des autres héritiers, ne peut en règle générale être déterminée qu'une fois que le régime matrimonial a été liquidé (cons. 4 et références citées). Après avoir indiqué les références légales applicables à la dissolution du régime matrimonial de la participation aux acquêts, le Tribunal fiscal a correctement résumé le régime de créances existant entre conjoints lors de la dissolution du régime, notamment lorsqu'il est provoqué par le décès d'un des conjoints. Chaque époux reprend ses biens propres, il reprend également ses acquêts, mais il est débiteur envers son conjoint d'une créance correspondant à la moitié du bénéfice qu'il a réalisé pendant l'union conjugale, ce qui revient à dire que le bénéfice global réalisé par les conjoints durant le régime est partagé par moitié. C'est ce qu'a prévu le législateur en affirmant que chaque époux ou sa succession a droit à la moitié du bénéfice de l'autre, les créances étant compensées. La liquidation du régime matrimonial, quelle qu'en soit la cause, donc y compris le décès, entraîne un sursis à l'imposition au titre de gain immobilier d'un éventuel transfert d'immeuble (Zwahlen, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, vol. I/1, STHG, 2ème éd. 2002, ad art. 12 no 64, p. 237). Le décès d'un conjoint ne peut donc avoir aucun effet pour le gain immobilier en cas de transfert d'un immeuble entre un propriétaire inscrit et la succession de son conjoint.
Cette conséquence est indépendante de l'inscription du bien au registre foncier, inscription qui n'a, comme le relève le Tribunal fiscal, qu'un caractère déclaratif dans la mesure où les héritiers acquièrent de plein droit l'universalité de la succession dès que celle-ci est ouverte, y compris les créances du défunt (art. 560 al. 1 et 2 CC).
L'ouverture de la succession entraîne la dévolution de ses actifs et passifs aux héritiers qui forment une communauté (hoirie) qui prendra fin, notamment, par le partage mentionné à l'article 602 CC. Au décès du de cujus, les biens extants deviennent le patrimoine commun des héritiers, lesquels deviennent en même temps débiteurs solidaires des dettes du défunt. Ce patrimoine commun est naturellement distinct des patrimoines personnels des héritiers: c'est un patrimoine qui a plusieurs sujets actifs, les héritiers (Piottet, Traité de droit privé suisse, vol IV, Fribourg 1975, p. 579), et le partage consiste à répartir entre les patrimoines ce que ces titulaires acquièrent. La dévolution d'hérédité et le partage successoral sont des motifs d'octroi d'un différé au sens de l'article 12 al. 3 let. a LHID et le droit neuchâtelois précise qu'il en va ainsi que le bien immobilier soit attribué en nature ou contre le versement d'une soulte (art. 58 al. 1 let a LCdir).
4. En l'espèce, il n'est pas contesté que l'époux avait acquis l'article [a] du cadastre de Neuchâtel à titre onéreux au cours du mariage et qu'il s'agissait d'un acquêt. L'épouse n'avait à cet égard, pendant la durée de l'union, qu'une créance matrimoniale, qui est passée dans sa masse successorale à son d.ès. Il est sans importance, s'agissant du différé d'imposition, que l'époux ait été seul propriétaire inscrit de l'immeuble. De son vivant, l'épouse pouvait prétendre à une indemnité correspondant à la moitié de cet acquêt, et ce droit a été transféré à sa masse successorale. Le mode de paiement de cette créance n'est pas important: si l'époux s'en était acquitté en numéraire, il n'aurait pas pu déduire cette dette et l'épouse n'aurait payé aucun impôt sur le revenu. Si comme en l'espèce l'immeuble est utilisé en tout ou en partie comme moyen d'éteindre la créance, aucun bénéfice n'est réalisé. Il n'y a pas de place pour la perception de l'impôt sur les gains immobiliers et le différé réservé à l'article 12 al. 3 let. b LHID et à l'article 58 al. 1 let. b LCdir doit être accordé. Le fait que l'obligation résultant de la dissolution du régime matrimonial ait été éteinte non pas du vivant des époux, mais au décès de l'un d'entre eux ne change rien par rapport à la situation qui se serait présentée lors d'un divorce, par exemple. Les parties ont convenu de procéder ainsi, et rien ne les limitait dans ce choix. Quant au transfert d'un actif faisant partie de la masse successorale de l'épouse à son fils, comme solde de tout compte en matière successorale, il s'agissait d'un état de fait relevant de l'article 12 al.1 let. a LHID et de l'article 58 al. 1 let. a LCdir. Il devait également bénéficier d'un différé sur le plan fédéral et cantonal. Il sied de relever que le droit neuchâtelois réserve ce traitement privilégié même en présence du versement d'une soulte, une solution plus large que le droit harmonisé.
5. Le recours est rejeté et le jugement du Tribunal fiscal du 20 décembre 2010 confirmé. L'Etat qui succombe n'étant pas astreint au paiement de frais, il n'en sera pas perçu (art. 47 LPJA). Le tiers intéressé a droit à une indemnité de dépens au sens de l'arrêté temporaire du Conseil d'Etat, du 22 décembre 2010, fixant les tarifs des frais, des émoluments de chancellerie et des dépens en matière civile, pénale et administrative, que la Cour de céans fixera sur la base du dossier, pour la rédaction d'une détermination, à 594 francs (500 francs d'honoraires, frais à raison de 10 % des honoraires [art. 42 de l'arrêté] ainsi que 8 % de TVA, les activités s'étant déroulées en 2011). Les frais et dépens de la première instance demeurent tels que fixés dans le jugement attaqué.
Par ces motifs, la Cour de droit public
1. Rejette le recours et confirme le jugement du 20 décembre 2010.
2. Statue sans frais.
3. Alloue à l'intimé une indemnité de dépens de 594 francs à la charge de l'Etat.
Neuchâtel, le 8 septembre 2011
Art. 12 LIHD
1 L’impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l’aliénation de tout ou partie d’un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d’un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l’aliénation soit supérieur aux dépenses d’investissement (prix d’acquisition ou autre valeur s’y substituant, impenses).
2 Toute aliénation d’immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a.
les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu’une aliénation sur le pouvoir de disposer d’un immeuble;
b.
le transfert de tout ou partie d’un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c.
la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l’exploitation ou diminuent la valeur vénale de l’immeuble de manière durable et essentielle et qu’elles donnent lieu à une indemnité;
d.
le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l’imposition;
e.
les plus-values résultant de mesures d’aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire1, obtenues indépendamment d’une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l’impôt sur les gains immobiliers.
3 L’imposition est différée:
a.
en cas de transfert de propriété par succession (dévolution d’hérédité, partage successoral, legs), avancement d’hoirie ou donation;
b.2
en cas de transfert de propriété entre époux en rapport avec le régime matrimonial ou en cas de dédommagement de contributions extraordinaires d’un époux à l’entretien de la famille (art. 165 CC3) ou de prétentions découlant du droit du divorce, pour autant que les deux époux soient d’accord;
c.
en cas de remembrement opéré soit en vue d’un remaniement parcellaire, de l’établissement d’un plan de quartier, de rectification de limites ou d’arrondissement d’une aire agricole, soit dans le cadre d’une procédure d’expropriation ou en raison d’une expropriation imminente;
d.
en cas d’aliénation totale ou partielle d’un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l’aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l’acquisition d’un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l’amélioration d’immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e.
en cas d’aliénation de l’habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l’aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l’acquisition ou à la construction en Suisse d’une habitation servant au même usage.
4 Les cantons peuvent percevoir l’impôt sur les gains immobiliers également sur les gains réalisés lors de l’aliénation d’immeubles faisant partie de la fortune commerciale du contribuable, à condition que ces gains ne soient pas soumis à l’impôt sur le revenu ou sur le bénéfice ou que l’impôt sur les gains immobiliers soit déduit de l’impôt sur le revenu ou sur le bénéfice. Dans l’un et l’autre cas:
a.4
les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l’imposition est différée pour l’impôt sur les gains immobiliers;
b.
le transfert de tout ou partie d’un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
5 Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
1 RS 700 2 Nouvelle teneur selon le ch. 4 de l’annexe à la LF du 26 juin 1998, en vigueur depuis le 1er janv. 2000 (RO 1999 1118; FF 1996 I 1). 3 RS 210 4 Nouvelle teneur selon le ch. 8 de l’annexe à la LF du 3 oct. 2003 sur la fusion, en vigueur depuis le 1er juillet 2004 (RO 2004 2617; FF 2000 3995).