Genève Cour de justice (Cour de droit public) Chambre administrative 15.10.2024 A/1928/2021

RÉPUBLIQUE E T

CANTON D E GENÈVE POUVOIR JUDICIAIRE A/1928/2021-LCI ATA/1196/2024 COUR DE JUSTICE Chambre administrative Arrêt du 15 octobre 2024 en section dans la cause A______ recourante représentée par Me Mark MULLER, avocat contre B______, C______, D______, E______, F______, G______, H______, I______, J______, K______, L______, M______, N______, O______, P______ représentés par Me Michel SCHMIDT, avocat et Q______ représentée par Me Alain MAUNOIR, avocat et DÉPARTEMENT DU TERRITOIRE-OAC intimés _________ Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 21 décembre 2023 (JTAPI/1445/2023)

- 2/23 - A/1928/2021 2EN FAIT A. a. La A______ (ci-après : la Fondation ou A______) est une fondation de droit public créée en 2001 par l’État de Genève, déclarée d'utilité publique, au service du logement à Genève. Elle a pour tâche principale de contribuer, par l'acquisition et la mise en valeur de terrains à bâtir, à développer le parc de logements d'utilité publique et à favoriser l'habitat coopératif dans le canton. Dans ce cadre, elle est active sur le marché immobilier en tant que développeur, propriétaire et accessoirement maître d'ouvrage. b. A______ est propriétaire des parcelles nos 2'436 (1’278 m2), 2'437 (1’812 m2), 2'438 (1’656 m2) et 2'439 (238 m2), plan __ de la commune d' R______ (ci-après : la commune), dans un périmètre affecté à la zone villas (5ème zone), situées aux nos 18, 20, 22, 24, 25 et 28 du chemin S______, d’une contenance totale de 4'984 m2, à proximité immédiate du cours de T______ et du cordon boisé qui longe cette rivière à cet endroit. Selon le plan directeur cantonal 2030 (ci-après PDCn), elles se trouvent à l'intérieur d'un corridor biologique et d'une pénétrante de verdure. c. La zone villas concernant ces parcelles résulte d’une loi du 19 décembre 1952, jamais révisée depuis lors. d. En 2015, A______ a obtenu l'autorisation de construire sur ces parcelles trois villas de deux étages avec sous-sol et trois couverts à voitures, représentant un indice d'utilisation du sol de 13 %, pour une emprise au sol d’environ 435 m² (autorisation n° DD 1______). e. Après avoir renouvelé plusieurs fois cette autorisation, A______ a choisi d'optimiser le potentiel constructible du terrain en y réalisant un ensemble de qualité plus dense, offrant davantage de maisons d'habitation. f. Le 23 avril 2019, elle a organisé un appel d'offres sur invitation auprès de cinq bureaux d’architecture en vue d’attribuer un mandat d’architecte pour l’obtention d’une autorisation définitive de construire sur ces parcelles, précisant qu’elle était au bénéfice d’une autorisation définitive de construire qu’elle souhaitait abandonner en raison de la faible densité du projet. g. L'office cantonal de l'agriculture et de la nature (ci-après : OCAN) a mandaté le bureau de consultants en ingénierie U______ (ci-après : U______) afin d’identifier les valeurs biologiques du lieu de construction envisagé. U______ lui a remis en novembre 2019 un « Inventaire des valeurs biologiques » selon des relevés effectués durant la période printemps/été 2019 le long du cours de T______ (ciaprès : inventaire 2019). À teneur des « cartes des milieux naturels et semi naturel » qui figurent à l'annexe 1 de ce document, qui recouvrent le cours d'eau pratiquement depuis son entrée sur le territoire suisse, sur la commune de V______, jusqu'à sa mise en souterrain à la hauteur de W______, les parcelles en cause constituent l'un des deux périmètres identifiés en tant que prairies sèches (l'autre étant situé très en amont, peu après

- 3/23 - A/1928/2021 l'entrée de la rivière sur le territoire suisse). L'inventaire 2019 mentionne que ces cartes étaient celles que les Conservatoire et Jardin botaniques avaient réalisées en 2018, sans actualisation, et dresse en annexe 2 une carte des secteurs à enjeux biodiversité qui met en évidence des périmètres désignés comme « sites prioritaires flore » n’incluant pas les parcelles litigieuses. B. a. Le 8 mai 2020, le mandataire désigné par A______ a déposé pour elle une requête en autorisation de construire définitive auprès du département du territoire (ci-après DT ou le département), enregistrée sous n° DD 2______, prévoyant la construction de six villas contiguës de haute performance énergétique (HPE) avec une densité de 22.4 %, comprenant des couverts à voitures, une noue et un bassin de rétention. La surface au sol de ce second projet s'élevait à environ 950 m². b. Durant l’instruction de cette requête, le service de la planification et de l'information au sein de l'office de l'urbanisme (préavis du 18 janvier 2021) et la direction des autorisations de construire (préavis du 8 avril 2021) se sont prononcées en faveur du projet sans formuler d’observation, ainsi que d’autres instances dont les préavis ne concernent pas le présent litige. c. La commission des monuments, de la nature et des sites (ci-après : CMNS) a indiqué, le 2 juin 2020, qu’en l'absence d'intérêt public prépondérant, elle refusait « toutes dérogations pour ce site exceptionnel ». Un projet modifié devait être fourni « en sortant le bassin de rétention hors de la zone protégée [correspondant à la distance inconstructible depuis la lisière forestière] et en décrivant précisément l'entretien extensif des surfaces enherbées à prévoir côté cours d'eau ». Il était aussi exclu de matérialiser de manière construite ou plantée les éventuelles futures limites parcellaires, hormis l'amorce qui était uniquement envisageable par l'intermédiaire d'arbrisseaux indigènes. Le projet ayant été modifié dans le sens souhaité, la CMNS s'est déclarée non concernée selon préavis du 1er mars 2021. d. Le 7 juillet 2020, la commune s'est déclarée favorable au projet, dont elle soulignait la qualité. Une importance particulière étant accordée à la biodiversité et à la qualité environnementale sur le territoire de la commune, elle appréciait le choix de créer un bassin de rétention à ciel ouvert, une noue paysagère pour la gestion des eaux pluviales et l’existence d’une surface perméable supérieure à 65 %. Elle demandait, s’agissant de la situation privilégiée du terrain et de sa richesse sur le plan environnemental, de conserver au maximum la végétation existante et de créer des continuités biologiques, de préserver dans son intégralité la haie majeure se situant sur la bordure Est et souhaitait que la surface engazonnée soit réduite pour permettre l'augmentation de la prairie extensive en lisière forestière. e. Par préavis du 25 juin 2020, l'OCAN a requis que soit précisé le concept du rejet des eaux claires en forêt sur la parcelle voisine et démontré que le type d'équipement choisi (drains, tranchées, fossés, écoulements naturels, etc.) réponde aux exigences

- 4/23 - A/1928/2021 forestières en matière de perméabilité du sol. Il a aussi demandé, en raison de la présence à proximité d'un site prioritaire faune, d'indiquer si un éclairage extérieur était envisagé et, dans cette hypothèse, qu’il réunisse des spécificités techniques conformes aux recommandations en vigueur. Il convenait encore d'augmenter la largeur de la prairie, au lieu de gazon, sur une profondeur de quinze mètres par rapport à la lisière de la forêt, et de reculer la noue projetée par rapport à la haie vive située à l'est, dont la préservation était en l'état remise en cause par cette installation. Enfin, s'agissant de la flore, il convenait de végétaliser les toitures, les noues et les prairies avec des espèces indigènes. Le 10 mars 2021, l'OCAN a délivré un préavis favorable sous condition de la mise en place d'une protection de la lisière forestière avant l'ouverture du chantier. f. Le 25 juin 2020, la commission consultative de la diversité biologique (CCDB/sous-commission de la flore) a demandé de faire figurer sur le plan le rejet des eaux claires sur la parcelle voisine et fait observer que l'installation du chantier, de même que l'éventuel accès pompiers, devraient respecter les vingt mètres à la lisière forestière. Le 4 mars 2021, elle s'est déclarée favorable au projet, pour autant que l'installation du chantier respecte le maintien de la lisière forestière. g. Le plan directeur communal d’R______, de septembre 2020, qualifie le lieu du projet de secteur en zone 5 d’importance pour la biodiversité à préserver et renouveler. h. Par décision n° DD 2______ du 5 mai 2021, le département a délivré l'autorisation de construire en y intégrant les conditions des divers préavis, notamment ceux de la CCDB/sous-commission de la flore et de l'OCAN. C. a. Par actes séparés du 4 juin 2021, tant Q______ (ci-après : Q______), d’une part, que l’ B______ (ci-après : l'association ou B______), C______, D______, E______, F______, G______, H______, I______, J______, K______, L______, M______, N______, O______ et P______ (ci-après : les voisins), d’autre part, ont interjeté recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : le TAPI), concluant à son annulation, sous suite de frais et dépens. Leurs recours ont été joints. En résumé et en synthèse, ils prétendaient que les parcelles concernées par le projet litigieux se trouvaient sur le domaine X______, très riche en biodiversité, et faisaient partie d'un important couloir biologique au bord de T______, objet de travaux de renaturation initiés en 2003. Des démarches avaient été entreprises en 2013 et en 2015 pour que soit établi un plan de site du Vallon de T______ et, en 2015, le Conseil municipal de la commune avait adopté une motion visant à sa protection, accueillie favorablement en juillet 2016 par son Conseil administratif. Il ressortait aussi d’échanges avec le conseiller d'État en charge du département qu’il s’était déclaré soucieux que la densification du périmètre se fasse de manière qualitative, rappelant que l'OCAN avait financé en 2019 une étude des valeurs naturelles du vallon. Cela étant, le dossier d'autorisation démontrait qu'aucun

- 5/23 - A/1928/2021 service spécialisé n'avait examiné les dispositions de la loi fédérale sur la protection de la nature du 1er juillet 1966 (ci-après : LPN ; RS 451), alors que le projet prévoyait la destruction de 70 % de la prairie existante et une implantation des constructions à quarante mètres de la rivière et à vingt mètres de la lisière forestière. Le projet contrevenait au principe de la coordination, l'autorisation querellée ne tenant pas compte des discussions en cours au sujet de la préservation du vallon de T______ ni du PDCn, dans la mesure où le département avait adopté des positions contradictoires sur la préservation des parcelles concernées. Enfin, l'autorisation violait les conditions posées par le préavis communal, rendant difficile de respecter sa volonté de préserver la prairie existante. Pour Q______, ces parcelles constituaient une pelouse mi-sèche médio-européenne (Mesobromion) qui accueillait plusieurs espèces protégées. Malgré l’existence depuis plusieurs années d’initiatives tendant à la mise en place d'un plan de protection générale de T______, le département n'avait procédé à aucune analyse des valeurs du biotope sur l'ensemble de ces parcelles. Ni le dossier d'autorisation, ni les différents préavis n’y mentionnaient la présence d'une prairie de type Mesobromion. La mise en place de la zone à bâtir applicable à ces parcelles remontait au début des années 1950 et n’était plus d’actualité car, en sus de l'entrée en vigueur de différentes lois visant la protection de certains milieux naturels, le PDCn les avait fait figurer à l'intérieur d'un corridor biologique et d'une pénétrante de verdure. L’octroi de l’autorisation de construire violait ainsi la LPN et d’autres lois sur plusieurs points. La réalisation du projet entraînerait la destruction irrémédiable de la quasi-totalité d'un milieu naturel protégé alors que l'attribution de ces parcelles à la zone à bâtir était désuète et ne tenait pas compte de la présence de ce milieu, dont le droit fédéral exigeait la préservation. b. A______ s’est opposée aux recours. Sa décision d'optimiser le potentiel constructible du terrain en y réalisant un ensemble de qualité plus dense, offrant davantage de maisons d'habitation, avait le souci de garantir « l'espace non bâti le plus étendu possible pour réduire la pression anthropique sur la partie basse du périmètre ». Elle ne souhaitait pas maximiser la densification au détriment de la qualité du lotissement et du voisinage, incluant parmi les critères d'adjudication la qualité d'implantation et d'intégration au site, l'originalité du concept global d'aménagement, la qualité et la richesse des morphologies, gabarits et typologies de logements, ainsi que celle des aménagements extérieurs. Le projet retenu proposait six villas mitoyennes idéalement orientées et parfaitement intégrées au site, soit un ensemble compact, aux gabarits modestes, proche de la route d'accès, avec une grande variété d'espaces extérieurs et des dégagements visuels, sans vis-à-vis, et un niveau hors sol côté route « pour minimiser l'impact visuel et un rez inférieur intégré dans la pente naturelle du terrain ». Les instances de préavis avaient conscience de l’existence de prairies sèches sur les parcelles concernées, mais n’avaient pas retenu qu'il s'agissait de biotopes dignes de protection au sens de l'art. 18 al. 1bis LPN. Si tel avait été le cas, la protection conférée par cette disposition, qui n'était pas absolue, dépendait d'une pesée des intérêts en présence. Il importait au regard de

- 6/23 - A/1928/2021 ceux-ci de permettre, via le projet querellé, de réaliser plusieurs dizaines de logements par le biais d’échanges de parcelles. D’autre part, A______ pourrait, au besoin, proposer des mesures de protection pour le milieu naturel restant, voire des mesures de reconstitution ou de remplacement au sens de la LPN pour la part du terrain qui serait dédiée aux bâtiments. La question de l'emplacement du bassin de rétention était résolue car il ne se situait plus à l'intérieur de la limite de vingt mètres inconstructibles depuis la lisière forestière. Il n’y avait pas non plus de violation du PDCn, qui ne rendait pas inconstructibles les parcelles litigieuses situées à l'intérieur d'une pénétrante de verdure. Enfin, le projet ne violait pas les conditions émises dans le préavis communal, la haie n'étant pas mise en péril par le projet. De plus, A______ pourrait prévoir des mesures opposables aux acquéreurs finaux pour éviter l'engazonnement de la surface et garantir un maintien étendu de la prairie extensive (art. 20 de l’ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage (OPN - RS 451.1). c. Invitée à attester de l'existence d'une procédure de mise à l'inventaire du vallon de T______, Q______ a produit un complément d’expertise d’U______ de septembre 2021, commandé par l’OCAN, confirmant l’existence sur les parcelles concernées d'un milieu digne de protection (Mesobromion), ainsi que la présence d'une faune rare, menacée, protégée et rarement présente à de telles densités à Genève. La caractérisation de ces milieux avait été réalisée sur ces parcelles ainsi que sur la parcelle voisine n° 218 lors d'un passage sur site en août 2021, révélant une flore rare et menacée. La prairie ayant été fauchée, le relevé avait été réalisé sur les regains et sur la zone refuge non fauchée. L’examen des bases de données nationales révélait qu'aucune donnée n'avait jamais été transmise sur ce secteur, situé en zone périurbaine et peu prospecté par les naturalistes. La totalité des taxons (nb : divisions hiérarchiques d'une espèce, du règne aux sous-espèces) recensés se retrouvait dans la prairie mi-sèche directement concernée par le périmètre du projet de construction. La présence du criquet de la palène, espèce non menacée à l'échelle nationale, était intéressante, s'agissant d'une espèce très exigeante en termes d'habitat et rare en zone agricole et particulièrement en zone périurbaine. D'une manière générale, la densité d'orthoptères dans la prairie était nettement plus importante que la moyenne des prairies agricoles du canton, ce qui pouvait être mis en lien avec la qualité du milieu et son entretien. Sa diversité élevée pouvait aisément être comparée à des prairies agricoles de qualité, ce qui en faisait, en contexte périurbain, un site de grande importance. Un projet de construction sur le site entraînerait de façon directe une disparition quasi totale de la faune entomologique prairiale du site. Il y aurait aussi des impacts indirects sur la faune présente plus largement dans la zone par le rétrécissement du corridor écologique de T______ et l'apport de pollution lumineuse aux abords directs du cordon boisé. d. Répondant le 13 janvier 2022 à une interpellation du TAPI, l'OCAN a confirmé qu’il ne s'était pas opposé au projet de construction et n'avait émis qu'une seule condition en lien avec la protection de la lisière forestière, préavis fondé sur la base des données alors connues, qui s'étaient ultérieurement révélées incomplètes, mais

- 7/23 - A/1928/2021 que cette situation nouvelle ne justifiait pas qu’il donne suite aux demandes de mises sous protection sollicitées par Q______. Cela ne signifiait toutefois pas, malgré l'affectation des parcelles en zone à bâtir, que la balance des intérêts était éludée. Une atteinte au biotope n'était pas permise sans que des mesures de remplacement ne soient ordonnées, ainsi que cela découlait de la LPN. Si le projet était confirmé, sa réalisation aurait un impact sur le biotope et sur les espèces protégées et il faudrait appliquer la procédure par étapes prévue par cette loi. e. Le TAPI a invité les parties à se prononcer sur la position de l'OCAN : - le département partageait sa position, ajoutant qu'une expertise complémentaire en période de floraison printanière se justifiait, afin d'établir de manière précise la valeur biologique de la parcelle en vue d'apprécier les mesures qui pourraient être requises conformément à la LPN ; - A______ ne remettait pas en cause les constats d’U______ mais la mise sous protection du site au détriment de la réalisation des constructions projetées n'était pas soutenable au regard de la pesée des intérêts en présence. Elle appuyait l'idée d'une analyse biologique complémentaire du site au printemps 2022, ce qui lui permettrait d'affiner le projet sur la base des résultats obtenus ; - Q______, favorable à l'analyse complémentaire annoncée pour le printemps 2022, estimait exclu que la simple adjonction de charges ou de conditions à l'autorisation de construire suffise à assurer la protection du biotope exigé par la LPN. Si le secteur considéré devait conserver des droits à bâtir, la préservation du biotope existant imposerait de réduire très substantiellement la surface au sol des villas contiguës projetées ; - l'association et les voisins ont appuyé la position exprimée par Q______. f. Dans son rapport actualisé en juillet 2022, U______ a fait état des résultats des relevés complémentaires effectués au printemps. Le site était composé d'une mosaïque de milieux. Les prairies situées à l'Est et les cordons boisés au centre étaient particulièrement intéressants d'un point de vue écologique. La prairie au Sud-Est, directement concernée par le projet de construction, et celle du Nord-Est étaient des prairies mi-sèches de type Mesobromion comportant une grande diversité d'espèces et avec une dominance d'espèces caractéristiques de ce type de milieu, telles que Sanguisorba minor et Ononis Spinosa, largement répandues dans les deux prairies, ainsi que Bromus erectus, Centaurea jacea ou encore Galium verum. Ces prairies étaient mi-sèches à tendance grasse avec également la présence de plusieurs espèces typiques de l'Arrhenatherion (nb : prairie de fauche de basse altitude) tels que Arrhenatherum elatius, Dactylis glomerata ou Knautia arvensis. Elles comportaient plusieurs espèces de plantes rares, menacées et/ou protégées et un tableau en était dressé. Il comprenait l'orchis pyramidale (Anacamptis pyramidalis), espèce d’orchidée protégée en Suisse, le colchique d’automne (colchium autumnale), figurant sur la liste rouge genevoise, la marguerite (Leucanthemum vulgare), figurant sur la liste rouge genevoise, en danger à Genève

- 8/23 - A/1928/2021 mais pas protégée en Suisse, la bugrane épineuse (Ononis spinosa), figurant sur la liste rouge genevoise, l'ophrys abeille (Ophrys apifera), espèce d’orchidée protégée en Suisse, et le fenouil des chevaux (silaum silaus), figurant sur la liste rouge genevoise. De type Mesobromion, ces prairies étaient rares sur le canton de Genève et protégées au niveau fédéral. Elles abritaient une grande diversité floristique et faunistique, et les quatre espèces de plantes figurant sur la liste rouge genevoise se trouvaient dans la prairie située au sud du chemin, directement concernée par le projet de construction. La richesse entomologique du lieu avait été définie après deux passages en août 2021 et deux autres, complémentaires, en mai-juin 2022. L'entomofaune du site (nb : ensemble des insectes d'un pays ou d’une région) profitait de la diversité et de la qualité des milieux présents (formations buissonnantes et arborées adjacentes ainsi que connectivité avec des milieux naturels et le corridor écologique du cordon boisé de T______). La prairie présentait une hétérogénéité très favorable aux invertébrés et l'entretien extensif pratiqué, avec une grande zone refuge, favorisait la survie des différents groupes. De par sa localisation, la prairie était protégée par le cordon arboré contre les intrants agricoles et pesticides épandus dans les cultures, ce qui favorisait le développement des insectes. Les différentes espèces avaient été relevées le long des formations buissonnantes et dans les prairies et le rapport reprenait les constats effectués en septembre 2021, à savoir que la totalité des taxons recensés se retrouvait dans la prairie mi-sèche directement concernée par le périmètre du projet de construction. La prairie située sur la parcelle n° 54'485 présentait des caractéristiques similaires et une grande richesse en termes d'entomofaune, la plupart des espèces relevées s'y retrouvant également. Selon le tableau 2 du rapport, 24 espèces de lépidoptères étaient représentées sur le site, dont sept étaient potentiellement menacées selon les listes rouges Suisse. L’un d’eux était, selon cette liste, vulnérable (Mélitée du plantain - Melitaea cinxia). Sept autres étaient considérés « à surveiller » à Genève. Le nombre de lépidoptères présents sur le site correspondait « à la moitié des espèces que l’on peut retrouver dans les zones agricoles genevoises et milieux de ce type, proportion tout à fait remarquable, indiquant un fort intérêt du milieu pour les papillons de jour » (cf. complément de rapport, p. 9). Les densités importantes de lépidoptères observées démontraient la grande qualité de la prairie et son fort intérêt dans un contexte périurbain. Par ailleurs, quinze espèces d’orthoptères avaient été identifiées par U______, dont trois étaient considérées vulnérables en Suisse. Leur densité était nettement plus importante que dans la majorité des prairies agricoles du canton et leur diversité élevée pouvait « aisément être comparée à des prairies agricoles de qualité, ce qui en fait donc, en contexte périurbain, un site de grande importance » (cf. ibid., p. 12). S'agissant des oiseaux, étant observé que le moment de l’intervention d’U______ l’a empêché d’établir le statut nicheur des espèces présentes, on trouvait dans le cordon boisé de T______ le Pigeon colombin et le Pic mar, qui fait partie des espèces prioritaires à l'échelle nationale. Aussi, les dérangements dus à un éventuel chantier et l'augmentation de la fréquentation des rives du cours d'eau liée aux futurs

- 9/23 - A/1928/2021 habitants du quartier pourrait induire un impact sur le martin-pêcheur d'Europe, espèce prioritaire sensible au dérangement, qui nichait sur le cours d'eau. Le cordon boisé de T______ sur S______ était un site de déplacement et de nourrissage important pour les chauves-souris (chiroptères) dans ce contexte périurbain, peu sujet à la pollution lumineuse directe. Tout nouveau projet de construction apporterait une augmentation de celle-ci sur leurs terrains de chasse (prairie et lisière), ce qui aurait un impact important sur les espèces lucifuges. Le cordon boisé et les milieux adjacents, incluant le terrain du projet, matérialisaient un corridor écologique dans cette zone périurbaine, favorable au déplacement et à la reproduction de nombreuses espèces. Tout projet de construction diminuerait l'espace disponible pour les déplacements de la faune, particulièrement pour les espèces des milieux ouverts, ce qui augmenterait l'isolation de la faune urbaine. Pour U______, la réalisation du projet aurait un impact sur les valeurs biologiques du site, notamment par la destruction d'une prairie mi-sèche de type Mesobromion, peu fréquente dans le canton de Genève et protégée au niveau national, qui, bien que n'abritant que peu d'espèces de plantes rares, présentait un intérêt écologique important. Elle était riche et diversifiée dans sa composition en espèces et son hétérogénéité en lien notamment avec la topographie du site qui permettait une grande variété de conditions écologiques (zone en pente bien exposée, replat plus ombragé, etc.) qui profitaient à un large cortège d'espèces. Cette prairie abritait et favorisait de nombreuses espèces d'insectes dont certaines étaient rares et menacées, et dont la densité était ici importante. Les constructions envisagées entraîneraient de façon directe une disparition quasi totale de la faune entomologique prairiale du site. Il y aurait aussi des impacts indirects sur la faune présente plus largement dans la zone par le rétrécissement du corridor écologique de T______ et l'apport de pollution lumineuse aux abords directs du cordon boisé. g. Le TAPI ayant sollicité des informations supplémentaires sur la localisation de l'ensemble des prairies mi-sèches de type Mesobromion dans le canton de Genève, l’OCAN a précisé, selon rapport du 29 septembre 2022, qu’aucune prairie du canton n'avait exactement les mêmes caractéristiques que la prairie concernée. Les surfaces sélectionnées ne comprenaient jamais toutes les espèces relevées par U______. À l'échelle du canton, excepté les prairies de l'aéroport, de qualité botanique reconnue mais ne figurant pas à l'inventaire fédéral, les prairies mi-sèches répertoriées de manière fiable représentaient plus de 200 ha et se trouvaient principalement au sudouest du canton, en zones de bois et forêts et agricole. D'autres prairies mi-sèches, dont l'inventaire était moins fiable, représentaient encore environ 70 ha, majoritairement en zone agricole. Certaines zones n'avaient jamais été prospectées par des biologistes, telles que des grands domaines privés, de la zone 5, de la Genève internationale ou de la zone industrielle. h. En décembre 2022, A______ a présenté des aménagements paysagers et des mesures d'optimisation établis par ses mandataires. En substance, ils concernaient un système de récolte des eaux prévu dans le cadre de l'autorisation de construire,

- 10/23 - A/1928/2021 qui permettrait le développement des amphibiens et de la petite faune aquatique, dont les libellules, et l’introduction d’arbres et arbustes sur une surface d'où ils étaient absents actuellement, au bénéfice notamment des oiseaux. Afin de limiter l’impact du projet sur les valeurs biologiques du site, l'extension de la zone de prairie sèche était proposée, en diminuant la surface des terrasses en bois et en empêchant l'accès au biotope au moyen de clôtures, ce qui permettait de définir l'espace « utilisable » et d’éviter que les futurs habitants n'utilisent la surface de la prairie comme zone jardinée, en y plantant gazon et végétaux, ou en piétinant la prairie. Il était également possible de réduire l'impact du chantier. Les espèces protégées identifiées sur le site pourraient être transplantées dans la partie conservée de la prairie ou dans l'autre prairie située au nord, et un éclairage très sobre et optimisé pourrait être mis en place, tant à l'extérieur qu'à l'intérieur, n’impactant que les endroits nécessaires, aux moments opportuns, pour réduire le plus possible ses effets sur la biodiversité, en particulier sur le cycle de la végétation et toutes les fonctions de la faune nocturne, dont celle des invertébrés occupant la prairie. Les toitures pourraient être végétales et offrir ainsi des micros habitats propices à la faune locale et des mesures pourraient également être prises pour éviter les collisions d'oiseaux contre les vitres. i. a. Pour Y______, conservateur de la nature et du paysage et directeur du service de la biodiversité, entendu par le TAPI le 12 janvier 2023, les mesures susvisées de la A______ constituaient des progrès par rapport au projet autorisé mais celui-ci impactait directement le cœur du Mesobromion, à savoir la partie ensoleillée, où se tenait l'essentiel de la biodiversité, notamment en termes d'insectes. La partie préservée et améliorée d'après les mesures proposées se situait à l'ombre de la lisière forestière et était donc moins intéressante biologiquement, même s'il s'agissait toujours du Mesobromion. L'emplacement où se situeraient les futures villas se caractérisait également par sa pente, c'est-à-dire par son caractère séchard, ce qui était moins le cas des parties plus à plat qui subsisteraient. En outre, il était inévitable que l'utilisation future de sites construits entraîne des perturbations de différentes natures, qui rendraient encore plus problématique la capacité de régénération de la surface subsistante. Il s'agissait d'un écosystème extrêmement sensible aux perturbations et dont le fonctionnement était encore en partie inexpliqué. Pour ces raisons, et d'expérience, il était extrêmement difficile de tenter la reconstitution d'un tel milieu là où il n'existait pas encore. Sur question de A______ concernant l'intérêt que représentait la partie du Mesobromion situé au Nord-Ouest des trois parcelles concernées, il s'agissait d'un milieu d'intérêt et il n'y avait selon Y______ pas vraiment de sens à imaginer faire porter des mesures de compensation sur un milieu déjà existant. Quant à la parcelle cultivée située à l'Ouest, elle ne se prêtait vraisemblablement pas à une tentative de reconstitution d'un Mesobromion, sans compter qu'il existait, sur ce périmètre, un projet d'éventuelle densification par plan localisé de quartier.

- 11/23 - A/1928/2021 i. b. Lors de cette audience, le représentant de A______ a déclaré que la fondation n’avait pas prétendu, au cours de la procédure, « que le projet litigieux permettrait des échanges en lien avec tel ou tel PLQ particulier ». j. Le 2 mars 2023, A______ a informé le TAPI de nouvelles modifications qu’elle pourrait apporter à son projet, en particulier par un redimensionnement destiné à préserver une plus grande portion de prairie. Cependant, une réduction du projet à une ou deux villas n'était pas envisageable, notamment au regard de sa mission consistant à favoriser et concrétiser des échanges de parcelles privées situées dans des zones à développer. Cela n’aurait pas de sens, tant pour le potentiel urbanistique extrêmement limité que pour des raisons financières, les prix d'échanges entre les propriétés devant rester équilibrés. A______ consentait à ce que le TAPI impose, s'il le jugeait indispensable, des mesures d'optimisation du projet consistant dans l'extension de la zone de prairie mi-sèche conservée, la minimisation de l'emprise du chantier, la transplantation des espèces protégées identifiées sur le site, l'optimisation de l'éclairage, la végétalisation des toitures et la diminution du risque de collisions d'oiseaux contre les vitres. k. Également le 2 mars 2023, le département, compte tenu de l’évolution de la procédure et après avoir procédé à une nouvelle pesée des intérêts, considérait que les intérêts publics poursuivis par le projet litigieux devaient primer sur la préservation intégrale de la prairie. L’objectif de facilitation et d'accélération de la mise en œuvre de plan localisé de quartier prévoyant la réalisation de logements était prépondérant. Toutefois, l'atteinte n'ayant pas été identifiée au stade de l'instruction de la requête litigieuse, il préconisait d’ajouter à l'autorisation les différentes mesures d'optimisation énoncée par A______. l. Les recourantes se sont opposées à ces mesures et ont maintenu leurs conclusions tendant à l'annulation de la décision querellée. D. A______ a fait état de différents courriers mentionnant l’intérêt de tiers pour les villas à construire, sans les rattacher à des projets existants dont ces tiers constitueraient des opposants de par les parcelles qu’ils occupaient. Toutefois, un couple, propriétaire d’un logement sis 22 chemin Z______ à AA______, d’une teneur de 75 m2, et de deux garages, de surfaces respectives de 24 m2 et 27 m2, était intéressé en février 2023 par un éventuel échange avec A______, transaction apparemment liée au PLQ 3______, existant déjà en 2017. E. Répondant à une demande de Q______ d’inscrire à l’inventaire, voire de classer la prairie mi-sèche du chemin S______, l’OCAN a confirmé que le rapport d’expertise qu’il avait commandé concluait à la présence d’un milieu digne de protection et d’une faune rare, menacée, protégée et rarement présente à de telles densité à Genève. Toutefois, avant de prendre une décision, il convenait d’attendre l’issue de la présente procédure. F. Par jugement du 21 décembre 2023, le TAPI a admis le recours et annulé l'autorisation litigieuse, contraire à l'art. 18 al. 1ter LPN.

- 12/23 - A/1928/2021 Après l’examen de la portée de la LPN et de l'annexe 1 de l'OPN, il a procédé selon un raisonnement en trois étapes, soit la détermination de l'existence d'un biotope digne de protection, puis la justification de l'atteinte technique, et ensuite la détermination des mesures de reconstitution ou de remplacement. Au terme d’un examen approfondi, il a retenu que la prairie sur laquelle prendrait place le projet litigieux était un biotope digne de protection puis a examiné si l'autorité intimée avait correctement apprécié et pondéré les intérêts en présence, afin de déterminer s'il était impossible d'éviter des atteintes d'ordre technique à ce biotope (art. 18 al. 1ter LPN). Nonobstant l'argumentation de A______ soutenant que l’intérêt à construire des logements devait primer sur la protection de la biodiversité et que le projet querellé était un instrument de sa mission et malgré que l'OCAN, et en particulier la CCDB, avaient considéré que ces parcelles ne méritaient pas d'être protégées en émettant leurs préavis en juin 2020 et en mars 2021, le TAPI a estimé que les préavis favorables étaient fondés non pas sur une mésestimation de l'importance biologique et écologique de la prairie en question, mais sur l'absence de considération que cette prairie, en tant que biotope, était digne de protection au sens de l'art. 18 al. 1ter LPN. S’appuyant sur ces préavis, l'autorité intimée n'avait pas fait application de cette disposition, ni de son pouvoir d'appréciation, au sujet des intérêts en présence. Une pesée des intérêts conforme à cette disposition aurait dû la conduire à examiner si le projet pouvait être conçu différemment, afin d’éviter ou de réduire l'atteinte au biotope considéré. La recherche d'une solution ménageant au mieux les divers intérêts en présence aurait dû l’amener à constater, à tout le moins, que l'intérêt public à la construction de nouveaux logements et l'intérêt privé de A______ ne justifiaient pas la densification envisagée mais que celle-ci devait être redimensionnée pour réduire l'emprise au sol des logements et empêcher le plus possible des atteintes comme la pollution lumineuse. Mais le contraire s’était produit entre le projet ayant conduit à délivrer l'autorisation n° DD 1______ en 2015 et l'autorisation litigieuse. Il y avait ainsi une aggravation des atteintes entre ces deux projets, à rebours de l'évolution qui aurait dû s'imposer en application de l'art. 18 al. 1ter LPN. Également, une approche préservant davantage l'intérêt public à la protection de la nature aurait dû s'imposer en regard de la jurisprudence commandant de relativiser l'affectation en zone constructible, vraisemblablement décidée dans l'ignorance du biotope présent. Dans la pesée des intérêts, il n’y avait eu aucune recherche de solution moins destructrice à l'égard du biotope et une absence de prise en considération des pertes pouvant découler du projet, identifiées dans le cadre du complément d'expertise U______ en juillet 2022, de telle sorte qu'elle n’avait pas été effectuée convenablement. En conséquence, l'ignorance de l'existence d'un biotope protégé et des atteintes qu'il subirait aboutissait à une situation contraire à la logique de l'art. 18 al. 1ter LPN.

- 13/23 - A/1928/2021 Le TAPI a finalement considéré que les mesures de protection proposées par A______ étaient très largement insuffisantes, de sorte qu’il ne pouvait assortir la décision litigieuse de charges supplémentaires, dont l’importance devait faire l'objet d'études garantissant leur efficacité et leur faisabilité juridique. G. a. Par acte remis à la poste le 1er février 2024, A______ a recouru auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) contre ce jugement, concluant à son annulation et à l’octroi de l’autorisation de construire. Subsidiairement, celle-ci devait être confirmée et le dossier renvoyé au TAPI pour nouvelle décision, dans le sens des considérants, sous suite de frais et dépens. S’agissant des faits, A______ s’en rapportait au jugement et à ses précédentes écritures. Au fond, la décision querellée l’avait prise au dépourvu puisqu’elle avait obtenu, en 2015, une autorisation de construire entrée en force. Elle ne pouvait imaginer qu’un second projet, de même emprise au sol, se voie compromis par les dispositions de la LPN sur la protection des biotopes, ce qui créait une atteinte à la sécurité juridique dont il fallait tenir compte dans la pesée des intérêts. De plus, la décision entreprise violait l’art. 18 al. 1ter LPN en ce que le TAPI avait appliqué la méthode d’analyse par étapes de cette disposition de manière erronée, y incluant à tort l’examen des mesures compensatoires et violant aussi l’art. 14 al. 6 OPN. Le TAPI aurait dû suivre l’avis du département qui, en dépit du dernier rapport U______, avait considéré que les intérêts publics consistant à faciliter et accélérer la réalisation de logements d’utilité publique devait primer sur la préservation intégrale de la prairie, dont l’existence n’était due qu’à la non-réalisation de son précédent projet. Raisonnant ainsi, il n’avait nullement tenu compte de l’important pouvoir d’appréciation du département dans la pesée des intérêts, ignorant et violant celle qu’il lui incombait de faire. Par ailleurs, l’importance du biotope des parcelles devait être relativisé. Selon le rapport U______ de 2022, il y avait plusieurs espèces de plantes rares, menacées et/ou protégées. Or, si quatre d’entre elles se trouvaient sur la partie directement concernée par le projet, seules deux étaient vulnérable ou en danger soit, selon la liste rouge genevoise, l'ophrys abeille et la marguerite, laquelle n’était pas protégée en Suisse. De ce fait, l’OCAN avait considéré qu’il n’y avait pas lieu d’engager des procédures de mise sous protection. D’un autre point de vue, les prairies sèches pour lesquelles le modèle était fiable représentaient plus de 200 ha de catégorie 1 et 2 et 70 ha de catégorie 3 dans le canton, à mettre en balance avec les quelques 4'000 m2 des parcelles concernées. Enfin, s’agissant d’une zone constructible, l’atteinte au biotope pouvait être plus facilement admise. L’ensemble de ces motifs justifiait l’annulation du jugement entrepris et la délivrance de l’autorisation de construire. À supposer que la chambre administrative ne suive pas ses conclusions, A______ l’invitait à retourner le dossier au département pour nouvelle décision dans le sens

- 14/23 - A/1928/2021 des considérants, observant que les mesures compensatoires étant suffisantes au regard de l’art. 18 al 1ter LPN. b. B______ et les voisins ont conclu à la confirmation de la décision entreprise, sous suite de frais et dépens. Le TAPI s’était fondé sur une concordance d’analyses de spécialistes sur la base d’informations non disponibles avant l’entame de la présente procédure et avait procédé à une pesée des intérêts précise, justifiant sa décision. c. Le département a conclu à l’admission du recours et au renvoi de la procédure au TAPI pour nouvelle décision, dans le sens des considérants. Le TAPI avait erré en prétendant que le département n’avait fait application ni de l’art. 18 al.1ter LPN ni de son pouvoir d’appréciation. Certes, il avait échappé à chacun la présence d’un biotope digne de protection. Cela étant, le département avait procédé, sur la base des éléments complémentaires versés à la procédure, à une nouvelle pesée des intérêts et considéré que ceux que poursuivait A______ devaient primer sur la préservation intégrale de la prairie. Il invitait le TAPI, à qui le dossier devait être retourné, à soumettre l’autorisation aux conditions que le département avait énoncées le 3 mars 2023. d. Q______ a conclu à la confirmation de la décision entreprise. Le TAPI avait retenu, fondé sur plusieurs rapports, que les parcelles en cause constituaient un biotope digne de protection au sens de l’art. 18 al. 1ter LPN, remplissaient toutes les caractéristiques visées à l’art. 14 al. 3 let. a, b et d OPN et représentaient un espace naturel de grande importance au sens de l’art. 16 al. 1 RPPMF. Les griefs de A______ contestant cette importance n’étaient pas convaincants. L’objectif légal consistait à protéger des biocénoses, soit des écosystèmes s’étendant sur une surface d’une certaine importance, même si les espèces à considérer comme rares ou menacées étaient par hypothèse peu nombreuses dans le périmètre litigieux. L’art. 18 al. 1 et 1bis LPN ne posait pas d’autres conditions et il était acquis que ce périmètre était occupé par un biotope digne de protection. Les objectifs visés par le département et A______ ne pouvaient l’emporter sur les intérêts publics poursuivis par la LPN et l’OPN. Au regard de l’étendue du milieu naturel à protéger, il n’apparaissait pas que de nouvelles charges ou conditions suffiraient à assurer la protection légale et le projet devait être fondamentalement modifié, ce qui imposait le dépôt d’une nouvelle demande d’autorisation de construire. e. A______ a répliqué, persistant dans ses conclusions. La pesée des intérêts ne permettait pas de se contenter d’examiner si l’atteinte au biotope devait l’emporter sur la protection intégrale de celui-ci, mais aussi si le projet portant cette atteinte pouvait être conçu différemment, pour l’éviter ou l’atténuer. Se référant à ses précédents développements et rappelant l’important pouvoir d’appréciation dévolu au département, ignoré par le TAPI, elle précisait être allée au bout de ce qu’elle pouvait faire pour réduire l’impact du projet avec l’architecte lauréate du concours, l’architecte paysagiste et le département. Compte tenu de la topographie des lieux, la modification du projet était difficilement envisageable et ferait de toute façon

- 15/23 - A/1928/2021 l’objet d’oppositions, quelle que soit sa forme. L’impact écologique du projet était bien moindre que celui du projet de 2015, qui ne limitait pas l’usage et la jouissance des jardins, ni ne contraignait l’emprise du chantier, et rejetait les eaux pluviales en bord de rivière. Par ailleurs, la réalisation de six villas au lieu des trois prévues en 2015 était conforme à ses objectifs et permettrait de libérer six parcelles en zone de développement au lieu de 3. De plus, dans la pesée des intérêts, le TAPI n’avait pas tenu compte de la perte sèche que le refus de l’autorisation lui causait. Enfin, les parcelles se situant dans une zone à bâtir, l’atteinte au biotope pouvait plus facilement être admise et le projet était conforme au plan directeur communal d’R______. f. Les parties intimées ont dupliqué, persistant dans leurs observations antérieures. Au sujet de la zone 5 et des parcelles concernées, Q______ a rappelé que les plans de zone devaient être révisés lorsque les circonstances déterminantes s’étaient modifiées depuis leur adoption et que les zones à bâtir se définissaient selon une perspective à 15 ans. Par conséquent, plus le plan était ancien, plus la stabilité dont il jouissait en vertu de l’art. 21 al. 1 LAT était affaiblie et, conformément à l’art. 21 al. 2 LAT, la découverte d’un biotope pouvait justifier l’adaptation du plan d’affectation (arrêt du Tribunal fédéral 1C_126/2020 du 5 février 2020, consid. 5.2). Selon B______ et les voisins, les nouveaux documents produits par A______ ne précisaient ni le nombre de logements ni quels PLQ les échanges potentiels pourraient concerner, de sorte que l’intérêt public à la réalisation de 6 villas supplémentaires dans le parc immobilier genevois n’était pas démontré. À l’opposé, la préservation d’un biotope n’ayant pas d’équivalent présentant les mêmes caractéristiques que celui des parcelles en cause, qualifié de « site exceptionnel » par l’office du patrimoine et des sites dans un courrier adressé à Q______ le 13 juillet 2021, s’imposait au regard de la LPN et de l’OPN. g. Dans le corps de ses observations complémentaires, mais sans prendre de conclusion formelle à ce sujet, Q______ a déclaré que l’autorisation de construire DD 2______ devait être annulée avec instruction à l’attention du département d’engager une modification de la planification du secteur concerné. h. Faisant usage de son droit inconditionnel à la réplique, A______ a demandé à ce que la conclusion susvisée de Q______ soit déclarée irrecevable. i. Le 18 mai 2024, les parties ont été informées que la cause était gardée à juger. j. Pour le surplus, il sera revenu en tant que de besoin dans la partie en droit sur les arguments et les pièces que les parties ont produites. EN DROIT 1. Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ;

- 16/23 - A/1928/2021 art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10). En revanche, la « conclusion nouvelle » de Q______, prise pour la première fois dans le texte de ses observations complémentaires, n’est pas une conclusion formelle et il n’y a par conséquent pas lieu de statuer sur sa recevabilité. Elle est en outre exorbitante à l'objet du recours, qui porte sur l'octroi ou non d'une autorisation de construire. 2. 2.1 En vertu de l'art. 78 al. 4 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101), la Confédération est autorisée à légiférer sur la protection de la faune et de la flore et sur le maintien de leur milieu naturel dans sa diversité. À teneur de l'art. 18 al. 1 LPN, la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées (al. 1); il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses (al. 1bis). Si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d'éviter des atteintes d'ordre technique aux biotopes dignes de protection, l'auteur de l'atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat (al. 1ter). L'art. 14 al. 6 OPN précise qu'une atteinte d'ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s'impose à l'endroit prévu et qu'elle correspond à un intérêt prépondérant. Toujours selon cette disposition, pour l'évaluation du biotope lors de la pesée des intérêts, outre le fait qu'il soit digne de protection selon l'al. 3, les caractéristiques suivantes sont notamment déterminantes: son importance pour les espèces végétales et animales protégées, menacées et rares (let. a), son rôle dans l'équilibre naturel (let. b), son importance pour la connexion des biotopes entre eux (let. c), sa particularité ou son caractère typique (let. d). L'art. 14 al. 7 OPN, qui reprend l'art. 18 al. 1 ter LPN, rappelle que l'auteur ou le responsable d'une atteinte doit être tenu de prendre des mesures optimales pour assurer la protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat du biotope, sans donner plus de précisions sur la mise en œuvre de ces mesures de conservation. 2.2 Selon la lettre de l'art. 18 al. 1ter in fine LPN, la pesée des intérêts doit être effectuée sans prendre en compte les mesures de compensation prévues, celles-ci ne devant être décidées que si l'atteinte au biotope en question est inévitable. Le raisonnement s'articule en effet en trois étapes : l'art. 18 al. 1ter LPN exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au biotope (1ère étape), qu'une pesée générale de tous les intérêts soit effectuée (2e étape). Si, sur cette base, le biotope ne l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le remplacement adéquat (3ème étape). Exceptionnellement, lorsque de nombreux intérêts entrent en

- 17/23 - A/1928/2021 ligne de compte, il peut être judicieux de prendre en considération, au stade de la pesée des intérêts déjà, les effets sur le long terme, à savoir la situation finale, après la mesure de reconstitution (arrêts 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1; 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.6.2; Karin SIDI-ALI, La protection des biotopes en droit suisse - Etude de droit matériel, 2008, p. 123). 2.3 La législation fédérale contient des prescriptions spéciales pour les biotopes que le Conseil fédéral a désignés comme étant d'importance nationale (cf. art. 18a LPN, art. 16 et 17 OPN). Les cantons doivent cependant aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance régionale et locale (art. 18b LPN). Dans son principe, l'obligation de protéger les biotopes d'importance régionale et locale découle ainsi directement et impérativement du droit fédéral (ATF 139 II 271 consid. 9.2; 133 II 220 consid. 2.2). Le droit fédéral n'exige par ailleurs pas des cantons qu'ils organisent une procédure d'autorisation spéciale - telle l'autorisation de défricher, au sens de l'art. 5 LFo - lorsque la réalisation d'une construction ou d'une installation pourrait porter atteinte à un biotope protégé. La pesée des intérêts prévue à l'art. 18 al. 1ter LPN peut ainsi s'effectuer dans le cadre de la procédure d'autorisation ordinaire, ce même pour un biotope sis en zone à bâtir (ATF 121 II 161 consid. 2a/bb; Alexandra GERBER, Protection des biotopes et compensation écologique en territoire urbanisé: un besoin urgent et un impératif légal, in DEP 2018 p. 506; Nina DAJCAR, Commentaire LPN, 2e éd. 2019, n° 23 ad art. 18b LPN; Karin SIDI-ALI, op. cit., p. 105). Dans ce cas, l'appréciation doit tout de même intégrer l'affectation planifiée du terrain en cause ; l'issue de la pesée des intérêts n'est donc pas la même, pour des biotopes de valeur équivalente, selon que le milieu se trouve en zone à bâtir ou non, l'atteinte d'ordre technique pouvant plus facilement être admise sur une parcelle constructible (Karin SIDI-ALI, op. cit., p. 105) (arrêt du Tribunal fédéral 1C_182/2022 du 20 octobre 2023, consid. 11.1). Enfin, déterminer si une atteinte peut être portée à un biotope digne de protection nécessite une pesée de tous les intérêts en présence. Ce n'est que lorsque, au terme de cette pesée des intérêts, le biotope ne l'emporte pas et qu'il est décidé de lui porter atteinte que la question des mesures de compensation ou de remplacement se pose (ATF 1C_182/2022 précité, consid. 11.3). 2.4 Selon l’art. 26 du règlement sur la protection du paysage, des milieux naturels et de la flore du 25 juillet 2007 - RPPMF - L 4 05.11), « en plus des espèces protégées par la législation fédérale, toutes les espèces de la flore répertoriées dans une liste rouge cantonale et définies comme espèces éteintes (RE), en danger d'extinction (CR), en danger (EN) et vulnérables (VU) sont protégées, ainsi que leurs stations (al. 1) ». Par ailleurs, la protection de la flore est également assurée par la protection des biotopes et par les mesures techniques visant à éviter les atteintes à ces espèces (al. 3) et, si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d’éviter des atteintes d’ordre technique, l’auteur de l’atteinte doit prendre les mesures de compensation appropriées, soit, par exemple, transplanter les espèces dans un autre site, sur la base d'un plan d'action validé par l’office cantonal (al. 4).

- 18/23 - A/1928/2021 2.5 S’agissant des règles ordinaires régissant les zones à bâtir, l'art. 15 de la loi fédérale sur l’aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT - RS 700), en vigueur depuis le 1er mai 2014, prévoit que celles-ci doivent notamment être définies "de telle manière qu'elles répondent aux besoins prévisibles pour les quinze années suivantes" (al. 1), que les zones à bâtir surdimensionnées doivent être réduites (al. 2) et que l’emplacement et la dimension des zones à bâtir doivent être coordonnés par-delà les frontières communales en respectant les buts et les principes de l’aménagement du territoire. En particulier, il faut maintenir les surfaces d’assolement et préserver la nature et le paysage (al. 3). Par cette disposition, le législateur fédéral a entendu renforcer la législation préexistante, jugée lacunaire, en établissant de manière précise les conditions permettant de classer des nouveaux terrains en zone à bâtir afin de mieux dimensionner ces zones. Si le nouvel art. 15 LAT a essentiellement codifié la jurisprudence et la pratique, il apporte certaines innovations telles que l'exigence de plans directeurs contenant les stratégies de répartition des zones à bâtir et le calcul supposé plus précis des surfaces en fonction des besoins (ATF 141 II 393 consid. 2 p. 395 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_494/2016 du 26 novembre 2018 consid. 3.1). 2.6 Dans un arrêt récent (arrêt du Tribunal fédéral IC-182/2022 du 20 octobre 2023, consid. 11), le Tribunal fédéral a admis qu'une autorisation de construire porte atteinte à un Mesobromion. La parcelle concernée se trouvait dans une zone mixte de faible densité, dans un quartier résidentiel urbain auquel les objectifs de densification découlant des art. 15 et 15a LAT s'appliquaient. Selon l'arrêt cantonal contesté, le projet autorisé répondait notamment à des intérêts publics de stabilité du plan et de densification du bâti vers l'intérieur, s'agissant d'un « talus d'environ 200 m2 » en périphérie d'une parcelle de 4'000 m2. 3. Si la recourante paraît admettre dorénavant que les parcelles destinées à accueillir son projet constituent un biotope digne de protection, elle relativise cependant son impact et considère que le département, exerçant son important pouvoir d’appréciation, avait retenu à juste titre que l’intérêt de construire des logements devait l’emporter sur la protection d’une prairie mi-sèche médio-européenne, de sorte que la décision entreprise devait être annulée et l’autorisation de construire lui être délivrée. 3.1 Ce grief impose de procéder à l’évaluation de la qualité du biotope concerné puis de procéder à la pesée des intérêts découlant de l'art. 18 al. 1ter in fine LPN, sans examiner à ce stade les mesures de compensation prévues, ce qui ne saurait intervenir que si l'atteinte au biotope s’avérait inévitable. Il s’agit donc d’effectuer successivement les deux premières étapes définies par l'article susvisé. À suivre l’argumentaire de la recourante, qui s’appuie sur les considérations de l’OCAN, le détail des espèces de flore et de faune protégées figurant dans les rapports U______, peu nombreuses, ne justifierait aucune mesure de protection. Ainsi qu’il sera exposé ci-après, ce raisonnement ne saurait être suivi. L’OCAN a délivré l’autorisation de construire querellée alors qu’il ne pouvait connaître les éléments que l’instruction

- 19/23 - A/1928/2021 de première instance devait révéler. Certes, l'inventaire des valeurs biologiques de la plaine de T______ réalisé en 2019 mentionnait déjà l’existence de prairies sèches sur les parcelles en cause, mais sans en tirer de conséquences particulières. Or, les expertises subséquentes, d’août 2021 et de juin 2022, ont répertorié des espèces figurant sur la liste rouge genevoise, dont deux étaient vulnérable ou en danger et donc protégées par l'art. 26 al. 1 RPPMF. Ce constat a donc accentué la composante d’un milieu digne de protection auquel il n'est pas envisageable de porter atteinte sans mesures compensatoires au sens de l'art. 18 LPN et révélé un biotope particulier qui ne peut, selon l'art. 14 al. 3 et 6 OPN, supporter une atteinte d'ordre technique susceptible d’entraîner sa détérioration que si elle s'impose à l'endroit prévu et correspond à un intérêt prépondérant. Pour répondre à ces critères, ce biotope n’a pas forcément à contenir des espèces protégées au sens de l'art. 20 OPN, ni même des espèces rares ou menacées (art. 14 al. 3 let. b et d OPN), pour autant qu’il figure sur la liste des milieux naturels dignes de protection listés à l'annexe 1 OPN et soit caractérisé notamment par des espèces indicatrices (art. 14 al. 3 let. a OPN). Or, c’est précisément le cas en l’espèce. La pesée des intérêts à ce stade, en considération seulement des espèces répertoriées, penche donc en faveur d’une atteinte susceptible d’entrainer le refus d’une autorisation de construire. 3.2 Par ailleurs, selon le complément d'expertise U______ de juillet 2022, le site est composé d'une mosaïque de milieux. Les prairies situées à l'Est et les cordons boisés au centre sont particulièrement intéressants d'un point de vue écologique et les prairies au Sud-Est et au Nord-Est, de type Mesobromion, comportent une grande diversité d'espèces, avec une dominance d'espèces caractéristiques de ce type de milieu, la présence de plusieurs espèces typiques de prairies de fauche de basse altitude, plusieurs espèces de plantes rares, menacées et/ou protégées. Il s’agit d’un type de prairie rare sur le canton de Genève, protégé au niveau fédéral. De plus, ce site accueille de nombreux orthoptères, dont trois espèces sont considérées vulnérables en Suisse, une densité importante de lépidoptères et des oiseaux dans le cordon boisé de T______ (Pigeon colombin et Pic mar, qui font partie des espèces prioritaires à l'échelle nationale). La densité d’orthoptères et de lépidoptères démontre la grande qualité de la prairie et son fort intérêt dans un contexte périurbain. Cette densité est nettement plus importante que dans la majorité des prairies agricoles du canton et leur diversité élevée peut, selon U______, « aisément être comparée à des prairies agricoles de qualité, ce qui en fait donc, en contexte périurbain, un site de grande importance » (cf. complément d’expertise, p. 12). Il ressort encore des constatations d’U______ que les dérangements dus à un éventuel chantier et l'augmentation de la fréquentation des rives du cours d'eau liée aux futurs habitants du quartier peuvent induire un impact sur le martin-pêcheur d'Europe, espèce prioritaire sensible au dérangement, qui niche sur le cours d'eau. 3.3 D’autre part, et toujours selon U______, le cordon boisé de T______ sur S______ est un site de déplacement et de nourrissage important pour les chauvessouris (chiroptères) dans ce contexte périurbain, ceci étant dû au fait que ce cordon boisé est peu sujet à la pollution lumineuse directe. Dès lors, tout nouveau projet de

- 20/23 - A/1928/2021 construction apporterait une augmentation de celle-ci sur le terrain de chasse (prairie et lisière) des chiroptères, avec un impact important sur les espèces lucifuges. Le cordon boisé et les milieux adjacents, incluant le terrain du projet, matérialisent un corridor écologique dans cette zone périurbaine, favorable au déplacement et à la reproduction de nombreuses espèces. Tout projet de construction diminuerait l'espace disponible pour les déplacements de la faune, particulièrement pour les espèces des milieux ouverts, ce qui augmenterait l'isolation de la faune urbaine et provoquerait son déclin. En conséquence, il faut retenir avec l’experte que la réalisation du projet aurait un impact sur les valeurs biologiques du site, notamment par la destruction d'une prairie mi-sèche de type Mesobromion, peu fréquente dans le canton de Genève, et qui, bien que n'abritant que peu d'espèces de plantes rares, présente un intérêt écologique important. Cette haute valeur biologique découle du fait que la prairie est riche et diversifiée en espèce, en lien notamment avec la topographie du site qui permet une grande variété de conditions écologiques (zone en pente bien exposée, replat plus ombragé). Les constructions envisagées entraîneraient de façon directe une disparition quasi totale de la faune entomologique prairiale du site. Le projet de construction envisagé porterait une forte atteinte à ce biotope protégé et aurait également pour effet de rétrécir le corridor biologique de T______ et d’augmenter la pollution lumineuse et la fréquentation du site, entraînant un impact sur la faune présente plus largement dans la zone périurbaine et, par voie de conséquence, urbaine. Il en résulte que cette prairie mi-sèche de type Mesobromion présente un fort intérêt écologique non seulement en raison de sa composition et de ses caractéristiques propres, mais aussi en raison de son emplacement jouxtant un corridor biologique reliant les zones périurbaines et urbaines. Le conservateur de la nature et du paysage et directeur du service de la biodiversité confirme entièrement l’expertise précitée : il considère lui aussi que l’endroit choisi révèle un écosystème extrêmement sensible aux perturbations, dont le fonctionnement est encore en partie inexpliqué, de sorte que d'expérience, il est extrêmement difficile de tenter la reconstitution d'un tel milieu là où il n'existerait pas encore 3.4 Enfin, sous l'angle du droit cantonal, l'argumentation de la recourante ne tient pas compte de l'art. 16 al. 1 RPPMF, qui ne limite pas la notion de biotope digne de protection à ceux qui contiennent des espèces protégées au sens de l'art. 26 al. 1 RPPMF, mais y intègre de manière beaucoup plus générale les « espaces spécialement favorables à la vie des espèces animales et végétales indigènes, notamment celles qui sont rares ou menacées de disparition, qui jouent un rôle important dans l'équilibre naturel, en particulier en tant que maillon d'un réseau écologique (…) ». Il suffit en l'occurrence de renvoyer aux extraits du complément d'expertise établi par le bureau U______ en juillet 2022 déjà cités supra pour se convaincre que la prairie concernée est un espace naturel de grande importance qui

- 21/23 - A/1928/2021 correspond manifestement à la notion de biotope digne de protection au sens de l'art. 16 al. 1 RPPMF. 3.5 Le caractère digne de protection du biotope étant reconnu, une pesée générale de tous les intérêts doit être effectuée afin de savoir si une atteinte peut lui être portée et à quelles conditions. La recourante argue que les parcelles concernées étant en zone constructible, cette atteinte peut plus facilement être admise et que son intérêt doit prévaloir, ce d’autant qu’il existe un intérêt public prépondérant à construire des logements collectifs, la favorisation de celui-ci étant le but ultime de son projet. Cet argument ne saurait prévaloir. En l’espèce, une zone déclarée constructible en 1952, sans réexamen ultérieur malgré l’adoption d’une législation abondante destinée à la protection de la nature, ne revêt plus de portée facilitante et ne constitue donc pas un élément favorable à la recourante dans l’analyse de la pesée des intérêts, conformément à ce que pose la LAT. S’agissant du but statutaire de la recourante et de l’importance du projet en tant qu’il permettrait l’échange de parcelles afin de faciliter la construction de logements dans des zones de développement du canton, l’argument souffre du temps que la recourante a laissé s’écouler depuis l’obtention de sa précédente autorisation de construire et d’un défaut de démonstration. Si le but poursuivi avait l’importance que la recourante lui attribue, et si la construction de logements que l’échange de parcelles pouvait permettre était si impérieuse, nul doute qu’elle aurait actionné l’autorisation définitive obtenue en 2015 et construit les trois villas alors admises. Ne l’ayant pas fait, et ayant attendu cinq ans pour solliciter une nouvelle autorisation, elle a démontré l’absence d’urgence et de nécessité de son projet. De plus, alors qu’elle connait, et souligne, la difficulté d’obtenir des autorisations de construire, elle ne pouvait ignorer les obstacles que son nouveau projet rencontrerait cinq ans plus tard, ce d’autant qu’il présente une surface bâtie plus de deux fois plus importante que celle du projet précédemment admis. De même, dans la pesée des intérêts, la recourante ne fait état que d’une possibilité théorique de procéder à des échanges, sans présenter de candidat fermement intéressé, tout en affirmant en audience, ce qui fragilise d’autant sa position, que le projet ne se trouve pas en lien avec aucun PLQ en attente de parcelles à libérer. Ces éléments contredisent donc la nécessité dont elle se prévaut et ne permettent pas de considérer que son intérêt supplanterait la nécessité de sauvegarder un biotope digne de protection. Enfin, dans la mesure où aucune prairie du canton n'a exactement les mêmes caractéristiques que la prairie litigieuse et que celle-ci revêt une importance spécifique à dires d’experts, les prairies mi-sèches répertoriées ailleurs dans le canton, notamment au sud-ouest du canton, en zone de bois et forêts et en zone agricole, ne sauraient empêcher la protection de la prairie en cause. Dès lors, le biotope concerné doit être conservé et c’est à juste titre que le TAPI a refusé l’autorisation de construire en cause. 3.6 Nonobstant ce qui précède, voudrait-on considérer que la protection du biotope ne l'ait pas emporté et qu’il ait eu à supporter quelque atteinte, les mesures

- 22/23 - A/1928/2021 compensatoires proposées seront examinées afin de savoir si elles en assuraient la meilleure protection possible (3e étape). Or, tel n’est pas le cas. Celles que la recourante propose sont manifestement insuffisantes, en tant, notamment et principalement, qu’elles ne réduisent pas la surface bâtie, pourtant du double de ce que le projet admis en 2015 avait proposé. Alors que le directeur du service de la biodiversité a posé que l’impact du projet atteindrait le milieu à protéger de telle manière qu’il n’aurait plus la possibilité de se régénérer et que la prairie à protéger se retrouve sur l’ensemble des parcelles, les propositions de la recourante ne réduisent pas cette emprise au sol et elle s’oppose fermement à toute modification de celle-ci. Ces mesures, étant pour l’essentiel situées sur les immeubles projetés, ne permettent donc pas une atténuation significative des atteintes portées à la prairie. En outre, elles n’empêcheraient ni la disparition importante de la faune présente, ni celle d'espèces florales figurant sur les listes rouges fédérales et cantonales. L’insuffisances et l’inadéquation de ces propositions excluent un renvoi du dossier en première instance pour nouvelle analyse, les modifications étant susceptibles d’être envisagées devant faire l'objet d'études garantissant leur efficacité et leur faisabilité juridique. En tant qu’il avait à être examiné, le grief de la recourante consistant à critiquer l’appréciation par le TAPI des mesures compensatoires doit être écarté. 4. En conséquence, les griefs doivent être écartés et le recours rejeté. Vu l’issue du litige, un émolument de CHF 1’000.- sera mis à la charge de la recourante. Une indemnité de CHF 1'000.- sera allouée à chaque partie intimé, à la charge de la recourante.

* * * * * PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE à la forme : déclare recevable le recours interjeté le 1er février 2024 par A______ contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 21 décembre 2023 ; au fond : le rejette ; met à la charge de A______ un émolument de CHF 1’000.- ; alloue à Q______ une indemnité de procédure de CHF 1'000.- à la charge de A______;

- 23/23 - A/1928/2021 alloue à B______, C______, D______, E______, F______, G______, H______, I______, J______, K______, L______, M______, N______, O______, P______, pris ensemble, une indemnité de procédure de CHF 1'000.- à la charge de A______ ; dit que conformément aux art. 82 ss LTF, le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière de droit public. Le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, avenue du Tribunal fédéral 29, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ; communique le présent arrêt à Me Mark MULLER, avocat de la recourante, à Mes Michel SCHMIDT et Alain MAUNOIR, avocats des intimés, au Département du territoire-OAC, à l’Office fédéral du développement territorial, ainsi qu' au Tribunal administratif de première instance. Siégeant : Patrick CHENAUX, président, Michèle PERNET, juge, Louis PEILA, juge suppléant. Au nom de la chambre administrative : la greffière-juriste :

D. WERFFELI BASTIANELLI

le président siégeant :

P. CHENAUX

Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.

Genève, le

la greffière :