Jura Tribunal Cantonal Cour administrative 26.10.2015 ADM 2014 18

RÉPUBLIQUE ET CANTON DU JURA TRIBUNAL CANTONAL COUR ADMINISTRATIVE ADM 18 / 2014 + 20 / 2014 Président : Sylviane Liniger Odiet Juges : Jean Moritz, Daniel Logos, Philippe Guélat et Carmen Bossart Steulet Greffière : Gladys Winkler Docourt ARRET DU 26 OCTOBRE 2015 en la cause liée entre 1. Commune municipale d'Alle, Rue de l'Eglise 5, 2942 Alle, - représentée par Me Claude Jeannerat, avocat à Delémont, 2. A., - représenté par Me Pierre Boillat, avocat à Delémont, recourants, et le Gouvernement de la République et Canton du Jura, Hôtel du Gouvernement, Rue de l'Hôpital 2, 2800 Delémont, intimé, relative à l'arrêté de l'intimé du 14 janvier 2014. Appelée en cause : Commune municipale de Porrentruy, Hôtel de Ville, Rue Pierre- Péquignat 12, 2900 Porrentruy. ______ CONSIDÉRANT En fait : A. Le plan et le règlement des zones de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz et les puits du Pont d’Able dans les communes d’Alle, Courgenay, Porrentruy et Vendlincourt ont été mis à l’enquête publique du 7 janvier au 6 février 2009. Diverses oppositions ont été déposées en temps utile, dont celle de la Commune d’Alle et celle de A., agriculteur à Alle.

2 Ceux-ci ont maintenu leur position à l’issue de la séance de conciliation le 23 avril 2009, en dépit de différentes modifications apportées au plan et au règlement. Par arrêté du 14 janvier 2014, le Gouvernement a adopté le plan et le règlement des zones de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz et les puits du Pont d’Able exploités par la commune de Porrentruy. B. La Commune municipale d’Alle a recouru contre cet arrêté le 26 février 2014, concluant principalement à sa modification, les parcelles n° 3457, 6101 et 6171 du ban d’Alle étant déclassées de la zone S2 à la zone S3, à la modification de l’article 2 let. c) Constructions du règlement en soumettant à autorisation (b) en zone S2 les constructions éliminant des eaux usées moyennant des mesures de protection adéquates des eaux souterraines ; subsidiairement, au renvoi du dossier à l’intimé pour complément d’études et de recherches permettant l’adoption d’un plan et d’un règlement adéquats de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz et les puits du Pont d’Able exploités par la commune de Porrentruy, sous suite des frais et dépens. En substance, la recourante relève qu’elle est propriétaire des parcelles dont elle demande le déclassement. Reprenant le déroulement de la procédure, elle relève que les différentes modifications qui sont intervenues au terme des séances de conciliation n’ont pas été communiquées aux personnes concernées, ce qui constitue une violation du droit d’être entendu. Sur le fond, elle s’appuie essentiellement sur le rapport d’expertise privée qu’elle a fait établir par l’Institut suisse de spéléologie et karstologie (ISSKA) pour contester le classement des parcelles en question, respectivement modifier le règlement litigieux pour permettre une autre affectation. C. Le Gouvernement a conclu au rejet du recours le 6 mai 2014. Pour l’essentiel, il souligne que la méthode EPIK qui a été utilisée pour établir les zones de protection constitue la référence et répond aux exigences légales. Le rapport ISSKA lui-même relève que le travail effectué l’a été dans les règles de l’art. D. A., agriculteur à Alle, a lui aussi recouru contre cet arrêté le 26 février 2014, demandant une réduction de la surface de la zone S2, en particulier en déclassant en zone S3 un périmètre autour du rural sis sur la parcelle xxxx dont il est propriétaire. Il a complété son recours le 10 juin 2014, en retenant les conclusions suivantes : 1. Accepter le recours ; partant, 2. À titre préalable, renvoyer le dossier à l’autorité intimée pour complément de motivation de la décision contenue dans l’arrêté du 14 janvier 2014 et dans l’annexe audit arrêté traitant de l’opposition formée par le recourant contre le plan et le règlement litigieux ; 3. Principalement, renvoyer le dossier à l’autorité intimée pour complément d’études et de recherches permettant l’adoption d’un plan et d’un règlement adéquat de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz et le puits du Pont d’Able exploités par la Commune de Porrentruy ;

3 4. Subsidiairement : 4.1 modifier le plan des zones de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz et les puits du Pont d’Able exploités par la commune de Porrentruy en déclassant les parcelles xxxx, … et … du ban d’Alle en zone S3 (zone de protection éloignée) ; 4.2 en cas de maintien des immeubles propriétés du recourant dans les zones de protection S2 et S3, dire et déclarer que celui-ci a droit à une indemnisation à fixer, à faire valoir dans le cadre d’une autre procédure ; 5. Sous suite des frais et dépens. Il relève que la décision attaquée n’indique pas quelles dispositions de l’ordonnance fédérale sur les eaux (OEaux ; RSJU 814.201) ont été appliquées pour opérer les choix arrêtés. De même, l’arrêté et son annexe n’indiquent pas pourquoi le traitement du dossier ne nécessitait pas d’investigations supplémentaires. La problématique du refus d’indemnisation n’est traitée que dans l’annexe destinée à la Commune d’Alle. Faute de motivation suffisante, la décision doit être annulée pour que l’intimé remédie à cette lacune. Sur le fond, le recourant se fonde lui aussi sur l’expertise de l’ISSKA pour demander une réduction du périmètre de sa parcelle xxxx attribué à de la zone S2 au profit de la zone S3, considérant en particulier que de nouveaux traçages devraient être réalisés. Si la Cour ne devait pas suivre son raisonnement et rejeter son recours, elle devrait toutefois déclarer qu’il a droit à une indemnité. E. La Commune de Porrentruy a renoncé le 4 avril 2014 à participer activement aux procédures de recours. F. La présidente a joint ces deux procédures de recours par ordonnance du 11 septembre 2014. G. Une visite des lieux suivie d’une audience d’instruction se sont tenues le 6 novembre 2014. A cette occasion, les parties ont été entendues, ainsi que B., collaborateur à l’Office cantonal de l’environnement, comme membre d’un service appelé à fournir des renseignements. L’Office de l’environnement a produit différentes cartes pédologiques à l’issue de l’audience. H. Les recourants ont fourni plusieurs documents les 2 et 3 février 2015, notamment en lien avec la révision de l’OEaux. Ils ont également requis des moyens de preuve complémentaires, en particulier la mise en œuvre d’une expertise. Le Gouvernement a conclu au rejet de ces différents moyens de preuve le 10 mars 2015. Par ordonnance du 19 mars 2015, la présidente a rejeté les compléments de preuve requis, sous réserve d’une décision contraire de la Cour.

4 I. Dans ses remarques finales du 31 mars 2015, le Gouvernement a maintenu ses conclusions des 6 mai et 12 août 2014 ainsi que ses remarques du 10 mars 2015. J. Le recourant n° 2 a déposé ses remarques finales le 28 mai 2015, modifiant ses conclusions : 1. Accepter le recours ; 2. Principalement, renvoyer le dossier à l’autorité intimée pour complément d’étude et de recherche permettant l’adoption d’un plan et d’un règlement adéquat de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz et le puits du Pont d’Able exploités par la Commune de Porrentruy ; 3. Subsidiairement : 3.1 modifier le plan des zones de protection des eaux souterraines pour le captage du Betteraz et les puits du Pont d’Able exploités par la commune de Porrentruy en déclassant la parcelle n° xxxx du ban d’Alle en zone S3 (zone de protection éloignée) ; 3.2 en cas de maintien du rural et de ses alentours sis sur l’immeuble n° xxxx, propriété du recourant, dans la zone de protection S2, dire et déclarer que celui-ci a droit à une indemnisation à faire valoir dans le cadre d’une autre procédure ; 4. Sous suite de frais et dépens. K. La recourante n° 1 a communiqué ses dernières observations le 29 mai 2015, confirmant ses prises de position antérieures. L. Il sera revenu ci-après dans la mesure utile sur les différents éléments au dossier. En droit : 1. Dès lors que la décision contestée a été prise par le Gouvernement, la Cour administrative statue à cinq juges (cf. art. 24 al. 2 let. a LOJ). Les recours ont été interjetés dans les formes et délai légaux par des personnes disposant manifestement de la qualité pour recourir. A cet égard, il y a lieu de souligner que la Commune d’Alle, recourante n° 1, est touchée comme un particulier, puisqu’elle est propriétaire foncier de plusieurs parcelles englobées dans le périmètre contesté (sur la qualité pour recourir des collectivités publiques, cf. BROGLIN/WINKLER DOCOURT, Procédure administrative, Principes généraux et procédure jurassienne, 2015, n° 436ss). Elle n’est toutefois pas légitimée à agir en qualité de collectivité publique qui défendrait les intérêts de ses administrés, en l’absence de toute base légale lui conférant la qualité pour recourir. Elle ne prétend pas à ce propos que son autonomie communale serait remise en cause (cf. toutefois consid. 9). Le recourant a quant à lui modifié ses conclusions au stade des remarques finales et ne conteste pour l’essentiel plus que l’attribution de sa parcelle xxxx à la zone S2.

5 2. La recourante se plaint d’une violation du droit d’être entendu, dès lors que les modifications intervenues à la suite des séances de conciliation ne lui ont pas été communiquées et que le dossier n’a été repris que cinq ans après. L’intimé relève – et cela est corroboré par le dossier – que les différentes modifications découlant de la procédure de conciliation ont été communiquées au mandataire de la recourante par courrier du 7 juillet 2009 (PJ 16 intimé). Celle-ci ne le conteste pas. Le cas échéant, il lui appartenait de se manifester et de s’exprimer si les changements auxquels il avait été procédé ne correspondaient pas aux résultats de la procédure d’opposition. Quoi qu’il en soit, dès lors que les plans ont été déposés publiquement et que les intéressés ont pu s’exprimer dans le cadre de la procédure d’opposition, il n’y avait pas lieu de donner une fois encore la possibilité aux parties concernées de s’exprimer. Au contraire, une fois les oppositions levées, seule la voie du recours est ouverte (cf. art. 95 let. b Cpa ; cf. également BROGLIN/WINKLER DOCOURT, op. cit., n° 354). Il y a par ailleurs lieu de relever que la recourante n’est pas légitimée à se plaindre d’une violation du droit d’être entendu prétendument commise au préjudice de ses administrés. Pour le surplus, si l’on peut effectivement regretter l’écoulement du temps, près de cinq ans, entre les séances de conciliation et l’adoption de l’arrêté gouvernemental, la loi ne fixe aucun délai impératif et on ne voit pas non plus en quoi la recourante s’est trouvée prétéritée par le temps mis à statuer. Elle ne se prévaut d’aucun élément à ce propos. Le droit d’être entendu de la recourante n’a pas été violé. Ce grief est par conséquent mal fondé. 3. A. invoque une violation de l’obligation de motiver. 3.1 L’article 86 al. 1 Cpa prescrit que la décision doit être motivée de façon suffisante en fait et en droit. Cette règle découle des exigences du droit d'être entendu qui confère à toute personne le droit d'exiger, en principe, qu'un jugement ou une décision défavorable à sa cause soit motivé. L'objet et la précision des indications à fournir dépendent de la nature de l'affaire et des circonstances particulières du cas ; néanmoins, en règle générale, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée. L'autorité n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties ; elle n'est pas davantage astreinte à statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige ; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (BROGLIN/WINKLER DOCOURT, op. cit., n° 74). Le défaut de motivation d’une décision peut être réparé dans la procédure de recours pour autant que le recourant ait eu la possibilité de répliquer et de répondre aux motifs contenus dans la réponse de l’autorité inférieure (BROGLIN/WINKLER DOCOURT, op. cit., n° 76).

6 3.2 Le recourant reproche notamment à l’intimé de ne pas avoir expliqué de manière circonstanciée les raisons pour lesquelles il n’avait pas ordonné d’investigations supplémentaires. La réponse de l’intimé apporte toutefois des éléments à ce propos et le représentant de l’Office de l’environnement a également donné en audience des précisions sur ce point (cf. également consid. 4 et 11 ci-dessous). S’agissant par ailleurs des indemnités réclamées jusqu’ici en vain par le recourant, il lui a été précisé lors de la séance de conciliation du 23 avril 2009 que d’éventuelles indemnisations ne pouvaient pas être prévues dans le cadre de cette procédure mais que des discussions pouvaient avoir lieu en tout temps avec la Commune de Porrentruy (PJ 5 recourant). Le Gouvernement a également pris position sur cette conclusion dans sa réponse (cf. également consid. 12 ci-dessous). Le grief relatif à une éventuelle violation du droit d’être entendu doit par conséquent être rejeté et il n’y a pas lieu d’annuler la décision attaquée pour ce motif. 4. D’une façon générale, les recourants contestent la méthodologie employée. 4.1 La loi fédérale sur la protection des eaux, qui s’applique tant aux eaux superficielles que souterraines (cf. art. 2 LEaux ; RS 814.20), a pour but de protéger celles-ci contre toute atteinte nuisible. Elle vise en particulier à préserver la santé des êtres humains, des animaux et des plantes, à garantir l'approvisionnement en eau potable et en eau d'usage industriel et promouvoir un usage ménager de l'eau (cf. art. 1 LEaux). Pour ce faire, et conformément à l’article 20 al. 1 LEaux, les cantons délimitent des zones de protection autour des captages et des installations d'alimentation artificielle des eaux souterraines qui sont d'intérêt public et fixent les restrictions nécessaires du droit de propriété. 4.2 Les mesures d'organisation du territoire relatives aux eaux sont précisées aux articles 29ss OEAux. Ainsi, conformément à l’article 29 al. 4 OEaux, pour déterminer les secteurs de protection des eaux et délimiter les zones et périmètres de protection des eaux souterraines, les cantons s'appuient sur les informations hydrogéologiques disponibles ; si ces dernières ne suffisent pas, ils veillent à procéder aux investigations hydrogéologiques nécessaires. L’article 30 al. 1 OEaux exige des cantons qu’ils établissent des cartes de protection des eaux et les adaptent en fonction des besoins. Ces dernières comportent au moins les secteurs de protection des eaux (let. a) ; les zones de protection des eaux souterraines (let. b) ; les périmètres de protection des eaux souterraines (let. c) ; les résurgences, les captages et les installations d'alimentation artificielle importants pour l'approvisionnement en eau (let. d). Il découle des chiffres 121ss de l’annexe 4 OEaux que les zones de protection des eaux souterraines se composent de la zone de captage (zone S1), de la zone de protection rapprochée (zone S2) et de la zone de protection éloignée (zone S3). Le chiffre 121 al. 3 précise que pour les eaux du sous-sol en milieu karstique ou fissuré, le dimensionnement des zones de protection des eaux souterraines est déterminé

7 par la vulnérabilité du bassin d'alimentation du captage ou de l'installation d'alimentation artificielle. La vulnérabilité est déterminée selon les critères suivants : formation des roches proches de la surface, tel qu'épikarst et zone désagrégée (let. a) ; formation des couches de couverture (let. b) ; conditions d'infiltration (let. c) et formation du système karstique ou des systèmes de discontinuité (let. d). Conformément au chiffre 122, la zone S1 doit empêcher que les captages et les installations d'alimentation artificielle ainsi que leur environnement immédiat soient endommagés ou pollués. Elle comprend le captage ou l'installation d'alimentation artificielle, la zone désagrégée par les travaux de forage ou de construction et, au besoin, l'environnement immédiat des installations. Pour les eaux du sous-sol en milieu karstique ou fissuré, elle couvre encore d'autres zones si ces dernières présentent une vulnérabilité particulièrement forte (p. ex. ponors, dolines, fissures et zones tectonisées) (let. a), et si l'existence d'une liaison directe entre ces zones et le captage ou l'installation d'alimentation artificielle est prouvée ou doit être présumée (let. b). Selon le chiffre 123, la zone S2 doit empêcher que des germes et des virus pénètrent dans le captage ou l'installation d'alimentation artificielle (let. a) ; que les eaux du sous-sol soient polluées par des excavations et travaux souterrains (let. b), et que l'écoulement des eaux du sous-sol soit entravé par des installations en soussol (let. c). L’alinéa 3 précise que pour les eaux du sous-sol en milieu karstique ou fissuré, elle couvre les parties du bassin d'alimentation du captage ou de l'installation d'alimentation artificielle qui présentent une forte vulnérabilité. En vertu du chiffre 124, la zone S3 doit garantir qu'en cas de danger imminent (p. ex. en cas d'accident impliquant des substances pouvant polluer les eaux), on dispose de suffisamment de temps et d'espace pour prendre les mesures qui s'imposent. Pour les eaux du soussol en milieu karstique ou fissuré, la zone S3 comprend les parties du bassin d'alimentation du captage ou de l'installation d'alimentation artificielle qui présentent une vulnérabilité moyenne. 4.3 L’Office fédéral de l’environnement a ainsi élaboré en 2004 des Instructions pratiques pour la protection des eaux souterraines (document disponible sur internet : www.ofev.ch > Thèmes A-Z > Eaux > Mesures pour la protection des eaux > Protection des eaux souterraines > Grundwasser als Trinkwasser > Instructions pratiques … ; consulté le 23.09.2015). Ce document se réfère (cf. p. 48 des Instructions), s’agissant des eaux en milieu karstique, à la Cartographie de la vulnérabilité en régions karstiques (EPIK), publiée en 1998, qui recourt à la méthode EPIK (document disponible sur internet : www.ofev.ch > Thèmes A-Z > Eaux > Mesures pour la protection des eaux > Protection des eaux souterraines > Grundwasser als Trinkwasser > Cartographie de la vulnérabilité … ; consulté le 23.09.2015). Celle-ci se fonde sur quatre critères, à savoir épikarst (facteur E), sol et couverture protectrice (facteur P), conditions d’infiltration (facteur I) et développement du réseau karstique (facteur K), et divise le bassin d’alimentation du captage en surfaces élémentaires, indexées en fonction des quatre critères E, P, I et K. Cette opération fait appel à différentes méthodes, directes ou indirectes, locales ou régionales, par exemple à des études géomorphologiques, à des analyses des hydrogrammes de crues, à l’interprétation de prises de vue aériennes, à des essais http://www.ofev.ch http://www.ofev.ch

8 de traçage, à des sondages à la tarière ou à la pelle mécanique, à la géophysique. L’index correspondant au critère K est en général évalué pour l’ensemble du bassin d’alimentation. 4.4 Ces instructions constituent des ordonnances administratives, plus particulièrement des directives interprétatives qui précisent le sens à donner à des notions juridiques indéterminées figurant dans les dispositions légales ou la manière de faire usage du pouvoir d’appréciation que la loi laisse à l’administration. Elles visent à garantir la sécurité juridique et l’égalité de traitement entre justiciables, à assurer une application uniforme du droit et à faciliter la tâche des fonctionnaires chargés de l’exécution de la loi, mais elles ne dispensent pas l’administration de se prononcer à la lumière du cas d’espèce. Le juge ne doit en tenir compte que dans la mesure où elles permettent une application correcte des dispositions légales dans un cas d’espèce. Il doit en revanche s’en écarter lorsqu’elles établissent des normes qui ne sont pas conformes aux règles légales applicables (TANQUEREL, Manuel de droit administratif 2011, n° 331ss, en particulier 335). 4.5 C’est ici le lieu de relever que ni la révision en cours de l’OEaux ni celle de la méthode EPIK ne sont en tant que telles propres à modifier déjà la classification à laquelle il a été procédé. A titre préalable, on ne saurait affirmer péremptoirement, comme le fait le recourant, que la révision de l’OEaux et de la méthode EPIK impliquent qu’elles sont inadaptées. Le rapport explicatif reconnaît toutefois qu’il existe des conflits entre la protection des eaux et l’utilisation en surface des eaux concernées. La zone S2 devrait être dimensionnée moins généreusement et la zone S3 abandonnée, au profit de zones de protection spécifiques (terrains à vulnérabilité moyenne = Sm ; terrains à vulnérabilité haute = Sh). Une distinction sera faite entre aquifères en roches meubles et aquifères karstiques ou fissurés faiblement hétérogènes d’une part et aquifères karstiques ou fissurés fortement hétérogènes d’autre part. Il appartiendra au Service cantonal de la protection des eaux de décider au cas par cas à partir de la situation hydrogéologique si l’aquifère doit être qualifié de faiblement hétérogène ou de fortement hétérogène (OFEV, Rapport explicatif concernant la modification de l’ordonnance sur la protection des eaux, du 22 décembre 2014, p. 6ss). Cela étant, ainsi que l’a relevé l’intimé, il n’y a pas lieu d’appliquer de nouvelles dispositions légales de manière anticipée (cf. TANQUEREL, op. cit., n° 422ss), d’autant moins que d’une part les dispositions transitoires soumises en consultation prévoient qu’il n’est en principe pas nécessaire de procéder à une nouvelle délimitation des zones de protection établies en fonction de la nouvelle OEaux et que d’autre part le texte définitif de celle-ci n’est pas connu. Il n’y a pas davantage lieu de surseoir à la délimitation des zones de protection jusqu’à droit connu sur la nouvelle méthode EPIK, qui est en consultation, comme semble le demander implicitement la recourante dans ses remarques finales. Le cas échéant, il sera possible de procéder à une nouvelle délimitation des zones de protection des eaux une fois les textes entrés en vigueur.

9 5. 5.1 En l’espèce, la méthode EPIK est celle préconisée par l’Office fédéral de l’environnement dans le cas des zones de protection dans les aquifères karstiques, ainsi que cela a été relevé ci-dessus. Elle est également celle retenue par la fiche 5.04 du plan directeur cantonal, relative à la protection des eaux souterraines (cf. p. 2). L’expertise ISSKA produite par les recourants ne remet pas en cause cette méthode. Au contraire, les experts de l’ISSKA reconnaissent la bonne facture du rapport, effectué de manière conforme aux règles de l’art et selon les directives en vigueur, et relèvent qu’il ne contient pas de malfaçon, d’erreurs ou omissions grossières pouvant mettre en cause de manière radicale les résultats (p. 2 et 8) ; ils en concluent que d’un point de vue strictement hydrogéologique, les zones de protection telles que décrites dans le rapport sont réalistes et défendables au vu des résultats issus des essais de traçage et de l’application de la méthode EPIK, même si dans les détails, ils n’auraient pas forcément toujours eu recours aux mêmes délimitations. La délimitation proposée par CSD est justifiée (p. 7). C’est dès lors sans fondement que la recourante prétend que la méthode EPIK n’est pas fiable et contestée. 5.2 S’agissant de l’ancienneté des traçages et de la nécessité, selon les recourants, de procéder à de nouvelles études, il y a lieu de relever que les experts du bureau CSD ont établi la liste des principaux traçages réalisés dans la région de Porrentruy, en particulier concernant le bassin versant de la source du Betteraz (CSD, p. 8). Les traçages concernant le périmètre litigieux ont été réalisés entre 1983 et 1992. Or le rapport ISSKA retient que les trois essais de traçage réalisés pour les vallons Champ Françon et Vertillat, très concordants au niveau des résultats, semblent suffisants pour une interprétation fine des résultats (ISSKA, p. 4). Pour le surplus, ces traçages donnent essentiellement des indications sur le critère K de la méthode EPIK (développement du réseau karstique ; cf. Méthode EPIK, p. 25), lequel n’a qu’une importance moyenne lors de la délimitation du facteur F utilisée pour déterminer les zones en question (cf. Méthode EPIK, p. 28). Ils représentent des outils pour la délimitation des zones, mais pas les seuls, comme l'a mentionné B., qui a en outre précisé que l'étude des structures géologiques est tout aussi importante voire plus, même si elle est moins visible. La méthode EPIK mentionne d'ailleurs que les critères E (développement de l’épikarst), P (propriétés de la couverture protectrice) et I (conditions d’infiltration) sont obtenus par d’autres méthodes, étant précisé que les critères E et I sont considérés comme les plus importants. Par ailleurs, de nombreux essais ont été réalisés pour le bassin versant du Betteraz en raison notamment de la construction de l’autoroute, et ont démontré l’étendue du bassin versant. En outre, d’une façon générale, la topographie du paysage donne des indications précieuses ; ainsi, les vallées sèches correspondent à des secteurs de faille, où la roche est fracturée et la circulation des eaux est plus rapide et plus concentrée. Les dolines constituent un autre indice d’une activité intense au niveau des eaux, délimitant un secteur vulnérable. Finalement, à l’instar de ce qu’a relevé B., les

10 délimitations retenues, qui se basent notamment sur la topographie, ont été fixées pour être aisément appréhendées, dans une optique didactique. 5.3 Les différents griefs des recourants s’agissant de l’attribution de leurs parcelles à la zone S2 devront ainsi être examinés à la lumière de ces principes. 6. La Commune d’Alle conteste l’attribution à la zone S2 de la parcelle 3457, sur laquelle se trouve la forêt Vernes-Vaumacon. La recourante fait en particulier valoir qu’il ne sera plus possible d’effectuer des traitements chimiques, ce qui constitue un obstacle considérable au développement de l’économie forestière. Or, indépendamment de toute classification en zone de protection des eaux, il est interdit d’utiliser des traitements phytosanitaires en forêt, ainsi que cela découle du chiffre 1.1 al. 1 let. d de l’annexe 2.5 de l’ordonnance sur la réduction des risques liés aux produits chimiques (ORRChim ; RS 814.81). Pour le surplus, ainsi que le relève l’intimé dans sa réponse, l’attribution à la zone S2 découle des quatre critères de la méthode EPIK (cf. carte C9), le classement en zone E3 étant le résultat du seul critère E – morphologie karstique (carte C2). B. a finalement relevé qu’on y trouvait de nombreuses dolines, autre morphologie karstique signe d’une activité plus intense au niveau des eaux. Dans ces circonstances, cette conclusion doit être rejetée. 7. La Commune d’Alle demande que l’intégralité de la parcelle 6171, partiellement située en milieu bâti, soit classée en zone S3. Les investigations auxquelles il a été procédé démontrent que la partie nord doit être attribuée à la zone S2, et cela même si la parcelle voisine appartenant à M. C. et initialement attribuée à cette même zone a finalement été colloquée en zone S3. B. a souligné que la parcelle n° yyyy, propriété de M. C., se trouvait en fin de vallée sèche et que les sondages effectués avaient mis en évidence une couverture filtrante de plus de 3 m. La partie nord de la parcelle 6171 est totalement située dans la vallée sèche et il est manifeste pour B. que la couverture est de peu d’épaisseur. La recourante ne parvient pas à convaincre que la situation pourrait être autre. En outre, en audience, elle a admis que sa parcelle n’avait pas une épaisseur imperméable aussi importante, notamment dans la partie talus. La carte pédologique réalisée dans le cadre du remaniement parcellaire et produite par l’Office de l’environnement le 7 novembre 2014 confirme les propos tenus en audience, puisqu’elle fait état d’un sol modérément profond, voire moins au niveau de la parcelle 6171, alors que la parcelle yyyy a une profondeur importante. Dans ces circonstances, il n’y avait pas lieu de procéder à d’autres investigations pour déterminer la profondeur des sols et il n’y a pas de violation de la maxime inquisitoire, contrairement à ce que prétend la recourante dans ses remarques finales (cf. également BROGLIN/WINKLER DOCOURT, op. cit., n° 247ss). Sur ce point, le rapport ISSKA ne permet pas non plus de remettre en cause la classification de la parcelle, dans la mesure où il préconise à la fois une augmentation vers l’est de la zone S2, moyennant compensation au sud-est de la

11 parcelle (p. 7 et annexe 5). En tout état de cause, il ne remet pas en cause l’attribution à la zone S2 d’une grande partie de la parcelle. Tous les éléments concordent pour faire admettre que la parcelle en question doit être attribuée à cette zone. Il y a par ailleurs lieu de relever que la parcelle 6171 s’étend sur plus de 17'800 m2. Si, dans sa partie sud, elle est située à proximité du milieu bâti, elle ne se trouve cependant pas en zone constructible au sens de l’article 15 LAT. Une partie est en zone de protection du paysage et l’autre dans un périmètre de protection de la nature, ce qui rend le bien-fonds inconstructible en l’état actuel de la règlementation et influence d’ores et déjà d’autant sa valeur vénale en cas d’échange avec un tiers, comme semble l’envisager la recourante. Cela étant, seule sa partie nord est attribuée à la zone S2. Le cas échéant, il appartient à la recourante d'examiner la possibilité de procéder à un morcellement pour scinder la parcelle et céder la partie affectée en zone S3. Dans ces circonstances, et au vu des analyses effectuées, il n’y a pas lieu de classer l’intégralité de la parcelle en zone S3. Cette conclusion doit être rejetée. 8. La Commune d’Alle demande que l’intégralité de la parcelle 6101, où se trouve la déchetterie, soit classée en zone S3, se prévalant d’engagements donnés lors de la séance de conciliation. Au vu des résultats de la méthode EPIK, il apparaît que la parcelle en question doit être attribuée à la zone S2 et la recourante ne remet pas ce principe en cause. Certes, l’attribution à la zone S3 permettrait d’autres développements, incompatibles avec le régime de protection des eaux. L’affectation actuelle bénéficie toutefois de la garantie de la situation acquise, ainsi que cela découle de l’article 3 let. c du règlement. L’intimé rappelle à cet égard dans son mémoire de réponse que « la déclaration en séance de conciliation du 23 avril 2009 à propos des aménagements possibles de la déchetterie est maintenue ». Les engagements en question ne doivent dès lors pas déboucher sur un changement de zone de la parcelle 6101 et cette conclusion doit être rejetée. 9. La Commune d’Alle requiert la modification de l’article 2c du règlement relatif au plan de zones afin qu’il soit possible de construire en zone S2, moyennant une autorisation de l’Office de l’environnement, les constructions éliminant des eaux usées moyennant des mesures de protection adéquates des eaux souterraines. Ce faisant, elle se prévaut implicitement d’une violation de son autonomie communale. Selon la règlementation actuelle, de telles constructions sont possibles en zone S3 moyennant autorisation. La recourante requiert toutefois davantage de souplesse pour ne pas compromettre le développement de la localité dans sa partie nord et respecter le principe de proportionnalité.

12 Il faut souligner que conformément au chiffre 222 al. 1 let. a annexe 4 OEaux, en zone S2, la construction d’ouvrage ou d’installation est interdite, quel que soit leur type. L’autorité cantonale peut accorder des dérogations pour des motifs importants, si toute menace pour la production d’eau potable peut être exclue. Selon les Instructions pratiques (cf. p. 59), la nécessité de construire ou de conserver un ouvrage en zone S2 doit être à ce point fondée et démontrée qu’elle prenne le pas sur les intérêts de la protection des eaux souterraines et de l’approvisionnement en eau potable. Ne remplissent ainsi les conditions requises pour une dérogation que les ouvrages ou parties d’ouvrages qui doivent impérativement se trouver dans la zone de protection S2 en raison de particularités géologiques ou topographiques, ou parce que la sécurité publique l’exige (p. ex. ouvrages pare-avalanches). Des motifs économiques ou les intérêts des exploitants ne justifient pas une dérogation. Les éléments invoqués par la recourante sont justement de type économique, puisqu’il s’agit de ne pas compromettre le développement du village. Elle ne prétend pas qu’il serait impérativement nécessaire de construire dans la zone en question. Pour le surplus, en vertu de l’article 3c du règlement, la garantie de la situation acquise s’applique et les parcelles actuellement incluses dans le plan de zones à bâtir pourront faire l’objet de constructions. Dans ces circonstances, il n’est pas possible d’admettre la conclusion de la recourante. 10. A. conteste l’attribution à la zone S2 de sa parcelle xxxx. Il relève que le développement de son exploitation s’en trouvera entravé. B. a souligné que l’effondrement du terrain, constaté du reste lors de la visite des lieux, était le résultat de l’activité des eaux souterraines. Le rapport ISSKA (p. 7) ne dit pas le contraire, mais expose que l’extrémité nord-ouest de la parcelle xxxx pourrait être déclassée si la preuve était rapportée que les sols avaient une épaisseur supérieure à un mètre. Entendu en audience, B. a toutefois souligné que tel n’était pas le cas et que la preuve en avait été apportée par la carte pédologique réalisée dans le cadre du remaniement parcellaire. A cet égard, il sied de rappeler que la carte pédologique ne concerne que des sols naturels. La carte fournie laisse dès lors à juste titre en blanc la partie de la parcelle où se trouvent le bâtiment et ses alentours, où le sol naturel a disparu, ainsi que la forêt. L’argument du recourant selon lequel aucune analyse n’aurait été réalisée sur l’intégralité de la parcelle en question n'est ainsi pas pertinent. Au contraire, la couverture de la surface de sa parcelle dont il requiert le déclassement est manifestement moindre, si bien qu’il n’est pas possible, en l’absence de couverture protectrice suffisante, de l’attribuer à la zone S3. Enfin, un essai de traçage a été effectué à moins de 300 mètres du bâtiment en question comme l’ont rappelé B. à l’audience et l’intimé dans ses remarques finales. Par ailleurs, il importe peu qu’aucune pollution n’ait encore eu lieu et que le recourant agisse toujours au mieux pour éviter toute atteinte aux eaux. Au vu de la configuration hydrogéologique, il est nécessaire de prendre certaines précautions, raison pour

13 laquelle la parcelle en question a été colloquée en zone S2. On peut du reste préciser que selon le rapport CSD (p. 33), de manière générale et sans en imputer la responsabilité au recourant, la présence continue de bactéries fécales dans la source du Betteraz indique une contamination permanente par des eaux usées, des déversements de purin ou des exploitations agricoles, mais dans des plus faibles proportions depuis la mise en service de la STEP ; l’eau de cette source nécessite de ce fait un traitement en permanence. Finalement, il n’y a pas lieu de procéder à de nouveaux traçages, les mesures réalisées précédemment n’ayant pas perdu leur validité. En effet, ainsi que l’a relevé l’intimé dans sa réponse, les essais de traçage réalisés suffisent à démontrer l’appartenance des parcelles du recourant au bassin d’alimentation de la source du Betteraz. L’arrêt 1C_55/2007 du 27 février 2008, publié in DEP 2008 p. 223 et cité par le recourant, ne modifie pas cette appréciation. Si dans ce cas, les investigations menées en 1981 n’ont pas été jugées suffisantes et que la cause a été renvoyée pour instruction complémentaire, c’est que dans l’intervalle, une ancienne carrière qui s’y trouvait a été comblée avec différents matériaux dont ni l’origine ni la composition n’étaient claires, mais parmi lesquels il y avait des déchets ménagers et de boucherie. Une ancienne décharge avait également été assainie (cf. consid. 2.2.1). Il se justifiait ainsi de procéder à de nouveaux traçages, lesquels devaient également permettre de déterminer si les eaux de la zone en question pouvaient, compte tenu des circonstances, encore être protégées conformément à la législation (consid. 2.2.2). Les circonstances sont tout à fait différentes ici. Il faut encore souligner qu’en l’état, le maintien du rural est autorisé, voire son amélioration, ainsi que cela ressort de la réglementation et comme l’a confirmé en audience B. L’intéressé, qui prétend être entravé dans le développement de son exploitation, est par ailleurs propriétaire de parcelles attribuées à la zone S3, sur laquelle la construction d’un nouveau rural est autorisée. Cette conclusion doit par conséquent être rejetée. 11. Au vu des considérants qui précèdent, il apparaît que les compléments de preuve requis par les recourants ne sont pas nécessaires et doivent être rejetés (cf. sur la problématique de l’appréciation anticipée des preuves : ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; 138 III 374 consid. 4.3.2). 12. S’agissant des indemnités, elles doivent être réclamées par le biais d’une action. Les conclusions des recourants sont irrecevables dans le cadre d’un recours (cf. également TF 8C_686/2014 du 25 août 2015 consid. 2.5). La Cour de céans n’est par ailleurs pas compétente pour reconnaître le principe même d’une indemnisation, qui est due en règle générale par le propriétaire du captage (cf. art. 20 al. 2 let. c LEAux), ce que n’est pas l’intimé, et uniquement en cas d’expropriation matérielle (HUBER-WÄLCHLI/KELLER, Dix années de jurisprudence relative à la nouvelle loi sur la protection des eaux, DEP 2003, p. 413s et les références).

14 13. Il suit de ce qui précède que les recours doivent être intégralement rejetés, dans la mesure de leur recevabilité. 14. Les frais de la présente procédure doivent être mis à charge des recourants qui succombent. Ils n’ont pas droit à des dépens. Il n’y a pas lieu d’allouer de dépens au Gouvernement (art. 230 al. 1 Cpa). PAR CES MOTIFS LA COUR ADMINISTRATIVE rejette les recours dans la mesure de leur recevabilité ; met les frais de la présente procédure, par CHF 3'700.-, à charge des recourants, à hauteur de CHF 1’500.- pour la recourante n° 1, la Commune d’Alle, et CHF 1'200.- pour le recourant n° 2, A., à prélever sur leur avance respective ; n’alloue pas de dépens ; informe les parties des voies et délai de recours, selon avis ci-après ; ordonne la notification du présent arrêt : - à la recourante n° 1, la Commune municipale d'Alle, agissant par son Conseil communal, par son mandataire, Me Claude Jeannerat, avocat à Delémont ; - au recourant n° 2, A., par son mandataire, Me Pierre Boillat, avocat à Delémont ; - à l’intimé, le Gouvernement de la République et Canton du Jura, Hôtel du Gouvernement, Rue de l'Hôpital 2, 2800 Delémont ; - à l’appelée en cause, la Commune municipale de Porrentruy, agissant par son Conseil communal, Hôtel de Ville, Rue Pierre-Péquignat 12, 2900 Porrentruy ; - à l’Office fédéral du développement territorial, Case postale, 3003 Berne ; - à l’Office fédéral de l’environnement, Case postale, 3003 Berne ;

15 et l’envoi d’une copie pour information à l’Office cantonal de l’environnement, Chemin du Bel’Oiseau 12, 2882 St-Ursanne. Porrentruy, le 26 octobre 2015 AU NOM DE LA COUR ADMINISTRATIVE La présidente : La greffière : Sylviane Liniger Odiet Gladys Winkler Docourt Communication concernant les moyens de recours : Le présent arrêt peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire aux conditions des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14; il doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que s'il soulève une question juridique de principe, il faut exposer en quoi l'affaire remplit cette condition. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.